Egfr抑制剂的敏感性的预测方法_3

文档序号:9354538阅读:来源:国知局
44(1997)"中公开的化合物6-(2, 6-二氯苯基)-2-(4-(2-二乙氨基)苯氨 基)-8-甲基-8H-吡啶并(2, 3-d)嘧啶-7-酮(也称作TO166285)。在本发明的敏感性预 测方法中,优选预测对这些EGFR抑制剂中的一种或两种以上的敏感性。其中,优选预测对 西妥昔单抗或帕尼单抗的敏感性。
[0065] 在本发明的敏感性预测方法中,作为对EGFR抑制剂的敏感性进行预测的对象的 肿瘤而言,只要是EGFR介导性肿瘤(癌)即在肿瘤形成中EGFR起到某些作用的肿瘤,就没 有特别限定。在该肿瘤中包括:脑、肝脏、肾脏、膀胱、乳房、胃、卵巢、结肠直肠、前列腺、胰 腺、乳房、肺、外阴部、甲状腺、结肠直肠、食道、肝的癌,肉瘤,胶质母细胞瘤,头颈部肿瘤,白 血病以及淋巴类恶性肿瘤。进一步详细而言,可以包括:神经母细胞瘤、肠癌(例如,直肠 癌、大肠癌、家族性腺瘤性息肉癌以及遗传性非息肉病性大肠癌)、食道癌、唇癌、喉癌、下咽 癌、舌癌、唾液腺癌、胃癌、腺癌、甲状腺髓样癌、甲状腺乳头状癌、肾癌、肾实质癌、卵巢癌、 子宫颈癌、子宫体癌、子宫内膜癌、绒毛膜癌、胰腺癌、前列腺癌、睾丸癌、乳腺癌、输尿管癌、 黑色素瘤、脑肿瘤(例如,胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、脑膜瘤、髓母细胞瘤以及外周神经外 胚层肿瘤)、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、急性淋巴细胞白血病(ALL)、 慢性淋巴细胞白血病(CLL)、急性骨髓性白血病骨(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、成人 T细胞白血病、肝细胞癌、胆囊癌、支气管癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、多发性骨髓瘤、基 底细胞癌、畸胎瘤、成视网膜细胞瘤、脉络膜黑色素瘤、精原细胞瘤、横纹肌肉瘤、颅咽管瘤 (craniopharyngeoma)、骨肉瘤、软骨肉瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、纤维肉瘤、尤因肉瘤以及 浆细胞瘤。作为在本发明的敏感性预测方法中成为预测对象的肿瘤,优选为选自于由大肠 癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、肝癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、肾癌、食道癌、头颈部癌、子宫癌 以及子宫颈癌所组成的组中的一种或两种以上。
[0066] 在本发明的敏感性预测方法中,作为对EGFR抑制剂的敏感性进行预测的对象的 肿瘤,可以是原发灶(原发性肿瘤)也可以是转移灶(转移性肿瘤)。
[0067] 另外,还可以是复发性肿瘤。而且,肿瘤可存在于受试者体内的多个位置。
[0068] 在本发明的敏感性预测方法中,优选就复发性肿瘤对EGFR抑制剂的敏感性进行 预测。例如,能够通过使用从过去曾接受过肿瘤部分的外科切除治疗的受试者、过去曾被给 药过EGFR抑制剂的受试者中采集的血液样品,来预测复发性肿瘤、转移灶对EGFR抑制剂的 敏感性。此外,在受试者过去曾被给药过EGFR抑制剂的情况下,优选使用在给药EGFR抑制 剂后经过60天之后所采集的血液样品。在EGFR抑制剂治疗的治疗期间,为了一边预测对 该EGFR抑制剂的敏感性一边进行治疗,优选持续实施本发明的敏感性预测方法。通常,用 于肿瘤标志物检查的血液采样约一个月一次,CT检查约三个月一次,因此,从与之平衡的观 点出发认为,优选每60天左右实施一次本发明的敏感性预测方法。
[0069] 另外,在本发明的敏感性预测方法中所使用的血液样品,可以是从过去曾对EGFR 抑制剂表现出耐药性的受试者中所采集的样品。即使是过去曾对EGFR抑制剂表现出耐药 性的受试者,若没有从血液样品中检测到变异型KRAS基因来源的核酸或其蛋白质,则能够 判断该受试者在其血液样品被采集时对EGFR抑制剂有敏感性。因此,能够判断通过服用 EGFR抑制剂而获得肿瘤缩小效果的可能性高。相反地,若从血液样品中检测到变异型KRAS 基因来源的核酸或其蛋白质,则能够判断该受试者在其血液样品被采集时对EGFR的敏感 性低,而且即使服用EGFR抑制剂也无法获得肿瘤缩小效果的可能性高。
[0070] 本发明的敏感性预测方法,也优选针对从再次给药EGFR抑制剂的受试者中采集 的血液样品进行实施。在此,所谓"再次给药EGFR抑制剂的受试者"是指:在接受过EGFR 抑制剂的给药治疗后,正在接受与该EGFR抑制剂给药治疗不同的其他抗肿瘤疗法,并计划 随后再次接受EGFR抑制剂的给药治疗的受试者。虽然有时在给药EGFR抑制剂的情况下会 获得耐受性,但是,通过在再次给药前预先检查血中的KRAS的状况,能够预测再次给药中 的EGFR抑制剂的有效性。即,若在再次给药前从采自受试者的血液样品中未检测到变异型 KRAS基因来源的核酸或其蛋白质,则能够判断该受试者对EGFR抑制剂有敏感性,而且通过 再次给药EGFR抑制剂而获得肿瘤缩小效果的可能性高。相反地,若从血液样品中检测到变 异型KRAS基因来源的核酸或其蛋白质,则能够判断即使再次给药EGFR抑制剂也无法获得 肿瘤缩小效果的可能性高。
[0071] 此外,作为再次给药EGFR抑制剂之前所接受的其他抗肿瘤疗法,能够根据受试者 的病理状况,从公知的抗肿瘤疗法中适当选择使用。作为上述其他抗肿瘤疗法,具体而言, 可举出放射线治疗、化疗药物的给药治疗、与已给药的EGFR抑制剂不同种类的分子靶向药 物的给药治疗等。作为所述其他抗肿瘤疗法,也可以是一种或两种以上的抗肿瘤疗法的联 合疗法。例如,作为本发明的敏感性预测方法,优选分子靶向药物的给药治疗和化疗药物的 给药治疗的联合疗法。
[0072] 作为上述化疗药物并没有限定,可以是具有细胞毒性或细胞分裂抑制性的化合 物。具体而言,包括:(i)代谢拮抗剂,例如,氟尿嘧啶、阿糖胞苷、氟达拉滨、5-氟-2'-脱 氧尿苷、吉西他滨、羟基脲或氨甲蝶呤;(ii)DNA断裂剂,例如博来霉素;(iii)DNA交 联剂,例如,苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺或氮芥;(iv)嵌入剂,例如,阿霉素(多柔比 星)或米托蒽醌;(v)蛋白质合成抑制剂,例如,L-天冬酰胺酶、放线菌酮、嘌呤霉素或 白喉毒素;(vi)拓扑异构酶I毒素,例如,喜树碱或托泊替康;(vii)拓扑异构酶II毒 素,例如,依托泊苷(VP-16)或替尼泊苷;(viii)微管相关剂,例如,秋水仙碱、秋水 仙素、紫杉醇(paclitexel)、长春碱或长春新碱;(ix)激酶抑制剂,例如,黄酮类抗肿 瘤药(flavopiridol)、星形孢菌素、STI571 (CPG57148B)或UCN-01 (7-羟基星形孢菌 素);(x)各种临床研究用新药,例如,Thioplatin(含有铂硫键的配合物)、PS-341、 Phenylbutyrate (苯丁酸盐(酯))、ET-18-0CH3或法尼基转移酶抑制剂(L-739749, L-744832);多酚类,例如槲皮素、白藜芦醇、白皮杉醇、表没食子儿茶素没食子酸酯、茶黄素 类、黄烷醇类、原花青素类、桦木酸及其衍生物;(xi)激素,例如,糖皮质激素或芬维A胺; (vii)抗激素,例如,他莫昔芬、非那雄胺或LHRH拮抗剂。另外,还含有亚叶酸、奥沙利铂、伊 立替康、道诺霉素、泰索帝以及丝裂霉素C。在上述其他抗肿瘤疗法中,可以仅使用这些化疗 药物中的一种,也可以组合两种以上使用。
[0073] 针对从接受EGFR抑制剂的给药治疗后进行化疗药物的给药治疗并预定随后进一 步再次给药EGFR抑制剂的受试者中采集的血液样品实施本发明的敏感性预测方法的情况 下,作为该化疗药物,优选为选自于由氟尿嘧啶、亚叶酸、奥沙利铂、伊立替康、阿糖胞苷、氟 达拉滨、吉西他滨、羟基脲、甲氨蝶呤、博莱霉素、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、阿霉素、米托 蒽醌、喜树碱、托泊替康、替尼泊苷、秋水仙胺、秋水仙碱、紫杉醇、长春碱、长春新碱以及他 莫昔芬所组成的组中的一种或两种以上。
[0074] 作为上述分子靶向药物,具体而言,可举出选自于由西妥昔单抗、帕尼单抗、贝伐 单抗、吉非替尼、厄洛替尼、瑞格非尼、克唑替尼、舒尼替尼、索拉非尼、依维莫司、曲妥单抗、 拉帕替尼以及利妥昔单抗所组成的组中的一种或两种以上。
[0075] 在上述工序(a)中,血液样品中的KRAS的状况可由蛋白质水平确定,也可由核酸 水平(基因组DNA或mRNA)确定。在本发明的敏感性预测方法中,从能够以高灵敏度进行 检测的观点出发,优选以KRAS基因来源的核酸作为测定对象。具体而言,优选通过检查是 否从该血液样品中的循环DNA中检测到野生型和变异型的KRAS基因来源的核酸来确定上 述血液样品中是否存在KRAS,以及确定其是野生型还是变异型。所谓KRAS基因来源的核 酸,可举出:将KRAS基因的基因组DNA的全长或其中一部分、KRAS基因的mRNA的全长或其 中一部分、上述mRNA的全长或其中一部分作为模板而得到的cDNA ;或者,采用聚合酶链反 应(PCR)等对它们进行人工扩增而得到的扩增产物。
[0076] 依照常规方法,能够检测血液样品中KRAS基因来源的核酸,并确定所检测到的 KRAS基因来源的核酸的基因型。
[0077] 例如,对于血液样品中的KRAS的存在及其状况而言,能够通过使用数字PCR以 检测到血液样品中所含的KRAS基因来源的核酸来进行确定。特别是通过使用伯乐公司 (Bio-Rad 社)的液滴数字 PCR(ddPCR)技术(Hindson,et.al.,Analytical Chemistry, 2011,vol. 83(22),pp. 8604 - 8610),能够以高灵敏度进行检测。液滴的数量越多,解析精 度越高。为了确保检测到〇. 01 %的突变的性能,每检测一个突变则需要10000个液滴。为 此,优选规定PCR的Master Mix预混液中的表面活性剂浓度。例如,作为DNA延伸酶等的 保存溶液所使用的乙二醇或甘油的终浓度优选是〇. 15 %以下,或者Triton-X的终浓度优 选是0. 0003%以下。一旦上述表面活性剂达到上述终浓度以上,由液滴所造成的乳液数量 急剧降低,变得很难以高灵敏度检测突变。
[0078] 另外,也优选:使用从血液样品得到的核酸和核酸片段进行15~50个循环的第一 次PCR,由此使该核酸中所含的变异型KRAS的等位基因拷贝数的绝对量增加后,再稀释至 106个拷贝数左右,然后实施公知的突变检测方法。基于该方法可使反应体系中存在的变异 型的总数增加,因此,即使突变的种类增加,也能够降低在物理上不存在变异型等位基因的 情况下不能检测的可能性。进而,也可将该方法与上述数字PCR组合使用。
[0079] 作为其他方法,例如,可举出:通过以血液样品中的核酸作为模板的PCR等对包含 编码KRAS基因中的变异部位的编码区域的片段进行扩增后,针对该扩增产物,以高灵敏度 检测其是否接触可特异性地与KRAS的特定的基因型杂交的探针而形成了杂合体的方法。 也优选在进行杂交之前,对上述扩增产物的稀释物进行乳液PCR。<
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