如下文献中有描述，例如Astashev和Babitsky (2010)，Ultrasonic Processes and Machines:Dynamics, Control and Applications(Foundations of Engineering Mechanics)(《超声工艺和机械：动力学、控制和应用（工程机械的基础）》），Springer出 版社；第 1 版，ISBN-10:3642091245, ISBN-13:978-3642091247 ;和 Leaversuch (2002) "How to use those fancy ultrasonic welding controls (怎样使用那些奇特的超声焊接控 制）"Plastics Technology 48(10) :70_76〇
[0075] 在另一个实例中，所述要素是上表面或下表面上的透明区域，和相应的上表面或 下表面上的对应阴影区域。在这个实施方式中，可通过引导激光通过透明区域并且到阴影 区域上来将上表面和下表面由激光焊接在一起。激光焊接方法在如下文献中有描述：例如 Steen 等，（2010) Laser Material Processing (《激光材料处理》）Springer 出版社；第 4 版， ISBN-10:1849960615, ISBN-13:978-1849960618 ;Kannatey-Asibu(2009)Principles of Laser Materials Processing(Wiley Series on Processing of Engineering Materials) (《激光材料处理原理（Wiley工程材料处理系列）》），Wiley出版社，ISBN-10:0470177985， ISBN-13:978-0470177983;和 Duley (1998) Laser Welding (《激光焊接》）韦利科学公司， ISBN-10:0471246794, ISBN-13:978-0471246794。
[0076]在一些实施方式中，捕获核酸阵列通常与作为耗材、检测腔室等一部分的窗上的 热稳定涂层偶联。窗本身可以包含，例如玻璃、石英、陶瓷、聚合物或其他透明材料。可 购得适用于涂覆该窗的多种涂层。通常，基于以下因素选择涂层：与阵列基材的相容性 (例如，阵列连接的腔室表面是玻璃还是聚合物），衍生或处理以包含适于连接阵列成员 的活性基团的能力，和与处理条件的相容性（例如，热稳定性、光稳定性等）。例如，该 涂层可以包含：化学反应基团、亲电基团、NHS酯、四氟苯基酯或五氟苯基酯、单硝基苯基 酯或二硝基苯基酯、硫酯、异氰酸酯、异硫氰酸酯、酰基叠氮、环氧化物、氮杂环丙烷、醛、 包含乙烯酮或马来酰亚胺的酰胺或a, 不饱和酮、酰基卤化物、磺酰卤、亚酰胺、环酸 酐、环加成反应中的活性基团、烯烃、二烯、炔烃、叠氮化物或其组合。对表面涂层和其用 于生物分子和表面连接的描述，参见，例如，Plackett(编者）（2011)Biopolymers:New Materials for Sustainable Films and Coatings(《生物聚合物：可持续膜和涂层的新 材料》），Wiley 出版社，ISBN-10:0470683414, ISBN-13:978-0470683415 ;Niemeyer (编 者）（2010)，Bioconjugation Protocols:Strategies and Methods (Methods in Molecular Biology)(《生物偶联方案：策略和方法（分子生物学方法）》），Humana出 版社；第 1 版，ISBN-10:1617373540, ISBN-13:978-1617373541 ;Lahann(编者）（2009)， Click Chemistry for Biotechnology and Materials Science (《生物技术和材料 科学的点击化学》），Wiley 出版社，ISBN-10:0470699701，ISBN-13:978-0470699706 ; Hermanson (2008)，Bioconjugate Techniques (《生物偶联技术》），第2版，学术出版社； 第 2 版，ISBN-IO:0123705010, ISBN-13:978-0123705013 ;Wuts 和 Greene(2006)Greene，s Protective Groups in Organic Synthesis (《有机合成中的保护基团》），韦利科学公 司（Wiley-Interscience);第 4 版，ISBN-10:0471697540，#ISBN-13:978-0471697541; Wittmann (编者）（2006)，Immobilisation of DNA on Chips II (Topics in Current Chemistry)(《芯片上DNA的固定II (现代化学专题）》），Springer出版社，第I版， ISBN-10:3540284362, ISBN-13:978-3540284369 ；Licari (2003), Coating Materials for Electronic Applications:Polymers, Processing, Reliability, Testing(Materia Is and Processes for Electronic Applications)(《电子应用的涂层材料：聚合物、处 理、可靠性、测试（电子应用的材料和处理）》），威廉安德鲁出版社，ISBN-10:0815514921， ISBN-13:978-0815514923 ；Conk(2002), Fabrication Techniques for Micro-Optical Device Arrays Storming Media(微型光学期间阵列的制造技术，风暴媒体出版）， ISBN-10:1423509641，ISBN-13:978-1423509646,以及石油和颜色化学协会（Oil and Colour Chemists'Association) (1993)，Surface Coatings-Raw materials and their usage (《表面涂层-原材料及其应用》），第3版，Springer出版社；第3版， ISBN-10:0412552108, ISBN-13:978-0412552106。
[0077] 制造核酸阵列的方法是现有的并且能通过在内腔室表面（如耗材、检测腔室等的 内腔室表面）上形成阵列来适用于本发明。能用于在内腔室表面形成阵列的核酸微阵列形 成技术描述在，例如 Rampal (编者），Microarrays: Volume I: SynthesisMethods (Methods in Molecular Biology)(微阵列：卷I:合成方法（分子生物学方法）），Humana出版 社；第 2 版，ISBN-10:1617376639, ISBN-13:978-1617376634 ;MUller 和 Nicolau(编者） (2010)， Microarray Technology and Its Applications(Biological and Medical Physics, Biomedical Engineering)(微阵列技术及其应用（生物和医学物理、生物医学工 程）），Springer 出版社；第 1 版，ISBN-10:3642061826, ISBN-13:978-3642061820 ;Xing 和 Cheng (编者）（2010) Biochips: Technology and Applications (Biological and Medical Physics, Biomedical Engineering)(生物芯片：技术和应用（生物和医学物理、生物医学 工程）），Springer 出版社；第 1 版，ISBN-10:3642055850, ISBN-13:978-3642055850 ;Dill 等（编者）（2010)Microarrays:Preparation, Microfluidics, Detection Methods, and Biological Applications(Integrated Analytical Systems)(微阵列：制备、微流体、 检测方法和生物应用（集成分析系统）），Springer出版社，ISBN-10:1441924906, IS BN-13:978_1441924902 ;Whittmann(2010)Immobilisation of DNA on Chips II(Topics in Current Chemistry)(芯片上DNA的固定II (现代化学专题）），Springer出版社；第I 版，ISBN-10:3642066666，ISBN-13:978-3642066665;Rampal(2010)， DNA Arrays:Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology) (DNA 阵列：方法和方案（分子生物学方 法）），Humana 出版社；第 1 版，ISBN-10:1617372048, ISBN-13:978-1617372049 ;Schena(作 者，编者）（2007)，DNA Microarrays (Methods Express) (DNA微阵列（方法快报）），Scion 出 版社；第 1 版，ISBN-10:1904842151，ISBN-13:978-1904842156 ;Appasani (编者）（2007)， Bioarrays:From Basics to Diagnostics (生物阵列：从基础到诊断），Humana 出版社；第 I 版，ISBN-10:1588294765, ISBN-13:978-1588294760 ;和 Ulrike Nuber (编者）（2007)，DNA Microarrays (Advanced Methods) (DNA 微阵列（高级方法））TF 公司（Taylor &Francis)， ISBN-10:0415358663, ISBN-13:978-0415358668。把DNA连接到表面以形成阵列的技术可 包含任何不同点样法、使用化学反应表面或涂层、光导向的合成、DNA印刷技术，和很多本领 域可用的其他方法。
[0078] 定量阵列密度的方法在上面引用的参考文献以及Gong等 (2006) "Multi-technique Comparisons of Immobilized and Hybridized Oligonucleotide Surface Density on Commercial Amine-Reactive Microarray SI ides (商业胺反应性微阵列载玻片上固定和杂交寡核苷酸表面密度的多技术比 较）"Anal. Chem. 78:2342-2351 中描述。
[0079] 本发明的耗材可以包装在容器中，或包装材料中以形成试剂盒。该试剂盒也可以 包含可用于使用该耗材的组分，例如，对照试剂（例如，对照模板、对照探针、对照引物等）、 缓冲液等。
[0080] 装置和系统
[0081] 使用耗材和/或实践本发明的方法的装置和系统也是本发明的特征。装置或系 统可以包含耗材的要素，例如，反应腔室和阵列（以耗材形式或者装置的专用部件形式）。 最典型地，该装置通常具有接收器，例如安置上述耗材的平台，以及用于监测阵列的检测光 学器件，用于热循环腔室的模块，和具有控制热循环、检测和信号后处理的系统指令的计算 机。
[0082] 示例性系统的示意图示于图3。如图所示，耗材10安置在平台20上。环境控制模 块（ECM) 30 (例如，包括Peltier装置，冷却风扇等）提供环境控制（例如，温度的热循环）。 由光源40 (如灯、电弧灯、LED、激光等）提供照明光。光学系统50将光从光源40导向耗材 10。由光学系统监测来自耗材10的信号，并且将信号信息传递给计算机60。计算机60还 任选地控制ECM 30。可以由计算机60来处理信号信息，并且输出至用户可观察的显示器 70和/或打印机。可将ECM 30安置在耗材10的上方或下方，并且可以包含其他观察光学 器件80 (位于平台20的上方或下方）。
[0083] 设置平台/接收器以安置耗材用于热循环和分析。该平台可以包含与耗材的相应 要素匹配的对准（registration)和对齐要素，例如对齐臂、扳手、孔、栓等。该平台可包含 盒来接收和定向耗材，将其以与其他装置元件可操作连接的方式放置，尽管这在很多实施 方式中不是必需的，例如将耗材直接安置在平台上的情况中。设置装置元件来与耗材一同 运作，并且装置元件可包含用于向耗材递送缓冲液和试剂的流体递送系统，热循环或其他 温度控制或环境控制模块，检测光学器件等。在腔室置于装置内而不是整合到耗材中的实 施方式中，通常设置装置元件以在腔室上或腔室附近处操作。
[0084] 对耗材的流体递送可以通过该装置或系统来完成，或可以在将耗材加载到该装置 或系统中之前进行。流体处理元件可被整合入该装置或系统，或可以配置成与该装置或 系统分开的单独加工工位。流体处理元件可以包含将试剂或缓冲液递送到耗材中端口的 (手动或自动）移液器，或可以包含毛细管、微制造的装置通道等。可用于加载所述耗材的 手动和自动移液器和移液器系统可从各种来源购得，所述来源包括赛默科技公司（Thermo Scientific)(美国）、艾本德公司（Eppendorf，德国）、Labtronics公司（加拿大）等。 一般来说，可购得各种流体处理系统，并且可将其整合到本发明的装置和系统中。参见例 如 Kirby (2010)，Micro-and Nanoscale Fluid Mechanics: Transport in Microfluidic Devices(微米级和纳米级流体力学：微流体装置中的运输），ISBN-10:0521119030, I SBN-13:978-0521119030 ；Bruus (2007), Theoretical Microfluidics(Oxford Master Series in Physics)(理论微流体（牛津物理大师丛书），牛津大学出版社，美国ISBN-10 :0199235090, ISBN-13:978-0199235094；Nguyen(2006), Fundamentals And Applications of Microfluidics (微流体的基础和应用），第2版，（Integrated Microsystems (整合的微 系统）），ISBN-10:1580539726, ISBN-13:978-1580539722 ;Wells (2003)，High Throughput Bioanalytical Sample Preparation:Methods and Automation Strategies (Progress in Pharmaceutical and Biomedical Analysis)(高通量生物分析样品制备：方法和自动策略 (药学和生物医学分析中的进展）），爱思唯尔科学公司；第1版，ISBN-10:044451029X，IS BN-13:978-0444510297。耗材任选地包含设置以与递送系统匹配的端口，例如，用于通过移 液器或毛细管递送装置进行加载的合适尺寸的端口。
[0085] ECM或热调节模块可以包含促进热循环的要素，诸如热电模块、Peltier装