专利名称：用于hcv治疗应答的生物标志物的制作方法
用于HCV治疗应答的生物标志物本发明涉及用于预测丙型肝炎病毒感染的患者对药物治疗的应答的方法。在全世界，丙型肝炎病毒(HCV)是主要的健康问题并且是慢性肝病的主要原因 (Boyer，N.等人，J. Hepatol. 2000 32 :98-112)。感染了 HCV的患者有恶化为肝硬化以及随后的肝细胞癌的风险，因此，HCV是肝移植的主要指征。根据世界卫生组织，世界范围存在超过2亿感染个体，每年至少3百万至4百万人感染。一旦被感染，约20%的人清除该病毒，但其余人可以余生携带HCV。10%至20%的慢性感染个体最终发展为破坏肝脏的肝硬化症或癌症。这种病毒病以肠胃外方式由污染的血液和血液制品传播、由污染的针头传播、或者以性方式传播或者从感染母亲或携带母亲垂直地传播至后代。由于抗性发展迅速，针对HCV感染的现有疗法具有有限的临床益处，其中所述的现有疗法限于用重组干扰素-α单独或与核苷类似物利巴韦林联合的免疫治疗。迫切需要有效战胜慢性HCV感染的改进的治疗剂。已经将HCV分类为黄病毒科(flaviviridae)的成员，其中所述黄病毒科包括黄病毒属(flaviviruses)、癌疫病毒属(pestiviruses)禾口月干炎病毒属(hapaceiviruses)，其中所述肝炎病毒属包括丙型肝炎病毒(Rice, C. Μ.，Flaviviridae :The viruses and their replication.在 Fields Virology—书中，编辑Fields，B. N.，Knipe, D. Μ.，禾口 Howley， P.M.，Lippincott-Raven 出版社，Philadelphia, Pa.，第 30 章，931-959，1996)。HCV 为包含有大约9. 4kb正义单链RNA基因组的包膜病毒。病毒基因组由5’非翻译区(UTR)、编码大约3011个氨基酸的多蛋白前体的长可读框(ORF)和短的3’ UTR组成。5’ UTR是HCV基因组最高度保守的部分，并且对多蛋白翻译的起始和控制很重要。HCV的遗传分析鉴定出六个DNA序列趋异超过30%的主要基因型。每一种基因型含有一系列更密切相关的显示出20-25%的核苷酸序列差异的亚型(Simmonds，P. 2004 J. Gen. Virol. 85 :3173-88)。已经区分了 30个以上的亚型。在美国，大约70%的感染个体具有Ia和Ib型感染。在亚洲，Ib型是最普遍的亚型(X. Forns和J.Bukh，Clinics in Liver Disease 1999 3 :693-716 ; J. Bukh 等人，Semin. Liv. Dis. 1995 15:41-63)。不幸地是，1 型感染比2型或3型基因型感染更加耐受治疗(N. N. Zein, Clin. Microbiol. Rev.，200013 223-235)。瘟病毒和肝炎病毒的ORF的非结构蛋白部分的基因组织和多聚蛋白加工是非常相似的。这些正链RNA病毒具有单一的大可读框(ORF)，编码病毒复制必需的全部病毒蛋白。这些蛋白质作为多聚蛋白表达，其中所述的多聚蛋白经细胞蛋白酶和病毒编码的蛋白酶共翻译和翻译后地加工以产生成熟的病毒蛋白。负责病毒基因组RNA复制的病毒蛋白大约定位于羧基端。ORF的三分之二称为非结构(NS)蛋白。对于瘟病毒和肝炎病毒而言，成熟的非结构(NS)蛋白从非结构蛋白编码区的氨基端至该ORF羧基端的依次顺序由p7、NS2、 NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和 NS5B 组成。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白共有以特定蛋白质功能为特征的序列结构域。例如， 这两组病毒中的病毒NS3蛋白具有属于丝氨酸蛋白酶特征的氨基酸序列基序和属于解旋酶特征的氨基酸序列基序(Gorbalenya 等人，Nature 1988 333 :22 ;Bazan 和 Fletterick，Virology 1989，171 :637-639 ;Gorbalenya等人，Nucleic Acid Res. 1989，17，3889-3897)。 类似地，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白具有属于RNA指导的RNA聚合酶特征的基序 (Koonin, Ε. V.和 Dolja, V. V.，Crit. Rev. Biochem. Molec. Biol. 1993，28 :375-430)。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白在病毒生活周期中的实际作用和功能是直接类似的。在这两种情况下，NS3丝氨酸蛋白酶负责ORF中其位置下游的多聚蛋白前体的所有蛋白酶解加工(Wiskerchen 和 Collett, Virology, 1991，184 :341-350 ；Bartenschlager 等人，J. Virol. 1993,67 :3835-3844 ；Eckart 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1993,192 399-406 ；Grakoui 等人，J. Virol. 1993,67 :2832-2843 ；Grakoui 等人，Proc. Natl. Acad. Sci.USA 1993,90 :10583-10587 ；Ilijikata 等人，J. Virol. 1993,67 :4665-4675；Tome 等人，J.Virol. 1993，67 :4017-4026)。在这两种情况下，NS4A蛋白均作为辅因子与NS3丝氨酸蛋白酶作用(Bartenschlager 等人，J. Virol. 1994,68 :5045-5055 ；Failla 等人， J. Virol. 1994,68 :3753-3760 ；Xu 等人，J Virol. 1997,71 :5312-5322)。这两组病毒的 NS3 蛋白均也发挥解旋酶的作用(Kim 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1995,215 :160-166 ； Jin 禾口 Peterson, Arch.Biochem. Biophys. 1995,323 :47-53 ；Warrener 禾口 Collett, J.Virol. 1995 69 :1720-1726) 0最后，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白均具有预测的RNA指导的 RNA 聚合酶活性(Behrens 等人，EMBO 1996，15 :12-22 ；Lechmann 等人，J. Virol. 1997， 71 :8416-8428 ；Yuan 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1997,232 :231-235 ；Hagedorn,PCT WO 97/12033 ；Zhong 等人，J. Virol. 1998，72 :9365-9369)。目前，仅有有限数量经批准的疗法可以用来治疗HCV感染。下列文献综述了用来治疗HCV和抑制HCV NS5B聚合酶的新的以及现有的治疗方法R. G. Gish, Sem. Liver. Dis.,1999 19 5 ；Di Besceglie, A.M.禾口 Bacon，B. R.，Scientific American,1999 年 10 月，80-85 ;G. Lake-Bakaar, Current and Future Therapy for Chronic Hepatitis C Virus Liver Disease, Curr. Drug Targ. Infect Dis. 2003 3(3) :247-253 ；P. Hoffmann 等人，Recent patents on experimental therapy for hepatitis C virus infection (1999-2002), Exp. Opin. Ther. Patents 2003 13 (11) :1707-1723 ;F. F. Poordad 等人， Developments in Hepatitis C therapy during 2000-2002, Exp. Opin. Emerging Drugs 2003 8(1) :9-25 ；M. P.Walker 等 K, Promising Candidates for the treatment of chronic hepatitis C, Exp.Opin. investing. Drugs 2003 12 (8) :1269-1280 ；S. -L. Tan 等人，Hepatitis C Therapeutics :Current Status and Emerging Strategies, Nature Rev. Drug Discov. 2002 1 :867-881 ；R. De Francesco 等人，Approaching a new era for hepatitis C virus therapy :inhibitors of the NS3—4A serine protease and the NS5B RNA-dependent RNA polymerase, Antiviral Res. 2003 58 :1-16 ；Q. M. Wang ^A, Hepatitis C virus encoded proteins :targets for antiviral therapy, Drugs of the Future 2000 25(9) :933-8-944 ;J.A. Wu 禾口 Z. Hong，Targeting NS5B—D印endent RNA Polymerase for Anti-HCV Chemotherapy Cur. Drug Targ. -Inf. Dis. 2003 3:207-219。弓|
用了目前处于研发不同阶段的化合物的文献综述在此以其整体引入作为参考。
权利要求
1.用于预测感染了丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4(HCV-4)的人受试者对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂治疗的应答的方法，所述方法包括(a)在所述治疗的第2周左右时，提供来自所述受试者的样品和(b)确定所述样品中HCV-I或HCV-4RNA的水平，其中所述样品中HCV-I或HCV-4RNA的不可检测到的水平表明所述受试者对所述治疗实现了持续病毒应答的可能性。
2.权利要求1的方法，所述方法用于选择用干扰素、利巴韦林和HCVNS5B聚合酶抑制剂治疗的持续时间以在感染了 HCV-I或HCV-4的人受试者中实现持续的病毒应答，其中在步骤(b)中检测的HCV-I或HCV-4RNA的没检测到的水平表明所述治疗的8周到12周之间的持续时间以在所述受试者中实现持续的病毒应答。
3.权利要求1或2的方法，其中所述治疗包括每周180微克的干扰素、每日1000毫克或1200毫克的利巴韦林、和每日1500毫克的HCV NS5B聚合酶抑制剂的剂量。
4.权利要求1或3的方法，其中所述干扰素选自Pegasys (聚乙二醇干扰素a-2a)、 Peg-Intron (聚乙二醇干扰素 α -2b) >R0feron-A (干扰素 α _2a)和 htron a (干扰素α-2b)，并且所述HCV NS5B聚合酶抑制剂选自异丁酸(2R，3S，4R，5R) _5_ (4_氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-2-叠氮基-3，4- 二-异丁酰氧基-四氢呋喃-2-基甲酯、异丁酸QR，3R，4R，5R) -5- (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-4-氟代-3-异丁酰氧基_4_甲基-四氢呋喃-2-基甲酯、NM283和MK-0608。
5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述HCVNS5B聚合酶抑制剂选自异丁酸 QR，3S，4R，5R) -5- (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)~2~ 叠氮基 _3，4- 二 -异丁酰氧基-四氢呋喃-2-基甲酯或者异丁酸OR，3R，4R，5R) -5- (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-4-氟代-3-异丁酰氧基-4-甲基-四氢呋喃-2-基甲酯。
全文摘要
本发明基于在感染了丙型肝炎病毒基因型1(HCV-1)或基因型4(HCV-4)患者中的发现，如果患者的HCV RNA水平在包括干扰素α、利巴韦林和HCV聚合酶抑制剂的治疗后短至两周内变得不可检测到，则可以预测对所述治疗的有益应答。
文档编号C12Q1/68GK102257159SQ200980150873
公开日2011年11月23日 申请日期2009年12月8日 优先权日2008年12月18日
发明者Y·朱 申请人:弗·哈夫曼-拉罗切有限公司