本发明涉及生物技术领域，特别是涉及一种肿瘤驱动基因的检测芯片及其应用。
背景技术：
肿瘤是一组由驱动基因所致的恶性疾病，具有高发病率、高死亡率的特征。较为常见的肿瘤驱动基因例如有alk基因、braf基因、ddr2基因、egfr基因、erbb2基因、fgfr1基因、kras基因、met基因、nras基因、pik3ca基因、ret基因以及ros1基因等。近10年来，我国肿瘤的发病率快速增长，严重危害公众健康。临床研究发现，约87％的患者已有可知驱动基因，其中约有81％驱动基因已有明确的靶向抑制剂，66％患者可接受已上市药物的个体化靶向治疗。研究结果表明通过检测驱动基因，并且接受靶向治疗，患者生存期至少可延长1年以上。nccn指南(2017版)明确提出：肿瘤患者分子检测应选择更为广谱的分子分型，因为这是提高患者获益的关键。因此检测肿瘤驱动基因并针对性的指导个体化靶向治疗非常有必要。
然而，由于肿瘤驱动基因变异形式多样，常有突变、扩增或融合等变异形式，特别是肿瘤驱动基因容易与源自ccdc6基因、cd74基因、cltc基因或erc1基因等等的融合片断发生基因融合。传统的检测产品灵敏度较低，一般仅针对肿瘤驱动基因的突变或扩增设计，而对于肿瘤驱动基因是否与融合片断发生基因融合则较难检测。
技术实现要素：
基于此，有必要提供一种灵敏度较高，能够特异性的检测肿瘤驱动基因是否与融合片断发生基因融合的检测芯片及其应用。
一种肿瘤驱动基因的检测芯片，所述检测芯片上包括用于检测基因融合的第一序列组，所述第一序列组包括alk融合检测剂、egfr融合检测剂、ret融合检测剂以及ros1融合检测剂；
所述alk融合检测剂用于检测alk基因与融合片断融合后形成的alk融合基因；
所述egfr融合检测剂用于检测egfr基因与所述融合片断融合后形成的egfr融合基因；
所述ret融合检测剂用于检测ret基因与所述融合片断融合后形成的ret融合基因；
所述ros1融合检测剂用于检测ros1基因与所述融合片断融合后形成的ros1融合基因。
在一个实施方式中，所述alk融合检测剂针对2号染色体第29446129～29448537位点区域内的alk基因设计；
所述egfr融合检测剂针对7号染色体第55267769～55269109位点区域内的egfr基因设计；
所述ret融合检测剂针对10号染色体第43610118～43612098位点区域内的ret基因设计；
所述ros1融合检测剂针对6号染色体第117640938～117658598位点区域内的ros1基因设计。
在一个实施方式中，所述融合片断源自ccdc6基因、cd74基因、cltc基因、erc1基因、ezr基因、golga5基因、gopc基因、kif5b基因、klc1基因、ktn1基因、lrig3基因、ncoa4基因、npm1基因、prkar1a基因、purb基因、rad51基因、sdc4基因、slc34a2基因、strn基因、tfg基因、tpm3基因、trim24基因及trim33基因中的至少一种。
在一个实施方式中，，所述alk融合检测剂包括如seqidno.1～seqidno.27所示的核苷酸链中的至少一条；及/或，
所述egfr融合检测剂包括如seqidno.28～seqidno.46所示的核苷酸链中的至少一条；及/或，
所述ret融合检测剂包括如seqidno.47～seqidno.78所示的核苷酸链中的至少一条；及/或，
所述ros1融合检测剂包括如seqidno.79～seqidno.195所示的核苷酸链中的至少一条。
在一个实施方式中，如seqidno.1所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446129～29446249位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.2所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446189～29446309位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.3所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446249～29446369位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.4所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446309～29446429位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.5所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446396～29446489位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.6所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446429～29446549位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.7所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446489～29446609位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.8所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446549～29446669位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.9所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447338～29447457位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.10所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447397～29447517位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.11所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447457～29447577位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.12所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447517～29447637位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.13所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447577～29447697位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.14所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447637～29447757位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.15所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447697～29447817位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.16所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447757～29447877位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.17所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447817～29447937位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.18所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447877～29447997位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.19所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447937～29448057位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.20所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447997～29448117位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.21所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448057～29448177位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.22所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448117～29448237位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.23所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448177～29448297位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.24所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448237～29448357位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.25所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448297～29448417位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.26所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448357～29448477位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.27所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448417～29448537位点区域的alk基因是否与所述融合片断发生基因融合。
在一个实施方式中，，如seqidno.28所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267769～55267889位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.29所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267829～55267949位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.30所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267889～55268009位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.31所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267949～55268069位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.32所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268009～55268129位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.33所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268069～55268189位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.34所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268129～55268249位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.35所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268189～55268309位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.36所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268249～55268369位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.37所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268309～55268428位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.38所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268595～55268715位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.39所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268629～55268749位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.40所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268640～55268760位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.41所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268689～55268809位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.42所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268749～55268869位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.43所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268809～55268929位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.44所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268869～55268989位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.45所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268929～55269049位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.46所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268989～55269109位点区域的egfr基因是否与所述融合片断发生基因融合。
在一个实施方式中，如seqidno.47所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610118～43610238位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.48所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610178～43610298位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.49所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610238～43610358位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.50所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610298～43610418位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.51所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610358～43610478位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.52所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610418～43610538位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.53所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610478～43610598位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.54所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610538～43610658位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.55所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610598～43610718位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.56所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610658～43610778位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.57所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610718～43610838位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.58所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610778～43610898位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.59所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610838～43610958位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.60所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610898～43611018位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.61所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610958～43611078位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.62所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611018～43611138位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.63所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611078～43611198位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.64所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611138～43611258位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.65所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611198～43611318位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.66所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611258～43611378位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.67所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611318～43611438位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.68所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611378～43611498位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.69所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611438～43611558位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.70所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611498～43611618位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.71所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611558～43611678位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.72所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611618～43611738位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.73所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611678～43611798位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.74所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611738～43611858位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.75所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611798～43611918位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.76所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611858～43611978位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.77所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611918～43612038位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合；及/或，
如seqidno.78所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611978～43612098位点区域的ret基因是否与所述融合片断发生基因融合。
在一个实施方式中，所述检测芯片上还包括用于检测基因突变第二序列组以及用于检测基因扩增的第三序列组；
所述第二序列组包括alk突变检测剂、braf突变检测剂、ddr2突变检测剂、egfr突变检测剂、erbb2突变检测剂、fgfr1突变检测剂、kras突变检测剂，met突变检测剂、nras突变检测剂、pik3ca突变检测剂、ret突变检测剂以及ros1突变检测剂；
所述第三序列组包括alk扩增检测剂、met扩增检测剂、pik3ca扩增检测剂以及fgfr1扩增检测剂；
所述alk突变检测剂针对2号染色体上外显子1～外显子27中的alk突变基因进行设计，所述braf突变检测剂针对7号染色体外显子11～外显子15中的braf突变基因进行设计，ddr2突变检测剂针对1号染色体外显子1～外显子19中ddr2突变基因进行设计，egfr突变检测剂针对7号染色体外显子18～外显子21中egfr突变基因进行设计，erbb2突变检测剂针对17号染色体外显子8～外显子21中erbb2突变基因进行设计，fgfr1突变检测剂针对8号染色体外显子1～外显子19中fgfr1突变基因进行设计，kras突变检测剂针对12号染色体外显子1～外显子6中的kras突变基因进行设计，met突变检测剂针对7号染色体外显子1～外显子21中的met突变基因进行设计，nras突变检测剂针对1号染色体上外显子2和外显子3的nras突变基因进行设计，pik3ca突变检测剂针对3号染色体上外显子1～外显子21中的pik3ca突变基因进行设计，ret突变检测剂针对10号染色体上外显子1～外显子20中的ret突变基因进行设计，ros1突变检测剂针对6号染色体上外显子1～外显子44中的ros1突变基因进行设计；
所述alk扩增检测剂针对2号染色体外显子1～外显子27中的的alk扩增基因进行设计，所述met扩增检测剂针对7号染色体外显子1～外显子21中的met扩增基因进行设计，所述pik3ca扩增检测剂针对3号染色体上外显子1～外显子21中的pik3ca扩增基因进行设计，所述fgfr1扩增检测剂针对8号染色体外显子1～外显子19中fgfr1扩增基因进行设计。
在一个实施方式中，所述alk扩增检测剂包括如seqidno.196～seqidno.197所示的核苷酸链中的至少一条；及/或，
所述met扩增检测剂包括如seqidno.198～seqidno.199所示的核苷酸链中的至少一条。
上述的肿瘤驱动基因的检测芯片在肿瘤的检测试剂、检测试剂盒或检测设备中的应用。
上述肿瘤驱动基因的检测芯片包括用于检测基因融合的第一序列组，第一序列组包括alk融合检测剂、egfr融合检测剂、ret融合检测剂以及ros1融合检测剂。根据检测方法不同，检测剂例如可以是探针或引物等。其中，alk融合检测剂用于检测alk基因与融合片断融合后形成的alk融合基因。egfr融合检测剂用于检测egfr基因与所述融合片断融合后形成的egfr融合基因。ret融合检测剂用于检测ret基因与所述融合片断融合后形成的ret融合基因。ros1融合检测剂用于检测ros1基因与所述融合片断融合后形成的ros1融合基因。通过特异性的针对alk、egfr、ret以及ros1设计相应的融合检测剂，临床检测的结果表明，该检测芯片灵敏度高，能够特异性的检测alk、egfr、ret以及ros1在特定的位点区域是否与融合片断发生基因融合。
另外，进一步包括用于检测基因突变第二序列组以及用于检测基因扩增的第三序列组的检测芯片，通过一次检测即能够同时检测包括alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1在内的多种肿瘤驱动基因是否发生基因融合、基因突变及基因扩增。
具体实施方式
下面主要结合具体实施例对本发明做进一步的解释说明。
一实施方式的肿瘤驱动基因的检测芯片，该检测芯片上包括用于检测基因融合的第一序列组。第一序列组包括alk融合检测剂、egfr融合检测剂、ret融合检测剂以及ros1融合检测剂。其中，alk融合检测剂用于检测alk基因与融合片断融合后形成的alk融合基因。egfr融合检测剂用于检测egfr基因与所述融合片断融合后形成的egfr融合基因。ret融合检测剂用于检测ret基因与所述融合片断融合后形成的ret融合基因。ros1融合检测剂用于检测ros1基因与所述融合片断融合后形成的ros1融合基因。
一般地，基因融合是指两个或多个基因编码区相连，在调控序列(包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等)的控制之下，部分或全部的序列构成一个新的杂合基因。发生基因融合后，相应的位点区域的基因发生改变。通过特异性的针对alk、egfr、ret以及ros1设计相应的融合检测剂。例如当alk基因与融合片断发生融合时，alk基因内部的某些位点区域的序列会发生改变，通过alk融合检测剂能够针对性的捕获到发生融合后的alk融合基因，从而检测alk在特定的位点区域是否与融合片断发生基因融合。其他的egfr基因、ret基因以及ros1基因的设计方案类似。
具体地，根据检测方法不同，检测剂例如可以是探针或引物等。本实施方式中，检测剂为探针，探针捕获灵敏度高、特异性好。
在一个实施方式中，alk融合检测剂针针2号染色体第29446129～29448537位点区域内的alk基因设计。egfr融合检测剂针对7号染色体第55267769～55269109位点区域内的egfr基因设计。ret融合检测剂针对10号染色体第43610118～43612098位点区域内的ret基因设计。ros1融合检测剂针对6号染色体第117640938～117658598位点区域内的ros1基因设计。融合的基因为点可能会有很多，针对性的设计能够提高检测的灵敏度。例如，alk融合检测剂能够针对性的检测2号染色体第29446129～29448537位点区域内融合后的alk融合基因，从而检测alk在该特定位点区域内是否与融合片断发生了基因融合。
在一个实施方式中，alk融合检测剂可以包括如seqidno.1～seqidno.27所示的核苷酸链中的至少一条。
具体地，如seqidno.1所示的核苷酸链针对2号染色体第29446129～29446249位点区域的alk基因设计。如seqidno.2所示的核苷酸链针对2号染色体第29446189～29446309位点区域的alk基因设计。如seqidno.3所示的核苷酸链针对2号染色体第29446249～29446369位点区域的alk基因设计。如seqidno.4所示的核苷酸链针对2号染色体第29446309～29446429位点区域的alk基因设计。如seqidno.5所示的核苷酸链针对2号染色体第29446396～29446489位点区域的alk基因设计。如seqidno.6所示的核苷酸链针对2号染色体第29446429～29446549位点区域的alk基因设计。如seqidno.7所示的核苷酸链针对2号染色体第29446489～29446609位点区域的alk基因设计。如seqidno.8所示的核苷酸链针对2号染色体第29446549～29446669位点区域的alk基因设计。如seqidno.9所示的核苷酸链针对2号染色体第29447338～29447457位点区域的alk基因设计。如seqidno.10所示的核苷酸链针对2号染色体第29447397～29447517位点区域的alk基因设计。如seqidno.11所示的核苷酸链针对2号染色体第29447457～29447577位点区域的alk基因设计。如seqidno.12所示的核苷酸链针对2号染色体第29447517～29447637位点区域的alk基因设计。如seqidno.13所示的核苷酸链针对2号染色体第29447577～29447697位点区域的alk基因设计。如seqidno.14所示的核苷酸链针对2号染色体第29447637～29447757位点区域的alk基因设计。如seqidno.15所示的核苷酸链针对2号染色体第29447697～29447817位点区域的alk基因设计。如seqidno.16所示的核苷酸链针对2号染色体第29447757～29447877位点区域的alk基因设计。如seqidno.17所示的核苷酸链针对2号染色体第29447817～29447937位点区域的alk基因设计。如seqidno.18所示的核苷酸链针对2号染色体第29447877～29447997位点区域的alk基因设计。如seqidno.19所示的核苷酸链针对2号染色体第29447937～29448057位点区域的alk基因设计。如seqidno.20所示的核苷酸链针对2号染色体第29447997～29448117位点区域的alk基因设计。如seqidno.21所示的核苷酸链针对2号染色体第29448057～29448177位点区域的alk基因设计。如seqidno.22所示的核苷酸链针对2号染色体第29448117～29448237位点区域的alk基因设计。如seqidno.23所示的核苷酸链针对2号染色体第29448177～29448297位点区域的alk基因设计。如seqidno.24所示的核苷酸链针对2号染色体第29448237～29448357位点区域的alk基因设计。如seqidno.25所示的核苷酸链针对2号染色体第29448297～29448417位点区域的alk基因设计。如seqidno.26所示的核苷酸链针对2号染色体第29448357～29448477位点区域的alk基因设计。如seqidno.27所示的核苷酸链针对2号染色体第29448417～29448537位点区域的alk基因设计。
具体地，alk融合检测剂可以包括一条核苷酸链也可以包括多条核苷酸链。例如1条、3条、9条、27条等等。可以根据具体检测的位点区域选用不同的检测剂。在一个实施方式中，alk融合检测剂包括27条核苷酸链，分别如seqidno.1～seqidno.27所示。多条核苷酸链能够捕获相应的捕获多个特定位点区域内发生融合后alk基因，从而判定具体在哪一个位点区域alk基因与融合片断发生了基因融合。
在一个实施方式中，egfr融合检测剂包括如seqidno.28～seqidno.46所示的核苷酸链中的至少一条。
具体地，如seqidno.28所示的核苷酸链针对7号染色体第55267769～55267889位点区域的egfr基因设计。如seqidno.29所示的核苷酸链针对7号染色体第55267829～55267949位点区域的egfr基因设计。如seqidno.30所示的核苷酸链针对7号染色体第55267889～55268009位点区域的egfr基因设计。如seqidno.31所示的核苷酸链针对7号染色体第55267949～55268069位点区域的egfr基因设计。如seqidno.32所示的核苷酸链针对7号染色体第55268009～55268129位点区域的egfr基因设计。如seqidno.33所示的核苷酸链针对7号染色体第55268069～55268189位点区域的egfr基因设计。如seqidno.34所示的核苷酸链针对7号染色体第55268129～55268249位点区域的egfr基因设计。如seqidno.35所示的核苷酸链针对7号染色体第55268189～55268309位点区域的egfr基因设计。如seqidno.36所示的核苷酸链针对7号染色体第55268249～55268369位点区域的egfr基因设计。如seqidno.37所示的核苷酸链针对7号染色体第55268309～55268428位点区域的egfr基因设计。如seqidno.38所示的核苷酸链针对7号染色体第55268595～55268715位点区域的egfr基因设计。如seqidno.39所示的核苷酸链针对7号染色体第55268629～55268749位点区域的egfr基因设计。如seqidno.40所示的核苷酸链针对7号染色体第55268640～55268760位点区域的egfr基因设计。如seqidno.41所示的核苷酸链针对7号染色体第55268689～55268809位点区域的egfr基因设计。如seqidno.42所示的核苷酸链针对7号染色体第55268749～55268869位点区域的egfr基因设计。如seqidno.43所示的核苷酸链针对7号染色体第55268809～55268929位点区域的egfr基因设计。如seqidno.44所示的核苷酸链针对7号染色体第55268869～55268989位点区域的egfr基因设计。如seqidno.45所示的核苷酸链针对7号染色体第55268929～55269049位点区域的egfr基因设计。如seqidno.46所示的核苷酸链针对7号染色体第55268989～55269109位点区域的egfr基因设计。
具体地，egfr融合检测剂可以包括一条核苷酸链也可以包括多条核苷酸链。例如1条、3条、9条或19条等等。可以根据具体检测的位点区域选用不同的检测剂。在一个实施方式中，egfr融合检测剂包括19条核苷酸链，分别如seqidno.28～seqidno.46所示。多条核苷酸链能够捕获相应的捕获多个特定位点区域内发生融合后egfr基因，从而判定具体在哪一个位点区域egfr基因与融合片断发生了基因融合。
在一个实施方式中，ret融合检测剂包括如seqidno.47～seqidno.78所示的核苷酸链中的至少一条。
具体地，如seqidno.47所示的核苷酸链针对10号染色体第43610118～43610238位点区域的ret基因设计。如seqidno.48所示的核苷酸链针对10号染色体第43610178～43610298位点区域的ret基因设计。如seqidno.49所示的核苷酸链针对10号染色体第43610238～43610358位点区域的ret基因设计。如seqidno.50所示的核苷酸链针对10号染色体第43610298～43610418位点区域的ret基因设计。如seqidno.51所示的核苷酸链针对10号染色体第43610358～43610478位点区域的ret基因设计。如seqidno.52所示的核苷酸链针对10号染色体第43610418～43610538位点区域的ret基因设计。如seqidno.53所示的核苷酸链针对10号染色体第43610478～43610598位点区域的ret基因设计。如seqidno.54所示的核苷酸链针对10号染色体第43610538～43610658位点区域的ret基因设计。如seqidno.55所示的核苷酸链针对10号染色体第43610598～43610718位点区域的ret基因设计。如seqidno.56所示的核苷酸链针对10号染色体第43610658～43610778位点区域的ret基因设计。如seqidno.57所示的核苷酸链针对10号染色体第43610718～43610838位点区域的ret基因设计。如seqidno.58所示的核苷酸链针对10号染色体第43610778～43610898位点区域的ret基因设计。如seqidno.59所示的核苷酸链针对10号染色体第43610838～43610958位点区域的ret基因设计。如seqidno.60所示的核苷酸链针对10号染色体第43610898～43611018位点区域的ret基因设计。如seqidno.61所示的核苷酸链针对10号染色体第43610958～43611078位点区域的ret基因设计。如seqidno.62所示的核苷酸链针对10号染色体第43611018～43611138位点区域的ret基因设计。如seqidno.63所示的核苷酸链针对10号染色体第43611078～43611198位点区域的ret基因设计。如seqidno.64所示的核苷酸链针对10号染色体第43611138～43611258位点区域的ret基因设计。如seqidno.65所示的核苷酸链针对10号染色体第43611198～43611318位点区域的ret基因设计。如seqidno.66所示的核苷酸链针对10号染色体第43611258～43611378位点区域的ret基因设计。如seqidno.67所示的核苷酸链针对10号染色体第43611318～43611438位点区域的ret基因设计。如seqidno.68所示的核苷酸链针对10号染色体第43611378～43611498位点区域的ret基因设计。如seqidno.69所示的核苷酸链针对10号染色体第43611438～43611558位点区域的ret基因设计。如seqidno.70所示的核苷酸链针对10号染色体第43611498～43611618位点区域的ret基因设计。如seqidno.71所示的核苷酸链针对10号染色体第43611558～43611678位点区域的ret基因设计。如seqidno.72所示的核苷酸链针对10号染色体第43611618～43611738位点区域的ret基因设计。如seqidno.73所示的核苷酸链针对10号染色体第43611678～43611798位点区域的ret基因设计。如seqidno.74所示的核苷酸链针对10号染色体第43611738～43611858位点区域的ret基因设计。如seqidno.75所示的核苷酸链针对10号染色体第43611798～43611918位点区域的ret基因设计。如seqidno.76所示的核苷酸链针对10号染色体第43611858～43611978位点区域的ret基因设计。如seqidno.77所示的核苷酸链针对10号染色体第43611918～43612038位点区域的ret基因设计。如seqidno.78所示的核苷酸链针对10号染色体第43611978～43612098位点区域的ret基因设计。
具体地，ret融合检测剂可以包括一条核苷酸链也可以包括多条核苷酸链。例如1条、3条、20条或32条等等。可以根据具体检测的位点区域选用不同的检测剂。在一个实施方式中，ret融合检测剂包括32条核苷酸链，分别如seqidno.47～seqidno.78所示。多条核苷酸链能够捕获相应的捕获多个特定位点区域内发生融合后ret基因，从而判定具体在哪一个位点区域ret基因与融合片断发生了基因融合。
在一个实施方式中，ros1融合检测剂包括如seqidno.79～seqidno.195所示的核苷酸链中的至少一条。
具体地，如seqidno.79所示的核苷酸链针对6号染色体第117640938～117641058位点区域的ros1基因设计。seqidno.79～seqidno.195所示的核苷酸链具体的检测6号染色体上的检测区域如下表1所示。
表1：seqidno.79～seqidno.195所示的核苷酸链具体的检测区域
具体地，ros1融合检测剂可以包括一条核苷酸链也可以包括多条核苷酸链。例如1条、40条、50条或117条等等。可以根据具体检测的位点区域选用不同的检测剂。在一个实施方式中，ros1融合检测剂包括117条核苷酸链，分别如seqidno.79～seqidno.195所示。多条核苷酸链能够捕获相应的捕获多个特定位点区域内发生融合后ret基因，从而判定具体在哪一个位点区域ret基因与融合片断发生了基因融合。
进一步地，在一个实施方式中，seqidno.1～seqidno.195所示核苷酸链的检测剂均为探针。检测芯片上包括seqidno.1～seqidno.195所示核苷酸链的所有的探针，从而能够特异性的检测alk基因、egfr基因、ret基因以及ros1基因是否发生基因融合。
在一个实施方式中，能够与alk基因、egfr基因、ret基因以及ros1基因发生基因融合的融合片断源自ccdc6基因、cd74基因、cltc基因、erc1基因、ezr基因、golga5基因、gopc基因、kif5b基因、klc1基因、ktn1基因、lrig3基因、ncoa4基因、npm1基因、prkar1a基因、purb基因、rad51基因、sdc4基因、slc34a2基因、strn基因、tfg基因、tpm3基因、trim24基因及trim33基因中的至少一种。研究表明，上述基因中的一些片段容易与alk基因、egfr基因、ret基因或者ros1基因发生基因融合。因此针对性的对上述融合片断设计相应的alk融合检测剂、egfr融合检测剂、ret融合检测剂以及ros1融合检测剂的序列，提高检测的确确性。
在一个实施方式中，该肿瘤驱动基因的检测芯片还包括针对上述融合片断设计的融合检测剂。例如ccdc6融合检测剂、cd74融合检测剂、cltc融合检测剂、erc1融合检测剂、ezr融合检测剂、golga5融合检测剂、gopc融合检测剂、kif5b融合检测剂、klc1融合检测剂、ktn1融合检测剂、lrig3融合检测剂、ncoa4融合检测剂、npm1融合检测剂、prkar1a融合检测剂、purb融合检测剂、rad51融合检测剂、sdc4融合检测剂、slc34a2融合检测剂、strn融合检测剂、tfg融合检测剂、tpm3融合检测剂、trim24融合检测剂及trim33融合检测剂。例如，当ccdc6基因与alk、egfr、ret或者ros1发生融合时，该ccdc6融合检测剂用于检测融合后的ccdc6融合基因。进一步地，当alk融合检测剂和ccdc6融合检测剂均有显示捕获到相应的基因时，推测alk与ccdc6在特定的区域发生了基因融合，其他融合检测剂也类似。通过针对融合片断设计的融合检测剂，更加准确的知道alk、egfr、ret以及ros1具体与哪一个基因发生了基因融合。
具体地，ccdc6融合检测剂的核苷酸链如seqidno.200所示。cd74融合检测剂的核苷酸链如seqidno.201所示。cltc融合检测剂的核苷酸链如seqidno.202所示。erc1融合检测剂的核苷酸链如seqidno.203所示。ezr融合检测剂的核苷酸链如seqidno.204所示。golga5融合检测剂的核苷酸链如seqidno.205所示。gopc融合检测剂的核苷酸链如seqidno.206所示。kif5b融合检测剂的核苷酸链如seqidno.207所示。klc1融合检测剂的核苷酸链如seqidno.208所示。ktn1融合检测剂的核苷酸链如seqidno.209所示。lrig3融合检测剂的核苷酸链如seqidno.210所示。ncoa4融合检测剂的核苷酸链如seqidno.211所示。npm1融合检测剂的核苷酸链如seqidno.212所示。prkar1a融合检测剂的核苷酸链如seqidno.213所示。purb融合检测剂的核苷酸链如seqidno.214所示。rad51融合检测剂的核苷酸链如seqidno.215所示。sdc4融合检测剂的核苷酸链如seqidno.216所示。slc34a2融合检测剂的核苷酸链如seqidno.217所示。strn融合检测剂的核苷酸链如seqidno.218所示。tfg融合检测剂的核苷酸链如seqidno.219所示。tpm3融合检测剂的核苷酸链如seqidno.220所示。trim24融合检测剂的核苷酸链如seqidno.221所示。trim33融合检测剂的核苷酸链如seqidno.222所示。
在其他实施方式中，可以理解，针对与融合基因融合而设计的alk融合检测剂、egfr融合检测剂、ret融合检测剂以及ros1融合检测剂时，可以根据现有的文献或数据库报道，选择相应的两种或两种以上基因的融合位点信息，并针对该融合位点在特定的区域内设计检测剂序列。
在一个实施方式中，检测芯片上还包括用于检测基因突变第二序列组以及用于检测基因扩增的第三序列组。该检测芯片能够用于同时检测多种肿瘤驱动基因，多种肿瘤驱动基因包括alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1。其中，第二序列组包括alk突变检测剂、braf突变检测剂、ddr2突变检测剂、egfr突变检测剂、erbb2突变检测剂、fgfr1突变检测剂、kras突变检测剂，met突变检测剂、nras突变检测剂、pik3ca突变检测剂、ret突变检测剂以及ros1突变检测剂。第三序列组包括alk扩增检测剂、met扩增检测剂、pik3ca扩增检测剂以及fgfr1扩增检测剂。
alk突变检测剂针对2号染色体上外显子1～外显子27中的alk基因进行设计。braf突变检测剂针对7号染色体外显子11～外显子15中的braf基因进行设计。ddr2突变检测剂针对1号染色体外显子1～外显子19中ddr2基因进行设计。egfr突变检测剂针对7号染色体外显子18～外显子21中egfr基因进行设计。erbb2突变检测剂针对17号染色体外显子8～外显子21中erbb2基因进行设计。fgfr1突变检测剂针对8号染色体外显子1～外显子19中fgfr1基因进行设计。kras突变检测剂针对12号染色体外显子1～外显子6中的kras基因进行设计。met突变检测剂针对7号染色体外显子1～外显子21中的met基因进行设计。nras突变检测剂针对1号染色体上外显子2和外显子3的nras基因进行设计。pik3ca突变检测剂针对3号染色体上外显子1～外显子21中的pik3ca基因进行设计。ret突变检测剂针对10号染色体上外显子1～外显子20中的ret基因进行设计。ros1突变检测剂针对6号染色体上外显子1～外显子44中的ros1基因进行设计。alk扩增检测剂针对2号染色体外显子1～外显子27中的的alk扩增基因进行设计。met扩增检测剂针对7号染色体外显子1～外显子21中的met扩增基因进行设计。pik3ca扩增检测剂针对3号染色体上外显子1～外显子21中的pik3ca扩增基因进行设计。fgfr1扩增检测剂针对8号染色体外显子1～外显子19中fgfr1扩增基因进行设计。
在一个实施方式中，alk扩增检测剂包括如seqidno.196～seqidno.197所示的核苷酸链中的至少一条。
在一个实施方式中，met扩增检测剂包括如seqidno.198～seqidno.199所示的核苷酸链中的至少一条。
具体地，alk突变检测剂的核苷酸链如seqidno.223所示。braf突变检测剂的核苷酸链如seqidno.224所示。ddr2突变检测剂的核苷酸链如seqidno.225所示。egfr突变检测剂的核苷酸链如seqidno.226所示。erbb2突变检测剂的核苷酸链如seqidno.227所示。fgfr1突变检测剂的核苷酸链如seqidno.228所示。kras突变检测剂的核苷酸链如seqidno.229所示。met突变检测剂的核苷酸链如seqidno.230所示。nras突变检测剂的核苷酸链如seqidno.231所示。pik3ca突变检测剂的核苷酸链如seqidno.232所示。ret突变检测剂的核苷酸链如seqidno.233所示。ros1突变检测剂的核苷酸链如seqidno.234所示。
具体地，pik3ca扩增检测剂的核苷酸链如seqidno.235所示。fgfr1扩增检测剂扩增检测剂的核苷酸链如seqidno.236所示。
更进一步地，在一个实施方式中，检测剂为探针，该检测芯片上包括如seqidno.1～seqidno.236所示的核苷酸链的所有的探针。从而能够特异性的同时检测alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1多种基因的融合以及突变或扩增，一次检测所有的驱动基因，节约样本。
上述检测芯片上包括用于检测融合基因的第一序列组以及用于检测突变或扩增的第二序列组，特异性的针对融合基因设计相应的融合基因检测剂，并在针对特定的区域设计相应的突变或扩增的检测剂。临床检测的结果表明，该检测芯片灵敏度高、特异性高，能够同时检测包括alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1在内的多种肿瘤驱动基因具体的基因的融合、突变及扩增，能够通过一次检测所有的驱动基因，节约样本。
上述检测芯片可以应用在肿瘤的检测试剂、检测试剂盒或检测设备中，特别是在肺癌的检测试剂、检测试剂盒或检测设备中。
进一步地，可以根据上述检测芯片的临床检测数据，判断alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1的发生的融合、突变及扩增的类型，从而指导用药。例如可参考如下表2所示的方案推荐。
表2：驱动基因变异与临床用药的关系
上述检测芯片对于样本的需求量少，通过对特定区域设计检测剂并对外显子与内含子测序，只需一次检测将alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1融合、突变及扩增等类型一一测定，节约组织样本，可以广泛应用在肿瘤特别是在肺癌的检测试剂、检测试剂盒或检测设备中。
下面为具体实施例部分。
以下实施例中，如无特别说明，未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件。
实施例1
在检测芯片上设有如seqidno.1～seqidno.236所示序列的236个探针，用该检测芯片检测非小细胞肺癌患者的静脉血为样本(由金华中医院提供)中12个肿瘤驱动基因的变异情况，该12个肿瘤驱动基因分别为alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1。测序平台为illumina，参考基因组为grch37/hg19，参考转录组为ensembl75。参考数据库有cosmic(版本v74)、dbsnp(版本v142)、icmdb(版本4.0.0)。过滤条件如下：
1.保留满足以下过滤条件的变异:a.碱基质量>20，b.序列比对质量>50，c.链偏好性<90％，d.p值<0.001支持变异的测序短片段数目vs.期望基准误差，e.变异位点总读数深度>＝30，f.样本中支持snp变异的测序短片段读数>＝3，g.样本中支持indel变异的测序短片段数>＝5。
2.其它过滤条件使用软件默认参数
3.只保留非同义突变，或者位于基因编码区/选择性拼接位点的插入/缺失变异。
4.只保留panel目标检测区的变异。
5.与靶向药物/化疗药物/预后相关的突变位点列在了临床相关突变列表中。
6.不满足条件5的变异位点，但位于文献报道的有临床意义的区域(密码子、外显子、基因或染色体)列在了临床相关变异区域列表中。
7.具有临床意义的多态位点列在了临床相关多态位点列表中。
通过检测芯片上的探针检测样本中的序列，并与正常人作对比。seqidno.28和seqidno.229所示的核苷酸链能够捕获相应的基因。分析结果为：该样本的egfr外显子19缺失，发生基因融合，具体位于7号染色体上第55267769～55267889位点区间，同时该样本还存在kras外显子2～3突变，具体位于12号染色体第25380168～25398329区域。
针对该检测结果第一推荐治疗药物:(1)吉非替尼，fda已批准。(2)埃克替尼，cfda已批准。(3)厄洛替尼，fda已批准。(4)brigatinib(ap26113)处于临床iii期试验。(5)索拉非尼联合厄洛替尼或吉非替尼，临床ii期试验。(6)索拉非尼，临床ii期试验。
第二推荐治疗药物:(1)阿法替尼，fda已批准。(2)abemaciclib，临床iii期试验。(3)azd3759，临床i期试验。
第三推荐治疗药物：(1)asp8273，临床iii期试验。(2)安卓健，临床ii期试验。
不推荐治疗药物：暂无。
注：第一推荐表示有系统评价/随机对照研究证实相关变异对该药敏感/部分敏感。第二推荐表示有队列研究/病例对照/病例系列/病例报告研究证实相关变异对该药敏感/部分敏感。第三推荐表示有动物试验/细胞系试验证实相关变异对该药敏感/部分敏感；或者有研究证实变异对该药的同类型药(如tki)敏感/部分敏感，推理对该药也敏感/部分敏感。不推荐表示有研究证实相关变异对该药耐药/部分耐药。
以上结果显示，该检测芯片灵敏度高，一次检测即能够同时检测包括alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1在内的多种肿瘤驱动基因的融合、突变及扩增。对于样本的需求量少，只需一次检测将alk、braf、ddr2、egfr、erbb2、fgfr1、kras、met、nras、pik3ca、ret以及ros1融合、突变及扩增等类型一一测定，节约组织样本，可以广泛应用在肿瘤特别是在肺癌的检测试剂、检测试剂盒或检测设备中。
以上所述实施例仅表达了本发明的一种或几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
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<110>常州桐树生物科技有限公司
<120>肿瘤驱动基因的检测芯片及其应用
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<213>purb融合探针
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<400>215
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<210>216
<211>120
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<400>216
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<210>217
<211>120
<212>dna
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<213>alk突变探针
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