一种鉴别大白菜根肿病4号生理小种抗性的特异snp分子标记及应用
【技术领域】
[0001]本发明涉及生物技术领域中鉴别大白菜根肿病抗性的SNP分子标记，尤其涉及鉴 别大白菜根肿病4号生理小种抗性的SNP分子标记及其应用。
【背景技术】
[0002] 十字花科蔬菜根肿病是由芸薹根肿菌(Plasmodiophora brassicae Woron)侵染 引起的一种世界性病害。根肿菌专性寄生于十字花科植物的根部，当其侵染根部后，薄壁细 胞大量分裂并且增大，从而形成肿瘤。地上部分表现出叶片失绿，无光泽，叶缘变黄，生长缓 慢，植株矮小，萎蔫等症状，严重时可导致作物绝收。据统计，全世界因根肿病造成十字花科 作物的损失在10 %以上。
[0003] 根肿病最早发现于地中海沿岸(英国，1737)和欧洲南部(前苏联列宁格勒，1872)。 我国自1955年首次发现根肿病以来，现已扩散至全国各地。云南、辽宁、黑龙江、吉林和山东 等省市大白菜主产区俨然已成为最为严重的病害之一。自从1931年报道了根肿菌存在小种 分化后，各国学者利用根肿菌对不同寄主的抗感反应，划分出不同的生理小种，目前在国际 上比较公认的有Williams和欧洲鉴别系统江0))。2009年，沈向群等率先采用Williams鉴别 系统对采自辽宁、吉林、山东和四川等15个地区的根肿菌进行了鉴定，认为11个地区的根肿 菌主要以4号生理小种为主，同时发现2、7、10和11号生理小种各一个。国内关于采用欧洲 E⑶鉴别系统的研究还未见报道，其原因主要是国内尚无完整的ECD鉴别寄主。根肿病虽然 可采用化学药剂和加强栽培管理等防治方法，但防治效果并不理想。选育和种植具有持久 抗性的品种，是防治大白菜根肿病最经济有效的措施。
[0004] 在根肿病抗病基因研究方面，国外很早就对芸薹种种质资源中的抗根肿病CR基因 进行挖掘。目前报道的大白菜抗根肿病基因有8个，分别是Crrl、Crr2、Crr3、Crr4、CRa、CRb、 CRc、CRk Jat sumo to等（1998)和Hayashida等（2008)把CRa定位在A3连锁群上，获得了与CRa 紧密连锁的SCAR标记HC352b-SCAR(距离2.9cM)。Suwabe等（2006)定位了三个抗根肿病的 QTL位点，Crrl、Crr2和Crr4，分别位于A8、A1和A6连锁群;SSR标记BRMS-088和BRMS-096分别 与Crrl和Crr2连锁，距离分别为1.75cM和0.88cM;Saito等(2006)将Crr3精细定位在A3连锁 群的0.35cM的区域内，（BrSTS-33和BrSTS-78间）；Sakanoto等（2008)利用两个F2群体和STS 标记，定位得到位于A3和A2连锁群上的CRk和CRc两个新位点。
[0005] 分子标记在目标资源筛选，定位调控特定农艺性状的基因，基因聚合，品种鉴定等 方面的应用越来越广泛。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。 SNP在基因组上的分布极其丰富，其突变率低，尤其处于编码区的SNP是高度稳定的，其遗传 稳定性要比SSR等遗传标记高得多，遗传分析或基因诊断时的重现性、准确性都优于SSR。基 于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成 本、高通量的特点。该方案的核心是KASP技术，即Competitive Allele-Specific PCR。这项 技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels( Insertions and Deletions，插入和缺失），目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。
【发明内容】
[0006] 本发明所要解决的技术问题是如何鉴别待测大白菜是否为抗根肿病的大白菜。
[0007] 为了解决上述技术问题，本发明提供一种与大白菜根肿病抗性相关的3即位点_ A0220509373G/T位点，该位点位于A2染色体上第20509373位，其脱氧核苷酸为T或G。在本申 请中，该位点具体为序列表中序列4中的第301位核苷酸。
[0008] 本发明根据上述SNP位点开发了A0220509373G/T位点在如下A-F任一中的应用：
[0009] A、在鉴别或辅助鉴别大白菜根肿病抗性中的应用；
[0010] B、在选育大白菜根肿病抗病品种中的应用；
[0011] C、大白菜育种中的应用；
[0012] D、预测大白菜根肿病抗性中的应用；
[0013] E、在制备鉴别或辅助鉴别大白菜根肿病抗性产品中的应用；
[0014] F、在制备预测大白菜根肿病抗性产品中的应用。
[0015] 本发明根据上述SNP位点还开发了检测大白菜基因组中A0220509373G/T位点的多 态性或基因型的物质在如下A-F任一中的应用：
[0016] A、在鉴别或辅助鉴别大白菜根肿病抗性中的应用；
[0017] B、在选育大白菜根肿病抗病品种中的应用；
[0018] C、大白菜育种中的应用；
[0019] D、预测大白菜根肿病抗性中的应用；
[0020] E、在制备鉴别或辅助鉴别大白菜根肿病抗性产品中的应用；
[0021] F、在制备预测大白菜根肿病抗性产品中的应用。
[0022]上述应用中，所述检测大白菜基因组中A0220509373G/T位点的多态性或基因型的 物质包括由引物1、引物2和引物3所组成的引物组。
[0023] 所述引物1为如下al)或a2):
[0024] al)序列1所示的单链DNA分子。
[0025] a2)将al)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与al)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0026] 所述引物2为如下bl)或b2):
[0027] bl)序列2所示的单链DNA分子。
[0028] b2)将bl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与b 1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0029] 所述引物3为如下cl)或c2):
[0030] cl)序列3所示的单链DNA分子。
[0031] c2)将cl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与c 1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0032]上述一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变为所述单链DNA分子3'末端碱基之外 一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变。
[0033]上述物质可以是引物组或含有引物组的试剂或试剂盒。
[0034]本发明根据上述SNP位点还开发一种鉴别或辅助鉴别待测大白菜是否为抗根肿病 大白菜的方法，包括如下步骤:检测待测大白菜基因组A0220509373G/T位点的多态性或基 因型，若所述待测大白菜基因组A0220509373G/T位点的多态性或基因型为TT或TG，则所述 待测大白菜为抗根肿病大白菜或候选抗根肿病大白菜；若所述待鉴别大白菜基因组 A0220509373G/T位点的多态性或基因型为GG则所述待鉴别大白菜为非抗根肿病大白菜或 非候选抗根肿病大白菜。
[0035]上述方法中，所述检测待鉴别大白菜基因组A0220509373G/T位点的多态性或基因 型的方法为如下（1)或(2):
[0036] ⑴测序；
[0037] (2)用引物对待测大白菜进行等位基因特异性PCR;
[0038] 所述引物由引物1、引物2和引物3组成。
[0039] 所述引物1为如下al)或a2):
[0040] al)序列1所示的单链DNA分子。
[0041] a2)将al)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与al)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0042] 所述引物2为如下bl)或b2):
[0043] bl)序列2所示的单链DNA分子。
[0044] b2)将bl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与b 1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0045] 所述引物3为如下cl)或c2):
[0046] cl)序列3所示的单链DNA分子。
[0047] c2)将cl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得