3)(图 8D)、 TLR7 (1633)(图 8E)、TLR7 (2034)(图 8F)、TLR7 (22996)(图 8G);
[0035]TLR8 (14)(图 9A)、TLR8 (41)(图 9B)、TLR8 (124)(图 9C)、TLR8 (176)(图 9D)、 TLR8 (265)(图犯）、TLR8 巧34)(图 9F)、TLR8 巧70)(图 9G) ;W及
[0036]TLR9 (872)(图 10A)、TLR9 巧05)(图 10B)、TLR9 (1126)(图 10C)W及TLR9 (1186) (图 10D)。
【具体实施方式】
[0037] 承前所述，本发明提供一种利用单核酸多型性标记组合鉴别猪只免疫特性的方 法，其分析多品系猪只的多个免疫相关基因与多个单核巧酸多型性（SN巧标记组合的相关 性，并建立相关性模式，由此鉴别待测样本的免疫特性。
[0038] 参阅图1，其绘示根据本发明一实施例的利用单核酸多型性标记组合鉴别猪只免 疫特性的方法的部分流程图。在一实施例中，本发明方法可先建立相关性模式，再利用此相 关性模式鉴别待测样本的免疫特性。首先，如图1步骤101所示，由多种猪只的多个第一周 边血液细胞获得多个第一核酸样本，其中上述多种猪只指多品系猪只。本发明此处所称的 「多品系猪只」，指多品种间的猪只，可包括但不限于杜洛克值uroc;D)、藍瑞斯化amlrace; L)、高畜黑猪度lackhair;B)、约克夏灯orkshire;Y)、H品种杂交肉猪（LYD)W及无特定 病原（specificpathogen-free;SPF·)的大白猪（Xarge怖ite)。然而在其它例子中，亦可 使用其它品种的猪只，本发明并不限于此处所举。
[0039] 本发明此处所称的「周边血液细胞」，指周边血液单核细胞（PBMCs)。由于周边血 液单核细胞取得方便，通过分析周边血液单核细胞的基因体DNA中多个免疫相关基因与多 个单核巧酸多型性（SN巧标记组合的相关性，有利于建立相关性模式，并于后续鉴别待测 样本的免疫特性。
[0040] 接着，如图1步骤103所示，由前述第一核酸样本获得多个第一单核巧酸多型 性资料。上述第一单核巧酸多型性数据包括多个单核巧酸多型性位点、单核巧酸多型性 位点的每一者的多个基因型W及对应的多个第一系数值。上述第一单核巧酸多型性数 据包括多个单核巧酸多型性位点、单核巧酸多型性位点的每一者的多个基因型W及对应 的多个第一系数值。前述单核巧酸多型性位点可包括但不限于IFN-a(-235)(GenBank 登录号X57191)、IFN-Y(382)(GenBank登录号X53085)、TNF-α(1219)(GenBank登 录号NC_010449)、MCP-1 (273)(GenBank登录号CU928660)、MCP-1 (351)(GenBank登 录号CU928660)、MCP-1 (360)(GenBank登录号CU928660)、MCP-1 (383)(GenBank登录 号CU928660)、TLR7 (1633)(GenBank登录号AB291813)、TLR7 (22996)(GenBank登录号 AB291813)、TLR8 巧34)(GenBank登录号AB291813)、TLR9 巧05)(GenBank登录号CPU915558) W及TLR9 (1186)(GenBank登录号CPU915558)。
[0041] 上述由第一核酸样本获得多个第一单核巧酸多型性数据的步骤，可选择性利用扩 增受阻突变系统聚合酶链反应（amplificationrefractoiTmutationsystempolymerase chainreaction;ARMS-PCR)，扩增上述猪只的第一核酸样本中具有单核巧酸多型性位点 的多个核酸片段。在一例示中，前述ARMS-PCR可利用如SEQIDNO. ;1-6、14-16、28-30、 33-38、66-68、72-74、90-92、99-100、104-106所示的引物进行，W获得含有上述单核巧酸多 型性位点的PCR产物。由于ARMS-PCR为本发明所属技术领域中具有通常知识者所熟知，此 处不另赏言。
[0042] 本发明此处所称的单核巧酸多型性位点的每一个的「多个基因型」，指基因的一位 点出现两种或更多种的核巧酸可能性。在一例子中，每个单核巧酸多型性位点可具有两种 或Η种基因型。举例而言，IFN-a(-235)会出现A/A、G/G、A/GH种基因型，而MCP-l(351) (GenBank登录号CU928660)会出现T/T、C/T两种基因型。
[0043] 上述第一单核巧酸多型性位点的每个基因型可对应的第一系数值，其中第一系数 值是综合评估碱基优先级W及该位点是纯合子或杂合子而定。前述的碱基优先级依照A、 T、C、G的顺序决定，因此A的排序优先于T、C、G。其次，该位点是纯合子，其优先级又在杂 合子之前。在同一单核巧酸多型性位点中，经综合比较碱基优先级W及位点是纯合子或杂 合子后，指定优先级较前的为1，其余为0 (零）。
[0044] 举例而言，在表1中，SNP1为IFN-a(-235)，而IFN-a(-235)具有Η种基因型A/ A、G/G、A/G。综合评估碱基优先级W及位点是纯合子或杂合子后，指定基因型Α/Α的系数值 为1并命名为SNP1A，其余两种基因型G/G、A/G的系数值皆为0(零）并命名为SNP1B。
[0045] 再举例而言，在表1中，SNP14为MCP-U351)，而MCP-U351)具有两种基因型T/ T、C/T。综合评估碱基优先级W及位点是纯合子或杂合子后，指定基因型T/T的系数值为1 并命名为SNP14A，另一种基因型C/T的系数值为0(零）并命名为SNP1B。
[0046] 本发明此处所称的「单核酸多型性」，指DNA序列中出现单核酸变异。本发明此处 所称的「单核酸多型性标记」，专指座落于类锋受体（toU-likereceptor;TLR)家族的多 个免疫相关基因W及多个细胞激素基因序列中的「单核酸多型性位点」，而且单核酸多型性 位点可座落于前述基因的非编码区、编码区或启动子中。
[0047] 如本发明所属技术领域中任何具有通常知识者所熟知，大多数SNPs位在基因组 的非编码区，存在于编码区的SNP约仅有20万个，称为cSNP(编码SNP，codingSNP)。有 些cSNPs的序列改变并不影响转译后的氨基酸序列，通常不会影响个体的表现型；有些则 会改变转译后的氨基酸序列，进而影响蛋白质的功能，从而可能产生特殊的疾病或是有别 于其它人的生物特征。此外，少数SNPs位于基因的启动子中，可能导致基因转录活性改变， 而使该基因产物的表达量增加或减少。
[0048] 本发明的特征之一在于使用特定的至少两个单核酸多型性位点对应于特定的免 疫相关基因，定义彼此之间的关系式。前述至少两个单核酸多型性位点的「单核酸多型性标 记」可作为生物标记，辨识一个免疫相关基因，不仅能提高对特定免疫基因辨识的准确率， 快速鉴别待测样本是否具有上述的免疫相关基因，更可应用于选育具有特定免疫特性的亲 代或预测其子代的免疫特性。在一个例子中，前述多个单核酸多型性位点构成的单核酸多 型性标记又称为「单核酸多型性标记组合」，而特定的「单核酸多型性标记组合」可专一性 对应于特定的免疫表型分型数据。
[0049] 在此说明的是，类锋受体（TLR)为免疫系统的病原辨识受体的主要家族，其 致效剂主要为微生物结构的特殊分子形态。已知TLR基因具有单核酸多型性（single nucleotidepolymo巧hisms;SNPs)，导致对某些感染源的感受性或其所造成的发炎反应增 加，与数种疾病的严重性有正相关，且影响其对特定TLR致效剂的反应。因此，本发明选用 多个TLR基因的SNPs作为生物标记，W辨识特定免疫相关基因。
[0050] 本发明此处所称的「单核酸多型性标记组合」，指对应于每个免疫表型分型数据的 多个单核酸多型性标记的组合。在一个例子中，前述单核酸多型性标记的组合可包括两个 或两个W上的单核酸多型性标记但排除单一单核酸多型性标记。
[0051] 然后，如步骤105所示，获得上述猪只的多个免疫表型分型数据，其中免疫表型分 型数据定义多个免疫特性。本发明此处所称的「免疫表型分型数据」，综合评估细胞免疫反 应数值W及多个免疫相关基因的表达量。而本发明此处所称的「免疫相关基因」可包括但 不限于CD4基因、CDS基因、Μ肥I基因、MHCII基因、CD80基因、CD86基因、IL2基因等。
[0052] 具体而言，前述免疫表型分型数据可包括但不限于CD4基因表达量、CD8基因表达 量、CD4/CD8的基因表达比、MHCI基因表达量、MHCII基因表达量、CD80/86的基因表达 比、刺激指数（stimulationindex;SI)、IL2基因第二表达量，W及IL2基因第一表达量与 IL2基因第二表达量的差值。前述IL2基因第一表达量代表未W凝集素刺激所得的基因表 达量，而前述IL2基因第二表达量代表经凝集素刺激所得的另一基因表达量。然而在其它 例子中，亦可选用其它免疫相关基因建立相关性模式，本发明并不限于此处所举。
[0053] 之后，如步骤107所示，建立相关性模式，W定义免疫特性的任一种与对应的单核 巧酸多型性位点的至少两者的关系式。本发明此处所称的「相关性模式」包含多个具有统 计相关性的关系式，W定义上述免疫表型分型数据之一与上述单核巧酸多型性位点的至少 两者的关系式。一般而言，前述关系式为多元一次多项式。至于各免疫表型分型资料的具 体的关系式可藉由市售统计软件的运算可得并于后详述，此处不再赏述。
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