用于癌症治疗的预测物的制作方法
【专利摘要】本发明提供了预测对癌症治疗的响应的方法，其通过在生物样品中测定CD68水平或PSMB1(P11A)多态性以及在所述患者中测定第二生物标记的存在或量来进行。本发明还提供了用于治疗癌症的试剂盒和方法。
【专利说明】用于癌症治疗的预测物
[0001]相关专利申请的交叉引用
[0002]本专利申请要求提交于2011年8月11日的临时申请序列号61 / 522，596以及提交于2011年11月16日的临时申请序列号61 / 560,555的优先权，其中两者全文以引用方式并入本文中。
【技术领域】
[0003]本申请涉及癌症患者的治疗。
【背景技术】
[0004]尽管在开发成功的癌症治疗进展中有所进步，但是仅仅小群体的患者响应任何特定的治疗。由于众多已有癌症治疗的狭窄治疗指数和毒性的潜在作用，这类不同的响应有可能导致患者经历不必要的、无效的和甚至可能有害的治疗方案。
[0005]优化治疗以治疗个体患者的一个方式是测定所述患者是否具有一种或多种预测物，其与响应于治疗的具体后果相关联。参见，例如，W02004 / 053066 ；W02006 / 133420 ；W02008 / 021183 ;和冊2009 / 148528。在患者中预测药物敏感度的能力尤其具有挑战性，这是因为药物反应同时反映了靶细胞内在的特征以及宿主代谢的特征。
[0006]对于鉴定另外的预测性标记以鉴定特定的癌症患者存在着需求，预计所述患者当施用以特定的癌症治疗时具有有利的后果。
【发明内容】
[0007]本发明提供了用于鉴定患者是否具有响应于癌症治疗的有利后果的提高概率的方法，所述方法包括:在所述患者中测定一种或多种预测物的存在、缺乏或量，其中所述预测物的存在、缺乏或量与至少一种有利后果相关联。
[0008]预测物的存在可通过从所述的患者中获取生物样品来测定。所述癌症治疗可包括施用蛋白酶体抑制剂，诸如硼替佐米。所述预测物可以是低CD68、PSMBl (PllA),PSMB5 (R24C)、P65、距上次癌症治疗的时间、一种先前的治疗、低FLIPI得分、年龄(65岁或以下)以及低肿瘤负荷中的一种或多种。
[0009]还提供了用于鉴定可能响应于癌症治疗而具有良性后果的患者的诊断试剂盒。
[0010]本发明还提供了用于治疗癌症患者的方法，所述方法通过在患者中测定一种或多种预测物的存在、缺乏或量以及根据该患者是否可能响应治疗来选择治疗方法而进行。
[0011]还提供了蛋白酶体抑制剂用于治疗癌症的用途，其中所述患者特征在于以下的一种或多种:低⑶68、PSMBl (PllA)、PSMB5 (R24C)、P65、距上次癌症治疗的时间、一种先前的治疗、低FLIPI得分、年龄以及低肿瘤负荷中的一种或多种。
【专利附图】
【附图说明】
[0012]图1-8示出了决策树，其用于测定特定患者是否会具有响应于治疗的有利后果的提闻概率。“获选”意为患者会具有响应于治疗的有利后果的提闻概率。
【具体实施方式】
[0013]本发明描述了预测物，其作为用于预后和计划癌症治疗的有用工具。所述预测物预测了是否将会具有响应于特定治疗的有利后果，例如使用蛋白酶体抑制剂进行的治疗。
[0014]在不受限的前提下，本发明提供了(a)通过测定一种或多种预测物的存在或量而在癌症患者中预测对治疗的响应的方法，(b)可用于测定所述一种或多种预测物的存在或量的试剂盒，(C)通过根据一种或多种预测物的存在或量来选择患者以治疗癌症的方法，以及(d)在具有一种或多种预测物的患者中治疗癌症。
[0015]在某些实施例中，提供了在癌症患者中用于预测对癌症治疗(例如，使用蛋白酶体抑制剂的治疗，诸如硼替佐米)的响应的方法，所述方法包括在患者或来自该患者的生物样品中测定预测物的存在或量；并且其中所述预测物的存在或量与至少一种良性后果相关联。某些实施例包括测定在患者或来自该患者的生物样品中测定第二预测物的存在或量，其中所述第二预测物的存在或量与至少一种良性后果相关联。
[0016]本发明涉及对预测物的鉴定，所述预测物在本文还称为“变体”、“标记”、“生物标记”和/或“因子”，其与对癌症治疗的有利响应的提高概率相关联。患者对癌症治疗的响应与这些预测物之间的关联可提高所述特定治疗的安全可信度和/或功效。所述预测物可以是基因、蛋白质、患者特征或患者病史的方面。
[0017]本发明的与至少一种有利后果相关联的预测物包括低⑶68、PSMBl (PllA)多态性、PSMB5(R24C)多态性、P65、年龄(低于65)、一种先前的治疗、低滤泡性淋巴瘤国际预后指数(FLIPI)得分、距上次癌症治疗的时间以及低肿瘤负荷。优选地，所述患者具有低CD68或PSMBl (PllA)以及至少一种其它预测物的存在。在一个实施例中，所述患者具有低⑶68和PSMBl (PllA)多态性。本发明的与至少一种有利后果相关联的预测物组对包括表6和7中所示的那些。
[0018]“低CD68”是指所述受试者或来自该患者的生物样品表现出比具有相同疾病的普通患者或来自普通患者的生物样品更低的CD68量。在某些实施例中，低CD68意味着生物样品中25%或更少的细胞表达⑶68 ;生物样品中50%或更少的细胞表达⑶68 ;生物样品中25%或更少的滤泡细胞表达⑶68 ;生物样品中50%或更少的滤泡细胞表达⑶68 ;生物样品中25%或更少的滤泡旁细胞表达⑶68 ;或生物样品中50%或更少的滤泡旁细胞表达CD68。
[0019]“低FLIPI”得分是指在滤泡性淋巴瘤国际预后指数(FLIPI得分)上的O或I因子的得分。为测定FLIPI得分，对以下每种情况计一分:60岁以上的年龄、III期或IV期疾病、涉及超过4个淋巴结群、血清血红蛋白低于12g / dL以及升高的血清LDH。
[0020]如本文所用，术语“包含”、“含有”、“具有”和“包括”以它们的广义非限制性意义使用。
[0021]“量”可以指数值、强度、浓度、数量、程度或表达水平。例如，基因的量可以是基因或其部分存在于受试者基因组中或该受试者细胞中的次数的数量。量还可以指表达标记的生物样品中的细胞数量、或生物样品中的标记的总体表达水平或强度。量还可以指患者此前可能暴露的治疗类型或方法的数量。所述量可以与绝对数量进行比较，与来自健康患者的参比样品的比较、与来自健康患者的平均数量的比较或与来自患有类似疾病的患者的平 均数量进行比较。
[0022]所述癌症治疗可包括施用单一药物或治疗，或包含了施用多于一种药物或治疗的 组合治疗。所述癌症治疗可以施用化学疗法、放射疗法或免疫疗法；或者所述癌症治疗可以 是骨髓移植。
[0023]在某些实施例中，所述癌症治疗包括向患者施用蛋白酶体抑制剂。蛋白酶体抑制 剂是在体外或体内抑制20S或26S蛋白酶体的酶活性的任何物质。在一些实施例中，所 述蛋白酶体抑制剂是肽硼酸。肽硼酸包括硼替佐米。蛋白酶体抑制剂包括公开于美国专 利 No. 5，756，764 ;5，693，617 ;6，831，099 ;6，096，778 ;6，075，150 ;6，018，020 ;7，119，080 ； 6，747，150 ;6，617，317 ;6，548，668 ;6，465，433 ;6，297，217 ;6，083，903 ;6，066，730 ； 5，780，454 ;7，422，830 ;7，109，323 ;6，958，319 ;6，713，446 ;和 6，699，835 中的化合物。所 述蛋白酶体抑制剂可以是硼替佐米。
[0024]在某些实施例中，所述癌症治疗包括使用抗癌剂进行的治疗，所述抗癌剂包括 但不限于乙酸吗喃（acemannan)、阿柔比星（aclarubicin)、阿地白介素（aldesleukin)、 阿仑单抗(alemtuzumab)、阿利维 A 酸（alitretinoin)、六甲蜜胺(altretamine)、 氨憐汀(amifostine)、氨鲁米特(aminoglutethimide)、安 口丫 P 定(amsacrine)、阿 那格雷(anagrelide)、阿那曲唑(anastrozole)、安西司亭(ancestim)、天冬酰胺 酶（asparaginase)、贝伐单抗（bevacizumab)、稽萨罗丁 （bexarotene)、溴尿苷 (broxuridine)、卡培他滨（capecitabine)、西莫白介素（celmoleukin)、西曲瑞克 (cetrorelix)、西妥昔单抗(cetuximab)、克拉屈滨(cladribine)、(clofarabine)、 氯法拉滨(clotrimazole)、达利珠单抗(daclizumab)、右雷佐生(dexrazoxane)、地 拉卓（dilazep)、二十 二焼醇（docosanol)、去氧氟尿苷（doxifluridine)、溴麦角 环妝（bromocriptine)、卡莫司汀（carmustine)、环憐酉先胺（cyclophosphamide)、 阿糖胞苷(cytarabine)、双氯芬酸(diclofenac)、依地福新(edelfosine)、依决洛 单抗（edrecolomab)、依洛尼塞（eflornithine)、乙啼替氟（emitefur)、依西美坦 (exemestane)、依昔舒林（exisulind)、法曲唑(fadrozole)、非格司亭(filgrastim)、 非那雄胺（finasteride)、磷酸氟达拉滨(fludarabine phosphate)、福美司坦 (formestane)、福莫司汀（fotemustine)、硝酸嫁、吉西他滨（gemcitabine)、glycopine、 庚钼（heptaplatin)、轻基脲、伊班膦酸、咪喹莫特（imiquimod)、碘节胍（iobenguane)、 伊立替康(irinotecan)、伊索拉定(irsogladine)、兰瑞肽(lanreotide)、来氟米 特(leflunomide)、来格司亭(lenograstim)、硫酸香燕多糖、来曲唑(letrozole)、 利阿唑（liarozole)、乐巴钼（lobaplatin)、氯尼达明（lonidamine)、马索罗酷 (masoprocol)、美拉胂醇（melarsoprol)、美法仑(melphalan)、巯卩票呤、甲氨蝶呤、甲氧 氯普胺（metoclopramide)、米非司酮（mifepristone)、米替福新(miltefosine)、米立司 亭（mirimostim)、米托胍腙（mitoguazone)、二溴卫矛醇、二溴卫矛醇（mitomycin)、米 托蒽醌、莫拉司亭（molgramostim)、那法瑞林（nafarelin)、那托司亭（nartograstim)、 奈达钼（nedaplatin)、尼鲁米特（nilutamide)、诺斯卡品（noscapine)、奥普瑞白 介素（oprelvekin)、奥沙特隆（osaterone)、奥沙利钼（oxaliplatin)、帕米膦酸、 培门冬酶（pegaspargase)、木聚硫钠（pentosan polysulfate sodium)、喷司他丁(pentostatin)、毕西巴尼(picibanil)、卩比柔比星(pirarubicin)、卩卜菲尔钠(porfimersodium)、泼尼松(prednisone)、雷洛昔芬(raloxifene)、雷替曲塞(raltitrexed)、拉布立酶(rasburicase)、利妥昔单抗(rituximab)、罗莫肽(romurtide)、沙格司亭(sargramostim)、香豆酮、索布佐生(sobuzoxane)、索纳明(sonermin)、甾类、苏拉明(suramin)、他索纳明(tasonermin)、他佐罗汀(tazarotene)、替加氟(tegafur)、替莫泊芬(temoporfin)、替莫唑胺(temozolomide)、替尼泊苷(teniposide)、十氧化四氯(tetrachlorodecaoxide)、萨力多胺(thalidomide)、胸腺法新(thymalfasin)、促甲状腺素α、托泊替康(topotecan)、托瑞米芬(toremifene)、曲妥单抗(trastuzumab)、苏消安(treosulfan)、维甲酸、曲洛司坦(trilostane)、三甲曲沙(trimetrexate)、乌苯美司(ubenimex)、戍柔比星(valrubicin)、维替泊芬(verteporf in)、长春新碱、长春碱、长春地辛(vindesine)和长春瑞滨(vinorelbine)。在一个优选的实施例中,所述癌症治疗包含利妥昔单抗。在其它优选的实施例中，所述癌症包含美法林(melphal in)或泼尼松，或美法林与泼尼松的组合。
[0025]在某些实施例中，所述癌症治疗为组合治疗。所述组合治疗可包含使用蛋白酶体抑制剂进行的治疗以及另一种癌症治疗或抗癌剂。在某些实施例中，其它的抗癌剂是单克隆抗体，例如，利妥昔单抗。在其它实施例中，其它的抗癌剂是美法林、泼尼松，或美法林和泼尼松的组合。
[0026]所述有利后果可以是总体反应率、总体生存率、总体完全反应率、反应持续期、至下一次治疗的较长时间、无治疗间隔、对治疗的阳性响应、更长的至疾病进展时间、较长期的生存和/或更长的无进展生存期。所述有利后果可以是剂量依赖性的或剂量不依赖性的。所述有利后果与无治疗相比或与另一癌症治疗或一种或多种癌症治疗相比可以是有利的。
[0027]“癌症”或“肿瘤”旨在包括患者中的任何肿瘤生长，包括初始肿瘤和任何转移。所述癌症可以是血液学癌症或实体瘤类型。血液学癌症包括，诸如，骨髓瘤(例如多发性的骨髓瘤)、白血病(例如，瓦尔登斯特伦症、急性骨髓性白血病、慢性淋巴性白血病、粒细胞性白血病、单核细胞性白血病、淋巴球性白血病)以及淋巴瘤(例如,滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、弥漫大B细胞淋巴瘤、恶性淋巴瘤、浆细胞瘤、网状细胞肉瘤、何杰金氏病、非何杰金氏淋巴瘤或滤泡性B细胞非何杰金氏淋巴瘤)。实体瘤可源自于器官并且包括诸如脑、皮肤、肺、乳腺、前列腺、卵巢、结肠、肾和肝这样的癌症。所述癌症可以处于原发位点、为癌细胞转移、顽固性的(例如，对于一种或多种治疗方法是难治的)和/或复发性的。在某些实施例中，所述癌症是滤泡性B细胞非何杰金氏淋巴瘤或多发性的骨髓瘤。
[0028]当所述预测物存在于所述患者体内时，可通过从患者获取生物样品并且测定所述生物样品是否包含该预测物或所述生物样品以何量包含该预测物来评估所述预测物的存在、缺乏或量。如本文所用，“生物样品”是指从受试者分离的包含组织、细胞、生物液体以及它们的分离物的样品或由以上物质组成的样品，以及受试者体内的组织、细胞和液体。生物样品的例子包括，例如，痰、血液、血细胞(例如，白血细胞)、羊水、血浆、血清、精液、唾液、骨髓、组织或细针活检标本、尿液、腹膜液、胸膜液和细胞培养物。生物样品还可包括组织切片，诸如出于组织学目的而采集的冷冻切片。在某些实施例中，所述生物样品可以是或可以包括肿瘤细胞。来自血液学肿瘤的生物样品可包括骨髓和/或外周血液。[0029]对生物样品中的预测物的检测可通过用于检测预测物类型的任何常规方法来进行，例如直接测量、免疫组织化学、免疫印迹法、免疫荧光、免疫吸收、免疫沉淀、蛋白质阵列、原位突光杂交、FACS分析、杂交、原位杂交、Northern印迹、Southern印迹、Western印迹、ELISA、放射性免疫测定、基因阵列/芯片、PCR、RT-PCR或细胞遗传学分析。
[0030]当所述预测物基于特定的基因型或多态性，可通过基因分型来分析所述生物样品。术语“基因型”是指存在于来自受试者或患者的存在于DNA中的等位基因，其中等位基因可以由特定位点处的核酸序列中存在的特定核苷酸所定义。基因型通常是单一多态性位点处存在的核苷酸，其已知在人类群体中是可变的。“基因分型”是指通过使用生物测定来确定个体的基因型的方法。对其实施的当前方法包括PCR、DNA测序、反义寡核苷酸探针以及对DNA微阵列或珠粒的杂交。
[0031]“单核苷酸多态性”(SNP，发音为snip)是当基因组(或其它共有序列)中的单核苷酸-A、T、C或G-在物种的成员之间(或个体中的成对染色体之间)有所不同时发生的DNA序列变异。例如，来自不同个体的两组经测序的DNA片段AAGCCTA对AAGCTTA，包含了在单一核苷酸中的不同。在这种情况下其被称为存在两种等位基因:C和T。几乎全部常见的SNP只有两种等位基因。
[0032]对至少一种基因型变异的存在或缺乏的检测涉及使对应于本文鉴定的基因之一的核酸序列或这一基因的产物与探针接触。所述探针能够通过例如差异性结合或杂交来区分所述基因或基因产物的特定形式或存在或特定的变异。
[0033]当所述预测物为特定基因或蛋白质的存在或量(包括表达水平)时，所述存在或量(包括表达水平)可通过生物样品的免疫组织化学来测定。
[0034]在某些实施例中，提供了试剂盒以用于鉴定患者，所述患者为癌症治疗的候选者，所述试剂盒包含用于在生物样品中检测本发明的预测物之一的存在或量的第一试剂，以及用于在生物样品中检测本发明的第二预测物的存在与量的第二试剂，以及采用所述预测物来鉴定患者的说明，所述患者为癌症治疗的候选者。在某些实施例中，所述第一试剂检测了CD68的量并且所述第二试剂检测了 PSMBl (PllA)多态性或PSMB5 (R24C)多态性。所述试剂可以是抗体(例如，当测试CD68时)或者它们可以是探针或探针阵列(例如，当检测基因多态性时)。
[0035]在某些实施例中，用于治疗患者癌症的方法包括:在患者或来自所述患者的生物样品中测定第一预测物的存在或量；以及在所述患者或来自所述患者的生物样品中测定第二预测物的存在或量；以及根据所述患者是否可能响应所述治疗来选择治疗方法。
[0036]本发明还提供了蛋白酶体抑制剂在患者中用于治疗癌症的用途，其中所述患者特征在于至少一种预测物的存在、缺乏或量，所述预测物与响应于所述蛋白酶体抑制剂的至少一种良性后果相关联。
[0037]本文引用的所有公开物均以引用方式并入本文。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语的含义与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的含义相同。
[0038]实例I:
[0039]非何杰金氏淋巴瘤(NHL)涵盖了多种独特的恶性淋巴疾病实体，它们在临床表现、形态学外观、免疫学和分子表型上有所变化。滤泡性淋巴瘤(FL)是最常见的惰性NHL，对于表现出非常缓慢的病程的一些患者其表现出相近的变化度，而其他患者则发展并在仅仅5年内死亡(Dave2004)。实施了随机化的、开放标签的、阳性对照的、多中心的、多国的、前瞻性的研究，所述研究用于将硼替佐米和利妥昔单抗(Vc-R)的组合与单剂型利妥昔单抗在受试者中的功效和安全性进行比较，所述受试者患有复发性或顽固性利妥昔单抗未用性或敏感性滤泡B细胞NHL。
[0040]将受试者以1:1的比率统一随机化分配到治疗组A (Vc-R)或B (利妥昔单抗)，考虑以下分层因素:
[0041].滤泡性淋巴瘤国际预后指数(FLIPI)得分(低[O或I因子]，中[2因子]，高[≥3因子])；
[0042].先前的利妥昔单抗治疗(是，否)；
[0043].距上次抗淋巴瘤治疗给药时间(≤I年，>1年)；
[0044]?地区(美国/加拿大，欧盟，世界上其余地区)。
[0045]采集了用于DNA和蛋白质分析的肿瘤样品和用于DNA分析的血样。
[0046]选定的蛋白质候选物为NF_kB(RELA / p65)、PSMA5、p27和CD68。这些蛋白质被硼替佐米治疗削减(NF-KB(RELA / p65) ;PSMA5、p27)，受到泛素蛋白酶体通路的调控(p27)，或与淋巴瘤的不良预后(⑶68)相关联。提升的NF-κ B(RELA / P65)表达水平与套细胞淋巴瘤(MCL)和多发性的骨髓瘤中的更长的至疾病进展时间(TTP)相关联(Goy2010，Mulligan2007和Keats2007)。PSMA5的低水平表达与MCL中的更长TTP相关联(Goy2010)。MCL研究中的生存分析还显示，高水平的p27与更好的总体生存期(OS)相关联(Goy2010)。CD68也是预设的并且近来已被报道为淋巴瘤中不良后果的预后标记，并且也与对利妥昔单抗的响应相关联。选用于体细胞突变分析的候选基因是Bcl-2和Notch-Ι。还考虑了其它候选物，但由于已知突变的频率在淋巴瘤设置中低于10%而未将其包括进入。另外，由于从收集的样品中回收了小量的DNA，因此所述分析被限制于这两种候选物。Bcl-2在B细胞淋巴瘤中具有23%的突变率，在滤泡性淋巴瘤中具有50%的突变率(Arif2009)，并且Notch-1具有24%的突变率。Bcl-2是重要的抗细胞凋亡蛋白，经常在侵袭性淋巴瘤中过表达并且此前的报道已提出硼替佐米克制了 Bcl-2介导的保护(Fischer2005、Yin2005、Yeung2006、Mitsiades2002 和 Wojcik2002)。Notch-1 已经显示提高了 NF-κ B (RELA / ρ65)在细胞核中的停留时间(Shin2006)。这与硼替佐米直接相反地作用，其通过抑制Ι-κ-B蛋白的蛋白酶体降解而防止了 NF- κ B到达细胞核，所述1- κ -B蛋白的作用是将NF- κ B维持于细胞质中。Notchl介导的NF-K B在细胞核中增多的停留时间激活了细胞周期调控物(例如细胞周期蛋白Dl和D2)的转录，其可引起免疫和炎症过程中涉及的基因的上调(Karin2002)。假设存在于这两种基因的功能性序列中的突变会引起对于使用硼替佐米进行治疗的个体间响应。
[0047]药物靶候选基因针对硼替佐米(PSMB1，2，5，6，8，9)和利妥昔单抗(FCGR2A，FCGR3A)而被包括。硼替佐米的化学结构与PSMB亚基1、2和5相互作用，并且对于这些亚基以及PSMB6、7和8有经文件证明的多态性证据。所述亚基内的多态性可影响该药物有效结合的能力或可阻止原序列的自催化加工，其可导致蛋白酶体水平和/或个体患者中对硼替佐米响应的变化。对于利妥昔单抗，对应于FCGR3A的第158位氨基酸处的缬氨酸(V)或苯丙氨酸(F)和FCG2A的第131位氨基酸处的组氨酸(H)或精氨酸(A)的表型表达的单核苷酸多态性(SNP)的存在大大地影响了 IgG对于Fe Y受体的亲和性(Binstadt2003，Wul997)。第158位处的高亲和性V等位基因的表达导致了 FCG3A与IgGl和IgG3，的更紧密结合，然而低亲和性F等位基因与FCG3A与IgG的降低的结合相关联。类似地，第131位处的高亲和性H等位基因导致了 FCGR2A对IgG2的更高亲和性，然而低亲和性A等位基因与降低的结合相关联。这些低亲和多态性的相关性已在NHL的研究中与利妥昔单抗治疗后更差的临床响应和无进展生存期(PFS)相关联(Cartron2002)。因此，我们检测了具有这些多态性的受试者是否响应使用Vc-R的治疗，因为这对于治疗选择受限的患者可能是替代性疗法。
[0048]本研究的探索目标是鉴定更有可能或更低可能地响应单独的Vc-R或利妥昔单抗的患者群体，通过:
[0049]-实施CD68、NF-kB(RELA / p65)、PSMA5和p27蛋白表达水平与选择的临床研究终点之间的关联分析
[0050]-实施Notch-1和Bcl-2体细胞突变(单一和组合中的)与选择的临床研究终点之间的关联分析
[0051 ]-实施了 FCGR2A和FCGR3A多态性(SNP)与选择的临床研究终点之间的关联分析
[0052]-实施了PSMB1、PSMB2、PSMB5、PSMB6、PSMB8 和 PSMB9 多态性(SNP)与选择的临床研究终点之间的关联分析
[0053]-实施了生物标记与选择的临床研究终点的组合。
[0054]通过使用用于成对比较的假发现率(FDR)方法，以及在比较多生物标记组合时通过前向选择来进行多重检验校正。实际上，所述FDR是假阳性的预期比例；例如，如果1000组观测被预测是不同的，并且这些观测的FDR为0.10，则这些观测中的100组将被预期为假阳性。通过交叉验证和分析内的独立验证来控制过度拟合。
[0055]具有充分变异的基因包括:
[0056]FCGR2A(H166R, Q62R, Q62X)
[0057]FCGR3A (V212F)
[0058]PSMBl (PllA)
[0059]PSMB5 (R24C)
[0060]PSMB8 (G8R)
[0061]PSMB9 (R60H, V32I)
[0062]PSMA (阳性细胞核与细胞质染色)
[0063]⑶68 (总体阳性、阳性滤泡、阳性滤泡周)
[0064]P27 (细胞核阳性，强度计分)
[0065]RELA / p65 (阳性细胞核和细胞质染色，强度计分)。
[0066]意向治疗(ITT)群体定义为随机化的全部受试者。根据其随机化的治疗来分析该群体中的受试者。当针对所述临床研究终点生成了生物标记数据时，对该群体进行生物标记评估。
[0067]通过免疫组织化学(IHC)来测定蛋白质标记表达水平(⑶68、NF- κ B (Ρ65)、PSMA5、P27)。单一标记分析的表达水平截取点为:
[0068]CD68:
[0069]% 阳性滤泡(0-25，26-50，51-75，>75)，[0070]% 阳性滤泡周(0-25，26-50，51-75，>75)，
[0071]总体％阳性(0-25，26-50，51-75，>75)
[0072]NF- κ B (p65):
[0073]%阳性细胞质信号(〈90%，>91%临界值)，
[0074]%阳性细胞核信号(0，〈5%，>5% )
[0075]细胞核染色强度(〈1+，>2+)
[0076]PSMA5:
[0077]% 阳性细胞质信号(0-20，30-50，60-70，80-90)
[0078]% 阳性细胞核信号(0-20，30-50，60-70，80-90)
[0079]细胞质染色强度(〈2+，3+)
[0080]细胞核阳性vs全部其它
[0081]P27:
[0082]%阳性细胞核染色(0-20，30-50，60-70，80-100)
[0083]细胞核信号强度(〈1+，>2+)
[0084]针对成对比较而选择的截取点经选择而降低了应进行的比较的总数量。所选择的截取点见表1:
[0085]表1:成对比较中包括的蛋白质标记的截取点
【权利要求】
1.一种在癌症患者中用于预测对癌症治疗的响应的方法，其包括:在来自所述患者的生物样品中测定第一预测物的水平或量，其中所述第一预测物为CD68或PSMBl (PllA)多态性；以及在所述患者中测定第二预测物的存在或量；其中低CD68或PSMBl (PllA)多态性的存在与至少一种良性后果相关联，并且所述第二预测物的存在、缺乏或量与至少一种良性后果相关联。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一预测物为低CD68。
3.根据权利要求2所述的方法，其中低CD68为50%或更少的CD68阳性细胞，如免疫组织化学所测定。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一预测物为PSMBl(PllA)多态性。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述第二预测物选自:低CD68、PSMBl(PllA)多态性、PSMB5 (R24C)多态性、65岁以下的年龄、一种先前的治疗、低滤泡性淋巴瘤国际预后指数(FLIPI)得分以及低肿瘤负荷。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症为血液学癌症。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述血液学癌症为滤泡B-细胞非何杰金氏淋巴瘤或多发性骨髓瘤。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述治疗包括使用蛋白酶体抑制剂的治疗。
9.根据权利要求9所述的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂为硼替佐米。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述治疗为组合治疗。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述组合治疗包含蛋白酶体抑制剂。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂为硼替佐米。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述组合治疗还包含利妥昔单抗。
14.一种用于鉴定患者的诊断试剂盒或等价物，所述患者为特定癌症治疗的候选者，所述诊断试剂盒或等价物包含:在生物样品中用于检测第一预测物的量或存在的试剂；在生物样品中用于检测第二预测物的量或存在的试剂；以及采用所述预测物来鉴定患者的说明，所述患者为所述治疗的候选者；其中所述第一预测物选自CD68和PSMBl (PllA)多态性。
15.根据权利要求14所述的试剂盒，其中所述第二预测物选自CD68、PSMB1(PllA)多态性和PSMB5 (R24C )多态性。
16.一种用于治疗癌症患者的方法，其包括:在来自所述患者的生物样品中测定第一预测物的量或存在，其中所述第一生物标记选自⑶68和PSMBl (PllA);在所述患者中测定第二预测物的存在或量；以及根据所述患者是否可能响应所述治疗来选择治疗方法。
17.蛋白酶体抑制剂在患者中用于癌症治疗的用途，其中所述患者特征在于低⑶68量或PSMBl (PllA)多态性的存在。
18.根据权利要求17所述的用途，其中所述患者特征在于0-50%⑶68阳性滤泡细胞，如免疫组织化学所测定。
19.根据权利要求17所述的用途，其中所述患者特征还在于选自以下的一种或多种预测物:低CD68、PSMBl (PllA)多态性;PSMB5 (R24C)多态性；一种先前的治疗；低滤泡性淋巴瘤国际预后指数(FLIPI)得分；65岁以下的年龄；以及低肿瘤负荷。
20.根据权利要求17所述的用途，其中所述癌症为血液学癌症。
21.根据权利要求20所述的用途，其中所述血液学癌症为滤泡B-细胞非何杰金氏淋巴瘤或多发性骨髓瘤。
22.根据权利要求17所述的用途，其中所述蛋白酶体抑制剂为硼替佐米。
23.根据权利要求17所述的用途，其中所述蛋白酶体抑制剂与第二治疗剂结合使用。
24.根据权利要求23所述的用途，其中所述第二治疗剂为利妥昔单抗、美法仑或泼尼松。
25.—种在患者中用于治疗癌症的方法，所述患者特征在于低⑶68或PSMBl多态性，所述方法包括向所述患者施用蛋白酶体抑制剂。
26.根据权利要求26所述的方法，其中所述患者特征在于0-50%⑶68阳性滤泡细胞，如免疫组织化学所测定。
27.根据权利要求25所述的方法，其中所述患者特征还在于选自以下的一种或多种预测物:低CD68 ；PSMBI (PllA)多态性；PSMB5 (R24C)多态性；一种先前的治疗；低滤泡性淋巴瘤国际预后指数(FLIPI)得分；65岁以下的年龄；以及低肿瘤负荷。
28.根据权利要求25所述的方法，其中所述癌症为血液学癌症。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述血液学癌症为滤泡B-细胞非何杰金氏淋巴瘤。
30.根据权利要求25所述的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂为硼替佐米。
31.根据权利要求25所述的方法，其中所述蛋白酶体抑制剂与第二治疗剂结合使用。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述第二治疗剂为利妥昔单抗、美法仑或泼尼松。
【文档编号】G01N33/574GK103930785SQ201280050089
【公开日】2014年7月16日 申请日期:2012年8月8日 优先权日:2011年8月11日
【发明者】D.里西, W.李, E.D.赫尼茨 申请人:詹森药业有限公司