基于生物云平台的微生物多样性分析方法及系统的制作方法
【技术领域】
[0001]本发明涉及生物信息分析技术领域，具体涉及一种基于生物云平台的微生物多样性分析方法及系统。
【背景技术】
[0002]微生物是地球上已知种类最多、数量最大、分布最广的生物类群。它对环境敏感，反应迅速，与环境和生命体密不可分。微生物多样性研究采用宏基因组测序方法，以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，采用新一代高通量测序技术对环境微生物样品的DNA直接测序。能满足常规微生物群体的物种分类研究、群落结构、系统进化、基因功能分析以及物种间的代谢网络等分析的要求。
[0003]现有的微生物多样性分析方法大致分为:PCR(聚合酶链反应)扩增，混样，建库及测序，上端测序数据合并，0TU(操作分类单元)聚类，然后对测序数据进行物种分类分析。现有技术的业务线流程采用手动的方式，工作效率较低。
【发明内容】
[0004]本发明的目的在于，提供一种基于生物云平台的微生物多样性分析方法及系统，能够提高微生物多样性分析的效率。
[0005]为此目的，一方面，本发明提出一种基于生物云平台的微生物多样性分析系统，包括:
[0006]用户界面模块、请求分析模块、综合分析模块和图表呈现模块;其中，
[0007]所述用户界面模块，用于根据用户的操作生成用户请求，并将所述用户请求发送给所述请求分析模块，其中，所述用户请求中包括用户指定的参数，从云端数据库中获取用户指定的测序数据的第一请求信息，以及对所述测序数据进行分析的第二请求信息，所述第一请求信息中包括所述测序数据的路径，
[0008]所述请求分析模块，用于接收所述用户请求，通过对所述用户请求进行解析，得到所述参数、第一请求信息和第二请求信息，基于所述第二请求信息，利用所述参数和所述第一请求信息中的测序数据的路径生成配置文件和任务执行命令，基于所述第一请求信息，利用所述第一请求信息中的测序数据的路径，从云端数据库中获取所述路径对应的测序数据，并将所述配置文件、任务执行命令和测序数据发送给所述综合分析模块，其中，所述云端数据库中存储有所述测序数据，
[0009]所述综合分析模块，用于接收所述配置文件、任务执行命令和测序数据，基于所述任务执行命令，利用所述配置文件对所述测序数据进行基本分析，得到基本分析的结果，将所述基本分析的结果存储至所述云端数据库中，并在基本分析结束后生成基本分析结束的标志性文件，
[0010]所述图表呈现模块，用于搜索基本分析结束的标志性文件，并在搜索到所述基本分析结束的标志性文件时，从所述云端数据库中获取所述基本分析的结果，并将所述基本分析的结果以报告和/或图表的形式进行展示。
[0011]另一方面，本发明提出一种基于生物云平台的微生物多样性分析方法，包括:
[0012]从云端数据库中获取用户指定的路径对应的测序数据；
[0013]利用所述路径和预设的参数生成配置文件和任务执行命令；
[0014]基于所述任务执行命令，利用所述配置文件对所述测序数据进行基本分析，并在基本分析结束后，将基本分析的结果以报告和/或图表的形式进行展示。
[0015]本发明实施例所述的基于生物云平台的微生物多样性分析方法及系统，用户可以自由选择测序数据，自定义所需参数，利用所述参数和测序数据的路径生成配置文件和任务执行命令，基于所述任务执行命令，利用所述配置文件对所述测序数据进行基本分析，并以报告和/或图表的形式呈现，因而相较于采用手动方式进行分析的现有技术，本发明采用自动的方式进行分析，能够提高微生物多样性分析的效率。
【附图说明】
[0016]图1为本发明一种基于生物云平台的微生物多样性分析系统一实施例的结构示意图；
[0017]图2为测序数据导入及参数输入或选择的界面的示意图；
[0018]图3为对导入的测序数据删除、分组，以及输入分组类型的界面的示意图；
[0019]图4为在图3中对样品在不同分组类型下分组后的示意图；
[0020]图5为参数输入完成后的的确认窗口的不意图；
[0021]图6为图5中未显不的部分不意图；
[0022]图7为基本分析生成的标准化报告的示意图；
[0023]图8为图7中右上角显不的内容的不意图；
[0024]图9为个性化分析中物种复杂度分析的样品选择和参数输入的界面示意图；
[0025]图10为个性化分析中组间差异分析的样品选择和参数输入的界面示意图；
[0026]图11为个性化分析中物种差异分析的样品选择和参数输入的界面示意图；
[0027]图12为个性化分析中物种复杂度分析的样品信息选择窗口意图；
[0028]图13为个性化分析中物种差异分析的样品选择窗口示意图；
[0029]图14为本发明一种基于生物云平台的微生物多样性分析方法一实施例的流程示意图。
【具体实施方式】
[0030]为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
[0031]参看图1，本实施例公开一种基于生物云平台的微生物多样性分析系统，包括:
[0032]用户界面模块1、请求分析模块2、综合分析模块3和图表呈现模块4;其中，
[0033]所述用户界面模块1，用于根据用户的操作生成用户请求，并将所述用户请求发送给所述请求分析模块2，其中，所述用户请求中包括用户指定的参数，从云端数据库中获取用户指定的测序数据的第一请求信息，以及对所述测序数据进行分析的第二请求信息，所述第一请求信息中包括所述测序数据的路径，
[0034]所述请求分析模块2，用于接收所述用户请求，通过对所述用户请求进行解析，得到所述参数、第一请求信息和第二请求信息，基于所述第二请求信息，利用所述参数和所述第一请求信息中的测序数据的路径生成配置文件和任务执行命令，基于所述第一请求信息，利用所述第一请求信息中的测序数据的路径，从云端数据库中获取所述路径对应的测序数据，并将所述配置文件、任务执行命令和测序数据发送给所述综合分析模块3，其中，所述云端数据库中存储有所述测序数据，
[0035]所述综合分析模块3，用于接收所述配置文件、任务执行命令和测序数据，基于所述任务执行命令，利用所述配置文件对所述测序数据进行基本分析，得到基本分析的结果，将所述基本分析的结果存储至所述云端数据库中，并在基本分析结束后生成基本分析结束的标志性文件，
[0036]所述图表呈现模块4，用于搜索基本分析结束的标志性文件，并在搜索到所述基本分析结束的标志性文件时，从所述云端数据库中获取所述基本分析的结果，并将所述基本分析的结果以报告和/或图表的形式进行展示。
[0037]用户界面模块、请求分析模块、综合分析模块和图表呈现模块这些模块操作均基于html5+CSS3+jS的前端页面和java服务器后台，综合分析模块接收到任务执行命令后，通过调动Perl、C、Pyth0n、R等计