一种分段扩增猪流行性腹泻病毒全基因组的引物组及方法与流程

文档序号:12644688阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种分段扩增猪流行性腹泻病毒全基因组的引物组,其特征在于,所述引物组包括22个引物对,各引物对上下游引物依次如SEQ IDNO.1~SEQ IDNO.44所示。

2.一种分段扩增猪流行性腹泻病毒基因组的方法,其特征在于,所述方法为:提取待测PEDV总RNA,反转成cDNA,分别利用权利要求1所述22个引物对进行PCR扩增反应,分别进行克隆测序,最后拼接序列,得到PEDV全基因组序列。

3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,22个引物对分别为引物对5'、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、3',各引物对上下游引物依次如SEQ IDNO.1~SEQ IDNO.44所示;

22个引物对的退火温度分别为:

引物对3'、引物对9、引物对10、引物对11、引物对13、引物对16、引物对20的退火温度均为56.1℃;

引物对1、引物对6、引物对7、引物对8、引物对14、引物对17、引物对18、引物对19的退火温度均为55.2℃;

引物对5'、引物对2、引物对5的退火温度均为54.1℃;

引物对3的退火温度为53.0℃,引物对4的退火温度为50.8℃,引物对12的退火温度为48.9℃,引物对15的退火温度为48.0℃。

4.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增反应的程序为:94℃预变性1min;94℃变性6s,退火温度下退火20s,72℃延伸20s,循环36次;72℃终延伸7min;所述退火温度对应为22个引物对各自对应的退火温度。

5.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增反应的体系为:10µM上游引物2.0µL、10µM下游引物2.0µL、cDNA 2.0µL、2× PrimerSTAR Max 25.0µL、ddH2O 19.0µL。

6.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增反应同时在一个温度梯度PCR仪中进行,所述PCR仪的温度梯度为48℃~57℃。

7.权利要求1所述引物组在猪流行性腹泻病毒基因或基因组扩增方面的应用。

8.权利要求2~6任一所述方法在猪流行性腹泻病毒基因或基因组扩增方面的应用。

9.一种扩增猪流行性腹泻病毒基因组上特定区域的方法,其特征在于,根据需要任意组合权利要求1所述引物组中的引物进行PCR扩增反应。

10.权利要求9所述方法在猪流行性腹泻病毒基因组特定区域研究上的应用。

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