1.一种用于构建DNA谱的方法,所述方法包括:
提供核酸样品,
在多重反应中用多种引物扩增所述核酸样品以生成扩增产物,所述多种引物与包含单核苷酸多态性(SNP)的至少一种靶序列和包含串联重复的至少一种靶序列特异性杂交,以及
确定在所述扩增产物中的所述至少一种SNP和所述至少一种串联重复的基因型,从而构建所述核酸样品的DNA谱。
2.如权利要求1所述的方法,所述方法包括从所述扩增产物生成核酸文库。
3.如权利要求2所述的方法,所述方法包括确定所述核酸文库的序列。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其中所述核酸样品来自人类。
5.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其中所述核酸样品来自环境样品、植物、非人类动物、细菌、古细菌、真菌或病毒。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法,其中所述至少一种SNP指示所述核酸样品的来源的祖先或表型特征。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法,其中所述DNA谱被用于疾病诊断或预后、癌症生物标志物鉴定、遗传异常鉴定或遗传多样性分析的一种或更多种。
8.如权利要求1-6中任一项所述的方法,其中所述DNA谱被用于数据库分析、法医、刑事案件工作、亲子鉴定或个人鉴定的一种或更多种。
9.如权利要求1-8中任一项所述的方法,其中所述多种引物的每种具有低的解链温度和/或具有至少24个核苷酸的长度。
10.如权利要求9所述的方法,其中所述多种引物的每种具有小于60℃的解链温度。
11.如权利要求9所述的方法,其中所述多种引物的每种具有为约50℃至约60℃的解链温度。
12.如权利要求9-11中任一项所述的方法,其中所述多种引物的每种具有至少24个核苷酸的长度。
13.如权利要求9-11中任一项所述的方法,其中所述多种引物的每种具有约24个核苷酸至约38个核苷酸的长度。
14.如权利要求9-13中任一项所述的方法,其中所述多种引物的每种包含同聚物核苷酸序列。
15.如权利要求1-14中任一项所述的方法,其中所述核酸样品通过聚合酶链式反应(PCR)来扩增。
16.如权利要求15所述的方法,其中在具有相比于连同常规设计的引物一起使用的扩增缓冲液的盐浓度增加的盐浓度的扩增缓冲液中扩增所述核酸样品。
17.如权利要求16所述的方法,其中所述盐包括KCl、LiCl、NaCl或其组合。
18.如权利要求16所述的方法,其中所述盐包括KCl。
19.如权利要求18所述的方法,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度为约100mM至约200mM。
20.如权利要求18所述的方法,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度小于约150mM。
21.如权利要求18所述的方法,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度为约145mM。
22.如权利要求1-21中任一项所述的方法,其中所述SNP是祖先SNP、表型SNP、身份SNP或其组合。
23.如权利要求1-22中任一项所述的方法,其中所述多种引物与至少30种SNP特异性杂交。
24.如权利要求1-22中任一项所述的方法,其中所述多种引物与至少50种SNP特异性杂交。
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法,其中所述串联重复是短串联重复(STR)、中度串联重复(ITR)或其变体。
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法,其中所述多种引物与至少24种串联重复序列特异性杂交。
27.如权利要求1-25中任一项所述的方法,其中所述多种引物与至少60种串联重复序列特异性杂交。
28.如权利要求1-27中任一项所述的方法,其中所述核酸样品包含约100pg至约100ng DNA。
29.如权利要求1-27中任一项所述的方法,其中所述核酸样品包含约10pg至约100pg DNA。
30.如权利要求1-27中任一项所述的方法,其中所述核酸样品包含约5pg至约10pg DNA。
31.如权利要求1-30中任一项所述的方法,其中所述核酸样品包括基因组DNA。
32.如权利要求31所述的方法,其中所述基因组DNA来自法医样品。
33.如权利要求31或32所述的方法,其中所述基因组DNA包含降解的DNA。
34.如权利要求1-33中任一项所述的方法,其中所述至少一种SNP和所述至少一种串联重复的基因型的至少50%被确定。
35.如权利要求1-33中任一项所述的方法,其中所述至少一种SNP和所述至少一种串联重复的基因型的至少80%被确定。
36.如权利要求1-33中任一项所述的方法,其中所述至少一种SNP和所述至少一种串联重复的基因型的至少90%被确定。
37.如权利要求1-33中任一项所述的方法,其中所述至少一种SNP和所述至少一种串联重复的基因型的至少95%被确定。
38.如权利要求1-37中任一项所述的方法,其中所述多种引物的每种包含一种或更多种标签序列。
39.如权利要求38所述的方法,其中所述一种或更多种标签序列包括引物标签、捕获标签、测序标签、独特分子标识符标签或其组合。
40.如权利要求38所述的方法,其中所述一种或更多种标签序列包括引物标签。
41.如权利要求38所述的方法,其中所述一种或更多种标签序列包括独特分子标识符标签。
42.一种构建核酸文库的方法,所述方法包括:
提供核酸样品,以及
在多重反应中用多种引物扩增所述核酸样品以生成扩增产物,所述多种引物与包含单核苷酸多态性(SNP)的至少一种靶序列和包含串联重复序列的至少一种靶序列特异性杂交。
43.如权利要求42所述的方法,其中在所述扩增之前,所述核酸样品不被片段化。
44.如权利要求42或43所述的方法,其中在所述扩增之前,所述靶序列不被富集。
45.如权利要求42-44中任一项所述的方法,其中所述至少一种SNP指示所述核酸样品的来源的祖先或表型特征。
46.如权利要求42-45中任一项所述的方法,其中所述多种引物的每种包含一种或更多种标签序列。
47.如权利要求46所述的方法,其中所述一种或更多种标签序列包括引物标签、捕获标签、测序标签、或独特分子标识符标签或其组合。
48.如权利要求42-47中任一项所述的方法,所述方法包括用第二多种引物扩增所述扩增产物。
49.如权利要求48所述的方法,其中所述第二多种引物的每种包含对应于所述多种引物的引物标签的部分和一种或更多种标签序列。
50.如权利要求49所述的方法,其中所述第二多种引物的一种或更多种标签序列包括捕获标签或测序标签或其组合。
51.如权利要求48-50中任一项所述的方法,所述方法包括将单链结合蛋白(SSB)添加至所述扩增产物。
52.如权利要求42-51中任一项所述的方法,其中所述核酸样品和/或所述扩增产物通过聚合酶链式反应(PCR)来扩增。
53.如权利要求52所述的方法,其中在具有相比于连同常规设计的引物一起使用的扩增缓冲液的盐浓度增加的盐浓度的扩增缓冲液中扩增所述核酸样品和/或所述扩增产物。
54.如权利要求53所述的方法,其中所述盐包括KCl、LiCl、NaCl或其组合。
55.如权利要求53所述的方法,其中所述盐包括KCl。
56.如权利要求55所述的方法,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度为约100mM至约200mM。
57.如权利要求55所述的方法,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度小于约150mM。
58.如权利要求55所述的方法,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度为约145mM。
59.一种核酸文库,所述核酸文库使用权利要求42-58中任一项所述的方法构建。
60.一种核酸文库,所述核酸文库包含多种核酸分子,其中所述多种核酸分子包括侧翼为第一对标签序列的至少一种串联重复序列和侧翼为第二对标签序列的至少一种单核苷酸多态性(SNP)序列。
61.如权利要求60所述的方法,其中所述至少一种SNP指示所述多种核酸分子的来源的祖先或表型特征。
62.多种引物,所述多种引物与核酸样品中的至少一种短靶序列和至少一种长靶序列特异性杂交,其中在单个多重反应中使用所述多种引物扩增所述核酸样品产生至少一种短扩增产物和至少一种长扩增产物,其中所述多种引物的每种包含一种或更多种标签序列。
63.如权利要求62所述的多种引物,其中所述短靶序列包含单核苷酸多态性(SNP)且所述长靶序列包含串联重复。
64.如权利要求62或63所述的多种引物,其中所述一种或更多种标签序列包括引物标签、捕获标签、测序标签、独特分子标识符标签或其组合。
65.如权利要求62-64中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物的每种具有低的解链温度和/或具有至少24个核苷酸的长度。
66.如权利要求65所述的多种引物,其中所述多种引物的每种具有小于60℃的解链温度。
67.如权利要求65所述的多种引物,其中所述多种引物的每种具有为约50℃至约60℃的解链温度。
68.如权利要求65-67中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物的每种具有至少24个核苷酸的长度。
69.如权利要求65-67中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物的每种具有约24个核苷酸至约38个核苷酸的长度。
70.如权利要求65-69中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物的每种包含同聚物核苷酸序列。
71.如权利要求62-70中任一项所述的多种引物,其中所述核酸样品通过聚合酶链式反应(PCR)来扩增。
72.如权利要求63-71中任一项所述的多种引物,其中所述SNP是祖先SNP、表型SNP、身份SNP或其组合。
73.如权利要求62-72中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物与至少30种SNP特异性杂交。
74.如权利要求62-72中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物与至少50种SNP特异性杂交。
75.如权利要求63-74中任一项所述的多种引物,其中所述串联重复是短串联重复(STR)、中度串联重复(ITR)或其变体。
76.如权利要求62-75中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物与至少24种串联重复序列特异性杂交。
77.如权利要求62-75中任一项所述的多种引物,其中所述多种引物与至少60种串联重复序列特异性杂交。
78.一种试剂盒,所述试剂盒包含至少一种容器装置,其中所述至少一种容器装置包含权利要求62-77中任一项所述的多种引物。
79.如权利要求78所述的试剂盒,所述试剂盒还包含用于扩增反应的试剂。
80.如权利要求79所述的试剂盒,其中所述试剂是用于聚合酶链式反应(PCR)的扩增缓冲液。
81.如权利要求80所述的试剂盒,其中所述扩增缓冲液包括相比于连同常规设计的引物一起使用的扩增缓冲液的盐浓度增加的盐浓度。
82.如权利要求81所述的试剂盒,其中所述盐包括KCl、LiCl、NaCl或其组合。
83.如权利要求81所述的试剂盒,其中所述盐包括KCl。
84.如权利要求83所述的试剂盒,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度为约100mM至约200mM。
85.如权利要求83所述的试剂盒,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度小于约150mM。
86.如权利要求83所述的试剂盒,其中所述扩增缓冲液中的KCl的浓度为约145mM。