1.一种长度为9-100个氨基酸的肽,其包含与选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605的一个序列至少80%同源的一种氨基酸序列,或其一种药用盐。
2.根据权利要求1所述的肽,其中所述肽具有与人类主要组织兼容性复合物(MHC)I类分子和/或人类主要组织兼容性复合体(MHC)II类分子结合的能力。
3.根据权利要求1所述的肽,其中所述肽的长度为9至30个氨基酸。
4.根据权利要求1所述的肽,其包括长度不超过10个氨基酸的N-末端和/或C-末端氨基酸延伸。
5.根据权利要求1至3任意一项所述的一种肽,其选自包括以下项的组:
(a)一种肽,其由与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605至少80%同源的氨基酸序列组成。
(b)(a)中的肽,其具有长度不超过10个氨基酸的核心序列N-末端延伸。
(c)(a)或(b)中的肽,其具有长度不超过10个氨基酸的C-末端延伸。
6.根据权利要求1至5任意一项所述的肽,其中,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605至少90%同源。
7.根据权利要求1至6任意一项所述的肽,其中,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605至少95%同源。
8.根据权利要求1至6任意一项所述的肽,其中,所述氨基酸序列包括任何SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605。
9.根据权利要求1或2所述的肽,其中,所述氨基酸序列包括任何SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605。
10.根据权利要求1至9任一项中所述的肽,其中该肽被修饰和/或包含非肽键。
11.一种与HLA配体反应的T细胞受体,其由与选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605组成的组的氨基酸序列至少80%同源。
12.根据权利要求11所述的T细胞受体,其中,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605至少90%或95%同源。
13.根据权利要求11或12所述的T细胞受体,其中,所述氨基酸序列包括任何SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605。
14.根据权利要求11至13任意一项所述的T细胞受体,其中,所述氨基酸序列包括任何SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605。
15.一种融合蛋白,其包括:
(a)一种氨基酸序列,其与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605至少80%同源;以及
(b)HLA-DR抗原相关不变链(Ii)N-端的1-80个氨基酸。
16.根据权利要求15所述的融合蛋白,其中,(a)的所述氨基酸序列与SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605至少90%,优选为95%同源。
17.根据权利要求16所述的融合蛋白,其中,(a)的所述氨基酸序列包括SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:325、SEQ ID NO:326至SEQ ID NO:447或SEQ ID NO:448至SEQ ID NO:605。
18.一种核酸,其编码:
(a)根据权利要求1至10任一项中所述的肽;
(b)根据权利要求11至14任一项中所述的T细胞受体;或
(c)根据权利要求15至17任一项中所述的融合蛋白。
19.根据权利要求18中所述的核酸,其为DNA、cDNA、PNA、RNA,也可能为其组合物。
20.根据权利要求18或19中所述的一种包括核酸的表达载体。
21.根据权利要求18或19中所述的一种包括核酸的宿主细胞或根据权利要求20中所述的一种表达载体。
22.根据权利要求21中所述为一种抗原提呈细胞(例如树突状细胞)的宿主细胞。
23.根据权利要求1至10任一项中所述的肽、根据权利要求12至14任一项中所述的T细胞受体或根据权利要求15至17任一项中所述的融合蛋白的一种制备方法,所述方法包括培养根据权利要求21所述的宿主细胞以及从宿主细胞和/或其培养基中分离出所述肽、所述T细胞受体或所述融合蛋白。
24.一种体外制备启动的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的方法,该方法包括将CTL与载有抗原的人I或II类MHC分子进行体外连接,这些分子在合适的抗原提呈细胞表面表达足够的一段时间从而以抗原特异性方式启动CTL,其中所述抗原为权利要求1至10任一项中所述的肽。
25.根据权利要求24中所述的方法,其中所述抗原通过与足够量的含抗原提呈细胞的抗原结合被载入表达于合适抗原提呈细胞表面的I或II类MHC分子。
26.根据权利要求25中所述的方法,其中该抗原提呈细胞包括一个表达载体,该载体有能力表达根据权利要求1至9任意项所述的肽。
27.一种启动细胞毒性T淋巴细胞(CTL),其根据权利要求24至26中任一项所述的方法制备。
28.一种在患者中杀死靶向癌细胞的方法,该方法包括给予所述患者根据权利要求27所述的有效数量细胞毒性T淋巴细胞。
29.根据权利要求1至10任一项中所述的肽、根据权利要求12至14任一项中所述的T细胞受体、根据权利要求15至17任一项中所述的融合蛋白、根据权利要求18或19中所述的核酸、根据权利要求20中所述的表达载体、根据权利要求22或23中所述的宿主细胞或根据权利要求27中所述的启动细胞毒性T淋巴细胞作为药剂或用于制造药剂中的用途。
30.根据权利要求29中所述的用途,其中所述药剂系指一种疫苗。
31.根据权利要求29或30中所述的用途,其中所述药剂有抗癌活性。
32.根据权利要求29至31任一项中所述的用途,其中所述癌症为急性骨髓性白血病和/或慢性淋巴性白血病。
33.一种药物组合物,其包括至少一种活性成分,该成分选自根据权利要求1至10任一项中所述的肽、根据权利要求12至14任一项中所述的T细胞受体、根据权利要求15至17任一项中所述的融合蛋白、根据权利要求18或19中所述的核酸、根据权利要求20中所述的表达载体、根据权利要求22或23中所述的宿主细胞或根据权利要求27中所述的启动细胞毒性T淋巴细胞组成的组,以及一种药用载体。
34.一种药物组合物,其包括至少一种活性成分,该成分选自以下项组成的组
a)一种肽,具有与人类主要组织兼容性复合物(MHC)I类分子和/或人类主要组织兼容性复合体(MHC)II类分子结合的能力,并且其中所述肽是源自一种蛋白,其选自FAF1,PLXND1,GMNN,CPQ,ATP5L,ITGA5,SKP1,CHD1L,TGFBRAP1,NGLY1,APLP2,KIF2C,ELP3,DGKZ,MYCH2,SLC31A2,ERLIN1,SERPINB2,ABHD2,GAA,OPRL1,WDR45B,TUFM,MFAP1,ZNF543,STK4,ZKSCAN8,FNDC3B,TMEM164,THOC7,KLF2,TMEM126B,UFD1L,MUL1,VCPIP1,KIF20B,CSF3R,NOC4L,EMILIN2,SHANK3,UCK2,PHPT1,KIF15,SLC12A6,DOLK,EEF2K,PIK3R2,TMEM194A,CCS,ZNF264,LYRM1,NBN,TIPRL TIP41,RPS6KA4,RCBTB2,PAK4,ERCC1,DMD,UNG,CPA3,AZU1,ATP2B4,MARK3,HLA-DMA,NDUFS1,S100A11,HAL,PRIM1,RENBP,CCNG1,ZNF131,HRSP12,EIF6,TMPRSS3,UBE2G2,NOP14,TFCP2,TARBP1,TTL12,HLX,CBX2,ZNF638,C3AR1,TAF9,FSCN1,ZNF805,CLEC 12A,SLX4IP,RLTPR,RNF19B,DDX46,LRRC8D,C16orf62,GOLGA7,RHOT1,BBS1,CEP76,GANC,ATP8B4,PPIL4,HPT1,CHTF18,DGCR8,ANKS1A,TOP1MT,PHACTR3,CCDC115,SORCS2,ACCS,ACBD6,ORAI3,SIKE1,C9orf156,EDEM2,NUP85,PANK2,SPATC1L,IKZF4,DHX33,METTL7A,QTRTD1,TMBIM4,RAVER2,SDAD1,UCKL1,STMN3,CHIC2,ODF2L,PRR12,FARSA,CTDP1,A1BG,CORO1A,RPS5,C19orf10,PLIN3,CLSTN1,HSP90B1,B4GALT1,SPN,METAP1,HSPG2,QSOX1,MANBA,CREG1,LDHA,CP,COL1A1,CRP,APRT,MBL2,IFI30,LBP,RAB5A,ICAM3,MAN1A1,RBMX,PBX2,YARS,TPM4,RBL36A,GANAB,HSP90B2P,LAIR1,GALNT7,ARRDC1,和ERGIC1组成的组;
(b)与根据(a)中所述的肽产生反应的一种T细胞受体;
c)由根据(a)中所述的肽以及HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的第1至80N-端氨基酸组成的融合蛋白;
d)编码a)至c)任一项的一种核酸或一种包含所述核酸的表达载体。
e)包括d中表达载体的宿主细胞,和
f)一种启动的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),通过一种方法获得,该方法包括将CTL与a)中所述肽进行体外连接,该肽在合适的抗原提呈细胞表面表达足够的一段时间从而以抗原特异性方式启动该CTL;和一种药用载体。
35.一种在患者中杀死靶向细胞的方法,所述方法包括给予所述患者根据权利要求34所述的有效数量药物组合物。
36.一种用于识别肿瘤相关肽加入肽疫苗的方法,所述方法包括:
(a)洗脱和识别来自至少一种原发性肿瘤样本以及至少一种相应正常细胞样本的天然提呈HLA配体,
(b)基于识别的所述HLA配体,产生来自至少一种原发性肿瘤样本以及至少一种正常细胞样本的配体组;以及
(c)选择至少一种适用于作为组合物的HLA配体,a)其来源于至少一种肿瘤样本的所述细胞专用提呈的抗原,和b)其在至少一种肿瘤的所述配体组中表现出高频提呈性。
37.权利要求36所述的方法,其中所述提呈频率选自至少5%、10%和20%。
38.根据权利要求36或37所述的方法,其中使用多个样本,并产生了多个配体组。
39.一种用于识别肿瘤相关肽加入个体化肽疫苗的方法,其中在步骤(a)中使用来自个体患者的肿瘤样本。
40.根据权利要求36至39任一项所述的方法,其中,步骤(c)中的所述选择包括将所述配体组与进行肿瘤(与相应的非肿瘤组织相比)免疫原性和过量提呈预筛查肽的数据库进行比对。
41.根据权利要求36至40任一项所述的方法,其中,所述识别包括洗脱来自所述肿瘤样本的MHC分子结合肽,并测序所述洗脱的肽。
42.根据权利要求36至41任一项所述的方法,其中,至少正常组织样本与来自患者的肿瘤样本的组织类型向对应。
43.根据权利要求39至42任一项中所述的方法,其中数据库包含的所述肽用包括以下项的方法进行识别:
1)用质谱法识别来自所述肿瘤材料的HLA配体;
2)使用微数组的全基因组信使核糖核酸(mRNA)表达分析法识别肿瘤材料中过量表达的基因(与一系列正常组织相比);
3)确定的HLA配体与基因表达数据进行比较;
4)选择步骤b)检测到的特异性表达或过量表达的基因所编码的肽;
5)确认肿瘤组织与正常组织相比,步骤c)选定的HLA配体重新检测而确定的在mRNA水平过度表达的相关性;和
6)为了评估通过选定的肽诱导体内T细胞反应是否可行,使用患者或健康供体的人T细胞进行体外免疫原性测定。
44.根据权利要求40至43任一项所述的方法,其中数据库是否包括肽免疫原性由选自体外免疫原性实验、个体HLA结合性患者免疫监测、MHC多聚体染色、ELISPOT分析以及细胞内细胞因子染色组成的一群方法中的一种方法确定。
45.根据权利要求40至44任一项中所述的方法,其中数据库包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:605的肽。
46.根据权利要求40至43任一项所述的方法,其进一步包括该步骤:识别至少一种具有至少一种突变并与该个体患者相应正常组织相比对所述肿瘤样本具有唯一性的肽,以及选择所述肽加入疫苗。
47.根据权利要求46中所述的方法,其中所述至少一种突变通过全基因组测序鉴定。
48.根据权利要求36至47任一项所述的方法,进一步包括该步骤:产生包含根据(c)选定的至少一种肿瘤相关肽的肽疫苗,其中所述的肽疫苗优选为个体化。