用于预测乳腺癌的生物标记物组合、试剂盒及使用方法与流程

文档序号:11145896阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种用于预测乳腺癌的生物标记物组合,其特征在于,所述组合为甲基化引物组合,所述甲基化引物组合包括:

根据端粒基因RAD50设计的序列为TTATATGTTATGTGATTATTGGAAATTAT的正向引物和序列为TTCCCAAAACTTAATCCTAAAACTC的反向引物;

根据端粒基因RTEL设计的序列为GGGTTGGGTGTTAGTGAGTGT的正向引物和序列为CAACTCCCATACCCCAAAAA的反向引物;

根据端粒基因TERC设计的序列为AAAATTTGTAGAGTAGGAATTAAGTTG的正向引物和序列为CCCCAAACCTAACTAACTAAAC的反向引物;

和/或,根据端粒基因TRF1设计的序列为TAGTAGAATAGGAATTTTGGGAGT的正向引物和序列为AATACAACCTTAACTAAAAC的反向引物。

2.一种用于预测乳腺癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求1所述的甲基化引物组合。

3.一种用于检测DNA样品中DNA片段的目标基因位置的甲基化率的方法,其特征在于,所述方法包括:

DNA样本经亚硫酸盐处理后采用如权利要求1所示的甲基化引物组合分别靶向PCR扩增,得到包含测序Tag序列的靶向PCR扩增产物;

向所述包含测序Tag序列的靶向PCR扩增产物中插入上游通用测序引物和下游带条形码的测序引物,以区别不同样本的靶向PCR扩增产物;其中,相同样本的所述靶向PCR扩增产物插入所述上游通用测序引物和条形码相同的所述下游带条形码的测序引物,不同样本的所述靶向PCR扩增产物插入所述上游通用测序引物和条形码不同的所述下游带条形码的测序引物;

所述反应体系分别PCR扩增,得到不同样本的PCR扩增产物;

将不同样本的所述PCR扩增产物等比例混合构成扩增子文库;

所述扩增子文库经纯化、定量和质控后得到甲基化测序文库;

对所述甲基化测序文库双端测序、样本拆分和甲基化信息分析,得到各样本DNA中目的基因各CpG位点的甲基化状态和甲基化率。

4.根据权利要求3所述的用于检测DNA样品中DNA片段的目标基因位置的甲基化率的方法,其特征在于,所述靶向PCR扩增的扩增条件为:95℃保持10分钟,95℃变性保持15秒,58℃退火保持30秒,72℃延伸保持60秒,共40个循环;

所述PCR扩增的扩增条件为:95℃保持10分钟,95℃变性保持15秒,60℃退火保持30秒,72℃延伸保持60秒,共15个循环,循环结束后在72℃下延伸反应3分钟。

5.一种用于预测乳腺癌的生物标记物组合,其特征在于,所述组合为qPCR引物组合,所述qPCR引物组合包括:

根据端粒基因RAD50设计的序列为TGGATATGCGAGGACGATG的正向引物和序列为TGTTGGCTCATCCAAGGCA的反向引物;

根据端粒基因RTEL设计的序列为CATCGATGCTGTTGAGCTGC的正向引物和序列为GGATGATCTGGTCCAGCGAG的反向引物;

根据端粒基因TERC设计的序列为CATGTGTGAGCCGAGTCCTG的正向引物和序列为GAAGAGGAACGGAGCGAGTC的反向引物;

根据端粒基因TRF1设计的序列为GTCTGCGGTAACTGAATCCTCA的正向引物和序列为TTGTTGCTGGGTTCCATGTT的反向引物;

和/或,根据参考基因GAPDH设计的序列为CCTCTCCCCAGCCAAAGAAG的正向引物和序列为TGACCCTTTTTGGACTTCAG的反向引物。

6.一种用于预测乳腺癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求5所述的qPCR引物组合。

7.一种用于预测乳腺癌的生物标记物组合,其特征在于,所述组合包括:如权利要求1所述的甲基化引物组合和如权利要求5所述的qPCR引物组合。

8.一种用于预测乳腺癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求7所述的生物标记物组合。

9.一种用于检测核酸样品中目标基因位置的目标基因甲基化率和目标基因表达量的方法,其特征在于,采用如权利要求8所示的生物标记物组合,其中,所述甲基化引物组合用于检测目的基因的甲基化率,所述qPCR引物组合用于检测目的基因的表达量。

10.权利要求1、5或7所述的生物标记物组合在制备预测乳腺癌试剂、乳腺癌复发检测试剂或乳腺癌治疗用药评估试剂中的应用。

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