用于制备细菌素和抗微生物肽的方法和组合物与流程

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背景

微生物有机体介导的过程可以用于多种工业过程中以生产目标产物，例如用于原料中的发酵。另外，微生物有机体可以用于在无菌环境中制造产品，如制造药物、生物制剂和化妆品。另外，微生物有机体的群体参与维持多细胞有机体的健康和代谢功能，例如作为人的消肠道和皮肤或者植物根部中的微生物菌群的培养物。这些过程的效率和功效可能受培养条件以及培养物中存在的微生物有机体的表型特征的影响。

调节微生物有机体的群落，例如以减少或消除不期望的微生物有机体可以用于维持工业过程和维持包含微生物有机体的组织的健康。

领域

本文的实施方案一般涉及产生用于控制微生物生长的基因产物。更具体地，一些实施方案涉及用于制备细菌素的方法、试剂和微流体装置。细菌素可以在组合物中产生，如细菌素的指定混合物，其可以用于控制微生物有机体群体的生长。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素以期望的比例在组合物中产生。

技术实现要素：

一些实施方案包括制备细菌素的方法。所述方法可以包括在单个阅读框中表达包含细菌素编码序列和第二多肽编码序列的核酸，其中所述第二多肽包含细菌素或信号分子，基本上由其组成或者由其组成。所述核酸还可以包含设置在单个阅读框中的细菌素编码序列和第二多肽编码序列之间的切割位点编码序列。因此，可以产生包含细菌素、第二多肽和设置在所述细菌素和第二多肽之间的切割位点的多肽原。在一些实施方案中，所述方法还包括切割所述切割位点，从而将细菌素和第二多肽彼此分离。因此，所述方法可以产生包含细菌素和第二多肽的组合物。在一些实施方案中，第二多肽包含细菌素，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，第二多肽包含抗微生物肽，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，第二多肽包含信号分子，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，由微生物细胞进行表达，所述微生物细胞不产生至少一种细菌素的功能性免疫调节剂。在一些实施方案中，微生物细胞不产生任何细菌素的功能性免疫调节剂。在一些实施方案中，所述表达在体外进行。在一些实施方案中，至少一种细菌素在其为多肽原的一部分时是无活性的。在一些实施方案中，所述方法还包括在切割之前分离多肽原。在一些实施方案中，分离包括亲和纯化多肽原，其中亲和纯化包括结合由核酸编码的亲和标签。在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的三个细菌素编码序列。在一些实施方案中，至少两种细菌素彼此不同。在一些实施方案中，所述组合物包含期望比例的细菌素、或者期望比例的信号分子和细菌素。在一些实施方案中，通过核酸的单个阅读框中的细菌素编码序列的比例或者细菌素和信号分子编码序列的比例来实现至少一部分的期望比例。在一些实施方案中，通过包含一定比例的细菌素编码序列并且还包含细菌素编码序列之间的切割位点的第二核酸来进一步实现期望比例。在一些实施方案中，通过核酸的单个阅读框中细菌素编码序列的比例来实现期望比例。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体，和/或选择期望的细菌素比例以平衡动物、人类器官、植物、植物根部和/或土壤(例如在植物根部和土壤的情况下)中的微生物群系(microbiome)群体。在一些实施方案中，选择期望的细菌素和信号分子的比例以控制靶标微生物细胞的遗传漂移以及刺激产生细胞的生长或产生。在一些实施方案中，期望比例包括1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、2:3、2:5、2:7、2:9、3:4、3:5、3:7、3:8、3:10、4:5、4:7、4:9、5:6、5:7、5:8、5:9、6:7、7:8、7:9、7:10、8:9或9:10的第一细菌素与第二细菌素的比例，其中第一细菌素不同于第二细菌素。在一些实施方案中，切割位点是针对野生型切割酶、变体或合成切割酶，如内肽酶。在一些实施方案中，切割位点是针对选自以下的切割酶：arg-c蛋白酶、asp-n内肽酶、bnps-粪臭素、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、糜蛋白酶-高特异性、梭菌蛋白酶(梭菌肽酶b)、cnbr、肠激酶，xa因子、甲酸、谷氨酰内肽酶、颗粒酶b、羟胺、亚碘酰基苯甲酸、lysc、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、ntcb(2-硝基-5-硫氰基苯甲酸)、胃蛋白酶(ph1.3)、胃蛋白酶(ph>2)、脯氨酸内肽酶、蛋白酶k、葡萄球菌肽酶i、嗜热菌蛋白酶、凝血酶或胰蛋白酶。在一些实施方案中，切割位点是针对单一切割酶，并且其中切割酶在细菌素内不切割。在一些实施方案中，至少一个切割位点是针对第一切割酶，另一个切割位点是针对第二切割酶，并且第一切割酶和第二切割酶都不在细菌素内切割。在一些实施方案中，通过所述方法产生的组合物还包含信号分子(其中核苷酸还包含在单一阅读框中的信号分子的编码序列)和设置在所述信号分子和细菌素编码序列之间的切割位点序列。在一些实施方案中，信号分子选自：群体感应分子、信号转导受体配体、生长因子、激素和细胞因子，并且其中信号分子可以是野生型、突变型或合成的。在一些实施方案中，信号分子包含群体感应肽，由其组成或基本上由其组成。在一些实施方案中，多肽原的长度不超过约2000个氨基酸。在一些实施方案中，所述方法还包括表达编码第二多肽原的第二核酸，所述第二多肽原包含两种细菌素和设置在其间的切割位点，其中所述第二多肽原不同于所述第一多肽原。在一些实施方案中，切割多肽原包括对切割位点包含的肽接头的物理处理，其中肽接头是化学敏感的或ph敏感的。在一些实施方案中，所述方法还包括化学修饰细菌素。在一些实施方案中，细菌素是化学上共翻译修饰的。在一些实施方案中，在切割之后化学修饰所述细菌素。在一些实施方案中，本文所述的多肽原包含两种或更多种抗微生物肽而不是细菌素，并且在切割后，产生包含抗微生物肽的组合物。在一些实施方案中，本文所述的多肽原包含一种或多种抗微生物肽和一种或多种细菌素，并且在切割后，产生包含抗微生物肽和细菌素的混合物的组合物。

一些实施方案包括分离的核酸，其包含在单个阅读框中的细菌素编码序列和第二多肽编码序列，其中第二多肽包含细菌素或信号分子，基本上由其组成或者由其组成。分离的核酸可以包含设置在细菌素编码序列之间并且在单个阅读框中的切割位点编码序列。在一些实施方案中，第二多肽包含细菌素，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，第二多肽包含抗微生物肽，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，第二多肽包含信号分子，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，切割位点编码序列编码切割酶的切割位点，并且其中细菌素编码序列不包含切割酶的切割位点。在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的三个细菌素编码序列。在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的至少5个、10个、15个或20个细菌素序列。在一些实施方案中，切割位点编码序列设置在任何两个相邻的细菌素和/或信号分子编码序列之间的框中。在一些实施方案中，至少两个细菌素序列编码彼此不同的细菌素。在一些实施方案中，三个细菌素序列以期望比例或一部分的期望比例存在。在一些实施方案中，选择期望比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以平衡动物、人器官、植物、植物根部和/或土壤(例如，在植物根部和土壤的情况下)中的微生物群系群体。在一些实施方案中，切割位点是针对野生型切割酶、变体或合成切割酶，如内肽酶。在一些实施方案中，切割位点是针对选自以下的切割酶：arg-c蛋白酶、asp-n内肽酶、bnps-粪臭素、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、糜蛋白酶-高特异性、梭菌蛋白酶(梭菌肽酶b)、cnbr、肠激酶、xa因子、甲酸，谷氨酰内肽酶、颗粒酶b、羟胺、亚碘酰基苯甲酸、lysc、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、ntcb(2-硝基-5-硫氰基苯甲酸)、胃蛋白酶(ph1.3)、胃蛋白酶(ph>2)、脯氨酸内肽酶、蛋白酶k、葡萄球菌肽酶i、嗜热菌蛋白酶、凝血酶或胰蛋白酶。在一些实施方案中，第一切割位点编码序列编码第一切割酶的第一切割位点，并且其中第二切割位点编码序列编码不同于第一切割酶的第二切割酶的切割位点，并且其中细菌素不包含第一切割酶或第二切割酶中任一种的切割位点。在一些实施方案中，切割位点包含ph-或化学敏感的接头。在一些实施方案中，分离的核酸还包含在单个阅读框中的信号分子的编码序列，其中切割位点编码序列设置在信号分子的编码序列和相邻细菌素编码序列之间。在一些实施方案中，信号分子选自：群体感应分子、信号转导受体配体、生长因子、激素和细胞因子，并且其中信号分子可以是野生型、突变型或合成的。在一些实施方案中，本文所述的分离的核酸包含两个或更多个抗微生物肽编码序列而不是细菌素编码序列，并且编码包含抗微生物肽的多肽原。在一些实施方案中，本文所述的分离的核酸包含一个或多个抗微生物肽编码序列和一个或多个细菌素编码序列，并且编码包含一个或多个抗微生物肽和一个或多个细菌素的多肽原。

一些实施方案包括微生物细胞，其包含与本文所述的任何实施方案中的分离的核酸可操作地连接的启动子，其中所述分离的微生物细胞不产生由分离的核酸编码的细菌素的功能性免疫调节剂。在一些实施方案中，细胞不产生由分离的核酸编码的任何细菌素的功能性免疫调节剂。

一些实施方案包括分离的多肽原，其包含两种细菌素、和/或细菌素和信号分子，设置在细菌素和/或细菌素与信号分子之间的切割位点；以及亲和标签。在一些实施方案中，多肽原包含两种细菌素。在一些实施方案中，多肽原包含细菌素和信号分子。在一些实施方案中，多肽原包含三种细菌素。在一些实施方案中，多肽原包含至少5种、10种、15种或20种细菌素。在一些实施方案中，多肽原包含信号分子。在一些实施方案中，切割位点是针对切割酶，并且其中细菌素编码序列不包含切割酶的切割位点。在一些实施方案中，切割位点是针对第一切割酶，其中另一个切割位点是针对不同于第一切割酶的第二切割酶，并且其中细菌素不包含针对第一或第二切割酶中的任一种的切割位点。在一些实施方案中，分离的多肽原还包含共翻译或翻译后的修饰。在一些实施方案中，本文所述的分离的多肽原包含两种或更多种抗微生物肽而不是细菌素。在一些实施方案中，本文所述的分离的多肽原包含一种或多种抗微生物肽和一种或多种细菌素。

在一些实施方案中，描述了包含经选择以靶向微生物细胞或微生物细胞群体的比例的两种以上的细菌素的组合物。组合物中的每种细菌素可以在其n-末端、c-末端、或n-末端和c-末端包含已被切割的切割序列的一部分，其中在细菌素的n-、c-、或n-和c-末端的切割序列的部分是用于相同或不同切割酶的切割位点。在一些实施方案中，至少一些细菌素还包含标签。在一些实施方案中，所述标签选自亲和标签、信号序列或稳定性标签。在一些实施方案中，所述组合物还包含与细菌素呈期望比例的信号分子，其中所述信号分子在其n-末端、c-末端、或n-末端和c-末端包含已被切割的切割序列的一部分，其中在所述信号分子的n-、c-、或n-和c-末端的切割序列的部分用于相同或不同切割酶的切割位点。在一些实施方案中，选择细菌素的比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。在一些实施方案中，选择细菌素的比例以平衡动物、人器官、植物、植物根部和/或土壤(例如，在植物根部和土壤的情况下)中的微生物群系群体。在一些实施方案中，所述组合物经配制用于局部或口服施用于人对象。在一些实施方案中，所述组合物用于平衡例如动物、人器官(如肠道或皮肤)、植物、植物根部和/或土壤中的微生物群系群体。在一些实施方案中，本文所述的分离的多肽原包含一种或多种抗微生物肽。多肽原可以被切割，并且组合物可以包含一种或多种抗微生物肽，所述抗微生物肽在n-、c-、或n-和c-末端包含切割序列的一部分。

一些实施方案包括用于产生例如细菌素和/或抗微生物蛋白的指定混合物的方法。所述方法可以包括选择包含两种或更多种不同的细菌素和/或抗微生物蛋白的混合物。所述方法可以包括，在包含各自编码抗微生物肽或细菌素的离散编码基底的微流体装置中：将编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通；将所述离散编码基底与体外转录/翻译溶液一起温育，从而产生由所述离散编码基底编码的抗微生物肽和/或细菌素；以及混合微流体装置中的抗微生物肽和/或细菌素，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法还包括产生各自包含抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的子集的两种或更多种亚混合物，以及组合所述亚混合物以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，选择还包括选择指定混合物中的两种或更多种不同的抗微生物肽和/或细菌素的化学计量。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含指定化学计量，并且组合所述亚混合物产生指定化学计量。在一些实施方案中，离散编码基底被包括在单独的腔室内。在一些实施方案中，离散编码基底包括固定在其上的核酸。在一些实施方案中，将编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而非其它离散编码基底)置于与体外转录/翻译溶液流体连通。在一些实施方案中，将离散编码基底与体外转录/翻译溶液一起温育包括使体外转录/翻译溶液流入每个腔室中。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液包含体外转录试剂和/或体外翻译试剂。在一些实施方案中，将编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通包括(i)打开阀门以便将体外转录/翻译溶液的来源(source)置于与离散编码基底流体连通；(ii)关闭阀门以便抑制体外转录/翻译溶液的来源与其它离散编码基底之间的流体连通，或(i)和(ii)的组合。在一些实施方案中，混合微流体装置中的抗微生物肽和/或细菌素包括打开阀门以将离散编码基底置于与流体储器流体连通，其中抗微生物肽和/或细菌素在流体储器中混合。在一些实施方案中，所述方法还包括原位筛选抗微生物肽和/或细菌素的混合物用于期望的效果。在一些实施方案中，筛选是用于抑制对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系中的致病微生物有机体的生长或繁殖。在一些实施方案中，筛选是用于抗微生物肽和/或细菌素的混合物对对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系不存在有害作用。在一些实施方案中，实时地进行筛选。例如，可以在抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物产生的120分钟、60分钟、30分钟、15分钟、10分钟、5分钟或1分钟进行筛选。在一些实施方案中，筛选是用于抗微生物肽和/或细菌素的稳定性或者针对微生物生物膜的破坏。在一些实施方案中，一个或多个离散编码基底编码具有抗蛋白酶活性的辅助蛋白。在一些实施方案中，所述筛选是用于增强对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。在一些实施方案中，一个或多个离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白吸引非致病性微生物有机体，或者增强对象中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。在一些实施方案中，所述方法还包括经由管或膜将抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物递送到伤口，从而清洁或修整伤口。在一些实施方案中，期望效果包括抗微生物活性。在一些实施方案中，所述方法还包括针对微生物感染筛选1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或10种不同的混合物。在一些实施方案中，所述方法还包括将与化学抗生素和/或噬菌体抗生素组合的指定抗微生物肽和/或细菌素的混合物递送到对象。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液是冻干的，并且还包括将水加入到体外转录/翻译溶液中。在一些实施方案中，所述方法包括制备细菌素的指定混合物。因此，所述方法可以包括，在包含各自编码细菌素的离散编码基底的微流体装置中：将编码指定混合物中的细菌素的离散编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通；将离散编码基底与体外转录/翻译溶液一起温育，从而产生离散编码基底编码的细菌素；以及混合微流体装置中的细菌素，产生细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法包括制备不包含抗微生物的细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法包括制备抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法包括制备不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法包括制备细菌素和抗微生物肽的指定混合物。应理解，如果本文所述的方法、微流体装置或系统用于制备不包含抗微生物肽的细菌素的指定混合物，则这种方法、微流体装置或系统不需要包括选择抗微生物肽作为指定混合物的一部分，不需要包括编码抗微生物肽的离散编码基底，以及不需要产生或流动任何抗微生物肽。应理解，如果本文所述的方法、微流体装置或系统用于制备不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物，则这种方法、微流体装置或系统不需要包括选择细菌素作为指定混合物的一部分，不需要包括编码细菌素的离散编码基底，以及不需要产生或流动任何细菌素。

一些实施方案包括用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的微流体装置。所述装置可以包括：离散编码基底，其各自编码抗微生物肽和/或细菌素；体外转录/翻译溶液；流体储器；以及阀门，每个阀门设置在离散编码基底和流体储器之间的流体路径上，每个阀门被配置成调节离散编码基底和流体储器之间的流动。所述装置可以被配置成置于与处理器进行数据通信，所述处理器被配置成：基于抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，配置阀门以将编码混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而非其它离散编码基底)置于与流体储器流体连通；允许体外转录/翻译溶液与编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底一起温育，从而产生指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素；允许抗微生物肽和/或细菌素通过阀门流入流体储器；以及控制流体储器中流体的流动，其中流动包括流体储器中的抗微生物肽和/或细菌素的运动，从而在流体储器中产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含两种或更多种亚混合物，其各自包含抗微生物肽和/或细菌素的子集，基本上由其组成或者由其组成；并且所述处理器被配置成允许每种亚混合物流入流体储器，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含指定化学计量的抗微生物肽和/或细菌素的子集的总和，并且其中亚混合物的组合产生指定化学计量。在一些实施方案中，离散编码基底被包括在单独的腔室内。在一些实施方案中，离散编码基底包括固定在其上的核酸。在一些实施方案中，离散编码基底包括选自以下的材料或产物：芯片、珠粒、纳米颗粒、孔、膜、基质、塑料、金属、玻璃、聚合物、多糖和顺磁性化合物。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液包含体外转录试剂和/或体外翻译试剂。在一些实施方案中，装置是便携式的。在一些实施方案中，一个或多个离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白包含以下，基本上由以下组成或者由以下组成：用于稳定抗微生物肽和/或细菌素的蛋白、具有抗蛋白酶活性的蛋白或用于破坏微生物生物膜的蛋白。在一些实施方案中，一个或多个离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白吸引非致病性微生物有机体，或者增强对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。在一些实施方案中，流体储器被配置成置于与对象的组织流体连通。在一些实施方案中，组织包含微生物群系，所述组织如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道。在一些实施方案中，流体储器被配置成置于与对象的伤口流体连通。在一些实施方案中，微流体装置还包括诸如管或膜的流体通道，通过该流体通道，流体储器能够置于与微生物群系或伤口流体连通，通过该流体通道，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物能够递送到微生物群系或伤口。在一些实施方案中，其中每个离散编码基底编码不同的细菌素。在一些实施方案中，离散编码基底包含如本文所述的分离的核酸，所述分离的核酸包含以下，基本上由以下组成或者由以下组成：在单个阅读框中的抗微生物肽和/或细菌素编码序列和第二多肽编码序列。在一些实施方案中，离散编码基底编码如本文所述的分离的多肽原。在实施方案中，微流体装置还包括处理器。在一些实施方案中，微流体装置还包括化学或噬菌体抗生素的储器，其被配置成与指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物混合。在一些实施方案中，微流体装置还包含抗生素，所述抗生素包含化学抗生素和/或噬菌体抗生素，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液是冻干的。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素的指定混合物。因此，所述装置可以包括离散编码基底，其各自编码细菌素；体外转录/翻译溶液；流体储器；以及阀门，每个阀门设置在离散编码基底和流体储器之间的流体路径上，每个阀门被配置成调节离散编码基底和流体储器之间的流动。在一些实施方案中，微流体装置用于产生不包含抗微生物肽的细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于生产抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

一些实施方案包括系统。所述系统可以包括本文所述的微流体装置和处理器，所述处理器被配置成：基于抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物(如本文所述)，配置阀门以将编码混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而非其它离散编码基底)置于与流体储器流体连通；允许体外转录/翻译溶液与编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底一起温育，从而产生指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素；允许抗微生物肽和/或细菌素通过阀门流入流体储器；以及控制流体储器中的流体的流动，其中所述流动包括流体储器中的抗微生物肽和/或细菌素的运动，从而在流体储器中产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述微流体装置被包括在筒(cartridge)中，并且所述系统包括用于将筒置于与处理器进行数据通信的联接器。在一些实施方案中，所述系统还包括体外转录/翻译溶液的储器。在一些实施方案中，所述系统还包括化学和/或噬菌体抗生素的储器，所述化学和/或噬菌体抗生素被配置成与指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物混合。在一些实施方案中，所述系统还包含抗生素，所述抗生素包含化学抗生素和/或噬菌体，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液是冻干的。在一些实施方案中，所述系统用于产生细菌素的指定混合物。因此，处理器可以被配置成，基于抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物(如本文所述)，配置阀门以将编码混合物中的细菌素的离散编码基底(而非其它离散编码基底)置于与流体储器流体连通；允许体外转录/翻译溶液与编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底一起温育，从而产生指定混合物中的细菌素。在一些实施方案中，所述系统用于产生不包含抗微生物肽的细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述系统用于生产抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，所述系统用于产生抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，所述系统用于产生不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物。在一些实施方案中，所述系统用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

一些实施方案包括用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的微流体装置。所述装置可以包括各自编码抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底，以及各自设置在连接到离散编码基底的流体路径上的阀门。每个阀门可以被配置成调节流向或来自离散编码基底的流量。所述装置可以被配置成置于与流体储器和/或体外转录/翻译溶液流体连通。在一些实施方案中，所述装置还包括流体储器或体外转录/翻译溶液。一些实施方案包括用于产生细菌素的指定混合物的微流体装置。所述装置可以包括各自编码细菌素的离散编码基底，以及各自设置在通向或来自离散编码基底的流体路径上的阀门，其被配置成将离散编码基底置于与流体储器和/或体外转录/翻译溶液流体连通。

附图简述

图1是用于制备包含细菌素的组合物的常规方法的示意图。如所示，有多种菌株用于产生细菌素混合物。然而，考虑不同的细菌素将具有不同浓度([a]≠[b]≠[c]≠[d])的可能性很高。另外，考虑所产生的细菌素可能对宿主具有毒性，从而引起生产问题。

图2是根据本文一些实施方案的编码包含细菌素和切割位点的多肽原的核酸的实施方案的示意图。如所示，单一细菌可以产生由合成基因编码的多肽原。考虑一种细菌素的分子比可以通过将其多拷贝置于多肽原中而改变。

图3是根据本文一些实施方案的包含细菌素和切割位点的组合物的实施方案的示意图。

图4a是根据本文一些实施方案的包含细菌素、切割位点和信号分子的多肽原的实施方案的示意图。

图4b是根据本文一些实施方案在切割多肽原后包含细菌素和信号分子的组合物的实施方案的示意图。

图5是描绘根据本文一些实施方案的微流体装置的示意图。

图6是描绘根据本文一些实施方案的微流体装置的示意图。

图7是说明根据本文一些实施方案产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法的流程图。

图8是说明根据本文一些实施方案制备抗微生物肽和/或细菌素的方法的流程图。

详述

根据本文的一些实施方案，描述了用于制备期望比例的细菌素的方法和组合物。一些实施方案包括包含精确比例或化学计量的细菌素的组合物，其可用于调节许多应用，例如在工业生物技术制造过程、药物、生物和化妆品制造及医学应用中的微生物有机体群体。在一些实施方案中，含有由切割位点隔开的多种细菌素的单一多肽原由核酸编码，并由含有所述核酸的基因工程微生物细胞产生(参见，例如，图2)。在一些实施方案中，多肽原还可以包含可调节微生物细胞和/或多细胞宿主的细胞生长的信号分子。多肽原中的细菌素可以是无活性的形式，因此微生物细胞不需要针对这些细菌素的免疫力。可以例如通过亲和纯化来分离多肽原。多肽原的切割位点可以被切割(参见，例如，图3)，从而产生活性细菌素的混合物。概念上，可以将多肽原设想为含有多组分细菌素的“spaghetti”链，其然后可被切割成单独的细菌素。注意，在本申请中，为简洁起见，多肽原也可以被称为“spaghetti”。一些实施方案包括用于制备细菌素的指定混合物的微流体装置和方法。本文的一些实施方案的方法和微流体装置中的细菌素的“指定混合物”可以根据参数来指定，所述参数包括但不限于细菌素的组成(使得包含指定的细菌素和/或不包含其它细菌素)、混合物中的细菌素的化学计量和任选地辅助蛋白的存在。微流体装置可以包括各自编码细菌素的离散编码基底(例如，参见图5)。可以将编码指定混合物中的细菌素的离散编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通，以便将编码指定混合物中的细菌素的离散编码基底与体外转录/翻译溶液一起温育，从而产生指定混合物中的细菌素。然后可以将指定混合物中的细菌素置于与微流体装置的流体储器流体连通，并且细菌素流体地移动到流体储器，从而在流体储器中产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，每个离散编码基底编码不同的细菌素。在一些实施方案中，离散编码基底编码两种或更多种不同的细菌素。在一些实施方案中，至少一个或所有离散编码基底编码本文所述的“spaghetti”多肽原。任选地，离散编码基底可以包含或编码如本文所述的蛋白酶，其可以切割多肽原的切割位点，使得离散编码基底可以产生指定化学计量的两种或更多种细菌素。微流体装置可以包括出口，其被配置成将抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物置于与组织、伤口、宿主微生物群系或器皿流体连通。细菌素的指定混合物可以用作例如即时的(point-of-care)抗微生物组合物，和/或测试指定混合物对宿主组织和/或宿主微生物群系(例如包含不期望的微生物有机体)的影响。

有利地，多肽原中不同细菌素的相对量将精确地确定切割后混合物中细菌素的比例，并且无论多肽在不同微生物细胞内或之间的表达速率如何，该比例都将的以维持。相比之下，其中细菌素被翻译为单独的肽或由不同细胞产生的常规方法(参见图1)可能经受转化效率、基因工程效率和/或基因表达效率的变化(例如，如果一些细菌素编码质粒比其它质粒更有效地复制和/或启动转录)，使得细菌素的最终比例将不如本文的实施方案精确。作为另一个优势，由于每种核酸可以编码多种细菌素，因此本文的一些实施方案提供了比常规方法更有效的宿主细胞的遗传修饰，所述常规方法涉及引入多种构建体，每种构建体编码特定的细菌素。作为另一个优势，由于细菌素可以在多肽原中以其无活性形式产生，因此产生细菌素的“主力(workhorse)”微生物有机体不需要配置有对这些细菌素中的全部、一些或任一种的免疫力，从而可以容易地用于产生许多不同细菌素中任一种的混合物。尽管在一些实施方案中，生产的微生物有机体可以天然地或人工地配置有对多肽原中包含的一种或多种或全部细菌素的免疫力。

本文的一些实施方案的细菌素组合物靶向的微生物有机体的群体可以在商业上有用的环境，如工业培养物，发酵罐，药物、生物和化妆品制造；在微生物群系，如人器官、动物和植物(例如根部或植物生长的土壤中)；以及在产品，如食品(对于人类和/或动物)、药品和化妆品中以一定数量存在。不受理论的限制，考虑在任何这些环境中的微生物有机体的群体不一定以稳定状态共存。例如，如jaramillo等人,naturemicrobiology2:17119(2017)中评述的，由于微生物有机体的群体彼此相互作用(直接或间接)，它们可以以积极或消极的方式相互影响，但预计不会以稳定状态存在，这通常导致维持共培养的挑战。在一些实施方案中，当某些微生物有机体的群体达到高于某一阈值的数量或密度时，可以将根据本文一些实施方案的方法和/或通过使用多肽原和/或核酸和/或微生物细胞产生的细菌素的混合物加入到环境中以靶向该群体的微生物细胞。例如，根据一些实施方案，如果群体含有大量过量的微生物有机体#1和少量过量的微生物有机体#2，则可以向该群体施用包含相对高比例的细菌素#1(靶向微生物有机体#1)与细菌素#2(靶向微生物有机体#2)的混合物，以减少微生物有机体#1和#2的生长，其中较大的减少靶向微生物有机体#1。

细菌素和抗微生物肽

如本文所用，“细菌素”和该词根术语的变型具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指这样的多肽，其由宿主细胞分泌并且可以中和除了制备该多肽的单独宿主细胞外的至少一种细胞，包括与宿主细胞和其它微生物细胞克隆相关的细胞。“细菌素”也涵盖这种多肽的无细胞或化学合成形式。表达特定“免疫调节剂”(本文更详细讨论的)的细胞对特定细菌素或细菌素组的中和作用有免疫力。因此，细菌素可以中和产生细菌素的细胞和/或其它微生物细胞，只要这些细胞不产生适当的免疫调节剂。因此，宿主细胞可以通过分泌细菌素对多种其它微生物有机体发挥细胞毒性或生长抑制作用。细菌素的详细描述(包括使用细菌素控制微生物细胞生长的方法和组合物)可以见于例如美国专利第9,333,227号，将其在此通过引用整体并入。“细菌素”不受多肽来源的限制，并且例如考虑涵盖任何细菌素，如天然存在的细菌素、合成的细菌素及其变体和组合。

一些实施方案的细菌素最初是在多肽原中产生的，所述多肽原然后可以如本文所述被切割以产生单独的细菌素。在一些实施方案中，多肽原由微生物细胞的翻译机构(例如核糖体等)产生。在一些实施方案中，多肽原通过体外表达系统产生。多肽原可以经过切割(例如通过切割酶如天然存在的或合成的蛋白酶进行加工)以产生细菌素本身的多肽。因此，在一些实施方案中，细菌素由前体多肽产生。在一些实施方案中，细菌素包含经过翻译后修饰(例如切割)或添加一个或多个官能团的多肽。在一些实施方案中，化学合成如本文所述的多肽原，其包含细菌素和切割位点，基本上由其组成，或者由其组成。

“抗生素”和该词根术语的变型具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指可以杀死或阻止至少一种微生物细胞生长的代谢途径的代谢物或中间体。一些抗生素可以由微生物细胞例如细菌产生。一些抗生素可以化学合成。应理解，细菌素不同于抗生素的地方至少在于细菌素是指基因产物(在一些实施方案中，其经过另外的翻译后加工)或其合成类似物，而抗生素是指代谢途径的中间体或产物或者其合成类似物。

细菌素的中和活性可以包括例如阻止微生物繁殖或细胞毒性。一些细菌素具有细胞毒性活性(例如“杀菌剂”作用)，因此能够杀死微生物有机体，例如细菌、酵母、藻类、合成微生物等。一些细菌素能够例如通过阻止细胞周期抑制微生物有机体，例如细菌、酵母、藻类、合成微生物等的繁殖(例如“抑菌”作用)。在一些中，中和作用中包括以下，由以下组成或者基本上由以下组成：阻止微生物繁殖、抑制微生物有机体的繁殖和/或细胞毒性。

在一些实施方案中，基于期望的微生物调节类型和所靶向的微生物有机体的特定菌株或物种，选择特定的中和活性或活性范围(例如细胞毒性或微生物繁殖的阻止)。因此，在一些实施方案中，选择特定的细菌素或细菌素的组合。例如，在一些实施方案中，基于所调节的细胞，微生物细胞被工程化以表达特定的细菌素。在一些实施方案中，例如，如果要杀死污染细胞，则提供至少一种细胞毒性细菌素。在一些实施方案中，选择有效对抗通常在特定培养物、或特定地理位置、或生长在特定地理位置的特定类型培养物中存在的污染物的细菌素或细菌素的组合。在一些实施方案中，例如其中期望可逆调节微生物细胞比例的实施方案，提供抑制微生物繁殖的细菌素。不受任何特定理论的限制，许多细菌素可以对微生物有机体具有中和活性，所述微生物有机体通常占据与产生细菌素的物种相同的生态位。因此，在一些实施方案中，当期望细菌素活性的特定谱时，细菌素选自与细菌素所靶向的一种或多种微生物有机体占据相同(或相似)生态位的宿主物种。在一些实施方案中，选择特定的混合物和/或比例以靶向单一微生物有机体(其可以包括靶向一种或多种该类型的微生物有机体，例如克隆相关的微生物有机体)。例如，与单一细菌素相比，预定混合物和/或细菌素比例可以更有效地靶向特定类型的微生物有机体。

在一些实施方案中，在培养物生长之前选择一种或多种细菌素活性，并制备包含期望化学计量的细菌素的多肽原。编码多肽原的多核苷酸可以例如使用核酸合成和/或分子克隆来制备，并且可以用于产生多肽原。使用多种合适的系统，例如在微生物细胞中，或在体外表达系统中，可以转录(如果是dna)和翻译多核苷酸。在一些实施方案中，可以基于细菌素中和一种或多种入侵有机体的能力来选择细菌素(及其比例)，所述入侵有机体可能试图在特定培养物中生长。在一些实施方案中，可以基于细菌素限制特别有用的微生物菌株在环境中，例如在工业原料中，或者在发酵罐中，或者在食品、药物或化妆品制造环境中，或者在组织环境如肠道或皮肤微生物群系中生长的能力，或者在维持或调节植物、植物根部和/或土壤中的微生物群体或者保持或维持食品、药品或化妆品的质量的能力来选择细菌素(及其比例)。在一些实施方案中，基于现有环境中的一种或多种微生物菌株或微生物菌株群体来选择一种或多种细菌素活性(和/或比例)。例如，在一些实施方案中，如果在环境中鉴定出了特定的侵入物，则可以选择一组中和细菌素(及其比例)来中和所鉴定的侵入物。在一些实施方案中，选择细菌素以中和环境中的所有或基本上所有微生物细胞，例如以消除培养环境中的工业培养物，使得新的工业培养物可以被引入培养环境中，或者防止或抑制药物或化妆品制造环境的污染，或者防止或最小化食品、药品或化妆品的污染或变质。

例如，在一些实施方案中，期望抗真菌活性(如抗酵母活性)。已经鉴定出了许多具有抗真菌活性的细菌素。例如，来自芽孢杆菌的细菌素已经显示出对酵母菌株具有中和活性(参见adetunji和olaoye(2013)malaysianjournalofmicrobiology9:130-13，在此通过引用以其整体并入)，粪肠球菌(enterococcusfaecalis)肽(wlppagllgrcgrwfrpwllwlqsgaqykwlgnlfglgpk,seqidno:1)已经显示出对念珠菌物种具有中和活性(参见shekh和roy(2012)bmcmicrobiology12:132，在此通过引用以其整体并入)，以及来自假单胞菌的细菌素已经显示出对真菌如新月弯孢(curvularialunata)、镰孢菌物种(helminthosporium)、长蠕孢物种(helminthosporiumspecies)和蠕孢菌物种(biopolarisspecies)具有中和活性(shalani和srivastava(2008)theinternetjournalofmicrobiology.第5卷，第2期.doi:10.5580/27dd–在万维网上以archive.ispub.com/journal/the-internet-journal-of-microbiology/volume-5-number-2/screening-for-antifungal-activity-of-pseudomonas-fluorescens-against-phytopathogenic-fungi.html#sthash.d0ys03uo.1dkut1us.dpuf访问，在此通过引用以其整体并入)。例如，来自枯草芽孢杆菌的杀葡孢菌素aj1316(参见zuber,p等人.(1993)peptideantibiotics.inbacillussubtilisandothergram-positivebacteria:biochemistry,physiology,andmoleculargeneticsedsonenshein等人,pp.897-916,americansocietyformicrobiology,在此通过引用以其整体并入)和alirinb1(参见shenin等人.(1995)antibiotkhimioter50:3-7，在此通过引用以其整体并入)已经显示出具有抗真菌活性。因此，在一些实施方案中，例如其中期望中和真菌微生物有机体的实施方案中，细菌素包含杀葡孢菌素aj1316或alirinb1中的至少一种。

例如，在一些实施方案中，在特定微生物(或不同微生物的集合)的培养物中的细菌素活性是可取的，并且以预定比例选择细菌素以中和除期望的微生物之外的微生物。可以选择通常由期望的微生物产生的细菌素，这是因为期望的微生物有机体已经可以产生针对这些细菌素的相关免疫调节剂，或者可以容易地被工程化以产生免疫调节剂。因此，所选择的细菌素可以靶向不期望的微生物细胞，同时几乎不引起或不引起期望的微生物的中和。例如，在一些实施方案中，选择特定比例的细菌素以中和通常存在于蓝细菌培养环境中的入侵微生物有机体，同时保留蓝细菌。已经在多种蓝细菌物种中鉴定出了保守性细菌素多肽的簇。例如，在至少43种蓝细菌物种中已经鉴定出至少145个推定的细菌素基因簇，如wang等人.(2011),genomeminingdemonstratesthewidespreadoccurrenceofgeneclustersencodingbacteriocinsincyanobacteria.plosone6(7):e22384，在此通过引用以其整体并入。表1.2中显示了示例性蓝细菌细菌素，如seqidno:420、seqidno:422、seqidno:424、seqidno:426、seqidno:428、seqidno:430、seqidno:432、seqidno:434、seqidno:436、seqidno:438、seqidno:440、seqidno:442、seqidno:444、seqidno:446、seqidno:448和seqidno:450。

在一些实施方案中，微生物细胞产生细菌素。在一些实施方案中，细菌素中和来自产生细菌素的微生物细胞的不同物种或菌株的细胞。在一些实施方案中，如果这些细胞缺乏适当的免疫调节剂，则细菌素中和与宿主细胞相同物种或菌株的细胞。由于细菌素可以介导宿主和非宿主微生物有机体的中和，本领域技术人员将容易理解细菌素不同于毒物-解毒剂系统，其涉及宿主微生物仅可中和自身的内源机制。换言之，细菌素可以中和除了产生其的细胞以外的细胞(例如，可以选择和/或工程化细菌素以充当生态位保护剂)，而毒物分子仅杀死产生其的单独细胞(例如，充当自杀系统)。

已经鉴定和表征了许多细菌素。不受理论的限制，示例性细菌素可以被分类为通常经过翻译后修饰的“i类”细菌素和通常是未修饰的“ii类”细菌素。另外，每个类别中的示例性细菌素可以被分类为不同的亚组，如表1.1中所概述的，其改编自cotter,p.d.等人,“bacteriocins-aviablealternativetoantibiotics”naturereviewsmicrobiology(2013)11:95-105，在此通过引用以其整体并入。

不受理论的限制，细菌素可以以多种方式实现靶标微生物细胞的中和。例如，细菌素可以透化细胞壁，从而使细胞壁去极化并干扰呼吸。

表1.1：示例性细菌素的分类

根据本文的实施方案，可以使用多种细菌素。示例性细菌素显示在表1.2中。在一些实施方案中，提供了至少一种细菌素，其包含表1.2中的多肽序列，基本上由其组成，或者由其组成。如表1.2所示，一些细菌素作为分子对起作用。因此，应理解，除非另有明确说明，否则当本文讨论功能性“细菌素”或“提供细菌素”等时，功能性细菌素对与单独起作用的细菌素一起包括在内。参考表1.2，括号中列出的“来源的有机体”表示已知产生所示细菌素的有机体的替代名称和/或菌株信息。然而，在本文的一些实施方案中，细菌素由期望的微生物有机体产生，因此不限于已知产生表1.2中显示的细菌素的有机体的实例。

本文的实施方案还包括与表1.2中所述的细菌素相同的肽和蛋白质。术语“同一性”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它意在包括核酸或蛋白质序列同源性或者三维同源性。如本文所用，多肽，如细菌素、信号分子、免疫调节剂、标签(或本文所述的多肽原的任何其它组分肽)的“变体”，具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。应理解，本文所述的同一性包括与参考序列至少约70％，例如至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的同一性，包括列出值中的任何两个之间的范围，例如70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、95％-100％、97％-100％、99％-100％、70％-99％、75％-99％、80％-99％、85％-99％、90％-99％、95％-99％、97％-99％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、70％-90％、75％-90％、80％-90％和85％-90％。存在确定与多肽的核酸或多肽序列同源性和/或三维同源性的几种技术。这些方法通常用于发现一个序列、结构域或模型与靶序列、结构域或模型具有的同一性的程度。可以使用具有默认参数的blast软件(altschul,s.f.,等人,(1990)"basiclocalalignmentsearchtool."j.mol.biol.215:403-410，在万维网上以blast.ncbi.nlm.nih.gov访问)确定同一性百分比。

大范围的功能性细菌素可以掺入本文所公开的细菌素的特征，从而提供与表1.2中的细菌素很大程度上的同一性。在一些实施方案中，细菌素与表1.2中的任一种多肽具有至少约50％的同一性，例如至少约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的同一性，包括列出值中的任何两个之间的范围，例如70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、95％-100％、97％-100％、99％-100％、70％-99％、75％-99％、80％-99％、85％-99％、90％-99％、95％-99％、97％-99％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、70％-90％、75％-90％、80％-90％和85％-90％。

在一些实施方案中，提供了与表1.2中的细菌素具有同一性的细菌素，其中细菌素已被修饰以去除用于本文所述的多肽原的一个或多个切割位点。不受理论的限制，考虑修饰细菌素以去除切割位点(例如通过进行保守取代，如小的非极性氨基酸至小的非极性氨基酸，例如leu→ile，或小的极性氨基酸至小的极性氨基酸，例如ser→thr)可以防止细菌素本身在如本文所述切割多肽原时被切割。因此，在一些实施方案中，如本文所述的多肽原中的细菌素(例如，表1.2中的细菌素或其变体)不包含用于分离多肽原的细菌素(或其它元件)的任何切割位点。

表1.2：示例性细菌素

如本文所用，“细菌素多核苷酸”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指编码细菌素的多核苷酸。如本文所用，“细菌素编码序列”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指编码细菌素的多肽序列的核酸编码序列(例如，rna或dna)。在一些实施方案中，宿主细胞包含至少一种细菌素。

抗微生物肽是赋予先天免疫活性以杀死或阻止微生物有机体生长的一类肽。本文所用的“抗微生物肽”(包括该根源术语的变型)具有如本领域普通技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。经典地，抗微生物肽已被描述为由无脊椎动物和脊椎动物的先天免疫系统产生的肽。因此，尽管细菌素已经被经典地称为靶向微生物有机体的一类微生物基因产物，但抗微生物肽已经被经典地被称为靶向微生物有机体的一类无脊椎动物和脊椎动物基因产物。适用于本文一些实施方案的方法、微流体装置和系统的抗微生物肽的实例在本领域中是已知的，并且可以见于例如万维网上以aps.unmc.edu/ap/访问的抗微生物肽数据库(antimicrobialpeptidedatabase)，将其通过引用以其整体并入本文。已经鉴定并分类了1000多种抗微生物肽及其变体。抗微生物肽数据库描述于wang等人.(2016),nucleicacidsres.44(databaseissue):d1087-d1093，将其通过引用以其整体并入本文。抗微生物肽的实例包括细菌素、抗细菌的、抗病毒的、抗hiv的、抗真菌的、抗寄生虫的和抗癌的肽，如蛙皮抑菌肽-b2(dermaseptin-b2)、abaecin、ct-amp1、andropin、aurein1.1、乳铁蛋白肽(lactoferricin)b和heliomicin。一些实施方案的方法、组合物、系统和微流体装置包括天然存在的抗微生物肽或编码它们的核酸。一些实施方案的方法、组合物、系统和微流体装置包括非天然存在的抗微生物肽或编码它们的核酸。一些实施方案的方法、组合物、系统和微流体装置包括在天然存在的抗微生物肽中包含突变或变异的抗微生物肽，或者编码它们的核酸。一些实施方案的方法、组合物、系统和微流体装置包含抗微生物肽或者编码它们的核酸，所述抗微生物肽包含非天然存在的肽序列、基本上由其组成或者由其组成。

还考虑了本文一些实施方案的方法、系统和微流体装置可以与天然存在的抗微生物肽、天然存在的抗微生物肽的变体和/或合成的抗微生物肽结合。因此，一些实施方案的方法、系统和装置中的抗微生物肽可以包含以下，基本上由以下组成或者由以下组成：天然存在的抗微生物肽、天然存在的抗微生物肽的变体和/或合成的抗微生物肽。在一些实施方案中，变体抗微生物肽与参考抗微生物肽(例如蛙皮抑菌肽-b2、abaecin、ct-amp1、andropin、aurein1.1、乳铁蛋白肽b或heliomicin)具有至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的同一性，包括任何两个所列值之间的范围，例如70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、95％-100％、97％-100％、99％-100％、70％-99％、75％-99％、80％-99％、85％-99％、90％-99％、95％-99％、97％-99％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、70％-90％、75％-90％、80％-90％和85％-90％。无论在本文何处提及细菌素，都明确地考虑了本文所述的任何抗微生物肽可以替代一种、两种或更多种、或者所有所述细菌素(尽管应理解，在一些语境中，如细菌素免疫调节剂对，抗微生物肽将具有与细菌素不同的特性并且与不同地相互作用)。因此，本文所述的方法和微流体装置的一些实施方案仅包括细菌素，本文所述的方法和微流体装置的一些实施方案仅包括抗微生物肽，并且本文所述的方法和微流体装置的一些实施方案包括细菌素和抗微生物肽的组合。因此，在一些实施方案的方法和组合物中，多肽原包含抗微生物肽而不是细菌素。因此，在一些实施方案的方法和组合物中，多肽原包含一种或多种抗微生物肽和一种或多种细菌素。

细菌素免疫调节剂

示例性细菌素免疫调节剂显示在表2中。虽然表2中的免疫调节剂是天然存在的，但本领域技术人员将理解，根据本文的一些实施方案，可以使用表2中免疫调节剂的变体、表2中免疫调节剂以外的天然存在的免疫调节剂、或者合成的免疫调节剂。在一些实施方案中，产生包含细菌素的多肽原的微生物细胞不产生针对至少一种细菌素的免疫调节剂。不受理论的限制，考虑在一些实施方案中，多肽原中的细菌素是无活性的，因此几乎没有或没有中和产生它们的细胞(或与产生它们的细胞克隆相关的细胞)的能力，使得细胞不需要针对多肽原中的这些细菌素的免疫力。

在一些实施方案中，特定的免疫调节剂或免疫调节剂的特定组合赋予对特定细菌素、特定分类或类别的细菌素或者细菌素的特定组合的免疫力。示例性细菌素鉴定于表2中，免疫调节剂可以赋予对所述示例性细菌素的免疫力。虽然表2鉴定了示例性免疫调节剂的“来源有机体”，但根据本文的一些实施方案，这些免疫调节剂可以容易地在其它天然存在的、遗传修饰的或合成的微生物中表达以提供期望的细菌素免疫活性。因此，如本文所用的“免疫调节剂”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义，并且不仅涉及本文明确提供的结构，而且还涉及具有与本文所述的“免疫调节剂”结构基本上相同效果的结构，包括完全合成的免疫调节剂和为与本文公开的细菌素功能等同的细菌素提供免疫力的免疫调节剂。

编码表2中多肽的示例性多核苷酸序列示于表2中。本领域技术人员将容易理解，遗传密码是简并的，而且，密码子使用可以基于表达基因产物的特定有机体而变化，因此，特定多肽可以由一种以上的多核苷酸编码。在一些实施方案中，基于表达细菌素免疫调节剂的有机体的密码子使用来选择编码细菌素免疫调节剂的多核苷酸。在一些实施方案中，基于表达细菌素免疫调节剂的特定有机体，对编码细菌素免疫调节剂的多核苷酸进行密码子优化。大范围的功能性免疫调节剂可以掺入本文公开的免疫调节剂的特征，从而提供与表2中的免疫调节剂巨大程度的同一性。在一些实施方案中，免疫调节剂与表2中的多肽中的任一个具有至少约50％的同一性，例如至少约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的同一性，或由前述值中的任何两个限定的同一性的范围。

表2：示例性细菌素免疫调节剂

启动子

启动子是本领域众所周知的。启动子可以用于驱动一个或多个基因的转录。在一些实施方案中，启动子驱动编码如本文所述的期望基因产物的多核苷酸的表达。在一些实施方案中，启动子驱动编码如本文所述的包含两种或更多种细菌素的多肽原的多核苷酸的表达。在一些实施方案中，启动子驱动如本文所述的免疫调节剂多核苷酸的表达。在一些实施方案中，启动子在微生物细胞中驱动编码包含两种或更多种细菌素的多肽原的多核苷酸的表达，但微生物细胞不表达针对这些细菌素中的一种或多种的免疫调节剂(例如，细胞可缺乏驱动免疫调节剂转录的启动子，或可缺乏编码免疫调节剂的核酸)。一些启动子可以始终驱动转录(“组成型启动子”)。一些启动子可以仅在选择的环境下驱动转录(“条件启动子”)，例如取决于是否存在环境条件、化合物、基因产物、细胞周期的阶段等。

本领域技术人员将理解，根据期望的表达活性，可以选择适当的启动子，并将其与待表达的核酸序列顺式放置。在本文的表3.1-3.11中提供了具有示例性活性并且在本文的一些实施方案中有用的示例性启动子。本领域技术人员将理解，一些启动子与特定转录机构(例如rna聚合酶、一般转录因子等)相容。因此，尽管针对本文所述的一些启动子中鉴定出了相容的“物种”，但考虑在一些实施方案中，这些启动子可以容易地在所鉴定的物种以外的微生物(例如在具有相容的内源转录机构的物种，包含相容的转录机构的遗传修饰的物种，或包含相容的转录机构的完全合成的微生物有机体)中发挥作用。

本文表3.1-3.11中的启动子可以从biobricks基金会公开获得。注意，biobricks基金会鼓励根据biobrick^tm公共协议(bpa)使用这些启动子。

应理解，本文所述的任何“编码”多核苷酸(例如细菌素多核苷酸、免疫多核苷酸、或者编码包含两种或更多种细菌素的多肽原的核苷酸)通常在期望启动子的控制下表达。在一些实施方案中，单一“编码”多核苷酸受单一启动子的控制。在一些实施方案中，两个或更多个“编码”多核苷酸，例如两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个多核苷酸受单一启动子的控制。

通常，特定转录物的翻译起始由转录物的编码序列的5'端或5'端的5'的特定序列调节。例如，编码序列可以以被配置为与起动因子trna配对的起始密码子开始。尽管天然存在的翻译系统通常使用met(aug)作为起始密码子，但容易理解，起动因子trna可以经工程化以结合任何期望的三联体，因此，在某些实施方案中，除aug以外的三联体也可以作为起始密码子发挥功能。另外，起始密码子附近的序列，例如典型的真核生物翻译系统中的kozak序列((gcc)gccrccaugg,seqidno:542，其中r代表“a”或“g”)或内部核糖体进入位点(ires)或者典型的原核生物翻译系统中的shine-delgarno序列(ggaggu,seqidno:543)，可以促进核糖体组装。因此，在一些实施方案中，包含“编码”多核苷酸序列的转录物，例如细菌素多核苷酸或免疫多核苷酸，或编码包含两种或更多种细菌素的多肽原的核苷酸，包含适当的起始密码子和翻译起始序列。在一些实施方案中，例如，如果两个或更多个“编码”多核苷酸序列顺式定位于转录物上，则每个多核苷酸序列包含适当的起始密码子和翻译起始序列。在一些实施方案中，例如，如果两个或更多个“编码”多核苷酸序列顺式定位于转录物上，则两个序列受单一翻译起始序列的控制，并且这两个序列中的任一个都提供了能够与两个顺式编码的多肽发挥功能的单一多肽。

表3.1：示例性金属敏感启动子

表3.2：示例性细胞信号传导应答启动子

表3.3：示例性组成型大肠杆菌σ⁷⁰启动子

表3.4：示例性组成型大肠杆菌σ^s启动子

表3.5：示例性组成型大肠杆菌σ³²启动子

表3.6：示例性组成型枯草芽孢杆菌σ^a启动子

表3.7：示例性组成型枯草芽孢杆菌σ^b启动子

表3.8：来自各种原核生物的示例性组成型启动子

表3.9：来自噬菌体t7的示例性组成型启动子

表3.10：来自酵母的示例性组成型启动子

表3.11：来自各种真核生物的示例性组成型启动子

仅以非限制性实例的方式提供上述提及的启动子。本领域技术人员将容易地认识到，根据本文的一些实施方案，可以容易地使用上述启动子的许多变体和许多其它启动子(包括从天然存在的有机体分离的启动子、其变体和完全合成的启动子)。

切割位点

如本文所用，“切割位点”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指介导多肽切割(例如通过肽键的水解)以将单个多肽分离成两个或更多个离散多肽的多肽序列。在一些实施方案中，切割位点包含用于通过诸如肽酶的“切割酶”进行切割的共有多肽序列，由其组成或者基本上由其组成。在一些实施方案中，切割酶是野生型、变体或合成切割酶，例如野生型、变体或合成内肽酶。本文描述了许多示例性切割酶及其相应的切割位点。出于参考，参考下式(i)描述切割位点：

pn–p4–p3–p2–p1-||切割||-p1’–p2’–p3’–p4’–pm’(i)

其中经历切割的底物中的氨基酸残基在从切割的键的n-末端(或“上游”)方向上被命名为p1、p2、p3、p4等。同样地，在切割位点的c-末端(或“下游”)方向上的残基被命名为p1'、p2'、p3'、p4'等。

根据本文的一些实施方案有用的示例性切割酶和它们的切割位点描述于下表4中。

注意，许多切割酶在共有序列处切割，因此，特定的切割酶可以在落入该切割酶的一个共有序列(或多个共有序列)范围内的两个或更多个特定多肽序列处切割。因此，为了在本文方便起见，除非另有明确说明，否则当两个切割位点在相同条件下都被相同的切割酶切割时，即使它们是两个不同的序列(它们可能落入该切割酶共有序列的范围内)，它们也可以被称为“相同的”。例如，用于被半胱天冬酶2切割的目的，序列dvadl(seqidno:739)和dvadi(seqidno:740)都可以被称为“相同的”切割位点，因为它们都落入了半胱天冬酶2的共有序列的范围内，即使这些切割位点不相同。另一方面，也为了在本文方便起见，除非另有明确说明，否则当两个切割位点各自被不同的切割酶切割，但不会被相同的切割酶切割时，它们可以被称为“不同的”。

表4：示例性切割酶和切割位点

关于切割位点的另外的信息可以在万维网上以web.expasy.org/peptide_cutter/peptidecutter_enzymes.html找到，将其通过引用以其整体并入本文。

在一些实施方案中，切割位点包含表4中的切割位点，基本上由其组成或者由其组成。因此，在一些实施方案中，切割位点包含以下物质的切割位点，基本上由其组成或者由其组成：arg-c蛋白酶、asp-n内肽酶、bnps-粪臭素、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、胰凝乳蛋白酶-高特异性、梭菌蛋白酶(梭菌肽酶b)、cnbr、肠激酶、xa因子、甲酸、谷氨酰内肽酶、颗粒酶b、羟胺、亚碘酰基苯甲酸、lysc、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、ntcb(2-硝基-5-硫氰基苯甲酸)、胃蛋白酶(ph1.3)、胃蛋白酶(ph>2)、脯氨酸-内肽酶、蛋白酶k、葡萄球菌肽酶i、嗜热菌蛋白酶、凝血酶或胰蛋白酶。因此，在本文的一些实施方案的方法中，一种或多种所列的酶用于切割切割位点。

在一些实施方案中，切割位点包含化学敏感或ph敏感的接头，基本上由其组成或者由其组成。这种接头可以在合适的化学物质存在下(在化学敏感接头的情况下)或在合适的ph下(在ph接头的情况下)进行切割。在一些实施方案中，当ph在合适的范围内时，ph敏感的接头经历酶介导的切割。例如，ph敏感的接头如缬氨酸-瓜氨酸(vc)二肽在酸性ph下(例如范围为4.8-6)被组织蛋白酶b以ph敏感的方式切割(参见，例如，jain等人.pharmaceuticalresearch,32:3526-3540,(2015)，将其在此通过引用以其整体并入)。在一些实施方案中，当ph在特定范围内时，ph敏感的接头经历切割事件。例如，也已经描述了基于氨基磷酸酯主链的可调节ph敏感的接头，其可以在小于7.4的ph下经历水解，这描述于pct公开号wo2016028700中，将其在此通过引用以其整体并入。在一些实施方案中，化学敏感的接头在化学物质存在下经历切割事件。例如，可以在引入谷胱甘肽时释放包含二硫键、基本上由其组成或者由其组成的接头(参见，例如，jain等人.pharmaceuticalresearch,32:3526-3540,(2015))。

信号分子

在一些实施方案中，多肽原包含一个或多个信号分子。如本文所用，“信号分子”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指这样的分泌性分子，其能够调节、诱导或抑制产生其的细胞或不同细胞中的活性或过程(对象细胞可以是微生物细胞或非微生物细胞，例如多细胞有机体如动物或植物的细胞)。示例性信号分子包括但不限于信号肽、群体感应分子(例如群体感应肽)、信号转导受体配体、生长因子、激素和细胞因子。在一些实施方案中，信号分子包含以下，基本上由以下组成或者由以下组成：信号肽、群体感应分子(例如群体感应肽)、信号转导受体配体、生长因子、激素或细胞因子。在一些实施方案中，信号分子包含以下，基本上由以下组成或者由以下组成：信号肽、群体感应分子(例如群体感应肽)、信号转导受体配体、生长因子、激素和细胞因子中的两种或更多种的组合，其可以包含两种或更多种相同类型的分子的组合(例如两种信号肽的组合或两种受体配体的组合)以及两种不同类型的分子的组合(例如细胞因子和激素的组合)。在一些实施方案中，信号分子用于微生物-宿主对话，因此，选择信号分子以靶向宿主有机体例如植物或动物的一个或多个细胞。在一些实施方案中，信号分子刺激、抑制、增加或减少细菌素的产生和/或菌群亚群的生长速率。在一些实施方案中，信号分子包含如本文所述的群体感应肽或其变体，由其组成或者基本上由其组成。

适用于一些实施方案的多肽原、方法和/或由核酸编码的示例性群体感应肽包括但不限于诸如下表5中示出的肽的群体感应肽，包括这些肽的变体，以及任何这些肽中的两种或更多种的组合。不受理论的限制，考虑微生物细胞，如革兰氏阳性细菌使用群体感应肽来协调细胞间的通讯。群体感应肽的综述可见于rajput等人,plosonedoi:10.1371/journal.pone.0120066，2015年3月17日,pp.1-16，将其据此通过引用以其整体并入。群体感应肽可以诱导靶标微生物细胞中下游反应调节子(responseregulator)和/或转录因子的活化。应注意，在一些实施方案中，下游反应调节子或转录因子可经配置以活化或抑制目标靶核酸的转录。因此，在一些实施方案中，靶标微生物细胞经基因工程化以表达或抑制由多肽原的信号肽刺激时目标基因产物的转录(和随后的表达)。

在一些实施方案中，多肽原的信号分子包含信号分子(例如群体感应分子，如群体感应肽)，基本上由其组成或者由其组成，所述信号分子刺激靶标微生物细胞中一种或多种细菌素多核苷酸的转录。靶标微生物细胞可以经基因工程化以将一种或多种细菌素多核苷酸置于响应群体感应分子的转录因子的控制下。在一些实施方案中，一种或多种细菌素多核苷酸的转录被配置为由响应群体感应分子的转录因子(例如转录激活因子)诱导。因此，通过多肽原的信号分子(例如群体感应分子)的信号传导可以刺激靶标微生物细胞产生一种或多种另外的细菌素。

在一些实施方案中，靶标微生物细胞经基因工程化以将毒物-解毒剂系统的一个或多个分子置于响应信号分子(例如群体感应分子如群体感应肽)的转录因子或反应调节子的控制下，从而在信号分子进行信号传导后诱导靶细胞的自杀反应。与细菌素不同的毒物-解毒剂系统可以用于实现这种自杀反应，这继而可以用于微生物细胞的抑制和/或选择性生长。示例性的毒物-解毒剂系统描述于美国专利第5,910,438号、第6,180,407号、第7,176,029号和第7,183,097号中，其各在此通过引用以其整体并入。在一些实施方案中，毒物-解毒剂系统包含在单一细胞中的细胞毒性(毒物)多肽和相应的抗毒素(解毒剂)多肽。如本文所用，“毒物多核苷酸”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义，并且可以指编码毒物多肽的多核苷酸。“解毒剂多核苷酸”具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义，并且可以指编码解毒剂多肽的多核苷酸。因此，在一些实施方案中，靶标微生物细胞被配置为诱导毒物多核苷酸响应于信号分子如群体感应分子的转录，从而诱导靶标微生物细胞中的自杀反应。在一些实施方案中，靶标微生物细胞被配置为响应于信号分子如群体感应分子而转录抑制抗体多核苷酸(同时继续表达相应的毒物多肽)，从而诱导靶标微生物细胞中的自杀反应。

在一些实施方案中，群体感应肽是天然存在的。在一些实施方案中，群体感应肽包含天然存在的群体感应肽的变体，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，群体感应肽包含合成肽，基本上由其组成或者由其组成。关于群体感应肽的信息，包括示例性序列，可以在quorumpeps数据库中找到，所述数据库可以在万维网上以quorumpeps.ugent.be.访问，将其在此通过引用以其整体并入。

表5

细胞因子是一类信号分子，其通常由细胞如免疫系统的细胞产生，并且能够诱导其它细胞的应答。许多不同的细胞因子可以用于本文的一些实施方案的多肽原、方法中和/或可以由本文的一些实施方案的核酸编码。考虑根据一些实施方案的包含细菌素和细胞因子的多肽原可以用于诱导抗微生物活性(通过细菌素)和宿主应答，例如免疫细胞抑制或免疫细胞刺激(通过细胞因子)。在一些实施方案中，细胞因子包括以下，基本上由以下组成或者由以下组成：天然存在的细胞因子、天然存在的细胞因子的变体或合成的细胞因子。许多合适的细胞因子可以用于根据本文的一些实施方案的多肽原、方法、组合物、细胞中或由根据本文的一些实施方案的核酸编码，包括但不限于il-1、il-2、il-3、il-4、il-5、il-6、il-7、il-8、il-9、il-10、il-11、il-12、il-13、il-15、il-16、il-17、il-18、il-19、il-20、il-21、il-22、il-23、ifn-α、ifn-β、ifn-γ、tnf-α、tnf-β、tgf-β1、m-csf、g-csf和gm-csf，这些中的任一种的变体，或者这些中的两种或更多种的任何组合。

激素是一类信号分子，其通常由多细胞有机体的细胞产生，并向其它细胞发出信号，这些细胞经常通过多细胞有机体的不同组织和/或器官循环。许多不同的激素可以用于本文一些实施方案的多肽原、方法中和/或由本文一些实施方案的核酸编码。考虑根据一些实施方案的包含细菌素和激素的多肽原可以用于诱导抗微生物活性(通过细菌素)以及宿主应答，例如细胞生长或增殖(通过激素)。在一些实施方案中，细胞因子包括以下，基本上由以下组成或者由以下组成：天然存在的激素、天然存在的激素的变体或合成的激素。适用于一些实施方案的多肽原、方法和/或由核酸编码的示例性激素包括但不限于蛋白质和肽激素，例如活化素和抑制素、脂联素、脂肪来源的激素、促肾上腺皮质激素、agouti基因、agouti信号传导肽、抑咽侧体素(allatostatin)、糊精、糊精家族、血管紧张素、angptl8、白脂素(asprosin)、心房利钠肽、大胃泌素、牛生长激素、缓激肽、脑源性神经营养因子、降钙素、睫状神经营养因子、促肾上腺皮质激素释放激素、甲壳类神经激素家族、内皮素、肠胰高血糖素、erythroferrone、fellutamide、fgf15、fgf15/19、fgf19、fndc5、促卵泡激素、胃泌素、胃抑制肽、胃饥饿素、胰高血糖素样肽-1、促性腺激素、促性腺激素释放抑制剂、促性腺激素释放激素、粒细胞集落刺激因子、生长激素、生长激素释放激素、铁调素(hepcidin)、人绒毛膜促性腺激素、人胎盘催乳素、肠降血糖素、胰岛素、胰岛素类似物、门冬胰岛素、德谷胰岛素(insulindegludec)、甘精胰岛素、赖脯胰岛素、胰岛素样生长因子、胰岛素样生长因子1、胰岛素样生长因子2、瘦素、利莫他汀(limostatin)、利拉鲁肽(liraglutide)、小胃泌素i、促黄体激素、黑皮质素、黑素细胞刺激素、α-黑素细胞刺激素、β-黑素细胞刺激素、γ-黑素细胞刺激素、小促胃液素(minigastrin)、脑利钠肽的n-末端激素原、神经生长因子、神经肽vf前体、神经营养因子-3、神经营养因子-4、nph胰岛素、肥胖抑制素、骨钙素、甲状旁腺激素、肽激素、肽yy、血浆肾素活性、普兰林肽、前激素原、催乳素(prolactin)、松弛素、松弛素家族肽激素、肾素、鲑降钙素、蛙皮降压肽(sauvagine)、分泌素、分泌素家族、辛卡利特、斯钙素(stanniocalcin)、硬骨鱼瘦素、滕波林(temporin)、促甲状腺激素、促甲状腺素释放激素、尿皮质素、尿皮质素ii、尿皮质素iii、血管活性肠肽、卵黄蛋白原、这些中的任一种的变体或者这些中的两种或更多种的任何组合。

亲和标签

在本文一些实施方案的多肽原、方法和编码多肽原的核酸中，多肽原或其组分肽(例如细菌素或信号分子)包含亲和标记。任选地，一个或多个切割位点可以位于亲和标签和多肽原的其余部分之间，以促进亲和纯化后去除亲和标签。亲和标签可以用于纯化，例如通过与结合固定在固相如珠粒上的亲和标签的分子接触。适用于本文一些实施方案的多肽原、方法和核酸编码的示例性亲和标签可以包括以下，基本上由以下组成或者由以下组成：his-标签、谷胱甘肽-s-转移酶(gst)标签、flag标签、strep标签、麦芽糖结合蛋白(mbp)、几丁质结合蛋白(cbp)、myc标签、ha标签、ne标签和v5标签、这些中任一种的变体、或者这些中的两种或更多种的任何组合。

微生物有机体

在一些实施方案中，提供了基因工程化的微生物。如本文所用，基因工程化的“微生物有机体”、“微生物”和这些根源术语的变型(如复数表示(pluralization)等)具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它们涵盖任何天然存在的物种或者完全合成的原核或真核单细胞有机体以及古细菌物种的基因修饰。因此，这种表述可以指细菌物种、真菌物种和藻类的细胞。

可以根据本文实施方案使用的示例性微生物包括但不限于细菌、酵母和藻类，例如光合微藻。此外，可以合成完全合成的微生物基因组并将其移植到单一微生物细胞中，以产生能够连续自我复制的合成微生物(参见gibson等人,(2010),“creationofabacterialcellcontrolledbyachemicallysynthesizedgenome,”science329:52-56，在此通过引用以其整体并入)。因此，在一些实施方案中，微生物是完全合成的。遗传元件(包括调节基因表达的元件和编码基因产物的元件(例如细菌素、免疫调节剂、毒物、解毒剂和工业上有用的分子))的期望组合可以在期望的底盘(chassis)上组装成部分或完全合成的微生物。用于工业应用的基因工程化微生物有机体的描述也可以见于wright等人,(2013)“building-inbiosafetyforsyntheticbiology”microbiology159:1221-1235中。

根据本文的实施方案，可以使用多种细菌物种和菌株，并且可以基于已知物种的“底盘”提供基因修饰的变体或合成细菌。可以根据本文实施方案使用的具有工业上可应用特性的示例性细菌包括但不限于芽孢杆菌属物种(例如凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌)、类芽孢杆菌物种、链霉菌物种、微球菌物种、棒杆菌物种、醋杆菌物种、蓝细菌物种、沙门氏菌物种、红球菌物种。假单胞菌物种、乳杆菌物种、肠球菌物种、产碱杆菌物种、克雷伯氏菌物种、类芽孢杆菌物种、节杆菌物种、棒杆菌物种、短杆菌物种、水生栖热菌(thermusaquaticus)、施氏假单胞菌(pseudomonasstutzeri)、热纤维梭菌(clostridiumthermocellus)和大肠杆菌。

根据本文的实施方案，可以使用多种酵母物种和菌株，并且可以基于已知物种的“底盘”提供基因修饰的变体或合成酵母。可以根据本文实施方案使用的具有工业上可应用特性的示例性酵母包括但不限于酵母物种(例如酿酒酵母(saccharomycescerevisiae)、贝酵母(saccharomycesbayanus)、布拉氏酵母(saccharomycesboulardii))，假丝酵母物种(例如产朊假丝酵母(candidautilis)、克鲁斯假丝酵母(candidakrusei))，裂殖酵母物种(例如粟酒裂殖酵母(schizosaccharomycespombe)、日本裂殖酵母(schizosaccharomycesjaponicas))，毕赤氏酵母或汉逊酵母物种(例如，毕赤酵母(pichiapastoris)或多形汉逊酵母(hansenulapolymorpha))和酒香酵母物种(例如，克劳森酒香酵母(brettanomycesclaussenii))。

根据本文的实施方案，可以使用多种藻类物种和菌株，并且可以基于已知物种的“底盘”产生基因修饰的变体或合成藻类。在一些实施方案中，藻类包含光合微藻。可以用于生物燃料且可以根据本文实施方案使用的示例性藻类物种包括布朗葡萄藻(botryococcusbraunii)、小球藻物种、特氏杜氏藻(dunaliellatertiolecta)、江蓠物种、卡氏侧金藻(pleurochrysiscarterae)和马尾藻物种。另外，许多藻类可用于食品、肥料、废物中和、环境修复和碳水化合物制造(例如，生物燃料)。

多肽原和编码多肽原的核酸的设计

可以使用多种方法来设计根据本文一些实施方案的包含期望比例的所选细菌素的多肽原。例如，一种选择是设计核酸编码序列，其包含在单个开放阅读框中的细菌素、切割位点和多肽原的其它特征，如亲和标签和/或信号分子。然后可以对具有该序列的多核苷酸进行测序。另外，计算工具可用于促进根据一些实施方案的多肽原(和编码它们的核酸)的设计。例如，如nielsen等人,“geneticcircuitdesignautomation”science(2016)352:aac7341(在此通过引用以其整体并入)中所述，一种基于计算机的设计环境cello允许用户写入自动转换为dna序列的verilog代码。因此，在一些实施方案中，基于文本的方法可以容易地用于产生编码多肽原的期望元件的核酸，如特定组合和/或比例的细菌素和分离细菌素的切割位点，并且以细菌素不被切割切割位点的切割酶切割的方式。在一些实施方案中，多肽原包含期望比例的所选细菌素和抗微生物肽。在一些实施方案中，多肽原包含期望比例的所选抗微生物肽。在一些实施方案中，多肽原包含期望比例的所选细菌素。

用于表达核酸的微生物有机体的基因修饰

基因修饰微生物的技术是本领域众所周知的。在一些实施方案的方法和组合物中，将微生物进行基因修饰以包含调节细菌素，例如包含本文所述细菌素的多肽原的表达和对其进行编码的核酸序列。在本文一些实施方案的方法和组合物中，可以将编码多肽原的多核苷酸递送到微生物中，并且所述多核苷酸可以稳定地整合到这些微生物的染色体中，或者可以不存在于基因组中，例如存在于质粒、染色体外阵列、附加体、微型染色体等中。

用于基因修饰微生物细胞的示例性载体包括但不限于质粒、病毒(包括噬菌体)和转座元件。另外，将理解，包含期望序列的整个微生物基因组可以在细胞中合成和组装(参见，例如gibson等人,(2010)，science329：52-56)。因此，在一些实施方案中，合成具有期望特征如细菌素多核苷酸的微生物基因组(或其部分)，并将其引入微生物细胞中。

在一些实施方案中，提供了用于将一种或多种期望的细菌素和/或免疫调节剂多核苷酸插入到多核苷酸序列(例如将编码包含细菌素的多肽原的盒插入表达载体)的盒。示例性的盒包括但不限于cre/lox盒或flp/frt盒。在一些实施方案中，所述盒位于质粒上，使得具有编码期望多肽原的期望多核苷酸的质粒可以容易地引入微生物细胞中。在一些实施方案中，所述盒位于微生物细胞基因组中的期望位置。

在一些实施方案中，质粒接合可以用于将期望的质粒从“供体”微生物细胞引入受体微生物细胞。等人,(2013)multicellularcomputingusingconjugationforwiring.plosone8(6):e65986，在此通过引用以其整体并入。在一些实施方案中，质粒接合可以通过将来自供体微生物细胞的接合质粒引入到受体微生物细胞来基因修饰受体微生物细胞。不受任何特定理论的限制，包含相同或功能上相同的复制基因组的接合质粒通常不能共存于同一微生物细胞中。因此，在一些实施方案中，质粒接合通过引入新的接合质粒以取代受体细胞中存在的另一接合质粒来“重编程”受体微生物细胞。在一些实施方案中，质粒接合用于工程化(或重新工程化)具有编码多肽原的特定核酸或编码不同多肽原的不同核酸的组合的微生物细胞。根据一些实施方案，提供了包含不同核酸的多种接合质粒，所述核酸包含多种不同的多肽原。质粒可以包含本文所述的另外的遗传元件，例如启动子、翻译起始位点等。在一些实施方案中，在供体细胞集合中提供了多种接合质粒，使得可以选择包含期望质粒的供体细胞用于质粒接合。在一些实施方案中，选择特定组合和/或比例的细菌素，并将适当的供体细胞(编码特定的多肽原)与目标微生物细胞接合，以将包含该组合的接合质粒引入受体细胞。

多肽原

如本文所用，“多肽原”具有本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指前体多肽，其包括以下，基本上由以下组成或者由以下组成：期望比例的至少两种组分肽(例如，至少一种细菌素和至少一种信号分子，或者两种或更多种细菌素和任选的一种或多种本文公开的其它肽(例如，信号肽、群体感应分子如群体感应肽、信号转导受体配体、生长因子、激素、细胞因子或者任何所列项中的两种或更多种的组合))和分离多肽原的组分肽的至少一个切割位点。图2中示意性地说明了根据一些实施方案的示例性多肽原。组分肽可以通过切割位点彼此分离，从而在切割时，组分肽彼此分离，并以由多肽原中每种组分肽的拷贝数确定的比例存在(参见图3)。在一些实施方案中，多肽原的一种或多种组分肽是无活性的形式，并且在从周围的多肽序列切割后变得有活性。不受理论的限制，考虑在一些实施方案中，至少一些或者在一些实施方案中所有的细菌素在它们是多肽原的一部分时是无活性的，从而有利地，多肽原可以由微生物细胞产生和/或修饰，所述微生物细胞不需要对那些无活性的细菌素的免疫。明确考虑本文所述的多肽原可以与本文所述的任何方法和试剂盒中的任一种结合使用。此外，应理解，对于本文所述的任何多肽原，基于本领域技术人员对遗传密码的理解，可以容易地理解一种或多种多核苷酸(达到存在多个可能密码子的程度)。

图4a是说明根据本文一些实施方案的多肽原100的示意图。多肽原可以包含细菌素110、112、114。细菌素可以相同或不同(例如，所有细菌素可以相同，或一些细菌素可以相同，而其它细菌素不同，或所有细菌素可以彼此不同)。多肽原还可以包含设置在多肽原中的细菌素和/或其它多肽之间的一个或多个切割位点120、122、124和126。在一些实施方案中，多肽原还包含标签130。在一些实施方案中，多肽原还包含如本文所述的信号分子140，例如群体感应分子如群体感应肽。在一些实施方案中，切割位点120、122、124和126设置在细菌素、标签和信号分子之间。在一些实施方案中，标签可用于纯化多肽原。在一些实施方案中，切割位点(例如120、122、124和126)包括用于酶(如内肽酶)的两个或更多个共有位点。考虑在一些实施方案中，切割位点含有两个或更多个切割共有序列(其可以相同或不同)，其中至少一个紧接在上游肽的c末端的下游和/或其中至少一个紧接在下游多肽的n-末端的上游，以便切割位点的任何残留部分(vestige)可以从该肽中基本上消除或完全消除。在一些实施方案中，“切割位点”包含两个或更多个共有序列，其中至少一个共有序列被配置为紧接在肽(例如细菌素)的上游或下游，以便在切割时从肽中去除该切割位点的任何残留部分。在一些实施方案中，“切割位点”包含两个共有序列，其中一个被配置为紧接在上游肽(例如细菌素)的下游，并且另一个紧接在下游肽(例如细菌素)的上游，以便在切割两个切割位点时从上游肽的c-末端部分和下游肽的n-末端部分去除该切割位点的任何残留部分。任选地，另外的切割位点位于这两个切割位点之间。

图4b是说明根据本文一些实施方案的包含由多肽原100制备的细菌素101的组合物的示意图。该组合物可以包含细菌素110、112、114。细菌素可以相同或不同(例如，所有细菌素可以相同，或一些细菌素可以相同，而其它细菌素不同，或所有细菌素可以彼此不同)。任选地，一些细菌素110、112、114还可以包含切割位点121、123、125、127的残留部分。在一些实施方案中，该组合物还包含如本文所述的标签130和/或信号分子140。一些细菌素110、112、114和/或标签130和/或信号分子140还可以包含切割位点121、123、125、127的残留部分。在一些实施方案中，在切割后，细菌素包含不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸作为切割位点的残留部分，包括任何两个所列值之间的范围。在一些实施方案中，细菌素不包含切割位点的任何残留部分。在一些实施方案中，细菌素包含在其n-末端、在其c-末端、或在其n-和c-末端上的切割位点的残留部分。考虑在一些实施方案中，信号分子和/或标签还包含如本文所述的残留部分。在一些实施方案中，信号分子和/或标签不包含本文所述的任何残留部分。

在一些实施方案中，多肽原包含至少一种细菌素、至少一种信号分子和设置在细菌素和信号分子之间的一个或多个切割位点，基本上由其组成或者由其组成，使得每种细菌素或信号分子可以通过切割位点的切割与多肽原的其余部分分离。在一些实施方案中，细菌素和信号分子处于期望的比例。

在一些实施方案中，多肽原包含第一组分肽，其包含细菌素、至少一种另外的组分肽(细菌素或信号分子)和设置在组分肽之间的切割位点，基本上由其组成或者由其组成。多肽原还可以包含亲和标签。在一些实施方案中，亲和标签通过切割位点与多肽原中的细菌素(和/或其它组分肽)分离，使得在亲和纯化多肽原后，可以切割亲和标签以便将其从多肽原中去除。在一些实施方案中，多肽原包含至少两种细菌素和任选的至少一种信号分子，基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，分离的多肽原包含三种或更多种细菌素，例如，至少3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种、33种、34种、35种、36种、37种、38种、39种、40种、41种、42种、43种、44种、45种、46种、47种、48种、49种或50种细菌素，包括任何两个所列值之间的范围，例如3-10种、3-20种、3-30种、3-50种、5-10种、5-20种、5-30种、5-50种、7-10种、7-20种、7-30种、7-50种、10-20种、10-30或10-50种细菌素。在一些实施方案中，多肽原包含至少5种细菌素。

还考虑多肽原可以包含信号分子，其可以促进与微生物细胞或宿主有机体的通讯。因此，在一些实施方案的多肽原、方法和核酸中，所述多肽原还包含信号分子。信号分子可以通过切割位点与多肽原的其它组分肽分离。在一些实施方案中，信号分子包含如本文所述的群体感应分子(例如，群体感应肽)、细胞因子或激素、基本上由其组成或者由其组成。在一些实施方案中，靶细胞被配置为响应于群体感应分子产生另外的基因产物，例如细菌素。可以对靶细胞进行基因工程化，以使一种或多种细菌素多核苷酸处于对群体感应分子应答的转录因子的控制下，使得在群体感应分子发出信号时，细菌素多核苷酸被转录，并且靶细胞产生另外的细菌素。

在一些实施方案中，一个或多个切割位点设置在多肽原的任何两个相邻的组分肽(例如，细菌素、信号分子)之间的框中。在一些实施方案中，一个或多个切割位点设置在多肽原的任何两种相邻细菌素之间的框中。注意，在一些实施方案的多肽原、方法和核酸中，位于多肽原的n-或c-末端或者其附近的组分肽(例如，细菌素和/或信号分子)或亲和标签可以位于切割位点附近以将它们与多肽原的其余部分隔开，但它们不在两侧的切割位点的侧面。例如，对于在细菌素的n-末端的细菌素，在来自细菌素的c-末端方向上可能存在切割位点，但在细菌素的n-末端侧没有切割位点。在一些实施方案中，例如，如果组分肽或亲和标签在多肽原的n-或c-末端附近，但在组分肽或亲和标签之外还存在另外的n-或c-末端序列，则组分肽可以在两侧包含切割位点，以便促进另外的n-或c-末端序列的去除。在一些实施方案中，一些另外的n-或c-末端序列可以保留在组分多肽上。

应注意，在一些实施方案中，切割位点可以包含切割酶靶向的序列。为了最小化或避免多肽原中的细菌素或其它组分肽(例如，信号分子)的切割，考虑在一些实施方案中，组分肽本身不包含靶定组分肽之间的切割位点的切割酶的切割位点。因此，在一些实施方案中，细菌素不包含用于靶向细菌素之间的切割位点的切割酶的切割位点。在一些实施方案中，使用两种或更多种切割酶以靶向多肽原的组分肽之间的所有切割位点，但细菌素不包含由这些切割酶中的任何一种靶向的切割位点。在一些实施方案中，至少一个切割位点用于第一切割酶，另一个切割位点用于不同于第一切割酶的第二切割酶，并且细菌素不包含用于第一或第二切割酶中任一种的切割位点。

在一些实施方案中，信号分子不包含用于靶向细菌素和信号分子之间的切割位点的切割酶的切割位点。注意，如在一些实施方案中，切割在亲和纯化多肽原之后进行。因此，亲和标签本身包含一个或多个切割位点是可以接受的，因为在进行切割时，亲和标签可能是可有可无的。

在一些实施方案中，隔开多肽原的组分肽的切割位点均由相同的切割酶靶向，使得单一酶可以用于将多肽原切割成期望比例的单独的细菌素(和任选的其它肽)。在一些实施方案中，通过切割酶的组合共同靶向隔开多肽原的组分肽的切割位点，因此切割酶的数目小于多肽原中切割位点的数目。在一些实施方案中，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或十种切割酶共同靶向隔开多肽原的组分肽的切割位点。在一些实施方案中，切割位点包含化学敏感的或ph敏感的接头。因此，在这些实施方案的一些中，通过相同的化学和/或相同的ph条件共同切割隔开多肽原的组分肽的切割位点。

在一些实施方案中，细菌素本身包含标签，例如亲和标签、信号序列(用于分泌、内化、核定位等)或稳定性标签。任选地，标签可以从多肽原上切割下来。因此，细菌素可以在其自身和标签之间包含切割位点。在将组分肽从多肽原上切割下来之后，标签保持附着在细菌素上可能是有用的。因此，在一些实施方案中，细菌素和标签之间的切割位点可以被与针对将组分肽彼此隔开的切割位点不同的不同切割酶靶向(和/或在不同的化学或ph条件下切割)。

在一些实施方案中，多肽原还包含翻译后修饰或共翻译修饰，例如糖基化、乙酰化、甲基化、聚乙二醇化、类泛素化(sumoylation)、泛素化、或者任何这些中的两种或更多种。

在一些实施方案中，多肽原包含一定量的呈期望比例或一部分的期望比例的两种或更多种不同的组分肽(例如，细菌素和/或信号分子)。例如，第一细菌素与第二(不同)细菌素或信号分子的比例可以为约1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、2:3、2:5、2:7、2:9、3:4、3:5、3:7、3:8、3:10、4:5、4:7、4:9、5:6、5:7、5:8、5:9、6:7、7:8、7:9、7:10、8:9或9:10。在一些实施方案中，多肽原包含一定量的呈期望比例的或一部分的期望比例的两种或更多种不同的细菌素。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以平衡动物、人器官、植物根部和/或土壤中的微生物群体。在一些实施方案中，细菌素和/或信号分子以一部分的期望比例存在，并且可以通过以合适的比例加入另外的细菌素和/或信号分子来实现期望比例(例如，如果两种不同的多肽原的产物组合在一起，它们可以产生期望比例的组分多肽，如细菌素和/或信号分子)。

在一些实施方案中，多肽原的长度不超过20,000个氨基酸，例如不超过20,000个、15,000个、10,000个、9000个、8000个、7000个、6000个、5000个、4000个、3000个、2000个、1000个、900个、800个、700个、600个、500个、400个、300个、200个或100个氨基酸，包括任何两个所列值之间的范围，例如100-20,000个；100-10,000个；100-5000个；100-2000个；100-1000个；500-20,000个；500-10,000个；500-5000个；500-2000个；500-1000个；1000-20,000个；1000-10,000个；1000-5000个或1000-2000个氨基酸。在一些实施方案中，多肽原的长度不超过5000个氨基酸。在一些实施方案中，多肽原的长度不超过2000个氨基酸。

核酸

本文一些实施方案的方法、试剂盒、微生物细胞和/或核酸包括编码多肽原的核酸。在一些实施方案中，核酸编码在单个阅读框中的细菌素和信号分子，并编码设置在细菌素和信号分子编码序列之间的切割位点编码序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含在单个阅读框中的两个细菌素编码序列。分离的核酸还可以包含设置在细菌素编码序列之间并且在单个阅读框中的切割位点编码序列。在本文一些实施方案的方法、核酸、微生物细胞和/或试剂盒中，核酸编码本文所述的任何多肽原。在一些实施方案中，试剂盒包含组成一种或多种如本文所述的多肽原的核酸。在一些实施方案中，所述试剂盒还包含能够表达所述多肽原的微生物细胞。

如本文所述，对于一些实施方案的核酸，核酸编码的细菌素(或其它多肽)在切割后保持完整是有利的。因此，在一些实施方案中，核酸编码切割酶的切割位点，并且其细菌素和/或信号分子编码序列(分别)编码不包含切割酶的切割位点的细菌素和/或信号分子。在一些实施方案中，核酸的切割位点编码序列编码切割酶的切割位点，并且细菌素编码序列编码不包含切割酶的切割位点的细菌素。

在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的三个或更多个细菌素编码序列，例如3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个、42个、43个、44个、45个、46个、47个、48个、49或50个细菌素编码序列，包括任何两个所列值之间的范围，例如3-10个、3-20个、3-30个、3-50个、5-10个、5-20个、5-30个、5-50个、7-10个、7-20个、7-30个、7-50个、10-20个、10-30个或10-50个细菌素编码序列。在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的至少三个细菌素序列。在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的至少5个细菌素序列。在一些实施方案中，至少两个细菌素编码序列编码彼此不同的细菌素。

在一些实施方案中，一个或多个切割位点编码序列设置在分离的核酸的任何两个相邻细菌素编码序列之间的框中。如本文所述，单一切割酶能够分离多肽原的多个或全部组分肽可能是有利的。因此，在一些实施方案中，每个细菌素编码序列(以及，如果存在的话，信号分子编码序列)通过同一酶的框内切割位点编码序列彼此分开。因此，在核酸翻译后，可以通过单一酶将所得的多肽原切割成其组分肽。

在一些实施方案中，切割位点编码序列编码第一切割酶的切割位点，并且另一个切割位点编码序列编码不同切割酶的另一个切割位点。在一些实施方案中，由细菌素编码序列编码的细菌素不包含第一或第二切割酶中任一种的切割位点。在一些实施方案中，分离的核酸编码的细菌素不包含切割散布的切割位点的任何切割酶的切割位点。

在一些实施方案中，所有细菌素编码序列(以及，如果存在的话，信号分子编码序列)通过框内切割位点编码序列彼此分开，所述框内切割位点编码序列通过两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或十种切割酶的组合共同切割。因此，在核酸翻译时，该切割酶的组合可以用于将多肽原切割成其组分肽。

在一些实施方案中，切割位点编码序列编码如本文所述(例如表4中)的切割酶的切割位点。在一些实施方案中，切割位点编码序列编码如本文所述的化学和/或ph敏感的切割位点。

在一些实施方案中，分离的核酸的组分肽(例如细菌素和/或信号分子)编码序列以期望比例或一部分的期望比例存在。在一些实施方案中，三个或更多个细菌素序列以期望比例或一部分的期望比例存在。在一些实施方案中，选择期望比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以平衡动物、人器官或植物根部和/或土壤中的微生物群系。

在一些实施方案中，分离的核酸还包含单个阅读框中的信号分子的编码序列。可以将切割位点编码序列设置在信号分子的编码序列和相邻的细菌素编码序列之间。在一些实施方案中，信号分子包括群体感应分子、信号转导受体配体、生长因子、激素或细胞因子。在一些实施方案中，信号分子可以是野生型、突变型或合成的。

制备细菌素的微生物细胞

一些实施方案的方法、试剂盒和微生物细胞包括含有本文所述的分离的核酸的微生物细胞。这种微生物细胞可用于产生包含如本文所述的期望比例的细菌素的多肽原。微生物细胞可以包含如本文所述的启动子。启动子可以与分离的核酸可操作地连接。因此，微生物细胞可以被配置成转录分离的核酸并将其翻译成包含细菌素的多肽原。如本文所述，当多肽原的细菌素是多肽原的一部分时，它们可以是无活性的。因此，在一些实施方案中，分离的微生物细胞不产生由分离的核酸编码的细菌素的功能性免疫调节剂。例如，微生物细胞可以缺乏免疫调节剂的编码序列，或者如果其确实包含免疫调节剂的编码序列，则该编码序列可以是转录沉默的(例如由于缺乏启动子)，和/或编码序列可以是突变的，使得由编码序列产生的任何免疫调节剂都是无功能的。在一些实施方案中，与核酸可操作地连接的启动子包含表3.1-3.11的任何启动子、基本上由其组成或者由其组成。

制备细菌素的方法

一些实施方案包括制备细菌素的方法。该方法可用于制备包含期望比例的细菌素(和任选的其它分子如信号分子)的组合物。在一些实施方案中，制备细菌素的方法包括表达核酸。核酸可以包含在单个阅读框中的两个细菌素编码序列，或者在单个阅读框中的细菌素和信号分子编码序列(参见，例如，图8)。核酸还可以包含设置在细菌素编码序列之间(或细菌素和信号分子编码序列之间)和单个阅读框中的切割位点编码序列。可以表达核酸以产生包含细菌素和设置在其间的切割位点的多肽原。在一些实施方案中，如本文所述的编码细菌素(和/或信号分子)的核酸由基因表达系统表达以产生如本文所述的多肽原。

在一些实施方案中，例如，当在如生物药物生产的半控制环境中产生细菌素时，多肽原包含细菌素编码序列、信号分子编码序列和设置在细菌素和信号分子编码序列之间的切割位点。考虑这样的多肽原可以用于产生包含期望比例的细菌素和信号分子的组合物，其可以用于抑制遗传漂移的微生物有机体(经由细菌素；例如，如果靶标有机体的免疫力与它们维持某种遗传状态有关；这种方法在美国专利第9,333,227号中有更详细的描述。另外，信号分子可以通过在环境中产生细胞(例如，基因工程化微生物细胞或哺乳动物细胞培养物如cho或bhk细胞)来促进期望产物的生长、增殖或产生。

在一些实施方案中，所述方法还包括切割切割位点，从而将细菌素(和/或信号分子)彼此分离。在分离细菌素(和/或信号分子)时，由此产生包含细菌素(或细菌素和信号分子的组合)的组合物。在一些实施方案中，通过如本文所述(例如表4中)的切割酶或切割酶的组合切割切割位点。在一些实施方案中，通过将包含ph敏感或化学敏感的接头的肽暴露于诱导切割的ph或化学条件来切割切割位点。在一些实施方案中，在切割前将多肽原储存一段时间，例如，至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、4周、1个月、2个月或3个月，包括任何两个所列值之间的范围。

在一些实施方案中，当细菌素是多肽原的一部分时，它们是无活性的。因此，在一些实施方案中，微生物细胞不产生至少一种细菌素的功能性免疫调节剂，例如，微生物细胞可以缺乏免疫调节剂的编码序列，或者如果其确实包含免疫调节剂的编码序列，则编码序列可以是转录沉默的(例如，由于缺乏启动子)，和/或编码序列可以是突变的，使得由编码序列产生的任何免疫调节剂都是无功能的。在一些实施方案中，微生物细胞包含大肠杆菌或枯草芽孢杆菌。

在一些实施方案中，至少一种细菌素在其为多肽原的一部分时是无活性的。

在一些实施方案中，核酸在体外表达。无细胞表达系统可以用于体外转录和/或翻译核酸。在一些实施方案中，体外表达系统包含细胞提取物，由其组成或者基本上由其组成。在一些实施方案中，体外表达系统包含rna聚合酶、核糖体、trna(和相应的氨基酸)、能源和酶辅因子。体外表达系统还可以包含用于共翻译或翻译后修饰的酶，和/或介导蛋白质折叠的细胞组分，如热休克蛋白。

在一些实施方案中，所述方法还包括在切割之前分离多肽原。多肽原可以从微生物细胞中分离，或从本文所述的体外表达系统中分离。在一些实施方案中，分离包括纯化多肽原。在一些实施方案中，分离包括亲和纯化多肽原。亲和纯化可以使用如本文所述的亲和标签进行。核酸可以编码多肽原上的亲和标签。亲和标签可以通过对亲和标签特异的合适结合剂(例如，针对myc标签的抗myc抗体，或针对gst的gsh包被的珠，或针对his标签的镍或钴)结合。结合剂可以固定在固相上，以便在结合亲和标签时，多肽原将固定在固相上。可以从微生物细胞和/或体外表达系统中去除固相。任选地，可以洗涤固相。然后亲和标记的多肽原可以从固相释放。例如，可以通过免疫沉淀、亲和层析等分离多肽原。

在一些实施方案中，核酸包含在单个阅读框中的至少三个细菌素编码序列，例如至少约3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种、33种、34种、35种、36种、37种、38种、39种、40种、41种、42种、43种、44种、45种、46种、47种、48种、49或50种细菌素，包括任何两个所列值之间的范围，例如约3-10种、3-20种、3-30种、3-50种、5-10种、5-20种、5-30种、5-50种、7-10种、7-20种、7-30种、7-50种、10-20种、10-30或10-50种细菌素。因此，核酸可以产生包含指定数目的细菌素的多肽原。

在一些实施方案中，至少两种细菌素彼此不同。在一些实施方案中，两种或更多种细菌素是相同的。在一些实施方案中，至少两种细菌素彼此不同，并且至少两种细菌素是相同的。

在切割多肽原时，可以产生包含细菌素的组合物。在一些实施方案中，所述组合物包含期望比例的细菌素。在一些实施方案中，通过核酸的单个阅读框中的细菌素编码序列的比例实现至少一部分的期望比例。不受理论的限制，考虑在一些实施方案中，核酸以顺式编码期望的相对量的两个或更多个不同的细菌素编码序列，相应的多肽原也将具有这些细菌素比例。例如，如果核酸包含“细菌素a”的两个编码序列和“细菌素b”的三个编码序列，每个序列被切割位点分开，则所得的多肽原将包含2：3的细菌素a与细菌素b的比例。在切割时，溶液将包含这些比例的细菌素。注意，在一些实施方案中，由核酸编码的另外的蛋白质或多肽(例如信号分子)也以期望的比例产生。因此，可以产生包含预定比例或比例范围的细菌素和信号分子的溶液。在一些实施方案中，通过核酸的单个阅读框中细菌素编码序列的比例实现预定比例。

在一些实施方案中，核酸编码一部分的期望比例的细菌素(和任选的另外的肽，如信号分子)。可以添加另外的组分以实现最终的期望比例。例如，第二不同的多肽原可以包含第二比例的细菌素和/或信号分子。两种不同的多肽可以一起提供目标细菌素(和任选的其它肽，如信号分子)的最终期望比例。因此，在一些实施方案中，通过包含一定比例的细菌素编码序列并且进一步包含细菌素编码序列之间的切割位点的第二核酸进一步实现期望的比例。

可以针对多种应用选择期望的比例。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。例如，如果诸如培养基、原料、发酵罐、生物反应器或微生物群系的环境含有不期望的微生物有机体群或处于含有其的风险中，则可以选择一定比例的细菌素以靶向那些不期望的微生物有机体。在一些实施方案中，选择期望的细菌素比例以平衡动物(例如马、牛、绵羊、猪、驴、狗、猫或非人灵长类动物)、人器官(例如皮肤或肠道)或植物根部和/或土壤微生物群系的微生物群系群体，或者以保存诸如食品(人或非人动物)、药品或化妆品的产品。在一些实施方案中，期望的比例包括多肽原中的两种细菌素(例如，第一细菌素与第二细菌素、第一细菌素与第三细菌素、第二细菌素与第三细菌素、或第三细菌素与第四细菌素、或第四细菌素与第五细菌素)之间的比例为约1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、2:3、2:5、2:7、2:9、3:4、3:5、3:7、3:8、3:10、4:5、4:7、4:9、5:6、5:7、5:8、5:9、6:7、7:8、7:9、7:10、8:9或9:10，其中第一(或第二、或第三、或第四)细菌素不同于第二(或第三、或第四、或第五)细菌素。注意，多肽原中不同的细菌素对可以具有彼此不同的比例。因此，考虑三种或更多种细菌素彼此之间的比例可以通过细菌素彼此之间的单独(成对)比例来确定。例如，第一细菌素和第二细菌素的比例可以为1:2，第二细菌素和第三细菌素的比例可以为2:5，使得第一细菌素与第二细菌素和第三细菌素的比例分别为1:2:5。在一些实施方案中，期望比例包括约1:1:2、1:2:2、1:1:3、1:2:3、1:3:3、2:2:3或2:3:3的第一细菌素与第二细菌素和第三细菌素的比例。

如本文所述，在多肽原切割后细菌素保持完整可能是有利的。因此，在一些实施方案中，多肽原的细菌素不含有任何分开细菌素(或任选的其它多肽如信号分子)的切割位点。在切割位点切割时，细菌素可以保持完整。在一些实施方案中，切割位点是针对单一切割酶，并且切割酶在细菌素内不切割。在一些实施方案中，至少一个切割位点用于第一切割酶，另一个切割位点用于第二切割酶，并且第一切割酶和第二切割酶均不在细菌素内切割。

在一些实施方案中，通过所述方法产生的组合物包含如本文所述的信号分子。核酸可以编码与多肽原的其它组分(例如细菌素)相同的阅读框中的信号分子。切割位点序列设置在信号分子和细菌素编码序列之间。因此，在切割位点切割时，信号分子可以与细菌素分离。在一些实施方案中，信号分子包含以下，基本上由以下组成或者由以下组成：群体感应分子、信号转导受体配体、生长因子、激素或细胞因子、或这些中的两种或更多种的组合。在一些实施方案中，信号分子是野生型、突变型或合成的。

在一些实施方案中，多肽原的长度不超过20,000个氨基酸，例如不超过20,000个、15,000个、10,000个、9000个、8000个、7000个、6000个、5000个、4000个、3000个、2000个、1000个、900个、800个、700个、600个、500个、400个、300个、200个或100个氨基酸，包括任何两个所列值之间范围，例如100-20,000个；100-10,000个；100-5000个；100-2000个；100-1000个；500-20,000个；500-10,000个；500-5000个；500-2000个；500-1000个；1000-20,000个；1000-10,000个；1000-5000个；或1000-2000个氨基酸。在一些实施方案中，多肽原的长度不超过5000个氨基酸。在一些实施方案中，多肽原的长度不超过2000个氨基酸。

如本文所述，可以通过使用两种或更多种不同的多肽原进一步调节细菌素(和其它多肽如信号分子)的比例以获得特定比例和/或组合的分子(例如细菌素、信号分子)。在一些实施方案中，所述方法包括表达编码第二多肽原的第二核酸，所述第二多肽原包含两种细菌素和设置在所述细菌素之间的切割位点。第二多肽原可以不同于第一多肽原，因此第二多肽原的切割产生与第一多肽原切割后不同比例的细菌素和/或信号分子。

在一些实施方案中，所述方法还包括化学修饰细菌素。示例性的化学修饰包括但不限于糖基化、乙酰化、甲基化、聚乙二醇化、类泛素化、泛素化、或者任何这些中的两种或更多种。在一些实施方案中，细菌素是共翻译化学修饰的。在一些实施方案中，细菌素是翻译后化学修饰的。例如，微生物细胞可以包含或可以经基因工程化以包含用于共翻译修饰或翻译后修饰的酶。例如，体外表达系统可以包含用于共翻译或翻译后修饰的酶。例如，体外表达系统可以包含用于翻译后修饰的酶，和/或在从表达系统(体外或微生物细胞)分离多肽原后，多肽原可以与产生期望翻译后修饰的酶接触。在一些实施方案中，在多肽原被切割后后化学修饰细菌素。

一些实施方案包括包含细菌素的组合物，其可以根据本文一些实施方案的方法制备，如图3所示。在一些实施方案中，所述组合物通过如本文所述的多肽原的切割产生。考虑细菌素可以通过多肽原的切割(例如经由内肽酶)来释放。根据预定和/或期望的细菌杀死结果，结果可以是正确的分子共混物的混合物。在一些实施方案中，一种宿主细胞可以在一次发酵中产生多种细菌素的混合物。考虑在生产过程中不会有毒性作用(因此，宿主细胞无需免疫)。任选地，多肽原(和/或“切割的”细菌素)的纯化可以经由标签进行纯化。任选地，可以进行细菌素之间的分子调节。

包含细菌素的组合物

在一些实施方案中，提供了包含期望比例的细菌素的组合物。任选地，所述组合物还可以包含与细菌素和/或彼此呈期望比例的另外的多肽，例如信号分子。

在一些实施方案中，组合物包含两种或更多种细菌素，其比例选择为靶向微生物细胞或微生物细胞群体。每种细菌素可以在其n-末端、c-末端、或n-末端和c-末端包含已被切割的切割序列的一部分。考虑当如本文所述的包含多种细菌素的多肽原在其切割位点处被切割时，至少一些细菌素将在其n-和/或c-末端包含切割位点的残留部分，这取决于切割位点。因此，考虑组合物中的细菌素不仅以非常高的精确度的期望比例存在，而且细菌素在结构上是不同的，因为许多或所有细菌素将包含切割位点(例如部分切割位点)的n-和/或c-末端残留部分。在一些实施方案中，在细菌素的n-、c-或n-和c-末端的切割序列部分用于相同切割酶的切割位点。在一些实施方案中，在细菌素的n-、c-或n-和c-末端的切割序列的部分用于两种或更多种不同切割酶的切割位点。

在一些实施方案中，组合物中的一些或所有细菌素还包含标签。在一些实施方案中，标签选自亲和标签、信号序列或稳定性标签。在一些实施方案中，切割位点设置在标签和细菌素之间。

在一些实施方案中，所述组合物还包含如本文所述的信号分子。信号分子也可以处于期望的比例。信号分子还可以在其n-和/或c-末端包含切割位点的残留部分。

在一些实施方案中，选择组合物中细菌素的比例以靶向环境中的不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体，所述环境例如工业制造环境，发酵罐，食品、药品或化妆品制造环境或者待保存的产品(例如，食品、药品或化妆品)。在一些实施方案中，选择细菌素的比例以平衡动物、人器官或植物根部和/或土壤中的微生物群系群体，或者以保存产品(如食品、药品或化妆品)。在一些实施方案中，所述组合物经配制用于局部或口服施用于人对象。

编码基底

根据本文所述的一些实施方案的方法及微流体装置和系统，提供了编码基底。编码基底可以包含编码本文所述的蛋白质或肽如抗微生物肽和/或细菌素(和任选的辅助蛋白)的核酸。一些实施方案的方法和微流体装置中的编码基底编码抗微生物肽和/或细菌素，并且可以用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。编码基底可以是离散的，并且能够彼此流体隔离地放置(在此可以将其称为“离散的”编码基底)。例如，在一些实施方案的方法或微流体装置中，几个离散编码基底可以用于通过体外转录/翻译产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，其中(i)仅编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底接触体外转录/翻译溶液，并与其一起温育，(ii)仅将已经产生指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的编码基底置于与形成指定混合物的流体储器流体连通，或(i)和(ii)。例如，如本文所述的阀门可以控制体外转录/翻译溶液流向来自离散编码基底(或容纳离散编码基底的腔室)的抗微生物肽和/或细菌素。在一些实施方案的方法和微流体装置中，可以将编码彼此不同的抗微生物肽和/或细菌素的不同编码基底容纳在(如本文所述的微流体装置的)单独的腔室中，其各自都可以通过阀门与体外转录/翻译溶液流体连通。因此，在一些实施方案的方法和微流体装置中，微流体装置的离散编码基底被包括在单独的腔室内。在一些实施方案中，离散编码基底包含珠粒，基本上由其组成或者由其组成。例如，编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的珠粒(而不是编码其它抗微生物肽和/或细菌素的珠粒)可以机械地或者通过打开和/或关闭阀门以将流体引导至适当的珠粒而置于与体外转录/翻译溶液流体连通。在一些实施方案中，不同的离散编码基底彼此编码不同的抗微生物肽和/或细菌素。一些实施方案包括包含处理器的系统。所述系统可以被配置成置于与本文所述的微流体装置流体连通和/或数据通信。任选地，所述系统包括泵和/或试剂(例如，体外转录/翻译溶液)储器，可以将其置于与微流体装置流体连通。在一些实施方案中，微流体装置被设计成用于插入到系统中的筒。在一些实施方案中，编码基底编码细菌素，但不编码抗微生物肽。在一些实施方案中，编码基底编码抗微生物肽，但不编码细菌素。在一些实施方案中，编码基底编码抗微生物肽和细菌素的组合。

根据本文所述一些实施方案的方法及微流体装置和系统，编码基底是离散编码基底。在一些实施方案中，离散编码基底被包括在腔室内。因此，在一些实施方案中，多个离散编码基底各自被包括在单独的腔室内。在一些实施方案中，两个或更多个离散编码基底被包括在同一腔室内，使得单个腔室包括两个或更多个离散编码基底，因此可以产生抗微生物肽和/或细菌素的混合物和/或化学计量。在一些实施方案中，腔室包含至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、100个、1000个、5000个、10,000个、500,000个、1,000,000个、10,000,000个或100,000,000个离散编码基底，包括任何两个所列值之间的范围，例如1-3个、1-5个、1–10个、1-50个、2-3个、2-5个、2-10个、2-20个、2-50个、2-100个、10–50个、50–100个、50-500个、50–1000个、100–500个、100–1000个、500–1000个、1000–5000个、5000–10,000个、10,000–50,000个、50,000–100,000个、100,000–500,000个、500,000–1,000,000个、1,000,000–10,000,000个、10,000,000–100,000,000或100,000,000–1,000,000,000个离散编码基底。

根据本文所述一些实施方案的方法及微流体装置和系统，包括离散编码基底的微流体装置中的腔室是微尺度腔室。例如，腔室可以各自具有不超过1、5、10、20、50、100、250或500微升的体积，包括任何两个所列值之间的范围，例如1-5微升、1-10微升、1-20微升、1-50微升、1-100微升、1-500微升、5-10微升、5-20微升、5-50微升、5-100微升、5-500微升、10-20微升、10-50微升、10-100微升、10-500微升、50-100微升、或50-500微升。在一些实施方案中，腔室包括选自以下的材料或产物，基本上由其组成或者由其组成：孔、纳米孔、膜、基质、塑料、金属、玻璃、聚合物、多糖和顺磁性化合物或者这些中的两种或更多种的组合。根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，编码基底包括选自以下的材料或产物、基本上由其组成或者由其组成：芯片、珠粒、纳米颗粒、孔、纳米孔、膜、基质、塑料、金属、玻璃、聚合物、多糖和顺磁性化合物或者这些中的两种或更多种的组合。一些实施方案包括包含单独微室的微流体装置，各自包括一个或多个珠粒，所述微室各自包括编码基底，基本上由其组成或者由其组成。珠粒可以各自包含编码抗微生物肽和/或细菌素的核酸。在一些实施方案中，所述装置包括1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、10-50个、50-100个、100-500个、500-1000个或1000-5000个腔室或其间的任何数值。

根据本文所述一些实施方案的方法及微流体装置和系统，编码基底包括固定在其上的核酸。例如，核酸可以共价结合到编码基底，与编码基底杂交，和/或经由一个或多个力，如静电力与编码基底缔合。在一些实施方案中，核酸包含dna。在一些实施方案中，核酸包含rna。

在一些实施方案中，编码基底还编码或包含辅助蛋白，如用于稳定抗微生物肽和/或细菌素的蛋白、具有抗蛋白酶活性的蛋白(例如serpentin)、用于稳定抗微生物肽和/或细菌素的蛋白、用于破坏微生物生物膜的蛋白(例如生物膜破坏剂，如分散蛋白b(dispersinb))、信息素蛋白、吸引非致病性微生物有机体的蛋白或者增强对象中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖的蛋白。不受理论的限制，考虑这样的辅助蛋白可以例如，通过稳定特定环境中的抗微生物肽和/或细菌素，通过抑制来自特定环境的蛋白酶(其将降解抗微生物肽和/或细菌素)，和/或通过降解微生物生物膜的原纤维以增强抗微生物肽和/或细菌素的细菌接触来增强抗微生物肽和/或细菌素的表达和/或活性。在一些实施方案中，除了辅助蛋白之外，离散编码基底还编码抗微生物肽和/或细菌素。在一些实施方案中，第一编码基底编码辅助蛋白，并且第二编码基底编码抗微生物肽和/或细菌素。在一些实施方案中，用抗微生物肽和/或细菌素选择辅助蛋白。例如，如果抗微生物肽和/或细菌素的混合物用于包含特定蛋白酶(例如胰蛋白酶)的环境，则可以选择编码该蛋白酶抑制剂的编码基底以及编码抗微生物肽和/或细菌素的混合物的编码基底。在一些实施方案中，编码基底编码具有抗蛋白酶活性的辅助蛋白。在一些实施方案中，具有抗蛋白酶的辅助蛋白是用于稳定抗微生物肽和/或细菌素的蛋白。在一些实施方案中，一个或多个离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白吸引非致病性微生物有机体，或增强对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。在一些实施方案中，辅助蛋白是诱导期望微生物有机体如非致病性微生物有机体(尽管在一些实施方案中，致病微生物有机体是期望的微生物有机体)的抗微生物肽和/或细菌素的信息素肽。因此，例如，在一些实施方案中，离散编码基底编码诱导或引起细菌分泌抑制另一种细菌生长或繁殖的抗微生物肽和/或细菌素的辅助蛋白。在一些实施方案中，一个或多个离散编码基底编码这样的蛋白质，其吸引非致病性微生物有机体，或增强对象中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。在一些实施方案中，使用细菌素，而不使用抗微生物肽。

生长或繁殖的抑制具有如本领域技术人员鉴于本公开内容所理解的其通常和普通的含义。它是指微生物有机体增殖的减少或停止(或微生物生物增殖速率的降低)，例如，细胞周期的停止和/或微生物有机体的杀死。类似地，生长或繁殖的增强是指微生物有机体的增殖或增殖速率的增加。本领域已知的任何方法可以用于检测生长或繁殖的抑制或增强。

体外转录/翻译溶液

根据本文所述的一些实施方案的方法、系统和微流体装置，转录/翻译溶液可以用于产生由编码基底编码的抗微生物肽和/或细菌素。因此，转录/翻译溶液可以用于在用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法或微流体装置中产生肽、或抗微生物肽和/或细菌素。术语“体外转录/翻译溶液”涵盖足以从编码基底产生抗微生物肽和/或细菌素的体外转录溶液和/或体外翻译溶液。例如，在编码基底包含编码抗微生物肽和/或细菌素的rna转录物的实施方案中，考虑包含翻译溶液、基本上由其组成或者由其组成的“体外转录/翻译溶液”是足够的(因为将理解rna已经是转录物)。例如，在编码基底包含编码抗微生物肽和/或细菌素的dna的实施方案中，考虑“体外转录/翻译溶液”包含转录溶液(用于将dna转录成rna)和翻译溶液(用于将rna翻译成多肽)。在一些实施方案中，转录和翻译溶液一起在单一溶液中。在一些实施方案中，转录和翻译溶液在分开的溶液中，例如在悬浮在单一溶液中的囊泡中，和/或在依序施用的分开的溶液中。在一些实施方案中，将体外转录/翻译溶液的组分冻干，并配置成在加入水时重构成体外转录/翻译溶液。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液通过向冻干组分中加入水来重构。

翻译溶液可以用于根据本文所述的方法、系统和/或微流体装置来翻译核酸。合适的翻译溶液可以包含用于体外翻译的试剂(为方便起见，可以将其在本文中称为“翻译试剂”)，基本上由其组成或者由组成，并且因此可以被配置用于转录物如rna的体外翻译。一些实施方案包括包含用于转录的试剂(为方便起见，可以将其在本文中称为“转录试剂”)的转录溶液，因此被配置用于体外转录和翻译，例如转录和翻译如本文所述的编码抗微生物肽和/或细菌素或其它肽的核酸。根据一些实施方案的方法和微流体装置，考虑在单一溶液(如还包含如本文所述的翻译溶液的转录溶液)中的体外转录和翻译可以促进抗微生物肽和/或细菌素或其它肽的有效体外产生。因此，根据本文所述的一些实施方案的方法和微流体装置，体外转录/翻译溶液包含体外转录试剂和/或体外翻译试剂。

根据本文所述的一些实施方案的方法和微流体装置，翻译溶液包含一种或多种翻译试剂或体外翻译试剂，基本上由其组成或者由其组成。翻译试剂的实例包括但不限于核糖体、缓冲液、氨基酸、trna(其可以与氨基酸缀合)、裂解物或提取物如大肠杆菌裂解物或大肠杆菌提取物、以及辅因子或金属离子如mg²⁺、或者任何所列项中的两种或更多种的组合。根据本文所述的一些实施方案的方法、系统和试剂盒，翻译溶液还包含转录溶液，因此被配置用于体外转录和翻译。如本文所述，还包含翻译溶液的转录溶液涵盖适于体外转录和翻译的单一溶液。因此，还包含翻译溶液的转录溶液涵盖单一的转录/翻译溶液。应理解，转录和/或翻译溶液的一些组分，例如核糖体，可以不是液体，并且可以潜在地从转录和/或翻译溶液中分离，例如通过过滤和/或离心。本文所述的一些实施方案的方法和微流体装置中的翻译溶液(并且其可以包括在如本文所述的翻译溶液中)可以包含一种或多种转录试剂、基本上由其组成或者由其组成。转录试剂的实例包括rna聚合酶、缓冲液、核酸混合物(例如，包括atp、gtp、ctp和utp的ntp)、辅因子或金属离子如mg²⁺、转录诱导剂(如转录因子、iptg或乳糖)、聚腺苷酸化酶、加帽酶、裂解物或提取物如细菌裂解物或提取物如大肠杆菌裂解物或大肠杆菌提取物、sp6聚合酶、t3聚合酶、t7rna聚合酶、或者任何所列项中的两种或更多种的混合物。转录溶液可以用于转录模板，如本文所述的候选核酸。一些实施方案的方法和微流体装置中的翻译溶液包括一种或多种转录试剂与一种或多种翻译试剂的组合。在一些实施方案中，微流体装置和/或系统包括含有如本文所述的体外转录/翻译溶液的储器。在一些实施方案中，所述储器包含体外转录溶液和体外翻译溶液，所述体外转录溶液和体外翻译溶液可组合以产生所述体外转录/翻译溶液。

在一些实施方案中，翻译溶液包含翻译后修饰酶。翻译后修饰酶的实例包括但不限于切割酶、激酶、磷酸酶、糖基转移酶、或任何两种所列项的混合物。

根据本文所述的一些实施方案的系统、方法和微流体装置，将翻译溶液以微升规模提供给编码基底。例如，翻译溶液的体积可以为1μl–1000μl、1μl–50μl、1μl–500μl、1μl–900μl、50μl–100μl、50μl–500μl、50μl–1000μl、100μl–200μl、100μl–500μl、100μl–1000μl、200μl–500μl、200μl–1000μl、500μl–900μl或500μl–1000μl。

根据本文所述的一些实施方案的系统、方法和微流体装置，体外转录/翻译溶液是冻干的。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液被配置成在诸如水的溶液中重构。因此，一些实施方案的微流体装置可以在环境温度下稳定地储存一段时间，而不会对体外转录/翻译溶液的功效产生显著影响。因此，考虑一些实施方案的微流体装置适于即时处理，且可以根据需要(例如，响应于特定损伤、感染和/或手术程序)用于制备抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

微流体装置和系统

包含微流体装置的流体系统可以用于根据本文所述的一些实施方案的方法及微流体装置和系统产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，系统被配置为接收包含如本文所述的离散编码基底的微流体装置，使得所述系统可以引导微流体装置经由体外转录/翻译产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述系统被配置为与所述装置流体连通和/或数据通信。例如，一次性筒可以包括与本文所述的系统结合使用的微流体装置，基本上由其组成，或者由其组成。由于考虑抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以针对特定应用定制，例如与特定对象的特定微生物群系相互作用或靶向特定感染，所以考虑单次使用一次性微流体装置可以使可能干扰抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的化学计量和组成的污染(例如来自残留的细菌素)最小化，并且可以用于维持对象的医学应用的无菌。因此，在一些实施方案中，所述微流体装置是无菌的。在一些实施例的方法和微流体装置中，所述流体装置包括微流体装置。因为应理解，“微流体装置”是一种“流体装置”，所以无论在本文何处提及“流体装置”，都明确涵盖了微流体装置。另外，除非另有明确说明，否则本文中流体装置(如微流体装置)的任何公开内容都应被理解为可适用于一些实施方案的微流体装置，以及包含如本文所述的微流体装置的方法。

在一些实施方案中，提供了用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的微流体装置。在一些实施方案中，所述装置包含如本文所述的离散编码基底，其各自编码抗微生物肽和/或细菌素。所述装置还可以包含本文所述的体外转录/翻译溶液。所述装置还可以包括流体储器、一个或多个阀门，和/或可以被配置成置于与如本文所述的处理器进行数据通信。阀门可以调节转录/翻译溶液、离散编码基底和/或流体储器之间的流体连通。处理器可以被配置成控制阀门以便将编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通，以便产生指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素。处理器可以被配置成控制微流体装置中的阀门(以及在一些实施方案中，流体流动)，以将混合物中的抗微生物肽和/或细菌素置于与流体储器流体连通，使得指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素流向流体储器，从而在流体储器中提供抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。任选地，指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素在流体贮器中主动混合。在一些实施方案中，指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素在流体储器中被动混合(而不是主动混合)。在一些实施方案中，微流体装置包括处理器。在一些实施方案中，微流体装置本身不包括处理器，而是被配置成置于与处理器进行数据通信。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素(而不是抗微生物肽)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生抗微生物肽(而不是细菌素)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

本文所述的方法和微流体装置的一些实施方案包括用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的微流体装置。所述装置可以包括：离散编码基底，其各自编码细菌素和/或抗微生物肽；体外转录/翻译溶液；流体储器；阀门，其各自设置在离散编码基底和流体储器之间的流体路径上，每个阀门被配置成调节离散编码基底和流体储器之间的流动。所述装置可以被配置成置于与处理器进行数据通信，所述处理器经配置以：基于抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，配置所述阀门以将编码所述混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而不是其它离散编码基底)置于与流体储器流体连通；允许体外转录/翻译溶液与编码所述混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底一起温育，使得产生所述指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素；允许抗微生物肽和/或细菌素通过阀门流入流体储器；以及控制流体储器中的流体的流动，其中所述流动包括流体储器中的包含指定的抗微生物肽和/或细菌素的流体的运动，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置包括处理器。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素(而不是抗微生物肽)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生抗微生物肽(而不是细菌素)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

根据本文所述的一些实施方案的方法和微流体装置，所述微流体装置包括离散编码基底，但不包括流体储器和/或体外转录/翻译溶液。因此，可以将微流体装置置于与本文所述的系统流体连通和数据通信，并且所述系统可以提供流体储器和/或体外转录/翻译溶液，以便可以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。因此，在一些实施方案中，所述系统包括如本文所述的流体储器和/或体外转录/翻译溶液。在一些实施方案中，微流体装置不包括所述系统中的流体储器、体外转录/翻译溶液和/或任何其它组件，并且与系统的这些组件分开，直到它被置于与所述系统的数据通信和/或流体连通。在一些实施方案中，微流体装置被配置成附接到所述系统中的流体储器、体外转录/翻译溶液和/或另一组件。例如，所述装置可以包括筒，其被配置成插入到系统中，以将筒的离散编码基底置于与系统中的流体储器、体外转录/翻译溶液和/或其它组件的(筒)外部流体连通。在一些实施方案中，筒是可消耗的。例如，筒可以包括离散编码基底，被配置成插入到本文所述的系统中以产生指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物，然后被丢弃，之后可以将包括其它离散编码基底的另一个筒插入到系统中以产生指定的抗微生物肽和/或细菌素的不同混合物。在一些实施方案中，筒被配置成接收来自系统的体外转录/翻译溶液，使得所述体外转录/翻译溶液接触筒的离散编码基底，所述离散编码基底编码指定混合物中的细菌素和/或抗微生物肽。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素(而不是抗微生物肽)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生抗微生物肽(而不是细菌素)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

还考虑了其中系统和/或微流体装置是干燥的实施方案。在一些实施方案中，所述系统或微流体装置包括冻干试剂，其被配置成溶解在流体(例如水)中。

图5是描绘本文一些实施方案的微流体装置500的示意图。微流体装置500可以包括离散编码基底510a、510b、510c(虽然通过实例示出了三个离散编码基底，但考虑本文的实施方案的微流体装置可以包括其他数量的离散编码基底，如本文所述)。所述装置可以包括流体储器540，其例如可以接收从离散编码基底510a、510b、510c产生的抗微生物肽和/或细菌素，因此可以包括如本文所述的抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。阀门520a、520b、520c和/或570a、570b、570c可以调节流向和来自离散编码基底510a、510b、510c的流体流动。在一些实施方案中，微流体装置还包括出口590，其可以允许从流体储器540流出微流体装置。例如，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以通过出口590流到对象的组织、伤口、微生物群系、和/或如本文所述的器皿。在一些实施方案中，如本文所述的处理器595与装置进行数据通信，并控制通过阀门520a、520b、520c和/或570a、570b、570c和/或550和/或580的流动。在一些实施方案中，装置本身不包括处理器595，并且被配置成置于与本文描述的处理器595进行数据通信，以便通过阀门520a、520b、520c和/或570a、570b、570c和/或550和/或580控制流动。考虑根据本文一些实施方案的微流体装置和方法，指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的产生可以通过仅使离散编码基底510a、510b、510c的子集首先与体外转录/翻译溶液接触(使得仅一些离散编码基底用于产生抗微生物肽和/或细菌素)，和/或通过仅允许从离散编码基底510a、510b、510c产生的抗微生物肽和/或细菌素的子集进入流体储器540来实现。注意，仅使离散编码基底的子集与体外转录/翻译溶液接触可以通过避免在不编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的编码基底上使用体外转录/翻译溶液而提高效率。在一些实施方案中，微流体装置是不包括体外转录/翻译溶液的储器的筒591的一部分。筒591可以被配置成将微流体装置置于与包括处理器595的系统进行数据通信。任选地，也可以将筒置于与系统流体连通。在一些实施方案中，微流体装置是包括体外转录/翻译溶液的储器530的筒592的一部分。筒592可以被配置成将微流体装置置于与包括处理器595的系统进行数据通信。在一些实施方案中，微流体装置包括图6所示的微流体装置600，基本上由其组成或者由其组成，所述微流体装置600包括离散编码基底610a、610b、610c、通道660和阀门620a、620b、620c、670a、670b、670c和/或680，类似于图5中的微流体装置500。微流体装置任选地不包括。在一些实施方案中，微流体装置600可以置于与包括体外转录/翻译溶液的储器530或流体储器540的系统流体连通，或者与加热元件555数据通信。例如，一次性筒可以包括微流体装置600，基本上由其组成或者由其组成，并且可以被配置成置于与包括体外转录/翻译溶液530和流体储器540的系统流体连通。微流体装置600还可以置于与系统的处理器595和/或加热元件555进行数据通信。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素(而不是抗微生物肽)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生抗微生物肽(而不是细菌素)的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

在一些实施方案中，阀门520a、520b和520c调节离散编码基底510a、510b、510c和流体储器540之间的流动。阀门570a、570b和570c是任选的，和/或阀门550和580是任选的，和/或通道560是任选的。在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液的储器530可以与流体储器540流体连通。任选地，阀门550设置在体外转录/翻译溶液的储器530和流体储器540之间，并调节体外转录/翻译溶液向流体储器540的流动。在一些实施方案中，图6的微流体装置600是筒的一部分。

在一些实施方案中，例如，如果仅允许指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素从编码基底510a、510b、510c进入流体储器540，则阀门570a、570b和570c调节体外转录/翻译溶液的储器530与离散编码基底510a、510b、510c之间的流动，并且阀门520a、520b、520c是任选的，和/或阀门550是任选的，和/或阀门580是任选的。通道560可以将体外转录/翻译溶液530的储器连接到离散编码基底510a、510b、510c，其中在储器530和通道560之间具有任选的隔离阀门(interveningvalve)580，和/或在通道560和离散编码基底510a,510b,510c之间具有任选的隔离阀门570a、570b、570c。在一些实施方案中，阀门570a,570b和570c调节体外转录/翻译溶液的储器530和离散编码基底510a,510b,510c之间的流动，阀门520a,520b,520c调节离散编码基底510a,510b,510c和流体储器540之间的流动。任选地，通道560可以将储器530连接到离散编码基底510a,510b,510c。阀门580是任选的和/或阀门550是任选的。

微流体装置还可以包括出口590。出口590可以将流体储器(以及其中的抗微生物肽和/或细菌素的任何混合物)置于与对象的组织、如本文所述的对象的伤口和/或微生物群系流体连通。在一些实施方案中，出口590包括阀门。在一些实施方案中，出口590可以置于与用于储存抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的器皿(例如试管、袋或孔)流体连通。

在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液的储器530与通道560流体连通。任选的阀门580控制从储器530到通道560。在一些实施方案中，阀门570a、570b和570c调节转录/翻译溶液从通道560到离散编码基底510a、510b、510c的流动。例如，为了产生包含由离散编码基底510a和510b(但不是510c)编码的抗微生物肽和/或细菌素的抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，可以打开阀门570a和570b，同时关闭阀门570c，以允许转录/翻译溶液530流入离散编码基底510a和510b，但不流入510c。在一些实施方案中，将离散编码基底510a、510b和/或510c与体外转录/翻译溶液一起温育以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，所述混合物经由阀门520a、520b和/或520c释放到流体储器540中。

在一些实施方案中，体外转录/翻译溶液通过流体储器540流到离散编码基底510a、510b和/或510c。体外转录/翻译溶液的储器530可以与流体储器540流体连通，任选地通过隔离阀门550调节流量。任选地，阀门520a、520b、520c调节从流体储器540到离散编码基底510a、510b和510c的流动。因此，可以将体外转录/翻译溶液与适当的离散编码基底一起温育以产生抗微生物肽和/或细菌素，然后抗微生物肽和/或细菌素可以通过阀门520a、520b和520c流动到流体储器540。阀门570a、570b、570c、通道560和阀门580可以是任选的。在一些实施方案中，将离散编码基底510a、510b和/或510c与体外转录/翻译溶液一起温育，以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，所述混合物经由阀门520a、520b和/或520c释放到流体储器540中。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物通过出口590流动至对象的伤口、组织、微生物群系和/或如本文所述的器皿。

在一些实施方案中，阀门550调节从体外转录/翻译溶液的储器530到流体储器540的流动，并且阀门520a、520b和/或520c调节从离散编码基底510a、510b和/或510c到流体储器540的流动。阀门570a、570b、570c和580以及通道560是任选的。因此，体外转录/翻译溶液可以从流体储器540流到离散编码基底510a、510b和/或510c，可以与离散编码基底510a、510b和/或510c一起温育，以产生抗微生物肽和/或细菌素，以及抗微生物肽和/或细菌素可以流到流体储器540。在一些实施方案中，处理器595调节体外转录/翻译溶液通过阀门520a、520b和520c向离散编码基底510a、510b和/或510c的流动，使得仅编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底接受体外转录翻译/溶液。在一些实施方案中，处理器595允许体外转录/翻译溶液从流体储器540通过阀门520a、520b和520c至编码指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底510a、510b和/或510c的流动，并且在抗微生物肽和/或细菌素已经通过体外转录翻译产生之后，处理器595调节阀门520a、520b、520c，使得仅指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素进入流体储器540。

可以理解，在图5所描绘的流体装置500的一些实施方案中，阀门550、570a、570b、570c、580和通道560是任选的。例如，流体装置的一些实施方案包括阀门580、570a、570b和570c，以及流动装置560，但不包括阀门550。在一些其它实施方案中，流体装置包括阀门550，但不包括阀门570a、570b、570c或580或流动装置560。在一些实施方案中，流体装置包括阀门550、570a、570b、570c和580以及流动装置560。在一些实施方案中，包括阀门580，并且不包括阀门570a、570b和570c。在一些实施方案中，不包括阀门580，并且包括阀门570a、570b和570c。还可以理解，在流体装置500的一些实施方案中，出口590不包括阀门。

在一些实施方案中，出口590允许清洗流体进入流体储器540，并且可以打开任何其它阀门以允许清洗流体流入装置的任何其它流体连接部分。在一些实施方案中，洗涤流体包含缓冲剂或洗涤剂。可以理解，在微流体装置中可以存在另外的阀门，以允许流体流入或流出装置的任何流体部分。

在一些实施方案中，通道560包括微通道、管子、管道和软管，基本上由其组成，或者由其组成，并且因此，可以包含流体和/或引导流体流动。在一些实施方案中，通道560包括诸如橡胶、塑料、金属的材料。

根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，所述微流体装置是便携式的。例如，该装置的一些实施方案可以从实验室中移出，并将其带入自然环境中，在自然环境中，科学家用指定的抗微生物肽和/或细菌素的各种混合物进行测试。

根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，所述微流体装置包括出口590，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物通过该出口590输送到伤口。例如，出口590可以经由膜或管连接到伤口。因此，在一些实施方案中，装置包括伤口敷料或伤口清洁装置。

在一些实施方案中，流体从装置的一个组件被动地转移到另一个组件。一些实施方案的微流体装置包括泵565，其将流体从装置的一个组件主动地泵送到另一个组件。

根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，所述微流体装置包括加热元件555，如加热块。在一些实施方案中，加热元件被配置成加热微流体装置的部件，如流体储器540和/或离散编码基底510a、510b和/或510c，以进行温育步骤。在一些实施方案中，温育步骤在至少约0℃、4℃、25℃、30℃、37℃、38℃、40℃，包括任何两个所列值之间的范围，例如0-40℃或36-38℃或4-40℃。在一些实施方案中，用体外转录/翻译溶液温育至少1秒、10秒、30秒、60秒，或至少2分钟、3分钟、4分钟、5分钟、6分钟、7分钟、8分钟、9分钟、10分钟、15分钟、20分钟、25分钟或30分钟，包括任何两个所列值之间的范围，例如1-30秒、30-60秒、1-2分钟、2-5分钟、5-10分钟、10-15分钟、15-30分钟、或30-60分钟、1-2小时、2-5小时、5-10小时、10-15小时、15-24小时、24-48小时或48-72小时。在一些实施方案中，用体外转录/翻译溶液温育包括在不同时间的一个以上的温度。

根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，所述微流体装置包括经配置以与指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物混合的化学和/或噬菌体抗生素的储器。在一些实施方案中，所述微流体装置包含含有化学抗生素和/或噬菌体的抗生素。在一些实施方案中，所述系统包括经配置以与指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物混合的化学或噬菌体抗生素的储器。根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，所述微流体装置包含含有化学抗生素和/或噬菌体的抗生素。

流体储器

在本文一些实施方案的方法和微流体装置中，所述微流体装置包括流体储器540。在一些实施方案中，流体储器与或者被配置成与至少一个离散编码基底流体连通(任选地，通过如本文所述的阀门分开)。在一些实施方案中，流体储器与如本文所述的离散编码基底或容纳离散编码基底的腔室流体连通。在一些实施方案中，流体储器通过通道、管道、微流体管道、膜、网、开口、通道或者这些中的两个或更多个与离散编码基底(或腔室)流体连通。例如，一些实施方案的通道、管道、微流体管道、膜、网、开口和/或通道可以包括诸如橡胶、玻璃、塑料、金属、有机化合物或者这些中的两种或更多种的材料。在一些实施方案中，流体储器被配置成接收抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素。指定的抗微生物肽和/或细菌素可以在流体储器中混合，例如通过被动混合和/或主动混合，形成混合物。在一些实施方案中，微流体装置包括一个以上的流体储器。在一些实施方案中，流体储器的体积为至少1μl，例如至少1μl、5μl、10μl、100μl、500μl或1000μl，包括任何两个所列值之间的范围，例如1μl–1000μl、1μl–50μl、1μl–500μl、1μl–900μl、50μl–100μl、50μl–500μl、50μl–1000μl、100μl–200μl、100μl–500μl、100μl–1000μl、200μl–500μl、200μl–1000μl、500μl–900μl、500μl–1000μl、1ml–1000ml、1ml–50ml、1ml–500ml、1ml–900ml、50ml–100ml、50ml–500ml、50ml–1000ml、100ml–200ml、100ml–500ml、100ml–1000ml、200ml–500ml、200ml–1000ml、500ml–900ml、500ml–1000ml。

阀门

在一些实施方案的方法和微流体装置中，微流体装置包括一个或多个阀门。如本文所用，“阀门”涵盖机械阀门以及电磁场、条件扩散膜以及本领域中理解的允许和限制液体流动的其它装置。在一些实施方案中，阀门将流体储器与离散编码基底分开，并控制流体在离散编码基底和流体储器之间的流动。每个阀门可以设置在离散编码基底和流体储器之间的流体路径上。每个阀门可以被配置成调节离散编码基底和流体储器之间的流动。在一些实施方案中，每个离散编码基底通过阀门与流体储器分开，所述阀门被配置成控制流体从离散编码基底到流体储器的流动。在一些实施方案中，如本文所述的阀门包括液压阀门、气动阀门、手动阀门、螺线管阀门、马达阀门或套焊球阀门(socketballvalve)、或者这些中的两种或更多种的组合。在一些实施方案中，如本文所述的阀门包括二通阀门、三通阀门或四通阀门。在一些实施方案中，如本文所述的阀门包括微流控阀门或微阀门，如螺线管微阀门、螺杆微阀门、气动微阀门或者这些中的两种或更多种的组合。在一些实施方案中，阀门是二元的，使得通过阀门的流动是“开”或“关”。在一些实施方案中，阀门调节通过阀门的流速。

在一些实施方案中，阀门520a、520b、520c设置在流体储器540和编码基底510a、510b、510c之间。例如，在一些实施方案中，阀门设置在流体储器和编码基底之间，以及编码基底和流体储器之间。可以打开流体储器和编码基底之间的单个阀门以用转录/翻译流体冲洗一些或所有编码基底，然后在温育后仅打开目标编码基底和储器之间的阀门，使得仅目标抗微生物肽和/或细菌素包括在抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物中，允许其流入流体储器。

在一些实施方案中，将单独的阀门设置在转录/翻译溶液和离散编码基底之间，使得可以打开和关闭单独的阀门，以仅将目标离散编码基底置于与转录/翻译溶液接触，从而在目标离散编码基底与转录/翻译溶液温育时产生指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物。鉴于本公开内容，本领域技术人员会理解，阀门有多种方式来调节流入和流出离散编码基底，使得在流体储器540中的混合物中仅获得抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素。

智能绷带可以包括处理器、传感器(如ph和/或温度传感器)和治疗剂源，其中处理器被配置成控制治疗剂的施用。例如，传感器可以检测炎症，并且处理器可以响应于检测到的炎症施用一定量的抗炎剂。合适的智能绷带的实例可以在万维网上以www.cnet.com/news/this-smart-bandage-can-deliver-drugs-monitor-chronic-wounds找到，将其在此通过引用以其整体并入。在一些实施方案中，如本文所述的微流体装置包括智能绷带。在一些实施方案中，微流体装置或系统被配置成置于与智能绷带流体连通。例如，微流体装置的端口可以置于与智能绷带的储器流体连通，使得智能绷带可以控制抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物向对象的递送。在一些实施方案中，一次性筒包括微流体装置，该筒还包括智能绷带，并且与流体储器流体连通，使得抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以经由智能绷带递送到对象。任选地，包括智能绷带和微流体装置的一次性筒包括用于直接施加到对象(例如皮肤)的组织的粘合剂。因此，一些实施方案的微流体装置用于医疗用途。在一些实施方案中，智能绷带监测伤口或炎症部位，并将如本文所述的抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物递送到皮肤或伤口部位。

处理器

处理器595可以调节一些实施方案的微流体装置和方法中的阀门。处理器可以被配置成，基于抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物来配置阀门，以将编码混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而不是其它离散编码基底)置于与流体储器流体连通。在一些实施方案中，处理器被配置成允许体外转录/翻译溶液与编码混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底一起温育，使得产生混合物中的指定抗微生物肽和/或细菌素。在一些实施方案中，处理器被配置成允许指定的抗微生物肽和/或细菌素通过阀门流入流体储器。在一些实施方案中，处理器被配置成控制流体储器中的流体的流动。在一些实施方案中，所述流动包括使包含指定的抗微生物肽和/或细菌素的流体移入流体储器和/或在流体储器内移动，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。例如，一旦来自不同编码基底的细菌素存在于流体储器中，流动可以使所述来自不同编码基底的细菌素混合，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，微流体装置包括处理器。在一些实施方案中，微流体装置本身不包括处理器，而是被配置成置于与处理器进行数据通信。

考虑根据本文一些实施方案的方法和微流体装置，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以由两种或更多种亚混合物形成。例如，比例为1:1的细菌素a和b的第一亚混合物可以与相同量的比例为1:1的细菌素b和c的第二亚混合物混合，从而产生比例为1:2:1的细菌素a、b和c的混合物。根据本文所述一些实施方案的方法和微流体装置，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含两种或更多种亚混合物，其各自包含抗微生物肽和/或细菌素的子集，并且处理器被配置成允许每种亚混合物流入流体储器，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含指定化学计量的细菌素的亚混合物的总和，并且亚混合物的组合产生指定化学计量的混合物。

用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法

在一些实施方案中，提供了用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法。所述方法可以包括通过体外转录和翻译由离散编码基底编码的细菌素产生指定混合物中的细菌素，但不产生其它细菌素，然后混合来自体外转录和翻译的选定的细菌素，以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法包括通过体外转录和翻译由离散编码基底编码的细菌素产生细菌素，然后混合指定混合物中的细菌素，但不混合其它细菌素(如果有的话)以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。在一些实施方案中，用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法在如本文所述的微流体装置上进行。在一些实施方案中，所述方法用于产生细菌素(而不是抗微生物肽)的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法用于产生抗微生物肽(而不是细菌素)的指定混合物。在一些实施方案中，所述方法用于产生细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

图7是说明一些实施方案的用于生产抗微生物肽和/或细菌素700的指定混合物的方法的流程图。所述方法可以包括选择包含两种或更多种不同的指定细菌素的指定混合物(710)；在包含各自编码抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底的微流体装置中，将编码所述混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而不是其它离散编码基底)置于与体外转录/翻译溶液流体连通(720)；将所述离散编码基底与所述体外转录/翻译溶液一起温育，从而产生由所述离散编码基底编码的抗微生物肽和/或细菌素(730)；以及混合微流体装置中的细菌素，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物(740)。

在一些实施方案中，产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法还包括产生两种或更多种亚混合物，其各自包含抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的子集；以及组合所述亚混合物以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。例如，所述方法可以包括如下进行(a)至(d)以产生抗微生物肽和/或细菌素的第一指定亚混合物：(a)选择包含两种或更多种不同的指定抗微生物肽和/或细菌素的亚混合物；(b)在包含各自编码抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底的微流体装置中，将编码所述亚混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而不是其它离散编码基底)置于与体外转录/翻译溶液流体连通；(c)将所述离散编码基底与所述体外转录/翻译溶液一起温育，从而产生由所述离散编码基底编码的抗微生物肽和/或细菌素；(d)混合微流体装置中的抗微生物肽和/或细菌素，从而产生抗微生物肽和/或细菌素的指定亚混合物；重复(a)至(d)以产生抗微生物肽和/或细菌素的第二指定亚混合物；以及将抗微生物肽和/或细菌素的第一指定亚混合物与抗微生物肽和/或细菌素的第二指定亚混合物组合以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

在产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法的一些实施方案中，选择还包括选择两种或更多种不同的指定抗微生物肽和/或细菌素的化学计量。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含指定化学计量，并且组合所述亚混合物导致指定化学计量。例如，可以将细菌素“a”的第一亚混合物与细菌素“a”和“b”的第二亚混合物以1:1的比例组合，以产生比例为2:1的抗微生物肽和/或细菌素“a”和“b”的指定混合物。

在产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法的一些实施方案中，将离散编码基底与体外转录/翻译溶液一起温育包括使体外转录/翻译溶液流到编码混合物中的细菌素的每个离散编码基底。在一些实施方案中，所述方法包括将编码所述混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底(而不是其它离散编码基底)置于与体外转录/翻译溶液流体连通，其包括(i)打开阀门以便将体外转录/翻译溶液的来源置于与离散编码基底流体连通；(ii)关闭阀门以便抑制体外转录/翻译溶液的来源与其它离散编码基底之间的流体连通，或(i)和(ii)的组合。在一些实施方案中，混合微流体装置中的抗微生物肽和/或细菌素包括打开阀门以将离散编码基底置于与流体储器流体连通，其中抗微生物肽和/或细菌素在流体储器中混合。

在一些实施方案中，产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法还包括原位筛选抗微生物肽和/或细菌素的混合物用于期望的效果。在一些实施方案中，所述筛选是用于抑制对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系中的致病微生物有机体的生长或繁殖。例如，致病菌可以是快速进化的细菌或表现出抗生素抗性的细菌，例如mrsa。在一些实施方案中，筛选是用于抗微生物肽和/或细菌素的混合物对对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系不存在有害作用。在一些实施方案中，实时地进行筛选。例如，可以在产生的抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的120分钟、60分钟、30分钟、15分钟、10分钟、5分钟或1分钟内进行筛选。在一些实施方案中，筛选是用于抗微生物肽和/或细菌素的稳定性或者针对微生物生物膜的破坏。在一些实施方案中，筛选是用于增强对象(如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道)中的微生物群系中非致病性微生物有机体的生长或繁殖。

一些微生物有机体可以快速进化。有利地，本文所述的方法、装置和系统可以用于通过迅速产生指定细菌素的混合物来对抗快速进化的微生物有机体，所述混合物针对微生物有机体对对象的感染定制。在一些实施方案中，对象感染葡萄球菌如mrsa、流感病毒、西尼罗河病毒或寨卡病毒。在一些实施方案中，对象是糖尿病患者和/或在诸如手或脚的四肢中具有感染。

还设想了将抗微生物肽和/或细菌素与常规化学抗生素和/或噬菌体抗生素的结合使用。在一些实施方案中，如本文所述的方法包括用指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物与化学抗生素和/或噬菌体的组合来治疗微生物感染。一些实施方案包括将指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物与化学抗生素和/或噬菌体抗生素的组合递送到对象。此外，在一些实施方案中，如本文所述的微流体装置和/或系统还包括常规抗生素，例如噬菌体抗生素或小分子抗生素如代谢物。在一些实施方案中，微流体装置和/或系统还包括抗生素的储器。抗生素可以选自阿莫西林、阿莫西林/克拉维酸(阿莫西林+克拉维酸)、氨苄青霉素、苄星青霉素、苄青霉素、苄青霉素、头孢氨苄、头孢唑啉、头孢克肟、头孢噻肟、头孢曲松、氯唑西林、青霉素、苯氧甲基青霉素(青霉素v)、哌拉西林/他唑巴坦、普鲁卡因青霉素、头孢他啶α、美罗培南α、氨曲南α、亚胺培南/西司他丁、阿米卡星、阿奇霉素、氯霉素、环丙沙星、克拉霉素、克林霉素、多西环素、红霉素、庆大霉素、甲硝唑、呋喃妥因、壮观霉素、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、甲氧苄啶、万古霉素、氯法齐明、氨苯砜、利福平、乙胺丁醇/异烟肼、乙胺丁醇/异烟肼/吡嗪酰胺/利福平、乙胺丁醇/异烟肼/利福平、异烟肼、异烟肼/吡嗪酰胺/利福平、异烟肼/利福平、吡嗪酰胺、利福布丁、利福平、利福喷丁、阿米卡星、贝达喹林、卷曲霉素、氯法齐明、环丝氨酸、地依麦迪(delamanid)、乙硫异烟胺、卡那霉素、左氧氟沙星、利奈唑胺、莫西沙星、对氨基水杨酸、利福布丁、利福喷丁、利福拉齐、利福昔明、链霉素、噬菌体、或者这些抗生素中的两种或更多种的组合。

产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法的一些实施方案还包括经由管或膜将抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物递送到伤口，从而清洁或修整伤口。例如，可以将抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物置于切口或疮口上，然后可以将切口或疮口闭合和/或包扎。

产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的方法的一些实施方案包括微流体装置的洗涤。可以用洗涤流体进行洗涤。例如，一些实施方案包括用转录溶液温育步骤，随后是洗涤步骤，随后是用翻译溶液单独温育。

在一些实施方案中，所述方法还包括向需要治疗的对象施用抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。例如，对象可以具有感染，如感染的伤口、手术切口和与糖尿病相关的四肢感染、和/或生物膜。可以选择抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物以靶向感染的微生物有机体(或选择作为候选物以靶向感染的微生物有机体)，并且该指定混合物可以在如本文所述的微流体装置中产生。抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以施用于如本文所述的对象，例如在感染部位处或感染部位附近。在一些实施方案中，将微流体装置本身直接应用于感染(例如，作为如本文所述的智能绷带)。在一些实施方案中，所述方法还包括选择具有需要治疗的感染的对象。所述方法还可以包括选择抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物以靶向感染，以及在本文所述的微流体装置中产生指定混合物。还考虑了微流体装置用于治疗，抑制，预防和/或降低感染风险的医疗用途。在一些实施方案中，所述方法(或医疗用途)包括向对象施用如本文所述的抗微生物肽和/或细菌素和抗生素(例如小分子抗生素和/或噬菌体)的指定混合物。

在一些实施方案中，微流体装置用于兽医用途，例如以产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物以治疗家畜或耕畜的感染，和/或促进动物生长。有利地，在耕畜中使用抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以避免在食品生产中使用抗生素。如世界卫生组织的建议所指出的，这样做可以减少抗生素抗性微生物有机体的发展和增殖。

在一些实施方案中，微流体装置用于小型发酵罐(例如，发酵罐体积小于或等于100升、50升、40升、30升、20升、10升、5升、2升或1升，包括任何两个所列值之间的范围)，例如以产生细菌素的指定混合物来靶向小型发酵罐中的污染有机体。

在一些实施方案中，微流体装置用于对医疗装置进行消毒。例如，可以选择抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物以靶向污染物，如医疗装置上的mrsa，并且可以应用于现场的医疗装置，例如在医院。在一些实施方案中，微流体装置用于用抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物预处理植入物，以便抑制或预防感染和/或生物膜形成。

在一些实施方案中，微流体装置用于防御例如疫情中或生物恐怖防御中的病原体。针对病原体(例如，生物恐怖剂)的细菌素的指定混合物可以手动或自动地分配到如本文所述的系统中，并且靶向病原体(例如，生物恐怖剂)的细菌素的指定混合物可以在病原体(例如，生物恐怖剂)的位置处或附近的微流体装置中产生。

在一些实施方案中，所述方法还包括将抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物与另一种试剂或抗微生物化合物混合以产生最终混合物。例如，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物可以与化学或天然流体组合。在一些实施方案中，抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物与抗生素药物或噬菌体组合以产生最终混合物。在一些实施方案中，最终混合物是用于治疗，如例如抗疼痛治疗的制剂的一部分。

实施例1：

提供了核酸，其编码一个拷贝的细菌素枯草菌素的编码序列、两个拷贝的细菌素巴伐利亚菌素-mn的编码序列和一个拷贝的群体感应因子bsedf的编码序列，所有编码序列均在单个阅读框中。所述核酸还在同一阅读框中编码半胱天冬酶2的切割位点，其位于每个细菌素编码序列和bsedf编码序列的侧面。因此，核酸编码多肽原，其包含一个拷贝的枯草菌素、两个拷贝的巴伐利亚菌素-mn和一个拷贝的bsedf，每个侧接有半胱天冬酶2切割位点。核酸在大肠杆菌细胞中表达，所述大肠杆菌细胞不包含枯草菌素-a或巴伐利亚菌素-mn的免疫调节剂的编码序列，因此不产生这些细菌素的功能性免疫调节剂。该多肽原是由大肠杆菌产生的，并且含有无活性形式的枯草菌素和巴伐利亚菌素-mn。使用含镍的底物，通过多肽原的his标签对所述多肽原进行纯化。然后使用半胱天冬酶2切割纯化的多肽原，产生包含比例为1:2:1的枯草菌素、巴伐利亚菌素-mn和bsedf的组合物。将该组合物加入到工业原料中以防止不期望的微生物有机体的增殖(经由细菌素)，并控制基因修饰的枯草芽孢杆菌的生长(经由bsedf)。

实施例2:

确定1:2:3:4的细菌素mundticin、塞拉菌素-p、苏云金菌素-17和植物乳杆菌素j的比例可以用于在储存期间靶向动物食物中不期望的微生物细胞群体。合成了编码一个拷贝的mundticin的编码序列、两个拷贝的塞拉菌素-p的编码序列、三个拷贝的苏云金菌素-17的编码序列和四个拷贝的植物乳杆菌素j的编码序列的核酸。所有细菌素编码序列都在单个阅读框中，并且每个细菌素编码序列通过编码颗粒酶b切割位点的序列与其它细菌素编码序列分开。所述核酸还编码在开放阅读框的3'端，并且紧接颗粒酶b切割位点编码序列的下游的gst。因此，核酸编码这样的多肽原，其包含比例分别为4:3:2:1的mundticin、塞拉菌素-p、苏云金菌素-17、植物乳杆菌素j以及c末端gst标签。核酸在体外翻译系统中表达，以便产生多肽原。使用gsh包被的珠粒纯化多肽原。然后通过颗粒酶b切割多肽原，产生包含比例分别为1:2:3:4的活性mundticin、塞拉菌素-p、苏云金菌素-17和植物乳杆菌素j的溶液。紧邻gst标签的切割位点也被切割，使得细菌素均不包含gst。将包含比例为1:2:3:4的细菌素的组合物加入动物食物中，从而靶向动物食物中不期望的微生物细胞群体。

实施例3:

提供了包括244个腔室的微流体装置。每个腔室包括离散编码基底。每个离散编码基底是芯片，每个芯片包含10,000-20,000个dna分子，各自编码表1.2中的细菌素。与每个其它腔室中的dna分子相比，每个腔室中的dna分子编码单独的细菌素。每个腔室通过阀门连接到流体储器。流体储器还通过阀门连接到容纳在转录/翻译溶液腔室中的转录/翻译溶液。所述装置包括处理器，其被配置成打开将流体储器连接到转录/翻译溶液的阀门以允许转录/翻译溶液流入流体储器，关闭将流体储器连接到转录/翻译溶液的阀门以防止流体流回转录/翻译溶液腔室，打开将流体储器连接到容纳所选编码基底的腔室的阀门以允许转录/翻译溶液从流体储器流入容纳所选编码基底的腔室，在37℃下温育所选的编码基底，从而由所选的编码基底产生细菌素，并打开一个或多个阀门，如将编码基底连接到流体储器的阀门，以将细菌素释放到流体储器和/或容器中。

所述装置电连接或无线连接到用户输入装置，如电话、触摸屏、键盘、按钮、鼠标或计算机。处理器基于输入到用户输入装置中的用户输入或根据预先编程的指令集来选择细菌素。

实施例4:

如本文所述的装置用于制备细菌素的第一指定混合物。将细菌素施加于透皮贴剂，将所述透皮贴剂施加于烧伤的对象。如果对象的烧伤不愈合，则使用所述装置来制备不同于细菌素的第一指定混合物的细菌素的第二指定混合物。然后将细菌素的第二指定混合物施加于新的透皮贴剂，将所述新的透皮贴剂施加于烧伤。细菌素的指定混合物的多种变化可以应用于各种对象的烧伤，这取决于预期细菌素的特定制剂是否对烧伤的愈合有益，或者取决于是否期望测试特定制剂。

选项

除了上述项以外，还阐述了以下项：

1.制备细菌素的方法，所述方法包括表达核酸，所述核酸包含：

在单个阅读框中的细菌素编码序列和第二多肽编码序列，其中所述第二多肽为细菌素或信号分子；以及

设置在所述单个阅读框中的细菌素编码序列和第二多肽编码序列之间的切割位点编码序列，

从而产生包含所述细菌素、第二多肽和设置在其间的切割位点的多肽原。

2.如选项1所述的方法，所述方法还包括切割所述切割位点，从而将所述细菌素和所述第二多肽彼此分离，由此产生包含所述细菌素和所述第二多肽的组合物。

3.如选项1或2中任一项所述的方法，其中所述第二多肽是所述细菌素。

4.如选项1或2中任一项所述的方法，其中所述第二多肽是所述信号分子。

5.如选项1-4中任一项的方法，其中由微生物细胞进行所述表达，所述微生物细胞不产生至少一种细菌素的功能性免疫调节剂。

6.如选项5所述的方法，其中所述微生物细胞不产生任何细菌素的功能性免疫调节剂。

7.如选项1-4中任一项的方法，其中在体外进行所述表达。

8.如选项1-7中任一项所述的方法，其中至少一种细菌素在其为所述多肽原的一部分时是无活性的。

9.如选项2-8中任一项所述的方法，所述方法还包括在所述切割之前分离所述多肽原。

10.如选项9所述的方法，其中所述分离包括亲和纯化所述多肽原，其中所述亲和纯化包括结合由所述核酸编码的亲和标签。

11.如选项1-8中任一项所述的方法，其中所述核酸包含在所述单个阅读框中的三个细菌素编码序列。

12.如选项1-3或5-11中任一项所述的方法，其中至少两种所述细菌素彼此不同。

13.如选项2-12中任一项所述的方法，其中所述组合物包含期望比例的细菌素、或者期望比例的信号分子和细菌素。

14.如选项13所述的方法，其中通过所述核酸的单个阅读框中的细菌素编码序列或细菌素编码序列和信号分子编码序列的比例来实现至少一部分的所述期望比例。

15.如选项12-14中任一项所述的方法，其中通过包含一定比例的细菌素编码序列并且还包含所述细菌素编码序列之间的切割位点的第二核酸来进一步实现所述期望比例。

16.如选项15所述的方法，其中通过所述核酸的单个阅读框中细菌素编码序列的比例来实现所述期望比例。

17.如选项12-16中任一项的方法，其中选择期望的细菌素比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体，和/或

其中选择所述期望的细菌素比例以平衡动物、人器官、植物根部或土壤中的微生物群系群体。

18.如选项12-16中任一项所述的方法，其中选择期望的细菌素和信号分子的比例以控制靶标微生物细胞的遗传漂移以及刺激产生细胞的生长或产生。

19.如选项10-18中任一项所述的方法，其中所述期望比例包括1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、2:3、2:5、2:7、2:9、3:4、3:5、3:7、3:8、3:10、4:5、4:7、4:9、5:6、5:7、5:8、5:9、6:7、7:8、7:9、7:10、8:9或9:10的第一细菌素与第二细菌素的比例，其中所述第一细菌素不同于所述第二细菌素。

20.如选项1-18中任一项所述的方法，其中所述切割位点是针对野生型切割酶、变体或合成切割酶，如内肽酶。

21.如选项1-20中任一项所述的方法，其中所述切割位点是针对选自以下的切割酶：arg-c蛋白酶、asp-n内肽酶、bnps-粪臭素、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、糜蛋白酶-高特异性、梭菌蛋白酶(梭菌肽酶b)、cnbr、肠激酶，xa因子、甲酸、谷氨酰内肽酶、颗粒酶b、羟胺、亚碘酰基苯甲酸、lysc、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、ntcb(2-硝基-5-硫氰基苯甲酸)、胃蛋白酶(ph1.3)、胃蛋白酶(ph>2)、脯氨酸内肽酶、蛋白酶k、葡萄球菌肽酶i、嗜热菌蛋白酶、凝血酶或胰蛋白酶。

22.如选项1-21中任一项所述的方法，其中所述切割位点是针对单一切割酶，并且其中所述切割酶在所述细菌素内不切割。

23.如选项1-22中任一项所述的方法，其中至少一个切割位点是针对第一切割酶，另一个切割位点是针对第二切割酶，并且所述第一切割酶和所述第二切割酶都不在所述细菌素内切割。

24.如选项1-23中任一项所述的方法，其中所述组合物还包含信号分子，并且其中所述核苷酸还包含：

在所述单个阅读框中的信号分子的编码序列；和

设置在所述信号分子和细菌素编码序列之间的切割位点序列。

25.如选项1-2或4-24中任一项所述的方法，其中所述信号分子选自：群体感应分子、信号转导受体配体、生长因子、激素和细胞因子，并且其中所述信号分子可以是野生型、突变型或合成的。

26.如选项1-25中任一项所述的方法，其中所述多肽原的长度不超过约2000个氨基酸。

27.如选项1-26中任一项所述的方法，所述方法还包括表达编码第二多肽原的第二核酸，所述第二多肽原包含两种细菌素和设置在其间的切割位点，其中所述第二多肽原不同于所述第一多肽原。

28.如选项2-19或24-27中任一项所述的方法，其中切割所述多肽原包括对所述切割位点包含的肽接头的物理处理，其中所述肽接头是化学敏感的或ph敏感的。

29.如选项1-28中任一项所述的方法，所述方法还包括化学修饰所述细菌素。

30.如选项29所述的方法，其中所述细菌素是化学上共翻译修饰的。

31.如选项2-30中任一项所述的方法，所述方法还包括在所述切割之后化学修饰所述细菌素。

32.分离的核酸，其包含：

在单个阅读框中的细菌素编码序列和第二多肽编码序列，其中所述第二多肽是细菌素或信号分子；以及

设置在所述细菌素编码序列之间并且在所述单个阅读框中的切割位点编码序列。

33.如选项32所述的分离的核酸，其中所述第二多肽是所述细菌素。

34.如选项权利要求32所述的分离的核酸，其中所述第二多肽是所述信号分子。

35.如选项32-34中任一项所述的分离的核酸，其中所述切割位点编码序列编码切割酶的切割位点，并且其中所述细菌素编码序列不包含所述切割酶的切割位点。

35.如选项32-35中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸包含在所述单个阅读框中的三个细菌素编码序列。

36.如选项32-35中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸包含在所述单个阅读框中的至少5个、10个、15个或20个细菌素序列。

37.如选项32-36中任一项所述的分离的核酸，其中切割位点编码序列设置在任何两个相邻的细菌素和/或信号分子编码序列之间的框中。

38.如选项32-36中任一项所述的分离的核酸，其中至少两个细菌素序列编码彼此不同的细菌素。

39.如选项35所述的分离的核酸，其中三个细菌素序列以期望比例或一部分的期望比例存在。

40.如选项39所述的分离的核酸，其中选择所述期望比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。

41.如选项39所述的分离的核酸，其中选择期望的细菌素比例以平衡动物、人器官、植物、植物根部或土壤中的微生物群系群体。

42.如选项32-41中任一项所述的分离的核酸，其中所述切割位点是针对野生型切割酶、变体或合成的切割酶，如内肽酶。

43.如选项32-42中任一项所述的分离的核酸，其中所述切割位点是针对选自以下的切割酶：arg-c蛋白酶、asp-n内肽酶、bnps-粪臭素、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、糜蛋白酶-高特异性、梭菌蛋白酶(梭菌肽酶b)、cnbr、肠激酶，xa因子、甲酸、谷氨酰内肽酶、颗粒酶b、羟胺、亚碘酰基苯甲酸、lysc、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、ntcb(2-硝基-5-硫氰基苯甲酸)、胃蛋白酶(ph1.3)、胃蛋白酶(ph>2)、脯氨酸内肽酶、蛋白酶k、葡萄球菌肽酶i、嗜热菌蛋白酶、凝血酶或胰蛋白酶。

44.如选项42-43中任一项所述的分离的核酸，其中第一切割位点编码序列编码第一切割酶的第一切割位点，并且其中第二切割位点编码序列编码不同于所述第一切割酶的第二切割酶的切割位点，并且其中所述细菌素不包含所述第一切割酶或第二切割酶中任一种的切割位点。

45.如选项32-41中任一项所述的分离的核酸，其中所述切割位点包含ph敏感的或化学敏感的接头。

46.如选项32、33或35-44中任一项所述的分离的核酸，其中所述分离的核酸还包含在所述单个阅读框中的信号分子的编码序列，其中切割位点编码序列设置在信号分子的编码序列和相邻细菌素编码序列之间。

47.如选项32或24-46中任一项所述的分离的核酸，其中所述信号分子选自：群体感应分子、信号转导受体配体、生长因子、激素和细胞因子，并且其中所述信号分子可以是野生型、突变型或合成的。

48.微生物细胞，其包含与选项32-47中任一项所述的分离的核酸可操作地连接的启动子，其中所述分离的微生物细胞不产生由所述分离的核酸编码的细菌素的功能性免疫调节剂。

49.如选项48所述的微生物细胞，其中所述细胞不产生由所述分离的核酸编码的任何细菌素的功能性免疫调节剂。

50.分离的多肽原，其包含：

两种细菌素、和/或细菌素和信号分子；

设置在所述细菌素和/或所述细菌素和所述信号分子之间的切割位点；以及

亲和标签。

51.如选项50所述的分离的多肽原，其中所述多肽原包含所述两种细菌素。

52.如选项50所述的分离的多肽原，其中所述多肽原包含所述细菌素和所述信号分子。

53.如选项50-52中任一项所述的分离的多肽原，其中所述多肽原包含三种细菌素。

54.如选项50-52中任一项所述的分离的多肽原，其中所述多肽原包含至少5种、10种、15种或20种细菌素。

55.如选项50、51、53或54中任一项所述的分离的多肽原，其中所述多肽原包含信号分子。

56.如选项50-55中任一项所述的分离的多肽原，其中所述切割位点是针对切割酶，并且其中所述细菌素编码序列不包含所述切割酶的切割位点。

57.如选项50-55中任一项所述的分离的多肽原，其中切割位点是针对第一切割酶，并且其中另一个切割位点是针对不同于所述第一切割酶的第二切割酶，并且其中所述细菌素不包含针对第一切割酶或第二切割酶中的任一种的切割位点。

58.如选项50-57中任一项所述的分离的多肽原，其还包含共翻译或翻译后的修饰。

59.组合物，其包含经选择以靶向微生物细胞或微生物细胞群体的比例的两种以上的细菌素，

其中所述细菌素中的每一种在其n-末端、c-末端、或n-末端和c-末端包含已被切割的切割序列的一部分，其中在所述细菌素的n-、c-、或n-和c-末端的切割序列的部分是用于相同或不同切割酶的切割位点。

60.如选项59所述的组合物，其中至少一些所述细菌素还包含标签。

61.如选项60所述的组合物，其中所述标签选自亲和标签、信号序列或稳定性标签。

62.如选项59-61中任一项所述的组合物，所述组合物还包含与所述细菌素呈期望比例的信号分子，其中所述信号分子在其n-末端、c-末端、或n-末端和c-末端包含已被切割的切割序列的一部分，其中在所述信号分子的n-、c-、或n-和c-末端的切割序列的部分用于相同或不同切割酶的切割位点。

63.如选项59-62中任一项所述的组合物，其中选择细菌素的比例以靶向不期望的微生物有机体或不期望的微生物有机体的群体。

64.如选项59-63中任一项所述的组合物，其中选择细菌素的比例以平衡动物、人器官、植物、植物根部或土壤中的微生物群系群体。

65.如选项64所述的组合物，其中所述组合物经配制用于局部或口服施用于人对象。

66.如选项64或65所述的组合物，其中所述组合物经配置以用于平衡动物、人器官、植物根部或土壤中的微生物群系群体。

67.用于产生细菌素和/或抗微生物肽的指定混合物的方法，所述方法包括：

选择包含两种或更多种不同的细菌素和/或抗微生物肽的混合物；

在包含各自编码细菌素或抗微生物肽的离散编码基底的微流体装置中：将编码所述指定混合物中的所述抗微生物肽或细菌素的所述离散编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通；

将所述离散编码基底与所述体外转录/翻译溶液一起温育，从而产生由所述离散编码基底编码的抗微生物肽和/或细菌素；以及

混合所述微流体装置中的所述抗微生物肽和/或细菌素，从而产生所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

68.如选项67所述的方法，所述方法还包括：

产生各自包含所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的子集的两种或更多种亚混合物，以及

组合所述亚混合物以产生所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

69.如选项67或68所述的方法，其中选择还包括选择所述指定混合物中的两种或更多种不同的抗微生物肽和/或细菌素的化学计量。

70.如选项68-69中任一项所述的方法，其中所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含指定化学计量，并且其中组合所述亚混合物产生所述指定化学计量。

71.如选项67-70中任一项所述的方法，其中所述离散编码基底被包括在单独的腔室中。

72.如选项67-71中任一项所述的方法，其中所述离散编码基底包括固定在其上的核酸。

73.如选项67-72中任一项所述的方法，其中将编码所述指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底，而非其它离散编码基底，置于与所述体外转录/翻译溶液流体连通。

74.如选项67-73中任一项所述的方法，其中将所述离散编码基底与所述体外转录/翻译溶液一起温育包括使所述体外转录/翻译溶液流入每个腔室中。

75.如选项67-74中任一项所述的方法，其中所述体外转录/翻译溶液包含体外转录试剂和/或体外翻译试剂。

76.如选项67-75中任一项所述的方法，其中将编码所述指定混合物中的所述抗微生物肽和/或细菌素的所述离散编码基底置于与体外转录/翻译溶液流体连通包括(i)打开阀门以便将所述体外转录/翻译溶液的来源置于与所述离散编码基底流体连通；(ii)关闭阀门以便抑制所述体外转录/翻译溶液的来源与所述其它离散编码基底之间的流体连通，或(i)和(ii)的组合。

77.如选项67-76中任一项所述的方法，其中混合所述微流体装置中的所述抗微生物肽和/或细菌素包括打开阀门以将所述离散编码基底置于与流体储器流体连通，其中所述抗微生物肽和/或细菌素在所述流体储器中混合。

78.如选项67-77中任一项所述的方法，其还包括原位筛选所述抗微生物肽和/或细菌素的混合物用于期望的效果。

79.如选项78所述的方法，其中所述筛选是用于抑制对象，如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道中的微生物群系中的致病微生物有机体的生长或繁殖。

80.如选项78所述的方法，其中所述筛选是用于所述抗微生物肽和/或细菌素的混合物对对象，如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道中的微生物群系不存在有害作用。

81.如选项78所述的方法，其中实时地进行所述筛选。

82.如选项78所述的方法，所述筛选是用于抗微生物肽和/或细菌素的稳定性或者针对微生物生物膜的破坏。

83.如选项82所述的方法，其中一个或多个所述离散编码基底编码具有抗蛋白酶活性的辅助蛋白。

84.如选项78所述的方法，其中所述筛选是用于增强对象，如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。

85.如选项84所述的方法，其中一个或多个所述离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白吸引所述非致病性微生物有机体，或者增强对象中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。

86.如选项67-85中任一项所述的方法，其还包括经由管或膜将所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物递送到伤口，从而清洁或修整所述伤口。

87.用于产生抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的微流体装置，所述装置包括：

离散编码基底，其各自编码抗微生物肽和/或细菌素；

体外转录/翻译溶液；

流体储器；以及

阀门，其各自设置在离散编码基底和所述流体储器之间的流体路径上，每个阀门被配置成调节所述离散编码基底和所述流体储器之间的流动，其中所述装置被配置成置于与处理器进行数据通信，所述处理器被配置成：

基于所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，配置所述阀门以将编码所述混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的所述离散编码基底，而非其它离散编码基底，置于与所述流体储器流体连通；

允许所述体外转录/翻译溶液与编码所述指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的所述离散编码基底一起温育，由此产生所述指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素；

允许所述抗微生物肽和/或细菌素通过所述阀门流入所述流体储器；以及

控制所述流体储器中流体的流动，其中所述流动包括所述流体储器中的抗微生物肽和/或细菌素的运动，从而在所述流体储器中产生所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

88.如选项87所述的微流体装置，其中：

所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含两种或更多种亚混合物，其各自包含抗微生物肽和/或细菌素的子集；并且

所述处理器被配置成允许每种亚混合物流入所述流体储器，从而产生所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

89.如选项88所述的微流体装置，其中所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物包含指定化学计量的抗微生物肽和/或细菌素的子集的总和，并且其中所述亚混合物的组合产生所述指定化学计量。

90.如选项87-89中任一项所述的微流体装置，其中所述离散编码基底被包括在单独的腔室内。

91.如选项87-90中任一项所述的微流体装置，其中所述离散编码基底包括固定在其上的核酸。

92.如选项91所述的微流体装置，其中所述离散编码基底包括选自以下的材料或产物：芯片、珠粒、纳米颗粒、孔、膜、基质、塑料、金属、玻璃、聚合物、多糖和顺磁性化合物。

93.如选项87-92中任一项所述的微流体装置，其中所述体外转录/翻译溶液包含体外转录试剂和/或体外翻译试剂。

94.如选项87-93中任一项所述的微流体装置，其中所述装置是便携式的。

95.如选项87-94中任一项所述的微流体装置，其中一个或多个所述离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白包含用于稳定抗微生物肽和/或细菌素的蛋白、具有抗蛋白酶活性的蛋白或用于破坏微生物生物膜的蛋白。

96.如选项87-95中任一项所述的微流体装置，其中一个或多个所述离散编码基底编码辅助蛋白，所述辅助蛋白吸引非致病性微生物有机体，或者增强对象，如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道中的微生物群系中的非致病性微生物有机体的生长或繁殖。

97.如选项87-96中任一项所述的微流体装置，其中所述流体储器被配置成置于与对象的组织流体连通。

98.如选项97中任一项所述的微流体装置，其中所述组织包含微生物群系，所述组织如皮肤、肠、胃肠道、乳腺、胎盘、组织、生物流体、精液、子宫、阴道、卵泡、肺、唾液、口腔、粘膜、结膜或胆道。

99.如选项87-98中任一项所述的微流体装置，其中所述流体储器被配置成置于与对象的伤口流体连通。

100.如选项97-99中任一项所述的微流体装置，其还包括诸如管或膜的流体通道，通过所述流体通道，所述流体储器与所述微生物群系或伤口流体连通，通过所述流体通道，所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物能够被递送到所述微生物群系或伤口。

101.如选项87-100中任一项所述的微流体装置，其中每个离散编码基底编码不同的抗微生物肽和/或细菌素。

102.如选项87-102中任一项的微流体装置，其中离散编码基底包含选项32-49中任一项所述的分离的核酸。

103.如选项87-102中任一项的微流体装置，其中离散编码基底编码选项50-58中任一项所述的分离的多肽原。

104.如选项87-103中任一项所述的微流体装置，其还包括所述处理器。

105.系统，其包括：

选项87-104中任一项所述的微流体装置，以及

处理器，其被配置成：

基于所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物，配置所述阀门以将编码所述混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的所述离散编码基底，而非其它离散编码基底，置于与所述流体储器流体连通；

允许所述体外转录/翻译溶液与编码所述指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素的所述离散编码基底一起温育，由此产生所述指定混合物中的抗微生物肽和/或细菌素；

允许所述抗微生物肽和/或细菌素通过所述阀门流入所述流体储器；以及

控制所述流体储器中流体的流动，其中所述流动包括所述流体储器中的抗微生物肽和/或细菌素的运动，从而在所述流体储器中产生所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物。

106.如选项105所述的系统，其中所述微流体装置被包括在筒中(或是筒)，所述系统包括用于将所述筒置于与所述处理器进行数据通信的联接器。

107.如选项105-106中任一项所述的系统，其还包括体外转录/翻译溶液的储器。

108.用于产生所述抗微生物肽和/或细菌素的指定混合物的微流体装置，所述装置包括：

各自编码抗微生物肽和/或细菌素的离散编码基底；

各自设置在连接到离散编码基底的流体路径上的阀门，每个阀门被配置成调节流向或来自所述离散编码基底的流量，并且其中所述装置被配置成置于与流体储器或体外转录/翻译溶液流体连通。

109.如选项108所述的微流体装置，其还包括流体储器或体外转录/翻译溶液。

110.如选项78所述的方法，其中所述期望效果包括抗微生物活性。

111.如选项110所述的方法，其还包括针对微生物感染筛选1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或10种不同的混合物。

112.如选项67-86中任一项所述的方法，其还包括将与化学抗生素和/或噬菌体抗生素组合的所述指定抗微生物肽和/或细菌素的混合物递送到对象。

113.如选项67-86中任一项所述的方法，其中所述体外转录/翻译溶液是冻干的，并且还包括将水加入到所述体外转录/翻译溶液中。

114.如权利要求87-104中任一项所述的微流体装置，其还包括被配置成与所述指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物混合的化学或噬菌体抗生素的储器。

115.如选项87-104中任一项所述的微流体装置，其还还包含抗生素，所述抗生素包含化学抗生素和/或噬菌体。

116.如选项87-104中任一项所述的微流体装置，其中所述体外转录/翻译溶液是冻干的。

117.如选项105-107中任一项所述的系统，其还包括被配置成与所述指定的抗微生物肽和/或细菌素的混合物混合的化学或噬菌体抗生素的储器。

118.如选项105-107中任一项所述的系统，其还包含抗生素，所述抗生素包含化学抗生素和/或噬菌体。

119.如选项107所述的系统，其中所述体外转录/翻译溶液是冻干的。

120.如选项67-86和110-113中任一项所述的方法，其中所述方法用于制备不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物。

121.如选项67-86和110-113中任一项所述的方法，其中所述方法用于制备不包含抗微生物肽的细菌素的指定混合物。

122.如选项67-86和110-113中任一项所述的方法，其中所述方法用于制备细菌素和抗微生物肽的指定混合物。

123.如选项87-104、108、109和114-116中任一项所述的微流体装置，其中所述装置用于产生不包含抗微生物肽的细菌素的指定混合物。

124.如选项87-104、108、109和114-116中任一项所述的微流体装置，其中所述装置用于产生不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物。

125.如选项87-104、108、109和114-116中任一项所述的微流体装置，其中所述装置用于产生抗微生物肽和细菌素的指定混合物。

126.如选项105-107和117-119中任一项所述的系统，其中所述系统用于产生不包含抗微生物肽的细菌素的指定混合物。

127.如选项105-107和117-119中任一项所述的系统，其中所述系统用于产生不包含细菌素的抗微生物肽的指定混合物。

128.如选项105-107和117-119中任一项所述的系统，其中所述系统用于产生抗微生物肽和细菌素的指定混合物。

在本文所述的至少一些实施方案中，在实施方案中使用的一个或多个元件可以在另一个实施方案中互换使用，除非这样的替换在技术上不可行。本领域技术人员将理解，在不脱离所要求保护的主题的范围的情况下，可以对本文所述的方法和结构作出各种其它省略、添加和修改。所有这些修改和变化都旨在落入由所附权利要求限定的主题范围内。

关于本文中使用的实质上任何复数和/或单数术语，根据适合于上下文和/或应用，本领域技术人员可从复数转化成单数和/或从单数转化成复数。为了清楚起见，不同单数/复数变换可以在本文清楚地列出。

本领域技术人员将理解，通常，本文使用的术语，尤其是在所附权利要求(例如，所附权利要求的主体)中，通常旨在作为“开放”术语(例如，术语“包括(including)”应被理解为“包括但不限于”，术语“具有”应被理解为“至少具有”，术语“包括(includes)”应被理解为“包括但不限于”等)。本领域的技术人员还将理解，如果打算采用特定数量的引入权利要求叙述，则在权利要求中明确地叙述这种意图，在没有这种叙述的情况下，不存在这种意图。例如，为了帮助理解，以下所附权利要求可以包含使用介绍性短语“至少一个(种)”和“一个或多个/一种或多种”来引入权利要求叙述。然而，这种短语的使用不应被解释为暗示通过不定冠词“一个/一种(a)”或“一个/一种(an)”的权利要求叙述的引入将含有这种引入的权利要求陈述的任何特定权利要求限制为仅包含一个这种陈述的实施方案，即使当同一权利要求包括介绍性短语“一个或多个/一种或多种”或“至少一个(种)”和不定冠词如“一个/一种(a)”或“一个/一种(an)”时(例如“一个/一种(a)”和/或“一个/一种(an)”应被解释为意指至少一个(种)”或“一个或多个/一种或多种”)亦如此；对于用于引入权利要求叙述的定冠词的使用也是如此。另外，即使明确地叙述了具体数量的引入的权利要求叙述，本领域技术人员将认识到，这种叙述应被解释为意指至少所述的数量(例如，没有其它修饰语的“两个叙述”的基本叙述意指至少两个叙述或者两个或更多个叙述)。此外，在其中使用类似于“a、b和c中的至少一个等”的惯例的那些情况下，通常，这种结构旨在意为本领域技术人员将理解该惯例(例如，“具有a、b和c中的至少一个的系统”将包括但不限于具有单独的a、单独的b、单独的c、a和b一起、a和c一起、b和c一起、和/或a、b和c一起等的系统)。在其中使用类似于“a、b或c中的至少一个等”的惯例的那些情况下，通常，这种结构旨在意为本领域技术人员将理解该惯例(例如，“具有a、b或c中的至少一个的系统”将包括但不限于具有单独的a、单独的b、单独的c、a和b一起、a和c一起、b和c一起、和/或a、b和c一起等的系统)。本领域的技术人员还将理解，无论在说明书、权利要求书或附图中，呈现两个或更多个替代术语的几乎任何分离的词语(disjunctiveword)和/或短语都应该被理解为考虑包括这些术语中的一个、这些术语中的一个或这两个术语的可能性。例如，短语“a或b”将被理解为包括“a”或“b”或“a和b”的可能性。

另外，在本公开内容的特征或方面按照马库什组(markushgroup)描述的情况下，本领域技术人员将认识到本公开内容也按照马库什组中的任何单个成员或成员亚组来描述。

如本领域技术人员将理解的，出于任何和所有目的，如就提供书面描述而言，本文公开的所有范围还涵盖任何和所有可能的子范围及其子范围的组合。任何列出的范围可以容易地被认为充分地描述并且使得相同的范围能够被分成至少两等份、三等份、四等份、五等份、十等份等。作为非限制性实例，本文讨论的每个范围可以被容易地分成下三分之一，中三分之一和上三分之一等。如本领域技术人员还将理解的，所有语言如“至多”、“至少”、“大于”、“小于”等包括所叙述的数字，并且是指随后可被分成如本文所讨论的子范围的范围。最后，如本领域技术人员将理解的，范围包括每个单独的成员。因此，例如，具有1-3个制品的组是指具有1个、2个或3个制品的组。类似地，具有1-5个制品的组是指具有1个、2个、3个、4个或5个制品的组等。

虽然本文已经公开了各个方面和实施方案，但其它方面和实施方案对于本领域技术人员将是显而易见的。本文公开的各个方面和实施方案是为了说明的目的，而非旨在限制，其中真正的范围和精神由所附权利要求来指示。

序列表

<110>辛格隆股份公司(syngulonsa)

菲利普•卡班特(gabant,philippe)

<120>用于制备细菌素和抗微生物肽的方法和组合物

<130>syng.003wo

<150>62/552,835

<151>2017-08-31

<150>62/720,804

<151>2018-08-21

<160>750

<170>fastseqforwindowsversion4.0

<210>1

<211>40

<212>prt

<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

<400>1

trpleuproproalaglyleuleuglyargcysglyargtrpphearg

151015

protrpleuleutrpleuglnserglyalaglntyrlystrpleugly

202530

asnleupheglyleuglyprolys

3540

<210>2

<211>5

<212>prt

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>iia类末端的n-末端基序

<220>

<221>variant

<222>3

<223>xaa=任意氨基酸

<400>2

tyrglyxaaglyval

15

<210>3

<211>135

<212>prt

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>混合的细菌素ent35-mccv

<400>3

glylystyrtyrglyasnglyvalsercysasnlyslysglycysser

151015

valasptrpglyargalaileglyileileglyasnasnseralaala

202530

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100105110

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115120125

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130135

<210>4

<211>46

<212>prt

<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>4

metileserserhisglnlysthrleuthrasplysgluleualaleu

151015

ileserglyglylysthrhistyrprothrasnalatrplysserleu

202530

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354045

<210>5

<211>141

<212>dna

<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>5

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<210>6

<211>81

<212>prt

<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>6

metilesermetileserserhisglnlysthrleuthrasplysglu

151015

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202530

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354045

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505560

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65707580

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<210>7

<211>246

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<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>7

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<210>8

<211>60

<212>prt

<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>8

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151015

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202530

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354045

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505560

<210>9

<211>183

<212>dna

<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>9

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<210>10

<211>65

<212>prt

<213>加氏乳杆菌(lactobacillusgasseri)

<400>10

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151015

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202530

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354045

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505560

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65

<210>11

<211>198

<212>dna

<213>加氏乳杆菌(lactobacillusgasseri)

<400>11

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<210>12

<211>51

<212>prt

<213>金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)

<400>12

metsertrpleuasnpheleulystyrilealalystyrglylyslys

151015

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202530

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354045

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50

<210>13

<211>156

<212>dna

<213>金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)

<400>13

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<210>14

<211>61

<212>prt

<213>鸟肠球菌(enterococcusavium)

<400>14

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151015

glyglythrtyrtyrglyasnglyvalsercysasnlyslysglycys

202530

servalasptrpglylysalaileserileileglyasnasnserala

354045

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505560

<210>15

<211>186

<212>dna

<213>鸟肠球菌(enterococcusavium)

<400>15

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agtattataggaaataattccgcagcaaacttagcaactggtggtgctgctggttggaag180

tcataa186

<210>16

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<212>prt

<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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metlyslyslysleuvalilecysglyileileglyileglyphethr

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alaleuglythrasnvalglualaalathrtyrtyrglyasnglyleu

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tyrcysasnlysglnlyscystrpvalasptrpasnlysalaserarg

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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aatgtagaagctgctacgtattacggaaatggtttatattgtaataagcaaaaatgttgg120

gtagactggaataaagcttcaagggaaattggaaaaattattgttaatggttgggtacaa180

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<212>prt

<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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metlysgluglnasnserpheasnleuleuglngluvalthrgluser

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<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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attttaggtgcaaaaggcggcagtggagttattcatacaatttctcatgaagtaatatat120

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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metlyslyslysvalleulyshiscysvalileleuglyileleugly

151015

thrcysleualaglyileglythrglyilelysvalaspalaalathr

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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atgaaaaagaaagtattaaaacattgtgttattctaggaatattaggaacttgtctagct60

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<212>prt

<213>肉毒杆菌(clostridiumbotulinum)

<400>22

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151015

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202530

alavalcysglnmetproasnleuaspgluilevalserasnalaala

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tyrval

50

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<213>肉毒杆菌(clostridiumbotulinum)

<400>23

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<213>马链球菌(streptococcusequinus)

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metmetasnalathrgluasnglnilephevalgluthrvalserasp

151015

glngluleuglumetleuileglyglyalaaspargglytrpilelys

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thrleuthrlysaspcysproasnvalileserserilecysalagly

354045

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<212>dna

<213>马链球菌(streptococcusequinus)

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<212>prt

<213>田野环丝菌(brochothrixcampestris)

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methislysvallyslysleuasnasnglngluleuglnglnileval

151015

glyglytyrserserlysaspcysleulysaspileglylysglyile

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glyalaglythrvalalaglyalaalaglyglyglyleualaalagly

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<213>田野环丝菌(brochothrixcampestris)

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<213>溶纤维丁酸弧菌(butyrivibriofibrisolvens)

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metserlyslysglnilemetserasncysileserilealaleuleu

151015

ilealaleuileproasniletyrpheilealaasplysmetglyile

202530

glnleualaproalatrptyrglnaspilevalasntrpvalserala

354045

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65707580

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<212>dna

<213>溶纤维丁酸弧菌(butyrivibriofibrisolvens)

<400>29

atgagtaaaaaacaaattatgagtaactgtatatcaattgcattattaatagcactaatt60

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<213>溶纤维丁酸弧菌(butyrivibriofibrisolvens)

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leugluglnileleuglyglyglyasnglyvalilelysthrileser

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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metasnservallysgluleuasnvallysglumetlysglnleuhis

151015

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<212>prt

<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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glyglyalailesertyrglyasnglyvaltyrcysasnlysglulys

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<212>prt

<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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metleutyrgluleuvalalatyrglyilealaglnglythralaglu

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<212>prt

<213>胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种(pectobacteriumcarotovorumsubsp.carotovorum)

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metilelystyrargleutyralaproasnaspglyaspthrmetthr

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thrthralailegluthrgluleualaasnvalargalaalaileasn

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130135140

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195200205

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210215220

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225230235240

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245250255

proprolysvallysaspaspileglnvalserserpheleuserser

260265270

provalalaaspthrhishisalapheileasppheglyserasphis

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gluprovaltyrvalserleuserlysilevalthralaglugluglu

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450455460

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530535540

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lysglylystyrserlysargtyrtyrasnproasplysalaglygly

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valaspasnvallysleuhisthrglyargphelysalaservalglu

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leuasnargtyrargasnleuglyilelysaspglygluvalproser

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<213>胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种(pectobacteriumcarotovorumsubsp.carotovorum)

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<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

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<213>灰轮丝链轮丝菌(streptoverticilliumgriseoverticillatum)

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metthralaserileleuglnglnservalvalaspalaaspphearg

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<210>45

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<212>dna

<213>灰轮丝链轮丝菌(streptoverticilliumgriseoverticillatum)

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<212>prt

<213>嗜热地芽胞杆菌(geobacilluskaustophilus)

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ileleugluileglytrpseralaphevalalathrvallyslysile

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argarglysglyileleuaspthrargleusergluleuglulysasn

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glyglyalaalaleualavalleuaspalaglnglnalaargleuleu

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glyglnglnthrargasnaspargalaileserglualaargasnlys

245250255

leuserservalthrgluserleulysthralaargasnalaleuthr

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argalagluglnglnleuthrglnglnlysasnthrproaspglylys

275280285

thrilevalserproglulyspheproglyargserserthrasnhis

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serilevalvalserglyaspproargphealaglythrilelysile

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thrthrseralavalileaspasnargalaasnleuasntyrleuleu

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thrhisserglyleuasptyrlysargasnileleuasnaspargasn

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alaleuleulysglulysgluasnileargserglnleualaaspile

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asnglnlysilealagluglulysarglysargaspgluileasnmet

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glyargalaalaseralavalthralatrpalapheservalmetleu

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glyile

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>哥伦比亚肠球菌(enterococcuscolumbae)

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<213>哥伦比亚肠球菌(enterococcuscolumbae)

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<213>弯曲乳杆菌(lactobacilluscurvatus)

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<213>链霉菌(streptomycessp.)

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<213>广布肉杆菌(carnobacteriumdivergens)

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<213>耐久肠球菌(enterococcusdurans)

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<213>停乳链球菌似马亚种(streptococcusdysgalactiaesubsp.equisimilis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

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metlyslysleuthrserlysglumetalaglnvalvalglyglylys

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<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

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<210>102

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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metleualalysilelysalametilelyslyspheproasnprotyr

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

<400>103

atgttagcaaaaattaaagcgatgattaagaagtttccgaacccttatactttagcagct60

aagctaacgacttacgaaattaattggtataaacaacaatacggtcgttatccttgggag120

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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151015

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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metasnpheleulysasnglyilealalystrpmetthrglyalaglu

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leuglnalatyrlyslyslystyrglycysleuprotrpglulysile

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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atgaattttcttaaaaatggtatcgcaaaatggatgaccggtgctgaattgcaagcgtat60

aaaaagaaatatggatgcttgccatgggaaaaaatttcttgttaa105

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<212>prt

<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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metlyslyslysleuvallysglyleuvalilecysglymetilegly

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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atgaaaaagaaattagttaaaggcttagttatttgtggcatgattgggattggttttaca60

gcattaggaacaaatgtagaagccgccacgtattacggaaatggtgtctattgcaataag120

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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atgaaaaaagaagaattagtaggaatggctaaggaagactttttaaatgttatttgtgaa60

aatgacaacaaactagaaaatagtggagcaaaatgtccttggtggaatctttcttgtcat120

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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atgactgaacttaacaaaagattacaattaaaaagagatgtttcaacagaaaatagtttg60

aaaaaaatttctaatactgatgaaacacatgggggagttactacatcaattccatgtaca120

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<212>prt

<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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atgcaaaatgtaaaagaagtttctgtaaaagagatgaaacaaattatcggtggttctaat60

gatagtctttggtatggtgtaggacaatttatgggtaaacaagcaaactgtataacaaac120

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

<400>116

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151015

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<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

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atgaaaaaatataatgagttatctaaaaaagaacttctacagattcaaggaggaatagca60

cctattatagttgctggccttggctatttagtaaaagatgcatgggatcactcagatcaa120

ataatctcaggatttaaaaaaggttggaatggtggacgtagaaaataa168

<210>118

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<212>prt

<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

<400>118

metlysasnileleuleuserileleuglyvalleuserilevalval

151015

serleualaphesersertyrservalasnalaalaserasnglutrp

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354045

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<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

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<211>171

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

<400>121

atggaaaacaaaaaagatttatttgatttagaaatcaaaaaagataatatggaaaataat60

aatgaattagaagctcaatctcttggtcctgcaattaaggcaactagacaggtatgtcct120

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<210>122

<211>51

<212>prt

<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

<400>122

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151015

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50

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

<400>124

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50

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

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atggaagcagtaaaagaaaaaaatgatctttttaatcttgatgttaaagttaatgcaaaa60

gaatctaacgattcaggagctgaaccaagaattgctagtaaatttatatgtactcctgga120

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<211>55

<212>prt

<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

<400>126

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151015

glnlysseraspleuserproglnseralaservalleulysthrser

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cysasnilethrglyglylys

5055

<210>127

<211>168

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

<400>127

atgaataactcattattcgatttaaacctaaacaaaggtgtagaaactcaaaagagtgat60

ttaagtccgcaatctgctagtgtcttgaagacttctattaaagtatctaaaaaatattgt120

aaaggtgttactttaacatgcggttgcaatattactggtggtaaataa168

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<211>52

<212>prt

<213>鸡葡萄球菌(staphylococcusgallinarum)

<400>128

metglualavallysglulysasngluleupheaspleuaspvallys

151015

valasnalalysgluserasnaspserglyalagluproargileala

202530

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50

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<211>159

<212>dna

<213>鸡葡萄球菌(staphylococcusgallinarum)

<400>129

atggaagcagtaaaagagaaaaatgaactttttgatcttgacgttaaagtaaatgcaaaa60

gagtctaatgattcaggcgcagaaccacgaattgctagtaaatttttatgtactcctgga120

tgtgccaaaacaggtagcttcaatagctactgttgttaa159

<210>130

<211>63

<212>prt

<213>格氏乳球菌(lactococcusgarvieae)

<400>130

metgluasnasnasntyrthrvalleuseraspglugluleuglnlys

151015

ileaspglyglyileglyglyalaleuglyasnalaleuasnglyleu

202530

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<213>格氏乳球菌(lactococcusgarvieae)

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<212>prt

<213>格氏乳球菌(lactococcusgarvieae)

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metpheaspleuvalalathrglymetalaalaglyvalalalysthr

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ilevalasnalavalseralaglymetaspilealathralaleuser

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leupheserglyalaphethralaalaglyglyilemetalaleuile

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lyslystyralaglnlyslysleutrplysglnleuilealaala

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<212>dna

<213>格氏乳球菌(lactococcusgarvieae)

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<213>加氏乳杆菌(lactobacillusgasseri)

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<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

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cyspheglyilelyshishisserserglysersersertyrhiscys

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<211>195

<212>dna

<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

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<213>地中海富盐菌(haloferaxmediterranei)

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<213>地中海富盐菌(haloferaxmediterranei)

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<213>haloarchaeons8a

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<213>瑞士乳杆菌(lactobacillushelveticus)

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glyasnsergluaspvalasnleugluthrvallystyrgluaspser

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pheileileaspasnleutyrglyaspaspasnasnserilevalasn

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serileglnglytyraspleuaspasnaspglyasniletyrileser

225230235240

serglnlysalaproasppheaspglysertyrtyralahishislys

245250255

glnilevallysileprotyrtyralaargserlysglusergluasp

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glntrpargalavalasnleuserglupheglyglyleuaspilepro

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glylyshissergluvalgluserileglnileileglygluasnhis

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lysthrthrleuasngluiletyrgluleusertrpasn

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<213>瑞士乳杆菌(lactobacillushelveticus)

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<213>海氏肠球菌(enterococcushirae)

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<213>海氏肠球菌(enterococcushirae)

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<213>约氏乳杆菌(lactobacillusjohnsonii)

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<213>约氏乳杆菌(lactobacillusjohnsonii)

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<213>约氏乳杆菌(lactobacillusjohnsonii)

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glyglyalaalaileglyglytyrpheglytyrthrhisasn

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<213>约氏乳杆菌(lactobacillusjohnsonii)

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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glylystyrleugluaspaspmetilegluleualagluglyaspglu

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serhisglyglythrthrproalathrproalaileserileleuser

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cys

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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tgggtagttgaaaagattaagcaaattttgggtattaaataa162

<210>162

<211>65

<212>prt

<213>食淀粉乳杆菌(lactobacillusamylovorus)

<400>162

metlysglnleuasnsergluglnleuglnasnileileglyglyasn

151015

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202530

vallystyrglylyslysleuglyglyvaltrpglyalavalilegly

354045

glyvalglyglyalaalavalcysglyleualaglytyrvalarglys

505560

gly

65

<210>163

<211>198

<212>dna

<213>食淀粉乳杆菌(lactobacillusamylovorus)

<400>163

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ggcgtatggggtgctgtaattggtggcgtaggcggtgcagcagtctgtggcttggcgggt180

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<211>68

<212>prt

<213>沙克乳酸杆菌l45(lactobacillussakeil45)

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151015

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202530

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354045

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505560

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65

<210>165

<211>207

<212>dna

<213>沙克乳酸杆菌l45(lactobacillussakeil45)

<400>165

atgaaaacagaaaaaaaggttttagatgaactgagcttacacgcttctgcaaaaatggga60

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<210>166

<211>91

<212>prt

<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

<400>166

metlysthrlysserleuvalleualaleuseralavalthrleuphe

151015

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202530

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354045

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505560

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65707580

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<212>dna

<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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atgaaaaccaagtctctcgtattggcattatctgcggttacgttattctctgccggagga60

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<210>168

<211>75

<212>prt

<213>乳酸乳球菌乳脂亚种(lactococcuslactissubsp.cremoris)

<400>168

metlysasnglnleuasnpheasnilevalseraspglugluleuser

151015

glualaasnglyglylysleuthrpheileglnserthralaalagly

202530

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354045

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505560

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657075

<210>169

<211>228

<212>dna

<213>乳酸乳球菌乳脂亚种(lactococcuslactissubsp.cremoris)

<400>169

atgaaaaatcaattaaattttaatattgtttcagatgaagaactttcagaagctaacgga60

ggaaaattaacatttattcaatcgacagcggctggagatttatattacaatactaataca120

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<210>170

<211>68

<212>prt

<213>乳酸乳球菌乳脂亚种(lactococcuslactissubsp.cremoris)

<400>170

metlysasnglnleuasnpheasnilevalseraspglugluleuala

151015

gluvalasnglyglyserleuglntyrvalmetseralaglyprotyr

202530

thrtrptyrlysaspthrargthrglylysthrilecyslysglnthr

354045

ileaspthralasertyrthrpheglyvalmetalagluglytrpgly

505560

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65

<210>171

<211>207

<212>dna

<213>乳酸乳球菌乳脂亚种(lactococcuslactissubsp.cremoris)

<400>171

atgaaaaatcaattaaattttaatattgtttctgatgaagaacttgcagaagttaatgga60

ggaagcttgcagtatgttatgagtgctggaccatatacttggtataaagatactagaaca120

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<210>172

<211>63

<212>prt

<213>乳球菌(lactococcussp.)qu12

<400>172

metlysleuileasphisleuglyalaproargtrpalavalaspthr

151015

ileleuglyalailealavalglyasnleualasertrpvalleuala

202530

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354045

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505560

<210>173

<211>192

<212>dna

<213>乳球菌(lactococcussp.)qu12

<400>173

atgaaattaattgatcatttaggtgctccaagatgggccgttgatactattttaggtgca60

atcgcagttgggaacttagcaagttgggttctagcgcttgtccctggtccagggtgggca120

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<210>174

<211>50

<212>prt

<213>短芽孢杆菌(brevibacillussp.)gi-9

<400>174

metalacysglncysproaspalaileserglytrpthrhisthrasp

151015

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202530

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354045

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50

<210>175

<211>153

<212>dna

<213>短芽孢杆菌(brevibacillussp.)gi-9

<400>175

atggcttgccaatgtccagatgcgatctcaggttggacgcatacagattaccagtgtcac60

ggtttggagaataaaatgtatagacatgtttatgcaatttgcatgaacggtactcaagta120

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<210>176

<211>57

<212>prt

<213>假肠膜明串珠菌(leuconostocpseudomesenteroides)

<400>176

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151015

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202530

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354045

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5055

<210>177

<211>174

<212>dna

<213>假肠膜明串珠菌(leuconostocpseudomesenteroides)

<400>177

atgaataaagaatataatagcattagcaattttaaaaaaattactaataaagacttgcaa60

aacataaatggtggatttattggtagggcaataggtgactttgtgtactttggagcgaag120

ggactaagagaatctggtaaactacttaattattactataagcataagcattga174

<210>178

<211>53

<212>prt

<213>假肠膜明串珠菌(leuconostocpseudomesenteroides)

<400>178

metlysasnglnleumetserphegluvalileserglulysgluleu

151015

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202530

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354045

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50

<210>179

<211>162

<212>dna

<213>假肠膜明串珠菌(leuconostocpseudomesenteroides)

<400>179

atgaaaaatcagttaatgtctttcgaagtgatatcagaaaaagaattgtccacggtacaa60

ggtggcaaaggcttaggtaaactcataggaattgattggcttttgggtcaagctaaggac120

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<210>180

<211>61

<212>prt

<213>冷明串珠菌(leuconostocgelidum)

<400>180

metmetasnmetlysprothrglusertyrgluglnleuaspasnser

151015

alaleugluglnvalvalglyglylystyrtyrglyasnglyvalhis

202530

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354045

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505560

<210>181

<211>186

<212>dna

<213>冷明串珠菌(leuconostocgelidum)

<400>181

atgatgaacatgaaacctacggaaagctatgagcaattggataatagtgctctcgaacaa60

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<210>182

<211>61

<212>prt

<213>明串珠菌(leuconostoccarnosum)

<400>182

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151015

alaleugluglnvalvalglyglylystyrtyrglyasnglyvalhis

202530

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354045

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505560

<210>183

<211>186

<212>dna

<213>明串珠菌(leuconostoccarnosum)

<400>183

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<210>184

<211>63

<212>prt

<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

<400>184

metpheleuvalasnglnleuglyileserlysserleualaasnthr

151015

ileleuglyalailealavalglyasnleualasertrpleuleuala

202530

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354045

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505560

<210>185

<211>192

<212>dna

<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

<400>185

atgttcttggtaaatcagttagggatttcaaaatcgttagctaatactattcttggtgca60

attgctgttggtaatttggccagttggttattagctttggttcctggtccgggttgggca120

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<210>186

<211>74

<212>prt

<213>地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)

<400>186

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151015

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202530

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505560

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<213>地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)

<400>187

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<210>188

<211>266

<212>prt

<213>亚麻类短杆菌(brevibacteriumlinens)

<400>188

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151015

alagluileglugluglualaargargthrphelysargasnileala

202530

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505560

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145150155160

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165170175

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180185190

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195200205

alaleugluglyalaleuleuvalserthrargglyglyasptyrglu

210215220

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225230235240

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245250255

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260265

<210>189

<211>801

<212>dna

<213>亚麻类短杆菌(brevibacteriumlinens)

<400>189

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gaggaggctcgacggacattcaaacgcaatatcgccggccgccggatcgtcgatgtcgca120

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<210>190

<211>71

<212>prt

<213>无害李斯特菌(listeriainnocua)

<400>190

metlyslysalaalaleulyspheileilevalilealaileleugly

151015

pheserpheserphepheserileglnserglualalyssertyrgly

202530

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354045

alaileserthrileglyasnasnseralaalaasntrpalathrgly

505560

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6570

<210>191

<211>216

<212>dna

<213>无害李斯特菌(listeriainnocua)

<400>191

ttgaagaaggcagcgttaaaatttattattgttattgctattctaggtttcagtttttct60

ttctttagcatacaatctgaagctaaatcttatggaaatggagttcagtgtaataagaaa120

aaatgttgggtagattggggtagtgctataagtactattggaaataattctgcagcgaat180

tgggctacaggtggagcagctggttggaaaagctga216

<210>192

<211>68

<212>prt

<213>芽孢杆菌(bacillussp.)

<400>192

metserglnglualaileileargsertrplysasppropheserarg

151015

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202530

glualaglnmetasplysleuvalglyalaglyaspmetglualaala

354045

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505560

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65

<210>193

<211>207

<212>dna

<213>芽孢杆菌(bacillussp.)

<400>193

atgagtcaagaagctatcattcgttcatggaaagatcctttttcccgtgaaaattctaca60

caaaatccagctggtaacccattcagtgagctgaaagaagcacaaatggataagttagta120

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actctaacttctgaatgtatttgttaa207

<210>194

<211>61

<212>prt

<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

<400>194

metthrasnmetlysservalglualatyrglnglnleuaspasngln

151015

asnleulyslysvalvalglyglylystyrtyrglyasnglyvalhis

202530

cysthrlysserglycysservalasntrpglyglualaalaserala

354045

glyilehisargleualaasnglyglyasnglyphetrp

505560

<210>195

<211>186

<212>dna

<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

<400>195

atgacgaatatgaagtctgtggaagcatatcagcaattagataaccagaatctcaagaaa60

gttgttggtggaaagtattatgggaatggtgttcactgtacaaaaagtggatgctctgtt120

aactggggagaagctgcctcagctggcatacatcgtttggccaatggtggaaatggattt180

tggtaa186

<210>196

<211>68

<212>prt

<213>番茄溃疡病菌(clavibactermichiganensissubsp.michiganensis)

<400>196

metasnaspileleugluthrgluthrprovalmetvalserproarg

151015

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202530

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354045

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505560

cysalacysarg

65

<210>197

<211>207

<212>dna

<213>番茄溃疡病菌(clavibactermichiganensissubsp.michiganensis)

<400>197

atgaacgacatcctcgagacggagacccccgtcatggtcagcccccggtgggacatgctg60

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<210>198

<211>69

<212>prt

<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

<400>198

metgluleulysalaserglupheglyvalvalleuservalaspala

151015

leulysleuserargglnserproleuglyvalglyileglyglygly

202530

glyglyglyglyglyglyglysercysglyglyglnglyglyglycys

354045

glyglycysserasnglycysserglyglyasnglyglyserglygly

505560

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65

<210>199

<211>207

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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ggcagcggcggaagtggttcacatatc207

<210>200

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<212>prt

<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

<400>200

metargthrglyasnalaasn

15

<210>201

<211>24

<212>dna

<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

<400>201

atgcgtactggtaatgcaaactaa24

<210>202

<211>99

<212>prt

<213>克雷伯氏肺炎菌(klebsiellapneumoniae)

<400>202

metarggluileserglnlysaspleuasnleualapheglyalagly

151015

gluthraspproasnthrglnleuleuasnaspleuglyasnasnmet

202530

alatrpglyalaalaleuglyalaproglyglyleuglyseralaala

354045

leuglyalaalaglyglyalaleuglnthrvalglyglnglyleuile

505560

asphisglyprovalasnvalproileprovalleuileglyproser

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trpasnglyserglyserglytyrasnseralathrsersersergly

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<211>300

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<213>克雷伯氏肺炎菌(klebsiellapneumoniae)

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aatactcaacttctaaacgaccttggaaataatatggcatggggtgctgctcttggcgct120

cctggcggattaggatcagcagctttgggggccgcgggaggtgcattacaaactgtaggg180

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tggaatggtagcggtagtggttataacagcgcaacatccagttccggtagtggtagttaa300

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<211>75

<212>prt

<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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metarggluilethrgluserglnleuargtyrileserglyalagly

151015

glyalaproalathrseralaasnalaalaglyalaalaalaileval

202530

glyalaleualaglyileproglyglyproleuglyvalvalvalgly

354045

alavalseralaglyleuthrthralaileglyserthrvalglyser

505560

glyseralaserserseralaglyglyglyser

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<210>205

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<212>dna

<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<210>208

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<212>prt

<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

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<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

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<212>prt

<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

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151015

tyrtyrglyasnglyleusercysasnlyslysglycysservalasp

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<212>dna

<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

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<213>变形链球菌(streptococcusmutans)

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<213>变形链球菌(streptococcusmutans)

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<213>变形链球菌(streptococcusmutans)

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metasnlysleuasnserasnalavalvalserleuasngluvalser

151015

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<213>变形链球菌(streptococcusmutans)

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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<212>prt

<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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metserthrlysasppheasnleuaspleuvalservalserlysthr

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aspserglyalaserthrargilethrserileserleucysthrpro

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<213>乳酸乳球菌(lactococcuslactis)

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<213>乳房链球菌(streptococcusuberis)

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<213>乳房链球菌(streptococcusuberis)

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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<213>沃氏葡萄球菌(staphylococcuswarneri)

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<213>沃氏葡萄球菌(staphylococcuswarneri)

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<213>多粘类芽孢杆菌(paenibacilluspolymyxa)

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<213>乳酸片球菌(pediococcusacidilactici)

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<213>戊糖片球菌(pediococcuspentosaceus)

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

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<211>183

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<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

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<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

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<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

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<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

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tccgagcttgaccaggctgggaatgctttgcctcaactgaccaatccaacgccagagcag720

tggcttgaacgcgctactcaactggttacgcaggcgatcgccaataagaagaaattgcag780

actgcaaacaatgccttgattgccaaggcacccaatgcactggagaaacaaaaggcaacc840

tacaacgccgatctcctagtggatgaaatcgccagcctgcaagcacggctggacaagctg900

aacgccgaaacggcaaggcgcaaggaaatcgctcgtcaagcggcgatcagggctgccaat960

acttatgccatgccagccaatggcagcgttgtcgccaccgccgcaggccggggtctgatc1020

caggtcgcacaaggcgccgcatcccttgctcaagcgatctccgatgcgattgccgtcctg1080

ggccgggtcctggcttcagcaccctcggtgatggccgtgggctttgccagtctgacctac1140

tcctcccggactgccgagcaatggcaggaccaaacgcccgatagcgttcgttacgccctg1200

ggcatggatgccgctaaattggggcttcccccaagcgtaaacctgaacgcggttgcaaaa1260

gccagcggtaccgtcgatctgccgatgcgcctgaccaacgaggcacgaggcaacacgacg1320

accctttcggtggtcagcaccgatggtgtgagcgttccgaaagccgttccggtccggatg1380

gcggcctacaatgccacgacaggcctgtacgaggttacggttccctctacgaccgcagaa1440

gcgccgccactgatcctgacctggacgccggcgagtcctccaggaaaccagaacccttcg1500

agtaccactccggtcgtaccgaagccggtgccggtatatgagggagcgacccttacaccg1560

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ggcttcccggccgactcggggatcaagccgatctatgtgatgttcagggatccgcgggat1680

gtacctggtgctgcgactggcaagggacagcccgtcagcggtaattggctcggcgccgcc1740

tctcaaggtgagggggctccaattccaagccagattgcggataaactacgtggtaagaca1800

ttcaaaaactggcgggactttcgggaacaattctggatagctgtggctaatgatcctgag1860

ttaagtaaacagtttaatcctggtagtttagctgtaatgagagatggaggggctccttat1920

gtcagagagtcagaacaggctggcgggagaataaagatcgaaatccaccacaaggttcga1980

atagcagatggaggcggcgtttacaatatggggaaccttgttgcagtaacgccaaaacgt2040

catatagaaatccacaagggagggaagtga2070

<210>278

<211>47

<212>prt

<213>活泼瘤胃球菌(ruminococcusgnavus)

<400>278

metargasnaspvalleuthrleuthrasnprometgluglulysglu

151015

leugluglnileleuglyglyglyasnglyvalleulysthrileser

202530

hisglucysasnmetasnthrtrpglnpheleuphethrcyscys

354045

<210>279

<211>144

<212>dna

<213>活泼瘤胃球菌(ruminococcusgnavus)

<400>279

atgagaaatgacgtattaacattaacaaacccaatggaagagaacgaactggagcagatc60

ttaggtggtggcaatggtgtgttaaaaacgattagccacgaatgcaatatgaacacatgg120

cagttcctgtttacttgttgctaa144

<210>280

<211>55

<212>prt

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<400>280

metlysasnalalysserleuthrileglnglumetlysserilethr

151015

glyglylystyrtyrglyasnglyvalsercysasnserhisglycys

202530

servalasntrpglyglnalatrpthrcysglyvalasnhisleuala

354045

asnglyglyhisglyvalcys

5055

<210>281

<211>168

<212>dna

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<400>281

atgaaaaacgcaaaaagcctaacaattcaagaaatgaaatctattacaggtggtaaatac60

tatggtaatggcgttagctgtaactctcacggctgttcagtaaattgggggcaagcatgg120

acttgtggagtaaaccatctagctaatggcggtcatggagtttgttaa168

<210>282

<211>59

<212>prt

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<400>282

metasnasnvallysgluleusermetthrgluleuglnthrilethr

151015

glyglyalaargsertyrglyasnglyvaltyrcysasnasnlyslys

202530

cystrpvalasnargglyglualathrglnserileileglyglymet

354045

ileserglytrpalaserglyleualaglymet

5055

<210>283

<211>180

<212>dna

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<400>283

atgaataatgtaaaagaattaagtatgacagaattacaaacaattaccggcggtgctaga60

tcatatggcaacggtgtttactgtaataataaaaaatgttgggtaaatcggggtgaagca120

acgcaaagtattattggtggtatgattagcggctgggctagtggtttagctggaatgtaa180

<210>284

<211>61

<212>prt

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<400>284

metglulyspheilegluleuserleulysgluvalthralailethr

151015

glyglylystyrtyrglyasnglyvalhiscysglylyshissercys

202530

thrvalasptrpglythralaileglyasnileglyasnasnalaala

354045

alaasntrpalathrglyglyasnalaglytrpasnlys

505560

<210>285

<211>186

<212>dna

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<400>285

atggaaaagtttattgaattatctttaaaagaagtaacagcaattacaggtggaaaatat60

tatggtaacggtgtacactgtggaaaacattcatgtaccgtagactggggaacagctatt120

ggaaatatcggaaataatgcagctgcaaactgggccacaggcggaaacgctggctggaat180

aaataa186

<210>286

<211>56

<212>prt

<213>唾液链球菌(streptococcussalivarius)

<400>286

metlysserthrasnasnglnserilealagluilealaalavalasn

151015

serleuglngluvalsermetglugluleuaspglnileileglyala

202530

glyasnglyvalvalleuthrleuthrhisglucysasnleualathr

354045

trpthrlyslysleulyscyscys

5055

<210>287

<211>171

<212>dna

<213>唾液链球菌(streptococcussalivarius)

<400>287

atgaaatcaacaaataatcaaagtatcgcagaaattgcagcagtaaactcactacaagaa60

gtaagtatggaggaactagaccaaattattggtgccggaaacggagtggttcttactctt120

actcatgaatgtaacctagcaacttggacaaaaaaactaaaatgttgctaa171

<210>288

<211>51

<212>prt

<213>酿脓链球菌血清型m28(streptococcuspyogenesserotypem28)

<400>288

metserphemetlysasnserlysaspileleuthrasnalaileglu

151015

gluvalserglulysgluleumetgluvalalaglyglylyslysgly

202530

serglytrpphealathrilethraspaspcysproasnservalphe

354045

valcyscys

50

<210>289

<211>156

<212>dna

<213>酿脓链球菌血清型m28(streptococcuspyogenesserotypem28)

<400>289

atgagttttatgaaaaattcaaaggatattttgactaatgctatcgaagaagtttctgaa60

aaagaacttatggaagtagctggtggtaaaaaaggttccggttggtttgcaactattact120

gatgactgtccgaactcagtattcgtttgttgttaa156

<210>290

<211>48

<212>prt

<213>唾液链球菌(streptococcussalivarius)

<400>290

metlysasnserlysaspvalleuasnasnalaileglugluvalser

151015

glulysgluleumetgluvalalaglyglylyslysglyproglytrp

202530

ilealathrilethraspaspcysproasnserilephevalcyscys

354045

<210>291

<211>147

<212>dna

<213>唾液链球菌(streptococcussalivarius)

<400>291

atgaaaaactcaaaagatgttttgaacaatgctatcgaagaggtttctgaaaaagaactt60

atggaagtagctggtggtaaaaaaggtccaggttggattgcaactattactgatgactgt120

ccaaactcaatattcgtttgttgttaa147

<210>292

<211>48

<212>prt

<213>唾液链球菌(streptococcussalivarius)

<400>292

metlysasnserlysaspileleuasnasnalaileglugluvalser

151015

glulysgluleumetgluvalalaglyglylysargglyserglytrp

202530

ilealathrilethraspaspcysproasnservalphevalcyscys

354045

<210>293

<211>147

<212>dna

<213>唾液链球菌(streptococcussalivarius)

<400>293

atgaaaaactcaaaagatattttgaacaatgctatcgaagaagtttctgaaaaagaactt60

atggaagtagctggtggtaaaagaggttcaggttggattgcaactattactgatgactgt120

ccaaactcagtattcgtttgttgttaa147

<210>294

<211>62

<212>prt

<213>金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)

<400>294

metlysserserpheleuglulysaspileglugluglnvalthrtrp

151015

pheglugluvalsergluglnglupheaspaspaspilepheglyala

202530

cysserthrasnthrpheserleuserasptyrtrpglyasnlysgly

354045

asntrpcysthralathrhisglucysmetsertrpcyslys

505560

<210>295

<211>189

<212>dna

<213>金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)

<400>295

atgaaaagttcttttttagaaaaagatatagaagaacaagtgacatggttcgaggaagtt60

tcagaacaagaatttgacgatgatatttttggagcttgtagtacaaacactttttctttg120

agtgactattggggtaataaaggaaattggtgtactgctactcacgaatgtatgtcttgg180

tgtaaataa189

<210>296

<211>67

<212>prt

<213>金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)

<400>296

metlysasngluleuglylyspheleuglugluasngluleugluleu

151015

glylysphesergluseraspmetleugluilethraspaspgluval

202530

tyralaalaglythrproleualaleuleuglyglyalaalathrgly

354045

valileglytyrileserasnglnthrcysprothrthralacysthr

505560

argalacys

65

<210>297

<211>204

<212>dna

<213>金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)

<400>297

atgaaaaatgaattaggtaagtttttagaagaaaacgaattagagttaggtaaattttca60

gaatcagacatgctagaaattactgatgatgaagtatatgcagctggaacacctttagcc120

ttattgggtggagctgccaccggggtgataggttatatttctaaccaaacatgtccaaca180

actgcttgtacacgcgcttgctag204

<210>298

<211>46

<212>prt

<213>酿脓链球菌(streptococcuspyogenes)

<400>298

metasnasnthrilelysasppheaspleuaspleulysthrasnlys

151015

lysaspthralathrprotyrvalglyserargtyrleucysthrpro

202530

glysercystrplysleuvalcysphethrthrthrvallys

354045

<210>299

<211>141

<212>dna

<213>酿脓链球菌(streptococcuspyogenes)

<400>299

atgaataacacaattaaagactttgatctcgatttgaaaacaaataaaaaagacactgct60

acaccttatgttggtagccgttacctatgtacccctggttcttgttggaaattagtttgc120

tttacaacaactgttaaataa141

<210>300

<211>51

<212>prt

<213>酿脓链球菌(streptococcuspyogenes)

<400>300

metglulysasnasngluvalileasnserileglngluvalserleu

151015

glugluleuaspglnileileglyalaglylysasnglyvalphelys

202530

thrileserhisglucyshisleuasnthrtrpalapheleualathr

354045

cyscysser

50

<210>301

<211>156

<212>dna

<213>酿脓链球菌(streptococcuspyogenes)

<400>301

atggaaaaaaataatgaagtaatcaactctattcaagaagttagtcttgaagaactcgat60

caaattatcggtgctggaaaaaatggtgtgtttaaaacaatttctcatgagtgtcatttg120

aatacatgggcattccttgctacttgttgttcataa156

<210>302

<211>51

<212>prt

<213>酿脓链球菌(streptococcuspyogenes)serotypem49

<400>302

metthrlysgluhisgluileileasnserileglngluvalserleu

151015

glugluleuaspglnileileglyalaglylysasnglyvalphelys

202530

thrileserhisglucyshisleuasnthrtrpalapheleualathr

354045

cyscysser

50

<210>303

<211>156

<212>dna

<213>酿脓链球菌(streptococcuspyogenes)serotypem49

<400>303

atggaaaaaaataatgaagtaatcaactctattcaagaagttagtcttgaagaactcgat60

caaattatcggtgctggaaaaaatggtgtgtttaaaacaatttctcatgagtgtcatttg120

aatacatgggcattccttgctacttgttgctcataa156

<210>304

<211>56

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>304

metglulysleuphelysgluvallysleuglugluleugluasngln

151015

lysglyserglyleuglylysalaglncysalaalaleutrpleugln

202530

cysalaserglyglythrileglycysglyglyglyalavalalacys

354045

glnasntyrargglnphecysarg

5055

<210>305

<211>171

<212>dna

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>305

atggaaaagctatttaaagaagttaaactagaggaactcgaaaaccaaaaaggtagtgga60

ttaggaaaagctcagtgtgctgcgttgtggctacaatgtgctagtggcggtacaattggt120

tgtggtggcggagctgttgcttgtcaaaactatcgtcaattctgcagataa171

<210>306

<211>56

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>306

metserlyspheaspasppheaspleuaspvalvallysvalserlys

151015

glnaspserlysilethrproglntrplyssergluserleucysthr

202530

proglycysvalthrglyalaleuglnthrcyspheleuglnthrleu

354045

thrcysasncyslysileserlys

5055

<210>307

<211>171

<212>dna

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>307

atgtcaaagttcgatgatttcgatttggatgttgtgaaagtctctaaacaagactcaaaa60

atcactccgcaatggaaaagtgaatcactttgtacaccaggatgtgtaactggtgcattg120

caaacttgcttccttcaaacactaacttgtaactgcaaaatctctaaataa171

<210>308

<211>50

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>308

metlysleuprovalglnglnvaltyrservaltyrglyglylysasp

151015

leuprolysglyhisserhisserthrmetpropheleuserlysleu

202530

glnpheleuthrlysiletyrleuleuaspilehisthrglnprophe

354045

pheile

50

<210>309

<211>153

<212>dna

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>309

ttgaaattgccggtgcaacaggtctattcggtctatgggggtaaggatctcccaaaaggg60

catagtcattctactatgccctttttaagtaaattacaatttttaactaaaatctacctc120

ttggatatacatacacaaccgtttttcatttga153

<210>310

<211>43

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>310

metlyslysalavalilevalgluasnlysglycysalathrcysser

151015

ileglyalaalacysleuvalaspglyproileproaspphegluile

202530

alaglyalathrglyleupheglyleutrpgly

3540

<210>311

<211>132

<212>dna

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>311

atgaaaaaagctgtcattgtagaaaacaaaggttgtgcaacatgctcgatcggagccgct60

tgtctagtggacggtcctatccctgattttgaaattgccggtgcaacaggtctattcggt120

ctatgggggtaa132

<210>312

<211>58

<212>prt

<213>嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)

<400>312

metmetasnalathrgluasnglnilephevalgluthrvalserasp

151015

glngluleuglumetleuileglyglyalaaspargglytrpilelys

202530

thrleuthrlysaspcysproasnvalileserserilecysalagly

354045

thrileilethralacyslysasncysala

5055

<210>313

<211>177

<212>dna

<213>嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)

<400>313

atgatgaatgctactgaaaaccaaatttttgttgagactgtgagtgaccaagaattagaa60

atgttaattggtggtgcagatcgtggatggattaagactttaacaaaagattgtccaaat120

gtaatttcttcaatttgtgcaggtacaattattacagcctgtaaaaattgtgcttaa177

<210>314

<211>64

<212>prt

<213>嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)

<400>314

metlysglntyrasnglyphegluvalleuhisgluleuaspleuala

151015

asnvalthrglyglyglnileasntrpglyservalvalglyhiscys

202530

ileglyglyalaileileglyglyalapheserglyglyalaalaala

354045

glyvalglycysleuvalglyserglylysalaileileasnglyleu

505560

<210>315

<211>195

<212>dna

<213>嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)

<400>315

atgaagcagtataatggttttgaggttctacatgaacttgacttagcaaatgtaactggc60

ggtcaaattaattggggatcagttgtaggacactgtataggtggagctattatcggaggt120

gcattttcaggaggtgcagcggctggagtaggatgccttgttgggagcggaaaggcaatc180

ataaatggattataa195

<210>316

<211>85

<212>prt

<213>嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)

<400>316

metasnthrilethrilecyslyspheaspvalleuaspalagluleu

151015

leuserthrvalgluglyglytyrserglylysaspcysleulysasp

202530

metglyglytyralaleualaglyalaglyserglyalaleutrpgly

354045

alaproalaglyglyvalglyalaleuproglyalaphevalglyala

505560

hisvalglyalailealaglyglyphealacysmetglyglymetile

65707580

glyasnlyspheasn

85

<210>317

<211>258

<212>dna

<213>嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)

<400>317

atgaatacaataactatttgtaaatttgatgttttagatgctgaacttctttcgacagtt60

gagggtggatactctggtaaggattgtttaaaagacatgggaggatatgcattggcagga120

gctggaagtggagctctgtggggagctccagcaggaggtgttggagcacttccaggtgca180

tttgtcggagctcatgttggggcaattgcaggaggctttgcatgtatgggtggaatgatt240

ggtaataagtttaactaa258

<210>318

<211>52

<212>prt

<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

<400>318

metsergluilelyslysalaleuasnthrleugluilegluaspphe

151015

aspalaileglumetvalaspvalaspalametprogluasngluala

202530

leugluilemetglyalasercysthrthrcysvalcysthrcysser

354045

cyscysthrthr

50

<210>319

<211>159

<212>dna

<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

<400>319

atgagtgaaattaaaaaagcattaaatacgcttgaaattgaagattttgatgcaattgaa60

atggttgatgttgatgctatgccagaaaacgaagcgcttgaaattatgggagcgtcatgt120

acgacatgcgtatgtacatgcagttgttgtacaacttga159

<210>320

<211>47

<212>prt

<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

<400>320

metgluvalmetasnasnalaleuilethrlysvalaspglugluile

151015

glyglyasnalaalacysvalileglycysileglysercysvalile

202530

sergluglyileglyserleuvalglythralaphethrleugly

354045

<210>321

<211>144

<212>dna

<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

<400>321

atggaagttatgaacaatgctttaattacaaaagtagatgaggagattggaggaaacgct60

gcttgtgtaattggttgtattggcagttgcgtaattagtgaaggaattggttcacttgta120

ggaacagcatttactttaggttaa144

<210>322

<211>49

<212>prt

<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

<400>322

metgluvalleuasnlysglnasnvalasnileileprogluserglu

151015

gluvalglyglytrpvalalacysvalglyalacysglythrvalcys

202530

leualaserglyglyvalglythrgluphealaalaalasertyrphe

354045

leu

<210>323

<211>150

<212>dna

<213>蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)

<400>323

atggaagttttaaacaaacaaaatgtaaatattattccagaatctgaagaagtaggtgga60

tgggtagcatgtgttggagcatgtggtacagtatgtcttgctagtggtggtgttggaaca120

gagtttgcagctgcatcttatttcctataa150

<210>324

<211>40

<212>prt

<213>苏云金芽孢杆(bacillusthuringiensis)

<400>324

metgluthrprovalvalglnproargasptrpthrcystrpsercys

151015

leuvalcysalaalacysservalgluleuleuasnleuvalthrala

202530

alathrglyalaserthralaser

3540

<210>325

<211>123

<212>dna

<213>苏云金芽孢杆(bacillusthuringiensis)

<400>325

atggaaacaccagtagtacaaccaagggattggacttgttggagttgcttagtatgtgca60

gcatgttctgtggaattattaaatttagttactgcggcaacaggggctagtactgcaagc120

taa123

<210>326

<211>42

<212>prt

<213>豌豆根瘤菌三叶草生物型(rhizobiumleguminosarumbv.trifolii)

<400>326

metaspasnlysvalalalysasnvalgluvallyslysglyserile

151015

lysalathrphelysalaalavalleulysserlysthrlysvalasp

202530

ileglyglyserargglnglycysvalala

3540

<210>327

<211>129

<212>dna

<213>豌豆根瘤菌三叶草生物型(rhizobiumleguminosarumbv.trifolii)

<400>327

atggataacaaggttgcgaagaatgtcgaagtgaagaagggctccatcaaggcgaccttc60

aaggctgctgttctgaagtcgaagacgaaggtcgacatcggaggtagccgtcagggctgc120

gtcgcttaa129

<210>328

<211>70

<212>prt

<213>乳房链球菌(streptococcusuberis)

<400>328

metasnthrileglulysphegluasnilelysleupheserleulys

151015

lysileileglyglylysthrvalasntyrglyasnglyleutyrcys

202530

asnglnlyslyscystrpvalasntrpsergluthralathrthrile

354045

valasnasnserilemetasnglyleuthrglyglyasnalaglytrp

505560

hisserglyglyargala

6570

<210>329

<211>213

<212>dna

<213>乳房链球菌(streptococcusuberis)

<400>329

atgaatacaattgaaaaatttgaaaatattaaacttttttcactaaagaaaattatcggt60

ggcaaaactgtaaattatggtaatggcctttattgtaaccaaaaaaaatgctgggtaaac120

tggtcagaaactgctacaacaatagtaaataattccatcatgaacgggctcacaggtggt180

aatgcgggttggcactcaggcgggagagcataa213

<210>330

<211>76

<212>prt

<213>乳房链球菌(streptococcusuberis)

<400>330

metaspileleuleugluleualaglytyrthrglyilealasergly

151015

thralalyslysvalvalaspalaileasplysglyalaalaalaphe

202530

valileileserileileserthrvalileseralaglyalaleugly

354045

alavalseralaseralaasppheileileleuthrvallysasntyr

505560

ileserargasnleulysalaglnalavaliletrp

657075

<210>331

<211>231

<212>dna

<213>乳房链球菌(streptococcusuberis)

<400>331

atggacattttattagaactcgcaggatatactgggatagcctcaggtactgcaaaaaaa60

gttgttgatgccattgataaaggagctgcagcctttgttattatttcaattatctcaaca120

gtaattagtgcgggagcattgggagcagtttcagcctcagctgattttattattttaact180

gtaaaaaattacattagtagaaatttaaaagcacaagctgtcatttggtaa231

<210>332

<211>64

<212>prt

<213>产气荚膜梭菌(clostridiumperfringens)

<400>332

metaspsergluleuphelysleumetalathrglnglyalapheala

151015

ileleuphesertyrleuleuphetyrvalleulysgluasnserlys

202530

arggluasplystyrglnasnileileglugluleuthrgluleuleu

354045

prolysilelysgluaspvalgluaspilelysglulysleuasnlys

505560

<210>333

<211>195

<212>dna

<213>产气荚膜梭菌(clostridiumperfringens)

<400>333

atggatagtgaattatttaagttaatggcaacacaaggagcctttgcaatattattttcg60

tatttattgttttatgttttaaaagagaatagtaaaagagaagataagtatcaaaatata120

atagaggagcttacagaattattgccaaaaataaaagaagatgtagaagatataaaagaa180

aaacttaataaatag195

<210>334

<211>47

<212>prt

<213>变异微球菌(micrococcusvarians)

<400>334

metthrasnalapheglnalaleuaspgluvalthraspalagluleu

151015

aspalaileleuglyglyglyserglyvalileprothrileserhis

202530

glucyshismetasnserpheglnphevalphethrcyscysser

354045

<210>335

<211>144

<212>dna

<213>变异微球菌(micrococcusvarians)

<400>335

atgacgaacgcatttcaggcactggacgaagtcacggacgccgagctcgacgccatcctt60

ggcgggggcagtggtgttattcccacgatcagccacgagtgccacatgaactccttccag120

ttcgtgttcacctgctgctcctga144

<210>336

<211>285

<212>prt

<213>马链球菌兽疫亚种(streptococcusequisubsp.zooepidemicus)

<400>336

metlysargilephephealapheleuserleucysleupheilephe

151015

glythrglnthrvalseralaalathrtyrthrargproleuaspthr

202530

glyasnilethrthrglypheasnglytyrproglyhisvalglyval

354045

asptyralavalprovalglythrprovalargalavalalaasngly

505560

thrvallysphealaglyasnglyalaasnhisprotrpmetleutrp

65707580

metalaglyasncysvalleuileglnhisalaaspglymethisthr

859095

glytyralahisleuserlysileservalserthraspserthrval

100105110

lysglnglyglnileileglytyrthrglyalathrglyglnvalthr

115120125

glyprohisleuhispheglumetleuproalaasnproasntrpgln

130135140

asnglypheserglyargileaspprothrglytyrilealaasnala

145150155160

provalpheasnglythrthrprothrgluprothrthrprothrthr

165170175

asnleulysiletyrlysvalaspaspleuglnlysileasnglyile

180185190

trpglnvalargasnasnileleuvalprothraspphethrtrpval

195200205

aspasnglyilealaalaaspaspvalilegluvalthrserasngly

210215220

thrargthrseraspglnvalleuglnlysglyglytyrphevalile

225230235240

asnproasnasnvallysservalglythrprometlysglysergly

245250255

glyleusertrpalaglnvalasnphethrthrglyglyasnvaltrp

260265270

leuasnthrthrserlysaspasnleuleutyrglylys

275280285

<210>337

<211>858

<212>dna

<213>马链球菌兽疫亚种(streptococcusequisubsp.zooepidemicus)

<400>337

atgaaacgtatattttttgctttcttaagtttatgcttatttatattcggaacacaaacg60

gtatctgcagctacttatactcggccattagatacgggaaatatcactacagggtttaac120

ggataccctggtcatgttggagtcgattatgcagtacccgttggaactccggttagagca180

gttgcaaatggtacagtcaaatttgcaggtaatggggctaatcacccatggatgctttgg240

atggctggaaactgtgttctaattcaacatgctgacgggatgcatactggatatgcacac300

ttatcaaaaatttcagttagcacagatagtacagttaaacaaggacaaatcataggttat360

actggtgccaccggccaagttaccggtccacatttgcattttgaaatgttgccagcaaat420

cctaactggcaaaatggtttttctggaagaatagatccaaccggatacatcgctaatgcc480

cctgtatttaatggaacaacacctacagaacctactactcctacaacaaatttaaaaatc540

tataaagttgatgatttacaaaaaattaatggtatttggcaagtaagaaataacatactt600

gtaccaactgatttcacatgggttgataatggaattgcagcagatgatgtaattgaagta660

actagcaatggaacaagaacctctgaccaagttcttcaaaaaggtggttattttgtcatc720

aatcctaataatgttaaaagtgttggaactccgatgaaaggtagtggtggtctatcttgg780

gctcaagtaaactttacaacaggtggaaatgtctggttaaatactactagcaaagacaac840

ttactttacggaaaataa858

<210>338

<211>45

<212>prt

<213>橙色粘球菌(myxococcusfulvus)

<400>338

alaasncyssercysserthralaserasptyrcysproileleuthr

151015

phecysthrthrglythralacyssertyrthrprothrglycysgly

202530

thrglytrpvaltyrcysalacysasnglyasnphetyr

354045

<210>339

<211>135

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:338的多肽的多核苷酸

<400>339

gcgaactgcagctgcagcaccgcgagcgattattgcccgattctgaccttttgcaccacc60

ggcaccgcgtgcagctataccccgaccggctgcggcaccggctgggtgtattgcgcgtgc120

aacggcaacttttat135

<210>340

<211>19

<212>prt

<213>灰藤黄链霉菌(streptomycesgriseoluteus)

<400>340

cysalaasnsercyssertyrglyproleuthrtrpsercysaspgly

151015

asnthrlys

<210>341

<211>57

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码多肽seqidno:340的多核苷酸

<400>341

tgcgcgaacagctgcagctatggcccgctgacctggagctgcgatggcaacaccaaa57

<210>342

<211>19

<212>prt

<213>灰轮丝链轮丝菌(streptoverticilliumgriseoverticillatum)

<400>342

cyslysglnsercysserpheglyprophethrphevalcysaspgly

151015

asnthrlys

<210>343

<211>57

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码多肽seqidno:342的多核苷酸

<400>343

tgcaaacagagctgcagctttggcccgtttacctttgtgtgcgatggcaacaccaaa57

<210>344

<211>7

<212>prt

<213>肉食杆菌(carnobacteriumsp.)

<400>344

glysergluileglnproarg

15

<210>345

<211>21

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:344的多肽的多核苷酸

<400>345

ggcagcgaaattcagccgcgc21

<210>346

<211>39

<212>prt

<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

<400>346

glythrtrpaspaspileglyglnglyileglyargvalalatyrtrp

151015

valglylysalametglyasnmetseraspvalasnglnalaserarg

202530

ileasnarglyslyslyshis

35

<210>347

<211>117

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:346的多肽的多核苷酸

<400>347

ggcacctgggatgatattggccagggcattggccgcgtggcgtattgggtgggcaaagcg60

atgggcaacatgagcgatgtgaaccaggcgagccgcattaaccgcaaaaaaaaacat117

<210>348

<211>35

<212>prt

<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

<400>348

lyslystrpglytrpleualatrpvalaspproalatyrglupheile

151015

lysglypheglylysglyalailelysgluglyasnlysasplystrp

202530

lysasnile

35

<210>349

<211>105

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:348的多肽的多核苷酸

<400>349

aaaaaatggggctggctggcgtgggtggatccggcgtatgaatttattaaaggctttggc60

aaaggcgcgattaaagaaggcaacaaagataaatggaaaaacatt105

<210>350

<211>19

<212>prt

<213>链霉菌(streptomycessp.)

<400>350

cysvalglnsercysserpheglyproleuthrtrpsercysaspgly

151015

asnthrlys

<210>351

<211>57

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:350的多肽的多核苷酸

<400>351

tgcgtgcagagctgcagctttggcccgctgacctggagctgcgatggcaacaccaaa57

<210>352

<211>19

<212>prt

<213>利古里亚游动放线菌(actinoplanesliguriae)

<400>352

serserglytrpvalcysthrleuthrileglucysglythrvalile

151015

cysalacys

<210>353

<211>57

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:352的多肽的多核苷酸

<400>353

agcagcggctgggtgtgcaccctgaccattgaatgcggcaccgtgatttgcgcgtgc57

<210>354

<211>38

<212>prt

<213>弯曲乳杆菌(lactobacilluscurvatus)

<220>

<221>variant

<222>34

<223>xaa=任意氨基酸

<220>

<221>variant

<222>37

<223>xaa=任意氨基酸

<400>354

tyrthralalysglncysleuglnalaileglysercysglyileala

151015

glythrglyalaglyalaalaglyglyproalaglyalaphevalgly

202530

alaxaavalvalxaaile

35

<210>355

<211>114

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:354的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>100,101,102,109,110,111

<223>n=a、t、c或g

<220>

<221>misc_feature

<222>(100)...(102)

<223>nnn=除了终止密码子之外的密码子

<220>

<221>misc_feature

<222>(109)...(111)

<223>nnn=除了终止密码子之外的密码子

<400>355

tataccgcgaaacagtgcctgcaggcgattggcagctgcggcattgcgggcaccggcgcg60

ggcgcggcgggcggcccggcgggcgcgtttgtgggcgcgnnngtggtgnnnatt114

<210>356

<211>42

<212>prt

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<220>

<221>variant

<222>32

<223>xaa=任意氨基酸

<400>356

thrlystyrtyrglyasnglyvaltyrcysasnserlyslyscystrp

151015

valasptrpglyglnalaalaglyglyileglyglnthrvalvalxaa

202530

glytrpleuglyglyalaileproglylys

3540

<210>357

<211>126

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:356的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>(94)...(96)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<400>357

accaaatattatggcaacggcgtgtattgcaacagcaaaaaatgctgggtggattggggc60

caggcggcgggcggcattggccagaccgtggtgnnnggctggctgggcggcgcgattccg120

ggcaaa126

<210>358

<211>22

<212>prt

<213>变形链球菌(streptococcusmutans)

<400>358

phelyssertrpserphecysthrproglycysalalysthrglyser

151015

pheasnsertyrcyscys

20

<210>359

<211>132

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:358的多肽的多核苷酸

<400>359

tttaaaagctggagcttttgcaccccgggctgcgcgaaaaccggcagctttaacagctat60

tgctgctttaaaagctggagcttttgcaccccgggctgcgcgaaaaccggcagctttaac120

agctattgctgc132

<210>360

<211>43

<212>prt

<213>蒙氏肠球菌(enterococcusmundtii)

<400>360

lystyrtyrglyasnglyvalsercysasnlyslysglycysserval

151015

asptrpglylysalaileglyileileglyasnasnseralaalaasn

202530

leualathrglyglyalaalaglytrpserlys

3540

<210>361

<211>129

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:360的多肽的多核苷酸

<400>361

aaatattatggcaacggcgtgagctgcaacaaaaaaggctgcagcgtggattggggcaaa60

gcgattggcattattggcaacaacagcgcggcgaacctggcgaccggcggcgcggcgggc120

tggagcaaa129

<210>362

<211>41

<212>prt

<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

<220>

<221>variant

<222>9,14,33,37

<223>xaa=任意氨基酸

<400>362

lystyrtyrglyasnglyvalhisxaaglylyshisserxaathrval

151015

asptrpglythralaileglyasnileglyasnasnalaalaalaasn

202530

xaaalathrglyxaaasnalaglygly

3540

<210>363

<211>123

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:362的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>(25)...(27)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(40)...(42)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(97)...(99)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(109)...(111)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<400>363

aaatattatggcaacggcgtgcatnnnggcaaacatagcnnnaccgtggattggggcacc60

gcgattggcaacattggcaacaacgcggcggcgaacnnngcgaccggcnnnaacgcgggc120

ggc123

<210>364

<211>31

<212>prt

<213>副干酪乳杆菌(lactobacillusparacasei)

<400>364

glymetserglytyrileglnglyileproasppheleulysglytyr

151015

leuhisglyileseralaalaasnlyshislyslysglyargleu

202530

<210>365

<211>93

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:364的多肽的多核苷酸

<400>365

ggcatgagcggctatattcagggcattccggattttctgaaaggctatctgcatggcatt60

agcgcggcgaacaaacataaaaaaggccgcctg93

<210>366

<211>31

<212>prt

<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

<400>366

lysglylysglyphetrpsertrpalaserlysalathrsertrpleu

151015

thrglyproglnglnproglyserproleuleulyslyshisarg

202530

<210>367

<211>93

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:366的多肽的多核苷酸

<400>367

aaaggcaaaggcttttggagctgggcgagcaaagcgaccagctggctgaccggcccgcag60

cagccgggcagcccgctgctgaaaaaacatcgc93

<210>368

<211>43

<212>prt

<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

<400>368

lysasntyrglyasnglyvalhiscysthrlyslysglycysserval

151015

asptrpglytyralatrpthrasnilealaasnasnservalmetasn

202530

glyleuthrglyglyasnalaglytrphisasn

3540

<210>369

<211>129

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:368的多肽的多核苷酸

<400>369

aaaaactatggcaacggcgtgcattgcaccaaaaaaggctgcagcgtggattggggctat60

gcgtggaccaacattgcgaacaacagcgtgatgaacggcctgaccggcggcaacgcgggc120

tggcataac129

<210>370

<211>47

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<400>370

alailelysleuvalglnserproasnglyasnphealaalaserphe

151015

valleuaspglythrlystrpilephelysserlystyrtyraspser

202530

serlysglytyrtrpvalglyiletyrgluvaltrpasparglys

354045

<210>371

<211>141

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:370的多肽的多核苷酸

<400>371

gcgattaaactggtgcagagcccgaacggcaactttgcggcgagctttgtgctggatggc60

accaaatggatttttaaaagcaaatattatgatagcagcaaaggctattgggtgggcatt120

tatgaagtgtgggatcgcaaa141

<210>372

<211>12

<212>prt

<213>地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)

<220>

<221>variant

<222>7

<223>xaa=任意氨基酸

<400>372

ileserleugluilecysxaailephehisaspasn

1510

<210>373

<211>36

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:372的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>(19)...(21)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<400>373

attagcctggaaatttgcnnnatttttcatgataac36

<210>374

<211>37

<212>prt

<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

<400>374

thrsertyrglyasnglyvalhiscysasnlysserlyscystrpile

151015

aspvalsergluleugluthrtyrlysalaglythrvalserasnpro

202530

lysaspileleutrp

35

<210>375

<211>111

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:374的多肽的多核苷酸

<400>375

accagctatggcaacggcgtgcattgcaacaaaagcaaatgctggattgatgtgagcgaa60

ctggaaacctataaagcgggcaccgtgagcaacccgaaagatattctgtgg111

<210>376

<211>9

<212>prt

<213>普城沙雷菌(serratiaplymuthica)

<400>376

asptyrhishisglyvalargvalleu

15

<210>377

<211>27

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:376的多肽的多核苷酸

<400>377

gattatcatcatggcgtgcgcgtgctg27

<210>378

<211>15

<212>prt

<213>盐杆菌(halobacteriumsp.)

<400>378

aspileaspilethrglycysseralacyslystyralaalagly

151015

<210>379

<211>45

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:378的多肽的多核苷酸

<400>379

gatattgatattaccggctgcagcgcgtgcaaatatgcggcgggc45

<210>380

<211>12

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

<220>

<221>variant

<222>1,2,6

<223>xaa=任意氨基酸

<400>380

xaaxaalysgluilexaahisilephehisaspasn

1510

<210>381

<211>36

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:380的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>(1)...(3)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(4)...(6)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(16)...(18)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<400>381

nnnnnnaaagaaattnnncatatttttcatgataac36

<210>382

<211>12

<212>prt

<213>弯曲乳杆菌(lactobacilluscurvatus)

<400>382

thrprovalvalasnpropropheleuglnglnthr

1510

<210>383

<211>36

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:382的多肽的多核苷酸

<400>383

accccggtggtgaacccgccgtttctgcagcagacc36

<210>384

<211>10

<212>prt

<213>弯曲乳杆菌(lactobacilluscurvatus)

<220>

<221>variant

<222>10

<223>xaa=任意氨基酸

<400>384

valalapropheprogluglnpheleuxaa

1510

<210>385

<211>30

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:384的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>(28)...(30)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<400>385

gtggcgccgtttccggaacagtttctgnnn30

<210>386

<211>9

<212>prt

<213>弯曲乳杆菌(lactobacilluscurvatus)

<400>386

asnileproglnleuthrprothrpro

15

<210>387

<211>27

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:386的多肽的多核苷酸

<400>387

aacattccgcagctgaccccgaccccg27

<210>388

<211>18

<212>prt

<213>苏云金芽孢杆杀虫亚种(bacillusthuringiensissubsp.entomocidus)

<220>

<221>variant

<222>4,7,10

<223>xaa=任意氨基酸

<400>388

asptrpthrxaatrpserxaaleuvalxaaalaalacysservalglu

151015

leuleu

<210>389

<211>54

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:388的多肽的多核苷酸

<220>

<221>misc_feature

<222>(10)...(12)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(19)...(21)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<220>

<221>misc_feature

<222>(28)...(30)

<223>nnn=任意氨基酸编码三联体

<400>389

gattggaccnnntggagcnnnctggtgnnngcggcgtgcagcgtggaactgctg54

<210>390

<211>30

<212>prt

<213>弯曲乳杆菌(lactobacilluscurvatus)

<400>390

alatyrproglyasnglyvalhiscysglylystyrsercysthrval

151015

asplysglnthralaileglyasnileglyasnasnalaala

202530

<210>391

<211>90

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:390的多肽的多核苷酸

<400>391

gcgtatccgggcaacggcgtgcattgcggcaaatatagctgcaccgtggataaacagacc60

gcgattggcaacattggcaacaacgcggcg90

<210>392

<211>43

<212>prt

<213>广布肉杆菌(carnobacteriumdivergens)

<400>392

thrlystyrtyrglyasnglyvaltyrcysasnserlyslyscystrp

151015

valasptrpglythralaglnglycysileaspvalvalileglygln

202530

leuglyglyglyileproglylysglylyscys

3540

<210>393

<211>129

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:392的多肽的多核苷酸

<400>393

accaaatattatggcaacggcgtgtattgcaacagcaaaaaatgctgggtggattggggc60

accgcgcagggctgcattgatgtggtgattggccagctgggcggcggcattccgggcaaa120

ggcaaatgc129

<210>394

<211>62

<212>prt

<213>肠球菌(enterococcussp.)

<400>394

asnargtrptyrcysasnseralaalaglyglyvalglyglyalaala

151015

valcysglyleualaglytyrvalglyglualalysgluasnileala

202530

glygluvalarglysglytrpglymetalaglyglyphethrhisasn

354045

lysalacyslysserpheproglyserglytrpalasergly

505560

<210>395

<211>186

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:394的多肽的多核苷酸

<400>395

aaccgctggtattgcaacagcgcggcgggcggcgtgggcggcgcggcggtgtgcggcctg60

gcgggctatgtgggcgaagcgaaagaaaacattgcgggcgaagtgcgcaaaggctggggc120

atggcgggcggctttacccataacaaagcgtgcaaaagctttccgggcagcggctgggcg180

agcggc186

<210>396

<211>39

<212>prt

<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

<400>396

thrthrlysasntyrglyasnglyvalcysasnservalasntrpcys

151015

glncysglyasnvaltrpalasercysasnleualathrglycysala

202530

alatrpleucyslysleuala

35

<210>397

<211>117

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:396的多肽的多核苷酸

<400>397

accaccaaaaactatggcaacggcgtgtgcaacagcgtgaactggtgccagtgcggcaac60

gtgtgggcgagctgcaacctggcgaccggctgcgcggcgtggctgtgcaaactggcg117

<210>398

<211>30

<212>prt

<213>多粘类芽孢杆菌(paenibacilluspolymyxa)

<400>398

alaserileilelysthrthrilelysvalserlysalavalcyslys

151015

thrleuthrcysilecysthrglysercysserasncyslys

202530

<210>399

<211>90

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:398的多肽的多核苷酸

<400>399

gcgagcattattaaaaccaccattaaagtgagcaaagcggtgtgcaaaaccctgacctgc60

atttgcaccggcagctgcagcaactgcaaa90

<210>400

<211>31

<212>prt

<213>表皮葡萄球菌(staphylococcusepidermidis)

<400>400

seralaserilevallysthrthrilelysalaserlyslysleucys

151015

argglyphethrleuthrcysglycyshisphethrglylyslys

202530

<210>401

<211>93

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:400的多肽的多核苷酸

<400>401

agcgcgagcattgtgaaaaccaccattaaagcgagcaaaaaactgtgccgcggctttacc60

ctgacctgcggctgccattttaccggcaaaaaa93

<210>402

<211>43

<212>prt

<213>屎肠球菌(enterococcusfaecium)

<400>402

lystyrtyrglyasnglyvalsercysasnlyslysglycysserval

151015

asptrpglylysalaileglyileileglyasnasnalaalaalaasn

202530

leuthrthrglyglylysalaalatrpalacys

3540

<210>403

<211>129

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:402的多肽的多核苷酸

<400>403

aaatattatggcaacggcgtgagctgcaacaaaaaaggctgcagcgtggattggggcaaa60

gcgattggcattattggcaacaacgcggcggcgaacctgaccaccggcggcaaagcggcg120

tgggcgtgc129

<210>404

<211>39

<212>prt

<213>多粘类芽孢杆菌(paenibacilluspolymyxa)

<400>404

alathrtyrtyrglyasnglyleutyrcysasnlysglnlyshistyr

151015

thrtrpvalasptrpasnlysalaserarggluileglylysilethr

202530

valasnglytrpvalglnhis

35

<210>405

<211>117

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:404的多肽的多核苷酸

<400>405

gcgacctattatggcaacggcctgtattgcaacaaacagaaacattatacctgggtggat60

tggaacaaagcgagccgcgaaattggcaaaattaccgtgaacggctgggtgcagcat117

<210>406

<211>35

<212>prt

<213>环状芽孢杆菌(bacilluscirculans)

<400>406

valasntyrglyasnglyvalsercysserlysthrlyscysserval

151015

asntrpglyileilethrhisglnalapheargvalthrserglyval

202530

alasergly

35

<210>407

<211>105

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:406的多肽的多核苷酸

<400>407

gtgaactatggcaacggcgtgagctgcagcaaaaccaaatgcagcgtgaactggggcatt60

attacccatcaggcgtttcgcgtgaccagcggcgtggcgagcggc105

<210>408

<211>30

<212>prt

<213>多粘类芽孢杆菌(paenibacilluspolymyxa)

<400>408

phevaltyrglyasnglyvalthrserileleuvalglnalaglnphe

151015

leuvalasnglyglnargargphephetyrthrproasplys

202530

<210>409

<211>90

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:408的多肽的多核苷酸

<400>409

tttgtgtatggcaacggcgtgaccagcattctggtgcaggcgcagtttctggtgaacggc60

cagcgccgctttttttataccccggataaa90

<210>410

<211>13

<212>prt

<213>鼠李糖乳杆菌(lactobacillusrhamnosus)

<400>410

alavalproalavalarglysthrasngluthrleuasp

1510

<210>411

<211>39

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:410的多肽的多核苷酸

<400>411

gcggtgccggcggtgcgcaaaaccaacgaaaccctggat39

<210>412

<211>69

<212>prt

<213>地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)

<400>412

metlysasnseralaalaargglualaphelysglyalaasnhispro

151015

alaglymetvalsergluglugluleulysalaleuvalglyglyasn

202530

aspvalasnprogluthrthrproalathrthrsersertrpthrcys

354045

ilethralaglyvalthrvalseralaserleucysprothrthrlys

505560

cysthrserargcys

65

<210>413

<211>207

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:412的多肽的多核苷酸

<400>413

atgaaaaacagcgcggcgcgcgaagcgtttaaaggcgcgaaccatccggcgggcatggtg60

agcgaagaagaactgaaagcgctggtgggcggcaacgatgtgaacccggaaaccaccccg120

gcgaccaccagcagctggacctgcattaccgcgggcgtgaccgtgagcgcgagcctgtgc180

ccgaccaccaaatgcaccagccgctgc207

<210>414

<211>36

<212>prt

<213>植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)

<400>414

lystyrtyrglyasnglyleusercysserlyslysglycysthrval

151015

asntrpglyglnalaphesercysglyvalasnargvalalathrala

202530

glyhisglylys

35

<210>415

<211>108

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:414的多肽的多核苷酸

<400>415

aaatattatggcaacggcctgagctgcagcaaaaaaggctgcaccgtgaactggggccag60

gcgtttagctgcggcgtgaaccgcgtggcgaccgcgggccatggcaaa108

<210>416

<211>24

<212>prt

<213>嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)

<400>416

glyasnprolysvalalahiscysalaserglnileglyargserthr

151015

alatrpglyalavalserglyala

20

<210>417

<211>72

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:416的多肽的多核苷酸

<400>417

ggcaacccgaaagtggcgcattgcgcgagccagattggccgcagcaccgcgtggggcgcg60

gtgagcggcgcg72

<210>418

<211>40

<212>prt

<213>粪肠球菌(enterococcusfaecalis)

<400>418

trpleuproproalaglyleuleuglyargcysglyargtrpphearg

151015

protrpleuleutrpleuglnserglyalaglntyrlystrpleugly

202530

asnleupheglyleuglyprolys

3540

<210>419

<211>120

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<220>

<223>编码seqidno:418的多肽的多核苷酸

<400>419

tggctgccgccggcgggcctgctgggccgctgcggccgctggtttcgcccgtggctgctg60

tggctgcagagcggcgcgcagtataaatggctgggcaacctgtttggcctgggcccgaaa120

<210>420

<211>40

<212>prt

<213>多变鱼腥藻(anabaenavariabilis)

<400>420

asnleuaspglntrpleuthrgluglnvalhisglupheglnaspmet

151015

tyrleugluproglnalaileserasnglnaspilethrphelysleu

202530

seraspleuasppheilehisasn

3540

<210>421

<211>124

<212>dna

<213>多变鱼腥藻(anabaenavariabilis)

<400>421

taatttagatcagtggttaacagaacaagttcatgagtttcaagatatgtacttggaacc60

acaagcaatatccaatcaagacattaccttcaaactatctgacctagattttattcataa120

ttga124

<210>422

<211>40

<212>prt

<213>念珠藻(nostocsp)

<400>422

asnleuaspglntrpleuthrgluglnvalhisglupheglnaspmet

151015

tyrleugluproglnalaileserasnglnaspilethrphelysleu

202530

seraspleuasppheilehisasn

3540

<210>423

<211>123

<212>dna

<213>念珠藻(nostocsp)

<400>423

aatttagatcaatggttaacagaacaagttcatgagtttcaagatatgtacttggaacca60

caagcaatatccaatcaagacattaccttcaaactgtcagacctagattttattcataat120

tga123

<210>424

<211>7

<212>prt

<213>红萍念珠藻(nostocazollae)

<400>424

hisargglulyslysserala

15

<210>425

<211>24

<212>dna

<213>红萍念珠藻(nostocazollae)

<400>425

cacagagagaaaaaatcagcatag24

<210>426

<211>23

<212>prt

<213>acaryochlorismarina

<400>426

thrserasnasntrpleualalysasntyrleusermettrpasnlys

151015

lysserserasnproasnleu

20

<210>427

<211>72

<212>dna

<213>acaryochlorismarina

<400>427

acaagcaataactggctagccaaaaactatctttctatgtggaataaaaagagcagtaat60

ccaaacctttag72

<210>428

<211>6

<212>prt

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>428

pheargtyrphetrptrp

15

<210>429

<211>21

<212>dna

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>429

tttagatatttttggtggtaa21

<210>430

<211>6

<212>prt

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>430

pheargtyrphetrptrp

15

<210>431

<211>21

<212>dna

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>431

tttagatatttttggtggtaa21

<210>432

<211>9

<212>prt

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>432

cysglyglulystrpargilepheser

15

<210>433

<211>27

<212>dna

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>433

tgtggagaaaaatggagaatttttagc27

<210>434

<211>8

<212>prt

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>434

pheargleuglnleutrpglnphe

15

<210>435

<211>24

<212>dna

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>435

tttcgcttacaactgtggcaattt24

<210>436

<211>16

<212>prt

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>436

leuglycysasnglnserseriletrpserilephephetrpasnhis

151015

<210>437

<211>51

<212>dna

<213>蓝丝菌(cyanothece)

<400>437

ctaggatgtaaccagagcagtatctggtcaatttttttctggaatcattaa51

<210>438

<211>40

<212>prt

<213>原型微鞘藻(microcoleuschthonoplastes)

<400>438

tyrasnleuglnglyleuproalaileglusergluaspcysilepro

151015

aspservalalaproseraspasptrppheserglyvalserserleu

202530

pheasnargleuthrglyleugly

3540

<210>439

<211>123

<212>dna

<213>原型微鞘藻(microcoleuschthonoplastes)

<400>439

tataacctacaggggttgccagcaattgagtcagaagactgtatcccagattctgtagcg60

ccttcggatgattggttttcaggcgtatcgtctctgtttaaccgcttgactgggttgggt120

tag123

<210>440

<211>37

<212>prt

<213>念珠藻(nostocsp)

<400>440

trpmetalaileargargileleuargcyshisprophehisprogly

151015

glytyraspprovalprogluleuglygluhiscyscyshishisasp

202530

serglyasnlysgly

35

<210>441

<211>114

<212>dna

<213>念珠藻(nostocsp)

<400>441

tggatggcgattcgccgcattttgcgttgtcatccattccacccagggggttatgatcct60

gtaccagagttgggtgagcattgttgtcatcatgatagcgggaataaggggtga114

<210>442

<211>35

<212>prt

<213>多变鱼腥藻(anabaenavariabilis)

<400>442

trpmetglyileargargileleuargcyshisprophehisprogly

151015

glytyraspprovalprogluvalglygluhiscyscyshishisasp

202530

serglylys

35

<210>443

<211>108

<212>dna

<213>多变鱼腥藻(anabaenavariabilis)

<400>443

tggatggggattcgccgcattttgcgttgtcatccattccacccaggcggttatgatcct60

gtaccagaggtgggtgagcattgttgtcatcatgatagcgggaagtag108

<210>444

<211>48

<212>prt

<213>泡沫节球藻(nodulariaspumigena)

<400>444

trpmetalathrargargileleuargcyshisprophehisprogly

151015

glytyraspprovalprogluvallyshisasncyscysaspglnhis

202530

leuseraspserglylysglnthrthrgluasphishislysglyser

354045

<210>445

<211>147

<212>dna

<213>泡沫节球藻(nodulariaspumigena)

<400>445

tggatggcgactcggcggattttgcgttgtcatcccttccatcctggtggatatgatcca60

gttccagaggtaaaacacaattgctgcgatcagcatctgtccgattctgggaaacagacc120

acagaagaccatcacaaaggctcgtag147

<210>446

<211>34

<212>prt

<213>红萍念珠藻(nostocazollae)

<400>446

trpmetalathrleuargileleuargcyshisprophehisprogly

151015

glytyraspprovalproglyleualaglulyssercyscysasphis

202530

hisasp

<210>447

<211>105

<212>dna

<213>红萍念珠藻(nostocazollae)

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<213>聚球藻(synechococcus)

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<213>聚球藻(synechococcus)

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<213>原绿球藻(prochlorococcusmarinus)

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<213>原绿球藻(prochlorococcusmarinus)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>弗氏柠檬酸杆菌(citrobacterfreundii)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>冷明串珠菌(leuconostocgelidum)

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<213>乳酸乳球菌乳脂亚种(lactococcuslactissubsp.cremoris)

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<213>乳酸乳球菌乳脂亚种(lactococcuslactissubsp.cremoris)

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<213>乳酸片球菌(pediococcusacidilactici)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>麦芽香肉杆菌(carnobacteriummaltaromaticum)

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<213>乳酸乳球菌乳酸亚种(lactococcuslactissubsp.lactis)

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<213>豌豆根瘤菌三叶草生物型(rhizobiumleguminosarumbv.trifolii)

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<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

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<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>海氏肠球菌(enterococcushirae)

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<213>肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>大肠杆菌(escherichiacoli)

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<213>沙克乳酸杆菌(lactobacillussakei)

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<213>枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)

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