本发明属于分子基因学领域,具体涉及一种cfDNA建库的接头、引物组、试剂盒和建库方法。
背景技术:
cfDNA,即循环肿瘤DNA,是体内循环肿瘤细胞(CTC)和死亡的肿瘤细胞在细胞代谢时留在血浆中的残留物。cfDNA高通量测序技术是液态活检的一种,它只需像化验肝肾功能那样采集静脉血,即可对全身的肿瘤基因信息进行精确测定,基于肿瘤基因信息,就可以指导抗肿瘤药物选用、疗效评估、预后判断,甚至早期发现和早期诊断。然而,精确测序cfDNA存在两个巨大技术障碍:首先是血浆中的cfDNA含量极低,且多为小片段分子特点,导致提取较为困难,丢失量大,检测灵敏度较低,因此限制了其在临床上的应用。其次是由于cfDNA为高度片段化,目前市场上cfDNA建库的方法,如在双链DNA末端补平加A后再加接头进行扩增,会导致一些cfDNA无法补平加接头,造成了cfDNA的损耗,使一些基因突变位点无法被检测到,进一步限制了检测灵敏度。
技术实现要素:
本发明的目的在于提供一种高灵敏性、低成本的cfDNA建库的接头、引物组、试剂盒和建库方法。
为实现上述目的,本发明采用的技术方案是:
一种用于cfDNA建库的接头,所述接头包括单链接头A和双链接头B;
所述单链接头A的序列为SEQ ID NO.1,且3′端用生物素修饰,用于连接和标识变性后的单链cfDNA;
所述双链接头B包括接头B1和接头B2,所述接头B1和接头B2的序列分别为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3,用于连接双链cfDNA。
一种用于cfDNA建库的引物组,所述引物组包括SEQ ID NO.4-6所示的序列,所述序列为SEQ ID NO.4的引物用于单链cfDNA的单向扩增;所述序列为SEQ ID NO.5-6的引物用于扩增文库分子以进行文库检测。
一种cfDNA建库试剂盒,所述试剂盒包括所述的接头和引物组。
一种cfDNA建库的方法,包括如下步骤:
(1)对cfDNA进行去磷酸化与变性,得单链cfDNA;
(2)连接单链cfDNA与3′端被修饰的单链接头A,得3′端被修饰的单链连接产物;
(3)单向扩增第一次连接产物,得双链cfDNA;
(4)连接双链cfDNA与双链接头B,得双链连接产物;
(5)除去双链连接产物中3′端被修饰的一条链;
(6)文库质检。
上述技术方案产生的有益效果在于:
本发明首先将得到的ctDNA变性使其由双链变成单链,然后通过单链连接酶连接接头,使得几乎所有的ctDNA都能被捕获,避免了ctDNA的损耗,从而提高了检测灵敏度。本发明提供的建库方法操作简单,测序结果稳定,测序成本低。
附图说明
图1是本发明的建库方法示意图;
图2-3是本发明的测序结果图。
具体实施方式
为进一步说明本发明公开的技术方案,以下通过2个实施例来说明:
实施例1:
本发明提供了一种cfDNA建库试剂盒产品,在试剂盒中包括有:
用于连接和标识变性后的单链cfDNA的单链接头A,所述单链接头A的3′端用生物素修饰;
用于连接单链cfDNA和单链接头A的单链连接酶和用于单链连接酶的缓冲液;
用于连接双链cfDNA的双链接头B,所述双链接头B包括接头B1和接头B2;
用于连接双链cfDNA的双链接头B的T4DNA连接酶和用于T4DNA连接酶的缓冲液;
用于单向扩增单链cfDNA的引物CL9和用于扩增文库分子以进行文库检测的引物IS7和IS8:
其中,所述双连接头B由如下方法制得:
对如下体系进行PCR,95℃反应10S,然后以0.1℃/s降温到14℃,得到双链接头B。反应体系如下:
所述试剂盒还包括如下试剂:
缓冲A液(50ml):
缓冲B液(50ml):
严谨性洗脱缓冲液(50ml):
49.5ml 灭菌蒸馏水
250ul 20%(wt/vol)SDS
250ul 20×SSC buffer;
终止液(100ul):
98ul 0.5M EDTA(PH8.0)
2ul Tween20;
TE缓冲液(50ml):
49.4ml 灭菌蒸馏水
500ul 1M Tris-Hcl(PH8.0)
100ul 0.5M EDTA(PH8.0);
TET缓冲液(50ml):
在使用中为了更加进一步增加试剂盒的便易性,在试剂盒中还可以添加如下成分:10×buffer,Fast AP,PEG-4000,Isothermal amplification buffer(10×),dNTP mix(25mM each),Buffer Tango(10×),dNTP(25Mm each),Tween 20(1%),Library,Mix。
实施例2:
一种cfDNA建库的方法,包括如下步骤:
(1)对cfDNA进行去磷酸化与变性,得单链cfDNA;
(a1):根据QIAGEN公司提供的QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit(50)试剂盒的使用说明书,使用该试剂盒对血浆中游离的cfDNA进行提取;
(b1):向PCR管中加入如下成分:
使用PCR仪,先37℃反应10min,然后95℃反应2min;
取出PCR管,迅速将其放入到冰水混合物中,冰浴至少1min,取出后离心,室温保存。
(2)连接单链cfDNA与3′端被修饰的单链接头A,得3′端被修饰的单链连接产物
(a2):向PCR管中加入如下成分:
使用PCR仪,60℃反应1h,加入2μl终止液,终止反应;
取出PCR管,震荡离心,-20℃保存。
(b2):另取一1.5ml离心管,在涡流保持磁珠悬浮的条件下,向其中转移12μl磁珠,用磁力架固定磁珠,移去上清液,用500μl的磁珠缓冲液分两次冲洗磁珠;
(c2):取出步骤(a2)中的PCR管,使用PCR仪,95℃反应1min,之后取出,冰浴至少1min,取出离心;将PCR管中的连接产物转移至上述离心管中,室温旋转20min,离心;用磁力架固定磁珠,移去上清液,磁珠依次用200μl的缓冲A液和缓冲B液冲洗。
(3)单向扩增第一次连接产物,得双链cfDNA
(a3):用磁力架固定磁珠,移去上清液,向离心管中加入如下成分(此过程通过涡流保持磁珠悬浮):
将上述体系置于65℃的恒温金属浴中热处理2min;再取出冰浴1min;然后加入1μl Bst 2.0 polymerase,混匀;放入37℃的恒温金属浴中热处理27min;取出离心;
(b3):用磁力架固定磁珠,移去上清液;先用200μl的缓冲A液冲洗磁珠,然后将磁珠重悬在100μl的严谨性洗脱缓冲液中,再将该体系在恒温金属浴上45℃热处理3min;用磁力架固定磁珠,移去上清液,最后再用200μl的缓冲B液冲洗磁珠。
(4)连接双链cfDNA与双链接头B,得双链连接产物
(a4):用磁力架固定磁珠,移去上清液,向离心管中加入如下成分:
震荡混匀;然后加入1μl T4 DNA polymerase,混匀,将上述体系置于25℃的恒温金属浴中热处理15min;再加入0.5M EDTA 10μl,混匀;
(b4):同步骤(b3);
(c4):用磁力架固定磁珠,移去上清液,向离心管中加入如下成分:
震荡混匀;然后加入2μl T4 DNA ligase,混匀,室温反应1h;
(d4):同步骤(b3)。
(5)除去双链连接产物中3′端被修饰的一条链;
(a5):用磁力架固定磁珠,移去上清液,在涡流保持磁珠悬浮的条件下,向离心管中加入25μl TET buffer,然后将该体系转移到0.2ml的PCR管中,离心;使用PCR仪,95℃反应1min,之后取出,迅速将其放到一个96孔的磁力架上;
(b5)将上清液转移至新的0.2ml的PCR管中,得文库分子;
(6)文库质检:
(a6)以文库分子为模板,进行PCR扩增:
扩增体系,具体如下:
合计25μl;
PCR反应程序:
(b6)通过illumina测序仪对PCR产物进行测序,结果如图2-3所示。由图2-3可看出,能从中找到单链接头A和双连接头B2,证明了本发明的可行性。
序列表
<110>安徽安科生物工程(集团)股份有限公司
<120>cfDNA建库的接头、引物组、试剂盒和建库方法
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 10
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 1
AGATCGGAAG 10
<210> 2
<211> 11
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 2
CGACGCTCTTC 11
<210> 3
<211> 29
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 3
GGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAG*T*G*T*A 29
<210> 4
<211> 34
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 4
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT 34
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 5
ACACTCTTTCCCTACACGAC 20
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 6
GTGACTGGAGTTCAGACGTGT 21