针对cd70的抗体的制作方法

文档序号:3479616阅读:399来源:国知局
针对cd70的抗体的制作方法
【专利摘要】本发明涉及以高亲和力与人CD70蛋白相结合并且展示出对肿瘤细胞生长之强效抑制的抗体及其抗原结合片段。
【专利说明】针对CD70的抗体
【技术领域】
[0001]本发明涉及抗体及其抗原结合片段,其以高亲和力与人CD70蛋白相结合并且表现出对肿瘤细胞生长的强效抑制。
【背景技术】
[0002]细胞因子受体CD27是肿瘤坏死因子受体(TFNR)超家族的成员,其在细胞生长和分化以及凋亡中起作用。⑶27的配体是⑶70,属于配体的肿瘤坏死因子家族。⑶70为193个氨基酸的多肽,其具有20个氨基酸的亲水性N端结构域和包含2个潜在的N连接糖基化位点的 C端结构域(Goodwin, R.G.等(1993) Cel 173:447-56 ;Bowman 等(1994) Immunol 152:1756-61)。基于这些特性,确定⑶70是具有细胞外C端部分的II型跨膜蛋白。
[0003]⑶70在活化的T和B淋巴细胞以及树突状细胞上瞬时地存在(Hintzen等(1994)J.1mmunol.152:1762-1773 ;0shima 等(1998)Int.1mmunol.10:517-26 ;Tesselaar 等(2003) J.1mmunol.170:33-40)。除了在正常细胞上表达外,已经在不同类型的癌症中报道了⑶70的表达,所述癌症包括肾细胞癌、转移性乳腺癌、脑肿瘤、白血病、淋巴瘤和鼻咽癌(Junker 等(2005)J Urol.173:2150-3 ;Sloan 等(2004)Am J Pathol.164:315-23 ;Held-Feindt 和 Mentlein (2002) Int J Cancer98:352-6 ;Hishima 等(2000) Am J SurgPathol.24:742-6 ;Lens 等(1999) Br J Haematol.106:491-503)。还提出了 CD70 与 CD27 的相互作用在细胞介导的自身免疫疾病和TNF-α产生的抑制中起作用(Nakajima等(2000)J.Neuroimmunol.109: 188-96)。
[0004]因此,⑶70代表了用于治疗癌症、自身免疫疾病和由⑶70表达而表征之多种其他疾病的靶标。
[0005]W02006 / 0044643 描述了包含抗体效应子结构域(antibody effector domain)的⑶70抗体,其可介导ADCC、ADCPXDC或ADC中的一个或更多个并且在未与细胞抑制剂或细胞毒性剂缀合的情况下针对表达CD70的癌症发挥细胞抑制或细胞毒性作用或者针对表达CD70的免疫性病症发挥免疫抑制作用。本文中示例的抗体基于两种单克隆抗体(称为1F6和2F2)的抗原结合区域。
[0006]W02007 / 038637描述了与⑶70结合的全人单克隆抗体。这些抗体表征为以I X 10_7M或更少的Kd与人⑶70结合。所述抗体还与表达⑶70的肾细胞癌肿瘤细胞系(例如786-0)结合并且被其内化。

【发明内容】
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[0007]本文中提供的是抗体或其抗原结合片段(本文中称为CD70抗体),其与人CD70蛋白质相结合并且表现出与现有技术中描述的CD70抗体不同的且通常优越的特性。这些抗体的优越特性对于在人治疗(特别是治疗表达CD70的癌症以及免疫病症)中的使用是有利的。
[0008]本文所述CD70抗体的特征为为对人CD70的极高的结合亲合力。与对人治疗提出的最强效现有技术CD70抗体(包括“全人”来源的现有技术CD70抗体)相比,本文中描述的所有优选实施方案对重组人CD70表现出显著更高的结合亲和力(如通过本文中描述的Biacore?表面等离子体共振测量的)。另外,当与对人治疗提出的现有技术CD70抗体相比时,本文中描述的CD70抗体的所有优选实施方案表现出与人细胞系(尤其是人癌细胞系)表面上表达之CD70的优越(即更高亲和力)结合。与细胞表面CD70的该优越结合对于以“低拷贝数”表达CD70的人癌细胞系尤其相关并且与抗体在人治疗中的使用直接相关。更进一步地,当与对人治疗用途提出的现有技术CD70抗体相比时,本文中描述的CD70抗体的一些优选实施方案表现出与分离自人患者之癌细胞(特别是分离自慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者的癌细胞)实质上提高的结合。
[0009]因此,在本发明的第一方面中,提供了与人CD70相结合的抗体或其抗原结合片段,所述抗体或抗原结合片段包含至少一个重链可变结构域(VH)和至少一个轻链可变结构域(VL),其中,当作为Fab片段使用本文中描述的标准Biacore?方案测试时,所述VH和VL结构域对人CD70表现出少于7X ΙΟ、—1的解离速率(off-rate)(由Biacore?测量的koff) ο
[0010]在一个优选的实施方案中,所述抗体或抗原结合片段包含至少一个重链可变结构域(VH)和至少一个轻链可变结构域(VL),其中所述VH和VL结构域对人CD70表现出5X ΙΟ?或更少或者2Χ ΙΟ?或更少或者I X ΙΟΛ—1或更少的解离速率。最优选地,当作为Fab片段测试时,所述⑶70抗体将对⑶70表现出0.4Χ ΙΟ、—1至4.8Χ 的解离速率。
[0011]还提供了与人⑶70相结合的抗体,所述抗体包含两个Fab区,其中每个Fab区均与人⑶70相结合,并且当作为Fab片段测试时,对人⑶70表现出5X 10-4s-1或更少或者2Χ10?或更少或者ΙΧΙΟΛ1-1或更少且优选0.4 X KT4S4至4.8 X 10?的解离速率。所述两个Fab区在结合特性方面(例如对人CD70的亲和力)可以不同或者可以是相同的。所述两个Fab区可以与人CD70上同一表位或重叠表位相结合或者它们可以与人CD70上不同的非重叠表位相结合。在氨基酸序列方面,所述两个Fab区可以在VH和VL结构域之一或两个中彼此不同。
[0012]除了对⑶70的极其高结合亲和力之外,本文中提供的⑶70抗体的一些优选实施方案可表现出对CD70与其配体CD27之相互作用的强效阻断或抑制。表现出与CD70之高亲和力结合和⑶70 /⑶27相互作用之强效阻断二者的优选⑶70抗体作为用于治疗疾病适应征(indication)的治疗剂是特别有利的,所述疾病适应症中⑶70 /⑶27信号转导的阻断增强治疗功效(例如除通过CD70抗体的效应子功能介导细胞杀伤外),例如共表达CD70和CD27的自身免疫疾病和癌症。
[0013]不是所有本文中描述的CD70抗体除了与CD70的高亲和力结合之外还表现出⑶70 /⑶27相互作用的强效阻断。本文中还描述了这样的许多⑶70抗体,其表现出与⑶70以非常高的亲和力结合但是没有显示出对⑶70 /⑶27相互作用的显著阻断。这些抗体的特性在本文中的其他部分描述。高亲和力非阻断性CD70抗体的可获得性可以增加/延伸治疗可能性的范围。
[0014]本文中描述的对人CD70表现出非常高结合亲和力的CD70抗体的一些优选实施方案还表征为对在人治疗中使用提出之现有技术CD70抗体未表现出的结合特性的组合。因此,本文中描述的一些优选CD70抗体的特征为:
[0015](a)与人 CD70 中的氨基酸序列 HIQVTLAICSS (SEQ ID NO:342)结合;
[0016](b)与恒河猴(Macaca mulatta)和食蟹猴(Macaca cynomolgus)的 CD70 同源物有交叉反应性;
[0017](c)与天然人⑶70和热变性重组人⑶70 二者结合。
[0018]对在人治疗中使用所提出之现有技术抗体未表现出的结合特性的该组合表明与CD70上的新表位的结合,所述新表位与现有技术CD70抗体结合的表位不同。[0019]在人药物开发的情况中,一些优选的⑶70抗体表现的结合特性的组合是有利的。尤其是,与猴CD70同源物的交叉反应使得能够在灵长类动物模型中对在人治疗中使用提出的⑶70抗体进行毒理学研究。
[0020]本文中描述的一些优选⑶70抗体还表现出与作为治疗性抗体产品进行商业制造相关的有利特性。如本文中别处讨论的,本文中提供的一些优选CD70抗体在用于商业制备临床级治疗性抗体产品的重组表达系统中表现出极高水平的表达。采用一些优选CD70抗体可实现的表达水平远远超过了甚至对于“全人”治疗性抗体产品通常实现的水平。另外,一些优选的CD70抗体产品(以适合用于在人治疗中使用的形式重组表达产生)表现出显著的热稳定性,其优于通常的治疗性抗体产品。
[0021]本文中提供的对人CD70具有优越的结合亲和力以及上文所列的其他有利特性的CD70抗体为骆驼科动物(camelid)来源的(例如,大羊驼(llama)来源的)。骆驼科动物来源的CD70抗体可以是分离的或重组表达的单克隆抗体。一些优选的实施方案可以是人源化(或种系化)单克隆抗体(例如骆驼科动物来源之抗体的人源化变体)、嵌合抗体(例如骆驼科动物-人嵌合抗体)或人源化嵌合抗体(例如包含骆驼科动物VH和VL结构域之人源化变体以及人抗体之恒定结构域的嵌合抗体)。
[0022]骆驼科动物来源的⑶70抗体可包含从骆驼科(Camelidae)家族物种的VH结构域或VL结构域获得的至少一个高变环或互补决定区。在一个特定的实施方案中,CD70抗体或其抗原结合片段可包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),其中所述VH和VL结构域或者其一个或更多个CDR是骆驼科动物来源的。在一些特定的实施方案中,所述抗体或其抗原结合片段可包含大羊驼VH和VL结构域或大羊驼VH和VL结构域的人种系化变体。该抗体或抗原结合片段可表现出本文所定义的“高人同源性”。
[0023]本文中描述的骆驼科动物来源的CD70抗体通常表现出与最接近的匹配人抗体种系序列具有至少 90% (例如,91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或 99% )序列同一性的VH和/或VL区氨基酸序列。
[0024]本发明的又一些优选实施方案包括骆驼科动物来源之CD70抗体的人源化(或人种系化)变体。尤其是,本发明提供了本文中所述大羊驼来源之CD70抗体的人源化或人种系化变体。
[0025]在本发明的又一个方面中,提供了结合人CD70的嵌合骆驼科动物-人抗体,其中所述抗体的抗原结合部分(例如其VH和/或VL结构域或CDR)是骆驼科动物来源的并且所述抗体的恒定区来源于人抗体。尤其是,本发明提供了结合人CD70的嵌合大羊驼-人抗体。
[0026]在本发明的又一个方面中,提供了结合人CD70的嵌合骆驼科动物-人抗体的人源化变体,其中所述抗体的抗原结合部分(例如其VH和/或VL结构域或CDR)是骆驼科动物来源之序列的人源化变体,并且抗体的恒定区来源于人抗体。尤其是,本发明提供了结合人CD70的嵌合大羊驼-人抗体的人源化变体。
[0027]通过参照特定结构特征在以下限定⑶70抗体或其抗原结合片段的一些优选(但非限制性)实施方案,所述结构特征即CDR(SEQ ID NO:49~59、262或263(重链CDR3)或者 SEQ ID 勵:26~37、249、258 或 259(重链0?2)或者 SEQ ID NO: 10 ~20、248、256 或257(重链CDR1)中的一个或更多个,或者SEQ ID NO:148~168、271或273 (轻链CDR3)或者 SEQ ID NO:109 ~128 或 270 (轻链 CDR2)或者 SEQ ID NO:77 ~95 或 250 ~253、267 或268(轻链CDR1)所示的CDR序列之一)或整个可变结构域(SEQ ID NO:177~188、212~223、274 或 275(VH)或 SEQ ID NO:189 ~211、230 ~245、276 或 277 (VL)中的一个或更多个)的具体氨基酸序列。当作为Fab片段测试时,所有这些抗体均以高亲和力与人CD70相结合,并且对人⑶70表现出5X ΙΟΛ-1或更少、通常为0.4 X IOV1至4.8Χ lO^s—1的解离速率。
[0028]本发明还提供了本文所限定的这些抗体的人源化/种系化变体以及亲和变体和包含保守氨基酸替换的变体。特别提供的是与人抗体恒定结构域(特别是人IgGl、IgG2、IgG3或IgG4)融合的、包含骆驼科动物来源之VH和VL结构域或其人种系化变体的嵌合抗体。上文定义的重链可变结构域可用作单结构域抗体或者可包含在常规四链抗体或其他抗原结合蛋白内,例如Fab、Fab’、F(ab’) 2、双特异性Fab’以及Fv片段、双抗体(diabodies)、线性抗体、单链抗体分子、单链可变片段(scFv)和多特异性抗体。
[0029]CD70抗体的一些优选实施方案为包含这样的重链可变结构域的抗体或其抗原结合片段,所述重链可变结构域包含可变重链⑶R3、可变重链⑶R2和可变重链⑶Rl,其中所述可变重链CDR3包含选自以下的 氨基酸序列:
[0030]SEQ ID NO:49,SEQ ID NO:50,SEQ ID NO:5USEQ ID NO:52,SEQ ID NO:53,SEQID NO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:262和SEQ ID NO:263及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换;
[0031]所述可变重链⑶R2任选地包含选自以下的氨基酸序列:SEQ ID NO:306 [X1X2X3X4XXX7XsXaYYADSVKXinI的氨基酸序列,其中
[0032]X1是任意氨基酸,优选为D、T、S或E,
[0033]X2是任意氨基酸,优选为I,
[0034]X3是任意氨基酸,优选为N、S、T或Y,
[0035]X4是任意氨基酸,优选为N、M、S或T,
[0036]X5是任意氨基酸,优选为E、D、Y或H,
[0037]X6是任意氨基酸,优选为G、D、S或N,
[0038]X7是任意氨基酸,优选为G、Y、S、D或M,
[0039]X8是任意氨基酸,优选为T、E、S、N、Y或R,
[0040]X9是任意氨基酸,优选为T、A或R,并且
[0041]Xltl是任意氨基酸,优选为G或S,
[0042]以及 SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:258和SEQ ID NO:259及所示序列中任一个之序列变体的氨基酸序列,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换;以及
[0043]所述可变重链⑶Rl任选地包含选自以下的氨基酸序列:SEQ ID NO:307 1-Χ,YYMNl的氨基酸序列,其中
[0044]X1是任意氨基酸,优选为V、G或Α,
[0045]SEQ ID NO:3081-Χ,XoAMSl 的氨基酸序列,其中
[0046]X1是任意氨基酸,优选为D、T、S、N或G并且
[0047]X2是任意氨基酸,优选为Y、S或P,
[0048]以及 SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO:256和SEQ ID NO:257及所示序列中任一个之序列变体的氨基酸序列,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
[0049]重链可变结构域可包含与可变重链⑶R2序列(HCDR2)中任一个和可变重链⑶Rl序列(HCDRl)中任一个相组合的所列可变重链⑶R3序列(HCDR3)中的任一个。然而,HCDR3和HCDR2和HCDRl的某些组合是尤其优选的,这些是来源于单一常见VH结构域的“天然”组合。这些优选的组合列于表6和表14A中。
[0050]所述抗体或其抗原结合片段可额外地包含轻链可变结构域(VL),其与VH结构域配对以形成抗原结合结构域。优选的轻链可变结构域是包含可变轻链CDR3、可变轻链CDR2和可变轻链⑶Rl的那些,其中所述可变轻链⑶R3包含选自以下的氨基酸序列:SEQ ID NO:148,SEQ ID NO: 149,SEQ ID NO:150、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO: 152、SEQ ID NO: 153,SEQID NO:154,SEQ ID NO: 155,SEQ ID NO: 156,SEQ ID NO: 157、SEQ ID NO: 158,SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:164、SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:166, SEQ ID NO:166, SEQ ID NO:168, SEQ ID NO:271 和 SEQID NO:273及所示序列中任一个之序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换;
[0051 ] 所述可变轻链⑶R2任选地包含选自以下的氨基酸序列:
[0052](a) SEQ ID NO:310 1-Χ,TXoMSl 的氨基酸序列,其中
[0053]X1是任意氨基酸,优选为N或S,
[0054]X2是任意氨基酸,优选为N、S或Α,并且
[0055]X3是任意氨基酸,优选为S、N或Τ,
[0056](b) SEQ ID NO: 311 [YYSdSX1X2X3QX4S]的氨基酸序列,其中
[0057]X1是任意氨基酸,优选为Y、V或L,
[0058]X2是任意氨基酸,优选为K或S,
[0059]X3是任意氨基酸,优选为H或N,并且
[0060]X4是任意氨基酸,优选为G或S
[0061](C)SEQ ID NO:312[X1MX2NEES]的氨基酸序列,其中
[0062]X1是任意氨基酸,优选为V、I或Y,并且
[0063]X2是任意氨基酸,优选为N或T,
[0064](d)SEQ ID NO:313TGDNX1XJLl 的氨基酸序列,其中
[0065]X1是任意氨基酸,优选为Y,并且[0066]X2是任意氨基酸,优选为R或M,
[0067](e) SEQ ID NO =SHtX1DDX2RPS]的氨基酸序列,其中
[0068]X1是任意氨基酸,优选为D或G,并且
[0069]X2是任意氨基酸,优选为S或I,
[0070]以及 SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO:120 和 SEQ ID NO:270 及所示
序列中任一个之序列变体的氨基酸序列,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换;并且
[0071 ]所述可变轻链⑶Rl任选地包含选自以下的氨基酸序列:
[0072](a) SEQ ID NO:315「GIXSGSXJXXXYPXJ 的氨基酸序列,其中
[0073]X1是任意氨基酸,优选为S或T,
[0074]X2是任意氨基酸,优选为V或A,
[0075]X3是任意氨基酸,优选为S或T,
[0076]X4是任意氨基酸,优选为S、T或G,[0077]X5是任意氨基酸,优选为N或H,
[0078]X6是任意氨基酸,优选为G、D或E,
[0079](b)SEQ ID NO:316「TIXSXXXXGXeYDISi 的氨基酸序列,其中
[0080]X1是任意氨基酸,优选为S、N或I,
[0081]X2是任意氨基酸,优选为G或A,
[0082]X3是任意氨基酸,优选为N或D,
[0083]X4是任意氨基酸,优选为N或S,
[0084]X5是任意氨基酸,优选为V或I,
[0085]X6是任意氨基酸,优选为N或S,
[0086](c)SEQ ID NO:317「QGGNIXLYGANl 的氨基酸序列,其中
[0087]X1是任意氨基酸,优选为G或W,
[0088](d)SEQ ID NO:318[RGDX1LX2X3YX4X5N]的氨基酸序列,其中
[0089]X1是任意氨基酸,优选为S或T,
[0090]X2是任意氨基酸,优选为E或R,
[0091]X3是任意氨基酸,优选为R或N,
[0092]X4是任意氨基酸,优选为G或H,
[0093]X5是任意氨基酸,优选为T或A,
[0094](e)SEQ ID NO:319「GXXSGSVTSX,NFPTl 的氨基酸序列,其中
[0095]X1是任意氨基酸,优选为V或L,
[0096]X2是任意氨基酸,优选为K或T,
[0097]X3是任意氨基酸,优选为T或D,
[0098]以及 SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 250, SEQ ID NO:251、SEQID NO:252, SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:267 和 SEQ ID NO:268 及所示序列中任
一个之序列变体的氨基酸序列,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨
基酸替换。
[0099]轻链可变结构域可包含与所列可变轻链CDR2序列(LCDR2)中任一个和可变轻链⑶Rl序列(IXDRl)中任一个相组合的所列可变轻链⑶R3序列(IXDR3)中的任一个。然而,IXDR3和IXDR2和IXDRl的某些组合是尤其优选的,这些是来源于单一常见VL结构域的“天然”组合。这些优选的组合列于表7和表15A中。
[0100]包含与VL结构域配对以形成⑶70抗原之结合位点的VII结构域的任意给定⑶70抗体或其抗原结合片段将包括以下6个⑶R的组合:可变重链⑶R3 (HCDR3)、可变重链⑶R2 (HCDR2)、可变重链⑶Rl (HCDRl)、可变轻链⑶R3 (IXDR3)、可变轻链⑶R2 (IXDR2)和可变轻链⑶Rl (IXDRl)。尽管选自上述所列⑶R序列组的6个⑶R的所有组合均为可允许的并且在本发明的范围内,但是6个CDR的某些组合是尤其优选的;这些是表现出与人CD70高亲和力结合的单一 Fab中的“天然”组合。 [0101]6个⑶R的一些优选组合包括但不限于,选自以下的可变重链⑶R3(HCDR3)、可变重链⑶R2 (HCDR2)、可变重链⑶Rl (HCDRl)、可变轻链⑶R3 (IXDR3)、可变轻链⑶R2 (IXDR2)和可变轻链⑶Rl (IXDRl)的组合:
[0102](i)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11 的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 160 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:119 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:250 的 LCDRl ;
[0103](ii)包含 SEQ ID NO:49 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:26 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
10的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:148 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 109 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:77 的 LCDRl ;
[0104](iii)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
11的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 149 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:78 的 LCDRl ;
[0105](iv)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:28 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11 的 HCDR1、包含 SEQ ID NO:150 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:111 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:79 的 LCDRl ;
[0106](V)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:28 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
11的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 151 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:80 的 LCDRl ;
[0107](vi)包含 SEQ ID NO:51 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:29 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
12的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:152 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:80 的 LCDRl ;
[0108](vii)包含 SEQ ID NO:52 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:30 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
13的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 153 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:112 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:81 的 LCDRl ;
[0109](viii)包含 SEQ ID NO:53 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:31 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO: 14 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 154 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:113 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:82 的 LCDRl ;
[0110](ix)包含 SEQ ID NO:54 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:32 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
15的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:155 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:114 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:83 的 LCDRl ;[0111](X)包含 SEQ ID NO:55 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:33 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
16的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 156 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:115 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:84 的 LCDRl ;
[0112](xi)包含 SEQ ID NO:56 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:34 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
17的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:157 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:116 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:85 的 LCDRl ;
[0113](xii)包含 SEQ ID NO:57 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:35 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
18的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 158 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:117 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:84 的 LCDRl ;
[0114](xiii)包含 SEQ ID NO:58 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:36 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO: 19 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 159 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:118 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:86 的 LCDRl ;
[0115](xiv)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:161 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:120 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:88 的 LCDRl ;
[0116](XV)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11 的 HCDR1、包含 SEQ ID NO:162 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:121 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:89 的 LCDRl ;
[0117](xvi)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
11的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 163 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 122 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:90 的 LCDRl ;
[0118](xvii)包含 SEQ ID NO:51 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:29 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO: 12 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 164 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 123 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:91 的 LCDRl ;
[0119](xviii)包含 SEQ ID NO:51 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:29 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO: 12 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 164 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 124 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:91 的 LCDRl ;
[0120](xix)包含 SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:
12的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 165 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 125 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:92 的 LCDRl ;
[0121](XX)包含 SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:20 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:165 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 126 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:93 的 LCDRl ;
[0122](xxi)包含 SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:20 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:166 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 127 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:92 的 LCDRl ;
[0123](xxii)包含 SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO:20 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:1 67 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:128 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:94 的 LCDRl ;[0124](xxiii)包含 SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO:20 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 168 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:95 的 LCDRl ;
[0125](xxiv)包含 SEQ ID NO:262 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:258 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO:256 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:271 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:267 的 LCDRl:
[0126](XXV)包含 SEQ ID NO:263 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:259 的 HCDR2、包含 SEQ IDNO:257 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:273 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:270 的 LCDR2 和包含 SEQID NO:268 的 LCDRl。
[0127]表现出与人CD70高亲和力结合的其他优选CD70抗体包括分离的抗体或其抗原结合片段,其包含具有选自以下之氨基酸序列的重链可变结构域:SEQ ID NO:177, SEQ IDNO:178, SEQ ID NO:179、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:181、SEQ ID NO:182、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:184、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:186、SEQ ID NO:187、SEQ ID NO:188、SEQ ID NO:212,SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ IDNO:217, SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:220、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:224、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:226、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:228, SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:274 和 SEQ ID NO:275 的氨基酸序列以及与所示序列之一表现出至少90^^95^^97^^98%或99%序列同一性的氨基酸序列;以及任选地包含具有选自以下之氨基酸序列的轻链可变结构域:SEQ ID NO:189,SEQ ID NO:190,SEQ ID NO:19USEQ ID NO: 192,SEQ ID NO:193、SEQ ID NO: 194,SEQ ID NO:195、SEQ IDNO:196, SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:198、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:202、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:204, SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:207,SEQ ID NO:208、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211、SEQ IDNO:223, SEQ ID NO:230、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:240,SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:242、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:244、SEQ IDNO:245, SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:276 和 SEQ ID NO:277的氨基酸序列以及与所示序列之一表现出至少90 %、95 %、97 %、98 %或99 %序列同一性的氨基酸序列。
[0128]尽管选自上文所列VH和VL结构域序列组之VH结构域和VL结构域的所有可能配对均是可允许的并且在本发明的范围内,但是某些VH和VL的组合是尤其优选的;这些是表现出与人⑶70高亲和力结合的单一 Fab内的“天然”组合。因此,表现出高亲和力⑶70结合的一些优选⑶70抗体或其抗原结合片段是包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)之组合的那些,其中所述组合选自:
[0129](i)包含SEQ ID NO:223之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:241之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0130](ii)包含SEQ ID NO:177之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:189之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0131](iii)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:190之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0132](iv)包含SEQ ID NO:179之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:191之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0133](V)包含SEQ ID NO:179之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:192之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0134](vi)包含SEQ ID NO:180之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:193之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0135](vii)包含SEQ ID NO:181之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:194之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0136](viii)包含SEQ ID NO:182之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:195之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0137](ix)包含SEQ ID NO:183之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:196之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0138](X)包含SEQ ID NO:184之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:197之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0139](xi)包含SEQ ID NO:185之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:198之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0140](xii)包含SEQ ID NO:186之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:199之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0141](xiii)包含SEQ ID NO:187之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:200之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0142](xiv)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:201之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0143](XV)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:202之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0144](xvi)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:203之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0145](xvii)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:204之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0146](xviii)包含SEQ ID NO:180之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:205之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0147](xix)包含SEQ ID NO:180之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:206之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0148](XX)包含SEQ ID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:207之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0149](xxi)包含SEQ ID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:208之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0150] (xxii)包含SEQ ID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:209之氨基酸序列的轻链可变结构域;[0151](xxiii)包含SEQ ID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:210之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0152](xxiv)包含SEQ ID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:211之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0153](XXV)包含SEQ ID NO:274之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:276之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0154](xxvi)包含SEQ ID NO:275之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:277之氨基酸序列的轻链可变结构域。
[0155]上文所列每种特定VH/VL组合,将具有与所示VH结构域序列有至少90%、92%、95^^97%或99%同一性之氨基酸序列的VH结构域与具有与所示VL结构域序列有至少90%、92%、95%、97%或99%同一性之氨基酸序列的VL结构域相组合也是可允许的并且在本发明的范围内。
[0156]在前述段落中和本文中别处,基于与所示参照序列(具有给定SEQ ID NO)的序列同一性%限定了抗体/抗原结合片段的结构。在这种情况中,两条氨基酸序列之间的序列同一性%可通过比较以最佳方式比对的这两条序列来确定,其中待比较的氨基酸序列可包含相对于参照序列的添加或缺失以进行这两条序列之间的最佳比对。通过以下来计算同一性百分比:确定两条序列之间氨基酸残基相同的一致位置的数目,用该一致位置的数目除以比较窗口中的位置的总数目,并将所得结果乘以100以得到这两条序列之间的同一性百分比。通常,比较窗口对应于正被比较序列的全长。例如,可以使用可得自站点http://www.ncb1.nlm.n·ih.gov/gorf/bl2.html 的 BLAST 程序 “BLAST-2 序列” (Tatusova等, "Blast2sequences_a new tool for comparing protein and nucleotidesequences",FEMS Microbiol Lett.174:247-250),所使用的参数为默认给出的那些(特别是参数“开放缺口罚分”:5,和“延伸缺口罚分”:2;所选择的矩阵为例如由程序所提出的矩阵“BL0SUM62” ),通过该程序直接计算待比较的两条序列之间的同一性百分比。
[0157]表现出特别有利的特性(包括与人CD70以极高亲和力结合)组合的本文中提供的最优选CD70抗体是基于以下的抗原结合部分的那些:在所附实施例中表示为27B3的大羊驼来源的Fab以及27B3的人种系化变体(包括在所附实施例中鉴定的种系化变体)。27B3及其种系化变体(特别是基于变体41D12之⑶R或完整可变结构域的变体)表现出极其有利的特性组合,总结如下:与重组人⑶70以高亲和力结合,与细胞表面⑶70的强结合(尤其是与癌细胞系(特别是以“低拷贝数”表达CD70的细胞系)上所表达CD70结合)和与从患者样品(CLL)中分离的癌细胞强结合、对CD70/CD27相互作用的强效阻断,强效的效应子功能-特别是当与人IgGl恒定区作为嵌合体表达时和尤其是当作为非岩藻糖基化IgGl表达时,与恒河猴和食蟹猴的CD70同源物有交叉反应性(使得能够在灵长类物种中进行毒理学研究),结合天然(即细胞表面)和热变性两种CD70,在某些癌细胞系上的部分或低水平内化。所有这些特征相组合使得41D12 (以及甚至其他27B3变体和表现出类似特性的本文中描述的其他CD70抗体)成为在治疗CD70相关疾病(尤其是表达CD70的癌症和免疫性病症)中用于治疗用途的优秀候选物。
[0158]27B3及其变体的特征为存在如SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)所示的重链可变CDR3序列。[0159]因此,CD70抗体或其抗原结合片段的一些优选实施方案是包含重链可变结构域的那些,其中所述可变重链CDR3包含SEQ ID NO:50或其序列变体的氨基酸序列或者由所述序列组成,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
[0160]一些更优选的实施方案是这样的抗体或其抗原结合片段,其包含与27B3或27B3之人种系化变体相同的重链CDR组合。因此,所述抗体或其抗原结合片段可包含重链可变结构域,其中
[0161]可变重链⑶R3包含SEQ ID NO:50或其序列变体的氨基酸序列或者由所述序列组成;
[0162]可变重链CDR2包含选自SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:249和其序列变体的氨基酸序列或由所述序列组成;以及
[0163]可变重链CDRl包含选自SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:248和其序列变体的氨基酸序列或由所述序列组成,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0164]来自⑶R序列所示组内的HCDR3、HCDR2和HCDRl的任意组合是可允许的并且在本发明的范围内,然而某些组合是尤其优选的。因此,在一些优选的实施方案中,所述抗原或其抗原结合片段可包含重链可变结构域,其中HCDR3、HCDR2和HCDRl的组合选自以下:
[0165](a)可变重链CDR3包含SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0166]可变重链CDR2包含SEQ ID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体或者由所述序列组成;和
[0167]可变重链⑶Rl包含SEQ ID NO =Il(VYYMN)或其序列变体或者由所述序列组成,
[0168]其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0169](b)可变重链CDR3包含SEQ ID NO:50 (RDAGYSNHVPIFDS)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0170]可变重链CDR2包含SEQ ID NO:249 (DINNEGGATYYADSVKG)或其序列变体或者由所述序列组成;和
[0171]可变重链⑶Rl包含SEQ ID NO =Il(VYYMN)或其序列变体或者由所述序列组成,
[0172]其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0173](c)可变重链CDR3包含SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0174]可变重链CDR2包含SEQ ID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体或者由所述序列组成;和
[0175]可变重链⑶Rl包含SEQ ID NO:248 (GYYMN)或其序列变体或者由所述序列组成,
[0176]其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0177]在一些优选的实施方案中,所述抗体或其抗原结合片段还包含与重链可变结构域配对的轻链可变结构域(VL)。在一些优选的轻链可变结构域中,可变轻链⑶R3包含SEQ IDNO:160或其序列变体或者由所述序列组成;
[0178]可变轻链CDR2包含选自SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:110和所示序列之序列变体的氨基酸序列或由所述序列组成;以及
[0179]可变轻链CDRl 包含选自 SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:250,SEQ ID NO:25USEQ IDNO:252, SEQ ID NO:253和所示序列之序列变体的氨基酸序列或由所述序列组成,以及
[0180]其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0181]来自轻链⑶R序列所示组内的IXDR3、IXDR2和IXDRl的任意组合是可允许的并且在本发明的范围内,然而某些组合是尤其优选的。因此,在一些优选的实施方案中,所述抗原或其抗原结合片段可包含轻链可变结构域,其中IXDR3、IXDR2和IXDRl的组合选自以下:
[0182](a)可变轻链CDR3包含SEQ ID NO:160 (ALFISNPSVE)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0183]可变轻链CDR2包含SEQ ID NO:119 (NTNTRHS)或其序列变体或者由所述序列组成;和
[0184]可变轻链CDRl包含SEQ ID NO:250 (GLKSGSVTSDNFPT)或其序列变体或者由所述序列组成,
[0185]其中所述序 列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0186](b)可变轻链CDR3包含SEQ ID NO:160 (ALFISNPSVE)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0187]可变轻链CDR2包含SEQ ID NO:119 (NTNTRHS)或其序列变体或者由所述序列组成;和
[0188]可变轻链CDRl包含SEQ ID NO:87 (GLKSGSVTSTNFPT)或其序列变体或者由所述序列组成,
[0189]其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0190]对于27B3的人“种系化”变体的另一些优选轻链⑶R组合示于表15A中。
[0191]⑶70抗体或其抗原结合片段的一个最优选实施方案包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),其中形成人⑶70之结合位点的6个⑶R的组合如下:
[0192]可变重链CDR3包含SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0193]所述可变重链CDR2包含SEQ ID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0194]可变重链⑶Rl包含SEQ ID NO: 11 (VYYMN)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0195]可变轻链CDR3包含SEQ ID NO: 160 (ALFISNPSVE)或其序列变体或者由所述序列组成;
[0196]可变轻链CDR2包含SEQ ID NO:119 (NTNTRHS)或其序列变体或者由所述序列组成;和[0197]可变轻链CDRl包含SEQ ID NO:250 (GLKSGSVTSDNFPT)或其序列变体或者由所述序列组成,
[0198]其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换(例如,保守替换、人源化替换或亲和变体)。
[0199]6个⑶R的另一些优选组合是在表14A (重链)和15A (轻链)中所列27B3的人种系化变体中出现的那些“天然”组合。
[0200]在基于27B3及其种系化变体的一些前述优选实施方案中,所述抗体优选地包含人抗体(尤其是人IgGl、IgG2、IgG3或IgG4)的CHl结构域、铰链区、CH2结构域和CH3结构域。一个最优选的实施方案是人IgGl。还优选的是对人IgGl进行改造以最大化在抗体依赖性细胞毒性(ADCC)、补体依赖性细胞毒性(CDC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)的一个或更多个中的效应子功能。特别优选地是非岩藻糖基化的人IgGl,例如使用BioWa Inc的Potelligent?技术生产的非岩藻糖基化IgGl。
[0201]基于表示为27B3的Fab和27B3的人种系化变体,表现出与人⑶70的高亲和力结合的另一些优选CD70抗体包括分离的抗体或其抗原结合片段,其包含具有选自以下之氨基酸序列的重链可变结构域:SEQ ID NO:178, SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:220,SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:224、SEQ IDNO:225,SEQ ID NO:226、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:228、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:274和SEQ ID NO:275的氨基酸序列以及与所示序列之一表现出至少90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列;以及任选地包含具有选自以下的氨基酸序列的轻链可变结构域:SEQ ID NO:20U SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:23USEQ ID NO:232, SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234,SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:238、SEQ IDNO:239,SEQ ID NO:240、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:242、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:244、SEQ ID NO: 245、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:276 和 SEQID NO:277的氨基酸序列以及与所示序列之一表现出至少90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列。
[0202]尽管选自上文所列VH和VL结构域序列组之VH结构域和VL结构域的所有可能配对是可允许的并且在本发明的范围内,但是某些VH和VL的组合是特别优选的;这些是在表现出与人⑶70之高亲和力结合的单一 Fab中的“天然”组合。在表14B和15B中所示的27B3种系化变体的情况中,可优选保留原始的VH / VL配对。因此,表现出高亲和力⑶70结合的一些优选CD70抗体或其抗原结合片段是包含重链可变结构域和轻链可变结构域之组合的那些,其中所述组合选自:
[0203](i)包含SEQ ID NO:223之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:241之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0204](ii)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:190之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0205](iii)包含SEQ ID NO:212之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:230之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0206](iv)包含SEQ ID NO:213之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:231之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0207](V)包含SEQ ID NO:214之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:232之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0208](vi)包含SEQ ID NO:215之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:235之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0209](vii)包含SEQ ID NO:216之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:234之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0210](viii)包含SEQ ID NO:217之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:235之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0211](ix)包含SEQ ID NO:218之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:236之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0212](X)包含SEQ ID NO:219之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:237之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0213](xi)包含SEQ ID NO:220之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:238之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0214](xii)包含SEQ ID NO:221之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:239之氨基酸序列的轻链可变结构域;`
[0215](xiii)包含SEQ ID NO:222之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:240之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0216](xiv)包含SEQ ID NO:224之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:242之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0217](XV)包含SEQ ID NO:225之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:243之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0218](xvi)包含SEQ ID NO:226之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:244之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0219](xvii)包含SEQ ID NO:227之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:245之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0220](xviii)包含SEQ ID NO:228之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:246之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0221](xix)包含SEQ ID NO:229之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:247之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0222](XX)包含SEQ ID NO:223之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:244之氨基酸序列的轻链可变结构域;
[0223](xxi)包含SEQ ID NO:223之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:245之氨基酸序列的轻链可变结构域。
[0224]对于上文所列每个特定VH / VL组合,将具有与所示VH结构域序列有至少90%、92 %、95 %、97 %或99 %同一性之氨基酸序列的VH结构域与具有与所示VL结构域序列有至少90^^92^^95^^97%或99%同一性之氨基酸序列的VL结构域相组合也是可允许的并且在本发明的范围内。[0225]一个最优选的实施方案为基于表示为41D12之人种系化变体的天然VH / VL组合的CD70抗体或其抗原结合片段。因此,本文中还提供了包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)的抗体或其抗原结合片段,所述重链可变结构域(VH)包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:223所示的氨基酸序列、其种系化变体和亲和变体以及与所述序列有至少90^^95^^97^^98%或99%同一性的氨基酸序列;所述轻链可变结构域(VL)包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:241所示的氨基酸序列、其种系化变体和亲和变体以及与所述序列有至少90 %、95 %、97 %、98 %或99 %同一性的氨基酸序列。
[0226]其中VH结构域的氨基酸序列与SEQ ID NO:223所示序列表现出低于100%序列同一性的实施方案仍可包含这样的重链⑶R,其与SEQ ID NO:223的HCDR1、HCDR2和HCDR3(分别为SEQ ID NO:11、27和50)相同同时在框架区内表现出氨基酸序列变化。同样地,其中VL结构域的氨基酸序列与SEQ ID NO:241所示序列表现出低于100%序列同一性的实施方案仍可包含这样的重链⑶R,其与SEQ ID NO:241的IXDR1、IXDR2和IXDR3 (分别为SEQ ID N0:250、116和160)相同同时在框架区内表现出氨基酸序列变化。
[0227]在基于41D12的VH和VL结构域或其变体的一些前述优选实施方案中,所述抗体优选地包含人抗体(尤其是人IgGl、IgG2、IgG3或IgG4)的CHl结构域、铰链区、CH2结构域和CH3结构域。一个最优选的实施方案是人IgGl。还优选的是对人IgGl进行改造以最大化在ADCC、CDC或ADCP之一个或更多个中的效应子功能。特别优选地是去岩藻糖基化的人IgGl,优选地使用Potelligent?表达系统制备。
[0228]另一个有利的实施方案为包含以下重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)的抗体或其抗原结合片段,所述重链可变结构域(VH)包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:225所示的氨基酸序列、其种系化变体和亲和变体以及与所述序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列;所述轻链可变结构域(VL)包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:243所示的氨基酸序列、其种系化变体和亲和变体以及与所述序列有至少90 %、95 %、97 %、98 %或99 %同一性的氨基酸序列。
[0229]另一个有利的实施方案为包含以下重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)的抗体或其抗原结合片段,所述重链可变结构域(VH)包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:226所示的氨基酸序列、其种系化变体和亲和变体以及与所述序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列;所述轻链可变结构域(VL)包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:244所示的氨基酸序列、其种系化变体和亲和变体以及与所所述序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列。
[0230]CD70抗体的特点/特性
[0231]在前述方面和实施方案中,所述CD70抗体或其抗原结合片段各自可表现出下述特性或特点中的一个或更个多或者任意组合:
[0232]所述抗体或抗原结合片段可以以高亲和力与人CD70相结合,当作为Fab片段测试时,对人⑶70表现出7X ΙΟ?或更少、优选5Χ ΙΟ?或更少、以及通常0.4Χ ΙΟΛ1至4.8X10^4s^的解离速率。
[0233]所述抗体或抗原结合片段可以以高亲和力与人⑶70相结合并且抑制⑶70与⑶27之间的相互作用。或者,所述抗体或抗原结合片段可与人CD70相结合但不抑制CD70与CD27之间的相互作用。
[0234]所述抗体或抗原结合片段可以以高亲和力与表达CD70之细胞表面上的人CD70相
[0235]所述抗体或抗原结合片段可以与表达⑶70之细胞表面上的人⑶70相结合并且缓慢地或仅部分地被内化。本发明的一个关键方面是这样的观察,CD70抗体事实上在大量表达CD70的细胞系(包括许多表达CD70的癌细胞系)上内化很少。该观察与之前发表的报道(⑶70抗体在与肾细胞癌细胞系相结合后快速内化(参见Adam等,British JournalofCancer (2006) 95:298-306 ;和W02007 / 038637))直接相反并且对抗体的治疗用途具有直接启示。CD70抗体在与癌细胞相结合后内化很少这一观察结果强烈支持这样的结论:用于治疗许多表达CD70之癌症和与CD70有关的免疫性疾病的治疗方案应基于与CD70的极其高亲和力结合,以及抗体效应子功能(尤其是ADCC、CDC或ADCP中的任意一个或更多个)偶联,而不是基于使用免疫缀合物,其中CD70抗体与治疗剂(例如细胞毒性或细胞抑制药物部分)相连接。
[0236]所述抗体或抗原结合片段可与人CD70中的氨基酸序列HIQVTLAICSS (SEQ ID NO:342)结合;
[0237]所述抗体或抗原结合片段可与猴来源的⑶70(尤其是恒河猴(Macaca mulatta)和食蟹猴(Macaca cynomolgus)的⑶70同源物)表现出交叉反应性。
[0238]所述抗体或抗原结合片段可与天然人CD70 (例如在细胞(例如细胞系或从人患者中分离的表达⑶70的细胞)的表面上表达的CD70)和热变性重组人⑶70 二者相结合。
[0239]与治疗性抗体产物的I~2g / L历史平均数相比,所述抗体或抗原结合片段可在重组抗体表达系统(例如CHKl·SV细胞系(由BioWa / Lonza所有))中提供非常高的产量(>4g / L),使得显著降低了生产成本。
[0240]所述抗体或抗原结合片段在37°C贮存条件和冻融循环中可以是高度稳定的,这也是降低成本的主要因素。
[0241]所述抗体可表现出选自以下的一个或更多个效应子功能:针对细胞表面上表达人CD70之细胞的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、补体依赖性细胞毒性(CDC)和抗体依赖性细胞介导的吞噬作用(ADCP)。
[0242]所述抗体可表现出针对表达CD70的细胞(例如癌细胞或其他恶性细胞或者免疫细胞)的ADCC0
[0243]与参照抗体相比,所述抗体可表现出增强的ADCC功能,所述参照抗体是包含天然人Fe结构域的等价抗体。在一个非限制性实施方案中,与包含天然人Fe结构域的参照抗体相比,ADCC功能可至少增强10倍。此处的“等价”可意为具有增强的ADCC功能的抗体显示出与参照抗体基本一致的抗原结合特异性和/或共有一致的氨基酸序列,为了增强ADCC而进行(相对于天然人Fe)的任何修饰除外。
[0244]在没有与细胞毒剂或细胞抑制剂缀合的情况下,所述抗体或抗原结合片段可在体内肿瘤异种移植模型中抑制肿瘤生长。在一个非限制性实施方案中,与参照抗体SGN70相t匕,肿瘤生长功能的抑制可增强至少10倍。
[0245]所述抗体或抗原结合片段可诱导表达⑶70之细胞的细胞凋亡。
[0246]所述抗体可包含人IgG(最优选人IgGl、IgG2、IgG3或IgG4)的铰链区、CH2结构域和CH3结构域。
[0247]所述抗体可包含Fe区中的修饰(例如在本文中别处所解释的增强抗体效应子功能的修饰)。尤其是,抗体可以是非岩藻糖基化的IgG。
[0248]在又一些方面中,本发明还提供了编码上文所列CD70抗体及其抗原结合片段的多核苷酸分子,以及包含所述多核苷酸的表达载体、包含所述载体的宿主细胞和重组表达/产生所述⑶70抗体的方法。
[0249]在还一个方面中,本发明提供了包含任一上述⑶70抗体和可药用载体或赋形剂的药物组合物。
[0250]本发明的还一个方面涉及使用上文所列CD70抗体进行医学治疗的方法,尤其是
治疗癌症。
【专利附图】

【附图说明】[0251]参照下述实验实施例和附图将进一步理解本发明,附图中:
[0252]图1:示出了对于经786-0细胞(顶图)和经Raji细胞(底图)免疫的大羊驼在ELISA中针对重组⑶70测试的免疫应答。
[0253]图2:说明了通过ELISA测量的大羊驼来源之⑶70Fab和参照⑶70Fab的⑶27与⑶70结合的抑制。
[0254]图3:是在结合Elisa(黑色)中或在抑制Elisa(白色)中所测试大羊驼来源之Fab的信号的图示。
[0255]图4:说明了通过ELISA测量的嵌合大羊驼-人⑶70mAb和参照⑶70mAb对⑶27与人⑶70 (A&B)或恒河猴⑶70 (C)结合的抑制。
[0256]图5:示出了通过FACS分析表明的嵌合大羊驼_人⑶70mAb与786-0细胞(A)或MHH-PREB-1细胞(B)的结合。
[0257]图6:示出了在基于Raji细胞的共培养效力测定(Raji cell based co-culturepotency assay)中通过⑶70特异性嵌合大羊5它-人mAb的抑制。
[0258]图7:示出了在786-0细胞中标准Cr51释放ADCC测定的结果。
[0259]图8:示出了在9%人血清的存在下在U266细胞中的⑶C测定的结果。
[0260]图9:表明了在786-0细胞中在ADCP测定中嵌合大羊驼-人⑶70mAb的效力。
[0261]图10:说明了在两个独立实验中,在786-0细胞中对于不同嵌合大羊驼-人⑶70mAb而言的以MFI外(MFI OUT)评估的作为时间之函数的抗体内化。
[0262]图11:表明了在用嵌合大羊驼-人⑶70mAb41D12、同种型对照和Fc_dead对照处理后在Raji异种移植模型中的小鼠存活率。
[0263]图12:描述了克隆27B3之VH和VL氨基酸序列分别与人种系基因区段VH3-38和VL8-61之氨基酸序列的比对。
[0264]图13:示出了种系化27B3mAb变体在37°C下孵育5周后获得的样品的凝胶过滤分析。
[0265]图14:示出了使用Biacore测量的在多个温度下孵育后在多个时间点获得的种系化⑶70mAb样品的⑶70结合效力。
[0266]图15:示出了⑶70mAb对表达⑶70之癌细胞系的结合亲和力。[0267]图16:示出了⑶70mAb对表达⑶70之CLL患者细胞的亲和力。
[0268]图17:示出了 CD70mAb结合之SU-DHL-6细胞的裂解。
[0269]图18:示出了通过ELISA测量的⑶70mAb对⑶27与⑶70结合的抑制。
[0270]图19:示出了来自不同物种之⑶70序列的比对。
[0271]图20:示出了 CD70mAb对人U266细胞、恒河猴LCL8864细胞和食蟹猴HSC-F细胞的结合亲和力。
[0272]图21:示出了通过ELISA测量的⑶70mAb对⑶27与人、恒河猴和食蟹猴之⑶70结合的抑制。
[0273]图22:示出了通过ELISA评估的⑶70mAb与变性重组⑶70的结合。
[0274]图23:不出了用于表位作图的⑶70嵌合序列。
[0275]图24:说明了在786-0细胞中作为时间之函数的⑶70mAb的抗体内化。
[0276]定义
[0277]“抗体”或“免疫球蛋白”一本文中使用的术语“免疫球蛋白”包括具有两条重链与两条轻链之组合的多肽,无论其是否具有任何相关特异性免疫反应性。“抗体”指对目的抗原(例如,人⑶70)具有显著已知特异性免疫反应活性的这种组装体(assembly)。本文所使用的术语“CD70抗体”指对人CD70蛋白表现出免疫特异性的抗体。如在本文中其它地方所解释的,对人CD70的“特异性”不排除与CD70的物种同源物的交叉反应。抗体和免疫球蛋白包含轻链和重链,它们之间有或没`有链间共价连接。对脊椎动物系统中的基本免疫球蛋白结构已有相对深入地认识。
[0278]通用术语“免疫球蛋白”包括可在生物化学上区分的5类不同抗体。所有5类抗体均在本发明的范围内,下述讨论将一般地涉及IgG类的免疫球蛋白分子。就IgG而言,免疫球蛋白包含分子量为约23,000道尔顿的两条相同的轻多肽链和分子量为53,000~70,000的两条相同的重链。四条链通过二硫键以“Y”构型连接,其中轻链在“Y”的口处开始支托(bracket)重链,并且延续通过可变区。
[0279]抗体的轻链分为K或λ (Κ、λ)。各重链类别可与K或λ轻链相连。一般而言,轻链和重链彼此共价连接,并且当通过杂交瘤、B细胞或遗传改造的宿主细胞产生免疫球蛋白时,两条重链的“尾”部分彼此通过共价二硫键连接或非共价连接结合。在重链中,氨基酸序列从Y构型叉状端的N末端到各链底部的C末端。本领域技术人员将理解重链分为Y、μ、α、δ、ε ,其中有一些亚类型(例如,Y I~Y 4)。该链的特性决定抗体的“类型”分别为IgG、IgM、IgA、IgD或IgE0免疫球蛋白亚类(同种型(isotype))例如IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgAl等是良好表征的,并且已知其赋予功能特化。根据本公开内容,这些类型和同种型中每一种的经修饰形式对于本领域技术人员而言易于辨别,并且因此在本发明的范围内。
[0280]如上所述,抗体的可变区允许抗体选择性地识别并特异性地结合抗原上的表位。即,抗体的VL结构域与VH结构域组合以形成限定三维抗原结合位点的可变区。该四级抗体结构形成存在于Y各臂末端的抗原结合位点。更特别地,抗原结合位点由各VH和VL链上的三个互补决定区(⑶幻来限定。
[0281]“⑶70蛋白”或“⑶70抗原”本文中使用的术语“⑶70蛋白”或“⑶70抗原”或“⑶70”可互换使用,并且指为TNFRSF27 /⑶27之配体的TNF配体家族的成员。术语“人⑶70蛋白”或“人⑶70抗原”或“人⑶70”可互换使用以尤其指人的同源物,包括天然地表达于人体中和/或培养的人细胞系表面上的天然人CD70蛋白及其重组形式和片段。人CD70的具体实例包括具有NCBI参照序列登录号NP_001243所示氨基酸序列的多肽或其胞外结构域。
[0282]“结合位点”一本文中使用的术语“结合位点”包含负责选择性地结合目的靶抗原(例如,人⑶70)的多肽区。结合结构域包含至少一个结合位点。示例性结合结构域包括抗体可变结构域。本发明的抗体分子可包含单一结合位点或多(例如,二、三或四)结合位点。
[0283]“来源于(derived from)”一本文中使用的术语“来源于”指定蛋白质(例如,CD70抗体或其抗原结合片段)表示多肽的来源。在一个实施方案中,来源于特定起始多肽的多肽或氨基酸序列是CDR序列或与其相关的序列。在一个实施方案中,来源于特定起始多肽的氨基酸序列是不连续的。例如,在一个实施方案中,一个、两个、三个、四个、五个或六个CDR来自起始抗体。在一个实施方案中,来源于特定起始多肽或氨基酸序列的多肽或氨基酸序列具有与起始序列基本一致的氨基酸序列或者其部分,其中所述部分由至少3至5个氨基酸、5至10个氨基酸、至少10至20个氨基酸、至少20至30个氨基酸或至少30至50个氨基酸组成,或者其对于本领域普通技术人员而言可以另外的方式鉴定为在起始序列中具有其来源。在一个实施方案中,改变来自起始抗体的一个或更多个CDR序列以产生变体CDR序列,例如亲和变体,其中所述变体CDR序列保持CD70结合活性。
[0284]“骆驼科动物来源(Camelid-derived)”在某些优选实施方案中,本发明的CD70抗体分子包含通过用CD70抗原主动免疫骆驼科动物而产生的来自骆驼科动物常规抗体的框架氨基酸序列和/或CDR氨基酸序列。但是,可以将包含骆驼科动物来源之氨基酸序列的CD70抗体改造为包含来源于人氨基酸序列(即人抗体)或其它非骆驼科哺乳动物物种的框架和/或恒定区序列。例如,可以将人或非人灵长动物框架区、重链部分和/或铰链部分包含于本发明的CD70抗体中。在一个实施方案中,一个或更多个非骆§它科动物氨基酸可存在于“骆驼科动物来源” CD70抗体的框架区,例如,骆驼科动物框架氨基酸序列可包含一个或更多个氨基酸突变,其中存在相应的人或非人灵长动物氨基酸残基。此外,骆驼科动物来源的VH和VL结构域或其人源化变体可与人抗体的恒定结构域连接以产生嵌合分子,如在本文中其它地方详细描述的。
[0285]“保守氨基酸替换”一 “保守氨基酸替换”是其中氨基酸残基被具有类似侧链的氨基酸残基所替代的替换。已在本领域中限定了具有类似侧链的氨基酸残基家族,包括碱性侧链(例如,赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如,天冬氨酸、谷氨酸)、不带电极性侧链(例如,甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)、非极性侧链(例如,丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)、β -支链化(beta-branched)侧链(例如,苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)和芳香侧链(例如,酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。因此,免疫球蛋白多肽中的非必需氨基酸残基可以被来自相同侧链家族的另一氨基酸残基替代。在另一实施方案中,一串氨基酸可以被结构上类似但是顺序和/或侧链家族成员组成不同的一串所替代。
[0286]“重链部分”一本文中使用的术语“重链部分”包含来源于免疫球蛋白重链之恒定结构域的氨基酸序列。含有重链部分的多肽包含以下中的至少一种=CHl结构域、铰链(例如,上、中和/或下铰链区)结构域、CH2结构域、CH3结构域或其变体或片段。在一个实施方案中,本发明的抗体或抗原结合片段可包含免疫球蛋白重链的Fe部分(例如,铰链部分、CH2结构域和CH3结构域)。在另一个实施方案中,本发明的抗体或抗原结合片段可缺乏恒定结构域的至少一部分(例如,CH2结构域的全部或一部分)。在某些实施方案中,恒定结构域的至少之一并且优选全部来源于人免疫球蛋白重链。例如,在一个优选实施方案中,重链部分包含完全人铰链结构域。在另一些优选的实施方案中,重链部分包含完全人Fe部分(例如,来自人免疫球蛋白的铰链、CH2和CH3结构域序列)。
[0287]在某些实施方案中,构成重链部分的恒定结构域来自不同免疫球蛋白分子。例如,多肽的重链部分可包含来自IgGl分子的CH2结构域和来自IgG3或IgG4分子的铰链区。在另一些实施方案中,恒定结构域是包含不同免疫球蛋白分子的部分的嵌合结构域。例如,铰链可包含来自IgGl分子的第一部分和来自IgG3或IgG4分子的第二部分。如在上文中所给出的,本领域普通技术人员将理解可以修饰重链部分的恒定结构域从而使得他们的氨基酸序列与天然(野生型)免疫球蛋白分子不同。即,本文所公开的本发明多肽可包含一个或更多个重链恒定结构域(CH1、铰链、CH2或CH3)和/或轻链恒定区结构域(CL)的改变或修饰。示例性修饰包括一个或更多个结构域中一个或更多个氨基酸的添加、缺失或替换。
[0288]“嵌合”一“嵌合”蛋白质包含与第二氨基酸序列连接的第一氨基酸序列,第一氨基酸序列与第二氨基酸序列在自然中并非天然地连接。所述氨基酸序列通常可存在于分开的蛋白质中,将它们合并成融合多肽,或者,他们通常可存在于同一蛋白质中但在融合多肽中以新的排布放置。嵌合蛋白质可例如通过化学合成或者通过产生和翻译多核苷酸来产生,所述多核苷酸中肽区以期望的关系编码。示例性嵌合CD70抗体包括融合蛋白,所述融合蛋白包含与人抗体(例如人IgGl、IgG2、IgG3或IgG4)恒定结构域融合的骆驼科动物来源的VH和VL结构域或其人源化变体。
[0289]“可变区”或“可变结构域”一术语“可变区”和“可变结构域”在本文中可互换使用并且旨在具有等同含义。术语“可变”指这样的事实:可变结构域VH和VL的某些部分的序列在抗体之间差异很大,并用于每个特定抗体针对其靶抗原的结合和特异性。然而,可变性在抗体的可变结构域中并非均匀分布。它集中在每个VL结构域和VH结构域中被称为“高变环”的三个区段,其形成抗原结合位点的一部分。νλ轻链结构域中的第一、第二和第三高变环在本文中被称为LI ( λ )、L2 ( λ )和L3 ( λ ),并且可限定为包含VL结构域中的24~33位(LI (λ),由9、10或11个氨基酸残基组成)、49~53位(L2 ( λ ),由3个残基组成)和90 ~96 位(L ( λ ),由 5 个残基组成)残基(Morea 等,Methods20:267-279 (2000))。V κ轻链结构域中的第一、第二和第三高变环在本文中被称为L1(k )、L2(k )和L3(k ),并且可限定为包含VL结构域中的25~33位(L1(k ),由6、7、8、11、12或13个残基组成)、49~53位(L2 ( K),由3个残基组成)和90~97位(L3 ( K),由6个残基组成)残基(Morea等,Methods20 =267-279 (2000)) ο VH结构域中的第一、第二和第三高变环在本文中被称为Hl、H2和H3,并且可限定为包含VH结构域中的25~33位(H1,由7、8或9个残基组成)、52至56位(H2,由3或4个残基组成)和91至105位(H3,长度高度可变)残基(Morea等,Methods20:267-279 (2000))。
[0290]除非另有说明,否则术语L1、L2和L3分别指VL结构域的第一、第二和第三高变环,并且涵盖得自V K和V λ两种同种型的高变环。术语H1、Η2和Η3分别指VH结构域的第一、第二和第三高变环,并且涵盖得自任意已知重链同种型(包括Y、ε、δ、α或μ)的高变环。
[0291]高变环L1、L2、L3、HU Η2和Η3均可包含如下文中所限定的“互补决定区”或“CDR”的一部分。术语“高变环”和“互补决定区”不是严格意义的同义词,因为高变环(HV)是基于结构限定的,而互补决定区(⑶R)是基于序列可变性限定的(Kabat等,Sequencesof Proteins of Immunological Interest,第 5 版.Public Health Service, NationalInstitutes of Health, Bethesda, MD.,1983),并且 HV 和 CDR 的范围在一些 VH 和 VL 结构域中可以不同。 [0292]VL和VH结构域的⑶R通常可限定为包含下列氨基酸:轻链可变结构域中的24~34位(CDRLl)、50~56位(CDRL2)和89~97位(CDRL3)残基,以及重链可变结构域中的 31 ~35 位或 31 ~35b 位(CDRHl)、50 ~65 位(CDRH2)和 95 ~102 位(CDRH3)残基;(Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest,第 5 版.Public HealthService, National Institutes of Health, Bethesda, MD.(1991))。因此,除非另有说明,HV可包含在相应的⑶R中,并且本文中涉及VH和VL结构域的“高变环”时应解释为也涵盖相应的⑶R,反之亦然。
[0293]可变结构域中保守性较高的部分称为框架区(FR),其如下文中所限定。天然重链和轻链的可变结构域各包含四个FR(分别为FRl、FR2、FR3和FR4),主要是采用β -片层构型,它们通过三个高变环相连接。每条链中的高变环通过FR紧密相邻,并与其它链中的高变环一起促成抗体的抗原结合位点的形成。对抗体的结构分析披露了序列与通过互补决定区形成之结合位点的形状之间的关系(Chothia等,J.Mol.Biol.227 =799-817(1992);Tramontano等,J.Mol.Biol, 215:175-182 (1990))。尽管它们具有高度序列可变性,但六个环有五个只米用主链构型的小库(small repertoire),称为“典型结构(canomicalstructure) ”。这些构型首先取决于环的长度,其次取决于环和框架区中某些位点上关键残基的存在(其通过包装、氢键键合或决定不寻常主链构型的能力来确定构型)。
[0294]“⑶R” 一本文中使用的术语“⑶R”或“互补决定区”表示见于重链多肽和轻链多肽二者的可变区中的非连续抗原组合位点。Kabat等,J.Biol.Chem.252,6609-6616(1977)和Kabat等,Sequences of protein of immunological interest.(1991),及Chothia等,J.Mol.Biol.196:901-917 (1987)以及 MacCallum 等,J.Mol.Biol.262:732-745 (1996)描述了这些特定区,其中当与彼此比较时,定义包括氨基酸残基的重叠和子集。给出涵盖以上所引用各参考文献所限定之CDR的氨基酸残基用于比对。优选地,术语“CDR”是根据序列比对由Kabat所限定的CDR。
[0295]表1:CDR 定义
【权利要求】
1.抗体或其抗原结合片段,其与人CD70相结合,所述抗体或抗原结合片段包含至少一个重链可变结构域(VH)和至少一个轻链可变结构域(VL),其中,当作为Fab片段测试时,所述VH和VL结构域对人⑶70表现出小于7 X ΙΟ、—1的解离速率(通过Biacore测量的koff)。
2.根据权利要求1所述的抗体或抗原结合片段,其中,当作为Fab片段测试时,所述VH和VL结构域对人⑶70表现出5 X KT4s-1或更少并且优选0.4 X ΙΟ?至4.8 X KT4s-1的解离速率。
3.根据权利要求2所述的抗体或抗原结合片段,其为包含两个Fab区的抗体,其中,每个Fab区与人⑶70相结合并且当作为Fab片段测试时对人⑶70表现出0.4X ΙΟ、—1至.4.8X10^4s^的解离速率。
4.根据前述权利要求中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其中与人CD70相结合的所述Fab区包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),其中所述VH和VL结构域或者其一个或更多个互补决定区(CDR)来源于骆驼科动物物种。
5.根据权利要求4所述的抗体或抗原结合片段,其中所述VH和VL结构域或者其一个或更多个CDR来源于大羊]!它(Llama glama)。
6.根据前述权利要求中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其与人CD70相结合并且抑制人⑶70与人⑶27之间的相互作用。
7.根据权利要求1至5中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其与人CD70相结合但不抑制人⑶70与人⑶27之间的相互作用。
8.根据前述权利要求中任一项的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含重链可变结构域,所述重链可变结构域包含可变重链⑶R3、可变重链⑶R2和可变重链⑶R1,其中所述可变重链CDR3包含选自以下的氨基酸序列:
SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:5USEQ ID NO:52, SEQ ID NO:53, SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQID NO:262和SEQ ID NO:263及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换; 所述可变重链⑶R2任选地包含选自以下的氨基酸序列:SEQ ID NO: .306 [X1X2X3X4X5X6X7X8X9IyADSVKX10]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为D、T、S或E, X2是任意氨基酸,优选为I, X3是任意氨基酸,优选为N、S、T或Y, X4是任意氨基酸,优选为N、M、S或T, X5是任意氨基酸,优选为E、D、Y或H, X6是任意氨基酸,优选为G、D、S或N, X7是任意氨基酸,优选为G、Y、S、D或M, X8是任意氨基酸,优选为T、E、S、N、Y或R, X9是任意氨基酸,优选为T、A或R,以及 X10是任意氨基酸,优选为G或S,
以及 SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:258和SEQ ID NO:259的氨基酸序列及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换;以及 所述可变重链⑶Rl任选地包含选自以下的氨基酸序列:SEQ ID NO: 307 [X1YYMN]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为V、G或A,
SEQ ID NO:308[X1X2AMS]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为D、T、S、N或G,以及 X2是任意氨基酸,优选为Y、S或P,
以及 SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:256和SEQ ID NO:257的氨基酸序列及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
9.根据权利要求8所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其还包含轻链可变结构域,所述轻链可变结构域包含可变轻链CDR3、可变轻链CDR2和可变轻链CDRl,其中所述可变轻链CDR3包含选自以下的氨基酸序列:
SEQ ID NO:148,SEQ ID NO: 149,SEQ ID NO: 150,SEQ ID NO:15USEQ ID NO:152、SEQID NO:153,SEQ ID NO: 154,SEQ ID NO: 155、SEQ ID NO: 156,SEQ ID NO: 157、SEQ ID NO:.158、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:160、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:162、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:164,SEQ ID NO: 165,SEQ ID NO:166、SEQ ID NO: 166,SEQ ID NO:168、SEQ IDNO:271和SEQ ID NO:273及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换; 所述可变轻链CDR2任选地包含选自以下的氨基酸序列: (a)SEQ ID NO:310 [X1IX2X3EHS]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为N或S, X2是任意氨基酸,优选为N、S或A,以及 X3是任意氨基酸,优选为S、N或T, (b)SEQID NO:311「YYSDSX,XXQX,S1 的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为Y、V或L, X2是任意氨基酸,优选为K或S, X3是任意氨基酸,优选为H或N,以及 X4是任意氨基酸,优选为G或S (c)SEQID NO:312「X肌NRPSl的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为V、I或Y,以及 X2是任意氨基酸,优选为N或T, (d)SEQID NO:313「⑶NX1XJ3Ll的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为Y,以及 X2是任意氨基酸,优选为R或M, (e)SEQID NO:314[X1DDX2EPS]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为D或G,以及 X2是任意氨基酸,优选为S或I,以及 SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:120 和 SEQ ID NO: 270的氨基酸序列及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换;以及 所述可变轻链CDRl任选地包含选自以下的氨基酸序列: (a)SEQ ID NO:315「GIXSGSXJX,XXYPXJ 的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为S或T, X2是任意氨基酸,优选为V或A, X3是任意氨基酸,优选为S或T, X4是任意氨基酸,优选为S、T或G, X5是任意氨基酸,优选为N或H, X6是任意氨基酸,优选为G、D或E, (b)SEQID NO:316[TlX1SX2X3X4X5GX6YDIS]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为S、N或I, X2是任意氨基酸,优选为G或A, X3是任意氨基酸,优选为N或D, X4是任意氨基酸,优选·为N或S, X5是任意氨基酸,优选为V或I, X6是任意氨基酸,优选为N或S, (c)SEQID NO:317「QGGNIXLYGANl 的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为G或W, (d)SEQID NO:318[RGDX1LX2X3YX4X5N]的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为S或T, X2是任意氨基酸,优选为E或R, X3是任意氨基酸,优选为R或N, X4是任意氨基酸,优选为G或H, X5是任意氨基酸,优选为T或A, (e)SEQID NO:319「GX^SGSVTSX,NFPTl 的氨基酸序列,其中 X1是任意氨基酸,优选为V或L, X2是任意氨基酸,优选为K或T, X3是任意氨基酸,优选为T或D,
以及 SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:267 和 SEQ ID NO:268 的氨基酸序列及所示序列中任一个的序列变体,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
10.根据权利要求9所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含可变重链CDR3 (HCDR3)、可变重链 CDR2 (HCDR2)、可变重链 CDRl (HCDRl)、可变轻链 CDR3 (LCDR3)、可变轻链⑶R2 (IXDR2)和可变轻链⑶Rl (IXDRl)的组合,其中所述组合选自: (i)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO: 11 的HCDRl、包含 SEQ ID NO: 160 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:119 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:250的 LCDRl ;
(ii)包含SEQ ID NO:49 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:26 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:10的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:148 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:109 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:77的 LCDRl ;
(iii)包含SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:149 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:78的 LCDRl ;
(iv)包含SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:28 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:150 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:111 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:79的 LCDRl ;
(V)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:28 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO: 11 的HCDRl、包含 SEQ ID NO:151 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:80的 LCDRl ;
(vi)包含SEQ ID NO:51 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:29 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:12的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 152 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:80的 LCDRl ;
(vii)包含SEQ ID NO:52 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:30 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:13的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 153 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:112 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:`81的 LCDRl ;
(viii)包含SEQ ID NO:53 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:31 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:14的 HCDR1、包含 SEQ ID NO:154 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:113 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:82的 LCDRl ;
(ix)包含SEQ ID NO:54 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:32 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:15的 HCDR1、包含 SEQ ID NO:155 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:114 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:83的 LCDRl ;
(X)包含 SEQ ID NO:55 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:33 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:16 的HCDRl、包含 SEQ ID NO:156 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:115 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:84的 LCDRl ;
(xi)包含SEQ ID NO:56 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:34 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:17的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:157 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:116 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:85的 LCDRl ;
(xii)包含SEQ ID NO:57 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:35 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:18的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:158 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:117 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:84的 LCDRl ;
(xiii)包含SEQ ID NO:58 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:36 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:19的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:159 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:118 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:86的 LCDRl ;
(xiv)包含SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 161 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 120 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.88的 LCDRl ;
(XV)包含 SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:162 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:121 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.89的 LCDRl ;
(xvi)包含SEQ ID NO:50 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:27 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:11的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:163 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:122 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.90的 LCDRl ;
(xvii)包含SEQ ID NO:51 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:29 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:12的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:164 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:123 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.91的 LCDRl ;
(xviii)包含SEQ ID NO:51 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:29 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:.12的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 164 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:124 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:91 的 LCDRl ;
(xix)包含SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:12的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:165 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:125 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.92的 LCDRl ;
(XX)包含 SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:20的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:165 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:126 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.93的 LCDRl ;
(xxi)包含SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:20的 HCDR1、包含 SEQ ID NO: 166 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO: 127 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.92 的 LCDRl ;
(xxii)包含SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:20的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:167 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:128 的 LCDR2 和包含 SEQ ID NO:.94的 LCDRl ;
(xxiii)包含SEQ ID NO:59 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:37 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:.20 的 HCDRl、包含 SEQ ID NO: 168 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:95 的 LCDRl ;
(xxiv)包含SEQ ID NO:262 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:258 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:.256的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:271 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:110 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:267 的 LCDRl ;
(XXV)包含 SEQ ID NO:263 的 HCDR3、包含 SEQ ID NO:259 的 HCDR2、包含 SEQ ID NO:.257的 HCDRl、包含 SEQ ID NO:273 的 LCDR3、包含 SEQ ID NO:270 的 LCDR2 和包含 SEQ IDNO:268 的 LCDRl。
11.根据前述权利要求中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含具有选自以下的氨基酸序列的重链可变结构域:SEQ ID NO:177,SEQ ID NO: 178,SEQ ID NO:179、SEQ ID NO:180,SEQ ID NO:181、SEQ ID NO: 182,SEQ ID NO:183、SEQ ID NO: 184,SEQ IDNO:185, SEQ ID NO:186、SEQ ID NO:187、SEQ ID NO:188、SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:.213、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:219,SEQ ID NO:220、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:223、SEQ IDNO:224,SEQ IDNO:225、SEQ IDNO:226、SEQ IDNO:227、SEQ IDNO:228、SEQ ID NO:229、SEQID NO:274和SEQ ID NO:275的氨基酸序列以及与所示序列之一表现出至少90%、95%、.97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列;并且任选地包含具有选自以下的氨基酸序列的轻链可变结构域:SEQ ID NO:189,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:191、SEQ ID NO:192、SEQID NO:193,SEQ ID NO: 194,SEQ ID NO:195、SEQ ID NO: 196,SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:.198,SEQ ID NO: 199,SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:202、SEQ ID NO:203、SEQID NO:204,SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:208、SEQ ID NO:.209、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:230、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:236、SEQ IDNO:237,SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:240、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:242、SEQ ID NO:243,SEQ ID NO:244、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:247、SEQ IDNO:248, SEQ ID NO:276和SEQ ID NO:277的氨基酸序列以及与所示序列之一表现出至少.90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列。
12.根据权利要求11所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含重链可变结构域和轻链可变结构域的组合,其中所述组合选自: (i)包含SEQID NO:223之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:241之氨基酸序列的轻链可变结构域; (ii)包含SEQID NO:177之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:189之氨基酸序列的轻链可变结构域; (iii)包含SEQID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:190之氨基酸序列的轻链可变结构域; (iv)包含SEQID NO:179之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:191之氨基酸序列的轻链可变结构域; (V)包含SEQ ID NO:179之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:192之氨基酸序列的轻链可变结构域; (vi)包含SEQID NO:180之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:193之氨基酸序列的轻链可变结构域; (vii)包含SEQID NO:181之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:194之氨基酸序列的轻链可变结构域; (viii)包含SEQID NO:182之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:195之氨基酸序列的轻链可变结构域; (ix)包含SEQID NO:183之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:196之氨基酸序列的轻链可变结构域; (X)包含SEQ ID NO:184之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:197之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xi)包含SEQID NO:185之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:198之氨基酸序列的轻链可变结构域;(xii)包含SEQID NO:186之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:199之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xiii)包含SEQID NO:187之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:200之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xiv)包含SEQID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:201之氨基酸序列的轻链可变结构域; (XV)包含SEQ ID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:202之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xvi)包含SEQID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:203之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xvii)包含SEQID NO:178之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:204之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xviii)包含SEQID NO:180之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:205之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xix)包含SEQID NO:180之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:206之氨基酸序列的轻链可变结构域; (XX)包含SEQ ID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:207之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xxi)包含SEQID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:208之氨基酸序列的轻链可变结构域;· (xxii)包含SEQID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:209之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xxiii)包含SEQID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:210之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xxiv)包含SEQID NO:188之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:211之氨基酸序列的轻链可变结构域; (XXV)包含SEQ ID NO:274之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:276之氨基酸序列的轻链可变结构域; (xxvi)包含SEQ ID NO:275之氨基酸序列的重链可变结构域和包含SEQ ID NO:277之氨基酸序列的轻链可变结构域。
13.根据权利要求8或权利要求9所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其中 所述可变重链CDR3包含SEQ ID NO:50或其序列变体的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成; 所述可变重链CDR2包含选自SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:249和其序列变体的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成;以及 所述可变重链CDRl包含选自SEQ ID NO:1U SEQ ID NO:248和其序列变体的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成,其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
14.根据权利要求13所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其中所述可变重链CDR3包含 SEQ ID NO:50(DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体或者由 SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体组成; 所述可变重链CDR2包含SEQ ID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体或者由SEQID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体组成;以及 所述可变重链⑶Rl包含SEQ ID NO = Il(VYYMN)或其序列变体或者由SEQ ID NO:1l(VYYMN)或其序列变体组成, 其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
15.根据权利要求13或权利要求14所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其中所述可变轻链CDR3包含SEQ ID NO:160或其序列变体或者由SEQ ID NO:160或其序列变体组成; 所述可变轻链CDR2包含选自SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:110和所示序列之序列变体的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成;以及 所述可变轻链 CDRl 包含选自 SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:250、SEQ ID NO:251、SEQ IDNO:252,SEQ ID NO:253和所示序列之序列变体的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成,以及 其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
16.根据权利要求15所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其中所述可变轻链CDR3包含 SEQ ID NO:160(ALFISNPSVE)或其序列变体或者由 SEQ ID NO: 160 (ALFISNPSVE)或其序列变体组成; 所述可变轻链CDR2包含SEQ ID NO:119 (NTNTRHS)或其序列变体或者由SEQ ID NO:119 (NTNTRHS)或其序列变体组成;并且 所述可变轻链CDRl包含SEQ ID NO`:250 (GLKSGSVTSDNFPT)或其序列变体或者由SEQID NO:250 (GLKSGSVTSDNFPT)或其序列变体组成, 其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
17.根据权利要求16所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其中所述可变重链CDR3包含 SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体或者由 SEQ ID NO:50 (DAGYSNHVPIFDS)或其序列变体组成; 所述可变重链CDR2包含SEQ ID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体或者由SEQID NO:27 (DINNEGGTTYYADSVKG)或其序列变体组成; 所述可变重链⑶Rl包含SEQ ID NO = Il(VYYMN)或其序列变体或者由SEQ ID NO:1l(VYYMN)或其序列变体组成; 所述可变轻链CDR3包含SEQ ID NO: 160 (ALFISNPSVE)或其序列变体或者由SEQ IDNO: 160 (ALFISNPSVE)或其序列变体组成; 所述可变轻链CDR2包含SEQ ID NO: 119 (NTNTRHS)或其序列变体或者由SEQ ID NO:119 (NTNTRHS)或其序列变体组成;以及 所述可变轻链CDRl包含SEQ ID NO:250 (GLKSGSVTSDNFPT)或其序列变体或者由SEQID NO:250 (GLKSGSVTSDNFPT)或其序列变体组成, 其中所述序列变体在所示序列中包含一个、两个或三个氨基酸替换。
18.根据权利要求1至8或13至17中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含(a)重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),所述重链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:223所示、其种系化变体(germlined variant)和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列,所述轻链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ IDNO:241所示、其种系化变体和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列;或者 (b)重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),所述重链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:225所示、其种系化变体和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90 %、95 %、97 %、98 %或99 %同一性的氨基酸序列,所述轻链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:243所示、其种系化变体和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列;或者 (c)重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),所述重链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:226所示、其种系化变体和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90 %、95 %、97 %、98 %或99 %同一性的氨基酸序列,所述轻链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:244所示、其种系化变体和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列。
19.根据权利要求1至8中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含 重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL),所述重链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:178所示、其种系化变体和亲和变体的氨基酸序列以及与所述氨基酸序列有至少90^^95^^97^^98%或99%同一性的氨基酸序列,所述轻链可变结构域包含选自以下的氨基酸序列或由其组成:SEQ ID NO:190,SEQ ID NO:201、SEQ IDNO:202、SEQ ID NO:203和SEQ ID NO:204所不的氣基酸序列、所不序列的种系化变体和未和变体以及与所示序列有至少90%、95%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列。
20.根据权利要求1至8中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其包含 a)重链可变结构域,其具有SEQID NO:178所示氨基酸序列并且在选自以下的Kabat位置处包含一个或更多个氨基酸替换:H6、H18、H24、H31、H56、H74、H74、H77、H79、H83、H84、H89、H93、H94、H108、H110 和 H112 ;以及 b)轻链可变结构域,其具有SEQID NO:201所示氨基酸序列并且在选自以下的Kabat位置处包含一个或更多个氨基酸替换:L2、L11、L12、L25、L26、L30、L46、L53、L60、L61、L67、L68、L76、L80、L81、L85 和 L87, 其中所述抗体或其抗原结合片段的热稳定性比与这样的抗体或其抗原结合片段的热稳定性更高,所述这样的抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:178所示之氨基酸序列的重链可变结构域和具有SEQ ID NO:201所示之氨基酸序列的轻链可变结构域。
21.分离的抗体或其抗原结合片段,其与根据权利要求8至20中任一项所述之抗体交叉竞争与人⑶70结合。
22.根据前述权利要求中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段,其表现出下述结合特性的组合:(d)在人CD70的氨基酸序列HIQVTLAICSS(SEQID NO:342)中进行结合; (e)与恒河猴(Macacamulatta)和食蟹猴(Macaca cynomolgus)的0)70同源物交叉反应; (f)与天然人⑶70和热变性重组人⑶70结合。
23.根据前述权利要求中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其在786-0肾癌细胞中部分内化。
24.根据前述权利要求中任一项任一项所述的抗体,其为大羊驼-人嵌合抗体,其中所述VH和VL结构域或其一个或更多个CDR来源于大羊驼,并且一个或更多个恒定结构域来源于人免疫球蛋白。
25.根据权利要求24所述的抗体,其包含人IgG、优选人IgGl的铰链区、CH2结构域和CH3结构域。
26.根据前述权利要求中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其针对细胞表面上表达人CD70的细胞表现出选自以下的一种或更多种效应子功能:抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、补体依赖性细胞毒性(CDC)和抗体依赖性细胞介导的吞噬作用(ADCP)。
27.根据权利要求26所述的抗体或抗原结合片段,其针对表达CD70的癌细胞表现出抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)、补体依赖性细胞毒性(CDC)和抗体依赖性细胞的吞噬作用(ADCP)中的一种或更多种。
28.根据权利要求26或权利要求27所述的抗体或抗原结合片段,其与包含天然人Fe结构域的等价抗体相比表现出增强的ADCC功能。
29.根据前述权利要求中任一项所述的抗体,其为非岩藻糖基化的IgG,优选非岩藻糖基化的人IgGl。
30.分离的多核苷酸,其编码根据前述权利要求中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
31.包含根据权利要求30所述之多核苷酸的表达载体,所述多核苷酸与允许抗原结合多肽在宿主细胞或无细胞表达系统中表达的调控序列可操作性连接。
32.宿主细胞或无细胞表达系统,其包含根据权利要求31所述的表达载体。
33.产生重组抗体或其抗原结合片段的方法,其包括在允许所述抗体或抗原结合片段表达的条件下培养根据权利要求32所述的宿主细胞或无细胞表达系统,以及回收所表达的所述抗体或抗原结合片段。
34.药物组合物,其包含根据权利要求1至29中任一项所述的抗体或抗原结合片段和至少一种可药用载体或赋形剂。
35.免疫缀合物,其包含根据权利要求1至29中任一项所述的抗体或抗原结合片段和细胞毒剂。
36.在人患者中抑制肿瘤细胞生长的方法,其包括向有此需要的患者施用治疗有效量的根据权利要求1至29中任一项所述的抗体或抗原结合片段。
37.根据权利要求1至29中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其用于在人患者中抑制表达⑶70之肿瘤细胞的生长。
38.根据权利要求1至29中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其用于在人患者中治疗或预防癌症。
39.根据权利要求38所述应用的抗体或抗原结合片段,其中所述癌症为表现出CD70的低拷贝数表达的癌症,所述癌症优选地选自:大B细胞淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、皮肤T细胞淋巴瘤、胃癌、肺癌、黑素瘤、胶质母细胞瘤和卵巢癌。
40.根据权利要求1至29中任一项所述的抗体或抗原结合片段,其用于在人患者中治疗免疫性病症。
41.根据权利要求40所述应用的抗体或抗原结合片段,其中所述免疫性病症选自:自身免疫疾病、系统性红斑狼疮(SLE)、多发性硬化症、银屑病、类风湿性关节炎、血管炎、韦格纳肉芽肿病、Churg-Strauss病、显微镜下多血管炎、免疫复合物性血管炎、结节性多动脉炎、川崎病、巨细胞动脉炎、肾炎、白塞氏综合征、主动脉炎和Takayasu病。
42.在人患者中消除表达CD70之细胞的方法,其包括向所述患者施用有效量的与人CD70结合的抗体,其中所述表达CD70的细胞在6小时后对所述抗体表现出30%或更少、25 %或更少、20 %或更少、15 %或更少、10 %或更少或者5 %或更少的内化,并且其中所述抗体表现出选自ADCC、⑶C和ADCP的至少一种效应子功能。
43.根据权利要求42所述的方法,其中所述表达CD70的细胞为表达CD70的癌细胞。
44.根据权利要求43所述的方法,其中所述表达CD70的癌细胞为选自以下的癌症类型=Burkitt淋巴瘤、大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、胰腺癌、胃癌、胶质母细胞瘤和肺癌。
45.根据权利要求4 3所述的方法,其中所述表达CD70的癌细胞具有选自以下的癌症类型=Burkitt淋巴瘤、大B细胞淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、套细胞淋巴瘤、胃癌和肺癌。
46.根据权利要求42所述的方法,其中所述表达CD70的细胞为表达CD70的活化T细胞。
47.根据权利要求42至46中任一项所述的方法,其中所述与人CD70结合的抗体为骆驼科动物来源的。
48.根据权利要求42至46中任一项所述的方法,其中所述与人CD70结合的抗体为根据权利要求1至29中任一项所述的抗体。
49.根据权利要求42至48中任一项所述的方法,其中所述与人CD70结合的抗体不是抗体-药物缀合物。
【文档编号】C07K16/28GK103596979SQ201280013552
【公开日】2014年2月19日 申请日期:2012年3月16日 优先权日:2011年3月16日
【发明者】卡伦·西伦斯, 彼得·乌尔里希茨, 约翰内斯·约斯夫·威廉默斯·德哈德, 托尔斯滕·德赖尔, 迈克尔·约翰·斯科特·桑德斯, 哈拉尔德·瓦永特, 索菲耶·马里亚·埃尔维雷·加布里埃尔斯, 马汉·莫希尔 申请人:阿尔金-X公司
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