鉴别布鲁氏菌野毒株与疫苗株a19和s2的试剂盒的制作方法_2

文档序号:9300540阅读:来源:国知局
19株引物对扩增出562bp及与之大小对应的条带,鉴别猪种布鲁氏菌S2疫苗株引物对 扩增出539bp及与之大小对应的条带;本领域技术人员应知晓,在琼脂糖凝胶电泳检测时, 显示与目的条带大小对应的条带,意指PCR扩增产物大小相近,因样品来源或目标种属不 同,PCR产物大小会有较小差异,但显示条带对应,例如相差30bp/20bp范围内的条带均显 示大小对应。
[0037] (4)如果上述PCR检测结果与目的条带不符,则说明模板为布鲁氏菌阴性,如果 PCR检测条带大小正确,则对阳性条带进行切胶回收纯化,然后再进行序列测定。
[0038] (5)结果判定:
[0039] A19疫苗株鉴别结果判定,使用A19-F引物对纯化的562bp或与之大小对应的产物 进行测序,如果测序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 5比对后完全匹配,则该样本为A19 疫苗株;如果测序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 5比对后在第344位点处多出7个核苷 酸序列(AGATTTC或TTTCAGA),则该样本为除A19疫苗株以外的其他布鲁氏菌野毒株或疫 苗株;如果测序结果与SEQ ID No. 5比对,在峰图的序列第354位,即AGATTTCAGA后出现套 峰,则该样本为A19疫苗株和其他布鲁氏菌株混合。
[0040] S2疫苗株鉴别结果判定,使用S2-F引物对纯化的539bp及与之大小对应的产物进 行测序,如果测序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 6比对后完全匹配,则该样本为S2疫苗 株;如果测序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 6比对后在第369位点处多出25个核苷酸 序列(TCCCTCATAAATGGCTTTCTTCATA),则该样本为除S2疫苗株以外的其他布鲁氏菌野毒株 或疫苗株;如果测序结果与SEQ ID No. 5比对,在峰图序列第369位点后出现套峰,则该样 本为S2疫苗株和其他布鲁氏菌株混合。
[0041 ] 本领域技术人员应当明了,上述鉴别方法,其直接目的是鉴别菌株种类,而非获取 疾病诊断结果。
[0042] 本发明取得了以下效果:
[0043] (1)为我国A19和S2疫苗株的鉴别提供新的技术手段;
[0044] (2)本发明所述引物对具有较高的特异性,通过扩增-电泳检测,可有效的区分布 鲁氏菌和其他常规细菌菌株;
[0045] (3)本发明所述鉴别方法,有效地将其他布鲁氏菌野毒株与疫苗株区分开来,具有 极高的准确率。
【附图说明】
[0046] 图I A19疫苗株缺失位点处上下游序列PCR扩增,+ :模板为A19疫苗株阳性质控 标准品的PCR扩增产物562bp,-:模板为阴性质控标准品,1-5:模板分别为牛种布鲁氏菌 疫苗株A19株、猪种布鲁氏菌疫苗株S2株、羊种布鲁氏菌疫苗株M5-90株、绵羊种布鲁氏菌 63/290株、犬布鲁氏菌RM6/66株基因组DNA的PCR扩增产物562bp ;6-10 :模板分别为大 肠杆菌0157:H7、小肠结肠炎耶尔森菌0:9、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、牛分支杆菌基因组 DNA0
[0047] 图2 S2疫苗株缺失位点处上下游序列PCR扩增,+ :模板为S2疫苗株阳性质控标 准品的PCR扩增产物539bp,-:模板为阴性质控标准品,1-5:模板分别为猪种布鲁氏菌疫 苗株S2株、牛种布鲁氏菌疫苗株A19株、羊种布鲁氏菌疫苗株M5-90株、绵羊种布鲁氏菌 63/290株、犬布鲁氏菌RM6/66株基因组DNA的PCR扩增产物539bp ;6-10 :模板分别为大 肠杆菌0157:H7、小肠结肠炎耶尔森菌0:9、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、牛分支杆菌基因组 DNA0
[0048] 图3 A19疫苗株缺失位点处序列测定峰图,A :测序峰图为单一峰,与SEQID No. 5 比对后完全匹配,检测模板为A19疫苗株。B :测序峰图为单一峰,与SEQ ID No. 5比对后在 344位点处多出7个核苷酸序列(AGATTTC或TTTCAGA),检测模板为除A19疫苗株以外的其 他布鲁氏菌野毒株或疫苗株。C :测序结果与SEQ ID No. 5比对,峰图在序列第354位点后, 即AGATTTCAGA序列后出现套峰,检测模板为A19疫苗株与其他布鲁氏菌株的混合。
[0049] 图4 S2疫苗株缺失位点处序列测定峰图,A :测序峰图为单一峰,与SEQ ID No. 6 比对后完全匹配,检测模板为S2疫苗株。B :测序峰图为单一峰,与SEQ ID No. 6比对后在 369处多出25个核苷酸序列(TCCCTCATAAATGGCTTTCTTCATA),检测模板为除S2疫苗株以外 的其他布鲁氏菌野毒株或疫苗株。C :测序结果与SEQ ID No. 6比对,峰图在序列位点369 以后出现套峰,检测模板为S2疫苗株与其他布鲁氏菌株的混合。
【具体实施方式】
[0050] 下述实施例用于进一步说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
[0051] 以下实施例均按照常规试验条件与方法进行,或者按照制造厂商所建议的试验条 件。
[0052] 1.试验材料
[0053] 牛种布鲁氏菌疫苗株A19株(B. abortus A19),猪种布鲁氏菌疫苗株S2株(B. suis S2),羊种布鲁氏菌疫苗株M5-90株(B. melitensis M5-90),绵羊种布鲁氏菌63/290株 (B. ovis 63/290),犬布鲁氏菌 RM6/66 株(B. canis RM6/66),大肠杆菌 0157:H7、小肠结 肠炎耶尔森菌0:9、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌(CMCC25623)、牛分支杆菌(M.bovis ATCC 19210)、临床上确诊为布鲁氏菌阳性的血液、奶样、流产胎儿组织和气溶胶等DNA样本均由 山东省农业科学院奶牛研究中心疾病研究室保存。
[0054] DNA聚合酶(TaKaRa LA Taq)购自宝生物工程(大连)有限公司,琼脂糖购自北京 全式金生物技术有限公司,快速DNA提取试剂盒、细菌DNA提取试剂盒、琼脂糖凝胶回收试 剂盒等均购自天根生化科技(北京)有限公司,其他生化试剂均为进口分装或国产分析纯。 PCR引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,DNA序列测定由山东省农业科学院测 序中心完成。
[0055] 2.实验仪器
[0056] 梯度PCR仪(TaKaRa TP-600),电泳仪(北京市六一仪器厂DYY-6C型),Alpha个人 型凝胶成像系统 red(美国 ProteinSimple 公司),DNA 测序仪(ABI3730XL DNA Analyzer)。
[0057] 实施例一、鉴别布鲁氏菌野毒株与疫苗株A19和S2的PCR试剂盒的使用方法
[0058] (1)提取待测样本的基因组DNA :使用快速DNA提取试剂盒对待检测的血液、奶样、 组织样本、气溶胶等样本进行基因组DNA的提取。
[0059] (2)以提取的样本基因组DNA为模板,分别使用A19-F、A19-R和S2-F、S2-R引物 对进行PCR扩增,同时以阳性质控标准品和阴性质控标准品分别作为阳性和阴性对照,依 次将50 μ L反应体系的各组份加到PCR反应管中,分别为10XPCR Buffer :5. 0 μ L,dNTP Mixture (2. 5mM) :8. 0 μ L,10 μ M 的正向引物:2. 0 μ L,10 μ M 的反向引物:2. 0 μ L,待测样本 DNA :5. 0 μ L,DNA聚合酶:0· 5 μ L,最后加27. 5 μ L双蒸水(CldH2O)补足到50 μ L。PCR的扩 增效果直接影响到检测结果的特异性和灵敏性,因此需要对PCR反应条件中的相关参数进 行优化,包括引物的浓度、Mg 2+浓度、退火温度、退火时间、循环次数以及延伸时间等。PCR反 应条件的优化采用现有技术,最终优化后的PCR反应条件为:引物浓度为0. 4 μ m〇L/L,Mg2+ 浓度为 〇.2mmoL/L,PCR 反应条件为:94°C 3min,94°C 30sec、60°C 30sec、72°C 30sec,35 个 循环,72°C lOmin。以上述优化好的反应条件进行PCR扩增。
[0060] (3)反应结束后,取50 μ L PCR产物,以1. 5%琼脂糖凝胶进行电泳(120V25min) 检测,观察鉴别牛种布鲁氏菌A19株引物对扩增出562bp的条带,鉴别猪种布鲁氏菌S2疫 苗株扩增出539bp的条带。
[0061] (4)如果上述PCR检测结果与目的条带不符,则说明模板为布鲁氏菌阴性,如果 PCR检测条带大小正确,则对阳性条带进行切胶回收纯化,然后用DNA测序仪进行序列测 定。
[0062] (5)结果判定:
[0063] A19疫苗株鉴别结果判定,使用A19-F引物对纯化的562bp产物进行测序,如果测 序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 5比对后完全匹配,则该样本为A19疫苗株;如果测序 结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 5比对后在第344位点处多出7个核苷酸序列(AGATTTC 或TTTCAGA),则该样本为除A19疫苗株以外的其他布鲁氏菌野毒株或疫苗株;如果测序结 果与SEQ ID No. 5比对,在峰图的序列第354位,即AGATTTCAGA后出现套峰,则该样本为 A19疫苗株和其他布鲁氏菌株混合。
[0064] S2疫苗株鉴别结果判定,使用S2-F引物对纯化的539bp产物进行测序,如果 测序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 6比对后完全匹配,则该样本为S2疫苗株;如果 测序结果峰图为单一峰,与SEQ ID No. 6比对后在第369位点处多出25个核苷酸序列 (TCCCTCATAAATGGCTTTCTTCATA),则该样本为除S2疫苗株以外的其他布鲁氏菌野毒株或疫 苗株;如果测序结果与SEQ ID No. 6比对,在峰图序列第369位点后出现套峰,则该样本为 S2疫苗株和其他布鲁氏菌株混合。
[0065] 实施例二、PCR试剂盒的组装
[0066] (1)配制PCR反应液:
[0067] ①分别设计2对鉴定牛布鲁氏菌A19疫苗株和猪种布鲁氏菌S2疫苗株
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