vi)第六组的一对特异于金黄色葡萄球菌的femA基因(GenBank登录号N0.AB033763.2)的侧翼引物，该区域核苷酸约从31680至31739，从31800至31859，或特异于金黄色葡萄球菌的femA基因的iDDS探针:反探针系统，大约从核苷酸31740至约31799或其组合；(vii)第七组的一对特定鸟分枝杆菌复合的基因间的间隔区基因(GenBank登录号N0.L07855.2)的侧翼引物，该区域大约从核苷酸15至74，从135至194，或一个特异于鸟分枝杆菌复合的基因间的间隔区基因的iDDS探针:反探针系统，该区域大约从核苷酸75至134或其组合；及(viii)第八组的一对通用侧翼引物，该引物特异于两个分枝杆菌间隔区基因(GenBank登录号N0.DQ866771.1)，该区域大约从核苷酸1461至1520，从1571至1630，该引物也特异于脓肿分枝杆菌基因间的间隔区基因(GenBank登录号N0.HG313848.1)，该区域大约从核苷酸26至85以及从146至205，或一个特异于龟分枝杆菌基因间的间隔区基因的iDDS探针:反探针系统，该区域大约从核苷酸1521至1570，或特异于脓肿分枝杆菌基因间的间隔区基因的iDDS探针:抗系统，该区域大约从核苷酸86至145或其组合。因此，该系统将检测一个或多个通常与囊性纤维化相关的细菌。
[0101]在本公开的另一个方面，选择用于扩增和/或检测通常与囊性纤维化相关的至少一个细菌种类的引物和探针包括:第一组正向引物，CGGGGCTCGTAGTAACG (SEQID NO:103),第一组的反向引物，CGACATAGCCCAAACCAAA(SEQ ID NO:104)，第一组 iDDS 探针，TGAATGCGATGCGAATC AGC(SEQ ID NO:105)，第一组 iDDS 反探针，GCTGATTCGCTTCGCATTCA(SEQ ID NO: 106)，第二组的正向引物，GGCTCGATCAAGAAGAACGA(SEQID NO:107),第二组的反向引物，GACGATCTTCGCCTGCAC(SEQ ID NO:108)，第二组 iDDS 探针，CGTTCCGCGAAGCGATCT (SEQ ID NO:109)，第二组 iDDS 反探针，AGATTGCTTCGCGGAACG(SEQ ID NO:110)，第三组的正向引物，CAGAGYGTTTTCCTAGAACCA(SEQID NO:111),第三组的反向引物，GTATCCTGCAGTGAATACATAGCTG(SEQ ID NO:112)，第三组 iDDS 探针，ACCAGGTTCGCTTCCAGCA(SEQ ID NO:113)，第三组 iDDS反探针，TGCTGGTAGCGAACCTGGT(SEQ ID NO:114)，第四组的正向引物，GAGCCGGTCTGGAACTACC (SEQ ID NO:115)，第四组的反向引物，TGGTGTAGCGCTGGAAGC (SEQ ID NO:116)，第四组 iDDS 探针，CGCTGGATCAAGTATTCGGTGG(SEQ ID NO:117)，第四组 iDDS 反探针，CCTCCGAATACTTGATCCAGCG(SEQ ID NO:118)，第五组的正向引物，ACAGATAGCATGCCATACAGTCA(SEQ ID NO:119)，第五组的反向弓丨物，GCAGAAGTAAGCAAGCTGCAA (序列号:120)，第五组 iDDS 探针，CACGCAAACTGTTGGCCACT(SEQ ID NO:121)，第五组 iDDS 反探针，AGTGGCTAACAGTTTGCGTG(SEQID NO:122)，第六组的正向引物，CTACGGTAACATTGATCGCAAC(SEQ ID NO:123)，第六组的反向引物，TTTCAATATGTATGCTTTGGTCTTTC(SEQ ID NO:124)，第六组 iDDS 探针，TGCATCCTGGAATAATGACGC (SEQ ID NO:125)，第六组 iDDS 反探针，GCGTCCTTATTCCAGGAATGCA(SEQ ID NO:126)，第七组的正向引物，GGAGCACCACGAAAAGCA(SEQ ID NO: 127)，第七组的反向引物，ATGGAGGGACTC CACACG(SEQID NO:128)，第七组 iDDS 探针，CAACAGCAAATGATTGCCAGAC(SEQ ID NO:129)，第七组 iDDS 反探针，GTCTGGAAATCATTTGCTGTTG(SEQ ID NO:130)，第八组的正向引物，CTTTCTAAGGAGCACCATTTCC(SEQ ID NO: 131)，第八组的反向引物，YATCCACGGGGTGGACAG(SEQID NO:132)，第八组龟分枝杆菌 iDDS 探针，TCTGTAGTGGTTACTCGCTTGGTG (SEQ ID NO::133)，第八组龟分枝杆菌iDDS反探针，CTTCAAGCGAGTAACCACTACAGA(SEQ ID NO:134)，第八组脓肿分枝杆菌 iDDS 探针，GAATGAACTAGGGAACATAAAGT AGGCA (SEQ ID NO: 135)，和第八组脓肿分枝杆菌 iDDS 反探针，TGCCTACTTTTAGTTCCCTAG TTCATTC(SEQ ID NO:136);其中，所述探针标记有荧光团和任选的淬灭剂，反探针标记有淬灭剂。
[0102]在又一个方面中，两个或多个相关的标签序列在相同的基因或物质中，其中所述探针技术选自iDDS探针，1DDS-2Q探针和MacMan探针，所述系统配置用于终点检测并同步确认。
[0103]以下示例提供本领域常见的技术，并完整公开和描述如何实施本公开和声明中所涉及的方法及如何使用本文公开和声明中所涉及的探针成分和组合。除非另有说明，温度用°(:表示。
[0104]示例1
[0105]使用iDDS探针以实时PCR的方法检测VancomycinA(VA)耐药肠球菌(vanA VRE)
[0106]每个试管含有包含目标的vanA基因区段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，或从临床样品中提取的DNA。按照以下序列制备标记探针，反探针s，及引物，并以所示的终浓度来应用:
[0107]VA 探针 1:FAM-CTCCCGCCTTTTGGGTTATTAA-BHQ1(SEQ ID NO:1)200ηΜ，
[0108]VA 反探针 1:TTAATAACCCAAATGGCGGAG-BHQ1 (SEQ ID NO:2) 150nM，
[0109]VA 探针 2:CFR610-CGCAACGATGTATGTCAACGA-BHQ2 (SEQ ID NO:3) 200nM，
[0110]VA 反探针 2:TCGTTGACATACCTCGTTGCG-BHQ2 (SEQ ID NO:4) 150nM，
[0111]VA 正向引物:GATATTCAAAGCTCAGCAATTTGT(序列号:5)300nM，并
[0112]VA 反向引物:TAGCTGCCACCGGCCTA(SEQ ID N0:6)300nM。
[0113]此方法的方案和定量PCR结果会在FIGS.1-2中显示和讨论。
[0114]循环的条件:在Mx3005p仪器(Stratagene公司)实施实时PCR技术。在20ul反应体系中加入H0TSTART-1T PR0BERTM qPCR预混液(USB，INC) (2x)及 1 微升的 25mM Mgcl2。为引发热启动条件下，将管加热至95°C 5分钟，随后进行60个循环的两步PCR(在95°C变性15秒，60°C退火/延伸1分钟)。
[0115]例2
[0116]采用iDDS探针以实时PCR的方法检测万古霉素B (VB)耐药肠球菌(vanB VRE)
[0117]每个试管含有一个包含靶向vanB基因区段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，按下列序列和标记制备探针，反探针和引物，并按所示的终浓度来使用:
[0118]VB 探针 1:FAM-ATCGCCGTTCCCGAATTTC(SEQ ID NO:7)200nM，
[0119]VB 反探针 1:GAAATTCGGGAACGGCCAT-BHQ-1 (SEQ ID NO:8)400nM，
[0120]VB 探针 2:CFR610-CGCCTCCGGCTTGTCAC (SEQ ID NO:9)200nM，
[0121 ] VB 反探针 2:GTGACAAGCCGGTGGCG-BHQ2 (SEQ ID NO: 10) 400nM，
[0122]VB 正向引物:CAAATCACTGGCCTACATTCTTAC (SEQ ID NO:11)在 200nM，并
[0123]VB 反向引物:CAGCGTTAAGTTCTTCCGTACC (SEQ ID NO:12)200nM 以下。
[0124]循环条件:实时PCR按示例1中所述进行，除了在58°C的退火/延伸步骤1分钟，2步PCR50个循环。
[0125]例3
[0126]使用iDDS以实时PCR的方法检测探针阴道毛滴虫(T.vag)的重复DNA
[0127]每个试管含有包含T.vag.靶基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，或从临床样品中提取的DNA。按以下序列和标记来制备探针，反探针及引物，并以所指示的终浓度来应用:
[0128]T.vag.探针 1:TET-CCTCGGAGTCTTTGAATCGG_BHQ-2 (SEQ ID NO:13)200nM,
[0129]T.vag.反探针 1:CCGATTCATAGACTCCGAGG_BHQ-2 (SEQ ID NO:14) lOOnM，
[0130]T.vag.探针 2:R0X-ACCAAGAATGGTGTAACTCGACCT-BHQ-2 (SEQ ID NO:15)200nM，
[0131]T.vag.反探针 2:AGGTAGAGTTACACCATTCTTGGT_BHQ-2 (SEQ ID NO:16) lOOnM，
[0132]T.vag.正向引物:AATTTCCGTTTAATTTCATGGTC (SEQ ID NO:17)300nM
[0133]T.vag.反向引物:TTYGTGTCTCGTGCCATAGTC (SEQ ID NO:18)，在 300nM 的。
[0134]循环条件:实时PCR如示例1中所述，但常用50个循环的2步PCR，qPCR结果和讨论会在图3中出现。
[0135]例4
[0136]使用iDDS探针以实时PCR的方法检测在人表皮生长因子受体(EGFR)基因的L858R突变点
[0137]每个试管含有包含靶基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，按下列序列及标记制备探针，反探针，及引物。并按所示的终浓度使用:
[0138]EGFR 858 探针 1:Q670-AGCAGTTTGGGCAGCCCAA_BHQ-2 (SEQ ID NO:19)250nM，
[0139]EGFR 858 反探针 1:TTGGGCTGGCCTAACTGCT_BHQ-2 (SEQ ID NO:20)500nM，
[0140]EGFR 的 858 探针 2:FAM-AGCAGTTTGGGCCGCCC_3IABkFq (SEQ ID NO:21) 200nM，
[0141]EGFR 858 反探针 2:GGGCGGGCCAAACGGCT-BHQ-1 (SEQ ID NO:22)在 400nM，
[0142]EGFR 858 正向引物:GAAAACACCGCAGCATGTC(SEQ ID NO:23)在 200nM，
[0143]E GFR 858 的反向引物:CTGCATGGTATTCTTTCTCTTCC (SEQ ID NO:24)200nM。
[0144]循环条件:实时PCR如示例1中描述，所不同的是50个循环的2步PCR，58°C退火/延伸步骤1分钟。所述的qPCR结果在图4A和图4B进行讨论。
[0145]例5
[0146]使用iDDS探针以实时PCR的方法检测人表皮生长因子受体(EGFR) 19外显子缺失(D19)
[0147]每个试管含有包含靶向EGFR基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，按以下序列和标记制备探针，反探针及引物，并按所示的终浓度使用:
[0148]D19 探针 1:Q670-CTCTGGATCCCAGAAGGTGAGA-BHQ-2(SEQ ID NO:25)200nM，
[0149]D19 反探针 1:TCTCTCCTTCTGGGATCCAGAG-BHQ-2(SEQ ID NO:26)400nM，
[0150]D19 探针 2:FAM-CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATC(SEQ ID NO:27)200nM，
[0151]D19 反探针 2:GATGTTGCCTCTCTTAATTCCTTG-BHQ-1 (SEQ ID NO:28)400nM，
[0152]D19 的正向引物 -GGTAACATCCACCCAGATCA(SEQ ID NO:29)200nM，
[0153]D19 的反向引物:CATCGAGGATTTCCTTGTTG (SEQ ID N0:30)200nM。
[0154]循环条件:实时PCR如示例1中描述，所不同的是50个循环的2步PCR进行，54°C 1退火/延伸1分钟。结果野生型模板和和19缺失模板的qPCR结果在图5A-5C中展示和讨论。
[0155]例6
[0156]使用iDDS探针以实时PCR的方法检测艾柯病毒(EV)和副肠孤病毒(PV)的Y非翻译区域
[0157]所使用的模板为包含靶基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸，或EV的cDNA。按以下序列和标记制备探针，反探针及引物，并按所示的终浓度使用:
[0158]EV 探针 1:Q670-CGGAACCGACTACTTTGGGTG-BHQ-2(SEQ ID NO:31)200nM，
[0159]EV 反探针 1:CACCCAATGTAGTCGGTTCCG-3BHQ-2(SEQ ID NO:32)400nM，
[0160]EV 探针 2:FAM-AAACACGGACACCCAAAGTAGTCG-1ABkFQ(SEQ ID NO:33)200nM，
[0161]EV 反探针 2:CGACTACTTTGGTTGTCCGTGTTT-1ABkFQ(SEQ ID NO:34) 400nM,
[0162]EV 正向引物:CCCCTGAATGCGGMTAAT (SEQ ID NO:35)200nM,
[0163]EV 反向引物:RATTGTCACCATAAGCAGCCA (SEQ ID NO:36)200nM,
[0164]PV 探针 1:CF0560-CACTATGGATCTGATCTGGGGC-BHQ-1(SEQ ID NO:37)200nM，
[0165]PV 反探针 1:GCCCCAGATCAGATCCTTAGTG-1ABkFQ(SEQ ID NO:38)400nM，
[0166]PV 探针 2:CFR610-CGGGTACCTTCTGGGCATC-BHQ-2 (SEQ ID NO:39) 200nM，
[0167]PV 反探针 2:GATGCCCTGAAGGTACCCG-1ABkRq (SEQ ID NO:40)400nM,
[0168]PV 正向引物:GGCCAAAAGCCAAGGTTTA (SEQ ID NO:41)200nM,
[0169]PV 反向引物:TTGGCCCACTAGACGTTTTT(SEQ ID N0:42)200nM。
[0170]循环条件:实时PCR如示例1中所述，除了 40次循环2步PCR，64°C退火/延伸1分钟。EV和PV检测结果图6-7中展示。
[0171]例7
[0172]使用iDDS探针以实时PCR的方法检测人乳头瘤病毒16 (HPV-16)的L1基因
[0173]每个管中含有包含靶向HPV16基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，按以下序列和标记制备探针，并按所示的终浓度使用:
[0174]探针1:FAM-CGAGCACAGGGCCACAAT (SEQ ID NO:43)200nM，
[0175]反探针1:ATTGTGGTCCTGTGCTCG-BHQ-1 (SEQ ID NO:44)400nM，
[0176]探针2:CFR610-GGTTACCCCAACAAATGCCA (SEQ ID NO:45)200nM，
[0177]反探针2:TGGCTTTTGTTGGGGTAACC-BHQ-2 (SEQ ID NO:46)400nM，
[0178]HPV 16 正向引物 -GGTTACCTCTGATGCCCAAATA(SEQ ID NO:47)200nM，并
[0179]HPV 16 反向引物:TTTCTGAAGTAGATATGGCAGCAC (SEQ ID NO:48)200nM
[0180]循环条件:实时PCR按示例1中所述，除了在58°C退火/延伸1分钟，2步PCR50个循环。
[0181]例8
[0182]使用iDDS探针以实时PCR的方法检测人乳头瘤病毒18 (HPV-18)的L1基因
[0183]每个管中含有包含靶向HPV18基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板，按以下序列和标记制备探针，反探针及引物，并按所示的终浓度使用:
[0184]HPV18 探针 1:FAM_GGTTACATAAGGCACAGGGTCATAAC (SEQ ID NO:49)200nM，
[0185]HPV 18 反探针 1:GTTATGACCCTGTCCCTTATGTAACC_BHQ-1 (SEQ ID NO:50)400nM,
[0186]HPV 18 探针 2:CFR610-TTGATTATGCCAGCAAACACCA(SEQ ID NO:51)200nM，
[0187]HPV 18 反探针 2:TGGAGTTTGCTGGCATAATCAA—BHQ-2 (SEQ ID NO:52)400nM，
[0188]HPV 18 正向引物:TGTTACCTCTGACTCCCAGTTG (SEQ ID NO:53)200nM，并
[0189]HPV 18 反向引物:TTGCCCAGGTACAGGAGACT (SEQ ID NO:54)200nM。
[0190]循环条件:实时PCR按示例1中所述，除了在58°C的退火/延伸1分钟，2步PCR50个循环。
[0191]例9
[0192]采用iDDS探针以实时PCR检测季节性(SEAS)或2009年流感大流行(PDM)甲型H1N1流感，H3N2甲型流感(H3N2)，或乙型流感(FLU B)
[0193]iDDS探针靶向甲型流感基因组的血凝素(HA)基因片段的标签位点，或者靶向乙型流感基因组中的非结构蛋白1(NS1)。每个管中含有包含靶向流感A或B基因片段的ULTRAMER.RTM寡核苷酸模板。按以下序列和标记制备探针，并按所示的终浓度使用:
[0194]SEAS 探针:FAM-TTGGGTAACTGCAGCGTTGC (SEQ ID NO:55)200nM,
[0195]SEAS 反探针:GCAACGCAGCAGTT