构建芥菜ssr遗传图谱的引物组及遗传图谱的构建方法_4

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液,几乎注满空 隙。控制速度,减少气泡的产生,如有气泡,可用细铁丝赶走。
[0292] ⑥立即将合适的梳子轻轻插到凝胶中,用力均勾,小心勿使梳齿下留有气泡。梳子 的顶端应略高于玻璃板的上沿。
[0293] ⑦丙烯酰胺于室温聚合30-60min,冬天则放入30°C烘箱中。若凝胶回缩明显,应 补加溶液。凝胶完全聚合时可见梳齿下两条折光线。
[0294] ⑧拔梳子:用IXTBE浸润凝胶的顶端2_4min,小心拔出梳子,立即用IXTBE冲 洗一下加样孔,防止残留的少量丙烯酰胺溶液在加样孔聚合,梳孔不整齐。加入电泳液 (1XTBE),外侧(正极)没过玻璃板7-8cm即可,内侧(负极)没过短玻璃板。
[0295] ⑨每20 μ L PCR产物中加2 μ L上样缓冲液,混勾,点样2 μ L。
[0296] ⑩电泳:240V,120mA,距到 2/3 处停下(约 I. 5h)。
[0297] PAGE胶的染色采用快速银染法,具体步骤如下:
[0298] ①染色:聚丙烯酰胺凝胶电泳结束后,卸下玻璃板,将凝胶转移至染色液中,室温 下于摇床上以40rpm振荡8-10min。
[0299] ②清洗:将凝胶转移置另一容器中,用dH20清洗凝胶2次,20-30s,第二次清洗 20-30s后,加入微量显色液,稍振荡后倒掉变黑的显色液。
[0300] ③显色:将凝胶转移置含500mL已配好的显色液中,室温下,以40rpm在摇床上振 荡至清晰带纹出现(约5min)。
[0301] ④清洗:倒尽显色液,并用dH20冲洗2-3次。
[0302] ⑤拍照:将PAGE胶小心的转移到白色底板上,并用吸水纸吸走多余的水分,拍照。
[0303] 4.芥菜SSR遗传图谱的构建
[0304] 构建芥菜SSR遗传图谱,具体包括:
[0305] (1)利用第2部分提取的亲本及200株F2作图群体的基因组DNA,利用第3部分筛 选获得的SSR引物,进行PCR反应。反应体系、反应程序及PCR产物检测与第3部分相同。
[0306] (2)根据电泳结果构建芥菜SSR遗传图谱
[0307] F2群体中,对共显性标记,与亲本榨菜相同带型记为A,与亲本叶芥相同带型记为 B,杂合子带型记为H;对显性标记,相同于榨菜的杂合带型(有带)记为c,纯合带(无带) 型记为a,相同于叶芥的杂合带型(有带)记为d,纯合带型(无带)记为b,缺失或模糊带 型记为对于能扩增出多位点或者双位点的标记来说,利用DNA片段的大小顺序在标记 的名称后面加上小写字母(a、b、c等)来区别。
[0308] 数据统计结束后,将植株编号与对应的标记基因型输入Excel表中。分析112对 弓丨物所产生的199个SSR标记在F2群体中的分离,利用X 2测验(p〈0. 05水平上)进行适 合性检测,其中59个标记发生了偏分离,去除部分偏分离较为严重(p〈0. 001)的标记共57 个。
[0309] 剔除偏分离分子标记后,利用Join Map 4. 0软件对142个标记进行连锁分 析,最终得到一张由116个SSR分子标记组成,平均图距为17. 92cM,覆盖基因组长度为 2061. OcM,包含17个连锁群的芥菜遗传图谱(图1和表2)。
[0310] 表2 SSR分子标记在分子遗传图谱上的分布
[0311]
[0312]

【主权项】
1.构建芥菜SSR遗传图谱的引物组,其特征在于,包括以下112对引物: BjSSROOOl正向引物SEQ ID NO. I :AAATCCCCAAAAACCTAGAG 反向引物SEQ ID NO. 113 :CTCATCCATCTCCTCGTCT BjSSR0002正向引物SEQ ID NO. 2 :CTTCGTTTGCGCGTTTT 反向引物SEQ ID NO. 114 :ATGATGGTCTCCITTTGITG BjSSR0004正向引物SEQ ID NO. 3 :AAGAAGTCGAGTAGTCGCAG 反向引物SEQ ID NO. 115 :AAACGAACAATACTTCCCG BjSSR0008正向引物SEQ ID NO. 4 :ATGGAGCACATCTCAAAGAC 反向引物SEQ ID NO. 116 :CITTTGITGTGATGACCCTT BjSSR0019正向引物SEQ ID NO. 5 :GAAACACAAACGCAGCA 反向引物SEQ ID NO. 117 :ACAGGCAITGTAGGAGACAC BjSSR0023正向引物SEQ ID NO. 6 :TAAGCAGAGAAAGAAATGGG 反向引物SEQ ID NO. 118 :AGATCTCTGGAGITGGGAGT BjSSR0166正向引物SEQ ID NO. 7 :GAACAACAACTCATCCACCT 反向引物SEQ ID NO. 119 :AGACTCGTTAITGATGCTGG BjSSR0234正向引物SEQ ID NO. 8 :ATTCTAATCACAACAACCGC 反向引物SEQ ID NO. 120 :ATGTAGTAGCCAAGGTGGTG BjSSR0312正向引物SEQ ID NO. 9 :AGAAGCTTGGTAAGACGACA 反向引物SEQ ID NO. 121 :ATGCTCGAAGCTITCTTATG BjSSR0364正向引物SEQ ID NO. 10 :ATCCCCTCGTTAAAACTCTC 反向引物SEQ ID NO. 122 :GATGITGAGGAGGTACTGGA BjSSR0486正向引物SEQ ID NO. 11 :TTCCAAATCATCTTCTCACC 反向引物SEQ ID NO. 123 :CGTCCAACACAACAAACATA BjSSR0513正向引物SEQ ID NO. 12 :ATCAAGAAAATGGAGCAAGA 反向引物SEQ ID NO. 124 :CTTCACTCTTGAACCTCTGG BjSSR0612正向引物SEQ ID NO. 13 :TCGATTCTGGTCTTGAGTTT 反向引物SEQ ID NO. 125 :GAGTTGTAGACCGGATCAAA BjSSR0613正向引物SEQ ID NO. 14 :TGAATTTGATCTCCGGTAAC 反向引物SEQ ID NO. 126 :ATTGCTGATCATACGGAAAC BjSSR0678正向引物SEQ ID NO. 15 :TCAGCTACGGATAGAAGAGC 反向引物SEQ ID NO. 127 :GGACTCACAITGATCGTCTT BjSSR0723正向引物SEQ ID NO. 16 :TAATGGCTTTGAAACTCTGC 反向引物SEQ ID NO. 128 :GGAAAGGAAGAGGITCTTGT BjSSR0731正向引物SEQ ID NO. 17 :CTCAAGAGGCTCAACACTTC 反向引物SEQ ID NO. 129 :TCCAITGCAACAATTAGACA BjSSR0806正向引物SEQ ID NO. 18 :GATGAAGAGAGAAGCGAAGA 反向引物SEQ ID NO. 130 :TCCGTGAAGAAGCTAATGAT BjSSR0891正向引物SEQ ID NO. 19 :GTTCTGAACGTTCTGGCTAC 反向引物SEQ ID NO. 131 :CATACACACGGTCTGATGAA BjSSR0913正向引物SEQ ID NO. 20 :AATCCTCAGACCTCAAAACA反向引物SEQ ID NO. 132 :GTAITCCTCGTAATCGITGG BjSSR0942正向引物SEQ ID N0.21 :AATCTGGCAGAACTCAGAGA 反向引物SEQ ID NO. 133 :TCGGTGTAAGCCATATCTTT BjSSR0967正向引物SEQ ID NO. 22 :GACCTCCTCCTGAAGTTTCT 反向引物SEQ ID NO. 134 :GCTGCAACTCACTTCTCTTT BjSSR1018正向引物SEQ ID NO. 23 :CAGTTGTGTCCATGTACGAG 反向引物SEQ ID NO. 135 :TTCCGATGTCTGATAACTCC BjSSRKMO正向引物SEQ ID N0.24:ACAAACAAATGGAAGACGAG 反向引物SEQ ID NO. 136 :AGATCGGAITTGATCTTGG BjSSR1215正向引物SEQ ID NO. 25 :AGGGTGAGATACGACGAGTA 反向引物SEQ ID NO. 137 :CITTCGmGGTCAITCATC BjSSR1289正向引物SEQ ID NO. 26 :CGAGAGCCTAGATCTGAGAA 反向引物SEQ ID NO. 138 :TAAACAAACGCCTTACCTTC BjSSR1365正向引物SEQ ID NO. 27 :TGAAAGTAGGCAACCGTATT 反向引物SEQ ID NO. 139 :CTCGCTTTACTCTCTGCAAT BjSSR1448正向引物SEQ ID NO. 28 :GAGGTTGTTTCTTTTCCCTT 反向引物SEQ ID NO. 140 :GAATCAGCTAITCATCGGAG BjSSR1474正向引物SEQ ID NO. 29 :ACTTTCCCTTACAATCCTCC 反向引物SEQ ID NO. 141 :GACTAGCAGCCTTCATCATC BjSSR1528正向引物SEQ ID NO. 30 :CGTTCTCTTCACTATGCTCC 反向引物SEQ ID NO. 142 :TCACATAGCCCATAAACACA BjSSR1594正向引物SEQ ID N0.31 :AACAAACCTCACAAACCAAC 反向引物SEQ ID NO. 143 :AITCTTCCACTCCCTTCTTC BjSSR1612正向引物SEQ ID NO. 32 :AGGAGGAGGAAGAAGACAAC 反向引物SEQ ID NO. 144 :TCGITTGATCGAACTTACCT BjSSR1764正向引物SEQ ID NO. 33 :AAAGTCATGAAGAATGTGGG 反向引物SEQ ID NO. 145 :AGAAGCTTGTCTCAACATGG BjSSR1799正向引物SEQ ID N0.34:GAAGTTTCCAACAAAACAGG 反向引物SEQ ID NO. 146 :GATTATGAACCACCGAGAGA BjSSR1811正向引物SEQ ID NO. 35 :TCACAACGCAAAATAAACAA 反向引物SEQ ID NO. 147 :CTTTCCATCCCATGTGTAGT BjSSR1812正向引物SEQ ID NO. 36 :TCAATATACAATCTTCGTGACTCT 反向引物SEQ ID NO. 148 :CAATAGGGATCATAACCGTC BjSSR1813正向引物SEQ ID NO. 37 :GCTGCTATAGCTGGTCACTC 反向引物SEQ ID NO. 149 :TCATCGITTGGITCTTCTTT BjSSR1831正向引物SEQ ID NO. 38 :ACTTGTTTCACTTCCAGCAT 反向引物SEQ ID NO. 150 :TTGmTGAITGTTATCCCC BjSSR1885正向引物SEQ ID NO. 39 :ACCACAAAAACACACCAAAC 反向引物SEQ ID NO. 151 :TCTCACTCCTCTATAACGGG BjSSR1926正向引物SEQ ID NO. 40 :TCCAGCAGCTTATTACCAGT 反向引物SEQ ID NO. 152 :GCACTTTAGCTGTTCTTGGT BjSSR1934正向引物SEQ ID N0.41 :TTTTCTCTTACCGAACCAAA 反向引物SEQ ID NO. 153 :GITTGAAGGAAGAAGTGTCG BjSSR1950正向引物SEQ ID NO. 42 :CCCTCGTCTTCTTAGGTCTT 反向引物SEQ ID NO. 154 :ATCAACCAITCCAGACAITC BjSSR1970正向引物SEQ ID NO. 43 :ATATCACCACCACCATTGTT 反向引物SEQ ID NO. 155 :TCCTCCACAATCTCCATTAC BjSSR1984正向引物SEQ ID NO. 44 :GCAATTGCTTTAATCTGTCC 反向引物SEQ ID NO. 156 :GAGGCAGGTATACAGATGCT BjSSR1985正向引物SEQ ID NO. 45 :GTTCTCCGACGTCTGTTCT 反向引物SEQ ID NO. 157 :nTCTGGmTCGAITTCAT BjSSR2017正向引物SEQ ID NO. 46 :CGTTGATTCCAACAAACC 反向引物SEQ ID NO. 158 :GAGITGATGAGAGAITTGGC BjSSR2113正向引物SEQ ID NO. 47 :CCTCAGTTTCAGAATCAAGC 反向引物SEQ ID NO. 159 :TCCGGAAGAGAGAATAACAA BjSSR2164正向引物SEQ ID NO. 48 :TCTCTTATCCTTTGGTCACG 反向引物SEQ ID NO. 160 :GGAAACGAAGACATAAGCTG BjSSR2184正向引物SEQ ID NO. 49 :GGATTCGTGTTTGAGTTGTT 反向引物SEQ ID NO. 161 :TTCCCAGAAGAAGAAGATCA BjSSR2234正向引物SEQ ID NO. 50 :TACACCGTCTGATTCCATCT 反向引物SEQ ID NO. 162 :GGGITCGAGATACCACAATA BjSSR2235正向引物SEQ ID N0.51 :CGCTTACACCTTTCTTGAAT 反向引物SEQ ID NO. 163 :CGAAGITCAAAITTCCAATC BjSSR2247正向引物SEQ ID NO. 52 :ACAAGTACAGTGGAGGGATG 反向引物SEQ ID NO. 164 :CAGACCACCTGITGGTATCT BjSSR2272正向引物SEQ ID NO. 53 :AAGATCTAGGGTTTCTTCGC 反向引物SEQ ID NO. 165 :CGAAGAGCTTCTGAGTGAAT BjSSR2285正向引物SEQ ID N0.54:CAACCTTTCTTTCTTACGCA 反向引物SEQ ID NO. 166 :TTAAGAGAAACCCACCAAAA BjSSR2449正向引物SEQ ID NO. 55 :TGCATAACCACCATAGAACA 反向引物SEQ ID NO. 167 :ATCAAGTGCTGCGTATAGGT BjSSR2450
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