Cd36鉴定癌症对象以用于治疗的用图_4

文档序号:9602123阅读:来源:国知局
为成熟的8-llkDa部分糖基化形式的个体鞘脂激活蛋白分子(0'Brien J.S.,andKishimotoY,TheFASEBJ.,5 :301-8,1991;KishimotoΥ·等,J.LipidRes. 33 : 1255-67,1992)。鞘脂激活蛋白原被加工成4种裂解产物:鞘脂激活蛋白A、鞘脂激活蛋白 B、鞘脂激活蛋白C和鞘脂激活蛋白D。Psap前蛋白原同种型A、B和C的氨基酸序列以及裂 解产物鞘脂激活蛋白A的氨基酸序列如下:
[0086] Psap前蛋白原同种型A
[0087] MYALFLLASLLGAALAGPVLGLKECTRGSAVWCQNVKTASDCGAVKHCLQTVWNKPTVKSLPCDICKDV VTAAGDMLKDNATEEEILVYLEKTCDWLPKPNMSASCKEIVDSYLPVILDIIKGEMSRPGEVCSALNLCESLQKHLA ELNHQKQLESNKIPELDMTEVVAPFMANIPLLLYPQDGPRSKPQPKDNGDVCQDCIQMVTDIQTAVRTNSTFVQALV EHVKEECDRLGPGMADICKNYISQYSEIAIQMMMHMQPKEICALVGFCDEVKEMPMQTLVPAKVASKNVIPALELVE PIKKHEVPAKSDVYCEVCEFLVKEVTKLIDNNKTEKEILDAFDKMCSKLPKSLSEECQEVVDTYGSSILSILLEEVS PELVCSMLHLCSGTRLPALTVHVTQPKDGGFCEVCKKLVGYLDRNLEKNSTKQEILAALEKGCSFLPDPYQKQCDQF VAEYEPVLIEILVEVMDPSFVCLKIGACPSAHKPLLGTEKCIWGPSYWCQNTETAAQCNAVEHCKRHVffN(SEQID NO:10)
[0088] Psap前蛋白原同工型B
[0089] MYALFLLASLLGAALAGPVLGLKECTRGSAVWCQNVKTASDCGAVKHCLQTVWNKPTVKSLPCDICKDV VTAAGDMLKDNATEEEILVYLEKTCDWLPKPNMSASCKEIVDSYLPVILDIIKGEMSRPGEVCSALNLCESLQKHLA ELNHQKQLESNKIPELDMTEVVAPFMANIPLLLYPQDGPRSKPQPKDNGDVCQDCIQMVTDIQTAVRTNSTFVQALV EHVKEECDRLGPGMADICKNYISQYSEIAIQMMMHMQDQQPKEICALVGFCDEVKEMPMQTLVPAKVASKNVIPALE LVEPIKKHEVPAKSDVYCEVCEFLVKEVTKLIDNNKTEKEILDAFDKMCSKLPKSLSEECQEVVDTYGSSILSILLE EVSPELVCSMLHLCSGTRLPALTVHVTQPKDGGFCEVCKKLVGYLDRNLEKNSTKQEILAALEKGCSFLPDPYQKQC DQFVAEYEPVLIEILVEVMDPSFVCLKIGACPSAHKPLLGTEKCIWGPSYWCQNTETAAQCNAVEHCKRHVffN(SEQ IDNO:11)
[0090] Psap前蛋白原同工型C
[0091] MYALFLLASLLGAALAGPVLGLKECTRGSAVWCQNVKTASDCGAVKHCLQTVWNKPTVKSLPCDICKDV VTAAGDMLKDNATEEEILVYLEKTCDWLPKPNMSASCKEIVDSYLPVILDIIKGEMSRPGEVCSALNLCESLQKHLA ELNHQKQLESNKIPELDMTEVVAPFMANIPLLLYPQDGPRSKPQPKDNGDVCQDCIQMVTDIQTAVRTNSTFVQALV EHVKEECDRLGPGMADICKNYISQYSEIAIQMMMHMDQQPKEICALVGFCDEVKEMPMQTLVPAKVASKNVIPALEL· VEPIKKHEVPAKSDVYCEVCEFLVKEVTKLIDNNKTEKEILDAFDKMCSKLPKSLSEECQEVVDTYGSSILSILLEE VSPELVCSMLHLCSGTRLPALTVHVTQPKDGGFCEVCKKLVGYLDRNLEKNSTKQEILAALEKGCSFLPDPYQKQCD QFVAEYEPVLIEILVEVMDPSFVCLKIGACPSAHKPLLGTEKCIWGPSYWCQNTETAAQCNAVEHCKRHVffN(SEQ IDNO:12)
[0092] 鞘脂激活蛋白A
[0093] SLPCDICKDWTAAGDMLKDNATEEEILVYLEKTCDWLPKPNMSASCKEIVDSYLPVILDIIKGEMSRP GEVCSALNLCES(SEQIDNO: 13)
[0094] 本公开内容的一些方面涉及Psap肽及其用途。Psap肽包含最初来源于鞘脂激活 蛋白A片段的序列。以前已经表明由少至4个氨基酸组成的鞘脂激活蛋白A的片段以及这 些片段的变体具有抗血管发生和抗癌活性。Psap肽和制备Psap肽的方法是本领域中已知 的(参见,例如PCT公开W02009002931 和W0/2011/084685;PCT申请PCT/US2012/71424, 其以PCT公开W0/2013/096868公开,以及美国专利申请12/640, 788和13/516, 511,其全部 通过引用以其整体并入本文)。
[0095] 在一些实施方案中,Psap肽包含氨基酸序列CDWLPK(SEQIDNO:1)、DWLPK(SEQID NO:2)或DWLP(SEQIDNO:3),或者其氨基酸替换变体,其中所述氨基酸替换是:
[0096]a)酪氨酸⑴替换色氨酸(W);
[0097] b)选自缬氨酸(V)、丙氨酸(A)或甘氨酸(G)或者类似大小的非标准氨基酸或其 衍生物的氨基酸替换亮氨酸(L);
[0098] c)精氨酸(R)替换赖氨酸(K);
[0099] d)天冬氨酸(D)的D-异构体替换天冬氨酸(D)的L-异构体和/或亮氨酸(L)的 D-异构体替换亮氨酸(L)的L-异构体;
[0100] e)色氨酸(W)的D-异构体替换色氨酸(W)的L-异构体和/或脯氨酸⑵的D-异 构体替换脯氨酸(P)的L-异构体;或其组合。在一些实施方案中,Psap肽包含氨基酸序列 CDWLPK(SEQIDN0:1)、DWLPK(SEQIDN0:2)或DWLP(SEQIDN0:3)。
[0101] 应理解的是,Psap肽可以为任何长度。在一些实施方案中,Psap肽的长度为4、5、 6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、 33、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95 或 100 或更多个氨基 酸。在一些实施方案中,Psap肽的长度为 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、 60、65、70、75、80、85、90、95、100、200、300、400、500 或更少个氨基酸。在一些实施方案中, Psap肽的长度为 4-500、4-400、4-300、4-200、4-100、4-90、4-80、4-70、4-60、4-50、4-40、 4- 30、4-25、4-20、5-500、5-400、5-300、5-200、5-100、5-90、5-80、5-70、5-60、5-50、5-40、 5- 30、5-25、5-20、6-500、6-400、6-300、6-200、6-100、6-90、6-80、6-70、6-60、6-50、6-40、 6- 30、6-25或6-20个氨基酸。
[0102] 应理解的是,CDWLPK(SEQIDN0 :1)、DWLPK(SEQIDNO:2)或DWLP(SEQIDN0 : 3)侧翼的氨基酸可以是鞘脂激活蛋白A或鞘脂激活蛋白原中存在的天然侧翼氨基酸(例 如,LEKTCDffLPKPNMS(SEQIDNO:14),有下划线的氨基酸是鞘脂激活蛋白A中DWLP(SEQ IDN0:3)序列的天然侧翼氨基酸。因此,在一些实施方案中,Psap肽包含氨基酸序列 DWLPKP匪S(SEQIDN0:15)、CDWLPKPNM(SEQIDN0:16)、TCDWLPKPN(SEQIDN0:17)、 KTCDWLPKP(SEQIDN0:18)、EKTCDWLPK(SEQIDN0:19)、LEKTCDWLP(SEQIDN0:20)或 其氨基酸替换变体,其中替换发生在CDWLPK(SEQIDN0:1)、DWLPK(SEQIDN0:2)或 DWLP(SEQIDN0:3)中。Psap肽的另一些实例包括但不限于DWLPKPNMS(SEQIDN0:21)、 CDWLPKPNM(SEQIDN0:22)、TCDWLPKPN(SEQIDN0:23)、KTCDWLPKP(SEQIDN0:24)、 EKTCDWLPK(SEQIDN0:25)和LEKTCDWLP(SEQIDN0:26)。另一些Psap肽的实例包括 但不限于DWLPKPNM(SEQIDN0:27)、CDWLPKPN(SEQIDN0:28)、TCDWLPKP(SEQIDNO: 29)、KTCDWLPK(SEQIDNO:30)、EKTCDWLP(SEQIDNO:31)、DWLPKPN(SEQIDNO:32)、 CDWLPKP(SEQIDN0:33)、TCDWLPK(SEQIDN0:34)、KTCDWLP(SEQIDN0:35)、DWLPKP(SEQ IDN0:36)、CDWLPK(SEQIDN0:1)、TCDWLP(SEQIDN0:37)、DWLPK(SEQIDN0:2)、 CDWLP(SEQIDN0:38)和DWLP(SEQIDN0:3)。
[0103] 还应理解的是CDWLPK(SEQIDNO:1)、DWLPK(SEQIDNO:2)或DWLP(SEQIDNO:3) 侧翼的氨基酸不一定是鞘脂激活蛋白A或鞘脂激活蛋白原中存在的天然侧翼氨基酸,反而 可以是任何氨基酸。因此,Psap肽可包含任何数目和同一性的侧翼氨基酸。在一些实施方 案中,侧翼氨基酸可包含抗体或抗体Fc结构域、血清转铁蛋白或其部分、白蛋白或运甲状 腺素蛋白(参见,例如G.M.Subramanian,(2007),NatureBiotechnology25,1411-141)〇
[0104] 可使用本领域中任何已知方法合成Psap肽。示例性合成方法包括但不限于:重 组合成、液相合成、固相合成、化学连接(参见,例如MolecularCloning:ALaboratory Manual,J.Sambrook等编辑,第三版,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpring Harbor,NewYork,2001;CurrentProtocolsinMolecularBiology,F.M.Ausubel等编 辑,JohnWiley&Sons,Inc.,NewYork;Schnolzer,M.A.,P. ;Jones,A. ;Alewood,D. ;Kent, S.B.H. (2007)."InSituNeutralizationinBoc-chemistrySolidPhasePeptide Synthesis" .Int.J.PeptideRes.Therap. 13(1-2) :31-44 ;Albericio,F. (2000). Solid-PhaseSynthesis:APracticalGuide(led.).BocaRaton:CRCPress.第 848 页; 和NilssonBL,SoellnerMB,RainesRT(2005)."ChemicalSynthesisofProteins". Annu.Rev.Biophys.Biomol.Struct. 34 :91-118 ;以及美国专利No. 4, 749, 742、4, 794, 150、 5, 552, 471、5, 637, 719、6, 001,966、7, 038, 103、7, 094, 943、7, 176, 282 和 7, 645, 858,其整 个内容通过引用并入本文)。
[0105] 在一些实施方案中,Psap肽可以是经修饰的,例如,通过寡聚或聚合(例如, 二聚体、三聚体、多聚体等)、氨基酸残基或肽骨架的修饰、交联、环化、缀合、聚乙二醇化 (pegylation)、糖基化、乙酰化、磷酸化、与另外的异源氨基酸序列(例如,抗体或抗体Fc 结构域、血清转铁蛋白及其部分、白蛋白或运甲状腺素蛋白)融合,或者大幅改变肽的稳定 性、溶解度或其他性质同时基本上保持或增强治疗活性的其他修饰。缀合可以是例如与聚 合物缀合。合适的聚合物包括例如聚乙二醇(PEG)、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙烯醇、聚氨基酸、 二乙烯醚马来酸酐、N-(2-羟丙基)-甲基丙烯酰胺、葡聚糖、葡聚糖衍生物(包括硫酸葡聚 糖)、聚丙二醇、聚氧乙烯化多元醇、肝素、肝素片段、多糖、纤维素和纤维素衍生物(包括甲 基纤维素和羧甲基纤维素)、淀粉和淀粉衍生物、聚亚烷基二醇及其衍生物、聚亚烷基二醇 及其衍生物的共聚物、聚乙烯乙醚和α,β-聚[(2-羟乙基)-DL_天冬酰胺等,或者它们 的混合物。缀合可通过接头(例如肽或化学接头)来进行。修饰肽的方法是本领域中公 知的(参见,例如美国专利No. :5, 180, 816、5, 596, 078、5, 990, 273、5, 766, 897、5, 856, 456、 6, 423, 685、6, 884, 780、7, 610, 156、7, 256, 258、7, 589, 170 和 7, 022, 673 以及PCT公开TO 2010/014616,其内容通过引用并入本文)。
[0106] 在一些实施方案中,Psap肽是环肽。环肽是其氨基末端与羧基末端利用肽键或其 他共价键连接在一起形成环状链的多肽链。在一个实施方案中,肽包含氨基和羧基末端半 胱氨酸氨基酸残基。半胱氨酸有利于S-S二硫键形成。在一个实施方案中,肽包含另外的 半胱氨酸氨基酸残基,其中所述半胱氨酸氨基酸残基在末端附近,但是未必在最末端。在一 些实施方案中,半胱氨酸氨基酸残基在肽末端的五个氨基酸残基之内。设计和合成环肽的 方法是本领域中公知的,例如,美国专利No. 5, 596, 078、5, 990, 273、7, 589, 170和美国专利 申请No. 20080287649中所述。
[0107] 在一些实施方案中,对Psap肽进行功能修饰以增强稳定性。在一些实施方案中, Psap肽包含N末端乙酰基和/或C末端酰胺基。在一些实施方案中,Psap肽包含N末端 乙酰基和C末端酰胺基。在一些实施方案中,Psap肽是Ac-dWIP-酰胺或Ac-DWLP-酰胺 (Ac=乙酰基,小写字母D和L分别指D-氨基酸,SEQIDN0 :39和40)。在一些实施方案 中,Psap肽的化学修饰包括但不限于包含烷基、烷氧基、羟烷基、烷氧基烷基、烷氧基羰基、 烯基、炔基、环烷基、氣基、烷基氣基、氣基烷基、^烷基氣基、氣基^烷基、卤素、杂原子、碳 环(carbocycle)、碳环基、碳环(carbocyclo)、碳环的(carbocyclic)、芳基、芳烷基、芳烧 氧基、芳氧基烷基、杂环(heterocycle)、杂环基、杂环的(heterocyclic)、杂芳基和/或脂 族基。
[0108] Psap肽还涵盖肽模拟物(peptidomimetic)(例如,D肽、β肽和拟肽(peptoid))。 使用的肽模拟物可包含Psap肽的整个长度,或仅Psap肽的一部分。肽模拟物可包含例 如D氨基酸、用于肽骨架的还原的酰胺键和连接侧链、吡咯啉酮和糖模拟物的非肽键。糖 骨架肽模拟物(peptidemimeic)的设计和合成由Hirschmann等描述(J.Med.Chem·, 1996, 36, 2441-2448,其通过引用以其整体并入本文)。另外,还描述了基于吡咯啉酮的肽 模拟物(参见,例如Smith等,J.Am.Chem.Soc. 2000,122,11037-11038,其通过引用以其 整体并入本文)。在一些实施方案中,Psap肽是拟肽的形式(美国专利No. 5, 811,387 ;Simon等.ProceedingsoftheNationalAcademyofSciencesUSA,(1992),89 (20), 9367-9371)。在一些实施方案中,拟肽是聚-N替换的甘氨酸。在拟肽中,侧链与肽骨架的氮 连接,而不是与肽中的α碳连接。在一些实施方案中,拟肽包含硝基芳族单体单元(Fowler 等,JOrgChem.2009Feb20 ;74(4) :1440-9)。在一些实施方案中,拟肽在一个或更多个 残基处具有α手性芳族侧链的N替换(Gorske等,JAmChemSoc. 2006N〇V 8 ;128(44): 14378-87)。在一些实施方案中,Psap肽包含拟肽区(即,包含一个或更多个与肽骨架的氮 连接的侧链)和肽区(即,包含一个或更多个与α碳连接的侧链)。
[0109] Psap氨基酸替换
[0110] 在一些实施方案中,Psap肽包含CDWLPK(SEQIDN0:1)、DWLPK(SEQIDN0:2)或 DWLP(SEQIDNO:3)的氨基酸替换变体,其中所述氨基酸替换是:
[0111] a)酪氨酸(Y)替换色氨酸(W);
[0112] b)选自缬氨酸(V)、丙氨酸(A)或甘氨酸(G)或者类似大小的非标准氨基酸或其 衍生物的氨基酸替换亮氨酸(L);
[0113] c)精氨酸(R)替换赖氨酸(K);
[0114] d)天冬氨酸(D)的D-异构体替换天冬氨酸(D)的L-异构体和/或亮氨酸(L)的 D-异构体替换亮氨酸(L)的L-异构体;
[0115] e)色氨酸(W)的D-异构体替换色氨酸(W)的L-异构体和/或脯氨酸⑵的D-异 构体替换脯氨酸(P)的L-异构体;或其组合。
[0116] 保守氨基酸替换可以是将一个氨基酸残基替换成具有类似电荷、尺寸、极性、疏水 性或其组合之侧链的氨基酸。本领域中已经定义了具有类似电荷之侧链的氨基酸残基的家 族。这些家族包括具有碱性侧链的氨基酸(例如,赖氨酸、精氨酸和组氨酸)、具有酸性侧链 的氨基酸(例如,天冬氨酸、谷氨酸)、具有不带电极性侧链的氨基酸(例如,甘氨酸、天冬酰 胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)、具有非极性侧链的氨基酸(例如,丙氨 酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)、具有β-分支侧链的 氨基酸(例如苏氨
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