一种乳杆菌肠道定植能力的测定方法_3

文档序号:9320875阅读:来源:国知局
] ⑤重悬Binding Matrix Suspension (娃土结合液)之后加入lml至上述15ml离 心管中;在振荡器上振荡2min使娃土与DNA结合,静置3min使娃土沉淀;
[0083] ⑥小心地吸除500ul上清,避免接触到硅土结合液;重悬剩余的硅土结合液和残 余的上清,转移600ul重悬的液体至过滤管中,14000G离心lmin,清空接收管中液体,加入 剩余的硅土结合液和残余的上清并离心,清空接收管中液体;
[0084] ⑦加入500ul采用无水乙醇稀释8倍后的盐酸乙醇洗脱母液,用移液器吹打均匀; 之后于14000G条件下离心lmin,清空接收管,重复离心一次,以去除剩余液体;
[0085] ⑧将SPIN Filte (过滤管)换到新的接收管中,室温干燥5min ;
[0086]⑨加入50-100ul DES溶液(DNA洗脱液),14000G离心lmin,得到粪便基因组, 于-20°C保存,备用。
[0087] 所述以稀释后的产物为模板进行荧光定量PCR,PCR体系20ul :2XSYBR Green Supermix (染料预混液)10ul ;上游引物lul ;下游引物lul ;DNA模板lul ;ddH20 lul ;PCR 程序如下:①95°C预变性3min ;②95°C变性5s ;③60°C变性30s ;④72°C延伸10s;⑤步骤 ②~步骤④循环40次;⑥熔解曲线,65°C -95°C,0. 5°C /2-5s。
[0088] 本发明中对六对特异性荧光定量PCR引物的扩增特异性的检测可以采用如下方 法,步骤如下:
[0089] 第一步:准备六种乳杆菌的纯培养物,进行细菌基因组的提取,细菌基因组提取方 法如下:①取培养过夜后的六种菌液l-2ml至EP管中,10000r/min离心2min,弃上清得菌 体;
[0090] ②加入l_2ml无菌水吹打洗菌体后,10000r/min离心2min,弃上清得菌体;
[0091] ③加入200ul SDS裂解液,混匀后在65-80°C恒温保温20-30min ;
[0092] ④加入200-300ul酚-氯仿于菌体裂解液中,颠倒混匀后12000r/min离心 5-lOmin,取上清 200ul ;
[0093] ⑤加入400-500ul冰乙醇于200ul上清液中,-20°C静止30-50min之后,12000r/ min离心5-10min,弃上清;
[0094] ?加入500111 70%冰乙醇重悬沉淀,1200(^/111111离心1-3111111,弃上清,常温干燥;
[0095] ⑦用50-100ul ddH20溶解沉淀,即得乳杆菌基因组,之后于_20°C保存、备用;
[0096] 第二步:以得到的乳杆菌基因组为模板,采用六对特异性荧光定量PCR引物进行 普通PCR,分别对六对特异性荧光定量PCR引物的特异性进行PCR检测;
[0097]其中,PCR体系50 y L :10Xbuffer 5 y L ;DNTPs 5 y L ;上游引物(20 ymol/ L) 1 y L ;下游引物(20 y mol/L) 1 y L ;Taq DNApolymerase (250U) 0? 5 y L;模板DNA 1 y L ; ddH20 36. 5 y L;
[0098] PCR程序如下:①94°C预变性3min;②94°C变性30s;③60°C变性30s;④72°C延 伸30s ;⑤②~④循环30次;⑥72°C延伸2min ;对扩增产物进行琼脂糖电泳,如果一种乳杆 菌引物只特异性扩增出相应的菌种基因组中的DNA片段,不扩增出其他菌种DNA片段,即表 明该特异性荧光定量PCR引物具有较好扩增特异性,能抵抗同属不同种乳杆菌的干扰,能 够用于后期定量检测。
[0099] 实施例1乳杆菌在小鼠肠道定植能力测定
[0100] 采用SPF(无特定病原体动物)级小鼠为实验模型,通过灌胃混合菌液及后期收 集、检测粪便中这六种菌的量来测定小鼠在肠道的定植能力。
[0101] (1)分别制备植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、瑞士乳杆菌和 保加利亚乳杆菌这六种乳杆菌菌粉,平板计数计算菌粉中活菌数,制备含有六种乳杆菌的 混合菌粉,保证其中每种菌的浓度相同,混合菌粉于-20°c保存备用。
[0102] (2)购买4-6周龄SPF级小鼠,于实验动物中心屏障环境饲养,试验分为两个组,每 组8只小鼠,一组为实验组,每只小鼠每天灌胃200ul分别含有10 SCFU的六种乳杆菌的混 合菌液,另外一组为对照组,每只每天灌胃200ul的脱脂乳,试验周期为14天。收集灌胃前 及灌胃停止后4、6、8、10、12、14天的小鼠粪便,于-80°C保存,备用。
[0103] (3)准确称取100mg步骤(2)中所述小鼠粪便样品,采用FastDNA Spin Kit for Soil试剂盒提取粪便基因组。
[0104] (4)通过NCBI检索得到植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、瑞 士乳杆菌、保加利亚乳杆菌等乳杆菌的16SrRNA序列,通过比对这些序列,找到一种乳杆菌 与其他乳杆菌有差异的可变区序列,根据这些序列采用premierf. 0软件设计特异性引物, 使用该引物能特异性的扩增出该种类的乳杆菌,达到定量检测的目的,采用常规PCR检测 其特异性;
[0105] 其中,PCR模板分别为六种乳杆菌的细菌基因组,其中PCR体系50 y L : 10 X buffer 5 y L ;DNTP 5 y L ;上游引物(20 y mol/L) 1 y L ;下游引物(20 y mol/L) 1 y L ;Taq DNA polymerase (250U) 0? 5 y L ;模板 DNA 1 y L ;ddH20 36. 5 y L。PCR 程序如下:① 94°C预变性 3min ;②94°C变性30s ;③60°C变性30s ;④72°C延伸30s ;⑤②~④循环30次;⑥72°C延 伸2min ;对扩增产物进行琼脂糖电泳,电泳图见附图1,由图1可知,六对引物均具有较好的 特异性。
[0106] (5)采用上述的六种乳杆菌的基因组为模板,分别采用相应的特异性引物进行普 通PCR,对得到的PCR产物进行切胶回收,测定回收产物的浓度,将浓度换算成拷贝数,DNA 浓度与拷贝数之间的换算公式如下:
[0107] Copies/ul=6. 02*1023* [ (ng/ul*10 9) / (size in bp*660)],
[0108] 之后将回收产物梯度稀释,使其拷贝数在1〇2-1〇1(]之间。以梯度稀释后的产物为 模板进行荧光定量PCR;
[0109] 其中,荧光定量 PCR 体系 20ul :2XSYBR Green Supermix 10ul ;上游引物 lul ; 下游引物lul ;模板lul ;ddH20 lul ;PCR程序如下:①95°C预变性3min ;②95°C变性5s ; ③60°C变性30s ;④72°C延伸10s ;⑤步骤②~步骤④循环40次;⑥熔解曲线,65°C _95°C, 0. 5°C /2-5s ;以拷贝数和得到的稀释样品ct值制作标准曲线,同时观察六种引物的熔解曲 线中峰是否为单一峰,是则说明该引物能够特异性扩增出单一的片段,六种乳杆菌的标准 曲线和熔解曲线分别见附图2、附图3,由图3可以看到六种引物的荧光定量PCR产物均具 有单一的熔解峰,表明六对引物具有良好的扩增特异性,可用于后期的荧光定量实验。
[0110] (6)以粪便基因组为模板,采用表1中六种引物进行荧光定量PCR反应,每个粪便 样品基因组分别采用六种引物进行荧光定量,每个反应做三个平行,检测结果如图4所示, 由图可以看出,大部分的样品的ct值在10-25之间,属于有效数据,就可以用于定量分析。
[0111] (7)将以不同粪便样品荧光定量得到的ct值带入相应的标准曲线中计算出拷贝 数,换算成每克粪便中的量,不同阶段粪便中六种菌的含量见表2,比较同一种菌在灌胃结 束后4、6、8、10、12、14天与灌胃之前的量,若前者高于后者表明该菌至少定植至当天,同时 可比较不同菌的定植量,分析定植能力。由表2中数据可看出各菌的肠道定植时间,在喂 食小鼠的六种菌中,植物乳杆菌的量在停止摄入菌粉14天后依然保持在7. 02±0. 34(lg 拷贝数/g粪便),相较未摄入菌粉前的6. 02±0. 79 (lg拷贝数/g粪便)来说,提高了一 个数量级,表明植物乳杆菌P1菌能够以高出原始菌量一个数量级的水平定植肠道14天, 分析其他数据可知干酪乳杆菌C1也有相同的定植趋势,这两株菌在六株菌中具有最好的 肠道定植能力;而发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌的量在停止摄入菌粉后的两周内,都在初始量 6. 16±0. 16、7. 6±0. 22 (lg拷贝数/g奠便)左右波动,表明发酵乳杆菌F1和瑞士乳杆菌 H1分别以较低的定植量于小鼠肠道中定植12天和8天,具有较弱的肠道定植能力,而保加 利亚乳杆菌B1及鼠李糖乳杆菌R1以较低的定植量定植14天。实验结果说明本发明可以 方便、快捷的测定多种菌株的肠道定植天数与定植量。
[0112] 实施例2乳杆菌在人体肠道定植能力测定
[0113] 采用健康成人为实验对象,
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