在又一个方面，本发明涉及一种用于诊断胃息肉或胃癌的核酸芯片，该核酸芯片 上已固定有能够在严谨条件下与包含配体蛋白聚糖_2(SDC2)基因的CpG岛的片段杂交的 探针。
[0060] 在本发明中，探针可以选自由SEQ ID NO :8到13所示碱基序列组成的组，并且其 具体实例如下：
[0061] SDC2
[0062] 1) 5'-cggagctgcc aatcggcgtg taatcctgta-3'（SEQ ID NO :8)
[0063] 2)5'-ctgccgtagc tccctttcaa gccagcgaat ttattcctta aaaccagaaa-3' （SEQ ID NO ：9)
[0064] 3)5'-gcacgggaaa ggagtccgcg gaggagcaaa accacagcag agcaagaaga-3' (SEQ ID NO ：10)
[0065] 4) 5' -gcagccttcc cggagcacca actccgtgtc gggagtgcag aaaccaacaa gtgagagggc-3' (SEQ ID NO： 11)
[0066] 5)5'-cccgagcccg agtccccgag cctgagccgc aatcgctgcg gtactctgct-3' (SEQ ID NO ：12)
[0067] 6)5'-cttggtggcc tgcgtgtcgg cggagtcggt gagtgggcca-3'（SEQ ID NO :13)
[0068] 修饰核酸序列探针
[0069] Γ ) 5,-cggagttgtt aatcggcgtg taattttgta-3，（SEQ ID NO :14)
[0070] 2')5' -ttgtcgtagt ttttttttaa gttagcgaat ttatttttta aaattagaaa-3' (SEQ ID NO ：15)
[0071] 3')5' -gtacgggaaa ggagttcgcg gaggagtaaa attatagtag agtaagaaga-3' (SEQ ID NO ：16)
[0072] 4') 5'-gtagtttttt cggagtatta atttcgtgtc gggagtgtag aaattaataa gtgagagggt-3' (SEQ ID NO： 17)
[0073] 5')5' -ttcgagttcg agttttcgag tttgagtcgt aatcgttgcg gtattttgtt-3' (SEQ ID NO ：18)
[0074] 6'）5'-tttggtggtt tgcgtgtcgg cggagtcggt gagtgggtta-3'（SEQ ID NO :19)
[0075] 使用的诊断试剂盒或本发明的核酸芯片，能够测定样品中胃组织细胞的异常生长 (发育异常的进展）。该方法包括测定从样品中分离的至少一个核酸的甲基化阶段，其中将 所述至少一个核酸的甲基化状态与从没有胃细胞的异常生长（发育异常进展）的样品中分 离的核酸的甲基化节段进行比较。
[0076] 在本发明的另一个实施方式中，可通过使用所述试剂盒或核酸芯片检查标记基因 的甲基化来检测转化的胃癌细胞。
[0077] 在本发明的又一实施方式中，可通过使用所述试剂盒或核酸芯片检查标记基因的 甲基化来诊断胃癌。
[0078] 在本发明的又一个实施方式中，可以通过使用所述试剂盒或核酸芯片检查显示为 正常表型的样品中的标记基因的甲基化，诊断进展为胃癌的可能性。用于本发明中的样品 可以是固体或液体组织、细胞、粪便、尿、血清或血浆。
[0079] 在本文中使用的主要术语的定义如下。
[0080] 如本文所用，术语"细胞转化"是指细胞特性从一种形式到另一种形式的变化，例 如从正常变成异常、非肿瘤变成肿瘤、未分化变成分化、干细胞变成非干细胞。另外，转化可 通过细胞的形态学、表型、生化特性等来识别。
[0081] 如本文所用，术语癌症的"早期检测"是指在转移前发现癌症的可能性，优选在观 察到组织或细胞的形态变化之前。此外，术语细胞转化的"早期检测"是指细胞在形态上被 标示为转化之前，细胞在其早期阶段经历转化的高可能性。
[0082] 如本文所用，术语"高度甲基化"是指CpG岛的甲基化。
[0083] 如本文所用，术语"样品"或"临床样品"在其最广义上是指，并且包括根据要进行 的测定法的类型，从个体、体液、细胞系、组织培养物获得的任何生物学样品。用于从哺乳动 物获得组织活检和体液的方法是现有技术中公知的。胃组织活检是优选的来源。
[0084]胃癌的生物标记物在比较癌细胞和正常细胞中的应用
[0085] 在本发明中，"正常"细胞是指那些没有显示任何异常形态学或细胞学改变的细 胞。"肿瘤"细胞是癌细胞。"非肿瘤"细胞是那些作为患病组织的一部分，但不被认为是肿 瘤的一部分的细胞。
[0086] 在一个方面，本发明是基于对胃癌和SDC2(NM_002998,配体蛋白聚糖2)基因的甲 基化之间的关系的发现。
[0087] 在本发明的另一个实施方式中，可以通过使用本发明的试剂盒或核酸芯片测定来 自受试者的至少一种核酸的甲基化程度，在早期阶段诊断胃组织细胞的细胞增殖性病症。 在此，该至少一种核酸的甲基化状态可以与从没有胃组织的细胞增殖性病症的受试者中分 离的至少一种核酸的甲基化状态进行比较。该核酸优选含有CpG的核酸，例如CpG岛。 [0088] 在本发明的另一个实施方式中，可以通过使用本发明的试剂盒或核酸芯片测定 受试者的至少一种核酸的甲基化来诊断胃组织的细胞增殖性病症。这里，核酸可以是 SDC2 (NM_002998,配体蛋白聚糖2)。在本实施方式中，该至少一种核酸的甲基化可以与从没 有胃组织的细胞增殖性病症倾向的受试者中分离的至少一种核酸的甲基化状态进行比较。
[0089] 如本文所用，"倾向"是指易感细胞增殖性病症的性质。具有细胞增殖性病症倾向 的受试者还没有细胞增殖性病症，但却是细胞增殖性病症可能性增加的受试者。
[0090] 在另一个方面，本发明提供了用于诊断胃组织的细胞增殖性病症的方法，所述方 法包括将包含核酸的样品与能够测定样品的甲基化状态的试剂相接触，并且测定至少一种 核酸的至少一个区域的甲基化。这里，在至少一种核酸的至少一个区域的甲基化不同于在 没有细胞异常生长的受试者中存在的核酸的同一区域的甲基化状态。
[0091] 本发明的方法包括测定从受试者分离的至少一种核酸的至少一个区域的甲基化 的步骤。如本文所用的术语"核酸"或"核酸序列"是指寡核苷酸、核苷酸或多核苷酸或其片 段，或者是基因组或合成来源的单链或双链DNA或RNA，基因组或合成来源的有义或反义链 DNA或RNA，肽核酸（PNA)，或者是天然或合成来源的任何DNA样或RNA样材料。对于本领域 技术人员显而易见的是，当核酸是RNA时，脱氧核苷酸A、G、C和T分别由核糖核苷酸A、G、 C和U代替。
[0092] 在本发明中可使用任何核酸，只要可以检测到在其中进行了不同甲基化的CpG岛 的存在。CpG岛是在核酸序列中富含CpG的区域。
[0093] 甲基化
[0094] 在本发明中，可使用任何纯化或者非纯化形式的核酸样品，只要其含有或者怀疑 其含有包括把位点的核酸序列（例如含CpG的核酸）。能够被差异性地甲基化的一种核酸 区域是CpG岛，一种与二核苷酸CpG的其他核酸区相比具有增加的密度的核酸序列。CpG二 核苷酸（doublet)仅仅以大约20%的频率出现在脊椎动物DNA中，其可被预期来自一部分 G*C碱基对。在一些区域中，CpG二核苷酸的密度达到预测值；其相对于其余基因组增加了 10倍。CpG岛具有大约60%的平均G*C含量，并且主体DNA具有大约40%的平均G*C含量。 该岛采取典型地大约1到2千碱基长的DNA延伸形式。在人类基因中存在大约45, 000个 这样的岛。
[0095] 在许多基因中，CpG岛紧邻启动子的上游开始，并向下游延伸到转录区中。在启动 子的CpG岛的甲基化常常遏制基因表达。该岛还可围绕基因编码区的5'区和编码区的3' 区。因此，可在包括如下区域的多个区域中发现CpG岛，即，包括启动子区的调控区的编码 序列上游、编码区（例如外显子）、编码区的下游，例如增强子区和内含子。
[0096] 典型地，含CpG的核酸是DNA。然而，本发明的方法可以采用，例如，含有DNA，或含 有DNA和RNA的mRNA的样品，其中DNA或RNA可以是单链或双链的，或者可以在样品中包 括DNA-RNA杂交体。
[0097] 也可采用核酸的混合物。待测的特定核酸序列可以是较大分子序列的一部分，或 者可以作为离散分子存在，因此特定序列构成了整个核酸。待研宄的核酸序列最初不需要 以纯的形式存在，核酸序列可以是（诸如包含在整个人类DNA中的）复合体混合物的很 小的部分。样品中所含的用于检测甲基化的CpG岛的核酸可通过各种技术来提取，诸如 由 Sambrook 等人描述的技术（Molecular Cloning:A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor，Ν· Y.，1989)。
[0098] 从受试者分离的核酸得自受试者的生物样品。如果想要检测胃癌或者胃癌发展的 阶段，可通过刮取或者生物活检从胃组织分离核酸。这些的样品可通过本领域技术人员已 知的各种手术而得到。
[0099] 在本发明的一个方面，与没有胃组织的细胞增殖性病症的受试者的核酸的相同区 域相比，从受试者得到的样品的核酸的甲基化状态是高甲基化的。这里使用的"高甲基化" 是指在一个或多个核酸中甲基化等位基因的存在。当检查相同的核酸时，来自没有胃组织 的细胞增殖性病症的受试者的核酸不含有可检测到的甲基化等位基因。
[0100] 个体基因和组
[0101] 可以理解的是，