水稻转录因子Os03g55990基因CDS序列的应用的制作方法
【专利摘要】本发明涉及水稻转录因子Os03g55990基因CDS序列的应用，其是利用转录因子激活基序VP64与水稻转录因子Os03g55990融合构建得到组成型转录因子，并将编码所述组成型转录因子的基因转化到农作物如水稻中，从而改良水稻籽粒性状，例如增加水稻籽粒长度、宽度。对于详细阐明调控种子发育机理具有重要的理论价值，并且可以通过转基因手段，改良水稻的粒型，因此在生产实践中也具有重要意义。
【专利说明】水稻转录因子0s03g55990基因CDS序列的应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及基因工程领域，具体地说，涉及水稻转录因子0s03g55990基因⑶S序 列的应用。
【背景技术】
[0002] 水稻（OryzasativaL.)是我国和全世界最重要的三大粮食作物之一，是世界一 半以上人口的主食，也是一个重要的功能基因研究的模式植物。与其相关的遗传学和分子 生物学研究一直倍受研究者的重视，转录水平的调控是基因表达调控的重要方式。当前水 稻增产的研究较依赖于有限的水稻种质资源，传统的杂交育种优势正在逐渐减弱，而水稻 转基因技术有可能发掘水稻进一步增产的潜力。
[0003] 在植物界中，能形成种子的植物约占植物总数的三分之二以上，作为重要的繁殖 器官，种子同时也为人们提供食物来源，水稻就是其中的重要代表，种子来源于受精后的胚 珠。从分子生物学的角度来说，种子的发育和萌发是一个有次序的、选择性的基因表达过 程。而转录因子在基因表达的精确调控中起到了关键性的作用。
[0004] 近些年，有关籽粒大小性状的分子遗传调控机制研究，已取得了一定进展，例如 研究人员利用QTL定位了一些籽粒大小相关基因，其中GS3编码一个膜蛋白，是籽粒大小 和器官大小的负调控因子；张启发等（YiboLi,ChuchuanFan,QIfaZhang,etal. (2011) NaturalvariationinGS5playsanimportantroleinregulatinggrainsizeand yieldinrice.NatureGennetics)研究发现GS5编码一个调节籽粒大小的丝氨酸羧肽酶， 是控制籽粒大小的正调节因子，过表达GS5可使水稻籽粒明显变大；转录因子在调控籽粒 大小方面起着非常重要的作用，0sWRKY78可以调节水稻茎的伸长和种子的发育，0sWRKY78 突变体可使茎杆变矮化影响籽粒发育；螺旋-环-螺旋蛋白（bHLH)类转录因子能通过调控 外稃和内稃细胞的长度影响谷粒的大小；PGLl碱性螺旋-环-螺旋蛋白（bHLH)异源二聚 体作为结合DNA的bHLH的抑制子过表达后可增加籽粒长度和重量。
[0005] Homeoboxes(同源结构域蛋白)HB家族转录因子首次在果蝇、拟南芥中被发现。HB 家族有300多个成员，参与了生物的生长发育多个方面。从结构上分析，Homeoboxes拥有 DNA识别位点，包括TATA等一系列和DNA结合的结构域。目前HB家族转录因子0s03g55990 对种子大小形状调控机制的研究及认识很少，因此该转录因子的研究在理论上为进一步理 解植物种子和器官发育调控的分子机理提供了新的线索，在实践上也将为作物高产育种提 供理论基础。
【发明内容】
[0006] 本发明的目的是提供水稻转录因子0s03g55990基因⑶S序列的应用。
[0007] 为了实现本发明目的，本发明首先提供一种组成型水稻转录因子，即融合蛋白 (VP16)4-Linker-0s03g55990。
[0008] 其中，VP16为来自单纯疱疹病毒的VP16蛋白，将4个VP16功能域基序融合在一 起可构成一类增强子，增强转录因子的功能，从而在转基因植株中出现更明显的表型变化。 上述融合蛋白中涉及的（VP16)4，即VP64是由4个VP16蛋白的氨基酸序列以Gly-Ser为间 隔形成的融合蛋白，其氨基酸序列和核苷酸序列分别如SEQIDNo. 10和4所示。
[0009] 上述融合蛋白中涉及的Linker由39个柔性氨基酸串联而成，其氨基酸序列如SEQ IDNo. 9所示，编码该Linker的核苷酸序列如SEQIDNo. 3所示。
[0010] 上述融合蛋白中涉及的0s03g55990为水稻转录因子0s03g55990,其氨基酸序列 如SEQIDNo. 2所示，或该序列经替换、缺失或添加一个或几个氨基酸形成的具有同等功能 的氨基酸序列，其⑶S序列如SeqIDNo. 1所示。
[0011] 本发明还提供编码所述组成型水稻转录因子的基因，以及在严格条件下，可与该 基因的核苷酸序列发生杂交的核苷酸序列。所述严格条件为在含〇. 1%SDS的0.IXSSPE或 含0. 1%SDS的0. 1父55(：溶液中，在651：下杂交，并用该溶液洗膜。
[0012] 本发明还提供含有编码所述组成型水稻转录因子的基因的载体、工程菌及细胞 系。
[0013] 所述载体的构建方法如下：
[0014] (1)在植物转录因子数据库（http://rice,plantbiology.msu.edu/analyses_ search_locus.shtml)中找到0s03g55990基因，根据其CDS序列设计PCR扩增引物对，其为 正向引物F5' -CAAAAAAGCAGGCTTCATGCCCTTCCCTCATGG-3' 和反向引物R5'-CAAGAAAGCTGGGT CCAGCCAGACACACAAAAGG-3,。
[0015] (2)以野生日本晴'kitaake'水稻总cDNA为模板，利用上述引物F和R进行PCR， 获得0s03g55990基因完整的CDS序列。
[0016] (3)将上述PCR产物克隆到pDONER克隆载体上，经测序鉴定得到与目的基因完全 相同的序列。
[0017] (4)以植物双元表达载体pCambial301_UbiN(图7)左右边界包含的序列为骨架 序列，通过体外重组，将ubipromoter-VP64-Gateway表达单兀、35Spromoter-asRED表达 单元和35Spromoter-hyg表达单元与之融合构建，得到载体nVP64-hyg-asRED的全序列如 SEQIDNo. 5 所示。
[0018] (5)通过LR反应将0s03g55990基因的⑶S序列构建到其目的基因的5'端连有 VP64编码基因的植物表达载体nVP64-hyg-asRED上，获得携带有编码所述组成型水稻转录 因子VP64-Linker-0s03g55990 基因的表达载体ubi:VP64-0s03g55990,其全序列如SEQID No. 6所示。
[0019] 携带有编码所述组成型水稻转录因子VP64-Linker-0s03g55990基因的表达载体 可通过使用Ti质粒、植物病毒载体、直接DNA转化、微注射、电穿孔等常规生物技术方法导 入植物细胞中（Weissbach，1998，MethodforPlantMolecularBiologyVIII，Academy Press，NewYork，第 411-463 页；Geiserson和Corey，1998，PlantMolecularBiology，第 二版)。
[0020] 本发明还提供一种转基因水稻植株的构建方法，具体为：采用农杆菌介导的方法， 将上述携带有编码所述组成型水稻转录因子VP64-Linker-0s03g55990基因的表达载体转 入水稻愈伤组织中，用含诱导剂和农杆菌的AAM培养液进行转化，转化后的材料经过共培 养-筛选-分化-生根-转基因苗的锻炼和移栽，筛选转基因水稻植株。
[0021] 本发明还提供编码所述组成型水稻转录因子的基因在改良水稻籽粒性状(例如增 加水稻粒长、粒宽及千粒重）中的应用。
[0022] 本发明还提供了用于扩增水稻转录因子0s03g55990基因⑶S序列的引物对，包括 正向引物F5' -CAAAAAAGCAGGCTTCATGCCCTTCCCTCATGG-3'和反向引物R5' -CAAGAAAGCTGGGT CCAGCCAGACACACAAAAGG-3,。
[0023] 本发明进一步提供水稻转录因子0s03g55990基因⑶S序列在调控水稻籽粒性状 中的应用。利用转录因子激活基序VP64(SEQ IDNo.10)与水稻转录因子0s03g55990融合 构建得到组成型转录因子，并将编码所述组成型转录因子的基因转化到农作物如水稻中， 从而改良转基因水稻籽粒的性状。
[0024] 前述的应用，其是将水稻转录因子0s03g55990基因的⑶S序列去掉终止密码子之 后，构建到转录因子激活基序VP64编码基因（SEQIDNo. 4)的下游，转化水稻，从而改良转 基因水稻籽粒的性状。优选将水稻转录因子0s03g55990基因的CDS序列去掉终止密码子 之后，通过Gateway系统转录因子激活基序VP64编码基因的下游。
[0025] 本发明首次利用转录因子激活基序VP64(即4个转录因子激活基序VP16)与水稻 转录因子0s03g55990融合构建得到组成型转录因子，并将编码所述组成型转录因子的基 因转化到农作物如水稻中，从而改良水稻籽粒性状，例如水稻籽粒长度和宽度增加。对于详 细阐明调控种子发育机理具有重要的理论价值，并且可以通过转基因手段，改良水稻的粒 型，因此在生产实践中也具有重要意义。
【专利附图】
【附图说明】
[0026] 图1为本发明实施例1中nVP64-hyg_asRED载体图谱。
[0027] 图2为本发明实施例1中ubi:VP64-0s03g55990载体图谱。
[0028] 图3为本发明实施例3中PCR检测VP64-0s03g55990转基因水稻阳性株系的 结果；其中，M为DNAMarker，WT为野生型水稻 'kitaake'，V2466H-38 和V2466H-39 为 VP64-0s03g55990转基因水稻株系。
[0029] 图4为本发明实施例4中转基因水稻籽粒性状的表型长度的比较；其中，WT为野 生型水稻'kitaake'，V2466H-38和V2466H-39为转基因水稻株系。
[0030] 图5为本发明实施例4中转基因水稻籽粒性状的表型宽度的比较；其中，WT为野 生型水稻'kitaake'，V2466H-38和V2466H-39为转基因水稻株系。
[0031] 图6为本发明实施例4中转基因水稻籽粒性状的数据统计分析结果；其中，WT为 野生型水稻'kitaake'，V2466H-38和V2466H-39为转基因水稻株系。
[0032] 图7为本发明实施例1中植物双元表达载体pCambial301_UbiN的图谱。
【具体实施方式】
[0033] 以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明， 实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册（SambrookJ&Russell DW，Molecularcloning:alaboratorymanual, 2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。
[0034] 实施例10s03g55990基因⑶S序列的获得及植物表达载体的构建
[0035] 10s03g55990基因CDS序列的获得
[0036] 在植物转录因子数据库（http://rice.plantbiology.msu.edu/analyses_ search_locus.shtml)中找到0s03g55990基因，根据其⑶S序列设计PCR扩增引物，正向引 物F5' -CAAAAAAGCAGGCTTCATGCCCTTCCCTCATGG-3' 和反向引物R5'-CAAGAAAGCTGGGTCCAGCC AGACACACAAAAGG-3'）。以野生型日本晴'kitaake'水稻总cDNA为模板，利用引物F和R进 行PCR，获得0s03g55990基因完整的CDS序列（SeqIDNo.l)。
[0037] 2植物表达载体的构建
[0038] 将水稻转录因子0s03g55990基因的CDS序列通过Gateway系统构建到4个转录 因子激活基序VP16编码基因（SEQIDNo.4)的下游。
[0039] 2. 1将上述PCR产物克隆到pDONER克隆载体上
[0040] 按照PrimeSTAR聚合酶扩增体系和反应程序进行PCR。此过程中包含两轮PCR，第 一轮PCR的引物用加部分adaptorattB接头的基因引物（F和R)，而第二轮的模板用第一 轮的PCR产物，并且引物用完整的adaptorattB引物（attB5'adaptor:5'-GTGGGGACAAGTT TGTACAAAAAAGCAGGCTTC-3'，attB3'adaptor:5' -GTGGGGACCACTTTGTACAAGAAAGCTGGGTC-3'） 。将PCR产物克隆到pDONER克隆载体(购自Invitrogen)上，经测序鉴定得到与目的基因完 全相同的序列。
[0041] 2. 2植物表达载体的构建
[0042] 以植物双元表达载体pCambial301_UbiN(图7)左右边界包含的序列为骨架序列， 通过体外重组，将ubipromoter-VP64-Gateway表达单兀、35Spromoter-asRED表达单兀和 35Spromoter-hyg表达单元与之融合构建，得到载体nVP64_hyg_asRED的全序列如SEQID No. 5所示，载体图谱见图1。
[0043] 表达载体nVP64-hyg_asRED含有Gateway重组系统，pDONR带有目的基因的质粒 作为入门载体（Enteryvector),通过LR反应可完成目的基因表达载体的构建。
[0044] 通过LR反应将0s03g55990基因的CDS序列构建到其目的基因的5'端连有VP64 编码基因的植物表达载体nVP64-hyg-asRED上，获得携带有编码所述组成型水稻转录因 子VP64-Linker-0s03g55990 基因的表达载体ubi:VP64-0s03g55990,其全序列如SEQID No. 6所示，载体图谱见图2。
[0045] LR反应体系如下：
[0046] 表达载体 Ιμ? (30-50ng) 入门载体（.pDONR-gene ) ] μ] ( 30-50ng ) LR Clonase Enzyme Mix Ιμ? CidH2O 2μ1 总体积 5μ1
[0047]于25°C反应过夜。用反应体系转化大肠杆菌DH5a，筛选阳性克隆。
[0048] 实施例2转基因水稻植株的获得
[0049]取水稻'kitaake'成熟种子，人工或机械脱壳，挑选饱满光洁无菌斑的种子经消毒 之后接种到诱导培养基上进行诱导培养。选择外观良好，生长力好的水稻愈伤组织为受体 材料，采用农杆菌介导法将ubi:VP64-0s03g55990转入水稻愈伤组织中，用含有100μM的 乙酰丁香酮和OD值为0. 7的农杆菌的AAM培养液进行转化，将转化液浸泡过的愈伤组织置 于共培养基上进行共培养，25°C暗培养3d后置于筛选培养基上培养约30d，每IOd继代一 次。然后将筛出的抗性愈伤转移到分化培养基上分化约20d，每IOd继代一次。将分化出绿 色小苗的抗性愈伤转移到生根培养基上生根，待约7d长出发达根系后炼苗，并计算转化所 获转基因苗数，共获得40个转基因植株。炼苗7d后转移至大田生长。
[0050] 本实施例中涉及的培养基配方如下：
[0051] 诱导培养基：N6大量+B5微量+NB有机+铁盐+铜钴母液+2. 5mg/L2, 4D+0. 6g/L 酸水解酪蛋白+2. 878g/L脯氨酸+0. 5g/L谷氨酰胺+30g/L鹿糖，以水配制，调pH至5. 8? 5. 9后加入植物凝胶4g/L。
[0052] 共培养基：N6大量+B5微量+NB有机+铁盐+2. 5mg/L2, 4D+0. 5g/L谷氨酰胺 +0. 6g/L酸水解酪蛋白+10g/L葡萄糖+30g/L鹿糖，以水配制，调pH至5. 2后加入植物凝胶 4g/L。灭菌后，50°C左右加入AS(乙酰丁香酮）100?200yg/mL。
[0053] 筛选培养基：N6大量+B5微量+NB有机+铁盐+铜钴母液+2. 5mg/L2, 4D+0. 6g/L 酸水解酪蛋白+2. 878g/L脯氨酸+0. 5g/L谷氨酰胺+30g/L鹿糖，以水配制，调pH至5. 8? 5. 9后加入植物凝胶4g/L。灭菌后加入35mg/L潮霉素(购自上海纽津生物技术有限公司）。
[0054] 分化培养基：MS无机+MS-B5微量+MS有机+铁盐+MS-铜钴母液+0. 05mg/L NAA+2. Omg/LKinetin(激动素）+30g/L山梨醇+2g/L水解酪蛋白+30g/L鹿糖，以水配制， 调pH至5. 8?5. 9后加入植物凝胶4g/L。
[0055] 实施例3转基因阳性株系的鉴定
[0056] 为检测实施例2中获得的VP64-0s03g55990转基因水稻株系的T2代水稻株系 (V2466H-38和V2466H-39)中基因的过表达情况，根据载体ubi:VP64-0s03g55990设计如 下引物：
[0057] 正向引物F5' -GTGGGGACAAGITTGTACAAAAAAGCAGGCTTC-3'
[0058] 反向引物R5' -GTGGGGACCACTTTGTACAAGAAAGCTGGGTC-3'
[0059] 进行PCR检测，对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，结果如图3所示，出现明显 的特异性条带。其中，WT表示野生型水稻'kitaake'，V2466H-38和V2466H-39表示 VP64-0s03g55990转基因水稻株系。
[0060] 实施例4转基因水稻表型分析和考种分析
[0061] 将实施例2中获得的转基因水稻株系（V2466H-38和V2466H-39 )与野生型 'kitaake'水稻种子进行比较，从表型上可以明显的看出，转基因水稻的籽粒明显变长、变 宽（图4和图5)。考种数据分析表明（图6)，转基因水稻籽粒的宽度显著大于野生型水稻籽 粒。
[0062] 虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在 本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因 此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
【权利要求】
1. 一种组成型水稻转录因子，其特征在于，其为融合蛋白（VP16)4~Linker-〇s03g55990 ； 其中，VP16为来自单纯疱疹病毒的VP16蛋白，（VP16)4是由4个VP16蛋白的氨基酸 序列以Gly-Ser为间隔形成的融合蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID No. 10所示；Linker由39 个柔性氨基酸串联而成，其氨基酸序列如SEQ ID No. 9所示；0s03g55990为水稻转录因子 0s03g55990,其氨基酸序列如SEQ ID No. 2所示，或该序列经替换、缺失或添加一个或几个 氨基酸形成的具有同等功能的氨基酸序列。
2. 编码权利要求1所述组成型水稻转录因子的基因。
3. 含有权利要求2所述基因的载体。
4. 含有权利要求2所述基因的工程菌。
5. -种转基因水稻植株的构建方法，其特征在于，采用农杆菌介导的方法，将权利要求 3所述的载体转入水稻愈伤组织中，用含诱导剂和农杆菌的AAM培养液进行转化，转化后的 材料经过共培养-筛选-分化-生根-转基因苗的锻炼和移栽，筛选转基因水稻植株。
6. 权利要求2所述的基因在改良水稻籽粒性状中的应用。
7. 用于扩增水稻转录因子0s03g55990基因⑶S序列的引物对，其特征在于，包括正向 引物 F5' -CAAAAAAGCAGGCTTCATGCCCTTCCCTCATGG-3' 和反向引物 R5' -CAAGAAAGCTGGGTCCAG CCAGACACACAAAAGG-3，； 其中，水稻转录因子0s03g55990基因的CDS序列如Seq ID No. 1所示。
8. 水稻转录因子0s03g55990基因CDS序列在调控水稻籽粒性状中的应用，所述水稻转 录因子0s03g55990基因的CDS序列如Seq ID No. 1所示。
9. 根据权利要求8所述的应用，其特征在于，其是将水稻转录因子0s03g55990基因的 CDS序列去掉终止密码子之后，构建到转录因子激活基序VP64编码基因的下游，转化水稻， 从而改良转基因水稻籽粒的性状； 其中，所述转录因子激活基序VP64编码基因的核苷酸序列如SEQ ID No. 4所示。
10. 根据权利要求9所述的应用，其特征在于，其是将水稻转录因子0s03g55990基因的 ⑶S序列去掉终止密码子之后，通过Gateway系统构建到转录因子激活基序VP64编码基因 的下游。
【文档编号】C12N15/82GK104341524SQ201310334977
【公开日】2015年2月11日 申请日期:2013年8月2日 优先权日:2013年8月2日
【发明者】刘斌, 李宏宇, 赵涛, 刘军, 林辰涛 申请人:中国农业科学院作物科学研究所