三角梅BgGA20-OX1基因片段及其干涉重组载体的制作方法_2

文档序号:9722672阅读:来源:国知局
TGTGATCCAACATCATTAACCATCCTTCACCAAGATCAAGTTGCTGGTCTTGAAGTGTTTGTT GATGGGAAATGGCGTTCCATTCGCCCTAATTTCAATGCTTTCGTCGTTAACATTGGTGATGCTTTCATGGCTCAATC AAATGGAAGATACAAGAGTTGCTTGCATAGAGCGGTGGTGAATAGCGAGAAACCAAGGAAATCACTAGCATTTTTCT TATGTCCAAACAACAACAAAGTGGTGAAACCACCAAGTGAATTGATAGACAATGAGAATTCAAGGAGATATCCTGAT TTCACATGGCCAATGCTATTGGAATTCACTCAAAAGCA3\
[0050] 5.三角梅BgGA20-0Xl基因片段CDNA3'端序列的克隆
[0051 ] 根据已获得的GA20-0X1基因序列信息(也即SEQ ID N0:5),利用primer 5在靠近 片段序列的3/端设计特异引物3/R:5/-TCTTGAAGTGTTTGTTGATGGG-3 /(g卩SEQIDN0:6)。根 据S'-Rampid Amplification of cDNA EndsU'-RACE)实验原理,设计下列引物:API :5: GATGTCAACGATACGCTACGTAACGGCATGACAGTGUhs-S'(即SEQIDN0:7);AP3:5 /-CGCTACGTAACGGCATGACAGTG-SlSPSEQ ID N0:8)。提取总RNA(方法同前),以3'R即SEQ ID N0:6和接头引物API即SEQ ID N0:7进行反转录,并以此产物为模板,以3'即SEQ ID N0:6和 AP3接头引物(即SEQ ID N0:8)进行PCR扩增,得到一段约500bp片段,见附图3。
[0052]根据T-A克隆,将约500bp的扩增产物克隆到pMD19-T载体上。再利用蓝白斑筛选, 随机挑取阳性转化子,接种于含Amp的LB液体培养基进行筛选,用菌液进行PCR鉴定(方法与 前述相同)。电泳检测到与RT-PCR大小接近的条带。经过测序,得到BgGA20-0Xl基因片段3' RACE序列(见SEQ ID N0:9),具体序列如下:
[0053] 57 TCTTGAAGTGTTTGTTGATGGGAAATGGCGTTCCATTCGCCCTAATTTCAATGCTTTCGTCGTTAACATTGGTGATG CTTTCATGGCTCAATCAAATGGAAGATACAAGAGTTGCTTGCATAGAGCGGTGGTGAATAGCGAGAAACCAAGGAAA TCACTAGCATTTTTCTTATGTCCAAACAACAACAAAGTGGTGAAACCACCAAGTGAATTGATAGACAATGAGAATTC AAGGAGATATCCTGATTTCACATGGCCAATGCTATTGGAATTCACTCAAAAGCACTATAGAGCGGACATGAATACCT TGAATGCCTTCTCACAATGGGTTATTCAACAAACTCATGAAAGAGCTTAATTAAGTTGTGTAAAATGATATATAACT AGGATTATTTTTGGAAGTTATTAGTCCATGCATATTTTATATTTCCTCTTTCTTTCAAGGAAGAAGATATTGATGGA TCGATCGAGTACCATGAAAAAAAAAAAAAA3 7 〇
[0054]根据测序结果,在序列3'末端得到含有poly A序列;由BLASTX比对同源蛋白质,推 测在获得的3'-RACE序列中384bp处的TAG可能为终止密码子。
[0055] 6.三角梅BgGA20-0Xl基因片段序列分析
[0056]根据已有的克隆工作,利用生物软件DNAMAN将得到的所有序列进行拼接分析,获 得了三角梅BgGA20-0Xl基因片段拼接的cDNA序列(见SEQ ID N0:10)。
[0057] 具体序列如下:
[0058] 57 CAGGGTTGATGCCAATTTGATCAAGGACGCCCATGATCTCATGAATGACTTCTTTGACCAACCCTTGGCTTTAAAGC AAATGGCTCAAAGGAAATTTGGTGAGCATTGTGGCTATGCTAGTAGCTTCACGGGTAGGTTCTCCTCCAAGCTTCCT TGGAAGGAAACTTTGTCTTTTGGCTACTCTCCTAATCACAAGACCATTGTCCAAGACTACTTCCATAATAGCTTGGG TGACAACTTCGACCACTTGGGGAGGGTGTACCAAGCATATTGTGATGCAATGAGCAAGCTATCATTAGAAATCGCAG AGCTACTTGGGCTAAGCCTTGGTGTGAAGAAACATTATTTCCGAGAGTTCTTTCAAGGCCATGACTCGGTTATGCGG CTCAACTATTATCCACCATGTCAAAGGCCCGATCTTACTCTCGGAACAGGTCCTCATTGTGATCCAACATCATTAAC CATCCTTCACCAAGATCAAGTTGCTGGTCTTGAAGTGTTTGTTGATGGGAAATGGCGTTCCATTCGCCCTAATTTCA ATGCTTTCGTCGTTAACATTGGTGATGCTTTCATGGCTCAATCAAATGGAAGATACAAGAGTTGCTTGCATAGAGCG GTGGTGAATAGCGAGAAACCAAGGAAATCACTAGCATTTTTCTTATGTCCAAACAACAACAAAGTGGTGAAACCACC AAGTGAATTGATAGACAATGAGAATTCAAGGAGATATCCTGATTTCACATGGCCAATGCTATTGGAATTCACTCAAA AGCACTATAGAGCGGACATGAATACCTTGAAT feCCTTCTCACMTGGGTTl ATTCAACAAACTCATGAAAGAGCTTAATTAAGTTGTGTAAAATGATATATAACTAGGATTATTTTTGGAAGTTATTA GTCCATGCATATTTTATATTTCCTCTTTCTTTCAAGGAAGAAGATATTGAT^ATCXiATCGAGTaCCATl GAAAAAAAAAAAAAA3 7 〇
[0059] 其中,方框部分为引物对应部分;下划线是正向片段目的序列(164bp)即干涉片 段,记为SEQ ID N0:11;具体为:
[0060] GCCTTCTCACAATGGGTTATTCAACAAACTCATGAAAGAGCTTAATTAAGTTGTGTAAAATGATATATAACTAGGAT TATTTTTGGAAGTTATTAGTCCATGCATATTTTATATTTCCTCTTTCTTTCAAGGAAGAAGATATTGATGGATCGAT CGAGTACCATGAAAAAAAAAAAAAA3 〇
[0061] 将序列提交NCBI进行BLAST比对分析,见附图4,结果表明,该序列与Beta ¥11]^31^3(甜菜)的6420-(?丨(^86的1111?祖序列具有80%的相似性,与?38118 871¥31:;^3(欧洲 山毛榉)的GA20-0X1的mRNA序列具有76%的相似性。对其进行氨基酸序列比对分析(见附图 5),发现其与Beta vulgaris(甜菜)的氨基酸序列同源性达80%,与Dianthus caryophyllus(香石竹)的氨基酸序列同源性达76%,且其氨基酸序列存在与GA底物结合的 保守序列LPW(ET,因此确定此序列为三角梅的GA20氧化酶基因片段,命名为BgGA20-0Xl。由
[0062] BgGA20-0Xl与其他13个GA20-OX所构建的系统发育树(见附图6)分析,三角梅 BgGA2〇-〇Xl 与Dianthus caryophyl lus (香石竹)GA20-0X遗传距离最近,其次是Solanum lycopersicum(番前),然后是Spinacia oleracea(菠菜)。图6为13个GA20-0X 1基因的系统 发育树图,其中EU252106Acacia mangium(马占相思);NM_0010515490ryza sativa(灿稻); EF607139Paeonia suffruticosa(牡丹);U70532Phaseolus vulgaris(菜豆);U70471Pisum sativum(碗豆);AB090238Populus alba(银白杨);HQ833589Pyrus communis(西洋梨);NM_ 001247434 Solanum lycopersicum(番前);U33330Spinacia oleracea(菠菜); AB613267Torenia fournieri (夏堇);DQ508817Vitis vinif era cultivarCabernet-Sauvignon(葡萄);NM_001254854Zea mays(玉米);EU72251 IDianthuscaryophyllus(香石 竹)。
[0063] 实施例2:三角梅BgGA20_0Xl基因干涉重组载体构建
[0064]根据BgGA20-0Xl的基因片段序列和蛋白序列BLAST比对的结果(附图4、图5),发现 该基因在3'端近200bp的基因序列同源性较低,即序列的特异性较高,因此决定选择该区域 作为正向目的片段用于构建干涉载体。
[0065] 1.选择pYLRNAi.5载体(由刘耀光研究员实验室惠赠,具体方法和描述详见文献: 胡旭霞和刘耀光.,植物RNA干涉载体的构建及其在水稻基因表达沉默中的应用[J].分子植 物育种,2006,4(5) :621-626)作为干涉载体(见附图7)。
[0066] 2.在NCBI上对已知GA20-OX蛋白序列进行BLAST比对,选取与GA20-OX蛋白序列上 较保守的序列,同时对序列酶切位点进行分析,设计特异性引物RNAiFIS' -ACTGGATCCGCCTTCTCACAATGGGTT-37 ( SEQ ID NO : 1 2 ) GTAGAGCTCATGGTACTCGATCGATCdlSEQ ID N0:13)。
[0067] 3.使用上述特异引物,以含有三角梅BgGA20-0XlcDNA片段(实施例1的步骤6所得 即SEQ ID如:8片段)的口]\?)19-1'载体质粒〇31^1^公司购得)为模板,1?嫩丨?1和1?熟丨1?1(即 SEQ ID N0:12和SEQ ID N0:13)为引物扩增RNA干涉载体目的片段,用Agarose Gel DNA
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