一种乳杆菌肠道定植能力的测定方法_2

文档序号:9320875阅读:来源:国知局
PCR,分别对六对特异性荧光定量PCR引物的特异性进行PCR检测;
[0045] 其中,PCR 体系 50 y L :10Xbuffer 5 y L ;DNTPs 5 y L ;上游引物 20 ymol/L lyL;下游引物20ymol/L lyL;Taq DNApolymerase 250U 0.5yL;模板 DNA lyL;ddH20 36. 5 u L;
[0046] PCR程序如下:①94°C预变性3min ;②94°C变性30s ;③60°C变性30s ;④72°C延 伸30s ;⑤②~④循环30次;⑥72°C延伸2min ;对扩增产物进行琼脂糖电泳,如果一种乳杆 菌引物只特异性扩增出相应的菌种基因组中的DNA片段,不扩增出其他菌种DNA片段,即表 明该特异性荧光定量PCR引物具有较好扩增特异性,能抵抗同属不同种乳杆菌的干扰,能 够用于后期定量检测。
[0047] 而且,所述步骤⑵中的奠便中细菌基因组的提取采用FastDNA Spin Kit for Soil 试剂盒提取粪便基因组,具体操作方法如下:
[0048] ①称取100-200mg粪便样品于裂解介质管中,加入978ul磷酸盐缓冲液和122ul MT缓冲液;
[0049] ②将裂解介质管在快速核酸提取仪上破碎、混匀,以6m/s的速度处理20s,处理2 次;
[0050] ③将裂解介质管于14000G的转速下离心5-10min,以破碎菌体;取离心的上清转 移至干净的2ml离心管中,加入250ul PPS溶液,于手中振荡10次混匀;
[0051] ④将2ml离心管于14000G的转速下离心5min,之后转移上清至干净的15ml离心 管中;
[0052] ⑤重悬娃土结合液之后加入1ml至上述15ml离心管中;在振荡器上振荡2min使 硅土与DNA结合,静置3min使硅土沉淀;
[0053] ⑥小心地吸除500ul上清,避免接触到硅土结合液;重悬剩余的硅土结合液和残 余的上清,转移600ul重悬的液体至过滤管中,14000G离心lmin,清空接收管中液体,加入 剩余的硅土结合液和残余的上清并离心,清空接收管中液体;
[0054] ⑦加入500ul采用无水乙醇稀释8倍后的盐酸乙醇洗脱母液,用移液器吹打均匀; 之后于14000G条件下离心lmin,清空接收管,重复离心一次,以去除剩余液体;
[0055] ⑧将过滤管换到新的接收管中,室温干燥5min ;
[0056] ⑨加入50-100ul DNA洗脱液溶液,14000G离心lmin,得到粪便基因组,于-20°C保 存,备用。
[0057] 而且,所述步骤⑷中以稀释后的产物为模板进行荧光定量PCR,PCR体系20ul : 2XSYBR染料预混液10ul ;上游引物lul ;下游引物lul ;DNA模板lul ;ddH20 lul ;PCR程序 如下:①95°C预变性3min ;②95°C变性5s ;③60°C变性30s ;④72°C延伸10s ;⑤步骤②~ 步骤④循环40次;⑥熔解曲线,65°C -95°C,0. 5°C /2-5s。
[0058] 而且,所述步骤(5)中荧光定量PCR扩增的具体操作步骤如下:
[0059] PCR体系20ul :2 X SYBR染料预混液10ul ;上游引物lul ;下游引物lul ;DNA模 板lul ;ddH20 lul ;PCR程序如下:①95°C预变性3min ;②95°C变性5s ;③60°C变性30s ; ④72°C延伸10s ;⑤步骤②~步骤④循环40次;⑥熔解曲线,65°C -95°C,0. 5°C /2-5s。
[0060] 而且,所述步骤(6)的具体判断方法如下:
[0061] 将停止摄入乳杆菌后2~14天的受试者粪便中各种乳杆菌的量,与摄入乳杆菌之 前的水平进行比较,高于之前的菌量即表示定植,由此能够得到每株乳杆菌的肠道定植时 间,进一步地能够定量比较每株菌的定植量。
[0062] 本发明取得的优点和有益效果是:
[0063] 本发明针对六种应用较为广泛的乳杆菌一植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、 鼠李糖乳杆菌、瑞士乳杆菌和保加利亚乳杆菌的肠道定植能力进行测定,创新性地利用实 验对象摄入六种或几种混合菌株,收集摄入前后的实验对象粪便,对粪便进行荧光定量检 测就可以批量分析多种菌在肠道的定植情况,大大减少了实验周期,并节约实验动物资源; 同时荧光定量检测分析对分子操作技术要求不高,可简单、快捷操作,动物实验结束后从粪 便提取到数据分析,只需要4-5h便可完成;该发明方法检测精准度高,能准确定量粪便样 品中的乳杆菌的量,可以在分析菌株定植时间的同时准确分析菌株的定植量;是一种可行 的能够广泛推广的菌株肠道定植能力测定方法。
【附图说明】
[0064] 图1为本发明中六种乳杆菌相应的荧光定量PCR引物特异性检测的琼脂糖电泳 图;
[0065] 其中,图1-1为鼠李糖乳杆菌引物特异性测试图,其中最左边为Marker,L1-L9模 板分别为鼠李糖乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、保加利亚乳杆菌、植物乳杆菌、发酵 乳杆菌、干酪乳杆菌、瑞士乳杆菌、嗜热链球菌;
[0066] 图1-2为干酪乳杆菌引物特异性测试图,其中最左边为Marker,L1-L11模板分别 为干酪乳杆菌、干酪乳杆菌、干酪乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、保加利亚乳杆菌、植 物乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、解淀粉芽孢杆菌、嗜热链球菌;
[0067] 图1-3为保加利亚乳杆菌引物特异性测试图,其中最左边为Marker,L1-L9模板 分别为保加利亚乳杆菌、保加利亚乳杆菌、植物乳杆菌、发酵乳杆菌、干酪乳杆菌、瑞士乳杆 菌、鼠李糖乳杆菌、解淀粉芽孢杆菌、嗜热链球菌;
[0068] 图1-4为发酵乳杆菌引物特异性测试图,其中最左边为Marker,Ll-L9模板分别为 发酵乳杆菌、发酵乳杆菌、发酵乳杆菌、保加利亚乳杆菌、植物乳杆菌、干酪乳杆菌、瑞士乳 杆菌、鼠李糖乳杆菌、嗜热链球菌;
[0069] 图1-5为植物乳杆菌引物特异性测试图,其中最左边为Marker,L1-L11模板分 别为保加利亚乳杆菌、发酵乳杆菌、干酪乳杆菌、瑞士乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、解淀粉芽孢杆 菌、植物乳杆菌、植物乳杆菌、植物乳杆菌、嗜热链球菌、格氏乳杆菌;
[0070] 图1-6为瑞士乳杆菌引物特异性测试图,其中最左边为Marker,L1-L11模板分别 为保加利亚乳杆菌、发酵乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、植物乳杆菌、瑞士乳杆菌、瑞 士乳杆菌、瑞士乳杆菌、解淀粉芽孢杆菌、嗜热链球菌、格氏乳杆菌;
[0071] 图2为本发明六种乳杆菌拷贝数与ct值之间的标准曲线图;其中,图2-1为发酵 乳杆菌的实时荧光定量PCR标准曲线图;其中,图2-2为鼠李糖乳杆菌的实时荧光定量PCR 标准曲线图;其中,图2-3为保加利亚乳杆菌的实时荧光定量PCR标准曲线图;其中,图2-4 为瑞士酵乳杆菌的实时荧光定量PCR标准曲线图;其中,图2-5为植物乳杆菌的实时荧光定 量PCR标准曲线图;其中,图2-6为干酪乳杆菌的实时荧光定量PCR标准曲线图;
[0072] 图3为本发明六种乳杆菌的六对特异性荧光定量PCR引物的荧光定量PCR熔解曲 线图;其中,图3-1为保加利亚乳杆菌的实时荧光定量PCR熔解曲线图;图3-2为发酵乳杆 菌的实时荧光定量PCR熔解曲线图;图3-3为瑞士乳杆菌的实时荧光定量PCR熔解曲线图; 图3-4为干酪乳杆菌的实时荧光定量PCR熔解曲线图;图3-5为鼠李糖乳杆菌的实时荧光 定量PCR熔解曲线图;图3-6为植物乳杆菌的实时荧光定量PCR熔解曲线图;
[0073] 图4为本发明中不同时期粪便样品的扩增曲线图。
【具体实施方式】
[0074] 下面结合实施例,对本发明进一步说明;下述实施例是说明性的,不是限定性的, 不能以下述实施例来限定本发明的保护范围。
[0075] 本发明中所使用的原料,如无特殊说明,均为常规的市售产品;本发明中所使用的 方法,如无特殊说明,均为本领域的常规方法。
[0076] 本发明中混合菌液/菌粉为含有植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、鼠李糖乳 杆菌、瑞士乳杆菌和保加利亚乳杆菌这六种乳杆菌的混合菌液/菌粉。
[0077] 本发明中可以采用FastDNA Spin Kit for Soil试剂盒提取奠便基因组,其方法 如下:
[0078] ①称取100_200mg奠便样品于Lysing Matrix E(裂解介质)管中,加入978ul Sodium phosphate Buffer (磷酸盐缓冲液)和 l22ul MT Buffer (缓冲液);
[0079] ②将Lysing Matrix E (裂解介质)管在快速核酸提取仪上破碎、混勾,以6m/s的 速度处理20s,处理2次;
[0080] ③将Lysing Matrix E (裂解介质)管于14000G的转速下离心5-10min,以破碎 菌体;取离心的上清转移至干净的2ml离心管中,加入250ul PPS溶液,于手中振荡10次混 匀;
[0081] ④将2ml离心管于14000G的转速下离心5min,之后转移上清至干净的15ml离心 管中;
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