脑癌检测的制作方法
【专利说明】脑癌检测
[0001] 本发明设及用于检测受试者中的脑癌的方法。本发明还设及预测脑癌患者的临床 结果的方法;监测患者的脑癌进展的方法；W及将患者的脑癌分级的方法。
[0002] 引言
[000引在2010年，仅在英国就有9,156例脑癌的新病例（英国癌症研究院（Cancer Research UK))。在世界上，据估计每年有445，000例脑癌的新病例(英国癌症研究院）。由于 人口每年在增长，所W脑癌的发病率将跟着增长，运突出了对改进的诊断、预后和对治疗的 响应的预测的需求。本发明具有在英国和世界上满足该需求的潜力。
[0004]目前神经胶质瘤的诊断设及用MRI成像W及通过神经病理学的组织学分析。在一 些病例中，MRI扫描不足够准确W确定地诊断个体，其后需要组织学分析。可W仅在手术期 间移除肿瘤组织之后执行组织学分析并且其取决于个人病理学家的解释是非常主观的。对 患者风险性及侵入性的程序，特别是在进行手术时呈现较高风险的老年个体中具有神经胶 质瘤的高发生率。
[000引微小RNA(miRNA)是在基因的转录后调节和蛋白质表达中起作用的小的非编码 RNA"miRNA显示疾病特异性的表达，其可被用于提供关于特定的生物学状态诸如神经胶质 瘤的信息。可在被释放入循环系统的神经胶质瘤特异性外泌体(exosomes)的分离后测量神 经胶质瘤中miRNA表达的变化。本研究的目的是鉴别具有在神经胶质瘤中改变的表达且可 用于诊断、预后W及对治疗的响应的预测的一组miRNA。
[0006] 在第一方面，本发明提供了检测受试者中脑癌的方法，该方法包括：
[0007] 测定来自受试者的样品W确定存在于样品中的选自由由W下组成的组的至少一 种miRNA的量：Hsa-miR-20a-5p;Hsa-miR-34a-5p;Hsa-miR-92a-：3p hsa-miR-lf5b;hsa-miR-181b；hsa-miR-19a；hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21； hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p;Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-1化a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p;Hsa-miR-16-5p;Hsa-miR-17-5p;Hsa-miR-17-3p;Hsa-miR-182-5p;Hsa-miR-183-5p；Hsa-miR-187-3p；Hsa-miR-18a-5p；Hsa-miR-190a；Hsa-miR-19b-3p；Hsa-miR-200日-化；Hsa-miR-203a;Hsa-miR-3l-5p;Hsa-miR-326;Hsa-miR-425-5p;Hsa-miR-7-5p; Hsa-miR-93-5p；Hsa-miR-96-5p；Hsa-let-7b-5p；Hsa-miR-106b-5p；Hsa-miR-191-5p；Hsa-miR-24-化；Hsa-miR-25-化；Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0008] 将存在于样品中的所述至少一种miRNA的量与参考值比较；
[0009] 其中样品中的所述至少一种miRNA的量与参考值比较的不同指示受试者患有脑 癌。
[0010] 本发明的该第一方面基于发明人的如下发现，在代表脑癌的样品中（或取自患有 脑癌的受试者，或取自脑癌的细胞培养模型）上面提到的miRNA与未患脑癌的受试者(或使 用非癌性脑细胞的模型）比较具有丰度的变化。实际上，如在本公开内容中的其他地方更详 细的讨论，发明人发现了所提及的miRNAW高于或低于在非癌性参照样品中发现的数量多 倍（"倍"增)的数量存在。
[0011]在本发明的第二方面，提供了预测脑癌患者中的临床结果的方法，该方法包括： [001引巧|]定来自患者的样品中选自由W下组成的组的至少一种miRNA的存在池曰-1111尺-20a-5p;Hsa-miR-34a-5p;Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-lSb;hsa-miR-181b;hsa-miR-19a; hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21；hsa-miR-222；hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p; Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-125a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-：3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p; Hsa-miR-16-5p；Hsa-miR-17-5p；Hsa-miR-17-3p；Hsa-miR-182-5p；Hsa-miR-183-5p；Hsa-miR-187-化；Hsa-miR-18a-5p; Hsa-miR-190a; Hsa-miR-19b-3p ;Hsa-miR-200a-：3p ;Hsa-miR-203a;Hsa-miR-3l-5p;Hsa-miR-326;Hsa-miR-425-5p;Hsa-miR-7-5p;Hsa-miR-93-5p;Hsa-miR-96-5p；Hsa-let-7b-5p；Hsa-miR-106b-5p；Hsa-miR-191-5p；Hsa-miR-24-3p；Hsa-miR-25-化；Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0013] 将存在于样品中的所述至少一种miRNA的量与参考值比较；
[0014] 其中样品中至少一种miRNA的量与参考值比较的不同指示关于患者的脑癌的消极 结果。
[0015] 本发明的该第二方面基于发明人对所提到的miRNA与脑癌的存在之间关联的发 现。该发现允许对上述miRNA的研究提供对患者的脑癌的可能进展W及相应的可W预期的 临床结果的指示。特别地，发明人发现了运些miRNA标志物的丰度W如下所述的方式的变化 通常与关于者的脑癌的消极结果相关。
[0016] 用于脑癌的诊断、预后和监测的技术目前典型地使用成像方法，诸如MRI技术，随 后证实性的组织学分析。
[0017] 发明人相信在本文被鉴别的一组miRNA生物标志物可能在脑癌诸如神经胶质瘤的 分级中是有益的。
[0018] 本发明的第Ξ方面提供了监测患者中脑癌的进展的方法，该方法包括：
[0019] 巧憶来自患者的指示在第一时间点的患者中的miRNA的第一样品中，选自由W下 组成的组的至少一种miNRA的存在，W确定存在于样品中的至少一种miRNA的丰度的第一 {E：hsa-Hsa-miR-20a-5p；Hsa-miR-34a-5p；Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-15b；hsa-miR-181b； hsa-mi民一19a;hsa-mi民一210;hsa-mi民一23a;hsa-mi民一15a;hsa-mi民一181a;hsa-mi民一21;hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-mi民一9-5p;Hsa-mi民一106b-5p;Hsa-mi民一107;Hsa-mi民一125a-5p;Hsa-mi民一128;Hsa-mi民一 130b-3p;Hsa-mi民一132-3p;Hsa-mi民一138-5p;Hsa-mi民一141-3p;Hsa-mi民一146a-5p;Hsa-mi民一 148a-3p;Hsa-mi民一16-5p;Hsa-mi民一17-5p;Hsa-mi民一17-3p;Hsa-mi民一182-5p;Hsa-mi民一183-5p;Hsa-miR-187-3p;Hsa-miR-18a-5p;Hsa-miR-190a;Hsa-miR-19b-3p;Hsa-miR-200a-3p; Hsa-mi民一203a;Hsa-mi民一3l-5p;Hsa-mi民一326;Hsa-mi民一425-5p;Hsa-mi民一7-5p;Hsa-mi民一 93-5p;Hsa_mi民一96-5p;Hsa-let-7b-5p;Hsa_mi民一106b-5p;Hsa_mi民一191-5p;Hsa-mi民一24-3p;Hsa-miR-25-3p;Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0020] W及测定来自患者的指示在第二时间点的患者中的miRNA的第二样品中，相同的 至少一种miRNA的存在，^确定存在于第二样品的所述至少一种miRNA的丰度的第二值；W 及
[0021 ]比较用于所述至少一种miRNA的丰度的第一值和第二值；
[0022] 其中第一值和第二值之间的不同指示关于患者的脑癌有进展。
[0023] 当研究的miRNA在癌症中与参考值比较是上调的值时，那么第二值与第一值比较 的增加指示脑癌的进展在第一时间点和第二时间点之间恶化。
[0024] 当研究的miRNA在癌症中与参考值比较是下调的值时，那么第二值与第一值比较 的减少也指示脑癌的进展在第一时间点和第二时间点之间恶化。
[002引相比之下，当研究的miRNA在癌症中与参考值比较是上调的值时，那么第二值与第 一值比较的减少指示脑癌的进展在第一时间点和第二时间点之间改善。
[0026] 相似地，当研究的miRNA在癌症中与参考值比较是下调的值时，那么第二值与第一 值比较的增加指示脑癌的进展在第一时间点和第二时间点之间改善。
[0027] 本发明的监测方法可利用指示在进一步的时间点的患者中的miRNA的另外的样品 (例如，除第一样品和第二样品外，指示在第Ξ时间点的患者中的miRNA的第Ξ样品）。
[0028] 第一时间点、第二时间点及任何后续的时间点)可被间隔打算在其间监测患者 的脑癌的进展的任何感兴趣的时期。
[0029] 患者可能会经受治疗，该治疗意图改变第一时间点和第二时间点之间的癌症的状 态。例如，患者可能经受临床治疗或用推定的治疗剂的治疗。在运种情况中，监测患者的癌 症的进展可提供临床治疗或推定的治疗剂是否证明是成功的指示。
[0030] W该方式监测癌症进展还可在确定癌症治疗应该何时启动中是有益的。仅仅举例 来说，当癌症恶化时(例如，低等级肿瘤进展为高等级肿瘤），可指示启动治疗。相似地，考虑 被监测的肿瘤的发展和/或退化可作出关于是否要开始或结束治疗方案诸如化疗方案的决 定。
[0031] 应该理解的是，可就两个样品测定来自列举的清单中的多种miRNA,且只要测定的 miRNA的至少一种在两个样品之间是共同的，就可测定不同的miRNA(因此允许就样品中 miRNA的丰度进行比较）。
[0032] 在第四方面，提供了将患者的脑癌分级的方法，该方法包括：
[0033] 测定来自患者的样品W确定存在于样品中的选自由W下组成的组的至少一种 miRNA的量:Hsa-miR-20a-5p ;Hsa-miR-34a-5p ;Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-15b; hsa-miR-181b；hsa-miR-19a；hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21； hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p;Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-1化a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p;Hsa-miR-16-5p;Hsa-miR-17-5p;Hsa-miR-17-3p;Hsa-miR-182-5p;Hsa-miR-183-5p;Hsa-miR-187-3p;Hsa-miR-18a-5p;Hsa-miR-190a;Hsa-miR-19b-3p;Hsa-miR-200日-化；Hsa-miR-203a;