insightsinto regulatoryvariation.NatRevGenet, 2010. 11(8):p. 533-8.
[0178] 44.Gimelbrant,A. ,etal. ,Widespreadmonoallelicexpressiononhuman autosomes.Science, 2007. 318(5853) :p. 1136-40.
[0179] 45.Mayba, 0. ,etal. ,MBASED:allele-specificexpressiondetectionin cancertissuesandcelllines.GenomeBiology, 2014. 15(8):p. 405.
[0180] 46.Swierczek,S.I. ,etal.,MethylationofARlocusdoesnotalways reflectXchromosomeinactivationstate.Vol. 119. 2012.el00-el09.
[0181] 47.Zwemer,L.M. ,etal. ,Autosomalmonoallelicexpressioninthemouse. GenomeBiol，2012. 13(2) :p.R10.
[0182] 48.Blow,M. ,etal. ,AsurveyofRNAeditinginhumanbrain.GenomeResear ch，2004. 14(12) :p. 2379-2387.
[0183] 49.Danecek,P. ,etal. ,HighlevelsofRNA-editingsiteconservation amongst15laboratorymousestrains.GenomeBiology,2012. 13 (4):p.r26.
[0184] 50.Eisenberg,E. ,etal. ,IdentificationofRNAeditingsitesintheSNP database.NucleicAcidsResearch, 2005. 33(14):p. 4612-4617.
[0185] 51.Bazak,L. ,etal.，A_t〇-IRNAeditingoccursatoverahundred milliongenomicsites,locatedinamajorityofhumangenes.Genome Research，2014. 24(3) :p. 365-376.
[0186] 52.Lee,J. -H. ,J.K.Ang,andX.Xiao,AnalysisanddesignofRNAsequencing experimentsforidentifyingRNAeditingandothersingle-nucleotidevariants. RNA, 2013. 19(6) :p. 725-732.
[0187] 53.Wulff，B._E.，M.Sakurai，andK.Nishikura，Elucidatingthe inosinome:globalapproachestoadenosine-to-inosineRNAediting.NatRev Genet，2011. 12(2) :p. 81-85.
[0188] 54.vanLeeuwen,F.ff.,etal.,Frameshiftmutantsofbetaamyloidprecursor proteinandubiquitin-BinAlzheimer'sandDownpatients.Science, 1998. 279(5348 ):p. 242-7.
[0189] 55.Sharma,P.M. ,etal. ,RNAeditingintheWilms'tumorsusceptibility gene,WT1.GenesDev, 1994. 8 (6) :p. 720-31.
[0190] 56.Novo,F.J. ,etal.,Editingofhumanalpha-galactosidaseRNAresulting inapyrimidinetopurineconversion.NucleicAcidsRes, 1995. 23(14):p. 2636-40.
[0191] 57.Nutt,S.L. ,etal. ,Molecularcharacterizationofthehuman EAA5 (GluR7)receptor:ahigh-affinitykainatereceptorwithnovelpotentialRNA editingsites.ReceptorsChannels, 1994. 2(4) :p. 315-26.
[0192] 58.Blanc,V.andN. 0.Davidson,C-t〇-URNAediting:mechanismsleadingto geneticdiversity.JBiolChem，2003. 278(3) :p. 1395-8.
[0193] 59.Xu,X. ,etal. ,Single-CellExomeSequencingRevealsSingle-Nucleotide MutationCharacteristicsofaKidneyTumor.Cell, 2012. 148(5):p. 886-895.
[0194] 60.Kristensen,V.N. ,etal. ,Principlesandmethodsofintegrative genomicanalysesincancer.NatRevCancer,2014. 14(5):p. 299-313.
[0195] 61.Griffin,J. ,etal. ,Comparativeanalysisoffolliclemorphologyand oocytediameterinfourmammalianspecies(mouse,hamster,pig,andhuman).JExp ClinAssistReprod, 2006. 3:p. 2.
[0196] 62.Hirao,Y.andT.Miyano,InVitroGrowthofMouseOocytes:OocyteSizeat theBeginningofCultureInfluencestheAppropriateLengthofCulturePeriod. JournalofMammalianOvaResearch, 2008. 25(1):p. 56-62.
[0197] 63.Zhang,Z.-P. ,etal.,GrowthofMouseOocytestoMaturityfrom PremeioticGermCells<italic>InVitro</italic>.PLoSONE, 2012. 7(7):p.e41771.
[0198] 64.cellsize.
[0199] 65.King,R. ,Genedeliverytomammaliancellsbymicroinjection.Methods MolBiol，2004. 245:p. 167-74.
[0200] 66.Stein,P.andK.Schindler,MouseOocyteMicroinjection,Maturationand PloidyAssessment. 2011 (53) :p.e2851.
[0201] 67.Stein,P.andP.Svoboda,MicroinjectionofdsRNAintoMouseOocytesand EarlyEmbryos.ColdSpringHarborProtocols,2006.2006 (3):p.pdb.prot4511.
[0202] 68.Lu,V.B. ,etal. ,IntranuclearMicroinjectionofDNAintoDissociated AdultMammalianNeurons. 2009(34):p.el614.
[0203] 69.Lappe-Siefke,C. ,C.Maas,andM.Kneussel,Microinjectionintocultured hippocampalneurons:Astraightforwardapproachforcontrolledcellular deliveryofnucleicacids,peptidesandantibodies.JournalofNeuroscience Methods, 2008. 175(1) :p. 88-95.
[0204] 70.Bar-Sagi,D.andJ.R.Feramisco,Microinjectionoftheras oncogeneproteinintoPC12cellsinducesmorphologicaldifferentiation. Cell. 42(3) :p. 841-848.
[0205] 71.Abarzua,P. ,etal. ,MicroinjectionofmonoclonalantibodyPAb421into humanSW480colorectalcarcinomacellsrestoresthetranscriptionactivation functiontomutantp53.CancerRes，1995.55(16) :p. 3490-4.
[0206] 72.Langmead,B.,etal. ,Ultrafastandmemory-efficientalignmentof shortDNAsequencestothehumangenome.GenomeBiol, 2009. 10(3):p.R25.
[0207] 73.Trapnell,C. ,L.Pachter,andS.L.Salzberg,TopHat:discoveringsplice junctionswithRNA-Seq.Bioinformatics, 2009. 25(9):p. 1105-11.
[0208] 74.Trapnell,C. ,etal.,Transcriptassemblyandquantificationby RNA-Seqrevealsunannotatedtranscriptsandisoformswitchingduringcell differentiation.NatBiotechnol, 2010. 28 (5):p. 511-5.
[0209] 75.Hubbard,T. ,etal. ,TheEnsemblgenomedatabaseproject.NucleicAcids Research，2002. 30 (1) :p. 38-41.
[0210] 以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精 神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
【主权项】
1. 一种同时构建单细胞基因组和转录组高通量测序文库的方法，其特征在于，包括如 下步骤： a) 获取单细胞； b) 分离细胞核和细胞质； c) 单个细胞核全基因组扩增，获得基因组测序文库； d) 单个细胞去核细胞质全转录组扩增，获得转录组测序文库。2. 如权利要求1所述的同时构建单细胞基因组和转录组高通量测序文库的方法，其特 征在于，所述步骤b)中，采用显微注射法对单个细胞进行核质分离。3. -种同时对单细胞基因组和转录组进行高通量测序的方法，其特征在于，包括如下 步骤：对如权利要求1所得的基因组测序文库和转录组测序文库进行高通量测序，分别获 得所述单细胞的基因组序列信息和转录组序列信息。4. 一种基于单细胞整合基因组学的测序方法，其特征在于，包括如下步骤：对如权利 要求3所得的单细胞的基因组序列信息和转录组序列信息进行生物信息学分析。5. -种基于单细胞整合基因组学的方法鉴定细胞亚克隆的方法，其特征在于，包括如 下步骤：根据多个如权利要求4所得的生物信息学分析序列信息，鉴定细胞亚克隆。6. 如权利要求4所述的基于单细胞整合基因组学的测序方法在等位基因检测中的应 用。7.如权利要求4所述的基于单细胞整合基因组学的测序方法在基因表达检测中的应 用。8. 如权利要求7所述的应用，其特征在于，所述基因为单等位基因。9.如权利要求4所述的基于单细胞整合基因组学的测序方法在RNA编辑位点检测中的 应用。10. 如权利要求1所述的同时构建单细胞基因组和转录组高通量测序文库的方法、或 权利要求4所述的基于单细胞整合基因组学的测序方法在二代、下一代或单分子高通量测 序中的应用。
【专利摘要】本发明提供了一种同时对单细胞基因组和转录组进行高通量文库构建及测序的方法。本发明还提供了一种基于单细胞整合基因组学(SCIG)的测序方法及其应用。本发明提供的SCIG方案能够实现在单次实验中同时得到一个单细胞的基因组和转录组，获得单个细胞中遗传和表观遗传信息，并进行综合分析，全方位，多层面的展示该细胞的状态；这些优势使得SCIG在鉴定单细胞的特性和共性方面具有优越性。
【IPC分类】C12Q1/68, C40B50/06
【公开号】CN105297142
【申请号】CN201510509535
【发明人】李周芳, 贺建奎, 王嫣, 郭佳杰, 张萌
【申请人】南方科技大学
【公开日】2016年2月3日
【申请日】2015年8月19日