一种基于SSR分子标记构建甘薯核心种质资源库的方法与流程

文档序号:11145795阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种基于SSR分子标记构建甘薯核心种质资源库的方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)采用备份保存方式进行甘薯种质资源的繁育和保存;

(2)采用植物基因组试剂盒进行甘薯种质资源DNA的提取,和琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量,并利用微量核酸蛋白检测仪检测DNA浓度;

(3)甘薯SSR引物的合成及多态性引物的筛选,得到14对多态性好的甘薯SSR引物;

(4)甘薯每份种质资源的PCR扩增及带型记录;

(5)依据SSR标记的带型数据,采用两种取样方法和三种遗传距离构建核心种质;

(6)采用多态性位点数(NPL)、多态性位点百分率(PPB)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和香农信息指数(I)来评价原种质、核心种质和保留种质的遗传多样性,分别对核心种质与原种质及保留种质的各指标进行t检验,来评价核心种质的代表性;

(7)利用表型数据采用主坐标分析法以及均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD)、极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)对构建的甘薯核心种质进行进一步的验证。

2.根据权利要求1所述的基于SSR分子标记构建甘薯核心种质资源库的方法,其特征在于,步骤(3)中所述的14对多态性好的甘薯SSR引物分别为引物对CB283-F和CB283-R、引物对CB223-F和CB223-R、引物对CB200-F和CB200-R、引物对CB144-F和CB144-R、引物对CB141-F和CB141-R、引物对CB940-F和CB940-R、引物对IB3-F和IB3-R、引物对IB8-F和IB8-R、引物对IB10-F和IB10-R、引物对IB12-F和IB12-R、引物对IB13-F和IB13-R、引物对IB16-F和IB16-R、引物对IB19-F和IB19-R、引物对IB21-F和IB21-R,其分别具有如SEQ ID No.1至SEQ ID No.28所示的序列。

3.根据权利要求1所述的基于SSR分子标记构建甘薯核心种质资源库的方法,其特征在于,步骤(4)中PCR扩增的反应体系为10uL,其中:2×Es Taq MasterMix(Dye)为5uL,引物5‘10uM和引物3‘10uM分别为0.4uL,模板DNA 100ng/uL为0.2uL,ddH2O补足至10uL。

4.根据权利要求3所述的基于SSR分子标记构建甘薯核心种质资源库的方法,其特征在于,所述的2×Es Taq MasterMix(Dye)的终浓度为1×,所述的引物5‘10uM和引物3‘10uM的终浓度均为0.4uM,所述的模板DNA100ng/uL是终浓度为20ng。

5.根据权利要求1所述的基于SSR分子标记构建甘薯核心种质资源库的方法,其特征在于,步骤(4)中PCR扩增的反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性45s,45-62℃退火30s,72℃延伸45s,35个循环;72℃终延伸10min。

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