间质肺病毒株及其在疫苗制剂中以及用作抗原性序列表达载体的用途的制作方法

专利名称：间质肺病毒株及其在疫苗制剂中以及用作抗原性序列表达载体的用途的制作方法
间质肺病毒株及其在疫苗制剂中 以及用作抗原性序列表达栽体的用途
本发明请求2002年2月21日提交的美国临时专利申请No. 60/358, 934的优先权，在此全文引入作为参考.与本申请同日提交 的同时待审且共同转让的美国专利申请，将Ronaldus Fouchier、 Bernadetta van den Hoogen、 Albertus Osterhaus、 Aurelia Haller 和Roderick Tang列为发明人，发明名称为"重组副流感病毒表达系 统以及含有源自间质肺病毒的异种抗原的疫苗"，在此全文引入作为参考。
1. 介绍
本发明涉及一种分离的哺乳动物负链RM病毒，间质肺病毒 (metapneumovirus ) (MPV)，该病毒属于副祐病毒科肺病毒亚科。本 发明还涉及一种分离的哺乳动物负链RNA病毒及其组分，该病毒从系 统发育学上可鉴定为对应或属于间质肺病毒属.本发明涉及哺乳动物 间质肺病毒，特别是人间质肺病毒的不同分离株的基因组核苷酸序 列。本发明涉及哺乳动物间质肺病毒不同分离林的序列信息在诊断和 治疗方法中的应用。本发明涉及编码间质肺病毒基因组或其部分的核 苷酸序列，所述间质肺病毒包括哺乳动物和禽类间质肺病毒.本发明 进一步涉及由所述核普酸序列编码的嵌合或重组病毒。本发明还涉及 嵌合和重组的哺乳动物MPV，其中含有一种或多种非天然或异源序列。 本发明进一步还涉及疫苗制剂，其中含有哺乳动物或禽类间质肺病 毒，包括所述病毒的重組或嵌合形式。本发明的疫苗制剂包括多价疫 苗，包括二价及三价疫苗制剂。
2.
背景技术：
一般而言，作为一种破坏力很强的致病因子，副粘病毒每年会导 致大量动物及人类的死亡。副粘病毒科是属于单负链病毒 (Mononegavirales )(负链单链UNA病毒)目中的一个科，包括副粘 病毒和肺病毒两个亚科。后一亚科目前在分类学上分为肺炎病毒属和 间质肺病毒属(Pringle， 1999， Arch. Virol. 144/2, 2065-2070 )。 人呼吸道合胞病毒(hRSV)，为肺病毒属中的一个种，是世界范围内嬰幼儿下呼吸道感染的最重要的单一致病因子(Domachowske, & Rosenberg, 1999， Clin. Microbio. Rev. 12 ( 2 ): 298-309 ).肺病 毒属的其它成员包括牛及绵羊呼吸道合胞病毒以及小鼠肺炎病毒 (PVM)'
在过去的几十年中，几种哺乳动物疾病，具体是呼吸道疾病 (RTI)，具体为人的呼吸道疾病的病原因子，已经鲞定出来(Evans, In: Viral Infections of Humans, Epidemiology and Control. 3th edn. ( ed. Evans, A. S) 22-28 (Plenum Publishing Corporation, New York, 1989 ))。哺乳动物RTI的常见致病因子是在人(hRSV)及 反刍动物如牛或绵羊(bRSV和/或oRSV)中发现的属于肺病毒属的呼 吸道合胞病毒.就人RSV而言，根据正反交中和试验差异、免疫学测 定中G蛋白的反应性以及G基因的核苷酸序列，分为两个hRSV抗原 性亚组，在亚组内，氨基酸序列呈现出94% ( A亚组)或98% (B亚组) 的同一性，而亚组之间表现出仅53X的氨基酸序列同一性。根据单克 隆抗体、RT-PCR试验及UNA酶保护试验，还发现了亚组内的其它变 异。两亚组的病毒都在全世界范围内分布，可以发生在单一季节.感 染既可以发生于预先-存在免疫性的情况，抗原性变异也不是发生再 感染所必需的.参见，例如，Sullender， 2000, CIinical Microbiology Reviews 13( 1): 1-15; Collins等人Fields Virology, ed. B.N. Knipe， Howley， P.M. 1996， Philadelphia: Lippencott-Raven. 1313-1351; Johnson等人，1987， ( Proc Natl Acad Sci USA, 84 (16): 5625-9; Collins, in The paramyxoviruses, D. W. Kingsbury, Editor, 1991， Plenum Press: New York. p. 103—153,
另一种常见的肺病毒是小鼠肺炎病毒(PVM),通常仅发现于实验 小鼠。但是，哺乳动物中发现的疾病一部分还不能归结于已知病原体。
2.1禽类间质肺病毒
禽类肺病毒(APV)引发的呼吸道疾病在20世纪70年代后期首 次报道于南非(Buys等人，1980， Turkey 28: 36-46)，给火鸡养殖 业造成毁灭性打击.这种火鸡疾病的特征为窦炎和鼻炎，称为火鸡鼻 气管炎(TRT)。现已有强有力证据表明APV的欧洲分离林是鸡头肿胀 综合征(swollen head syndrome ) ( SHS )的病因((KBrien， 1985， Vet. Rec. 117: 619-620 ).起初，该疾病出现于已感染新城疫病毒
(NDV)的产蛋母鸡群，被认为是与新城疫(ND)相关的继发问趙， 在爆发SHS后的感染鸡群中检测到了抗欧洲APV抗体(Cook等人， 1988, Avian Pathol. 17: 403-410),因而认为APV为致病因子。
禽类肺病毒(APV)又称火鸡鼻气管炎病毒(TRTV)，是禽类真气 管炎， 一种火鸡上呼吸道感染(Giraud等人，1986， Vet. Res. 119: 606-607 )的致病因子，该病毒是新近命名的间质肺病毒属的唯一成 员，迄今为止还未与哺乳动物感染相关，或者更进一步说还未与哺乳 动物的疾病有关.APV的血清学亚组可以根据G糖蛋白的核苷酸或氨 基酸序列以及使用也识别G糖蛋白的单克隆抗体的中和试验来划分， 但是，核苷酸及氨基酸序列中的其它差异也可用于区别APV的血清学 亚组。对于亚组A、 B和D，亚組内的G蛋白表现出98. 5 - 99. 7K的aa 序列同一性，而亚组之间仅31.2-38X的aa同一性.参见，例如， Collins等人，1993， Avian Pathology, 22: p. 469-479; Cook等 人，1993， Avian Pathology, 22: 257-273; Bayon-Auboyer等人，J Gen Virol， 81 (Pt 11 ): 2723-33; Seal, 1998， Virus Res, 58 U-2 ): 45-52; Bayon-Auboyer等人，1999, Arch Virol， 144 ( 6 ): 91—109; Juhasz,等人，1994， J Gen Virol， 75 (PU1 ): 2873—80,
APV的另一血清型提供于WO00/20600,在此引入作为参考，该文 献描述了 APV科罗拉多(Colorado)分离抹，并用体外血清中和试验 将其与已知的APV或TRT株进行了比较.首先，用识别TRT分离抹的
单特异性多克隆抗血清測试上述科罗拉多分离林。科罗拉多分离林未 被抗任一株TRT的单特异性抗血清所中和。但是，其被抗A亚组的一 病毒林的超免疫抗血清中和，这种血清中和同源病毒的滴度为1: 400， 中和科罗拉多分离林的滴度为1: 80,使用上述方法，然后用抗TRT 的单克隆抗体测定科罗拉多分离林。在每一种情况下，交互中和滴度 都< 10。另外，还用抗科罗拉多分离林的单特异性抗血清测试两个亚 组的TRT分离林。被测的TRT中无一林被抗科罗拉多分离林的抗血清 中和。
APV科罗拉多分离林不能保护SPF鸡免受TRT病毒的A亚组和B 亚组毒林的感染.这些结杲表明科罗拉多分离林可能是禽类肺病毒另 一血清型的第一个实例(参见，Bayon-Auboyer等人，2000， J. Gen. Vir. 81: 2723-2733 )。 禽类肺病毒属于副粘病毒科肺病毒亚科间质肺病毒属(Cavanagh 和Barrett, 1988， Vims Res. 11: 241-256; Ling等人，1992， J. Gen. Virol. 73: 1709-1715; Yu等人，1992, J, Gen. Virol. 73: 1355-1363 ).副粘病毒科分为两个亚科副粘病毒亚科和肺病毒亚科.副 粘病毒亚科包括，但不限于副粘病毒属、Rubulavirus和麻渗病毒属. 最近，肺病毒亚科根据基因次序和序列同源性分为两个属，即肺病毒 属和间质肺病毒属(Naylor等人，1998 ， J. Gen. Virol. ， 79: 1393-1398; Pringle， 1998， Arch. Virol. 143: 1449—1159 )。肺病 毒属包括但不限于，人呼吸道合胞病毒(hRSV)、牛呼吸道合胞病毒 (bRSV)、绵羊呼吸道合胞病毒和小鼠肺病毒.间质肺病毒属包括但 不限于，欧洲禽类肺病毒(亚组A和B)，有别于肺病毒属的hRSV种 型(Naylor等人，1998， J. Gen. Virol. ， 79: 1393-1398; Pringle， 1998， Arch. Virol. 143: 1449-1159 ). APV的美国分离株是间质肺 病毒属中的第三亚组(亚组C)，因为已经发现它在抗原性和遣传学上 不同于欧洲分离林(Seal, 1998， Virus Res. 58: 45—52; Senne等 人，1998， In: Proc. 47th WPDC， California, pp. 67-68)。
负链APV电镜检测显示为多形的(pleomorphic),有时呈球形的 病毒颗粒，直径为80~ 200 nm，带有长为1000 ~ 2000的长丝(Coll ins and Gough， 1988， J. Gen. Virol. 69: 909— 916 ).包膜是一层布 满着长度为13-15nm纤突的膜.核壳为螺旋形，直径14n血，螺距7 mn。 核壳的直径小于副粘病毒属及麻疹病毒属，副粘病毒属及麻疹病毒属 核壳的直径通常约为18 ni
尽管禽类肺病毒感染在世界其它地方的禽类中已经存在多年，但 是对于美国来说其是一种突发性疾病.在1996年5月， 一种高度传 染性的火鸡呼吸道疾病出现于科罗拉多，随后在美国衣阿华州埃姆斯 市国立兽医服务实验室(NVSL)中分离出了 APV (Senne等人，19"， Proc. 134th Ann. Mtg, , AVMA， pp. 190)。此前，美国和加拿大被 认为没有禽类肺病毒(Pearson等人，1993， In: Newly Emerging and Re- emerging Avian Diseases: Applied Research and Practical Applications for Diagnosis and Control, pp. 78-83; Hecker and Myers, 1993， Vet. Rec. 132: 172 )。 1997年初，在明尼苏达用血清 学方法从火鸡中检测到了 APV。在第一例确诊时，APV感染已经扩散
到了许多农场.与该疾病相关的上呼吸遣临床症状有眼晴水泡肿， 鼻腔有分泌物以及眶下窦肿胀.二次感染会使症状加剧.感染禽类的
发病率可高达100、死亡率为1~90%，且6-12周龄的幼禽死亡率泉 高，
禽类肺病毒通过接触传播.鼻腔分泌物、感染禽类的流动、污染 的水、污染的设备；受到污染的祠料运输车辆以及运栽行为都能造成 病毒的传播.康复后的火鸡被认为是携带者.由于证明该病毒感染产 蛋火鸡榆卵管的上皮细胞，而且APV已经在幼禽中检测到，所以卵传 播也是可能的传播途径。
2.2 PIV感染
副流感病毒感染能导致耍幼儿严重的呼吸道感染(Tao等人， 1999， Vaccine 17: 1100-08 ).传染性副流感病毒感染占世界范闺内 全部呼吸道感染儿科患者住院病例约20X.出处同上.
PIV是副粘病毒科呼吸道病毒属(PIV1， PIV3)或rubulavirus (PIV2， PIV4)的成员。PIV由两个结构部分组成(1)位于内部的 核糖核蛋白芯或核壳，内含病毒基因组，以及(2)外部大致为球形 的脂蛋白包膜.它的基因组是单链负链RNA，长约15， 456个核普酸， 编码至少8个多肽.这些蛋白包括但不限于核壳结构蛋白(根据属的 不同为NP， NC,或N)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、融合糖蛋白(F)、 血凝素神经氨酸蘇糖蛋白(HN)、大聚合酶蛋白(L)、和功能未知的 蛋白C和蛋白D.
副流感病毒核壳蛋白(NP、 NC或N)由每一蛋白单元中的两个结 构域组成，其中一个为氡基末端结构域，该结构域占该分子约2/3， 与RNA直接作用，另一为羧基末端结构域，该结构域位于装配好的核 壳的表面.据信铰链部分位于这两个结构域的连接部从而赋予该蛋白 一些柔性(参见，Fields等人(ed. )， 1991， Fundamental Virology, Second Edition, Raven Press, New York,在此全文引入作为参考)。 基质蛋白(M)显然参与了病毒的装配，并且与病毒膜和核壳蛋白都 相互作用.磷蛋白(P)经过了磚酸化，据信发挥调节转录的作用， 并且有可能参与曱基化、确酸化和聚腺苷酸化.融合糖蛋白(F)与 病毒膜相互作用，首先生成为无活性的前体，然后翻译后切割生成为 两个二疏鍵连接的多肽。活性F蛋白还参与了副流感病毒颗粒穿透进
入宿主细胞过程，通过促进病毒包膜与宿主细胞质膜的融合来起该作
用，出处同上.糖蛋白血凝素神经氨酸酶(HN)从包膜中伸出从而使 病毒同时具有了血凝素和神经氨酸酶活性.HN的氨基末端高度疏水， 它的作用是将HN蛋白锚定入脂质双层，出处同上.最后，大聚合酶 蛋白(L)在转录和复制中发挥重要作用，出处同上. 2. 3 RSV感染
呼吸道合胞病毒USV)是耍幼儿严重下呼吸道疾病的主要致病 因子(Feigen等人，eds, ， 1987， In: Textbook of Pediatric Infectious Diseases, WB Saunders, Philadelphia, p. 1653—1675; New Vaccine Development, Establishing Priorities, Vol. 1， 1985， National Academy Press, Washington DC， p. 397-409.， 和Ruuskanen等人， 1993， Curr. Probl. Pediatr. 23: 50-79 ). RSV感染的每年流行特 点都明显为全球性，但是RSV在特定季节中的发生及强度因地区而变 化(Hall， 1993， Contemp. Pediatr. 10: 92-110),在北半球的温 带地区，它通常开始于深秋结束于晚春.原发性RSV感染最多见于6 周至两岁的儿童，不常见出生后前4周的婆儿医院感染(Hall等人， 1979， New Engl. J. Med. 300: 393-396 ). RSV感染的高发儿童包括 但不限于，早产耍儿(Hall等人，1979， New Engl. J. Med. 300: 393-396 )和患有下列病症的儿童支气管肺发育异常(Groothuis等 人，1988， Pediatrics 82: 199-203 )、先天性心脏病(MacDonald等 人，New Engl. J. Med. 307: 397-400 )、先天性或获得性免疫缺陷 (Ogra等人，1988， Pediatr. Infect. Dis. J. 7: 246-249;和Pohl 等人，1992， J. Infect. Dis. 165: 166-169 )、和囊性纤维化(Abman 等人，1988， J. Pediatr. 113: 826-830 ),患有心和肺病以RSV感 染就诊耍儿的死亡率为3%-4% (Navas等人，1992， J. Pediatr. 121: 348-354 )。
RSV感染成人以及婴儿和儿童。在健康成人中，RSV可导致占主 导地位的上呼吸道疾病.近来，已经发现一些症状性RSV感染的成人， 特别是老年人，出现RSV感染症状的几率比先前的报道更髙(Evans, A. S. ， eds. ， 1989， Viral Infections of Humans. Epidemiology and Control, 3rded. ， Plenum Medical Book, New York, p. 525-544)。 另外还报道了发生于家庭护理患者及专门机构护理的年轻患者中的几 个流行病例(Falsey， A, R. ， 1991， Infect. Control Hosp. Epidemiol. 12: 602-608;和Garvie等人，1980， Br. Med. J. 281: 1253—1254 )。 最后，RSV可引发免疫抑制人群，特别是骨殖移植患者的严重疾病 (Hertz等人，1989， Medicine 68: 269-281),
已有RSV疾病的治疗措施还很有限.下呼吸道严重RSV疾病通常 需要相当的支持性护理，包括施用湿化氧气和呼吸辅助(Fields等人， eds， 1990， Fields Virology, 2nd ed. ， Vol. 1， Raven Press, New York, P. 1045-1072 )。
尽管疫苗能防止RSV感染和/或RSV-相关疾病，但是现在还没有 一种疫苗获得许可.发展疫苗最大的陣碍是安全性. 一种福尔马林灭 活疫苗尽管具有免疫原性，但是被免疫婴儿中的RSV出人意料的引发 了比用类似方法制备的三价副流感疫苗免疫婴儿更高发且更严重的下 呼吸道疾病Uim等人，1969， Am. J. Epidemiol. 89: 422-434; and Kapikian等人，1969， Am. J. Epidemiol. 89: 405-421 ).几种候选 RSV疫苗已经被放弃，其它的则还在开发中(Murphy等人，1994， Virus Res. 32: 13-36 )，但是即使安全性问题得到解决，疫苗的效果还必 须提高，大重问題有待解决.新生儿期就需要马上免疫，因为下呼吸 道感染的高峰发生于2-5月龄。预计新生儿免疫应答的不完备和高滴 度母源获得RSV抗体一起可以降低新生儿期疫苗的免疫原性(Murphy 等人，1988,J. Virol. 62: 3907-3910; and Murphy等人，1991, Vaccine 9: 185-189 )。最后，原发性RSV感染及疾病不能很好地保护继发性RSV 疾病(Henderson等人，1979， New Engl. J. Med. 300: 530-534 )。
目前，预防RSV疾病的最有效方法是被动免疫。起初的证据表明 IgG的保护作用来自雪貂(ferret) (Prince, G. A. ， Ph. D. diss,， University of California, Los Angeles, 1975 )和人(Lambrecht et al， 1976， J. Infect. [Hs. 134: 211-217;和Glezen等人，1981, J. Pediatr. 98: 708-715 )母源抗体试验结果，Hemming等人(Morel 1 等人，eds. ， 1986， Clinical Use of Intravenous Immunoglobulins, Academic Press, London, P. 285- 294 )发现在疑似患有新生儿 脓毒血症新生儿体内静脉内免疫球蛋白(IVIG)药动学研究中，RSV 抗体可用来治疗或防止RSV感染。在该试验中，值得注意的是一个呼 吸道分泌物含RSV的要儿在IVIG输注后迅速康复。IVIG曲线的后续 分析发现异常高滴度的RSV中和抗体.同一组研究者然后测定了富舍 RSV中和抗体的超免疫血清或免疫球蛋白保护棉鼠和灵长类免受RSV 感染(Prince等人，1985, Virus Res. 3: 193-206; Prince等人， 1990， J. Virol. 64: 3091-3092; Hemming等人，1985， J, Infect. Dis. 152: 1083—1087; Prince等人，1983, Infect. I咖im. 42: 81-87; and Prince等人，1985， J. Virol. 55: 517-520 )。这些试验的结果 表明IVIG除了能治疗或防止RSV相关病症，还可用于防止RSV感染.
最近临床试验表明这种被动施用RSV超免疫球蛋白(RSV IVIG) 能够保护易感儿童免受RSV引发的严重下呼吸道感染(Groothius等 人，1993， New Engl. J.Med. 329: 1524-1530;和The PREVENT Study Group, 1997, Pediatrics 99: 93-99).尽管这是防止RSV感染的一 大进步，但是这种治疗方法在广泛使用上存在某些局限。首先，RSV IVIG 必须在几小时内静脉内输注达到有效剂量，其次，超免疫球蛋白中活 性物质的浓度不足以治疗易感成人或大部分心肺病易感儿童。第三， 静脉内输注需要再RSV季节住院数月.最后，选择足够提供者制备RSV
高免球蛋白满足该产品的需要也是一大难趙.目前，只有约M正常 提供者的RSV中和抗体滴度足够高能够定量超免疫球蛋白的产量.
提高免疫球蛋白特异性活性的一种方法是制备一种或多种高效 RSV中和单克隆抗体(MAbs).这类MAbs应该是人的或人源化的从而
保留有利的药动学并且遊免人抗鼠抗体应答，由于重复剂量需要贯穿 RSV季节.现已证实RSV表面的两种糖蛋白F和G是中和抗体的靶标 (Fields等人，1990，同上；和Murphy等人，1994，同上)，
针对RSV F蛋白的A抗原位点中的表位的人源化抗体SYMGIS , 要求在整个RSV季节(北半球从11月至4月)按推荐的每月I5 mg/kg 体重的剂量，肌肉内施用给儿童患者防止RSV引发的严重下呼吸道感 染。SYNAGIS⑧是人抗体(95!4)与鼠(5%)抗体序列的结合体。参见， Johnson等人，1997, J. Infect. Diseases 176: 1215-1224和美国 专利No. 5， 824， 307，文献全文在此引入作为参考。人重链序列源 自人IgGl恒定区以及Cor (Press等人，1970， Biochem. J. 117: 641-660 )和Cess (Takashi等人，1984， Proc. Natl- Acad. ScL USA 81: 194-198 )的VH基因的可变框架区域。人轻链序列源自Q的恒定区和 VL基因K104 Jk-4的可变框架区域(Bentley等人，1980， Nature 288:
5194-5198 ),鼠序列源自鼠单克隆抗体Mab1129 (Beeler等人，1989， J, Virology 63: 2941-2950 )，该方法是将鼠互补决定区移植入人抗 体框架。
呼吸道疾病中的一大部分是由副粘病毒亚科和肺病毒亚科的成员 引发的。本申请中首次描述了感染人的另一种哺乳动物肺病毒hMPV 的鉴定.仍然需要有效疫苗提供针对导致呼吸道感染的多种病毒的保
护作用，
本申请中引述和讨论的文献不应被理解为是本发明的现有技术. 3.发明概述
本发明涉及一种分离的哺乳动物负链RNA病毒，间质肺病毒 (MPV)，该病毒属于副粘病毒科肺病毒亚科.本发明还涉及在系统发 育学上可鉴定为对应或属于间质肺病毒属的分离哺乳动物负链RNA病 毒及其组分.具体而言，本发明涉及一种哺乳动物MPV，该病毒在系 统发育学上与巴黎CNCM中保藏号为1-2614的病毒分离林的相关程度 比其与C型APV的相关程度更密切.在更具体的实施方案中，所述哺 乳动物MPV可以是哺乳动物MPV的Al、 A2、 Bl或B2变种。但是，本 发明的哺乳动物MPV包括待鉴定的其它变种，而不仅限于A1、 A2、 Bl 或B2变种。
本发明涉及哺乳动物间质肺病毒，特别是人间质肺病毒的不同分 离株的基因组核苷酸序列。本发明涉及哺乳动物间质肺病毒不同分离 株序列信息在诊断和治疗方法中的用途.本发明涉及哺乳动物间质肺 病毒不同分离株的基因组核苷酸序列之间的差异，及其在本发明诊断 和治疗方法中的用途.在特定实施方案中，编码N， M， F, L， P， M2-1， M2-2， SH或G 0RF的哺乳动物MPV的核苷酸序列可以用于鉴定本 发明的病毒，在另一特定实施方案中，编码N， M, F, L， P， M2-l， M2-2， SH或G 0RF的哺乳动物MPV的核普酸序列被用于将哺乳动物MPV划分 为Al、 A2, Bl或B2变种。在一特定实施方案中，本发明涉及将不同 间质肺病毒分离林中的单核苷酸多态性(SNPs)用于诊断目的.
本发明涉及源自哺乳动物MPV或禽类肺病毒(APV)的重组及嵌 合病毒，本发明所述的重组病毒是一种源自哺乳动物MPV或禽类肺病 毒被内源或天然基因组序列或非天然基因组序列编码的病毒.本发明 所述的非天然序列是指由于一处或多处突变而有别于天然或内源基因
组序列的序列，所述突变包括但不限于基因组序列中能或不会导致表 型改变的点突变、重排、插入、缺失等.本发明所述的嵌合病毒是一
种重组的MPV或APV，其中还含有异源核苷酸序列.本发明所述的嵌 合病毒是由具有下述特性的核苷酸序列编码基因组中添加了异源核 苷酸序列或者基因组中的内源或天然核苷酸序列被异源核苷酸序列所 取代。在某些实施方案中，本发明的嵌合病毒源自MPV或APV，其中 的一个或多个ORF或其部分被来自另一株间质肺病毒的同源ORF或其 部分所取代。在一个范例实施方案中，哺乳动物MPV F基因的ORF被 APV F基因的ORF所取代。在一些其它实施方案中，本发明所述嵌合 病毒源自APV，其中一个或多个ORF被哺乳动物MPV的同源ORF所取 代。
本发明涉及编码间质肺病毒(包括哺乳动物和禽类毒株)基因组 或其部分的核苷酸序列.本发明涉及编码间质肺病毒基因产物的核苷 酸序列.具体而言，本发明涉及，但不限于，编码MPV F蛋白、G蛋 白、M蛋白、SH蛋白、N蛋白、P蛋白、M2蛋白或L蛋白的核苷酸序 列，具体而言，本发明涉及编码哺乳动物MPV变种F蛋白、G蛋白、M 蛋白、SH蛋白、N蛋白、P蛋白、M2蛋白或L蛋白的核苷酸序列，所 述变种是例如但不限于MPV的Al、 A2、 Bl或B2变种。本发明进一步 还涉及编码间质肺病毒基因组或其部分的cDNA或RNA，包括哺乳动物 和禽类间质肺病毒，除了相对于病毒基因组异源或非天然的核苷酸序 列之外'本发明进一步涉及所述cDM或RNA编码的嵌合或重组病毒，
本发明进一步还涉及哺乳动物MPV以及哺乳动物MPV不同变种的 F蛋白、G蛋白、M蛋白、SH蛋白、N蛋白、P蛋白、M2蛋白或L蛋白 的多肽及4L基酸序列。本发明进一步还涉及抗哺乳动物MPV以及哺乳 动物MPV不同变种的F蛋白、G蛋白、M蛋白、SH蛋白、N蛋白、P蛋 白、M2蛋白或L蛋白的抗体。该抗体可用于诊断或治疗方法，在一些 更具体的实施方案中，所述抗体特异性针对哺乳动物MPV,在一些实 施方案中，所述抗体特异性针对哺乳动物MPV的变种。本发明进一步 还涉及含有下列一种或多种蛋白的疫苗制剂及免疫原性组合物哺乳 动物MPV的F蛋白、G蛋白、M蛋白、SH蛋白、N蛋白、P蛋白、M2
蛋白和/或L蛋白。
本发明进一步还涉及包含哺乳动物或禽类间质肺病毒的疫苗制刑
及免疫原性组合物，所述病毒包括所述病毒的重组及嵌合形式，具体
而言，本发明涉及含有MPV和/或APV的重组或嵌合形式的疫苗制剂， 本发明进一步还涉及含有嵌合MPV的疫苗，其中所述嵌合MPV编码一 种或多种APV蛋白，并且其中所述嵌合MPV任选地还表达一种或多种 异源或非天然序列.本发明还涉及含有嵌合APV的疫苗，其中所述嵌 合APV编码一种或多种hMPV蛋白，并且其中所迷嵌合APV任选还表
达一种或多种异源或非天然序列。本发明还涉及多价疫苗，包括二价 和三价疫苗。具体而言，本发明的多价疫苗包括由同一或不同肺病毒 栽体表达的两种或多种抗原多肽.多价疫苗中的抗原多肽包括但不限 于MPV、 APV、 PIV、 RSV、流感病毒或其它负链RNA病毒或其它病毒如 麻务病毒的抗原多肽.
本发明进一步还涉及治疗个体呼吸道感染的方法.在一些实施方 案中，本发明涉及通过向个体施用含有哺乳动物MPV疫苗制剂治疗呼 吸道感染的方法，在特定实施方案中，治疗个体呼吸道感染的方法包 括向个体施用含有重组或嵌合哺乳动物MPV或APV的疫苗制剂或免疫 原性组合物，在更具体的实施方案中，所述重组或嵌合哺乳动物MPV 是减毒的。在特定实施方案中，本发明涉及治疗人类患者呼吸道感染 的方法，其中包括向人类患者施用含重组或嵌合APV，或者编码APV 的F蛋白、G蛋白、M蛋白、SH蛋白、N蛋白、P蛋白、M2蛋白或L 蛋白的核苷酸序列的疫苗制剂.
本发明提供一种分离的负链单链RNA病毒MPV，该病毒属于副粘 病毒科肺病毒亚科，从系统发育学上可鉴定为属于间质肺病毒属，其 中所述病毒在系统发育学上与含有SEQ ID NO: 18、 SEQ ID N(h 19、 SEQ ID NO: 20或SEQ ID NO: 21所示核苷酸序列的病毒分离抹间的 相关程度比其与禽类奏气管炎致病因子火鸡鼻气管炎病毒间的相关程 度更密切。在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的负链单链MA 间质肺病毒，其中所述病毒的基因组包含SEQ ID NO: 18所示核普酸 序列。在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的负链单链UNA间 质肺病毒，其中该病毒的基因组包含SEQ ID NO: 19所示核苷酸序列， 在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的负链单链RNA间质肺病 毒，其中该病毒的基因组包含SEQ ID NO: 20所示核苷酸序列。在一 些实施方案中，本发明提供了一种分离的负链单链RM间质肺病毒，
其中该病毒的基因组包舍SEQ ID NO: n所示核苷酸序列。在一些实 施方案中，本发明提供了一种分离的核酸，其中所迷核酸的核苷酸序 列与SEQ ID NO: 18、 SEQ ID N0: 19、 SEQ ID NO: 20或SEQ ID NO: 21具有至少70X同一性，其中所述序列同一性是在SEQ IDNO: l8、 SEQ ID NO: 19、 SEQ ID NO: 20或SEQ ID NO: 21全长范围内測定的.在 一些实施方案中，本发明提供了一种分离的核酸，其中所述核酸编码 一种蛋白质，该蛋白包含(i)与哺乳动物MPV变种B1的G蛋白(SBQ ID NO: 324 )具有至少66X序列同一性的氨基酸序列；(ii )与哺乳动 物MPV变种Bl的N蛋白(SEQ ID NO: 368 )具有至少98. 55i序列同一 性的氨基酸序列；(i ii)与哺乳动物MPV变种Bl的P蛋白(SEQ ID NO: 376 )具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv )与哺乳动物MPV 变种Bl的M蛋白(SEQ ID NO: 360 )相同的氨基酸序列；(v)与哺 乳动物MPV变种Bl的F蛋白(SEQ ID NO: 316 )具有至少99%序列同 一性的氨基酸序列；(vi )与哺乳动物MPV变种Bl的M2-1蛋白(SEQ ID NO: 340 )具有至少9854序列同一性的氛基酸序列；(vii)与哺乳动物 MPV变种Bl的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 348 )具有至少99X序列同一 性的泉基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种B1的SH蛋白(SEQ ID NO: 384 )具有至少8354序列同一性的氨基酸序列；或(ix)与哺乳动 物MPV变种Bl的L蛋白(SEQ IDNO: 332 )具有至少99%序列同 一性 的氨基酸序列，在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的核酸， 其中所述核酸编码一种蛋白质，该蛋白包含(i)与哺乳动物MPV变 种Al的G蛋白(SEQ ID冊322 )具有至少6654序列同一性的氨基酸 序列；(ii )与哺乳动物MPV变种Al的N蛋白(SEQ ID NO: 366 )具 有至少99. 5X序列同一性的氨基酸序列；(iii)与哺乳动物MPV变种 Al的P蛋白(SEQ ID NO: 374 )具有至少9W序列同一性的氨基酸序 列；(i v )与哺乳动物MPV变种Al的M蛋白(SEQ ID NO: 358 )具有 至少99X序列同一性的氨基酸序列；(v)与哺乳动物MPV变种Al的F 蛋白(SEQ ID NO: 314 )具有至少98 4序列同 一性的氨基酸序列；(vi ) 与哺乳动物MPV变种Al的M2-l蛋白(SEQ ID NO: 338 )具有至少99% 序列同一性的氨基酸序列；(vii)与哺乳动物MPV变种Al的M2-2蛋 白(SEQ ID NO: 346 )具有至少96%序列同一性的氨基酸序列；(viii) 与哺乳动物MPV变种Al的SH蛋白(SEQ ID NO: 382 )具有至少84%
序列同一性的氨基酸序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种Al的L蛋 白(SEQ ID NO: 330 )具有至少99%序列同一性的氨基酸序列，在一 些实施方案中，本发明提供了一种分离的核酸，其中所述核酸编码一 种蛋白质，该蛋白包舍(i)与哺乳动物MPV变种A2的G蛋白(SEQID N0: 332 )具有至少66X序列同 一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物 MPV变种A2的N蛋白(SBQ ID NO: 367 )具有至少99.5%序列同一性 的氨基酸序列；(iii)与哺乳动物MPV变种A2的P蛋白(SEQ ID NO: 375 )具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV 变种A2的M蛋白(SEQ ID NO: 359 )具有至少99X序列同一性的氨基 酸序列；(v)与哺乳动物MPV变种A2的F蛋白(SEQ ID NO: 315) 具有至少9M序列同一性的氨基酸序列；(vi)与哺乳动物MPV变种A2 的M2-l蛋白(SEQ ID NO: 339 )具有至少99%序列同 一性的氨基酸序 列；(vii)与哺乳动物MPV变种A2的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 347 ) 具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种 A2的SH蛋白(SEQ ID NO: 383 )具有至少84X序列同 一性的氨基酸 序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种A2的L蛋白(SEQ ID NO: 331) 具有至少99X序列同一性的氨基酸序列.在一些实施方案中，本发明 提供了一种分离的核酸，其中所述核酸编码一种蛋白质，该蛋白包含 (i )与哺乳动物MPV变种B2的G蛋白(SEQ ID NO: 325 )具有至少 66X序列同一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物MPV变种B2的N蛋 白(SEQ ID NO: 369 )具有至少979i序列同 一性的氨基酸序列；(iii) 与哺乳动物MPV变种B2的P蛋白(SEQ ID NO: 377 )具有至少96X序 列同一性的氨基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV变种B2的M蛋白(SEQ ID NO: 361)相同的氨基酸序列；(v)与哺乳动物MPV变种B2的F 蛋白(SEQ ID NO: 3117 )具有至少9W序列同 一性的氨基酸序列；(vi ) 与哺乳动物MPV变种B2的M2-1蛋白(SEQ ID NO: 341)具有至少98% 序列同一性的氨基酸序列；(vii)与喷乳动物MPV变种B2的M2-2蛋 白(SEQ ID NO: 349 )具有至少9M序列同 一性的氨基酸序列；(viii) 与哺乳动物MPV变种B2的SH蛋白(SEQ ID NO: 385 )具有至少 序列同一性的氨基酸序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种B2的L蛋 白(SEQ ID NO: 333 )具有至少99X序列同 一性的氨基酸序列。在一 些实施方案中，本发明提供了一种分离的核酸，其中该核酸能够与哺
乳动物MPV核酸在高度严格、中度严格或低度严格条件下特异性杂交.
在一些实施方案中，本发明提供了一种病毒，该病毒含有SEQ ID NO: 18-21所示核普酸序列或其片段.
在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的蛋白质，该蛋白含 有(i)与哺乳动物MPV变种Bl的G蛋白(SEQ ID NO: 324 )具有至 少66X序列同一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物MPV变种Bl的N 蛋白(SEQ ID NO: 368 )具有至少98. 5S序列同 一性的氨基酸序列；
(iii)与哺乳动物MPV变种B1的P蛋白(SEQ ID NO: 376 )具有至 少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV变种Bl的M 蛋白(SEQ ID NO: 360)相同的氨基酸序列；(v)与哺乳动物MPV变 种B1的F蛋白(SBQ ID NO: 316)具有至少99X序列同一性的氨基酸 序列；(vi)与哺乳动物MPV变种B1的M2-1蛋白(SEQ ID NO: 340 ) 具有至少98X序列同一性的氨基酸序列；(vii)与哺乳动物MPV变种 Bl的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 348 )具有至少99X序列同一性的氨基 酸序列；(viii )与哺乳动物MPV变种Bl的SH蛋白(SEQ IDN0: 384 ) 具有至少83X序列同一性的氨基酸序列；或Ux)与哺乳动物MPV变 种Bl的L蛋白(SEQ ID NO: 332 )具有至少99X序列同一性的氨基酸 序列.在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的蛋白质，该蛋白 舍有(i )与哺乳动物MPV变种Al的G蛋白(SEQ ID NO: 322 )具有 至少66X序列同一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物MPV变种Al的 N蛋白(SEQ ID NO: 366 )具有至少99. 5X序列同一性的氨基酸序列；
(iii)与哺乳动物MPV变种Al的P蛋白(SEQ ID NO: 374 )具有至 少96X序列同一性的氣基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV变种Al的M 蛋白(SEQ ID NO: 358)具有至少99X序列同一性的氨基酸序列；(v) 与哺乳动物MPV变种Al的F蛋白(SEQ ID NO: 314 )具有至少9M序 列同一性的氨基酸序列；(vi)与哺乳动物MPV变种Al的M2-l蛋白
(SEQ ID NO: 338 )具有至少99X序列同 一性的氨基酸序列；(vii) 与哺乳动物MPV变种Al的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 346 )具有至少96% 序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种Al的SH蛋 白(SEQ ID NO: 382 )具有至少84^序列同 一性的氨基酸序列；或(ix ) 与哺乳动物MPV变种Al的L蛋白(SEQ ID NO: 330 )具有至少9M序 列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，本发明提供了一种分离
的蛋白质，该蛋白含有(i )与哺乳动物MPV变种A2的G蛋白(SEQ ID NO: 332 )具有至少669i序列同 一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物 MPV变种A2的N蛋白(SBQ ID NO: 367 )具有至少99.594序列同一性 的氨基酸序列；(iii)与哺乳动物MPV变种A2的P蛋白(SBQ ID NO: 375 )具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV 变种A2的M蛋白(SEQ ID NO: 359 )具有至少9W序列同一性的氨基 酸序列；(v)与哺乳动物MPV变种A2的F蛋白(SEQ ID NO: 315) 具有至少98 4序列同一性的氨基酸序列；(vi)与哺乳动物MPV变种A2 的M2-1蛋白(SEQ ID NO: 339 )具有至少99、序列同 一性的氦基酸序 列；(vii )与哺乳动物MPV变种A2的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 347 ) 具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种 A2的SH蛋白(SEQ ID NO: 383 )具有至少84%序列同一性的氛基酸 序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种A2的L蛋白(SEQ ID NO: 331 ) 具有至少99X序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，本发明 提供了一种分离的蛋白质，该蛋白含有(i)与哺乳动物MPV变种B2 的G蛋白(SBQ ID NO: 325)具有至少66X序列同一性的氨基酸序列； (ii)与哺乳动物MPV变种B2的N蛋白(SEQ ID NO: 369 )具有至 少97%序列同一性的氨基酸序列；(iii)与哺乳动物MPV变种B2的P 蛋白(SEQ ID NO: 377 )具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv ) 与哺乳动物MPV变种B2的M蛋白(SEQ ID NO: 361)相同的氨基酸 序列；(v)与哺乳动物MPV变种B2的F蛋白(SEQ ID NO: 317)具 有至少99%序列同一性的氨基酸序列；(vi)与哺乳动物MPV变种B2 的M2-l蛋白(SEQ ID NO: 341)具有至少98%序列同一性的氨基酸序 列；(vii )与哺乳动物MPV变种B2的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 349 ) 具有至少99X序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种 B2的SH蛋白(SEQ ID NO: 385 )具有至少84%序列同一性的氨基酸 序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种B2的L蛋白(SEQ ID NO: 333) 具有至少99X序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，本发明 提供了一种抗体，该抗体能与由下列氨基酸序列组成的蛋白特异性杂 交(i )与哺乳动物MPV变种Bl的G蛋白(SEQ ID NO: 324 )具有 至少66X序列同一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物MPV变种Bl的 N蛋白(SEQ ID NO: 368)具有至少98. 5、序列同 一性的氨基酸序列； (iii)与哺乳动物JIPV变种B1的P蛋白(SEQ ID NO: 376 )具有至 少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV变种Bl的M 蛋白(SEQ ID NO: 360 )相同的氨基酸序列；(v)与嗜乳动物MPV变 种B1的F蛋白(SEQ ID NO: 316)具有至少99X序列同一性的氨基酸 序列；(Vi)与哺乳动物MPV变种Bl的M2-l蛋白(SEQ ID NO: 340 ) 具有至少9894序列同一性的氨基酸序列；(vii)与哺乳动物MPV变种 Bl的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 348 )具有至少99X序列同一性的氨基 酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种B1的SH蛋白(SEQ IDN0: 384 ) 具有至少83X序列同一性的氨基酸序列；或(ix)与哺乳动物MPV变 种Bl的L蛋白(SEQ ID NO: 332 )具有至少999i序列同 一性的氨基酸 序列。在一些实施方案中，本发明提供了一种抗体，该抗体能与由下 列氨基酸序列组成的蛋白特异性杂交(i)与哺乳动物MPV变种Al 的G蛋白(SEQ ID NO: 322 )具有至少66X序列同一性的氨基酸序列；
(ii )与哺乳动物MPV变种Al的N蛋白(SEQ ID NO: 366)具有至 少99.5X序列同一性的氨基酸序列；(iii)与哺乳动物MPV变种Al的 P蛋白(SEQ ID NO: 374 )具有至少96%序列同 一性的氦基酸序列；(iv) 与哺乳动物MPV变种Al的M蛋白(SEQ ID NO: 358 )具有至少99%序 列同一性的氨基酸序列；(v)与哺乳动物MPV变种Al的F蛋白(SEQ ID NO: 314)具有至少98X序列同一性的氨基酸序列；(vi)与哺乳动物 MPV变种Al的M2-1蛋白(SEQ ID NO: 338 )具有至少9H序列同一 性的氨基酸序列；(vii )与哺乳动物MPV变种Al的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 346 )具有至少96X序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动 物MPV变种Al的SH蛋白(SEQ ID NO: 382 )具有至少84X序列同一 性的氨基酸序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种Al的L蛋白(SEQ ID NO: 330 )具有至少99!4序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中， 本发明提供了一种抗体，该抗体能与由下列氨基酸序列组成的蛋白特 异性杂交(i )与哺乳动物MPV变种A2的G蛋白(SEQ ID NO: 332 ) 具有至少66X序列同一性的氨基酸序列；(ii)与哺乳动物MPV变种A2 的N蛋白(SEQ ID NO: 367 )具有至少96%序列同 一性的氨基酸序列；
(iii )与哺乳动物MPV变种A2的P蛋白(SEQ ID NO: 375 )具有至 少96X序列同一性的氨基酸序列；(iv)与哺乳动物MPV变种A2的M 蛋白(SEQ ID NO: 359 )具有至少99%序列同一性的氨基酸序列；(v)
与哺乳动物MPV变种A2的F蛋白(SEQ ID NO: 315 )具有至少9M序 列同一性的氦基酸序列；(vi)与哺乳动物MPV变种A2的M2-l蛋白 (SEQ ID NO: 339 )具有至少99X序列同 一性的氨基酸序列；(vii) 与哺乳动物MPV变种A2的M2-2蛋白(SEQIDN0: 347 )具有至少96X 序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV变种A2的SH蛋 白(SEQIDN0: 383 )具有至少84X序列同 一性的氡基酸序列；或(ix) 与哺乳动物MPV变种A2的L蛋白(SEQ ID NO: 331 )具有至少99%序 列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，本发明提供了一种抗体， 该抗体能与由下列氨基酸序列组成的蛋白特异性杂交(i)与哺乳动 物MPV变种B2的G蛋白(SEQ ID NO: 325 )具有至少66X序列同一性 的氨基酸序列；(U )与哺乳动物MPV变种B2的N蛋白(SEQ ID NO: 369 )具有至少9754序列同一性的氨基酸序列；(iii)与哺乳动物MPV 变种B2的P蛋白(SEQ ID NO: 377 )具有至少9M序列同一性的氨基 酸序列；(iv)与哺乳动物MPV变种B2的M蛋白(SEQ ID NO: 361) 相同的氨基酸序列；(v )与哺乳动物MPV变种B2的F蛋白(SEQ ID NO: 317)具有至少99X序列同一性的氨基酸序列；(vi)与哺乳动物MPV 变种B2的M2-1蛋白(SEQ ID NO: 341)具有至少9M序列同一性的 氨基酸序列；(vii)与哺乳动物MPV变种B2的M2-2蛋白(SEQ ID NO: 349)具有至少99 t序列同一性的氨基酸序列；(viii)与哺乳动物MPV 变种B2的SH蛋白(SEQ ID NO: 385 )具有至少84%序列同一性的氨 基酸序列；或(ix)与哺乳动物MPV变种B2的L蛋白(SEQ ID NO: 333 )具有至少9W序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，本 发明提供了一种检测样本中哺乳动物MPV Bl变种的方法，该方法包 括让样本与Bl变种的特异性抗体接触.在一些实施方案中，本发明 提供了一种检测样本中哺乳动物MPV Al变种的方法，该方法包括让 样本与Al变种的特异性抗体接触。在一些实施方案中，本发明提供 了一种检测样本中哺乳动物MPV A2变种的方法，该方法包括让样本 与A2变种的特异性抗体接触.在一些实施方案中，本发明提供了一 种检测样本中哺乳动物MPV B2变种的方法，该方法包括让样本与B2 变种的特异性抗体接触，
在一些实施方案中，本发明提供了一种鉴定病毒分离林为哺乳动 物MPV的方法，该方法包括让分离株或其组分与哺乳动物MPV的特异
性抗体接触。在一些实施方案中，本发明提供了一种病毒学诊断哺乳
动物MPV感染的方法，该方法包括通过让样本与MPV的特异性抗体接 触从而测定所述哺乳动物样本是否存在病毒分离林或其组分。在一些 实施方案中，本发明提供了一种病毒学诊断个体哺乳动物MPV慼染的 方法，该方法包括从个体获取样本，然后让样本与MPV特异性抗体 接触，其中如果抗体与样本结合则表明个体感染了哺乳动物MPV.
在一些实施方案中，本发明提供了感染性重组病毒，其中所述重 组病毒包含哺乳动物MPV基因组，并且另外还包含非天然的MPV序列。 在一些实施方案中，本发明提供了一种重组核酸，其中所述重组核酸 舍有(i)编码MPVA1变种G多肽的核酸；以及(ii)编码非天然MPV 多肽的核酸。在一些实施方案中，本发明提供了一种重组核酸，其中 所述重组核酸含有(i )编码MPV A2变种G多肽的核酸；以及(ii ) 编码非天然MPV多舦的核酸.在一些实施方案中，本发明提供了一种 重组核酸，其中所述重组核酸含有(i)编码MPV Bl变种G多肽的核 酸；以及(ii)编码非天然MPV多肽的核酸，在一些实施方案中，本 发明提供了一种重组核酸，其中所述重组核酸含有(i)编码MPV B2 变种G多肽的核酸；以及(ii)编码非天然MPV多肽的核酸.
在一些实施方案中，本发明提供了一种感染性嵌合病毒，其中所 述嵌合病毒含有哺乳动物MPV第一变种的基因组，其中哺乳动物MPV 第一变种基因组中一个或多个开放阅读框已被源自哺乳动物MPV第二 变种的类似开放阅读框所取代.在一些实施方案中，本发明提供了一 种感染性嵌合病毒，其中所述嵌合病毒含有哺乳动物MPV第一变种的 基因组，其中哺乳动物MPV第二变种的一个或多个开放阅读框被插入 哺乳动物MPV第一变种的基因组内。
在一些实施方案中，本发明提供了一种感染性嵌合病毒，其中所 述嵌合病毒含有哺乳动物MPV的基因组，其中哺乳动物MPV基因组中 一个或多个开放阅读框已被编码一种或多种下列蛋白质的ORF所取 代(i)禽类MPV F蛋白；(ii)禽类MPV G蛋白(iii)禽类MPV SH 蛋白；(iv )禽类MPV N蛋白(v )禽类MPV P蛋白；(vi )禽类MPV M2 蛋白；(vii )禽类MPV M2-l蛋白；(viii )禽类MPV M2-2蛋白；或 (ix)禽类MPV L蛋白.在一些实施方案中，本发明提供了一种感染 性嵌合病毒，其中所述嵌合病毒含有禽类MPV的基因组，其中禽类MPV
基因组中一个或多个开放阅读框已被编码下列一种或多种下列蛋白的
开放阅读框所取代(i)哺乳动物MPV F蛋白；(ii)哺乳动物MPV G 蛋白(iii)哺乳动物MPV SH蛋白；(iv)哺乳动物MPV N蛋白(v) 哺乳动物MPV P蛋白；(vi)哺乳动物MPV M2蛋白；(vi i )哺乳动物 MPVM2-1蛋白；(viii)哺乳动物MPV M2-2蛋白；或(ix)哺乳动物 MPV L蛋白.
在一些实施方案中，本发明提供了一种免疫原性组合物，其中所 述免疫原性组合物含有本发明所述的感染性重组病毒，
在一些实施方案中，本发明提供了一种检测样本中哺乳动物MPV 的方法，该方法包括让样本与本发明所述的核酸序列接触.在一些实 施方案中，本发明提供了一种葯物组合物，其中所迷药物组合物含有 本发明所述的感染性重组病毒.
在一些实施方案中，本发明提供了一种治疗或预防哺乳动物呼吸 道感染的方法，该方法包括施用含有哺乳动物间质肺病毒的疫苗.在 一些实施方案中，本发明提供了 一种治疗或防止哺乳动物呼吸道感染 的方法，该方法包括施用含有重组哺乳动物间质肺病毒的疫苗.
在一些实施方案中，本发明提供了一种治疗或预防哺乳动物呼吸 道感染的方法，该方法包括施用含有禽类间质肺病毒的疫苗，在一些 实施方案中，本发明提供了一种治疗或预防人呼吸道感染的方法，该 方法包括施用含有禽类间质肺病毒的疫苗.在一些实施方案中，本发 明提供了一种治疗或预防个体呼吸道感染的方法，该方法包括向个体 施用本发明組合物.
在一些实施方案中，本发明提供了一种鉴定可用于治疗哺乳动物 MFV感染的化合物的方法，其中该方法包括(a)用哺乳动物MPV感 染动物；(b)向动物施用测试化合物；以及(c)测定测试化合物对 动物感染的效果，其中能减轻感染程度或改善感染相关症状的化合物 被鉴定为可用于治疗哺乳动物MPV感染的化合物。在一些实施方案中， 本发明提供了一种鉴定可用于治疗哺乳动物MPV感染的化合物的方 法，其中该方法包括(a)用哺乳动物MPV感染细胞培养物；(b)用 测试化合物孵育细胞培养物；以及(c)测定测试化合物对细胞培养 物感染的效果，其中能减轻感染程度的化合物被鉴定为可用于治疗哺 乳动物MPV感染的化合物.在一些实施方案中，本发明提供了一种诊
断动物的哺乳动物MPV感染的方法，其中该方法包括通过让所述样 本与能和禽类肺病毒组分反应的核酸或抗体反应从而测定所述动物样
本是否存在病毒分离林或其组分，所述核酸或抗体与MPV组分交叉反应。
在一些实施方案中，本发明提供了一种血清学诊断动物感染哺乳 动物MPV的方法，该方法包括让取自动物的样本与本发明的蛋白质接 触，在一些实施方案中，本发明提供了一种血清学诊断动物感染哺乳 动物MPV的方法，该方法包括让取自动物的样本与APV的蛋白质接触. 在一些实施方案中，本发明提供了一种血清学诊断禽类APV感染的方 法，该方法包括让取自动物的样本与本发明的蛋白质接触，
在一些实施方案中，本发明提供了一种分离的负链单链RNA病毒 MPV，该病毒属于副粘病毒科肺病毒亚科，在系统发育学上可鉴定为 对应间质肺病毒属，该病毒在系统发育学上与巴黎CNCM中保藏号为 1-2614病毒分离抹的相关程度比其与禽类鼻气管炎致病因子火鸡鼻气 管炎病毒间的相关程度更密切.
3.1习惯命名及缩写 cDM互补DNA L大蛋白
M基质蛋白(排列于包膜内) F融合糖蛋白
HN血凝素-神经氨酸酶糖蛋白
N， NP或NC核蛋白(与RNA结合具有聚合酶活性) P磷蛋白 MOI感染复数
NA神经氨酸醃(包膜糖蛋白) PIV副流感病毒 hPIV人副流感病毒 hPIV3 3型人副流感病毒 APV/hMPV具有hMPV序列的重组APV hMPV/APV具有APV序列的重组hMPV 哺乳动物MPV哺乳动物间质肺病毒 nt核苷酸
RNP核糖核酸蛋白 rRNP重组RNP vRNA基因组病毒RNA cRNA反基因组病毒RNA hMPV人间质肺病毒 APV禽类肺病毒
MVA修饰后的疽苗病毒安卡拉林(Ankara) FACS荧光激活细胞分选仪 CPE细胞病变效应
位置l被转录的病毒基因组笫一基因的位置
位置2天然病毒基因组第一和第二开放阅读框之间的位置，或者可替 代地为，被转录的病毒基因组第二基因的位置
位置3天然病毒基因组第二和笫三开放阅读框之间的位置，或者可替 代地为，被转录的病毒基罔组笫三基因的位置
位置4天然病毒基因组第三和第四开放阅读框之间的位置，或者可替 代地为，被转录的病毒基因组笫四基因的位置
位置5天然病毒基因组第四和第五开放阅读框之间的位置，或者可替 代地为，被转录的病毒基因组第五基因的位置
位置6天然病毒基因组第五和第六开放阅读框之间的位置，或者可替 代地为，被转录的病毒基因组第六基因的位置 4.附闺描述


图1:分离林00-1与肺病毒亚科其它成员的已发现的氨基酸序列 的同源百分比，百分比(x 100)得自N， P， M， F和L中的两个RAP-PCR片段的氨基酸序列(8和9/10)。
困2:使用免疫荧光和病毒中和分析得到的、按年龄组别分类的 人的MPV血清阳性率.
图3:用RAP-PCR和RT-PCR在病毒分离林00-1 ( Al)获得的片 段位罝和大小所图示表示的APV的基因组，用RAP-PCR获得片段1到 10'用RAP-PCR片段1和2中的引物和基于APV和RSV ( Randhawa等 人，1997， J. Virol. 71: 9849-9854 )的前导和尾随序列设计的引 物获得了片段A。用RAP-PCR片段1和2以及RAP-PCR片段3中设计 的引物获得了片段B,用RAP-PCR片段3以及RAP-PCR片段4、 5、 6
和7中设计的引物获得了片段C。
困4:肺病毒亚科的成员与病毒分离抹00-1 (Al)的N、 P、 M和 F 0RF的比较，比对显示病毒分离林00-1 (Al)完整的N、 P、 M和P 蛋白以及部分L蛋白的氛基酸序列.分离林00-1 (Al)和其它病毒不 同的氨基酸被标出， 一致的氨基酸用句点表示.缺位用破折号表示. 数字与蛋白质中的氨基酸位置相对应.缩写如下所示APV-A， B或C: 禽类肺病毒A、 B或C型；hRSV:牛或人呼吸道合胞病毒；PVM:鼠的 肺炎病毒。L8:用RAP-PCR获得的位于L中的片段8，L 9/10:用RAP-PCR 获得的位于L中的片段9和10的共有部分。对于L蛋白的比对，仅 有bRSV， hRSV和APV-A的序列可以利用。
困5: MPV核蛋白的预測的氨基酸序列和其它肺炎病毒的序列的 比对.保守区域用框和标签A， B以及C表示.肺病毒中的保守区城 用灰影表示.缺位用破折号表示，句点表示与MPV —致的氨基酸残基 的位置。
图6: MPV裤蛋白与其它肺病毒的氨基酸序列的比较.高度相似 的区域被框住，并且富含谷氨酸的区域在灰影中。缺位用破折号表示. 句点表示与MPV —致的氨基酸残基的位里。
图7: MPV基质蛋白与其它肺病毒的推导出的氨基酸序列的比较。 保守的六肽序列在灰影中.缺位用破折号表示。句点表示与MPV —致 的氨基酸残基的位置.
困8: fc(PV分离林00-1 (Al)的基因组图详。每个0RF都标出起 始和终止密码子的核苦酸位置。穿过L的ORF的双线表示L基因的截 短形式.困谦下的3个阅读框表示原始的G ORF (nt 6262-6972 )和 重叠的潜在第二ORF.
图9: MPV融合蛋白与其它肺病毒的预测的氡基酸序列的比对。 保守的半胱氨酸残基被框住.N-相连的糖基化位点加了下划线.F0的 断裂位点加了双下划线；融合肽，倌号肽和膜锚定结构域用灰影表示， 缺位用破折号表示，句点表示与MPV—致的氨基酸残基的位置.
图10: MPV M2 ORF与其它肺病毒的氨基酸序列的比较.M2-1 0RF 的比对显示于条格A中，其保守的氨基末端用灰影表示，三个保守的 半胱氨酸残基用印刷粗体字并用#号表示。M2-2 0RF的比对显示于条 格B中。缺位用破折号表示，并且句点表示与MPV —致的氨基酸残基
的位置.
困11: MPV的SH ORF的氨基酸序列分析。(A )， MPV的SH ORF的 氨基酸序列，其丝氨酸和苏氨酸残基位于灰影中，半胱氨酸残基用粗 体字，并且疏水区域加双下划线.潜在的N-相连的糖基化位点加单下 划线.箭号表示在疏水结构域側面的碱性氛基酸位置，(B)MPV， APV-A 和hRSV-B的SH蛋白的疏水结构的比对。17个氨基酸的窗被使用了 . 箭号表示强疏水结构域.ORF里的位置在X轴上给出.
图12: MPV G蛋白ORF的氨基酸序列分析，(A ) MPV G ORF的氨 基酸序列，其丝氛酸，苏氛酸和脯氛酸残基位于灰影中.半胱氨酸残 基用粗体字，并且疏水区域加双下划线，潜在的N-相连的糖基化位点 加单下划线。(B)MPV， APV-A和hRSV-B的G蛋白的疏水结构的比对。 17个氨基酸的窗被使用。箭号表示疏水结构域，并且ORF里的位置在 X轴上给出。
困13: MPV和其它副粘病毒的聚合酶基因的保守结构域氨基酸序 列的比较，结构域III用四个框住的结构域III中的保守聚合酶模体 (A， B， C， D)表示(Poch等人，1989 EMBO J 8: 3867- 74; Poch 等人，1990， J. Gen. Virol 71: 1153-62 ).缺位用破折号表示，并 且句点表示与MPV—致的氨基酸残基的位置.缩写如下所示hPIV-3: 人副流感病毒3型；SV:仙台病毒；hPIV-2:人副流感病毒2型；NDV: 新城病毒；MV:麻渗病毒；nipah: Nipah病毒。
图14:肺病毒属的成员与病毒分离林00-1 (Al)的N， F， M, 和F ORF的系统发育分析.系统发育分析基于病毒的如下基因序列来 进行F (条格A )， N (条格B )， M (条格C )和P (条格D )。系统发 育树基于采用100次bootstrap和3次jumble的最大可能性分析法。 代表核苷酸变化的数值范围以每个树表示。
图15: MPV和选定的副粘病毒的M2-1和L0RFs的系统发育分析. 如图13图例所述，M2-1 ORF用与肺病毒属的其它成员(A )的M2-1 ORF 进行比对，而L ORF用与肺病毒属和选定的其它副粘病毒的其它成员 的L ORF进行比对。系统发育树由采用100次bootstrap和3次jumble 的最大可能性分析法生成。代表核苷酸变化的数值范围以每个树表 示。树中的数字表示基于共有树的bootstrap值。
图16:九个原始MPV分离株和APV-C及其遣传近亲的F(条格A )，
N (条格B)， M (条格C) 20和L (条格D) ORF的部分的系统发育关 系.系统发育树基于最大可能性分析法，代表核苷酸变化的数值范围 以每个树表示.APV-C的登记号条格A: D00850;条格B: U39295; 条格C: X58639;以及条格D: U65312。
图17: hMPV的所有四个变种，即变种Al， A2, Bl或B2的不同 分离株的F基因的比对.
困18: hMPV的所有四个变种，即变种Al， A2， Bl或B2的不同 分离林的F蛋白的比对。
困19: hMPV的所有四个变种，即变种Al, A2， Bl或B2的不同 分离株的G基因的比对。
困20: hMPV的所有四个变种，即变种Al， A2， Bl或B2的不同 分离林的G蛋白的比对。
图21:基于F基因序列的系统发育树，其显示hMPV各自变种的 不同分离林的系统发育关系。
图22:基于G基因序列的系统发育树，其显示困13所示的hMPV
各自变种的不同分离林的系统发育关系。
图23: MPV分离抹00-1 ( Al )在Vero细胞中的生长曲线。Vero 细胞以0. 1 MOI感染。
图24: CAT-hMPV微复制子构建体的序列.序列片段编码的功能 显示于序列的下方。
困25:来自CAT-hMPV微复制子的CAT的表达.用于转染的不同 构建体显示于x-轴上；CAT表达量显示于y-轴上，该困显示转染后24 小时的CAT的表达和转染后48小时的CAT的表达情况.标准品用CAT 蛋白的稀释液，
图26:前导和尾随序列比较显示了不同病毒前导和尾随序列 的比对。
图27: hMPV基因组分析显示了与hMPV基因组构成相关的hMPV 基因组序列的PCR片段.突变位点显示于显示了 PCR片段的竖条下面。
图28: hMPV分离株00-1 (Al)和hMPV分离林99-1 (Bl)的限 制性酶谗，各自分离林中的限制性位点显示于显示了 hMPV基因组构 成的困表下方。图表上方的范围以kb显示了 hMPV基因组的位置。
图29A和29B: hMPV cDNA装配。上方的困表显示hMPV的基因组 构成，下方的橫条显示装配成编码病毒的全长cDNA的PCR片段(见 围27).表示PCR片段的橫条上方的数字以碱基对显示了病毒基因组
的位里。
困30:来自MPV分离林00-1 (Al)基因组3，末端的核苷酸和氨 基酸序列信息.给出ORF. N:核蛋白的0RF; P:磷蛋白的0RF; M: 基质蛋白的ORF; F:融合蛋白的0RF; GE:基因末端；GS:基因起始.
图31A和B:来自MPV分离株00-1 (Al)聚合睐基因(L)所得 片段的核苷酸和氛基酸序列信息。L中片段的定位是基于APV-A(登 记号U65312 )的蛋白质同源性的.翻译片段8 (困31 A)定位于氨 基酸数8至243，片段9和10的一致部分(图31 B)定位于APV-A L ORF的氨基酸数1358至1464.
困32:用ned/00/01 (Al)和/或ned/99/Ol ( Bl )接种的12个 豚鼠15的喉鼻擦拭物RT-PCR分析结果。
困33A:感染ned/00/01(Al)和重复感染ned/00/01(Al)(GP4， 5和6 )或ned/99/Ol ( Bl ) ( GP 1和3 )的豚鼠的抗ned/00/Ol ( Al) 和ned/99/Ol ( Bl )的IgG应答。
困33B:感染ned/99/Ol和重复感染ned/00/Ol ( Al) ( GP 8和6 ) 或ned/99/Ol ( Bl) ( GP 10， 11， 12)的脉鼠的抗ned/00/Ol ( Al) 和ned/99/01 ( Bl)的IgG应答.
困34:感染ned/00/Ol (Al)或ned/99/Ol ( Bl)的豚鼠血清之 ned/00/Ol ( Al)和ned/99/Ol (Bl)的ELISA特异性。
图35: 3个同源的(00-1/00-1 )， 2个同源(99—1/99-1 )， 2个 异源(99-1/00-1 )和2个异源的(00-1/99-1 )感染的豚鼠的抗 ned/00/Ol (Al )和ned/99/Ol (Bl)的平均IgG应答的ELISA,
困36: hMPV感染的豚鼠的APV抑制平均百分比，
图37: ned/00/Ol ( Al )和ned/99/Ol ( Bl )感染的豚鼠的抗 ned/00/Ol ( Al )， ned/99/Ol (Bl)和APV-C的病毒中和滴度。
困38:(两次條种ned/00/01(Al)的恒河猴的喉擦拭物的RT-PCR 分析结果.
图39 A (上两条格)(重复)感染ned/00/01 ( Al)的恒河猴的 抗ned/00/01 (Al )的IgA， IgM和IgG应答.
图39 B (底条格)感染ned/00/01 ( Al)的恒河猴的抗APV的 IgG应答。
图40:人血清中IgG抗体检测用hMPV ELISA和APV抑制ELISA 的使用比较.
困41:两个原型hMPV分离抹与APV-A和APV-C的比较；用于编 码各种病毒蛋白的核酸DNA相似性矩阵.
闺42:两个原型hMPV分离株与APV-A和APV-C的比较；用于各 种病毒蛋白的蛋白质相似性矩阵。
困42b:哺乳动物个原型MPV的编码序列的比较.左栏显示核酸 序列比较，右栏显示氨基酸序列比较.NL/1/00是变种A1 (SEQIDNO: 19)的原型。NL/17/00是变种A2 ( SEQ ID NO: 20)的原型。NL/1/99 是变种B 1 (SEQ ID NO: 18)的原型，NL/1/94是变种B2 ( SEQ ID NO: 21)的原型.
图43:两个原型hMPV分离林核蛋白的氨基酸比对， 困44:两个原型hMPV分离林砩蛋白的氨基酸比对 困45:两个原型hMPV分离林基质蛋白蛋白的氨基酸比对. 图46:两个原型hMPV分离抹融合蛋白的氨基酸比对。 困47:两个原型hMPV分离林M2-l蛋白的氨基酸比对。 图48:两个原型hMPV分离林M2-2蛋白的氛基酸比对。 困49:两个原型hMPV分离株短疏水蛋白的氨基酸比对。 困50:两个原型hMPV分离抹附着糖蛋白的氨基酸比对。 图51:两个原型hMPV分离林聚合酵蛋白N-末端的氨基酸比对。 图52: hMPV分离株OO-l ( Al)的非编码序列.(A)正义链中位 于ORFs和基因组末端之间的非编码序列。从左到右，首先列出的是 标示ORF的终止密码子，随后为非编码序列，标示的下一个ORF的基 因起始信号及起始密码子。数字显示的是hMPV起始及终止密码子的 第一个位置。用下划线标出的是与已公开基因终止信号表现出相似性 的序列，用上划线标出的是与UAAAAAU/A/C表现出相似性的序列.(B) hMPV基因组末端的核苷酸序列.hMPV基因组末端相互间比对以及与 APV基因组末端的比对，下划线区域标出的是RT-PCR试验所用引物序 列，这些引物序列是根据APV和RSV 3'和5'末端序列设计而成的。 粗斜体核苷酸是N基因起始信号的部分。Le:前导序列，Tr:尾随序 列。
困53: hMPV分离林00-1 (Al)与hMPV分离林99-1 ( Bl)之间 基因组序列的序列比较.
困54:通过聚腺苷酸化与3'RACE方法结合测定得到的人间质肺 病毒(hMPV) NL/1/00 (Al)基因组RNA的前导序列。
困55:用PCR产物直接和用PCR克隆测序分析都表明hMPV的前 导区是由前导序列中最靠近3'端的20个核苷酸5'ACG CGA AAA AAA CGC GTA TA (按正义cDNA方向表示)组成的.下划线标出的是两个新近 鉴定的核苷酸。
5.发明详述
本发明涉及一种分离的哺乳动物负链UNA病毒，间质肺病毒(MPV ) 及其变种，该病毒属于副粘病毒科肺病毒亚科.本发明还涉及一种分 离的哺乳动物负链RNA病毒及其组分，该病毒从系统发育学上可鉴定 为对应或属于间质肺病毒属.本发明的哺乳动物MPV可以是哺乳动物 MPV的Al、 A2、 Bl或B2变种。但是，本发明的哺乳动物MPV包括有 待鉴定的其它变种，而不仅限于A1、 A2、 B1或B2变种。
本发明涉及哺乳动物间质肺病毒分离抹各种变种的基因组核香酸 序列，所述病毒具体为人间质肺病毒，包括A1、 A2、 Bl和B2变种。
本发明涉及哺乳动物间质肺病毒不同分离林的序列信息在诊断和治疗 方法中的应用。本发明涉及不同间质肺病毒分离抹间基因组核苷酸序 列的差异，及其在本发明所述诊断和治疗方法中的用途.具体而言， 本发明涉及使用不同间质肺病毒分离林间单核苷酸多态性(SNPs)用 于诊断和治疗方法。本发明还涉及利用哺乳动物间质肺病毒不同分离 株的血清学特性，单独或与不同分离林的序列信息结合，用于诊断和 治疗方法。
本发明涉及编码间质肺病毒基因組或其部分，包括哺乳动物和禽 类间质肺病毒(APV)的核苷酸序列.本发明涉及编码间质肺病毒基 因产物的核苷酸序列，包括哺乳动物和禽类间质肺病毒。本发明进一 步还涉及核酸，包括DM和RNA,所述核酸编码间质肺病毒基因组或 其部分，包括哺乳动物和禽类间质肺病毒，除相对于病毒基因组为异 源或非天然的核苷酸序列外。本发明进一步涉及由所迷核苷酸序列编 码的重組或嵌合病毒.
本发明所述的重组病毒是一种源自哺乳动物MPV或APV由内源或
天然基因组序列或非天然基因组序列编码的病毒.本发明所述的非天 然序列是指由于一处或多处突变而有别于天然或内源基因组序列的序 列，包括但不限于点突变、重排、插入、缺失等，该基因组序列能或
不能导致表型改变.本发明所述的嵌合病毒是一种重组的MPV或APV， 其中另含有异源核苷酸序列.本发明所述的嵌合病毒是由具有下述特 性的核苷酸序列序列编码基因组中添加了异源核苷酸序列或者基因 组中的内源或天然核苷酸序列被异源核苷酸序列所取代.
本发明进一步还涉及含有哺乳动物或禽类间质肺病毒的疫苗制 刑，所述病毒包括所述病毒的重组体。具体而言，本发明涉及含有MPV 或APV重组或嵌合体的疫苗制剂，该重组或嵌合体表达抗原性糖蛋白， 包括MPV或APV糖蛋白，以及/或者非天然的MPV或APV糖蛋白。本 发明还涉及含有MPV或APV重组体的疫苗制剂，该重组体编码另一种 负链RNA病毒，包括PIV或RSV的抗原性序列，或者另一种或另一抹 间质肺病毒的糖蛋白。本发明进一步还涉及含有嵌合hMPV的疫苗， 其中所述嵌合hMPV编码一种或多种APV蛋白，并且其中所述嵌合hMPV 可任选地另外表达一种或多种异源或非天然序列.本发明还涉及含有 嵌合APV的疫苗，其中所述嵌合APV编码一种或多种hMPV蛋白，其 中所述嵌合APV可任选地另外表达一种或多种异源或非天然序列.本 发明还涉及多价疫苗，包括二价和三价疫苗。具体而言，本发明的二 价及三价疫苗包括由同 一或不同肺病毒栽体表达的两种或多种抗原多 肽，该栽体编码MPV、 APV、 PIV、 RSV、流感病毒或另一种负链RNA病 毒或麻渗病毒的抗原多肽。
5. 1哺乳动物间质肺病毒 哺乳动物间质肺病毒的结构特征
本发明提供了一种哺乳动物MPV。该哺乳动物MPV是一种负链单 链RNA病毒，属于副粘病毒科肺病毒亚科.而且，该哺乳动物MPV在 系统发育学上可鉴定为对应或属于间质肺病毒属，其中该哺乳动物MPV 在系统发育学上与巴黎CNCM中保藏号为I-2614病毒分离株(SEQ ID NO: 19)的相关程度比其与禽类鼻气管炎致病因子火鸡鼻气管炎病毒 间相关程度更密切。通过例如获取病毒核酸序列信息并对其进行系统 发育测试可鉴定一种病毒系统发育学上对应于间质肺病毒属。本领域
技术人员已知的任一技术都可用于测定两株病毒间的系统发育相互关
系，例如方法参见章节5.9。其它技术公开于国际
发明者A·D·M·E·奥斯特豪斯, A·哈勒, B·G·范登霍根, R·A·M·福希尔, R·唐 申请人:免疫医疗疫苗公司;维洛诺瓦蒂夫公司