专利名称：：用于诊断nsclc的gitr抗体的制作方法
技术领域：
：本发明涉及用于人的癌症和相关恶性肿瘤的治疗、诊断和篩选方法的纟且合物和方法。背景尽管在医学研究中取得了众多的进步，但癌症在美国仍然是第二大死亡原因。在工业化国家，大致5个人中有一个将死于癌症。临床护理的传统模式，例如手术切除、放疗和化疗，具有相当高的失败率，尤其是对于实体瘤。失败的发生是因为初始的肿瘤是无应答性的，或因为由于在原始位置上的再生长和/或转移而引起的复发。肺癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一，并且是男性中的第二大癌症死亡原因。参见,AmericanCancerSociety,Cancerfactsandfigures,1996，Atlanta。在1997年i會断了大约178，100例肺癌新病例，占癌症诊断的13%。在1997年发生了据估计的160，400例由于肺癌而造成的死亡，占所有癌症死亡的29%，这使肺癌比乳腺癌、前列腺癌和结肠直肠癌的总和更为致命。Jemal，A.等人(2004)CancerStatistics2004，CA:ACancerJournalforClinicians53:5—26。肺癌的一年存活率已从1973年的32%增加至1993年的41%,这主要归因于手术技术的提高。所有阶段一起的5年存活率只有14%。对于当疾病仍然限定在局部时检测出的病例，存活率为48%,但只有15%的肺癌能如此早地被发现。在肺癌的各种形式中，非小细胞肺癌(NSCLC)占每年所有新肺癌病例的大约80%。小细胞肺癌是肺癌中最恶性和生长最快的形式。原发性肿瘤通常对化疗具有应答性，但接下来是广泛的转移。诊断时的平均存活时间为大约l年，5年存活率为5%。对于诊断为NSCLC的患者，手术切除提供了有意义的存活的唯一机会。有5种类型的非小细胞肺癌鳞状细胞癌、腺癌、大细胞癌、腺鳞癌和未分化癌。腺鳞癌始于在显微镜观察下时看起来扁平的细胞。未分化的癌细胞看上去与正常细胞不一样且不可控制地增殖。鳞状细胞癌是最常见的肺癌类型。其从衬在气道里的细胞发生而来。腺癌从产生粘液(痰)的腺细胞或分泌细胞发生而来。如此命名大细胞肺癌是因为在显微镜下观察这些细胞时其看起来巨大且为圆形。非小细胞肺癌的特征还在于四个临床阶段。I期是是非常局部化的癌症，在淋巴结中无癌症。II期癌症已扩散至在受影响的肺的上部的淋巴结。III期癌症已扩散至癌症开始的部位的附近。其可以是胸壁，肺的遮盖物(胸膜)、胸的中部(纵隔)或其他淋巴结。IV期癌症已扩散至身体的另外部位。正在开发几种抗体疗法以治疗肺癌。西妥昔单抗和吉非替尼(gifUinib)经美国食品与药品管理局批准用于这些癌症。西妥昔单抗与化疗的组合已为NSCLC患者提供了一些益处但仍需要进一步的试验。Kelly,K.等人(2003)Proc.Am.Soc.Clin.Oncol.22:644。因此，仍需要NSCLC的有效治疗方法。本发明满足了这一需要，并且还提供了相关的优点。本发明的公开内容本发明提供了方法，其用于帮助细胞状况的诊断，用于鉴定和/或区分正常细胞和赘生性细胞，以及用于鉴定在受试者中可逆转瘤形成和/或改善与赘生性细胞存在相关的症状的潜在治疗剂。因此，本发明的实施方案旨在通过筛选表1中鉴定的差异表达的基因的存在来诊断细胞状况的方法。在一个方面，所述基因的差异表达是上皮来源的细胞的赘生性状态例如非小细胞肺癌(NSCLC)、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌的指示。可通过任何合适的方法来检测表达，包括例如，通过检测从所述基因转录的mRNA的量或者通过转录自所述基因的mRNA的逆转录而产生的cDNA的量或者由所述基因编码的多肽或蛋白质的量。可通过抽样原则(samplebasis)对样品施行这些方法，或可修改这些方法以进行高通量分析。此外，可就转录物或所表达的基因产物的存在和量来检索和分析数据库，所述数据库包含一定量的(quantitative)从细胞样品分离的完整或部分的转录物或蛋白质序列。本发明的另一个方面是筛选，以鉴定逆转或治疗瘤形成和肿瘤的治疗剂，其中所述细胞和/或肿瘤的特征在于表1中鉴定的多肽或蛋白质的差异表达。所述方法包括将先前鉴定为具有该基因型的细胞与有效量的潜在试剂接触，并检定赘生性状况的逆转。还提供了编码表1中所示的蛋白质、其片段或多肽(此处也称为基因表达产物)的多核苷酸，包含这些多核苷酸的基因递送载体，和包含这些多核普酸的宿主细胞。所述蛋白质、多肽或其片段也可用于产生特异性地识别和结合这些分子的抗体。所述抗体可以是多克隆的或单克隆的。这些抗体可用于分离从编码所述多肽的基因表达出的蛋白质或多肽，以及用于检测赘生性细胞或肿瘤。本发明还提供了分离的宿主细胞和重组宿主细胞，其包含编码表1中所鉴定的肽和/或其片段的多核苷酸。所述细胞可以是原核的或真核的，并且仅作为例子，可以是细菌、酵母、动物、哺乳动物、人的细胞和其特定亚型例如干细胞、抗原呈递细胞(APC)如树突状细胞(DC)或T细胞中的任何一种或多种。表1<table>tableseeoriginaldocumentpage6</column></row><table>*网址=ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/1ist.cgi本发明还提供了用于监控受试者中的癌症的方法，其通过在不同是否已增加或减少，有此来监控受试者中的癌症。此处还提供了用于诊断方法或药物筛选的试剂盒。所述试剂盒包含至少一种检测基因表达的试剂(例如，探针、引物或抗体)和使用说明书。序列表概述如此处所用的，术语"GITR基因"至少是指连续多核苷酸序列的ORF,其编码具有此处所示的生物学活性的蛋白质或多肽。LocusLink(见上)报导了，由该基因编码的蛋白质是TNF受体超家族的成员。已报导该受体在T-细胞激活时具有增加的表达，并且其被认为在由CD25(+)CD4(+)调控性T细胞所维持的显性免疫自身耐受性(dominantimmunologicalself-tolerance)中起着至关重要的作用。小鼠的基因敲除研究也表明，该受体的作用在于调控CD3驱动的T-细胞激活和程序性细胞死亡。已报导了该基因的三种经可选择地剪接的转录物变体，其编码不同的同种型。SEQIDNO:1是GITR多核苷酸序列的一个实例，其他序列在本领域是已知的，其实例包括但不限于表l中所示的序列和编码此处定义的GITR基因表达产物的序列。生物学上等同的序列也包括在该定义的范围之内，所述序列例如是编码SEQIDNO:2的多肽的序列和与示例性序列如SEQIDNO:1具有至少90%或可选择地至少95%序列同源性的序列，这可通过在缺省参数下进行的同一性百分比序列分析来确定。通过在高严紧条件下与负链杂交的能力而鉴定的生物学上等同的基因或多核苷酸也在本定义范围内。可以希望使用非人基因，其多核苷酸序列在本领域中是已知的。参见例如，UniGeneClusterHs.212680。多核苷酸片段在本领域中也是已知的，其包括但不限于GenBank登录号BI911657.1;AI499936.1;AI214481.1;和AI923712.1。这些多核苷酸作为探针或引物是特别有用的。如此处所用的，术语"GITR基因表达产物、蛋白质或多肽，'包括SEQIDNO:2的氨基酸序列以及从上面鉴定的GITR基因转录和翻译的氨基酸序列，而不考虑基因表达系统，例如细菌或其他原核细胞、酵母细胞、哺乳动物细胞如猿、牛或人细胞。该术语包括从组织样品中分离出的、分离的、天然发生的多肽，以及重组产生的蛋白质和多肽。该术语也包括具有与SEQIDNO:2至少90%或可选择地至少95%同源的氨基酸序列并且具有此处描述的生物学活性的多肽。同源氨基酸序列的实例包括，但不限于，具有SEQIDNO:2的氨基酸序列的多肽或者已通过保守性氨基酸置换进行修饰的其他GITR基因表达产物。用于实施本发明的模式在整个本公开内容中，通过鉴别性引证(identifyingcitation)参考了多种出版物、专利和公开的专利说明书。在本公开内容中引用这些出版物、专利和7>开的专利^兌明书的《地描述本发明所属的领域的状态定义除非另外指出，本发明的实施将采用免疫学、分子生物学、微生物学、细胞生物学和重組DM的常规技术，所述技术在本领域的技能范围之内。参见，例如Sambrook，Fritsch和Maniatis，MOLECULARCLONING:ALABORATORYMANUAL,第2版(1989);CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY(F.M.Ausubel等人，编者，(1987));丛书METHODSINENZYMOLOGY(AcademicPress,Inc.):PCR2:APRACTICALAPPROACH(M.J.MacPherson，B.D.Hames和G.R.Taylor,编者(1995))，Harlow和Lane，编者(1988)ANTIBODIES,ALABORATORYMANUALandANIMALCEIXCULTURE(R.I.Freshney，，编者(1987))。如此处所用的，某些术语具有下面定义的含义。如在本说明书和权利要求中所用的，单数形式"a"、"an"和"the"包括复数涵义，除非上下文另外清楚地规定。例如，术语"acell"包括多个细胞，包括其混合物。所有数字标称，例如，pH、温度、时间、浓度和分子量，包括范围，都是按0.1的增量(+)或(-)变化的近似值。要理解，尽管并未总是明确地提及，但所有数字标称前面均冠以术语"大约"。也要理解，尽管并未总是明确地提及，但此处描述的试剂只是示例性的，并且这些试剂的等同物在本领域中是已知的。术语"多核苷酸"和"寡核苷酸"可互换使用，并且是指任何长度的核苷酸(脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其类似物)的聚合物形式。多核苷酸可具有任何三维结构和可行使任何已知或未知的功能。下列是多核苷酸的非限制性实例基因或基因片段(例如，探针、引物、EST或SAGE标签)、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分枝的多核苷酸、质粒、载体、任何序列的分离的DNA、任何序列的分离的RNA、核酸探针和引物。多核苷酸可包含经修饰的核苷酸例如甲基化的核苷酸和核苷酸类似物。如果存在，可在聚合物装配之前或之后对核苷酸结构进行修饰。可用非核苷酸组分中断核苷酸的序列。在聚合后，可通过例如与标记组分相缀合来进一步修饰多核苷酸。该术语也指双链和单链分子。除非另外具体说明或要求，为多核苷酸的本发明的任何实施方案包括双链形式和已知或预测组成双链形式的两个互补单链形式中的每一个单链形式。多核苷酸由4种核苷酸碱基的特定序列组成，所述4种核苷酸碱基是腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T);当多核苷酸是RM时尿嘧啶(U)代替鸟嘌呤。因此，术语"多核苷酸序列"是多核苷酸分子的字母排列表示。可将该字母排列表示输入在具有中央处理单位的计算机中的数据库中，并用于生物信息学应用例如功能基因组和同源性搜索。"基因"是指包含至少一个能够在被转录和翻译后编码特定多肽或蛋白质的开放阅读框架(0RF)的多核苷酸。此处描述的多核苷酸序列中的任一序列可用于鉴定与它们所关联的基因的更大片段或全长编码序列。分离更大的片段序列的方法对于本领域技术人员来说是已知的。"基因产物，，或可选择地"基因表达产物"是指当基因被转录和翻译时产生的氨基酸(例如，肽或多肽)。术语"多肽"可与术语"蛋白质"互换使用，其在最广的意义上是指两个或更多个亚单位氨基酸、氨基酸类似物或肽模拟物(peptidomimetic)的化合物。所述亚单位可通过肽键连接。在另一个实施方案中，所述亚单位可通过其他键例如酯键、醚键等连接。如此处所用的，术语"氨基酸"是指天然和/或非天然或者合成的氨基酸，(包括甘氨酸以及D和L旋光异构体)、氨基酸类似物和肽模拟物。如果肽链短，则通常将三个或更多个氨基酸的肽称为寡肽。如果肽链长，则通常将所述肽称为多肽或蛋白质。"在转录控制之下"是在本领域中充分理解的术语，其表示多核苷酸序列(通常为DNA序列)的转录依赖于其有效地连接至促成转录启始或促进转录的元件。"有效连接的"是指其中所述元件处于允许它们发挥功能的排列中的并置。如此处所用的，术语"包含"或"包括"旨在表示，所述组合物和方法包括所陈述的要素，但不排除其他要素。"基本上由......组成"，当用于定义组合物和方法时，将表示不包括对于该组合具有任何实质性意义的其他要素。因此，基本上由此处定义的要素组成的组合物将不排除来自分离和纯化方法的痕量污染物以及药学上可接受的栽体例如磷酸緩冲盐溶液、防腐剂等。"由……组成"将表示不包括除微量元素外的其他成分和用于施用本发明组合物的重要方法步骤。由这些过渡式术语(transitionterm)中的每一个术语所定义的实施方案在本发明的范围之内。术语"分离的"是指与细胞和其他方面的组分相分开，其中多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段通常天然地与其结合。在本发明的一个方面，分离的多核苷酸与3'和5'连续核苷酸分开，所述分离的多核苷酸在其天生或天然环境例如在染色体上通常与所述3'和5'连续核普酸相连接。正如对于本领域技术人员来说是明显的，非天然发生的多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段不需要"分离"从而将其与其天然发生的对应物(counterpart)区分开。此外，"浓缩的"、"分开的"或"稀释的"多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段可与其天然发生的对应物区分开，其中每体积的分子浓度或数目比其天然发生的情况高("浓缩的")或低("分开的")。与天然发生的对应物的差异在于其一级序列或例如在于其糖基化模式的多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段不需要以其分离的形式存在，因为其可通过其一级序列或可选择地通过另一个特征例如糖基化模式与其天然发生的对应物区分开。因此，提供了非天然发生的多核苷酸，作为与分离的天然发生的多核苷酸相区别开的实施方案。提供了在细菌细胞中产生的蛋白质，作为与从其中天然地产生所述蛋白质的真核细胞中分离出的天然发生的蛋白质相区别开的实施方案。如此处所用的，"基因递送"、"基因转移"等是这样的术语，其指将外源多核苷酸(有时称为"转基因")导入宿主细胞中，而不管釆用何种用于导入的方法。这些方法包括多种熟知的技术例如载体介导的基因转移(通过例如病毒感染/转染或者各种其他基于蛋白质或基于脂质的基因递送复合物)以及有助于"棵露的"多核苷酸的递送的技术(例如电穿孔、"基因枪"递送和各种用于导入多核苷酸的其他技术)。导入的多核苷酸可以稳定地或短暂地保持在宿主细胞中。稳定的保持通常要求，所导入的多核苷酸包含可与宿主细胞相容的复制起点，或者整合入宿主细胞的复制子例如染色体外复制子(例如质粒)或者细胞核或线粒体染色体中。在本领域已知许多载体能够介导基因至哺乳动物细胞的转移。"基因递送载体"定义为可携带所插入的多核苷酸进入宿主细胞中的任何分子。基因递送载体的实例是脂质体，生物相容性聚合物，包括天然聚合物和合成聚合物；脂蛋白；多肽；多糖；脂多糖；人工病毒包膜；重组酵母细胞，金属颗粒；以及细菌或病毒，例如杆状病毒，腺病毒和逆转录病毒，噬菌体，粘粒，质粒，真菌载体和通常用于本领域的其他重组载体，所述重组载体已被描述在多种真核和原核宿主中进行表达，并可用于基因疗法以及用于简单的蛋白质表达。"病毒载体"定义为重组产生的病毒或病毒颗粒，其包含以体内、离体或体外的方式被递送入宿主细胞的多核苷酸。病毒载体的实例包括逆转录病毒载体、腺病毒载体、腺伴随病毒载体、甲病毒载体等。曱病毒载体，例如基于塞姆利基森林病毒的栽体和基于新培斯病毒的载体，也已^f皮开发用于基因疗法和免疫疗法。参见，Schlesinger和Dubensky(1999)Curr.Opin.Biotechnol.5:434-439;和Ying等人(1999)Nat.Med.5(7):823-827。在其中基因转移由逆转录病毒介导的方面，载体构建体是指包含逆转录病毒基因组或其部分和治疗基因的多核苷酸。如此处所用的，"逆转录病毒介导的基因转移"或"逆转录病毒转导，，具有相同的意思，并且是指这样的方法，即通过该方法，依靠病毒进入细胞并将其基因组整合入宿主基因组中而将基因或核酸序列稳定地转移入宿主细胞中。病毒可通过其正常的感染机制进入宿主细胞，或被改造以使其可结合不同的宿主细胞表面受体或配体以进入所述细胞。如此处所用的，"逆转录病毒载体"是指能够通过病毒或病毒样进入机制将外源核酸导入细胞的病毒颗粒。逆转录病毒以RNA的形式携带其遗传信息；然而，一旦这种病毒感染细胞，所述RNA就被逆转录成DNA形式，该DNA整合入被感染的细胞的基因组DNA中。所述经整合的DNA形式称为原病毒。在其中基因转移由DM病毒载体例如腺病毒(Ad)或腺伴随病毒(AAV)介导的方面，载体构建体是指包含病毒基因组或其部分和转基因的多核苷酸。腺病毒(Ad)是经相对充分地表征的、同源的一组病毒，包括超过50种的血清型。参见例如WO95/27071。Ad容易生长并且不要求整合入宿主细胞基因组中。还已构建了来源于重组Ad的载体，特别是减少野生型病毒的重组和增殖的潜能的那些载体。参见例如，WO95/00655和WO95/11984。野生型AAV以高传染性和特异性整合入宿主细胞的基因组中。参见，Hermonat和Muzyczka(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6466-6470;Lebkowski等人(198S)Mol.Cell.Biol.8:3988-3996。包含启动子和可将多核苷酸有效连接至其中的克隆位点的载体在本领域中是熟知的。这样的载体能够在体外或体内转录RNA，并且可从诸如Stratagene(LaJolla，CA)和PromegaBiotech(Madison,WI)的来源商购获得。为了优化表达和/或体外转录，可能必需除去、添加或改变克隆的5'和/或3'非翻译部分以消除额外的、潜在的、不合适达的其他序列。可选择地，可在紧接起始密码子的5'插入共有核糖体结合位点以增强表达。基因递送载体还包括几种非病毒载体，包括DNA/脂质体复合物、重组酵母细胞和被耙向的病毒蛋白-DM复合物。还包含靶向性抗体或其片段的脂质体可用于本发明的方法。为了增加向细胞的递送，可将本发明的核酸或蛋白质缀合至结合细胞表面抗原例如TCR、CD3或CD4的抗体或其结合性片段。"探针，，，当在多核苷酸操作的情况下使用时，是指寡核苷酸，其以试剂形式提供从而通过与靶杂交来检测可能存在于目的样品中的靶。通常，探针可包含标记或手段，通过该手段可在杂交反应之前或之后附着标记。合适的标记包括，但不限于，放射性同位素、荧光色素、化学发光化合物、染料和蛋白(包括酶)。"引物，，是通常具有游离的3'-0H基团的短多核苷酸，其通过与靶杂交而结合可能存在于目的样品中的靶或"模板"，然后，促进与靶互补的多核苷酸的聚合。"聚合酶链式反应"("PCR")是这样的反应，在该反应中，使用由"上游"和"下游"引物组成的"引物对"或"引物组"以及聚合作用的催化剂例如DM聚合酶(通常为热稳定的聚合酶)来制备靶多核普酸的复制拷贝。用于PCR的方法在本领域中是熟知的，并且在例如"PCR:APRACTICALAPPROACH"(M.MacPherson等人，IRLPressatOxfordUniversityPress(1991))中进行了教导。产生多核苷酸的复制拷贝的所有过程，例如，PCR或基因克隆，在此处统称为"复制"。也可将引物用作杂交反应例如Southern或Northern印迹分析中的探针。Sambrook等人，见上。表述"数据库"是指代表了序列集合的一组存储的数据，所述序列集合反过来代表了生物学参考材料的集合。术语"cDNA"是指互补DNA，其是用酶例如逆转录酶制备成cDNA的存在于细胞或生物体中的mRNA分子。"cDNA文库"是存在于细胞或生物体中的所有mRM分子的集合，用逆转录酶这种酶将所有mRNA都转变成cDNA分子，然后插入"载体"(在加入外源DNA后可继续复制的其他DNA分子)中。用于文库的示例性载体包括噬菌体，即感染细菌的病毒，例如A噬菌体。然后可就特定cDNA(从而mRM)来探测文库。如此处所用的，"表达"是指通过其将多核普酸转录成mRNA的过程和/或通过其随后将转录的mRNA翻译成肽、多肽或蛋白质的过程。如果所述多核苷酸来源于基因组DM,那么表达可包括在真核细胞中mRNA的剪接。当用于基因时，"差异表达的"，是指从所述基因转录和/或翻译的mRM或者由所述基因编码的蛋白质产物的差异产生。与正常或对照细胞的表达水平相比，差异表达的基因可以过表达或低表达。然而，如此处所用的，过表达是比在正常或健康对应细胞或组织中检测到的表达高至少1.25倍，或可选择地，至少1.5倍，或可选择地，至少2倍的表达。术语"差异表达的"还指在细胞或组织中的核苷酸序列，其在所述细胞或组织中表达而在对照细胞中沉默，或者其在所述细胞或组织中不表达而在对照细胞中表达。如此处所用的，"固相支持物"或"固体支持物"(可互换使用)不限于特定类型的支持物。相反地，许多支持物是可获得的并且对于本领域技术人员是已知的。固相支持物包括硅胶、树脂、衍生的塑料薄膜、玻璃珠、棉花、塑料小珠、氧化铝凝胶、微阵列和芯片。如此处所用的，"固体支持物"还包括合成的抗原呈递基质、细胞和脂质体。可基于想要的终端用途和各种方案的适宜性来选择合适的固相支持物。例如，对于肽合成，固相支持物可以是树脂例如聚苯乙烯(例:i口,获自BachemInc.，PeninsulaLaboratories的PAM—树月旨，等等)、P0LYHIPE⑧树脂(获自Aminotech，Canada)、聚酰胺树脂(获自PeninsulaLaboratories)、接枝有聚乙二醇的聚苯乙烯树脂(TentaGe1⑧、RappPolymere，Tubingen,Germany)或聚二甲基丙蹄酰胺树脂(获自Milligen/Biosearch，California)。还可将多核苷酸附着至固相支持物以用于高通量筛选测定法。例如PCTW097/10365公开了高密度寡核苷酸芯片的构建。也可参见，美国专利5,405,783、5，412，087和5，445，934。4吏用这些方法，可在也称为芯片阵列的衍生化玻璃表面上合成探针。将光保护的核苷亚磷酰胺偶联至玻璃表面，通过使用光刻掩模进行的光解而选择性地去保护，然后将其与第二种受保护的核苷亚磷酰胺反应。重复该偶联/去保护过程直至完成想要的探针。"杂交"是指这样的反应，在该反应中一个或多个多核苷酸反应，从而形成通过核苷酸残基的碱基之间的氢键而稳定化的复合物。所述氬键可按照Watson-Crick碱基酉己对、Hoogstein结合或以任何其他序列特异性方式产生。所述复合物可包含形成双链体结构的两条链，形成多链复合物的三条或更多条链，单条自杂交链，或这些的任何组合。杂交反应可构成更复杂的过程例如PCR反应的起始或由核酶进行的多核苷酸的酶促切割中的一个步骤。可在不同的"严紧度"条件下进行杂交反应。一般地，在大约40。C下在10xSSC中或在具有相同的离子强度/温度的溶液中进行低严紧度杂交反应。通常，在大约50'C下在6xSSC中进行中等严紧度杂交反应，和在大约60'C下在1xSSC中进行高严紧度杂交反应。当杂交在两条单链多核苷酸之间以反向平行构型发生时，所述反应称为"退火，，，这些多核苷酸被描述为"互补的"。如果可在第一多核苷酸的链中的一条链与第二多核苷酸的链中的一条链之间发生杂交，那么双链多核苷酸对于另一多核苷酸可以是"互补的"或"同源的"。"互补性"或"同源性"(一个多核苷酸与另一个多核苷酸互补的程度)是可根据在相对链中的预期按照普遍接受的碱基配对法则相互之间形成氢键的碱基的比例来定量的。多核苷酸或多核苷酸区域(或者多肽或多肽区域)与另一序列具有一定百分比(例如，80%、85%、90%或95%)的"序列同一性"是表示，当进行比对时，在比较两个序列中相同碱基(或氨基酸)的百分比。可使用本领域中已知的软件程序，例如在CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY(F.M.Ausubel等人，编者，1987)补遗30，7.7.18节，表7.7.1中所描述的那些，来进行比对和确定同源性或序列同一性百分比。优选地，使用缺省参数进行比对。优选的比对程序是使用缺省参数的BLAST。特别地，优选的程序是BLASTN和BLASTP，使用下列缺省参数遗传密码-标准；过滤器(filter)=无；链=两条；截止值(cutoff)=60;预期值-10;矩阵(Matrix)=BL0SUM62;种类(Descriptions)=50个序列排序依据(sortby)=高得分；数据库=非冗余的)，GenBank+EMBL+DDBJ+PDB+GenBankCDStranslations+SwissProtein+SPupdate+PIR。可在下歹'J因特网地址中找到这些程序的详细内容www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/BLAST。过度增生是受控制的细胞增殖的形式，其涉及组织或器官中的细胞数目的增加，而无结构或功能的显著改变。组织转化(metaplasia)是一种受控制的细胞生长形式，其中一种类型的完全分化的细胞替代另一种类型的分化的细胞。组织转化可在上皮或结締组织细胞中发生。非典型组织转化涉及有些无序地组织转化的上皮。如此处所用的，术语"赘生性细胞"、"瘤形成"、"肿瘤"、"肿瘤细胞"、"癌症"和"癌细胞"(可互换使用)是指这样的细胞，所述细胞展现出相对自主的生长，从而它们展现出特征在于细胞增殖的控制明显丧失的异常生长表型(即，失去调控的细胞分裂)。赘生性细胞可以是恶性的或良性的。转移性的细胞或组织是表示，所述细胞可侵入和破坏相邻的身体结构。"抑制"肺瘤生长表示当与无治疗干预的生长相比时被减弱的生长状态。可通过本领域已知的任何方法来评估肿瘤细胞生长，所述方法包括，但不限于，测量肿瘤大小、使用3H-胸苷整合测定法来确定肺瘤细胞是否正在增殖或计数肿瘤细胞。"抑制"肿瘤细胞生长是指下列状态的任何状态或所有状态减慢、延迟或停止肿瘤生长以及肿瘤收缩。术语"抗原，，在本领域已得到明确的理解，其包括具有免疫原性的物质。如此处所用的，该术语还包括引起免疫学的无应答性或无反应性的物质。"先天的"或"天然的"或"野生型"抗原是包含表位且已从天然生物来源中分离的多肽、蛋白质或片段。其还可特异性地结合抗原受体。如此处所用的，"抗体"包括整个抗体或其任何抗原结合片段或单链。因此，术语"抗体"包括包含这样的分子的任何蛋白质或肽，所述分子包含免疫球蛋白分子的至少部分。这些的实例包括，但不限于，重链或轻链或其配体结合部分的互补性决定区(CDR)、重链或轻链可变区、重链或轻链恒定区、构架区(FR)或其任何部分、或者结合蛋白的至少一个部分，上述内容的任一种可整合入本发明的抗体中。抗体可以是多克隆的或单克隆的，并且可从任何合适的生物来源例如鼠类、大鼠、绵羊和犬中分离。在下文中说明了其他来源。术语"抗体"还希望包括其消化片段、特定的部分、衍生物和变体，其中包括抗体模拟物或包括模拟抗体或其特定片段或部分的结构和/或功能的抗体部分，包括单链抗体和其片段。术语抗体的"抗原结合部分"所包括的结合片段的实例包括Fab片段，由VL、VH、CL和CH结构域组成的单价片段；F(ab02片段，包含在铰链区通过二硫键连接的两个Fab片段的二价片段；由VH和CH结构域组成的Fd片段；由抗体单臂的VL和VH结构域组成的Fv片段，由VH结构域组成的dAb片段(Ward等人(1989)Nature341:544-546);和分离的互补性决定区(CDR)。此外，尽管Fv片段的两个结构域VL和VH由分开的基因编码，但可使用重组方法通过合成的连接体将它们连接起来，所述连接体使得它们能够被制成为单个的蛋白质链，其中VL和VH区进行配对从而形成单价分子(称为单链Fv(scFv))。Bird等人(1988)Science242:423-426和Huston等人(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883。单链抗体也被希望包括在术语"抗体的片段"中。使用本领域技术人员已知的常规技术来获得上述抗体片段中的任一种，并以与对于完整抗体相同的方法就结合特异性和中和活性来筛选所述片段。术语"表位"是指能够特异性地结合抗体的蛋白质决定簇。表位通常由分子的化学活性表面群例如氨基酸或糖侧链组成，并且通常具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。构象表位和非构象表位的区别在于对前者但非对后者的结合在变性溶剂存在的情况下丧失。术语"抗体衍生物"希望包括这样的分子，即所述分子结合上面定义的表位的分子，并且为本发明的天然单克隆抗体的修饰物或衍生物。衍生物包括，但不限于，例如双特异性、多特异性、异种特异性、三特异性、四特异性、多特异性的抗体、双抗体、嵌合抗体、重组抗体和人源化抗体。术语"双特异性分子"希望包括具有两种不同的结合特异性的任何试剂，例如蛋白质、肽或者蛋白质或肽复合物。术语"多特异性分子"或"异种特异性分子"希望包括具有多于两种不同的结合特异性的任何试剂，例如蛋白质、肽或者蛋白质或肽复合物。术语"异种抗体"是指连接在一起的两种或更多种抗体，其抗体结合片段(例如，Fab)、衍生物，或抗原结合区，其中的至少两种具有不同的特异性。如此处所用的，术语"人抗体"希望包括具有来源于人种系的免疫球蛋白序列的可变区和恒定区的抗体。本发明的人抗体可包含不由人种系免疫球蛋白序列编码的氨基酸残基(例如，通过体外随机诱变或定点诱变或者通过体内体细胞突变而导入的突变)。然而，此处所用的术语"人抗体"不希望包括这样的抗体，即在该抗体中，来源于另一种哺乳动物物种例如小鼠的种系的CDR序列已被移植至人的构架序列上。因此，如此处所用的，术语"人抗体"是指这样的抗体，即在所述抗体中蛋白质的基本上每一个部分(例如，CDR、构架、ChCH结构域(例如，CH1、CH2、CH3)、铰链、(Vl、vj)在人中基本上是非免疫原性的，其中只有少数序列改变或变化。类似地，抗体所指定的灵长类动物(猴、狒狒、黑猩猩等)、啮齿动物(小鼠、大鼠、兔、豚鼠、仑鼠等)和其他哺乳动物指定了这样的种、亚属、属、亚科、科特异性抗体。此外，嵌合抗体包括上述抗体的任何组合。相对于未修饰的抗体，这些改变或变化任选地和优选地保持或减少了在人或其他物种中的免疫原性。因此，人抗体与嵌合抗体或人源化抗体不同。要指出的是，可通过能够表达功能性重排的人免疫球蛋白(例如，重外，当人抗体是单链抗体时，其可包含未在天然的人抗体中发现的连接体肽。例如，Fv可包含连接体肽，例如2个或大约8个甘氨酸或其他氨基酸残基，其连接重链的可变区和轻链的可变区。这样的连接体肽被认为是人来源的。如此处所用的，如果使用人免疫球蛋白序列，例如通过免疫携带人免疫球蛋白基因的转基因小鼠或通过篩选人免疫球蛋白基因文库，而从一系统中获得人抗体，那么所述人抗体"来源于"特定的种系序列。照此，可通过将人抗体的氨基酸序列与人种系免疫球蛋白的氨基酸序列进行比较来鉴定"来源于，，人种系免疫球蛋白序列的人抗体。编码的氨基酸序列具有至少90%的同一性，并且包含当与其他物种的种系免疫球蛋白氨基酸序列(例如，鼠类种系序列)相比时将所述人抗体鉴定为人类抗体的氨基酸残基。在某些情况下，人抗体可在氨基酸序列方面与由种系免疫球蛋白基因所编码的氨基酸序列具有至少95%，或甚至至少96%、97%、98%或99°/。的同一性。一般地，来源于特定人种系序列的人抗体将展现出与由人种系免疫球蛋白基因所编码的氨基酸序列相比不超过IO个氨基酸的差异。在某些情况下，人抗体可展现出与由种系免疫球蛋白基因所编码的氨基酸序列相比不超过5个，或甚至不超过4、3、2或1个氨基酸的差异。如此处所用的，术语"单克隆抗体"或"单克隆抗体组合物，，是指具有单种分子组成的抗体分子制剂。单克隆抗体组合物展现出对于特定表位的单一结合特异性和亲和力。"人单克隆抗体"是指展现出单一结合特异性、具有来源于人种系免疫球蛋白序列的可变区和恒定区的抗体。术语"重组人抗体，，，如此处所用的，包括通过重组方法制备、表达、形成或分离的所有人抗体，例如从动物(例如，小鼠)(其对于人免疫球蛋白基因来说是转基因的或转染色体的(transchromosomal))或由其制备的杂交瘤分离的抗体，从经转化从而表达抗体的宿主细胞例如从转染瘤分离的抗体，从重组的、组合的人抗体文库中分离的抗体，以及通过牵涉将人免疫球蛋白基因序列剪接成其他DNA序列的任何其他方法而制备、表达、形成或分离的抗体。这样的重组人抗体具有来源于人种系免疫球蛋白序列的可变区和恒定区。然而，在某些实施方案中，这样的重组人抗体可接受体外诱变(或者，当使用对于人Ig序列来说转基因的动物时，体内体细胞诱变)，从而所述重组抗体的VH和VL区的氨基酸序列是这样的序列，即所述序列虽然来源于人种系VH和VL序列并与之相关，伹在体内可能并不是天然地存在于人抗体种系库中。如此处所用的，"同种型"是指由重链恒定区基因编码的抗体种类(例如，IgM或IgGl)。术语"转基因的非人动物"是指具有包含一个或多个人重链和/或轻链转基因或转染色体(整合入或非整合入动物的天然基因组DNA中)的基因组并且能够表达完全人抗体的非人动物。例如，转基因大鼠可具有人轻链转基因和人重链转基因或人重链转染色体，这样所述大鼠产生人抗INF-ot抗体。人重链转基因可整合入大鼠的染色体DNA中，或者人重链转基因可以以染色体外的方式保持。转基因和转染色体的动物能够通过进行V-D-J重组和同种型转换而产生对于aV的人单克隆抗体的多种同种型(例如，IgG、IgA和/或IgE)。"组合物"还希望包括活性剂和另一种载体的组合，所述载体例如为惰性(例如，可检测的试剂或标记)或活性的化合物或组合物，例如佐剂、稀释剂、粘合剂、稳定剂、緩冲剂、盐、亲脂溶剂、防腐剂、佐剂等。载体还包括药物赋形剂和添加剂，蛋白质、肽、氨基酸、脂质和碳水化合物(例如，糖，包括单糖、二糖、三糖、四糖和寡糖；衍生的糖例如糖醇、酪糖酸、酯化的糖等；和多糖或糖聚合物)，所述物质可单独地或组合地存在，包含1-99.99%(按重量或体积计)的单独或组合的这些物质。示例性的蛋白质赋形剂包括血清白蛋白如人血清白蛋白(HSA)、重组人白蛋白(rHA)、明胶、酪蛋白等。还可在緩沖容量中起作用的代表性氨基酸/抗体组分包括丙氨酸、甘氨酸、精氨酸、甜菜碱、组氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、阿斯巴甜等。碳水化合物赋形剂也希望在本发明的范围之内，其实例包括但不限于单糖例如果糖、麦芽糖、半乳糖、葡萄糖、D-甘露糖、山梨糖等；二糖例如乳糖、蔗糖、海藻糖、纤维二糖等；多糖，例如棉子糖、松三糖、麦芽糖糊精、葡聚糖、淀粉等；和糖醇例如甘露醇、木糖醇、麦芽糖醇、乳糖醇、木糖醇、山梨醇(葡萄糖醇)和肌醇。术语"载体，，还包括緩沖剂或pH调节剂；一般地，緩冲剂是从有机酸或碱制备的盐。代表性的緩沖剂包括有机酸盐例如柠檬酸、抗坏血酸、葡糖酸、碳酸、酒石酸、琥珀酸、乙酸或酞酸的盐；Tris，盐酸氨丁三醇(tromethaminehydrochloride)，或磷酸盐緩冲剂。其他栽体包括聚合物赋形剂/添加剂例如聚乙烯吡咯烷酮、菲克(聚合糖)、葡聚糖结合剂(例如，环糊精，例如2-羟丙基-.正交(quadrature).-环糊精)、聚乙二醇、调味剂、抗微生物剂、增甜剂、抗氧化剂、抗静电剂、表面活性剂(例如，聚山梨酯例如"TWEEN20"和"TWEEN80")、脂质(例如，磷脂、脂肪酸)、类固醇(例如，胆固醇)和螯合剂(例如，EDTA)。如此处所用的，术语"药学上可接受的载体"包括标准的药物载体中的任一种，例如磷酸緩沖盐溶液、水和乳浊液如油/水或水/油型乳浊液，以及各种类型的湿润剂。组合物还可包含稳定剂和防腐剂以及任何上面指出的载体，附加条件是它们对于体内使用来说是可接受的。载体、稳定剂和佐剂的实例，参见MartinREMINGTON'SPHARM.SCI.第15版(MackPubl.Co.,Easton(1975)和Wi11iams&Williams,(1995))，和在"PHYSICIA『SDESKREFERENCE",第52版，MedicalEconomics,Montvale,N.J.(1998)中。"有效量"是足以实现有益的或所希望的结果的量。可以在一次或多次施用、应用或剂量中施用有效量。本发明提供了特异性地识别和结合在由表1中鉴定的基因所表达的多肽或蛋白质上的表位的抗体或其变体、衍生物或片段。在一个方面，分离所述抗体。在另一个方面，它们与合适的载体相组合。所述抗体可以是多克隆的或单克隆的，并且可从任何物种，鼠类、大鼠、猿分离，或者重组产生和分离。本发明还提供了产生这些单克隆抗体的杂交瘤细胞系，所述单克隆抗体单独地或与载体相组合地在培养物中。本发明还提供了包含抗体、其变体、衍生物或片段(包括但不限于免疫球蛋白链和CDR)的多肽。本发明进一步提供了抗独特型抗体。抗独特型抗体包括包含这样的分子的任何蛋白质或肽，所述分子包含免疫球蛋白分子的至少部分，例如但不限于重链或轻链或者其配体结合区的至少一个互补性决定区、重链或轻链可变区、重链或轻链恒定区、构架区或者其任何部分，其可整合入本发明的抗体中。本发明的抗独特型抗体可包括或来源于任何哺乳动物，例如但不限于人、小鼠、兔、大鼠、啮齿动物、灵长类动物等。本发明进一步提供了编码本发明的抗体的分离的多核苷酸，其单独地或与载体、媒介物、药学上可接受的媒介物、稀释剂和宿主细胞相组合。本发明在一个方面进一步提供了分离的核酸分子，所述核酸分子包含编码至少一种本发明的抗体或抗独特型抗体的多核苷酸，与之互补，或与之杂交，包含其至少一个特定的序列、结构域、部分或变体。本发明进一步提供了包含所述核苷酸的重组栽体，包含所述核酸和/或重组栽体的宿主细胞，以及制备和/或使用这些核酸、载体和/或宿主细胞的方法。用于分离、复制和表达多核苷酸的方法在本领域中是已知的且在下文中进行描述。上述的一种或多种抗体还可与栽体、药学上可接受的载体或适合在诊断或治疗方法中使用抗体或相关组合物的医学装置相组合。"所述载体可以是液相载体或固相载体例如小珠、凝胶或诸如脂质体的载体分子。所述组合物任选地还可包含至少一种其他化合物、蛋白质或组合物。"载体"的其他实例包括治疗活性剂例如另一种肽或蛋白质(例如，Fab'片段)。例如，本发明的抗体、其变体、衍生物或片段可功能性地连接(例如，通过化学偶联、基因融合、非共价结合或其他方式)至一个或多个其他分子实体，例如另一种抗体(例如，以产生双特异性或多特异性抗体)、细胞毒素、细胞配体或抗原。因此，本发明包括许多种抗体缀合物、双和多特异性分子和融合蛋白，无论其是否靶向与本发明的抗体相同的表位。载体的其他实例是可直接或间接地共价附着至本发明的抗体的有机分子(也称为修饰剂)或激活剂。所述分子的附着可提高药物动力学性质(例如，增加的体内血清半衰期)。有机分子的实例包括，但不限于，亲水性聚合物基团、脂肪酸基团或脂肪酸酯基团。如此处所用的，术语"脂肪酸"包括一元羧酸和二元羧酸。"亲水性聚合物基团"，作为此处使用的术语，是指在水中比在辛烷中更容易溶解的有机聚合物。适合用于修饰本发明的抗体的亲水性聚合物可以是线性的或分枝的，其包括，例如，聚链垸二醇(例如，PEG、单曱氧基-聚乙二醇(mPEG)、PPG等)、碳水化合物(例如，葡聚糖、纤维素、寡糖、多糖等)、亲水氨基酸的聚合物(例如，聚赖氨酸、聚精氨酸、聚天冬氨酸等)、聚链烷氧化物(例如，聚环氧乙烷、聚环氧丙烷等)和聚乙烯吡咯烷有大约800至大约150，000道尔顿的分子量。可用1至大约6个烷基、脂肪酸或脂肪酸酯基团取代亲水性聚合物基团。可通过使用合适的方法来制备用脂肪酸或脂肪酸酯基团取代的亲水性聚合物。例如，可将包含胺基团的聚合物偶联至脂肪酸或脂肪酸酯的羧酸根，和可将脂肪酸或脂肪酸酯上的激活的羧酸根(例如，用N，N-羰基二咪唑激活的)偶联至聚合物上的羟基。适合用于修饰本发明的抗体的脂肪酸和脂肪酸酯可被饱和，或可包含一个或多个不饱和单位。其实例包括，但不限于，正十二烷酸盐(酉旨)、正十四烷酸盐(酯)、正十八烷酸盐(酯)、正二十烷酸盐(酯)、正二十二烷酸盐(酯)、正三十烷酸盐(酯)、正四十烷酸盐(酯)、顺-A-9-十八烷酸盐(酉旨)、全部顺-A-5、8、11、14-花生四烯酸盐(酯)、辛二酸、十四烷二酸、十八烷二酸、二十二烷二酸。合适的脂肪酸酯包括包含线性或分枝的低级烷基的二羧酸的单酯。所述低级烷基可包含1至大约12个，优选地1至大约6个碳原子。在另一个方面，本发明提供了转基因的非人动物，例如转基因小鼠(此处也称为"HuMAb小鼠，，)，其表达完全人单克隆抗体，所述抗体中和至少一种与上面定义的本发明抗体相似的蛋白质亚型。在特定的实施方案中，所述转基因的非人动物是具有包含人重链转基因和人轻链转基因的基因组的转基因小鼠，所述人重链和轻链转基因编码本发明的抗aV抗体的全部或部分。优选地，转基因的非人动物，例如转基因小鼠，能够通过进行V-D-J重组和同种型转换而产生针对目的表位的人单克隆抗体的多种同种型。同种型转换可通过例如传统的或非传统的同种型转换来进行。因此，在另一个实施方案中，本发明提供了分离的细胞，其来源于或分离自上述表达人抗体的转基因非人动物例如转基因小鼠。然后通过融合至永生化细胞来使分离的B-细胞永生化，从而提供人抗体的源(例如，杂交瘤)。这些杂交瘤也包括在本发明的范围之内。本发明进一步提供了至少一种抗体方法或组合物，其用于在细胞、组织、器官、动物或患者中，和/或在本领域已知的和/或此处描述的相关状况之前、之后或期间，诊断上皮来源的癌症例如非小细胞肺癌(NSCLC)、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌或结肠癌。它们也用于预后或监控疾病进展。还提供了组合物，所述组合物包含至少一种本发明的抗体、其变体、衍生物或片段，它们适合以对于调节或改善与上皮来源的癌症例如非小细胞肺癌(NSCLC)、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌相关的症状或者治疗至少一种这样的癌症来说有效的量进行施用。所述组合物包括，例如药物和诊断组合物/试剂盒，其包含药学上可接受的栽体和至少一种本发明的抗体、其变体、衍生物或片段。如上面所指出的，所述组合物还可以包含其他抗体或治疗剂，它们相组合地提供了经特别制定以提供最大治疗益处的多重疗法。可选择地，本发明的组合物可与其他治疗剂和细胞毒性剂共施用，无论是否与它们相连接或在同一按剂量给药中施用。它们可与这样的在单一组合物中或以分开的方式)，或者可在施用这样的试剂之前或之后施用。这样的试剂可包括皮质类固醇、非类固醇免疫抑制剂、抗疟药和非类固醇抗炎药物。可将所述组合物与可选择的疗法例如施用皮质类固醇、非类固醇免疫抑制剂、抗痴药和非类固醇抗炎药物相组合。可在体外或体内实施本发明的方法。当在体外实施时，所述方法需要将细胞与一种或多种抗体和/或相关的包含上述抗体的治疗性组合物、衍生物等接触(例如，向细胞施用或递送)。物。因此，此处进一步提供了包含本发明的抗体的制剂。所述制剂还可在水性稀释剂中包含一种或多种防腐剂或稳定剂例如苯酚、间曱酚、对甲酚、邻曱酚、氯甲酚、苯甲醇、亚硝酸苯汞、苯氧基乙醇、甲醛、三氯叔丁醇、氯化镁(例如，六水合物)、对羟基苯曱酸烷基酯(曱酯、乙酯、丙酯、丁酯等)、苯扎氯铵、千索氯铵、脱氢乙酸钠和硫柳汞或其混合物。如本领域内已知的，可使用任何合适的浓度或混合物，例如0.001-5%,或在其中的任何范围或值，例如但不限于0.001、0.003、0.005、0.009、0.01、0.02、0.03、0.05、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.3、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9,或在其中的任何范围或值。非限定性实例包括，无防腐剂、0.1-2%的间曱酚(例如，0.2、0.3、0.4、0.5、0,9、1.0%)、0.1-3%的苯甲醇(例如，0.5、0.9、1.1、1.5、1.9、2.0、2.5%)、0.001-0.5°/。的疏柳汞(例如,0.005、0.01)、0.001-2.0%的苯酚(例如，0.05、0.25、0.28、0.5、0.9、1.0%)、0.0005-1.0%的对羟基苯甲酸烷基酯(例如，0.00075、0.0009、0.001、0.002、0.005、0.0075、0.009、0.01、0.02、0.05、0.075、0.09、0.1、0.2、0.3、0.5、0.75、0.9和1.0%)。如上面所指出的，本发明提供了制品，其包括包装材料和至少一个小瓶，该小瓶装有任选地在水性稀释剂中配制的至少本发明抗体和所指定的緩冲剂和/或防腐剂的溶液，其中所述包装材料包含标示这样的溶液可保持l、2、3、4、5、6、9、12、18、20、24、30、36、40、48、54、60、66、72小时或更长时间的标签。本发明进一步包括制品，其包括包装材料、装有至少一种冻干的本发明抗体的第一小瓶和装有所指定的緩沖剂或防腐剂的水性稀释剂的第二小瓶，其中所述包装材料包含指导患者在水性稀释剂中重构抗体以形成可保持24小时或更长时间的溶液的标签。所述的抗体范围包括在重构后，如果在湿的/干的系统中，产生大约1.Opg/ml至大约1000mg/ml的浓度的量，尽管更低和更高的浓度是可操作的，并且依赖于所想用的递送载体，例如，溶液制剂将随透皮贴剂方法、肺部方法、经粘膜方法或者渗透或微量泵方法而不同。可通过包括在水性稀释剂中混合至少一种本发明抗体和防腐剂的方法来制备本发明的制剂，所述防腐剂选自苯酚、间曱酚、对甲酚、邻甲酚、氯曱酚、苯曱醇、对羟基苯甲酸烷基酯(曱酯、乙酯、丙酯、丁酯等)、苯扎氯铵、节索氯铵、脱氢乙酸钠和硫柳汞或其混合物。使用常规的溶解和混合方法在水性稀释剂中混合所述抗体和防腐剂。例如，以足以提供所需浓度的抗体和防腐剂的量，将在经緩沖的溶液中的测量量的至少一种抗体与在经緩冲的溶液中的所需防腐剂相组合。本领域技术人员将会认识到该方法的变化，例如组分加入的顺序、是否使用其他添加剂、制备制剂时的温度和pH，都是对于所采用的施用浓度和方法可以进行优化的因素。述双瓶包括用装有水性稀释剂的第二小瓶进行重构的一瓶冻干的抗体。要求重构的单个溶液瓶或双瓶可重复使用多次，并且可满足患者治疗的单个或多个循环，从而提供了比目前可获得的治疗方案更方便的治疗方案。包括这些单瓶系统的经认可的装置包括用于递送溶液的笔式注射器，例如BDPens,BDAutojectore,H簡ject.RTM.'NovoPen.RTM.，B-D.RTM.Pen，AutoPen.RTM.，和OptiPen.RTM.，GenotropinPen.RTM.，GenotronormPen.RTM.，H画troPen.RTM.,Reco-Pen.皿，RoferonPen.RTM.，Biojector.RTM.，iject.RTM.，J-tipNeedle-FreeInjector.RTM.，Intraject.RTM.,Medi-Ject.RTM.，例如，由BectonDickensen(FranklinLakes,N.J.，可在bectondickenson.com上获得)、Disetronic(Burgdorf，Switzerland,可在disetronic.com上获得；Bioject，Portland,Oregon(可在bioject.com上获得)；NationalMedicalProducts,WestonMedical(Peterborough,UK,可在weston-medica1.com上获得)，Medi-JectCorp(Minneapolis,Minn.,可在mediject.com上获得)制造或开发的。抗体本发明的抗体是单克隆抗体，尽管在某些方面，可使用多克隆抗体。它们还可以是功能性片段、抗体衍生物或抗体变体。它们可以是嵌合的、人源化的或完全是人的抗体。抗体的功能性片段包括但不限于Fab、Fab'、Fab2、Fab'2和单链可变区。可在细胞培养物、噬菌体或各种动物包括但不限于牛、兔、山羊、小鼠、大鼠、仑鼠、豚鼠、绵羊、狗、猫、猴、黑猩猩、猿等中产生抗体。只要所述片段或衍生物保持本发明的抗体的结合特异性或中和能力，就可使用其。可通过混合物的结合进行比较，就结合的特异性来测试抗体。如果抗体对合适的抗原的结合超过对不相关的抗原或抗原混合物的结合至少2、5、7和优选地10倍时，那么可认为其是特异性的。用于确定特异性的特异性测定法例如ELISA在本领域中是已知的。所述抗体的特征还在于其特异性地识别和结合目的表位的能力。可使用本领域内已知的并且在文献中详细描述的常规杂交瘤技术来产生本发明的单克隆抗体。例如，通过将合适的永生细胞系(例如，骨髓瘤细胞，例如但不限于Sp2/0、Sp2/0-AG14、NSO、NS1、NS2、AE-1、L.5、>243、P3X63Ag8.653、Sp2SA3、Sp2MAI、Sp2SS1、Sp2SA5、11397、MLA144、ACTIV、M0LT4、DA-1、JURKAT、WEHI、K-562、COS、RAJI、NIH3T3、HL-60、MLA144、NAMAIWA、NE漏2A、CHO、PerC.6、YB2/0)或诸如此类，或者异源骨髓瘤(heteromyelomas)、其融合产物或来源于其的任何细胞或融合细胞，或者本领域内已知的任何其他合适的细胞系(参见，例如，www.atcc.org，www.1ifetech.com.等)，与抗体产生性细胞融合来生产杂交瘤，所述抗体产生性细胞为例如，但不限于，分离的或克隆的脾细胞、外周血细胞、淋巴细胞、扁桃体细胞或其他免疫细胞或包含B细胞的细胞，或者任何其他细胞，所述其他细胞以作为内源或异源核酸的方式表达重链或轻链恒定区或可变区或构架区或CDR序列，所述核酸作为重组或内源的病毒、细菌、藻类、原核生物、两栖动物、昆虫、爬行动物、鱼、哺乳动物、啮齿动物、马、羊、山羊、绵羊、灵长类动物、真核生物的基因组DNA、cDNA、rDNA、线粒体DM或RM、叶绿体DNA或RNA、hnRNA、mRNA、tRM(单链、双链或三链的，杂合的)等或其任何组合。抗体产生性细胞还可人或动物已用目的抗原免疫。任何其他合适的宿主细胞还可用于表达异源或内源的编码本发明的抗体、其特定片段或变体的核酸。可通过使用选择性培养条件或其他合适的已知方法来分离融合的细胞(杂交瘤)或重组细胞，和通过有限稀释或细胞分选或者其他已知的方法来进行克隆。可以使用用于产生或分离具有所需的特异性的抗体的其他合适方法，包括但不限于，通过使用本领域内已知的方法从肽或蛋白质文库(例如，但不限于，噬菌体、核糖体、寡核苷酸、RNA、cDNA等展示文库；例如，可从各种商业卖家例如CambridgeAntibodyTechnologies(Cambridgeshire,UK)、MorphoSys(Martinsreid/Planegg，Del.)、Biovation(Aberdeen,Scotland,UK)、Biolnvent(Lund,Sweden)获得)中选择重组抗体的方法。参见美国专利号4,704,692、5,723,323、5,763,192、5,814,476、5,817,483、5，824，514、5，976，862。备选的方法依赖于本领域内已知的和/或此处描述的能够产生人抗体库的转基因动物(例如，SCID小鼠，Nguyen等人(1977)Microbiol.Immunol.41:901-907(1997);Sandhu等人，(1996)Crit.Rev.Biotechnol.16:95-118;Eren等人(1998)Immunol.93:154-161)的免疫。这样的技术，包括，但不限于，核糖体展示(Hanes等人(1997)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，94:4937-4942;Hanes等人，(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，95:14130-14135);单细胞抗体产生技术(例如，选择的淋巴细胞抗体方法(selectedlymphocyteantibodymethod)("SLAM")(美国专利号5,627,052，Wen等人(1987)J.Immunol.17:887-892;Babcook等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1996)93:7843-7848);凝胶樣t滴(gelmicrodroplet)和流式细胞术(Powell等人(1990)Biotechnol.8:333-337;OneCellSystems,(Cambridge,Mass).;Gray等人(1995)J.Imm.Meth.182:155-163;Kenny等人(1995)Bio/Technol.13:787-790);B细胞选择(Steenbakkers等人(1994)Molec.Biol.Reports19:125-134(1994))。还可通过递送编码本发明的抗体的多核苷酸至合适的宿主，从而例如提供转基因动物或哺乳动物例如山羊、牛、马、绵羊等(它们在其乳汁中产生这些抗体)来制备本发明的抗体变体。这些方法在本领域中是已知的，并且描述于例如美国专利号5，827，690、5,849,992、4，873，316、5，849，992、5，994，616、5，565，362和5,304，489中。术语"抗体变体"包括对抗体或片段的线性多肽序列的翻译后修饰。例如，美国专利号6，602，684Bl描述了用于产生经修饰的糖基化形式的抗体的方法和所产生的糖蛋白，所述抗体包括完整的抗体分子、抗体片段或包含等同于免疫球蛋白的Fc区的区域的融合蛋白，具有增强的Fc介导的细胞毒性。还可通过递送本发明的多核苷酸以提供转基因植物和培养的植物细胞(例如，但不限于，烟草、玉米和浮萍)来制备抗体变体，所述产生这些抗体、特定部分或变体。例如，Cramer等人(1999)Curr.Top.Microbol.Immunol.240:95-118和其中所引用的参考资料，描述了例如使用诱导型启动子表达大量重组蛋白的转基因烟草叶的产生。已使用转基因玉米在商业生产水平上表乳动物蛋白质，所述哺乳动物蛋白质具有与在其他重组系统中产生的或从天然来源纯化的那些哺乳动物蛋白质相同的生物学活性。参见，例如，Hood等人，Adv.Exp.Med.Biol.(1999)464:127-147和其中所引用的参考资料。还已从转基因植物种子大量地生产抗体变体，包括抗体片段，例如单链抗体(scFv's),所述转基因植物种子包括烟草种子和马铃薯块茎。参见，例如，Conrad等人(1998)PlantMol.Biol.38:101-109和其中所引用的参考资料。因此，还可按照已知的方法，使用转基因植物来产生本发明的抗体。抗体衍生物可通过如下方式产生加入外源序列以修饰免疫原性或者减少、增强或修饰结合、亲和力、结合率(on-rate)、离解率(off-rate)、抗体亲抗原性(avidity)、特异性、半衰期或任何其他合适的特征。通常保留部分或所有非人或人CDR序列，而用人或其他氨基酸代替可变区和恒定区的非人序列。一般地，CDR残基直接地且绝大部分参与影响抗原结合。可使用任何已知的方法进行本发明的抗体的人源化或工程改造，所述方法为例如但不限于美国专利号5，723,323、5，976，862、5,824,514、5,817,483、5,814,476、5,763,192、5，723，323、5,766,886、5,714,352、6,204,023、6,180,370、5,693,762、5,530,101、5，585,089、5，225，539和4，816，567中描述的方法。用于制备部分至完全人抗体的技术在本领域中是已知的，并且可使用任何这样的技术。根据一个实施方案，可在已进行改造从而表达人重链和轻链抗体基因的转基因小鼠中制备完全人抗体序列。已制备了这样的转基因小鼠的多个品系，它们可产生不同类别的抗体。可融合来自产生所需抗体的转基因小鼠的B细胞以制备用于连续地产生所需抗体的杂交瘤细胞系。(参见，例如，Russel，N.D.等人(2000)InfectionandImmunityApril2000:1820-1826;Gallo,M.L.等人(2000)EuropeanJ.ofImmun.30:534-540;Green，L.L.(1999)J.ofImmun.Methods231:11-23;Yang,X-D等人(1999A)J.ofLeukocyteBiology66:401-410;Yang,X-D(1999B)CancerResearch59(6):1236-1243;Jakobovits，A.(1998)AdvancedDrugDeliveryReviews31:33-42;Green,L和Jakobovits，A.(1998)J.Exp.Med.188(3):483-495;Jakobovits，A.(1998)Exp.Opin.Invest.Drugs7(4):607-614;Tsuda，H.等人(1997)Genomics42:413-421;Sherman-Gold,R.(1997)GeneticEngineeringNews17(14);MendezM.等人(1997)NatureGenetics15:146-156;Jakobovits,A.(1996)WEIR'SHANDBOOKOFEXPERIMENTALIMMUNOLOGY,THEINTEGRATED薩匿SYSTEM第IV巻，194.1-194.7;Jakobovits,A.(1995)CurrentOpinioninBiotechnology6:561-566;Mendez，M.等人(1995)Genomics26:294-307;Jakobovits,A.(1994)CurrentBiology4(8):761-763;Arbones，M.等人(1994)Immunity1(4):247-260;Jakobovits,A.(1993)Nature362(6417):255-258;Jakobovits,A.等人(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90(6):2551-2555;Kucherlapati等人，美国专利号6，075，181)。还可通过杂交瘤来产生人单克隆抗体，所述杂交瘤包括融合至永生化细胞的从转基因非人动物例如转基因小鼠获得的B细胞，所述转基因非人动物具有包含人重链转基因和轻链转基因的基因组。还可修饰本发明的抗体以产生嵌合抗体。嵌合抗体是其中抗体的重链和轻链的多种结构域由来自多于一个物种的DM编码的那些抗体。参见，例如，美国专利号4，816，567。术语"抗体衍生物"还包括"双抗体"，其为具有两个抗原结合位点的小抗体片段，其中片段在同一个多肽链(VH中包含连接至轻链可变结构域(VL)的重链可变结构域(VH)。(参见例如，EP404，097;WO93/11161;和Hollinger等人，(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448)。通过〗吏用太短而不允许在同一链上的两个结构域进行配对的连接体，迫使所述结构域与另一条链的互补结构域配对，从而产生两个抗原结合位点。(参见，例如，属于Chen等人的美国专利号6,632,926，其公开了抗体变体，所述抗体变体具有一个或多个插入亲本抗体的高变区中的氨基酸，并且其对于靶抗原的结合亲和力比亲本抗体对于该抗原的结合亲和力强至少两倍)。术语"抗体衍生物"进一步包括"线性抗体"。产生其的方法在本领域中是已知的，并且描述于Zapata等人(1995)ProteinEng.8(10):1057-1062中。简而言之，这些抗体包含形成成对的抗原结合区域的成对的串联Fd区段(Vh-ChI-VH-CH1)。线性抗体可以是双特异性的或单特异性的。可通过已知的方法从重组细胞培养物中回收和纯化本发明的抗体，所述方法包括但不限于，A蛋白纯化、疏酸铵或乙醇沉淀、酸提取、阴离子或阳离子交换层析、磷酸纤维素层析、疏水相互作用层析、亲和层析、羟磷灰石层析和凝集素层析。也可使用高效液相色i普("HPLC")进行纯化。本发明的抗体包括天然纯化的产物、化学合成方法的产物和如上所述通过重组技术从真核生物宿主或备选地从原核细胞产生的产物，所述真核生物宿主包括，例如，酵母、高等植物、昆虫和哺乳动物细胞。在本发明的一些方面，可检测地或治疗性地标记抗体是有用的。用于将抗体缀合至这些试剂的方法在本领域中是已知的。只是为了说明目的，可以用可检测的部分例如放射性原子、生色团、荧光团等来标记抗体。这些经标记的抗体可用于在体内或在分离的受试样品中的诊断技术。还可将抗体缀合至例如药物学试剂，例如化疗药物或毒素。可将其他连接至细胞因子、配体、另一种抗体。用于偶联至抗体以获得抗肿瘤效果的合适的试剂包括细胞因子，例如白细胞介素2(IL-2)和肿瘤坏死因子(TNF);用于光动力疗法的光敏剂，包括酞胥四磺酸铝(III)、血卟啉和酞菁；放射性核素，例如碘-131(1311)、钇-90(9。Y)、铋-212(212Bi)、铋-213(213Bi)、锝-99m(99mTc)、铼-186(186Re)和铼-188(188Re);抗生素，例如多柔比星、阿霉素、柔红霉素、氨甲蝶呤、道诺霉素、新制癌菌素和卡铂；细菌毒素、植物毒素和其他毒素，例如白喉毒素、假单胞菌外毒素A、葡萄球菌肠毒素A、相思豆毒蛋白-A毒素、篦麻毒蛋白A(去糖基化的篦麻毒蛋白A和天然篦麻毒蛋白A)、TGF-a毒素、来自中国眼镜蛇(najanajaatra)的细胞毒素和多花白树毒蛋白(植物毒素)；来自植物、细菌和真菌的核糖体失活蛋白，例如局限曲菌素(由局限曲霉(Jwerp7/";res"/c"5")产生的核糖体失活蛋白)、肥皂草毒蛋白(来自肥皂草(^/o/7ar/a的核糖体失活蛋白)和RM酶；酪氨酸激酶抑制剂；ly207702(二氟4匕噪吟斗亥脊)；包含抗囊齐J(anticysticagents)(例:ft口，反义寡核苷酸、编码毒素的质粒、氨曱蝶呤等)的脂质体；和其他抗体或抗体片段，例如F(ab)。关于包含共价地连接至有机分子的抗体的制剂，可使用合适的方法例如通过与一种或多种修饰剂反应来制备它们。这些试剂的实例包括修饰性和活化性的基团。此处所用的术语"修饰剂"是指包含活化基团的合适的有机基团(例如，亲水性聚合物、脂肪酸、脂肪酸酯)。前面提供了这些基团的特定实例。"活化基团"是可在合适的条件下与第二化学基团反应从而在修饰剂与第二化学基团之间形成共价键的化学部分或官能团。这些活性性基团的实例是亲电子基团例如甲苯磺酸盐、曱磺酸、卣代(氯代、溴代、氟代、碘代)、N-羟基琥珀酰亚胺基酯(NHS)等。可与巯基反应的活化基团包括，例如，马来酰亚胺、碘乙酰基、丙烯酰基、吡啶基二硫化物、5-巯基-2-硝基苯甲酸硫醇(5-thio卜2-nitrobe画icacidthiol,TNB-thiol)等。可将趁官能团偶联至包含胺或酰肼的分子，并可将叠氮基与三价磷基团反应形成氨基磷酸酯或磷酰亚胺键。用于将活化基团引入分子中的合适的方法在本领域中是已知的(参见例如，Hermanson，G.T.，BIOCONJUGATETECHNIQUES,AcademicPress:SanDiego,Calif.(1996))。可将活化基团直接或通过连接体部分与有机基团(例如，亲水性聚合物、脂肪酸、脂肪酸酯)结合，所述连接体部分例如为二价d-Cu基团，其中一个或多个碳原子可被杂原子例如氧、氮和硫替代。合适的连接体部分包括，例如，四乙二醇。可通过下列方式来产生包含连接体部分的修饰剂例如，在1-乙基-3-(3-二曱基氨基丙基)碳二亚胺(EDC)存在的情况下将单-Boc-烷基二胺(例如，单-Boc-乙二胺、单-Boc-二氨基己烷)与脂肪酸反应从而在游离胺和脂肪酸羧酸之间形成酰胺键。可通过用三氟乙酸(TFA)处理来从产物上除去Boc保护基团以暴露伯胺，该伯胺可如所描述的那样地偶联至另一个羧酸，或者可与马来酸酐反应，并将所得的产物环化，从而产生脂肪酸的活化的马来酰亚氨基4汁生物。修饰的抗体。例如，可通过使用胺反应性修饰剂例如PEG的NHS酯，以非位点特异性方式将有机部分结合至抗体。也可通过还原抗体或抗原结合片段的二硫键(例如，链内二硫键)来制备经修饰的人抗体或抗原结合片段。然后，可将经还原的抗体或抗原结合片段与巯基反应性修饰剂反应，从而产生本发明的经修饰的抗体。可使用合适的方法例如反向蛋白水解(reverseproteolysis)来制备包含有机部分的经修饰的人抗体和抗原结合片段，所述有机部分连接至本发明的抗体的特定位点。通常参见，Hermanson，G.T.，BI0C0NJUGATETECHNIQUES,AcademicPress:SanDiego，Calif.(1996)。多核苷酸和多肽通过使用表1(和下文的序列表)中提供的序列信息并经采用商购可获得的自动4匕肽合成4义(例如由PerkinElmer/AppliedBiosystems，Inc.,430A或431A型，FosterCity,CA，USA生产的合成仪)所进行的化学合成可获得多核苷酸、多肽和其片段。可沉淀合成的蛋白质或多肽，并通过例如高效液相色谱(HPLC)进一步进行纯化。因此，本发明还提供了用于化学合成本发明的蛋白质的方法，所述方法通过提供蛋白质的序列和试剂例如氨基酸和酶，并以正确的方向和线性次序将氨基酸连接在一起来合成蛋白质。备选地，可通过此处描述的熟知的重组方法，使用此处描述的宿主细胞和载体系统来获得蛋白质和多肽。宿主细胞可以是原核的或真核的。上文描述了宿主细胞系统。诊断方法如上面所指出的，本发明提供了用于帮助诊断细胞状态的多种方法，所述细胞状态的特征在于以例如恶性肿瘤、过度增生或组织转化的形式存在的异常细胞生长。所述方法对于帮助诊断上皮来源的癌症例如非小细胞肺癌(NSCLC)、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌是特别有用的。可通过注意细胞的生长是否不受通常的正常生长的限制控制来确定细胞的赘生性状态。为了本发明的目的，所述术语还包括基因型改变，所述基因型改变发生在检测以肿瘤形式进行的该生长之前，并且是这些表型改变的原因。与细胞的赘生性状态相关的表型改变(成组的与体内致瘤能力相关的体外特征)包括更圆的细胞形态、较松散的基质附着、接触抑制的丧失、贴壁依赖性的丧失、蛋白酶例如纤溶酶原激活剂的释放、增加的糖转运、减少的血清需要、胎儿抗原的表达等。(参见，Luria等人(1978)GENERALVIROLOGY,第3版，436-446(JohnWiley&Sons,NewYork))。因此，一个实施方案是诊断细胞的状况的方法，其通过筛选从样品分离的差异表达的多核苷酸或多肽的存在来进行诊断，所述样品包含或被怀疑包含表达所述基因的细胞，其中所述基因的差异表达是细胞的赘生性状态的标志。如下所示，与对应的正常或健康的细胞或组织相比，所述基因更多地在癌症或肿瘤细胞中表达，其中所述细胞是肺、卵巢或前列腺中的一种或多种细胞。可通过任何合适的方法来进行检测，包括例如检测从所述基因转录的mRNA的量或从由所述基因转录的mRNA的逆转录产生的cDNA的量或由所述基因编码的多肽或蛋白质的量。通过反向翻译(reversetranslating)表1中鉴定的肽和使用编码所述肽的多核苷酸来提供用于这些方法中各个方法的探针。可通过抽样原则对样品施行这些方法，或可修改这些方法以进行高通量分析。此外，可就转录物或所表达的基因产物的存在和量来检索和分析数据库，所述数据库包含一定量的(quantitative)从细胞样品分离的完整或部分的转录物或蛋白质序列。在一个方面，所述数据库包含至少一个表1中所示的序列和/或编码其的多核苷酸。仅用于举例说明的目的，通过记录测试系统中在从目的基因转录的mRNA的水平上所述基因的表达量(如果有，例如，改变的)来测定基因表达。在分开的实施方案中，由目的基因编码的多肽或蛋白质的水平的提高指示了细胞的赘生性状态的存在。所迷方法可用于帮助肺癌、卵巢癌或前列腺癌的诊断。因此，通过在肿瘤生长前检测该基因型，人们可预测对癌症的易患性(predisposition)和/或提供早期i貪断和治疗。用于本发明的细胞或组织样品包括体液、固体组织样品、从其来源的组织培养物或细胞和其后代，以及从这些来源中的任一种制备的切片或涂片，或可包含具有此处描述的基因的细胞的任何其他样品。在一个实施方案中，所述样品包括从受试者的组织例如可能包含转移灶的肺或组织制备的细胞。在用于mRNA水平的改变的测定中，首先按照本领域的标准方法提取在前述样品中所包含的核酸。例如，可使用各种水解酶或化学溶液按照Sambrook等人(1989)(见上)中所示的方法来分离或者按照由厂商提供的随附说明书用核酸结合树脂来提取mRNA。然后，按照本领域众所周知的方法或基于此处例举的方法，通过杂交(例如，Northern印迹分析)和/或扩增程序来检测在所提取的核酸样品中包含的基因的mRNAo具有至少10个核苷酸并展示出对至少一种编码表1中所鉴定的肽本领域中已知，对于特异性杂交不必使用"完全匹配的"探针。通过少量碱基的置换、缺失或插入而获得的探针序列的小改变不影响杂交特异性。一般地，可耐受多至20%的碱基对错配(当被最佳比对时)。优选地，用于检测mRNA的探针与在编码表1中鉴定的肽的基因或多核苷酸中所包含的相似大小的同源区域具有至少大约80%的同一性。在一个方面，在同源区域进行比对后，所述探针与相应的多核苷酸序列具有85%的同一性，或备选地，其展示90%的同一性。这些探针可用于i文射分冲斤法(例:i口，Southern和Northern印迹分对斤)以检测、预后、诊断或监控由目的多核苷酸的差异表达所造成的各种赘生性状态。片段的总大小以及互补片段的大小将依赖于特定核酸区段的所希望的用途或应用。来源于已知序列的更小的片段通常可用于杂交实施方案，其中互补区域的长度可根据希望检测的互补序列而变化，例如在大约10和大约100个核苷酸或甚至全长之间变化。在一个方面，使用在长度大于大约IO个核苷酸的片段范围内具有互补序列的核苷酸探针以增加杂交物的稳定性和选择性，从而提高获得的特定杂交分子的特异性。备选地，当需要时，可设计具有长度超过大约25个或可选择地超过大约50个核苷酸或甚至更长的基因互补片段的核酸分子。可例如通过下列方式来容易地制备这样的片段使用化学方法直接合成所述片段，应用核酸复制技术，例如在美国专利号4,603,102中描述的采用两个引发寡核苷酸的PCRTM技术，或将所选择的序列导入重组载体中以进行重组生产。在一个方面，探针长度为大约50至大约75个核苷酸，或可选择地大约50至大约100个核苷酸。可根据全长基因的序列来设计这些探针。在某些实施方案中，使用此处描述的核酸序列与合适的手段例如标记的组合以检测杂交从而检测互补序列是非常有利的。许多种合适的指示剂手段在本领域中是已知的，包括荧光的、放射性的、酶促的或其他配体，例如抗生物素蛋白/生物素，其能够产生可检测的信号。人们可使用荧光标记或酶标签例如脲酶、碱性磷酸酶或过氧化物酶以代替放射性试剂或其他在环境方面所不希望的试剂。在酶标签的情况下，已知这样的比色指示剂底物，其可用于提供对于人眼或在分光光度测量法上可见的手段，以鉴定与包含互补核酸的样品的特异性杂交。可在不同的"严紧度"条件下进行杂交反应。相关的条件包括温育的温度、离子强度、时间，反应混合物中其他溶质例如甲酰胺的存在，和洗涤程序。较高的严紧度条件是这样的条件，即例如较高的温度和较低的钠离子浓度，其要求杂交组分之间较高的最小互补性来形成稳定的杂交复合物。增加杂交反应的严紧度的条件是众所周知的，并且在本领域中是公开的。参见，例如Sambrook等人(1989),见上。本发明的核苷酸探针也可用作引物和检测在某些身体组织中差异表达的基因或基因转录物。此外，可用于检测前述差异表达的mRNA的引物与在先前鉴定的编码表1中鉴定的肽的序列中所包含的相似大小的同源区域具有至少大约80%的同一性。为了本发明的目的，"扩增"是指使用能够以适当的保真度复制靶序列的引物依赖性聚合酶的任何方法。可用天然的或重组的DNA聚合酶例如T7DNA聚合酶、大肠杆菌DM聚合酶的Klenow片段和逆转录酶进行扩增。已知的扩增方法是PCR,MacPherson等人，PCR:APRACTICALAPPROACH,(IRIvPressatOxfordUniversityPress(1991))。然而，用于各应用反应的PCR条件是根据经验确定的。许多参数影响反应的成功。其中有退火温度和时间、延伸时间、Mg2+ATP浓度、pH以及引物、模板和脱氧核糖核苷酸的相对浓度。扩增后，可通过琼脂糖凝胶电泳，然后用溴化乙锭和紫外线照明进行显现，来检测所得的DNA片段。可通过证明扩增出的DNA片段具有预测的大小、展示预期的限制性消化模式和/或与正确克隆的DM序列杂交，来验证差异表达的目的基因的特异性扩增。还可使用本领域内已知的方法将探针附着至固体支持物以用于高通量篩选测定法。PCTW097/10365和美国专利号5,405,783、5，412，087和5，445，934，例如/>开了可包含一个或多个此处/>开的序列的高密度寡核苷酸芯片的构建。使用美国专利号5,405,783、5，412，087和5，445，934中/>开的方法，在4汙生化玻璃表面上合成本发明的探针。将光保护的核苷亚磷酰胺偶联至玻璃表面，通过使用光刻掩模进行的光解而选择性地去保护，然后将其与第二种受保护的核苷亚磷酰胺反应。重复该偶联/去保护过程直至完成想要的探针。还可通过将核酸样品暴露于经探针修饰的芯片来测定基因的表达水平。例如，优选地在扩增步骤期间用荧光标签标记提取的核酸。在合适的严紧度水平上进行经标记的样品的杂交。使用检测装置例如共聚焦显微镜来定量测量探针-核酸杂交的程度。参见，美国专利号5，578，832和5，631，734。获得的测量结果与基因表达水平正相关。探针和高密度寡核苷酸探针阵列也提供了用于监控目的基因的表达的有效手段。它们也可用于篩选上调或下调目的基因表达的组合物。在另一个实施方案中，本发明的方法用于监控在对于确定的刺激例如细胞或受试者暴露于药物而作出应答时目的基因的表达，所述目的基因特异性地与本发明的探针杂交。在一个实施方案中，通过检测一个或多个连接至样品核酸的标记来检测杂交的核酸。可通过许多本领域技术人员已知的方法中的任一种方法来整合标记。然而，在一个方面，在样品核酸的制备中，在扩增步骤期间同时整合标记。因此，例如，使用经标记的引物或经标记的核苷酸的聚合酶链式反应(PCR)将会提供经标记的扩增产物。在分开的实施方案中，如上所述，使用经标记的核苷酸(例如，经焚光素标记的UTP和/或CTP)的转录扩增将标记整合入转录出的核酸中。备选地，可将标记直接加至原始核酸样品(例如，mRNA、polyA、mRNA、cDM等)中或在扩增完成后加至扩增产物中。将标记连接至核酸的方法对于本领域技术人员来说是已知的，并且包括例如切口平移法或末端标记法(例如，使用经标记的RNA)，其通过磷酸化(kinasing)所述核酸，然后将连接样品核酸的核酸连接体附着(连接)至标记(例如，荧光团)。适合用于本发明的可检测标记包括可通过分光镜、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或化学手段进行检测的任何组合物。在本发明中有用的标记包括生物素(其用经标记的抗生物素蛋白缀合物进行染色)、磁珠(例如，Dynabeads)、荧光染料(例如，荧光素、德克萨斯红、罗丹明、绿色荧光蛋白等)、放射标记物(例如，3H、1251、35S、"C或"P)、酶(例如，辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶和在ELISA中通常使用的其他酶)和比色标记物例如胶体金或有色玻璃珠或塑料珠(例如，聚苯乙烯、聚丙烯、胶乳等)。教导这些标记的用途的专利包括美国专利号3，817,837、3,850,752、3,939,350、3，996，345、4，277，437、4，275，149和4，366，241。用于检测这些标记的方法对于本领域技术人员来说是已知的。因此，例如，可使用照相胶片或闪烁计数器来检测放射性标记，可通过使用光检测器检测发射出的光来检测荧光标记。通常通过向酶提供底物并检测经酶对底物的作用而产生的反应产物来检测酶标记，和通过简单地显现有色标记来检测比色标记。如在W097/10365中更详细地描述的，可在杂交之前或之后向乾(样品)核酸中加入标记。这些是在杂交前被直接地附着至或整合入耙(样品)核酸的可检测的标记。相反地，在杂交后，将"间接标记"连接至杂交双链体。通常，将间接标记附着至已在杂交之前被附着至乾核酸的结合部分。因此，例如，可在杂交之前对靶核酸进行生物素化。在杂交后，缀合有抗生物素蛋白的荧光团将结合带有生物素的杂交双链体，从而提供了容易检测的标记。关于对核酸进行标记和检测经标记的杂交的核酸的方法的详细综述，参见，LABORATORYTECHNIQUESINBIOCHEMISTRYANDMOLECULARBIOLOGY,第24巻HybridizationwithNucleicAcidProbes,P.Tijssen，ed.Elsevier,N.Y.(1993)。还可在与高密度探针阵列杂交之前，使用本领域中已知的方法，例如WO97/10365中公开的方法，来修饰核酸样品，以减少样品的复杂度，从而降低背景信号和提高测量的灵敏度。通常使用计算机软件程序分析来自芯片测定法的结果。参见，例如，EP0717113A2和W095/20681。将杂交数据读入程序，该程序计算被耙向的基因即表l中鉴定的基因的表达水平。将该数据与现有的患病和健康个体的基因表达水平的数据集比较。所获得的数据和成组的疾病个体的数据之间的关联表明在受试患者中发生疾病。可用于检测赘生性肺组织的数据库也在本申请的范围之内，其包含一个或多个编码表1中所列的肽或其部分的多核苷酸的序列，以及所述肽的序列。这些多核苷酸序列贮存在数字存储介质中，从而汇编出了鉴定肺癌细胞的基因的标准化描述的数据处理系统。通过首先选择怀疑具有赘生性表型或基因型的细胞，然后从该细胞分离多核苷酸，该数据处理系统可用于分析两个细胞之间的基因表达。然后对分离的多核苷酸进行测序。如上所述，使用同源性检索技术将来自样品的序列与数据库中存在的序列进行比较。在一个方面，在受试序列和表l中鉴定的至少一个序列或者编码其的多核苷酸或其互补序列之间选择大于90%,或可选择地选择大于95°/。，或可选择地选择大于或等于97%的序列同一性，是已从上面定义的肺癌、前列腺癌或卵巢癌细胞中分离出所述多核苷酸的阳性指示。备选地，可将样品和数据库比较。简而言之，使用本领域中已知的并例如在Sambrook等人(1989)(见上)中描述的方法从细胞或组织样品中分离多种RNA。任选地，可将基因转录物转变成cDNA。将基因转录物的抽样接受序列特异性分析和定量。将这些基因转录物序列丰度与包括患病和健康个体的常规数据集的参照数据库序列丰度比较。患者具有与患者的数据集最紧密关联的疾病，包括此处鉴定的转录物的过表达。还可通过检查蛋白质产物来确定目的基因的差异表达。在本领域中可获得用于蛋白质分析的各种技术。其包括但不限于放射免疫测定法、ELISA(酶联免疫放射测定法)、"夹心"免疫测定法、免疫放射测定法、原位测定法(使用例如，胶体金、酶或放射性同位素标记)、Western印迹分析、免疫沉淀测定法、免疫荧光测定法和PAGE-SDS。测定蛋白质水平的一个手段包括(a)提供包含多肽的生物样品；和(b)测量在对目的基因的表达产物具有反应性的抗体和样品中的组分之间发生的任何免疫特异性结合的量，其中免疫特异性结合的量表明所表达的蛋白质的水平。对于这些免疫测定法，需要特异性地识别和结合这些基因的蛋白质产物的抗体。这些抗体可从商业卖家购得，或使用本领域内熟知的方法来产生和筛选。参见，Harlow和Lane(1988)(见上)，和Sambrook等人(1989)(见上)。备选地，可使用已知的方法来制备和分离特异性地识别和结合目的基因的蛋白质产物的多克隆或单克隆抗体。在诊断特征在于基因的差异表达的恶性肿瘤、过度增生或组织转化中，人们通常进行受试者与合适的对照的比较分析。优选地，诊断检测包括来源于受试者的对照样品(在下文中称为"阳性对照")，所述受试者展现出目的基因表达中的预期变化和目的恶性肿瘤或组织转化的临床特征。备选地，诊断还包括来源于受试者的对照样品(下文中称为"阴性对照")，所述受试者缺乏赘生性状态的临床特征并且其的所述基因的表达水平在正常范围之内。相关于所鉴定的改变而言，受试者和阳性对照之间的正相关表明存在对所述疾病的易患性。受试者和阴性对照之间缺乏相关性确证了该诊断。在优选实施方案中，该方法用于基于目的基因的差异表达来诊断上皮来源的癌症，例如，肺癌、卵巢癌或前列腺癌。篩选测定法本发明还提供了筛选，其用于鉴定用于逆转细胞的赘生性状况或选择性地抑制上述细胞的生长或增殖的先导化合物(lead)、药物、治疗性生物制剂和方法。在一个方面，所述篩选鉴定了可用于治疗特征在于目的基因的差异表达的恶性肿瘤、过度增生或组织转化的先导化合物或生物试剂。因此，为了在体外实施所述方法，首先提供合适的细胞培养物或组织培养物。所述细胞可以是培养的细胞或经遗传修饰的细胞，所述细胞差异表达与赘生性细胞相关的目的基因。备选地，所述细胞可来自组织活检。将所述细胞在一定的条件(温度、生长或培养介质和气体(C02))下培养并进行适当的时间以获得无密度依赖性限制的指数增殖。还希望保持另外的分开的细胞培养物；其是不接受受试试剂从而用作对照的细胞培养物。正如对于本领域技术人员来说是显然的，可改变该方法以进行高通量分析，并且可在微量滴定板中培养合适的细胞，和可通过记录基因型的变化、表型的变化和/或细胞死亡来同时测定几种试剂。当试剂是除了DNA或RNA核酸分子外的组合物时，合适的条件包括直接加入至细胞培养物中或加入至培养基中以进行添加。正如对于本领域技术人员来说是明显的，必须加入可通过经验确定的"有效"量。所述篩选包括将所述试剂与特征在于目的基因的差异表达的受试细胞接触，然后就目的基因的表达水平检测所述细胞。在一些方面，可能需要测定在检测前目的基因的表达水平。这提供了用于比较在对细胞培养物施用所述试剂后的表达的基线。在另一个实施方案中，受试细胞是来自差异表达目的基因的已建立的细胞系的培养细胞。如果基因表达回复(减少或增加)至在处于正常或非赘生性状态的细胞中存在的水平，或者细胞选择性地死亡或展示减少的生长速率，则该试剂是可能的治疗剂。在另一个方面，受试细胞或组织样品分离自待被治疗的受试者，并篩选一种或多种潜在的试剂以确定对于该个体患者来说最佳的治疗剂和/或疗程。为了本发明的目的，"试剂"包括，但不限于，生物或化学的化合物例如简单或复杂的有机或无机分子、肽、蛋白质或寡核苷酸。可合成化合物的巨大阵列，所述化合物例如为寡聚物，例如寡肽和寡核苷酸，以及基于各种核心结构的合成有机化合物；这些化合物也包括在术语"试剂，，中。此外，各种天然来源可提供用于筛选的化合物，例如植物或动物提取物等。尽管并不总是明确地指出，但应当理解，可单独地或与另一种试剂相组合地使用所述试剂，所述另一种试剂具有与由本发明筛选法鉴定的试剂相同或不同的生物学活性。还希望将所述试剂和方法与其他疗法相组合。如此处所用的，术语"逆转细胞的赘生性状态，，旨在包括凋亡、坏死或阻止细胞分裂的任何其他手段、减少的肿瘤发生能力、药物抗性的丧失、成熟、分化或此处描述的赘生性表型的逆转。如上面所指出的，用该方法合适地处理具有导致赘生性状态的目的基因的差异表达的肺细胞。可通过本领域中已知的任何方法来鉴定这些细胞，所述方法允许鉴定所述基因的差异表达。当所述试剂是核酸时，可通过本领域中已知的方法将其加至细胞培养物中，所述方法包括，但不限于，磷酸钙沉淀、显微注射或电穿孔。备选地或另外地，可将核酸整合入表达或插入载体中以整合入细胞中。包含启动子和可将多核苷酸有效连接入其内的克隆位点的载体在本领域中是熟知的，并且在下面进行简要描述。使用本领域中熟知的方法将多核苷酸插入载体基因组中。例如，可在合适的条件下将插入物和载体DM与限制性内切酶接触以在每个分子上产生互补末端，其可相互配对，并通过连接酶而连接起来。备这些合成的连接体包含相应于载体DNA中的特定限制性位点的核酸序列。此外，可连接包含终止密码子的寡核苷酸和合适的限制性位点以插入栽体中，所述栽体包含，例如，一些或所有下列部分选择标记基因，例如用于在哺乳动物细胞中选择稳定或暂时的转染子的新霉素基因；来自人CMV的即时早期基因的增强子/启动子序列，用于高水平转录；来自SV4G的转录终止信号和RNA加工信号，用于mRNA的稳定性；SV40多瘤复制起点和ColEl,用于正确的附加型复制；多用途多克隆位点；以及T7和SP6RNA启动子，用于有义和反义RM的体外转录。其他手段在本领域中是熟知的并是可获得的。可通过细胞分裂减少、细胞分化或测定基因过表达的减少来确定是否已实现本方法的目的，即逆转细胞的赘生性状态。可通过组织学方法或通过监测某些细胞表面标记的存在或丢失来监控细胞分化，所述细胞表面标记可能与未分化的表型(例如目的基因的表达)相关。还要求保护试剂盒，其包含进行此处描述的筛选和体外方法所必需的试剂和说明书。当受试者是动物例如大鼠或小鼠时，所述方法提供了方便的动物模型系统，所述动物模型系统可在治疗剂的临床测试前使用，或可选择地用于先导化合物优化(leadoptimization)。在该系统中，如果基因表达回复至正常水平，或者如果与包含目的基因的差异表达的细胞的存在相关或相关联的症状各自与未处理的具有病理细胞的动物相比得到改善，那么候选试剂是潜在的药物。具有细胞或动物(其是健康或未受处理的)的分开的阴性对照组也是有用的，其提供了比较的基础。治疗方法由本发明提供的治疗剂包括，但不限于，小分子、多核苷酸、肽、抗体、抗原呈递细胞，和包括特异性地识别和裂解表达目的基因的细胞的免疫效应细胞。通过篩选一种或多种抗肿瘤细胞的试剂可确定使用试剂是否将会有益地治疗受试者或患者，所述肿瘤细胞是通过使用本领域中已知的方法从受试者或患者中分离的细胞。在下文中提供了其他方法。在一个实施方案中，以对于治疗上皮来源的癌症例如肺癌、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌来说有效的量施用所述治疗剂。本发明的治疗剂也可用于防止从癌变前或非恶性状态进展至赘生性或恶性状态。各种递送系统是已知的，并且可用于施用本发明的治疗剂，例如包嚢在脂质体、微粒、微胶嚢中，由重组细胞表达，受体介导的内吞作用(参见例如，Wu和Wu(1987)J.Biol.Chem.262:4429-4432)，将治疗性核酸构建成逆转录病毒载体或其他载体的一部分，等等。递送的方法包括但不限于动脉内、肌内、静脉内、鼻内和口服途径。在特定的实施方案中，可以希望将本发明的药物组合物局部地施用至需要治疗的区域；这可通过例如(但非限定性的)在手术期间通过注射或借助于导管进行局部输注来实现。可将在此处鉴定为对于其所希望的目的来说有效的试剂施用给受试者或个体，所述受试者或个体易于发生与目的基因的差异表达相关的疾病或处于这样的风险中。当将所述试剂施用给受试者例如小鼠、大鼠或人患者时，可将所述试剂加至药学上可接受的载体并全身性或局部地施用给受试者。在一个方面，为确定可得到有益治疗的患者，从所述患者身上取出肿瘤样品并就目的基因的差异表达对细胞进行测定。治疗量可通过经验确定，并且将随被治疗的病理学状态、被治疗的受试者和试剂的功效和毒性而变化。当递送至动物时，所述方法可用于进一步验证试剂的功效。作为动物模型的例子，成组的棵鼠(Balb/cNCRnu/nu雌性，Simonsen，Gilroy，CA)各自用大约105至大约109个此处定义的过度增生的癌或靶细胞进行皮下接种。当形成肿瘤时，通过例如在肿瘤周围的皮下注射来施用该试剂。每周两次，使用游标卡尺在二维上进行肿瘤测量以确定肿瘤大小的减少。适当时，也可使用其他动物模型。在整个疗程中，可以在一剂中、连续地或间歇地进行体内施用。用于确定最有效的施用手段和剂量的方法对于本领域技术人员来说是熟知的，并且将随用于治疗的组合物、治疗的目的、被治疗的靼细胞和被治疗的受试者而变化。可用治疗医生所选择的剂量水平和模式进行单次或多次施用。可在下面找到合适的剂型和施用所述试剂的方法。本发明的试剂和组合物可用于制备药物，和通过按照常规方法例如将活性成分配制在药物组合物中进行施用而用于治疗人或其他动物。所述药物组合物可通过口服、鼻内、肠胃外途径或通过吸入疗法进行施用，并且可采用片剂、锭剂、颗粒剂、胶嚢剂、丸剂、安瓿剂、栓剂或气雾剂形式。它们还可以采用活性成分在水性或非水性稀释剂中的悬浮液、溶液和乳浊液，糖浆剂，粒剂或粉剂的形式。除了本发明的试剂外，药物组合物还可包含其他药学上活性的化合物或多种本发明的组合物。更特别地，可通过任何合适的途径，包括口服、直肠、鼻、局部(包括经皮、气雾剂、颊和舌下)、阴道、肠胃外(包括皮下、肌内、静脉内和皮内)和肺的途径，来施用本发明的试剂(此处也称为活性成分)以进行治疗。还将会认识到，优选的途径可随接受者的状况和年龄以及被治疗的疾病而变化。理想地，应当施用试剂以在疾病的位点处获得活性化合物的峰浓度。这可例如通过下列方式来实现静脉内注射试剂(任选地在盐水中)，或口服施用试剂，例如作为包含活性成分的片剂、胶嚢剂或糖浆剂。可通过连续的输注来保持试剂的所需血液水平，以在患病组织中提供治疗量的活性成分。有效的组合(operativecombinations)被认为是提供了治疗性组合，所述治疗性组合所需要的各抗病毒试剂组分的总剂量与当单独地使用各单个治疗性化合物或药物时所需要的剂量相比更低，从而减少了不良作用。尽管可以单独地施用所述试剂，但优选地以药物制剂的形式提供其，所述药物制剂包含至少一种上面定义的活性成分以及为此的一种或多种药学上可接受的载体和任选地其他治疗剂。各载体在与制剂的其他组分相容的意义上必须是"可接受的"，并且对患者无害。制剂包括适合于口服、直肠、鼻、局部(包括经皮、颊和舌下)、阴道、肠胃外(包括皮下、肌内、静脉内和皮内)和肺施用的那些制剂。制剂可以以单位剂型方便地提供，和可通过药学领域中熟知的任何方法制备。这些方法包括使活性成分与构成一种或多种配合剂的载体相联合的步骤。一般地，通过如下方式来制备所述制剂使活性成分均匀且紧密地与液体载体或细分的固体载体或两者相联合，然后如果需要，对产品塑形。适合于口服施用的本发明的制剂可以提供为分开的单位例如胶嚢剂、扁嚢剂或片剂，各自包含预定量的活性成分；粉剂或颗粒剂；在水性或非水性液体中的溶液或悬浮剂；或者水包油型液体乳剂或油包水型液体乳剂。还可以大丸剂、药糖剂或糊剂的形式提供所述活性成分。可通过任选地与一种或多种配合剂一起压制或模制来制备片剂。可通过在合适的机器中压制活性成分来制备压制片剂，所述活性成分以自由流动的形式例如粉末或颗粒的形式存在，并任选地与粘合剂(例如，聚乙烯吡咯烷酮、明胶、羟丙基曱基纤维素)、润滑剂、惰性稀释剂、防腐剂、崩解剂(例如，淀粉羟乙酸钠、交联的聚乙烯吡咯烷酮、交联的羧曱基纤维素钠)、表面活性剂或分散剂混合。可通过在合适的机器中对用惰性液体稀释剂湿润的粉状化合物的混合物进行模制来制备模制的片剂。所述片剂任选地可进行包衣或划痕，并且可用例如羟丙基甲基纤维素以不同的比例进行配制以提供所需的释放特性，从而提供此处的活性成分的緩释或控释。任选地，可给片剂提供肠溶衣以在肠中而不是在胃中提供释放。适合于在口中局部施用的制剂包括包含有在调味基质(通常为蔗糖和阿拉伯胶或黄蓍胶)中的活性成分的锭剂；包含有在惰性基质例如明胶和甘油或蔗糖和阿拉伯胶中的活性成分的软锭剂；和包含有在合适的液体载体中的活性成分的漱口剂。本发明的用于局部施用的药物组合物可配制为软骨剂、乳青剂、悬浮液、洗剂、粉剂、溶液、糊剂、凝胶、喷雾剂、气雾剂或油。备选地，制剂可包含浸渍有活性成分和任选地一种或多种赋形剂或稀释剂的贴布或敷料例如绷带或粘附性硬骨。如果想要，乳青基质的水相可包含例如至少大约30%w/w的多元醇，即具有两个或更多个羟基的醇，例如丙二醇、丁烷-1，3-二醇、甘露醇、山梨醇、甘油和聚乙二醇以及其混合物。如果希望，局部制剂可包含增强所述试剂通过皮肤或其他受影响区域的吸收或渗透的化合物。这些皮肤渗透增强剂的实例包括二甲亚砜和相关的类似物。本发明的乳剂的油相可以已知方式从已知的成分构成。尽管该相可以只包含乳化剂，但如果希望其可包含至少一种乳化剂与脂肪或油或者与脂肪和油两者的混合物。优选地，将亲水性乳化剂与用作稳定剂的亲脂性乳化剂包含在一起。包含油和脂肪两者也是优选的。总之，具有或不具有稳定剂的乳化剂组成了所谓的乳化蜡，所述蜡与油和/或脂肪组成了所谓的乳化软青基质，其形成了乳膏制剂的油分散相。适合于在本发明的制剂中使用的乳化剂和乳化稳定剂包括Tween60、Span80、十八醇十六醇混合物(cetostearylalcohol)、十四醇、单硬脂酸甘油酯和月桂基石克酸钠。合适于所述制剂的油或脂肪的选择基于获得想要的化妆品性质，因为活性化合物在大多数可能用于药物乳剂制剂的油中的溶解度非常低。因此，乳膏优选地应当是非油脂性的(non-greasy)、非染色性的(non-staining)和可洗涤的产品，其具有合适的稠度以避免从管或其他容器中渗漏。可使用直链或支化的、一或二碱价的烷基酯例如二异己二酸酯、硬脂酸异十六醇酯、椰子脂肪酸的丙二醇二酯、肉豆蔻酸异丙酯、油酸癸酯、棕榈酸异丙酯、硬脂酸丁酯、棕榈酸2-乙基己基酯或称为CrodamolCAP的支化链酯的混合物，最后三种是优选的酯。依赖于所需要的特性，可单独地或组合地使用这些酯。备选地，可使用高熔点脂质，例如白色软石蜡和/或液体石蜡或其他矿物油。适合于给眼睛局部施用的制剂还包括滴眼剂，其中所述活性成分溶解在或悬浮在合适的栽体(特别是用于所述试剂的水性溶剂)中。可以以具有合适的基质(包含例如可可脂或水杨酸酯)的栓剂形式提供用于直肠施用的制剂。可以以除了所述试剂外还包含本领域已知为合适的载体的塞剂、棉塞、乳骨、凝胶、糊剂、泡沫剂或喷雾剂制剂的形式提供适合用于阴道施用的制剂。适合用于鼻施用的制剂(其中所述载体是固体)包括具有例如大约20至大约500微米的颗粒大小的粗粉剂，其以这样的方式进行施用，即其中采用鼻吸法，也就是通过从拿近鼻子的粉剂容器中经鼻道快速吸入。其中载体是液体的并且适合于以例如鼻腔喷雾剂、滴鼻剂的形式施用或通过喷雾器以气雾剂施用的制剂包括所述试剂的水溶液或油溶液。适合用于肠胃外施用的制剂包括，水性和非水性等渗无菌注射液，其可包含抗氧化剂、緩冲剂、制菌剂和使制剂与所希望的接受者的血液等渗的溶质；和水性和非水性无菌悬浮液，其可包含悬浮剂、增稠剂和脂质体或被设计成将所述化合物靼向血液组分或一个或多个器官的其他微粒系统。所述制剂可以在单位剂量或多剂量的封闭的容器例如安瓿和小瓶中提供，并且可以在冷冻干燥的(冻干的)条件下贮存，在即将使用前只需要加入无菌液体载体例如注射用水。可从前面所述类型的无菌粉剂、颗粒剂和片剂制备临时注射溶液和悬浮液。优选的单位剂量制剂是包含试剂的日剂量或单位、日亚剂量(如此处上面所述的)或其合适的部分的制剂。转基因动物在另一个方面，目的基因可用于产生转基因动物模型。近年来，遗传学家已成功地通过操作正在发育的胚胎的基因并将外源基因导入这些胚胎中而产生了转基因动物例如小鼠。一旦将这些基因整合入接受者胚胎的基因组中，就可分析所得的胚胎或成年动物以确定所述基因的功能。产生突变体动物以了解已知基因在体内的功能和建立人类疾病的动物模型。(参见例如，Chisaka等人(1992)355:516-520;Joyner等人(1992)，P0STIMPLANTATI0NDEVELOPMENTINTHEMOUSE(Chadwick和Marsh,编者，JohnWiley&Sons,UnitedKingdom)pp:277-297;Dorin等人(1992)Nature359:211-215)。美国专利号5，464，764和5，487，992描述了一种类型的转基因动物，在所述转基因动物中对目的基因进行足以破坏其功能的缺失或突变。(也可参见，美国专利号5，631，153和5，627，059)。这些通过利用同源重组的现象产生的"敲除，，动物可用于研究特定基因序列在体内的功能。此处描述的多核苷酸序列可用于制备肺癌的动物模型。实验方法实验l:表达分析非小细胞肺癌总体上代表了巨大的未满足的医学需要。从无传染性疾病的个体患者中获得新鲜的未坏死的NSCLC肿瘤组织和相应的正常组织。新鲜组织样品是至少1.5克的组织，其从手术后在湿冰上运输不超过24小时。在分析之前，由病理学家就百分比肿瘤含量、肿瘤阶段和组织学类型对该组织进行评估。所有接受的组织是I、II或IIIa期原发性肺癌，其中手术是最初或初级处理。在收到组织后，用十字形手术刀将样品(组织)切碎。用胶原酶和弹性蛋白酶处理切碎的组织直到获得单细胞悬浮液。洗涤单细胞悬浮液数次，并裂解红细胞。通过将细胞悬浮液暴露于连接至磁珠的抗CD64、CD45和CD14的抗体来除去白细胞。使用连接至石兹珠的抗BerEP4抗体来分离上皮细胞。使用连接至磁珠的抗CD31抗体来分离内皮细胞。立即从上皮细胞和内皮细胞样品制备RNA。通过对于所述细胞类型来说的特异性标记的表达来总体上估计来自上皮和内皮细胞的RM的性质。细胞角蛋白18、冯维勒布兰德因子、EF1、P1H12、hevin和细胞角蛋白8用作标记以用于确定所收集的RNA是否代表相对纯的上皮细胞或内皮细胞的细胞群体。在RNA的性质评估后，4份鳞癌样品、2份腺癌样品和3份正常肺组织样品在数量和性质上足以进行SAGE分析。使用NatureBiotechnology(2002)20:508-512中公开的方法对9个RNA样品进^f于LongSAGETM直至对于每个文库大约50，000个标签的深度。进行彻底的生物信息学分析以表征SAGE数据，基于在肿瘤类型间和在鳞癌和腺癌中mRNA的表达与正常肺细胞相比增加。对于潜在的抗体治疗靶，焦点集中于在质膜中表达的蛋白质上。GITR，糖皮质激素诱导的TNFR相关蛋白，已知由激活的T细胞和Treg细胞表达。GITR也称为激活诱导型TNRF家族受体(AITR)和胂瘤坏死因子受体超家族成员18(TNFRSF-18)(Stephens,G.L.等人(2004)J.Immunol.173:5008-5020和Nocentini，G.等人(1997)P.N.A.S.94:6216-6221)。GITR配体结合GITR并通过TRAF2引发NF-kB激活。GITR-GITR配体相互作用在T细胞中破坏了TCR-CD3激活诱导的凋亡，并且可能参与了细胞存活。GITR配体也称作AITRL、GITRL、TL6和hGIRTL。GITR是^U人为与4-1BB和CD27相似的228个氨基酸的跨膜蛋白。GITR蛋白具有19个氨基酸的信号序列、134个氨基酸的具有3个富含半胱氨酸的基元的细胞外区域、23个氨基酸的跨膜区段和52个氨基酸的胞质结构域。GITR配体由内皮细胞(包括HUVEC)、Bl淋巴细胞、成熟和未成熟的树突状细胞和巨噬细胞表达(Stephens,G.等人(2004)见上)。GITR参与T-淋巴细胞和内皮细胞之间的相互作用以及T-细胞受体介导的细胞死亡的调控。GITR通过TRAF2/NIK途径介导NF-kB的激活。GITR结合TNF受体关联因子-l(TNFreceptor-associatedfactor-l，TRAF1)、TRAF2和TRAF3，但不结合TRAF5和TRAF6(Nocentini,G.等人(1997)见上)。GITR在CD4+CD25+T细胞上表达，并且在与GITRL相互作用后下调T调节性抑制物活性。耙向肿瘤细胞上的GITR和耗尽CD4+CD25+T细胞可增强活性肿瘤特异性疗法的功效(Kohm，A.P.等人(20(J4)J.Immunol.172:4686-4690，和Shimizu，J.等人(2002)NatureImmunol.3:135-142)。来自55个肺肿瘤和18个正常肺组织的大量组织RNA的RT-PCR表明，与正常组织相比，在76%的肿瘤中GITRRNA的水平增加^2倍。根据RT-PCR，GITR在多种正常组织包括乳腺、前列腺、脑、心、肾、肝、唾液腺、脾、胃、胸腺和子宫中具有非常最低限度的表达。来自多种肿瘤和相应的正常组织的大量组织RM的RT-PCR表明，在50°/。的卵巢癌(n=40)、25%的黑素瘤(n=22)、50%的前列腺癌(n=24)、20%的结肠癌(n=26)和66%的乳腺癌(n=23)中GITRRNA的水平增力口>2倍。对经福尔马林固定并经石蜡包埋的人非小细胞肺癌样本进行免疫组织化学分析。所用的抗体是抗GITR(ResearchSystems,BA689)、抗RDC1(Lifescience，RDC1-LP1439)、抗CD31(DAKO，M0823)、抗ot-平滑肌肌动蛋白(DAKO,M0851)、抗上皮膜抗原(DAKO，M0804)和抗广谱细胞角蛋白(DAKO,Z0622)的抗体。总地说来，在肺的腺癌和鳞癌两者的肿瘤细胞上存在强的GITR反应性。在肺的腺癌和鳞癌两者的肿瘤基质内的浸润性细胞上也存在强反应性。在肺的腺癌和鳞癌两者的肺瘤细胞上存在强的RDC1反应性。在与肿瘤脉管相关联的内皮细胞和周细胞/平滑肌细胞上存在中度的RDC1反应性。通过荧光激活细胞计量术(FACS)，NCI-H358和NCI-H1436细胞系具有非常好的GITR的表达，NCI-H1299、NCI-H522、NCI-H23和NCI-H647具有好的GITR的表达。通过FACS，在激活的PBMC和激活的CD3+T细胞上的GITR的表达比在非小细胞肺癌细胞系上的表达低得多。实验2:功能性生物测定在产生后，使用基于细胞的测定法来篩选抗体组，以通过使用本领域中已知的方法来鉴定中和所述靶蛋白的功能和逆转恶性表型的抗体。为了举例说明，这些方法描述于Stanton，C.A.等人(2004)Blood103(2):601-606和Malinda，K.M.等人(1999)Exp.CellRes.250:168-173(迁移测定法);美国专利申请2004/0253708A1的第段至第段(凋亡)；美国专利申请2004/0258685A1的第段至第段(抑制、抗增殖、阻断和表位结合测定法)；Stanton，C.A.等人(2GQ4)(见上)(增殖和细胞毒性测定法)；Manches，0.等人(2003)Blood101(3):949-954(凋亡、吞噬和ADCC测定法)；和美国专利申请2004/0228859A1的第段(CDC测定法)。实验3:体内功效然后，使用同系基因型肿瘤模型或人肿瘤异种移植模型，就体内功效进一步筛选具有例如在实验2中描述的必需生物活性的抗体。这样的测定法和模型对于本领域技术人员来说是已知的。为了举例说明，这些方法描述于TumorModelsinCancerResearch,Teicher，B.A.，编者，丛书CancerDrugDiscoveryandDevelopment,HumanaPress,2004;和Lev.A.等人(2004)PNAS101(24):9051-9056。尽管上述实验和详细描述是关于针对NSCLC的应用进行描述的，但对于本领域技术人员来说应当明显的是，本发明的方法和组合物与表1中鉴定的其他癌症相关。因此，本发明也提供了用于诊断和预后这些恶性肿瘤的方法和组合物。要理解，虽然已结合上述实施方案描述了本发明，但是前面的描述和后面的实施例旨在举例说明而不是限制本发明的范围。在本发明的范围内的其他方面、优点和改变对于本发明所属领域内的技术人员来说将会是明显的。序列列表SEQIDNO:11atggcacagc:61gcgctcagcc121cttgggacgg*181tacccgggcg*241tgcggagacc301cagtcccagg"361tccgggggcc421actgtgttcc481gagccgcttg541acctcggccc601gtgccgccgt661cgatcggcagtgggtcagcggaacggacgcaggagtgctgcttgctgcacacgaaggccactggga^caaggt犯ctgacagcttggactaggagaaggggggcgcgtttccccaccggggcgctgctgcttccgagtgggacctgccggttttggcttcctgcaaacctcg"tcgtcctcgcacatctggcgccagaagcgcggctgggacgggccctgtggtcccgggtcgggttcacagactgcatgi:caccacccttcagtgtatcgtggacagactgctgtgtgcgctggccgtggcagctgaggatgccagttccgacctgtggggcggcctggcgcggccctggcgacgcgctggtgtccagccgtcccccaggactgtgcctc.gcacccagtttcccagggtcccgcc仁gcgrtagacccagctccgaggaagatgtgagctgctgtgcgcgcctcctgctgccgcgattgaattccacccagggggtacccgccggcacctcctcctggctgctggag9"cggggcgagSEQIDNO:2ARSCQFPEEERGERSAEEKGRLGDLWVHscTFT:3G,:pwQpG朋旭RpTGFFTGpNMQGcc权利要求1.用于诊断或预后癌症的方法，所述癌症选自非小细胞肺癌(NSCLC)、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌，所述方法包括检测在受试者中于表1中所鉴定的基因或基因产物或者其片段的表达水平，其中基因或基因产物的过表达是受试者中所述癌症的预测性的阳性诊断或预后。2.权利要求1的方法，其中通过免疫化学方法测定所述基因或基因产物或者其片段的表达水平。3.权利要求2的方法，其中使用抗体通过免疫化学方法测定所述基因或基因产物或者其片段的表达水平。4.权利要求1的方法，其中使用单克隆抗体、其变体或衍生物通其中对从受试者分离的合适的样品进行检5.权利要求1的方法，其中通过使用抗体测定所述基因或基因产物或者其片段的表达水平，所述抗体选自单克隆抗体、多克隆抗体、抗体变体、抗体衍生物、人源化抗体和抗体片段。6.权利要求1的方法，其中通过检测多核苷酸的量来测定所述基因或基因产物的表达水平。7.权利要求1的方法，测。8.权利要求7的方法，组织活检样品或体液样品。9.权利要求7的方法，血清的体液的样品。10.权利要求6的方法，其中所述合适的样品是保存的组织样品。其中所述合适的样品是选自尿液、血液和其中所述多核苦酸选自mRNA和cDNA。全文摘要本发明提供了用于检测、诊断、预后和监控癌症的进展的方法和组合物以及用于所述方法的试剂盒，所述癌症是例如NSCLC，上皮来源的癌症，例如肺癌、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和结肠癌，以及恶性肿瘤。还提供了用于筛选以鉴定与这些癌症和恶性肿瘤相关的抗原的激动剂和拮抗剂的方法。文档编号G01N33/53GK101133167SQ200680006891公开日2008年2月27日申请日期2006年1月19日优先权日2005年1月19日发明者B·泰歇,B·罗伯茨,S·尚卡拉申请人:根茨美公司