COIL基因特异SNP标记、和田乔达红羊产羔数性状的检测方法及其应用与流程

本发明涉及分子育种
技术领域：
，尤其涉及一种coil基因特异snp标记、和田乔达红羊产羔数性状的检测方法及其应用。
背景技术：
：绵羊作为人类驯化豢养最早的家畜之一，为人类提供了丰富的畜产品，在畜牧业中占有十分重要的地位。新疆复杂的地形地貌、广袤的地理面积以及多样的生态环境，使其成为我国家养绵羊品种资源最为丰富的地区之一。经过新疆当地人民长期选育而形成的主要代表性品种，其中和田乔达红羊也是重要的肉羊品种，其主要分布于新疆和田地区皮山县，其抗逆性强、抗病力也强，极耐粗饲养殖，炎热环境下耐受力强，对干旱的耐受力也强，以编制优质地毯毛而著称。和田乔达红羊多为群养、自然繁殖，大多数情况下产单胎，但本群体位于皮山县，饲养环境炎热恶劣，但群体繁殖力高，乳房和乳头发育发达，其产羔数平均可达到3-4羔，且羔羊成活率高，是组织羔羊肉生产的理想群体，极具有研究价值。和田乔达红羊作为新疆代表性优良品种，具有其独特性，应做好本地品种资源的有效保护，此外，其优良产肉特性没有得到合理的开发利用，极大地不利于当地经济和新疆肉羊产业的发展。因此，运用先进生物技术，结合现代育种技术和传统育种方法，发展新疆优势畜牧业，提高绵羊选育程度，培育高产肉羊专门化品种，提高羊肉畜产品质量，以加速新疆绵羊产业的发展进程。在我国肉羊业快速发展的过程中，其核心问题是提高肉羊的质量、增加商品的出栏数量，二者的核心是肉羊的繁育技术的优化与运用。肉羊的繁育技术的核心是如何发挥肉羊的繁殖性状的表现潜力。繁殖性能是绵羊的重要经济性状之一，其中产羔数是影响生产效益的一个重要因素，其受到基因控制，且为加性-显性基因作用模式。目前基因组学成为研究家畜性状的方法之一，利用基因组学技术对影响目标性状的基因进行预测，通过分子标记技术寻找影响目标性状的具体突变位点，对提高牧民经济收入，全面提高绵羊的产羔水平都具有现实的意义。国内外对于绵羊产羔数的snp标记研究较少，多集中在bmp15、bmpr-ib、gdf9的功能基因方面的研究；其中对于影响和田乔达红绵羊产羔数snp标记的研究未见报道。技术实现要素：有鉴于此，本发明实施例提供了一种coil基因特异snp标记、和田乔达红羊产羔数性状的检测方法及其应用。为达到上述目的，本发明主要提供了如下技术方案：一方面，本发明实施例提供了一种coil基因特异snp标记，所述snp标记来源于绵羊coil基因，所述snp标记位于绵羊第11号染色体上第7321466位，原始碱基为c，变异碱基为g；所述snp标记所在的核苷酸序列为seqidno.1。作为优选，所述snp位点的cc基因型个体的产羔数显著高于gg基因型个体的产羔数。另一方面，本发明实施例提供了一种用于检测上述snp标记的引物，所述引物的核苷酸序列为seqidno.2-4。再一方面，本发明实施例提供了一种用于检测上述snp标记的试剂盒，所述试剂盒中包含上述引物。又一方面，本发明实施例提供了上述snp标记、上述引物或上述试剂盒在和田绵羊选育中的应用。又一方面，本发明实施例提供了一种检测和田绵羊产羔数性状的方法，所述方法包括：通过对待测绵羊基因中的上述snp标记进行检测来确定所述绵羊的产羔数性状。作为优选，所述方法包括以下步骤：提取待测绵羊的基因组dna；以所述dna为扩增模板，以权利要求3所述的引物为扩增引物，进行竞争性等位基因特异性pcr分型，获得pcr分型结果为cc型、cg型和gg型，根据分型结果确定snp标记的所有基因型，根据所述基因型来判断所述待测绵羊的产羔数性状。作为优选，所述snp的基因型中，cc基因型个体的产羔数显著高于gg基因型个体的产羔数。作为优选，所述pcr的反应条件：95℃预变性10min，95℃变性20s、循环10次，61-55℃延伸1min，95℃变性20s、循环26次，55℃延伸1min；所述pcr的反应体系：所述上游引物1的核苷酸序列为seqidno.2；所述上游引物2的核苷酸序列为seqidno.3；所述下游引物1的核苷酸序列为seqidno.4。又一方面，本发明实施例提供了一种和田绵羊产羔数性状相关snp标记在绵羊选育中的应用，选择所述snp标记中基因型为cc的个体，选育出产羔数多的和田羊品种。与现有技术相比，本发明的有益效果是：本发明利用选择信号检测方法及kasp技术的方法，即利用简化基因组的方法筛选出与绵羊产羔数性状相关的基因，通过kasp分型方法对coil基因的g.7321466位点进行分型，确定此位点在和田乔达红羊群体中出现突变；确定突变的碱基位置，利用生物学统计软件spss19.0，对不同基因型间和田乔达红羊的产羔数进行显著性检验，经显著性检验分析判断该snp位点是否显著影响了和田乔达红羊的产羔数，最终确定和筛选出影响和田乔达红羊产羔数的snp标记。本发明方法中确定的基因型为cc、cg、gg，选择cc和cg基因型个体，淘汰gg基因型个体，选育提高和田乔达红羊产羔数，选育多胎羊品种，为新疆畜牧业的可持续发展提供了科学依据。附图说明图1是本发明实施例方法中采用一般线性模型的全基因组关联分析的曼哈顿图；图2是本发明实施例方法中采用混合线性模型的全基因组关联分析的曼哈顿图；图3是本发明实施例方法中两种模型的qq-plot检测图；图4是本发明实施例方法中和田乔达红羊dna检测凝胶电泳图；图5是本发明实施例方法中coilin基因(chr11:g.7321466位点c>g)的分型结构图。具体实施方式为更进一步阐述本发明为达成预定发明目的所采取的技术手段及功效,以下以较佳实施例，对依据本发明申请的具体实施方式、技术方案、特征及其功效，详细说明如后。下述说明中的多个实施例中的特定特征、结构、或特点可由任何合适形式组合。本发明实施例中涉及的专业术语解释如下：本发明snp标记来源于绵羊coilin(coil)基因，其是caja体的特征性蛋白质，cajal体是一种保守的核细胞器，参与小核糖核蛋白(rnp核糖核蛋白复合体)生物发生的多个方面；coilin是cajal体形成和募集剪接小核核糖蛋白(snrnps)，修饰指导rna和运动神经元(smn)蛋白质复合物所必需的，而当coilin被删除时，残留的cajal体失去与smn复合体的接触；因为smn被认为是snrnps装配和体内循环的必要条件，smn和核内的coilin之间缺乏相互作用可能导致rnp组装的能力下降，这可能会对发育和配子发生产生下游影响，从而影响产仔数。kasp：其是竞争性等位基因特异性pcr的缩写，可在广泛的基因组dna样品中对snps和特定位点上的lndels进行精准的双等位基因判断，从而进行基因分型；这项技术是基于引物末端碱基的特异性匹配来对snp分型以及检测lndels；使用中需要准备两条末端碱基不同的等位基因正向引物和一条反向引物构成的primermix，两条正向引物5’端分别连有不同序列的检测引物序。kasp高通量基因分型技术拥有更高的通量、更快的速度、更低的成本及更准确的结果。slaf-seq测序技术：即特异性位点扩增片段测序，其是一套简化基因组测序技术，slaf技术一起有效reads长、通量高、方案设计灵活等特点代表了简化基因组测序上的一次革命，带来了2x100bp的有效基因组读长，提供前所未有的酶切方案定制服务，并一次开发高达1万个标签，获取全基因组范围内最完整的变异图像(snps、lndels)，让研究者可以选择最具有信息量和可靠的多态性标记，以实现重要农艺性状功能基因定位的卓越能力。实施例1试剂及仪器设备：磁力架(lifetechnologiesdynamagtm-2)；离心机(eppendorfcentrifuge5424)；douglasscientificnexar；douglasscientificsoellex；douglasscientificarray；均由百迈客生物有限公司提供；mix：kasp2×mastermixkbs-1016-0111536formulationv4.0(lgc公司提供)。具体实验步骤如下：(1)绵羊繁殖性状的筛选基于绵羊参考基因组，利用slaf-seq测序技术，经过plink1.9软件质控后，利用一般线性模型和混合线性模型的方法进行全基因组关联分析，如图1-图2所示，在两种方法中均选择top1％的snp位点，如图3中，两种方法均筛选出差异snp位点；通过对选择的位点进行基因注释，筛选出coil基因可能是影响产羔性状的基因。(2)绵羊基因组dna的提取利用装有枸橼酸钠抗凝剂的采血管，活体采集和田乔达红羊颈静脉血5ml，-20℃保存；利用试剂盒提取基因组dna，-20℃保存待用，基因组dna检测结果见图4所示的凝胶电泳图。(3)引物设计与合成根据绵羊的coil基因(genbankid:101123134)，参照所述snp标记所在的核苷酸序列为seqidno.1利用prime3软件设计引物，在上海生物工程技术有限责任公司合成引物；引物序列如下：所述snp标记所在的核苷酸序列为seqidno.1：gccatcactggttgattcgtggtaagactcagactccgaggaggaatcg[c/g]gactgtcttttgtacggacgaccatgccacctttcctgttggctttcacaseqidno.1序列中的上述([c/g])为突变碱基。coil基因：seqidno.2上游引物1：5’-gaaggtcggagtcaacggattgactccgaggaggaatcgc-3’seqidno.3上游引物2:5’-gaaggtgaccaagttcatgctgactccgaggaggaatcgg-3’seqidno.4下游引物1:5’-gtggcatggtcgtccgtac-3’pcr扩增见表1和表2所示。表1.pcr扩增反应体系反应物体积2×mastermix2.5引物0.07dna30-50ug水补足5ul表2.pcr扩增反应程序(4)kasp分型：基于引物末端碱基的特异匹配来对snp分型，利用英国lgc公司的douglas平台，对snps进行双等位基因判断，从而进行基因分型；发现coil基因的chr11:g.7321466位点在和田乔达红羊群体中突变为3种基因型；见图5。(5)关联分析及应用：利用软件spss19.0，对检测到的coil基因snp位点产生3种基因型：cc、cg、gg与和田乔达红羊的产羔数进行差异显著性检验，结果如表3所示。表3.pcr扩增反应程序注：mean±sd表示平均值±标准差；同行数据，肩标为不同小写字母时，表示差异显著(p<0.05)。从表3中可以看出，coil基因的snp位点与和田乔达红羊产羔数密切相关，cc基因型产羔数比gg型多，两者之间差异显著(p＜0.05)。在实际生产应用中，可通过选择基因型为cc、cg的个体，淘汰基因型为gg的个体，提高和田乔达红羊的产羔数，加快新疆专门化多羔羊品种的培育。本发明通过实施例1的方法确定了上述snp分子标记来源于绵羊coil基因，具体位置为chr11:g.7321466位点c>g(碱基c突变为碱基g)，其中，基因型cc的个体产羔数显著高于基因型gg的个体产羔数；本发明通过发现上述snp分子标记可用来鉴定和筛选产羔数相对较多的羊品种。本发明将上述snp标记用于鉴定产羔数性状，同时也开发出可用于检测上述snp标记的引物，两条正向引物(seqidno.2-3)和一条反向引物(seqidno.4)：上游引物1：5’-gaaggtcggagtcaacggattgactccgaggaggaatcgc-3’；上游引物2:5’-gaaggtgaccaagttcatgctgactccgaggaggaatcgg-3’；下游引物1:5’-gtggcatggtcgtccgtac-3’。本发明可根据上述snp标记制备一种用于检测产羔数性状的试剂盒。本发明的上述snp标记、引物、试剂盒均可应用于检测产羔数性状或和田绵羊育种领域。本发明可采用上述snp标记、引物或试剂盒来检测和田绵羊的产羔性状，从中筛选出基因型cc个体作为多产品种，进而应用于和田羊育种中。本发明实施例中未尽之处，本领域技术人员均可从现有技术中选用。以上公开的仅为本发明的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本
技术领域：
的技术人员在本发明揭露的技术范围内，可轻易想到变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应以上述权利要求的保护范围为准。序列表<110>新疆农业大学<120>coil基因特异snp标记、和田乔达红羊产羔数性状的检测方法及其应用<160>4<170>siposequencelisting1.0<210>1<211>101<212>dna<213>人工序列(artificialsequence)<400>1gccatcactggttgattcgtggtaagactcagactccgaggaggaatcgcggactgtctt60ttgtacggacgaccatgccacctttcctgttggctttcaca101<210>2<211>40<212>dna<213>人工序列(artificialsequence)<400>2gaaggtcggagtcaacggattgactccgaggaggaatcgc40<210>3<211>40<212>dna<213>人工序列(artificialsequence)<400>3gaaggtgaccaagttcatgctgactccgaggaggaatcgg40<210>4<211>19<212>dna<213>人工序列(artificialsequence)<400>4gtggcatggtcgtccgtac19当前第1页12