藏獒分子标记的特异性引物及检测方法与流程

文档序号:18145668发布日期:2019-07-10 11:47

技术特征:

1.一种SNP分子标记引物,其特征在于,该分子标记引物择一包含以下引物对;TM-P1:F:TGCAAGGAGGAGGAAGAAGG,

R:CTCCCAGTCTCTTGCCTCTG;

TM-P2:F:TGCAAGGAGGAGGAAGAAGG,

R:CTCCCAGTCTCTTGCCTCTG;

TM-E:F:CATTCAGTCAGCATTTCTGC

R:GGGCTGCAGGTTGCGAGGGT;

TM-M:F:TTCTTACATGGCAGCTGGTG,

R:CTTTTCCCTGTGAGCTCTGG;

TM-M1:F:GCTGCAATCCACAATGAAGA,

R:ATGCAGTCAGAACCCCAAGT;

TM-H1:F:GAGGCTTCAAATGCCTTGAG,

R:CATGCCTTAGGGGCAGTAAA;

TM-H2:F:GAGGCTTCAAATGCCTTGAG,

R:CATGCCTTAGGGGCAGTAAA;

TM-C:F:AGTCCCCAGAAGGTTCCATG,

R:GCAACCGGTGGAAAGTTTCT;

TM-S:F:GGCCTCCATGCTTAGCTCTA,

R:AGCACCTTACAGACTCCACC;其中F为上游引物,R为下游引物。

2.一种SNP分子标记引物组,其特征在于,该引物组包含以下任意两组引物对及其以上的组合;TM-P1:F:TGCAAGGAGGAGGAAGAAGG,

R:CTCCCAGTCTCTTGCCTCTG;

TM-P2:F:TGCAAGGAGGAGGAAGAAGG,

R:CTCCCAGTCTCTTGCCTCTG;

TM-E:F:CATTCAGTCAGCATTTCTGC

R:GGGCTGCAGGTTGCGAGGGT;

TM-M:F:TTCTTACATGGCAGCTGGTG,

R:CTTTTCCCTGTGAGCTCTGG;

TM-M1:F:GCTGCAATCCACAATGAAGA,

R:ATGCAGTCAGAACCCCAAGT;

TM-H1:F:GAGGCTTCAAATGCCTTGAG,

R:CATGCCTTAGGGGCAGTAAA;

TM-H2:F:GAGGCTTCAAATGCCTTGAG,

R:CATGCCTTAGGGGCAGTAAA;

TM-C:F:AGTCCCCAGAAGGTTCCATG,

R:GCAACCGGTGGAAAGTTTCT;

TM-S:F:GGCCTCCATGCTTAGCTCTA,

R:AGCACCTTACAGACTCCACC;其中F为上游引物,R为下游引物。

3.一种SSR分子标记引物,其特征在于,该分子标记引物择一包含以下引物对;TM-CAS5:F:TCCCTCCTCAGCAGAGAGTC,

R:AACCTCAGGGCTATTCATTTCA;

TM-CAS6:F:TCCCTCTCCCTGTGTCTCTG,

R:CAATCCTTGAGCATGAAACG;

TM-CAS7:F:ACTGTCCTGGTGCCACCTAC,

R:CAACATCCTCTCCCCTGAAA;

TM-CAS8:F:CCACAAAAGACCCACCCATA,

R:CTTCATGGAGCCTGCTTTTC;

TM-CAS9:F:GCTTTTGCTGTGTCCCAAAG,

R:AACTGTGGCCATCATTAGCA;

TM-CAS10:F:TGGCAACATGCTGAAAGTGT,

R:AGGTGGGCTCTGTGACCATA;

TM-CAS11:F:CTCCCTCTGCCTGTCTTCTG,

R:CTTGGGTGCAGAGCTAGTCC;

TM-CAS12:F:TACATCAGCCCCTGCTTTCT,

R:TTGGCTTTAGTTCAGATGGAAG;其中F为上游引物,R为下游引物。

4.一种SSR分子标记引物组,其特征在于,该引物组包含以下任意两组引物对及其以上的组合;TM-CAS5:F:TCCCTCCTCAGCAGAGAGTC,

R:AACCTCAGGGCTATTCATTTCA;

TM-CAS6:F:TCCCTCTCCCTGTGTCTCTG,

R:CAATCCTTGAGCATGAAACG;

TM-CAS7:F:ACTGTCCTGGTGCCACCTAC,

R:CAACATCCTCTCCCCTGAAA;

TM-CAS8:F:CCACAAAAGACCCACCCATA,

R:CTTCATGGAGCCTGCTTTTC;

TM-CAS9:F:GCTTTTGCTGTGTCCCAAAG,

R:AACTGTGGCCATCATTAGCA;

TM-CAS10:F:TGGCAACATGCTGAAAGTGT,

R:AGGTGGGCTCTGTGACCATA;

TM-CAS11:F:CTCCCTCTGCCTGTCTTCTG,

R:CTTGGGTGCAGAGCTAGTCC;

TM-CAS12:F:TACATCAGCCCCTGCTTTCT,

R:TTGGCTTTAGTTCAGATGGAAG;其中F为上游引物,R为下游引物。

5.一种结合SNP和SSR分子标记引物组,其特征在于,该引物组包含至少两组引物对,即:引物对A和引物对B;所述的引物对A为属于SNP分子标记引物组中的引物对;所述的引物对B为属于SSR分子标记引物组中的引物对;SNP分子标记引物组中的引物对为,

TM-P1:F:TGCAAGGAGGAGGAAGAAGG,

R:CTCCCAGTCTCTTGCCTCTG;

TM-P2:F:TGCAAGGAGGAGGAAGAAGG,

R:CTCCCAGTCTCTTGCCTCTG;

TM-E:F:CATTCAGTCAGCATTTCTGC

R:GGGCTGCAGGTTGCGAGGGT;

TM-M:F:TTCTTACATGGCAGCTGGTG,

R:CTTTTCCCTGTGAGCTCTGG;

TM-M1:F:GCTGCAATCCACAATGAAGA,

R:ATGCAGTCAGAACCCCAAGT;

TM-H1:F:GAGGCTTCAAATGCCTTGAG,

R:CATGCCTTAGGGGCAGTAAA;

TM-H2:F:GAGGCTTCAAATGCCTTGAG,

R:CATGCCTTAGGGGCAGTAAA;

TM-C:F:AGTCCCCAGAAGGTTCCATG,

R:GCAACCGGTGGAAAGTTTCT;

TM-S:F:GGCCTCCATGCTTAGCTCTA,

R:AGCACCTTACAGACTCCACC;其中F为上游引物,R为下游引物;

属于SSR分子标记引物组中的引物对为,

TM-CAS5:F:TCCCTCCTCAGCAGAGAGTC,

R:AACCTCAGGGCTATTCATTTCA;

TM-CAS6:F:TCCCTCTCCCTGTGTCTCTG,

R:CAATCCTTGAGCATGAAACG;

TM-CAS7:F:ACTGTCCTGGTGCCACCTAC,

R:CAACATCCTCTCCCCTGAAA;

TM-CAS8:F:CCACAAAAGACCCACCCATA,

R:CTTCATGGAGCCTGCTTTTC;

TM-CAS9:F:GCTTTTGCTGTGTCCCAAAG,

R:AACTGTGGCCATCATTAGCA;

TM-CAS10:F:TGGCAACATGCTGAAAGTGT,

R:AGGTGGGCTCTGTGACCATA;

TM-CAS11:F:CTCCCTCTGCCTGTCTTCTG,

R:CTTGGGTGCAGAGCTAGTCC;

TM-CAS12:F:TACATCAGCCCCTGCTTTCT,

R:TTGGCTTTAGTTCAGATGGAAG;其中F为上游引物,R为下游引物。

6.使用权利要求1或2或3或4或5所述引物或引物组的用途,其特征在于,该用途为鉴定或区分藏獒犬和其它家犬。

7.一种利用SNP分子标记引物鉴定区别藏獒犬和其它家犬的方法,其特征在于,该方法包括以下步骤,1)提取藏獒基因组DNA和其它家犬基因组DNA;2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,使用权利要求1或2所述的SNP分子标记引物或引物组分别进行PCR扩增;3)、利用测序仪对PCR扩增产物进行测序;4)检测单核苷酸多态位点的变异情况。

8.一种利用SSR分子标记引物鉴定区别藏獒犬和其它家犬的方法,其特征在于,该方法包括以下步骤,1)提取藏獒基因组DNA和其它家犬基因组DNA;2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,使用权利要求3或4所述的SSR分子标记引物或引物组分别进行PCR扩增;3)、利用测序仪对PCR扩增产物进行多态性检测。

9.根据权利要求7或8所述的方法,其特征在于,该方法包括以下内容,DNA抽提:分别提取100个家犬血液样品200μL,加400μL消化缓冲液,40μL蛋白酶K10mg/mL,混匀后于55℃消化5小时;消化清透后,加入600μL水饱和酚,轻轻颠倒混匀30分钟,6000rpm/min离心10分钟,抽提上清;再加入300μL水饱和酚,300μL氯仿/异戊醇24:1,轻轻颠倒混匀30分钟,6000rpm/min离心10分钟,抽提上清;再加入600μL氯仿/异戊醇24:1,轻轻颠倒混匀30分钟,6000rpm/min离心10分钟,抽提上清;再加入800μL预冷的异丙醇,于-20℃静置过夜,13000rpm/min离心10分钟,弃上清;再加预冷的70%乙醇,小心吹打洗涤沉淀,13000rpm/min离心10分钟,弃上清;晾干乙醇,加入50μL超纯水溶解沉淀,置于-20℃保存备用。

10.根据权利要求7或8所述的方法,其特征在于,该方法包括以下内容,

PCR反应体系:

再多了解一些
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