定序列或条形码，其中所述 条形码充当所述靶分子的指示物并且由一定数目的以独特顺序排列的核苷酸组成，并且进 一步，其中由所述核苷酸的数目和性质提供的所述核苷酸的独特排列的数目大于所述样品 中靶分子的数目。
2. 根据权利要求1所述的探针，其中所述结合伴侣具有对所述靶分子具有特异性的多 种表位。
3. 根据权利要求1或2所述的探针，其中所述结合伴侣本身包含至少一种肽和/或蛋 白质，所述肽和/或蛋白质包含至少一种对待检测的所述靶分子具有特异性的表位。
4. 根据权利要求3所述的探针，其中所述结合伴侣包含多种表位。
5. 根据前述权利要求中任一项所述的探针，其中所述核苷酸鉴定序列或条形码包含若 干个核苷酸，所述若干个核苷酸选自18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6和5个核苷 酸。
6. 根据前述权利要求中任一项所述的探针，其中所述核苷酸鉴定序列或条形码包括或 包含至少一个用于切割所述核苷酸鉴定序列或条形码的限制性酶切位点。
7. 根据前述权利要求中任一项所述的探针，其中所述探针还具有有助于在多重测定中 鉴定所述靶分子的至少一种另外的标签或标记。
8. 根据权利要求7所述的探针，其中所述标签或标记可通过PCR扩增并且因此包含短 DNA序列。
9. 根据权利要求7或8所述的探针，其中所述标签或标记在远离所述结合伴侣的位点 处与所述探针连接。
10. 根据权利要求9所述的探针，其中将所述标签或标记并入寡核苷酸b)的所述引物 序列i)或ii)的至少之一中。
11. 根据前述权利要求中任一项所述的探针，其中所述靶分子选自：肽、蛋白质、脂质 或碳水化合物。
12. 用于在多重测定中检测至少一个样品中的至少一种靶分子的多种探针，其中每种 探针包含： a) 对至少一种所述靶分子具有特异性的至少一种结合伴侣；以及与其连接的 b) 寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含： i) 第一序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的正向引物序列互补； ii) 第二序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的反向引物序列互补； 和 iii) 位于所述第一序列和所述第二序列之间的核苷酸鉴定序列或条形码，其中所述条 形码充当所述靶分子的指示物并且由一定数目的以独特顺序排列的核苷酸组成，并且进一 步，其中由所述核苷酸的数目和性质提供的所述核苷酸的独特排列的数目大于所述样品中 靶分子的数目；以及 C)有助于在多重测定中鉴定所述靶分子的标签或标记。
13. 根据权利要求12所述的多种探针，其中所述第一序列和所述第二序列是多种探针 共有的。
14. 根据权利要求12或13所述的多种探针，其中至少两种所述探针具有不同结合伴 侣，从而可鉴定至少一个样品中的多种不同靶分子。
15. 根据权利要求12至14中任一项所述的多种探针，其中用于检测特定类型或组的靶 分子的探针具有第一共有所述标签或标记；或者用于检测另一特定类型或组的靶分子的探 针具有第二共有所述标签或标记；或者用于鉴定特定样品的探针具有另一共有所述标签或 记D
16. 根据权利要求15所述的多种探针，其中所述标签或标记是在寡核苷酸b)的引物区 i)或ii)的至少之一或两者中提供的短核苷酸序列。
17. 根据权利要求12至16中任一项所述的多种探针，其中所述靶分子选自：肽、蛋白 质、脂质或碳水化合物。
18. 用于检测样品中至少一种靶分子的方法，其包括： 1)使受试样品暴露于至少一种探针，所述探针包含： a) 对所述靶分子具有特异性的至少一种结合伴侣；以及与其连接的 b) 寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含： 1) 第一序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的正向引物序列互补； ii) 第二序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的反向引物序列互补； iii) 位于所述第一序列和所述第二序列之间的核苷酸鉴定序列或条形码，其中所述条 形码充当所述靶分子的指示物并且由一定数目的以独特顺序排列的核苷酸组成，并且，其 中由所述核苷酸的数目和性质提供的所述核苷酸的独特排列的数目大于所述样品中靶分 子的数目； 在使得所述探针能够与待检测的所述靶分子结合以形成至少一种探针-靶分子缀合 物的条件下进行所述暴露； 2) 从所述样品分离所述缀合物； 3) 使所述分离的缀合物暴露于至少一种正向引物和反向引物对以及适合于进行PCR 的试剂，其中所述对中的一个与所述第一序列互补，而所述对中的另一个与所述第二序列 互补； 4) 使用PCR扩增所述寡核苷酸；以及 5) 通过确定所述扩增的寡核苷酸的存在来检测所述样品中的所述靶分子。
19. 用于检测至少一个样品中的至少一种靶分子的多重性方法，其包括： 1)使至少一个受试样品暴露于多种探针，其中每种探针包含： a) 对至少一种所述靶分子具有特异性的至少一种结合伴侣；以及与其连接的 b) 寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含： i) 第一序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的正向引物序列互补； ii) 第二序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的反向引物序列互补； iii)位于所述第一序列和所述第二序列之间的核苷酸鉴定序列或条形码，其中所述条 形码充当所述靶分子的指示物并且由一定数目的以独特顺序排列的核苷酸组成，并且进一 步，其中由所述核苷酸的数目和性质提供的所述核苷酸的独特排列的数目大于所述样品中 靶分子的数目； c)有助于在多重测定中鉴定所述靶分子的标签或标记； 在使得所述探针能够与待检测的所述靶分子结合以形成探针-靶分子缀合物的条件 下进行所述暴露； 2) 从所述样品分离所述缀合物； 3) 使所述分离的缀合物暴露于至少一种或多种正向引物和反向引物对以及适合于进 行PCR的试剂，其中每对的一个成员与所述探针之一中的所述第一序列互补，而每对中的 另一个成员与所述同一探针中的所述第二序列互补； 4) 使用PCR扩增所述寡核苷酸；以及 5) 通过确定所述扩增的寡核苷酸和/或所述标签的存在来检测所述样品中的所述靶 分子。
20. 根据权利要求18或19所述的方法，其中可使用选自以下的至少一种技术分离所述 缀合物：过滤、迀移、沉淀、免疫沉淀和离心。
21. 根据权利要求18至20中任一项所述的方法，其中通过对所述核苷酸鉴定序列或条 形码测序和/或对所述标签测序来检测所述样品中的所述肽或蛋白质。
22. 根据权利要求18至21中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、精 液、淋巴液、脑脊髓液、泪液、唾液、尿、组织、汗、水、土壤和油。
23. 根据权利要求18至22中任一项所述的方法，其中所述靶分子选自：肽、蛋白质、月旨 质或碳水化合物。
24. 用于检测至少一个样品中的至少一种靶分子的试剂盒，其包含： i) 至少一种根据权利要求1至11的探针或根据权利要求12至17的探针的文库； ii) 任选地，用于PCR扩增所述探针和/或对所述探针进行测序的引物对；和 iii、）相关的试剂和/或说明书。
25. 用于检测和/或量化样品中至少一种靶分子的探针，用于检测和/或量化样品中至 少一种靶分子的多种探针，用于检测和/或量化样品中至少一种靶分子的方法，用于检测 和/或量化至少一个样品中的至少一种靶分子的多重性方法，或者用于检测和/或量化至 少一个样品中的至少一种靶分子的试剂盒，基本上如本文参照附图所述。
【专利摘要】本发明涉及用于检测样品中的生物材料特别是肽或蛋白质的新平行方法，用于所述方法的至少一种探针，用于所述方法的多种所述探针或所述探针的文库，以及用于实施所述方法的试剂盒，其中所述探针包含对所述肽或蛋白质具有特异性的结合伴侣，以及与所述结合伴侣连接的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含i)与用于扩增所述寡核苷酸的正向引物序列互补的第一序列，ii)与用于扩增所述寡核苷酸的反向引物序列互补的第二序列和iii)位于所述第一序列和所述第二序列之间的核苷酸鉴定序列或条形码。
【IPC分类】C07K19-00, C12Q1-68, G01N33-53
【公开号】CN104812915
【申请号】CN201380061190
【发明人】王林发, 黄英勇, 奥克托布尔·迈克尔·塞申斯, 达尼埃尔·伊丽莎白·安德森
【申请人】新加坡国立大学
【公开日】2015年7月29日
【申请日】2013年10月22日
【公告号】EP2909347A1, US20150275295, WO2014065756A1