Hla基因的组特异性扩增引物、测序分型方法和试剂盒的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物医学及免疫遗传学，特别是涉及HLA基因的组特异性扩增引物、 测序分型方法和试剂盒。
【背景技术】
[0002] 人类白细胞抗原系统（HLA)是人基因组中多样性最高、最重要的免疫遗传系统， 它的多样性决定了机体对感染性疾病、自身免疫性疾病、遗传病及各种肿瘤的抵抗能力。在 临床应用中，它的基因多态性在供受者之间的匹配程度高低直接决定了造血干细胞移植以 及器官移植病患的存活率。
[0003] 在HLA组织配型产业领域，目前国内外市场中的产品有三大短板问题：首先， 大部分产品都只针对HLA基因的部分外显子进行分型，如只对HLA-I类基因（包括 HLA-A、-B、-C)的2、3、4三个外显子进行分型检测，而实际上HLA-I类全长基因总共含有 七个外显子、七个内含子及两端调控区，绝对高分结果命名数总共有8位，如A*02 :01 :01 : 01，而目前的国内外试剂只能判定出前4位结果，因此若HLA单核苷酸多态性位于试剂所 检测外显子以外的区域，便很容易产生模棱两可无法判定的结果（Ambiguities)。目前的 HLA分型产品模棱两可比例高达40 % -60 %。其次，目前市场上HLA的分型产品PCR扩增 引物设计的都是位点通用性的，即同一位点用同一对扩增引物去扩增所有人群的HLA基因 序列，由于HLA基因的等位基因数目繁多，截止到2015年1月，国际上统计的HLA-A、-B、-C 等位基因数目分别达2995、3760及2553个（代16&86 3.19.0，111^。：//\￥￥￥.613；[.&(3.111<:/1卩(1/ imgt/hla)，按血清学分类分别达28、60及10个，各血清学家系中包含的等位基因之间序列 差别较大，给位点通用扩增引物的设计带来较大麻烦，即使勉强设计出来，也很容易产生部 分家系等位基因的漏检（Allele dropout)，美国Atria公司也曾经通报过其HLA测序产品 存在这一现象。最后，传统的HLA测序分型技术都是对父系母系双倍体进行扩增，由于HLA 多样性高，密度极高的杂合子峰增加了软件开发和结果分析的难度和时间。
[0004] CN 101962676A公开了一种人类白细胞抗原HLA-A、B基因全长序列测定以及HLA 基因测序分型方法，HLA-A、-B基因全长序列测定方法包括：a、各由一对引物对HLA-A、B基 因约4kb全长序列进行PCR扩增；b、将扩增产物克隆至pGEM-Tea sy体中，分别通过正、 反双向十条步移测序引物将全长序列测通，共获得HLA-A 38种等位基因4. 3kb全长序列， HLA-B 30种等位基因3. 7kb全长序列。还是采用了位点通用性的引物，容易造成部分家系 等位基因的漏检。
【发明内容】
[0005] 本发明致力于解决上述目前国内外HLA高分辨测序分型技术上的三大短板问题， 解决现有HLA测序分型广品的缺陷，达到受检标本的HLA绝对尚分，本发明提供一种HLA基 因的组特异性扩增引物、测序分型方法和试剂盒。
[0006] 为达到此发明目的，本发明采用以下技术方案：
[0007] 第一方面，本发明提供了HLA基因的组特异性扩增引物，所述PCR扩增引物序列选 自：SEQIDN0. 1-28所示的序列，SEQIDN0. 29-64所示的序列和SEQIDN0. 65-94所示的 序列。
[0008] 本发明根据HLA-A、-B、-C基因的组特异性分类，分别设计基因全长单倍型组特异 性扩增引物对HLA-A、-B、-C基因进行扩增；完成扩增后，为每个基因设计一套通用正反向 全长测序引物对HLA基因所有外显子及内含子进行测序。
[0009] 优选地，所述SEQ ID N0. 1-28所示的序列是用于扩增HLA-A基因的引物序列。
[0010] 优选地，所述SEQ ID N0. 1-2所示的序列是用于扩增HLA-A*和A*36子系的所有 等位基因。
[0011] 优选地，所述SEQ ID N0. 3-4所示的序列是用于扩增见^4*02^*68)*69和六*80 子系的所有等位基因。
[0012] 优选地，所述SEQ ID N0. 5-6所示的序列是用于扩增HLA-A*02和A*69子系的所 有等位基因。
[0013] 优选地，所述SEQ ID N0. 7-8所示的序列是用于扩增HLA-A*01、A*36、A*68、A*69 和A*80子系的所有等位基因。
[0014] 优选地，所述SEQ ID N0. 9-10所示的序列是用于扩增HLA-A*23和A*24子系的所 有等位基因。
[0015] 优选地，所述SEQ ID N0. 11-12所示的序列是用于扩增HLA-A*31和A*33子系的 所有等位基因。
[0016] 优选地，所述SEQ ID N0. 13-14所示的序列是用于扩增HLA-A*29、A*32和A*74子 系的所有等位基因。
[0017] 优选地，所述SEQ ID N0. 15-16所示的序列是用于扩增HLA-A*03和A*30子系的 所有等位基因。
[0018] 优选地，所述SEQ ID N0. 17-18所示的序列是用于扩增HLA-A*01、A*02、A*03、 A*11、A*36、A*68、A*69和A*80子系的所有等位基因〇
[0019] 优选地，所述SEQ ID NO. 19-20所示的序列是用于扩增HLA-A*30子系的所有等位 基因。
[0020] 优选地，所述SEQ ID N0. 21-22所示的序列是用于扩增HLA-A*11子系的所有等位 基因。
[0021] 优选地，所述SEQ ID N0. 23-24所示的序列是用于扩增HLA-A*29和A*80子系的 所有等位基因。
[0022] 优选地，所述SEQ ID N0. 25-26所示的序列是用于扩增HLA-A*25、A*26、A*29、 A*31、A*32、A*33、A*34、A*66、A*74 和 A*43 子系的所有等位基因。
[0023] 优选地，所述SEQ ID NO. 27-28所示的序列是用于扩增HLA-A所有血清学家系的 等位基因，作为阳性对照。。
[0024] 本发明中，上述的HLA-A基因的组特异性PCR扩增引物序列，如表1所示。
[0025]表1
[0026]
[0027]
[0028] 注：引物名称中的"F"和"R"分别表示引物的上游和下游。
[0029] 优选地，所述SEQ ID N0. 29-64所示的序列是用于扩增HLA-B基因的引物序列。
[0030] 优选地，所述SEQ ID N0. 29-30所示的序列是用于扩增HLA-B*07和B*48子系的 所有等位基因。
[0031] 优选地，所述SEQ ID N0. 31-32所示的序列是用于扩增HLA-B*08子系的所有等位 基因。
[0032] 优选地，所述SEQ ID N0. 33-34所示的序列是用于扩增HLA-B* 13子系的所有等位 基因。
[0033] 优选地，所述SEQ ID N0. 35-36所示的序列是用于扩增HLA-B*15和B*46子系的 所有等位基因。
[0034] 优选地，所述SEQ ID N0. 37-38所示的序列是用于扩增HLA-B*14、B*38、B*39和 B*67子系的所有等位基因。
[0035] 优选地，所述SEQ ID N0. 39-40所示的序列是用于扩增HLA-B*15、B*51和B*52子 系的所有等位基因。
[0036] 优选地，所述SEQ ID NO. 41-42所示的序列是用于扩增HLA-B*35和B*73子系的 所有等位基因。
[0037] 优选地，所述SEQ ID N0. 43-44所示的序列是用于扩增HLA-B*18、B*44、B*73和 B*82子系的所有等位基因。
[0038] 优选地，所述SEQ ID N0. 45-46所示的序列是用于扩增HLA-B*07、B*40 :01和B*81 子系的所有等位基因。
[0039] 优选地，所述SEQ ID N0. 47-48所示的序列是用于扩增HLA-B*18、B*27、B*37和 B*40 :02/06子系的所有等位基因。
[0040] 优选地，所述SEQ ID N0. 49-50所示的序列是用于扩增HLA-B*41、B*45、B*49和 B*50子系的所有等位基因。
[0041] 优选地，所述SEQ ID N0. 51-52所示的序列是用于扩增HLA-B*42子系的所有等位 基因。
[0042] 优选地，所述SEQ ID N0. 53-54所示的序列是用于扩增HLA-B*54、B*55、B*56和 B*59子系的所有等位基因。
[0043] 优选地，所述SEQ ID N0. 55-56所示的序列是用于扩增HLA-B*57子系的所有等位 基因。
[0044] 优选地，所述SEQ ID N0. 57-58所示的序列是用于扩增HLA-B*18、B*27、B*35、 B*37、B*40、B*41、B*45、B*49、B*50、B*51、B*52、B*53、B*58 和 B*78 子系的所有等位基因。
[0045] 优选地，所述SEQ ID NO. 59-60所示的序列是用于扩增HLA-B*07、B*08、B*15、 B*42、B*44和B*47子系的所有等位基因。
[0046] 优选地，所述SEQ ID NO. 61-62所示的序列是用于扩增HLA-B*41、B*45、B*49、 B*50、B*51、B*52、B*53、B*58和B*78子系的所有等位基因。
[0047] 优选地，所述SEQ ID NO. 63-64所示的序列是用于扩增HLA-B*所有血清学家系的 等位基