1.制备用于测序的靶核酸群体的方法，所述方法包括：
(a)提供具有包含捕捉部分的表面的基底；
(b)使所述表面与包含多个模板核酸和转座体的反应体积接触，其中每个转座体包含转座子序列和转座酶，其中通过使靶核酸与多个转座体接触来制备所述模板核酸；并且
(c)将所述模板核酸与所述捕捉部分缔合。
2.权利要求1的方法，其还包括(d)测序缔合的模板核酸。
3.权利要求2的方法，其还包括在(c)之后和(d)之前扩增缔合的模板核酸。
4.权利要求3的方法，其中所述扩增包括桥式扩增。
5.权利要求1-4中任一项的方法，其中(a)还包括提供包含所述靶核酸和所述转座体的样品。
6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述样品包含聚合酶和/或连接酶。
7.权利要求1-6中任一项的方法，其中通过在所述表面的存在下使所述靶核酸与所述多个转座体接触来制备所述模板核酸。
8.权利要求1-6中任一项的方法，其中在使所述表面与包含多个模板核酸和转座酶的反应体积接触之前，通过使所述靶核酸与所述多个转座体接触来制备所述模板核酸。
9.权利要求1-8中任一项的方法，其中在使所述表面与所述反应体积接触后，将聚合酶和/或连接酶添加到所述反应体积中。
10.权利要求9的方法，其中步骤(c)包括用所述聚合酶或用聚合酶和连接酶延伸所述模板核酸。
11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述捕捉部分是捕捉探针。
12.权利要求11的方法，其中所述捕捉探针包括核酸。
13.权利要求12的方法，其中步骤(c)包括使所述模板核酸与所述捕捉探针杂交。
14.权利要求1-13中任一项的方法，其中步骤(c)包括制备单链模板核酸。
15.权利要求11-14中任一项的方法，其中步骤(c)包括使所述捕捉探针和所述模板核酸与重组酶接触。
16.权利要求1-15中任一项的方法，其中所述模板核酸和所述捕捉部分各自包含亲和部分。
17.权利要求16的方法，其中所述亲和部分选自生物素，抗生物素蛋白和链霉抗生物素蛋白。
18.权利要求16-17中任一项的方法，其中步骤(c)包括将所述模板核酸的亲和部分与所述捕捉探针的亲和部分结合。
19.权利要求1-18中任一项的方法，其中所述转座子序列包含选自条形码，UMI，测序引物和片段化位点的序列。
20.权利要求19的方法，其还包括切割所述片段化位点。
21.权利要求20的方法，其中在步骤(c)之后切割所述片段化位点。
22.权利要求1-21中任一项的方法，其中至少一个转座体包含两个转座子序列。
23.权利要求22的方法，其中所述转座子序列是不同的。
24.权利要求1-23中任一项的方法，其中在步骤(b)之后除去所述转座酶。
25.权利要求1-23中任一项的方法，其中在(c)之后除去所述转座酶。
26.权利要求1-25中任一项的方法，其中通过使所述转座酶与蛋白酶或SDS接触来除去所述转座酶。
27.权利要求1-26中任一项的方法，其中所述转座酶选自Tn5，Tn5的变体，超活性Tn5，Tn10和Mu。
28.权利要求1-27中任一项的方法，其中至少一个转座体不同于至少一个其它转座体。
29.权利要求1-28中任一项的方法，其中使用所述模板核酸在表面上的接近性确定从所述模板核酸获得的序列在所述靶核酸序列的线性表示中的接近性。
30.权利要求29的方法，其中确定所述表面上彼此更接近的模板核酸包含与较不接近的模板核酸相比在所述靶核酸序列的表示中更接近的序列。
31.权利要求29-30中任一项的方法，其中所述靶核酸序列的表示包括单倍型信息。
32.权利要求1-31中任一项的方法，其中所述靶核酸选自DNA和RNA。
33.权利要求1-31中任一项的方法，其中所述靶核酸选自基因组DNA和cDNA。
34.权利要求33的方法，其中所述靶核酸是基因组DNA。
35.权利要求1-34中任一项的方法，其中所述基底选自由至少一种珠，载玻片，流动池，通道，浸渍片和孔组成的组。
36.权利要求1-35中任一项的方法，其中所述表面包含每mm2至少约10,000个缔合的模板核酸。
37.权利要求1-35中任一项的方法，其中所述表面包含每mm2至少约100,000个缔合的模板核酸。
38.权利要求1-35中任一项的方法，其中所述表面包含每mm2至少约1,000,000个缔合的模板核酸。
39.用于对权利要求1-38中任一项所述的靶核酸测序的反应容器，其包含：
包含具有捕捉部分的表面的基底；和
与所述表面流体连通的反应体积，所述反应体积包含：
转座酶，
通过使靶核酸与多个转座体接触而制备的多个模板核酸，每个转座体包含转座子序列和所述转座酶，以及
聚合酶或连接酶。
40.权利要求39的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，其中所述捕捉探针附着在所述表面上的形成重复模式的位点处。
41.权利要求40的反应容器，其中所述捕捉探针被限制在所述表面上的所述位点，且在所述位点之间的间隙区域处不存在。
42.权利要求39-41中任一项的反应容器，其中所述反应体积同时包含用于反应步骤的反应物，所述步骤包括：
将所述转座子序列转座到所述靶核酸中；
用所述聚合酶，或聚合酶和连接酶延伸所述模板核酸；和
将所述模板核酸与所述捕捉部分缔合。
43.权利要求39-42中任一项的反应容器，其中所述反应体积配置用于包括在蛋白酶或SDS的存在下去除所述转座酶的反应步骤。
44.权利要求39-43中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述反应体积配置用于在重组酶存在下将所述模板核酸与所述捕捉探针缔合。
45.权利要求39-44中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述反应体积配置用于扩增与所述捕捉探针缔合的所述模板核酸。
46.权利要求45的反应容器，其中所述扩增是桥式扩增。
47.权利要求39-46中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述反应体积包含试剂，其用于将所述转座子序列序贯转座到所述靶核酸中；然后用所述聚合酶或用所述聚合酶和连接酶延伸所述模板核酸；然后将所述模板核酸与所述捕捉探针缔合。
48.权利要求39-47中任一项的反应容器，其中所述反应体积包括在蛋白酶或SDS的存在下除去所述转座酶的试剂。
49.权利要求39-48中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述反应体积包含用于在重组酶存在下将所述模板核酸与所述捕捉探针缔合的试剂。
50.权利要求39-49中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述反应体积包括用于扩增与所述捕捉探针缔合的模板核酸的试剂。
51.权利要求39-50中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述模板核酸与所述捕捉探针缔合。
52.权利要求39-51中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述捕捉探针包括核酸。
53.权利要求39-52中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述模板核酸与所述捕捉探针杂交。
54.权利要求39-53中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述模板核酸中的至少一种和所述捕捉探针中的至少一种各自包含亲和部分。
55.权利要求54的反应容器，其中所述亲和部分选自生物素，抗生物素蛋白和链霉抗生物素蛋白。
56.权利要求39-55中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述捕捉探针包括重组酶。
57.权利要求54-55中任一项的反应容器，其中所述模板核酸中的至少一种的亲和部分附着到所述捕捉探针中的至少一种的亲和部分。
58.权利要求39-57中任一项的反应容器，其中所述转座酶选自Tn5，Tn5变体，超活性Tn5，Tn10和Mu。
59.权利要求39-58中任一项的反应容器，其中所述转座子序列包含选自条形码，UMI，测序引物和片段化位点的序列。
60.权利要求39-59中任一项所述的反应容器，其中所述转座体包含两个转座子。
61.权利要求60的反应容器，其中所述转座子序列彼此不同。
62.权利要求39-61中任一项的反应容器，其中所述靶核酸选自DNA和RNA。
63.权利要求39-62中任一项的反应容器，其中所述靶核酸选自基因组DNA和cDNA。
64.权利要求63的方法，其中所述靶核酸是基因组DNA。
65.权利要求39-64中任一项的反应容器，其中所述基底选自由至少一种珠，载玻片，流动池，通道，浸渍片和孔组成的组。
66.权利要求39-65中任一项的反应容器，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中所述模板核酸与所述捕捉探针缔合。
67.权利要求39-66中任一项所述的反应容器，其中所述表面包含每mm2至少约10,000个模板核酸。
68.权利要求39-66所述的反应容器，其中所述表面包含每mm2至少约100,000个模板核酸。
69.权利要求39-66所述的反应容器，其中所述表面包含每mm2至少约1,000,000个模板核酸。
70.权利要求39-69中任一项的反应容器，其中在所述靶核酸序列的线性表示中从两个模板核酸获得的序列接近性信息指示所述模板核酸在所述表面上的接近性。
71.权利要求39-69中任一项的反应容器，其中在所述表面上彼此更接近的模板核酸包含与在较不接近的模板核酸相比在所述靶核酸序列的表示中更接近的序列。
72.权利要求70-71中任一项的反应容器，其中所述靶核酸序列的表示包括单倍型表示。
73.流动池，其包括权利要求39-72中任一项的反应容器。
74.用于对靶核酸测序的系统，其包括：
权利要求39-72中任一项的反应容器；
用于调节所述反应容器的温度的热循环仪；和
用于收集来自所述反应容器的信号的检测器。
75.权利要求74的系统，其包含处理器，所述处理器包含调节所述反应容器的温度以实施步骤的指令，所述步骤包括：
将所述转座子序列转座到所述靶核酸中，
用所述聚合酶或连接酶延伸所述模板核酸，并且
将所述模板核酸与所述捕捉部分缔合。
76.权利要求75的系统，其中所述捕捉部分是多个捕捉探针，并且其中调节所述反应容器的温度以实施步骤的指令包括扩增与所述捕捉探针缔合的所述模板核酸。
77.权利要求76的系统，其中所述扩增是桥式扩增。