一种扩增水稻香味基因Badh2序列的方法
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子遗传学技术领域，具体的说是设及一种扩增水稻香味基因Ba化2 序列的方法。
【背景技术】
[0002] 香稻是一种具有独特香味的功能稻和特种稻，由于食味佳且具有显著药效，香稻 米在我国古代就享有"贡米"之称，其国际市场价格远远高于非香米，是非香米优质米的2-3 倍。随着市场需求量的增加，明确水稻香味产生的原因是发掘香味基因资源和发挥香稻优 势的有效策略，更是育种家开展优质特色水稻品种培育的首选途径。早在90年代初，分子 标记方法的应用将水稻的香味基因定位在第8染色体上，但直到2008年，才有相关研究发 现水稻的香味主要受第8染色体上的Ba化2基因控制，并开发了扩增香味基因Ba化2整个 基因序列的引物（该引物也是目前唯一已报道的可扩增Ba化2基因的引物，见表1)。
[0003]利用运一研究结果，对扩增出的Ba化2基因进行测序分析，目前已发现导致香稻 香味产生的原因主要有四种：Ba化2基因第2个外显子的7bp缺失、第7个外显子的8bp缺 失、第4-5外显子803bp的缺失、第13外显子中插入3bp，并开发了相应分子标记。但由于 气候条件和地理位置的不同，我国水稻还存在很多特殊的香稻地方品种，在营养成分及微 量元素的含量方面都优于其他品种，利用已开发的4种香味基因型分子标记无法检测出其 香味类型，且在加大对香稻品种研究的同时，发现利用已报道的引物根本无法扩增出运些 品种的Ba化2整个基因序列，阻碍了香稻新香源的挖掘，极大地影响了香稻资源的育种利 用。
[0004] 表1已发表的扩增整个水稻香味基因Ba化2序列的引物
[0005]
[0006] 针对上述技术的不足，本发明为香味基因Ba化2重新设计了一组引物，并通过对 PCR扩增体系和扩增程序的重新摸索，最终形成了扩增香稻Ba化2整个基因序列的一种新 方法。
[0007] 公开于该【背景技术】部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解，而不应 当被视为承认或W任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
【发明内容】
[0008] 针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一种扩增水稻香味基因Ba化2序列的 方法。
[0009] 本发明提供的技术方案为：
[0010] 一种扩增水稻香味基因Ba化2序列的方法，包括W下步骤：
[0011] (1)由如序列表SEQIDNo. 1-26所示序列的特异性引物组；
[0012] (2)经过碱基的取代、缺失或添加；
[0013] (3)在PCR扩增体系中经过聚合酶链式反应得到水稻香味基因Ba化2序列。
[0014]作为优选，所述的PCR扩增体系由ΚΑΡΑ 2G Robust Mix Jorward primer(10Mm)、 Reverse primer (lOMm)、TemplateDM和d地2〇组成。
[0015] 作为优选，所述的PCR扩增体系共计25μ^其中ΚΑΡΑ 2G Robust Mixl2. 5μ^ F'orward primer (lOMm)1μLReverse primer (lOMm)1μLTemplateDM1μL和d地2〇 9.5μL。
[0016] 作为优选，所述的聚合酶链式反应的程序为94°C5min;94°C30sec，60°C30sec， 72°CImin，循环 35 个；72°C5min;12°Cforever。
[0017] 本发明还提供了使用所述的扩增水稻香味基因Ba化2序列的方法扩增谷对实香 懦的Ba化2基因，其具有如序列表SEQIDNo.27所示的核巧酸序列。
[0018] 本发明还提供了所述的扩增水稻香味基因Ba化2序列的方法在鉴定水稻香稻品 种与水稻非香稻品种中的用途。
[0019] 本发明还提供了所述的扩增水稻香味基因Ba化2序列的方法在定向培育水稻香 稻品种基因型鉴定中的用途。
[0020] 与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
[0021] (1)本发明的方法具有简单、快速、技术要求较低、结果鉴定准确的特点。
[0022] (2)本发明的方法可用于鉴定水稻香稻品种与水稻非香稻品种；也可用于定向培 育水稻香稻品种基因型的鉴定，可用于常规稻和育种中间材料的基因型鉴定中，在分子标 记定向培育香稻品种各环节中起到重要作用。
【附图说明】
[002引 图1为每个引物扩增香味基因Ba化2的扩增范围。
【具体实施方式】
[0024] 下面结合实施例对本发明的【具体实施方式】进行详细描述，但应当理解本发明的保 护范围并不受【具体实施方式】的限制。
[00巧]除非另有其它明确表示，否则在整个说明书和权利要求书中，术语"包括"或其变 换如"包含"或"包括有"等等将被理解为包括所陈述的元件或组成部分，而并未排除其它 元件或其它组成部分。
[0026]连施例1:
[0027] (1)引物设计
[002引参考相关文献从GenBank数据库中下载水稻香味基因F、R、Fcx和Rex的序列，利 用DNAStar分别对各个基因核巧酸序列进行分析和比较，寻找出适合设计特异性引物的保 守区域，利用GeXP express profiler工具设计针对4个水稻香味基因的特异性引物（见 表2)。
[002引 表2引物信息
[0030]
[0032] (2)PCR所用到的试剂：KAPA2GRobust(Sku:KM5525)。
[00对 （3)PCR的操作步骤：
[0034] PCR扩增体系为：
[0035]
[0036] PCR扩增程序为：
[0037]
[0038]
[0039] (4)每个引物扩增Ba化2基因的扩增范围（参照NCBI网上的抓770320序列）：
[0040]
[004引（5)利用该组引物扩增出的谷对实香懦（品种名）的Ba化2基因序列
[0049] 使用本发明的方法对谷对实香懦（品种名）扩增出的Ba化2基因，如SEQ ID No. 27 所示的核巧酸序列。
[0050] 前述对本发明的具体示例性实施方案的描述是为了说明和例证的目的。运些描述 并非想将本发明限定为所公开的精确形式，并且很显然，根据上述教导，可W进行很多改变 和变化。对示例性实施例进行选择和描述的目的在于解释本发明的特定原理及其实际应 用，从而使得本领域的技术人员能够实现并利用本发明的各种不同的示例性实施方案W及 各种不同的选择和改变。本发明的范围意在由权利要求书及其等同形式所限定。
[0051]
【主权项】
1. 一种扩增水稻香味基因Badh2序列的方法，其特征在于，包括以下步骤： (1) 由如序列表SEQIDNo. 1-26所示序列的特异性引物组； (2) 经过碱基的取代、缺失或添加； (3) 在PCR扩增体系中经过聚合酶链式反应得到水稻香味基因Badh2序列。2. 根据权利要求1所述的扩增水稻香味基因Badh2序列的方法，其特征在于，所述的 PCR扩增体系由ΚΑΡΑ2GRobustMix、Forwardprimer(l〇Mm)、Reverseprimer(lOMm)、 TemplateDNA和ddH20 组成。3. 根据权利要求2所述的扩增水稻香味基因Badh2序列的方法，其特征在 于，所述的PCR扩增体系共计 25μL，其中ΚΑΡΑ2GRobustMix12. 5μL、Forward primer(10Mm)lyL、Reverseprimer(10Mm)lyL、TemplateDNAlyL和ddH20 9.5yL〇4. 根据权利要求1所述的扩增水稻香味基因Badh2序列的方法，其特征在于，所述 的聚合酶链式反应的程序为94°C5min;94°C30sec，60°C30sec，72°Clmin，循环35个； 72°C5min;12°Cforever。5. -种使用权利要求1-4任一所述的扩增水稻香味基因Badh2序列的方法扩增谷对实 香糯的Badh2基因，其特征在于，其具有如序列表SEQIDNo. 27所示的核苷酸序列。6. 根据权利要求1-4任一所述的扩增水稻香味基因Badh2序列的方法在鉴定水稻香稻 品种与水稻非香稻品种中的用途。7. 根据权利要求1-4任一所述的扩增水稻香味基因Badh2序列的方法在定向培育水稻 香稻品种基因型鉴定中的用途。
【专利摘要】本发明属于分子遗传学技术领域，具体的说是涉及一种扩增水稻香味基因Badh2序列的方法。一种扩增水稻香味基因Badh2序列的方法，包括以下步骤：(1)由如序列表SEQ？ID？No.1-26所示序列的特异性引物组；(2)经过碱基的取代、缺失或添加；(3)在PCR扩增体系中经过聚合酶链式反应得到水稻香味基因Badh2序列。本发明的方法具有简单、快速、技术要求较低、结果鉴定准确的优点；可用于鉴定水稻香稻品种与水稻非香稻品种；也可用于定向培育水稻香稻品种基因型的鉴定，可用于常规稻和育种中间材料的基因型鉴定中，在分子标记定向培育香稻品种各环节中起到重要作用。
【IPC分类】C12N15/29, C12N15/10, C12Q1/68
【公开号】CN105331619
【申请号】CN201510880349
【发明人】曾宇, 夏秀忠, 张宗琼, 杨行海, 农保选, 李丹婷
【申请人】广西壮族自治区农业科学院水稻研究所
【公开日】2016年2月17日
【申请日】2015年12月3日