检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒与流程

文档序号:20163316发布日期:2020-03-24 21:14阅读:来源:国知局

技术特征:

1.检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel,包括若干用于捕获靶向dna的靶向dna探针和用于捕获基因融合的融合dna探针;

所述靶向dna是指人类基因组上基因的外显子区域,所述基因融合是指人类基因对融合产生的dna片段。

2.根据权利要求1所述的基因panel,其特征在于,所述靶向dna探针是覆盖所对应基因全部外显子区域的全部探针组合,优选地,所述基因panel上包含15,027个用于捕获靶向dna的靶向dna探针,所述靶向dna包括人类基因组上下述357个基因的外显子区域中的一个或多个:

abl2,araf,axl,b2m,bard1,bcl6,bcor,blm,brip1,cic,ecsit,etv6,fanca,fanci,fancm,fubp1,gata2,ifngr1,ifngr2,ikbke,jak1,jak3,mdm2,mlh1,msh2,msh3,msh6,mycn,nbn,notch3,palb2,pik3c2g,pik3cb,plcg2,pms1,pms2,pole,pole2,ptch1,rad50,rnf43,ros1,stat3,stat5b,tp53bp1,tsc1,abl1,akt2,akt3,alk,bcl2,bcl2l11,birc3,btk,calr,cbl,ccnd2,ccnd3,ccne1,cd274,cdk4,cdk6,chek1,cxcr4,ddr2,epcam,erbb2,erbb3,esr1,fancc,fancd2,fance,fancf,fancg,fancl,fgf19,fgf3,fgf4,fgfr1,fgfr4,foxl2,gna11,gnaq,gnas,h3f3a,hoxb13,hras,ikzf1,irf1,jak2,kdr,map2k1,map2k2,mapk1,mdm4,men1,met,mpl,mre11,mutyh,myc,myd88,nf2,notch2,notch4,nrg1,ntrk1,ntrk2,ntrk3,pak1,pdcd1lg2,pdgfrb,pias4,pold1,rad51,rad51b,rad51c,rad51d,rad54l,raf1,rel,ret,rpa1,smarca4,smarcb1,smo,socs1,srsf2,tap1,tap2,tert,tsc2,yap1,zrsr2,apc,arid1a,asxl1,atm,atr,atrx,axin2,braf,brca1,brca2,cdh1,dnmt3a,erbb4,fbxw7,fgfr3,idh1,idh2,nf1,nfe2l2,pbrm1,pten,rb1,setbp1,setd2,smad4,tet2,tp53,akt1,ar,bap1,ccnd1,cdk12,cdkn2a,cebpa,chek2,ctnnb1,egfr,ezh2,fgfr2,flt3,keap1,kit,kras,mtor,notch1,npm1,nras,pdgfra,pik3ca,ptpn11,runx1,sf3b1,stag2,stk11,tgfbr2,u2af1,vhl,wt1,acvr2a,acvr1b,ajuba,arhgap35,arid5b,b4galt3,cbfb,cdkn1a,cdkn1b,cdkn2c,cripak,ctcf,egr3,eif4a2,elf3,ep300,epha3,ephb6,eppk1,ercc2,foxa1,foxa2,gata3,h3f3c,hgf,hist1h1c,hist1h2bd,kdm5c,kdm6a,kmt2b,kmt2c,kmt2d,lifr,lrrk2,malat1,map2k4,map3k1,mapk8ip1,mecom,mir142,nav3,ncor1,nfe2l3,nsd1,pcbp1,phf6,pik3cg,pik3r1,polq,ppp2r1a,prx,rad21,rpl22,rpl5,sin3a,smad2,smc1a,smc3,sox17,sox9,spop,taf1,tbl1xr1,tbx3,tlr4,tshz2,tshz3,usp9x,vezf1,abcb1,abraxas1,bmpr1a,cftr,fh,galnt12,gen1,grem1,hist1h3b,hist1h3c,nthl1,palld,prss1,rhbdf2,rps20,sdha,sdhb,sdhc,sdhd,spink1,vsig10l,alpk2,ano10,asah2,atp11b,bcorl1,c10orf88,c11orf80,casp5,casp8,ccdc168,ccdc43,cds1,cep290,chd4,csf3r,diaph3,dnaja2,dock8,esrp1,fam8a1,fscb,gli1,grb14,hcst,hnrnpcl2,igf2r,irs4,kcnma1,kiaa1279,kin,larp4b,lrriq3,mchr2,mettl17,myo3a,myof,ndufc2,or6c68,pigb,ppt1,pramef4,prdm10,prdm2,psmd9,psme4,recql,rnf128,sec31a,senp1,serpinb10,slamf1,slc16a4,slc35f5,slc3a2,smc6,spag9,srpr,sycp2,taf3,tceb3,tcf7l2,tdrd1,tead2,tmem22,tmem57,ttk,usp26,vps33a,wdr60,zfp37,zfp82,zfr,znf223,znf609,zswim8。

3.根据权利要求1或2所述的基因panel,其特征在于,所述融合dna探针是覆盖基因融合区域的全部探针组合,优选地,所述基因panel上包含511个用于捕获基因融合的探针,所述基因融合包括下述人类基因对融合产生的58个dna片段中的一个或多个:atic-alk,bcl2l11-bcl2l11,bcr-abl1,c2orf44-alk,cars-alk,ccdc6-ret,cd74-nrg1,cd74-ros1,clip1-ros1,cltc-alk,dctn1-alk,eml4-alk,erc1-ret,erc1-ros1,etv6-ntrk3,ezr-ros1,fgfr1-tacc1,fgfr1-znf703,fgfr3-baiap2l1,fgfr3-tacc3,fn1-alk,golga5-ret,gopc-ros1,hip1-alk,hla-a-ros1,hook3-ret,kiaa1598-ros1,kif5b-alk,kif5b-ret,klc1-alk,lmna-ntrk1,lrig3-ros1,msn-alk,myo5a-ros1,nacc2-ntrk2,npm1-alk,ntrk3-etv6,pcm1-ret,ppfibp1-alk,ppfibp1-ros1,prkar1a-ret,pwwp2a-ros1,qki-ntrk2,ranbp2-alk,sdc4-ros1,sec31a-alk,slc34a2-ros1,sqstm1-alk,strn-alk,tp53-ntrk1,tpm3-alk,tpm3-ntrk1,tpm3-ros1,tpm4-alk,trim24-ret,trim27-ret,trim33-ret,vcl-alk。

4.根据权利要求1-3任一所述的基因panel,其特征在于,所述靶向dna探针和融合dna探针均为核苷酸寡聚物,并分别与靶向dna或dna融合互补。

5.根据权利要求1-4任一所述的基因panel,其特征在于,所述靶向dna探针和融合dna探针的探头大小为75~200个核苷酸,优选为平均大小为120个核苷酸。

6.一种利用根据权利要求1-5任一所述的基因panel来检测基因组突变的方法,其特征在于,所述基因panel的检测基因组突变是通过对比靶向dna序列和野生型参考dna序列来进行的,所述基因组突变是指与野生型参考dna序列相比,靶向dna序列发生了核苷酸变化,包括核苷酸变异(snv)、核苷酸插入、核苷酸删除、拷贝数变异(cnv)、核苷酸易位、基因与基因融合;

优选地,包括以下步骤:

s1,ngs文库准备;

s2,使用基因panel捕获目标dna,优选在在65℃条件下与基因panel的探针杂交4-16小时,使用dynabeadstmm-270链霉抗生物素蛋白磁珠对捕获的目标dna进行分离,然后纯化;使用pcr方法扩增靶向dna文库并进行纯化;

s3,下一代测序和突变检测,优选为通过质量控制的序列与参考基因组序列对比,使用突变调用算法检测序列,并读取dna突变。

7.一种根据权利要求1-6任一所述的基因panel在制备肿瘤医学产品中的应用。

8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述肿瘤医学产品包括用于检查微卫星不稳定状态、测算肿瘤突变负荷、预测免疫治疗响应能力、选择靶向治疗药物或治疗方案以及评估个体肿瘤易感性中的一种或多种的产品;

和/或,所述肿瘤医学产品包括通过对肿瘤突变负荷、微卫星不稳定状态、基因组突变、目的基因类型的检测,为癌症患者提供个体化免疫治疗药物及免疫治疗方案的产品。

9.根据权利要求7或8所述的应用,其特征在于,所述肿瘤医学产品包括检测下列生物标志物中一种或多种的产品:snv、indel、cnv、基因融合、msi、tmb、hla。

10.一种试剂盒,其特征在于,包括权利要求1-6任一所述的基因panel。

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