权利要求所记载的本发明的范围。
【主权项】
1.基于用于指示个体中侵袭性前列腺癌（PCa)的存在或不存在的数据的冗余设计组 合的方法，其包括以下步骤：1. 提供来自所述个体的至少一种生物样品；2. 在所述生物样品中，分析 a. -类PCa生物标志物，其通过测量所述类别的PCa生物标志物的多种PCa的生物标 志物中每种的存在或浓度而实施；和 b. -类与PCa相关的SNP (SNPpc)，其通过测量所述类别的SNPpc的多种SNPpc中每 种的存在或不存在而实施；3. 组合关于所述类别的PCa生物标志物的数据，以形成代表与PCa生物标志物相关的 发生PCa风险的生物标志物复合值；4. 组合关于所述类别的SNPpc的数据，以形成代表与SNPpc相关的发生PCa风险的 SNPpc复合值，其中所述方法允许当形成SNPpc复合值时忽略SNPpc类别的SNPpc的至少 5%的子集；5. 组合所述生物标志物复合值和所述SNPpc复合值，以形成总体复合值；6. 通过将所述总体复合值与用已知的侵袭性PCa和良性疾病诊断的对照样品建立的 预定的截止值进行比较而将所述总体复合值与所述个体中侵袭性PCa的存在或不存在相 关联。2. 权利要求1的方法，其中步骤2 (a)包括测量至少部分冗余的PCa生物标志物的存在 或浓度，并且其中所述PCa生物标志物中的至少一种，诸如两种，选自（i) PSA、（ii)总PSA (tPSA)、（iii)完整 PSA (iPSA)、（iv)游离 PSA (fPSA)和（V) hK2。3. 权利要求2的方法，其中所述方法允许当形成所述生物标志物复合值时忽略PCa生 物标志物类别的所述PCa生物标志物（i) - (V)中的至少一种的子集，诸如所述PCa生物标 志物（i)-(v)中的一种、两种、三种或四种的子集。4. 前述权利要求中任一项的方法，其中所述方法允许当形成SNPpc复合值时忽略所述 SNPpc类别的SNPpc中的至少10%，诸如15%，诸如20%，诸如30%。5. 前述权利要求中任一项的方法，其中根据预定方程组合关于PCa生物标志物的所述 类别的数据以形成所述生物标志物复合值。6. 前述权利要求中任一项的方法，其中根据预定方程组合关于SNPpc的所述类别的数 据以形成所述SNPpc复合值。7. 前述权利要求中任一项的方法，其中根据预定方程组合所述生物标志物复合值和所 述SNPpc复合值以形成所述总体复合值。8. 前述权利要求中任一项的方法，其进一步包括，如果总体复合值大于截止值，则推荐 所述个体进行活组织检查。9. 前述权利要求中任一项的方法，其进一步包括，如果总体复合值大于截止值，则推荐 所述个体改变饮食习惯、减肥、达到低于30的BMI值、定期锻炼和/或停止吸烟。10. 前述权利要求中任一项的方法，其中所述SNPpc包括rsl 1672691、rsl 1704416、 rs3863641、rsl2130132、rs4245739、rs3771570、rs7611694、rsl894292、rs6869841、 rs2018334、 rsl6896742、 rs2273669、 rsl933488、 rslll35910、 rs3850699、 rsll568818、 rsl270884、rs8008270、rs4643253、rs684232、rsll650494、rs7241993、rs6062509、 rsl041449、rs2405942、rsl2621278、rs9364554、rsl0486567、rs6465657、rs2928679、 rs6983561、rsl6901979、rsl6902094、rsl2418451、rs4430796、rsll649743、rs2735839、 rs9623117 和 rsl38213197 中的至少一种。11. 前述权利要求中任一项的方法，其进一步包括通过测量至少一种与PCa生物标志 物浓度相关的SNP (SNPbm)的存在或不存在而分析一类SNPbm;组合关于所述SNPbm的数 据以形成SNPbm复合值，且在所述总体复合值中包括所述SNPbm复合值。12. 权利要求11的方法，其中所述至少一种SNPbm包括rs3213764、rsl354774、 rsl227732、rs2736098、rs401681、rsl0788160、rsll067228、rsl363120、rs888663 和 rsl054564中的至少一种。13. 前述权利要求中任一项的方法，进一步包括通过测量至少一种与体重指数相关的 SNP (SNPbmi)的存在或不存在而分析所述个体的一类SNPbmi;组合关于所述SNPbmi的数 据以形成SNPbmi复合值；且在所述总体复合值中包括所述SNPbmi复合值。14. 权利要求13的方法，其中所述至少一种SNPbmi包括rs3817334、rsl0767664、 rs2241423、rs7359397、rs7190603、rs571312、rs29941、rs2287019、rs2815752、rs713586、 rs2867125、rs9816226、rsl0938397 和 rsl558902 中的至少一种。15. 前述权利要求中任一项的方法，进一步包括从所述个体收集关于PCa的家族史、治 疗史和身体数据；且其中将所述家族史、治疗史和/或身体数据包括在形成所述总体复合 值的组合数据中。16. 权利要求2-15中任一项的方法，进一步包括通过测量额外生物标志物类别的多种 PCa生物标志物中的一种或每种的存在或浓度而分析所述额外类别的PCa生物标志物；组 合关于所述额外PCa生物标志物类别的数据以形成所述额外PCa生物标志物类别的额外 生物标志物复合值；并且在总体组合值中包括所述额外生物标志物复合值；其中冗余设计 数据的组合以形成额外生物标志物复合值，其中额外类别的PCa生物标志物包含多于一种 PCa生物标志物。17. 权利要求16的方法，其中额外类别的PCa生物标志物包含生物标志物MIC-I和任 选其他MIC-I相关的生物标志物，或生物标志物MSMB和任选其他MSMB相关生物标志物。18. 前述权利要求中任一项的方法，其中所述生物样品是血液样品。19. 权利要求12-18中任一项的方法，其中所述总体复合值使用这样的方法计算，其中 利用SNPbm和相应的PCa生物标志物浓度的非累加效应。20. 前述权利要求中任一项的方法，其中所述个体具有大于25的BMI值。21. 前述权利要求中任一项的方法，其中所述SNP的存在或不存在的测量通过使用 MALDI质谱进行。22. 前述权利要求中任一项的方法，其中所述PCa生物标志物的存在或浓度的测量通 过使用微阵列技术进行。23. 前述权利要求中任一项的方法，其中测量SNP的存在或不存在包括测量所述SNP的 等位基因的数目。24. 测定装置，其用于进行权利要求1的步骤2a和2b，所述测定装置包含具有固定在 其上的至少两种不同类别的配体的固相，其中： -所述配体的第一类别特异性结合PCa生物标志物，并且包括特异性结合多种不同 PCa生物标志物中的每一种，优选PSA、iPSA、tPSA、fPSA和hK2中的至少一种和任选MSMB 和/或MIC-I的多种不同配体；且 -所述配体的第二类别特异性结合SNPpc，并且包括特异性结合多种不同SNPpc中的 每一种，诸如 rsll672691、rsll704416、rs3863641、rsl2130132、rs4245739、rs3771570、 rs7611694、rsl894292、rs6869841、rs2018334、rsl6896742、rs2273669、rsl933488、 rslll35910、rs3850699、rsll568818、rsl270884、rs8008270、rs4643253、rs684232、 rsll650494、rs7241993、rs6062509、rsl041449、或 rs2405942、rsl2621278、rs9364554、 rsl0486567、rs6465657、rs2928679、rs6983561、rsl6901979、rsl6902094、rsl2418451、 rs4430796、rsll649743、rs2735839、rs9623117 和 rsl38213197 中的至少一种的多种不同 配体。25. 权利要求24的测定装置，其用于进行权利要求11的方法，其中所述固相进一步具 有固定的第三类配体，所述配体特异性结合SNPbm，并且包括特异性结合多种不同SNPbm中 的一种或每种，诸如 rsl227732、rs3213764、rsl354774、rs2736098、rs401681、rsl0788160、 rsll067228、rsl363120、rs888663和rsl054564中的至少一种的一种或多种不同配体。26. 权利要求24或25的测定装置，其用于进行权利要求13的方法，其中所述固相 进一步具有固定的第四类配体，所述配体特异性结合SNPbmi，并且包括特异性结合一种 或多种不同 SNPbmi，诸如 rs3817334、rsl0767664、rs2241423、rs7359397、rs7190603、 rs571312、rs29941、rs2287019、rs2815752、rs713586、rs2867125、rs9816226、rsl0938397 和rsl558902中的至少一种的一种或多种不同配体。27. 测试试剂盒，其用于进行权利要求1的步骤2a和2b，所述测试试剂盒包含根据权 利要求24的测定装置和至少两类检测分子，其中： -所述检测分子的第一类别能够检测PCa生物标志物，优选PSA、iPSA、tPSA、fPSA和 hK2中的至少一种和任选MSMB和/或MIC-I ;且 -所述检测分子的第二类别能够检测SNPpc，诸如rsl 1672691、rsl 1704416、 rs3863641、rsl2130132、rs4245739、rs3771570、rs7611694、rsl894292、rs6869841、 rs2018334、 rsl6896742、 rs2273669、 rsl933488、 rslll35910、 rs3850699、 rsll568818、 rsl270884、rs8008270、rs4643253、rs684232、rsll650494、rs7241993、rs6062509、 rsl041449、或 rs2405942、rsl2621278、rs9364554、rsl0486567、rs6465657、rs2928679、 rs6983561、rsl6901979、rsl6902094、rsl2418451、rs4430796、rsll649743、rs2735839、 rs9623117 和 rsl38213197 中的至少一种。28. 权利要求27的测试试剂盒，所述测试试剂盒包含根据权利要求25的测定装置和 第三类检测分子，其能够检测 SNPbm，诸如 rsl227732、rs3213764、rsl354774、rs2736098、 rs401681、rsl0788160、rsll067228、rsl363120、rs888663 和 rsl054564 中的至少一种。29. 权利要求27或28的测试试剂盒，所述测试试剂盒包含权利要求26的测定装 置和第四类检测分子，其能够检测SNPbmi，诸如rs3817334、rsl0767664、rs2241423、 rs7359397、rs7190603、rs571312、rs29941、rs2287019、rs2815752、rs713586、rs2867125、 rs9816226、rsl0938397 和 rsl558902 中的至少一种。30. 测定装置，其包含具有固定在其上的至少两种不同类别的配体的固相，其中： -所述配体的第一类别特异性结合PCa生物标志物，并且包括特异性结合多种不同 PCa生物标志物中的每一种的多种不同配体，所述PCa生物标志物选自PSA、iPSA、tPSA、 fPSA和hK2中的至少一种和任选MSMB和/或MIC-I ;且 -所述配体的第二类别特异性结合SNPpc，并且包括特异性结合多种不同SNPpc 中的每一种的多种不同配体，所述SNPpc选自rsl 1672691、rsl 1704416、rs3863641、 rsl2130132、rs4245739、rs3771570、rs7611694、rsl894292、rs6869841、rs2018334、 rsl6896742、 rs2273669、 rsl933488、 rslll35910、 rs3850699、 rsll568818、 rsl270884、 rs8008270、rs4643253、rs684232、rsll650494、rs7241993、rs6062509、rsl041449、或 rs2405942、 rsl2621278、 rs9364554、 rsl0486567、 rs6465657、 rs2928679、 rs6983561、 rsl6901979、rsl6902094、rsl2418451、rs4430796、rsll649743、rs2735839、rs9623117 和 rsl38213197中的至少一种。31. 权利要求30的测定装置，其中所述固相进一步具有固定的第三类配体，所述配 体特异性结合SNPbm，并且包括特异性结合多种不同SNPbm中的一种或每种的一种或多 种不同配体，所述 SNPbm 选自 rsl227732、rs3213764、rsl354774、rs2736098、rs401681、 rsl0788160、rsll067228、rsl363120、rs888663 和 rsl054564 中的至少一种。32. 权利要求30或31的测定装置，其中所述固相进一步具有固定的第四类配体，所 述配体特异性结合SNPbmi，并且包括特异性结合多种不同SNPbmi中的一种或每种的一 种或多种不同配体，所述 SNPbmi 选自 rs3817334、rsl0767664、rs2241423、rs7359397、 rs7190603、rs571312、rs29941、rs2287019、rs2815752、rs713586、rs2867125、rs9816226、 rsl0938397 和 rsl558902 中的至少一种。33. 可直接加载至数字计算机的内存储器的计算机程序产品，其特征在于所述计算机 程序产品包含软件代码构件，所述软件代码构件用于进行权利要求1的至少步骤3、4和5， 诸如权利要求1的步骤1-6。34. 权利要求33的计算机程序产品，其进一步包含用于进行权利要求11的方法的软件 代码构件。35. 权利要求33或34的计算机程序产品，其进一步包含用于进行权利要求13的方法 的软件代码构件。36. 设备，其包含根据权利要求30的测定装置和根据权利要求33的计算机程序产品， 或根据权利要求31的测定装置和根据权利要求34的计算机程序产品，或根据权利要求32 的测定装置和根据权利要求35的计算机程序产品。
【专利摘要】本发明总体涉及具有作为诊断标志物的潜在效用的各种形式的遗传标志物和各种形式的蛋白的检测和鉴定。通过测定患者样品中多种生物标志物和遗传标志物的水平，且根据预定的公式组合获得的值，可以确定患者是否可能患有侵袭性前列腺癌。本发明特别仅适用于具有大于25的体重指数值的患者。
【IPC分类】G01N33/574, C12Q1/68
【公开号】CN105051206
【申请号】CN201380069472
【发明人】H.格伦贝格, M.埃克伦
【申请人】法迪亚股份有限公司
【公开日】2015年11月11日
【申请日】2013年11月20日
【公告号】CA2891392A1, EP2922967A1, US20150317431, WO2014079865A1