专利名称：关于对聚乙二醇干扰素和利巴韦林应答的与预治疗血清ip-10定量结合的il28b基因多态 ...的制作方法
关于对聚乙二醇干扰素和利巴韦林应答的与预治疗血清IP-10定量结合的IL28B基因多态性的预测值相比这些生物标记中任何单独一种增强本发明涉及一种方法，所述方法将7ZJ 部基因型测定与IP- ο的预治疗血清水平测量结合，以预测感染HCV的个体患者对聚乙二醇干扰素和利巴韦林持续病毒应答(SVR)或不应答的结果。作为黄病毒科的成员的丙型肝炎病毒(HCV)是一种能导致慢性肝炎的血源性病毒，并可导致肝纤维化、肝硬变和癌症。世界范围内约I亿7000万人感染HCV，但治疗选择有限。治疗慢性丙型肝炎目前的护理标准由每周注射一次聚乙二醇化干扰素a (IFN-a)和每日口服两次利巴韦林构成(Fried和Hadziyannis, 2004, Semin Liver Dis 24 Suppl2，47-54)。然而，接受48周疗程后，仅40-50%的感染基因型I或4的患者达到持续的病 毒应答(SVR)，相比之下感染基因型2或3的患者为80%。由此可见，显然病毒基因型部分决定IFN-α /利巴韦林治疗应答。此外，当前的护理标准通常伴随副作用，例如抑郁和贫血(Fried和Hadziyannis，2004)。因此对HCV患者而言，存在对新型更有效更安全治疗的选择的未满足医学需要。因而对治疗HCV基因型I的护理标准目前包括服用48周的聚乙二醇IFN- α和利巴韦林，24周的随访以确定是否达到持续病毒应答。持续病毒应答(SVR)定义为治疗停止后至少24周检测不到HCV RNA。关于利用这些药剂治疗的持续时间、费用和死亡率已在本领域构成以下需求更好地理解应答和提前识别可从修改治疗策略中受益的患者。近期已产生的资料显示对IFN-α应答的遗传贡献(genetic contribution),其中在来自不同种族背景的HCV感染个体中IL28B多态性与临床测定的病毒清除率之间有很强的关联。该资料支持宿主部分决定先前与细胞因子血清标记相关的治疗失败，其中最相关的是在开始治疗前测定的ip- ο血清水平。显示抗HCV活性的IFN- λ蛋白质由沒和TZ匆基因编码(Kotenko,等，2003,Nature Immunol. 4:69; Sheppard 等，2003，Nature Tmmunol. 4:63),而部基因编码干扰素-λ 3 (IFN-A3)。近期研究已识别了一种单核苷酸多态性(SNP) (rsl2979860,SEQ ID NO: I)，其位于7ZJ 部基因上游3千碱基(3kb)处，可作为治疗应答的潜在预测标记(Ge等，2009，Nature 461:399)。该发现由其他使用其他临近IL28B基因的SNP标记(rsl2980275, SEQ ID NO: 2 和 rs8099917, SEQ ID NO: 3)的独立研究所证实(Suppiah等，2009， Nature Genetics 41:1100; Tanaka 等，2009，Nature Genetics 41:1105)。有利的突体显示与多于应答HCV药物治疗的两倍差异紧密关联。在多种族群体中，约80%具有两个有利变体拷贝的患者在IFN-α治疗期间清除了病毒，并且在治疗后24周时间中仍不存在病毒。该遗传关联似乎在包括欧洲、非洲和亚洲患者在内的所研究的所有族群中的应答预测都是重要的。这些研究也提供了以下初步证据在外周血单核细胞(PBMC)中7ZJ 部mRNA表达受与对IFN-a治疗的增强应答相关的7ZJ 部基因型影响。在后期的研究中，该基因型也显示大大地增强了在欧洲和非洲裔个体中HCV感染的自然分辨率(naturalresolution) (Thomas等,2009，Nature 461:798)。这些研究还为在个性化医学设定中预测对的IFN-α的应答提供了一定希望。在将IFN-Y诱导蛋白10(IP-10或CXCL10)识别为非应答的标记之前，肿瘤坏死因子a (TNF- α )、白介素(IL) 1B、IL_10和IL_8被识别为对IFN- α治疗不应答的血清标记。ΙΡ-10在HCV患者肝脏和血清中显示提升，并且发现其水平在对IFN- α不应答的HCV患者中相比应答者中提高更多。该发现也在包括欧洲高加索裔DITTO-研究在内的更大数据集中被证实，其中基线水平为对治疗应答预测的最重要的决定因子(Romeix)等，2006，JID 194:895; Lagging 等，2006，Hepatology 44:1617)。后来，关于 IP-10 的发现延伸到HCV/HIV共感染的患者(Zeremski等，2007，JAIDS 45:262)，其随后在二次研究中证实并且还与这些患者中肝炎和纤维化相关(Reiberger等,2008，Antivir Ther 13:969)。所述IP-10关联性也在不同的种族群体中显示(Fried等，AASLD 2008, poster 1223)。本领域出现了这样的一种普遍性的观点，即在RNA、细胞或蛋白水平显示的免疫应答的提升可表明对IFN-α /利巴韦林疗法的应答不强，尽管这没有达到在临床使用的分析或先进技术水平。尽管标记是已知的，但关于不应答的机制仍然未知。此外，尽管有前景， 但IL28B基因型没有解释干扰素应答的所有方面，并且该发现与其他已知生物标记(如病毒基因型、病毒载量、重量、纤维化和IP-10)如何联系起来还不清楚。在IL28B基因产物IFN-λ 3的活性和免疫基因表达之间的分子联系表明IL28B和下游细胞因子和趋化因子水平应为独立的，因而下游血清标记例如IP-10可有效描述同样的基因型现象。最近报导的IL28B遗传多态性极其令人振奋，其可以产生关于对聚乙二醇干扰素和利巴韦林治疗实现持续病毒应答的重要预后信息。然而，其作为独立试验的临床实用性仍为有限的。对于CC基因型，SVR的似然率(likelihood)估计为约80%。相比之下，对于TC杂合子，应答的似然率降低到约50%。因而，该基因分型试验的阳性或阴性预测值相对低，这可弱化其在抗病毒治疗决策中的应用。建立于其预测能力的方法(遗传试验与抗病毒应答的其他易得标记联用)可改进阳性或阴性预测值并改善临床实用性。本发明的一部分为高加索人和非裔美国人的HCV样品分析，其中意想不到地确定，IP- ο血清水平和IL28B基因型互为补充且为独立的应答预测物，特别地对于IL28B基因型杂合的或对不应答者基因型纯合的感染HCV的患者中测量的IP-10水平为在测定对IFN-a治疗的应答方面提供了另外的价值。对来自VIRAHEP-C (NIH资助的临床试验)的80名参与者使用ABI TaqMan等位区分试剂盒测试IL28B多态性标记rsl2979860。基因分型的患者为子研究的一部分，为其在归档血清中测定一组血清因子(Fried等，EASL 2008)。本群体包括40名SVR和40名不应答者，其中39名为高加索人，41名为非裔美国人。CC、CT或TT基因型分别以19%、61%和20%存在，其相应的SVR率分别为87%、47%和25%(x 2=13. 4，p=0. 0012)，其与Ge等的初始报告一致(2009，Nature 461:399)。平均血清IP-10水平是相似的，且似乎与7ZJ 部基因型不相关(p=0. 28)。在IP-10水平低 600 pg/ml)的患者中发现78%的SVR率，相比之下IP-10水平高(>600 pg/ml)的患者的 SVR 率为 36% ( X 2=17· I, ρ〈0· 0001)。在7ZJ 部基因型群体中血清ΙΡ-10水平提供关于SVR似然率的另外和独立的信息(x2=27. 5, ρ〈0. 0001)。更具体而言，IP-IO水平低的CT携带者SVR为79%，相比之下高IP-10水平为34%。在TT携带者其中，确定到相似的关系(低IP-10的50%对比高IP-10的 10%)。
权利要求
1.一种方法，其将两个或更多个选自以下的参数结合以预测感染HCV的个体患者对聚乙二醇干扰素和利巴韦林持续病毒应答(SVR)或不应答的结果IP-10的预治疗血清水平测量值、基因型测定结果、种族或丙型肝炎病毒载量测定结果。
2.权利要求I的方法，其中将所述7ZJ 部基因型测定结果和所述IP-IO的预治疗血清水平测量值结合，以预测感染HCV的个体患者对聚乙二醇干扰素和利巴韦林持续病毒应答(SVR)或不应答的结果。
3.权利要求2的方法，其中加入种族参数。
4.权利要求2的方法，其中加入丙型肝炎病毒载量测定结果。
5.权利要求2的方法，其中加入种族参数和丙型肝炎病毒载量测定结果。
6.根据权利要求1-5中任一项的方法，其中所述7ZJ 部基因型包括如下多态性标记rsl2979860、rsl2980275和/或rs8099917，或任何其它与这些标记连锁不平衡的基因标记。
7.权利要求6的方法，其中相比7ZJ 部基因型和血清IP-10水平两种单独标记中任一种，结合测量结果进一步区分感染HCV的个体患者对聚乙二醇干扰素和利巴韦林的SVR和不应答。
8.用于权利要求1-7中任一项的方法的诊断测定产品，其包括用于至少测定或测量HCV感染患者血清中IL28B多态性和IP-10水平的工具。
9.包括建模软件的计算机系统，所述建模软件使用由权利要求1-7中任一项的方法获得的结果信息，用于预测对感染HCV的个体患者对聚乙二醇干扰素和利巴韦林的持续病毒应答(SVR)或不应答。
全文摘要
本发明涉及一种方法，所述方法将IL28B基因型测定与IP-10的预治疗血清水平测量结合，以预测感染HCV的个体患者对聚乙二醇干扰素和利巴韦林持续病毒应答(SVR)或不应答的结果。
文档编号C12Q1/68GK102770557SQ201080058772
公开日2012年11月7日 申请日期2010年12月21日 优先权日2009年12月22日
发明者G.C.范宁, J.阿尔森斯, M.W.弗里德 申请人:爱尔兰詹森研发公司