Cd36鉴定癌症对象以用于治疗的用图_5

文档序号:9602123阅读:来源:国知局
酸、缬氨酸、异亮氨酸)和具有芳族侧链的氨基酸(例如,酪氨酸、苯丙氨 酸、色氨酸、组氨酸)。
[0117] 保守氨基酸替换通常不改变肽和/或可用于与结合伴侣形成范德华键之氨基酸 类型的整体结构。在一些实施方案中,亮氨酸的保守替换是缬氨酸。在一些实施方案中,亮 氨酸的保守替换是缬氨酸或丙氨酸。
[0118] 在一些实施方案中,预期亮氨酸的保守替换或非保守替换。在一些实施方案中,将 亮氨酸替换为缬氨酸、甘氨酸或丙氨酸。在一些实施方案中,将亮氨酸替换为甘氨酸。在一 些实施方案中,将亮氨酸替换为甘氨酸或缬氨酸。在一些实施方案中,氨基酸替换是用酪氨 酸⑴替换色氨酸(W)。
[0119] 示例性氨基酸替换变体包括但不限于DWAP(SEQIDΝ0 :41)、DYLPK(SEQIDΝ0 : 42)、DWVPK(SEQIDN0:43)、DWLPR(SEQIDN0:44)、DWAPK(SEQIDN0:45)和DYLP(SEQID NO:46)。
[0120] 本文还预期了非标准氨基酸的替换。在一些实施方案中,将亮氨酸替换为非标准 氨基酸。在一些实施方案中,亮氨酸的非标准氨基酸替换物具有与亮氨酸、缬氨酸、精氨 酸或甘氨酸类似的大小。非标准氨基酸的实例包括叠氮丙氨酸(azidoalanine)、叠氮高 丙氨酸(azidohomoalanine)、叠氮正缬氨酸、叠氮正亮氨酸、叠氮正缬氨酸、高烯丙基甘氨 酸(homoallyglycine)、高炔丙基甘氨酸(homoproparglycine)、正结|氨酸、正亮氨酸、顺 式-巴豆基甘氨酸(cis-crotyiglycine)、反式-巴豆基甘氨酸、2-氨基庚酸、2- 丁炔基 甘氨酸(butynyiglycine)、稀丙基甘氨酸、3-(1-萘基)丙氨酸、3-(2-萘基)丙氨酸、对 乙炔基-苯丙氨酸、对丙炔基-氧基-苯丙氨酸、间乙炔基-苯丙氨酸、3-(6-氯吲哚基) 丙氨酸、3-(6-溴吲哚基)丙氨酸、3-(5-溴吲哚基)丙氨酸、叠氮高丙氨酸、高炔丙基甘 氨酸(homopropargylglycine)、对氯苯丙氨酸、α-氨基辛酸、甲基结|氨酸、甲基亮氨酸或 肌氨酸。在一些实施方案中,将亮氨酸替换为选自甲基缬氨酸、甲基亮氨酸或肌氨酸的非 标准氨基酸。非标准氨基酸及其合成方法是本领域中公知的(参见,例如美国专利公开 2010-0247433、2008-0214439、2004-0053390 和 2004-0058415;PCT公开TO03/073238 ;以 及美国专利No. 6, 586, 207,其全部通过引用并入本文)。
[0121] 通过在合成过程中于适当的序列处添加期望的替换氨基酸,可在肽的化学合成过 程中实现氨基酸替换。或者,可以使用分子生物学方法。在其基本上保持本文所述那些肽 的活性的程度下,涵盖了非保守替换。
[0122] 如前所述,具有D-氨基酸替换的含CDWLPK(SEQIDN0:1)、DWLPK(SEQIDN0: 2)或DWLP(SEQIDN0:3)的Psap肽也表现为具有期望的治疗活性(参见PCT申请PCT/ US2012/71424,以PCT公开W0/2013/096868公开)。因此,本文预期了用一个或更多个D-氨 基酸替换类似的L-氨基酸得到的氨基酸替换变体。在一些实施方案中,存在1个D-氨基酸 替换。在一些实施方案中,存在2个或更多个D-氨基酸替换。在一些实施方案中,存在3、4 或5个D-氨基酸替换。在一些实施方案中,D氨基酸替换均匀地间隔,例如,每隔4-6mer的 氨基酸。在一些实施方案中,D-氨基酸替换对于色氨酸(W)和/或脯氨酸(P)。在一些实 施方案中,D-氨基酸替换对于天冬氨酸(D)和/或亮氨酸(L))。氨基酸构型的L和D约定 (convention)不是指氨基酸本身的光学活性,而是指理论上可从其合成氨基酸的甘油醛异 构体的光学活性(D-甘油醛是右旋,L-甘油醛是左旋)。示例性D氨基酸替换包括dWIP和 DwLp(小写字母D和L分别指D-氨基酸,SEQIDN0 :47和48)。
[0123] 测定
[0124] 本公开内容的一些方面涉及进行测定以确定样品中的CD36水平。可使用本领 域中已知的任何测定来测量⑶36水平(参见,例如MolecularCloning:ALaboratory Manual,J.Sambrook等编辑,第三版,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpring Harbor,NewYork,2001,CurrentProtocolsinMolecularBiology,F.M.Ausubel等 编辑,JohnWiley&Sons,Inc.,NewYork。微阵列技术描述于MicroarrayMethodsand Protocols,R.Matson,CRCPress,2009 或者CurrentProtocolsinMolecularBiology, F.M.Ausubel等编辑,JohnWiley&Sons,Inc.,NewYork中)。CD36 水平可以是mRNA水 平和/或蛋白质水平。在一些实施方案中,CD36水平是蛋白质水平。用于检测CD36mRNA 的测定包括但不限于Northern印记分析、RT-PCR、测序技术、RNA原位杂交(使用例如DNA 或RNA探针与样品中存在的RNA分子杂交)、原位RT-PCR(例如,NuovoGJ等AmJSurg Pathol. 1993,17 :683-90;KomminothP等PatholResPract. 1994,190 :1017-25 中所述) 以及寡核苷酸微阵列(例如,通过来源于样品的多核苷酸序列与连接至具有可寻址位置 (addressablelocation)的固体表面(例如玻璃晶片)的寡核苷酸杂交,例如Affymetrix微阵列(Affymetrix?,SantaClara,CA))。用于设计核酸结合伴侣(如探针)的方法 是本领域中公知的。在一些实施方案中,核酸结合伴侣与CD36核酸序列的一部分或整个核 酸序列结合,本文提供了可被CD36序列鉴定的序列。
[0125] 用于检测CD36蛋白水平的测定包括但不限于:免疫测定(本文也称为基于免疫 的测定或免疫基测定,例如Western印迹、免疫组织化学和ELISA测定)、质谱和基于多重 珠的测定。这些对于蛋白质水平检测的测定是本领域中公知的。可使用本领域中已知以及 本文所述方法来设计用于蛋白质检测的结合伴侣。在一些实施方案中,CD36蛋白结合伴侣 (例如,抗-CD36抗体)与CD36蛋白氨基酸序列的一部分或整个氨基酸序列结合。其他蛋 白质检测和量化方法的实例包括描述在例如美国专利No. 6939720和8148171以及公开的 美国专利申请No. 2008/0255766中的多重免疫测定以及描述在例如公开的美国专利申请 No. 2009/0088329中的蛋白质微阵列。
[0126] 在一些实施方案中,从对象获得的样品是肿瘤活检物(biopsy),而用于检测⑶36 蛋白质水平的测定是在肿瘤活检物上进行的基于免疫的测定。
[0127] 预期了⑶36的任何合适的结合伴侣以用于检测⑶36水平。在一些实施方案中, 结合伴侣是与CD36蛋白特异性结合的任何分子。本文所述"与CD36蛋白特异性结合"意 指与非CD36蛋白的一部分或整体相比,所述分子更可能与CD36蛋白的一部分或整体结 合。在一些实施方案中,结合伴侣是抗体或其抗原结合片段,例如Fab、F(ab) 2、Fv、单链 抗体、Fab和sFab片段、F(at^ )2、Fd片段、scFv或dAb片段。用于产生抗体及其抗原 结合片段的方法是本领域中公知的(参见,例如Sambrook等,"MolecularCloning: ALaboratoryManual"(第二版),ColdSpringHarborLaboratoryPress(1989); Lewin, "GenesIV",OxfordUniversityPress,NewYork, (1990),以及Roitt 等,"Immunology"(第二版),GowerMedicalPublishing,London,NewYork(1989)、 W02006/040153、W02006/122786 和W02003/002609)。结合伴侣还包括与CD36 特异性结合 的其他肽分子和适配体。用于产生肽分子和适配体的方法是本领域中公知的(参见,例如, 公开的美国专利申请No. 2009/0075834、美国专利No. 7435542、7807351 和 7239742)。
[0128] 市售的⑶36 抗体包括例如来自SantaCruzBiotechnology的N-15、SM(p、 L-17、ME542、H300、185-1G2 和V-19 (目录号分别为sc-5522、sc-7309、sc-13572、sc-5523、 sc-9154、sc-21772 和sc-7641),来自Abeam的JC63. 1、FA6-152 和抗CD36(目录号分别为 ab23680、abl7044 和ab78054)。
[0129] 在一些实施方案中,结合伴侣是与CD36mRNA特异性结合的任何分子。本文使用的 "与⑶36mRNA特异性结合"意指与非⑶36mRNA或其他非⑶36核酸的一部分或整体相比, 所述分子更可能与CD36mRNA的一部分或整体结合(例如,通过互补碱基配对)。在一些实 施方案中,与CD36mRNA特异性结合的结合伴侣是核酸,例如探针。可使用本文提供的CD36 的核苷酸序列和氨基酸序列设计结合伴侣。在一些实施方案中,CD36结合伴侣可包含可检 测标签,例如酶促活性基团、荧光分子、发色团、发光分子、可特异性结合的配体或放射性同 位素。在一些实施方案中,还预期了对于所述CD36结合伴侣有特异性的第二结合伴侣,例 如二抗。
[0130] 样品
[0131] 本公开内容的一些方面涉及确定从对象获得的样品中的CD36水平。在一些实施 方案中,从对象获得的样品是肿瘤样品。本文使用的肿瘤样品可包括例如肿瘤细胞、肿瘤 细胞群、肿瘤碎片(例如,活检物)或整个肿瘤。在一些实施方案中,肿瘤样品是肿瘤活检 物。在一些实施方案中,肿瘤样品包含循环肿瘤细胞。在一些实施方案中,肿瘤样品包含腹 水(ascite)。在一些实施方案中,肿瘤样品包含胸液。肿瘤样品可包含非肿瘤细胞或非肿 瘤组织(例如,包含肿瘤碎片周围的正常组织的活检物)。在一些实施方案中,样品可以是 从对象获得的组织或流体样品。流体样品的实例是血液、血浆、血清和尿。
[0132] 对象
[0133] 本公开内容的一些方面涉及患有癌症的对象,例如人对象。本文预期了任何类型 的癌症,包括但不限于白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、癌、转移癌、肉瘤、腺瘤、神经系统癌症和泌 尿生殖系统癌症。示例性的癌症类型包括成年和儿科急性淋巴细胞白血病、急性髓性白血 病、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、基底细胞癌、胆管癌、膀胱 癌、骨癌、骨肉瘤、纤维组织细胞瘤、脑癌、脑干神经胶质瘤、小脑星形细胞瘤、恶性神经胶质 瘤、室管膜瘤、成神经管细胞瘤、幕上原始神经外胚层瘤、下丘脑神经胶质瘤、乳腺癌、男性 乳腺癌、支气管腺瘤、伯基特淋巴瘤、类癌瘤、未知来源的癌、中枢神经系统淋巴瘤、小脑星 形细胞瘤、恶性神经胶质瘤、宫颈癌、儿童癌症、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢 性骨髓增生性病症、结直肠癌、皮肤T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食管癌、尤因家 族肿瘤(Ewingfamilytumor)、颜外生殖细胞瘤、性腺外生殖细胞瘤、肝外胆管癌、眼内黑 素瘤、视网膜母细胞瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠道基质瘤、颅外生殖细胞瘤、性腺外生殖细胞瘤、 卵巢生殖细胞瘤、妊娠滋养层肿瘤(gestationaltrophoblastictumor)、神经胶质瘤、毛 细胞白血病、头颈癌、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、下咽骨癌、下丘脑和视通 路神经胶质瘤、眼内黑素瘤、胰岛细胞瘤、卡波西肉瘤、肾癌、肾细胞癌、喉癌、唇和□腔癌、 小细胞肺癌、非小细胞肺癌、原发性中枢神经系统淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、恶 性纤维组织细胞瘤、成神经管细胞瘤、黑素瘤、梅克尔细胞癌、恶性间皮瘤、鳞状颈癌、多发 性内分泌腺瘤形成综合征、多发性骨髓瘤、蕈样真菌病(mycosisfungoides)、脊髓发育不 良综合征、骨髓增生性病症、慢性骨髓增生性病症、鼻腔和鼻旁窦癌、鼻咽癌、神经母细胞 瘤、口咽癌、卵巢癌、胰腺癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、成松果体细胞瘤和幕 上原始神经外胚层瘤、垂体癌、浆细胞瘤、胸膜肺母细胞瘤、前列腺癌、直肠癌、横纹肌肉瘤、 唾液腺癌、软组织肉瘤、子宫肉瘤、赛泽里综合征、非黑素瘤皮肤癌、小肠癌、鳞状细胞癌、鳞 状颈癌、幕上原始神经外胚层瘤、睾丸癌、喉癌、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、移行细胞癌、滋 养层肿瘤、尿道癌、子宫癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌或维尔姆斯瘤。
[0134] 在一些实施方案中,癌症是前列腺癌、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、白血病、胰腺癌、多形 性胶质母细胞瘤、星形细胞瘤或黑素瘤。在一些实施方案中,癌症是前列腺癌、乳腺癌、肺 癌、白血病、胰腺癌、多形性胶质母细胞瘤、星形细胞瘤或黑素瘤。在一些实施方案中,癌症 是胰腺癌、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、黑素瘤或肺癌。
[0135] 对照和对照水平
[0136] 本公开内容的另一些方面涉及样品中⑶36水平与对照水平的比较。在一些实施 方案中,对照水平是从健康对象或健康对象群体获得的细胞、组织或流体中的CD36水平。 本文使用的健康对象是明显没有疾病(例如,癌症)并且没有疾病史的对象。
[0137] 在一些实施方案中,由从患有癌症之对象获得的样品确定对照水平。因此,在一些 实施方案中,对照水平从获得样品的同一对象获得。在一些实施方案中,对照水平是从患有 癌症之对象获得的非癌细胞或组织中的CD36水平。
[0138] 在一些实施方案中,对照水平是不可检测的CD36水平或低于使用标准检测方法 (例如,Western印迹或免疫组织化学)获得之背景/噪声水平的⑶36水平。
[0139] 本公开内容还涉及将从对象获得的样品中的CD36水平与不需要每次测量的预定 水平或值(例如,对照水平)相比较。所述预定水平或值可以采用多种形式。其可以是单 个的截止值,例如中值或平均值。其可基于比较的组建立,例如,其中已知一个确定组不响 应于Psap肽治疗,并且已知另一个确定组响应于Psap肽治疗。其可以是范围,例如,将当 测试群体均等地(或不均等地)分成组时,例如不响应于Psap肽治疗、稍微响应于Psap肽 治疗和高度响应于Psap肽治疗,或者分成象限(quadrant),最低象限是对Psap肽治疗没有 响应的对象,而最高象限是对Psap肽治疗具有最高响应的对象。
[0140] 预定值可取决于所选择的特定群体。例如,与成员患有癌症但是已知不响应Psap 肽治疗的群体相比,明显健康群体(无可检测的癌症并且无之前的癌症史)将具有不同的 "正常"的CD36范围。因此,所选择的预定值可考虑患者所落入的类别。本领域普通技术人 员仅通过常规实验就可以选择适当的范围和类别。 实施例
[0141] 实施例1
[0142] 方法
[0143] 细胞系和原代细胞
[0144] 先前描述了细胞系PC3(Kang等PNAS. 2009;106:12115-20)。将PC3 细胞培养 在具有10%FBS的RPMI中。先前描述了人乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MCF-7(Ryu等 PLoSone,6, 2011)。将稳定表达RFP和萤火虫萤光素酶的鼠Lewis肺癌细胞系LLC(由Lea Eisenbach,WiesmannInstituteofScience,Rehovot,Israel提供)培养在补充有 10% 胎牛血清的DMEM中(GuptaGP,MassagueJ.Cancermetastasis:buildingaframework. Cell. 2006 ; 127 :679-95;GaoD,NolanDJ,MellickAS,BambinoK,McDonnellK,Mittal V.Endothelialprogenitorcellscontroltheangiogenicswitchinmouselung metastasis.Science. 2008 ;319 :195-8 ;以及JoyceJA,PollardJW.Microenvironmental regulationofmetastasis.NatRevCancer.2009;9 :239_52)d 先前描述了B16 黑素 瘤细胞、LNCaP前列腺癌细胞、AsPcl胰腺癌细胞和IDS卵巢癌细胞(Overwijkffff等B16 asamousemodelforhumanmelanoma.CurrProtocImmunol. 2001?May;Chapter20: Unit20. 1;HoroszewiczJS,LeongSS,KawinskiE等LNCaPmodelofhumanprostatic carcinoma.CancerRes. 1983,Apr;43 (4) : 1809-18.;ChenWH等Humanpancreatic adenocarcinoma:invitroandinvivomorphologyofanewtumorlineestablished fromascites.InVitro18 :24_34,1982 ;以及RobyKF等Developmentofasyngeneic mousemodelforeventsrelatedtoovariancancer.Carcinogenesis. 2000,21 : 585-591)。原发性卵巢癌细胞来源于卵巢癌患者腹水。
[0145] Western印迹分析
[0146] 将细胞在含有蛋白酶抑制剂(RocheAppliedScience)的裂解缓冲液(BioRad) 中均化。样品在1XSDS采样缓冲液中煮沸,并且上样到4-20%梯度Bis-TrisNuPAGE 凝胶(Invitrogen)上。使用⑶36的特异性抗体(AbCam,ab78054)或β-肌动蛋白 (Sigma-Aldrich)进行Western印迹。
[0147] 体外细胞增殖测定
[0148] 使用MTT(3-{4,5_ 二甲基噻唑-2-基}_2,5_ 二苯基四唑溴盐,Sigma-Aldrich) 测定测量细胞增殖。将细胞接种到96孔培养板中的50μL生长培养基中,并且允许附着过 夜。然后添加50μL生长培养基以及二倍浓度的处理试剂。在每个处理时间点之后,向每个 孔添加10μL的5%ΜΤΤ溶液(在PBS中缓冲)。将板在37°C下再孵育4小时以使得ΜΤΤ 在细胞线粒体中代谢转化成甲I習(formazan)晶体。通过向每个微板的孔添加100μ150% Ν-Ν-二甲基甲酰胺中的10%十二烷基硫酸钠来使所述甲If晶体最终
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