一种非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法与流程

文档序号:12064126阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法,其特征在于,包括以下步骤:

1)利用IntOGen数据库筛选NSCLC两个亚型肺鳞癌和肺腺癌的驱动基因:在IntOGen数据库中查找“lung adenocarcinoma”和“lung squamous cell carcinoma”,获得肺腺癌和肺鳞癌驱动基因的信息,肺腺癌纳入了两个研究平台391个样本的数据,肺鳞癌纳入了一个研究平台174个样本的数据;共发现181个肺腺癌驱动基因和147个肺鳞癌驱动基因;

2)利用Venn图制作确定肺鳞癌和肺腺癌共有的驱动基因:为了寻找NSCLC,即肺腺癌和肺鳞癌,共有的驱动基因,利用Venn图在线制作工具寻找两个集合中共有的基因;结果发现91个肺鳞癌和肺腺癌共有的驱动基因;其中突变率比较高的有TP53,CDKN2A,KEAP1,NF1,RB1;

3)利用生物信息学技术进行GO基因富集功能和KEGG通路分析:利用DAVID在线软件对91个驱动基因进行生物信息学分析,为NSCLC标志物筛选及分子机制研究提供依据;基因本体论数据库对基因和蛋白功能进行描述和限定;

4)驱动基因的蛋白互相作用网络图绘制

当蛋白质相互作用网络被破坏时,会引发细胞功能的障碍;研究这些相互作用有助于构建相关的网络模型,从而对细胞甚至疾病发生的分子机制进行解释。

2.根据权利要求1所述的非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法,其特征在于,步骤3)中GO包括了三级结构的标准语言,主要包括分子功能、生物学途径和细胞学组件;通过DAVID在线软件选择GO数据库,生物学过程分析表明这些驱动基因共参与了64种分子功能,主要涉及蛋白结合,poly(A)RNA结合,ATP结合,蛋白激酶结合,染色质结合,受体信号蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性,蛋白磷酸酶结合,相同蛋白结合,转录因子结合,钙粘蛋白结合参与的细胞间粘附;参与了51种生物学途径,主要涉及RNA聚合酶II启动子的转录正调节,转录正调节,胚胎颅骨骨骼形态发生,Ras蛋白信号转导,子宫内胚胎发育,病毒过程,MAKP级联;参与了34种细胞组件的构成,主要包括细胞核浆质,胞质溶胶,细胞核,细胞浆,细胞粘附连接,焦点粘附,细胞膜;KEGG通路分析结果发现,这些基因主要参与癌症通路,胰腺癌,前列腺癌,黑色素瘤,非小细胞肺癌,MAKP信号通路的重要通路,其中EGFR,CDKN2A,KRAS,MAP2K1,TP53,RB1,PIK3R3,STK4基因参与了NSCLC通路。

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