与葡萄球菌蛋白a的抗体相关的组合物和方法
与葡萄球菌蛋白a的抗体相关的组合物和方法
【专利摘要】实施方案涉及用于处理或预防细菌感染、特别是由葡萄球菌细菌感染引起的感染的方法和组合物。方面包括用于提供对细菌的被动免疫应答的方法和组合物。在一些实施方案中，方法和组合物涉及结合葡萄球菌蛋白A(SpA)的抗体。
【专利说明】与葡萄球菌蛋白A的抗体相关的组合物和方法
[0001]本发明是在国家变态反应和传染病研究院(NIAID)的AI52747和AI92711和由国家卫生研究院资助的1-U54-A1-057153的政府支持下完成的。政府拥有本发明的一定权利。
[0002]本申请要求2011年8月15日提交的美国临时专利申请61/523，751号、2012年3月23日提交的61/615，083号、2012年3月30日提交的61/618，417号和2012年7月20日提交的61/674，135号的优先权，其均通过引用完整地并入本文中。
[0003]1.【技术领域】
[0004]本发明一般性地涉及免疫学、微生物学和病理学的领域。更具体地，其涉及与细菌蛋白的抗体和用于引发这类抗体的细菌肽有关的方法和组合物。蛋白质包括葡萄球菌蛋白A (SpA)。
[0005]I1.【背景技术】
[0006]社区获得性感染和医院获得性感染两者的数量在最近几年随着血管内器械增多的使用都在增加。医院获得性(医院内)感染是发病和死亡的主要原因，更具体地，在美国每年感染超过两百万患者。最频繁的医院内感染是尿路感染(33%的感染)，其次是肺炎(15.5%)、手术部位感染(14.8%)和原发性血流感染(13%) (Emorl和Gaynes, 1993)。
[0007]金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、凝固酶阴性葡萄球菌(主要是表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis))、肠球菌种(enterococcus spp)、大肠杆菌(Escherichia coli)和 绿胺杆菌(Pseudomonas aeruginosa)是主要的医院病原体。尽管这些病原体几乎导致相同数量的感染，但是它们可以产生的疾病的严重性结合耐抗生素隔离群的频率使该排名朝着金黄色葡萄球菌(S.aureus)和表皮葡萄球菌(S.epidermidis)作为最重要的医院内病原体的方向平衡。
[0008]葡萄球菌可以通过毒素生成或入侵导致人类和其他动物的各种各样的疾病。葡萄球菌毒素是食物中毒的常见原因，这是因为细菌可以在不当储存的食物中生长。
[0009]表皮葡萄球菌是普通的皮肤共生体，其还是引起受损的医疗器械的感染和手术部位的感染的重要的机会性病原体。由表皮葡萄球菌感染的医疗器械包括心脏起搏器、脑脊髓液分流器、持续性非卧床腹膜透析导管、整形外科器械和人工心瓣。
[0010]金黄色葡萄球菌是具有明显的发病率和死亡率的医院内感染的最常见的原因。其是以下一些病症的原因:骨髓炎、心内膜炎、脓毒性关节炎、肺炎、脓肿和中毒性休克综合征。
[0011]金黄色葡萄球菌可以存活在干燥的表面上，增加传播的机会。任何金黄色葡萄球菌感染都可以导致葡萄球菌性烫伤样皮肤综合征，一种对吸收到血流中的外毒素的皮肤反应。金黄色葡萄球菌还可以导致会威胁生命的被称为脓血症的一种败血症。耐甲氧西林(Methicillin)的金黄色葡萄球菌(MRSA)已经成为医院获得性感染的主要原因。
[0012]金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌感染一般用抗生素来处理，其中盘尼西林(penicillin)为选择的药物,而万古霉素(vancomycin)用于耐甲氧西林的隔离群。对抗生素表现出广谱抗性的葡萄球菌菌株的百分比正在增加，对有效的抗菌疗法构成威胁。另外，耐万古霉素的金黄色葡萄球菌菌株最近的出现已经引起以下恐慌:对其没有有效疗法可以使用的MRSA菌株正开始出现和蔓延。
[0013]在葡萄球菌感染的处理中抗生素的可替代的方法一直是在被动免疫疗法中使用抗体来对抗葡萄球菌抗原。该被动免疫疗法的实例涉及多克隆抗血清的施用(W000/15238、W000/12132)以及利用脂磷壁酸的单克隆抗体的处理(W098/57994)。
[0014]将金黄色葡萄球菌或其产生的外蛋白作为目标的第一代疫苗已经取得有限的成功(Lee，1996)，但是仍然需要开发用于处理葡萄球菌感染的另外的治疗组合物。
【发明内容】
[0015]金黄色葡萄球菌在美国是菌血症和医院获得性感染的最常见的原因。预防由葡萄球菌引起的疾病的经FDA认证的疫苗目前难以获得。
[0016]在一些实施方案中，有抑制、减轻和/或预防葡萄球菌感染的抗体组合物。在具体的实施方案中，有能够结合葡萄球菌SpA蛋白的多肽。术语多肽应理解为表示一个或更多个氨基酸或多肽链。例如，术语多肽可以指包含重链或轻链或相连的重链和轻链的单个多肽链。术语多肽也可以指免疫球蛋白(Ig)单体，其包含四个多肽链:两个重链和两个轻链。术语多肽也可以指二聚、三聚、四聚或五聚的Ig分子。
[0017]此外，在一些实施方案中，该SpA结合多肽不同于其他SpA抗体，这是因为其具有基于作为使用SpA变异体而不是SpA野生型蛋白作为抗原产生的抗体或来源于使用SpA变异体而不是SpA野生型蛋白作为抗原产生的抗体的性能。SpA突变体具有在A、B、C、D和/或E域中的1、2、3、 4和/或5个中的1、2、3、4、5或更多个变化。此外，如本文中所讨论的，这些SpA结合多肽能够特异性结合这类SpA变异体，包括但不限于如以下所讨论的在所有五个域中的KKAA域变异。
[0018]一些实施方案针对重组的肽，所述肽包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个氨基酸节段，所述氨基酸节段在长度上包含大约、至少或至多5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50个氨基酸，包括所有值和其间的范围，且所述氨基酸节段至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与葡萄球菌SpA的氨基酸节段(SEQID NO:1)相同。例如，来自葡萄球菌SpA的氨基酸节段可以来自不产生毒性的SpA突变体多肽(例如SpAkkaa)。各自通过引用并入本文中的PCT公开W02011/005341号和PCT申请PCT/US11/42845号提供大量的不产生毒性的SpA突变体多肽及其使用方法。在另外的方面，有特异性结合一个或更多个这些特定氨基酸节段的抗体。
[0019]实施方案还提供SpA抗体在用于处理细菌和/或葡萄球菌感染的方法和组合物中的用途。在一些实施方案中，组合物在用于治疗性和/或预防性处理细菌感染、尤其是葡萄球菌感染的药物的制造中使用。此外，在一些实施方案中，有可以用于处理(例如限制受试者中的葡萄球菌脓肿形成和/或持续)或预防细菌感染的方法和组合物。
[0020]一些方面涉及降低葡萄球菌感染或脓肿形成的方法，包括对具有或疑似具有葡萄球菌感染的患者施用有效量的一种或更多种经纯化的特异性结合葡萄球菌SpA多肽的多肽或蛋白质。预期该多肽(或蛋白质)由于其为具有抗体的一个或更多个CDR区域的氨基酸序列或来源于抗体的一个或更多个CDR区域的氨基酸序列的多肽或蛋白质而可以被称为抗体。在抗体的情况下本文中所讨论的任何实施方案可以关于多肽或蛋白质实施，只要多肽和蛋白质具有一个或更多个在来自能够特异性结合缺乏特异Ig结合活性的SpA变异体的抗体的⑶R的整个区域上具有至少60%同一性或同源性的氨基酸区域。SpA结合多肽可以是经纯化的多克隆抗体、经纯化的单克隆抗体、重组的多肽或其片段。在一些方面，多肽是人源化的抗体，其表示抗体的未变异部分已经改变以模拟人类抗体中所发现的恒定区。因此，预期人源化的抗体是具有非人类抗体的CDR序列(或至少来源于这类序列，即至少80%相同的氨基酸序列)的抗体。
[0021]在一些其他实施方案中，抗体是人类抗体。在仍另外的方面，抗体是重组的抗体节段。在一些方面，单克隆抗体包括在以下表1到2中和在表5中所述的5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 中的一种或更多种，通过引用并入此处。抗体或多肽可以以0.1、0.5、l、5、10、50、100mg或μ g/kg到5、10、50、100、500mg或μ g/kg的剂量来施用。重组的抗体节段可以有效地连接到第二重组抗体节段。在一些方面，第二重组抗体节段结合第二葡萄球菌蛋白。方法还可以包括施用结合第二葡萄球菌蛋白的第二抗体。在一些方面，方法还包括施用抗生素。
[0022]实施方案涉及单克隆抗体多肽，具有其一个或更多个节段的多肽和对其编码的多核苷酸。在一些方面，多肽可以包含SpA特异抗体的重链可变区和/或轻链可变区的全部或部分。在一个另外的方面，多肽可以包含对应于来自抗体、例如SpA特异抗体的轻可变链和/或重可变链的第一互补决定区(CDR)、第二互补决定区和/或第三互补决定区的氨基酸序列。另外，抗体或结合多肽可以具有结合区域，其包含与1、2、3、4、5或6个本文中所讨论的 CDR 序列具有、具有至少或具有至多 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或100%同一性或同源性(用保守的氨基酸替换)(或其中可推出的任意范围)的氨基酸序列，所述 CDR 序列包括任意的 SEQ ID N0:ll-13、21-23、31-33、41-43、51-53、61-63、71-73、81-83、91-93、96-98、111-113、116-118、126-128、131-133、16-18、26-28、36-38、46-48、56-58、66-68、76-78、86-88、101-103、106-108、121-123、136-138、141-143。在具体的实施方案中，具有本文中所公开的一个或更多个CDR的全部或部分的抗体已经在非CDR区域人源化。在另外的实施方案中，本文中所公开的⑶R区域可以每⑶R改变1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸，这可以取代人源化或在人源化以外进行。在一些实施方案中，改变可以是删除或添加1、2或3个氨基酸，或者其可以是任意氨基酸的替换，这可以用或可以不用为保守氨基酸的氨基酸。
[0023]在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或七个与对 CDR 所确定的共有序列具有 40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、100%同一性的CDR，例如表7到17中所示的。预期在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有对应于轻链可变区的⑶R1、⑶R2和⑶R3以及重链可变区的CDR1、CDR2和CDR3的氨基酸序列。如本文中所讨论的，对应于CDR的氨基酸序列可以具有与本文中所讨论的CDR—定百分比的同一性或同源性。在一些实施方案中，共有序列为SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:146、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ IDNO:150,SEQ ID N0:151、SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154,SEQ ID NO:155、SEQ ID NO: 156,SEQ ID NO: 157,SEQ ID NO: 158 或 SEQ ID NO: 159。在具体的实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有来自轻链可变区的CDRl、CDR2和/或CDR3的单克隆抗体的共有序列。可替代地或另外地，SpA结合多肽或抗体具有来自重链可变区的CDRl、CDR2和/或CDR3的单克隆抗体的共有序列。还预期SpA结合多肽或抗体可以具有基于共有序列和/或与特定⑶R有同一性或同源性的序列的⑶R的混合。
[0024]在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有一个或更多个关于3F6的共有序列。在具体的实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有来自轻链可变区的CDR1、CDR2和/或CDR3的3F6的共有序列。可替代地或另外地，SpA结合多肽或抗体具有来自重链可变区的CDRl、⑶R2和/或⑶R3的3F6的共有序列。
[0025]在一些实施方案中，SpA抗体或结合多肽包含至少40%与一个或更多个来自SpA结合抗体的抗体CDR域相同的氨基酸序列，其中该多肽特异性结合缺乏非特异性Ig结合活性的葡萄球菌蛋白A的至少两个SpA Ig结合域A、B、C、D和E。以下预期该方面的另外的实施方案。
[0026]在另外的实施方案中，预期了经纯化的特异性结合缺乏特异Ig结合活性的SpA变异体多肽的多肽，其中所述多肽对至少两个且最多五个SpA IgG结合域Akkaa、Bkkaa、Ckkm、Dkkaa和Ekkaa具有0.5X IO9M-1或更大的缔合常数。以下预期该实施方案的另外的实施方案。
[0027]在一些方面，多肽包含对应于MAb3Dll可变(VDJ)重链氨基酸序列QSGPELMKPGASVKISCKASGYSFTSYYMHWVKQSHGKSLEWIGYIDPFNGGTSYNQKFKGKATLTVDKSSSTAYMHLSSLTSEDSAVYYCARYGYDGTFYAMDYffGQGTSVTVSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。CDR是抗体内抗体与抗原的形状互补的区域。因此，CDR决定蛋白质对特定抗原的亲和性和特异性。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3Dll的可变重链的CDR，例如SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82和/或SEQ IDN0:83。在另外的实施方案中，抗体可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0028]在一些方面，多肽包含对应于MAb3Dll可变(VJ)轻链氨基酸序列RIVLTQSPAITAASLGQKVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKPffIYEISKLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAAIYYCQQffSIEEIFGSGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3Dll的可变轻链的CDR，例如SEQ ID NO:86, SEQ ID N0:87和/或SEQ ID N0:88。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0029]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb3Dll的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在 一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb3Dll的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0030]在一些方面，多肽包含对应于MAb3F6可变(VDJ)重链氨基酸序列EVQLVETGGGLVQPKGSLKLSCAASGFTFNTNAMNffVRQAPGKGLEffVARIRSKSNNYATYYADSVKDRFSISRDDSQNMLSLQMNNLKTEDTAIYYCYTEHYDYDYYYMDYffGQGTSYXSPQ的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3F6的可变重链的CDR，例如SEQ ID N0:51、SEQ ID N0:52和/或SEQ IDN0:53。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，另外地或可替代地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0031]在一些方面，多肽包含对应于MAb3F6可变(VJ)轻链氨基酸序列IVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3F6的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO:56,SEQ ID N0:57和/或SEQ ID NO:58。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0032]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb3F6的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb3F6的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0033]在一些方面，多肽包含对应于MAb5A10可变(VDJ)重链氨基酸序列EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFAFSNYDMSffVRQTPEKRLEffVATISSGGTYPYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQLSSLRSEDTALYYCARGGFLITTRDYYAMD YffGQGTSYTYSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb5A10的可变重链的CDR，例如SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12和/或SEQ IDNO: 13。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0034]在一些方面，多肽包含对应于MAb5A10可变(VJ)轻链氨基酸序列TIVLTQSPAMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMYffYQQKPGSSPRLLIYDTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQffSSYPPTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端,⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb5A10的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 16,SEQ ID NO: 17和/或SEQ ID NO: 18。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0035]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb5A10的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb5A10的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0036]在一些方面 ，多肽包含对应于MAb2F2可变(VDJ)重链氨基酸序列VKLVESGGDLVKPGGSLKLSCAASRFTFSSYVMSffVRQTPEKRLEffVASIGSGGTTYYPDTVKGRFTISRDNARNILYLQMSSLRSDDTAMYYCTRGRGYGFAffYFDVffGAGTTVTVSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自 MAb2F2 的可变重链的 CDR，例如 SEQID NO:96、SEQ ID N0:97 和 / 或 SEQ ID N0:98。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0037]在一些方面，多肽包含对应于MAb2F2可变(VJ)轻链氨基酸序列TIVLTQSPAMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMYffYQQKPGSSPRLLIYDTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQffSSYPPTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb2F2的可变轻链的 CDR,例如 SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 102 和 / 或 SEQ ID NO: 103。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。[0038]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb2F2的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb2F2的1、2、3、4、5或6个CDR具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0039]在一些方面，多肽包含对应于MAb4C5可变(VJ)轻链氨基酸序列DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVEYYGASLMQffYQQKSGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPNTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb4C5 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137 和 / 或 SEQ ID NO: 138。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR (添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0040]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb4C5的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb4C5的1、2、3、4、5或6个CDR具有至少70%的序列同一性或同 源性。
[0041]在一些方面，多肽包含对应于MAb4D5可变(VJ)轻链氨基酸序列EIVLTQSPAITAASLGQKVTITCSASSSVSYMHWYHQKSGTSPKPfflYETSKLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAAIYYCQQffSIEEIFGSGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb4D8的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 141,SEQ ID N0:142和/或SEQ ID NO: 143。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0042]在一些方面，多肽包含对应于MAb5All可变(VDJ)重链氨基酸序列EVQLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSDYYMYffVRQTPEKRLEffVATISDGGTYTYYPDSVKGRFTISRDNAKNNLYLQMSSLKSEDTAMYYCARDRDDYDEGPYFDYffGQGTTLTVSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb5All的可变重链的CDR，例如SEQ ID N0:91、SEQ ID NO:92和/或SEQ IDN0:93。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。[0043]在一些方面，多肽包含对应于MAb6B2可变(VJ)轻链氨基酸序列DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDYSGASLMQffYQHKPGQPPRLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb6B2 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122 和 / 或 SEQ ID NO: 123。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR (添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0044]在一些方面，多肽包含对应于MAb8E2可变(VDJ)重链氨基酸序列KVQLQQSGAGLVKPGASVKLSCKASGYTFTEYSIHWVKQSSGQGLEWIGWFYPGSGYIKYNEKFKDKATLTADKSSSTVYMEFSRLTSEDSAYYFCARHGYGNYYGYAMDYffGQGTSYTYSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb8E2的可变重链的CDR，例如SEQ ID N0:21、SEQ ID N0:22和/或SEQ IDN0:23。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0045]在一些方面，多肽包含对应于MAb8E2可变(VJ)轻链氨基酸序列DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASEIIYSYLAffYQQKQGKSPQLLVYFAKTLAEGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQPEDFGIYYCQHHYGTPYTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb8E2的可变轻链的CDR，例如SEQ ID NO:26, SEQ ID N0:27和/或SEQ ID N0:28。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0046]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb8E2的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb8E2的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0047]在一些方面，多肽包含对应于MAb3A6可变(VDJ)重链氨基酸序列QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYNFTDYSMHWVKQAPGKGLKffVGfflNTETAESTYADDFKGRFAFSLETSASTAYLQINSLKDEDTATFFCAHFDCffGQGTTLTVSS的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3A6 的可变重链的 CDR，例如 SEQ ID N0:31、SEQ ID N0:32 和 / 或 SEQ ID N0:33。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。[0048]在一些方面，多肽包含对应于MAb3A6可变(VJ)轻链氨基酸序列DVVMTQISLSLPVTLGDQASISCRASQSLVHSNGNTYLNffYLQKPGQSPKLLIHKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYFCSQITYVPffTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3A6 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO:36,SEQ ID N0:37 和 / 或 SEQ ID N0:38。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0049]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb3A6的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb3A6的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0050]在一些方面，多肽包含对应于MAb6Dll可变(VDJ)重链氨基酸序列QVQLQQSGAELVRPGTSVKVSCKASGNAFTNYLIEfflKQRPGQGLEfflGVINPGSGITNYNEKFKGKATLTADKSSNTAYMQLSSLSSDDSAYYFCSGSANffFAYffGQGTLYTVSA的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自 MAb6Dll 的可变重链的 CDR，例如 SEQ IDNO:71, SEQ ID N0:72 和/ 或 SEQ ID N0:73。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0051]在一些方面，多肽包含对应于MAb6Dll可变(VJ)轻链氨基酸序列HCAHPSPASLAVSLGQRASISCRASESVEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPVRFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb6Dll 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO:76, SEQ ID N0:77 和 / 或 SEQ ID N0:78。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR (添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0052]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb6Dll的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb6D11的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0053]在一些方面，多肽包含对应于MAb8D4可变(VDJ)重链氨基酸序列QVQLQQSGAELVRPGASVKISCKAFGSTFTNHHINffVKQRPGQGLDfflGYLNPYNDYTNYNQKFKGKATLTIDKSSSTAYLELSSLTSEDSAVYYCATITFDSQXQ的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和 ⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb8D4的可变重链的CDR,例如SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 112和/或SEQ ID NO: 113。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0054]在一些方面，多肽包含对应于MAblFlO可变(VDJ)重链氨基酸序列KELISSKSEEEKWPGTSVKVSCKASGNAFTNYLIEfflKQRPGQGLEfflGVINPGSGITNYNEKFKGKATLTADKSSNTAYMQLSSLSSDDSAYYFCSGSANffFAYffGQGTLYTVSA的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自 MAblFlO 的可变重链的 CDR，例如 SEQ IDNO:61、SEQ ID N0:62 和 / 或 SEQ ID N0:63。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0055]在一些方面，多肽包含对应于MAblFlO可变(VJ)轻链氨基酸序列的氨基酸序列的全部或部分。CDR 以黑体加下划线指明 CSPSPASLAVSLGQRATISCRASESVEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIKo 从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAblFlO的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 66,SEQ ID NO: 67和/或SEQ ID NO: 68。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0056]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAblFlO的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAblFlO的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0057]在一些方面，多肽包含对应于MAb4Cl可变(VJ)轻链氨基酸序列的氨基酸序列的全部或部分。CDR 以黑体加下划线指明 VLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESYEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK。从氡某到羧某末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb4Cl的可变轻链的 CDR,例如 SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107 和 / 或 SEQ ID NO: 108。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶ R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0058]在一些方面，多肽包含对应于MAb2B8可变(VJ)轻链氨基酸序列FFGVSLGQRASISCRASESVEYSGASLIQWYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPVRFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSIFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb2B8的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 126,SEQ ID N0:127和/或SEQ ID NO: 128。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0059]在一些方面，多肽包含对应于MAb2C3可变(VDJ)重链氨基酸序列EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSNYDMSffVRQTPEKRLEffVATISSGGTYPYYPDSVKGRFTISRDNAENTLYLQLSSLRSEDTALYYCARGGFLITTRDYYAMDYffGQGTSYTYSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb2C3的可变重链的⑶R，例如SEQ ID N0:131、SEQ ID N0:132和/或SEQ IDNO: 133。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0060]在一些方面，多肽包含对应于MAb7E2可变(VDJ)重链氨基酸序列QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYTFTDYSVHWVKQAPGKGLKWMAfflNTATGEPTFADDFKGRFAFSLETSARTAYLQINNLKNEDTATYFCAPQLTGPFAYffGHGTLVTVSA的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。CDR是抗体内抗体与抗原的形状互补的区域。因此，CDR决定蛋白质对特定抗原的亲和性和特异性。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或 3个来自 MAb7E2 的可变重链的 CDRji^BSEQ ID NO: 41, SEQ ID N0:42 和 / 或SEQ IDN0:43。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0061]在一些方面，多肽包含对应于MAb7E2可变(VJ)轻链氨基酸序列DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASENIHNYLAffYQQKQGKSPQLLVYNAKTLTDGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQAGDFGSYYCQHSffSIPYTFGGGTRLQIRR的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb7E2的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO:46,SEQ ID NO:47和/或SEQ ID NO:48。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0062]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb7E2的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb7E2的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0063]在仍另外的方面， 实施方案的多肽包含本文中所公开的任何氨基酸序列中的一个或更多个氨基酸节段。例如，多肽可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个氨基酸节段，其在长度上包含大约、至少或至多 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、
71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、
96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、I14、I15、
116、I17、I18、I19、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、
135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、
154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、
173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、
192、193、194、195、196、197、198、199或200个氨基酸，包括所有值和其间的范围，且所述氨基酸节段至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与本文中所公开的任意的氨基酸序列相同。在一些方面，氨基节段选自如表5中所提供的SpA结合抗体的氨基酸序列中之一 O
[0064]在仍另外的方面，实施方案的多肽包含本文中所公开的任何氨基酸序列的氨基酸节段，其中所述节段在本文中所提供的任何序列中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199 或 200 位氨基酸处开始，并在相同的所提供序列中的的 4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、
47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、
72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、
97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、
117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、
136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、
155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、
174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、
193、194、195、196、197、198、199或200位氨基酸处结束。在一些方面，氨基节段或其部分选自如表5中所提供的SpA结合抗体的氨基酸序列中之一。
[0065]在仍另外的方面，实施方案的多肽包含至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与(如表5中所提供的)SpA结合抗体的V、VJ、VDJ、D、DJ、J或⑶R域相同的氨基酸节段。例如，多肽可以包含1、2或3个至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与如表5中所提供的SpA结合抗体的CDRl、2和/或3相同的氨基酸节段。
[0066]在另外的方面，实施方案的核酸分子包含本文中所公开的任何核酸序列中的一个或更多个核酸节段。例如，核酸分子可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个核酸节段，其在长度上包含大约、至少或至多 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、I10、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、300、400、500、550、1000或更多个核酸，包括所有值和其间的范围，且所述核酸节段至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100% (或其中可推出的任何范围)与本文中所公开的任意的核酸序列相同。在一些方面，核酸节段选自对如表5中所提供的SpA结合抗体的部分编码的核酸序列中之一。
[0067]在仍另外的方面，实施方案的核酸分子包含至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与对如表5中所提供的SpA结合抗体的V、VJ、VDJ、D、DJ、J或⑶R域编码的序列相同的核酸节段。例如，核酸分子可以包含1、2或3个至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与对如表5中所提供的SpA结合抗体的CDR1、2和/或3编码的序列相同的核酸节段。
[0068]在仍另外的方面，一些实施方案提供产生单克隆抗体的杂交瘤细胞系。在一些实施方案中，杂交瘤细胞系是产生5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8或1H7单克隆抗体的系，其中的一种或更多种可以沉积。在另一方面，1、2和/或3个来自MAb的轻链可变区和/或重链可变区的⑶R可以包含在人源化的抗体或其变异体中。在其他实施方案中，预期其中结合多肽能够结合至少两种不同抗原的双特异性抗体。
[0069]一些方面涉及处理具有或疑似具有葡萄球菌感染的受试者的方法,包括对具有或疑似具有葡萄球菌感染的患者施用有效量的经纯化的特异性结合葡萄球菌蛋白A的抗体或结合多肽。
[0070]在另一方面，方法涉及处理处于葡萄球菌感染风险中的受试者的方法，包括在被葡萄球菌感染之前对处于葡萄球菌感染风险中的患者施用有效量的结合葡萄球菌蛋白A多肽的抗体或结合多肽。
[0071]预期在这些实施方案中使用的抗体或结合多肽包括能够降低细菌负荷、增加存活、减少细菌脓肿、给予保护性免疫、减少抗生素使用天数、降低脓毒症或败血症的风险、降低休克的风险或提供一些其他保护效果的那些。
[0072]某些实施方案针对抗体或结合多肽组合物，其包含分离的和/或重组的特异性结合如上所述的肽节段的抗体或多肽。在一些方面，抗体或多肽具有其中、其中至少或其中至多80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与本文中所提供的任何单克隆抗体的全部或部分相同的序列。在仍另外的方面，分离的和/或重组的抗体或多肽具有、具有至少或具有至多 10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100或更多个来自本文中所提供的任意序列或这些序列的组合的连续氨基酸。
[0073]在另外的实施方案中，有包含本文中所讨论的一种或更多种多肽或抗体或抗体片段的药物组合物。这种组合物可以含有或不含有额外的活性成分。
[0074]在一些实施方案中，有基本上由包含一种或更多种本文中所讨论的抗体片段的多肽组成的药物组合物。预期组合物可以含有非活性成分。
[0075]一些方面涉及核酸分子，其对特异性结合SpA或不产生毒性的SpA变异体的抗体的重链可变区和/或轻链可变区编码。
[0076]其他方面涉及药物组合物，其包含有效抗菌量的特异性结合上述肽的抗体和药物可接受的载体。
[0077]术语“提供”根据其普通含义使用以表示“供给或供应以便使用”。在一些实施方案中，蛋白质直接通过施用包含本文中所述的抗体或其片段的组合物来提供。
[0078]受试者一般会具有(例如诊断为具有持续性葡萄球菌感染)、会疑似具有葡萄球菌感染，或处于患上葡萄球菌感染的风险中。组合物包含有效量的SpA结合多肽以达到预期目的-葡萄球菌感染的处理 或防护。术语“结合多肽”是指与目标分子特异性结合的多肽，例如抗体与抗原的结合。结合多肽可以但是不必来源于免疫球蛋白基因或免疫球蛋白基因的片段。更具体地，有效量表示提供对感染的抵抗、减轻或缓解必需的活性成分的量。在更具体的方面，有效量预防、缓和或减轻疾病或感染的症状，或者延长被处理的受试者的存活。有效量的确定完全在本领域技术人员的能力范围内，尤其根据本文所提供的详细公开。对于本文中所述方法中使用的任何制剂，有效的量或剂量可以首先由体外试验、细胞培养试验和/或动物模型试验来估计。例如，剂量可以以动物模型来配制以获得期望的反应。这种信息可以用于更准确地确定对人类有用的剂量。
[0079]组合物可以包含结合SpA的抗体或细胞。抗体可以是抗体片段、人源化的抗体、单克隆抗体、单链抗体等。在一些方面，通过提供导致产生在受试者中结合SpA的抗体的SpA肽或抗原或表位来引发SpA抗体。SpA抗体一般配制到药物可接受的组合物中。SpA抗体组合物还可以包含更多葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种抗体。葡萄球菌抗原包括但不限于Eap、Ebh、Emp> EsaB、EsaC、EsxA、EsxB、IsdA、IsdB、SdrC、SdrD> SdrE> ClfA、ClfB、Coa、Hla (例如H35突变体)、IsdC、SasF、vWbp、SpA及其变异体(参见2009年4月3日提交的美国临时申请61/166，432号；2009年4月20日提交的61/170，779 ;和2009年10月6日提交的61/103，196 ;其每一个都通过引用完整地并入本文中)、52kDa玻连蛋白结合蛋白(WOO 1/60852)、Aaa (GenBank CAC80837)、Aap (GenBank 登录号 AJ249487)、Ant (GenBank登录号NP_372518)、自溶素氨基葡萄糖苷酶、自溶素酰胺酶、Cna、胶原蛋白结合蛋白(US6288214)、EFB (FIB)、弹性蛋白结合蛋白(EbpS)、EPB、FbpA、血纤蛋白原结合蛋白(US6008341)、纤连蛋白结合蛋白(US5840846)、FnbA、FnbB、GehD(US2002/0169288)、HarA、HBP、免疫显性的ABC转运体、IsaA/PisA、层粘连蛋白受体、脂肪酶GehD、MAP、Mg2+转运体、MHC II 类似物(US5648240)、MRPII, Npase, RNA III 活化蛋白(RAP)、SasA, SasB, SasC,SasD, SasK, SB1、SdrF (W000/12689)、SdrG/Fig (W000/12689)、SdrH(W000/12689)、SEA 外毒素(W000/02523)、SEB 外毒素(W000/02523)、SitC 和 Ni ABC 转运体、SitC/MntC/ 唾液结合蛋白(US5，801，234)、SsaA、SSP-1、SSP-2和/或玻连蛋白结合蛋白(参见PCT公开W02007/113222、W02007/113223、W02006/032472, W02006/032475, W02006/032500，其每一个都通过引用完整地并入本文中)。葡萄球菌抗原或致免疫的片段或节段可以与SpA抗体同时施用。葡萄球菌抗原或致免疫的片段以及SpA抗体可以在相同或不同的组合物中并且同时或不同时地施用。[0080]SpA抗体组合物还可以包含更多葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18 或 19 种抗体、抗体片段或抗体亚片段。这类抗体、抗体片段或亚片段所针对的葡萄球菌抗原包括但不限于Eap、Ebh、Emp、EsaB、EsaC、EsxA、EsxB、IsdA、IsdB、SdrC、SdrD, SdrE, ClfA、ClfB、Coa、Hla (例如 H35突变体)、IsdC、SasF、vffbp, SpA及其变异体(参见2009年4月3日提交的美国临时申请61/166，432号；2009年4月20日提交的61/170，779 ；和2009年10月6日提交的61/103，196 ;其每一个都通过引用完整地并入本文中)、52kDa玻连蛋白结合蛋白(WOO 1/60852)、Aaa (GenBank CAC80837)、Aap (GenBank 登录号 AJ249487)、Ant (GenBank登录号NP_372518)、自溶素氨基葡萄糖苷酶、自溶素酰胺酶、Cna、胶原蛋白结合蛋白(US6288214)、EFB(FIB)、弹性蛋白结合蛋白(EbpS)、EPB、FbpA、血纤蛋白原结合蛋白(US6008341)、纤连蛋白结合蛋白(US5840846)、FnbA、FnbB、GehD(US2002/0169288)、HarA、HBP、免疫显性的ABC转运体、IsaA/PisA、层粘连蛋白受体、脂肪酶GehD、MAP、Mg2+转运体、MHC II 类似物(US5648240)、MRPII, Npase, RNA III 活化蛋白(RAP)、SasA, SasB, SasC,SasD, SasK, SB1、SdrF (W000/12689)、SdrG/Fig (W000/12689)、SdrH(W000/12689)、SEA 外毒素(W000/02523)、SEB 外毒素(W000/02523)、SitC 和 Ni ABC 转运体、SitC/MntC/ 唾液结合蛋白(US5，801，234)、SsaA、SSP-1、SSP-2和/或玻连蛋白结合蛋白(参见PCT公开W02007/113222、W02007/113223、W02006/032472, W02006/032475, W02006/032500，其每一个都通过引用完整地并入本文中)。其他葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的抗体、抗体片段或抗体亚片段可以与SpA抗体同时施用。其他葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的抗体、抗体片段或抗体亚片段可以在相同或不同的组合物中并且同时或不同时地施用到SpA抗体。
[0081]如本文中所使用的，术语“调节”包含词语“抑制”的意思。活性的“调节”是活性的降低。如本文中所使用的，术语“调节剂”是指影响葡萄球菌细菌的功能的化合物，包括蛋白质、核酸、基因、或生物体等的增强、抑制、向下调整或阻抑。
[0082]实施方案包括含有或不含有细菌的组合物。组合物可以包含或可以不包含毒性减弱的或有活力的或完整的葡萄球菌细菌。在一些方面，组合物包含非葡萄球菌细菌或不含有葡萄球菌细菌的细菌。在一些方面，细菌组合物包含分离的或重组表达的SpA抗体或对其编码的核酸。在仍另外的方面，SpA抗体多聚化，例如二聚、三聚、四聚等。
[0083]在一些方面，肽或抗原或表位可以呈现为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个肽节段或肽模拟物的多聚体。[0084]术语“分离的”可以指基本没有其起源的细胞材料、细菌材料、病毒材料或培养基(当通过重组DNA技术产生时)或者化学前驱体或其他化学品(当化学合成时)的核酸或多肽。此外，分离的化合物是指可以以分离的化合物施用到受试者的化合物；换句话说，当化合物粘附到柱上或嵌入在琼脂糖凝胶中时，其不可以简单地被认为是“分离的”。此外，“分离的核酸片段”或“分离的肽”是非天然地以片段形式出现的和/或一般未处于功能状态的核酸或蛋白片段。
[0085]组合物，例如抗体、肽、抗原或免疫原可以共价或非共价地缀合或连接到其他部分，例如佐剂、蛋白质、肽、载体、荧光部分或标记物。术语“缀合”或“免疫缀合”广泛地用于限定一个部分与另一试剂的有效缔合，并不打算仅指任何类型的有效缔合，并且不特别地限于化学“缀合”。特别地预期了重组的融合蛋白。
[0086]术语“ SpA抗体”是指结合来自葡萄球菌细菌的SpA蛋白的多肽。
[0087]在另外的方面，组合物可以施用给受试者超过一次，并可以施用1、2、3、4、5、6、7、
8、9、10、15、20或更多次。组合物的施用包括但不限于经口的、肠胃外的、皮下的和静脉内的施用，或其各种组合，包括吸入或抽吸。
[0088]组合物一般对人类受试者施用，但是预期对能够提供对抗葡萄球菌细菌的治疗益处的其他动物的施用，特别是牛、马、山羊、绵羊和其他家畜，即哺乳类动物。在另外的方面，葡萄球菌细菌是金黄色葡萄球菌。在仍另外的方面，方法和组合物可以用于预防、减轻、减少或处理组织或腺体的感染，例如乳腺感染、特别是乳腺炎和其他感染。其他方法包括但不限于预防地降低未显示感染迹象的受试者中的细菌负荷，特别是那些疑似目标细菌定殖到的受试者或者处于目标细菌定殖风险的受试者，例如在住院、治疗和/或康复期间处于或会处于感染风险或者易于或 会易于受感染的患者。
[0089]仍另外的实施方案包括用于为受试者提供对抗葡萄球菌细菌的保护性或治疗性组合物的方法，包括对受试者施用有效量的包括(i)SpA抗体；或(ii)对其编码的核酸分子的组合物；或(iii)施用具有本文中所述的细菌蛋白的任何组合或排列的SpA抗体。
[0090]实施例部分的实施方案应理解为适用于本发明的所有方面的实施方案，包括组合物和方法。
[0091]术语“或”在权利要求中的使用用于表示“和/或”，除非明确地说明是仅指替代性的，或替代是相互排斥的，尽管公开支持仅指替代和“和/或”的定义。还预期使用术语“或”所列出的任何事物也可以特别地排除在外
[0092]在本申请全文，术语“约”用于表明数值包括确定数值使用的装置或方法的误差的标准差。
[0093]根据长期存在的专利法，当在权利要求书或说明书中和词语与“包括”一起使用时如果没有数量词限定则表示一个或更多个，除非明确地说明。
[0094]如本说明书和权利要求书所用，单词“包含”、“具有”、“包括”或“含有”是包括性的或开放式的，并且不排除附加的、未列举的要素或方法步骤。
[0095]本发明的其他目的、特征和优点通过下面的详细描述会变得显而易见。
[0096]然而，应该理解详细的说明和具体的实施例尽管表明本发明的具体实施方案，但是仅通过举例说明给出，这是因为在本发明的精神和范围内的各种变化和修改通过该详细说明对本领域技术人员会变得明显。【专利附图】
【附图说明】
[0097]更具体的描述和以上简要概括的本发明的某些实施方案在附图中进行说明，使得其中本发明的上述特征、优点和目的以及其他会变得清楚并可以详细地理解。这些附图形成说明书的一部分。然而应注意，【专利附图】
【附图说明】本发明的一些实施方案，并因此不被认为是限定其范围。
[0098]图1 =SpAkkaa-特异的单克隆抗体(mAb)保护小鼠免受MRSA感染。通过利用同型对照(IgG2a)或ZOmg.!^1的SpAKKAA-mAb (3F6)的腹腔内注射使动物群组(n=10)免疫。在免疫后24小时，用5 X IO6CFU的金黄色葡萄球菌MW2来攻击动物。(A)在攻击后15天，使动物安乐死以计算肾脏中葡萄球菌负荷的数目。(B)分析受感染15天小鼠的血清样品中葡萄球菌抗原基质(ClfA，聚集因子A ;ClfB，聚集因子B ;FnBPA，纤连蛋白结合蛋白A;FnBPB，纤连蛋白结合蛋白B ;IsdA,铁表面决定子A ;IsdB,铁表面决定子B ;SdrD,丝氨酸-天冬氨酸重复蛋白D ;SpAKKAA，不产生毒性的葡萄球菌蛋白A ;Coa，凝固酶；EsxA，Ess [ESAT-6 (早期分泌抗原目标6kDa)]分泌系统]细胞外基质A ；EsxB,Ess [ESAT-6 (早期分泌抗原目标6kDa)]分泌系统]细胞外基质B;Hla，α-溶血素；LukD，杀白细胞素D ;vWbp，von Willebrand结合蛋白)的抗体。数值代表来自经mAb3F6处理的动物的样品相对于同型对照动物血清样品的增加倍数(对于IgG2a来说n=7，对于3F6来说n=8)。数据是平均值，误差条代表土 SEM。A-B中的结果代表两次独立的分析。
[0099]图2:蛋白A特异的单克隆抗体的亲和力。单克隆抗体利用渐增浓度(0-4M)的硫氰酸铵来培养以扰乱(A)IgG1同型单克隆抗体、(B)IgG2a同型单克隆抗体和(C)IgG2b同型单克隆抗体中的抗原-抗体特异相互作用。数据是平均值，误差条代表土SEM。A-C中的结果代表三次独立的分析。
[0100]图3:SpAkkaa-特异的mAb结合野生型蛋白A。⑷检查固定化的野生型蛋白A(SpA)与同型对照抗体(IgGp IgG2a或IgG2b)或SpAkkaa-特异的mAb (5A10、3F6和3D11)的结合的ELISA0 (B)辣根过氧化物酶(HRP)缀合 SpAkkaa特异的 mAb (5AIO-HRP、3F6_HRP 和 3D11-HRP)与固定化的SpAkkaa的缔合在读板仪实验中进行检查，其中SpAkkaa先利用同型对照抗体(IgGp IgG2a或IgG2b)或三种不同的SpAkkaa-特异的mAb(5A10、3F6和3D11)来培养以评价结合相同或密切相关的位点的抗体的竞争性抑制的可能性(n=3)。测量OD4tl5nm处的值并将其按SpAkkaa与HRP缀合SpA特异的mAb的相互作用进行归一化。数据是平均值，误差条代表土SEM。图A和B中的数据代表三次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0101]图4:SpAKKAA-mAb阻止葡萄球菌蛋白A与免疫球蛋白的缔合。㈧同型对照抗体或SpAKKAA-mAb用于扰乱人类IgG向固定在ELISA板上的蛋白质(野生型SpA，或缺乏结合Fcy (SpAkk)或Fab(SpAiu)的能力的变异体)的结合。数值按没有抗体的蛋白A与人类IgG的相互作用进行归一化(n=4)。(B)葡萄球菌生长到中对数期，并利用同型对照抗体或mAb3F6培养，然后添加2 μ g野生型Sbi1+在培养后，使用经亲和纯化的a -SpAkkaa兔抗体通过免疫印迹来测量Sbip4消耗。数值按没有抗体的Sbiy沉降(无Ab)进行归一化。(C)将经亲和纯化的SpAQOOljg)注射到用85^(51? ^kg-1)的同型对照抗体或mAb 3F6预处理的小鼠的腹膜腔中。在指示的时间点使动物安乐死以用经亲和纯化的a-SpAmA兔抗体通过免疫印迹来测量循环血液中SpA的量(每时间点n=3)。数值按O分钟处注射的SpA的总量进行归一化。数据是平均值，误差条代表土SEM。A-C中的结果代表两次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0102]图5:SpAKKAA-mAb促进小鼠和人类血液中金黄色葡萄球菌的调理吞噬杀灭。(A)来匹卢定(Lepirudin)抗凝血的小鼠血液在同型小鼠抗体对照或SpAKKM_mAb Ollg mr1)的存在下利用5 X IO5CFU金黄色葡萄球菌Newman来培养30分钟，并进行存活测量(n=3)。(B)来匹卢定抗凝血的人类全血在同型小鼠抗体对照或SpAKKAA-mAb(10ug ml-1)的存在下利用5 X IO6CFU金黄色葡萄球菌丽2来培养120分钟，并进行存活测量(η=3)。(C-H)在培养抗凝血的人类血液中的葡萄球菌60分钟时，在用小鼠同型抗体对照(灰色箭头)培养的样品中检测到胞外葡萄球菌簇，而在用SpAKKAA-mAb培养的样品中的中性粒细胞(黑色箭头)内发现葡萄球菌。数据是平均值，误差条代表土SEM。A-H中的结果代表三次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0103]图6:通过mAb3F6产生蛋白A特异的免疫应答。通过ELISA来测量已经接收20 μ g的蛋白 A 变异体(SpA、SpAKK、SpAM> SpAkkaa 和 PBS)和 85 μ g 的 mAb3F6 ( 一种 IgG2a 抗体)或其同型对照的混合物的动物(每组n=5)中的蛋白A特异的抗体滴度。免疫滴度按其同型对照标准进行归一化。数据是平均值，误差条代表土SEM。结果代表两次独立的分析。
[0104]图7:人类免疫球蛋白片段与蛋白A变异体的相互作用。通过ELISA来分析固定化的蛋白A变异体(野生型SpA、SpAffi, SpAaa或SpAkkaa)与人类免疫球蛋白(hlgG)以及其Fe或F(ab)2片段的缔合，并将其按SpA与人类IgG的相互作用进行归一化。SpA变异体的统计显著性与SpA与每一配体(人类IgG、Fc或F(ab)2片段，n=4)的结合进行比较。数据是平均值，误差条代表土SEM。结果代表三次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0105]图8A-B:SpAKKAA mAb⑶R比对。使用ClustalW2比对来自从杂交瘤细胞系免疫球蛋白基因获得的CDR(互补决定区)的氨基酸序列。*(星号)表示具有单个、完全保守的残基的位置。:(冒号)表示具有强地相似性质-在Gonnet PAM250矩阵中评分>0.5的基团之间的保守。.(句号)表示具有弱地相似性质-在Gonnet PAM250矩阵中评分=〈0.5的基团之间的保守。基于鼠科肾脓肿模型中CFU减少的mAb等级在mAb标识前显示为上标。表明小鼠IgG同型。AVFPMILW-小的(小的+疏水的(包括芳香的-Y))，DE-酸性的，RK-碱性的—H，STYHCNGQ-羟基+巯基+胺+G。
[0106]图9 =SpA单克隆抗体(Spa27)不能引发小鼠中的保护性免疫。㈧检查SpA-mAb (Spa27)和SpAKKAA-mAb (3F6)与固定化的野生型蛋白A (SpA)和缺乏经由Fe Y (SpAffi)、Fab (SpAaa)或Fe Y和Fab (SpAkkaa)的免疫球蛋白结合的变异体的缔合的ELISA (n=3)。(B)通过利用 5 或 50mg.k,的 3F6、5mg.k；1 的 Spa27、或者模拟物(PBS)的腹腔内注射使动物群组(n=9-15)免疫。在免疫后二十四小时，用5X IO6CFU的金黄色葡萄球菌USA300来攻击动物。(A)在攻击后四天，使动物安乐死以计算肾脏中葡萄球菌负荷的数目。
[0107]图10A-E:mAb358A76.1特异性识别葡萄球菌蛋白A的E域。ELISA检查(A)mAbs358A76.1和(B) 3F6与固定化的不产生毒性的蛋白A变异体(SpAkkaa)、各免疫球蛋白结合域和Ckkaa)以及来源于Ekkaa免疫球蛋白结合域(IgBD)的三种螺旋线(Η1、Η2、Η3、Η1+ 2、Η2+3)的合成线性肽的缔合。(C)蛋白A的五种IgBD的氨基酸序列的比对揭示在与其余四种IgBD的保守氨基酸残基不同的E域中的氨基酸残基(虚线框)。在不产生毒性的蛋白A内替换的氨基酸残基通过灰色框来标识。(D)氨基酸序列同源性水平使用ClustalW来比较，数字代表免疫球蛋白结合域之间的氨基酸同源性的百分比。(E)辣根过氧化物酶(HRP)缀合的mAb (358A76.1-HRP和3F6-HRP)与固定在ELISA板中的SpAkkaa的结合在读板仪实验中进行评价，其中SpAkkaa先利用同型对照抗体(IgG2a)或mAb(358A76.1和3F6)来培养以确定结合相同或密切相关的位点的抗体的竞争性抑制。记录OD4tl5nm处的数值并将其按SpAkkaa与HRP缀合SpA特异的mAb的相互作用进行归一化。
[0108]图1lA-B =SpA单克隆抗体358A76.1不能引发小鼠中的保护性免疫。㈧通过利用5mg -k；1的模拟物(IgG2a同型对照mAb)、mAb358A76.1或mAb3F6的腹腔内注射使动物群组(n=10)免疫。在免疫后二十四小时，用5X IO6CFU的金黄色葡萄球菌USA300经由静脉内接种来攻击动物。在攻击后四天，使动物安乐死以计算肾脏中葡萄球菌负荷的数目。(B)抗凝血的小鼠血液在IgG2a同型对照mAb、mAb358A76.1或mAb3F6 (IOlig.πm1)的存在下利用5 X IO5CFU金黄色葡萄球菌USA300 (LAC)来培养30分钟；测量葡萄球菌存活。(C)同型对照抗体、mAb358A76.1或mAb3F6用于扰乱人类IgG与固定在ELISA板上的野生型蛋白A(SpA)的结合。数值按不存在抗体的蛋白A与人类IgG的相互作用进行归一化。
【具体实施方式】
[0109]金黄色葡萄球菌是人类皮肤和鼻孔的共生体，并且是血流、皮肤和软组织感染的主要原因(Klevens等，2007)。葡萄球菌疾病死亡率最近急剧的增长是因为耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株的传播,所述菌株通常不易受抗生素的影响(Kennedy等，2008)。在一个大的回顾研究中，MRSA感染的发病率为美国所有入院中的4.6%(KleVens等，2007)。在美国用于94300个受感染的个体的年度医疗保健费用超过24亿美元(Klevens等，2007)。目前的MRSR 传染病已经引发了必须通过开发预防性疫苗来解决的公共卫生危机(Boucher和Corey，2008)。迄今为止，无法获得FDA批准的预防金黄色葡萄球菌的疫苗。
[0110]本发明人在此描述了葡萄球菌蛋白A结合抗体及其抗原结合决定子。特别地，已经使用缺乏毒性(Fcy相互作用)和针对B细胞的超级抗原活性(Fab相互作用)两者的SpA突变体蛋白制造了一批单克隆抗体。发现许多抗体以高亲和性和特异性与SpA相互作用。重要地，抗体能够抵消葡萄球菌蛋白A的分子机制。另外，当对动物施用时，抗体减少在用毒性的金黄色葡萄球菌攻击后的细菌负荷和脓肿形成。因为这些分子能够阻碍SpA的免疫抑制作用，所以这些抗体还可以增强在葡萄球菌感染后的宿主免疫应答。因此，实施方案的SpA结合分子提供一种新型且有效的途径来处理或预防葡萄球菌疾病。
[0111]1.SPA 多肽
[0112]实施方案的一些方面涉及SpA多肽，例如本文以SEQ ID N0:1所提供的野生型SpA0然而，在一些方面，实施方案涉及突变或变异的SpA多肽，例如缺乏B细胞超级抗原活性和/或非特异性免疫球蛋白结合活性(即结合不依赖于Ig的CDR序列的Ig)的多肽。特别地，一些实施方案涉及与缺乏B细胞超级抗原活性和/或非特异性免疫球蛋白结合活性的SpA多肽特异性结合的多肽(例如包含抗体CDR域的多肽)。
[0113]蛋白A的N端部分由四个或五个56-61个氨基酸残基免疫球蛋白结合域(IgBDA-E)构成；根据实施方案使用的SpA变异体可以是例如包含变异的A、B、C、D和/或E域的全长的SpA变异体。在一些方面，SpA变异体包含与SEQ ID NO: 7的氨基酸序列80%、90%、95%、98%、99%或100%相同的氨基酸序列，或由其构成。在其他的实施方案中，SpA变异体包含SpA的节段。SpA节段可以包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个IgG结合域。IgG域可以是至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的A、B、C、D或E域。在一些方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的A域。在另一方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的B域。在仍另外的方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的C域。在又一另外的方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的D域。在一些方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的E域。在另一方面，SpA变异体包含各种组合和排列的A、B、C、D和E域的组合。组合可以包括SpA信号肽节段、SpA区域X节段和/或SpA类别信号节段的全部或部分。在其他方面，SpA变异体不包括SpA信号肽节段、SpA区域X节段和/或SpA类别信号节段。在一些方面，变异的A域包含在SEQ ID N0:4的7、8、34和/或35位的替换。在另一方面，变异的B域包含在SEQ ID NO:6的7、8、34和/或35位的替换。在仍另外的方面，变异的C域包含在SEQID NO:5的7、8、34和/或35位的替换。在一些方面，变异的D域包含在SEQ ID NO:2的9、10、36和/或37位的替换。在另一方面，变异的E域包含在SEQ ID NO: 3的6、7、33和/或34位的替换。
[0114]在一些方面，SpA域D变异体或其等价物可以包含在SEQ ID N0:2的9和36位；9和37位；9和10位；36和37位；10和36位；10和37位;9、36和37位;10、36和37位，
9、10和36位；或9、10和37位的突变。在另一方面，类似的突变可以包含在域A、B、C或E中的一个或更多个中。
[0115]在另外的方面，SEQ ID NO: 2的9位的氨基酸谷氨酰胺(Q)(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、天冬氨酸(D)、半胱氨酸(C)、谷氨酸(E)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸(Y)取代。在一些方面，9位的谷氨酰胺可以用精氨酸(R)替换。在另一方面，SEQ ID N0:2的9位的谷氨酰胺或其等价物可以用赖氨酸或甘氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0116]在另一方面，SEQ ID NO: 2的10位的氨基酸谷氨酰胺(Q)(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、天冬氨酸(D)、半胱氨酸(C)、谷氨酸(E)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸(Y)取代。在一些方面，10位的谷氨酰胺可以用精氨酸(R)替换。在另一方面，SEQ ID N0:2的10位的谷氨酰胺或其等价物可以用赖氨酸或甘氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0117]在一些方面，SEQ ID NO: 2的36位的天冬氨酸⑶(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、精氨酸(R)、半胱氨酸(C)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸⑴取代。在一些方面，36位的天冬氨酸可以用谷氨酸(E)替换。在一些方面，SEQ ID NO: 2的36位的天冬氨酸或其等价物可以用丙氨酸或丝氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0118]在另一方面，SEQ ID NO: 2的37位的天冬氨酸⑶(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、精氨酸(R)、半胱氨酸(C)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸⑴取代。在一些方面，37位的天冬氨酸可以用谷氨酸(E)替换。在一些方面，SEQ ID NO: 2的37位的天冬氨酸或其等价物可以用丙氨酸或丝氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0119] 在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的9位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID N0:2的9位的氨基酸被甘氨酸取代。在另一方面，SEQ ID N0:2的9位的氨基酸被赖氨酸取代。
[0120]在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的10位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID N0:2的10位的氨基酸被甘氨酸取代。在另一方面，SEQ ID NO:2的10位的氨基酸被赖氨酸取代。
[0121]在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的36位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID NO: 2的36位的氨基酸被丝氨酸取代。在另一方面，SEQ ID NO:2的36位的氨基酸被丙氨酸取代。
[0122]在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的37位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID NO: 2的37位的氨基酸被丝氨酸取代。在另一方面，SEQ ID NO:2的37位的氨基酸被丙氨酸取代。
[0123]在一些方面，SpA变异体包括(a)在SpA域A、B、C、D和/或E的IgG Fe结合子域中破坏或降低与IgG Fe的结合的一个或更多个氨基酸替换、和(b)在SpA域A、B、C、D和/或E的Vh3结合子域中破坏或降低与Vh3的结合的一个或更多个氨基酸替换的替换。在仍另外的方面，SpA变异体的氨基酸序列包含至少50%、60%、70%、80%、90%、95%或100% (包括其间的所有值和范围)与SEQ ID NO:2-6的氨基酸序列相同的氨基酸序列。
[0124]在另一方面，SpA变异体包括(a)在SpA域D的IgG Fe结合子域中或在其他IgG域中相应的氨基酸位置处破坏或降低与IgG Fe的结合的一个或更多个氨基酸替换，和(b)在SpA域D的Vh3结合子域中或在其他IgG域中相应的氨基酸位置处破坏或降低与Vh3的结合的一个或更多个氨基酸替换。在一些方面，对域D的IgG Fe结合子域的氨基酸残基F5、Q9、Q10、S11、F13、Y14、L17、N28、131 和 / 或 K35 (SEQ ID NO: 2, QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNES)进行改性或替换。在一些方面,对域D的VH3结合子域的氨基酸残基Q26、G29、F30、S33、D36、D37、Q40、N43和/或E47(SEQ ID NO:2)进行改性或替换，使得与Fe或Vh3的结合减弱。在另外的方面，相应的改性或替换可以在域A、B、C和/或E的相应位置中进行。相应的位置通过比对域D氨基酸序列与来自SpA的其他IgG结合域的一种或更多种氨基酸序列来限定。在一些方面，氨基酸替换可以是其他20中氨基酸中的任何种。在另一方面，保守性的氨基酸替换可以特别地从可能的氨基酸替换中排除。在其他方面，仅包括非保守性的替换。在任何情况下，预期降低域的结合使得SpA毒性显著降低的任何替换或替换的组合。结合降低的显著性是指当引入到受试者中时产生最低毒性到不产生毒性的变异体，并且可以使用本文所述的体外方法进行评价。
[0125]在一些实施方案中，变异的SpA包含至少或至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个变异的 SpA 域 D 肽。在一些方面，对变异 SpA 的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19或更多个氨基酸残基进行替换或改性-包括但不限于域D的IgG Fe结合子域的氨基酸F5、Q9、Q10、S11、F13、Y14、L17、N28、I31和/或K35(SEQ ID NO:2)和域D 的 Vh3 结合子域的氨基酸残基 Q26、G29、F30、S33、D36、D37、Q40、N43 和 / 或 E47 (SEQ IDN0:2)。在一个方面，使SEQ ID N0:2的9位和/或10位的谷氨酸残基(或其他域中的相应位置)突变。在另一方面，使SEQ ID NO: 2的天冬氨酸残基36和/或37 (或其他域中的相应位置)突变。在另一方面，使谷氨酸9和10以及天冬氨酸残基36和37突变。经纯化的本文所述的不产生毒性的SpA或SpA-D突变体/变异体不再能够显著地结合(即证明衰减的或被破坏的结合亲和性)Fe Y或F(ab)2VH3，也不刺激B细胞凋亡。
[0126]预期SpA的变异体还可以在域A、B、C和/或E中包括与上述域D中相同的变异。在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体可以与在域A、B、C、D和E的每个中具有本文所述的KKAA变异的SpA变异体结合。在另外的实施方案中，相同的SpA结合多肽或抗体还可以与在每个域中具有GGSS变异而不是KKAA的变异体结合。另外，在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体可以与变异的Sbi抗原结合，所述变异的Sbi抗原如在SpA中一样在其域的一个或更多个上发生改 变。这样的实例不于图4中。
[0127]此外，预期本文所述的SpA结合多肽或抗体可以能够在结合免疫球蛋白Fe或Fab区域方面与SpA竞争，或可以阻止免疫球蛋白功能的SpA破坏。还预期本文所述的SpA结合多肽或抗体可以或能够扰乱免疫球蛋白功能的SpA破坏或与免疫球蛋白Fe或Fab区域的SpA结合。在一些实施方案中，该性质使得治疗性化合物能够用于处理感染。此外，方法涉及一种能够抵消免疫球蛋白功能的SpA破坏或与免疫球蛋白Fe或Fab区域的SpA结合的SpA结合多肽或抗体。
[0128]不产生毒素的蛋白A变异体可以用作亚单位疫苗，引起体液免疫应答并给与对金黄色葡萄球菌攻击的保护性免疫。与野生型全长蛋白A或野生型SpA-域D相比，利用SpA-D变异体的免疫导致蛋白A特异的抗体增加。其他SpA变异体及其使用方法在PCT公开TO2011/005341号和PCT申请PCT/US11/42845号中提供，两者通过引用并入本文。
[0129]I1.蛋白质的组合物
[0130]替换的变异体一般含有在蛋白质内一个或更多个位点处一个氨基酸与另一个的交换，并可以设计为调整多肽的一个或更多个性质，具有或没有其他功能或性质的损失。替换可以是保守性的，即一个氨基酸用一个相似形状和电荷的氨基酸替代。保守性替换在本领域是众所周知的，包括例如以下的变化:丙氨酸到丝氨酸；精氨酸到赖氨酸；天冬酰胺到谷氨酰胺或组氨酸；天冬氨酸盐到谷氨酸盐；半胱氨酸到丝氨酸；谷氨酸到天冬酰胺；谷氨酸盐到天冬氨酸盐；甘氨酸到脯氨酸；组氨酸到天冬氨酸或谷氨酸；异亮氨酸到亮氨酸或缬氨酸；亮氨酸到缬氨酸或异亮氨酸；赖氨酸到精氨酸；蛋氨酸到亮氨酸或异亮氨酸；苯丙氨酸到酪氨酸、亮氨酸或蛋氨酸；丝氨酸到苏氨酸；苏氨酸到丝氨酸；色氨酸到酪氨酸；酪氨酸到色氨酸或苯丙氨酸；以及缬氨酸到异亮氨酸或亮氨酸。或者，替换可以是非保守性的，使得影响多肽的功能或活性。非保守性的变化一般涉及用化学上不同的残基来替换残基，例如用极性或带电荷的氨基酸替换非极性的或不带电荷的氨基酸，反之亦然。
[0131]蛋白质可以是重组的，或体外合成的。或者，非重组的或重组的蛋白质可以从细菌中分离。还预期可以在组合物和方法中实施含有这种变异体的细菌。然后，蛋白质不需要进行分离。
[0132]术语“功能等价的密码子”在本文中用来指对相同氨基酸编码的密码子，例如用于精氨酸或丝氨酸的六个密码 子，还指对生物等价的氨基酸编码的密码子(参见下表)。
[0133]密码子表
[0134]
【权利要求】
1.一种处理或预防葡萄球菌感染的方法，包括对具有葡萄球菌感染或处于葡萄球菌感染风险中的患者施用有效量的经纯化的SpA结合多肽，所述SpA结合多肽能够特异性结合缺乏非特异性Ig结合活性的SpA变异体的至少两个SpA IgG结合域A、B、C、D和E。
2.权利要求1所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽与至少两个且最多五个SpAIgG 结合域 Akkaa、Bkkaa、Ckkaa、Dkkaa 和 Ekkaa 结合。
3.权利要求2所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽对于至少两个且最多五个SpA IgG 结合域 Akkaa、Bkkaa, Ckkaa, Dkkaa 和 Ekkaa 具有 0.5 X IO9M^1 或更大的缔合常数。
4.权利要求1到3中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽能够降低患者中的葡萄球菌负荷。
5.权利要求1到4中任一项所述的方法，其中抗体能够介导金黄色葡萄球菌的调理吞嗤杀灭。
6.权利要求1到5中任一项所述的方法，其中所述抗体能够扰乱人类IgG与野生型SpA的结合。
7.权利要求1到6中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是人源化的抗体，其包含至少 40% 与来自 5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3或7E2单克隆抗体的CDR氨基序列相同的至少一个氨基酸区域。
8.权利要求1到7中任一项所述的方法，其中处理葡萄球菌感染包括减少患者中的脓肿形成或降低患者中的细菌负荷。
9.权利要求1到8中任一项所述的方法，其中缺乏非特异性Ig结合活性的SpA多肽是SpAkkaa ο
10.权利要求1到9中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽与5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体竞争结合SpAkkaa多肽。
11.权利要求1到10中任一项所述的方法，其中所述抗体对于SpAkkaa多肽具有如通过ELISA 所测量的在约 0.5 X IO9IT1 和 100X IO9IT1 之间、在 1.0X IO9IT1 之间和在 100X IO9M'或2.0X IO9IT1和100X IO9IT1之间的缔合常数。
12.权利要求1到11中任一项所述的方法，进一步包括施用有效量的两种或更多种经纯化的SpA结合多肽。
13.权利要求1到12中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是重组的。
14.权利要求13所述的方法，其中重组多肽是单域抗体。
15.权利要求14所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是人源化抗体。
16.权利要求1到15任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是人类抗体。
17.权利要求1到16中任一项所述的方法，其中经纯化的多肽是重组多肽，其包含来自SpA结合抗体的一个或更多个⑶R域。
18.权利要求17所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的一个或更多个CDR域。
19.权利要求18所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的两个或更多个CDR域。
20.权利要求18所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的 VH 域或VL域中的三个⑶R域。
21.权利要求1到20中任一项所述的方法，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自 5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3或7E2单克隆抗体的VH域或VL域相同的序列。
22.权利要求20所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的 VH 域和VL域中的六个⑶R域。
23.权利要求1到22中任一项所述的方法，其中所述经纯化的多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的VH域。
24.权利要求1到23中任一项所述的方法，其中所述经纯化的多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的VL域。
25.权利要求17所述的方法，其中所述重组多肽包含来自SpA结合抗体的一个或更多个CDR域和来自选自免疫球蛋白、纤连蛋白、脂笼蛋白或金黄色葡萄球菌蛋白Z的多肽的支架。
26.权利要求13所述的方法，其中重组抗体节段有效地连接到第二重组抗体节段。
27.权利要求26所述的方法，其中所述第二重组抗体节段结合第二葡萄球菌蛋白。
28.权利要求1所述的方法，其中所述抗体是5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体。
29.权利要求1到28中任一项所述的方法，进一步包括施用结合第二葡萄球菌蛋白的第二抗体。
30.权利要求1到29中任一项所述的方法，进一步包括施用抗生素或葡萄球菌疫苗组合物。
31.权利要求1到30中任一项所述的方法,其中以0.lmg/kg到500mg/kg的剂量施用所述抗体。
32.一种经纯化的多肽，其包含至少40%与来自SpA结合抗体的一个或更多个抗体⑶R域相同的氨基酸序列，其中所述多肽能够特异性结合缺乏非特异性Ig结合活性的葡萄球菌蛋白A(SpA)多肽变异体的至少两个SpA IgG结合域A、B、C、D和E。
33.权利要求32所述的多肽，其中缺乏非特异性Ig结合活性的SpA多肽是SpAffiAA。
34.权利要求32或33所述的多肽，其中所述多肽与5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体竞争结合SpAkkaa多肽。
35.权利要求32到34中任一项所述的多肽，其中所述多肽对于SpAkkaa多肽具有如通过ELISA 所测量的在约 0.5 X IO9IT1 和 100X IO9IT1 之间、在 1.0XlO9M-1 和 100X IO9IT1 之间、或在2.0X IO9IT1和100X IO9IT1之间的缔合常数。
36.权利要求32到35中任一项所述的多肽，其中所述多肽是单域抗体。
37.权利要求32到36中任一项所述的多肽，其中所述多肽是人源化单克隆抗体。
38.权利要求32到37中任一项所述的多肽，其中经纯化的多肽是人类抗体。
39.权利要求32到37中任一项所述的多肽，其中所述多肽是重组的。
40.权利要求39所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的一个或更多个CDR域相同的氨基酸区域。
41.权利要求40所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的两个CDR域相同的两个或更多个氨基酸区域。
42.权利要求40所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域或VL域的三个⑶R域相同的三个氨基酸区域。
43.权利要求32到42中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自 5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8或1H7单克隆抗体的VH域或VL域相同的序列。
44.权利要求42所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域和VL域的六个CDR域相同的六个氨基酸区域。
45.权利要求44所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VH域。
46.权利要求44所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VL域。
47.权利要求32到46中任一项所述的多肽，其中所述重组多肽包含来自SpA结合抗体的一个或更多个CDR域和来自选自免疫球蛋白、纤连蛋白、脂笼蛋白或金黄色葡萄球菌蛋白Z的多肽的支架。
48.权利要求32到47中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽有效地连接到与第二葡萄球菌蛋白特异性结合的第二重组多肽。
49.权利要求32到48中任一项所述的多肽，其中所述多肽是5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体。
50.权利要求32到49中任一项所述的多肽，其中所述多肽是包含(a)重链和(b)轻链的抗体，其中所述重链包含所述VH区和来自IgGl、IgG2、IgG3或IgG4亚型的人类枢纽区、CHl区、CH2区和CH3区；所述轻链包含所述VL区，和人类kappa CL或人类lambda CL。
51.一种包含权利要求32到50中任一项所述的经纯化的多肽的药物组合物。
52.权利要求51所述的药物组合物，其包含在密封容器中的单个单位剂量的所述经纯化的多肽。
53.权利要求51所述的药物组合物，其包含至少一种第二抗菌剂。
54.权利要求53所述的药物组合物，其中所述第二抗菌剂是抗生素、葡萄球菌疫苗组合物或与第二葡萄球菌蛋白特异性结合的多肽。
55.一种经纯化的与缺乏特异性Ig结合活性的SpA变异体多肽特异性结合的多肽，其中所述多肽对于至少两个且最多五个SpA IgG结合域A_、Bkkaa, Ckkaa, Dkkaa和Ekkaa具有0.5 X 1O9M4或更大的缔合常数。
56.权利要求55所述的多肽，其中所述多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的一个或更多个CDR域相同的氨基酸区域。
57.权利要求55或56所述的多肽，其中所述多肽与5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体竞争结合SpAkkaa多肽。
58.权利要求55到57中任一项所述的多肽，其中所述多肽对于SpAkkaaS肽具有如通过ELISA 所测量的在约 0.5X 1O9IT1 和 100X 1O9IT1 之间、在 1.0X 1O9IT1 之间和在 100X 1O9IT1之间、或在2.0X 1O9IT1和100X 1O9IT1之间的缔合常数。
59.权利要求55到58中任一项所述的多肽，其中所述多肽是单域抗体。
60.权利要求55到59中任一项所述的多肽，其中所述多肽是人源化单克隆抗体。
61.权利要求55到60中任一项所述的多肽，其中经纯化的多肽是人类抗体。
62.权利要求55到60中任一项所述的多肽，其中所述多肽是重组的。
63.权利要求62所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的一个或更多个CDR域相同的氨基酸区域。
64.权利要求63所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的两个CDR域相同的两个或更多个氨基酸区域。
65.权利要求63所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域或VL域的三个⑶R域相同的三个氨基酸区域。
66.权利要求55到65中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自 5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8或1H7单克隆抗体的VH域或VL域相同的序列。
67.权利要求65所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域和VL域的六个CDR域相同的六个氨基酸区域。
68.权利要求67所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5AIO、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VH域。
69.权利要求67所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VL域。
70.权利要求55到69中任一项所述的多肽，其中所述重组多肽包含来自SpA结合抗体的一个或更多个CDR域和来自选自免疫球蛋白、纤连蛋白、脂笼蛋白或金黄色葡萄球菌蛋白Z的多肽的支架。
71.权利要求55到70中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽有效地连接到与第二葡萄球菌蛋白特异性结合的第二重组多肽。
72.权利要求55到71中任一项所述的多肽，其中所述多肽是5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体。
73.权利要求55到72中任一项所述的多肽，其中所述多肽是包含(a)重链和(b)轻链的抗体，其中所述重链包含所述VH区和来自IgGl、IgG2、IgG3或IgG4亚型的人类枢纽区、CHl区、CH2区和CH3区；所述轻链包含所述VL区，和人类kappa CL或人类lambda CL。
74.一种包含权利要求55到73中任一项所述的经纯化的多肽的药物组合物。
75.权利要求74所述的药物组合物，其包含在密封容器中的单个单位剂量的所述经纯化的多肽。
76.权利要求74所述的药物组合物，其包含至少一种第二抗菌剂。
77.一种制备抵消治疗的SpA抗体的方法，包括: a)使用缺乏特异性Ig结合活性的SpA变异体作为抗原来生成单克隆抗体； b)筛选与所述SpA变异体特异性结合的单克隆抗体； c)使筛选的与所述SpA变异体特异性结合的一种或更多种单克隆抗体人源化；和 d)筛选能够抵消SpA抗体的一种或更多种人源化单克隆抗体。
【文档编号】A61K48/00GK103906535SQ201280040136
【公开日】2014年7月2日 申请日期:2012年8月15日 优先权日:2011年8月15日
【发明者】奥拉夫·施内温德, 多米尼克·M·曼森阿卡斯, 金焕文, 卡拉·艾默罗, 安德里亚·迪登 申请人:芝加哥大学
【专利摘要】实施方案涉及用于处理或预防细菌感染、特别是由葡萄球菌细菌感染引起的感染的方法和组合物。方面包括用于提供对细菌的被动免疫应答的方法和组合物。在一些实施方案中，方法和组合物涉及结合葡萄球菌蛋白A(SpA)的抗体。
【专利说明】与葡萄球菌蛋白A的抗体相关的组合物和方法
[0001]本发明是在国家变态反应和传染病研究院(NIAID)的AI52747和AI92711和由国家卫生研究院资助的1-U54-A1-057153的政府支持下完成的。政府拥有本发明的一定权利。
[0002]本申请要求2011年8月15日提交的美国临时专利申请61/523，751号、2012年3月23日提交的61/615，083号、2012年3月30日提交的61/618，417号和2012年7月20日提交的61/674，135号的优先权，其均通过引用完整地并入本文中。
[0003]1.【技术领域】
[0004]本发明一般性地涉及免疫学、微生物学和病理学的领域。更具体地，其涉及与细菌蛋白的抗体和用于引发这类抗体的细菌肽有关的方法和组合物。蛋白质包括葡萄球菌蛋白A (SpA)。
[0005]I1.【背景技术】
[0006]社区获得性感染和医院获得性感染两者的数量在最近几年随着血管内器械增多的使用都在增加。医院获得性(医院内)感染是发病和死亡的主要原因，更具体地，在美国每年感染超过两百万患者。最频繁的医院内感染是尿路感染(33%的感染)，其次是肺炎(15.5%)、手术部位感染(14.8%)和原发性血流感染(13%) (Emorl和Gaynes, 1993)。
[0007]金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、凝固酶阴性葡萄球菌(主要是表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis))、肠球菌种(enterococcus spp)、大肠杆菌(Escherichia coli)和 绿胺杆菌(Pseudomonas aeruginosa)是主要的医院病原体。尽管这些病原体几乎导致相同数量的感染，但是它们可以产生的疾病的严重性结合耐抗生素隔离群的频率使该排名朝着金黄色葡萄球菌(S.aureus)和表皮葡萄球菌(S.epidermidis)作为最重要的医院内病原体的方向平衡。
[0008]葡萄球菌可以通过毒素生成或入侵导致人类和其他动物的各种各样的疾病。葡萄球菌毒素是食物中毒的常见原因，这是因为细菌可以在不当储存的食物中生长。
[0009]表皮葡萄球菌是普通的皮肤共生体，其还是引起受损的医疗器械的感染和手术部位的感染的重要的机会性病原体。由表皮葡萄球菌感染的医疗器械包括心脏起搏器、脑脊髓液分流器、持续性非卧床腹膜透析导管、整形外科器械和人工心瓣。
[0010]金黄色葡萄球菌是具有明显的发病率和死亡率的医院内感染的最常见的原因。其是以下一些病症的原因:骨髓炎、心内膜炎、脓毒性关节炎、肺炎、脓肿和中毒性休克综合征。
[0011]金黄色葡萄球菌可以存活在干燥的表面上，增加传播的机会。任何金黄色葡萄球菌感染都可以导致葡萄球菌性烫伤样皮肤综合征，一种对吸收到血流中的外毒素的皮肤反应。金黄色葡萄球菌还可以导致会威胁生命的被称为脓血症的一种败血症。耐甲氧西林(Methicillin)的金黄色葡萄球菌(MRSA)已经成为医院获得性感染的主要原因。
[0012]金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌感染一般用抗生素来处理，其中盘尼西林(penicillin)为选择的药物,而万古霉素(vancomycin)用于耐甲氧西林的隔离群。对抗生素表现出广谱抗性的葡萄球菌菌株的百分比正在增加，对有效的抗菌疗法构成威胁。另外，耐万古霉素的金黄色葡萄球菌菌株最近的出现已经引起以下恐慌:对其没有有效疗法可以使用的MRSA菌株正开始出现和蔓延。
[0013]在葡萄球菌感染的处理中抗生素的可替代的方法一直是在被动免疫疗法中使用抗体来对抗葡萄球菌抗原。该被动免疫疗法的实例涉及多克隆抗血清的施用(W000/15238、W000/12132)以及利用脂磷壁酸的单克隆抗体的处理(W098/57994)。
[0014]将金黄色葡萄球菌或其产生的外蛋白作为目标的第一代疫苗已经取得有限的成功(Lee，1996)，但是仍然需要开发用于处理葡萄球菌感染的另外的治疗组合物。
【发明内容】
[0015]金黄色葡萄球菌在美国是菌血症和医院获得性感染的最常见的原因。预防由葡萄球菌引起的疾病的经FDA认证的疫苗目前难以获得。
[0016]在一些实施方案中，有抑制、减轻和/或预防葡萄球菌感染的抗体组合物。在具体的实施方案中，有能够结合葡萄球菌SpA蛋白的多肽。术语多肽应理解为表示一个或更多个氨基酸或多肽链。例如，术语多肽可以指包含重链或轻链或相连的重链和轻链的单个多肽链。术语多肽也可以指免疫球蛋白(Ig)单体，其包含四个多肽链:两个重链和两个轻链。术语多肽也可以指二聚、三聚、四聚或五聚的Ig分子。
[0017]此外，在一些实施方案中，该SpA结合多肽不同于其他SpA抗体，这是因为其具有基于作为使用SpA变异体而不是SpA野生型蛋白作为抗原产生的抗体或来源于使用SpA变异体而不是SpA野生型蛋白作为抗原产生的抗体的性能。SpA突变体具有在A、B、C、D和/或E域中的1、2、3、 4和/或5个中的1、2、3、4、5或更多个变化。此外，如本文中所讨论的，这些SpA结合多肽能够特异性结合这类SpA变异体，包括但不限于如以下所讨论的在所有五个域中的KKAA域变异。
[0018]一些实施方案针对重组的肽，所述肽包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个氨基酸节段，所述氨基酸节段在长度上包含大约、至少或至多5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50个氨基酸，包括所有值和其间的范围，且所述氨基酸节段至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与葡萄球菌SpA的氨基酸节段(SEQID NO:1)相同。例如，来自葡萄球菌SpA的氨基酸节段可以来自不产生毒性的SpA突变体多肽(例如SpAkkaa)。各自通过引用并入本文中的PCT公开W02011/005341号和PCT申请PCT/US11/42845号提供大量的不产生毒性的SpA突变体多肽及其使用方法。在另外的方面，有特异性结合一个或更多个这些特定氨基酸节段的抗体。
[0019]实施方案还提供SpA抗体在用于处理细菌和/或葡萄球菌感染的方法和组合物中的用途。在一些实施方案中，组合物在用于治疗性和/或预防性处理细菌感染、尤其是葡萄球菌感染的药物的制造中使用。此外，在一些实施方案中，有可以用于处理(例如限制受试者中的葡萄球菌脓肿形成和/或持续)或预防细菌感染的方法和组合物。
[0020]一些方面涉及降低葡萄球菌感染或脓肿形成的方法，包括对具有或疑似具有葡萄球菌感染的患者施用有效量的一种或更多种经纯化的特异性结合葡萄球菌SpA多肽的多肽或蛋白质。预期该多肽(或蛋白质)由于其为具有抗体的一个或更多个CDR区域的氨基酸序列或来源于抗体的一个或更多个CDR区域的氨基酸序列的多肽或蛋白质而可以被称为抗体。在抗体的情况下本文中所讨论的任何实施方案可以关于多肽或蛋白质实施，只要多肽和蛋白质具有一个或更多个在来自能够特异性结合缺乏特异Ig结合活性的SpA变异体的抗体的⑶R的整个区域上具有至少60%同一性或同源性的氨基酸区域。SpA结合多肽可以是经纯化的多克隆抗体、经纯化的单克隆抗体、重组的多肽或其片段。在一些方面，多肽是人源化的抗体，其表示抗体的未变异部分已经改变以模拟人类抗体中所发现的恒定区。因此，预期人源化的抗体是具有非人类抗体的CDR序列(或至少来源于这类序列，即至少80%相同的氨基酸序列)的抗体。
[0021]在一些其他实施方案中，抗体是人类抗体。在仍另外的方面，抗体是重组的抗体节段。在一些方面，单克隆抗体包括在以下表1到2中和在表5中所述的5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 中的一种或更多种，通过引用并入此处。抗体或多肽可以以0.1、0.5、l、5、10、50、100mg或μ g/kg到5、10、50、100、500mg或μ g/kg的剂量来施用。重组的抗体节段可以有效地连接到第二重组抗体节段。在一些方面，第二重组抗体节段结合第二葡萄球菌蛋白。方法还可以包括施用结合第二葡萄球菌蛋白的第二抗体。在一些方面，方法还包括施用抗生素。
[0022]实施方案涉及单克隆抗体多肽，具有其一个或更多个节段的多肽和对其编码的多核苷酸。在一些方面，多肽可以包含SpA特异抗体的重链可变区和/或轻链可变区的全部或部分。在一个另外的方面，多肽可以包含对应于来自抗体、例如SpA特异抗体的轻可变链和/或重可变链的第一互补决定区(CDR)、第二互补决定区和/或第三互补决定区的氨基酸序列。另外，抗体或结合多肽可以具有结合区域，其包含与1、2、3、4、5或6个本文中所讨论的 CDR 序列具有、具有至少或具有至多 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或100%同一性或同源性(用保守的氨基酸替换)(或其中可推出的任意范围)的氨基酸序列，所述 CDR 序列包括任意的 SEQ ID N0:ll-13、21-23、31-33、41-43、51-53、61-63、71-73、81-83、91-93、96-98、111-113、116-118、126-128、131-133、16-18、26-28、36-38、46-48、56-58、66-68、76-78、86-88、101-103、106-108、121-123、136-138、141-143。在具体的实施方案中，具有本文中所公开的一个或更多个CDR的全部或部分的抗体已经在非CDR区域人源化。在另外的实施方案中，本文中所公开的⑶R区域可以每⑶R改变1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸，这可以取代人源化或在人源化以外进行。在一些实施方案中，改变可以是删除或添加1、2或3个氨基酸，或者其可以是任意氨基酸的替换，这可以用或可以不用为保守氨基酸的氨基酸。
[0023]在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或七个与对 CDR 所确定的共有序列具有 40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、100%同一性的CDR，例如表7到17中所示的。预期在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有对应于轻链可变区的⑶R1、⑶R2和⑶R3以及重链可变区的CDR1、CDR2和CDR3的氨基酸序列。如本文中所讨论的，对应于CDR的氨基酸序列可以具有与本文中所讨论的CDR—定百分比的同一性或同源性。在一些实施方案中，共有序列为SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:146、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:148、SEQ ID NO:149、SEQ IDNO:150,SEQ ID N0:151、SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154,SEQ ID NO:155、SEQ ID NO: 156,SEQ ID NO: 157,SEQ ID NO: 158 或 SEQ ID NO: 159。在具体的实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有来自轻链可变区的CDRl、CDR2和/或CDR3的单克隆抗体的共有序列。可替代地或另外地，SpA结合多肽或抗体具有来自重链可变区的CDRl、CDR2和/或CDR3的单克隆抗体的共有序列。还预期SpA结合多肽或抗体可以具有基于共有序列和/或与特定⑶R有同一性或同源性的序列的⑶R的混合。
[0024]在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有一个或更多个关于3F6的共有序列。在具体的实施方案中，SpA结合多肽或抗体具有来自轻链可变区的CDR1、CDR2和/或CDR3的3F6的共有序列。可替代地或另外地，SpA结合多肽或抗体具有来自重链可变区的CDRl、⑶R2和/或⑶R3的3F6的共有序列。
[0025]在一些实施方案中，SpA抗体或结合多肽包含至少40%与一个或更多个来自SpA结合抗体的抗体CDR域相同的氨基酸序列，其中该多肽特异性结合缺乏非特异性Ig结合活性的葡萄球菌蛋白A的至少两个SpA Ig结合域A、B、C、D和E。以下预期该方面的另外的实施方案。
[0026]在另外的实施方案中，预期了经纯化的特异性结合缺乏特异Ig结合活性的SpA变异体多肽的多肽，其中所述多肽对至少两个且最多五个SpA IgG结合域Akkaa、Bkkaa、Ckkm、Dkkaa和Ekkaa具有0.5X IO9M-1或更大的缔合常数。以下预期该实施方案的另外的实施方案。
[0027]在一些方面，多肽包含对应于MAb3Dll可变(VDJ)重链氨基酸序列QSGPELMKPGASVKISCKASGYSFTSYYMHWVKQSHGKSLEWIGYIDPFNGGTSYNQKFKGKATLTVDKSSSTAYMHLSSLTSEDSAVYYCARYGYDGTFYAMDYffGQGTSVTVSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。CDR是抗体内抗体与抗原的形状互补的区域。因此，CDR决定蛋白质对特定抗原的亲和性和特异性。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3Dll的可变重链的CDR，例如SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82和/或SEQ IDN0:83。在另外的实施方案中，抗体可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0028]在一些方面，多肽包含对应于MAb3Dll可变(VJ)轻链氨基酸序列RIVLTQSPAITAASLGQKVTITCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKPffIYEISKLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAAIYYCQQffSIEEIFGSGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3Dll的可变轻链的CDR，例如SEQ ID NO:86, SEQ ID N0:87和/或SEQ ID N0:88。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0029]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb3Dll的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在 一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb3Dll的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0030]在一些方面，多肽包含对应于MAb3F6可变(VDJ)重链氨基酸序列EVQLVETGGGLVQPKGSLKLSCAASGFTFNTNAMNffVRQAPGKGLEffVARIRSKSNNYATYYADSVKDRFSISRDDSQNMLSLQMNNLKTEDTAIYYCYTEHYDYDYYYMDYffGQGTSYXSPQ的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3F6的可变重链的CDR，例如SEQ ID N0:51、SEQ ID N0:52和/或SEQ IDN0:53。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，另外地或可替代地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0031]在一些方面，多肽包含对应于MAb3F6可变(VJ)轻链氨基酸序列IVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3F6的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO:56,SEQ ID N0:57和/或SEQ ID NO:58。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0032]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb3F6的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb3F6的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0033]在一些方面，多肽包含对应于MAb5A10可变(VDJ)重链氨基酸序列EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFAFSNYDMSffVRQTPEKRLEffVATISSGGTYPYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQLSSLRSEDTALYYCARGGFLITTRDYYAMD YffGQGTSYTYSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb5A10的可变重链的CDR，例如SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12和/或SEQ IDNO: 13。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0034]在一些方面，多肽包含对应于MAb5A10可变(VJ)轻链氨基酸序列TIVLTQSPAMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMYffYQQKPGSSPRLLIYDTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQffSSYPPTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端,⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb5A10的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 16,SEQ ID NO: 17和/或SEQ ID NO: 18。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0035]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb5A10的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb5A10的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0036]在一些方面 ，多肽包含对应于MAb2F2可变(VDJ)重链氨基酸序列VKLVESGGDLVKPGGSLKLSCAASRFTFSSYVMSffVRQTPEKRLEffVASIGSGGTTYYPDTVKGRFTISRDNARNILYLQMSSLRSDDTAMYYCTRGRGYGFAffYFDVffGAGTTVTVSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自 MAb2F2 的可变重链的 CDR，例如 SEQID NO:96、SEQ ID N0:97 和 / 或 SEQ ID N0:98。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0037]在一些方面，多肽包含对应于MAb2F2可变(VJ)轻链氨基酸序列TIVLTQSPAMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMYffYQQKPGSSPRLLIYDTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQffSSYPPTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb2F2的可变轻链的 CDR,例如 SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 102 和 / 或 SEQ ID NO: 103。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。[0038]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb2F2的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb2F2的1、2、3、4、5或6个CDR具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0039]在一些方面，多肽包含对应于MAb4C5可变(VJ)轻链氨基酸序列DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVEYYGASLMQffYQQKSGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPNTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb4C5 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 137 和 / 或 SEQ ID NO: 138。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR (添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0040]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb4C5的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb4C5的1、2、3、4、5或6个CDR具有至少70%的序列同一性或同 源性。
[0041]在一些方面，多肽包含对应于MAb4D5可变(VJ)轻链氨基酸序列EIVLTQSPAITAASLGQKVTITCSASSSVSYMHWYHQKSGTSPKPfflYETSKLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAAIYYCQQffSIEEIFGSGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb4D8的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 141,SEQ ID N0:142和/或SEQ ID NO: 143。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0042]在一些方面，多肽包含对应于MAb5All可变(VDJ)重链氨基酸序列EVQLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSDYYMYffVRQTPEKRLEffVATISDGGTYTYYPDSVKGRFTISRDNAKNNLYLQMSSLKSEDTAMYYCARDRDDYDEGPYFDYffGQGTTLTVSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb5All的可变重链的CDR，例如SEQ ID N0:91、SEQ ID NO:92和/或SEQ IDN0:93。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。[0043]在一些方面，多肽包含对应于MAb6B2可变(VJ)轻链氨基酸序列DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDYSGASLMQffYQHKPGQPPRLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb6B2 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122 和 / 或 SEQ ID NO: 123。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR (添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0044]在一些方面，多肽包含对应于MAb8E2可变(VDJ)重链氨基酸序列KVQLQQSGAGLVKPGASVKLSCKASGYTFTEYSIHWVKQSSGQGLEWIGWFYPGSGYIKYNEKFKDKATLTADKSSSTVYMEFSRLTSEDSAYYFCARHGYGNYYGYAMDYffGQGTSYTYSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb8E2的可变重链的CDR，例如SEQ ID N0:21、SEQ ID N0:22和/或SEQ IDN0:23。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0045]在一些方面，多肽包含对应于MAb8E2可变(VJ)轻链氨基酸序列DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASEIIYSYLAffYQQKQGKSPQLLVYFAKTLAEGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQPEDFGIYYCQHHYGTPYTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb8E2的可变轻链的CDR，例如SEQ ID NO:26, SEQ ID N0:27和/或SEQ ID N0:28。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0046]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb8E2的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb8E2的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0047]在一些方面，多肽包含对应于MAb3A6可变(VDJ)重链氨基酸序列QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYNFTDYSMHWVKQAPGKGLKffVGfflNTETAESTYADDFKGRFAFSLETSASTAYLQINSLKDEDTATFFCAHFDCffGQGTTLTVSS的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3A6 的可变重链的 CDR，例如 SEQ ID N0:31、SEQ ID N0:32 和 / 或 SEQ ID N0:33。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。[0048]在一些方面，多肽包含对应于MAb3A6可变(VJ)轻链氨基酸序列DVVMTQISLSLPVTLGDQASISCRASQSLVHSNGNTYLNffYLQKPGQSPKLLIHKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYFCSQITYVPffTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb3A6 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO:36,SEQ ID N0:37 和 / 或 SEQ ID N0:38。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0049]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb3A6的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb3A6的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0050]在一些方面，多肽包含对应于MAb6Dll可变(VDJ)重链氨基酸序列QVQLQQSGAELVRPGTSVKVSCKASGNAFTNYLIEfflKQRPGQGLEfflGVINPGSGITNYNEKFKGKATLTADKSSNTAYMQLSSLSSDDSAYYFCSGSANffFAYffGQGTLYTVSA的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自 MAb6Dll 的可变重链的 CDR，例如 SEQ IDNO:71, SEQ ID N0:72 和/ 或 SEQ ID N0:73。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0051]在一些方面，多肽包含对应于MAb6Dll可变(VJ)轻链氨基酸序列HCAHPSPASLAVSLGQRASISCRASESVEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPVRFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb6Dll 的可变轻链的 CDR，例如 SEQ ID NO:76, SEQ ID N0:77 和 / 或 SEQ ID N0:78。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR (添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0052]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb6Dll的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb6D11的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0053]在一些方面，多肽包含对应于MAb8D4可变(VDJ)重链氨基酸序列QVQLQQSGAELVRPGASVKISCKAFGSTFTNHHINffVKQRPGQGLDfflGYLNPYNDYTNYNQKFKGKATLTIDKSSSTAYLELSSLTSEDSAVYYCATITFDSQXQ的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和 ⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb8D4的可变重链的CDR,例如SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 112和/或SEQ ID NO: 113。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0054]在一些方面，多肽包含对应于MAblFlO可变(VDJ)重链氨基酸序列KELISSKSEEEKWPGTSVKVSCKASGNAFTNYLIEfflKQRPGQGLEfflGVINPGSGITNYNEKFKGKATLTADKSSNTAYMQLSSLSSDDSAYYFCSGSANffFAYffGQGTLYTVSA的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自 MAblFlO 的可变重链的 CDR，例如 SEQ IDNO:61、SEQ ID N0:62 和 / 或 SEQ ID N0:63。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0055]在一些方面，多肽包含对应于MAblFlO可变(VJ)轻链氨基酸序列的氨基酸序列的全部或部分。CDR 以黑体加下划线指明 CSPSPASLAVSLGQRATISCRASESVEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIKo 从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAblFlO的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 66,SEQ ID NO: 67和/或SEQ ID NO: 68。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0056]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAblFlO的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAblFlO的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0057]在一些方面，多肽包含对应于MAb4Cl可变(VJ)轻链氨基酸序列的氨基酸序列的全部或部分。CDR 以黑体加下划线指明 VLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESYEYSGASLMQffYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSTFGGGTKLEIK。从氡某到羧某末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb4Cl的可变轻链的 CDR,例如 SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107 和 / 或 SEQ ID NO: 108。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶ R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0058]在一些方面，多肽包含对应于MAb2B8可变(VJ)轻链氨基酸序列FFGVSLGQRASISCRASESVEYSGASLIQWYQHKPGQPPKLLIYAASNVESGVPVRFSGSGSGTDFSLNIHPVEEDDIAMYFCQQSRKVPSIFGGGTKLEIK的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb2B8的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO: 126,SEQ ID N0:127和/或SEQ ID NO: 128。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0059]在一些方面，多肽包含对应于MAb2C3可变(VDJ)重链氨基酸序列EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSNYDMSffVRQTPEKRLEffVATISSGGTYPYYPDSVKGRFTISRDNAENTLYLQLSSLRSEDTALYYCARGGFLITTRDYYAMDYffGQGTSYTYSS的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb2C3的可变重链的⑶R，例如SEQ ID N0:131、SEQ ID N0:132和/或SEQ IDNO: 133。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0060]在一些方面，多肽包含对应于MAb7E2可变(VDJ)重链氨基酸序列QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYTFTDYSVHWVKQAPGKGLKWMAfflNTATGEPTFADDFKGRFAFSLETSARTAYLQINNLKNEDTATYFCAPQLTGPFAYffGHGTLVTVSA的氨基酸序列的全部或部分。CDR以黑体加下划线指明。CDR是抗体内抗体与抗原的形状互补的区域。因此，CDR决定蛋白质对特定抗原的亲和性和特异性。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1XDR2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或 3个来自 MAb7E2 的可变重链的 CDRji^BSEQ ID NO: 41, SEQ ID N0:42 和 / 或SEQ IDN0:43。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个⑶R有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在CDR和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与非CDR序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0061]在一些方面，多肽包含对应于MAb7E2可变(VJ)轻链氨基酸序列DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASENIHNYLAffYQQKQGKSPQLLVYNAKTLTDGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQAGDFGSYYCQHSffSIPYTFGGGTRLQIRR的氨基酸序列的全部或部分。⑶R以黑体加下划线指明。从氨基到羧基末端，⑶R为⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些方面，多肽可以包含1、2和/或3个来自MAb7E2的可变轻链的CDR,例如SEQ ID NO:46,SEQ ID NO:47和/或SEQ ID NO:48。在另外的实施方案中，多肽可以具有相对于这些1、2或3个CDR有1、2和/或3个氨基酸改变的CDR(添加I或2个氨基酸、删除I或2个氨基酸或替换)。在另外的实施方案中，可替代地或另外地，抗体可以在⑶R和/或可变区外部的区域中人源化。在一些方面，可替代地或另外地，多肽包含至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 与非 CDR 序列的可变区、即可变区框架的氨基酸序列相同或同源的氨基酸序列。
[0062]在其他实施方案中，多肽或蛋白质包含1、2、3、4、5或6个来自mAb7E2的轻可变区和重可变区中之一或两者的⑶R，且1、2、3、4、5或6个⑶R相对于这些⑶R可以具有1、2和/或3个氨基酸改变。在一些实施方案中，可变区外部的抗体序列的全部或部分已经人源化。蛋白质可以包含一个或更多个多肽。在一些方面，蛋白质可以含有一个或两个与重链多肽相似的多肽和/或I或2个与轻链多肽相似的多肽。在另外的实施方案中，多肽可以是单链抗体或本文中所讨论的其他抗体，只要其与mAb7E2的1、2、3、4、5或6个⑶R具有至少70%的序列同一性或同源性。
[0063]在仍另外的方面， 实施方案的多肽包含本文中所公开的任何氨基酸序列中的一个或更多个氨基酸节段。例如，多肽可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个氨基酸节段，其在长度上包含大约、至少或至多 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、
71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、
96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、I14、I15、
116、I17、I18、I19、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、
135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、
154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、
173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、
192、193、194、195、196、197、198、199或200个氨基酸，包括所有值和其间的范围，且所述氨基酸节段至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%与本文中所公开的任意的氨基酸序列相同。在一些方面，氨基节段选自如表5中所提供的SpA结合抗体的氨基酸序列中之一 O
[0064]在仍另外的方面，实施方案的多肽包含本文中所公开的任何氨基酸序列的氨基酸节段，其中所述节段在本文中所提供的任何序列中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199 或 200 位氨基酸处开始，并在相同的所提供序列中的的 4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、
47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、
72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、
97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、
117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、
136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、
155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、
174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、
193、194、195、196、197、198、199或200位氨基酸处结束。在一些方面，氨基节段或其部分选自如表5中所提供的SpA结合抗体的氨基酸序列中之一。
[0065]在仍另外的方面，实施方案的多肽包含至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与(如表5中所提供的)SpA结合抗体的V、VJ、VDJ、D、DJ、J或⑶R域相同的氨基酸节段。例如，多肽可以包含1、2或3个至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与如表5中所提供的SpA结合抗体的CDRl、2和/或3相同的氨基酸节段。
[0066]在另外的方面，实施方案的核酸分子包含本文中所公开的任何核酸序列中的一个或更多个核酸节段。例如，核酸分子可以包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个核酸节段，其在长度上包含大约、至少或至多 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25 到 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、I10、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、300、400、500、550、1000或更多个核酸，包括所有值和其间的范围，且所述核酸节段至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100% (或其中可推出的任何范围)与本文中所公开的任意的核酸序列相同。在一些方面，核酸节段选自对如表5中所提供的SpA结合抗体的部分编码的核酸序列中之一。
[0067]在仍另外的方面，实施方案的核酸分子包含至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与对如表5中所提供的SpA结合抗体的V、VJ、VDJ、D、DJ、J或⑶R域编码的序列相同的核酸节段。例如，核酸分子可以包含1、2或3个至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与对如表5中所提供的SpA结合抗体的CDR1、2和/或3编码的序列相同的核酸节段。
[0068]在仍另外的方面，一些实施方案提供产生单克隆抗体的杂交瘤细胞系。在一些实施方案中，杂交瘤细胞系是产生5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8或1H7单克隆抗体的系，其中的一种或更多种可以沉积。在另一方面，1、2和/或3个来自MAb的轻链可变区和/或重链可变区的⑶R可以包含在人源化的抗体或其变异体中。在其他实施方案中，预期其中结合多肽能够结合至少两种不同抗原的双特异性抗体。
[0069]一些方面涉及处理具有或疑似具有葡萄球菌感染的受试者的方法,包括对具有或疑似具有葡萄球菌感染的患者施用有效量的经纯化的特异性结合葡萄球菌蛋白A的抗体或结合多肽。
[0070]在另一方面，方法涉及处理处于葡萄球菌感染风险中的受试者的方法，包括在被葡萄球菌感染之前对处于葡萄球菌感染风险中的患者施用有效量的结合葡萄球菌蛋白A多肽的抗体或结合多肽。
[0071]预期在这些实施方案中使用的抗体或结合多肽包括能够降低细菌负荷、增加存活、减少细菌脓肿、给予保护性免疫、减少抗生素使用天数、降低脓毒症或败血症的风险、降低休克的风险或提供一些其他保护效果的那些。
[0072]某些实施方案针对抗体或结合多肽组合物，其包含分离的和/或重组的特异性结合如上所述的肽节段的抗体或多肽。在一些方面，抗体或多肽具有其中、其中至少或其中至多80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%(或其中可推出的任何范围)与本文中所提供的任何单克隆抗体的全部或部分相同的序列。在仍另外的方面，分离的和/或重组的抗体或多肽具有、具有至少或具有至多 10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100或更多个来自本文中所提供的任意序列或这些序列的组合的连续氨基酸。
[0073]在另外的实施方案中，有包含本文中所讨论的一种或更多种多肽或抗体或抗体片段的药物组合物。这种组合物可以含有或不含有额外的活性成分。
[0074]在一些实施方案中，有基本上由包含一种或更多种本文中所讨论的抗体片段的多肽组成的药物组合物。预期组合物可以含有非活性成分。
[0075]一些方面涉及核酸分子，其对特异性结合SpA或不产生毒性的SpA变异体的抗体的重链可变区和/或轻链可变区编码。
[0076]其他方面涉及药物组合物，其包含有效抗菌量的特异性结合上述肽的抗体和药物可接受的载体。
[0077]术语“提供”根据其普通含义使用以表示“供给或供应以便使用”。在一些实施方案中，蛋白质直接通过施用包含本文中所述的抗体或其片段的组合物来提供。
[0078]受试者一般会具有(例如诊断为具有持续性葡萄球菌感染)、会疑似具有葡萄球菌感染，或处于患上葡萄球菌感染的风险中。组合物包含有效量的SpA结合多肽以达到预期目的-葡萄球菌感染的处理 或防护。术语“结合多肽”是指与目标分子特异性结合的多肽，例如抗体与抗原的结合。结合多肽可以但是不必来源于免疫球蛋白基因或免疫球蛋白基因的片段。更具体地，有效量表示提供对感染的抵抗、减轻或缓解必需的活性成分的量。在更具体的方面，有效量预防、缓和或减轻疾病或感染的症状，或者延长被处理的受试者的存活。有效量的确定完全在本领域技术人员的能力范围内，尤其根据本文所提供的详细公开。对于本文中所述方法中使用的任何制剂，有效的量或剂量可以首先由体外试验、细胞培养试验和/或动物模型试验来估计。例如，剂量可以以动物模型来配制以获得期望的反应。这种信息可以用于更准确地确定对人类有用的剂量。
[0079]组合物可以包含结合SpA的抗体或细胞。抗体可以是抗体片段、人源化的抗体、单克隆抗体、单链抗体等。在一些方面，通过提供导致产生在受试者中结合SpA的抗体的SpA肽或抗原或表位来引发SpA抗体。SpA抗体一般配制到药物可接受的组合物中。SpA抗体组合物还可以包含更多葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种抗体。葡萄球菌抗原包括但不限于Eap、Ebh、Emp> EsaB、EsaC、EsxA、EsxB、IsdA、IsdB、SdrC、SdrD> SdrE> ClfA、ClfB、Coa、Hla (例如H35突变体)、IsdC、SasF、vWbp、SpA及其变异体(参见2009年4月3日提交的美国临时申请61/166，432号；2009年4月20日提交的61/170，779 ;和2009年10月6日提交的61/103，196 ;其每一个都通过引用完整地并入本文中)、52kDa玻连蛋白结合蛋白(WOO 1/60852)、Aaa (GenBank CAC80837)、Aap (GenBank 登录号 AJ249487)、Ant (GenBank登录号NP_372518)、自溶素氨基葡萄糖苷酶、自溶素酰胺酶、Cna、胶原蛋白结合蛋白(US6288214)、EFB (FIB)、弹性蛋白结合蛋白(EbpS)、EPB、FbpA、血纤蛋白原结合蛋白(US6008341)、纤连蛋白结合蛋白(US5840846)、FnbA、FnbB、GehD(US2002/0169288)、HarA、HBP、免疫显性的ABC转运体、IsaA/PisA、层粘连蛋白受体、脂肪酶GehD、MAP、Mg2+转运体、MHC II 类似物(US5648240)、MRPII, Npase, RNA III 活化蛋白(RAP)、SasA, SasB, SasC,SasD, SasK, SB1、SdrF (W000/12689)、SdrG/Fig (W000/12689)、SdrH(W000/12689)、SEA 外毒素(W000/02523)、SEB 外毒素(W000/02523)、SitC 和 Ni ABC 转运体、SitC/MntC/ 唾液结合蛋白(US5，801，234)、SsaA、SSP-1、SSP-2和/或玻连蛋白结合蛋白(参见PCT公开W02007/113222、W02007/113223、W02006/032472, W02006/032475, W02006/032500，其每一个都通过引用完整地并入本文中)。葡萄球菌抗原或致免疫的片段或节段可以与SpA抗体同时施用。葡萄球菌抗原或致免疫的片段以及SpA抗体可以在相同或不同的组合物中并且同时或不同时地施用。[0080]SpA抗体组合物还可以包含更多葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18 或 19 种抗体、抗体片段或抗体亚片段。这类抗体、抗体片段或亚片段所针对的葡萄球菌抗原包括但不限于Eap、Ebh、Emp、EsaB、EsaC、EsxA、EsxB、IsdA、IsdB、SdrC、SdrD, SdrE, ClfA、ClfB、Coa、Hla (例如 H35突变体)、IsdC、SasF、vffbp, SpA及其变异体(参见2009年4月3日提交的美国临时申请61/166，432号；2009年4月20日提交的61/170，779 ；和2009年10月6日提交的61/103，196 ;其每一个都通过引用完整地并入本文中)、52kDa玻连蛋白结合蛋白(WOO 1/60852)、Aaa (GenBank CAC80837)、Aap (GenBank 登录号 AJ249487)、Ant (GenBank登录号NP_372518)、自溶素氨基葡萄糖苷酶、自溶素酰胺酶、Cna、胶原蛋白结合蛋白(US6288214)、EFB(FIB)、弹性蛋白结合蛋白(EbpS)、EPB、FbpA、血纤蛋白原结合蛋白(US6008341)、纤连蛋白结合蛋白(US5840846)、FnbA、FnbB、GehD(US2002/0169288)、HarA、HBP、免疫显性的ABC转运体、IsaA/PisA、层粘连蛋白受体、脂肪酶GehD、MAP、Mg2+转运体、MHC II 类似物(US5648240)、MRPII, Npase, RNA III 活化蛋白(RAP)、SasA, SasB, SasC,SasD, SasK, SB1、SdrF (W000/12689)、SdrG/Fig (W000/12689)、SdrH(W000/12689)、SEA 外毒素(W000/02523)、SEB 外毒素(W000/02523)、SitC 和 Ni ABC 转运体、SitC/MntC/ 唾液结合蛋白(US5，801，234)、SsaA、SSP-1、SSP-2和/或玻连蛋白结合蛋白(参见PCT公开W02007/113222、W02007/113223、W02006/032472, W02006/032475, W02006/032500，其每一个都通过引用完整地并入本文中)。其他葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的抗体、抗体片段或抗体亚片段可以与SpA抗体同时施用。其他葡萄球菌抗原或其致免疫的片段的抗体、抗体片段或抗体亚片段可以在相同或不同的组合物中并且同时或不同时地施用到SpA抗体。
[0081]如本文中所使用的，术语“调节”包含词语“抑制”的意思。活性的“调节”是活性的降低。如本文中所使用的，术语“调节剂”是指影响葡萄球菌细菌的功能的化合物，包括蛋白质、核酸、基因、或生物体等的增强、抑制、向下调整或阻抑。
[0082]实施方案包括含有或不含有细菌的组合物。组合物可以包含或可以不包含毒性减弱的或有活力的或完整的葡萄球菌细菌。在一些方面，组合物包含非葡萄球菌细菌或不含有葡萄球菌细菌的细菌。在一些方面，细菌组合物包含分离的或重组表达的SpA抗体或对其编码的核酸。在仍另外的方面，SpA抗体多聚化，例如二聚、三聚、四聚等。
[0083]在一些方面，肽或抗原或表位可以呈现为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个肽节段或肽模拟物的多聚体。[0084]术语“分离的”可以指基本没有其起源的细胞材料、细菌材料、病毒材料或培养基(当通过重组DNA技术产生时)或者化学前驱体或其他化学品(当化学合成时)的核酸或多肽。此外，分离的化合物是指可以以分离的化合物施用到受试者的化合物；换句话说，当化合物粘附到柱上或嵌入在琼脂糖凝胶中时，其不可以简单地被认为是“分离的”。此外，“分离的核酸片段”或“分离的肽”是非天然地以片段形式出现的和/或一般未处于功能状态的核酸或蛋白片段。
[0085]组合物，例如抗体、肽、抗原或免疫原可以共价或非共价地缀合或连接到其他部分，例如佐剂、蛋白质、肽、载体、荧光部分或标记物。术语“缀合”或“免疫缀合”广泛地用于限定一个部分与另一试剂的有效缔合，并不打算仅指任何类型的有效缔合，并且不特别地限于化学“缀合”。特别地预期了重组的融合蛋白。
[0086]术语“ SpA抗体”是指结合来自葡萄球菌细菌的SpA蛋白的多肽。
[0087]在另外的方面，组合物可以施用给受试者超过一次，并可以施用1、2、3、4、5、6、7、
8、9、10、15、20或更多次。组合物的施用包括但不限于经口的、肠胃外的、皮下的和静脉内的施用，或其各种组合，包括吸入或抽吸。
[0088]组合物一般对人类受试者施用，但是预期对能够提供对抗葡萄球菌细菌的治疗益处的其他动物的施用，特别是牛、马、山羊、绵羊和其他家畜，即哺乳类动物。在另外的方面，葡萄球菌细菌是金黄色葡萄球菌。在仍另外的方面，方法和组合物可以用于预防、减轻、减少或处理组织或腺体的感染，例如乳腺感染、特别是乳腺炎和其他感染。其他方法包括但不限于预防地降低未显示感染迹象的受试者中的细菌负荷，特别是那些疑似目标细菌定殖到的受试者或者处于目标细菌定殖风险的受试者，例如在住院、治疗和/或康复期间处于或会处于感染风险或者易于或 会易于受感染的患者。
[0089]仍另外的实施方案包括用于为受试者提供对抗葡萄球菌细菌的保护性或治疗性组合物的方法，包括对受试者施用有效量的包括(i)SpA抗体；或(ii)对其编码的核酸分子的组合物；或(iii)施用具有本文中所述的细菌蛋白的任何组合或排列的SpA抗体。
[0090]实施例部分的实施方案应理解为适用于本发明的所有方面的实施方案，包括组合物和方法。
[0091]术语“或”在权利要求中的使用用于表示“和/或”，除非明确地说明是仅指替代性的，或替代是相互排斥的，尽管公开支持仅指替代和“和/或”的定义。还预期使用术语“或”所列出的任何事物也可以特别地排除在外
[0092]在本申请全文，术语“约”用于表明数值包括确定数值使用的装置或方法的误差的标准差。
[0093]根据长期存在的专利法，当在权利要求书或说明书中和词语与“包括”一起使用时如果没有数量词限定则表示一个或更多个，除非明确地说明。
[0094]如本说明书和权利要求书所用，单词“包含”、“具有”、“包括”或“含有”是包括性的或开放式的，并且不排除附加的、未列举的要素或方法步骤。
[0095]本发明的其他目的、特征和优点通过下面的详细描述会变得显而易见。
[0096]然而，应该理解详细的说明和具体的实施例尽管表明本发明的具体实施方案，但是仅通过举例说明给出，这是因为在本发明的精神和范围内的各种变化和修改通过该详细说明对本领域技术人员会变得明显。【专利附图】
【附图说明】
[0097]更具体的描述和以上简要概括的本发明的某些实施方案在附图中进行说明，使得其中本发明的上述特征、优点和目的以及其他会变得清楚并可以详细地理解。这些附图形成说明书的一部分。然而应注意，【专利附图】
【附图说明】本发明的一些实施方案，并因此不被认为是限定其范围。
[0098]图1 =SpAkkaa-特异的单克隆抗体(mAb)保护小鼠免受MRSA感染。通过利用同型对照(IgG2a)或ZOmg.!^1的SpAKKAA-mAb (3F6)的腹腔内注射使动物群组(n=10)免疫。在免疫后24小时，用5 X IO6CFU的金黄色葡萄球菌MW2来攻击动物。(A)在攻击后15天，使动物安乐死以计算肾脏中葡萄球菌负荷的数目。(B)分析受感染15天小鼠的血清样品中葡萄球菌抗原基质(ClfA，聚集因子A ;ClfB，聚集因子B ;FnBPA，纤连蛋白结合蛋白A;FnBPB，纤连蛋白结合蛋白B ;IsdA,铁表面决定子A ;IsdB,铁表面决定子B ;SdrD,丝氨酸-天冬氨酸重复蛋白D ;SpAKKAA，不产生毒性的葡萄球菌蛋白A ;Coa，凝固酶；EsxA，Ess [ESAT-6 (早期分泌抗原目标6kDa)]分泌系统]细胞外基质A ；EsxB,Ess [ESAT-6 (早期分泌抗原目标6kDa)]分泌系统]细胞外基质B;Hla，α-溶血素；LukD，杀白细胞素D ;vWbp，von Willebrand结合蛋白)的抗体。数值代表来自经mAb3F6处理的动物的样品相对于同型对照动物血清样品的增加倍数(对于IgG2a来说n=7，对于3F6来说n=8)。数据是平均值，误差条代表土 SEM。A-B中的结果代表两次独立的分析。
[0099]图2:蛋白A特异的单克隆抗体的亲和力。单克隆抗体利用渐增浓度(0-4M)的硫氰酸铵来培养以扰乱(A)IgG1同型单克隆抗体、(B)IgG2a同型单克隆抗体和(C)IgG2b同型单克隆抗体中的抗原-抗体特异相互作用。数据是平均值，误差条代表土SEM。A-C中的结果代表三次独立的分析。
[0100]图3:SpAkkaa-特异的mAb结合野生型蛋白A。⑷检查固定化的野生型蛋白A(SpA)与同型对照抗体(IgGp IgG2a或IgG2b)或SpAkkaa-特异的mAb (5A10、3F6和3D11)的结合的ELISA0 (B)辣根过氧化物酶(HRP)缀合 SpAkkaa特异的 mAb (5AIO-HRP、3F6_HRP 和 3D11-HRP)与固定化的SpAkkaa的缔合在读板仪实验中进行检查，其中SpAkkaa先利用同型对照抗体(IgGp IgG2a或IgG2b)或三种不同的SpAkkaa-特异的mAb(5A10、3F6和3D11)来培养以评价结合相同或密切相关的位点的抗体的竞争性抑制的可能性(n=3)。测量OD4tl5nm处的值并将其按SpAkkaa与HRP缀合SpA特异的mAb的相互作用进行归一化。数据是平均值，误差条代表土SEM。图A和B中的数据代表三次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0101]图4:SpAKKAA-mAb阻止葡萄球菌蛋白A与免疫球蛋白的缔合。㈧同型对照抗体或SpAKKAA-mAb用于扰乱人类IgG向固定在ELISA板上的蛋白质(野生型SpA，或缺乏结合Fcy (SpAkk)或Fab(SpAiu)的能力的变异体)的结合。数值按没有抗体的蛋白A与人类IgG的相互作用进行归一化(n=4)。(B)葡萄球菌生长到中对数期，并利用同型对照抗体或mAb3F6培养，然后添加2 μ g野生型Sbi1+在培养后，使用经亲和纯化的a -SpAkkaa兔抗体通过免疫印迹来测量Sbip4消耗。数值按没有抗体的Sbiy沉降(无Ab)进行归一化。(C)将经亲和纯化的SpAQOOljg)注射到用85^(51? ^kg-1)的同型对照抗体或mAb 3F6预处理的小鼠的腹膜腔中。在指示的时间点使动物安乐死以用经亲和纯化的a-SpAmA兔抗体通过免疫印迹来测量循环血液中SpA的量(每时间点n=3)。数值按O分钟处注射的SpA的总量进行归一化。数据是平均值，误差条代表土SEM。A-C中的结果代表两次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0102]图5:SpAKKAA-mAb促进小鼠和人类血液中金黄色葡萄球菌的调理吞噬杀灭。(A)来匹卢定(Lepirudin)抗凝血的小鼠血液在同型小鼠抗体对照或SpAKKM_mAb Ollg mr1)的存在下利用5 X IO5CFU金黄色葡萄球菌Newman来培养30分钟，并进行存活测量(n=3)。(B)来匹卢定抗凝血的人类全血在同型小鼠抗体对照或SpAKKAA-mAb(10ug ml-1)的存在下利用5 X IO6CFU金黄色葡萄球菌丽2来培养120分钟，并进行存活测量(η=3)。(C-H)在培养抗凝血的人类血液中的葡萄球菌60分钟时，在用小鼠同型抗体对照(灰色箭头)培养的样品中检测到胞外葡萄球菌簇，而在用SpAKKAA-mAb培养的样品中的中性粒细胞(黑色箭头)内发现葡萄球菌。数据是平均值，误差条代表土SEM。A-H中的结果代表三次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0103]图6:通过mAb3F6产生蛋白A特异的免疫应答。通过ELISA来测量已经接收20 μ g的蛋白 A 变异体(SpA、SpAKK、SpAM> SpAkkaa 和 PBS)和 85 μ g 的 mAb3F6 ( 一种 IgG2a 抗体)或其同型对照的混合物的动物(每组n=5)中的蛋白A特异的抗体滴度。免疫滴度按其同型对照标准进行归一化。数据是平均值，误差条代表土SEM。结果代表两次独立的分析。
[0104]图7:人类免疫球蛋白片段与蛋白A变异体的相互作用。通过ELISA来分析固定化的蛋白A变异体(野生型SpA、SpAffi, SpAaa或SpAkkaa)与人类免疫球蛋白(hlgG)以及其Fe或F(ab)2片段的缔合，并将其按SpA与人类IgG的相互作用进行归一化。SpA变异体的统计显著性与SpA与每一配体(人类IgG、Fc或F(ab)2片段，n=4)的结合进行比较。数据是平均值，误差条代表土SEM。结果代表三次独立的分析。星号表示统计显著性(P〈0.05)。
[0105]图8A-B:SpAKKAA mAb⑶R比对。使用ClustalW2比对来自从杂交瘤细胞系免疫球蛋白基因获得的CDR(互补决定区)的氨基酸序列。*(星号)表示具有单个、完全保守的残基的位置。:(冒号)表示具有强地相似性质-在Gonnet PAM250矩阵中评分>0.5的基团之间的保守。.(句号)表示具有弱地相似性质-在Gonnet PAM250矩阵中评分=〈0.5的基团之间的保守。基于鼠科肾脓肿模型中CFU减少的mAb等级在mAb标识前显示为上标。表明小鼠IgG同型。AVFPMILW-小的(小的+疏水的(包括芳香的-Y))，DE-酸性的，RK-碱性的—H，STYHCNGQ-羟基+巯基+胺+G。
[0106]图9 =SpA单克隆抗体(Spa27)不能引发小鼠中的保护性免疫。㈧检查SpA-mAb (Spa27)和SpAKKAA-mAb (3F6)与固定化的野生型蛋白A (SpA)和缺乏经由Fe Y (SpAffi)、Fab (SpAaa)或Fe Y和Fab (SpAkkaa)的免疫球蛋白结合的变异体的缔合的ELISA (n=3)。(B)通过利用 5 或 50mg.k,的 3F6、5mg.k；1 的 Spa27、或者模拟物(PBS)的腹腔内注射使动物群组(n=9-15)免疫。在免疫后二十四小时，用5X IO6CFU的金黄色葡萄球菌USA300来攻击动物。(A)在攻击后四天，使动物安乐死以计算肾脏中葡萄球菌负荷的数目。
[0107]图10A-E:mAb358A76.1特异性识别葡萄球菌蛋白A的E域。ELISA检查(A)mAbs358A76.1和(B) 3F6与固定化的不产生毒性的蛋白A变异体(SpAkkaa)、各免疫球蛋白结合域和Ckkaa)以及来源于Ekkaa免疫球蛋白结合域(IgBD)的三种螺旋线(Η1、Η2、Η3、Η1+ 2、Η2+3)的合成线性肽的缔合。(C)蛋白A的五种IgBD的氨基酸序列的比对揭示在与其余四种IgBD的保守氨基酸残基不同的E域中的氨基酸残基(虚线框)。在不产生毒性的蛋白A内替换的氨基酸残基通过灰色框来标识。(D)氨基酸序列同源性水平使用ClustalW来比较，数字代表免疫球蛋白结合域之间的氨基酸同源性的百分比。(E)辣根过氧化物酶(HRP)缀合的mAb (358A76.1-HRP和3F6-HRP)与固定在ELISA板中的SpAkkaa的结合在读板仪实验中进行评价，其中SpAkkaa先利用同型对照抗体(IgG2a)或mAb(358A76.1和3F6)来培养以确定结合相同或密切相关的位点的抗体的竞争性抑制。记录OD4tl5nm处的数值并将其按SpAkkaa与HRP缀合SpA特异的mAb的相互作用进行归一化。
[0108]图1lA-B =SpA单克隆抗体358A76.1不能引发小鼠中的保护性免疫。㈧通过利用5mg -k；1的模拟物(IgG2a同型对照mAb)、mAb358A76.1或mAb3F6的腹腔内注射使动物群组(n=10)免疫。在免疫后二十四小时，用5X IO6CFU的金黄色葡萄球菌USA300经由静脉内接种来攻击动物。在攻击后四天，使动物安乐死以计算肾脏中葡萄球菌负荷的数目。(B)抗凝血的小鼠血液在IgG2a同型对照mAb、mAb358A76.1或mAb3F6 (IOlig.πm1)的存在下利用5 X IO5CFU金黄色葡萄球菌USA300 (LAC)来培养30分钟；测量葡萄球菌存活。(C)同型对照抗体、mAb358A76.1或mAb3F6用于扰乱人类IgG与固定在ELISA板上的野生型蛋白A(SpA)的结合。数值按不存在抗体的蛋白A与人类IgG的相互作用进行归一化。
【具体实施方式】
[0109]金黄色葡萄球菌是人类皮肤和鼻孔的共生体，并且是血流、皮肤和软组织感染的主要原因(Klevens等，2007)。葡萄球菌疾病死亡率最近急剧的增长是因为耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株的传播,所述菌株通常不易受抗生素的影响(Kennedy等，2008)。在一个大的回顾研究中，MRSA感染的发病率为美国所有入院中的4.6%(KleVens等，2007)。在美国用于94300个受感染的个体的年度医疗保健费用超过24亿美元(Klevens等，2007)。目前的MRSR 传染病已经引发了必须通过开发预防性疫苗来解决的公共卫生危机(Boucher和Corey，2008)。迄今为止，无法获得FDA批准的预防金黄色葡萄球菌的疫苗。
[0110]本发明人在此描述了葡萄球菌蛋白A结合抗体及其抗原结合决定子。特别地，已经使用缺乏毒性(Fcy相互作用)和针对B细胞的超级抗原活性(Fab相互作用)两者的SpA突变体蛋白制造了一批单克隆抗体。发现许多抗体以高亲和性和特异性与SpA相互作用。重要地，抗体能够抵消葡萄球菌蛋白A的分子机制。另外，当对动物施用时，抗体减少在用毒性的金黄色葡萄球菌攻击后的细菌负荷和脓肿形成。因为这些分子能够阻碍SpA的免疫抑制作用，所以这些抗体还可以增强在葡萄球菌感染后的宿主免疫应答。因此，实施方案的SpA结合分子提供一种新型且有效的途径来处理或预防葡萄球菌疾病。
[0111]1.SPA 多肽
[0112]实施方案的一些方面涉及SpA多肽，例如本文以SEQ ID N0:1所提供的野生型SpA0然而，在一些方面，实施方案涉及突变或变异的SpA多肽，例如缺乏B细胞超级抗原活性和/或非特异性免疫球蛋白结合活性(即结合不依赖于Ig的CDR序列的Ig)的多肽。特别地，一些实施方案涉及与缺乏B细胞超级抗原活性和/或非特异性免疫球蛋白结合活性的SpA多肽特异性结合的多肽(例如包含抗体CDR域的多肽)。
[0113]蛋白A的N端部分由四个或五个56-61个氨基酸残基免疫球蛋白结合域(IgBDA-E)构成；根据实施方案使用的SpA变异体可以是例如包含变异的A、B、C、D和/或E域的全长的SpA变异体。在一些方面，SpA变异体包含与SEQ ID NO: 7的氨基酸序列80%、90%、95%、98%、99%或100%相同的氨基酸序列，或由其构成。在其他的实施方案中，SpA变异体包含SpA的节段。SpA节段可以包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个IgG结合域。IgG域可以是至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的A、B、C、D或E域。在一些方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的A域。在另一方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的B域。在仍另外的方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的C域。在又一另外的方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的D域。在一些方面，SpA变异体包含至少或至多1、2、3、4、5或更多个变异的E域。在另一方面，SpA变异体包含各种组合和排列的A、B、C、D和E域的组合。组合可以包括SpA信号肽节段、SpA区域X节段和/或SpA类别信号节段的全部或部分。在其他方面，SpA变异体不包括SpA信号肽节段、SpA区域X节段和/或SpA类别信号节段。在一些方面，变异的A域包含在SEQ ID N0:4的7、8、34和/或35位的替换。在另一方面，变异的B域包含在SEQ ID NO:6的7、8、34和/或35位的替换。在仍另外的方面，变异的C域包含在SEQID NO:5的7、8、34和/或35位的替换。在一些方面，变异的D域包含在SEQ ID NO:2的9、10、36和/或37位的替换。在另一方面，变异的E域包含在SEQ ID NO: 3的6、7、33和/或34位的替换。
[0114]在一些方面，SpA域D变异体或其等价物可以包含在SEQ ID N0:2的9和36位；9和37位；9和10位；36和37位；10和36位；10和37位;9、36和37位;10、36和37位，
9、10和36位；或9、10和37位的突变。在另一方面，类似的突变可以包含在域A、B、C或E中的一个或更多个中。
[0115]在另外的方面，SEQ ID NO: 2的9位的氨基酸谷氨酰胺(Q)(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、天冬氨酸(D)、半胱氨酸(C)、谷氨酸(E)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸(Y)取代。在一些方面，9位的谷氨酰胺可以用精氨酸(R)替换。在另一方面，SEQ ID N0:2的9位的谷氨酰胺或其等价物可以用赖氨酸或甘氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0116]在另一方面，SEQ ID NO: 2的10位的氨基酸谷氨酰胺(Q)(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、天冬氨酸(D)、半胱氨酸(C)、谷氨酸(E)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸(Y)取代。在一些方面，10位的谷氨酰胺可以用精氨酸(R)替换。在另一方面，SEQ ID N0:2的10位的谷氨酰胺或其等价物可以用赖氨酸或甘氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0117]在一些方面，SEQ ID NO: 2的36位的天冬氨酸⑶(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、精氨酸(R)、半胱氨酸(C)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸⑴取代。在一些方面，36位的天冬氨酸可以用谷氨酸(E)替换。在一些方面，SEQ ID NO: 2的36位的天冬氨酸或其等价物可以用丙氨酸或丝氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0118]在另一方面，SEQ ID NO: 2的37位的天冬氨酸⑶(或在其他SpA域中其相似的氨基酸)可以用丙氨酸(A)、天冬酰胺(N)、精氨酸(R)、半胱氨酸(C)、苯丙氨酸(F)、甘氨酸(G)、组氨酸(H)、异亮氨酸(I)、赖氨酸(K)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、脯氨酸(P)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、缬氨酸(V)、色氨酸(W)或酪氨酸⑴取代。在一些方面，37位的天冬氨酸可以用谷氨酸(E)替换。在一些方面，SEQ ID NO: 2的37位的天冬氨酸或其等价物可以用丙氨酸或丝氨酸替换。任何的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个替换可以明确地排除在外。
[0119] 在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的9位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID N0:2的9位的氨基酸被甘氨酸取代。在另一方面，SEQ ID N0:2的9位的氨基酸被赖氨酸取代。
[0120]在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的10位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID N0:2的10位的氨基酸被甘氨酸取代。在另一方面，SEQ ID NO:2的10位的氨基酸被赖氨酸取代。
[0121]在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的36位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID NO: 2的36位的氨基酸被丝氨酸取代。在另一方面，SEQ ID NO:2的36位的氨基酸被丙氨酸取代。
[0122]在一个具体的实施方案中，SEQ ID N0:2的37位的氨基(或在另外的SpA域中相似的氨基酸)被丙氨酸(A)、甘氨酸(G)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、脯氨酸(P)、丝氨酸(S)或缬氨酸(V)取代。在一些方面，SEQ ID NO: 2的37位的氨基酸被丝氨酸取代。在另一方面，SEQ ID NO:2的37位的氨基酸被丙氨酸取代。
[0123]在一些方面，SpA变异体包括(a)在SpA域A、B、C、D和/或E的IgG Fe结合子域中破坏或降低与IgG Fe的结合的一个或更多个氨基酸替换、和(b)在SpA域A、B、C、D和/或E的Vh3结合子域中破坏或降低与Vh3的结合的一个或更多个氨基酸替换的替换。在仍另外的方面，SpA变异体的氨基酸序列包含至少50%、60%、70%、80%、90%、95%或100% (包括其间的所有值和范围)与SEQ ID NO:2-6的氨基酸序列相同的氨基酸序列。
[0124]在另一方面，SpA变异体包括(a)在SpA域D的IgG Fe结合子域中或在其他IgG域中相应的氨基酸位置处破坏或降低与IgG Fe的结合的一个或更多个氨基酸替换，和(b)在SpA域D的Vh3结合子域中或在其他IgG域中相应的氨基酸位置处破坏或降低与Vh3的结合的一个或更多个氨基酸替换。在一些方面，对域D的IgG Fe结合子域的氨基酸残基F5、Q9、Q10、S11、F13、Y14、L17、N28、131 和 / 或 K35 (SEQ ID NO: 2, QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNES)进行改性或替换。在一些方面,对域D的VH3结合子域的氨基酸残基Q26、G29、F30、S33、D36、D37、Q40、N43和/或E47(SEQ ID NO:2)进行改性或替换，使得与Fe或Vh3的结合减弱。在另外的方面，相应的改性或替换可以在域A、B、C和/或E的相应位置中进行。相应的位置通过比对域D氨基酸序列与来自SpA的其他IgG结合域的一种或更多种氨基酸序列来限定。在一些方面，氨基酸替换可以是其他20中氨基酸中的任何种。在另一方面，保守性的氨基酸替换可以特别地从可能的氨基酸替换中排除。在其他方面，仅包括非保守性的替换。在任何情况下，预期降低域的结合使得SpA毒性显著降低的任何替换或替换的组合。结合降低的显著性是指当引入到受试者中时产生最低毒性到不产生毒性的变异体，并且可以使用本文所述的体外方法进行评价。
[0125]在一些实施方案中，变异的SpA包含至少或至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个变异的 SpA 域 D 肽。在一些方面，对变异 SpA 的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19或更多个氨基酸残基进行替换或改性-包括但不限于域D的IgG Fe结合子域的氨基酸F5、Q9、Q10、S11、F13、Y14、L17、N28、I31和/或K35(SEQ ID NO:2)和域D 的 Vh3 结合子域的氨基酸残基 Q26、G29、F30、S33、D36、D37、Q40、N43 和 / 或 E47 (SEQ IDN0:2)。在一个方面，使SEQ ID N0:2的9位和/或10位的谷氨酸残基(或其他域中的相应位置)突变。在另一方面，使SEQ ID NO: 2的天冬氨酸残基36和/或37 (或其他域中的相应位置)突变。在另一方面，使谷氨酸9和10以及天冬氨酸残基36和37突变。经纯化的本文所述的不产生毒性的SpA或SpA-D突变体/变异体不再能够显著地结合(即证明衰减的或被破坏的结合亲和性)Fe Y或F(ab)2VH3，也不刺激B细胞凋亡。
[0126]预期SpA的变异体还可以在域A、B、C和/或E中包括与上述域D中相同的变异。在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体可以与在域A、B、C、D和E的每个中具有本文所述的KKAA变异的SpA变异体结合。在另外的实施方案中，相同的SpA结合多肽或抗体还可以与在每个域中具有GGSS变异而不是KKAA的变异体结合。另外，在一些实施方案中，SpA结合多肽或抗体可以与变异的Sbi抗原结合，所述变异的Sbi抗原如在SpA中一样在其域的一个或更多个上发生改 变。这样的实例不于图4中。
[0127]此外，预期本文所述的SpA结合多肽或抗体可以能够在结合免疫球蛋白Fe或Fab区域方面与SpA竞争，或可以阻止免疫球蛋白功能的SpA破坏。还预期本文所述的SpA结合多肽或抗体可以或能够扰乱免疫球蛋白功能的SpA破坏或与免疫球蛋白Fe或Fab区域的SpA结合。在一些实施方案中，该性质使得治疗性化合物能够用于处理感染。此外，方法涉及一种能够抵消免疫球蛋白功能的SpA破坏或与免疫球蛋白Fe或Fab区域的SpA结合的SpA结合多肽或抗体。
[0128]不产生毒素的蛋白A变异体可以用作亚单位疫苗，引起体液免疫应答并给与对金黄色葡萄球菌攻击的保护性免疫。与野生型全长蛋白A或野生型SpA-域D相比，利用SpA-D变异体的免疫导致蛋白A特异的抗体增加。其他SpA变异体及其使用方法在PCT公开TO2011/005341号和PCT申请PCT/US11/42845号中提供，两者通过引用并入本文。
[0129]I1.蛋白质的组合物
[0130]替换的变异体一般含有在蛋白质内一个或更多个位点处一个氨基酸与另一个的交换，并可以设计为调整多肽的一个或更多个性质，具有或没有其他功能或性质的损失。替换可以是保守性的，即一个氨基酸用一个相似形状和电荷的氨基酸替代。保守性替换在本领域是众所周知的，包括例如以下的变化:丙氨酸到丝氨酸；精氨酸到赖氨酸；天冬酰胺到谷氨酰胺或组氨酸；天冬氨酸盐到谷氨酸盐；半胱氨酸到丝氨酸；谷氨酸到天冬酰胺；谷氨酸盐到天冬氨酸盐；甘氨酸到脯氨酸；组氨酸到天冬氨酸或谷氨酸；异亮氨酸到亮氨酸或缬氨酸；亮氨酸到缬氨酸或异亮氨酸；赖氨酸到精氨酸；蛋氨酸到亮氨酸或异亮氨酸；苯丙氨酸到酪氨酸、亮氨酸或蛋氨酸；丝氨酸到苏氨酸；苏氨酸到丝氨酸；色氨酸到酪氨酸；酪氨酸到色氨酸或苯丙氨酸；以及缬氨酸到异亮氨酸或亮氨酸。或者，替换可以是非保守性的，使得影响多肽的功能或活性。非保守性的变化一般涉及用化学上不同的残基来替换残基，例如用极性或带电荷的氨基酸替换非极性的或不带电荷的氨基酸，反之亦然。
[0131]蛋白质可以是重组的，或体外合成的。或者，非重组的或重组的蛋白质可以从细菌中分离。还预期可以在组合物和方法中实施含有这种变异体的细菌。然后，蛋白质不需要进行分离。
[0132]术语“功能等价的密码子”在本文中用来指对相同氨基酸编码的密码子，例如用于精氨酸或丝氨酸的六个密码 子，还指对生物等价的氨基酸编码的密码子(参见下表)。
[0133]密码子表
[0134]
【权利要求】
1.一种处理或预防葡萄球菌感染的方法，包括对具有葡萄球菌感染或处于葡萄球菌感染风险中的患者施用有效量的经纯化的SpA结合多肽，所述SpA结合多肽能够特异性结合缺乏非特异性Ig结合活性的SpA变异体的至少两个SpA IgG结合域A、B、C、D和E。
2.权利要求1所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽与至少两个且最多五个SpAIgG 结合域 Akkaa、Bkkaa、Ckkaa、Dkkaa 和 Ekkaa 结合。
3.权利要求2所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽对于至少两个且最多五个SpA IgG 结合域 Akkaa、Bkkaa, Ckkaa, Dkkaa 和 Ekkaa 具有 0.5 X IO9M^1 或更大的缔合常数。
4.权利要求1到3中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽能够降低患者中的葡萄球菌负荷。
5.权利要求1到4中任一项所述的方法，其中抗体能够介导金黄色葡萄球菌的调理吞嗤杀灭。
6.权利要求1到5中任一项所述的方法，其中所述抗体能够扰乱人类IgG与野生型SpA的结合。
7.权利要求1到6中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是人源化的抗体，其包含至少 40% 与来自 5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3或7E2单克隆抗体的CDR氨基序列相同的至少一个氨基酸区域。
8.权利要求1到7中任一项所述的方法，其中处理葡萄球菌感染包括减少患者中的脓肿形成或降低患者中的细菌负荷。
9.权利要求1到8中任一项所述的方法，其中缺乏非特异性Ig结合活性的SpA多肽是SpAkkaa ο
10.权利要求1到9中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽与5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体竞争结合SpAkkaa多肽。
11.权利要求1到10中任一项所述的方法，其中所述抗体对于SpAkkaa多肽具有如通过ELISA 所测量的在约 0.5 X IO9IT1 和 100X IO9IT1 之间、在 1.0X IO9IT1 之间和在 100X IO9M'或2.0X IO9IT1和100X IO9IT1之间的缔合常数。
12.权利要求1到11中任一项所述的方法，进一步包括施用有效量的两种或更多种经纯化的SpA结合多肽。
13.权利要求1到12中任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是重组的。
14.权利要求13所述的方法，其中重组多肽是单域抗体。
15.权利要求14所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是人源化抗体。
16.权利要求1到15任一项所述的方法，其中所述经纯化的SpA结合多肽是人类抗体。
17.权利要求1到16中任一项所述的方法，其中经纯化的多肽是重组多肽，其包含来自SpA结合抗体的一个或更多个⑶R域。
18.权利要求17所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的一个或更多个CDR域。
19.权利要求18所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的两个或更多个CDR域。
20.权利要求18所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的 VH 域或VL域中的三个⑶R域。
21.权利要求1到20中任一项所述的方法，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自 5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3或7E2单克隆抗体的VH域或VL域相同的序列。
22.权利要求20所述的方法，其中所述重组多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的 VH 域和VL域中的六个⑶R域。
23.权利要求1到22中任一项所述的方法，其中所述经纯化的多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的VH域。
24.权利要求1到23中任一项所述的方法，其中所述经纯化的多肽包含来自5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体的VL域。
25.权利要求17所述的方法，其中所述重组多肽包含来自SpA结合抗体的一个或更多个CDR域和来自选自免疫球蛋白、纤连蛋白、脂笼蛋白或金黄色葡萄球菌蛋白Z的多肽的支架。
26.权利要求13所述的方法，其中重组抗体节段有效地连接到第二重组抗体节段。
27.权利要求26所述的方法，其中所述第二重组抗体节段结合第二葡萄球菌蛋白。
28.权利要求1所述的方法，其中所述抗体是5A10、8E2、3A6、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、4C5、4D5、6B2、8D4、2B8、2C3 或 7E2 单克隆抗体。
29.权利要求1到28中任一项所述的方法，进一步包括施用结合第二葡萄球菌蛋白的第二抗体。
30.权利要求1到29中任一项所述的方法，进一步包括施用抗生素或葡萄球菌疫苗组合物。
31.权利要求1到30中任一项所述的方法,其中以0.lmg/kg到500mg/kg的剂量施用所述抗体。
32.一种经纯化的多肽，其包含至少40%与来自SpA结合抗体的一个或更多个抗体⑶R域相同的氨基酸序列，其中所述多肽能够特异性结合缺乏非特异性Ig结合活性的葡萄球菌蛋白A(SpA)多肽变异体的至少两个SpA IgG结合域A、B、C、D和E。
33.权利要求32所述的多肽，其中缺乏非特异性Ig结合活性的SpA多肽是SpAffiAA。
34.权利要求32或33所述的多肽，其中所述多肽与5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体竞争结合SpAkkaa多肽。
35.权利要求32到34中任一项所述的多肽，其中所述多肽对于SpAkkaa多肽具有如通过ELISA 所测量的在约 0.5 X IO9IT1 和 100X IO9IT1 之间、在 1.0XlO9M-1 和 100X IO9IT1 之间、或在2.0X IO9IT1和100X IO9IT1之间的缔合常数。
36.权利要求32到35中任一项所述的多肽，其中所述多肽是单域抗体。
37.权利要求32到36中任一项所述的多肽，其中所述多肽是人源化单克隆抗体。
38.权利要求32到37中任一项所述的多肽，其中经纯化的多肽是人类抗体。
39.权利要求32到37中任一项所述的多肽，其中所述多肽是重组的。
40.权利要求39所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的一个或更多个CDR域相同的氨基酸区域。
41.权利要求40所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的两个CDR域相同的两个或更多个氨基酸区域。
42.权利要求40所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域或VL域的三个⑶R域相同的三个氨基酸区域。
43.权利要求32到42中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自 5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8或1H7单克隆抗体的VH域或VL域相同的序列。
44.权利要求42所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域和VL域的六个CDR域相同的六个氨基酸区域。
45.权利要求44所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VH域。
46.权利要求44所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VL域。
47.权利要求32到46中任一项所述的多肽，其中所述重组多肽包含来自SpA结合抗体的一个或更多个CDR域和来自选自免疫球蛋白、纤连蛋白、脂笼蛋白或金黄色葡萄球菌蛋白Z的多肽的支架。
48.权利要求32到47中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽有效地连接到与第二葡萄球菌蛋白特异性结合的第二重组多肽。
49.权利要求32到48中任一项所述的多肽，其中所述多肽是5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体。
50.权利要求32到49中任一项所述的多肽，其中所述多肽是包含(a)重链和(b)轻链的抗体，其中所述重链包含所述VH区和来自IgGl、IgG2、IgG3或IgG4亚型的人类枢纽区、CHl区、CH2区和CH3区；所述轻链包含所述VL区，和人类kappa CL或人类lambda CL。
51.一种包含权利要求32到50中任一项所述的经纯化的多肽的药物组合物。
52.权利要求51所述的药物组合物，其包含在密封容器中的单个单位剂量的所述经纯化的多肽。
53.权利要求51所述的药物组合物，其包含至少一种第二抗菌剂。
54.权利要求53所述的药物组合物，其中所述第二抗菌剂是抗生素、葡萄球菌疫苗组合物或与第二葡萄球菌蛋白特异性结合的多肽。
55.一种经纯化的与缺乏特异性Ig结合活性的SpA变异体多肽特异性结合的多肽，其中所述多肽对于至少两个且最多五个SpA IgG结合域A_、Bkkaa, Ckkaa, Dkkaa和Ekkaa具有0.5 X 1O9M4或更大的缔合常数。
56.权利要求55所述的多肽，其中所述多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的一个或更多个CDR域相同的氨基酸区域。
57.权利要求55或56所述的多肽，其中所述多肽与5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体竞争结合SpAkkaa多肽。
58.权利要求55到57中任一项所述的多肽，其中所述多肽对于SpAkkaaS肽具有如通过ELISA 所测量的在约 0.5X 1O9IT1 和 100X 1O9IT1 之间、在 1.0X 1O9IT1 之间和在 100X 1O9IT1之间、或在2.0X 1O9IT1和100X 1O9IT1之间的缔合常数。
59.权利要求55到58中任一项所述的多肽，其中所述多肽是单域抗体。
60.权利要求55到59中任一项所述的多肽，其中所述多肽是人源化单克隆抗体。
61.权利要求55到60中任一项所述的多肽，其中经纯化的多肽是人类抗体。
62.权利要求55到60中任一项所述的多肽，其中所述多肽是重组的。
63.权利要求62所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的一个或更多个CDR域相同的氨基酸区域。
64.权利要求63所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的两个CDR域相同的两个或更多个氨基酸区域。
65.权利要求63所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域或VL域的三个⑶R域相同的三个氨基酸区域。
66.权利要求55到65中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自 5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8或1H7单克隆抗体的VH域或VL域相同的序列。
67.权利要求65所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含至少40%与来自5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或1H7单克隆抗体的VH域和VL域的六个CDR域相同的六个氨基酸区域。
68.权利要求67所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5AIO、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VH域。
69.权利要求67所述的多肽，其中所述经纯化的多肽包含5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体的VL域。
70.权利要求55到69中任一项所述的多肽，其中所述重组多肽包含来自SpA结合抗体的一个或更多个CDR域和来自选自免疫球蛋白、纤连蛋白、脂笼蛋白或金黄色葡萄球菌蛋白Z的多肽的支架。
71.权利要求55到70中任一项所述的多肽，其中所述经纯化的多肽有效地连接到与第二葡萄球菌蛋白特异性结合的第二重组多肽。
72.权利要求55到71中任一项所述的多肽，其中所述多肽是5A10、8E2、3A6、7E2、3F6、1F10、6D11、3D11、5A11、1B10、4C1、2F2、8D4、7D11、2C3、4C5、6B2、4D5、2B8 或 1H7 单克隆抗体。
73.权利要求55到72中任一项所述的多肽，其中所述多肽是包含(a)重链和(b)轻链的抗体，其中所述重链包含所述VH区和来自IgGl、IgG2、IgG3或IgG4亚型的人类枢纽区、CHl区、CH2区和CH3区；所述轻链包含所述VL区，和人类kappa CL或人类lambda CL。
74.一种包含权利要求55到73中任一项所述的经纯化的多肽的药物组合物。
75.权利要求74所述的药物组合物，其包含在密封容器中的单个单位剂量的所述经纯化的多肽。
76.权利要求74所述的药物组合物，其包含至少一种第二抗菌剂。
77.一种制备抵消治疗的SpA抗体的方法，包括: a)使用缺乏特异性Ig结合活性的SpA变异体作为抗原来生成单克隆抗体； b)筛选与所述SpA变异体特异性结合的单克隆抗体； c)使筛选的与所述SpA变异体特异性结合的一种或更多种单克隆抗体人源化；和 d)筛选能够抵消SpA抗体的一种或更多种人源化单克隆抗体。
【文档编号】A61K48/00GK103906535SQ201280040136
【公开日】2014年7月2日 申请日期:2012年8月15日 优先权日:2011年8月15日
【发明者】奥拉夫·施内温德, 多米尼克·M·曼森阿卡斯, 金焕文, 卡拉·艾默罗, 安德里亚·迪登 申请人:芝加哥大学
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