制备rna探针的方法及装置的制造方法_2

文档序号:9320800阅读:来源:国知局
DNA 片段,引入一些位点或序列,使得后续容易获得一个DNA片段的多个拷贝,也利于获得与该 DNA片段对应的RNA片段。各个DNA片段末端所带的启动子或(N)m可以相同也可以不同。 (N) "为自定义的一段已知序列,理论上只要是序列确定的由A、T、C和G组成的寡核苷酸片 段就行,较佳的,在组合A、T、C和G确定各种核苷酸的比例给定该段序列时,可遵循PCR引 物的设计原则,这样利于后续的依据该段序列进行PCR引物设计,获得能高效扩增DNA片段 的引物。在本发明的一个【具体实施方式】中,所述修饰DNA片段为,在每个DNA片段的5'端 加上至少一个启动子,并且在每个DNA片段的3'端加上所述(N)m。所说的启动子可以选 自已知的噬菌体启动子,比如SP6启动子、T7启动子或者T3启动子等。在本发明的一个具 体实施方式中,每个DNA片段的5'端只包含一个SP6启动子,后续转录时利用高度特异识 别SP6启动子的SP6RNA聚合酶进行,可以高效特异的转录各个DNA片段。在本发明的一个
【具体实施方式】中,所述(N)m包含至少一个限制性核酸内切酶的识别和/或酶切位点。较佳 的,所述限制性核酸内切酶为II型限制性内切酶,其识别位点与切割位点通常一致。在本 发明的一个【具体实施方式】中,(N)m包含BsrDI酶的识别位点和/或酶切位点,BsrDI酶的识 别位点和切割位点一样,这样后续借助特异性酶切能够将该段已知公共序列(N)m全部或 部分去掉,利于提_最后获得的各个探针的喊基使用率。
[0020] 步骤三:扩增修饰后的DNA片段。
[0021] 扩增修饰后的DNA片段,获得DNA扩增产物。利用DNA片段两端的已知位点或序 列设计引物对,对修饰后的DNA片段进行扩增。在本发明的一个【具体实施方式】中,扩增修饰 后的DNA片段,由于各个修饰后的DNA片段的两端都带有SP6启动子和一样的(N)m,所以设 计一对能够分别与SP6启动子和(N)m特异性结合的引物序列来扩增所有修饰后的DNA片 段,以获得足够的DNA片段,而且利用扩增也能够得到更长的探针,比如最后得到150nt的 RNA探针。若各个修饰后的DNA片段带有不同的启动子和/或不同的已知序列,可依据不同 的启动子和不同的(N)m设计多对引物,或者利用不同的启动子或不同的(N)m将修饰后的 DNA片段分成多组,利用多重PCR扩增各个(各组)修饰后的DNA片段。在本发明的一个
【具体实施方式】中,修饰后的DNA片段的3'端都带有(N)m且(N)m与DNA片段连接的地方为 BsrDI酶切位点,在扩增修饰后的DNA片段后,不将3'端的已知序列酶切,而直接进行RNA 转录,不影响探针制备效果。在本发明的另一个【具体实施方式】中,利用能识别和酶切(N)m 上所带的位点的限制性内切酶BsrDI酶切所述修饰后的DNA片段的3'端,将全部(N)m去 除。
[0022] 步骤四:转录DNA扩增产物获得RNA片段。
[0023] 转录获自步骤三的DNA扩增产物,获得多个RNA片段,所述多个RNA片段构成所述 RNA探针。转录是利用能特异性识别扩增产物(修饰后的DNA片段)一端带有的启动子的 RNA聚合酶进行的,比如当修饰后的DNA片段的5'端带有SP6启动子时,转录就利用SP6RNA 聚合酶,SP6RNA聚合酶能够特异性识别SP6启动子,进行高特异性地、高效地转录。可选择 的,转录修饰后的DNA片段后,对未转录的DNA进行消化。
[0024] 根据本发明的另一个实施方式,提供一种试剂盒,该试剂盒包含RNA探针,所说的 RNA探针是利用本发明一个实施方式的制备RNA探针的方法制备获得的,RNA探针游离于溶 液中,为液相探针,这些RNA探针能够特异性识别人全外显子组。
[0025] 根据本发明的再一个实施方式,提供上述本发明一个实施方式的试剂盒在捕获全 外显子组中的用途。虽然试剂盒包含的RNA探针是特异性识别人外显子区域,本领域人员 可以知道,跟人相近的其它物种的外显子区域,或者其它物种的序列相似区域,也可利用该 试剂盒来捕获。
[0026] 根据本发明的又一个实施方式,提供一种制备RNA探针的装置,该装置能够用以 执行完成本发明一个实施方式中的制备RNA探针的方法的部分或全部步骤,如图1所示,该 装置1000包括:DNA片段获取单元100,用于依据目标区域的参考序列获取多个DNA片段, 所述目标区域为基因组的一部分或是整个基因组,所述DNA片段的全部覆盖所述目标区域 的一次或多次,所述DNA片段长度为25-250nt ;修饰单元200,与所述DNA片段获取单元100 连接,用于修饰所述DNA片段,获得修饰后的DNA片段使得每个DNA的一个末端带有至少一 个启动子、另一个末端带有一段序列为A、T、C或G,m为N的个数,4〈m〈20 ;扩增单元 300,与所述修饰单元200相连,用于扩增所述修饰后的DNA片段,获得扩增产物;转录单元 400,与所述扩增单元300相连,用于转录所述修饰后的DNA片段的扩增产物,获得多个RNA 片段,所述多个RNA片段构成所述RNA探针。本领域技术人员可以理解,该装置的还可以进 一步包含其它互相连接或者独立可拆卸的单元,或者各个单元100-400还可以包含互相连 接或者可拆卸的子单元以实现本发明的RNA制备方法的各个【具体实施方式】。对本发明中的 RNA制备方法、试剂盒以及试剂盒的用途的实施方式的技术特征和优点的描述,也适用于该 装置,在此不再赘述。
[0027] 下面详细描述本发明的实施例,所述实施例的示例在附图中示出,其中自始至终 相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附 图描述的实施例是示例性的,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。需要说明 的是在本文中,除非另有说明,"多个"的含义是两个或两个以上。
[0028] 除另有交待,以下实施例中涉及的试剂及仪器包括DNA合成、文库构建涉及 的试剂溶液,都是常规市售产品,比如购自CombiMatrix公司、生命技术公司(1 ife technologies)、Illumina 公司等。
[0029] 实施例
[0030] 利用本发明的方法设计DNA序列,合成仪合成多张固态芯片,芯片上带有多条设 计的单链DNA序列,各DNA序列两端各有一段公共序列,分别为5'端的SP6启动子位点和 3'端一个酶切位点;将单链DNA从芯片上洗脱下后按转录试剂盒配比混合,单链DNA序列 (DNA oligo)利用转录酶转录成单链的RNA作为探针来捕获目标区域;后续杂交捕获实验 涉及的杂交及洗脱试剂可直接利用市售试剂盒。
[0031](一)材料准备:
[0032]仪器:01igoArray 合成仪,热循环仪(PCR 仪),Agilent2100, NanoDroplOOO,电泳 槽,电泳仪,凝胶成像系统,Thermomixer。
[0033] 试剂或试剂盒:01igoArray配套芯片,单体-A,单体-C,单体-T,OligoArray 合成仪配套的试剂盒或试剂比如亚磷酰胺单体dG-CE(dmf),盖帽剂A(CAP A),盖帽剂 B (CAP B),活化剂(Activator),氧化剂(Oxidizer)、3 %三氯乙酸脱保护剂(3 % TCA Deblock)、生物级乙臆(Acetonitrile Bio)、四乙基胺对甲苯横酸酯(Tetraethylammonium p-Toluenesulfonate),对苯二酌' (Hydroquinone)、对苯醌(1,4-Benzoquinone)、甲醇,二 甲基批陡(Lutidine)、氨水(Ammonia Solution),DNA oligo,Thermo的扩增试剂盒试剂溶 液如2x Phusion HF Master Mix、引物,SP6RNA聚合酶,DNA酶,RNA酶抑制剂等。
[0034](二)制备方法,分以下几个步骤:
[0035] 1、根据人全基因组序列设计全外显子区域探针,探针序列长90nt,并在探针两端 分别加上5'端的SP6
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