工业上有用的微生物的制作方法

专利名称：：工业上有用的微生物的制作方法工业上有用的微生物
技术领域：
0001本发明涉及染色体DNA比野生型大肠杆菌短的大肠杆菌突变体、以及使用该突变体制备有用物质的方法。
背景技术：
：0002已经阐明大肠杆菌的染色体DNA的完整碱基序列(非专利文献1以及2)。此外，已知使用同源重组的方法，使大肠杆菌的染色体DM上存在的任意基因或者染色体DNA上的任意区域按照希望产生缺失的方法(非专利文献3)。另外，利用染色体DNA的完整碱基序列信息以及同源重组方法可以制备将大肠杆菌染色体DM上的各基因网络性地破坏的突变林文库、以及将可以删除的20kbp左右的染色体DNA上的区域分别网络性地使之缺失的突变抹文库等(非专利文献4以及5)。0003作为染色体DNA上的多个区域存在缺失的大肠杆菌突变林，据报道有缺失376kbp的突变林(非专利文献6)、缺失262kbp的突变林(非专利文献7)、缺失313kbp的突变林(非专利文献5),不过只是记栽了任何一株的生长繁殖(菌体量或者生长繁殖速度)和作为亲本林的野生型林相同，并没有记载当向染色体DNA导入400kbp以上的缺失的情况下、该缺失会对大肠杆菌的生长繁殖造成怎样的影响。0004即、尚且未知在染色体DM上的多个区域被缺失的、并且生长繁殖比野生型的大肠杆菌提高了的大肠杆菌突变体、以及使用该突变体制备有用物质的方法。非专利文献l:Science,277，1453(1997)非专利文献2:日本DNAf'—夕乂《》夕、"EscherichiacoliK12W3110"、[online]、[平成16年10月29日]、国际互联网〈URL:http://gib.genes.nig.ac.jp/single/index.phpspid=Ecol_K12_W3110>非专利文献3:J.Bacteriol.，180，2063(1998)非专利文献4:蛋白质核酸酶、第462巻386页、2001年非专利文献5:NatureBiotechnol.，20，1018(2002)非专利文献6:GenomeResearch,12，640(2002)非专利文献7:GenomeResearch,13，644(2003)
发明内容发明所要解决的问题0005本发明的目的是提供染色体DNA上的多个区域缺失的大肠杆菌突变体、以及使用该突变体制备有用物质的方法。用于解决问题的方法0006本发明涉及下述(l)~(47):(l)含有下述[1]和[2]所述的基因或者与它们同源的基因、且具有比野生型大肠杆菌短470kbp以上的染色体DM的大肠杆菌突变体，不过，在下述[1]和[2]所述的基因或者与它们同源的基因中存在野生型大肠杆菌原来不具有的基因(以下称为NC基因)的情况下，该源自野生型大肠杆菌的上述大肠杆菌突变体也可以不具有NC基因，其中[1〗和[2]所述的基因为[1〗thrA基因、thrB基因、thrC基因、talB基因、mog基因、htgA基因、dnaK基因、dnaJ基因、hokC基因、nhaA基因、nhaR基因、rpsT基因、ribF基因、ileS基因、lspA基因、fkpB基因、lytB基因、dapB基因、carA基因、carB基因、caiF基因、caiE基因、caiD基因、caiC基因、caiB基因、caiA基因、caiT基因、fixA基因、fixB基因、fixC基因、fixX基因、kefC基因、folA基因、apaH基因、apaG基因、ksgA基因、pdxA基因、surA基因、,imp基因、djlA基因、rluA基因、hepA基因、polB基因、araD基因、ara人基因、araB基因、araC基因、tbpA基因、leuD基因、leuC基因、leuB基因、leuA基因、leuL基因、leu0基因、ilvl基因、ilvH基因、fruR基因、ftsL基因、ftsl基因、murE基因、murF基因、mraY基因、murD基因、ftsW基因、murG基因、murG基因、ddlB基因、ftsQ基因、ftsA基因、ftsZ基因、lpxC基因、基因、mutT基因、yacE基因、guaC基因、hofC基因、hofB基因、ppdD基因、nadC基因、ampD基因、ampE基因、aroP基因、pdhR基因、aceE基因、aceF基因、lpdA基因、acnB基因、,speD基因.>speE基因、gcd基因、hpt基因、yadF基因、panD基因、panC基因、panB基因、htrE基因、ecpD基因、folK基因、pcnB基因、dksA基因、sfsA基因、ligT基因、hrpB基因、ponB基因、hemL基因、pfs基因、dgt基因、htrA基因、dapD基因、,glnD基因、map基因、,rpsB基因、tsf基因、,smb基因、rrf基因、dxr基因、rth基因、cdsA基因、yaeL基因、hlpA基因、lpxD基因、fabZ基因、lpxA基因、lpxB基因、rnhB基因、dnaE基因、acc人基因、ldcC基因、mesJ基因、.rof基因、cutF基因、proS基因、rcsF基因、abc基因、dniR基因、gloB基因、rnhA基因、dnaQ基因、upl8基因、gmhA基因、pepD基因、gpt基因、crl基因、phoE基因、proB基因、proA基因、hemB基因、proC基因、aroL基因、aroM基因、ar"基因、sbcC基因、sbcD基因、phoB基因、phoR基因、brnQ基因、proY基因、malZ基因、,queA基因、.tgt基因、secD基因、S6CF基因、tsx基因、ribD基因、ribH基因、nusB基因、thiL基因、PgpA基因、dxs基因、ispA基因、xseB基因、thil基因、thiJ基因、apbA基因、cyoE基因、cyoD基因、cyoC基因、cyoB基因、cyoA基因、ampG基因、bolA基因、tig基因、clpP基因、clpX基因、lon基因、hupB基因、cof基因、mdlA基因、mdlB基因、glnK基因、amtB基因、tesB基因、maa基因、hha基因、acrB基因、acr人基因、acrH基因、aefA基因、priC基因、apt基因、dnaX基因、recR基因、htpG基因，adk基因、hemH基因、,aes基因、gsk基因、fsr基因、ushA基因、cueH基因、gcl基因、gip基因、purK基因、purE基因、ybbF基因、ppiB基因、cysS基因、folD基因、sfmA基因、sfmC基因、sfmD基因、sfmH基因、sfmF基因、fimZ基因、entD基因'.fepA基因、fes基因、entF基因、fepE基因、fepC基因、fepG基因、fepD基因、fepB基因、entC基因、entE基因、entB基因、entA基因、cstA基因、dsbG基因、ahpC基因、ahpF基因、rnk基因、rna基因、citT基因、citG基因、citX基因、citF基因、citE基因、citD基因、citC基因、citA基因、citB基因、dcuC基因、dcuC基因、crcA基因、cspE基因、crcB基因、lipA基因、lipB基因、dacA基因、rlpA基因、mrdB基因、mrdA基因、phpB基因、nadD基因、holA基因、rlpB基因，.leuS基因、lnt基因、phoL基因、ubiF基因、asnB基因、nagD基因、nagC基因、nagA基因、nagB基因、nagE基因、glnS基因.、fur基因、fldA基因、seqA基因，.pgm基因、potE基因、speF基因、kdpE基因、kdpD基因、kdpC基因、kdpB基因、kdpA基因、phrB基因、end8基因、abrB基因、glU基因、sdhC基因、sdhD基因、sdhA基因、sdhB基因、sucA基因、sucB基因、sucG基因、sucD基因、farR基因、hrsA基因、cydA基因、cydB基因、tolQ基因、tolR基因、tolA基因、tolB基因.、pal基因、nadA基因、pnuC基因、czcD基因、aroG基因、gpmA基因、galM基因、galK基因、galT基因、galE基因、modF基因、modE基因、modA基因、modB基因、modC基因、bioA基因、bioB基因、bioF基因、bioC基因、bioD基因、uvrB基因、moaA基因、moaB基因、moaG基因、moaD基因、moaE基因、rhlE基因、dps基因、ompX基因、mipB基因、moeB基因、moe人基因、mdfA基因、grxA基因、poxB基因、aqpZ基因、cspD基因、clpA基因、infA基因、aat基因、cydC基因、cydD基因、trxB基因、lrp基因、ftsK基因、lolA基因、serS基因、dmsA基因、dmsB基因、dmsC基因、pflA基因、pflB基因、focA基因、serC基因、aroA基因、cmk基因、rpsA基因、himD基因、msbA基因、lpxK基因、kdsB基因、smtA基因、mukF基因、kicA基因、mukB基因、aspC基因、ompF基因、asnS基因、pncB基因、pepN基因、ssuB基因、ssuC基因、ssuD基因、ssuA基因、ssuE基因、pyrD基因、uup基因、pqiA基因、pqiB基因、rmf基因、fabA基因、ompA基因、sulA基因、helD基因、mgsA基因、acyP基因、hyaA基因、hyaB基因、hyaC基因、hyaD基因、hyaE基因、hyaF基因、appC基因、appB基因、appA基因、csgG基因、csgF基因、csgE基因、csgD基因、csgB基因、csgA基因、csgC基因、sfaA基因、mdoG基因、mdoH基因、msyB基因、htrB基因、solA基因、dinl基因、pyrC基因、grxB基因、rimJ基因、mviM基因、mviN基因、HgN基因、flgM基因、flgA基因、flgB基因、HgC基因、HgD基因、flgE基因、flgF基因、flgG基因、flgH基因、flgl基因、flgJ基因、flgK基因，.HgL基因、rri6基因、rluC基因、rpmF基因、plsX基因、fabH基因、fabD基因、fabG基因、acpP基因、fabF基因、pabC基因、tmk基因、holB基因、ptsG基因、fhuE基因、nagZ基因、,ndh基因、mfd基因、ycfU基因、ycfV基因、ycfW基因、cobB基因、potD基因、potC基因、potB基因、potA基因、pepT基因、phoQ基因、phoP基因、purB基因、trmU基因、icdA基因、minE基因、minD基因、minC基因、clyA基因、umuD基因、umuG基因、dsbB基因、nhaB基因、fadR基因、dadA基因、dadX基因、ldcA基因、mltE基因、tagl基因、treA基因、dhaR基因'.pth基因、prsA基因、ychB基因、hemM基因、hemA基因、prfA基因、hemK基因、kdsA基因、chaA基因、chaB基因、chaC基因、narL基因、narX基因、基因、narG基因、narH基因、narJ基因、narl基因，.tpr基因、purU基因、sprE基因、galU基因、,hns基因、tdk基因、adhE基因、oppA基因、oppB基因、oppC基因、,oppD基因、oppF基因、cls基因，,kch基因、tonB基因、trpA基因、trpB基因、trpC基因、trpD基因、trpE基因、trpL基因、btuR基因、sohB基因、topA基因、cysB基因、acii人基因、ribA基因、pgpB基因、pyrF基因、osmB基因，.rnb基因、6HVM基因、sapF基因、sapD基因、sapC基因、sapB基西、sapA基西、aldH基因、ordL基因、goaG基因、pspF基因、pspA基因、pspB基因、pspC基因、pspD基因、pspE基因、sucP基因、,ompG基因、tyrR基因、tpx基因、mppA基因、,fnr基因、ogt基因、dbpA基因、intR基因、lar基因、recT基因、recE基因、racC基因、>kil基因、sieB基因、racH基因、dnaC基因、'enpP基因、trkG基因、VMTH一LAMBD基因、VL0M丄AMBD基因、tnp0基因、upo3基因、ompN基因、nifJ基因、hslJ基因、ldhA基因、feaR基因、feaB基因、tynA基因、paaZ基因、paaA基因、paaB基因、paaC基因、paaD基因、paaE基因、paaF基因、paaG基因、paaH基因、paal基因、paaJ基因、paaK基因、paaX基因、paaY基因、acpD基因、hrpA基因、aldA基因、gapC基因、,gapC基因、cybB基因、trg基因、rimL基因、tehA基因、tehB基因、prtC基因、potA基因、potC基因、ansP基因、nhoA基因、narV基因、narW基因、narY基因、narZ基因、narU基因、fdnG基因、fdnH基因、fdnl基因、adhP基因、sfcA基因、rpsV基因、osmC基因、dos基因、xasA基因、gadB基因、pqqL基因、chuR基因、hipA基因、hipB基因、,tam基因、腿B基因、marG基因、marR基因、marA基因、marB基因、dcp基因、lycV基因、dicA基因、dicB基因、rspB基因、rspA基因、speG基因、dmsB基因、dmsC基因、bioD基因、mlc基因、asr基因、ebr基因、pntB基因、pntA基因、arcD基因、rsU基因、rstB基因、tus基因、fumC基因、f頭A基因、manA基因、uidC基因、uidB基因、uidA基因、uidR基因、hdhA基因、mail基因、malX基因、malY基因1、add基因、blr基因、,nth基因、gst基因、pdxY基因、tyrS基因、pdxH基因、slyB基因、slyA基因、sodC基因、nemA基因'>gloA基因、rnt基因、lhr基因、sodB基因、ar"基因、purR基因、cfa基因、ribE基因、ag43基因、phsC基因、nrfC基因、pykF基因、lpp基因、sufS基因、aroD基因、ppsA基因、aroH基因、nlpC基因、btuD基因、btuE基因、btuC基因、himA基因、pheT基因、pheS基因、pheM基因、rplT基因、rpml基因、infC基因、thrS基因、arp基因、pfkB基因、cedA基因、katE基因、celF基因、celD基因、celC基因、celB基因、celA基因、osmE基因、nadE基因、spy基因、astE基因、astB基因、astD基因、astA基因、cstC基因、xthA基因、gdhA基因、topB基因、selD基因、sppA基因、ans人基因、tdh基因、gapA基因、ttuC基因、caiT基因、rnd基因、fadD基因、slp基因、pabB基因、sdaA基因、manX基因、manY基因、manZ基因、rrmA基因、cspC基因、kdgR基因.,tcmA基因、htpX基因、pre基因、pqiB基因、.pphA基因、holE基因、exoX基因、ptrB基因、purT基因、eda基因、edd基因、zwf基因、pykA基因、mlt基因、znu人基因、znuG基因、ruvB基因、ruv人基因、ruvG基因、ntpA基因、aspS基因、bisZ基因、torY基因、cutC基因,,argS基因、pgsA基因、請n基因、cbl基因、nac基因、<srfK基因、cobT基因、cobS基因、cobU基因、gyrl基因、phsE基因、sbcB基因、hisL基因、hisG基因、hisD基因、hisC基因、hisB基因、hisH基因、hisA基因、hisF基因、hisl基因、wzz基因、ugd基因、gnd基因、！WlF基因、wcaM基因、wcaL基因、wcaIC基因、wzxC基因、wcaJ基因、cpsG基因、cpsB基因、wcal基因、wcaH基因、wcaG基因、gmd基因、wcaF基因、wcaE基因、wcaD基因、wcaC基因、wcaB基因、wcaA基因、wzb基因、wza基因、asm人基因、dcd基因、udk基因、thiD基因、thiM基因、iiirp基因、metG基因、cdd基因、san人基因、mglC基因、mglA基因、mglB基因、galS基因、folE基因、cirA基因、,lysP基因-.nfo基因、fruA基因、fruK基因、fruB基因、rplY基因、narP基因、ccmH基因、dsbE基因、ccmF基因、ccmE基因、ccmD基因、ccmG基因、ccmB基因、ccm人基因、napC基因、napB基因、napH基因、napG基因、napA基因、napD基因、napF基因、eco基因、alkB基因、ada基因、apbE基因、rcsB基因、rcsG基因、atoS基因、atoC基因、atoD基因、atoA基因、atoE基因、atoB基因、gyrA基因、uMG基因、nrdA基因、nrdB基因、inaA基因、glpQ基因、glpT基因、glpA基因、.glpB基因.、glpC基因、cinA基因、ais基因、pmrD基因、menE基因、m6nG基因、menB基因、m6nD基因、基因、nuoN基因、nuoM基因、nuoL基因、nuoK基因、nuoJ基因、miol基因、nuoH基因、nuoG基因、nuoF基因、nuoE基因、nuoD基因、nuoB基因、nuo人基因、lrhA基因、ackA基因',pta基因、ubiX基因、purF基因、dedE基因、dedD基因、folC基因、accD基因、dedA基因、truA基因、usgl基因、pdxB基因、div基因、fabB基因、ddpX基因、mepA基因、aroC基因、sixA基因、fadL基因、vacJ基因、dsdC基因、dsdX基因、dsdA基因、emrY基因、emrK基因、evgA基因、evgS基因、bifF基因、ddg基因、glk基因、mntH基因、mipC基因、gitx基因、xapR基因、xapB基因、xapA基因、lig基因、zipA基因、cysZ基因、cysK基因、ptsH基因、ptsl基因、gsr基因、pdxK基因、cysM基因、cysA基因、cysW基因、cysU基因、cysP基因、ucpA基因、ptbA基因、amiA基因、hemF基因、cchA基因、eutC基因、eutB基因、eutH基因、eutG基因、eutJ基因、eutE基因、cchB基因、eutl基因、talA基因、tktB基因、aegA基因、narQ基因、acrD基因、dapE基因、purC基因、nlpB基因、dapA基因、gcvR基因、bcp基因、hyfA基因、hyfB基因、hyfC基因、hyfD基因、hyfE基因、hyfF基因、hyfG基因、hyfH基因、hyfl基因、hyfJ基因、hyfR基因、focB基因、perM基因、yfgE基因、ur"基因、,基因、purM基因、purN基因、.ppk基因、ppx基因、guaA基因、guaB基因、xseA基因、hisS基因、.gcpE基因.,ndk基因、pbpC基因、sse人基因、sseB基因、pepB基因、.fdx基因、hscA基因、hscB基因、iscU基因、iscS基因、iscR基因、suhB基因、csiE基因、dgxA基因、dgxB基因、hcaC基因、hcaB基因、hcaD基因、glyA基因、hmpA基因、glnB基因、purL基因、acpS基因、,pdxJ基因,.rec0基因、6ra基因、rnc基因、lepB基因、lepA基因、rseC基因、rseB基因、rse灰基因、rpoE基因、nadB基因、srmB基因、,ung基因、trx2基因、pssA基因、kgtP基因、clpB基因、rluD基因、pheL基因、pheA基因、tyrA基因、aroF基因、rplS基因、trmD基因、,rimM基因',rpsP基因、ffh基因、grpE基因、recN基因、smpA基因、smpB基因、gabD基因、gabT基因、gabP基因、nrdF基因、emrR基因、emrA基因、emrB基因、gshA基因、csrA基因、alaS基因、or"基因、rec人基因、mltB基因、hypF基因、hydN基因、ascG基因、ascF基因、ascB基因、hycl基因、hycH基因、hycG基因、hycF基因、hycE基因、hycD基因、hycC基因、hycB基因、hycA基因、hypA基因、hypB基因、hypC基因、hypD基因、hypE基因、fhlA基因、mutS基因、prpB基因，.rpoS基因、pcm基因、surE基因、ygbB基因、ygbP基因、ygbQ基因、cysC基因、cysN基因、cysD基因、iap基因、cysH基因、cysl基因、cysJ基因、ptpS基因、6H0基因、pyrG基因、mazG基因、chpR基因、relA基因、barA基因、gud2基因、gudT基因、mioC基因、syd基因、sdaB基因、exo基因、fuc0基因、fucA基因、fucP基因、fuel基因、fucK基因、fucU基因、fucR基因、gcvA基因、nifS基因、mltA基因、amiC基因、argA基因、thyA基因、lgt基因、ptsP基因、mutH基因'.tas基因、aas基因、galR基因、lysA基因、lysR基因、araE基因、kduD基因、kdul基因、lysS基因、prfB基因、recJ基因、dsbC基因、xerD基因、fldB基因、upl4基因、bglA基因、gcvP基因、gcvH基因、gcvT基因、visC基因、ubiH基因、pepP基因、serA基因、rpiA基因、,iciA基因、sbm基因、argK基因、fba基因、pgk基因、epd基因、1tktA基因、speB基因、speA基因、metK基因、galP基因、sprT基因、endA基因、gshB基因、yqgF基因、ansB基因、mutY基因、mltC基因、nupG基因、speC基因、pitB基因、gsp基因、tiybG基因、hybF基因、hybE基因、hybD基因、hybC基因、hybB基因、hybA基因、hoxK基因、exbD基因、exbB基因、metC基因、exsA基因、sufl基因、plsC基因、,parC基因,、parE基因一基因、tolC基因、ribB基因、glgS基因、,rfaE基因.、glnE基因、cca基因、bacA基因、folB基因、UdA基因、UdB基因、ygjD基因、rpsU基因、dnaG基因、rpoD基因、aer基因、ebgR基因、ebgA基因、ebgC基因、fadH基因、ux"基因、uxaC基因、exuT基因、exuH基因、tdcE基因、tdcD基因、tdcC基因、tdcB基因、tdcA基因、tdcR基因、sohA基因、agaR基因、agaZ基因、agaV基因、agaW基因、agaA基因、agaS基因、agaY基因、agaB基因、agaC基因、,agaD基因,>agal基因、mtr基因、deaD基因、nlpl基因、pnp基因、rps0基因、truB基因、rbfA基因、infB基因、IIUS人基因、argG基因、secG基因、mrsA基因、folP基因、ftsH基因、ftsJ基因、greA基因、dacB基因、yhbZ基因、rpmA基因、rplU基因、ispB基因、,nlp基因、murA基因、yrbl基因、yrbK基因、rpoN基因、ptsN基因、pts0基因、mtgA基因、arcB基因、gltB基因、醒丁基因、npl基因、nanll基因、dcuD基因、sspB基因、sspA基因、rpsl基因、rplM基因、,hhoA基因'.hhoB基因、mdh基因、argR基因、tldD基因、rng基因、mreD基因、mreG基因、mreB基因、accB基因、accG基因、panF基因、prmA基因、fis基因、,aroE基因.>smg基因、smf基因、def基因、fmt基因、sun基因、trkA基因、mscL基因、zntR基因、rplQ基因、rpoA基因、rpsD基因、rpsK基因、rpsM基因、rpmJ基因、secY基因、rpl0基因、rpmD基因、rpsE基因、rplR基因、rplF基因、rpsH基因、rpsN基因、rplE基因、rplX基因、rplN基因、rpsQ基因、rpmC基因、rplP基因、rpsC基因、rplV基因、rpsS基因、rplB基因、rplW基因、rplD基因、rplC基因、rpsJ基因、tufA基因、fusA基因、rpsG基因、rpsL基因、fkpA基因、slyX基因、slyD基因、kefB基因、prkB基因、crp基因、argD基因、pabA基因'.fic基因、ppiA基因、nirB基因、nirD基因、.nirC基因、cysG基因、php基因、trpS基因、gph基因、rpe基因、dam基因、damX基因、aroB基因、aroK基因、hofQ基因、mrc人基因、pckA基因、envZ基因、oinpR基因、greB基因、feoA基因、feoB基因、bioH基因、gntT基因、malQ基因、malP基因、malT基因、rtcA基因、rtcB基因、rtcR基因、glpR基因、glpG基因、glpE基因、glpD基因、glgP基因、glgA基因、glgC基因、glgX基因、glgB基因、asd基因、gntU基因、gntU基因、gntK基因、gntR基因、ggt基因、ugpQ基因、ugpC基因、ugpE基因、ugpA基因、ugpB基因、livF基因、livG基因、livM基因、livH基因、livK基因、livJ基因、rpoH基因、ftsX基因、ftsE基因、ftsY基因、atzN基因、nikA基因、nikB基因、nikC基因、nikD基因、nikE基因、pitA基因、uspB基因、uspA基因、prlC基因、,gor基因、arsH基因、arsB基因、arsC基因、slp基因、hdeB基因、hdeA基因、hdeD基因、gadA基因、treF基因、kdgK基因、dctA基因、dppF基因、dppD基因、dppC基因、dppB基因、dppA基因、tag基因、bisC基因、cspA基因、giys基因、glyQ基因、xylB基因、xylA基因、xylF基因、xylG基因、xylH基因、xylR基因、bax基因、malS基因、avtA基因、lyx基因、sgbH基因、sgbU基因、sgbE基因、aldB基因、selB基因、selA基因、mtlA基因、mtlD基因、mtlR基因、lldP基因、lldR基因、lldD基因、cysE基因、gpsA基因、secB基因'.grxC基因、tdh基因、kbl基因、htrL基因、rfaD基因、rfaF基因、rfaC基因、rfaL基因、rfaK基因、rfaZ基因、rfaY基因、rfaJ基因、rfal基因、rfaB基因、rfaS基因、rfaP基因、rfaG基因、rfaQ基因、kdtA基因、kdtB基因、mutM基因、rpmG基因、rpmB基因、radC基因、dfp基因、,dut基因、ttk基因、pyrE基因、rph基因、dinD基因、gmk基因、rpoZ基因、spoT基因、spoU基因、recG基因、gltS基因、nlpA基因、uhpT基因、uhpC基因、uhpB基因、uhpA基因、ilvN基因、ilvB基因、ivbL基因、emrD基因、ibpB基因、ibpA基因、gyrB基因、recF基因、dnaN基因、dnaA基因、rpmH基因、rnpA基因、yidC基因、thdF基因、tnaL基因、tnaA基因、tnaB基因、bglB基因、bglF基因、bglG基因、phoU基因、pstB基因、pstA基因、pstC基因、pstS基因、glmS基因、glmU基因、atpC基因、uncD基因、atpG基因、atpA基因、atpH基因、atpF基因、atpE基因、atpB基因、atpl基因、gidB基因、gidA基因、mioC基因、asnC基因、pssR基因、ilvL基因、ilvG基因、ilvM基因、ilvE基因、ilvD基因、UvA基因、ilvY基因、ilvC基因、ppiC基因、,rep基因、gppA基因、rhlB基因、trxA基因、rhoL基因,>rho基因、rfe基因、wzzE基因、nfrC基因、rffD基因、rffG基因、rffH基因、rffA基因、wzxE基因、rffT基因、wecG基因、aslB基因、aslA基因、hemY基因、hemX基因、hemD基因、hemC基因、cyaA基因、cyaY基因、dapF基因、xerG基因、uvrD基因、co"基因、radD基因、pldA基因、recQ基因、pldB基因、metR基因、metE基因、udp基因、ubiE基因、aarF基因、tatC基因、tatD基因、rfaH基因、ubiD基因、ubiB基因、fadA基因、fadB基因、pepQ基因、trkH基因、trkH基因、hemG基因、mobB基因、mobA基因、dsbA基因、polA基因、yihA基因、hemN基因、ntrC基因、ntrB基因、glnA基因、fdhE基因、fdol基因、fdoH基因、fdoG基因、fdhD基因、sodA基因、kdgT基因、cpxA基因、cpxR基因、,cpxP基因、pfkA基因、sbp基因、cdh基因、tpiA基因、fpr基因、glpX基因、glpK基因、glpF基因、m6nG基因、menA基因、hslU基因、hslV基因、ftsN基因、cytR基因、priA基因、rpmE基因、metJ基因、metB基因、metL基因、metF基因、katG基因、gldA基因、talC基因、ppc基因、argE基因、argC基因、argB基因、argH基因、oxyR基因、udhA基因、trmA基因、btuB基因、murl基因、murB基因、birA基因、co"基因、tufB基因、secE基因、nusG基因、rplK基因、rplA基因、rplJ基因、rplL基因、rpoB基因、rpoC基因、htrC基因、thiH基因、thiG基因、thiS基因、thiF基因、thiE基因、thiC基因，.rsd基因、hemE基因、nfi基因、hupA基因、hydH基因、hydG基因、purD基因、purH基因、metA基因、aceB基因、ace人基因、ac6K基因、arp基因、iclR基因、metH基因、pepE基因、lysC基因、pgi基因、ubiC基因、ubiA基因、plsB基因、dgkA基因、lexA基因、dinF基因、,qor基因、dnaB基因、alr基因、tyrB基因、napA基因、hobH基因、證A基因、ssb基因、soxS基因、soxH基因、acs基因、〗mrfA基因、nrfB基因、nrfC基因、nrfD基因、nrfE基因、nrfF基因、nrfG基因、gltP基因、fdhF基因、alsR基因、rpiB基因、proP基因、basS基因、basR基因、adiY基因.、adi基因、melR基因、melA蓦因、melB基因、funiB基因、dcuB基因、dcuR基因、dcuS基因、lysU基因、cadA基因、cadB基因i、cadC基因、cutA3基因、cutA2基因、cutA基因、dcuA基因、aspA基因、fxsA基因、groES基因、groEL基因、efp基因、ecnB基因、sugE基因.,blc基因、ampC基因、frdD基因、frdC基因、frdB基因、,frdA基因.、genX基因、psd基因、yjeQ基因、yjeE基因、amiB基因、,mutL基因、miaA基因、hfq基因、hflX基因、hflK基因、hflC基因、purA基因、vacB基因、sgaE基因、rpsF基因、priB基因、rpsR基因、rpll基因、fklB基因、cycA基因、cpdB基因、cysQ基因、msrA基因、,chpS基因、chpB基因、ppa基因、fbp基因、mpl基因、pmbA基因、cybC基因、nrdG基因、nrdD基因、treC基因、treB基因、treR基因、mgtA基因、pyrl基因、pyrB基因、pyrBI基因、argl基因、valS基因、holC基因、xerB基因、idnR基因、idnT基因、idn0基因、idnD基因、idnK基因、fecE基因、fecD基因、fecC基因、fecB基因、fecA基因、fecR基因、fecl基因、dnaC基因、dnaT基因、bglJ基因、fhuF基因、rsmG基因、holD基因、riml基因、prfC基因、osmY基因、deoC基因、deoA基因、deoB基因、deoD基因、lplA基因、smp基因、serB基因、radA基因、nadR基因、slt基因、trpR基因、gpmG基因、rob基因、cre人基因、creB基因、creG基因、creD基因、arc人基因、lasT基因、thrL基因[2]acrE基因、argT基因、artl基因、artJ基因、artM基因、artP基因、artQ基因、bfr基因、chiA基因、chpA基因、dacC基因、deoR基因、dinG基因、elaA基因、elaB基因、elaC基因、elaD基因、envD基因、envR基因、fhuA基因、fhuB基因、fhuC基因、fhuD基因、folX基因、glnH基因、glnP基因、glnQ基因、gUJ基因、gltK基因、gltL基因、gspA基因、gspC基因、gspD基因、gspE基因、gspl基因、gspJ基因、gspK基因、gspL基因、hisJ基因、hisM基因、hisP基因、hisQ基因、hofD基因、hofF基因、hofG基因、hofH基因、UaA基因、mdaA基因、迈daB基因、pin0基因、potF基因、potG基因、potH基因、potl基因、pshM基因、ptwB基因、ptwC基因、rhsB基因、ri迈K基因、xylU基因。(2)上述(1)的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA含有具有序列号l所示碱基序列中的下述[l]~[69]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]1位~167064位所示的碱基序列[2]172980位~243964位所示的碱基序列[3]253411位~261963位所示的碱基序列[4〗387532位~389138位所示的碱基序列[5]403704位~518029位所示的碱基序列6]532712位~535504位所示的碱基序列7]550216位~563940位所示的碱基序列8〗608119位~675103位所示的碱基序列9]689375位~728820位所示的碱基序列10111213141516171819202122232425262728293031323334739594位~832551位所示的碱基序列848090位~867637位所示的碱基序列883474位~890997位所示的碱基序列909380位~1048887位所示的碱基序列1097020位~1198105位所示的碱基序列1225147位1641039位1650223位1993076位2028210位2044377位2081927位2116065位2187856位2229851位2263492位2286589位2395472位2434099位2482483位2514558位2789481位2800891位2810148位2830263位1630911位所示的碱基序列1642631位所示的碱基序列1964523位所示的碱基序列1996661位所示的碱基序列2033448位所示的碱基序列2069148位所示的碱基序列2104392位所示的碱基序列2146263位所示的碱基序列2200668位所示的碱基序列2255894位所示的碱基序列2270439位所示的碱基序列2386261位所示的碱基序列2423364位所示的碱基序列2472851位所示的碱基序列2505074位所示的碱基序列2755676位所示的碱基序列2795173位所示的碱基序列2804307位所示的碱基序列2825313位所示的碱基序列2910273位所示的碱基序列[35I2910574位'-2985361位所示的碱基序列[363033129位'-3077084位所示的碱基序列[37]3078917位~3110109位所示的碱基序列[38]3134342位~3165627位所示的碱基序列[39〗3172941位-3360736位所示的碱基序列[40]3370548位~3411159位所示的碱基序列[41]3420879位~3453020位所示的碱基序列[42〗3469367位~3618575位所示的碱基序列[43]3636917位~3854661位所示的碱基序列[44]3865832位~3867101位所示的碱基序列[45]3877011位~3926658位所示的碱基序列〖46]3938879位~4059897位所示的碱基序列[47]術9660位~4086450位所示的碱基序列[48]4099983位'~4139231位所示的碱基序列[49]4149710位~4235358位所示的碱基序列[50〗4251736位~4298976位所示的碱基序列[51]4311512位~4313317位所示的碱基序列[52]4329722位~4409532位所示的碱基序列[53]4423152位~4496201位所示的碱基序列[54〗4509535位~4517875位所示的碱基序列[55]4599638位~4641433位所示的碱基序列[56]167065位~172979位所示的碱基序列[57]675104位~689374位所示的碱基序列[58]832552位~848089位所示的碱基序列[59]867638位~883473位所示的碱基序列[60]890998位~909379位所示的碱基序列[61]2386262位~2395471位所示的碱基序列[62]2423365位~2434098位所示的碱基序列[63〗2472852位~2482482位所示的碱基序列[64]2505075位~2514557位所示的碱基序列[65]2910274位~2910573位所示的碱基序列[66]3165628位~3172940位所示的碱基序列[67]3411160位~3420878位所示的碱基序列[68〗3453021位~3469366位所示的碱基序列[69〗3618576位~3636916位所示的碱基序列。(3)上述(1)或者(2)的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yafJ基因、yafK基因、yafQ基因、dinJ基因、yafL基因、yafM基因、fhiA基因、lafU基因、dinP基因、yafN基因、yafO基因、yafP基因、JW0225基因、prfH基因、ykfl基因、yafW基因、yeeT基因、ykfG基因、yafX基因、ykfF基因、ykfB基因、yafY基因、ypjK基因、yafZ基因、ykfA基因、perR基因、JW0245基因、JW0246基因、JW0247基因、ykfC基因、JW0249基因、is5B基因、yi51基因、mmuP基因、mmuM基因、afuC基因、JW0255基因、insB基因、insA基因、JW0258基因、yagB基因、yagA基因、yagE基因、yagF基因、yagG基因、yagH基因、yagl基因、argF基因、yfjl基因、yagJ基因、yagK基因、yagL基因、yagM基因、yagN基因、intF基因、yagP基因、yagQ基因、yagR基因、yagS基因、yagT基因、yagU基因、ykgJ基因、yagV基因、yagW基因、yagX基因、yagY基因、yagZ基因、ykgK基因、ykgL基因、ykgM基因、eaeH基因、JW0292基因、JW0293基因、ykgA基因、ykgB基因、ykgi基因、merA基因、ykgD基因、ykgE基因、ykgF基因、ykgG基因、ykgH基因、betA基因、betB基因、betl基因、betT基因、yahA基因、yahB基因、yahC基因、yahD基因、yahE基因、yahF基因、yahG基因、yahH基因、arcM基因、yahJ基因、yahK基因、yahL基因、yahM基因、yahN基因、yahO基因、prpR基因、bcpA基因、prpC基因、prpD基因、prpE基因、codB基因、codA基因、cynR基因、cynT基因、cynS基因、cynX基因、lacA基因、lacY基因、lacZ基因、lacl基因、mhpR基因、mhpA基因、mhpB基因、mhpC基因、mhpD基因、mhpF基因、mhpE基因、mhpT基因、yaiL基因、yaiM基因、adhC基因、yaiN基因、yai0基因、JW0350基因、yi2A基因、yi22基因、yi24基因、yi23基因、yaiP基因、yaiS基因、tauA基因、tauB基因、tauC基因、ssiD基因、yaiT基因、JW0363基因、JW0364基因、yaiU基因、yaiV基因、ampH基因、sbmA基因、yaiW基因、yaiY基因、yaiZ基因、ddlA基因、yaiB基因、phoA基因、psiF基因、yaiC基因、ybbO基因、tesA基因、ybbA基因、ybbP基因、rhsD基因、ybbC基因、rhsE基因、ybbD基因、JW0490基因、ybbB基因、ybbS基因、ybbT基因、ybbU基因、ybbQ基因、ybbV基因、allP基因、allA基因、ybbY基因、ybbZ基因、ylbA基因、allC基因、ylbC基因、fdrA基因、ylbE基因、ylbF基因、arcC基因、intD基因、EXO-LAMBD基因、VRPP—LAMBD基因、JW0528基因、JW0529基因、VREN-LAMBD基因、emrE基因、ybcK基因、ybcL基因、ybcM基因、ybcN基因、ninE基因、ybcO基因、rus基因、ybcQ基因、JW0539.5基因、nmpC基因、vlyS基因、ybcS基因、ybcT基因、vboR基因、ybcV基因、ybcW基因、nohB基因、ybcX基因、ybcY基因、JW0552基因、appY基因、ompT基因、envY基因、ybcH基因、nfrA基因、nfrB基因、cusS基因、cusR基因、cusC基因、ylcC基因、cusB基因、cusA基因、pheP基因、ybdG基因、nfnB基因、ybdF基因、ybdJ基因、ybdK基因、hokE基因、yi81基因、yi82基因、ymcC基因、ymcD基因、cspH基因、cspG基因、sfa基因、yccL基因、yccM基因、torS基因、torT基因、torR基因、torC基因、torA基因、torD基因、yccD基因、cbpA基因、yccE基因、agp基因、yccJ基因、wrbA基因、yciG基因、ycdG基因、JW0992基因、腦993基因、JW0994基因、ycdK基因、JW0996基因、JW0997基因、ycdC基因、putA基因、yzpU基因、putP基因、JW1002基因、ycdO基因、ycdB基因、phoH基因、ycdP基因、ycdQ基因、ycdR基因、ycdS基因、ycdT基因、JW1012基因、JW1013基因、JW1014基因、ycdU基因、ymfD基因、ymfE基因、lit基因、intE基因、VXIS—BPP21基因、ymfH基因、ymfl基因、ymfJ基因、RPC2-BPP22基因、JW1132基因、ymfL基因、ymfM基因、ymfN基因、ymfR基因、ymfO基因、JW1138基因、JW1139基因、ycfK基因、ymfS基因、ycfA基因、ycfE基因、pin基因、mcrA基因、JW1146基因、ycgW基因、ycgX基因、ycgE基因、JW1150基因、ycgZ基因、ymgA基因、JW1153基因、ymgC基因、yahA基因、JW1156基因、JW1157基因、aidA基因、ymgD基因、JW1160基因、JW1161基因、JW1162基因、ydfH基因、ydfZ基因、ydfl基因、shiA基因、JW1537基因、tnpR基因、ydfM基因、Y314-LAMBD基因、nohA基因、ydfO基因、yccL基因、cspl基因、ydfR基因、vlyS基因、cspB基因、cspF基因、regQ—LAMBD基因、JW1552基因、rem基因、hokD基因、relE基因、relB基因、ydfV基因、flxA基因、ydfW基因、ydfX基因、dicC基因、sdaC基因、yqeH基因、yqel基因、yqeJ基因、yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfJ基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygfO基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yihO基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、yijP基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、malF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsE基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phn0基因、phnN基因、phnM基因、phnL基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phnF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因、yjdA基因以及yjcZ基因。(4)上述(1)~(3)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[18]所述碱基序列的DM、或者与它们相当的DM:[1〗碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列[2]碱基编号261964位~387531位所示的碱基序列[3]碱基编号389139位~403703位所示的碱基序列[4]碱基编号518030位~532711位所示的碱基序列[5]碱基编号535505位~550215位所示的碱基序列[6〗碱基编号563941位~608118位所示的碱基序列[7]碱基编号1048888位~1097019位所示的碱基序列[8]碱基编号1198106位~1225146位所示的碱基序列[9]碱基编号1630912位~1641038位所示的碱基序列[10]碱基编号1642632位~1650222位所示的碱基序列[11]碱基编号2985362位~3033128位所示的碱基序列[12]碱基编号3110110位~3134341位所示的碱基序列[13]碱基编号4059898位~4079659位所示的碱基序列[14]碱基编号4086451位~4099982位所示的碱基序列[15]碱基编号4139232位~4149709位所示的碱基序列[16]碱基编号4235359位~4251735位所示的碱基序列[17]碱基编号4298977位~4311511位所示的碱基序列[18]碱基编号4313318位4329721位所示的碱基序列。(5)上述(1)~(4)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yidF基因、yidG基因、yidH基因、yidl基因、yidJ基因、yidK基因yidL基因、JW3657基因、glvG基因、glvB基因、glvC基因、yidP基因、yidE基因、yidQ基因、yidR基因、yidS基因、dgoT基因、dgoA基因、dgoK基因、dgoR基因、yidW基因、yidX基因、yidA基因、yidB基因、asnA基因、yieM基因、JW3724基因、yieN基因、kup基因、rbsD基因、rbsA基因、rbsC基因、rbsB基因、rbsK基因、rbsR基因以及yieO基因。(6)上述(1)~(5)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[3]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号3854662位~3865831位所示的碱基序列[2]碱基编号3867102位~3877010位所示的碱基序列[3]碱基编号3926659位~3938878位所示的碱基序列。(7)上述(1)~(6)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DM，所述基因为yecT基因、flhE基因、flhA基因、flhB基因、cheZ基因、cheY基因、cheB基因、cheR基因、tap基因、tar基因、cheW基因、cheA基因、motB基因、motA基因、flhC基因、flhD基因、JW1882基因、JW1883基因、yecG基因、otsA基因、otsB基因、araH基因、araG基因、araF基因、yecl基因、yecJ基因、JW1892基因、ftn基因、yecH基因、tyrP基因、uvrC基因、uvrY基因、yecF基因、sdiA基因、yecC基因、yecS基因、yed0基因、fliY基因、fliZ基因、fliA基因、fliC基因、fliD基因、fliS基因、fliT基因、amyA基因、yedD基因、yedE基因、yedF基因、yedK基因、yedL基因、yedN基因、yedM基因、fliE基因、fliF基因、fliG基因、fliH基因、flil基因、fliJ基因、fliK基因、fliL基因、fliM基因、fliN基因、fli0基因、fliP基因、fliQ基因、fliR基因、rcsA基因、dsrB基因、JW1937基因、yedA基因、vsr基因、dcm基因、yedJ基因、JW1946基因、ompC基因、JW1948基因、yedS基因、yedU基因、yedV基因、copR基因、yedX基因、JW1954基因、JW1955基因、JW1956基因、JW1974基因、JW1979基因、JW1980基因、yeeP基因、flu基因、JW1983基因、yeeS基因、yeeU基因、yeeV基因、yeeW基因、yefJ基因、JW2013基因、yefJ基因、yefl基因、wbbJ基因、yefG基因、rfc基因、glf基因、rfbX基因、rfbC基因、rfbA基因、rfbD基因以及rfbB基因。(8)上述(1)~(7)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[5]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号1964524位~1993075位所示的碱基序列[2]碱基编号1996662位~2028209位所示的碱基序列[3]碱基编号2033449位~2044376位所示的碱基序列[4]碱基编号2069149位~2081926位所示的碱基序列[5〗碱基编号2104393位~2116064位所示的碱基序列。(9)上述(1)~(8)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为intA基因、yfjH基因、alpA基因、yfjl基因、JW2606基因、yfjJ基因、yfjK基因、yfjL基因、yfjM基因、yfjN基因、yfjO基因、yfjP基因、yfjQ基因、yfjR基因、ypjK基因、yfjS基因、yfjT基因、yfjU基因、yfjV基因、JW2622基因、yfjW基因、JW2623.5基因、yfjX基因、yfjY基因、yfjZ基因、ypjF基因、ypjA基因、JW2629基因、JW2630基因、JW2631基因、JW2632基因、JW2633基因、JW2634基因、ygaE基因、yzzM基因、yqaE基因、JW2642基因、ygaP基因、stpA基因、JW2645基因、ygaC基因、ygaM基因、nrdH基因、nrdl基因、nrdE基因、proV基因、proW基因、proX基因、JW2655基因、JW2656基因、ygaZ基因、ygaH基因、srlA基因、srlB基因、srlD基因、gutM基因、srlR基因以及gutQ基因。(10)上述(I)~(9)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[4]所述碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号2755677位~2789480位所示的碱基序列碱基编号2795174位~2800890位所示的碱基序列[3〗碱基编号2804308位~2810147位所示的碱基序列[4]碱基编号2825314位~2830262位所示的碱基序列。(11)上述(l)~(10)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含gltF基因、yhcA基因、yhcD基因、yhcE基因、yhcF基因、yhcG基因、yhcH基因、nanK基因以及nanE基因、或者与它们同源的基因。(12)上述(1)~(ll)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3360737位~3370547位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(13)上述(1)~(12)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yegE基因、alkA基因、yegD基因、JW2055基因、JW2056基因、JW2057基因、JW2058基因、yegM基因、yegN基因、yegO基因、yegB基因、baeS基因、baeR基因、JW2065基因、yegQ基因、ogrK基因、JW2068基因、JW2069基因、yegS基因、gatR基因、JW2072基因、JW2073基因、gatR基因、gatD基因、gatC基因、gatB基因、gatA基因、gatZ基因、gatY基因、fbaB基因、xegT基因、yegU基因、yegV基因、yegW基因、yegX基因、molR基因、yehl基因、yehK基因、yehL基因、yehO基因、yehP基因、yehQ基因、yehR基因、yehS基因、yehT基因、yehU基因、yehV基因、yehW基因、yehX基因、yehY基因、yehZ基因、bglX基因、dld基因、pbpG基因、yohC基因、yeiQ基因、yeiR基因、yeiU基因、spr基因、rtn基因、yejA基因、yejB基因、yejE基因、yejF基因、yejG基因、bcr基因、rsuA基因、yejH基因、yeil基因、yeiJ基因、yeiK基因、yeiL基因、yeiM基因、yeiN基因以及yeiC基因。(14)上述(1)~(13)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[4]所述碱基序列的DNA、或者与它们相当的DM:碱基编号2146264位~2187855位所示的碱基序列[2]碱基编号2200669位~2229850位所示的碱基序列[3]碱基编号2270440位~2286588位所示的碱基序列[4]碱基编号2255895位~2263491位所示的碱基序列。(l"上述(1)~(14)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DM不含cmtA基因以及cmtB基因、或者与它们同源的基因。(16)上述(1)~(15)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3077085位~3078916位所示的碱基序列的DM、或者与该DNA相当的DNA。(17)上述(1)~(16)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为intB基因、JW4228基因、yjgW基因、yjgX基因、yjgY基因、yjgZ基因、yi41基因、yi42基因、yjhB基因、yjhC基因、yjhD基因、yjhE基因、yi91基因、JW4244基因、JW4245基因、JW4246基因、yjhU基因、yjhF基因、yjhG基因、yjhH基因、yjhl基因、sgcR基因、sgcE基因、sgcA基因、sgcQ基因、sgcC基因、JW4266.5基因、sgcX基因、yjhP基因、yjhQ基因、JW4269.5基因、JW4270基因、JW4270.5基因、yjhR基因、yjhS基因、yjhT基因、yjhA基因、fimB基因、fimE基因、fimA基因、fiml基因、fimC基因、fimD基因、fimF基因、fimG基因、fimH基因、gntP基因、uxuA基因、uxuB基因、uxuR基因、yjiC基因、yjiD基因、yjiE基因、iadA基因、yjiG基因、yjiH基因、yjil基因、yjiJ基因、yjiK基因、JW4296.5基因、yjiL基因、yjiM基因、yjiN基因、yji0基因、yjiP基因、yjiQ基因、yjiR基因、yjiS基因、yjiT基因、yjiV基因、mcrD基因、mcrC基因、mcrB基因、yjiW基因、hsdS基因、hsdM基因、hsdR基因、mrr基因、yjiA基因、yjiX基因、yjiY基因、tsr基因、yjjL基因、JW4320基因、yjjM基因、yjjN基因、mdoB基西以及yjjA基因。(18)上述(1)~(17)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1〗或者[2]所述碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:碱基编号4517876位~4599637位所示的碱基序列。(19)上述(1)~(18)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含kdpF基因、ybfA基因、rhsC基因、JW0690基因、ybfB基因、rhsA基因、ybfC基因、ybfD基因、ybfL基因、ybfD基因以及ybgA基因、或者与它们同源的基因。(20)上述(1)~(19)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号728821位~739593位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(21)上述(1)~(20)的任何一项的的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DM不含yjfI基因、yjfJ基因、yjfK基因、yjfL基因、yjfM基因、yjfC基因、aidB基因、yjfN基因、yjfO基因、yjfP基因、yjfQ基因、yjfR基因、sgaT基因、sgaB基因、sgaA基因、sgaH基因以及sgaU基因、或者与它们同源的基因。(22)上述(1)~(21)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有不含序列号1所示碱基序列中的碱基编号4409533位~4423151位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(23)含有上述(1)的[1]的基因、spr基因、bcr基因以及rsuA基因、或者与它们同源的基因、且具有比野生型的大肠杆菌的染色体DNA短933kBp以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体。(24)上述(23)的大肠杆菌突变体，其具有含有上述(2)的[1]~[55]的碱基序列的DNA以及具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2270440位~2286588位所示的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA的染色体DNA。(25)上述(23)或者(24)的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因的染色体DNA,所述基因为yafJ基因、yafK基因、yafQ基因、dinJ基因、yafL基因、yafM基因、fhiA基因、lafU基因、dinP基因、yafN基因、yaf0基因、yafP基因、JW0225基因、prfH基因、ykfl基因、yafW基因、yeeT基因、ykfG基因、yafX基因、ykfF基因、ykfB基因、yafY基因、ypjK基因、yafZ基因、ykfA基因、perR基因、JW0245基因、JW0246基因、JW0247基因、ykfC基因、JW0249基因、is5B基因、yi51基因、mmuP基因、mmuM基因、afuC基因、JW0255基因、insB基因、insA基因、JW0258基因、yagB基因、yagA基因、yagE基因、yagF基因、yagG基因、yagH基因、yagl基因、argF基因、yfjl基因、yagJ基因、yagK基因、yagL基因、yagM基因、yagN基因、intF基因、yagP基因、yagQ基因、yagR基因、yagS基因、yagT基因、yagU基因、ykgJ基因、yagV基因、yagW基因、yagX基因、yagY基因、yagZ基因、ykgK基因、ykgL基因、ykgM基因、eaeH基因、JW0292基因、JW0293基因、ykgA基因、ykgB基因、ykgl基因、m6r人基因、ykgD基因、ykgE基因、ykgF基因、ykgG基因、ykgH基因、betA基因、betB基因、betl基因、betT基因、yahA基因、yahB基因、yahC基因、yahD基因、yahE基因、yahF基因、yahG基因、yahH基因、arcM基因、yahJ基因、yahK基因、yahL基因、yahM基因、yahN基因、yahO基因、prpR基因、bcpA基因、prpC基因、prpD基因、prpE基因、codB基因、codA基因、cynR基因、cynT基因、cynS基因、cynX基因、lacA基因、lacY基因、lacZ基因、lacl基因、mhpR基因、mhpA基因、mhpB基因、mhpC基因、mhpD基因、mhpF基因、mhpE基因、mhpT基因、yaiL基因、yaiM基因、adhC基因、yaiN基因、yaiO基因、JW0350基因、yi2A基因、yi22基因、yi24基因、yi23基因、yaiP基因、yaiS基因、tauA基因、tauB基因、tauC基因、ssiD基因、yaiT基因、JW0363基因、JW0364基因、yaiU基因、yaiV基因、ampH基因、sbmA基因、yaiW基因、yaiY基因、yaiZ基因、ddlA基因、yaiB基因、phoA基因、psiF基因、yaiC基因、ybbO基因、tesA基因、ybbA基因、ybbP基因、rhsD基因、ybbC基因、rhsE基因、ybbD基因、JW0490基因、ybbB基因、ybbS基因、ybbT基因、ybbU基因、ybbQ基因、ybbV基因、allP基因、allA基因、ybbY基因、ybbZ基因、ylbA基因、allC基因、ylbC基因、fdrA基因、ylbE基因、ylbE基因、ylbE基因、ylbF基因、arcC基因、intD基因、EXO-LAMBD基因、VRPP-LAMBD基因、JW0528基因、JW0529基因、V羅一LAMBD基因、emrE基因、ybcK基因、ybcL基因、ybcM基因、ybcN基因、ninE基因、ybc0基因、rus基因、ybcQ基因、JW0539.5基因、nmpC基因、vlyS基因、ybcS基因、ybcT基因、vboR基因、ybcV基因、ybcW基因、nohB基因、ybcX基因、ybcY基因、JW0552基因、appY基因、ompT基因、envY基因、ybcH基因、nfrA基因、nfrB基因、cusS基因、cusR基因、cusC基因、ylcC基因、cusB基因、cus人基因、pheP基因、ybdG基因、nfnB基因、ybdF基因、ybdJ基因、ybdK基因、hokE基因、yi81基因、yi82基因、ymcC基因、ymcD基因、cspH基因、cspG基因'.sfa基因、yccL基因、yccM基因、torS基因、torT基因、torR基因、torC基因、torA基因、torD基因、yccD基因、cbpA基因、yccE基因，.agp基因、yccJ基因、wrbA基因、yciG基因、ycdG基因、JW0992基因、J謂93基因、JW0994基因、ycdK基因、JW0996基因、JW0997基因、ycdC基因、putA基因、yzpU基因、putP基因、JW1002基因、ycdO基因、ycdB基因、phoH基因、ycdP基因、ycdQ基因、ycdR基因、ycdR基因、ycdS基因、ycdT基因、JW1012基因、JW1013基因、JW1014基因、ycdU基因、ymfD基因、ymfE基因、lit基因、intE基因、VXIS-BPP21基因、ymfH基因、ymfl基因、ymfJ基因、RPC2—BPP22基因、JW1132基因、ymfL基因、ymfM基因、ymfN基因、ymfR基因、ymfO基因、JW1138基因、JW1139基因、ycfK基因、ymfS基因、ycfA基因、ycfE基因、pin基因、mcrA基因、JW1146基因、ycgW基因、ycgX基因、ycgE基因、JW1150基因、ycgZ基因、ymgA基因、JW1153基因、ymgC基因、yahA基因、JW1156基因、JW1157基因、aidA基因、ymgD基因、JW1160基因、JW1161基因、JW1162基因、ydfH基因、ydfZ基因、ydfl基西、shiA基因、JW1537基因、tnpR基因、ydfM基因、Y314-LAMBD基因、nohA基因、ydf0基因、yccL基因、cspI基因、ydfR基因、vlyS基因、cspB基因、cspF基因、regQ-LAMBD基因、JW1552基因、rem基因、hokD基因、relE基因、relB基因、ydfV基因、flxA基因、ydfW基因、ydfX基因、dicC基因、sdaC基因、yqeH基因、yqel基因、yqeJ基因、yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfJ基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygfO基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yihO基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、'二基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、malF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsE基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phnO基因、phnN基因、phnM基因、phut基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phnF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因、yjdA基因、yjcZ基因、yidF基因、yidG基因、yidH基因、yidl基因、yidJ基因、yidK基因、yidL基因、JW3657基因、glvG基因、glvB基因、glvC基因、yidP基因、yidE基因、yidQ基因、yidR基因、yidS基因、dgoT基因、dgoA基因、dgoK基因、dgoR基因、yidW基因、yidX基因、yidA基因、yidB基因、asnA基因、yieM基因、JW3724基因、yieN基因、kup基因、rbsD基因、rbsA基因、rbsC基因、rbsB基因、rbsK基因、rbsR基因、yie0基因、yecT基因、flhE基因、flhA基因、flhB基因、cheZ基因、cheY基因、cheB基因、cheR基因、tap基因、tar基因、cheW基因、cheA基因、motB基因、motA基因、flhC基因、flhD基因、JW1882基因、JW1883基因、yecG基因、otsA基因、otsB基因、araH基因、araG基因、araF基因、yecl基因、yecJ基因、JW1892基因、ftn基因、yecH基因、tyrP基因、uvrC基因、uvrY基因、yecF基因、sdiA基因、yecC基因、yecS基因、yed0基因、fliY基因、fliZ基因、fliA基因、fliC基因、fliD基因、fliS基因、fliT基因、amyA基因、yedD基因、yedE基因、yedF基因、yedK基因、yedL基因、yedN基因、yedM基因、fliE基因、fliF基因、fliG基因、fliH基因、flil基因、fliJ基因、fliK基因、fliL基因、fliM基因、fliN基因、fli0基因、fliP基因、fliQ基因、fliR基因、rcsA基因、dsrB基因、JW1937基因、yedA基因、vsr基因、dcm基因、yedJ基因、JW1946基因、ompC基因、JW1948基因、yedS基因、yedU基因、yedV基因、copR基因、yedX基因、JW1954基因、JW1955基因、JW1956基因、JW1974基因、JW1979基因、JW1980基因、yeeP基因、flu基因、JW1983基因、yeeS基因、yeeT基因、yeeU基因、yeeV基因、yeeW基因、yefJ基因、JW2013基因、yefJ基因、yefl基因、wbbJ基因、yefG基因、rfc基因、glf基因、rfbX基因、rfbC基因、rfbA基因、rfbD基因、rfbB基因、intA基因、yfjH基因、alpA基因、yfjl基因、JW2606基因、yfjJ基因、yfjK基因、yfjL基因、yfjM基因、yfjN基因、yfjO基因、yfjP基因、yfjQ基因、yfjR基因、ypjK基因、yfjS基因、yfjT基因、yfjU基因、yfjV基因、JW2622基因、yfjW基因、JW2623.5基因、yfjX基因、yfjY基因、yfjZ基因、ypjF基因、ypjA基因、JW2629基因、JW2630基因、JW2631基因、JW2632基因、JW2633基因、JW2634基因、ygaE基因、yzzM基因、yqaE基因、JW2642基因、ygaP基因、stpA基因、JW2645基因、ygaC基因、ygaM基因、nrdH基因、nrdl基因、nrdE基因、proV基因、proW基因、proX基因、JW2655基因、JW2656基因、ygaZ基因、ygaH基因、srlA基因、srlB基因、srlD基因、gutM基因、srlR基因、gutQ基因、gltF基因、yhcA基因、yhcD基因、yhcE基因、yhcE基因、yhcF基因、yhcG基因、yhcH基因、nanK基因、nanE基因、yegE基因、alkA基因、yegD基因、JW2055基因、JW2056基因、JW2057基因、JW2058基因、yegM基因、yegN基因、yeg0基因、yegB基因、baeS基因、baeR基因、JW2065基因、yegQ基因、ogrK基因、JW2068基因、JW2069基因、yegS基因、gatR基因、JW2072基因、JW2073基因、gatR基因、gatD基因、gatC基因、gatB基因、gatA基因、gatZ基因、gatY基因、fbaB基因、xegT基因、yegU基因、yegV基因、yegW基因、yegX基因、molR基因、yehl基因、yehK基因、yehL基因、yehO基因、yehP基因、yehQ基因、yehR基因、yehS基因、yehT基因、yehU基因、yehV基因、yehW基因、yehX基因、yehY基因、yehZ基因-,bglX基因、dld基因、pbpG基因、yohC基因、yeil基因、yeiJ基因、yeiK基因、yeiL基因、yeiM基因、yeiN基因、yeiC基因、cmtA基因、cmtB基因、intB基因、JW4228基因、yjgW基因、yjgX基因、yjgY基因、yjgZ基因、yi41基因、yi42基因、yjhB基因、yjhC基因、yjhD基因、yjhE基因、yi91基因、JW4244基因、JW4245基因、JW4246基因、yjhU基因、yjhF基因、yjhG基因、yjhH基因、yjhl基因、sgcR基因、sgcE基因、sgcA基因、sgcQ基因、sgcC基因、JW4266.5基因、sgcX基因、yjhP基因、yjhQ基因、JW4269.5基因、JW4270基因、JW4270.5基因、yjhR基因、yjhS基因、yjhT基因、yjhA基因、fimB基因、fimE基因、fimA基因、fiml基因、fimC基因、fimD基因、fimF基因、fimG基因、fimH基因、gntP基因、uxuA基因、uxuB基因、uxuR基因、yjiC基因、yjiD基因、yjiE基因、iadA基因、yjiG基因、yjiH基因、yjil基因、yjiJ基因、yjiK基因、JW4296.5基因、yjiL基因、yjiM基因、yjiN基因、yjiO基因、yjiP基因、yjiQ基因、yjiR基因、yjiS基因、yjiT基因、yjiV基因、mcrD基因、mcrC基因、mcrB基因、yjiW基因、hsdS基因、hsdM基因、hsdR基因、mrr基因、yjiA基因、yjiX基因、yjiY基因、tsr基因、yjjL基因、JW4320基因、yjjM基因、yjjN基因、mdoB基因、yjjA基因、kdpF基因、ybfA基因、rhsC基因、JW0690基因、ybfB基因、rhsA基因、ybfC基因、ybfL基因、ybfD基因、ybgA基因、yjfl基因、yjH基因、yjfK基因、yjfL基因、yjfM基因、yjfC基因、aidB基因、yjfN基因、yjfO基因、yjfP基因、yjfQ基因、yjfR基因、sgaT基因、sgaB基因、sgaA基因、sgaH基因、sgaU基因、rhsB基因、JW3448基因、yhhH基因、yibA基因、yhhl基因、yhhJ基因、yhiH基因、yhil基因、yhiJ基因、yhiK基因、yhiL基因、yhiM基因、yhiN基因、JW0782基因、ybiA基因、dinG基因、ybiB基因、yMC基因、ybiJ基因、ybil基因、ybiX基因、ybiL基因、ybiM基因、ybiN基因、ybiO基因、glnQ基因、glnP基因、glnH基因、yliA基因、yliB基因、yliC基因、yliD基因、JW0817基因、JW0818基因、yliG基因、yliH基因、ylil基因、yliJ基因、dacC基因、deoR基因、ybjG基因、ybjC基因、mdaA基因、rimK基因、ybjN基因、potF基因、potG基因、potH基因、potl基因、ybjO基因、ybjF基因、artJ基因、artM基因、artQ基因、artl基因、artP基因、ybjP基因、JW0850基因、JW0851基因、JW0852基因、ybjT基因以及ltaA基因、或者与它们同源的基因。(26)上述(23)~(25)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[43]所述碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列[2]碱基编号261964位~387531位所示的碱基序列[3]碱基编号389139位~403703位所示的碱基序列[4〗碱基编号518030位~532711位所示的碱基序列[5]碱基编号535505位~550215位所示的碱基序列[6〗碱基编号563941位~608118位所示的碱基序列碱基编号728821位~739593位所示的碱基序列[8]碱基编号832552位~848089位所示的碱基序列[9]碱基编号867638位~883473位所示的碱基序列10]碱基编号890998位~909379位所示的碱基序列11]碱基编号1048888位'~1097019位所示的碱基序歹'、12]碱基编号1198106位'~1225146位所示的碱基序歹i,13]碱基编号1630912位'~1641038位所示的碱基序歹i,14]碱基编号1642632位'~1650222位所示的碱基序歹i，15〗碱基编号1964524位'~1993075位所示的碱基序歹'、16]碱基编号1996662位~2028209位所示的碱基序歹',17]碱基编号2033449位~2044376位所示的碱基序歹',18]碱基编号2069149位'~2081926位所示的碱基序歹'，19]2104393位~2116064位所示的碱基序歹i20]碱基编号2146264位~2187855位所示的碱基序歹',21]碱基编号2200669位~2229850位所示的碱基序歹l22]碱基编号2255895位~2263491位所示的碱基序歹',23]碱基编号2755677位~2789480位所示的碱基序歹i24]碱基编号2795174位~2800890位所示的碱基序歹i25]碱基编号2804308位~2810147位所示的碱基序歹'26]2825314位~2830262位所示的碱基序歹'27]碱基编号2985362位~3033128位所示的碱基序歹'28]1碱基编号3077085位~3078916位所示的碱基序歹'29]1碱基编号3H0110位~3134341位所示的碱基序歹'30:1碱基编号3360737位~3370547位所示的碱基序歹'31:1碱基编号3618576位~3636916位所示的碱基序歹32:4^1^编号3854662位~3865831位所示的碱基序歹'33'14^基编号3867102位~3877010位所示的碱基序歹34:1碱基编号3926659位~3938878位所示的碱基序歹351碱基编号4059898位~4079659位所示的碱基序歹碱基编号4086451位~4099982位所示的碱基序列[37]碱基编号4139232位~4149709位所示的碱基序列[38]碱基编号4235359位~4251735位所示的碱基序列[39]碱基编号4298977位~4311511位所示的碱基序列[40]碱基编号4313318位~4329721位所示的碱基序列[41]碱基编号4409533位~4423151位所示的碱基序列[42]碱基编号4496202位~4509534位所示的碱基序列[43]碱基编号4517876位~4599637位所示的碱基序列。(27)上述(23)~(26)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含ygiS基因、ygiT基因、ygiU基因、JW2991基因、ygiW基因、ygiX基因、ygiY基因、ygiZ基因、mdaB基因以及ygiN基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA。(28)上述(23)~(27)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3165628位~3172940位所示的碱基序列的DM、或者与该DNA相当的DNA。(29)上述(23)~(28)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含ybeL基因、ybeQ基因、ybeR基因、ybeS基因、ybeT基因、ybeU基因、ybeV基因、ybeW基因、ybeK基因、gltL基因、gltK基因、gUJ基因、ybeJ基因以及JW0651基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA。(30)上述(23)~(29)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号675104位~689374位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(31)上述(23)~(30)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含yfcC基因、JW2296基因、yfcE基因、yfcF基因、yfcG基因、folX基因、JW2301基因、yfcl基因、hisP基因、hisM基因、hisQ基因、hisJ基因、argT基因、yfdB基因、JW2346基因、yfdH基因、JW2348基因、yfdK基因、yfdL基因、yfdM基因、xylU基因、yfdN基因、yfdO基因、JW2356基因、JW2357基因、JW2358基因、JW2359基因、JW2360基因、JW2378基因、yqhT基因、ptwC基因以及ptwB基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA。(32)上述(23)~(31)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[3]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:碱基编号2423365位~2434098位所示的碱基序列[2]碱基编号2472852位~2482482位所示的碱基序列[3]碱基编号2505075位~2514557位所示的碱基序列。(33)上述(23)~(32)的任何一项的的大肠杆菌突变体，其具有不含pin0基因、gspA基因、gspC基因、gspD基因、gspE基因、hofF基因、hofG基因、hofH基因、gspl基因、gspJ基因、gspK基因、gspL基因、pshM基因、hofD基因、bfr基因、yheA基因以及chiA基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA。(34)上述(23)~(33)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3453021位~3469366位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(35)上述(23)~(34)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含elaB基因、elaA基因、elaC基因、elaD基因、yfbK基因、yfbL基因、yfbM基因、yfbN基因、JW2269基因以及JW2270基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA。(36)上述(23)~(35)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2386262位~2395471位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(37)上述(23)~(36)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含yhdJ基因、yhdU基因、envR基因、acrE基因、envD基因、yhdV基因、yhdW基因、yhdX基因以及yhdY基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA。(38)上述(23)~(37)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3411160位~3420878位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(39)上述(23)~(38)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含chpA基因、或者它的同源基因的染色体DNA。(40)上述(23)~(39)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2910274位~2910573位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。(41)上述(23)~(40)的任何一项的的大肠杆菌突变体，其具有不含fhuA基因、fhuC基因、fhuD基因以及fhuB基因、或者与它们同源的基因的染色体DM。(")上述(23)~(41)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下迷染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号167065位~172979位所示的碱基序列的DNA、或者与该DM相当的DNA。(43)上述(1)~(42)中任何一项的大肠杆菌突变体的突变体，其是通过选择下迷[l]~[5]的方法仁加以改变得到的緩和或者解除至少一个控制有用物质的生物合成的机制的方法；强化表达至少一种参与有用物质的生物合成的酶的方法；[3]使至少一种参与有用物质的生物合成的酶基因的拷贝数增加的方法；弱化或者抑制至少一个从有用物质的生物合成途径向该有用物质的另外的代谢产物分支的代谢途径的方法；相比野生型大肠杆菌而言，选择对有用物质的类似物的耐受性高的细胞林的方法。(44)上述(1)~(43)中任何一项的大肠杆菌突变体，其中大肠杆菌是大肠杆菌K-12林、大肠杆菌B林或者大肠杆菌W林。(45)上述(44)的大肠杆菌突变体，其中大肠杆菌K-12株是大肠杆菌W3110抹(ATCC27325)或者大肠杆菌MG1655林(ATCC47076)。(46)有用物质的制造方法，其特征在于，上述(l)~(45)中任何一项的大肠杆菌突变体在培养基中进行培养，向培养物中生成、蓄积有用物质，从该培养物回收该有用物质。(47)上述(43)~(46)的任何一项的的制造方法，其中有用物质选自蛋白质、肽、氨基酸、核酸、维生素、糖、有机酸以及脂类。发明的效果0007通过本发明能够提供在经过一定时间的培养后，菌体量比野生型大肠杆菌多的大肠杆菌突变体、以及使用该突变体制备有用物质的方法。0008图l是表示连接了sacB基因以及cat基因的DNA片段的结构示意图。符号的说明0009sacB表示sacB基因、cat表示cat基因。具体实施方式0010作为野生型大肠杆菌，只要是在自然界中最高频率可见型的大肠杆菌即可，例如可列举属于大肠杆菌K-12林的大肠杆菌W3110林(ATCC27325)以及大肠杆菌MG1655林(ATCC47076)、属于大肠杆菌B林ATCC11303林、大肠杆菌W林属于ATCC9637林等。本说明书的表1、表2、序列号1、以及国际互联网、URL::http://gib.genes,nig.ac.jp/single/index.phpspid=Ecol_K12—W3110中记载了以JW编号限定的基因的碱基序列，添加的"JW"J编号是日本DNA数据银行中登记的基因编号。0011此外，序列号1所示碱基序列是在上述国际互联网上于2004年10月29日登记的大肠杆菌W3110株的染色体DNA的碱基序列。含有基因的染色体DNA指的是含有特定基因的结构基因、启动子以及操纵子等特定的具有控制功能的区域的染色体DNA。不含基因的染色体DNA指的是不含有特定基因的结构基因的一部或者全部的染色体DNA、或者不含有该基因的启动子以及/或者操纵子等具有特定控制功能的区域的染色体DNA。0012不含结构基因的一部分的染色体DNA指只要是不含有该结构基因的一部分、且不能从该结构基因进行功能性的的蛋白质转录、表达的染色体DNA即可，例如由于结构基因的5，末端区域缺失而不存在起始密码子的DNA、3，末端区域的大部分、例如总体的10%以上、优选20%以上、更优选30%以上、进一步优选40%以上缺失的染色体DNA。此外，不含在染色体DNA上相邻的两个基因的染色体DNA也可以是不含由两基因间存在的碱基序列构成的DM的染色体DNA。0013同源的基因指的是被认为在大肠杆菌种内，在基因碱基序列上存在序列同源性的基因、或者被认为该基因所编码的蛋白质的氨基酸序列上具有列同源性的基因。被认为具有序列同源性是指碱基序列上具有85%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选98%以上、特别优选99%以上的序列相似性、氨基酸序列上具有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选98%以上、特别优选99%以上的序列相似性。00141与序列号1所示碱基序列中特定的碱基编号所示碱基序列的DNA相当的DNA是指，与在大肠杆菌种内的具有该特定的碱基编号所示的碱基序列的DNA所含的基因的构成、以及在染色体DNA上的位置方面基本上相同的DNA。DNA所含的基因的构成基本上相同是指，该DNA所含的基因是一致或者相同的基因、并且如果该基因的排列顺序如果相同的话，基因间的碱基序列也可以不同。不过，在该特定的碱基编号所示的碱基序列的DNA中存在插入序列的情况下，与该DNA相当的DNA中也可以没有该插入序列。染色体DNA上的位置基本上相同是指、将大肠杆菌的染色体DNA上的ThrA基因的起始密码子腺嘌呤作为编号l，沿着ThrA基因的编码链对染色体DNA的碱基序列赋予碱基编号时，与该特定的碱基编号在碱基编号上相差50以下、优选30以下、更优选10以下、进一步优选5以下的DNA。不过、在该特定的碱基编号所示的碱基序列DNA中存在插入序列的情况下，与该DNA相当的DNA中也可以没有该插入序列，所以该插入序列分、可以在碱基编号上进一步存在差异。与序列号1所示碱基序列中的特定的碱基编号所示的碱基序列的DM相当的DNA是指、例如可列举与该特定的碱基编号所示的碱基序列具有80%以上、优选90%以上、更优选"％以上、进一步优选98%以上、特别优选99%以上的序列相似性的DNA。0015氨基酸序列或者碱基序列的序列相似性可以使用KarlinandAltschul的算法BLAST[Pro.Natl.Acad.Sci.USA,90，5873(1993)]或者FASTA[MethodsEnzymol.，183，63(1990)]进行测定。根据该算法BLAST,开发了称为BLASTN或BLASTX的程序[J.Mol.Biol.，215，403(1990)]。根据BLAST,通过BLASTN分析碱基序列的情况下，将参数设定为例如Score=100、wordlength=12。或者，根据BLAST,通过BLASTX分析氨基酸序列的情况下，将参数设定为例如score=50、wordlength=3。在使用BLAST和GappedBLAST程序的情况下，可以使用各程序默认的参数。这些分析方法的具体的操作是公知的(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)。1.本发明的大肠杆菌突变体作为本发明的大肠杆菌突变体，可列举(l)可以是含有下述[1]和[2]所述的基因或者与它们同源的基因、且具有比野生型大肠杆菌短470kbp以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体，也可以是具有在野生型大肠杆菌的染色体DM上存在下述[1]以及[2]的基因以及该基因的同源的基因、此外不含任何基因的染色体DNA的大肠杆菌突变体，具体而言，具有不含选自不是表1记载的基因中的上述[1]以及[2]的基因的、以及不含选自上述基因或者该基因的同源基因的染色体DNA。大肠杆菌突变体〔即、上述[l]以及的基因或者与它们同源的基因中存在野生型大肠杆菌原来不具有的基因(以下称为NC基因)的情况下，该源自野生型大肠杆菌的上述大肠杆菌突变体也可以不具有NC基因〕。作为本发明的大肠杆菌突变体，以及[2]的基因的碱基序列之外DNA或者与该DNA相当的DM的染色体DNA，所述[1]以及[2]的基因为[l]thrA基因、thrB基因、thrC基因dnaJ基因、hokC基因基因、dnaK基因、基因、ribF基因、基因、carA基因、基因、caiB基因、基因、fixX基因、基因、pdxA基因、基因、polB基因、基因、leuD基因、基因、ilvl基因、基因、murF基因、基因、ddlB基因、基因、mutT基因、基因、nadC基因、ileS基因'carB基因'caiA基因'kefC基因，sur人基因araD基因,leuC基因，ilvH基因，mraY基因，ftsQ基因、yacE基因'ampD基因,lspA基因caiF基因caiT基因folA基因imp基因、ara人基因leuB基因fruR基因murD基因ftsA基因guaC基因ampE基因talB基因nhaA基因'fkpB基因-caiE基因'fixA基因，apaH基因'djlA基因、araB基因,leuA基因.ftsL基因.ftsW基因.ftsZ基因,hofC基因，aroP基园,mog基因、htgAnhaR基因、rpsTlytB基因、dapBcaiD基因、caiCfixB基因、fixCapaG基因、ksgArluA基因、hepAaraC基因、tbpAleuL基因、leu0ftsl基因、murEmurG基因、murClpxC基因、secAhofB基因、ppdDpdhR基因、aceE基因、aceF基因、lpdA基因，,acnB基因、speD基因、speE基因、gcd基因、hpt基因、yadF基因、panD基因、panC基因、panB基因、htrE基因、ecpD基因、folK基因、pcnB基因、dksA基因、sfsA基因、HgT基因、hrpB基因、,ponB基因、hemL基因、pfs基因、dgt基因、htrA基因、dapD基因、glnD基因、map基因、rpsB基因、tsf基因，>smb基因、rrf基因、dxr基因、rth基因、'cdsA基因、yaeL基因、hlpA基因、lpxD基因、fabZ基因、lpxA基因、lpxB基因、rnhB基因、dnaE基因、accA基因、ldcC基因,>mesJ基因、rof基因、cutF基因、proS基因、rcsF基因、abc基因、dniR基因、gloB基因、rnhA基因、dnaQ基因、upl8基因、,gmhA基因、pepD基因、gpt基因、crl基因、phoE基因、proB基因、proA基因、hemB基因、proC基因、aroL基因、aroM基因、ar"基因、sbcC基因、sbcD基因、phoB基因、phoR基因、brnQ基因、proY基因、malZ基因，.queA基因、tgt基因、secD基因、secF基因、tsx基因、ribD基因、ribH基因、nusB基因、thiL基因、PgpA基因、dxs基因、ispA基因、xseB基因、thil基因、thiJ基因、apbA基因、cyoE基因、cyoD基因、cyoC基因、cyoB基因、cyoA基因、ampG基因、bolA基因、tig基因、clpP基因、clpX基因、lon基因、hupB基因、cof基因、mdlA基因、mdlB基因、glnK基因、amtB基因、tesB基因、maa基因、hha基因、iacrB基因、acr人基因、acrH基因、aefA基因、priC基因、,apt基因、dnaX基因、recR基因、htpG基因,,adk基因、hemH基因'.aes基因、gsk基因、fsr基因、ushA基因、cucK基因、gcl基因、gip基因、:purK基因、purE基因、ybbF基因、ppiB基因、cysS基因、folD基因、sfmA基因、sfmC基因、sfniD基因、sfmH基因、sfmF基因、fimZ基因、,entD基因、fepA基因、fes基因、entF基因、fepE基因、fepC基因、fepG基因、fepD基因、fepB基因、entC基因、entE基因、entB基因、entA基因、cstA基因、dsbG基因、ahpC基因、ahpF基因、,rnk基因、rna基因、citT基因、citG基因、citX基因、citF基因、citE基因、citD基因、citC基因、citA基因、citB基因、dcuC基因、dcuC基因、crc人基因、cspE基西、crcB基因、lipA基因、lipB基因、dacA基因、rlpA基因、mrdB基因、mrdA基因、phpB基因、nadD基因、holA基因、rlpB基因、,leuS基因.>lnt基因、phoL基因、ubiF基因、asnB基因、nagD基因、nagC基因、nagA基因、nagB基因、nagE基因、glnS基因'.fur基因、fldA基因、seqA基因.、Pgm基因、potE基因、speF基因、kdpE基因、kdpD基因、kdpC基因、kdpB基因、kdpA基因、phrB基因、end8基因、abrB基因、gUA基因、sdhC基因、sdhD基因、sdhA基因、sdhB基因、suc人基因、sucB基因、sucG基因、sucD基因、farR基因、hrsA基因、cydA基因、cydB基因、tolQ基因、tolR基因、tolA基因、tolB基因、pal基因、nadA基因、pnuC基因、czcD基因、aroG基因、gpmA基因、galM基因、galK基因、galT基因、galE基因、modF基因、modE基因、modA基因、modB基因、modC基因、bioA基因、bioB基因、bioF基因、bioC基因、bioD基因、uvrB基因、mo"基因、moaB基因、moaG基因、nioaD基因、moaE基因、rhlE基因、dps基因、iompX基因、mipB基因、moeB基因、moeA基因、mdfA基因、grxA基因、poxB基因、aqpZ基因、cspD基因、clpA基因、infA基因、aat基因、cydC基因、cydD基因、trxB基因、lrp基因、ftsK基因、lolA基因、serS基因、dmsA基因、dmsB基因、dmsC基因、pf1A基因、pflB基因、focA基因、serC基因、aroA基因',cmk基因、rpsA基因、himD基因、msbA基因、lpxK基因、kdsB基因、smtA基因、mukF基因、kicA基因、mukB基因、aspC基因、ornpF基因、asnS基因、piicB基因、pepN基因、ssuB基因、ssuC基因、ssuD基因、ssu人基因、ssuE基因、pyrD基因、uup基因、pqiA基因、pqiB基因、rmf基因、fabA基因、ompA基因、sulA基因、helD基因、mgsA基因、acyP基因、hyaA基因、hyaB基因、hyaC基因、hyaD基因、hyaE基因、hyaF基因、appC基因、appB基因、appA基因、csgG基因、csgF基因、csgE基因、csgD基因、csgB基因、csgA基因、csgC基因、sfaA基因、mdoG基因、mdoH基因、msyB基因、htrB基因、solA基因、dinl基因、pyrC基因、grxB基因、rimJ基因、mviM基因、mviN基因、flgN基因、HgM基因、flgA基因、flgB基因、flgC基因、flgD基因、flgE基因、flgF基因、flgG基因、flgH基因、flgl基西、HgJ基因、flgK基因.、HgL基因、rn6基因、rluC基因、rpmF基因、plsX基因、fabH基因、fabD基因、fabG基因、acpP基因、fabF基因、pabC基因、tmfc基因、holB基因、ptsG基因、fhuE基因、nagZ基因、.ndh基因、mfd基因、ycfU基因、ycfV基因、ycfW基因、cobB基因、potD基因、potC基因、potB基因、potA基因、pepT基因、phoQ基因、phoP基因、purB基因、trmU基因、icdA基因、minE基因、minD基因、minC基因、clyA基因、廳D基因、umuG基因、dsbB基因、nhaB基因、fadR基因、dadA基因、dadX基因、ldcA基因、mltE基因、tagl基因、treA基因、dhaR基因,、pth基因、prsA基因、ychB基因、hemM基因、hemA基因、prfA基因、hemK基因、kdsA基因、chaA基因、chaB基因、chaC基因、narL基因、narX基因、narIC基因、imrG基因、narH基因、nar了基因、narl基因,>tpr基因、purU基因、sprE基因、galU基因、,hns基因、tdk基因、adhE基因、oppA基因、oppB基因、oppC基因、,oppD基因、oppF基因、cls基因,,kch基因、tonB基因、trpA基因、trpB基因、trpC基因、trpD基因、trpE基因、trpL基因、btuR基因、sohB基因、topA基因、cysB基因、acn人基因、ribA基因、pgpB基因、pyrF基因、osmB基因、rnb基因、envM基因、sapF基因、sapD基因、sapC基因、sapB基因、sapA基因、aldH基因、ordL基因、goaG基因、pspF基因、pspA基因、pspB基因、pspC基因、pspD基因、pspE基因、sucP基因、ompG基因、tyrR基因、tpx基因、mppA基因、fnr基因、ogt基因、dbpA基因、intR基因，.lar基因、recT基因、recE基因、racC基因、kil基因、sieB基因、racK基因、dnaC基因、enpP基因、trkG基因、VMTH一LAMBD基因、VLOM一LAMBD基因、tnp0基因、upo3基因、ompN基因、nifJ基因、hsU基因、ldhA基因、feaR基因、feaB基因、tynA基因、paaZ基因、paaA基因、paaB基因、paaC基因、paaD基因、paaE基因、paaF基因、paaG基因、paaH基因、paal基因、paaJ基因、paaK基因、paaX基因、paaY基因、acpD基因、hrpA基因、aldA基因、gapC基因、gapC基因、cybB基因、trg基因、rimL基因、tehA基因、tehB基因、prtC基西、potA基因、potC基因、ansP基因、nhoA基因、narV基因、narW基因、narY基因、nar乙基因、narU基因、fdnG基因、fdnH基因、fdnl基因、adhP基因、sfcA基因、rpsV基因、osmC基因、dos基因、xasA基因、gadB基因、pqqL基因、chuR基因、hipA基因、hipB基因，.tam基因、uxaB基因、marG基因、marH基因、marA基因、marB基因,.dcp基因、lycV基因、dicA基因、dicB基因、rspB基因、rspA基因、speG基因、dmsB基因、dmsC基因、bioD基因.,mlc基因、asr基因、ebr基因、pntB基因、pritA基因、arcD基因、rstA基因、rstB基因'.tus基因、fumC基因、fumA基因、man人基因、uidC基因、uidB基因、uidA基因、uidR基因、hdhA基因、mail基因,>malX基因、malY基因1、add基因、blr基因，.nth基因、gst基因、pdxY基因、tyrS基因、pdxH基因、slyB基因、slyA基因、sodC基因、nemA基因、gloA基因、rnt基因、lhr基因、sodB基因、araJ基因、purR基因、cfa基因、ribE基因、ag43基因、phsC基因、nrfC基因、pykF基因、lpp基因、sufS基因、aroD基因、ppsA基因、aroH基因、nlpC基因、btuD基因、btuE基因、btuC基因、himA基因、pheT基因、pheS基因、pheM基因、rplT基因、rpml基因、infC基因、thrS基因、arp基因、pfkB基因、cedA基因、katE基因、celF基因、celD基因、celC基因、celB基因、celA基因、osmE基因、nadE基因、spy基因、astE基因、astB基因、astD基因、astA基因、cstC基因、xthA基因、gdhA基因、topB基因、selD基因、sppA基因、基因、tdh基因、gapA基因、ttuC基因、caiT基因、rnd基因、fadD基因、slp基因、pabB基因、sdaA基因、nrnn乂基因、manY基因、manZ基因、rrmA基因、cspC基因、kdgR基因、.tcmA基因、htpX基因、pre基因、pqiB基因、pphA基因、holE基因、exoX基因、ptrB基因、purT基因、eda基因、edd基因、zwf基因、pykA基因、mlt基因、znu人基因、znuC基因、ruvB基因、ruv人基因、ruvC基因、ntpA基因、aspS基因、bisZ基因、torY基因、cutC基因'.argS基因、pgsA基因、amn基因、cbl基因、nac基因、erfK基因、cobT基因、cobS基因、cobU基因、gyrl基因、phsE基因、sbcB基因、hisL基因、hisG基因、hisD基因、hisC基因、h"B基因、hisH基因、hisA基因、hisF基因、hisl基因、wzz基因、ugd基因、gnd基因、；galF基因、wcaM基因、wcaL基因、wcaK基因、wzxC基因、wc"基因、cpsG基因、cpsB基因、wcal基因、wcaH基因、wcaG基因、gmd基因、wcaF基因、wcaE基因、wcaD基因、wcaC基因、wcaB基因、wca人基因、wzb基因、,wza基因、asm人基因、dcd基因、udk基因、thiD基因、thiM基因、mrp基因、metG基因、cdd基因、san人基因、mglC基因、mglA基因、mglB基因、galS基因、folE基因、cirA基因、lysP基因、nfo基因、fruA基因、fruK基因、fruB基因、rplY基因、narP基因、ccmH基因、dsbE基因、ccmP基因、ccmE基因、ccmD基因、ccmG基因、ccmB基因、ccm人基因、napC基因、napB基因、napH基因、napG基因、napA基因、napD基因、napF基因、eco基因、alkB基因、ada基因、apbE基因、rcsB基因、rcsG基因、atoS基因、atoC基因、atoD基因、atoA基因、atoE基因、atoB基因、gyrA基因、ubiG基因、nrdA基因、nrdB基因、inaA基因、glpQ基因、glpT基因、glpA基因、glpB基因、glpC基因、cinA基因、ais基因、pmrD基因、m6nE基因、menG基因、menB基因、menD基因、m6nF基因、議N基因、nuoM基因、nuoL基因、nuolC基因、nucJ基因、nuol基因、訓H基因、誦G基因、nuoF基因、nuoE基因、nuoD基因、nuoB基因、nuo人基因、lrhA基因、ackA基因、pta基因、ubiX基因、purF基因、dedE基因、dedD基因、folC基因、accD基因、dedA基因、truA基因、usgl基因、pdxB基因、div基因、fabB基因、ddpX基因、mepA基因、aroC基因、sixA基因、fadL基因、vacJ基因、dsdC基因、dsdX基因、dsdA基因、emrY基因、emrIC基因、evgA基因、evgS基因、bifF基因、ddg基因、glk基因、mntH基因、nupC基因、gltX基因、xapR基因、xapB基因、xapA基因、lig基因、zipA基因、cysZ基因、cysK基因、ptsH基因、ptsl基因、gsr基因、pdxK基因、cysM基因、cysA基因、cysW基因、cysU基因、cysP基因、ucpA基因、ptbA基因、amiA基因、hemF基因、cchA基因、eutC基因、eutB基因、eutH基因、eutG基因、eutJ基因、eutE基因、cchB基因、eutl基因、talA基因、tktB基因、aegA基因、narQ基因、acrD基因、dapE基因、purC基因、nlpB基因、dapA基因、gcvR基因、bcp基因、hyfA基因、hyfB基因、hyfC基因、hyfD基因、hyfE基因、hyfF基因、hyfG基因、hyfH基因、hyfl基因、hyfJ基因、hyfR基因、focB基因、perM基因、yfgE基因、ura人基因、upp基因、purM基因、purN基因、,ppk基因、ppx基因、guaA基因、guaB基因、xseA基因、hisS基因、,gcpE基因、ndk基因、pbpC基因、ss"基因、sseB基因、pepB基因、,fdx基因、hscA基因、hscB基因、iscU基因、iscS基因、iscR基因、suhB基因、csiE基因、dgxA基因、dgxB基因、hcaC基因、hcaB基因、hcaD基因、glyA基因、hmpA基因、glnB基因、purL基因、acpS基因、,pdxJ基因.,rec0基因、6ra基因、rnc基因、lepB基因、lepA基因、rseC基因、rseB基因、rse人基因、rpoE基因、nadB基因、srmB基因、ung基因、trx2基因、pssA基因、kgtP基因、clpB基因、rluD基因、pheL基因、pheA基因、tyrA基因、aroF基因、rplS基因、trmD基因、rimM基因'.rpsP基因、ffh基因、grpE基因、recN基因、smpA基因、smpB基因、gabD基因、gabT基因、gabP基因、nrdF基因、emrR基因、emrA基因、emrB基因、gshA基因、csr人基因、alaS基因、or"基因、rec人基因、mltB基因、hypF基因、hydN基因、ascG基因、ascF基因、ascB基因、hycl基因、hycH基因、hycG基因、hycF基因、hycE基因、hycD基因、hycC基因、hycB基因、hycA基因、hypA基因、hypB基因、hypC基因、hypD基因、hypE基因、fhlA基因、mutS基因、prpB基因、rpoS基因'>pcm基因、surE基因、ygbB基因、ygbP基因、ygbQ基因、cysC基因、cysN基因、cysD基因、iap基因、cysH基因、cysl基因、cysJ基因、ptpS基因，.6no基因、pyrG基因、mazG基因、chpR基因、relA基因、barA基因、gud2基因、gudT基因、mioC基因、,syd基因、sdaB基因、exo基因、fuc0基因、fucA基因、fucP基因、fuel基因、fucK基因、fucU基因、fucR基因、gcvA基因、nifS基因、mlU基因、amiC基因、argA基因、thyA基因、lgt基因、ptsP基因、mutH基因、tas基因、aas基因、galR基因、lysA基因、lysR基因、araE基因、kduD基因、kdul基因、lysS基因、prfB基因、re"基因、dsbC基因、xerD基因、fldB基因、upl4基因、bglA基因、gcvP基因、gcvH基因、gcvT基因、visC基因、ubiH基因、pepP基因、serA基因、rpiA基因、iciA基因、sbm基因、argK基因、fba基因、pgk基因、epd基因、tktA基因、speB基因、speA基因、metK基因、galP基因、sprT基因、endA基因、gshB基因、yqgF基因、ansB基因、mutY基因、mltC基因、卿G基因、speC基因、pitB基因、gsp基因、hybG基因、hybF基因、hybE基因、hybD基因、hybC基因、hybB基因、hybA基因、hoxK基因、exbD基因、exbB基因、metC基因、exsA基因、sufl基因、plsC基因.、parC基因、parE基因、icc基因、tolC基因、ribB基因、glgS基因，,rfaE基因、glnE基因、cca基因、bacA基因、folB基因、ttdA基因、ttdB基因、ygjD基因、rpsU基因、dnaG基因、rpoD基因、aer基因、ebgR基因、ebgA基因、ebgC基因、fadH基因、ux"基因、uxaC基因、exuT基因、exu尺基因、tdcE基因、tdcD基因、tdcC基因、tdcB基因、tdcA基因、tdcR基因、sohA基因、agaR基因、agaZ基因、agaV基因、agaW基因、agaA基因、agaS基因、agaY基因、agaB基因、agaC基因，.agaD基因、agal基因、mtr基因、deaD基因、nlpl基因、pnp基因、rps0基因、truB基因、rbfA基因、infB基因、IIUS人基因、argG基因、secG基因、mrs人基因、folP基因、ftsH基因、ftsJ基因、greA基因、dacB基因、yhbZ基因、rpmA基因、rplU基因、ispB基因、nlp基因、mur人基因、yrbl基因、yrbK基因、rpoN基因、ptsN基因、pts0基因、mtgA基因、arcB基因、gltB基因、磁丁基因、npl基因、訓H基因、dcuD基因、sspB基因、sspA基因、rpsl基因、rplM基因、hhoA基因,,hhoB基因、mdh基因、argR基因、UdD基因、rng基因、mreD基因、mreG基因、mreB基因、accB基因、accG基因、panF基因、prmA基因、fis基因、aroE基因,,smg基因、smf基因、def基因、fmt基因、sun基因、trkA基因、mscL基因、zntR基因、rplQ基因、rpoA基因、rpsD基因、rpsK基因、rpsM基因、rpmJ基因、secY基因、rpl0基因、rpmD基因、rpsE基因、rplR基因、rplF基因、rpsH基因、rpsN基因、rplE基因、rplX基因、rplN基因、rpsQ基因、rpmC基因、rplP基因、rpsC基因、rplV基因、rpsS基因、rplB基因、rplW基因、rplD基因、rplC基因、rpsJ基因、tufA基因、fusA基因、rpsG基因、rpsL基因、fkpA基因、slyX基因、slyD基因、kefB基因、prkB基因、crp基因、argD基因、pabA基因.,fic基因、ppiA基因、nirB基因、nirD基因'.nirC基因、cysG基因、php基因、trpS基因、,gph基因、rpe基因、dam基因、damX基因、aroB基因、aroK基因、hofQ基因、mrcA基因、pckA基因、envZ;基因、ompR基因、greB基因、feoA基因、feoB基因、bioH基因、gntT基因、malQ基因、malP基因、malT基因、rtcA基因、rtcB基因、rtcR基因、glpR基因、glpG基因、glpE基因、glpD基因、glgP基因、glgA基因、glgC基因、glgX基因、glgB基因、asd基因、gntU基因、gntU基因、gntK基因、gntR基因、ggt基因、ugpQ基因、ugpC基因、ugpE基因、ugpA基因、ugpB基因、livF基因、HvG基因、livM基因、livH基因、livK基因、livJ基因、rpoH基因、ftsX基因、ftsE基因、ftsY基因、atzN基因、nikA基因、nikB基因、nikC基因、nikD基因、nikE基因、pitA基因、uspB基因、uspA基因、prlC基因，.gor基因、arsH基因、arsB基因、arsC基因、slp基因、hdeB基因、hdeA基因、hdeD基因、gadA基因、treF基因、kdgK基因、dctA基因、dppF基因、dppD基因、dppC基因、dppB基因、dppA基因、tag基因、bisC基因、cspA基因、giys基因、glyQ基因、xylB基因、xylA基因、xylF基因、xylG基因、xylH基因、xylR基因、bax基因、malS基因、avtA基因、lyx基因、sgbH基因、sgbU基因、sgbE基因、aldB基因、selB基因、selA基因、mtlA基因、mtlD基因、mtlR基因、lldP基因、lldR基因、lldD基因、cysE基因、gpsA基因、secB基因、grxC基因、tdh基因、kbl基因、htrL基因、rfaD基因、rfaF基因、rfaC基因、rfaL基因、rfaK基因、rfaZ基因、rfaY基因、rfaJ基因、rfal基因、rfaB基因、rfaS基因、rfaP基因、rfaG基因、rfaQ基因、kdtA基因、kdtB基因、mutM基因、rpmG基因、rpmB基因、radC基因、dfp基因，.dut基因、ttk基因、pyrE基因、rph基因、dinD基因、gmk基因、rpoZ基因、spoT基因、spoU基因、recG基因、gUS基因、nlpA基因、uhpT基因、uhpC基因、uhpB基因、uhpA基因、ilvN基因、ilvB基因、ivbL基因、emrD基因、ibpB基因、ibpA基因、gyrB基因、recF基因、dnaN基因、dnaA基因、rpmH基因、rnpA基因、yidC基因、thdF基因、tnaL基因、tnaA基因、tnaB基因、bglB基因、bglF基因、bglG基因、phoU基因、pstB基因、pstA基因、pstC基因、pstS基因、glmS基因、glmU基因、atpC基因、imcD基因、atpG基因、atpA基因、atpH基因、atpF基因、atpE基因、atpB基因、atpl基因、gidB基因、gidA基因、mioC基因、asnC基因、pssR基因、ilvL基因、ilvG基因、ilvM基因、UvE基因、ilvD基因、ilvA基因、ilvY基因、ilvC基因、ppiC基因、,rep基因、gppA基因、rhlB基因、trxA基因、rhoL基因、.rho基因、rfe基因、wzzE基因、nfrC基因、rffD基因、rffG基因、rffH基因、rffA基因、wzxE基因、rffT基因、wecG基因、aslB基因、aslA基因、hemY基因、hemX基因、hemD基因、hemC基因、cyaA基因、cyaY基因、dapF基因、xerG基因、uvrD基因、corA基因、radD基因、pldA基因、recQ基因、pldB基因、metR基因、metE基因、udp基因、ubiE基因、aarP基因、tatC基因、tatD基因、rfaH基因、uMD基因、ubiB基因、fadA基因、fadB基因、pepQ基因、trkH基因、trkH基因、hemG基因、mobB基因、mobA基因、dsbA基因、polA基因、yihA基因、hemN基因、ntrC基因、ntrB基因、glnA基因、fdhE基因、fdol基因、fdoH基因、fdoG基因、fdhD基因、sodA基因、kdgT基因、cpxA基因、cpxR基因、,cpxP基因.、pfkA基因、sbp基因、cdh基因、tpiA基因、fpr基因、glpX基因、glpK基因、glpF基因、menG基因、menA基因、hslU基因、hslV基因、ftsN基因、cytR基因、priA基因、rpmE基因、metJ基因、metB基因、metL基因、metF基因、katG基因、gldA基因、talC基因、,ppc基因、argE基因、argC基因、argB基因、argH基因、oxyR基因、udhA基因、trmA基因、btuB基因、murl基因、murB基因、birA基因、co"基因、tufB基因、S6CE基因、nusG基因、rplK基因、rplA基因、rplJ基因、rplL基因、rpoB基因、rpoC基因、htrC基因、thiH基因、thiG基因、thiS基因、thiF基因、thiE基因、thiC基因、rsd基因、hemE基因、nfi基因、hupA基因、hydH基因、hydG基因、purD基因、purH基因、metA基因、ac6B基因、ac6人l因、acsK基因、arp基因、iclR基因、metH基因、pepE基因、lysC基因、pgi基因、ubiC基因、ubiA基因、plsB基因、dgkA基因、lexA基因、dinF基因、qor基因、dnaB基因、alr基因、tyrB基因、napA基因、hobH基因、uvrA基因、ssb基因、soxS基因、soxH基因、acs基因、nrfA基因、nrfB基因、nrfC基因、nrfD基因、nrfE基因、nrfF基因、nrfG基因、gltP基因、fdhF基因、alsR基因、rpiB基因、proP基因、basS基因、basR基因、adiY基因、adi基因、melR基因、melA基因、melB基因、fumB基因、dcuB基因、dcuR基因、dcuS基因、lysU基因、cadA基因、cadB基因、cadC基因、cutA3基因、cutA2基因、cutA基因、dcuA基因、aspA基因、fxsA基因、！roES基因、groEL基因、efp基因、ecnB基因、sugE基因、blc基因、ampC基因、frdD基因、frdC基因、frdB基因、frdA基因、genX基因、psd基因、yjeQ基因、yjeE基因、amiB基因、mutL基因、miaA基因、hfq基因、hflX基因、hflK基因、hflC基因、purA基因、vacB基因、sgaE基因、rpsF基因、priB基因、rpsR基因、rpll基因、fklB基因、cycA基因、cpdB基因、cysQ基因、msrA基因、,chpS基因、chpB基因、ppa基因、fbp基因、mpl基因、〗pmbA基因、cybC基因、nrdG基因、nrdD基因、treC基因、treB基因、treR基因、mgtA基因、pyrl基因、pyrB基因、pyrBI基因、argl基因、valS基因、holC基因、xerB基因、idnR基因、idnT基因、idn0基因、idnD基因、idnK基因、fecE基因、fecD基因、fecC基因、fecB基因、fecA基因、fecR基因、feci基因、dnaC基因、dnaT基因、bglJ基因、fhuF基因、rsmC基因、holD基因、riml基因、prfC基因、osmY基因、deoC基因、deoA基因、deoB基因、deoD基因、lplA基因、smp基因、serB基因、radA基因、nadR基因、slt基因、trpR基因、gpmG基因、rob基因、creA基因、creB基因、creC基因、creD基因、arcA基因、lasT基因、thrL基因、以及[2]acrE基因、argT基因、artl基因、artJ基因、artM基因、artP基因、artQ基因、bfr基因、chiA基因、chpA基因、dacC基因、deoR基因、dinG基因、elaA基因、elaB基因、elaC基因、elaD基因、envD基因、envR基因、fhuA基因、fhuB基因、fhuC基因、fhuD基因、folX基因、glnH基因、glnP基因、glnQ基因、gltJ基因、gltK基因、gltL基因、gspA基因、gspC基因、gspD基因、gspE基因、gspl基因、gspJ基因、gspK基因、gspL基因、hisJ基因、hisM基因、hisP基因、hisQ基因、hofD基因、hofF基因、hofG基因、hofH基因、ltaA基因、mdaA基因、mdaB基因、pin0基因、potF基因、potG基因、potH基因、potl基因、pshM基因、ptwB基因、ptwC基因、rhsB基因、rimK基因、xylU基因;大肠杆菌突变体、进一步优选、(2)上述(1)的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA含有具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[69]所述碱基序列的DM、或者与它们相当的DM:1位~167064位所示的碱基序列172980位~243964位所示的碱基序列253411位~261963位所示的碱基序列387532位~389138位所示的碱基序列403704位~518029位所示的碱基序列532712位~535504位所示的碱基序列550216位~563940位所示的碱基序列689375位~728820位所示的碱基序列739594位~832551位所示的碱基序列883474位~890997位所示的碱基序列909380位~1048887位所示的碱基序列1097020位~1198105位所示的碱基序列1225147位~1630911位所示的碱基序列1641039位--1642631位所示的碱基序列1993076位--1996661位所示的碱基序列2028210位--2033448位所示的碱基序列2081927位--2104392位所示的碱基序列2H6065位--2146263位所示的碱基序列2187856位--2200668位所示的碱基序列2229851位--2255894位所示的碱基序列2263492位--2270439位所示的碱基序列2286589位--2386261位所示的碱基序列2395472位--2423364位所示的碱基序列2434099位--2472851位所示的碱基序列2482483位--2505074位所示的碱基序列2514558位--2755676位所示的碱基序列2789481位--2795173位所示的碱基序列2800891位--2804307位所示的碱基序列2830263位--2910273位所示的碱基序列3033129位--3077084位所示的碱基序列3078917位'-3110109位所示的碱基序列3134342位'-3165627位所示的碱基序列3172941位'-3360736位所示的碱基序列3420879位'-3453020位所示的碱基序列3469367位'-3618575位所示的碱基序列3636917位'-3854661位所示的碱基序列3865832位'-3867101位所示的碱基序列3877011位~3926658位所示的碱基序列4t)79660位~4086450位所示的碱基序列4329722位~4409532位所示的碱基序列167065位~172979位所示的碱基序列832552位~848089位所示的碱基序列890998位~909379位所示的碱基序列2386262位~2395471位所示的碱基序列2423365位~2434098位所示的碱基序列2472852位~2482482位所示的碱基序列2505075位~2514557位所示的碱基序列2910274位~2910573位所示的碱基序列3165628位~3172940位所示的碱基序列3411160位~3420878位所示的碱基序列3453021位~3469366位所示的碱基序列3618576位~3636916位所示的碱基序列；(3)上述(1)或者(2)的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yafJ基因、yafK基因、yafQ基因、dinJ基因、yafL基因、yafM基因、fhiA基因、lafU基因、dinP基因、yafN基因、yafO基因、yafP基因、JW0225基因、prfH基因、ykfI基因、yafW基因、yeeT基因、ykfG基因、yafX基因、ykfF基因、ykfB基因、yafY基因、ypjK基因、yafZ基因、ykfA基因、perR基因、JW0245基因、JW0246基因、JW0247基因、ykfC基西、JW0249基因、is5B基因、yi51基因、mmuP基因、mmuM基因、afuC基因、JW0255基因、insB基因、insA基因、JW0258基因、yagB基因、yagA基因、yagE基因、yagF基因、yagG基因、yagH基因、yagl基因、argF基因、yfjl基因、yagJ基因、yagK基因、yagL基因、yagM基因、yagN基因、intF基因、yagP基因、yagQ基因、yagR基因、yagS基因、yagT基因、yagU基因、ykgJ基因、yagV基因、yagW基因、yagX基因、yagY基因、yagZ基因、ykgK基因、ykgL基因、ykgM基因、eaeH基因、JW0292基因、JW0293基因、ykgA基因、ykgB基因、ykgl基因、merA基因、ykgD基因、ykgE基因、ykgF基因、ykgG基因、ykgH基因、betA基因、betB基因、betl基因、betT基因、yahA基因、yahB基因、yahC基因、yahD基因、yahE基因、yahF基因、yahG基因、yahH基因、arcM基因、yahJ基因、yahK基因、yahL基因、yahM基因、yahN基因、yahO基因、prpR基因、bcpA基因、prpC基因、prpD基因、prpE基因、codB基因、codA基因、cynR基因、cynT基因、cynS基因、cynX基因、lacA基因、lacY基因、lacZ基因、lacl基因、mhpR基因、mhpA基因、mhpB基因、mhpC基因、mhpD基因、mhpF基因、mhpE基因、mhpT基因、yaiL基因、yaiM基因、adhC基因、yaiN基因、yaiO基因、JW0350基因、yi2A基因、yi22基因、yi24基因、yi23基因、yaiP基因、yaiS基因、tauA基因、tauB基因、tauC基因、ssiD基因、yaiT基因、JW0363基因、JW0364基因、yaiU基因、yaiV基因、ampH基因、sbmA基因、yaiW基因、yaiY基因、yaiZ基因、ddlA基因、yaiB基因、phoA基因、psiF基因、yaiC基因、ybbO基因、tesA基因、ybbA基因、ybbP基因、rhsD基因、ybbC基因、rhsE基因、ybbD基因、JW0490基因、ybbB基因、ybbS基因、ybbT基因、ybbU基因、ybbQ基因、ybbV基因、allP基因、allA基因、ybbY基因、ybbZ基因、ylbA基因、al1C基因、ylbC基因、fdrA基因、ylbE基因、ylbF基因、arcC基因、intD基因、EXO—LAMBD基因、VRPP一LAMBD基因、JW0528基因、JW0529基因、VREN—LAMBD基因、emrE基因、ybcK基因、ybcL基因、ybcM基因、ybcN基因、ninE基因、ybcO基因、rus基因、ybcQ基因、JW0539.5基因、nmpC基因、vlyS基因、ybcS基因、ybcT基因、vboR基因、ybcV基因、ybcW基因、nohB基因、ybcX基因、ybcY基因、JW0552基因、appY基因、ompT基因、envY基因、ybcH基因、nfrA基因、nfrB基因、cusS基因、cusH基因、cusC基因、ylcC基因、cusB基因、cusA基因、pheP基因、ybdG基因、nfnB基因、ybdF基因、ybdJ基因、ybdK基因、hokE基因、yi81基因、yi82基因、ymcC基因、ymcD基因、cspH基因、,cspG基因、sfa基因、yccL基因、yccM基因、torS基因、torT基因、torR基因、torC基因、torA基因、torD基因、yccD基因、cbpA基因、,yccE基因、agp基因、yccJ基因、wrbA基因、yciG基因、ycdG基因、JW0992基因、JW0993基因、JW0994基因、ycdK基因、JW0996基因、JW0997基因、ycdC基因、puU基因、yzpU基因、putP基因、JW1002基因、ycdO基因、ycdB基因、phoH基因、ycdP基因、ycdQ基因、ycdR基因、ycdS基因、ycdT基因、JW1012基因、JW1013基因、JW1014基因、ycdU基因、ymfD基因、ymfE基因、lit基因、intE基因、VXIS-BPP21基因、ymfH基因、ymfl基因、ymfJ基因、RPC2-BPP22基因、JW1132基因、ymfL基因、ymfM基因、ymfN基因、ymfR基因、ymfO基因、JW1138基因、JW1139基因、ycfK基因、ymfS基因、ycfA基因、ycfE基因、pin基因、mcrA基因、JW1146基因、ycgW基因、ycgX基因、ycgE基因、JW1150基因、ycgZ基因、ymgA基因、JW1153基因、ymgC基因、yahA基因、JW1156基因、JW1157基因、aidA基因、ymgD基因、JW1160基因、JW1161基因、JW1162基因、ydfH基因、ydfZ基因、ydfI基因、shiA基因、JW1537基因、tnpR基因、ydfM基因、Y314-LAMBD基因、nohA基因、ydfO基因、yccL基因、cspl基因、ydfR基因、vlyS基因、cspB基因、cspF基因、regQ—LAMBD基因、JW1552基因、rem基因、hokD基因、relE基因、relB基因、ydfV基因、flxA基因、ydfW基因、ydfX基因、dicC基因、sdaC基因、yqeH基因、yqel基因、yqeJ基因、yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfJ基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygfO基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yihO基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、yijP基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、malF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsE基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phnO基因、phnN基因、phnM基因、phnL基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phnF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因.*yjdA基因以及yjcZ基因；(4)上述(1)~(3)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[18]所述碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列、[2]碱基编号261964位~387531位所示的碱基序列、碱基编号389139位~403703位所示的碱基序列、[4]碱基编号518030位~532711位所示的碱基序列、[5〗碱基编号535505位~550215位所示的碱基序列、[6〗碱基编号563941位~608118位所示的碱基序列、[7]碱基编号1048888位~1097019位所示的碱基序列、[8]碱基编号1198106位~1225146位所示的碱基序列、[9]碱基编号1630912位~1641038位所示的碱基序列、[10]碱基编号1642632位~1650222位所示的碱基序列、[11]碱基编号2985362位~3033128位所示的碱基序列、[12]碱基编号3110110位~3134341位所示的碱基序列、[13]碱基编号4059898位~4079659位所示的碱基序列、[14]碱基编号4086451位~4099982位所示的碱基序列、[15]碱基编号4139232位~4149709位所示的碱基序列、[16]碱基编号4235359位~4251735位所示的碱基序列、[17]碱基编号4298977位~4311511位所示的碱基序列、以及[18]碱基编号4313318位~4329721位所示的碱基序列；(5)上述(1)~(4)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DM,所述基因为yidF基因、yidG基因、yidH基因、yidl基因、yidJ基因、yidK基因、yidL基因、JW3657基因、glvG基因、glvB基因、glvC基因、yidP基因、yidE基因、yidQ基因、yidR基因、yidS基因、dgoT基因、dgoA基因、dgoK基因、dgoR基因、yidW基因、yidX基因、yidA基因、yidB基因、asnA基因、yieM基因、JW3724基因、yieN基因、kup基因、rbsD基因、rbsA基因、rbsC基因、rbsB基因、rbsK基因、rbsR基因以及yieO基因；(6)上述(1)~(5)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述~[3]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1〗碱基编号3854662位~3865831位所示的碱基序列、碱基编号3926659位~3938878位所示的碱基序列；(7)上述(1)~(6)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DNA,所述基因为yecT基因、flhE基因、flhA基因、flhB基因、cheZ基因、cheY基因、cheB基因、cheR基因、tap基因、tar基因、cheW基因、cheA基因、motB基因、motA基因、flhC基因、flhD基因、JW1882基因、JW1883基因、yecG基因、otsA基因、otsB基因、araH基因、araG基因、araF基因、yecl基因、yecJ基因、JW1892基因、ftn基因、yecH基因、tyrP基因、uvrC基因、uvrY基因、yecF基因、sdiA基因、yecC基因、yecS基因、yed0基因、fliY基因、fliZ基因、fliA基因、fliC基因、fliD基因、fliS基因、fliT基因、amyA基因、yedD基因、yedE基因、yedF基因、yedK基因、yedL基因、yedN基因、yedM基因、fliE基因、fliF基因、fiiG基因、fHH基因、fiii基因、fuj基因、fiiK基因、na基因、fliM基因、fliN基因、fli0基因、fliP基因、fliQ基因、fliR基因、rcsA基因、dsrB基因、JW1937基因、yedA基因、vsr基因、dcm基因、yedJ基因、JW1946基因、ompC基因、JW1948基因、yedS基因、yedU基因、yedV基因、copR基因、yedX基因、JW1954基因、JW1955基因、JW1956基因、JW1974基因、JW1979基因、JW1980基因、yeeP基因、flu基因、JW1983基因、yeeS基因、yeeU基因、yeeV基因、yeeW基因、yefJ基因、JW2013基因、yefJ基因、yefl基因、wbbJ基因、yefG基因、rfc基因、glf基因、rfbX基因、rfbC基因、rfbA基因、rfbD基因以及rfbB基因；(8)上迷(1)~(7)中任何一项的大肠杆菌突变体、其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述~[5]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号1964524位~1993075位所示的碱基序列、[2]碱基编号1996662位~2028209位所示的碱基序列、[3〗碱基编号2033449位~2044376位所示的碱基序列、碱基编号2069149位~2081926位所示的碱基序列、以及[5]碱基编号2104393位~2116064位所示的碱基序列；(9)上述(1)~(8)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为intA基因、yfjH基因、alpA基因、yfjl基因、JW2606基因、yfjj基因、yfjK基因、yfjL基因、yfjM基因、yfjN基因、yfjO基因、yfjP基因、yfjQ基因、yfjR基因、ypjK基因、yfjS基因、yfjT基因、yfjU基因、yfjV基因、yfjV基因、JW2622基因、yfjW基因、JW2623.5基因、yfjX基因、yfjY基因、yfjZ基因、ypjF基因、ypjA基因、JW2629基因、JW2630基因、JW2631基因、JW2632基因、JW2633基因、JW2634基因、ygaE基因、yzzM基因、yqaE基因、JW2642基因、ygaP基因、stpA基因、JW2645基因、ygaC基因、ygaM基因、nrdH基因、nrdl基因、nrdE基因、proV基因、proW基因、proX基因、JW2655基因、JW2656基因、ygaZ基因、ygaH基因、srlA基因、srlB基因、srlD基因、gutM基因、srlR基因以及gutQ基因；(10)上述(I)~(9)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述~[4]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号2755677位~2789480位所示的碱基序列、[2]碱基编号2795174位~2800890位所示的碱基序列、[3]碱基编号2804308位~2810147位所示的碱基序列、以及[4]碱基编号2825314位~2830262位所示的碱基序列；(11)上述(l)~(IO)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含gltF基因、yhcA基因、yhcD基因、yhcE基因、yhcF基因、yhcG基因、yhcH基因、nanK基因以及nanE基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA;(12)上述(1)~(ll)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3360737位~3370547位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(13)上述(1)~(12)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DM，所述基因为yegE基因、alkA基因、yegD基因、JW2055基因、JW2056基因、JW2057基因、JW2058基因、yegM基因、yegN基因、yeg0基因、yegB基因、baeS基因、baeR基因、JW2065基因、yegQ基因、ogrK基因、JW2068基因、JW2069基因、yegS基因、gatR基因、JW2072基因、JW2073基因、gatR基因、gatD基因、gatC基因、,gatB基因、gatA基因、gatZ基因、gatY基因、fbaB基因、xegT基因、,yegU基因、yegV基因、yegW基因、yegX基因、molR基因、yehl基因、,yehK基因、yehL基因、yehO基因、yehP基因、yehQ基因、yehR基因、,yehS基因、yehT基因、yehU基因、yehV基因、yehW基因、yehX基因、yehY基因、yehZ基因、bglX基因、dld基因、pbpG基因、yohC基因、yeiQ基因、yeiR基因、yeiU基因、spr基因、rtn基因、yejA基因、yejB基因、yejE基因、yejF基因、yejG基因、bcr基因、rsu人基因、yejH基因、yeil基因、yeiJ基因、yeiK基因、yeiL基因、yeiM基因、yeiN基因以及yeiC基因；(14)上述(1)~(13)中任何一项的大肠杆菌突变体、其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1〗~[4]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:碱基编号2146264位~2187855位所示的碱基序列、[2]碱基编号2200669位~2229850位所示的碱基序列、[3〗碱基编号2270440位~2286588位所示的碱基序列、以及[4]碱基编号2255895位~2263491位所示的碱基序列；(15)上述(1)~(14)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含cmtA基因以及cmtB基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA;(16)上述(1)~(15)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3077085位~3078916位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(17)上述(1)~(16)中任何一项的突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为intB基因、JW4228基因、yjgW基因、yjgX基因、yjgY基因、yjgZ基因、yi41基因、yi42基因、yjhB基因、yjhC基因、yjhD基因、yjhE基因、yi91基因、JW4244基因、JW4245基因、JW4246基因、yjhU基因、yjhF基因、yjhG基因、yjhH基因、yjhl基因、sgcR基因、sgcE基因、sgcA基因、sgcQ基因、sgcC基因、JW4266.5基因、sgcX基因、yjhP基因、yjhQ基因、JW4269.5基因、JW4270基因、JW4270.5基因、yjhR基因、yjhS基因、yjhT基因、yjhA基因、fimB基因、fimE基因、fimA基因、fiml基因、fimC基因、fimD基因、fifliF基因、fimG基因、fimH基因、gntP基因、uxuA基因、uxuB基因、uxuR基因、yjiC基因、yjiD基因、yjiE基因、iadA基因、yjiG基因、yjiH基因、yjil基因、yjiJ基因、yjiK基因、JW4296.5基因、yjiL基因、yjiM基因、yjiN基因、yji0基因、yjiP基因、yjiQ基因、yjiR基因、yjiS基因、yjiT基因、yjiV基因、mcrD基因、mcrC基因、mcrB基因、yjiW基因、hsdS基因、hsdM基因、hsdR基因、mrr基因、yjiA基因、yjiX基因、yjiY基因、tsr基因、yjjL基因、JW4320基因、yjjM基因、yjjN基因、mdoB基因以及yjjA基因；(18)上述(1)~(17)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]或者[2]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DM:碱基编号4517876位~4599637位所示的碱基序列；(19)上述(1)~(18)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含kdpF基因、ybfA基因、rhsC基因、JW0690基因、ybfB基因、rhsA基因、ybfC基因、ybfD基因、ybfL基因、ybfD基因以及ybgA基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA;U0)上述(1)~(l"中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号728821位~739593位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(21)上述(1)~(20)的任何一项的的大肠杆菌突变体、其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yjfl基因、yjfJ基因、yjfK基因、yjfL基因、yjfM基因、yjfC基因、aidB基因、yjfN基因、yjfO基因、yjfP基因、yjfQ基因、yjfR基因、sgaT基因、sgaB基因、sgaA基因、sgaH基因以及sgaU基因；(22)上述(1)~(21)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号4409533位~4423151位所示的碱基序列的DM、或者与该DNA相当的DM。0016此外，作为本发明的大肠杆菌突变体，可列举(23)是含有上述(1)的[1]所述的基因、spr基因、bcr基因以及rsuA基因、或者与它们同源的基因、并且具有比野生型大肠杆菌的染色体DNA短933kBp以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体，也可以是具有不含野生型大肠杆菌的染色体DNA上存在的上述基因或者该基因的同源的基因以外的任何基因的染色体DNA的该突变体，优选，具有不含表1中的厶43区域所含基因以外的基因的染色体DNA的该突变体、更优选具有不含表l中的厶43区域所对应的碱基序列构成的DM或者与该DNA相当的DNA以外的DNA的染色体DM的该突变体，进一步优选(24)上述(23)的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DM不含具有上述(2)的[1]~[55]所述的碱基序列的DM以及序列号1所示碱基序列中的碱基编号2270440位~2286588位所示的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA;(25)上述(23)或者(24)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因的染色体DNA,所述基因为yafJ基因、yafK基因、yafQ基因、dirJ基因、yafL基园、yafM基因、fhiA基因、lafU基因、dinP基因、yafN基因、yaf0基因、yafP基因、JW0225基因、prfH基因、ykfl基因、yafW基因、yeeT基因、ykfG基因、yafX基因、ykfF基因、ykfB基因、yafY基因、ypjK基因、yafZ基因、ykfA基因、perR基因、JW0245基因、扁246基因、扁247基因、ykfC基因、JW0249基因、is5B基因、yi51基因、mmuP基因、mmuM基因、afuC基因、JW0255基因、insB基因、insA基因、JW0258基因、yagB基因、yagA基因、yagE基因、yagF基因、yagG基因、yagH基因、yagl基因、argF基因、yfjl基因、yagJ基因、yagK基因、yagL基因、yagM基因、yagN基因、intF基因、yagP基因、yagQ基因、yagR基因、yagS基因、yagT基因、yagU基因、ykgJ基因、yagV基因、yagW基因、yagX基因、yagY基因、yagZ基因、ykgK基因、ykgL基因、ykgM基因、eaeH基因、JW0292基因、JW0293基因、ykgA基因、ykgB基因、ykgl基因、ni6r人基因、ykgD基因、ykgE基因、ykgF基因、ykgG基因、ykgH基因、betA基因、betB基因、betl基因、betT基因、yaM基因、yahB基因、yahC基因、yahD基因、yahE基因、yahF基因、yahG基因、yahH基因、arcM基因、yahJ基因、yahK基因、yahL基因、yahM基因、yahN基因、yahO基因、prpR基因、bcpA基因、prpC基因、prpD基因、prpE基因、codB基因、codA基因、cynR基因、cynT基因、cynS基因、cynX基因、lacA基因、lacY基因、lacZ基因、lacl基因、mhpR基因、mhpA基因、mhpB基因、mhpC基因、mhpD基因、mhpF基因、mhpE基因、mhpT基因、yaiL基因、yaiM基因、adhC基因、yaiN基因、yaiO基因、JW0350基因、yi2A基因、yi22基因、yi24基因、yi23基因、yaiP基因、yaiS基因、tauA基因、tauB基因、tauC基因、ssiD基因、yaiT基因、JW0363基因、JW0364基因、yaiU基因、yaiV基因、ampH基因、sbmA基因、yaiW基因、yaiY基因、yaiZ基因、ddlA基因、yaiB基因、phoA基因、psiF基因、yaiC基因、ybbO基因、tesA基因、ybbA基因、ybbP基因、rhsD基因、ybbC基因、rhsE基因、ybbD基因、JW0490基因、ybbB基因、ybbS基因、ybbT基因、ybbU基因、ybbQ基因、ybbV基因、allP基因、alU基因、ybbY基因、ybbZ基因、ylbA基因、allC基因、ylbC基因、fdrA基因、ylbE基因、ylbE基因、ylbE基因、ylbF基因、arcC基因、intD基因、EXO-LAMBD基因、VRPP—LAMBD基因、JW0528基因、JW0529基因、VREN一LAMBD基因、emrE基因、ybcK基因、ybcL基因、ybcM基因、ybcN基因、ninE基因、ybc0基因、rus基因、ybcQ基因、JW0539.5基因、mnpC基因、vlyS基因、ybcS基因、ybcT基因、vboR基因、ybcV基因、ybcW基因、nohB基因、ybcX基因、ybcY基因、JW0552基因、appY基因、ompT基因、envY基因、ybcH基因、nfrA基因、nfrB基因、cusS基因、cusR基因、cusC基因、ylcC基因、cusB基因、cus人基因、pheP基因、ybdG基因、nfnB基因、ybdF基因、ybdJ基因、ybdK基因、hokE基因、yi81基因、yi82基因、ymcC基因、ymcD基因、cspH基因、cspG基因、sfa基因、yccL基因、yccM基因、torS基因、torT基因、torR基因、torC基因、torA基因、torD基因、yccD基因、cbpA基因、yccE基因、agp基因、yccJ基因、wrbA基因、yciG基因、ycdG基因、JW0992基因、JW0993基因、JW0994基因、ycdK基因、JW0996基因、JW0997基因、ycdC基因、putA基因、yzpU基因、putP基因、JW1002基因、ycdO基因、ycdB基因、phoH基因、ycdP基因、ycdQ基因、ycdR基因、ycdR基因、ycdS基因、ycdT基因、JW1012基因、JW1013基因、JW1014基因、ycdU基因、ymfD基因、ymfE基因、lit基因、intE基因、VXIS-BPP21基因、ymfH基因、ymfl基因、ymfJ基因、RPC2-BPP22基因、JW1132基因、ymfL基因、ymfM基因、ymfN基因、ymfR基因、ymfO基因、JW1138基因、JW1139基因、ycfK基因、ymfS基因、ycfA基因、ycfE基因、pin基因、mcrA基因、JW1146基因、ycgW基因、ycgX基因、ycgE基因、JW1150基因、ycgZ基因、ymgA基因、JW1153基因、ymgC基因、yahA基因、JW1156基因、JW1157基因、aidA基因、ymgD基因、JW1160基因、JW1161基因、JW1162基因、ydfH基因、ydfZ基因、ydfl基因、shiA基因、JW1537基因、tnpR基因、ydfM基因、Y314-LAMBD基因、nohA基因、ydfO基因、yccL基因、cspI基因、ydfR基因、vlyS基因、cspB基因、cspF基因、regQ—LAMBD基因、JW1552基因、rem基因、hokD基因、relE基因、relB基因、ydfV基因、flxA基因、ydfW基因、ydfX基因、dicC基因、sdaC基因、yqeH基因、yqel基因、yqeJ基因、yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfJ基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygf0基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yihO基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、yijP基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、nialF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsE基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phnO基因、phnN基因、phnM基因、phut基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phnF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因、yjdA基因、yjcZ基因、yidF基因、yidG基因、yidH基因、yidl基因、yidJ基因、yidK基因、yidL基因、JW3657基因、glvG基因、glvB基因、glvC基因、yidP基因、yidE基因、yidQ基因、yidR基因、yidS基因、dgoT基因、dgoA基因、dgoK基因、dgoR基因、yidW基因、yidX基因、yidA基因、yidB基因、asnA基因、yieM基因、JW3724基因、yieN基因、kup基因、rbsD基因、rbsA基因、rbsC基因、rbsB基因、rbsK基因、rbsR基因、yie0基因、yecT基因、flhE基因、flhA基因、HhB基因、cheZ基因、cheY基因、cheB基因、cheR基因、tap基因、tar基因、cheW基因、cheA基因、motB基因、motA基因、flhC基因、flhD基因、JW1882基因、JW1883基因、yecG基因、otsA基因、otsB基因、araH基因、araG基因、araF基因、yecl基因、yecJ基因、JW1892基因、ftn基因、yecH基因、tyrP基因、uvrG基因、uvrY基因、yecF基因、sdiA基因、yecC基因、yecS基因、yed0基因、fliY基因、fliZ基因、fliA基因、fliC基因、fliD基因、fliS基因、fliT基因、amyA基因、yedD基因、yedE基因、yedF基因、yedK基因、yedL基因、yedN基因、yedM基因、fliE基因、fliF基因、fliG基因、fliH基因、mi基因、fliJ基因、fliK基因、fliL基因、fliM基因、fliN基因、fli0基因、fliP基因、fliQ基因、fliR基因、rcsA基因、dsrB基因、JW1937基因、yedA基因、vsr基因、dcm基因、yedJ基因、JW1946基因、ompC基因、JW1948基因、yedS基因、yedU基因、yedV基因、copR基因、yedX基因、JW1954基因、JW1955基因、JW1956基因、JW1974基因、JW1979基因、JW1980基因、yeeP基因、flu基因、JW1983基因、yeeS基因、yeeT基因、yeeU基因、yeeV基因、yeeW基因、yefJ基因、JW2013基因、yefJ基因、yefl基因、wbbj基因、yefG基因、rfc基因、glf基因、rfbX基因、rfbC基因、rfbA基因、rfbD基因、rfbB基因、inU基因、yfjH基因、alpA基因、yfjl基因、JW2606基因、yfjJ基因、yfjK基因、yfjL基因、yfjM基因、yfjN基因、yfjO基因、yfjP基因、yfjQ基因、yfjR基因、ypjK基因、yfjS基因、yfjT基因、yfjU基因、yfjV基因、JW2622基因、yfjW基因、JW2623.5基因、yfjX基因、yfjY基因、yfjZ基因、ypjF基因、ypjA基因、JW2629基因、JW2630基因、JW2631基因、JW2632基因、JW2633基因、JW2634基因、ygaE基因、yzzM基因、yqaE基因、JW2642基因、ygaP基因、stpA基因、JW2645基因、ygaC基因、ygaM基因、nrdH基因、nrdl基因、nrdE基因、proV基因、proW基因、proX基因、JW2655基因、JW2656基因、ygaZ基因、ygaH基因、srlA基因、srlB基因、srlD基因、gutM基因、srlR基因、gutQ基因、gltF基因、yhcA基因、yhcD基因、yhcE基因、yhcE基因、yhcF基因、yhcG基因、yhcH基因、nanK基因、nanE基因、yegE基因、alkA基因、yegD基因、JW2055基因、JW2056基因、JW2057基因、JW2058基因、yegM基因、yegN基因、yeg0基因、yegB基因、baeS基因、baeR基因、JW2065基因、yegQ基因、ogrK基因、JW2068基因、JW2069基因、yegS基因、gatR基因、JW2072基因、JW2073基因、gatR基因、gatD基因、gatC基因、gatB基因、gatA基因、gatZ基因、gatY基因、fbaB基因、xegT基因、yegU基因、yegV基因、yegW基因、yegX基因、molR基因、yehl基因、yehK基因、yehL基因、yehO基因、yehP基因、yehQ基因、yehR基因、yehS基因、yehT基因、yehU基因、yehV基因、yehW基因、yehX基因、yehY基因、yehZ基因-.bglX基因、dld基因、pbpG基因、yohC基因、yeil基因、yeiJ基因、yeiK基因、yeiL基因、yeiM基因、yeiN基因、yeiC基因、cmtA基因、cmtB基因、intB基因、JW4228基因、yjgW基因、yjgX基因、yjgY基因、yjgZ基因、yi41基因、yi42基因、yjhB基因、yjhC基因、yjhD基因、yjhE基因、yi91基因、JW4244基因、JW4245基因、JW4246基因、yjhU基因、yjhF基因、yjhG基因、yjhH基因、yjhl基因、sgcR基因、sgcE基因、sgcA基因、sgcQ基因、sgcC基因、JW4266.5基因、sgcX基因、yjhP基因、yjhQ基因、JW4269.5基因、JW4270基因、JW4270.5基因、yjhR基因、yjhS基因、yjhT基因、yjhA基因、fimB基因、fimE基因、fimA基因、fiml基因、fimC基因、fimD基因、fimF基因、fimG基因、fimH基因、gntP基因、uxuA基因、uxuB基因、uxuR基因、yjiC基因、yjiD基因、yjiB基因、iadA基因、yjiG基因、yjiH基因、yjil基因、yjiJ基因、yjiK基因、JW4296.5基因、yjiL基因、yjiM基因、yjiN基因、yjiO基因、yjiP基因、yjiQ基因、yjiR基因、yjiS基因、yjiT基因、yjiV基因、mcrD基因、mcrC基因、mcrB基因、yjiW基因、hsdS基因、hsdM基因、hsdR基因、mrr基因、yjiA基因、yjiX基因、yjiY基因、tsr基因、yjJL基因、JW4320基因、yjjM基因、yjjN基因、mdoB基因、yjjA基因、kdpF基因、ybfA基因、rhsC基因、JW0690基因、ybfB基因、rhsA基因、ybfC基因、ybfL基因、ybfD基因、ybgA基因、yjfl基因、yjfJ基因、yjfK基因、yjfL基因、yjfM基因、yjfC基因、aidB基因、yjfN基因、yjfO基因、yjfP基因、yjfQ基因、yjfR基因、sgaT基因、sgaB基因、sgaA基因、sgaH基因、sgaU基因、rhsB基因、JW3448基因、yhhH基因、yibA基因、yhhl基因、yhhJ基因、yhiH基因、yhil基因、yhiJ基因、yhiK基因、yhiL基因、yhiM基因、yhiN基因、JW0782基因、ybiA基因、dinG基因、ybiB基因、ybiC基因、ybiJ基因、ybil基因、ybiX基因、ybiL基因、ybiM基因、ybiN基因、ybiO基因、glnQ基因、glnP基因、glnH基因、yliA基因、yliB基因、yliC基因、yliD基因、JW0817基因、JW0818基因、yliG基因、yliH基因、ylil基因、yliJ基因、dacC基因、deoR基因、ybjG基因、ybjC基因、mdaA基因、rimK基因、ybjN基因、potF基因、potG基因、potH基因、potl基因、ybjO基因、ybjF基因、artJ基因、artM基因、artQ基因、artl基因、artP基因、ybjP基因、謂850基因、扁851基因、JW0852基因、ybjT基因以及ltaA基因、或者与它们同源的基因；(26)上述(23)~(25)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[43]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DM的[1]碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列、[2]碱基编号261964位~387531位所示的碱基序列、[3〗碱基编号389139位~403703位所示的碱基序列、[4〗碱基编号518030位~532711位所示的碱基序列、[5]碱基编号535505位~550215位所示的碱基序列、[6〗碱基编号563941位~608118位所示的碱基序列、[7]碱基编号728821位~739593位所示的碱基序列、[8]碱基编号832552位~848089位所示的碱基序列、[9]碱基编号867638位~883473位所示的碱基序列、10]碱基编号890998位~11]4^>^编号1048888位12]碱基编号1198106位13]碱基编号1630912位14]碱基编号1642632位15]碱基编号1964524位16]碱基编号1996662位17]>^4基编号2033449位18]碱基编号2069149位19]碱基编号2104393位20]碱基编号2146264位21]碱基编号2200669位22]碱基编号2255895位23]碱基编号2755677位24]碱基编号2795174位25]碱基编号2804308位26]碱基编号2825314位27]碱基编号2985362位28]碱基编号3077085位29]碱基编号3H0110位30]碱基编号3360737位31]碱基编号3618576位32]3854662位33]碱基编号3867102位34]碱基编号3926659位35]碱基编号4059898位36]碱基编号4086451位37]碱基编号4139232位38]碱基编号4235359位909379位所示的碱基序列、-1097019位所示的碱基序列、-1225146位所示的碱基序列、-1641038位所示的碱基序列、-1650222位所示的碱基序列、-1993075位所示的碱基序列、-2028209位所示的碱基序列、-2044376位所示的碱基序列、-2081926位所示的碱基序列、-2116064位所示的碱基序列、-2187855位所示的碱基序列、-2229850位所示的碱基序列、-2263491位所示的碱基序列、-2789480位所示的碱基序列、-2800890位所示的碱基序列、-2810147位所示的碱基序列、-2830262位所示的碱基序列、-3033128位所示的碱基序列、-3078916位所示的碱基序列、-3134341位所示的碱基序列、-3370547位所示的碱基序列、-3636916位所示的碱基序列、-3865831位所示的碱基序列、-3877010位所示的碱基序列、-3938878位所示的碱基序列、-4079659位所示的碱基序列、-4099982位所示的碱基序列、-4149709位所示的碱基序列、-4251735位所示的碱基序列、[39]碱基编号4298977位~4311511位所示的碱基序列、[40]碱基编号4313318位~4329721位所示的碱基序列、[41]碱基编号4409533位~4423151位所示的碱基序列、[42]碱基编号4496202位~4509534位所示的碱基序列、以及[43]碱基编号4517876位~4599637位所示的碱基序列；(27)上述(23)~(26)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因的染色体DNA，所述基因为ygiS基因、ygiT基因、ygiU基因、JW2991基因、ygiW基因、ygiX基因、ygiY基因、ygiZ基因、mdaB基因以及ygiN基因、或者与它们同源的基因；(28)上述(23)~(27)中任何一项的大肠杆菌突变体、其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3165628位~3172940位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的腿;(29)上述(23)~(28)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为ybeL基因、ybeQ基因、ybeR基因、ybeS基因、ybeT基因、ybeU基因、ybeV基因、ybeW基因、ybeK基因、gltL基因、gltK基因、gltJ基因、ybeJ基因以及JW0651基因；(30)上述(23)~(29)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号675104位~689374位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(31)上述(23)~(30)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yfcC基因、JW2296基因、yfcE基因、yfcF基因、yfcG基因、folX基因、JW2301基因、yfcl基因、hisP基因、hisM基因、hisQ基因、hisJ基因、argT基因、yfdB基因、JW2346基因、yfdH基因、JW2348基因、yfdK基因、yfdL基因、yfdM基因、xylU基因、yfdN基因、yfdO基因、JW2356基因、JW2357基因、JW2358基因、JW2359基因、JW2360基因、JW2378基因、yqhT基因、ptwC基因以及ptwB基因；(32)上述(23)~(31)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[3]所述碱基序列的DNA或者与它们相当的DM:碱基编号2505075位~2514557位所示的碱基序列。(33)上述(23)~(32)的任何一项的的大肠杆菌突变体，其具有不含pin0基因、gspA基因、gspC基因、gspD基因、gspE基因、hofF基因、hofG基因、hofH基因、gspl基因、gspJ基因、gspK基因、gspL基因、pshM基因、hofD基因、bfr基因、yheA基因以及chiA基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA;(34)上述(23)~(33)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3453021位~3469366位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的腿;(35)上述(23)~(34)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含elaB基因、elaA基因、elaC基因、elaD基因、yfbK基因、yfbL基因、yfbM基因、yfbN基因、JW2269基因以及JW2270基因、或者与它们同源的基因的染色体DM;(36)上述(23)~(35)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所迷染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2386262位~2395471位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(37)上述(23)~(36)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含yhdJ基因、yhdU基因、envR基因、acrE基因、envD基因、yhdV基因、yhdW基因、yhdX基因以及yhdY基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA;(38)上述(23)~(37)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3411160位~3420878位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(39)上述(23)~(38)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有不含chpA基因、或者它的同源基因的染色体DNA;(40)上述(23)~(39)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2910274位~2910573位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA;(41)上述(23)~(40)的任何一项的的大肠杆菌突变体，其具有不含fhuA基因、fhuC基因、fhuD基因以及fhuB基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA;(42)上述(23)~(41)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号167065位~172979位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。0017表1<table>tableseeoriginaldocumentpage105</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage108</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage110</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage112</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage113</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage114</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage115</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage116</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage117</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage118</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage119</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage120</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage122</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage126</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage128</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage130</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table>表l(续)基因名称编码链在序列号1上开始的编号(互补链编码的情况下为结束的编号)在序列号1上结束的编号(互补链编码的情况下为开始的编号)兩834(ybjC)890998891285J謂35(mdaA)891269891991JW0836(rimK)892052892954JW0837(ybjN)893042893518JW0838(potF)893869894981J謂39(potG)894995896209兩840(potH)896219897172JW0841(potl)897169898014JW0842(ybjO)898074898562JW0843(ybjF)898603899730JW0844(artJ)互补链899929900660JW0845(artM)互补链900951901619扁846(artQ)互补链901619902335JW0847(artl)互补链902342903073JW0848(artP)互补链903091903819JW0849(ybjP)互补链904037904552JW0850(211#9)904678905001JW0851(211#10)904998905828JW0852(211#11)互补链905825906874JW0853(ybjT)互补链906937908442JW0854(ltaA)互补链908378909379J謂55(poxB)互补链909416911134兩856(ybjV)互补链911267912241JW0857(ybjW)互补链912247913899兩858(ybjE)互补链914043914942JW0859(aqpZ)互补链915437916132JW0860(ybjD)916558918216JW0861(ybjX)互补链918213919205JW0862(213#3)919320920435JW0863(ybjZ)920432922378JW0864(cspD)互补链922451922675表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage135</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage137</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage139</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage140</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage141</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage142</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage144</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage145</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage146</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage147</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage148</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage149</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage150</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage151</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage152</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage153</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage154</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage155</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage156</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage157</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage158</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage159</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage160</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage161</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage162</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage163</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage164</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage165</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage166</column></row><table>表l(续)基因名称编码链在序列号1上开始的编号(互补链编码的情况下为结束的编号)在序列号1上结束的编号(互补链编码的情况下为开始的编号)JW1910(fliS)20083012008711JW1911(fliT)20087112009076JW1912(amyA)20091542010641JW1913(yedD)互补链20106752011088JW1914(yedE)20112752012480JW1915(yedF)20124772012710JW1916(yedlQ20128192013487JW1917(yedL)20135982014077JW1918(yedN)互补链20143462014537JW1919(yedN)互补链20145472014867JW1920(yedM)互补链20149992015349JW1921(fHE)互补链20156982016012JW1922(fliF)20162272017885JW1923(fliG)20178782018873JW1924(fliH)20188662019552JW1925(flil)20195522020925JW1926(fliJ)20209442021387JW1927(fliK)20213842022511JW1928(fliL)20226162023080JW1929(fliM)20230852024089JW1930(fliN)20240862024499JW1931(fliO)20245622024867JW1932(fliP)20248672025604JW1933(fliQ)20256142025883JW1934(fliR)20258912026676JW1935(rcsA)20269662027589JW1936(dsrB)互补链20276332027821JW1937(344#6)20279812028211JW1938(yedP)20285092029324JW1939(344#8)互补链20293212031015JW1940(344#9)互补链20311862031368167表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage168</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage169</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage170</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage171</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage172</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage173</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage174</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage175</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage176</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage177</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage178</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage179</column></row><table>yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfJ基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygfO基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yihO基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、yijP基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、malF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phnO基因、phnN基因、phnM基因、phnL基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phnF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因.*yjdA基因以及yjcZ基因；(4)上述(1)~(3)中任何一项的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[18]所述碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列、[2]碱基编号261964位~387531位所示的碱基序列、<table>tableseeoriginaldocumentpage181</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage182</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage183</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage184</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage185</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage186</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage187</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage188</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage189</column></row><table>表l(续)基因名称编码链在序列号1上开始的编号(互补链编码的情况下为结束的编号)在序列号1上结束的编号(互补链编码的情况下为开始的编号)JW2622(442#2.2)互补链27724942772610JW2623(yfjW)27728362774539JW2623.5(442#4)27752372775440JW2624(yfjX)27754372775895JW2625(yfjY)27759042776386J賜26(yfjZ)27766332776950JW2627(ypjF)27769712777300JW2628(ypjA)互补链27776642782373JW2629(4"#1.1)互补链27831562783947JW2630(443#1.2)互补链27840472784445JW2631(443#2)27862662786952JW2632(443#2.1)27873432787756JW2633(443并2.2)27878952788167JV2634(443#3)27883982789480JW2635(ygaF)27895002790768JW2636(gabD)27907912792239JW2637(gabT)27922532793533JW2638(gabP)2793771279517JW2639(ygaE)27951922795854JW2640(yzzM)互补链27958552796304JW2641(yqaE)互补链27963882796546JW2642(445#2)27967292797028JW2643(ygaP)27970382797562JW2"4(stpA)互补链27976092798013JW2645(445弁5)27986822799131JW2646(ygaC)互补链27991682799512JW2647(ygaM)27996522799993JW2648(nrdH)28002412800486JW2649(nrdl)28004832800893JW2650(nrdE)28008662803010JW2651(nrdF)28030202803979表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage191</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage192</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage193</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage194</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage195</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage196</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage197</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage198</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage199</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage200</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage201</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage202</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage203</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage204</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage205</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage206</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage207</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage208</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage209</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage210</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage211</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage212</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage213</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage214</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage215</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage216</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage217</column></row><table>表l(续)基因名称编码链在序列号1上开始的编号(互补链编码的情况下为结束的编号)在序列号1上结束的编号(互补链编码的情况下为开始的编号)JW3487(treF)36690983670747JW3488(yhjB)互补链36707983671400JW3489(yhjC)36718483672819JW3490(yhjD)36728683673881JW3491(yhjE)36742923675614JW3492(yhjG)互补链36757963677871JW3493(yhjH)互补链36779263678693JW3494(kdgK)36787063679854JW3495(yhjJ)互补链36799503681446JW3496(dctA)互补链36816673682953JW3497(yhjK)互补链36831363685091JW3498(yhjL)互补链36852063688628JW3499(yhjM)互补链36886603689766JW3500(yhjN)互补链36897733692112JW3501(yhjO)互补链36921233694789JW3502(yhjQ)互补链36947383695466JW3503(yhjR)互补链36955023695690JW3504(yhjS)36959633697534JW3505(yhjT)36975343697722JW3506(yhjU)36977193699398JW3507(603#8)互补链36994853699760JW3508(yhjV)37000683701339JW3509(dppF)互补链37013693702373JW3510(dppD)互补链37023703703353JW3511(dppC)互补链37033643704266JW3512(dppB)互补链37042763705295JW3513(dppA)互补链37056033707210JW3514(yzpK)互补链37077253708072JW3515(yhjW)互补链37082893710013JW3516(yhjX)互补链37103043711512JW3517(yhjY)互补链37117413712445218表l(续)基因名称编码链在序列号1上开始的编号(互补链编码的情况下为结束的编号)在序列号1上结束的编号(互补链编码的情况下为开始的编号)JW3518(tag)37125973713160JW3519(yiaC)37131573713597JW3520(bisC)互补链37135663715905JW3521(yiaD)37160523716711JW3522(yUE)37168033717789JW3523(yiaF)互补链37178393718669JW3524(yiaG)37189833719273JW3525(cspA)37195543719766JW3526(yiaZ)互补链37199533720105JW3527(yi5A)37201853720706JW3528(yi5B)37207033721554JW3529(yi5C)互补链37209613721317JW3530(glyS)互补链37218333723902JW3531(glyQ)互补链37239123724823JW3532(601#3)互补链37249183725217JW3533(yiaH)37253923726387JW3534(yiaA)互补链37264293726866JW3535(yiaB)互补链37269123727265JW3536(xylB)互补链37274223728876JW3537(xylA)互补链37289483730270JW3538(xylF)37306363731628JW3539(xylG)37317063733247JW3540(xylH)37332253734406JW3541(xylR)37344843735662JW3542(bax)互补链37358583736682JW3543(malS)37370023739032JW3544(avtA)37392103740463JW3545(ysaA)互补链37406143741087JW3546(yiaJ)互补链37411893742037JW3547(yiaK)37422383743236JW3548(yiaL)37432483743715219<table>tableseeoriginaldocumentpage220</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage221</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage222</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage223</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage224</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage225</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage226</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage227</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage228</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage229</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage230</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage231</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage232</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage233</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage234</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage235</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage236</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage237</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage238</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage239</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage240</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage241</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage242</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage243</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage244</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage245</column></row><table>表l(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage246</column></row><table>0165作为药物抗性基因，对大肠杆菌表现出敏感性的药物，只要是可赋与药物抗性药物抗性基因即可，可以使用任何药物抗性基因。作为该药物抗性基因，例如可列举卡那霉素抗性基因、氯霉素抗性基因、庆大霉素抗性基因、链霉素抗性基因、四环素抗性基因以及氨千抗性基因等。0166能够用于阴性篩选的基因是指，在大肠杆菌中表达该基因时，在一定的培养条件下，对该大肠杆菌是致死性的基因，作为该基因，例如可列举来自属于杆菌菌属的微生物的sacB基因[Appl.Environ.Microbiol.,59，1361-1366(1993)]、以及来自属于大肠杆菌属的微生物的rpsL基因[Genomics,72，99-104(2001)]等。■01671上述的直链DM的两个末端上存在的、与位于染色体DM上的作为取代或者缺失的导入对象的区域的两端的外侧上的DNA或者与该DNA具有同源性的DNA，在直链DM中按照与染色体DNA上的方向相同的方向进行设置、其长度优选lOBp~100Bp左右，更优选20Bp~50Bp左右，进一步优选3040Bp左右。0168被来自酵母的Flp重组酶所识别的碱基序列，只要是被该蛋白质所识别、催化同源重组的碱基序列，可以是具有被来自酵母的Flp重组酶识别、催化同源重组的碱基序列的碱基序列。具有同源性的DNA是指具有能够引起上述直链DNA与染色体DNA上的目的区域同源重组程度的相同性的DNA，作为具体的同源性，可以列举具有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选100%的同源性的DNA。0169可以使用前述的BLAST或者FASTA等的程序测定上述碱基序列的同源性。可以通过PCR制备上述直链DNA片段。此外，将含有上述直链DNA的DNA构建到质粒上之后，可以用限制性酶进行处理得到目的直链DNA。0170作为在大肠杆菌的染色体DNA中导入碱基的缺失、置换或者添加的方法，可以列举下述1~4的方法。方法l:将上述(a)或者(d)的直链DNA导入宿主微生物，根据药物抗性的指标，选择该直链DNA与染色体DNA通过同源重组而被插入了的转化林的方法。方法2:通过上述方法1获得的转化林中，导入与下述DNA直接连接了的DNA，所述DNA是与作为碱基的缺失、置换或者添加的导入对象的染色体DNA上的区域的两外侧上存在的DNA或者与该DNA具有同源性的DNA，通过该方法去除在染色体DNA上插入的药物基因，使微生物的染色体DNA上的区域被取代或者缺失的方法。方法3:上述(c)的直链DNA导入宿主微生物，以药物抗性为指标选择通过该直链DNA在染色体DM上发生同源重组而被插入其中的转化林；合成下述DNA，所述DNA是与位于染色体DNA上的取代或者缺失的对象区域的两端的外侧的DNA具有同源性的DM按照与染色体DNA上方向的相同的方向连接了的DNA，导入到上述[1]得到的转化林中；在能够使用于阴性筛选的基因表达的条件下、培养进行了上述[2]的操作的转化林，将在该培养中可以生长繁殖的菌抹，选择将药物抗性基因以及用于阴性筛选的基因从染色体DNA上除去了的菌林的方法。方法4:将上述(d)的直链DM导入宿主微生物，将药物抗性作为指标，选择该直链DM通过与染色体DNA发生同源重组而^皮插入的转化林；向上述[1]得到的转化抹中导入Flp重组酶基因表达质粒，使该基因表达后，获得上述[1]中使用的对药物敏感的菌林。0171作为上述方法中使用的将直链DNA导入到宿主微生物的方法，只要是能向该微生物导入DNA的方法，就可以使用，例如，可列举使用钙离子的方法[Proc.Natl.Acad.Sci.，USA,69，2110(1972)]、原生质法(特开昭63-248394)、电转化法[NucleicAcidsRes.，16，6127(1988)]等。0172在方法2或者方法3[2]中使用的DNA中，通过向该DNA的中央部分附近，重组入想要插入到染色体DNA上的任意的基因，使药物抗性基因等去除的同时，可以将任意基因插入到染色体DNA上。在上述方法2~4中，因为是在最终得到的转化林的染色体DNA上不残余药物抗性基因以及能够用于阴性筛选的基因等的外来基因^的方法，所以，通过使用该方法，使用相同的药物抗性基因以及能够用于阴性筛选的基因，通过重复该方法的操作可以容易地制备在染色体DNA上处于不相同的2个以上的区域具有基因或者DNA的缺失的大肠杆菌。0173通过上述方法获得的大肠杆菌突变体，在经过一定小时的培养后，菌体量比野生型大肠杆菌多可以通过根据常规方法在每隔一定小时的培养，测定培养物的660nm或者590nm的吸收或者单位培养基的ATP量等加以确认，例:fta:使用由1%的葡萄糖、0.6%的磷酸氩二钠、0.3%的磷酸二氢钾、0.05%的氯化钠、0.1%的氯化铵、2mmo1/1硫酸镁置七水合物、10mg/l的硫酸铁、10Oumo1/1的氯化钙构成的M9最小培养基、或者含有3%葡萄糖的LB液体培养基[10g/l的细菌用蛋白胨(Defico公司制造)、5g八细菌用酵母提取物(Defico公司制造)、5g/1的氯化钠、lml/1的lmo1/1氢氧化钠]等，分别培养用作亲本林的野生型大肠杆菌以及该突变体，然后每隔一定小时，测定培养物的660nm或者590nm的吸收、或者单位培养基的ATP量。0174此外，本发明的大肠杆菌突变体可以通过如下方法制备使具有生产有用物质的能力的大肠杆菌的染色体DNA上的基因或者DNA缺失的方法、或者向染色体DNA上的基因或者DNA缺失了的大肠杆菌赋与有用物质的生产性的方法。具有生产有用物质的能力的大肠杆菌只要具有生产l种以上的有用物质的能力的大肠杆菌可以是任何大肠杆菌，作为该大肠杆菌，可列举在其是从自然界分离的菌林自身具有该能力的情况下，对该菌林通过公知的方法人为地赋与生产所期望的有用物质的能力的大肠杆菌等。01751作为该〃>知的方法，可列举(a)緩和或者解除控制有用物质的生物合成的至少一种机制的方法；(B)强化表达至少一种参与有用物质的生物合成酶的方法；(c)增加至少一种参与有用物质的生物合成的酶基因的拷贝数的方法；(d)弱化或者阻断至少一个从有用物质的生物合成途径向该有用物质以外的代谢产物分支的代谢途径代的方法；以及(e)选择相较野生型菌林而言，有用物质的类似物的耐受性高的细胞林的方法等，上述公知的方法可以单独或者组合使用。0176作为上述(a)~(e)的具体的方法可列举例如有用物质是氨基酸的情况下，对于上述(a)的方法记载在Agric.Biol.Chem.，43，105-111(1979),J.Bacteriol.，110，761-763(1972)以及Appl.Microbiol.Biotechnol.，39，318-323(1993)等记中。对于上述(b)的方法，记载在Agric.Biol.Chem.，43，105-111(1979)以及J.Bacteriol.，110，761-763(1972)等中。上述(c)的方法记栽在Appl.Microbiol.Biotechnol.，39，318-323(1993)以及Agric.Biol.Chem,，39，371-377(1987)等中。上述(d)的方法记栽在Appl.Environ.Micribiol.，38，181-190(1979)以及Agric.Biol.Chem.，42，1773-1778(1978)等中。上述(e)的方法记载在Agric.Biol.Chem.，36，1675-1684(1972)、Agric.Biol.Chem.，41，109-116(1977)、Agric.Biol.Chem.，37，2013-2023(1973)以及Agric.Biol.Chem.，51，2089-2094(1987)等中。参考上述文献等可以制备具有生成、蓄积各种氨基酸的能力的微生物。0177进一步地，通过上述(a)~(e)中的任一项或者组合的方法，制备具有生成、蓄积氨基酸的能力的微生物的方法在Biotechnology2nded.，Vol.6，ProductsofPrimaryMetabolism(VCHVerlagsgesellschaftmbH，Weinheim，1996)section14a，14b々AdvancesinBiochemicalEngineering/Biotechnology,79，1-35(2003)、氨基酸发酵、学会出版七y夕一、相田浩G(1986)中记载了多个例子。此外，制备具有生成、蓄积上述以外的具体氨基酸的能力的微生物的方法在特开2003-164297、Agric.Biol.Chem.,39，153—160(1975)、Agric.Biol.Chem.，39,1149-1153(1975)、特开昭58-13599、J.Gen.Appl.Microbiol.，4，272-283(1958)、特开昭63-94985、Agric.Biol.Chem.，37，2013-2023(1973)、W097/15673、特开昭56-18596、特开昭56-144092以及特表2003-511086等中有多个报导，通过参考上述文献等，能够制备具有生产l种以上的氨基酸的能力的大肠杆菌突变体。与制备具有生产氨基酸的能力的大肠杆菌突变体的方法相同地，也可以制备使该有用物质的生物合成酶的强化、生物合成调节机制以及释放机制等的改变的其他的具有生产有用物质的能力的大肠杆菌。3.本发明的有用物质的制备方法
技术领域：
：本发明的有用物质的制备方法涉及如下的有用物质的制备方法其特征在于将本发明的大肠杆菌突变体在培养基中进行培养，在培养物中生成、蓄积有用物质，从该培养物回收该有用物质。0178作为该有用物质，只要是使用本发明的大肠杆菌突变体能够制备有用物质，没有特别的限定，例如可列举蛋白质、肽、氨基酸、核酸、维生素、糖、有机酸、脂类等，作为蛋白质，可列举肌苷激酶、谷氨酸-5-激酶(EC2.7.2.11)、谷氨酸-5-琥珀酸半醛脱氢酶(EC1.2.1.41)、二氩吡咯-5-羧酸还原酶(EC1.5.1.2)、人粒细胞克隆刺激因子等、作为肽有谷胱甘肽等；作为氨基酸有L-丙氨酸、甘氨酸、L-谷氨酰胺、L-谷氨酸、L-天冬酰胺、L-天冬氨酸、L-赖氨酸、L-蛋氨酸、L-苏氨酸、L-亮氨酸、L-缬氨酸、L-异亮氨酸、L-脯氨酸、L-组氨酸、L-精氨酸、L-酪氨酸、L-色氨酸、L-苯丙氨酸、L-丝氨酸、L-半胱氨酸、L-3-羟基脯氨酸、L-4-羟基脯氨酸等；作为核酸有肌苷、鸟苷、肌苷酸、鸟苷酸等，作为维生素有核黄素、硫胺、抗坏血酸等；作为糖有木糖、木糖醇等；作为脂类有EPA(二十碳五烯酸)或者DHA(二十二碳六烯酸)等。0179本发明的制造方法中使用的大肠杆菌突变体的培养可以按照下述记载的常用的方法进行。本发明的制造方法中使用的培养大肠杆菌突变体的培养基，可以使用含有该微生物可同化的碳源、氮源、无机盐类等，只要是能够对有效率地进行该微生物的培养的培养基，可以使用天然培养基、合成培养基中的任何一种。0180作为碳源，只要是该微生物可以同化的碳源即可，可以使用葡萄糖、果糖、蔗糖、其它含有它们的糖蜜、淀粉和淀粉水解产物等碳水化合物；醋酸和丙酸等有机酸；乙醇和丙醇等醇类。关于氮源，可以使用氨、氯化铵、硫酸铵、醋酸铵和磷酸铵等无机酸或有机酸的铵盐、含氮化合物、蛋白胨、肉貪、酵母提取物、玉米浆、酪蛋白水解产物、豆饼、豆饼水解产物和各种发酵的微生物菌体及其消化的产物等。0181作为无机盐，可以使用磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、磷酸镁、硫酸镁、氯化钠、疏酸亚铁、硫酸锰、硫酸铜和碳酸钾等。通常在振荡培养或在深度通气搅拌培养等需氧条件下进行培养。培养温度优选为15~40iC，培养时间通常是16小时至7天。在培养过程中，将pH维持在3.0~9.0。使用无机酸或有机酸、碱溶液、尿素、碳酸钙、氨等进行pH调节。0182在有用物质在菌体外生成、蓄积的情况下，可以在培养结束后，从培养物中除去菌体等沉淀物，通过并用离子交换处理法、浓缩法、盐析法等，从培养物分离、纯化目的有用物质。在有用物质在菌体内生成、蓄积的情况下，可以在培养结束后从培养物回收菌体后，通过机械性或者化学方法等适当的方法进行破碎。从该菌体破碎液通过并用离子交换处理法、浓缩法、盐析法等，从该菌体破碎液分离、纯化目的有用物质。实施例10183染色体DNA部分缺失的大肠杆菌突变体文库的制备(l)可以通过直链DNA进行染色体DM上的同源重组的大肠杆菌的制备来自可以通过直链DNA进行染色体DNA上的同源重组的大肠杆菌KM22林[Gene，246，321-330(2000)]的Pl噬菌体可以通过下述方法进行制备。将大肠杆菌KM22林在含有20mg/l的卡那霉素的LB液体培养基[10g/l细菌用蛋白胨(Defico公司制造)、5g/l细菌用酵母提取物(Defico公司制造)、5g/l氯化钠、lml/1的lmol/1氢氧化钠]中于30'C下培养过夜后，取0.5ml的培养液与1.4ml的新的LB液体培养基以及100|u1的0.lmol/1的氯化4丐溶液混合。0184将该混合溶液在30。C振荡培养5-6小时后，取400y1的该混合液到灭菌了的管中。向其中添加2ji1的Pl噬菌体种子溶液，在37T保温10分钟后，添加在50X:保温的软琼脂溶液(10g/1的细菌用蛋白胨、5g/1的细菌用酵母提取物、5mmo1/1氯化钩、lml/1的lmol/1氢氧化钠、3g/1琼脂)3ml，混合均匀，在Ca-LB琼脂培养基平板(10g/1细菌用蛋白胨、5g/1细菌用酵母提取物、5mmo1/1氯化钙、lml/1的lmol/1氢氧化钠、15g/l琼脂、平板的直径为15cm)上铺板。0185将该平板在37匸培养7小时后，用播种伊将软琼脂部分破碎成小块，回收，在1500g、4X:、离心分离10分钟。相对上清1.5ml加入100ja1的氯仿，在4匸保存过夜。笫二天，将溶液在15000g离心分离2分钟，将上清作为噬菌体种子液在4'C保存。然后，使用获得的噬菌体，转化大肠杆菌W3110林。分取在Ca-LB液体培养基中，于301C、培养了4小时的大肠杆菌W3110株的培养液200u1，添加lu1的噬菌体种子液。37XM呆温IO分钟后，添加5ml的LB液体培养基合200/jl的lmol/l的柠檬酸钠溶液，搅拌。在1500g、25X:下离心分离IO分钟后，弃上清，向沉淀的细胞中加入lml的LB液体培养基和IOm1的lmo1/1的柠檬酸钠溶液，在30r保温2小时。取IOOM1的该溶液涂布在含有20mg/l的卡那霉素抗生素培养基3琼脂平板培养基上，30n培养过夜。将出现的数个克隆分别涂布在含有20mg/l的卡那霉素抗生素培养基3琼脂平板培养基(0.15%肉提取物、0.15%酵母提取物、0.5%蛋白胨、0.1%葡萄糖、0.35%氯化钠、0.132%磷酸氢二钾、1.5%琼脂、pH7.O)上，确认它的药物敏感性，通过选择卡那霉素抗性林，获得可以通过直链DM在染色体DNA上发生同源重组的染色体DNA区域[△(recCptrrecBrecD)::Plac-redkan]被转化了的大肠杆菌W3110red林。(2)染色体DNA部分地缺失的大肠杆菌突变体文库的制备(i)感受态的制备将上述(l)获得的大肠杆菌W3110red株在添加了lmmo1/1的IPTG(异丙基硫代半乳糖苷)100ml的LB液体培养基中在30X:培养，直至培养到OD660nm达到0.1。并且，下述的操作在4'C、或者使用冰冷的溶液进行。0186离心分离得到培养物，将沉淀的菌体在50ml的20%甘油溶液中悬浮。离心分离该甘油溶液，将沉淀的菌体再次悬浮在20%的甘油溶液的操作重复3次以上，洗涤菌体后，悬浮在50jjl的10%甘油溶液，中，获得电转化用的感受态溶液。(ii)用于向染色体DNA导入缺失的DNA片段的制备按照下述方法制备用于向染色体DNA中导入具有序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4489585位4535472位的碱基序列的约46kbp的DNA的缺失的DNA片段。0187合成具有序列号2所示的碱基序列的DNA(由序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4487585位~4487605位的碱基序列构成的DNA。以下称为引物A)、具有序列号3所示的碱基序列的DM(由在25mer的连接子序列的3，侧，添加了序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4489584位~4489561位的碱基序列的碱基序列构成的DNA。以下称为引物B)、具有序列号4所示的碱基序列的DNA(由序列号l所示的碱基序列中的碱基编号4537475位~4537451位的碱基序列构成的DNA。以下、称为引物C)、具有序列号5所示的碱基序列的DNA(由在22mer的连接子序列的3，侧，添加了序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4535473位~4535496位的碱基序列的碱基序列构成的DNA。以下称为引物D)。0188以大肠杆菌W3110red抹的染色体DNA作为模板，使用引物A和B、以及引物C和D分别作为引物组，进行PCR。PCR中，使用LA-Taq(宝生物制造)，按照附带的说明书制备反应液。向该反应液中添加100ng纯化的染色体DNA或者接种针的尖端沾取的少量的大肠杆菌W3110red林的菌体、以及各个分别为20pmo1的引物DNA，进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94"C保温3分钟后；94匸15秒钟、55X:20秒钟、68Xn分30秒钟的循环重复30次；72X:保温10分钟。0189使用PCR纯化试剂盒(QIAGEN公司制造)纯化上述PCR中扩增的DNA片段，分别溶解在50n1的水中。确认该DNA片段是分别与染色体DM上的缺失对象区域的两端的碱基序列相同的lkb的DNA。下面，分别称使用引物A以及B作为引物组扩增的DNA片段为上游臂、引物C以及D作为引物组扩增的DNA片段为下游臂。0190然后，以枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)168林(ATCC23857)的染色体DNA作为模板，使用具有序列号6所示的碱基序列的DNA和具有序列号7所示的碱基序列的DNA作为引物组进行PCR。PCR中除了使用的模板DM以及引物DNA的种类不同以外，其他均按照与上述相同的组成的反应液、相同的反应条件进行。0191将上述PCR中扩增的DNA片段用与上述相同的方法纯化，溶解在50m1的水中。确认该dna片段是可以用于阴性筛选的来自枯草芽孢杆菌的sacB基因(Genbank登记号X02730)。然后，以pHSG399质粒DM(宝生物公司制造)作为模板，使用具有序列号8所示的碱基序列的DNA和具有序列号9所示的碱基序列的DNA作为引物组进行PCR。PCR中除了才莫板DNA以及引物DM的种类不同以外，均使用与上述相同的组成的反应液、在相同的反应条件下进行。0192通过琼脂糖电泳分离上述PCR扩增的DNA片段，用QIAquickGelExtraction试剂盒(QIAGEN公司制造)纯化后、溶解在50m1的水中。确认该DNA片段是含有氯霉素抗性基因(cat基因)的DNA片段。然后，以上迷获得的sacB基因含有DNA片段以及cat基因含有DNA片段作为模板，用由序列号IO所示的碱基序列构成的DNA、以及由序列号11所示的碱基序列构成的DNA作为引物组进行PCR。PCR中除了模板DNA以及引物DNA的种类不同以外，均使用与上述相同的组成的反应液、在相同的反应条件下进行。0193通过琼脂糖电泳分离上述PCR扩增的DNA片段，用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后、溶解在50n1的水中。确认该DM片段是将sacB基因和cat基因以相同方向连接的DNA片段。然后，上述获得的上游臂、下游臂、以及sacB基因和cat基因连接了的DNA片段这3个DNA片段的混合物作为模板DNA，使用由序列号12所示的碱基序列构成的DNA(由序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4488585位~4488610位的碱基序列构成的DNA)、由序列号13所示的碱基序列构成的DNA(由序列号l所示的碱基序列中的碱基编号4536475位~4536451位的碱基序列构成的DNA)作为引物组进行PCR。作为模板DM使用1ja1的上游臂DNA溶液、1ja1的下游臂DM溶液、以及1.5y1的sacB基因以及cat基因连接了的DNA片段，作为引物组使用由序列号12以及13所示的碱基序列构成的DM，除此之外，使用与上述相同的组成的反应液、相同的反应条件进行PCR。0194通过琼脂糖电泳分离上述PCR扩增的DNA片段，用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后，溶解在50jal的水中。确i人获得了该DNA片段是在结合了sacB基因和cat基因的DNA的两端分别添加与缺失对象区域的两端相同的DNA片段的DNA片段(以下、称为用于区域缺失的DNA片段)。(iii)染色体DNA部分缺失的大肠杆菌突变体的制备将O.1jig上述获得的区域缺失用DNA片段添加到50pl上述获得的大肠杆菌W3110red林的感受态溶液中，一使用0.1cm的小玻璃管(BioRad公司制造)，在1.8KV、25juF的条件进行电转化。在LBcm平板(10g/1细菌用蛋白胨(Difco公司制造)、5g/l细菌用酵母提取物(Difco公司制造)、20mg/1卡那霉素、15mg/1氯霉素、lml/1的lmol/1NaOH)上选择该用于区域缺失的DNA片段重组到大肠杆菌W3110red林的染色体上的转化林。选择得到的转化林的单菌落在suLB琼脂培养基〔10g/1细菌用蛋白胨(Difco公司制造)、5g/l细菌用酵母提取物(Difco公司制造)、10%蔗糖、20mg/l卡那霉素、15mg/l氯霉素、lml/1的lmol/1NaOH〕平板上复印，选择表现出蔗糖敏感性菌林。0195通过下述方法确认所选择的菌林的染色体DNA上作为缺失对象区域的序列号1所示的碱基序列中的4489585位~4535472位的碱基序列被连接了sacB基因和cat基因的DNA所取代的事实。用由具有与从转化中使用的直链DNA的臂序列末端出发向上游以及下游分别距离lkb的区域相同的碱基序列的序列号2所示的碱基序列构成的DNA(引物A)以及序列号4所示的碱基序列构成的DNA(引物C)作为引物组，使用如上选择的菌林的染色体DNA作为模板进行PCR。PCR中，使用如上选择的菌株的少量的菌体(用接种针的尖端从单菌落沾取的量)作为模板，使用具有序列号3以及5所示的碱基序列的DNA作为引物组，此外按照与上述相同的组成的反应液、反应条件进行。0196通过上述PCR，扩增得到约6.7kb的DNA片段。因为连接了sacB基因和cat基因的DNA片段(2.7kb)的两端分别添加了约2kb的DNA的DNA片段约为6.7kb，所以用引物A以及C作为引物组，通过PCR得到约6.7kb的扩增片段的转化林是目的转化林。据此，将该转化株命名为△E-suc林(缺失区域4489585~4535472bp)。(iv)染色体DNA的部分区域缺失的大肠杆菌突变体的制备采用与AE-suc林的制造方法相同的方法，制备大肠杆菌W3110red林的染色体DNA的各种区域缺失的突变体。0197从AE-suc林出发，按照下述方法制备去除了连接了cat基因和sucB基因的DM的大肠杆菌突变体。合成由序列号14所示的碱基序列构成的DM(由结合了序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4535496位~4535476位以及碱基编号4489584位~4489561位的碱基序列的碱基序列构成的DNA。以下、称为引物E)、序列号15所示的碱基序列构成的DM(由结合了序列号1所示的碱基序列中的碱基编号4489561位~4489584位和4535476位~4535496位的碱基序列的碱基序列构成的DNA。以下、称为引物F)。以大肠杆菌W3110株的染色体DNA作为模板，使用引物A和引物E、以及引物C和引物F分别作为引物组进行PCR。PCR中，除了模板以及引物组的种类不同以外，使用与上迷相同的组成的反应液、反应条件进行。0198上述PCR扩增的DNA片段用PCR纯化试剂盒纯化后，溶解在50H1的水中。确认该DNA片段具有与缺失对象区域的两端的染色体DNA的碱基序列分别相同的2kb的碱基序列。下面，使用引物A以及E作为引物组扩增的DNA称为上游臂，使用引物C以及F作为引物组扩增的DNA称为下游臂。0199然后，将上述得到的上游臂以及下游臂的混合物作为模板，用由序列号12以及13所示的碱基序列构成的DNA作为引物组进行PCR。PCR中，作为模板，使用1jn1上述获得的上游臂DM溶液、1m1下游臂DNA溶液；作为引物组，使用序列号12以及13所示的DM，此夕卜，按照与上述相同的组成的反应液、反应条件进行。0200通过琼脂糖电泳分离上述PCR扩增的DNA片段，以QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后、溶解在50p1的水中。确i人获得了扩增上述两臂的缺失区域侧的各lkb的区域结合在一起的2kb的片段的DM片段(以下，称为用于去除sacB-cat基因的DNA片段)。以上述(2)(i)的方法制备AE—sue林的感受态溶液，添加用于去除基因的DNA片段，通过电转化，将该DNA片段导入AE—suc林。使用SuLB琼脂培养基作为选择培养基。所选择的转化株的单菌落在LBcm琼脂平板上复印，选择表现出氯霉素敏感性的菌抹。0201然后，以上述选择的蔗糖抗性并且氯霉素敏感性菌林的染色体DNA作为模板，以引物A以及C作为引物组，进行PCR。除了模板DNA以及引物组不同以外，按照与上述相同的组成的反应液、反应条件进行PCR。通过上述PCR，得到约4.0kB的扩增片段。以导入目的取代的、去除sue基因以及cat基因的、蔗糖抗性且氯霉素敏感性菌株的染色体DNA为模板进行PCR而获得的扩增DNA片段，因为是接近缺失区域上游和下游的各2kbp结合在一起的区域被扩增，可知扩增的应是约4kb的条带。据此，确认通过上述方法制备了使标记基因不残留的染色体DNA上的特定区域缺失了的染色体DNA的部分缺失林(AE林)。(v)染色体DM部分缺失的大肠杆菌突变体文库的制备可以通过将根据想要缺失的染色体DNA上的区域的两端存在的碱基序列设计的DNA替代上述引物A~D，用与上述相同的方法制备在大肠杆菌W3110red株的染色体DM上的任意的区域缺失的大肠杆菌突变体。实施例20202使用最小培养基的生长繁殖实验LB琼脂培养基(LB培养基的组成中加入15g/l的琼脂的平板化产物)上涂布在上述实施例1获得的各种突变体，在37TC培养过夜，得到菌体。将少量该菌体接种到含有50mg/l卡那霉素的5ml的LB培养基中，培养过夜，得到培养物。取50|al该培养物接种到含有1%葡萄糖和10mg/l的硫酸铁的5ml的M9最小培养基中，在37。C振荡培养，将0、6、10、13、16、19、32小时培养后的浊度用660nm的吸收来测定。比较上述突变体和亲本林大肠杆菌W3110red林的生长繁殖，选择和亲本抹表现出几乎相同的生长繁殖曲线的突变体。0203所选择的突变体所具有的染色体DNA的缺失区域和该区域所含的基因示于表2。0204<table>tableseeoriginaldocumentpage261</column></row><table>0205表2-l<table>tableseeoriginaldocumentpage262</column></row><table>0206表2(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage263</column></row><table>厶091JW1227(ychG)，JW1227.5(251#6),JW1228(adhE)，JW1229(ychE)，JW1230(yi2A),JW1231(yi22),JW1232(yi24)，JW1233(yi23)，JW1234(251#8.5),JW1235(oppA),JW1236(oppB)，JW1237(oppC),JW1238(oppD)，JW1239(oppF)，JW1240(yciU)厶022JW1302(sucP)，JW1303(258#8)，JW1304(ycj0),JW1305(ycjP),JW1306(ycjQ)，JW1307(259#3),JW1308(ycjS),JW1309(ycjT)，JW1310(ycjU)，JW1311(ycjV),JW1312(ompG),JW1313(ycjW),JW1314(ycjX)，JW1315(ycjF),JW1316(tyrR),JW1317(tpx),JW1318(ycjG),JW1319(ycjI),JW1319.5(260#10),JW1320(ycjY)，JW1321(ycjZ)，JW1321.5(261#1.1),JW1322(mppA),JW1323(ynal)，JW1324(is5B)，JW1325(yi51),JW1326(ynaJ)，JW1327(ydaA)，JW1328(fnr)，JW1329(ogt),JW1330(ydaH)，JW1331(261#9),JW1332(ydaJ)，JW1333(262#1),JW1334(ydaL)，JW1335(262#3)，JW1336(262#4)，JW1336.5(262#5),JW1337(dbpA),JW1338(ydaO),JW1339(intR)，JW1340(ydaQ),JW1341(ydaC)，JW1342(lar)，JW1343(recT)，JW1344(recE),JW1345(racC),JW1346(ydaE)，JW1347(kil)，JW1348(sieB)，JW1349(ydaF),JW1350(263并6.1),JW1351(racR),JW1352(263#6.3)，JW1353(ydaT)，JW1354(ydaU),JW1355(dnaC),JW1356(ydaW),JW1357(enpP)，JW1358(trkG)，JW1359(ynaK),JW1360(ydaY),JW1361(VMTH陽LAMBD),JW1362(V函.LAMBD)，JW1363(is5B)'JW1364(yi51)，JW1365(V函—LAMBD),JW1366(Y401-LAMBD)，JW1367(yzzL)，JW1368(tnp0)，JW1369(ynaE)，JW1370(upo3),A023JW1376(y翻)，JW1377(ynbE),JWi378(ydbL),JW1379(feaR),JW1380(feaB)，JW1381(tynA),JW1382(paaZ)，JW1383(paaA),JW1384(paaB),JW1385(paaC),JW1386(paaD),JW1387(paaE)A024JW1393(paaK),JW1394(paaX),JW1395(paaY),JW1396(ydbA),JW1397(yi22),JW1398(yi24)，JW1399(yi23)，JW1400(yi2A)，JW1401(268#0.5)，JW1402(ydbB)，JW1403(ydbC),JW1404(ydbD),JW1405(269#1)，JW1406(ynbB)，JW1407(269#3)，JW1408(ynbD)A025JW1416(ydcA),JW1416.5(271#2),JW1417(trg)，JW1418(ydcl),JW1419(271#5),JW1420(ydcG),JW1421(271#7),JW1422(ydcH)>JW1423(rimL)02081表2(续<table>tableseeoriginaldocumentpage265</column></row><table>02091表2(续<table>tableseeoriginaldocumentpage266</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage267</column></row><table>0211表2-71表2(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage268</column></row><table>0212表2(续<table>tableseeoriginaldocumentpage269</column></row><table>0213表2-9表2(续)<table>tableseeoriginaldocumentpage270</column></row><table>02141表2(续<table>tableseeoriginaldocumentpage271</column></row><table>实施例30215具有存在多个部分缺失的染色体DM的大肠杆菌突变体的制备通过下述方法制备使用大肠杆菌W3110red林，将上述实施例2中确定的对生长繁殖不产生影响的缺失区域通过重复上述实施例1的方法，使之在大肠杆菌W3110red株中累积，由此制备具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体。表3表示了制备的具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体的缺失区域。实施例40216具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体的培养评价(l)将实施例3获得的具有存在多个部分缺失的染色体DM的大肠杆菌的各种突变体涂布在LB琼脂培养基上，在30C下培养过夜，得到菌体。取少量的该菌体接种到lml含有3%的葡萄糖的LB培养基中，培养过夜，得到培养物。取50nl的该培养物接种到含有3%的葡萄糖的5ml的LB培养基中，在30。C下培养24小时。用590nm的吸收测定培养结束时的浊度。结果示于表3。0217表3<table>tableseeoriginaldocumentpage272</column></row><table>0218如表3所示，染色体DNA的总缺失区域在470kbp以上的、具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体，与其缺失总量几乎相关地，在培养24小时后看到浊度的上升。可知任何大肠杆菌突变体细胞的形态与野生型大肠杆菌细胞相同，染色体DNA的总缺失区域在470kbp以上的、具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体经过培养得到的菌体数比野生型大肠杆菌多。实施例50219具有存在多个部分缺失的染色体DM的大肠杆菌突变体的培养评价(2)为了确认实施例4中确认的菌体量的增大不仅是由于在各突变体新添加的缺失区域的重组的产生的效果，采用实施例1以及3记载的方法制备具有表3所示的向各突变体仅新添加的缺失的突变体，用与实施例4相同的方法进行培养，测定自培养开始24小时后的浊度。结果示于表4。0220表4<table>tableseeoriginaldocumentpage273</column></row><table>02211如表4所示，仅有新添加的缺失的菌体，未见到浊度的上升，可知实施例4中见到的菌体量的上升不是由于具有菌体量的上升的效果的缺失的累加而产生的，而是单独由于多重并且同时地缺失不影响生长繁殖影响的染色体DNA上的缺失产生的结果。实施例60222具有存在多个部分缺失的染色体dna的大肠杆菌突变体的制备(2)用下述方法用表3所示的Stepl8林为亲本株制备表2所示的厶043区域的缺失回复林。使用实施例3记载的方法，获得缺失了大肠杆菌W3110red林的A041以及厶042区域的菌林。然后，制备在厶043区域邻近的A88区域中插入连接了的sacB基因与cat基因的盒(以下、记作sacB-cat。参见图l)的菌抹(以下、称为大肠杆菌W3110red厶041、A042、△088::sacB.cat林)。0223从大肠杆菌W3110red厶041、A042、△088::sacB一cat林按照实施例l(l)记栽的方法制备Pl转化导入噬菌体，用实施例l(l)记载的方法用Pl噬菌体转化Stepl8林，获得氯霉素抗性林，选择向A088区域插入了sacB-cat盒的菌抹。选择得到的Stepl8林的转化株中、使用实施例1(2)(iii)记载的确认缺失的方法选择A043区域回复的菌林。通过使用实施例1(2)(iv)记载的方法去除所选择的菌林染色体DNA上存在的sacB-cat,获得具有缺失了表5所示区域的染色体dna的Stepl8y抹。0224然后，使用实施例1以及3记载的方法，制备向Stepl8y林的染色体DNA进一步导入缺失的大肠杆菌。制备的具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠軒菌突变体示于表5。02251表5<table>tableseeoriginaldocumentpage275</column></row><table>实施例70226对实施例6得到的突变体的培养评价经实施例6得到的各种突变体涂布在LB琼脂培养基上，在37t:培养过夜，得到菌体。取少量该菌体接种到含有50mg/l的卡那霉素的5ml的LB培养基中，培养过夜得到培养物。取50ja1的该培养物接种到含有1%葡萄糖、5mg/1硫酸铁、20g/l碳酸钙的5ml的M9培养基中，在371C下振荡培养，以660nm的吸收测定0、6、10、13、16、19、32小时培养后的浊度。0227培养开始后第19小时和第32小时的浊度示于表5。在被认为是亲本林进入停止浊度上升的平台期的第19小时以后，总缺失区域超过933kbp的突变体的浊度也继续上升。即可知总缺失区域在933kbp以上的、具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体经培养得到的菌体数比野生型大肠杆菌多。实施例80228使用具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体生产物质1(1)苏氨酸要求性突变林的制备按照实施例1的方法，制备大肠杆菌W3110red林的染色体DNA上的苏氨酸生物合成系操纵子(thrABC基因由序列号1所示的碱基序列中的碱基编号36~5175位所示的碱基序列构成的)缺失的苏氨酸要求性突变林，命名为大肠杆菌W3110redAT林。(2)制备metA基因缺失的、导入了苏氨酸生物合成系基因的突变林(i)metA基因缺失、thrABC基因导入用DNA片段的制备大肠杆菌W3110red林的染色体DNA作为模板，序列号16所示的碱基序列构成的DNA以及序列号17所示的碱基序列构成的DM作为引物组，通过PCR扩增具有metA基因的5，侧上游域的碱基序列的DNA片段。0229PCR是采用LA-Taq，按照附带的说明书制备反应液。向该反应液中添加lOng的纯化的染色体DNA、各个分别为20pmol的引物DNA，进行PCR。PCR在如下条件下进行941C保温2分钟后；94t:i5秒钟、55匸20秒钟、68C90秒钟的循环重复25次后；72X3保温10分钟。可通过上述PCR，确认获得目的DNA片段(片段1)，用相同的方法，作为引物DNA，使用由序列号18所示的碱基序列构成的DM以及由序列号19所示的碱基序列构成的DM，获得具有metA基因的3'侧下游域的碱基序列的DNA片段(片段2)。0230然后，以大肠杆菌W3110red林的染色体DM作为模板，由序列号20所示的碱基序列构成的DNA以及序列号21所示的碱基序列构成的DNA作为引物组，通过PCR扩增苏含有氨酸操纵子(thrABC基因)的DNA片段。PCR中，使用LA-Taq，按照附带的说明书制备反应液。向该反应液添加10ng的纯化的染色体DM、各个分别为20pmo1的引物DM，进行PCR。0231PCR是在下述条件下进行的94t:保温2分钟后；94'C15秒钟、55匸20秒钟、68°C5分钟的循环重复25次后；72。C保温10分。可通过上述PCR确认获得了含有thrABC基因的DNA片段(片段3)。此外，以pHSG399质粒DNA(宝生物公司制造)作为模板，由序列号22所示的碱基序列构成的DNA以及序列号23所示的碱基序列构成的DNA作为引物组，通过PCR扩增含有氯霉素抗性基因(cat基因)的DNA片段。0232在PCR中使用LA-Taq、按照附带的说明书制备反应液。向该反应液添加40ng的质粒DNA、各个分别为20pmo1的引物DM,进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94C保温2分钟后；94X315秒钟、55t:20秒钟、68X:i分钟的循环重复25次后；72'C保温10分钟。可通过上述PCR，确认获得含有氯霉素抗性基因的DNA片段(片段4)。0233将上述PCR获得的片段14用QIAquickGelExtraction试剂盒(QIAGEN公司制造)纯化后，分别溶解在50m1的水中，得到DM溶液。并且用作上述PCR的引物DNA的序列号17所示的DNA和碱基序列22所示的DNA、序列号19所示的DNA和序列号21所示的DNA、序列号20所示的DNA和序列号23所示的DM分别是可以结合的序列，即具有互补的序列。0234以上述获得的片段1~4作为模板，由序列号24所示的碱基序列构成的DNA、序列号25所示的碱基序列构成的DNA作为引物组，通过PCR扩增将苏氨酸操纵子基因以及氯霉素抗性基因以相同的转录方向连接的、在其两端进一步连接了具有metA基因的5，侧上游域以及3，侧下游域的碱基序列的DNA的DNA片段。0235在PCR中使用LA-Taq、按照附带的说明书制备反应液。向该反应液添加上述DNA溶液各1|i1、各个分别为20pmo1的引物DNA进^f亍PCR。PCR是在下述条件下进行的94C保温2分钟后；941C15秒钟、55匸20秒钟、68T7分钟的循环重复25次后；72XM呆温10分钟。可通过上述PCR，确认获得了目的DNA片段(以下、称为用于苏氨酸操纵子基因导入的DNA片段)，将该DNA片段使用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后，溶解在50ml的水中，得到DNA溶液。(ii)大肠杆菌W3110redAT林的转化按照实施例1(2)(i)记载的方法制备上述(l)制备的大肠杆菌W3110redAT林的感受态。0236将0.ljug上述(2)(i)获得的用于苏氨酸操纵子基因导入的DNA片段添加到50m1的大肠杆菌W3110redAT林的感受态溶液中，使用0.lcffl的小玻璃管，在1.8KV、25yF的条件进行电转化。在LBcm平板上选择在染色体DNA上的metA基因区域被用于苏氨酸操纵子基因导入的DNA片段所取代的株。此处，上述(2)(i)获得的用于苏氨酸操纵子基因导入的DNA片段中，因为PCR的时导入了突变，因的菌林，从LBcm平板上选择的转化林的中选择在LB琼脂培养基上生长繁殖，在M9Met琼脂最小培养基(1%葡萄糖、0.6%磷酸钠、0.3%磷酸二氢钾、0.05%氯化钠、0.1%氯化铵、2Mmo1/1硫酸镁.七水合物、lOOMmol1/l氯化钓、lOmg/1硫酸铁、100mg/1蛋氨酸)上不能生长繁殖的菌林、即表现出苏氨酸要求性的菌林。确认该菌林是在染色体DNA上的metA基因上插入非活性型苏氨酸生物合成系基因的菌林，命名为大肠杆菌Thrl林(W3110redAT、△metA::thrABC)。(iii)具有脱敏型突变和衰减突变的苏氨酸操纵子的制备以大肠杆菌W3110red株的染色体DNA作为模板，有序列号26所示的碱基序列构成的DNA以及序列号27所示的碱基序列构成的DNA作为引物组进行PCR，扩增含有脱敏型thrA基因的一部分的、具有苏氨酸操纵子的上游区域的碱基序列的DNA片段。即、序列号27所示的DNA具有J.Bacteriol.,185，5442-5461(2003)记载的脱敏型突变。0237在PCR中使用LA-Taq、按照附带的说明书制备反应液。向该反应液天际10ng的染色体DNA、各个分别为20pmo1的引物DNA，进行PCR。PCR是在下的条件下进行的94XM呆温2分钟后；94XM5秒钟、551C20秒钟、681C2分30秒钟的循环重复25次后；72匸保温10分钟。可通过上述PCR，确认获得了目的DNA片段，将该DNA片段使用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后、溶解在50jn1的水中，得到DM溶液。0238然后，以大肠杆菌W3110red林的染色体DNA作为模板，由序列号20所示的碱基序列构成的DM以及序列号28所示的碱基序列构成的DNA作为引物组进行PCR，扩增含有脱敏型thrA基因的一部分的、具有苏氨酸操纵子的下游区域的碱基序列的DNA片段。即、序列号28所示的DM具有J.Bacteriol.，185，5442-5461(2003)记载的脱敏型突变。0239在PCR中使用LA-Taq、按照附带的说明书制备反应液。向该反应液添加10ng的染色体DNA、各个分别为20pmo1的引物DNA，进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94'C保温2分钟后；94tll5秒钟、55匸20秒钟、68^C3分30秒钟的循环重复25次后；72。C保温10分钟。通过上述PCR，确认能够获得目的DNA片段，将该DNA片段使用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后，溶解到50ji1的水中得到DNA溶液。0240以上述PCR获得的含有脱敏型thrA基因的一部分的、具有苏氨酸操纵子的上游域以及下游域的碱基序列的DM片段作为模板，由序列号20所示的碱基序列构成的DNA以及序列号29所示的碱基序列构成的DM作为引物组，通过PCR扩增含有脱敏型thrA基因苏氨酸操纵子的DM片段。0241PCR中使用LA-Taq，按照附带的说明书制备反应液。向该反应液中添加上述DNA溶液各ly1、各个分别为20pmo1的引物DM，进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94XM呆温2分钟后；94。C15秒钟、55X320秒钟、68匸5分钟的循环重复25次后；72X:保温10分钟。通过上述PCR，可以进行是否获得目的DNA片段进行确认，将该DNA片段4吏用QIAquickGelExtraction试剂盒纯4匕后，溶解在50p1水中，得到DNA溶液。0242然后，将上述获得的含有脱敏型thrA基因的苏氨酸操纵子DNA片段作为模板，使用序列号29所示的碱基序列构成的DM以及序列号30所示的碱基序列构成的DNA作为引物组，通过PCR扩增具有含有衰减突变的苏氨酸操纵子上游区域的碱基序列的DM片段。即、序列号30所示的碱基序列构成的DM含有J.Mol.Biol.，183，529-541(1985)记载的苏氨酸操纵子的衰减突变。0243在PCR中使用LA-Taq，按照附带的说明书制备反应液。向该反应液中添加模板DNA片段的DNA溶液1m1、各个分别为20pmol的引物腿，进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94'C保温2分钟后；94XH5秒钟、55'C20秒钟、68匸5分钟的循环重复25次后；72匸保温10分钟。可通过上述PCR确认获得了目的DNA片段(片段5)。0244然后，将上述获得的含有脱敏型thrA基因的苏氨酸操纵子MA片段作为模板，使用序列号31所示的碱基序列构成的DM以及序列号20所示的碱基序列构成的DNA的引物组，通过PCR扩增具有含有衰减突变的苏氨酸操纵子下游区域的碱基序列的DNA片段。即、序列号31所示的碱基序列构成的DNA含有J.Mol.Biol.,183，529-541(1985)记栽的苏氨酸操纵子的衰减突变。0245在PCR中使用LA-Taq、按照附带的说明书制备反应液。向该反应液中添加才莫板DNA片段的DNA溶液1jli1、各个分别为20pmo1的引物DNA，进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94C保温2分钟后；94XH5秒钟、55t)20秒钟、68tM分30秒钟的循环重复25次后；72匸保温10分钟。可以通过上述PCR确认获得了目的DM片段(片段6)。0246将上述PCR获得的片段5以及6使用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后，分别溶解在50yl的水中，得到DNA溶液。将上述获得的片段5以及6作为模板，使用序列号20所示的碱基序列构成的DNA以及序列号21所示的碱基序列构成的DNA的引物组，通过PCR，扩增同时具有脱敏型thrA基因和使表达量上升的衰减突变的高活性苏氨酸操纵子的DNA片段。0247在PCR中使用U-Taq，按照附带的说明书制备反应液。向该反应液添加含有上述片段5以及6的dna溶液各1m1各个分别为20pmo1的引物DNA，进行PCR。PCR是在下述条件下进行的94X:保温2分钟后；94t:i5秒钟、551C20秒钟、68C5分钟的循环重复25次后；721C保温10分钟。0248通过上述PCR,能够确认是否获得了目的DNA片段，将该DNA片段使用QIAquickGelExtraction试剂盒纯化后，溶解在50jal的水中，得到DNA溶液。(iv)含有具有脱敏型thrA基因和衰减突变的高活性苏氨酸操纵子的大肠杆菌的制备在上述(ii)中制备的大肠杆菌Thrl抹的感受态按照实施例1(2)(i)记载的方法进行制备。0249将O.lyg的含有上述(iii)获得的具有脱敏型thrA基因和衰减突变的高活性苏氨酸操纵子的DNA片段添加到50jal的大肠杆菌Thrl林的感受态溶液中，使用0.lcm的小玻璃管、在1.8KV、25liF的条件下进行电转化。使用M9Met琼脂最小培养基筛选被染色体DM上具有非活性型苏氨酸操纵子和、脱敏型thrA基因以及衰减突变的高活性苏氨酸操纵子取代的转化林，作为不表现苏氨酸要求性的生长繁殖菌林。确认在该菌林的染色体DNA上的metA基因上插入了具有脱敏型thrA基因和衰减突变的高活性苏氨酸操纵子，命名为大肠杆菌Thr2林。(3)苏氨酸的发酵生产才艮据实施例l(l)记载的方法，制备来自大肠杆菌Thr2林的Pl转化导入噬菌体。使用该噬菌体对大肠杆菌W3110red林以及实施例3及实施例6制备的具有存在多个部分缺失的染色体DNA的大肠杆菌突变体(Step2、Step4、Step6、Step8、SteplO、Stepl2、Stepl4、Stepl6、Stepl8y、Step20、Step22、Step24、Step26以及Step28)按照实施例l(l)记栽的方法进行通过Pl噬菌体的转化导入，选择在各突变体的metA基因上插入了具有来自大肠杆菌Thr2林的脱敏型thrA基因以及衰减(attenuation)突变的高活性苏氨酸操纵子菌林作为氯霉素抗性林，分别命名为W3110redT、Step2T、Step4T、Step6T、Step8T、SteplOT、Stepl2T、Stepl4T、Stepl6T、Stepl8yT、Step20T、Step22T、Step24T、Step26T以及Step28T。0250将上述转化林涂布在实施例1记载的LBcm平板上，在371c培养过夜。从该平板上取少量的菌体，接种到装有25ml的苏氨酸生产培养基(50g/1葡萄糖、20g/1硫酸铵、1g/1磷酸二氢钾、2g/1细菌用酵母提取物、0.5g/1硫酸镁七水合物、5mg/1疏酸铁、5mg/1硫酸镁、30g/1碳酸钙、120mg/1蛋氨酸)的加有挡板的300ml三角培养瓶中，在30。C、250rpm的条件下，用振荡培养仪培养48小时。培养过程中，从培养开始24小时后使之为2Og/1的浓度地添加葡萄糖，在SteplOT、Stepl2T、Stepl4T、Stepl6T、Stepl8yT、Step20T、Step22T、Step24T、Step26T以及Step28T的培养液中，也在从培养开始36小时后使之为20g/1的浓度地添加葡萄糖。0251培养结束后，使用Dionex公司制造氨基酸分析装置定量培养液中蓄积的苏氨酸。此外，培养液中的葡萄糖浓度的定量使用协和Medex公司制造的葡萄糖定量试剂进行测定。结果示于表6。0252表6<table>tableseeoriginaldocumentpage284</column></row><table>0253从表6可知，染色体DNA的缺失总长度超过470kb的SteplO株下的强化了菌林的苏氨酸的生物合成系基因的菌抹、与具有没有缺失的染色体DM的强化了菌林的苏氨酸的生物合成系基因的菌林(W3110redT)相比，苏氨酸的蓄积量有意义地上升、并且从该上升比例是菌体量的上升比例以上的值可知，具有比野生型大肠杆菌的染色体DNA短470kb以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体可以作为物质生产的宿主细胞使用。实施例90254使用具有存在多个部分缺失的染色体DM的大肠杆菌突变体生产物质2谷胱甘肽是由3种氨基酸(谷氨酸、半胱氨酸、甘氨酸)构成的肽类物质。通过Y-谷氨酰基半胱氨酸合成酶和谷胱甘肽合成酶的作用，将前述3种氨基酸缩合生物合成谷胱甘肽。ATP是该缩合反应所必需的辅酶。下面，向本发明的大肠杆菌突变体使用ATP供给源，进行谷胱甘肽的生产。(1)谷胱甘肽合成酶基因的获得在下面的试验中使用的含有谷胱甘肽合成酶基因的质粒DNA使用从FERMBP-337(特开平2-31690号)提取得到的物质。0255此外，含有谷胱甘肽合成酶基因的质粒DNA可以通过下述方法获得。即、才艮据特开昭58-20196号以及J.Gen.Microbiol.,128,1047-1052(1982)记载的方法，对大肠杆菌B林使用N-甲基-N，-亚硝基胍进行突变处理，获得谷胱甘肽合成被弱化的突变林，然后对C912进行同样的突变处理，获得谷胱甘肽合成回复抹，从中选择谷胱甘肽通过Y-谷氨酰基半胱氨酸合成酶的抑制被解除的突变抹(以下称为抑制解除林)。0256然后，按照特开平2-31690号以及Appl.Environ.Microbiol.,44，1444-1448(1982)记载的方法，将在前述的方法中得到的抑制解除株的染色体上的Y-谷氨酰基半胱氨酸合成酶基因克隆到质粒pBR322上，然后再按照特开平2-31690号以及Agric.Biol.Chem.，47，1381-1383(1983)记载的方法，将抑制解除株的染色体上的谷胱甘肽合成酶基因克隆到质粒pBR322上。0257然后，按照特开平2-31690号以及BioprocessTechno1.，19，159-183(1994)记载的方法，向上述两个克隆化的片段汇集到载体质粒pBR325上，可以构建具有特开平2-31690号记载的pBR325-gshI.II或者与该质粒DNA等同的谷胱甘肽合成酶基因质粒DNA。使用通过上述方法得到的pBR325-gsh1.II(以下称为pGS600)，将大肠杆菌C600抹通过氯化钩法转化。对转化林使用含有20ug/ml的氯霉素的LBcm平板进行选择，命名为大肠杆菌C600/pGS600。0258对大肠杆菌C600/pGS600林使用5ml的含有30/。葡萄糖的LB液体培养基(LBG培养基)使用，在30'C振荡培养24小时。然后取得到的培养物4ml接种到装有400ml新的LBG培养基的三角培养瓶中，在30匸振荡培养24小时。将得到的培养物离心分离，使用体沉淀，使用100ml的100mmol/lTris盐酸緩沖液(OX:，pH7.4)洗涤该菌体2次。0259将该洗涤后的菌体在-80'C保存，在^f吏用之前加入10ml的100咖ol/lTris盐酸緩沖液(pH7.4)，将该溶解物作为酶溶液使用。(2)大肠杆菌W3110red林和Step28林的菌体的获得将W3110red林以及Step28林分别使用2.5ml的含有3%葡萄糖的LB液体培养基(LBG培养基)在30"C振荡培养24小时，将得到的培养物取200ju1接种到装有20ml新的LBG培养基的三角培养瓶中，在30'C振荡培养24小时。将培养结束时测定的浊度(OD660nm)记录到表7中。0260将得到的培养物分别进行离心分离，使菌体沉淀，使用5ml的100mmol/lTris盐酸緩沖液(0。C,pH7.4)洗涤该菌体2次。向得到的洗涤菌体中加入200jj1的gt溶液(20%葡萄糖、0.4%TrUonX-lOO)，将得到菌体溶液作为ATP供给源使用。(3)谷胱甘肽的生产向900|li1的反应液(2%葡萄糖、20mmol/l硫酸镁、20mmol/l硫酸二钾、0.22mmo1/1氧化型烟酰胺腺噪呤二核普酸、0.14mmo1/1黄素单核苷酸、5mmo1/1谷氨酸、5mmo1/1半胱氨酸、5mmo1/1甘氨酸、Q.4%TritonX-100、15mmo1/1磷酸二氬钾、200mmol/lMOPS緩沖液、pH7.8)中，添加100ju1上述(l)获得的酶液、以及100m1上述(2)获得的大肠杆菌W3110red林或者Step28林的菌体溶液在30C振荡90分钟进行反应。0261反应液中蓄积的谷胱甘肽的定量使用谷胱甘肽定量试剂盒(同仁化学研究所公司制造)进行。结果示于表7中。0262表7菌株名培养结束时的菌体量(法度OD660nm)谷胱甘肽的蓄积量(mmo1/1)W3110red2,20.18Step283.61.190263如表7所示，将作为ATP供给源提供给反应的、具有含多个部分的缺失的染色体的大肠杆菌突变体的tep28林的菌体量是具有没有缺失的染色体DNA的大肠杆菌W3110red林的菌体量的1.6倍(=3.6/2.2)，谷胱甘肽的蓄积量为6.6倍(=1.19/0.18)。即、暗示本发明的大肠杆菌突变体的每个细胞的ATP生产活性(即ATP再生活性)比作为亲本抹的没有染色体DNA缺失的大肠杆菌W3110red抹高，据此可知，本发明的大肠杆菌突变体在其生物合成途径中必需ATP的有用物质的生产中有用。工业实用性0264通过使用本发明的大肠杆菌突变体作为宿主细胞，能够很有效率地制备有用物质。序列表0265序列号2-人工序列的说明合成的DM序列号3-人工序列的说明合成的DM序列号4-人工序列的说明合成的DNA序列号5-人工序列的说明合成的DNA序列号6-人工序列的说明合成的DNA序列号7-人工序列的说明合成的DNA序列号8-人工序列的说明合成的DM序列号9-人工序列的说明合成的DNA序列号10-人工序列的说明:合成的DNA序列号11-人工序列的说明:合成的DNA序列号12-人工序列的说明:合成的DNA序列号13-人工序列的说明:合成的DNA序列号14-人工序列的说明:合成的DNA序列号15-人工序列的说明:合成的DNA序列号16-人工序列的说明:合成的DNA序列号17-人工序列的说明:合成的DNA序列号18-人工序列的说明:合成的DNA序列号19-人工序列的说明:合成的DM序列号20-人工序列的说明:合成的DNA序列号21-人工序列的说明:合成的DM序列号22-人工序列的说明:合成的DM序列号23-人工序列的说明:合成的DNA序列号24-人工序列的说明:合成的DNA序列号25-人工序列的说明:合成的DNA序列号26-人工序列的说明:合成的DNA序列号27-人工序列的说明:合成的DNA序列号28-人工序列的说明:合成的DM序列号29-人工序列的说明合成的DNA序列号30-人工序列的说明合成的DNA序列号31-人工序列的说明合成的DNA权利要求1.含有下述[1]和[2]所述基因或者与它们同源的基因、且具有比野生型大肠杆菌短470kbp以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体，不过、在下述[1]和[2]所述的基因或者与它们同源的基因中，存在野生型大肠杆菌原来不具有的基因(以下称为NC基因)的情况下，该源自野生型大肠杆菌的上述大肠杆菌突变体也可以不具有NC基因，其中所述[1]和[2]所述基因如下[1]thrA基因、thrB基因、thrC基因、talB基因、mog基因、htgA基因、dnaK基因、dnaJ基因、hokC基因、nhaA基因、nhaR基因、rpsT基因、ribF基因、ileS基因、lspA基因、fkpB基因、lytB基因、dapB基因、carA基因、carB基因、caiF基因、caiE基因、caiD基因、caiC基因、caiB基因、caiA基因、caiT基因、fixA基因、fixB基因、fixC基因、fixX基因、kefC基因、folA基因、apaH基因、apaG基因、ksgA基因、pdxA基因、surA基因、imp基因、djlA基因、rluA基因、hepA基因、polB基因、araD基因、araA基因、araB基因、araC基因、tbpA基因、leuD基因、leuC基因、leuB基因、leuA基因、leuL基因、leuO基因、ilvI基因、ilvH基因、fruR基因、ftsL基因、ftsI基因、murE基因、murF基因、mraY基因、murD基因、ftsW基因、murG基因、murC基因、ddlB基因、ftsQ基因、ftsA基因、ftsZ基因、lpxC基因、secA基因、mutT基因、yacE基因、guaC基因、hofC基因、hofB基因、ppdD基因、nadC基因、ampD基因、ampE基因、aroP基因、pdhR基因、aceE基因、aceF基因、lpdA基因、acnB基因、speD基因、speE基因、gcd基因、hpt基因、yadF基因、panD基因、panC基因、panB基因、htrE基因、ecpD基因、folK基因、pcnB基因、dksA基因、sfsA基因、ligT基因、hrpB基因、ponB基因、hemL基因、pfs基因、dgt基因、htrA基因、dapD基因、glnD基因、map基因、rpsB基因、tsf基因、smb基因、rrf基因、dxr基因、rth基因、cdsA基因、yaeL基因、hlpA基因、lpxD基因、fabZ基因、lpxA基因、lpxB基因、rnhB基因、dnaE基因、accA基因、ldcC基因、mesJ基因、rof基因、cutF基因、proS基因、rcsF基因、abc基因、dniR基因、gloB基因、rnhA基因、dnaQ基因、up18基因、gmhA基因、pepD基因、gpt基因、crl基因、phoE基因、proB基因、proA基因、hemB基因、proC基因、aroL基因、aroM基因、araJ基因、sbcC基因、sbcD基因、phoB基因、phoR基因、brnQ基因、proY基因、malZ基因、queA基因、tgt基因、secD基因、secF基因、tsx基因、ribD基因、ribH基因、nusB基因、thiL基因、pgpA基因、dxs基因、ispA基因、xseB基因、thiI基因、thiJ基因、apbA基因、cyoE基因、cyoD基因、cyoC基因、cyoB基因、cyoA基因、ampG基因、bolA基因、tig基因、clpP基因、clpX基因、lon基因、hupB基因、cof基因、mdlA基因、mdlB基因、glnK基因、amtB基因、tesB基因、maa基因、hha基因、acrB基因、acrA基因、acrR基因、aefA基因、priC基因、apt基因、dnaX基因、recR基因、htpG基因、adk基因、hemH基因、aes基因、gsk基因、fsr基因、ushA基因、cueR基因、gcl基因、gip基因、purK基因、purE基因、ybbF基因、ppiB基因、cysS基因、folD基因、sfmA基因、sfmC基因、sfmD基因、sfmH基因、sfmF基因、fimZ基因、entD基因、fepA基因、fes基因、entF基因、fepE基因、fepC基因、fepG基因、fepD基因、fepB基因、entC基因、entE基因、entB基因、entA基因、cstA基因、dsbG基因、ahpC基因、ahpF基因、rnk基因、rna基因、citT基因、citG基因、citX基因、citF基因、citE基因、citD基因、citC基因、citA基因、citB基因、dcuC基因、dcuC基因、crcA基因、cspE基因、crcB基因、lipA基因、lipB基因、dacA基因、rlpA基因、mrdB基因、mrdA基因、phpB基因、nadD基因、holA基因、rlpB基因、leuS基因、lnt基因、phoL基因、ubiF基因、asnB基因、nagD基因、nagC基因、nagA基因、nagB基因、nagE基因、glnS基因、fur基因、fldA基因、seqA基因、pgm基因、potE基因、speF基因、kdpE基因、kdpD基因、kdpC基因、kdpB基因、kdpA基因、phrB基因、end8基因、abrB基因、gltA基因、sdhC基因、sdhD基因、sdhA基因、sdhB基因、sucA基因、sucB基因、sucC基因、sucD基因、farR基因、hrsA基因、cydA基因、cydB基因、tolQ基因、tolR基因、tolA基因、tolB基因、pal基因、nadA基因、pnuC基因、czcD基因、aroG基因、gpmA基因、galM基因、galK基因、galT基因、galE基因、modF基因、modE基因、modA基因、modB基因、modC基因、bioA基因、bioB基因、bioF基因、bioC基因、bioD基因、uvrB基因、moaA基因、moaB基因、moaC基因、moaD基因、moaE基因、rhlE基因、dps基因、ompX基因、mipB基因、moeB基因、moeA基因、mdfA基因、grxA基因、poxB基因、aqpZ基因、cspD基因、clpA基因、infA基因、aat基因、cydC基因、cydD基因、trxB基因、lrp基因、ftsK基因、lolA基因、serS基因、dmsA基因、dmsB基因、dmsC基因、pflA基因、pflB基因、focA基因、serC基因、aroA基因、cmk基因、rpsA基因、himD基因、msbA基因、lpxK基因、kdsB基因、smtA基因、mukF基因、kicA基因、mukB基因、aspC基因、ompF基因、asnS基因、pncB基因、pepN基因、ssuB基因、ssuC基因、ssuD基因、ssuA基因、ssuE基因、pyrD基因、uup基因、pqiA基因、pqiB基因、rmf基因、fabA基因、ompA基因、sulA基因、helD基因、mgsA基因、acyP基因、hyaA基因、hyaB基因、hyaC基因、hyaD基因、hyaE基因、hyaF基因、appC基因、appB基因、appA基因、csgG基因、csgF基因、csgE基因、csgD基因、csgB基因、csgA基因、csgC基因、sfaA基因、mdoG基因、mdoH基因、msyB基因、htrB基因、solA基因、dinI基因、pyrC基因、grxB基因、rimJ基因、mviM基因、mviN基因、flgN基因、flgM基因、flgA基因、flgB基因、flgC基因、flgD基因、flgE基因、flgF基因、flgG基因、flgH基因、flgI基因、flgJ基因、flgK基因、flgL基因、rne基因、rluC基因、rpmF基因、plsX基因、fabH基因、fabD基因、fabG基因、acpP基因、fabF基因、pabC基因、tmk基因、holB基因、ptsG基因、fhuE基因、nagZ基因、ndh基因、mfd基因、ycfU基因、ycfV基因、ycfW基因、cobB基因、potD基因、potC基因、potB基因、potA基因、pepT基因、phoQ基因、phoP基因、purB基因、trmU基因、icdA基因、minE基因、minD基因、minC基因、clyA基因、umuD基因、umuC基因、dsbB基因、nhaB基因、fadR基因、dadA基因、dadX基因、ldcA基因、mltE基因、tagl基因、treA基因、dhaR基因、pth基因、prsA基因、ychB基因、hemM基因、hemA基因、prfA基因、hemK基因、kdsA基因、chaA基因、chaB基因、chaC基因、narL基因、narX基因、narK基因、narG基因、narH基因、narJ基因、narI基因、tpr基因、purU基因、sprE基因、galU基因、hns基因、tdk基因、adhE基因、oppA基因、oppB基因、oppC基因、oppD基因、oppF基因、cls基因、kch基因、tonB基因、trpA基因、trpB基因、trpC基因、trpD基因、trpE基因、trpL基因、btuR基因、sohB基因、topA基因、cysB基因、acnA基因、ribA基因、pgpB基因、pyrF基因、osmB基因、rnb基因、envM基因、sapF基因、sapD基因、sapC基因、sapB基因、sapA基因、aldH基因、ordL基因、goaG基因、pspF基因、pspA基因、pspB基因、pspC基因、pspD基因、pspE基因、sucP基因、ompG基因、tyrR基因、tpx基因、mppA基因、fnr基因、ogt基因、dbpA基因、intR基因、lar基因、recT基因、recE基因、racC基因、kil基因、sieB基因、racR基因、dnaC基因、enpP基因、trkG基因、VMTH_LAMBD基因、VLOM_LAMBD基因、tnpO基因、upo3基因、ompN基因、nifJ基因、hslJ基因、ldhA基因、feaR基因、feaB基因、tynA基因、paaZ基因、paaA基因、paaB基因、paaC基因、paaD基因、paaE基因、paaF基因、paaG基因、paaH基因、paaI基因、paaJ基因、paaK基因、paaX基因、paaY基因、acpD基因、hrpA基因、aldA基因、gapC基因、gapC基因、cybB基因、trg基因、rimL基因、tehA基因、tehB基因、prtC基因、potA基因、potC基因、ansP基因、nhoA基因、narV基因、narW基因、narY基因、narZ基因、narU基因、fdnG基因、fdnH基因、fdnI基因、adhP基因、sfcA基因、rpsV基因、osmC基因、dos基因、xasA基因、gadB基因、pqqL基因、chuR基因、hipA基因、hipB基因、tam基因、uxaB基因、marC基因、marR基因、marA基因、marB基因、dcp基因、lycV基因、dicA基因、dicB基因、rspB基因、rspA基因、speG基因、dmsB基因、dmsC基因、bioD基因、mlc基因、asr基因、ebr基因、pntB基因、pntA基因、arcD基因、rstA基因、rstB基因、tus基因、fumC基因、fumA基因、manA基因、uidC基因、uidB基因、uidA基因、uidR基因、hdhA基因、malI基因、malX基因、malY基因、add基因、blr基因、nth基因、gst基因、pdxY基因、tyrS基因、pdxH基因、slyB基因、slyA基因、sodC基因、nemA基因、gloA基因、rnt基因、lhr基因、sodB基因、araJ基因、purR基因、cfa基因、ribE基因、ag43基因、phsC基因、nrfC基因、pykF基因、lpp基因、sufS基因、aroD基因、ppsA基因、aroH基因、nlpC基因、btuD基因、btuE基因、btuC基因、himA基因、pheT基因、pheS基因、pheM基因、rplT基因、rpmI基因、infC基因、thrS基因、arp基因、pfkB基因、cedA基因、katE基因、celF基因、celD基因、celC基因、celB基因、celA基因、osmE基因、nadE基因、spy基因、astE基因、astB基因、astD基因、astA基因、cstC基因、xthA基因、gdhA基因、topB基因、selD基因、sppA基因、ansA基因、tdh基因、gapA基因、ttuC基因、caiT基因、rnd基因、fadD基因、slp基因、pabB基因、sdaA基因、manX基因、manY基因、manZ基因、rrmA基因、cspC基因、kdgR基因、tcmA基因、htpX基因、prc基因、pqiB基因、pphA基因、holE基因、exoX基因、ptrB基因、purT基因、eda基因、edd基因、zwf基因、pykA基因、mlt基因、znuA基因、znuC基因、ruvB基因、ruvA基因、ruvC基因、ntpA基因、aspS基因、bisZ基因、torY基因、cutC基因、argS基因、pgsA基因、amn基因、cbl基因、nac基因、erfK基因、cobT基因、cobS基因、cobU基因、gyrI基因、phsE基因、sbcB基因、hisL基因、hisG基因、hisD基因、hisC基因、hisB基因、hisH基因、hisA基因、hisF基因、hisI基因、wzz基因、ugd基因、gnd基因、galF基因、wcaM基因、wcaL基因、wcaK基因、wzxC基因、wcaJ基因、cpsG基因、cpsB基因、wcaI基因、wcaH基因、wcaG基因、gmd基因、wcaF基因、wcaE基因、wcaD基因、wcaC基因、wcaB基因、wcaA基因、wzb基因、wza基因、asmA基因、dcd基因、udk基因、thiD基因、thiM基因、mrp基因、metG基因、cdd基因、sanA基因、mglC基因、mglA基因、mglB基因、galS基因、folE基因、cirA基因、lysP基因、nfo基因、fruA基因、fruK基因、fruB基因、rplY基因、narP基因、ccmH基因、dsbE基因、ccmF基因、ccmE基因、ccmD基因、ccmC基因、ccmB基因、ccmA基因、napC基因、napB基因、napH基因、napG基因、napA基因、napD基因、napF基因、eco基因、alkB基因、ada基因、apbE基因、rcsB基因、rcsC基因、atoS基因、atoC基因、atoD基因、atoA基因、atoE基因、atoB基因、gyrA基因、ubiG基因、nrdA基因、nrdB基因、inaA基因、glpQ基因、glpT基因、glpA基因、glpB基因、glpC基因、cinA基因、ais基因、pmrD基因、menE基因、menC基因、menB基因、menD基因、menF基因、nuoN基因、nuoM基因、nuoL基因、nuoK基因、nuoJ基因、nuoI基因、nuoH基因、nuoG基因、nuoF基因、nuoE基因、nuoD基因、nuoB基因、nuoA基因、lrhA基因、ackA基因、pta基因、ubiX基因、purF基因、dedE基因、dedD基因、folC基因、accD基因、dedA基因、truA基因、usgl基因、pdxB基因、div基因、fabB基因、ddpX基因、mepA基因、aroC基因、sixA基因、fadL基因、vacJ基因、dsdC基因、dsdX基因、dsdA基因、emrY基因、emrK基因、evgA基因、evgS基因、bifF基因、ddg基因、glk基因、mntH基因、nupC基因、gltX基因、xapR基因、xapB基因、xapA基因、lig基因、zipA基因、cysZ基因、cysK基因、ptsH基因、ptsI基因、gsr基因、pdxK基因、cysM基因、cysA基因、cysW基因、cysU基因、cysP基因、ucpA基因、ptbA基因、amiA基因、hemF基因、cchA基因、eutC基因、eutB基因、eutH基因、eutG基因、eutJ基因、eutE基因、cchB基因、eutI基因、talA基因、tktB基因、aegA基因、narQ基因、acrD基因、dapE基因、purC基因、nlpB基因、dapA基因、gcvR基因、bcp基因、hyfA基因、hyfB基因、hyfC基因、hyfD基因、hyfE基因、hyfF基因、hyfG基因、hyfH基因、hyfI基因、hyfJ基因、hyfR基因、focB基因、perM基因、yfgE基因、uraA基因、upp基因、purM基因、purN基因、ppk基因、ppx基因、guaA基因、guaB基因、xseA基因、hisS基因、gcpE基因、ndk基因、pbpC基因、sseA基因、sseB基因、pepB基因、fdx基因、hscA基因、hscB基因、iscU基因、iscS基因、iscR基因、suhB基因、csiE基因、dgxA基因、dgxB基因、hcaC基因、hcaB基因、hcaD基因、glyA基因、hmpA基因、glnB基因、purL基因、acpS基因、pdxJ基因、recO基因、era基因、rnc基因、lepB基因、lepA基因、rseC基因、rseB基因、rseA基因、rpoE基因、nadB基因、srmB基因、ung基因、trx2基因、pssA基因、kgtP基因、clpB基因、rluD基因、pheL基因、pheA基因、tyrA基因、aroF基因、rplS基因、trmD基因、rimM基因、rpsP基因、ffh基因、grpE基因、recN基因、smpA基因、smpB基因、gabD基因、gabT基因、gabP基因、nrdF基因、emrR基因、emrA基因、emrB基因、gshA基因、csrA基因、alaS基因、oraA基因、recA基因、mltB基因、hypF基因、hydN基因、ascG基因、ascF基因、ascB基因、hycI基因、hycH基因、hycG基因、hycF基因、hycE基因、hycD基因、hycC基因、hycB基因、hycA基因、hypA基因、hypB基因、hypC基因、hypD基因、hypE基因、fhlA基因、mutS基因、prpB基因、rpoS基因、pcm基因、surE基因、ygbB基因、ygbP基因、ygbQ基因、cysC基因、cysN基因、cysD基因、iap基因、cysH基因、cysI基因、cysJ基因、ptpS基因、eno基因、pyrG基因、mazG基因、chpR基因、relA基因、barA基因、gud2基因、gudT基因、mioC基因、syd基因、sdaB基因、exo基因、fucO基因、fucA基因、fucP基因、fucI基因、fucK基因、fucU基因、fucR基因、gcvA基因、nifS基因、mltA基因、amiC基因、argA基因、thyA基因、lgt基因、ptsP基因、mutH基因、tas基因、aas基因、galR基因、lysA基因、lysR基因、araE基因、kduD基因、kduI基因、lysS基因、prfB基因、recJ基因、dsbC基因、xerD基因、fldB基因、up14基因、bglA基因、gcvP基因、gcvH基因、gcvT基因、visC基因、ubiH基因、pepP基因、serA基因、rpiA基因、iciA基因、sbm基因、argK基因、fba基因、pgk基因、epd基因、tktA基因、speB基因、speA基因、metK基因、galP基因、sprT基因、endA基因、gshB基因、yqgF基因、ansB基因、mutY基因、mltC基因、nupG基因、speC基因、pitB基因、gsp基因、hybG基因、hybF基因、hybE基因、hybD基因、hybC基因、hybB基因、hybA基因、hoxK基因、exbD基因、exbB基因、metC基因、exsA基因、sufI基因、plsC基因、parC基因、parE基因、icc基因、tolC基因、ribB基因、glgS基因、rfaE基因、glnE基因、cca基因、bacA基因、folB基因、ttdA基因、ttdB基因、ygjD基因、rpsU基因、dnaG基因、rpoD基因、aer基因、ebgR基因、ebgA基因、ebgC基因、fadH基因、uxaA基因、uxaC基因、exuT基因、exuR基因、tdcE基因、tdcD基因、tdcC基因、tdcB基因、tdcA基因、tdcR基因、sohA基因、agaR基因、agaZ基因、agaV基因、agaW基因、agaA基因、agaS基因、agaY基因、agaB基因、agaC基因、agaD基因、agaI基因、mtr基因、deaD基因、nlpI基因、pnp基因、rpsO基因、truB基因、rbfA基因、infB基因、nusA基因、argG基因、secG基因、mrsA基因、folP基因、ftsH基因、ftsJ基因、greA基因、dacB基因、yhbZ基因、rpmA基因、rplU基因、ispB基因、nlp基因、murA基因、yrbI基因、yrbK基因、rpoN基因、ptsN基因、ptsO基因、mtgA基因、arcB基因、gltB基因、nanT基因、npl基因、nanR基因、dcuD基因、sspB基因、sspA基因、rpsI基因、rplM基因、hhoA基因、hhoB基因、mdh基因、argR基因、tldD基因、rng基因、mreD基因、mreC基因、mreB基因、accB基因、accC基因、panF基因、prmA基因、fis基因、aroE基因、smg基因、smf基因、def基因、fmt基因、sun基因、trkA基因、mscL基因、zntR基因、rplQ基因、rpoA基因、rpsD基因、rpsK基因、rpsM基因、rpmJ基因、secY基因、rplO基因、rpmD基因、rpsE基因、rplR基因、rplF基因、rpsH基因、rpsN基因、rplE基因、rplX基因、rplN基因、rpsQ基因、rpmC基因、rplP基因、rpsC基因、rplV基因、rpsS基因、rplB基因、rplW基因、rplD基因、rplC基因、rpsJ基因、tufA基因、fusA基因、rpsG基因、rpsL基因、fkpA基因、slyX基因、slyD基因、kefB基因、prkB基因、crp基因、argD基因、pabA基因、fic基因、ppiA基因、nirB基因、nirD基因、nirC基因、cysG基因、php基因、trpS基因、gph基因、rpe基因、dam基因、damX基因、aroB基因、aroK基因、hofQ基因、mrcA基因、pckA基因、envZ基因、ompR基因、greB基因、feoA基因、feoB基因、bioH基因、gntT基因、malQ基因、malP基因、malT基因、rtcA基因、rtcB基因、rtcR基因、glpR基因、glpG基因、glpE基因、glpD基因、glgP基因、glgA基因、glgC基因、glgX基因、glgB基因、asd基因、gntU基因、gntU基因、gntK基因、gntR基因、ggt基因、ugpQ基因、ugpC基因、ugpE基因、ugpA基因、ugpB基因、livF基因、livG基因、livM基因、livH基因、livK基因、livJ基因、rpoH基因、ftsX基因、ftsE基因、ftsY基因、atzN基因、nikA基因、nikB基因、nikC基因、nikD基因、nikE基因、pitA基因、uspB基因、uspA基因、prlC基因、gor基因、arsR基因、arsB基因、arsC基因、slp基因、hdeB基因、hdeA基因、hdeD基因、gadA基因、treF基因、kdgK基因、dctA基因、dppF基因、dppD基因、dppC基因、dppB基因、dppA基因、tag基因、bisC基因、cspA基因、glyS基因、glyQ基因、xylB基因、xylA基因、xylF基因、xylG基因、xylH基因、xylR基因、bax基因、malS基因、avtA基因、lyx基因、sgbH基因、sgbU基因、sgbE基因、aldB基因、selB基因、selA基因、mtlA基因、mtlD基因、mtlR基因、lldP基因、lldR基因、lldD基因、cysE基因、gpsA基因、secB基因、grxC基因、tdh基因、kbl基因、htrL基因、rfaD基因、rfaF基因、rfaC基因、rfaL基因、rfaK基因、rfaZ基因、rfaY基因、rfaJ基因、rfaI基因、rfaB基因、rfaS基因、rfaP基因、rfaG基因、rfaQ基因、kdtA基因、kdtB基因、mutM基因、rpmG基因、rpmB基因、radC基因、dfp基因、dut基因、ttk基因、pyrE基因、rph基因、dinD基因、gmk基因、rpoZ基因、spoT基因、spoU基因、recG基因、gltS基因、nlpA基因、uhpT基因、uhpC基因、uhpB基因、uhpA基因、ilvN基因、ilvB基因、ivbL基因、emrD基因、ibpB基因、ibpA基因、gyrB基因、recF基因、dnaN基因、dnaA基因、rpmH基因、rnpA基因、yidC基因、thdF基因、tnaL基因、tnaA基因、tnaB基因、bglB基因、bglF基因、bglG基因、phoU基因、pstB基因、pstA基因、pstC基因、pstS基因、glmS基因、glmU基因、atpC基因、uncD基因、atpG基因、atpA基因、atpH基因、atpF基因、atpE基因、atpB基因、atpI基因、gidB基因、gidA基因、mioC基因、asnC基因、pssR基因、ilvL基因、ilvG基因、ilvM基因、ilvE基因、ilvD基因、ilvA基因、ilvY基因、ilvC基因、ppiC基因、rep基因、gppA基因、rhlB基因、trxA基因、rhoL基因、rho基因、rfe基因、wzzE基因、nfrC基因、rffD基因、rffG基因、rffH基因、rffA基因、wzxE基因、rffT基因、wecG基因、aslB基因、aslA基因、hemY基因、hemX基因、hemD基因、hemC基因、cyaA基因、cyaY基因、dapF基因、xerC基因、uvrD基因、corA基因、radD基因、pldA基因、recQ基因、pldB基因、metR基因、metE基因、udp基因、ubiE基因、aarF基因、tatC基因、tatD基因、rfaH基因、ubiD基因、ubiB基因、fadA基因、fadB基因、pepQ基因、trkH基因、trkH基因、hemG基因、mobB基因、mobA基因、dsbA基因、polA基因、yihA基因、hemN基因、ntrC基因、ntrB基因、glnA基因、fdhE基因、fdoI基因、fdoH基因、fdoG基因、fdhD基因、sodA基因、kdgT基因、cpxA基因、cpxR基因、cpxP基因、pfkA基因、sbp基因、cdh基因、tpiA基因、fpr基因、glpX基因、glpK基因、glpF基因、menG基因、menA基因、hslU基因、hslV基因、ftsN基因、cytR基因、priA基因、rpmE基因、metJ基因、metB基因、metL基因、metF基因、katG基因、gldA基因、talC基因、ppc基因、argE基因、argC基因、argB基因、argH基因、oxyR基因、udhA基因、trmA基因、btuB基因、murI基因、murB基因、birA基因、coaA基因、tufB基因、secE基因、nusG基因、rplK基因、rplA基因、rplJ基因、rplL基因、rpoB基因、rpoC基因、htrC基因、thiH基因、thiG基因、thiS基因、thiF基因、thiE基因、thiC基因、rsd基因、hemE基因、nfi基因、hupA基因、hydH基因、hydG基因、purD基因、purH基因、metA基因、aceB基因、aceA基因、aceK基因、arp基因、iclR基因、metH基因、pepE基因、lysC基因、pgi基因、ubiC基因、ubiA基因、plsB基因、dgkA基因、lexA基因、dinF基因、qor基因、dnaB基因、alr基因、tyrB基因、napA基因、hobH基因、uvrA基因、ssb基因、soxS基因、soxR基因、acs基因、nrfA基因、nrfB基因、nrfC基因、nrfD基因、nrfE基因、nrfF基因、nrfG基因、gltP基因、fdhF基因、alsR基因、rpiB基因、proP基因、basS基因、basR基因、adiY基因、adi基因、melR基因、melA基因、melB基因、fumB基因、dcuB基因、dcuR基因、dcuS基因、lysU基因、cadA基因、cadB基因、cadC基因、cutA3基因、cutA2基因、cutA基因、dcuA基因、aspA基因、fxsA基因、groES基因、groEL基因、efp基因、ecnB基因、sugE基因、blc基因、ampC基因、frdD基因、frdC基因、frdB基因、frdA基因、genX基因、psd基因、yjeQ基因、yjeE基因、amiB基因、mutL基因、miaA基因、hfq基因、hflX基因、hflK基因、hflC基因、purA基因、vacB基因、sgaE基因、rpsF基因、priB基因、rpsR基因、rplI基因、fklB基因、cycA基因、cpdB基因、cysQ基因、msrA基因、chpS基因、chpB基因、ppa基因、fbp基因、mpl基因、pmbA基因、cybC基因、nrdG基因、nrdD基因、treC基因、treB基因、treR基因、mgtA基因、pyrI基因、pyrB基因、pyrBI基因、argI基因、valS基因、holC基因、xerB基因、idnR基因、idnT基因、idnO基因、idnD基因、idnK基因、fecE基因、fecD基因、fecC基因、fecB基因、fecA基因、fecR基因、fecI基因、dnaC基因、dnaT基因、bglJ基因、fhuF基因、rsmC基因、holD基因、rimI基因、prfC基因、osmY基因、deoC基因、deoA基因、deoB基因、deoD基因、lplA基因、smp基因、serB基因、radA基因、nadR基因、slt基因、trpR基因、gpmG基因、rob基因、creA基因、creB基因、creC基因、creD基因、arcA基因、lasT基因、thrL基因；[2]acrE基因、argT基因、artI基因、artJ基因、artM基因、artP基因、artQ基因、bfr基因、chiA基因、chpA基因、dacC基因、deoR基因、dinG基因、elaA基因、elaB基因、elaC基因、elaD基因、envD基因、envR基因、fhuA基因、fhuB基因、fhuC基因、fhuD基因、folX基因、glnH基因、glnP基因、glnQ基因、gltJ基因、gltK基因、gltL基因、gspA基因、gspC基因、gspD基因、gspE基因、gspI基因、gspJ基因、gspK基因、gspL基因、hisJ基因、hisM基因、hisP基因、hisQ基因、hofD基因、hofF基因、hofG基因、hofH基因、ltaA基因、mdaA基因、mdaB基因、pinO基因、potF基因、potG基因、potH基因、potI基因、pshM基因、ptwB基因、ptwC基因、rhsB基因、rimK基因、xylU基因。2.权利要求1所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA含有具有序列号1所示碱基序列中的下述[1]~[69]所述的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA:[1]1位~167064位所示的碱基序列[2]172980位~243964位所示的碱基序列[3]253411位~261963位所示的碱基序列[4〗387532位~389138位所示的碱基序列[5〗403704位~518029位所示的碱基序列[6]532712位~535504位所示的碱基序列[7]550216位~563940位所示的碱基序列[8〗608119位~675103位所示的碱基序列[9〗689375位~728820位所示的碱基序列10〗739594位~832551位所示的碱基序列11]84歸0位~867637位所示的碱基序列12〗883474位~890997位所示的碱基序列13]909380位~1048887位所示的碱基序列14〗1097020位~1198105位所示的碱基序列15]1225147位~1630911位所示的碱基序列16]1641039位~1642631位所示的碱基序列17]1650223位~1964523位所示的碱基序列18]1993076位~1996661位所示的碱基序列19]2028210位~2033448位所示的碱基序列20]2044377位~2069148位所示的碱基序列21]2081927位~2104392位所示的碱基序列22]2116065位~2146263位所示的碱基序列23]2187856位~2200668位所示的碱基序列[24〗2229851位~-2255894位所示的碱基序列[25]2263492位~'2270439位所示的碱基序列[26〗2286589位-*2386261位所示的碱基序列[27]2395472位~-2423364位所示的碱基序列[28J2434099位~-2472851位所示的碱基序列[29]2482483位--2505074位所示的碱基序列[30〗2514558位--2755676位所示的碱基序列[31〗2789481位--2795173位所示的碱基序列[32]2800891位--2804307位所示的碱基序列[33]2S10148位--2825313位所示的碱基序列[34]2830263位--2910273位所示的碱基序列[35]2910574位--2985361位所示的碱基序列[36]3033129位--3077084位所示的碱基序列[37]3078917位--3110109位所示的碱基序列[38]3134342位--3165627位所示的碱基序列[39]3172941位--3360736位所示的碱基序列[40]3370548位-一3411159位所示的碱基序列[41]3420879位--3453020位所示的碱基序列[42]3469367位--3618575位所示的碱基序列[43]3636917位--3854661位所示的碱基序列[44]3865832位'-3867101位所示的碱基序列[45]3877011位'-3926658位所示的碱基序列[46]3938879位'-4059897位所示的碱基序列[47]術9660位'-4086450位所示的碱基序列[48:14099983位'-4139231位所示的碱基序列[49:14149710位'-4235358位所示的碱基序列[50:14251736位'-4298976位所示的碱基序列[si:14311512位'-4313317位所示的碱基序列[52:14329722位'-4409532位所示的碱基序列[53]4423152位~4496201位所示的碱基序列[54]4509535位~4517875位所示的碱基序列[55]4599638位~4641433位所示的碱基序列[56]167065位~172979位所示的碱基序列[57]675104位~689374位所示的碱基序列[58]832552位~848089位所示的碱基序列[59]867638位~883473位所示的碱基序列[60]890998位~909379位所示的碱基序列[61]2386262位~2395471位所示的碱基序列[62]2423365位~2434098位所示的碱基序列[63]2472852位~2482482位所示的碱基序列[64]2505075位~2514557位所示的碱基序列[65]2910274位~2910573位所示的碱基序列[66]3165628位~3172940位所示的碱基序列[67]3411160位~3420878位所示的碱基序列[68]3453021位~3469366位所示的碱基序列[69]3618576位~3636916位所示的碱基序列。3.权利要求1或者2所述的大肠杆菌突变体，具有不含有下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA,所述基因为yafJ基因、yafK基因、yafQ基因、dinJ基因、yafL基因、yafM基因、fhiA基因、lafU基因、dinP基因、yafN基因、yaf0基因、yafP基因、JW0225基因、prfH基因、ykfl基因、yafW基因、yeeT基因、ykfG基因、yafX基因、ykfF基因、ykfB基因、yafY基因、ypjK基因、yafZ基因、ykfA基因、perR基因、JW0245基因、JW0246基因、JW0247基因、ykfC基因、JW0249基因、is5B基因、yi51基因、mmuP基因、mmuM基因、afuC基因、JW0255基因、insB基因、insA基因、JW0258基因、yagB基因、yagA基因、yagE基因、yagF基因、yagG基因、yagH基因、yagl基因、argF基因、yfjl基因、yagJ基因、yagK基因、yagL基因、yagM基因、yagN基因、intF基因、yagP基因、yagQ基因、yagR基因、yagS基因、yagT基因、yagU基因、ykgJ基因、yagV基因、yagW基因、yagX基因、yagY基因、yagZ基因、ykgK基因、ykgL基因、ykgM基因、eaeH基因、JW0292基因、JW0293基因、ykgA基因、,ykgB基因、ykgl基因、mer人基因、ykgD基因、ykgE基因、ykgF基因、ykgG基因、ykgH基因、betA基因、betB基因、betl基因、betT基因、yahA基因、yahB基因、yahC基因、yahD基因、yahE基因、yahF基因、yahG基因、yahH基因、arcM基因、yahJ基因、yahK基因、yahL基因、yahM基因、yahN基因、yahO基因、prpR基因、bcpA基因、prpC基因、prpD基因、prpE基因、codB基因、codA基因、cynR基因、cynT基因、cynS基因、cynX基因、lacA基因、lacY基因、lacZ基因、lacl基因、mhpR基因、mhpA基因、mhpB基因、mhpC基因、mhpD基因、mhpF基因、mhpE基因、mhpT基因、yaiL基因、yaiM基因、adhC基因、yaiN基因、yaiO基因、JW0350基因、yi2A基因、yi22基因、yi24基因、yi23基因、yaiP基因、yaiS基因、tauA基因、tauB基因、tauC基因、ssiD基因、yaiT基因、扁363基因、JW0364基因、yaiU基因、yaiV基因、ampH基因、sbmA基因、yaiW基因、yaiY基因、yaiZ基因、ddlA基因、yaiB基因、phoA基因、psiF基因、yaiC基因、ybbO基因、tesA基因、ybbA基因、ybbP基因、rhsD基因、ybbC基因、rhsE基因、ybbD基因、JW0490基因、ybbB基因、ybbS基因、ybbT基因、ybbU基因、ybbQ基因、ybbV基因、allP基因、allA基因、ybbY基因、ybbZ基因、ylbA基因、allC基因、ylbC基因、fdrA基因、ylbE基因、ylbF基因、arcC基因、intD基因、EXO-LAMBD基因、VRPP—LAMBD基因、JW0528基因、JW0529基因、VREN-LAMBD基因、emrE基因、ybcK基因、ybcL基因、ybcM基因、ybcN基因、ninE基因、ybcO基因、rus基因、ybcQ基因、JW0539.5基因、nmpC基因、vlyS基因、ybcS基因、ybcT基因、vboR基因、ybcV基因、ybcW基因、nohB基因、ybcX基因、ybcY基因、JW0552基因、appY基因、ompT基因、envY基因、ybcH基因、nfrA基因、nfrB基因、cusS基因、cusR基因、cusC基因、ylcC基因、cusB基因、cusA基因、pheP基因、ybdG基因、nfnB基因、ybdF基因、ybdJ基园、ybdK基西、hokE基因、yi81基因、yi82基因、ymcC基因、ymcD基因、cspH基因、cspG基因、sfa基因、yccL基因、yccM基因、torS基因、torT基因、torR基因、torC基因、torA基因、torD基因、yccD基因、cbpA基因、yccE基因、agp基因、yccJ基因、wrbA基因、yciG基因、ycdG基因、扁992基因、JW0993基因、JW0994基因、ycdK基因、JW0996基因、JW0997基因、ycdC基因、putA基因、yzpU基因、putP基因、JW1002基因、ycd0基因、ycdB基因、phoH基因、ycdP基因、ycdQ基因、ycdR基因、ycdS基因、ycdT基因、JW1012基因、JW1013基因、JW1014基因、ycdU基因、ymfD基因、ymfE基因、lit基因、intE基因、VXIS-BPP21基因、ymfH基因、ymfl基因、ymfJ基因、RPC2-BPP22基因、JW1132基因、ymfL基因、ymfM基因、ymfN基因、ymfR基因、ymfO基因、JW1138基因、JW1139基因、ycfK基因、ymfS基因、ycfA基因、ycfE基因、pin基因、mcrA基因、JW1146基因、ycgW基因、ycgX基因、ycgE基因、JW1150基因、ycgZ基因、yragA基因、JW1153基因、ymgC基因、yahA基因、JW1156基因、JW1157基因、aidA基因、ymgD基因、JW1160基因、JW1161基因、JW1162基因、ydfH基因、ydfZ基因、ydfl基因、shiA基因、JW1537基因、tnpR基因、ydfM基因、Y314一LAMBD基因、nohA基因、ydf0基因、yccL基因、cspl基因、ydfR基因、vlyS基因、cspB基因、cspF基因、regQ—LAMBD基因、JW1552基因、rem基因、hokD基因、relE基因、relB基因、ydfV基因、flxA基因、ydfW基因、ydfX基因、dicC基因、sdaC基因、yqeH基因、yqel基因、yqeJ基因、yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfJ基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygfO基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yih0基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、yijP基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、malF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsE基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phnO基因、phnN基因、phnM基因、phnL基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phiiF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因'.yjdA基因以及yjcZ基因。4.权利要求1~3中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[18]所述碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA:[1]碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列[2〗碱基编号261964位~387531位所示的碱基序列[3]碱基编号389139位~403703位所示的碱基序列[4]碱基编号518030位~532711位所示的碱基序列[5]碱基编号535505位~550215位所示的碱基序列[6]碱基编号563941位~608118位所示的碱基序列[7]碱基编号1048888位~1097019位所示的碱基序列[8]碱基编号1198106位~1225146位所示的碱基序列[9〗碱基编号1630912位~1641038位所示的碱基序列[10]碱基编号1642632位~1650222位所示的碱基序列[11]碱基编号2985362位~3033128位所示的碱基序列[12]碱基编号3110110位~3134341位所示的碱基序列[13]碱基编号4059898位~4079659位所示的碱基序列[14]碱基编号4086451位~4099982位所示的碱基序列[15]碱基编号4139232位~4149709位所示的碱基序列[16]碱基编号4235359位~4251735位所示的碱基序列[17]碱基编号4298977位~4311511位所示的碱基序列[18]碱基编号4313318位~4329721位所示的碱基序列5.权利要求1~4中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yidF基因、yidG基因、yidH基因、yidl基因、yidJ基因、yidK基因、yidL基因、JW3657基因、glvG基因、glvB基因、glvC基因、yidP基因、yidE基因、yidQ基因、yidR基因、yidS基因、dgoT基因、dgoA基因、dgoK基因、dgoR基因、yidW基因、yidX基因、yidA基因、yidB基因、asnA基因、yieM基因、r0724基因、yieN基因、kup基因、rbsD基因、rbsA基因、rbsC基因、rbsB基因、rbsK基因、rbsR基因以及yieO基因。6.权利要求1~5中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[3]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DM:[1]碱基编号3854662位~3865831位所示的碱基序列[2]碱基编号3867102位~3877010位所示的碱基序列[3]碱基编号3926659位~3938878位所示的碱基序列。7.权利要求1~6中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yecT基因、flhE基因、flhA基因、HhB基因、cheZ基因、cheY基因、cheB基因、cheR基因、tap基因、tar基因、cheW基因、cheA基因、motB基因、motA基因、flhC基因、flhD基因、JW1882基因、JW1883基因、yecG基因、otsA基园、otsB基因、araH基因、araG基因、araF基因、yecl基因、yecJ基因、JW1892基因、ftn基因、yecH基因、tyrP基因、uvrC基因、uvrY基因、yecF基因、sdiA基因、yecC基因、yecS基因、yed0基因、fliY基因、fliZ基因、fliA基因、fliC基因、fliD基因、fliS基因、fliT基因、amyA基因、yedD基因、yedE基因、yedF基因、yedK基因、yedL基因、yedN基因、yedM基因、fliE基因、fliF基因、fliG基因、fliH基因、flil基因、fliJ基因、fliK基因、fliL基因、fliM基因、fliN基因、fliO基因、fliP基因、fliQ基因、fliR基因、rcsA基因、dsrB基因、JW1937基因、yedA基因、vsr基因、dcm基因、yedJ基因、JW1946基因、ompC基因、JW1948基因、yedS基因、yedU基因、yedV基因、copR基因、yedX基因、JW1954基因、JW1955基因、JW1956基因、JW1974基因、JW1979基因、JW1980基因、yeeP基因、flu基因、JW1983基因、yeeS基因、yeeU基因、yeeV基因、yeeW基因、yefJ基因、JW2013基因、yefJ基因、yefl基因、wbbJ基因、yefG基因、rfc基因、glf基因、rfbX基因、rfbC基因、rfbA基因、rfbD基因以及rfbB基因。8.权利要求1~7中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[5]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号1964524位~1993075位所示的碱基序列[2]碱基编号1996662位~2028209位所示的碱基序列[3〗碱基编号2033449位~2044376位所示的碱基序列[4]碱基编号2069149位~2081926位所示的碱基序列[5]碱基编号2104393位~2116064位所示的碱基序列。9.权利要求1~8中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为intA基因、yfjH基因、alpA基因、yfjl基因、JW2606基因、yfjj基因、yfjK基因、yfjL基因、yfjM基因、yfjN基因、yfjO基因、yfjP基因、yfjQ基因、yfjR基因、ypjK基因、yfjS基因、yfjT基因、yfjU基因、yfjV基因、JW2622基因、yfjW基因、JW2623.5基因、yfjX基因、yfjY基因、yfjZ基因、ypjF基因、ypjA基因、JW2629基因、JW2630基因、JW2631基因、JW2632基因、JW2633基因、JW2634基因、ygaE基因、yzzM基因、yqaE基因、JW2642基因、ygaP基因、stpA基因、JW2645基因、ygaC基因、ygaM基因、nrdH基因、nrdl基因、nrdE基因、proV基因、proW基因、proX基因、JW2655基因、JW2656基因、ygaZ基因、ygaH基因、srlA基因、srlB基因、srlD基因、gutM基因、srlR基因以及gutQ基因。10.权利要求1~9中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下迷[l]~[4]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号2755677位~2789480位所示的碱基序列[2]碱基编号2795174位~2800890位所示的碱基序列[3]碱基编号2804308位~2810147位所示的碱基序列[4〗碱基编号2825314位~2830262位所示的碱基序列。11.权利要求1~10中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DM，所述基因为gltF基因、yhcA基因、yhcD基因、yhcE基因、yhcF基因、yhcG基因、yhcH基因、nanK基因以及nanE基因。12.权利要求1~11中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DM不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3360737位~3370547位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。13.权利要求1~12中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yegE基因、alkA基因、yegD基因、JW2055基因、JW2056基因、JW2057基因、JW2058基因、yegM基因、yegN基因、yegO基因、yegB基因、baeS基因、baeR基因、JW2065基因、yegQ基因、ogrK基因、JW2068基因、JW2069基因、yegS基因、gatR基因、JW2072基因、JW2073基因、gatR基因、gatD基因、gatC基因、gatB基因、gatA基因、gatZ基因、gatY基因、fbaB基因、xegT基因、yegU基因、yegV基因、yegW基因、yegX基因、molR基因、yehl基因、yehK基因、yehL基因、yeh0基因、yehP基因、yehQ基因、yehR基因、yehS基因、yehT基因、yehU基因、yehV基因、yehW基因、yehX基因、yehY基因、yehZ基因、bglX基因、dld基因、pbpG基因、yohC基因、yeiQ基因、yeiR基因、yeiU基因、spr基因、rtn基因、yejA基因、yejB基因、yejE基因、yejF基因、yejG基因、bcr基因、rsuA基因、yejH基因、yeil基因、yeiJ基因、yeiK基因、yeiL基因、yeiM基因、yeiN基因以及yeiC基因。14.权利要求1~13中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述的[1]~[4]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号2146264位~2187855位所示的碱基序列[2]碱基编号2200669位~2229850位所示的碱基序列[3〗碱基编号2270440位~2286588位所示的碱基序列[4]碱基编号2255895位~2263491位所示的碱基序列。15.权利要求1~14中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含cmU基因以及cmtB基因、或者与它们同源的基因的染色体DM。16.权利要求1~15中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3077085位~3078916位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。17.权利要求1~16中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为intB基因、JW4228基因、yjgW基因、yjgX基因、yjgY基因、yjgZ基因、yi41基因、yi42基因、yjhB基因、yjhC基因、yjhD基因、yjhE基因、yi91基因、JW4244基因、JW4245基因、JW4246基因、yjhU基因、yjhF基因、yjhG基因、yjhH基因、yjhl基因、sgcR基因、sgcE基因、sgcA基因、sgcQ基因、sgcC基因、JW4266.5基因、sgcX基因、yjhP基因、yjhQ基因、JW4269.5基因、JW4270基因、JW4270.5基因、基因、yjhA基因、fimB基因、fimE基因、fimA基因、fiml基因、fimC基因、fimD基因、fimF基因、fimG基因、fimH基因、gntP基因、uxuA基因、uxuB基因、uxuR基因、yjiC基因、yjiD基因、yjiE基因、iadA基因、yjiG基因、yjiH基因、yjiI基因、yjiJ基因、yjiK基因、JW4296.5基因、yjiL基因、yjiM基因、yjiN基因、yji0基因、yjiP基因、yjiQ基因、yjiR基因、yjiS基因、yjiT基因、yjiV基因、mcrD基因、mcrC基因、mcrB基因、yjiW基因、hsdS基因、hsdM基因、hsdR基因、mrr基因、yjiA基因、yjiX基因、yjiY基因、tsr基因、yjjL基因、JW4320基因、yjjM基因、yjjN基因、mdoB基因以及yjjA基因。18.权利要求1~17中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号l所示碱基序列中的下述的[1]或者[2]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DM:[1]碱基编号4496202位~4509534位所示的碱基序列[2〗碱基编号4517876位~4599637位所示的碱基序列。19.权利要求1~18中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为kdpF基因、ybfA基因、rhsC基因、JW0690基因、ybfB基因、rhsA基因、ybfC基因、ybfD基因、ybfL基因、ybfD基因以及ybgA基因。20.权利要求1~19中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号728821位~739593位所示的碱基序列的DM、或者该DM相当的DNA。21.权利要求1~20中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yjfl基因、yjfJ基因、yjfK基因、yjfL基因、yjfM基因、yjfC基因、aidB基因、yjfN基因、yjfO基因、yjfP基因、yjfQ基因、yjfR基因、sgaT基因、sgaB基因、sgaA基因、sgaH基因以及sgaU基因。22.权利要求1~21中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号4409533位~4423151位所示的碱基序列的DNA、或者该DNA相当的DNA。23.含有权利要求1[1]所述的基因、spr基因、bcr基因以及rsuA基因、或者与它们同源的基因、且具有比野生型大肠杆菌染色体DNA短933kBp以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体，不过、在上述基因或者与它们同源的基因中，存在野生型大肠杆菌原来不具有的基因(以下称为NC基因)的情况下，该源自野生型大肠杆菌的上述大肠杆菌突变体也可以不具有NC基因。24.权利要求23所述的大肠杆菌突变体，其具有含有具有权利要求2的[1]~[55]所述的碱基序列的DNA以及具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2270440位~2286588位所示的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DM的染色体DNA。25.权利要求23或者24所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yafJ基因、yafK基因、yafQ基因、dinJ基因、yafL基因、yafM基因、fhiA基因、lafU基因、dinP基因、yafN基因、yaf0基因、yafP基因、JW0225基因、prfH基因、ykfl基因、yafW基因、yeeT基因、ykfG基因、yafX基因、ykfF基因、ykfB基因、yafY基因、ypjK基因、yafZ基因、ykfA基因、perR基因、JW0245基因、JW0246基因、JW0247基因、ykfC基因、JW0249基因、is5B基因、yi51基因、mmuP基因、mmuM基因、afuC基因、JW0255基因、insB基因、insA基因、JW0258基因、yagB基因、yagA基因、yagE基因、yagF基因、yagG基因、yagH基因、yagl基因、argF基因、yfjl基因、yagJ基因、yagK基因、yagL基因、yagM基因、yagN基因、intF基因、yagP基因、yagQ基因、yagR基因、yagS基因、yagT基因、yagU基因、ykgJ基因、yagV基因、yagW基因、yagX基因、yagY基因、yagZ基因、ykgK基因、ykgL基因、ykgM基因、eaeH基因、JW0292基因、JW0293基因、ykgA基因、ykgB基因、ykgl基因、merA基因、ykgD基因、ykgE基因、ykgF基因、ykgG基因、ykgH基因、betA基因、betB基因、betl基因、betT基因、yahA基因、yahB基因、yahC基因、yahD基因、yahE基因、yahF基因、yahG基因、yahH基因、arcM基因、yahJ基因、yahK基因、yahL基因、yahM基因、yahN基因、yah0基因、prpR基因、bcpA基因、prpC基因、prpD基因、prpE基因、codB基因、codA基因、cynR基因、cynT基因、cynS基因、cynX基因、lacA基因、lacY基因、lacZ基因、lacl基因、mhpR基因、mhpA基因、mhpB基因、mhpC基因、mhpD基因、mhpF基因、mhpE基因、mhpT基因、yaiL基因、yaiM基因、adhC基因、yaiN基因、yaiO基因、JW0350基因、yi2A基因、yi22基因、yi24基因、yi23基因、yaiP基因、yaiS基因、UuA基因、tauB基因、tauC基因、ssiD基因、yaiT基因、JW0363基因、JW0364基因、yaiU基因、yaiV基因、ampH基因、sbmA基因、yaiW基因、yaiY基因、yaiZ基因、ddlA基因、yaiB基因、phoA基因、psiF基因、yaiC基因、ybbO基因、tesA基因、ybbA基因、ybbP基因、rhsD基因、ybbC基因、rhsE基因、ybbD基因、JW0490基因、ybbB基因、ybbS基因、ybbT基因、ybbU基因、ybbQ基因、ybbV基因、allP基因、allA基因、ybbY基因、ybbZ基因、ylbA基因、allC基因、ylbC基因、fdrA基因、ylbE基因、ylbE基因、ylbE基因、ylbF基因、arcC基因、intD基因、EXO-LAMBD基因、VRPP-LAMBD基因、JW0528基因、JW0529基因、VREN-LAMBD基因、emrE基因、ybcK基因、ybcL基因、ybcM基因、ybcN基因、ninE基因、ybcO基因、rus基因、ybcQ基因、JW0539.5基因、nmpC基因、vlyS基因、ybcS基因、ybcT基因、vboR基因、ybcV基因、ybcW基因、nohB基因、ybcX基因、ybcY基因、JW0552基因、appY基因、ompT基因、envY基因、ybcH基因、nfrA基因、nfrB基因、cusS基因、cusR基因、cusC基因、ylcC基因、cusB基因、cusA基因、pheP基因、ybdG基因、nfnB基因、ybdF基因、ybdJ基因、ybdK基因、hokE基因、yi81基因、yi82基因、ymcC基因、ymcD基因、cspH基因、cspG基因、sfa基因、yccL基因、yccM基因、torS基因、torT基因、torR基因、torC基因、torA基因、torD基因、yccD基因、cbpA基因、yccE基因、agp基因、yccJ基因、wrbA基西、yciG基因、ycdG基因、JW0992基因、JW0993基因、JW0994基因、ycdK基因、JW0996基因、JW0997基因、ycdC基因、puU基因、yzpU基因、putP基因、JW1002基因、ycdO基因、ycdB基因、phoH基因、ycdP基因、ycdQ基因、ycdR基因、ycdR基因、ycdS基因、ycdT基因、JW1012基因、JW1013基因、JW1014基因、ycdU基因、ymfD基因、ymfE基因、Ut基因、intE基因、VXIS-BPP21基因、ymfH基因、ymfl基因、ymfJ基因、RPC2-BPP22基因、JW1132基因、ymfL基因、ymfM基因、ymfN基因、ymfR基因、ymfO基因、JW1138基因、JW1139基因、ycfK基因、ymfS基因、ycfA基因、ycfE基因、pin基因、mcrA基因、JW1146基因、ycgW基因、ycgX基因、ycgE基因、JW1150基因、ycgZ基因、ymgA基因、JW1153基因、ymgC基因、yahA基因、JW1156基因、JW1157基因、aidA基因、ymgD基因、JW1160基因、JW1161基因、JW1162基因、ydfH基因、ydfZ基因、ydfl基因、shiA基因、JW1537基因、tnpR基因、ydfM基因、Y314—LAMBD基因、nohA基因、ydfO基因、yccL基因、cspI基因、ydfR基因、vlyS基因、cspB基因、cspF基因、regQ-LAMBD基因、JW1552基因、rem基因、hokD基因、relE基因、relB基因、ydfV基因、flxA基因、ydfW基因、ydfX基因、dicC基因、sdaC基因、yqeH基因、yqel基因、yqej基因、yqeK基因、ygeF基因、ygeG基因、ygeH基因、ygel基因、JW2822基因、ygeK基因、JW2824基因、JW2825基因、JW2830基因、ygeP基因、JW2832基因、nlpD基因、yagR基因、ygeT基因、JW2836基因、ygeV基因、ygeW基因、dpaL基因、ygeY基因、ygeZ基因、arcL基因、yqeB基因、JW2844基因、ygfj基因、gltD基因、JW2847基因、ygfM基因、yagR基因、ygfO基因、ygfP基因、ygfQ基因、ygfR基因、ygfS基因、ygfT基因、pbuX基因、idi基因、epsM基因、exeL基因、exeC基因、JW2938基因、JW2939基因、JW2940基因、JW2941基因、yghK基因、glcB基因、glcG基因、glcF基因、glcD基因、glcC基因、JW2948基因、yghQ基因、yghR基因、yghS基因、yghT基因、yihL基因、yihM基因、yihN基因、yshA基因、yihO基因、yihP基因、yihQ基因、yihR基因、yihS基因、yihT基因、yihU基因、yihV基因、yihW基因、yihX基因、rbn基因、yihZ基因、yiiD基因、yiiE基因、yiiF基因、yiiG基因、frvR基因、frvX基因、frvB基因、frvA基因、yiiL基因、rhaD基因、rhaA基因、rhaB基因、rhaS基因、rhaR基因、rhaT基因、ptsA基因、JW3920基因、frwC基因、frwB基因、pflD基因、pflC基因、frwD基因、yijO基因、yUP基因、JW3986基因、yjbF基因、yjbG基因、yjbH基因、JW3989.5基因、yjbA基因、xylE基因、malG基因、malF基因、malE基因、malK基因、lamB基因、malM基因、yjbl基因、yjcP基因、yjcQ基因、yjcR基因、yjcS基因、alsK基因、alsE基因、alsC基因、alsA基因、alsB基因、phnQ基因、phnP基因、phnO基因、phnN基因、phnM基因、phnL基因、phnK基因、phnJ基因、phnl基因、phnH基因、phnG基因、phnF基因、phnE基因、phnD基因、phnC基因、phnB基因、phnA基因、yjdA基因、yjcZ基因、yidF基因、yidG基因、yidH基因、yidl基因、yidJ基因、yidK基因、yidL基因、JW3657基因、glvG基因、glvB基因、glvC基因、yidP基因、yidE基因、yidQ基因、yidR基因、yidS基因、dgoT基因、dgoA基因、dgoK基因、dgoR基因、yidW基因、yidX基因、yidA基因、yidB基因、asnA基因、yieM基因、JW3724基因、yieN基因、kup基因、rbsD基因、rbsA基因、rbsC基因、rbsB基因、rbsK基因、rbsR基因、yie0基因、yecT基因、flhE基因、flhA基因、flhB基因、cheZ基因、cheY基因、cheB基因、cheR基因、tap基因，.tar基因、cheW基因、cheA基因、motB基因、motA基因、flhC基因、flhD基因、JW1882基因、JW1883基因、yecG基因、otsA基因、otsB基因、araH基因、araG基因、araF基因、yecl基因、yecJ基因、JW1892基因、ftn基因、yecH基因、tyrP基因、uvrC基因、uvrY基因、yecF基因、sdiA基因、yecC基因、yecS基因、yed0基因、fliY基因、fliZ基因、HiA基因、fliC基因、fliD基因、fHS基因、fliT基因、amyA基因、yedD基因、yedE基因、yedF基因、yedK基因、yedL基因、yedN基因、yedM基因、fliE基因、fliF基因、fUG基因、fliH基因、flil基因、HiJ基因、fliK基因、fliL基因、fliM基因、fliN基西、fli0基因、fliP基因、fliQ基因、fliR基因、rcsA基因、dsrB基因、JW1937基因、yedA基因、vsr基因、dcm基因、yedJ基因、JW1946基因、ompC基因、JW1948基因、yedS基因、yedU基因、yedV基因、copR基因、yedX基因、JW1954基因、JW1955基因、JW1956基因、JW1974基因、JW1979基因、JW1980基因、yeeP基因、flu基因、JW1983基因、yeeS基因、yeeT基因、yeeU基因、yeeV基因、yeeW基因、yefJ基因、JW2013基因、yefJ基因、yefl基因、wbbJ基因、yefG基因、rfc基因、glf基因、rfbX基因、rfbC基因、rfbA基因、rfbD基因、rfbB基因、intA基因、yfjH基因、alpA基因、yfjl基因、JW2606基因、yfjJ基因、yfjK基因、yfjL基因、yfjM基因、yfjN基因、yfjO基因、yfjP基因、yfjQ基因、yfjR基因、ypjK基因、yfjS基因、yfjT基因、yfjU基因、yfjV基因、JW2622基因、yfjW基因、JW2623.5基因、yfjX基因、yfjY基因、yfjZ基因、ypjF基因、ypjA基因、JW2629基因、JW2630基因、JW2631基因、JW2632基因、JW2633基因、JW2634基因、ygaE基因、yzzM基因、yqaE基因、JW2642基因、ygaP基因、stpA基因、JW2645基因、ygaC基因、ygaM基因、nrdH基因、nrdl基因、nrdE基因、proV基因、proW基因、proX基因、JW2655基因、JW2656基因、ygaZ基因、ygaH基因、srlA基因、srlB基因、srlD基因、gutM基因、srlR基因、gutQ基因、gUF基因、yhcA基因、yhcD基因、yhcE基因、yhcE基因、yhcF基因、yhcG基因、yhcH基因、nanK基因、nanE基因、yegE基因、alkA基因、yegD基因、JW2055基因、JW2056基因、JW2057基因、JW2058基因、yegM基因、yegN基因、yegO基因、yegB基因、baeS基因、baeR基因、JW2065基因、yegQ基因、ogrK基因、JW2068基因、JW2069基因、yegS基因、gatR基因、JW2072基因、JW2073基因、gatR基因、gatD基因、gatC基因、gatB基因、gatA基因、gatZ基因、gatY基因、fbaB基因、xegT基因、yegU基因、yegV基因、yegW基因、yegX基因、molR基因、yehl基因、yehK基因、yehL基因、yehO基因、yehP基因、yehQ基因、yehR基因、yehS基因、yehT基因、yehU基因、yehV基因、yehW基因、yehX基因、yehY基因、yehZ基因、bglX基因、dld基因、pbpG基因、yohC基因、yeil基因、yeiJ基因、yeiK基因、yeiL基因、yeiM基因、yeiN基因、yeiC基因、cmtA基因、cmtB基因、intB基因、JW4228基因、yjgW基因、yjgX基因、yjgY基因、yjgZ基因、yi41基因、yi42基因、yjhB基因、yjhC基因、yjhD基因、yjhE基因、yi91基因、JW4244基因、JW4245基因、JW4246基因、yjhU基因、yjhF基因、yjhG基因、yjhH基因、yjhl基因、sgcR基因、sgcE基因、sgcA基因、sgcQ基因、sgcC基因、JW4266.5基因、sgcX基因、yjhP基因、yjhQ基因、JW4269.5基因、JW4270基因、JW4270.5基因、yjhR基因、yjhS基因、yjhT基因、yjhA基因、fimB基因、fimE基因、fimA基因、fiml基因、fimC基因、fimD基因、fimF基因、nmG基因、fimH基因、gntP基因、uxuA基因、uxuB基因、uxuR基因、yjiC基因、yjiD基因、yjiE基因、iadA基因、yjiG基因、yjiH基因、yjil基因、yjiJ基因、yjiK基因、JW4296.5基因、yjiL基因、yjiM基因、yjiN基因、yji0基因、yjiP基因、yjiQ基因、yjiR基因、yjiS基因、yjiT基因、yjiV基因、mcrD基因、mcrC基因、mcrB基因、yjiW基因、hsdS基因、hsdM基因、hsdR基因、mrr基因、yjiA基因、yjiX基因、yjiY基因、tsr基因、yjjL基因、JW4320基因、yjjM基因、yjjN基因、mdoB基因、yjjA基因、kdpF基因、ybfA基因、rhsC基因、JW0690基因、ybfB基因、rhsA基因、ybfC基因、ybfL基因、ybfD基因、ybgA基因、yjfl基因、yjfJ基因、yjfK基因、yjfL基因、yjfM基因、yjfC基因、aidB基因、yjfN基因、yjfO基因、yjfP基因、yjfQ基因、yjfR基因、sgaT基因、sgaB基因、sgaA基因、sgaH基因、sgaU基因、rhsB基因、JW3448基因、yhhH基因、yibA基因、yhhl基因、yhhJ基因、yhiH基因、yhil基因、yhiJ基因、yhiK基因、yhiL基因、yhiM基因、yhiN基因、JW0782基因、ybiA基因、dinG基因、ybiB基因、yMC基因、ybiJ基因、ybil基因、ybiX基因、ybiL基因、ybiM基因、ybiN基因、ybiO基因、glnQ基因、glnP基因、glnH基因、yliA基因、yliB基因、yliC基因、yliD基因、JW0817基因、JW0818基因、yliG基因、yliH基因、ylil基因、yliJ基因、dacC基因、deoR基因、ybjG基因、ybjC基因、mdaA基因、rimK基因、ybjN基因、potF基因、potG基因、potH基因、potl基因、ybj0基因、ybjF基因、artJ基因、artM基因、artQ基因、artl基因、artP基因、ybjP基因、JW0850基因、JW0851基因、JW0852基因、ybjT基因以及ltaA基因。26.权利要求23~25中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述[l]~[43]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:碱基编号243965位~253410位所示的碱基序列261964位~387531位所示的碱基序列389139位~403703位所示的碱基序列518030位~532711位所示的碱基序列535505位~550215位所示的碱基序列563941位~608118位所示的碱基序列728821位~739593位所示的碱基序列832552位~848089位所示的碱基序列867638位~883473位所示的碱基序列890998位~909379位所示的碱基序列碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号械基编号碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号碱基编号械基编号碱基编号4^基编号械基编号碱基编号碱基编号1048888位U98106位1630912位1642632位1964524位1996662位2033449位2069149位2104393位2146264位2200669位2255895位~1097019位所示的碱基序列~1225146位所示的碱基序列~1641038位所示的碱基序列~1650222位所示的碱基序列~1993075位所示的碱基序列~2028209位所示的碱基序列~2044376位所示的碱基序列~2081926位所示的碱基序列~2116064位所示的碱基序列~2187855位所示的碱基序列~2229850位所示的碱基序列~2263491位所示的碱基序列[23]碱基编号2755677位--2789480位所示的碱基序列[24]碱基编号2795174位--2800890位所示的碱基序列[25]碱基编号2S04308位--2810147位所示的碱基序列[26]碱基编号2825314位--2830262位所示的碱基序列[27]碱基编号2985362位--3033128位所示的碱基序列[28]碱基编号3077085位--3078916位所示的碱基序列[29J碱基编号3110110位--3134341位所示的碱基序列[30]碱基编号3360737位--3370547位所示的碱基序列[31]碱基编号3618576位--3636916位所示的碱基序列[32]碱基编号3854662位--3865831位所示的碱基序列[33]碱基编号3867102位--3877010位所示的碱基序列[34]碱基编号3926659位--3938878位所示的碱基序列[35]4^<^编万4059898位--4079659位所示的碱基序列[36]碱基编号4086451位--4099982位所示的碱基序列[371碱基编号4139232位--4149709位所示的碱基序列[38]碱基编号4235359位--4251735位所示的碱基序列[39]碱基编号4298977位--4311511位所示的碱基序列[40]>^>^编万4313318位--4329721位所示的碱基序列[41]碱基编号4409533位--4423151位所示的碱基序列[42]碱基编号4496202位--4509534位所示的碱基序列[43]碱基编号4517876位--4599637位所示的碱基序列。27.权利要求23~26中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DM，所述染色体DNA不含ygiS基因、ygiT基因、ygiU基因、JW2991基因、ygiW基因、ygiX基因、ygiY基因、ygiZ基因、mdaB基因以及ygiN基因、或者与它们同源的基因。28.权利要求23~27中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3165628位~3172940位所示的碱基序列的DNA、或者与该DM相当的DNA。29.权利要求23~28中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含ybeL基因、ybeQ基因、ybeR基因、ybeS基因、ybeT基因、ybeU基因、ybeV基因、ybeW基因、ybeK基因、gltL基因、gltK基因、gltJ基因、ybeJ基因以及JW0651基因、或者与它们同源的基因。30.权利要求23~29中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号675104位~689374位所示的碱基序列的DNA、或者与该DM相当的DNA。31.权利要求23~30中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为yfcC基因、JW2296基因、yfcE基因、yfcF基因、yfcG基因、folX基因、JW2301基因、yfcl基因、hisP基因、hisM基因、hisQ基因、hisJ基因、argT基因、yfdB基因、JW2346基因、yfdH基因、JW2348基因、yfdK基因、yfdL基因、yfdM基因、xylU基因、yfdN基因、yfdO基因、JW2356基因、JW2357基因、JW2358基因、JW2359基因、JW2360基因、JW2378基因、yqhT基因、ptwC基因以及ptwB基因。32.权利要求23~31中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的下述的[1]~[3]所述的碱基序列的DNA、或者与它们相当的DNA:[1]碱基编号2423365位~2434098位所示的碱基序列[2]碱基编号2472852位~2482482位所示的碱基序列[3〗碱基编号2505075位~2514557位所示的碱基序列。33.权利要求23~32中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有不含下述基因、或者与它们同源的基因的染色体DNA，所述基因为pinO基因、gspA基因、gspC基因、gspD基因、gspE基因、hofF基因、hofG基因、hofH基因、gspl基因、gspJ基因、gspK基因、gspL基因、pshM基因、hofD基因、bfr基因、yheA基因以及chiA基因。34.权利要求23~33中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3453021位~3469366位所示的碱基序列的DNA、或者与该■相当的DNA。35.权利要求23~34中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含elaB基因、elaA基因、elaC基因、elaD基因、yfbK基因、yfbL基因、yfbM基因、yfbN基因、JW2269基因以及JW2270基因、或者与它们同源的基因。36.权利要求23~35中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号l所示碱基序列中的碱基编号2386262位~2395471位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。37.权利要求23~36中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DM不含yhdJ基因、yhdU基因、envR基因、acrE基因、envD基因、yhdV基因、yhdW基因、yhdX基因以及yhdY基因、或者与它们同源的基因。38.权利要求23~37中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号3411160位~3420878位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。39.权利要求23~38中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含chpA基因、或者它的同源的基因。40.权利要求23~39中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号2910274位~2910573位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的DNA。41.权利要求23~40中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA，所述染色体DNA不含fhuA基因、fhuC基因、fhuD基因以及fhuB基因、或者与它们同源的基因。42.权利要求23~41中任一项所述的大肠杆菌突变体，其具有下述染色体DNA,所述染色体DNA不含具有序列号1所示碱基序列中的碱基编号167065位~172979位所示的碱基序列的DNA、或者与该DNA相当的腿。43.权利要求1~42中任一项所述的大肠杆菌突变体，其是通过选自下述[l]~[5]的方法加以改变得到的[1]緩和或者解除至少一个控制有用物质的生物合成的机制的方法；[2]强化表达至少一种参与有用物质的生物合成的酶的方法；[3]使至少一种参与有用物质的生物合成的酶的基因的拷贝数增力口的方法；[4]弱化或者阻断至少一个从有用物质的生物合成途径向该有用物质以外的代谢产物分支的代谢途径的方法；[5]选择相比野生型大肠杆菌而言，对有用物质的类似物耐受性高的细l包林的方法。44.权利要求1~43中任一项所述的大肠杆菌突变体，其中大肠杆菌是大肠杆菌K-12林、大肠杆菌B林或者大肠杆菌W林。45.权利要求44所述的大肠杆菌突变体，其中大肠杆菌K-12林是大肠杆菌W3110林(ATCC27325)或者大肠杆菌MG1655抹(ATCC47076)。46.有用物质的制备方法，其特征在于，将权利要求145中任一项所述的大肠杆菌突变体在培养基中培养，在培养物中生成、蓄积有用物质，从该培养物回收该有用物质。47.权利要求43~46中任一项所述的制备方法，其中有用物质选自蛋白质、肽、氨基酸、核酸、维生素、糖、有机酸以及脂类。全文摘要根据本发明，能够提供具有比野生型大肠杆菌的染色体DNA短470kbp以上的染色体DNA的大肠杆菌突变体，该大肠杆菌突变体在经过一定时间的培养后，菌体数比野生型株多，据此通过将该突变体在培养基中进行培养，使之在培养物中生成、蓄积有用物质，能够很有效率地制备有用物质，例如蛋白质、肽、氨基酸、核酸、维生素、糖、有机酸以及脂类等。文档编号C12P19/30GK101115832SQ20058004709公开日2008年1月30日申请日期2005年11月25日优先权日2004年11月26日发明者原清敬,森英郎,沟口宽申请人:协和发酵工业株式会社