直肠腺癌的诊治标记物的制作方法_2

文档序号:9703130阅读:来源:国知局
与碳酸氢钠或碳酸钠; 所述稳定剂包括但不限于人类血清蛋白、L-氨基酸、糖及纤维素衍生物;糖类如葡萄糖、甘 露糖、半乳糖、果糖等单糖,甘露醇、纤维醇、木糖醇等糖醇,蔗糖、麦芽糖、乳糖等二糖;葡聚 糖、羟丙基淀粉、硫化软骨素、透明质酸等多聚糖。纤维素衍生物如甲基纤维素、乙基纤维 素、素羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙甲基纤维素及羟甲基纤维钠。
[0029]添加剂缓冲剂可以包括硼酸、磷酸、乙酸、柠檬酸、谷氨酸及相应的盐(它们的碱金 属或碱性稀土金属盐,例如钠盐、钾盐、钙盐及镁盐)。等渗剂包括氯化钾、氯化钠、糖及甘 油。螯合剂包括乙二胺四乙酸钠及柠檬酸。稳定剂包括人类血清蛋白、L-氨基酸、糖及纤维 素衍生物。L-氨基酸还可以包括甘氨酸、半胱氨酸及谷氨酸中的任意一个。糖类包括单糖, 例如葡萄糖、甘露糖、半乳糖、果糖等;糖醇,例如甘露醇、纤维醇、木糖醇等;二糖,例如蔗 糖、麦芽糖、乳糖等;多聚糖,例如葡聚糖、羟丙基淀粉、硫化软骨素、透明质酸等及它们的衍 生物。纤维素衍生物包括羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、甲基纤维素、乙基纤维素、羟丙甲基 纤维素及羟甲基纤维素钠。表面活性剂包括离子表面活性剂或非离子表面活性剂,例如聚 氧化乙烯烷基酯、山梨聚糖单酰基酯、脂肪酸甘油酯。
[0030] 本发明的药物还可包括药学上可接受的包衣材料。所述包衣材料包括但不限于明 胶、阿拉伯胶、海藻酸盐、壳聚糖、羧甲基纤维素盐、醋酸纤维素酞酸酯、乙基纤维素、甲基纤 维素、羟丙甲基纤维素、丙烯酸树脂类、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙二醇。
[0031] 本发明的药物还可包括药学上可接受的涂层材料包括(但不限于),快速分解涂层 材料、染色剂、肠溶性聚合物、增塑剂、水溶性聚合物、水不溶性聚合物、染料、色素、其他崩 散剂。常见快速分解涂层材料包括0PADRY;肠溶性聚合物包括甲基内烯酸聚合物、磷羟丙甲 基纤维素苯二甲酸酯、羟丙甲基纤维素乙酸酯、羟丙甲基纤维素琥珀酸酯、羟甲乙基纤维 素、乙酰磷苯二甲酸纤维素;增塑剂包括聚乙二醇(PEG)、丙二醇等。
[0032] 本发明药物的单位剂型可以使多种形式,代表性的剂型包括固体剂型如丸剂、粉 剂、片剂、干粉剂、颗粒、胶囊等;液态剂型如悬浮液、溶液、乳状液、酏剂、糖浆等。
[0033] 本发明所述药物可以通过任何途径给予受体,只要能达到目标组织,其可通过口 服或非口服的多种途径,如口服给药、肺内给药、直肠内给药、鼻内给药、皮下给药、皮内给 药、腹腔内给药、肌内给药、静脉内给药。
[0034] 在本发明中,所述RNA干扰(RNAinterference,RNAi)是指在进化过程中高度保守 的、由双链RNA(doub1e-strandedRNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。使 用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达,该技术已被广泛用于探索基因功能和 传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。以细胞为基础的RNAi筛选在功能基因学研究方面 具有许多优势,主要表现在大多数细胞类型都能使用RNAi方法,并且相对较容易下调或沉 默任何目的基因的表达。
[0035] 为了确保SLC26A9基因能够被高效剔除或沉默,根据SLC26A9基因的mRNA序列设计 了siRNA特异性片段。为了进一步提高siRNA片断的有效性,设计多个siRNA,通过同源性比 对(NCBIBLAST)来过滤siRNA序列,以提高siRNA片断的特异性并减少RNAi干扰的脱靶效 应。
[0036] 在本发明的上下文中,"SLC26A9基因"包括SLC26A9基因以及SLC26A9基因的任何 功能等同物的多核苷酸。SLC26A9基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中 SLC26A9基因(NC_000001.11)DNA序列具有70%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA 序列;
[0037] 优选地,SLC26A9基因的编码序列包括以下任意一种DNA分子:
[0038] (1)序列表中SEQIDN0· 1所不的DNA序列;
[0039] (2)在严格条件下与(1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
[0040] (3)与(1)或(2)限定的DNA序列具有70%、优选地,90%以上同源性,且编码相同功 能蛋白质的DNA分子。
[0041 ]在本发明的具体实施方案中,所述SLC26A9基因的编码序列是SEQIDN0.1所示的DNA序列。
[0042] 在本发明的上下文中,SLC26A9基因表达产物包括SLC26A9蛋白以及SLC26A9蛋白 的部分肽。所述SLC26A9蛋白的部分肽含有与直肠腺癌相关的功能域。
[0043] "SLC26A9蛋白"包括SLC26A9蛋白以及SLC26A9蛋白的任何功能等同物。所述功能 等同物包括SLC26A9蛋白保守性变异蛋白质、或其活性片段,或其活性衍生物或其突变体。 突变体包括等位变异体、天然突变体、诱导突变体、其氨基酸序列通过缺失、替代、增加和/ 或插入发生变异的突变体、与修饰的氨基酸序列功能相同的突变体及在高或低的严格条件 下能与SLC26A9的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。
[0044]优选地,SLC26A9蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质:
[0045] (1)由序列表中SEQIDN0.2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
[0046] (2)将SEQIDN0.2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺 失和/或添加且与SEQIDN0.2所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQIDN0.2所示的氨 基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个,较佳地1-30 个,更佳地1-20个,最佳地1-10个。
[0047] (3)与SEQIDN0.2所示的氨基酸序列具有至少80%同源性(又称为序列同一性), 更优选地,与SEQIDN0.2所示的氨基酸序列至少约90%至95%的同源性,常为96%、97%、 98 %、99 %同源性的氨基酸序列构成的多肽。
[0048]在本发明的具体实施方案中,所述SLC26A9蛋白是具有SEQIDN0.2所示的氨基酸 序列的蛋白质。
[0049]通常,已知的是,一个蛋白质中一个或多个氨基酸的修饰不会影响蛋白质的功能。 本领域技术人员可使用公知的方法对多聚核苷酸进行突变、缺失、插入、替换、和与其她多 聚核苷酸连接等。如果需要可在本发明的编码融合蛋白基因的两侧引入多聚核苷酸,引入 的多聚核苷酸可有限制性内切酶识别位点。
[0050] 通过添加一个氨基酸或多个氨基酸残基修饰的蛋白质的例子是SLC26A9蛋白的融 合蛋白。对于与SLC26A9蛋白融合的肽或者蛋白质没有限制,只要所得的融合蛋白保留 SLC26A9蛋白的生物学活性即可。本发明中的融合蛋白可以有各种衍生物,这些衍生物可以 是但不局限于不同形式的盐、修饰产物等,如在多肽的氨基、羧基、羟基、巯基上再进行修 饰,所用修饰剂包括但不限于聚乙二醇、葡聚糖等。可用本领域公知的方法将含编码融合蛋 白序列的核酸克隆到各种表达载体中去。
[0051]氨基酸序列的修饰可以源自自发突变或遗传后修饰,也可以人工诱导天然基因产 生。
[0052]本发明的SLC26A9蛋白也包括对SEQIDN0.2所示的氨基酸序列的非保守修饰,只 要经过修饰的蛋白质仍然能够保留SLC26A9蛋白的生物学活性即可。在此类修饰蛋白质中 突变的氨基酸数目通常是10个或者更少,例如6个或者更少,例如3个或者更少。
[0053]本发明的优点和有益效果:
[0054]本发明发现了一种与直肠腺癌转移相关的诊治标记物,通过检测直肠腺癌组织中SLC26A9基因的表达水平,可以预判直肠腺癌的转移风险、诊断直肠腺癌是否发生转移、判 断直肠腺癌是否复发。
[0055]本发明提供了一种直肠腺癌的分子治疗手段,通过降低SLC26A9基因的表达水平 或SLC26A9蛋白的表达量,从而改善或治疗直肠腺癌患者的症状。
【附图说明】
[0056] 图1显示利用QPCR检测SLC26A9基因在直肠腺癌组织中的表达情况;
[0057] 图2显示利用QPCR检测siRNA对SLC26A9基因表达的影响;
[0058] 图3显示利用MTT检测SLC26A9基因表达对直肠腺癌细胞生长的影响。
[0059]具体的实施方式
[0060]下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本 发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条 件,例如Sambrook等人,分子克隆:实验室手册(New York:Cold Spring HarborLaboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
[0061]实施例1筛选与直肠腺癌相关的基因标志物[0062] 1、样品的收集
[0063] 各收集8例直肠腺癌非转移组织和直肠腺癌转移组织样本,上述所有标本的取得 均通过组织伦理委员会的同意。所有手术切除标本用已消毒的眼科剪剪取小块分装,放入 已用0.1 %DEPC水浸泡过夜并消毒的1.5ml无菌EP管中,剩余组织用冻存管保存,并快速放 入-80°C的液氮罐内保存。
[0064] 2、RNA样品的制备
[0065] 1)样品的前处理:从_80°C液氮罐中取出样本放入用用0.1%DEPC水浸泡过夜并消 毒过的匀浆器中,用力研成粉末状;研磨过程中必须始终使样品在液氮环境里,研磨杯必须 预冷,边研磨边加液氮。
[0066] 2)裂解:向匀浆器内加入lmlTrizolRNA提取液,室温下匀浆10min,再静置 10min,让核蛋白充分裂解。
[0067] 3)纯化:让匀浆后的上层液
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