136, 269、6, 287, 768、6, 287, 776、6, 288, 220、6, 297, 006、6, 291，193、 6, 346, 413、6, 416, 949、6, 482, 591、6, 514, 751 和 6, 610, 482 中所描述的阵列，以及 WO 93/17126、W0 95/11995、W0 95/35505、EP 742 287 和 EP 799 897 中所描述的阵列。
[0101] 如本文中使用的，术语"共价连接的"或"共价键合的"指形成化学键合，其特征为 在原子间共享电子对。例如，共价连接的聚合物涂层指与基质的功能化表面形成化学键的 聚合物涂层，相对于经由其他方式例如粘附或静电相互作用连接至所述表面。可以理解与 表面共价连接的聚合物也能够通过除共价连接以外的其它方式键合。
[0102] 如本文中使用的，任何"R"基团，例如但不限于：1?2、1?3、1? 4、1?5、1?6、1?7和1?8，代表能够 与指定的原子连接的取代基。R基团可以是取代的也可以是未取代的。如果将两个"R"基 团描述为"合在一起"，则所述R基团与和它们所连接的原子一起能够形成环烷基、芳基、杂 芳基或杂环。例如但不限于：如果指明R 2和R3,或者R2、R3或R4,与和其相连的原子"合在 一起"或"连接在一起"，则意味着它们相互共价键合以形成环，其实例如下文所述：
[0104] 每当描述基团为"任选取代的"时，该基团可以为未取代的，或者被一个或多个指 明的取代基取代。同样的，当描述基团为"未取代的或取代的"时，如果是取代的，则取代 基可选自一个或多个指明的取代基。如果没有指明取代基，则意味着指明的"任选取代的" 或"取代的"基团可以单独地且独立地被一个或多个基团取代，所述基团单独地且独立地 选自官能团，其包括但不限于：烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂 脂环基、芳烷基、杂芳烷基、（杂脂环基）烷基、羟基、被保护的羟基、烃氧基、芳氧基、酰基、 巯基、烷硫基、芳硫基、氰基、卤素、硫代羰基、0-氨基甲酰基、N-氨甲酰基、0-硫代氨基甲 酰基、N-硫代氨基甲酰基、C-酰氨基、N-酰氨基、S-横酰氨基、N-横酰氨基、C-駿基、被保 护的C-羧基、0-羧基、异氰酸基（isocyanato)、硫代氰酸基（thiocyanato)、异硫代氰酸基 (isothiocyanato)、硝基、甲娃烷基、氧硫基、亚磺酰基、磺酰基、卤代烷基、卤代经氧基、三 卤代甲磺酰基、三卤代甲磺酰氨基、氨基、单取代的氨基、二取代的氨基及其被保护的衍生 物。
[0105] 如本文中使用的，"烷基"指直链或支链的烃链，其包括完全饱和的（无双键或三 键）的烃基。在某些实施方案中，所述烷基可以具有1-20个碳原子（每当其在本文中出现 时，如" 1-20"的数值范围是指给定范围内的包括端点在内的每个整数；例如，" 1-20个碳原 子"意味着烷基可以由1个碳原子、2个碳原子、3个碳原子等组成，直到并包括20个碳原 子，然而本定义也涵盖了未指定数值范围的术语"烷基"的出现）。所述烷基也可以是具有 约7个-约10个碳原子的中等大小的烷基。所述烷基也可以是具有1-6个碳原子的低级 烷基。化合物的烷基可以被指定为％-(： 4的烷基"或类似的指定。仅举例说明，"C1-C4的烷 基"表示烷基链中存在一到四个碳原子，即所述烷基链选自甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁 基、异丁基、仲丁基和叔丁基。典型的烷基包括但绝不限于甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、 异丁基、叔丁基、戊基和己基。所述烷基可以是取代的或未取代的。
[0106] 如本文中使用的，"烯基"指在直链或支链的烃链中含有一个或多个双键的烃基基 团。烯基可以是未取代的或取代的。
[0107] 如本文中使用的，"炔基"指在直链或支链的烃链中含有一个或多个三键的烃基基 团。炔基可以是未取代的或取代的。
[0108] 如本文中使用的，"环烷基"指完全饱和的（无双键或三键）单环或多环的烃环系 统。当由两个或更多个环组成时，所述环可以以稠合的形式结合在一起。环烷基可以在环 中含有3-10个原子。在某些实施方案中，环烷基可以在环中含有3-8个原子。环烷基可以 是未取代的或取代的。典型的环烷基包括但绝不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚 基和环辛基。
[0109] 如本文中使用的，"芳基"指碳环（全部为碳）的单环或多环芳香环系统（包括，例 如，稠环、桥环或螺环系统，其中两个碳环共享化学键，例如，一个或多个芳环带有一个或多 个芳环或非芳环），其具有遍及至少一个环的完全离域的JT电子系统。芳基中的碳原子数 可变。例如，在某些实施方案中，所述芳基可以为C 6-C14芳基、C6-C1。芳基或(：6芳基。芳基 的实例包括但不限于苯、萘和甘菊环。芳基可以是取代的或未取代的。
[0110] 如本文中使用的，"杂环基"指包含至少一个杂原子（例如，〇、N、S)的环系统。这类 系统可以是不饱和的，可以包括部分不饱和，或可以包含一些芳香部分，或为完全芳香的。 杂环基可以是未取代的或取代的。
[0111] 如本文中使用的，"杂芳基"指单环或多环的芳香环系统（环系统具有至少一个为 完全离域的电子系统的环），其包含一个或多个杂原子，即碳以外的元素，包括但不限于 氮、氧和硫，并且包含至少一个芳香环。杂芳基的环中的原子数可变。例如，在某些实施方 案中，杂芳基可包含4-14个环内原子、5-10个环内原子或5-6个环内原子。此外，术语"杂 芳基"包括稠环系统，其中两个环，例如至少一个芳环和至少一个杂芳环，或者至少两个杂 芳环共享至少一个化学键。杂芳环的实例包括但不限于呋喃、呋咱、噻吩、苯并噻吩、酞嗪、 吡咯、噁唑、苯并噁唑、1，2, 3-噁二唑、1，2, 4-噁二唑、噻唑、1，2, 3-噻二唑、1，2, 4-噻二唑、 苯并噻唑、咪唑、苯并咪唑、吲哚、吲唑、吡唑、苯并吡唑、异噁唑、苯并异噁唑、异噻唑、三唑、 苯并三唑、噻二唑、四唑、吡啶、哒嗪、嘧啶、吡嗪、嘌呤、蝶啶、喹啉、异喹啉、喹唑啉、喹喔啉、 邻二氮杂萘和三嗪。杂芳基可以是取代的或未取代的。
[0112] 如本文中使用的，"杂脂环族的"或"杂脂环基"指三、四、五、六、七、八、九、十，直至 18元的单环、二环和三环的环系统，其中碳原子与1-5个杂原子一起组成所述环系统。杂环 可以任选地含有一个或多个以如下这样方式定位的不饱和键，然而在遍及所有的环中不存 在完全离域的JT电子系统。所述杂原子独立地选自氧、硫和氮。杂环可以进一步包含一个 或多个羰基或硫代羰基官能团，使本定义包括氧代系统和硫代系统，诸如内酰胺、内酯、环 状酰亚胺、环状硫代酰亚胺和环状氨基甲酸酯。当由两个或更多个环组成时，这些环可以以 稠合形式结合在一起。另外，在杂脂环中的任何氮可以被季铵化。杂脂环基或杂脂环族的 基团可以是未取代的或取代的。这种"杂脂环族的"或"杂脂环基"基团的实例包括但不限 于1，3-二噁英、1，3-二氧六环、1，4-二氧六环、1，2-二氧戊环、1，3-二氧戊环、1，4-二氧戊 环、1，3-氧硫杂环己烧、1，4-氧硫杂环己二稀、1，3-氧硫杂环戊烧、1，3-二硫杂环戊二稀、 1，3-二硫戊环、1，4-氧硫杂环己烷、四氢-1，4-噻嗪、2H-1，2-噁嗪、马来酰亚胺、琥珀酰亚 胺、巴比妥酸、硫代巴比妥酸、二氧代哌嗪、乙内酰脲、二氢尿嘧啶、三噁烷、六氢-1，3, 5-三 嗪、咪唑啉、咪唑烷、异噁唑啉、异噁唑烷、噁唑啉、噁唑烷、噁唑烷酮、噻唑啉、噻唑烷、吗啉、 环氧乙烧、哌啶N-氧化物、哌啶、哌嗪、吡略烧、吡略烧酮、吡略烧二酮（pyrrolidione)、 4-哌啶酮、吡唑啉、吡唑烷、2-氧代吡咯烷、四氢吡喃、4H-吡喃、四氢噻喃、硫吗啉、硫吗啉 亚砜、硫吗啉砜，以及它们的苯并-稠合的类似物（例如，苯并咪唑啉酮、四氢喹啉、3, 4-亚 甲基-氧基苯基）。
[0113] 如本文中使用的，"芳烷基"和"芳基（烷基）"指通过低级亚烷基连接的作为取代 基的芳基。芳烷基的低级亚烷基和芳基可以是取代的或未取代的。实例包括但不限于苄基、 2-苯基烷基、3-苯基烷基和萘基烷基。
[0114] 如本文中使用的，"杂芳烷基"和"杂芳基（烷基）"指通过低级亚烷基连接的作为 取代基的杂芳基。杂芳烷基的低级亚烷基和杂芳基可以是取代的或未取代的。实例包括但 不限于2-噻吩基烷基、3-噻吩基烷基、呋喃基烷基、噻吩基烷基、吡咯基烷基、吡啶基烷基、 异噁唑基烷基和咪唑基烷基，以及它们的苯并-稠合的类似物。
[0115] 如本文中使用的，"烃氧基"指式-0R，其中R为上文定义的烷基、烯基、炔基、环烷 基、环烯基或环炔基。烃氧基的非限制性实例为甲氧基、乙氧基、正丙氧基、1-甲基乙氧基 (异丙氧基）、正丁氧基、异丁氧基、仲丁氧基和叔丁氧基。烃氧基可以是取代的或未取代 的。
[0116] 如本文中使用的，"C-酰氨基"基团指"_C( = 0)N(RaRb)"基团，其中RjPRb可以 独立地为氣、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或 (杂脂环基）烷基。C-酰氨基可以是取代的或未取代的。
[0117] 如本文中使用的，"N-酰氨基"基团指"RC( = 0)N(Ra)_"基团，其中1?和艮可以 独立地为氣、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或 (杂脂环基）烷基。N-酰氨基可以是取代的或未取代的。
[0118] 本文使用的术语"卤素原子"、"卤素"或"卤代"意为元素周期表的第七列的放射 稳定原子中的任一种，诸如氟、氯、溴和碘。
[0119] 本文使用的术语"胺"指-NH2基团，其中一个或多个氢可以任选地被R基团取代。 R可以独立地为氣、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烧 基或（杂脂环基）烷基。
[0120] 本文使用的术语"醛"指-R^C(O)H基团，其中R。可以不存在，或独立地选自亚烷 基、亚烯基、亚炔基、亚环烷基、亚环烯基、亚环炔基、亚芳基、亚杂芳基、亚杂脂环基、亚芳烧 基或亚（杂脂环基）烷基。
[0121] 本文使用的术语"氨基"指-NH2基团。
[0122] 本文使用的术语"羟基"指-OH基团。
[0123] 本文使用的术语"氰基"指"-CN"基团。
[0124] 本文使用的术语"叠氮基"指-N3基团。
[0125] 本文使用的术语"巯基"指-SH基团。
[0126] 本文使用的术语"羧酸"指-C(O) 0H。
[0127] 本文使用的术语"硫氰酸根"指-S-C = N基团。
[0128] 本文使用的术语"氧基胺（oxo-amine) "指-O-NH2基团，其中-NH2上的一个或多 个氢可以任选地被R基团取代。R可以独立地为氢、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔 基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或（杂脂环基）烷基。
[0129] 如本文中使用的，"核苷酸"包括含氮的杂环碱基、糖、以及一个或多个磷酸酯基 团。它们是核酸序列的单体单元。在RNA中，所述糖为核糖，而在DNA中，所述糖为脱氧核 糖，即，该糖缺少在核糖中存在的羟基。含氮的杂环碱基可以为嘌呤或嘧啶碱基。嘌呤碱基 包括腺嘌呤（A)和鸟嘌呤（G)，及其修饰的衍生物或类似物。嘧啶碱基包括胞嘧啶（C)、胸 腺嘧啶（T)和尿嘧啶（U)，及其修饰的衍生物或类似物。脱氧核糖的C-I原子与嘧啶的N-I 或嘌呤的N-9相键合。
[0130] 如本文中使用的，"核苷"与核苷酸在结构上相似，但缺少磷酸酯部分。核苷类似物 的一个实例为其中标记与碱基连接且不存在与糖分子相连的磷酸酯基团的核苷类似物。本 文使用的术语"核苷"为本领域技术人员所理解的一般含义。实例包括但不限于包含核糖 部分的核糖核苷以及包含脱氧核糖部分的脱氧核糖核苷。修饰的戊糖部分是其中氧原子已 被碳原子替换和/或碳原子已被硫或氧原子替换的戊糖部分。"核苷"是可具有被取代的碱 基和/或糖部分的单体。此外，可以将核苷并入至更大的DNA和/或RNA聚合物和低聚物 中。
[0131] 本文使用的术语"嘌呤碱基"为本领域技术人员所理解的其一般含义，且包括其互 变异构体。类似的，本文使用的术语"嘧啶碱基"为本领域技术人员所理解的其一般含义，且 包括其互变异构体。任选取代的嘌呤碱基的非限制性实例包括嘌呤、腺嘌呤、鸟嘌呤、次黄 嘌呤、黄嘌呤、别黄嘌呤、7-烷基鸟嘌呤（例如，7-甲基鸟嘌呤）、可可碱、咖啡因、尿酸和异 鸟嘌呤。嘧啶碱基的实例包括但不限于胞嘧啶、胸腺嘧啶、尿嘧啶、5, 6-二氢尿嘧啶和5-烷 基胞嘧啶（例如，5-甲基胞嘧啶）。
[0132] 如本文中使用的，"衍生物"或"类似物"意为合成的具有修饰的碱基部分和/或 修饰的糖部分的核苷酸或核苷。Scheit, Nucleotide Analogs (John Wiley&Son, 1980)和 Uhlman等人，Chemical Reviews90:543-584, 1990中论述了这类衍生物和类