:53所示的正向引物序列，和 SEQ ID NO:54所示的反向引物序列； 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:49所示的第一 iDDS探针序列， SEQ ID NO:50所示的第一 iDDS反探针序列， SEQ ID NO:51所示的第二 iDDS探针序列，和 SEQ ID NO:52所示的第二 iDDS反探针序列，和 其中所述探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。22.权利要求5的多探针系统，其中所述相关标签序列是流感A或B核酸序列，所述系统包括四组侧翼引物和相关iDDS探针:反探针，其包括: (i)第一组，在大约核苷酸25至大约核苷酸95和在大约核苷酸225至大约核苷酸295的区域中特异于GenBank登录号CY069381.1的H1N1季节性流感A的血凝素(HA)⑶S的一对侧翼引物，和在大约核苷酸185至大约核苷酸245的区域中特异于HA⑶S的iDDS探针:反探针系统； (?)第二组，在大约核苷酸878至大约核苷酸938和在大约核苷酸971至大约核苷酸1061的区域中特异于GenBank登录号FJ969540.1的2009H1N1大流行性流感A的HA CDS的一对侧翼引物，和在大约核苷酸920至大约核苷酸980的区域中特异于HA⑶S的iDDS探针:反探针系统； (iii)第三组，在大约核苷酸285至大约核苷酸345和在大约核苷酸370至大约核苷酸430的区域中特异于GenBank登录号CY120904的H3N2流感A的HA CDS的一对侧翼引物，和在大约核苷酸329至大约核苷酸389的区域中特异于HA⑶S的iDDS探针:反探针系统；和 (iv)第四组，在大约核苷酸770至大约核苷酸830和在大约核苷酸892至大约核苷酸952的区域中特异于GenBank登录号JQ034241.1的流感B的NS1⑶S的一对侧翼引物，和在大约核苷酸831至大约核苷酸891的核苷酸区域中特异于HA⑶S的iDDS探针:反探针系统。23.权利要求22的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:57所示序列的第一组正向引物和SEQ ID NO:58所示序列的第一组反向引物， SEQ ID NO:61所示序列的第二组正向引物和SEQ ID NO:62所示序列的第二组反向引物， SEQ ID NO:65所示序列的第三组正向引物和SEQ ID NO:66所示序列的第三组反向引物，和 SEQ ID NO:69所示序列的第四组正向引物和SEQ ID NO:70所示序列的第四组反向引物； 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:55所示序列的第一组iDDS探针和SEQ ID NO:56所示序列的第一组iDDS反探针， SEQ ID NO:59所示序列的第二组iDDS探针和SEQ ID NO:60所示序列的第二组iDDS反探针， SEQ ID NO:63所示序列的第三组iDDS探针和SEQ ID NO:64所示序列的第三组iDDS反探针， SEQ ID NO:67所示序列的第四组iDDS探针和SEQ ID NO:68所示序列的第四组iDDS反探针， 其中所述探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。24.权利要求5的多探针系统，其中所述相关标签序列是源自GenBank登录号NW_004078079.1的人14号染色体的DNA的切除的T细胞受体切除环(TREC)核酸序列，所述系统包括:在大约核苷酸3941495至大约核苷酸3941555和在大约核苷酸3853115至大约核苷酸3853175的区域中特异于所述TREC序列的一对侧翼引物，或在大约核苷酸3941545至大约核苷酸3941580和在大约核苷酸3853091至大约核苷酸3853120的区域中特异于所述TREC序列的两个iDDS探针:反探针系统，或其组合。25.权利要求24的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:75所示序列的正向引物，和 SEQ ID NO:76所示序列的反向引物， 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:71所示序列的第一 iDDS探针， SEQ ID NO:72所示序列的第一 iDDS反探针， SEQ ID NO:73所示序列的第二 iDDS探针，和 SEQ ID NO:74所示序列的第二 iDDS反探针，和 其中所述探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。26.权利要求5的多探针系统，其中所述相关标签序列是GenBank登录号JX244938.1的人类免疫缺陷病毒(HIV) Gag核酸序列和GenBank登录号KC462191.1的人免疫缺陷病毒(HIV)Pol基因核酸序列，所述系统包括:在大约核苷酸790至大约核苷酸850的区域中特异于Gag⑶S的侧翼引物，在大约核苷酸729至大约核苷酸789的区域中特异于Gag⑶S的第一半通用探针:反探针系统，在大约核苷酸1423至大约核苷酸1483的区域中特异于Pol⑶S的侧翼引物，和在大约核苷酸1305至大约核苷酸1365的区域中特异于Pol⑶S的第二半通用探针:反探针系统，或其组合。27.权利要求26的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:79所示序列的Gag引物，和 SEQ ID NO:81所示序列的Pol引物， 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:77所示序列的Gag半通用探针， SEQ ID NO:80所示序列的Pol半通用探针， SEQ ID NO:78所示序列的半通用反探针，和 其中所述探针用荧光团标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。28.权利要求5的多探针系统，其中所述相关标签序列是GenBank登录号NT_005403.17的人IDH1或GenBank登录号NC_000015.9的IDH2基因的点突变，所述系统包括:在大约核苷酸59322435至大约核苷酸59322519和在大约核苷酸59322545至大约核苷酸59322614的区域中特异于IDH1 DNA的一对侧翼引物，和在大约核苷酸90631711至大约核苷酸90631770和在大约核苷酸90631981至大约核苷酸90632040的区域中特异于IDH2 DNA的一对侧翼引物，或在大约核苷酸59322510至大约核苷酸59322550的区域中特异于IDH1序列中的突变、或在大约核苷酸90631818至大约核苷酸90631857特异于IDH2序列中的突变的两个iDDS探针:反探针系统，或其组合。29.权利要求28的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:86所示的正向IDH1引物序列，和 SEQ ID NO:87所示的反向IDH1引物序列， SEQ ID NO:92所示的正向IDH2引物序列，和 SEQ ID NO:93所示的反向IDH2引物序列； 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:82所示的第一突变IDH1 iDDS探针序列或具有一个或更多合成核苷酸的序列， SEQ ID NO:83所示的第一突变IDH1 iDDS反探针序列， SEQ ID NO:84所示的第二突变IDH1 iDDS探针序列， SEQ ID NO:85所示的第二突变IDH1 iDDS反探针序列 SEQ ID NO:88所示的第一突变IDH2 iDDS探针序列， SEQ ID NO:89所示的第一突变IDH2 iDDS反探针序列， SEQ ID NO:90所示的第二突变IDH2 iDDS探针序列，和 SEQ ID NO:91所示的第二突变IDH2 iDDS反探针序列，和 其中所述探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。30.权利要求5的多探针系统，其中的一个或更多探针配置用于在靶标检测中顺序使用或单独使用。31.权利要求1的多探针系统，其中至少一个相关标签序列选自由以下组成的基因或物种的组: (1)GenBank登录号NM_004985的KRAS基因的外显子2，密码子12或密码子13或两者的突变位点， (2)GenBank登录号NM_004333.4的BRAF基因的密码子600突变位点，(3)GenBank 登录号 CP000438 的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa) algD 基因， (4)GenBank登录号NC_018513.1的洋葱伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cepacia)复合物recA基因， (5)GenBank登录号NC_015947的嗜麦芽糖寡养单胞菌(Stenotrophomonasmaltophilia) 23S 基因，(6)GenBank 登录号 EU188842.1 无色杆菌属(Achromobacter)物种 0XA-114 样基因，(7)GenBank 登录号 CP003194 的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的 femA 基 因， (8)GenBank登录号AB033763.2的金黄色葡萄球菌mecA基因， (9)GenBank登录号L07855.2的鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium)复合的基因间的间隔区基因或GenBank登录号DQ866771.1的龟分枝杆菌(Mycobacterium chelonae)或两者，和 (10)GenBank:HG313848.1 的胺肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus) (MCAG)基因间的间隔区基因。32.权利要求31的多探针系统，其中所述相关标签序列是人KRAS基因的参照序列和在外显子2，密码子12或13的相邻突变区，所述系统包括:在大约核苷酸144至大约核苷酸204的区域中特异于KRAS序列的侧翼引物，在大约核苷酸231至大约核苷酸291的区域中特异于WT KRAS序列的ZIPR参照探针，和在大约核苷酸205至大约核苷酸230的区域中特异于密码子12或密码子13中假定的突变序列的WT iDDS探针。33.权利要求32的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:92所示的正向引物序列； 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:93所示的iDDS探针序列或具有一个或更多合成核苷酸的序列， SEQ ID NO:94所示的iDDS反探针序列， SEQ ID NO:95所示的参照ZIPR探针序列，和 SEQ ID NO:96所示的ZIPR反探针序列，和 其中所述iDDS探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，所述iDDS反探针用淬灭剂标记，所述ZIPR探针用荧光团标记，并且所述ZIPR反探针用淬灭剂标记。34.权利要求31的多探针系统，其中所述相关标签序列是人BRAF基因的密码子600中的突变位点或者是BRAF的WT参照序列或是两者，所述系统包括:在大约核苷酸1785至大约核苷酸1844和在大约核苷酸1876至大约核苷酸1935的区域中特异于BRAF序列的一对侧翼引物，在大约核苷酸1845至大约核苷酸1875的区域中的V600E突变iDDS探针和WTiDDS探针。35.权利要求34的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:97和SEQ ID NO:98所示的引物序列； 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:99所示的突变iDDS探针序列或具有一个或更多合成核苷酸的序列，或两者的组合， SEQ ID NO:100所示的突变iDDS反探针序列， SEQ ID NO:101所示序列的WT iDDS探针，和 SEQ ID NO:102所示序列的WT iDDS反探针，和 其中所述探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。36.权利要求31的多探针系统，其中所述相关标签序列是一般与囊性纤维化相关的至少一种细菌物种，所述系统包括八组侧翼引物或相关iDDS探针:反探针系统或两者，其包括: (i)第一组，在大约核苷酸1595235至大约核苷酸1595294和在大约核苷酸1595355至大约核苷酸1595414的区域中特异于GenBank登录号CP000438.1的铜绿假单胞菌algD基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸1595295至大约核苷酸1595354的区域中特异于铜绿假单胞菌algD基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合； (ii)第二组，在大约核苷酸869329至大约核苷酸869388和在大约核苷酸869460至大约核苷酸869519的区域中特异于GenBank登录号NC_018513.1的洋葱伯克霍尔德氏菌复合物recA基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸869389至大约核苷酸869448的区域中特异于洋葱伯克霍尔德氏菌复合物recA基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合； (iii)第三组，在大约核苷酸368121至大约核苷酸368180和在大约核苷酸368216至大约核苷酸368275的区域中特异于GenBank登录号NC_015947的嗜麦芽糖寡养单胞菌23S基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸368179至大约核苷酸368215的区域中特异于嗜麦芽糖寡养单胞菌23S基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合； (iv)第四组，在大约核苷酸230至大约核苷酸289和在大约核苷酸350至大约核苷酸409的区域中特异于GenBank登录号EU188842.1的无色杆菌属物种OXA-114样基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸290至大约核苷酸349的核苷酸区域中特异于无色杆菌属物种0XA-114样基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合； (V)第五组，在大约核苷酸1410168至大约核苷酸1410227和在大约核苷酸1410228至大约核苷酸1410347的区域中特异于GenBank登录号CP003194.1的金黄色葡萄球菌femA基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸1410228至大约核苷酸1410287的区域中特异于金黄色葡萄球菌femA基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合； (vi)第六组，在大约核苷酸31680至大约核苷酸31739和在大约核苷酸31800至大约核苷酸31859的区域中特异于GenBank登录号AB033763.2的金黄色葡萄球菌的mecA基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸31740至大约核苷酸31799的核苷酸区域中特异于金黄色葡萄球菌mecA基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合； (vii)第七组，在大约核苷酸15至大约核苷酸74和在大约核苷酸135至大约核苷酸194的区域中特异于GenBank登录号L07855.2的鸟分枝杆菌复合的基因间的间隔区基因的一对侧翼引物，或在大约核苷酸75至大约核苷酸134的区域中特异于鸟分枝杆菌复合的基因间的间隔区基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合；和 (viii)第八组，在大约核苷酸1461至大约核苷酸1520和在大约核苷酸1571至大约核苷酸1630的区域中特异于GenBank登录号DQ866771.1的龟分枝杆菌基因间的间隔区基因、并且在大约核苷酸26至大约核苷酸85和在大约核苷酸146至大约核苷酸205的区域中特异于GenBank登录号HG313848.1的脓肿分枝杆菌基因间的间隔区基因的一对共用侧翼引物，或在大约核苷酸1521至大约核苷酸1570的区域中特异于龟分枝杆菌基因间的间隔区基因的iDDS探针:反探针系统，或在大约核苷酸86至大约核苷酸145的区域中特异于脓肿分枝杆菌基因间的间隔区基因的iDDS探针:反探针系统，或其组合。37.权利要求36的多探针系统， 其中所述引物包括: SEQ ID NO:103所示的第一组正向引物序列和SEQ ID NO:104所示的第一组反向引物序列， SEQ ID NO:107所示的第二组正向引物序列和SEQ ID NO: 108所示的第二组反向引物序列， SEQ ID NO:111所示的第三组正向引物序列和SEQ ID NO:112所示的第三组反向引物序列， SEQ ID NO:115所示的第四组正向引物序列和SEQ ID NO:116所示的第四组反向引物序列， SEQ ID NO:119所示的第五组正向引物序列和SEQ ID NO: 120所示的第五组反向引物序列， SEQ ID NO:123所示的第六组正向引物序列和SEQ ID NO:124所示的第六组反向引物序列， SEQ ID NO:127所示的第七组正向引物序列和SEQ ID NO: 128所示的第七组反向引物序列，和 SEQ ID NO:131所示的第八组正向引物序列和SEQ ID NO: 132所示的第八组反向引物序列， 其中所述探针:反探针系统包括: SEQ ID NO:105所示的第一组iDDS探针序列和SEQ ID NO: 106所示的第一组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:109所示的第二组iDDS探针序列和SEQ ID NO:110所示的第二组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:113所示的第三组iDDS探针序列和SEQ ID NO:114所示的第三组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:117所示的第四组iDDS探针序列和SEQ ID NO:118所示的第四组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:121所示的第五组iDDS探针序列和SEQ ID NO: 122所示的第五组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:125所示的第六组iDDS探针序列和SEQ ID NO: 126所示的第六组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:129所示的第七组iDDS探针序列和SEQ ID NO: 130所示的第七组iDDS反探针序列； SEQ ID NO:133所示的第八组龟分枝杆菌iDDS探针序列和SEQ ID NO:134所示的第八组龟分枝杆菌iDDS反探针序列； SEQ ID NO:135所示的第八组脓肿分枝杆菌iDDS探针序列和SEQ ID NO:136所示的第八组脓肿分枝杆菌iDDS反探针序列；或其组合；和 其中所述探针用荧光团标记或用荧光团和淬灭剂标记，并且所述反探针用淬灭剂标记。38.权利要求31的多探针系统，其中一个或更多探针配置用于在靶标检测中顺序使用或单独使用。39.权利要求1的多探针系统，其中两个或更多相关标签序列在相同的基因或物种中，并且其中探针技术选自由以下组成的组:iDDS探针，iDDS-2Q探针和MacMan探针，所述系统配置用于终点检测并同时对其进行确认。40.用于改善在属、种、基因或其他相关核酸靶标的检测中的信号发出和/或可靠性的方法，所述方法包括以下步骤: 获得来自人，动物或生物体的生物样品； 使所述生物样品与包括权利要求1的多探针系统的标记的探针和侧翼引物组分接触；和 检测经与生物样品中的靶标接触而由所述标记发出的信号； 其中，如果标记的探针包含相同的标记，所述信号被放大，从而改善所述靶标检测中的信号发出，或 其中，如果标记的探针各包含不同的标记，所述检测被确认，从而改善所述靶标检测中的可靠性；或其组合。
【专利摘要】提供放大和/或检测样本中多个靶基因的多探针系统和方法。多探针系统包括两个或多个探针，这些探针标记有相同和/或不同的标记物，同时用于检测属，种或基因的两个或多个相关标签序列。探针系统包括一个或多个探针，他们选自于iDDS探针，iDDS-2Q探针，MacMan探针，Flip探针，通用探针，半通用探针，ZIPR探针，及G-Force探针。探针侧翼通常有一对引物，一个引物，一个引物探针或者两个引物。在实时PCR中使用多探针系统有利于通过确认靶标检测和提供更强的信号强度来分析或/和诊断核酸序列。
【IPC分类】C40B30/04, C12Q1/68
【公开号】CN105324492
【申请号】CN201480030108
【发明人】戴维·A·谢弗, 詹姆斯·L·默里, 胡培栩
【申请人】健能泰格技术公司
【公开日】2016年2月10日
【申请日】2014年3月26日
【公告号】CA2907866A1, EP2978862A1, US20160010152, WO2014160797A1