抗原和抗原组合的制作方法

抗原和抗原组合的制作方法
【专利摘要】NTHI蛋白抗原已得到鉴定并发现在数种流感嗜血杆菌病原性菌株中保守。已经从参考菌株中对其进行分离、克隆并对免疫原性进行了测试。还公开了免疫的方法和其来源的疫苗。
【专利说明】抗原和抗原组合
[0001] 本申请要求2012年4月26日提交的英国临时申请号1207385. 4和2012年12月 21日提交的欧洲申请号EP12199079.0的权益，其完整内容通过引用纳入本文以用于所有 目的。

【技术领域】
[0002] 本发明涉及流感嗜血杆菌免疫学和疫苗学的领域，尤其是不可分型流感嗜血杆菌 (NTHI)。本发明提供了用于引起抗体和免疫应答并对抗流感嗜血杆菌菌株的抗原多肽和抗 原多肽组合。本发明还提供了含有这类抗原的组合物，及其作为对抗流感嗜血杆菌的疫苗 或药物的用途。本发明还提供了单独或以组合形式使用或者与其他疫苗共同使用的包含这 类抗原的免疫原性组合物。本发明还提供了引起针对流感嗜血杆菌的免疫应答的方法，以 及治疗和预防流感嗜血杆菌感染的方法。

【背景技术】
[0003] 流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae)是一种小型、非运动性、革兰氏阴性球 杆菌。它是一种呼吸道病原体，诱发广谱的人感染，包括：无症状的上呼吸道建群（即携 带）；延伸自建群的粘膜表面的感染以导致中耳炎（中耳发炎）、支气管炎、结膜炎、鼻窦炎、 尿道感染和肺炎的感染；以及侵入性感染，如菌血症、脓毒性关节炎、会厌炎、肺炎、积脓症、 心包炎、蜂窝织炎、骨髓炎和脑膜炎。流感嗜血杆菌是第一个公开了全基因组序列的细菌 [1]。
[0004] 流感嗜血杆菌菌株是有荚膜的（可分型）或无荚膜的（不可分型），且存在六种主 要的荚膜菌株血清类型（a至f)。流感嗜血杆菌引起的侵入性疾病中95%是由流感嗜血杆 菌b型（'Hib'）菌株引起的。Hib疾病最严重的表现是脑膜炎，但1980年代基于偶联的 Hib荚膜糖的疫苗的引入已大幅降低了该疾病的发病率。
[0005] 虽然Hib感染目前已被疫苗接种控制，但其他致病性流感嗜血杆菌感染仍然存在 风险。例如，不可分型流感嗜血杆菌（NTHI)导致中耳炎（OM)，尤其是慢性和急性0M。OM很 少与死亡率相关，但其与显著的发病率相关。失聪是最常见的OM并发症，而行为、教育和语 言发育延迟是有溢液的早发OM的其他结果。急性OM是美国儿童中最常见的细菌感染。不 可分型流感嗜血杆菌埃及生物群（H. influenzae biogroup aegyptius)引起流行性结膜炎 和巴西紫热（BPF) [2]，其中BPF的死亡率高达70%。
[0006] 迄今为止，抗生素是对抗统称为OM的临床实体谱的主要手段，但由于多重抗生素 耐受性微生物的出现，针对OM的抗生素的广泛使用遭遇争议。向疫苗的发展缓慢，原因在 于对OM的发病机制及其免疫应答的理解不完整。
[0007] 血清型d菌株KW20的基因组序列[1，3]可用于理解基本的流感嗜血杆菌生物学， 但相对于致病性流感嗜血杆菌菌株的用处不大，原因在于血清型d菌株通常不是病原体。 已鉴定到来自致病性不可分型流感嗜血杆菌的多肽并将其作为疫苗候选物进行研究。参考 文献4公开了来自致病性不可分型流感嗜血杆菌菌株的免疫原性多肽。
[0008] 但是，仍需要提供能够保护抵御广谱的流感嗜血杆菌菌株的疫苗。流感嗜血杆菌 是高适应性微生物，其具有较高的适应新的小生境（niche)并引起多种疾病的能力。适应 性、毒力和定居因子可变化以使微生物适应不同的组织和宿主。因此，潜在的抗原承受高度 选择压力，其结果是不同菌株间可能具有序列差异。
[0009] 因此，仍然存在鉴定用于不可分型流感嗜血杆菌疫苗的其他和改良型抗原的需 求，尤其是用于对抗多种NTHI引发的病变的疫苗。
[0010] 可获自ncbi. nlm. nih. gov网站的基因组（genomes)栏目下的基因组数据库中列 有致病性和非致病性流感嗜血杆菌基因组，其蛋白少则仅为2, 500种，多则可达4, 000种。 但是，这种罗列没有指出哪些是在致病性NTHI的主要部分中保守的，如此保守的蛋白中的 保守区域是什么，或者数千种潜在蛋白中哪些蛋白可用于疫苗以产生充分的免疫应答来保 护抵御致病性NTHI，这需要筛选大量蛋白以鉴定最佳的候选物。
[0011] 本发明的目的是提供其他和更好的抗原和/或组合，能够有效地针对流感嗜血杆 菌的不同菌株产生免疫应答，用于开发能够预防和/或治疗由流感嗜血杆菌病原体（尤其 是不可分型流感嗜血杆菌）引起的感染的疫苗。具体而言，目标在于提供多肽和多肽组合， 用于改良的免疫原性组合物和疫苗以预防和/或治疗这类感染，尤其是急性中耳炎和慢性 阻塞性肺病（COPD)。该多肽也可用于诊断目的，并作为抗生素靶点。


【发明内容】

[0012] 本发明描述了免疫中有用的不可分型流感嗜血杆菌（NTHI)多肽，以进行单独或 联合使用。这些多肽可与其他NTHI多肽联用。抗原可用于NTHI疫苗，但也可用作疫苗组 分从而针对多种病原体进行免疫。
[0013] 通过使用两种平行方法（即外膜囊泡（OMV)的反向疫苗学和蛋白组学分析），可鉴 定86种不同NTHI菌株中保守的抗原。反向疫苗学使用计算机分析以鉴定不同NTHI菌株 的基因组中保守且可能是表面暴露的蛋白。第二种方法则着重通过分析NTHI产生的外膜 囊泡中所含蛋白的质谱以鉴定抗原。
[0014] NTHI菌株的基因组包含约1800个基因。发明人从目前均为公开可得的15个 完整的基因组外加基于地理分布选择的39种菌株以及来源于中耳炎芬兰集合（Finnish collection)的32种菌株中鉴定到了 274个保守的抗原。从这274个中，发明人选择了 53种特别感兴趣的多肽。除了 CGSHiGG_00130选自PittG，CGSHiGG_02400选自PittG， gi-145633184选自3655菌株，以及gi-145628236选自22. 1-21菌株以外，这些抗原选自菌 株 NP86-028。
[0015] 在53种抗原的组中，考虑到免疫原性和保守性标准，产生了以下其他选择。
[0016] ?一组26个抗原在本文中称为"第一抗原组"
[0017] ?一组6个抗原在本文中称为"第二抗原组"
[0018] ?一组21个抗原在本文中称为"第三抗原组"
[0019] 多数优选的抗原组在本文中称为"第一抗原组"。因此，本发明提供了一种 免疫原性组合物，所述组合物包含至少一种抗原，优选包含一种或多种（即1、2、3、 4、5、6 或更多种）选自以下组的抗原：（1)NTHI0915(NT018)、（2)NTHI1416(NT024)、 (3)NTHI2017(NT032)、（4)CGSHiGG_02400 (NT038)、（5)NTHI1292 (NT067)、（6) NTHI0877 (NTOOl)、（7)NTHI0266 (ΝΤΟ 16)、（8)CGSHiGG_00I 30(ΝΤ052)、(9) NTHI1627(ΝΤ002), (10)ΝΤΗΙ1109(ΝΤ026), (11)ΝΤΗΙ0821(ΝΤ009), (12)ΝΤΗΙ0409(ΝΤ025), (13)ΝΤΗΙ1954 (ΝΤ028)、（14)ΝΤΗΙ0371 (ΝΤ029)、（15)ΝΤΗΙ0509 (ΝΤ031)、（16) ΝΤΗΙ0449 (ΝΤ015) , (17) NTHI1473 (ΝΤ023) , (18) gi-145633184 (NT 100) , (19) ΝΤΗΙ1110(ΝΤ040) , (20)gi-46129075 (ΝΤ048) , (21)gi-145628236 (ΝΤ053) , (22) ΝΤΗΙ1230(ΝΤ066)、（23)ΝΤΗΙ0522(ΝΤ097)、（24)ΝΤ004、（25)ΝΤ014、（26)ΝΤ022。这些抗原显 示积极的杀菌活性，如表III和表IV所示。
[0020] 在第一抗原组中，优选的抗原选自以下亚组：（1)NTHI0915(NT018)抗原、（2) NTHI1416(NT024)抗原、（3)NTHI2017(NT032)抗原、（4)CGSHiGG_02400(NT038)、（5) NTHI1292 抗原（NT067)、（6)NTHI0877(NT001)抗原、（8)NT052 抗原、（24)NT004 抗原、（25) NT014抗原、（26)NT022抗原、（7)NTHI0266NT016抗原。这些抗原均显示良好的如表II所 示的纯化水平和表III和IV所报道的免疫原性效力。
[0021] 特别优选的抗原是 NT067、NT014、NT016、NT022。
[0022] 因此，本发明提供了一种免疫原性组合物，所述组合物包含一种或多种（即1、2、 3、4、5、6或更多种）抗原，所述抗原选自由所述"第一抗原组"组成的组。
[0023] 发明人还鉴定到了以下6种多肽：（24)P48(NTHI0254,也定义为NT007)、（25) HtrA(NTHI1905，&SlSNT006)、（26)PE(NTHI0267，&SlSNT035)、（27)P26(NTHI0501， 也定义为 NT010)、（28)PHiD(NTHI0811，也定义为 NT080)、（29)P6(NTHI0501，也定义为 NT081)。这组6个抗原在本文中称为"第二抗原组"。
[0024] 发明人还鉴定到了以下22种多肽：（30)NTHI0532(NT013)、（31) NTHI0363(NT106), (32)NTHI0370(NT107), (33)NTHI0205(NT108), (34)NTHI0374(NT109), (35)NTHI0579 (NTllO) , (36) NTHI0837 (NT111) , (37) NTHI0849 (NT 112) , (38) NTHI092KNT113), (39)NTHI0995 (NT114), (40) NTHI1091 (NT115), (41) NTHI1169 (NT116), (42)NTHI1208 (NT117) , (43) NTHI13 18 (NT 118) , (44) NTHI1796 (NT123) , (45) NTHI1930(NT124)、 （46)NTHI1565(NT119)、 （47)NTHI1569(NT120)、 （48)NTHI1571(NT121)、 (49) NTHI1667 (NT122)、（50) NTHI0588 (NT061)、（51) NTHI0915 (NT017)。这组 22 个抗原在本 文中称为"第三抗原组"。
[0025] 在一个实施方式中，组合物包含至少一种（即1、2、3、4、5、6或更多种）选自第一 抗原组的抗原和/或至少一种（即1、2、3、4、5、6或更多种）选自第二抗原组的抗原和/或 至少一种（即1、2、3、4、5、6或更多种）选自第三抗原组的抗原。来自第一抗原组的抗原可 选自最优选的抗原亚组。
[0026] 优选地，本发明提供了一种免疫原性组合物，所述组合物包含选自第一抗原组或 第二抗原组或第三抗原组中任意一个的抗原。
[0027] 因此，本发明还提供了 一种免疫原性组合物，所述组合物包含抗原组合，所述组合 包含两种或多种（即2、3、4、5、6或更多种）抗原，所述抗原选自由"第一抗原组"和/或"第 二抗原组"和/或"第三抗原组"组成的组。
[0028] 当组合物包含来自"第二抗原组"的抗原时，优选所述组合物还包含（i)至少一种 来自"第二抗原组"的其他抗原或者（i)至少一种来自"第一抗原组"或"第三抗原组"的抗 原。因此，本发明不包括仅包含其自身抗原组分的来自"第二抗原组"的单一抗原。当组合 物包含两种或多种来自"第二抗原组"的抗原时，优选所述组合物应包含至少一种抗原，所 述抗原不是（a) P48抗原（b) HtrA抗原（c) PE抗原或（d)P26抗原。因此，在一些实施方式 中，本发明不包括仅含有P48、HtrA、PE和/或P26的组合。类似地，在一些实施方式中，本 发明不包括特定的杂交抗原，所述杂交抗原包含仅来自P48、HtrA、PE和/或P26的'X'部 分。
[0029] 在第一抗原组的11个优选抗原中，可能有55对不同抗原对。所有这类抗原对均 在本文中公开并且是本发明的一部分。因此本发明提供一种免疫组合物，所述组合物包含 一对抗原，该抗原对是所述55对之一。
[0030] 在一个实施方式中，组合物包含至少一种（即1、2、3、4、5、6或更多种）选自第一 抗原组的抗原和/或至少一种（即1、2、3、4、5、6或更多种）选自第二抗原组的抗原和/或 至少一种（即1、2、3、4、5、6或更多种）选自第三抗原组的抗原。
[0031] 在所有情况下，来自第一抗原组的抗原可优选地选自最优选的以下 亚组：（1)NTHI0915(NT018)、（2)NTHI1416(NT024)、（3)NTHI2017(NT032)、（4) CGSHiGG_02400(NT038), (5)NTHI1292(NT067), (6)NTHI0877(NTOOl), (8)NT052, (24) NT004、（25)NT014、（26)NT022、（7)NT016。
[0032] 本发明还提供了一种免疫组合物，所述组合物包含抗原组，所述抗原组包含两种 或多种（即 2、3、4 或5 种）选自下组的抗原：（1)NTHI0915(NT018)、⑵NTHI1416(NT024)、 (3)NTHI2017(NT032) , (4)CGSHiGG_02400 (NT038) , (5)NTHI1292 (NT067) , (6) NTHI0877(NT001)、（8)NT052、（24)NT004、（25)NT014、（26)NT022、（7)NT016。所述组合物还 可包含佐剂，例如包含水包油乳液或铝盐的佐剂。
[0033] 参考文献5讨论了不可分型流感嗜血杆菌抗原，不限于可潜在用于疫苗的候选 物。参考文献6至10分别涉及不可分型流感嗜血杆菌多肽P48、HtrA、PE和P26且不限于 其免疫原性潜能。参考文献5还在较多数目的疫苗候选物中单独提到了 HtrA、PE和P26， 且例如参考文献10涉及多肽PE。然而，这些属于"第二抗原组"的抗原没有联合使用的描 述。如今，出乎意料地发现一种或多种这些抗原（第二抗原组）与至少一种"第一抗原组" 所列抗原的组合特别适用于产生针对不可分型流感嗜血杆菌的保护性免疫应答，从而实现 上文提到的本发明的目标。
[0034] 本发明的优选组合是两种或多种抗原协同作用的组合。因此，通过联合给药保护 免遭NTHI病原体侵扰的效果超过了仅由其单独保护功效叠加的预期效果。
[0035] 第一抗原组
[0036] NTO18 抗原
[0037] "NT018"抗原标注为包含TPR重复的蛋白，且还标注为细胞色素 c成熟血红素裂解 酶亚基CcmH2。其已标注为菌株86-028NP中的NTHI0915。所述序列在所有分析的菌株中 高度保守且预测为膜结合金属肽酶。NT018是表面暴露的，如表III所示。已从另一种不可 分型菌株Fil76(-种分离自芬兰中耳炎集合的菌株）中克隆并表达了 NT018。
[0038] 有用的NT018抗原可引发识别SEQ ID NO: 1的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 1具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 1的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些NT018蛋白包含SEQ ID NO: 1的变体，如已克隆并表达并测试免疫原性的SEQ ID NO: 49 (表III、IV)。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 1的表位。其他优选片段缺 少SEQ ID勵：1(：末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨 基酸和/或其N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、26、27、28或更 多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:1的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构 域。
[0039] 本发明的NT018抗原可与NT018天然的28个N末端氨基酸 (MNFTLIFILTTLVVALICFYPLLRQFKA;SEQ ID N0:69)或者替代的 N 末端序列（例如简单的 N 末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表 达。
[0040] NT024 抗原
[0041] "NT024"抗原标注为"假拟蛋白"，且已标注为基因组86-028NP中的NTHI1416。已 从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0042] 有用的NT024抗原可引发识别SEQ ID NO:2的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：(a)与SEQ ID N0:2具有50%或更高的相同性（如60%、65%、 70 %,75%,80 %,85%,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID N0:2的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或更 高（如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更高）。 这些ΝΤ024蛋白包含SEQ ID NO: 2的变体，如从菌株Fil76克隆的SEQ ID NO: 50。（b)的 优选片段包含来自SEQ ID NO: 2的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 2C末端的一个或 多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个 (如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:2的至少一个 表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0043] 本发明的NT024抗原可与NT024天然的20个N末端氨基酸 (MKLKLFFHIVLLCFSLPVWA;SEQ ID N0:70)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0044] NT032 抗原
[0045] "NT032"抗原标注为"假拟蛋白"，且已标注为基因组86-028NP中的NTHI2017。测 试的菌株中最保守的结构域被描述为"细菌OB折叠（BOF)蛋白"。已从Fil76菌株中克隆 并表达了该抗原。
[0046] 有用的NT032抗原可引发识别SEQ ID NO:3的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO:3具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 3的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ032蛋白包含SEQ ID Ν0:3的变体，如从Fil76菌株克隆的SEQ ID Ν0:51。 (b)的优选片段包含来自SEQ ID NO:3的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO:3C末端的一 个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或 多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:3的至 少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0047] 本发明的NT032抗原可与NT032天然的19个N末端氨基酸 (MKKFALATIFALATTSAFA;SEQ ID N0:71)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0048] NT067 抗原
[0049] "NT067"抗原标注为ABC转运蛋白，且已提出其假拟功能类似周质寡肽结合蛋白 OppA。在菌株中86-028NP已标注为NTHI1292。已从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0050] 有用的NT067抗原可引发识别SEQ ID NO:5的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO:5具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 5的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ067蛋白包含SEQ ID NO: 5的变体，如从Fil76菌株克隆的SEQ ID NO: 52。 (b)的优选片段包含来自SEQ ID NO:5的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO:5C末端的一 个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或 多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:5的至 少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0051] 本发明的NT067抗原可与NT067天然的20个N末端氨基酸 (MQHKLLFSAIALALSYSVQA;SEQ ID N0:72)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0052] NT038 抗原
[0053] 该抗原称为Hia(流感嗜血杆菌粘附素）蛋白[11]，且已在菌株CGSHiGG_02400中 鉴定为长度282个氨基酸，但它是最初描述于菌株86-028NP或其他NTHi菌株的Hia (616 个氨基酸）的截短形式。已从R2846菌株中克隆了该抗原。
[0054] 有用的NT038抗原可引发识别SEQ ID NO:4的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:4具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:4的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ038蛋白包含SEQ ID NO: 4的变体，如SEQ ID NO: 53,其缺少最初的23个天 然N末端氨基酸和位于C末端的102个氨基酸。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO:4的 表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:4C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25或更多个）氨基酸（甚至多至102个氨基酸），和/或N末端的一个或多个（如 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、23、25 或更多个）氨基酸，而保留 SEQ ID N0:4 的至少一个 表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0055] 本发明的NT038抗原可与NT038天然的23个N末端氨基酸 (MPFQYVTEDGKTVVKVGNGYYEA;SEQ ID N0:73)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端 甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0056] NTOOl 抗原
[0057] 该抗原标注为基因组86-028NP中NTHI0877,且称为D-甲硫氨酸结合脂蛋白 MetQ。MetD是ABC转运体，编码DL甲硫氨酸摄取系统。该抗原最初公开为BASB202(28Kda) [12, 13]，并提出其作为针对NTHI的疫苗的用途。该抗原与参考文献（4)中描述的同源抗 原共有99, 63%的匹配编码，且已发现其在本发明涉及的所有菌株中具有良好的保守性。本 发明中，该抗原从Fil76菌株中克隆并表达。
[0058] 有用的NT001抗原可引发识别SEQ ID N0:6的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:6具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:6的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ001蛋白包含SEQ ID Ν0:4的变体，如SEQ ID N0:54。（b)的优选片段包含来 自SEQ ID N0:6的表位。其他优选片段缺少SEQ ID N0:6C末端的一个或多个（如1、2、3、 4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、21、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:6的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0059] 本发明的NT001抗原可与NT001天然的21个N末端氨基酸 (MKLKQLFAITAIASALVLTGC;SEQ ID N0:74)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0060] NTO16 抗原
[0061] 该抗原标注为菌株86-028即中的阶!110266，并描述为假拟脂蛋白。已从？丨176菌 株中克隆并表达了该抗原。
[0062] 有用的NT016抗原可引发识别SEQ ID NO:7的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO:7具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 7的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ016蛋白包含SEQ ID NO: 7的变体，如SEQ ID NO: 55。（b)的优选片段包含来 自SEQ ID NO: 7的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 7C末端的一个或多个（如1、2、3、 4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、19、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:7的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0063] 本发明的NT016抗原可与NT016天然的16个N末端氨基酸 (MRKIKSLALLAVAALVIGC;SEQ ID N0:75)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0064] NT052 抗原
[0065] 该抗原标注为来自PittGG菌株的CGSHiGG_00130。它是含Sell结构域蛋白家族 的一部分。已从R2846菌株中克隆了该抗原并将克隆的序列报道为SEQ ID N0:8。虽然从 R2846克隆的序列与标注为CGSHiGG_00130的序列仅有64. 16%的相同性，但已显示沿该序 列有保守的Sell结构域重复出现，用于提供有效的抗原性。该重复的共有序列是SEQ ID NO:EAVKWYRKAAEQ〇
[0066] 有用的NT052抗原可引发识别SEQ ID NO:8的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:8具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:8的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ052蛋白包含SEQ ID Ν0:8的变体，如SEQ ID N0:56。（b)的优选片段包含来 自SEQ ID N0:8的表位。其他优选片段缺少SEQ ID N0:8C末端的一个或多个（如1、2、3、 4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、11、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:8的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0067] 本发明的NT052抗原可与NT052天然的11个N末端氨基酸（MLLFILSIAWA ;SEQ ID N0:76)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需 方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0068] NT002 抗原
[0069] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI1627以及脂蛋白。已从Fil76菌株中克隆 并表达了该抗原。
[0070] 有用的NT002抗原可引发识别SEQ ID NO:9的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:9具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:9的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ002蛋白包含SEQ ID Ν0:9的变体，如SEQ ID N0:57。（b)的优选片段包含来 自SEQ ID N0:9的表位。其他优选片段缺少SEQ ID N0:9C末端的一个或多个（如1、2、3、 4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:9的至少一个表位。其它片段 省去一个或多个蛋白结构域。
[0071] 本发明的NT002抗原可与NT002天然的18个N末端氨基酸（MKVYKSFLIATASLFLFA ; SEQ ID NO: 77)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者 以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0072] 本发明的NT002抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0073] NT026 抗原
[0074] 该抗原标注为86-026NP菌株中的假拟蛋白NTHI1109。其预测为胞质膜蛋白。已 从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0075] 有用的NT026抗原可引发识别SEQ ID NO: 10的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 10具有50%或更高的相同性（如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 10的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7 或更高（如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 高）。这些NT026蛋白包含从Fil76菌株克隆的SEQ ID N0:10的变体，如SEQ ID N0:58。 (b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 10的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: IOC末端的 一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个 或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:10的 至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0076] 本发明的NT026抗原可与NT026天然的24个N末端氨基酸 (MQKGMTLVELLIGLAIISIVLNFA;SEQ ID N0:78)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端 甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0077] NT009 抗原
[0078] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI0821并且是0MP85家族蛋白的一部分。该 抗原位于细菌外膜中。已从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0079] 有用的NT009抗原可引发识别SEQ ID NO: 11的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:11具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 11的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些NT009 蛋白包含SEQIDN0:ll的变体，如从Fil76克隆的SEQIDN0:59。（b) 的优选片段包含来自SEQ ID NO: 11的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: IlC末端的一 个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或 多个（如 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、22、25 或更多个）氨基酸，而保留 SEQ ID N0:11 的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0080] 本发明的NT009抗原可与NT009天然的22个N末端氨基酸 (MNKTLLKLTALFLALNCFPAFA;SEQ ID N0:79)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0081] NT025 抗原
[0082] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI0409且属于IV型菌毛素亚基蛋白家族。已 从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0083] 有用的NT025抗原可引发识别SEQ ID NO: 12的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：(a)与SEQ ID NO: 12具有50%或更高的相同性（例如，60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 12的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些NT025 蛋白包含SEQIDN0:12的变体，如从Fil76克隆的SEQIDN0:60。（b) 的优选片段包含来自SEQ ID NO: 12的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 12C末端的一 个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或 多个（如 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、23、25 或更多个）氨基酸，而保留 SEQ ID N0:12 的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0084] 本发明的NT025抗原可与NT025天然的23个N末端氨基酸 (MKLTTQQTLKKGFTLIELMIVIA;SEQ ID N0:80)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端 甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0085] NT028 抗原
[0086] 该抗原标注为86-026即菌株中的阶'!111954以及脂蛋白犯？(：。已从？丨176菌株中 克隆并表达了该抗原。
[0087] 有用的NT028抗原可引发识别SEQ ID NO: 13的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:13具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 13的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些NT028 蛋白包含SEQIDN0:13的变体，如从Fil76克隆的SEQIDN0:61。（b) 的优选片段包含来自SEQ ID NO: 13的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 13C末端的一 个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或 多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:13的至 少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0088] 本发明的NT028抗原可与NT028天然的21个N末端氨基酸 (MLKRILVIIGLAVLATACSNA;SEQ ID N0:81)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0089] 本发明的NT028抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0090] NT029 抗原
[0091] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI0371以及血红素/血液结合素结合蛋白A， 属于外膜蛋白家族。已从R2846菌株中克隆并表达了该抗原。
[0092] 有用的NT029抗原可引发识别SEQ ID NO: 14的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:14具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 14的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ029蛋白包含SEQ ID Ν0:14的变体，如从R2846菌株克隆的SEQ ID Ν0:62。 (b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 14的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 14C末端的 一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个 或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:14的 至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0093] 本发明的NT029抗原可与NT029天然的21个N末端氨基酸 (MYKLNVISLIILTTYTGATYA;SEQ ID N0:82)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0094] NT031 抗原
[0095] 该抗原标注为86-026NP菌株中的饥饿诱导外膜脂蛋白NTHI0509。已从R2846菌 株中克隆并表达了该抗原。
[0096] 有用的NT031抗原可引发识别SEQ ID NO: 15的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:15具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 15的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或 更多）。这些ΝΤ031蛋白包含SEQ ID NO: 15的变体，如从R2846菌株克隆并表达的SEQ ID N0:63。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 15的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 15C 末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端 的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、18、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO: 15的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0097] 本发明的NT031抗原可与NT031天然的18个N末端氨基酸（MKGKITLFFTALCFGLTG ; SEQ ID NO:83)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者 以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0098] 本发明的NT031抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0099] NT015 抗原
[0100] 该抗原标注为86-026NP菌株中的不透明相关蛋白OapB NTHI0449。已从Fil76菌 株中克隆并表达了该抗原。
[0101] 有用的NT015抗原可引发识别SEQ ID NO: 16的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:16具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 16的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ015蛋白包含SEQ ID Ν0:16的变体，如从Fil76克隆并表达的SEQ ID Ν0:64。 (b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 16的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 16C末端的 一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个 或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:16的 至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0102] 本发明的NT015抗原可与NT015天然的17个N末端氨基酸（MLKKTSLIFTALLLAGC ; SEQ ID NO: 84)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者 以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0103] NT023 抗原
[0104] 该抗原标注为86-026NP菌株中的外膜脂蛋白PCP，NTHI1473。已从Fi 176菌株中 克隆并表达了该抗原。
[0105] 有用的NT023抗原可引发识别SEQ ID NO: 17的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:17具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 17的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或 更多）。这些ΝΤ023蛋白包含SEQ ID NO: 17的变体，如从菌株Fil76克隆并表达的SEQ ID NO:65。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 17的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 17C 末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末 端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO: 17的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0106] 本发明的NT023抗原可与NT023天然的20个N末端氨基酸 (MKKTNMALALLVAFSVTGCA;SEQ ID N0:85)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0107] 本发明的NT023抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0108] NT100 抗原
[0109] 该抗原标注为"推定的氧肟酸盐型含铁细胞受体"且在NCBI中是来自菌株3655的 gi-145633184。已从R246菌株中克隆了该抗原。
[0110] 有用的NT100抗原可引发识别SEQ ID NO: 18的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:18具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 18的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ100蛋白包含SEQ ID NO: 18的变体，如SEQ ID N0:66。（b)的优选片段包含 来自SEQ ID NO: 18的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 18C末端的一个或多个（如1、 2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、 4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:18的至少一个表位。其 它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0111] 本发明的NT100抗原可与NT100天然的30个N末端氨基酸 (MDLGPIYNTRDINDGKVINIDNPNYTNPVA;SEQ ID N0:86)或者替代的 N末端序列（例如简单的 N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表 达。
[0112] NT040 抗原
[0113] 该抗原标注为86-026NP菌株中的假拟蛋白NTHI1110。已从R2846菌株中克隆并 表达了该抗原。
[0114] 有用的NT040抗原可引发识别SEQ ID NO: 19的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:19具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 19的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ040蛋白包含SEQ ID NO: 19的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 19 的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:19C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO: 19的至少一个表位。其它片段省去一个或 多个蛋白结构域。
[0115] 本发明的NT040抗原可与NT040天然的26个N末端氨基酸 (MMKTLLKGQTLLALMISLTLSSLLLL;SEQ ID N0:87)或者替代的N末端序列（例如简单的N末 端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0116] NT048 抗原
[0117] 该抗原标注为菌株86-028NP中的NTHI1169。已从R2846菌株中克隆并表达了该 抗原。
[0118] 有用的NT048抗原可引发识别SEQ ID NO: 20的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO:20具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 20的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ048蛋白包含SEQ ID NO: 20的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 20 的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:20C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO: 20的至少一个表位。其它片段省去一个或 多个蛋白结构域。
[0119] 本发明的NT048抗原可与NT048天然的18个N末端氨基酸（MKSVPLITGGLSFLLSAC ; SEQ ID NO:88)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者 以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0120] NT053 抗原
[0121] 该抗原标注为R2846菌株中的gi-145628236并已从所述菌株中克隆。
[0122] 有用的NT053抗原可引发识别SEQ ID NO: 21的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:21具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 21的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ053蛋白包含SEQ ID NO: 21的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 21 的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:21C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:21的至少一个表位。其它片段省去一个或 多个蛋白结构域。
[0123] 本发明的NT053抗原可与NT053天然的N末端Met或者替代的N末端序列（例如 Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0124] NT066 抗原
[0125] 该抗原标注为NP86-028菌株中的NTHI1230且定位于细菌的周质中。已从Fil76 菌株中克隆并表达了该抗原。
[0126] 有用的NT066抗原可引发识别SEQ ID NO: 22的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO:22具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 22的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些NT066蛋白包含SEQ ID N0:22的变体，如SEQ ID N0:67。（b)的优选片段包含 来自SEQ ID NO: 22的表位。其他优选片段缺少SEQ ID NO: 22C末端的一个或多个（如1、 2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、 4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25、27、30、33或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:22的至少一个 表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0127] 本发明的NT066抗原可与NT066天然的33个N末端氨基酸（MIQYLRFVWILIIILNF LLNLFITTNGVIIVNA;SEQ ID N0:90)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、 或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0128] NT097 抗原
[0129] 该抗原标注为NP86-028菌株中的NTHI0522并描述为预测存在于外膜环境中的长 链脂肪酸FadL样转移蛋白。已从R2846菌株中克隆并表达了该抗原。
[0130] 有用的NT097抗原可引发识别SEQ ID NO: 23的抗体（例如，在给予人时）和/或 可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO:23具有50%或更高的相同性（例如60%、65%、 70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 23的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）。这些ΝΤ097蛋白包含SEQ ID NO: 23的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 23 的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:23C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或自N末端的一个或多个（如1、2、23、4、5、6、7、8、9、 10、15、20、22、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:23的至少一个表位。其它片段省去 一个或多个蛋白结构域。
[0131] 本发明的NT097抗原可与NT097天然的22个N末端氨基酸 (MKKFNQSILATAMLLAAGGANA;SEQ ID N0:91)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0132] NT004 抗原
[0133] 该抗原标注为外膜环境中来自菌株PittGG的假拟蛋白CGSHiGG_08215。已从Fi 176菌株中克隆并表达了该抗原。
[0134] 有用的NT004抗原可引发识别SEQ ID NO: 122的抗体（例如，在给予人时）和/ 或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 122具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 122的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ004蛋白包含SEQ ID NO: 122的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 122的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 122C末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或自N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、 7、8、9、10、15、20、22、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:122的至少一个表位。其 它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0135] 本发明的NT004抗原可与NT004天然的20个N末端氨基酸 (MKKKNQILVSLSIVALLGGC;SEQ ID N0:125)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0136] NT014 抗原
[0137] 该抗原标注为来自菌株Rd KW20的假拟蛋白HI1658。已从Fi 176菌株中克隆并表 达了该抗原。
[0138] 有用的NT014抗原可引发识别SEQ ID NO: 123的抗体（例如，在给予人时）和/ 或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 123具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 123的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ014蛋白包含SEQ ID NO: 123的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 123的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 123C末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或自N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、 7、8、9、10、15、20、22、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:123的至少一个表位。其 它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0139] 本发明的NT014抗原可与NT014天然的22个N末端氨基酸 (MTLSPLKKLAILLGATIFLQGC ;SEQ ID NO: 126)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端 甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0140] NT022 抗原
[0141] 该抗原标注为来自菌株NP86-028的NTHI0830并鉴定为可能的外膜抗原脂蛋白B。 已从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。还发现该抗原含有LytM催化结构域并且是表面 暴露和分泌的。
[0142] 有用的NT022抗原可引发识别SEQ ID NO: 124的抗体（例如，在给予人时）和/ 或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 124具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO: 124的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ022蛋白包含SEQ ID NO: 124的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 124的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 124C末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或自N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、 7、8、9、10、15、20、22、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:124的至少一个表位。其 它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0143] 本发明的NT022抗原可与NT022天然的18个N末端氨基酸（MKKSFLLLPLSLVVLSAC ; SEQ ID NO: 127)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或 者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0144] 第二抗原组
[0145] 抗原 P48
[0146] P48多肽在文献中标注为Na(+)_易位NADH-醌还原酶亚基A。出于参比目的，P48 的全长氨基酸序列在本文中称为SEQ ID NO: 24。
[0147] 本发明所用的优选P48多肽包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 24具有50% 或更高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高），例如90%或更高的相同性，或者95%或更高 的相同性，或者99%或更高的相同性；和/或（b)包含SEQ ID NO:24的至少'η'个连续氨 基酸的片段，其中 'η' 是 7 或更多（例如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、 80、90、100、150、200、250或更多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更 多）。这些Ρ48多肽包含SEQ ID NO:24的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO:24的 表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:24C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、 20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:24的至少一个表位。其它片段省去一个或多 个蛋白结构域。
[0148] 理想情况下，本发明的P48抗原不具有P48天然的25个N末端氨基酸 (MITIKKGLDLPIAGKPAQVIHSGNA;SEQ ID N0:92)，因此其应与替代的N末端序列（例如简单 的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同 表达。
[0149] 根据本发明，P48抗原可优选与本文所述的抗原HtrA、PE、P26、PHiD和/或P6中 的一个或多个（例如1、2或3个）组合，具体而言例如与HtrA组合。
[0150] 抗原 HtrA
[0151] HtrA多肽在文献中标注为周质丝氨酸蛋白酶do/HhoA样前体，并描述为热休克蛋 白或伴侣蛋白。出于参比目的，HtrA的全长氨基酸序列在本文中称为SEQ ID NO: 25。
[0152] 本发明所用的优选HtrA多肽包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 25具有50% 或更高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高），例如90%或更高的相同性，或者95%或更高 的相同性，或者99%或更高的相同性；和/或（b)包含SEQ ID NO:25的至少'η'个连续氨 基酸的片段，其中 'η' 是 7 或更多（例如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、 80、90、100、150、200、250或更多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更 多）。这些HtrA多肽包含SEQ ID Ν0:25的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID Ν0:25 的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:25C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO: 25的至少一个表位。其它片段省去一个或 多个多肽结构域。
[0153] 理想情况下，本发明的HtrA抗原不具有HtrA天然的26个N末端氨基酸 (MKKTRFVLNSIALGLSVLSTSFVAQA;SEQ ID N0:93)，因此其应与替代的N末端序列（例如简单 的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同 表达。
[0154] 根据本发明，HtrA抗原可优选与本文所述的抗原P48、PE、P26、P6和/或PHiD中 的一个或多个（例如1、2或3个）组合，具体而言例如与P48组合。
[0155] 抗原 PE
[0156] PE多肽标注为脂蛋白-玻璃体结合蛋白，或结合IgD并作为2型肺泡细胞的粘附 齐[J。出于参比目的，PE的全长氨基酸序列在本文中称为SEQ ID NO: 26。
[0157] 本发明所用的优选PE多肽包含以下氨基酸序列：(a)与SEQ ID NO :26具有50% 或更高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高），例如90%或更高的相同性，或者95%或更高 的相同性，或者99%或更高的相同性；和/或（b)包含SEQ ID NO:26的至少'η'个连续氨 基酸的片段，其中 'η' 是 7 或更多（例如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、 80、90、100、150或更多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更多）。这些 PE多肽包括SEQ ID NO:26的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID NO:26的表位。其它 优选片段缺少SEQ ID N0:26C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或 更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多 个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:26的至少一个表位。其它片段省去一个或多个多肽结构域。
[0158] 理想情况下，本发明的PE抗原不具有PE天然的16个N末端氨基酸 (MKKIILTLSLGLLTAC;SEQ ID N0:94)，因此其应与替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0159] 根据本发明，PE抗原可优选与本文所述的抗原P48、HtrA、P26、P6和/或PHiD中 的一个或多个（例如1、2或3个）组合。
[0160] 抗原 P26
[0161] P26多肽也称为外膜蛋白26。该抗原标注为Skp蛋白家族的成员，其推定的功能是 外膜蛋白的移位[5]。出于参比目的，P26的全长氨基酸序列在本文中称为SEQ ID N0:27。
[0162] 本发明所用的优选P26多肽包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO :27具有50 % 或更高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高），例如90%或更高的相同性，或者95%或更高 的相同性，或者99%或更高的相同性；和/或（b)包含SEQ ID NO:27的至少'η'个连续氨 基酸的片段，其中 'η' 是 7 或更多（例如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、 80、90、100、150或更多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更多）。这些 Ρ26多肽包含SEQ ID Ν0:27的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID Ν0:27的表位。其 它优选片段缺少SEQ ID N0:27C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25 或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更 多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:27的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构 域。
[0163] 根据本发明，P26抗原可优选与本文所述的抗原P48、HtrA、PE、PHiD和/或P6中 的一个或多个（例如1、2或3个）组合，具体而言可与本文所述的P48、HtrA和或PE中的 部分或全部组合。
[0164] PHiD 抗原
[0165] PHiD抗原也称为"蛋白D"并主要用作糖偶联物NTHi疫苗方法中的运载蛋白[95]。 已从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0166] 本发明所用的优选PHiD多肽包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 28具有50% 或更高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高），例如90%或更高的相同性，或者95%或更高 的相同性，或者99%或更高的相同性；和/或（b)包含SEQ ID NO:28的至少'η'个连续氨 基酸的片段，其中 'η' 是 7 或更多（例如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、 80、90、100、150或更多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更多）。这些 PHiD多肽包含SEQ ID ΝΟ:28的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID ΝΟ:28的表位。其 它优选片段缺少SEQ ID NO:28C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25 或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更 多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:28的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构 域。
[0167] 本发明的PhiD抗原可与PhiD天然的18个N末端氨基酸（MKLKTLALSLLAAGVLAG ; SEQ ID NO: 95)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者 以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0168] 根据本发明，PHiD抗原可优选与本文所述的抗原P48、HtrA、PE、P26和/或P6中 的任意一个或多个（例如1、2或3个）组合。
[0169] 本发明的PhiD抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0170] P6 抗原
[0171] P6抗原也称为OMP 6(外膜蛋白6) [14]。已从Fil76菌株中克隆并表达了该抗原。
[0172] 本发明所用的优选P6多肽包含以下氨基酸序列：(a)与SEQ ID NO: 29具有50% 或更高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高），例如90%或更高的相同性，或者95%或更高 的相同性，或者99%或更高的相同性；和/或（b)包含SEQ ID NO:29的至少'η'个连续氨 基酸的片段，其中 'η' 是 7 或更多（例如 8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、 80、90、100、150或更多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更多）。这些 Ρ6多肽包含SEQ ID Ν0:29的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID Ν0:29的表位。其它 优选片段缺少SEQ ID N0:29C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或 更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多 个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:29的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0173] 本发明的P6抗原可与P6天然的19个N末端氨基酸（MNKFVKSLLVAGSVAALAA ;SEQ ID N0:96)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所 需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0174] 根据本发明，P6抗原可优选与本文所述的抗原P48、HtrA、PE、P26和/或PHiD中 的任意一个或多个（例如1、2或3个）组合。
[0175] 本发明的P6抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0176] 第三抗原组
[0177] NT013 抗原
[0178] "NT013"抗原标注为包含TPR重复的蛋白，且还标注为细胞色素 c成熟血红素裂解 酶亚基CcmH2。其已公开为菌株86-028NP中的NTHI0532。NT013已标注为属于金属蛋白酶 蛋白家族且其具有LytM催化结构域。
[0179] 有用的NT013抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 30 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:30具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:20的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ013蛋白包括SEQ ID NO: 30的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:30的表位。其他优选片段缺少SEQ ID N0:30C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、30、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:30的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0180] 本发明的NT013抗原可与NT013天然的42个N末端氨基酸（MPVQHVKLARDRRKKRT HKVGVFFVAILLILTGILLTIKDK;SEQ ID N0:97)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端 甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0181] NT106 抗原
[0182] "NT106"抗原标注为脂蛋白，且已公开为基因组86-028NP中的
[0183] NTHI0363。
[0184] 有用的NT106抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 31 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:31具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO:31的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ106蛋白包括SEQ ID NO: 31的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:31的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:31C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:31的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0185] 本发明的NT106抗原可与NT106天然的17个N末端氨基酸（MKKIILNLVTAIILAGC ; SEQ ID NO: 98)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者 以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0186] 本发明的NT106抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0187] NT107 抗原
[0188] "NT107"抗原标注为"血红素/血液结合素结合蛋白B"，且已公开为基因组 86-028NP 中的 NTHI0370。
[0189] 有用的NT107抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 32 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:32具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:20的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ107蛋白包括SEQ ID NO: 32的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:32的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:32C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:32的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0190] 本发明的NT107抗原可与NT107天然的28个N末端氨基酸 (MKMRPRYSVIASAVSLGFVLSKSVMALG;SEQ ID N0:99)或者替代的 N 末端序列（例如简单的 N 末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表 达。
[0191] NT108 抗原
[0192] "NT108"抗原标注为胞壁质转糖苷酶A脂蛋白。在菌株86-028NP中已标注为 NTHI0205。
[0193] 有用的NT108抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 33 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:33具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO:33的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ108蛋白包括SEQ ID NO: 33的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:33的表位。其他优选片段缺少SEQ ID N0:33C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:33的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0194] 本发明的NT108抗原可与NT108天然的24个N末端氨基酸 (MSVCKPFWFKTFSISIITALLVSC ;SEQ ID NO: 100)或者替代的N末端序列（例如简单的N末 端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0195] 本发明的NT108抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0196] NT109 抗原
[0197] 该抗原标注为硝酸盐/亚硝酸盐传感蛋白NarQ并已鉴定为86-028NP菌株中的 NTHI0374并发现在所分析的菌株中保守。
[0198] 有用的NT109抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 34 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:34具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包含SEQ ID NO:20的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ109蛋白包括SEQ ID NO: 34的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:34的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:34C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:34的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0199] 本发明的NT109抗原可与NT109天然的33个N末端氨基酸（MYTKGSVSTRIAKYLFII LIVAGVISSLSLAM;SEQ ID N0:101)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、 或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0200] NTllO 抗原
[0201] 该抗原已标注为基因组86-028NP中的NTHI0579并称为推定的溶血TlyC。已发现 该抗原与外膜相关联。
[0202] 有用的NTllO抗原可引发识别SEQ ID NO:35的抗体（例如，在给予人时）。
[0203] (b)的优选片段包含来自SEQ ID NO: 35的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 35C 末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末 端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:35的至少一个表位。其它片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0204] 本发明的NTllO抗原可与NTllO天然的30个N末端氨基酸 (^OMEL--TILAIVALILSSAVVSSAEISLA ;SEQIDN0:102)或者替代的N末端序列（例如简单 的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同 表达。
[0205] NTlll 抗原
[0206] 该抗原标注为菌株86-028NP中的NTHI0837,并描述为假拟脂蛋白。
[0207] 有用的NTlll抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 36 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:36具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO:36的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些NTlll蛋白包括SEQ ID NO: 36的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:36的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:36C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:36的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0208] 本发明的NTlll抗原可与NTlll天然的19个N末端氨基酸 (MKKTLVAALISSVILLTGC;SEQ ID N0:103)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0209] 本发明的NTllO抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0210] NTl 12 抗原
[0211] 该抗原已标注为来自NP86-028菌株的NTHI0849。其标注为VacJ脂蛋白。
[0212] 有用的NT112抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 37 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:37具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO:37的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ112蛋白包括SEQ ID NO: 37的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:37的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:37C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:37的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0213] 本发明的NT112抗原可与NT112天然的19个N末端氨基酸 (MKTKVILTALLSAIALTGC;SEQ ID N0:104)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0214] 本发明的NTl 12抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0215] NTl 13 抗原
[0216] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI0921以及脂蛋白。
[0217] 有用的NT113抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 38 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:38具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO:38的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ113蛋白包括SEQ ID NO: 38的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:38的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:38C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:38的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0218] 本发明的NT113抗原可与NT113天然的16个N末端氨基酸（MKKYLLLALLPFLYAC ; SEQ ID NO: 105)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或 者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0219] 本发明的NTl 13抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0220] NTl 14 抗原
[0221] 该抗原标注为可溶性裂解性胞壁质转糖苷酶蛋白以及86-026NP菌株中的 NTHI0995。
[0222] 有用的NTl 14抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 39 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:39具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO:39的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ114蛋白包括SEQ ID NO: 39的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:39的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:39C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:39的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0223] 本发明的NT114抗原可与NT114天然的19个N末端氨基酸 (MKKVALISLCIFTALSAFA;SEQ ID N0:106)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0224] NTl 15 抗原
[0225] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI1091以及推定的LptE脂蛋白。其定位在 胞外环境中。
[0226] 有用的NT115抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID N0:40 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:40具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID N0:40的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ115蛋白包括SEQ ID Ν0:40的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:40的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:40C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:40的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0227] 本发明的NT115抗原可与NT115天然的35个N末端氨基酸（MKYLHFTRPTIKVIFMI NSIKTLLLIATLAILSAC;SEQ ID N0:107)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨 酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0228] 本发明的NTl 15抗原可以是脂蛋白，例如在N末端半胱氨酸处脂化。
[0229] NTl 16 抗原
[0230] 该抗原描述为86-026NP菌株中的NTHI1169且属于转铁蛋白结合蛋白家族。
[0231] 有用的NT116抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID N0:41 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:41具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID N0:41的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ116蛋白包括SEQ ID Ν0:41的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:41的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:41C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:41的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0232] 本发明的NT116抗原可与NT116天然的18个N末端氨基酸（MKSVPLITGGLSFLLSAC ; SEQ ID NO: 108)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或 者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0233] NTl 17 抗原
[0234] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI1208以及推定的转谷氨酰胺酶。其定位于 外膜中。
[0235] 有用的NT117抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID N0:42 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:42具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID N0:42的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ117蛋白包括SEQ ID Ν0:42的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:42的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:42C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID N0:42的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0236] 本发明的NT117抗原可与NT117天然的19个N末端氨基酸 (MKKLIAVAVFSACGSLAHA;SEQ ID N0:109)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫 氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0237] NTl 18 抗原
[0238] 该抗原标注为86-026NP菌株中的NTHI1318以及假拟蛋白。
[0239] 有用的NT118抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID N0:43 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:43具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID N0:43的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ118蛋白包括SEQ ID Ν0:43的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:43的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:43C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:43的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0240] 本发明的NT118抗原可与NT118天然的18个N末端氨基酸（MNIRWNVILGVIALCALA ; SEQ ID NO: 110)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或 者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0241] NTl 19 抗原
[0242] 该抗原标注为86-028NP菌株中的NTHI1565假拟蛋白。
[0243] 有用的NT119抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 114 和/或可包含以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 114具有50%或更高的相同性（例如 60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%、99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO: 114的至少'η'个连续氨基酸的片段，其 中 'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、 200、250或更多）。这些NT119蛋白包括SEQ ID NO: 114的变体。（b)的优选片段包含来自 SEQ ID NO: 114的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 114C末端的一个或多个（如1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:114的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0244] 本发明的NT119抗原可与NT119天然的26个N末端氨基酸 (MRFTKTLFTTALLGASIFSFQSTAWA;SEQ ID N0:118)或者替代的N末端序列（例如简单的N末 端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0245] NT120 抗原
[0246] 该抗原标注为86-028NP菌株中的NTHI1569假拟蛋白。
[0247] 有用的NT120抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 115 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 115具有50%或更高的相同性（例如 60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%、99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO: 115的至少'η'个连续氨基酸的片段，其 中 'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、 200、250 或更多）。这些NT120蛋白包括SEQIDN0:115的变体。（b)的优选片段包含来自 SEQ ID NO: 115的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 115C末端的一个或多个（如1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:115的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0248] 本发明的NT120抗原可与NT120天然的26个N末端氨基酸 (MKLTKTLLTTALFGASVFSFQSTAWA;SEQ ID N0:119)或者替代的N末端序列（例如简单的N末 端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0249] NT121 抗原
[0250] 该抗原标注为86-028NP菌株中的NTHI1571假拟蛋白。
[0251] 有用的NT121抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 116 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 116具有50%或更高的相同性（例如 60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%、99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO: 116的至少'η'个连续氨基酸的片段，其 中 'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、 200、250 或更多）。这些NT121蛋白包括SEQIDN0:116的变体。（b)的优选片段包含来自 SEQ ID NO: 116的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 116C末端的一个或多个（如1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:116的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0252] 本发明的NT121抗原可与NT121天然的26个N末端氨基酸 (MKLTKTLLTTALLGASVFSFQSTAWA;SEQ ID N0:120)或者替代的N末端序列（例如简单的N末 端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0253] NT122 抗原
[0254] 该抗原标注为86-028NP菌株中的NTHI1667假拟蛋白。
[0255] 有用的NT122抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 117 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 117具有50%或更高的相同性（例如 60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%、99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO: 117的至少'η'个连续氨基酸的片段，其 中 'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、 200、250 或更多）。这些NT122蛋白包括SEQIDN0:117的变体。（b)的优选片段包含来自 SEQ ID NO: 117的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 117C末端的一个或多个（如1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0:117的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0256] 本发明的NT122抗原可与NT122天然的23个N末端氨基酸 (MEKMKKLTLALVLGSALAVTGC;SEQ ID N0:121)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端 甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0257] NT123 抗原
[0258] 该抗原标注为86-026NP菌株中的锌蛋白酶NTHI1796。
[0259] 有用的NT123抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID N0:44 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:44具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID N0:44的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ123蛋白包括SEQ ID Ν0:44的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:44的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:44C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:44的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0260] 本发明的NT123抗原可与NT123天然的17个N末端氨基酸（MKKTTALFLLIFSLIAC ; SEQ ID N0:111)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或 者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0261] NT124 抗原
[0262] 该抗原标注为86-026NP菌株中的假拟蛋白NTHI1930。
[0263] 有用的NT124抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID N0:45 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID N0:45具有50%或更高的相同性（例如60%、 65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 %, 99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID N0:45的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、 250或更多）。这些ΝΤ124蛋白包括SEQ ID Ν0:45的变体。（b)的优选片段包含来自SEQ ID N0:45的表位。其它优选片段缺少SEQ ID N0:45C末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、 6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQ ID NO:45的至少一个表位。其它片段省 去一个或多个蛋白结构域。
[0264] 本发明的NT124抗原可与NT124天然的22个N末端氨基酸 (MKKSKIAAGVVISLAAVWCAGA;SEQ ID N0:89)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0265] NT061 抗原
[0266] 该抗原标注为86-026NP菌株中的存活蛋白SurA样蛋白NTHI0588。
[0267] 有用的NT061抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 128 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 128具有50%或更高的相同性（例如 60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%、99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO: 128的至少'η'个连续氨基酸的片段，其 中 'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、 200、250 或更多）。这些NT061蛋白包括SEQIDN0:128的变体。（b)的优选片段包含来自 SEQ ID NO: 128的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 128C末端的一个或多个（如1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0 :128的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0268] 本发明的NT061抗原可与NT061天然的27个N末端氨基酸 (MKMKKFILKSFLLATLGCVAFTSMAQA;SEQ ID N0:129)或者替代的 N 末端序列（例如简单的 N 末端甲硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表 达。
[0269] NT017 抗原
[0270] 该抗原标注为86-026NP菌株中的存活蛋白SurA样蛋白NTHI0915。
[0271] 有用的NT017抗原可引发抗体（例如，在给予人时），所述抗体识别SEQ ID NO: 130 和/或可包括以下氨基酸序列：（a)与SEQ ID NO: 130具有50%或更高的相同性（例如 60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%、99. 5%或更高）；和/或（b)包括SEQ ID NO: 130的至少'η'个连续氨基酸的片段，其 中 'η' 是 7 或更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、 200、250 或更多）。这些NT017蛋白包括SEQIDN0:130的变体。（b)的优选片段包含来自 SEQ ID NO: 130的表位。其它优选片段缺少SEQ ID NO: 130C末端的一个或多个（如1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸和/或N末端的一个或多个（如1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多个）氨基酸，而保留SEQIDN0 :130的至少一个表位。其它 片段省去一个或多个蛋白结构域。
[0272] 本发明的NT017抗原可与NT017天然的20个N末端氨基酸 (MLRFGVNQKTSLLLTALLSC;SEQ ID N0:131)或者替代的N末端序列（例如简单的N末端甲 硫氨酸、或者Met-Ala-、或者以所需方式靶向或运输表达的蛋白的前导肽）共同表达。
[0273] 杂交多肽
[0274] 本发明使用的多肽可单独表达或在单独的多肽链上独立表达。或者，本发 明使用的两种或多种多肽也可作为单个多肽链（"杂交"多肽）进行表达。杂交多 肽可以通式NH 2-A- {-X-L-} n-B-C00H表示，其中：A是任选的N末端氨基酸序列；B是 任选的C末端氨基酸序列；η是2或更大的整数（如2、3、4、5、6等）；至少一个1是 本发明的抗原的氨基酸序列（如上文所述）；且L是任选的接头氨基酸序列。根据 本发明，例如，各X n可包含选自下组的抗原的氨基酸序列：（I) ΝΤΗΙ0915 (ΝΤ018)、（2) NTHI1416(NT024)、（3)NTHI2017(NT032)、（4)CGSHiGG_02400(NT038，但该抗原不 在优选之列）、（5)NTHI1292(NT067)、（6)NTHI0877(NT001)、（7)NTHI0266(NT016)、 (8)CGSHiGG_00130 (NT052) , (9)NTHI1627 (NT002) , (10)NTHI1109(NT026) , (11) NTHI082KNT009), (12) NTHI0409 (NT025), (13) NTHI1954 (NT028), (14) NTHI0371 (NT029), (15) NTHI0509 (NT031) , (16) NTHI0449 (ΝΤΟ 15) , (17) NTHI1473 (NT023) , (18) gi-145633184 (NTlOO), (19)NTHI1110(NT040) , (20)gi-46129075 (NT048), (21) gi-145628236(NT053), (22) NTHI1230(NT066), (23)NTHI0522(NT097), (24)P48(NTHI0254, &SlSNT007)、（25)HtrA(NTHI1905，&SlSNT006)、（26)PE(NTHI0267，&SlS NT035)、（27)P26(NTHI0501，也定义为 NT010)、（28)PHiD(NTHI0811，也定义为 NT080)、 (29)P6(NTHI0501，也定义为 NT081)、（30)NT013、（31)NT106、（32)NT107、（33)NT108、（34) NT109、（35)NT110、（36)NT111、（37)NT112、（38)NT113、（39)NT114、（40)NT115、（41)NT116、 (42)NT117、（43)NT118、（44)NT119、（45)NT120、（46)NT121、（47)、NT122、（48)NT123、（49) NT124 ; (50) NT004 ; (51) NT014 ; (52) NT022 (也标注为 NTHI0830) ; (53) NT016 (也标注为 NTHI0266)〇
[0275] 根据本发明，Xn可包括两种或多种抗原的氨基酸序列，所述抗原选自"第一抗原 组"所列任意抗原和"第二抗原组"所列任意抗原组成的组。各乂"可以是本发明的抗原组 合中的抗原的氨基酸序列（如上文所述）。在某些实施方式中，η是2。当η是2时，按照 本发明还可使用任何两种上述抗原的组合。例如，当η是3时，本发明中可使用任何三种上 述抗原的组合。通常，两个或多个乂"可以是同一抗原，或者当η是2、3或4时，各X n可以是 不同的抗原。当两个或多个Xn是同一抗原的序列时，所述两个或多个Xn可具有相同多肽序 列或不同多肽序列，例如可以是给定抗原的不同变体或片段，如上文所述。
[0276] 当这些抗原定义为（a)与给定的序列有50%或更高相同性（例如，60%、65%、 70%,75 %,80%,85 %,90%,91 %,92%,93 %,94%,95 %,96%,97 %,98%,99 %,99. 5% 或更高）；和/或（b)包含给定的序列的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多）时，对于各X而言，（a)中的相同性水平和（b)中'η'的值可以是相同的。
[0277] 在杂交蛋白中可以包括或缺少各-X-部分的野生型中的前导肽序列。在一些实施 方式中，前导肽可缺失，除非-X-部分位于杂交蛋白的N-末端，即保留X 1的前导肽，但略去 Xf-Xn的前导肽。这相当于删除所有前导肽并使用X1的前导肽作为-A-部分。
[0278] 在{-X-L-}的各个η值的情况下，接头氨基酸序列-L-可存在或不存在。例 如，当 η = 2 时，杂交体可以是 NH2-X1-L1-X2-L2-COOl NH2-X1-X2-COOl NH2-X1-L1-X2-COOl NH 2-X1-X2-L2-COOH等。接头氨基酸序列-L- 一般较短（如20个或更少个氨基酸，即20、19、 18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1 个）。示例包括有利于克隆的短肽序 列，聚-甘氨酸接头（即包含Glyn，其中η = 2、3、4、5、6、7、8、9、10或更大），和组氨酸标签 (即Hisn，其中11 = 3、4、5、6、7、8、9、10或更大）。本领域技术人员显然了解其它合适的接头 氨基酸序列。有用的接头是 GSGGGG(SEQ ID Ν0:46)或 GSGSGGGG(SEQ ID N0:47)，Gly-Ser 二肽由BamHI限制位点形成，因而有助于克隆和操作，（Gly)4四肽是常用的多聚甘氨酸接 头。其他合适接头，尤其是用作最后L n的接头，是Leu-Glu二肽。
[0279] -A-是任选的N末端氨基酸序列。其一般较短（如40个或更少个氨基酸，即40、 39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、 14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1个）。例子包括指导蛋白运输的前导序列，或有利于 克隆或纯化的短肽序列（例如组氨酸标签，即His n，其中η = 3、4、5、6、7、8、9、10或更多）， 如SEQ ID Ν0:48。其它合适的N-末端氨基酸序列对于本领域技术人员来说是显而易见的。 如果X1缺少其自身的N末端甲硫氨酸，-A-优选是提供N末端甲硫氨酸的寡肽（例如，具有 1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸），如Met-Ala-Ser或单个Met残基。
[0280] -B-是任选的C末端氨基酸序列。其一般较短（如40个或更少个氨基酸，即39、 38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、 13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1个）。示例包括指导蛋白运输的前导序列、有利于克隆或 纯化的短肽序列（例如包含组氨酸标签，即His n，其中n = 3、4、5、6、7、8、9、10或更大，例如 SEQ ID N0:68)，或增强蛋白稳定性的序列。其它合适的C末端氨基酸序列对于本领域技术 人员来说是显而易见的。
[0281] 菌株和变体
[0282] 抗原在上文中依据文献中的命名规范定义，例如"NTHI"编号（来自菌株86-028NP 的基因组）或CGSHiGG编号（来自菌株PittGG的基因组）。参考文献15中较详细地解释 了这类规范（具体是表1)。本文中表V将现有的命名与本文使用的"NT"命名关联。因此， 可在指定菌株的公共序列数据库中容易地找到本发明的任何抗原的示例性氨基酸和核苷 酸序列（以及其他信息，如功能标注），但本发明不限于来自86-028NP、3655或PittGG菌株 的序列。可以使用几种其他NTHI菌株的基因组序列（再次参见参考文献15的表1)。可 使用标准的搜索和比对技术在这些（或其他）基因组序列中鉴定本文中提供的任意特定序 列的同源物。而且，可使用的序列可用于设计引物扩增来自其他菌株的同源序列。因此，本 发明不限于这些特定序列，而是可以包括来自其他NTHI菌株的这类变体和同源物，以及非 天然变体。通常，特定SEQ ID NO的合适变体包括其等位基因变体、其多态性形式、其同源 物、其直系同源物、其旁系同源物、其突变体等。例如，SEQ ID No:49、52、54、55、57-59、64、 65和67包括下文所述的突变。
[0283] 因此，例如，与本文中的SEQ ID NO相比，本发明所用多肽可包括一个或多个（如 1、2、3、4、5、6、7、8、9等）氨基酸取代，如保守取代（即用具有相关侧链的另一氨基酸取代 某氨基酸）。遗传编码的氨基酸通常分为四类：（1)酸性，即天冬氨酸、谷氨酸；（2)碱性， 即赖氨酸、精氨酸、组氨酸；（3)非极性，即丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙 氨酸、甲硫氨酸、色氨酸；和（4)不带电的极性氨基酸，即甘氨酸、天冬酰胺、谷胺酰胺、胱氨 酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸。有时将苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸一起归类为芳族氨基酸。通 常，这些家族中的单个氨基酸的取代不会对生物活性产生重要影响。相对于SEQ ID NO序 列，多肽还可包含一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9等）单个氨基酸的缺失。相对于SEQ ID NO序列，多肽也可包含一个或多个（如1、2、3、4、5、6、7、8、9等）插入（如各1、2、3、4或 5个氨基酸）。
[0284] 类似地，本发明所用多肽可包含具有以下特征的氨基酸序列：
[0285] (a)与序列表公开的某一序列相同（即100%相同）；
[0286] (b)与序列表公开的某一序列具有序列相同性（如80%、85%、90%、91%、92%、 93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99· 5%或更高）；
[0287] (c)与（a)或（b)的序列相比，含有1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个（或更多个）单 一氨基酸改变（缺失、插入、取代），这些改变可以位于分开的位置或连续出现；和/或
[0288] (d)用逐对比对算法与序列表中的特定序列比对时，每个从N-末端向C-末端移 动的X个氨基酸的窗口（使得在P (p>x)个氨基酸上比对时，存在P-X+1个这种窗口）具有 至少X · y个相同的比对氨基酸，其中：x选自20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、 150、200 ;y 选自 0· 50、0· 60、0· 70、0· 75、0· 80、0· 85、0· 90、0· 91、0· 92、0· 93、0· 94、0· 95、 0. 96、0. 97、0. 98、0. 99 ;如果X · y不是整数，则四舍五入至整数。优选的成对比对算法是 Needleman-Wunsch全局比对算法[16]，使用默认参数（如缺口开放罚分=10.0,缺口延伸 罚分=〇. 5,使用EBLOSUM62积分矩阵）。用EMBOSS软件包中的needle工具能方便地实施 这种算法[17]。
[0289] 使用杂交多肽时，杂交体内的单个抗原（即单个-X-部分）可来自一种或多种菌 株。例如，η = 2时，乂2可来自与X1相同的菌株，或来自不同菌株。当η = 3时，该菌株可以 是⑴ X1 = X2 = X3 (ii) X1 = X2 尹 X3 (iii) X1 尹 X2 = X3 (iV) X1 尹 X2 尹 X3 或（V) X1 = X3 尹 X2 等。
[0290] 在（c)组内，缺失或取代可在N末端和/或C末端，或者可以在两个末端之间。因 此，截短是缺失的一个例子。截短可包括在N末端和/或C末端缺失多达40个（或更多 个）氨基酸。N末端截短可移除前导肽，从而例如有利于在异源宿主中重组表达。C末端截 短可移除锚定序列，从而例如有利于在异源宿主中重组表达。
[0291] 通常，当抗原包括与来自序列表的NTHI序列不同的序列时（例如，当它包含序列 相同性〈100%的序列，或包含其片段时），在各种单独情况下，优选地，该抗原可引发抗体， 所述抗体识别相应的来自序列表的NTHI序列。
[0292] 突变细菌
[0293] 本发明还提供了 NTHi细菌，其中敲除了一种或多种本发明的抗原[18]。产生敲 除细菌的技术是公知的，且已报道了来自NTHi菌株的基因的敲除，即在参考文献19中。敲 除突变可位于基因的编码区，或者可位于转录控制区内（如启动子内）。敲除突变会将编 码抗原的mRNA水平降低至野生型细菌产量水平的〈1 %，优选降低至〈0. 5%，更优选降低至 〈0. 1%，最优选降低至0%。
[0294] 本发明还提供一种NTHI细菌，其中一种或多种本发明的抗原具有抑制其活性的 突变。编码该抗原的基因将具有改变所编码氨基酸序列或破坏其表达的突变。突变可包括 缺失、取代和/或插入，其中任何一种均可涉及一个或多个氨基酸。
[0295] -个实施方式提供了编码本发明的抗原的一个或多个基因的缺失。
[0296] 已知在大肠杆菌中，具有LytM结构域的两个分裂机制组分（EnvC和NlpD)是负责 细胞分离的细胞壁水解酶（酰胺酶）（AmiA、AmiB和AmiC)的直接调节因子[20]。还已知 大肠杆菌中的LytM金属蛋白酶是子细胞分离所必需的。
[0297] 在一个实施方式中，本发明提供了编码具有LytM催化结构域的多肽的NTHI基因。 通常金属蛋白酶经鉴定在其催化结构域中含有HxH和HxxxD氨基酸结构域。优选地，这些 一个或多个基因编码NT013、NT022或NT017中任意一个。
[0298] 本发明中描述了编码具有共同的LytM催化结构域的多肽的一种或多种基因的突 变或缺失会导致细菌细胞分裂和细菌表型的巨大变化。
[0299] 发明人还显示所述突变或缺失导致称为OMV或外膜囊泡的囊泡释放，而相同的野 生型NTHi菌株通常不会释放OMV。
[0300] 在一个特别优选实施方式中，通过除去NT013和/或NT022,不仅细菌细胞分裂受 到影响，而且在通常不会释放OMV的NTHI菌株中出乎意料地产生并释放了外膜囊泡（OMV)。
[0301] 优选的实施方式提供了 NTHI菌株，其中缺失了编码NTO13或NT022或NTO17中任 一项的一种或多种基因。例如，可使用抗生素抗性盒（如红霉素抗性盒）取代缺失的基因。 已发现所有上述多肽都具有共同的LytM催化结构域且都是金属蛋白酶。
[0302] 还发现NT013和NT022中的LytM结构域是保守的。NT013催化活性位点由位于 C-末端部分的以下氨基酸基序-HKGD-和-HLH-表示。NT022催化活性位点由位于C-末 端部分的以下氨基酸基序-NKGID-和-KLH-表示。
[0303] 本发明还提供了过表达本发明的抗原的细菌（如NTHi菌）。
[0304] 本发明还提供了组成性表达本发明的抗原的细菌（如NTHi菌）。本发明还提供了 一种大肠杆菌，所述大肠杆菌包含至少一种编码本发明的抗原的基因，所述基因处于诱导 型启动子的控制下。
[0305] 基于OMV的疫苗
[0306] 革兰氏阴性菌通过连续的双层膜结构与外部培养基分离。这些称作质膜和外膜 (OM)的结构在结构和功能上都有差异。外膜在病原菌与其相应宿主之间的相互作用中起重 要作用。因此，表面暴露的细菌分子是宿主免疫应答的重要靶标，使得外膜组分成为提供疫 苗、诊断性和治疗性试剂中有吸引力的候选物质。
[0307] 本发明的突变细菌在制备包括NTHi抗原（例如本发明的抗原）且可用作免疫原 的细菌外膜囊泡过程中特别有用。
[0308] 本发明还提供了过表达至少一种本发明抗原的细菌（如NTHi细菌），优选通过过 量产生OMV。
[0309] 可以使用上调来增加在OMV中有用的NTHi蛋白的水平。
[0310] 还提供了一种产生NTHi菌的方法，所述NTHi均过量产生0MV，所述方法包括使用 一种或多种以下方法对革兰氏阴性菌株基序进行遗传修饰：(a)对菌株进行基因工程改造 以下调一种或多种Tol基因的表达；以及（b)突变一种或多种编码包含肽聚糖相关位点的 蛋白的基因，以减弱所述蛋白的肽聚糖结合活性；（c)通过突变或去除一种或多种编码具 有共同的LytM催化结构域的多肽的基因。在一个特别优选实施方式中，NTHi可不表达活 性NT013、NT022基因和/或任何Tol基因[19]，[18]。
[0311] 本发明还提供了制备NTHi囊泡的方法，所述方法包括处理本发明的NTHi菌的步 骤，使其外膜形成囊泡。
[0312] 本发明还提供了制备NTHi囊泡的方法，所述方法包括在本发明的NTHi菌外膜自 发脱落囊泡的条件下培养本发明的NTHi菌的步骤。
[0313] 本发明还提供了过量产生OMV并过表达本发明的抗原的NTHi菌。
[0314] 本发明所用多肽
[0315] 本发明所用多肽可采取各种形式（如天然多肽、融合多肽、糖基化多肽、非糖基化 多肽、脂化多肽、非脂化多肽、磷酸化多肽、非磷酸化多肽、肉豆蘧酰化多肽、非肉豆蘧酰化 多肽、单体、多聚体、颗粒、变性多肽等）。
[0316] 本发明所用多肽可通过各种方式（如重组表达、由细胞培养物纯化、化学合成等） 制备。优选重组表达的蛋白，特别是杂交多肽。
[0317] 本发明所用多肽优选以纯化或基本纯化（即基本不含其它多肽（如不含天然产生 的多肽）、特别是不含其它流感嗜血杆菌或宿主细胞多肽）的形式提供，本发明多肽的纯度 通常为至少约50重量％，通常至少约90%，即组成中少于约50%，更优选少于约10% (如 5%)是其它表达的多肽。因此，组合物中的抗原与表达该分子的完整生物体分离。
[0318] 术语"多肽"指任何长度的氨基酸聚合物。该聚合物可以是线性或支链聚合物，可 包含修饰的氨基酸，可被非氨基酸打断。该术语也包括天然修饰或通过介入修饰的氨基酸 聚合物；例如，二硫键形成、糖基化、脂化、乙酰化、磷酸化或任何其它操作或修饰，如与标记 组分偶联。例如，还包括含有一个或多个氨基酸类似物（包括例如非天然氨基酸等）以及 本领域已知其它修饰的多肽。多肽可以单链或结合链的形式产生。
[0319] 本发明所用多肽可包含序列-P-Q-或-Q-P-，其中：-P-是上文定义的氨基酸序 列，-Q-不是上文定义的序列（即以融合蛋白的形式提供）。-P-的N-末端密码子不是ATG 且此密码子未出现在多肽的N末端时，它将被翻译成该密码子的标准氨基酸，而不是Met。 然而，当该密码子位于多肽N末端时，它将被翻译成Met。-Q-部分的例子包括但不限于组 氨酸标签（即His n，其中η = 3、4、5、6、7、8、9、10或更高，例如SEQ ID N0:68)、麦芽糖结合 蛋白或谷胱甘肽-S-转移酶（GST)。
[0320] 最初作为初生蛋白表达时，本发明所用多肽可包含序列-P-Q-或-Q-P-，但在一些 实施方式中，在蛋白的使用点处可能缺失-Q-部分，例如前导肽可能被翻译后切割。
[0321] 有用的用于表达的N末端序列是SEQ ID N0:48。
[0322] 虽然本发明所用多肽可在流感嗜血杆菌中表达，但本发明通常使用异源宿主进 行表达（重组表达）。异源宿主可以是原核（例如细菌）或真核生物。可以是大肠杆 菌（E.coli)，其他合适的宿主包括枯草杆菌（Bacillus subtilis)、霍乱弧菌（Vibrio cholerae)、伤寒沙门菌（Salmonella typhi)、鼠伤寒沙门菌（Salmonella typhimurium)、 乳醜胺奈瑟菌（Neisseria lactamica)、灰色奈瑟菌（Neisseria cinerea)、分枝杆菌 (Mycobacteria)(例如结核分支杆菌（M. tuberculosis))、酵母等。与编码本发明多肽的野 生型流感嗜血杆菌基因相比，改变密码子以优化这类宿主中的表达效率而不影响编码氨基 酸是有帮助的。
[0323] 本发明所用多肽可通过特定方法合成，所述方法包括通过化学手段合成至少部分 所述多肽的步骤。
[0324] 核酸
[0325] 本发明还提供了核酸（例如核酸组合、载体或载体组合），所述核酸编码本发明所 用多肽、本发明的多肽或杂交多肽组合。还提供核酸，所述核酸包含编码一种或多种（例 如2、3或4种）本发明的抗原组合的多肽或杂交多肽的核苷酸序列。核酸可以是例如载体 (例如克隆或表达载体）。
[0326] 编码一种或多种（至少一种）本发明抗原和抗原组合的多肽的核苷酸序列是已 知的（参见例如参考文献6-9)或者是根据遗传密码设计的。因此，在本发明的内容中，这 类核苷酸序列可编码以下一种或多种抗原：（1)NTHI0915(NT018)、（2)NTHI1416(NT024)、 (3) NTHI2017 (NT032) , (4) CGSHiGG_02400 (NT038) , (5) NTHI1292 (NT067) , (6) NTHI0877 (NTOOl)、（7)NTHI0266 (ΝΤΟ 16)、（8)CGSHiGG_00I 30(ΝΤ052)、(9) NTHI1627(ΝΤ002), (10)ΝΤΗΙ1109(ΝΤ026), (11)ΝΤΗΙ0821(ΝΤ009), (12)ΝΤΗΙ0409(ΝΤ025), (13)ΝΤΗΙ1954 (ΝΤ028) , (14) ΝΤΗΙ037I (ΝΤ029) , (15) NTHI0509 (ΝΤ03 1) , (16) ΝΤΗΙ0449 (ΝΤ015) , (17) NTHI1473 (ΝΤ023) , (18) gi-145633184 (NT 100), (19) ΝΤΗΙ1110(ΝΤ040) , (20)gi-46129075 (ΝΤ048) , (21)gi-145628236 (ΝΤ053) , (22) ΝΤΗΙ1230(ΝΤ066)、（23)ΝΤΗΙ0522(ΝΤ097)或Ρ48抗原（如SEQ ID Ν0:24) ;HtrA抗原（如SEQ ID NO:25) ;PE 抗原（如 SEQ ID NO:26) ;P26 抗原（如 SEQ ID NO:27) ;PHiD 抗原（如 SEQ ID N0:28) ;P6抗原（如SEQ ID N0:29)、（24)NT004、（25)NT014、（26)NT022或者一种或多种 来自"第三抗原组"的抗原或者可编码以下氨基酸序列：（a)与上述任意多肽具有50%或更 高的相同性（例如 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、 96%、97%、98%、99%、99. 5%或更高；例如90%或更高的相同性，或者95%或更高的相同 性）；和/或（b)包含任意所述多肽：1的至少'η'个连续氨基酸的片段，其中'η'是7或 更多（例如，8、10、12、14、16、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250 或更 多；例如20或更多；或者例如50或更多；或者例如80或更多）。
[0327] 本发明也提供可与这些核酸杂交的核酸。可以在不同"严谨性"的条件下进行杂交 反应。提高杂交反应严谨性的条件是本领域众所周知的，且已公开过（如参考文献121的第 752页）。相关条件的例子包括（按严谨性提高的顺序）：培育温度25°C、37°C、50°C、55°C 和 68°C ;缓冲液浓度 IOx SSC、6x SSC、lx SSC、0. Ix SSC (其中 SSC 是 0· 15M NaCl 和 15mM 柠檬酸盐缓冲液）和使用其它缓冲液体系的等同条件；甲酰胺浓度〇 %、25 %、50 %和75 %; 培育时间5分钟至24小时；1个、2个或多个洗涤步骤；洗涤培育时间1、2或15分钟；洗涤 溶液6x SSCUx SSC、0. Ix SSC或去离子水。杂交技术和其优化方法为本领域熟知（例如， 参见参考文献21、22和123)。
[0328] 核酸可与靶标在低严谨条件下杂交；在其它实施方式中，其在中等严谨条件下杂 交；在优选实施方式中，其在高严谨条件下杂交。一组示范性的低严谨杂交条件是50°C和 IOx SSC。一组示范性的中等严谨杂交条件是55°C和lx SSC。一组示范性的高严谨杂交条 件是 68°C和 0· lx SSC。
[0329] 本发明包括含有这些序列的互补序列的核酸（例如，用于反义或检测，或用作引 物）。
[0330] 本发明核酸可采取各种形式（如单链、双链、载体、引物、探针、标记形式等）。本 发明核酸可以是环状或分枝状核酸，但通常是线性核酸。除非另有说明或要求，利用核酸的 本发明任何实施方式可利用双链形式和构成该双链形式的两条互补单链形式的每条链。引 物、探针以及反义核酸通常是单链。
[0331] 编码本文所述抗原的核酸优选以纯化或基本纯化的形式提供，即基本不含其它核 酸（如不含天然产生的核酸），特别是不含其它流感嗜血杆菌或宿主细胞核酸，通常其至少 为约50%纯（重量），通常至少为约90%纯。本发明核酸优选为流感嗜血杆菌核酸。
[0332] 可以多种方式制备编码本文所述抗原的核酸，例如，完全或部分化学合成（例如 DNA的亚磷酰胺合成）、利用核酸酶（例如限制性酶）消化较长核酸、连接较短核酸或核苷 酸（例如使用连接酶或聚合酶）、由基因组或cDNA文库制备等。
[0333] 核酸可连接于固体支持物（如珠、平板、滤器、膜、玻片、微阵列支持物、树脂等）。 可用例如放射性或荧光标记、或生物素标记来标记核酸。在准备将核酸用于检测技术时，例 如核酸是引物或探针时，这特别有用。
[0334] 术语"核酸"通常包括任何长度的核苷酸聚合形式，其包含脱氧核糖核苷酸、核糖 核苷酸和/或其类似物。它包括DNA、RNA、DNA/RNA杂交体。它也包括DNA或RNA类似物， 如含有修饰主链（如肽核酸（PM)或硫代磷酸酯）或修饰碱基的类似物。因此，本发明包 括mRNA、tRNA、rRNA、核酶、DNA、cDNA、重组核酸、分枝核酸、质粒、载体、探针、引物等。本发 明的核酸是RNA形式时，它可能具有或不具有5'帽。
[0335] 编码本文所述抗原的核酸可以是载体的一部分，即设计用于转导/转染一种或多 种细胞类型的核酸构建的一部分。载体可以是，例如，设计用于分离、增殖和复制所插入核 苷酸的"克隆载体"，设计用于在宿主细胞中表达核苷酸序列的"表达载体"，设计用于产生 重组病毒或病毒样颗粒的"病毒载体"，或具有一种以上载体类型的属性的"穿梭载体"。优 选的载体是质粒。"宿主细胞"包括单个细胞或细胞培养物，其可能是或已经是外源核酸的 受体。宿主细胞包括单个宿主细胞的后代，由于天然、偶然或有意的突变和/或改变，这些 后代与原始亲本细胞不必需完全相同（形态或总DNA互补方面）。宿主细胞包括用本发明 的核酸体内或体外转染或感染的细胞。
[0336] 涉及核酸使用的术语"互补"或"互补的"指沃森克里克碱基配对。因此，C的互补 物是G，G的互补物是C，A的互补物是T (或U)，T (或U)的互补物是A。也能使用如I (嘌 呤肌苷）等碱基，例如与嘧啶（C或T)互补。
[0337] 可使用编码本文所述抗原的核酸，例如：产生多肽；作为检测生物样品中的核酸 的杂交探针；产生额外的核酸拷贝；产生核酶或反义寡核苷酸；作为单链DNA引物或探针； 或作为形成三链体的寡核苷酸。
[0338] 本发明提供了产生编码本文所述抗原的核酸的方法，其中所述核酸部分或完全用 化学方式合成。
[0339] 本发明提供了包含编码本文所述抗原的核苷酸序列的载体（如克隆或表达载体） 和用这种载体转化的宿主细胞。
[0340] 在本发明的某些实施方式中，核酸的长度优选为至少7个核苷酸（如8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、 37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、 190、200、225、250、275、300 个核苷酸或更长）。
[0341] 在本发明的某些实施方式中，核酸长度优选至多为500个核苷酸（如450、400、 350、300、250、200、150、140、130、120、110、100、90、80、75、70、65、60、55、50、45、40、39、38、 37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15 个核苷酸 或更短）。
[0342] 免疫原性组合物和药物
[0343] 本发明的免疫原性组合物可用作疫苗。本发明的疫苗可以是预防性（即预防感 染）或治疗性（即治疗感染）疫苗，但通常是预防性疫苗。
[0344] 因此，组合物可以是药学上可接受的。除抗原外，它们通常还包含其它组分，例如 它们一般包含一种或多种药物载体和/或赋形剂。对这类组分的充分讨论参见参考文献 118。
[0345] 组合物通常以水性形式给予哺乳动物。然而在给药前，该组合物可以是非水性形 式。例如，虽然一些疫苗制备成水性形式然后以水性形式填装、分销和给药，但其他疫苗在 制备过程中冻干，并在使用时重建成水性形式。因此，本发明的组合物可被干燥，例如冻干 制剂。
[0346] 该组合物可含有防腐剂，如硫柳汞或2-苯氧乙醇。然而，疫苗优选应基本不含（即 少于5 μ g/ml)含汞物质，如不含硫柳汞。更优选无汞的疫苗。特别优选不含防腐剂的疫苗。
[0347] 为了提高热稳定性，组合物可包含温度保护剂。这类试剂的更多详情如下所述。
[0348] 为了控制张度，优选包含生理盐如钠盐。优选氯化钠（NaCl)，它的浓度可以是1至 20mg/ml，例如约10±2mg/ml NaCl。可存在的其它盐包括氯化钾、磷酸二氢钾、无水磷酸氢 二钠、氯化镁、氯化钙等。
[0349] 组合物的渗透压通常为200m0sm/kg-400m0sm/kg，优选为240-360m0sm/kg，更优 选落入290_310m0sm/kg的范围内。
[0350] 组合物可含有一种或多种缓冲剂。典型的缓冲剂包括：磷酸盐缓冲剂；Tris缓冲 齐?;硼酸盐缓冲剂；琥珀酸盐缓冲剂；组氨酸缓冲剂（具体是有氢氧化铝佐剂时）；或柠檬 酸盐缓冲剂。包含的缓冲剂的浓度一般为5-20mM。
[0351] 组合物的pH通常为5. 0至8. 1，更常为6. 0至8. 0,例如6. 5至7. 5,或者7. 0至 7. 8。
[0352] 该组合物优选无菌。该组合物优选无热原，如每剂量含有小于1EU(内毒素单位， 标准量度），优选每剂量小于〇. 1EU。该组合物优选不含谷蛋白。
[0353] 所述组合物可含有一次免疫的物质，或者可含有多次免疫的物质（即"多剂量"药 盒）。多剂量配置优选含有防腐剂。作为多剂量组合物中包含防腐剂的替代方案（或补充 方案），所述组合物可包含在装有无菌接头以取出物质的容器中。
[0354] 人疫苗的给药剂量体积一般为约0. 5ml，但可将一半剂量（即约0. 25ml)给予儿 里。
[0355] 本发明免疫原性组合物也可包含一种或多种免疫调节剂。优选地，一种或多种免 疫调节剂包括一种或多种佐剂。佐剂可包括THl佐剂和/或TH2佐剂，详述见下。
[0356] 可用于本发明组合物的佐剂包括但不限于：
[0357] ?矿物盐，例如铝盐和钙盐，包括氢氧化物（例如，氢氧化合物）、磷酸盐（例如羟 基磷酸盐、正磷酸盐）和硫酸盐等[例如，参见参考文献23的第8和第9章];
[0358] ?水包油乳剂，例如鲨烯-水乳剂，包括MF59 (5 %鲨烯、0. 5 %吐温80和0. 5 %司盘 85,采用微射流机制成亚微米颗粒）[参考文献23的第10章，还参见参考文献24-26,和参 考文献27的第12章]，完全弗氏佐剂（CFA)和不完全弗氏佐剂（IFA);
[0359] ?皂苷制剂[参考文献23的第22章]，例如QS21 [28]和ISCOM[参考文献23的 第23章];
[0360] ?病毒体和病毒样颗粒（VLP) [29-35];
[0361] ?细菌或微生物衍生物，例如肠细菌脂多糖（LPS)的无毒衍生物、脂质A衍生物 [36, 37]、免疫刺激性寡核苷酸[38-43]，例如IC-31?[44](包含26-基体序列5' - (IC) 13-3' 的脱氧核苷酸（SEQ ID N0:112)和包含11-聚体氨基酸序列KLKLLLLLKLK的多聚阳离子聚 合肽（SEQ ID NO: 113))，和ADP-核糖基化毒素及其脱毒化的衍生物[45-54];
[0362] ?人免疫调节剂，包括细胞因子，如白介素（如IL-l、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、 IL-12 [55, 56])，干扰素（如干扰素 -γ )、巨噬细胞集落刺激因子和肿瘤坏死因子；
[0363] ?生物粘着剂和粘膜粘着剂，例如壳聚糖及其衍生物、酯化透明质酸微球[57]或 粘膜粘着剂，如聚（丙烯酸）、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、多糖和羧甲基纤维素的交联衍生 物[58]。
[0364] ?微颗粒（即，直径为约IOOnm至约150 μ m的颗粒，更优选直径为约200nm至约 30 μ m的颗粒，且最优选直径为约500nm至约10 μ m的颗粒），所述微颗粒由生物可降解且 无毒的材料形成（例如，聚（Ct-轻酸）、聚轻基丁酸、聚原酸酯（polyorthoester)、聚酸酐、 聚己酸内酯等）；
[0365] ?脂质体[参考文献23的第13和14章、参考文献59-61]。
[0366] ?聚氧乙烯醚和聚氧乙烯酯[62];
[0367] · PCPP 制剂[63 和 64];
[0368] ?胞壁酰肽，包括N-乙酰基-胞壁酰-L-苏氨酰-D-异谷酰胺（thr-MDP)、N-乙酰 基-正胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷酰胺（nor-MDP)和N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷 氨酰胺酰-L-丙氨酸-2-(Γ-2'_二棕榈酰-sn-甘油-3-羟基磷酰氧基）-乙胺MTP-PE); 和
[0369] ?咪唑并喹诺酮化合物，包括咪喹莫特及其同系物（例如，"瑞喹莫德3M"）[65和 66]。
[0370] 本发明的免疫原性组合物和疫苗还可包含上述鉴定的一种或多种佐剂各方面的 组合。例如，可将以下佐剂组合物用于本发明：（1)皂苷和水包油乳液[67] ; (2)皂苷（例如 QS21) +无毒LPS衍生物（例如3dMPL) [68] ; (3)皂苷（例如QS21) +无毒LPS衍生物（如 3dMPL) + 胆固醇；（4)皂苷（例如 QS21) +3dMPL+IL-12 (任选 + 固醇）[69] ; (5) 3dMPL 与（例 如）QS21和/或水包油乳液的组合[70] ;(6)SAF，含有10%鲨烯、0. 4%吐温80?、5%普流 罗尼-嵌段聚合物L121和thr-MDP，微流体化形成亚微米乳液或涡旋产生粒度较大的乳液。 (7)Ribi?佐剂系统（RAS)(瑞比免疫化学公司（Ribi Immunochem))，含有2%鲨烯、0.2% 吐温80和一种或多种细菌细胞壁组分，所述组分选自单磷酰脂质A (MPL)、海藻糖二霉菌 酸酯（TDM)和细胞壁骨架（CWS)，优选MPL+CWS (Detox?);和（8) -种或多种矿物盐（如铝 盐）+LPS的无毒衍生物（如3dMPL)。
[0371] 用作免疫刺激剂的其它物质参见参考文献23的第7章。
[0372] 特别优选使用氢氧化铝和/或磷酸铝佐剂，抗原通常吸附于这些盐。磷酸钙是另 一种优选佐剂。其它优选的佐剂组合包括Thl和Th2佐剂的组合，如CpG和铝或雷西莫特 和铝。可使用磷酸铝和3dMPL的组合（已报道这种组合在肺炎球菌免疫中有效[71])。优 选使用MF59佐剂，尤其在IM(肌肉内）或IP(腹膜内）免疫的情况下。
[0373] 本发明的组合物可引起细胞介导的免疫应答以及体液免疫应答。此种免疫应答优 选诱导能在接触NTHI时迅速作出反应的持续性（如中和性）抗体和细胞介导的免疫。
[0374] 通常认为两种T细胞类型CD4和CD8细胞是启动和/或增强细胞介导免疫和体液 免疫所必需的。⑶8T细胞可表达⑶8共受体，通常称为细胞毒性T淋巴细胞（CTL)。⑶8T 细胞能够识别MHC I型分子上展示的抗原或与之相互作用。
[0375] ⑶4T细胞可表达⑶4共受体，并通常称为T辅助细胞。⑶4T细胞能够识别结合 MHC II型分子的抗原性肽。与MHC II型分子相互作用后，CD4细胞可分泌诸如细胞因子等 因子。这些分泌的细胞因子可激活B细胞、细胞毒性T细胞、巨噬细胞和参与免疫应答的其 它细胞。辅助T细胞或CD4+细胞可进一步分为两个功能不同的亚组：即细胞因子和效应功 能不同的THl表型和TH2表型。
[0376] 活化的THl细胞能增强细胞免疫（包括抗原特异性CTL生产增加），因而对响应 胞内感染具有特定价值。活化的THl细胞可分泌IL-2、IFN-y和TNF-β中的一种或多种。 THl免疫应答可通过激活巨噬细胞、NK (自然杀伤）细胞和CD8细胞毒性T细胞（CTL)导致 局部炎症反应。通过用IL-12刺激B和T细胞的生长，THl免疫应答也可用于放大免疫应 答。THl刺激的B细胞可分泌IgG2a。
[0377] 活化的TH2细胞提高抗体生成，因此对响应胞外感染具有价值。活化的TH2细胞 可分泌IL-4、IL-5、IL-6和IL-10中的一种或多种。TH2免疫应答可引起生成IgGl、IgE、 IgA和记忆B细胞来用于未来的保护。
[0378] 增强的免疫应答可包括增强的THl免疫应答和TH2免疫应答中的一种或多种。
[0379] THl免疫应答可包括CTL增加，与THl免疫应答相关的一种或多种细胞因子（如 IL-2、IFN γ和TNF-β )增加，活化巨噬细胞增加，NK活性增加，或者IgG2a产量增加中的一 种或多种现象。增强的THl免疫应答优选包括IgG2a生成增加。
[0380] 可使用THl佐剂引发THl免疫应答。相对于不用佐剂的抗原免疫，THl佐剂通常 引起IgG2a生成水平增力卩。适用于本发明的THl佐剂可包括例如，皂苷制剂、病毒体和病毒 样颗粒、肠细菌脂多糖（LPS)的无毒衍生物、免疫刺激性寡核苷酸。免疫刺激性寡核苷酸， 如含有CpG基序的寡核苷酸是本发明所用的优选THl佐剂。
[0381] TH2免疫应答可包括以下一种或多种：与TH2免疫应答相关的一种或多种细胞因 子（如IL-4, IL-5, IL-6和IL-10)增加，或者IgGl、IgE、IgA和记忆B细胞生成增加。增 强的TH2免疫应答优选包括IgGl生成增加。
[0382] 可使用TH2佐剂引发TH2免疫应答。相对于不用佐剂的抗原免疫，TH2佐剂通常 引起IgGl生成水平增加。适用于本发明的TH2佐剂包括例如，含矿物质组合物、油乳剂和 ADP-核糖基化毒素及其脱毒衍生物。含矿物质组合物如铝盐是本发明使用的优选TH2佐 剂。
[0383] 本发明优选包括含THl佐剂和TH2佐剂组合的组合物。这种组合物优选引起增强 的THl和增强的TH2反应，即IgGl和IgG2a的生成相对于不用佐剂的免疫均有增加。更优 选地，相对于用单一佐剂的免疫（即，相对于只用THl佐剂的免疫或只用TH2佐剂的免疫）， 包含THl和TH2佐剂组合的组合物引起THl和/或TH2免疫应答增强。
[0384] 所述免疫应答可以是THl免疫应答和TH2免疫应答之一或两种。免疫应答优选提 供增强的THl反应和增强的TH2反应之一或两种。
[0385] 增强的免疫应答可以是全身免疫应答和粘膜免疫应答之一或两种。该免疫应答优 选提供增强的全身免疫应答和增强的粘膜免疫应答之一或两种。优选粘膜免疫应答为TH2 免疫应答。粘膜免疫应答优选包括IgA生成增加。
[0386] 流感嗜血杆菌感染可影响躯体的各个部分，因此可将本发明组合物制备成各种形 式。例如，可将所述组合物制备为液体溶液或悬浮液形式的注射剂。也可制备适合在注射 前溶解或悬浮于液体载剂的固体形式（如冻干组合物或喷雾冻干组合物）。所述组合物可 以制备成局部制剂，例如油膏、乳膏或粉末。所述组合物可制备成口服给药制剂，如片剂或 胶囊，喷雾剂，或糖浆剂（任选调味）。所述组合物可以制备成使用细粉或喷雾的肺部给药 制剂，例如吸入剂。所述组合物可制备为栓剂或子宫托。所述组合物可以制成鼻部、耳部或 眼部给药制剂，例如滴剂。可将所述组合物设计为药盒的形式，从而在临对患者给予之前重 建合并的组合物。此类药盒可包含一种或多种液体形式的抗原以及一种或多种冻干抗原。
[0387] 临用前制备组合物（例如，以冻干形式提供组分时）和以药盒形式提供组合物时， 该药盒可包括两个药瓶，或者可包括一个填充好的注射器和一个药瓶，注射器内容物用于 在注射前重激活药瓶内容物。
[0388] 用作疫苗的免疫原性组合物包含免疫有效量的抗原，以及需要的任何其它组分。 "免疫有效量"是指以单一剂量或一系列剂量的部分给予个体的对治疗或预防有效的量。此 量取决于待治疗个体的健康和身体状况、年龄、待治疗个体的分类组（如非人灵长动物、灵 长动物等）、个体的免疫系统合成抗体的能力、所需的保护程度、疫苗制剂、治疗医生对医学 情况的评估和其它相关因素。预计所述量将落入可通过常规试验可确定的较宽范围内。组 合物中包含一种以上抗原时，存在的两种抗原的剂量可以相同或不同。
[0389] 如上所述，一种组合物可包含温度保护剂，此种组分可能在佐剂化组合物（特别 是含有矿物质佐剂，如铝盐的组合物）中特别有用。如参考文献72所述，可将液体温度保 护剂加入水性疫苗组合物中，以降低其凝固点，例如将凝固点降低至〇°C以下。因此该组合 物可以储存于〇°C以下但在其凝固点以上，以抑制热裂解。温度保护剂也允许冷冻该组合 物，同时保护矿物盐佐剂在冻融后不发生团聚或沉降，还可在较高温度，例如40°C以上保护 该组合物。可混合初始的水性疫苗与液体温度保护剂使液体温度保护剂占最终混合物体积 的1-80 %。合适的温度保护剂应该是对人给药安全的、易于混溶/可溶于水的、并且不应破 坏组合物的其他成分（如抗原和佐剂）。示例包括甘油、丙二醇和/或聚乙二醇（PEG)。合 适PEG的平均分子量可为200-20, OOODa。在优选实施方式中，聚乙二醇的平均分子量可以 约为 300Da( 'PEG-300'）。
[0390] 可通过混合⑴包含本发明的抗原组合中两种或多种（例如1、2、3、4种）抗原的 水性组合物与（ii)温度保护剂来形成本发明的组合物。然后，该混合物可储存于例如〇°C 以下、0-20°C、20-35°C、35-55°C或更高温度。它可以液体或冻结形式储存。该混合物可以 是冻干的混合物。或者，可通过混合（i)包含本发明的抗原组合中两种或多种（例如1、2、 3、4种）抗原的干燥组合物与（ii)包含温度保护剂的液体组合物来形成组合物。因此，可 利用组分（ii)重建组分（i)。
[0391] 治疗方法和疫苗的给予
[0392] 本发明还提供了一种在哺乳动物中产生免疫应答的方法，所述方法包括给予有效 量的本发明的组合物的步骤，或给予至少一种或多种（如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种）本 发明的抗原的一个或多个步骤。所述免疫应答优选为保护性免疫应答，并优选涉及抗体和 /或细胞介导的免疫。所述方法可以产生加强的应答。
[0393] 本发明还提供联合用作（例如）使哺乳动物产生免疫应答的药物的至少一种或多 种本发明抗原。
[0394] 本发明也提供至少一种或多种本发明抗原在制备使哺乳动物产生免疫应答的药 物中的应用。
[0395] 在本发明的方法和用途中，可同时、分别或依次给予至少一种或多种（例如1、2、 3、4种）本发明的抗原。
[0396] 借助这些应用和方法在哺乳动物中产生免疫应答后，则能保护该哺乳动物免遭流 感嗜血杆菌感染。本发明有效针对各种不同血清型的流感嗜血杆菌,但在针对不可分型流 感嗜血杆菌（NTHI)感染导致疾病的保护中特别有用。根据本发明，感染可与选自下组的疾 病或病症相关：例如，中耳炎（包括急性中耳炎）、支气管炎、结膜炎、鼻窦炎、尿道感染、肺 炎、菌血症、脓毒性关节炎、会厌炎、肺炎、积脓症、心包炎、蜂窝织炎、骨髓炎、下呼吸道感染 或脑膜炎。通过引起防止细胞从喉部通过咽鼓管移动至中耳（中耳随即会受到感染）的免 疫应答，本发明对于治疗或预防中耳炎症或者对于治疗或预防COPD疾病特别有用。
[0397] 本发明还提供了包含第一种组分和第二种组分的药盒，其中第一种组分和第二种 组分均非如上所述本发明的组合物，但其中可将第一种组分和第二种组分组合以提供如上 所述本发明的组合物。所述药盒还可以包括含有下列一种或多种的第三种组分：说明书、注 射器或其它递送装置、佐剂或药学上可接受的制剂溶液。
[0398] 本发明还提供了一种预填充本发明的免疫原性组合物的递送装置。
[0399] 优选地，所述哺乳动物是人，例如，人患者。当所述疫苗用于预防性用途时，人优选 是儿童（如幼童或婴儿）或青少年；当疫苗用于治疗用途时，人优选是青少年或成人。意图 用于儿童的疫苗也可给予成年人，例如，以评估安全性、剂量、免疫原性等。哺乳动物（例如 人，例如患者）可以自身处于发生该疾病的风险中，或者可以是妊娠女性，例如，女性（"母 体免疫"）。
[0400] 检测治疗性治疗功效的一种方式包括在给予本发明组合物后监测流感嗜血杆菌 感染。一种检查预防性治疗疗效的途径包括给予组合物后监测对抗本发明的组合物中的抗 原的全身免疫应答（如监测IgGl和IgG2a产生水平）和/或粘膜免疫应答（如监测IgA 产生水平）。本发明组合物的免疫原性可通过以下方法测定：给予受试对象（如12-16个 月大的儿童，或动物模型，如南美栗鼠（chinchilla)模型[73])，然后测定标准参数，包括 IgG的ELISA效价（GMT)。通常在给予该组合物后约4周测定这些免疫应答，并与给予该组 合物之前测定的值作比较。给予一个以上剂量的组合物时，可以进行超过一次的给药后测 定。通常，在免疫后但在刺激前测定抗原特异性血清抗体应答，而在免疫后且刺激后测定抗 原特异性粘膜抗体应答。
[0401] 另一评价本发明组合物免疫原性的途径是重组表达蛋白，通过免疫印迹和/或微 阵列筛查患者血清或粘膜分泌物。蛋白质和患者样品间的阳性反应表明患者已经产生对受 试蛋白的免疫应答。该方法也可用于鉴定免疫显性抗原和/或抗原中的表位。
[0402] 通过在流感嗜血杆菌感染的动物模型（如豚鼠、南美栗鼠或小鼠）中进行免疫研 究，可在体内测定疫苗组合物的效果。参考文献74中描述了一种此类模型。
[0403] 用于体内测定本发明疫苗组合物效果的其他有用的动物模型描述于参考文献75 中。
[0404] 本发明的组合物通常直接给予患者。可通过胃肠道外注射（如皮下、腹膜内、静脉 内、肌肉内或组织间隙），或通过粘膜，如通过直肠、口腔（如片剂、喷雾）、阴道、局部、透皮 或经皮、鼻内、眼、耳、肺或其它粘膜途径完成直接递送。
[0405] 本发明可用于引发全身和/或粘膜免疫，优选引发增强的全身和/或粘膜免疫。
[0406] 增强的全身和/或粘膜免疫优选表现为提高的THl和/或TH2免疫应答。增强的 免疫应答优选包括IgGl和/或IgG2a和/或IgA生成增加。
[0407] 可通过单剂量方案或多剂量方案来进行给药。多剂量可用于初次免疫方案和/或 加强的免疫方案。在多剂量方案中，可通过相同或不同的途径（如肠胃外初次和粘膜加强， 粘膜初次和肠胃外加强等）给予多个剂量。一般以至少1周（例如约2周、约3周、约4周、 约6周、约8周、约10周、约12周、约16周等）的间隔给予多个剂量。
[0408] 根据本发明制备的疫苗可用于治疗儿童和成人。因此，人患者可以小于1岁、1-5 岁、5-15岁、15-55岁或至少55岁。接受疫苗的患者优选老年人（如大于或等于50岁、大 于或等于60岁并优选大于或等于65岁）、幼儿（如小于或等于5岁）、住院病人、保健护理 人员、武装人员和军人、孕妇、慢性病人或免疫缺陷病人。然而所述疫苗不仅适用于这些人 群，还可用于更广泛的群体。
[0409] 可将本发明产生的疫苗与其它疫苗基本上同时（在健康护理专业人员或疫苗接 种中心的同一用药咨询或访问期间）给予患者，例如与麻疹疫苗、腮腺炎疫苗、风疹疫苗、 MMR疫苗、水痘疫苗、MMRV疫苗、白喉疫苗、破伤风疫苗、百日咳疫苗、DTP疫苗、偶联的B型流 感嗜血杆菌疫苗、脊髓灰质炎病毒灭活疫苗、乙型肝炎病毒疫苗、脑膜炎球菌偶联疫苗（如 四价A-C-W135-Y疫苗）、呼吸道合胞病毒疫苗等基本同时给药。
[0410] 粘膜免疫
[0411] 本发明提供了用于粘膜免疫的抗原、抗原组合和本发明的组合物。例如，本发明提 供一种免疫原性组合物，其包含（i)本发明的多肽抗原组合，和（ii)细菌ADP-核糖基化毒 素和或其脱毒衍生物。本发明还提供一种使哺乳动物产生免疫应答的方法，包括给予哺乳 动物有效量的这种免疫原性组合物的步骤。优选将该组合物通过粘膜给予（给予到粘膜表 面），如可进行鼻内给药。
[0412] 毒素组分（i)可以，例如，源于大肠杆菌（E. coli)不耐热肠毒素（"LT"）。衍生 物可在其A亚基中具有脱毒突变，例如可为LT-K63或LT-R72。具体地，其可以是LT-K63。 在其他实施方式中，其不是LT-K63。
[0413] 优选经鼻内给予本发明的抗原或组合物和LT-K63佐剂。这会降低鼻咽、肺和血液 中流感嗜血杆菌的加载量，并增加受感染哺乳动物的存活率。
[0414] 本发明组合物的其它抗原性组分
[0415] 本发明还提供了包含至少一种其它不可分型流感嗜血杆菌抗原的组合物。
[0416] 本发明还提供了包含至少一种除不可分型流感嗜血杆菌抗原以外抗原的组合物。
[0417] 具体而言，本发明还提供了包含一种或多种本发明的多肽和一种或多种以下其它 其他抗原的组合物：
[0418] -来自脑膜炎奈瑟球菌血清组A、B、C、W135和/或Y的抗原。
[0419] -来自肺炎链球菌的糖或多肽抗原[例如76、77、78]。
[0420] -来自甲型肝炎病毒如灭活病毒的抗原[例如79、80]。
[0421] -来自乙型肝炎病毒的抗原，如表面和/或核心抗原[例如80、81]。
[0422] -白喉抗原，如白喉类毒素[例如参考文献82的第3章]或CRM197突变体[例如 83]。
[0423] -破伤风抗原，如破伤风类毒素[如参考文献82的第4章]。
[0424] -来自百日咳博德特菌（Bordetella pertussis)的抗原，如百日咳博德特菌的 百日咳全毒素（PT)和丝状血凝素（FHA)，也可任选与百日咳杆菌黏附素（pertactin)和/ 或凝集原2和3的组合[例如参考文献84和85]。
[0425] -全细胞百日咳抗原
[0426] -来自流感嗜血杆菌B的糖抗原[例如86]。
[0427] -脊髓灰质炎病毒抗原[例如87、88]，如IPV。
[0428] -麻疹、腮腺炎和/或风疹抗原[如参考文献82的第9、10和11章]。
[0429] -流感抗原[如参考文献82的第19章]，如血细胞凝集素和/或神经氨酸酶表 面蛋白。
[0430] -来自粘膜炎莫拉菌（Moraxella catarrhalis)的抗原[例如89]。
[0431] -来自无乳链球菌（Streptococcus agalactiae) (B型链球菌）的蛋白抗原[例 如 90、91]。
[0432] -来自无乳链球菌（B型链球菌）的糖抗原。
[0433] -来自酿脓链球菌（Streptococcus pyogenes) (A型链球菌）的抗原[例如9I、 92,93]〇
[0434] -来自金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus)的抗原[例如94]。
[0435] -来自呼吸道合胞病毒的抗原，例如重组蛋白F[例如142]
[0436] -包含白喉（D)、破伤风（T)、百日咳（无细胞、组分）（Pa)、乙肝（rDNA) (HBV)、脊 髓灰质炎（已灭活）（IPV)和流感嗜血杆菌b型（Hib)偶联疫苗（吸附）的疫苗组合物，例 如 Infanrix-hexa
[0437] 所述组合物可以包含一种或多种这些其它抗原。特别感兴趣的是与RSV疫苗和/ 或与含DTPa疫苗的组合。
[0438] 必要时，可以使有毒的蛋白质抗原脱毒（例如，通过化学和/或遗传方式使百日咳 毒素脱毒[85])。
[0439] 所述组合物中包含白喉抗原时，也优选包含破伤风抗原和百日咳抗原。相似地，包 含破伤风抗原时，也优选包含白喉和百日咳抗原。相似地，包含百日咳抗原时，也优选包含 白喉和破伤风抗原。因此，优选DTP组合。
[0440] 糖抗原优选偶联物形式。偶联物的载体蛋白包括白喉毒素、破伤风毒素、脑膜炎奈 瑟球菌外膜蛋白[95]、合成肽[96、97]、热激蛋白[98、99]、百日咳蛋白[100、101]、来自流 感嗜血杆菌的蛋白D[102]、细胞因子[103]、淋巴因子[103]、链球菌蛋白、激素[103]、生长 因子[103]、艰难梭菌（C. difficile)的毒素 A或B[104]、摄铁蛋白[105]等。优选的载体 蛋白是白喉类毒素的CRM197突变体[106]。
[0441] 所述组合物中抗原存在的浓度一般是至少各1 μ g/ml。通常，任何给定抗原的浓度 将足以引发针对该抗原的免疫应答。
[0442] 作为在本发明免疫原性组合物中使用蛋白质抗原的替代方式，可以使用编码该抗 原的核酸（优选DNA，例如质粒形式的DNA)。
[0443] 抗原优选吸附于铝盐。
[0444] 抗体
[0445] 针对本发明抗原的抗体可用于被动免疫[i]。因此，本发明提供了特异性针对本发 明抗原的抗体以用于治疗。这些抗体可单独或联合使用。本发明还提供了包含这类抗体的 免疫原性和药物组合物。
[0446] 所述抗体可用于药物和治疗，例如用于对抗NTHI的被动免疫，或用于清除NTHI感 染。本发明还提供了此类抗体在药物制造中的应用。本发明还提供了一种治疗哺乳动物的 方法，所述方法包括给予有效量的本发明抗体的步骤。如上述免疫原性组合物，这些方法和 应用能够保护哺乳动物对抗NTHI感染。具体地，本发明的抗体可用于治疗或预防NTHI引 起的感染，包括向哺乳动物给予有效量的上述抗体或包含这类抗体的组合物的步骤。
[0447] 术语"抗体"包括完整的免疫球蛋白分子（像帕丽珠单抗）及其能结合NTHI抗原 的片段。这些包括杂交（嵌合）抗体分子[108, 109] ;F (ab') 2和F (ab)片段和Fv分子； 非共价异源二聚体[110, 111];单链Fv分子（sFv) [112];二聚和三聚抗体片段构建；微型 抗体[113, 114];人源化抗体分子）[115-117];任何获自此类分子的功能性片段，以及通过 非常规工艺（如噬菌体展示）获得的抗体。优选所述抗体为单克隆抗体。获取单克隆抗体 的方法为本领域熟知。优选人源化或完全人抗体。可纯化或分离本发明的抗体和抗体组合。
[0448] 概述
[0449] 除非另有说明，本发明的实施将采用化学、生物化学、分子生物学、免疫学和药理 学的常规方法，这些方法在本领域技术范围内。这些技术在文献中已有充分描述。参见例 如，参考文献118-125等。
[0450] 当本发明涉及"表位"时，该表位可以是B细胞表位和/或T细胞表位。这类表位 可凭经验确定（例如，使用PEPSCAN[126, 127]或相似方法），或它们可被预测（如利用詹姆 森-沃尔夫抗原性指数（Jameson-Wolf antigenic index) [128]、基于矩阵的方法[129]、 MAPIT0PE[130]、TEPIT0PE[131, 132]、神经网络[133]、OptiMer 和 EpiMer[134, 135]、 ADEPT[136]、T位点（Tsites) [137]、亲水性[138]、抗原性指数[139]或参考文献140-144 公开的方法等）。表位是由抗体或T细胞受体的抗原结合位点识别并与之结合的抗原某部 分，它们也称作"抗原决定簇"。
[0451] 当抗原"结构域"被省略时，可以包括省略信号肽、胞质结构域、跨膜结构域、胞外 结构域等。
[0452] 术语"包括"涵盖"包含"以及"由……组成"，例如，"包含"X的组合物可以仅由X 组成或可包含其它物质，例如X+Y。
[0453] 与数值X相关的术语"约"是可任选的，并且表示，例如x± 10%。
[0454] 两个氨基酸序列间的序列相同性百分数表示进行比对时所比较的两条序列中相 同氨基酸的百分数。这种比对和同源性百分数或序列相同性百分数可利用本领域所知软 件程序来确定，例如用参考文献22的7. 7. 18部分所描述的那些。优选的比对通过史密 斯-沃特曼（Smith-Waterman)同源性搜索算法使用仿射缺口搜索确定，其中缺口开放罚 12分，缺口延伸罚2分，BLOSUM矩阵计62分。参考文献145中公开了史密斯-沃特曼 (Smith-Waterman)同源性搜索算法。

【专利附图】

【附图说明】
[0455] 图1显示了确认BL21 ΦΕ3)ΤΓ细胞中抗原强表达的小型诱导。（a) : (LMWM :分子 量标准标记物）
[0456] 图 2 显示了 NT001、NT007、NT018、NT024、NT032 和 NT067 的多个结果。可使用其 他优选的抗原（如阶052、阶'004、阶'014、阶'016或阶'022)获得类似的表达结果。各图显示 了 western印记和FACS数据。western印记使用小鼠血清进行，且泳道显示了与总细菌提 取物（"TE"）、与从NTHI外膜中制备的囊泡（"0MV"）、或者与纯化的重组蛋白（"PP"）的 反应活性。将灭活的细菌与来自经多种抗原组合物免疫的小鼠的血清孵育后进行FACS分 析，仅使用铝作为阴性对照；免疫前血清阴性对照以实心区域的形式显示，而样品血清所获 得的表面表达信号以单线的形式显示。
[0457] 图3显示了血清杀菌试验的96孔板布局，该试验用于证明针对本发明抗原的抗血 清具有杀死NTHI的能力。

【具体实施方式】
[0458] 概述
[0459] 在发明人使用至少86种不同NTHI菌株进行的比较分析中被鉴定为保守的所有抗 原都进行了克隆和表达。纯化蛋白并用于免疫小鼠。来自经免疫小鼠的抗血清用于证明免 疫所用蛋白的表面定位和保护能力（表III和/或表IV)。结果显示，免疫NT052、NT024、 NT032、NT001、NT067、NT004、NT014、NT022、NT016 对 NTHI 具有高度保护性，并且甚至与"第 二抗原组"相比，其也显示了较高或至少相当的杀菌活性SBA(血清杀菌试验）效价。
[0460] 菌株和变体
[0461] 发明人发现编码 NT022、NT016、NT014、NT018、NT024、NT032、NT067 和 NT001 的基 因存在于经分析的所有86种基因组序列中并保守。
[0462] 编码的NT018序列在由来自芬兰中耳炎集合（Finnish otitis collection)的15 种完整基因组和32种菌株组成的组中具有95-100%相同性。编码的NT024序列在由来自 芬兰中耳炎集合的15种完整基因组和32种菌株组成的组中具有90-100%相同性。
[0463] 编码的NT032序列在由来自芬兰中耳炎集合的15种完整基因组和32种菌株组成 的组中具有95-100%相同性；编码的NT067序列在由来自芬兰中耳炎集合的15种完整基 因组和32种菌株组成的组中具有95-100%相同性。编码的NT001序列在由来自芬兰中耳 炎集合的15种完整基因组和32种菌株组成的组中具有95-100%相同性。
[0464] 编码的氨基酸序列的保守性如表I所示。
[0465] 表I :嗜血杆菌基因组和菌株中的抗原保守性（相同性百分比）
[0466]

【权利要求】
1. 一种免疫原性组合物，所述组合物包含一种或多种不可分型流感嗜血杆菌分离 或重组的多肽抗原，所述抗原选自：（5)NTHI1292(NT067)、（8)CGSHiGG_00130(NT052)、 (I) NTHI0915 (NT018)、（2) NTH 11 4 I 6 (ΝΤΟ 24)、（3) NTHI20 I 7 (ΝΤ032)、(4) CGSHiGG_02400 (ΝΤ038)、（6)ΝΤΗΙ0877 (ΝΤ00 I)、（7)ΝΤΗΙ0266 (ΝΤΟ 16)、(9) NTHI1627(ΝΤ002), (10)NTHIl109(ΝΤ026), (11)ΝΤΗΙ0821(ΝΤ009), (12)ΝΤΗΙ0409(ΝΤ025), (13)ΝΤΗΙ1954 (ΝΤ028) , (14) ΝΤΗΙ037I(ΝΤ029) , (15) NTHI0509 (ΝΤ03 1) , (16) ΝΤΗΙ0449 (ΝΤ015) , (17) NTHI1473 (ΝΤ023) , (18) gi-145633184 (NT 100) , (19) ΝΤΗΙ1110 (ΝΤ040) , (20) gi-46129075 (ΝΤ048) , (21) gi-145628236 (ΝΤ053) , (22) ΝΤΗΙ1230(ΝΤ066)、（23)ΝΤΗΙ0522(ΝΤ097)、（24)ΝΤ004、（25)ΝΤ014、（26)ΝΤ022。
2. 如权利要求1所述的组合物，其中 所述ΝΤ067抗原是包含氨基酸序列的多肽，所述序列：（a)与SEQ ID Ν0:5或与SEQ ID NO:52存在80%或更高的相同性；和/或（b)是SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:52的至少10 个连续氨基酸的片段，且包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:52的表位； 所述NT016抗原是包含氨基酸序列的多肽，所述序列：（a)与SEQ ID N0:7或与SEQ ID NO:55存在80%或更高的相同性；和/或（b)是SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:55的至少10 个连续氨基酸的片段，且包含SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:55的表位； 所述NT014抗原是包含氨基酸序列的多肽，所述序列：（a)与SEQ ID NO: 123存在80% 或更高的相同性；和/或（b)是SEQ ID NO: 123的至少10个连续氨基酸的片段，且包含SEQ ID NO: 123的表位； 所述NT022抗原是包含氨基酸序列的多肽，所述序列：（a)与SEQ ID N0:124存在80% 或更高的相同性；和/或（b)是SEQ ID NO: 124的至少10个连续氨基酸的片段，且包含SEQ ID NO: 124的表位。
3. 如权利要求1所述的免疫原性组合物，所述组合物还包含至少一种选自下组 的多肽：（24)P48(NTHI0254,也定义为 NT007)、（25)HtrA(NTHI1905,也定义为 NT006)、 (26)PE(NTHI0267，也定义为 NT035)、（27)P26(NTHI0501，也定义为 NT010)、（28) PHiD(NTHI0811，也定义为 NT080)、（29)P6(NTHI0501，也定义为 NT081)。
4. 如前述权利要求中任一项所述的免疫原性组合物，所述组合物还包含至少一种选自 下组的多肽：（30)NT013、（31)NT106、（32)NT107、（33)NT108、（34)NT109、（35)NT110、（36) NT111、（37)NT112、（38)NT113、（39)NT114、（40)NT115、（41)NT116、（42)NT117、（43)NT118、 (44)NT123、（45)NT124、（46)NT119、（47)NT120、（48)NT121、（49)NT122 和 / 或（50)NT061。
5. 如权利要求1-4所述的免疫原性组合物，所述组合物包含两种或多种抗原的组合。
6. 如权利要求1所述的组合物，所述至少一种不可分型流感嗜血杆菌分离或重组的多 肽抗原在不同的病原性不可分型流感嗜血杆菌菌株之间具有保守性。
7. 如前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物还包含至少一种不可分型流感 嗜血杆菌抗原以外的疫苗抗原，所述疫苗抗原选自： -来自脑膜炎奈瑟球菌血清组A、B、C、W135和/或Y的抗原 -来自肺炎链球菌的糖或多肽抗原 -来自甲型肝炎病毒的抗原 -来自乙型肝炎病毒的抗原 -白喉抗原，如白喉类毒素 -破伤风抗原 -来自百日咳博德特菌的抗原 -全细胞百日咳抗原 -来自乙型流感嗜血杆菌的糖抗原 -脊髓灰质炎抗原 -麻疹、腮腺炎和/或风疹抗原 -流感病毒抗原 -来自粘膜炎莫拉菌的抗原 -来自呼吸道合胞病毒的抗原 -包含白喉（D)、破伤风（T)、百日咳（无细胞、组分）（Pa)、乙肝（rDNA) (HBV)、脊髓灰 质炎（已灭活）（IPV)和流感嗜血杆菌b型（Hib)偶联疫苗（吸附）的疫苗组合物，例如 Infanrix-hexa〇
8. 如前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物还包含一种或多种药学上可接 受的载剂、稀释剂和/或佐剂。
9. 用于药物的前述权利要求中任一项所述的组合物。
10. 如权利要求1-8中任一项所述的组合物，所述组合物是疫苗。
11. 用作对抗流感嗜血杆菌属的免疫剂的权利要求1-8中任一项所述组合物。
12. 用作对抗不可分型流感嗜血杆菌所引起感染的免疫剂的权利要求1-8中任一项所 述组合物，所述感染例如中耳炎。
13. 用作对抗流感嗜血杆菌所引起疾病的疫苗的权利要求1-8中任一项所述组合物。
14. 一种预防或治疗不可分型流感嗜血杆菌感染的方法，所述方法包括向哺乳动物给 予有效量的权利要求1-8中任一项所述组合物的步骤，或者包括给予至少一种权利要求 1-4中所定义抗原的一个或多个步骤。
15. 如权利要求13所述的方法，所述方法包括同时给予至少一种权利要求1-4中所定 义抗原的步骤。
16. 如权利要求13-14中任一项所述的方法，其中至少一种权利要求1-8中任一项所定 义的抗原分多个步骤给予。
17. 至少一种权利要求1-8中任一项所定义的抗原，用于联合使用以在哺乳动物中引 起免疫应答。
18. -种制备权利要求1-8中任一项所定义的组合物的方法，所述方法包括将一种或 多种抗原与佐剂混合的步骤。
19. 如权利要求18所述的方法，所述方法还包括将混合物配制为药物或疫苗的步骤， 且可选地还包括随后对制剂进行包装以作为药物或疫苗进行配送的步骤。
【文档编号】C12N15/63GK104321078SQ201380021921
【公开日】2015年1月28日 申请日期:2013年4月24日 优先权日:2012年4月26日
【发明者】M·瑟里阿尼, M·斯卡塞利, N·诺拉斯, D·戈麦斯莫里尔, S·罗西　帕卡尼 申请人:诺华股份有限公司