专利名称：一种质谱法检测非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关多态性位点基因型的引物组及方法
技术领域：
本发明设计一种基因多态性的质谱检测的多核苷酸及方法，特别是涉及质谱法检测非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性位点基因型的引物组及方法。
背景技术：
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500 1000个碱基对中就有I个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。一般而言，SNP是指变异频率大于1%的单核苷酸变异。SNP成为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对疾病、毒物的易感性与耐受性，疾病临床表现的多样性(clinical phenotype diversity),以及对药物治疗的反应性上都起着重要的作用。放射疗法是用X线，Y高能电子束等放射线照射在癌组织，由于放射线的生物学作用，能最大量的杀伤癌组织，破坏癌组织，使其缩小。其原理是依据大量的放射线所带的能量可破坏细胞的染色体，使细胞生长停止。所以可用于对抗快速生长分裂的癌细胞。放射线治疗最常作为直接或辅助治疗癌症的方式。它作为治疗恶性肿瘤的一个重要手段，对于许多癌症可以产生较好效果，但是放疗会产生放射性肺炎、放射性食管炎，以及食欲下降、恶心、呕吐、腹痛、腹泻或便秘等诸多毒副反应。针对非小细 胞型肺癌，通常与化疗合并治疗肿瘤。在肺部肿瘤的放射治疗中，肺组织往往会受到一定剂量的照射，造成不同程度的放射损伤。肺放射损伤所产生的并发症一急性放射性肺炎和放射性肺纤维化，是胸部肿瘤放射治疗剂量的限制因素。动物试验显示，给予全肺根治剂量照射后，在数周至数月内将产生明显的肺内充血、肺泡间质水肿、肺泡内充满渗出液。随后是炎症细胞浸润，肺泡上皮细胞脱落。数周后，间质肺水肿转变为胶原纤维，肺泡间隔增厚，结果造成气体交换障碍。在淋巴瘤、纵隔肿瘤肺癌和乳腺癌的放射治疗中，约5 15%的患者出现放射性肺炎的临床症状，常表现为低热、咳嗽、胸闷，重者可出现呼吸困难、胸痛、持续性干咳、痰中带血、X光胸片可显示与放射野一致的弥漫性片状密度增高影，CT可显示肺间质密度增高的改变，当超过耐受剂量时，可以产生严重的放射性肺炎，临床症状严重，出现急性呼吸窘迫、高热，常可导致患者死亡。患者度过急性期，肺炎症状会持续数月，但组织学改变将继续发展，逐渐进入肺纤维化期，在此阶段仍易产生合并症危及生命。食管受到照射后可引起放射性食道炎、粘膜溃疡，患者出现胸骨后烧灼感、吞咽疼痛、食道狭窄、纤维化，导致吞咽困难，甚至食道穿孔而危及生命。Phillips等报告单次大剂量照射后，第3天食管的基底层就有空泡形成并缺乏有丝分裂，同时角化的鳞状细胞层变薄。7 14天增生的基底细胞和再生上皮区域与完全剥脱的区域同时出现，21天后出现基底细胞层增生加速和鳞状细胞层增厚，使管壁僵硬，失去弹性，管腔进一步狭窄。文献表明，人体相关基因的多态性位点的共有20个，相关基因及对应的位置点为:IL6的多态性位置点为rsl80079、:rsll556218, PGTS的多态性位置点为rs5275、rs20417、rs689470, IL4R的多态性位置点为:rsl801275，ILlO的多态性位置点为:rsl800872，ILlORA的多态性位置点为rs3135932，ILlA的多态性位置点为rsl800587、rsl7561, IL8的多态性位置点为rs4073, TNFRSF1B的多态性位置点为rsl061622, MIF的多态性位置点为rs755622，N0S3的多态性位置点为rsl799983，IL4的多态性位置点为rs2070874, NFKBlA的多态性位置点为rs8904，IL13的多态性位置点为rs20541、rsl80925及其他基因对应的多态位点等。相关基因的基因型可能是T/C型、G/T等类型，如果能确定多态性位点的基因型，就可以实现个体化治疗，从而实现治疗效果的最优化。文献表明，炎症反应相关的细胞因子，其基因的单核苷酸多态性的个体差异，与放疗导致的肺炎、食管炎敏感性相关。这些单核苷酸多态性的基因分型和个体对放射性疗法引发的炎症发生的风险几率存在剂量效应。综上所诉，综合治疗时应尽量选择对所放疗脏器毒性小的化疗药物，并针对病人使用合理个体化的放疗剂量。目前人体多态性位点的基因型的检测方法通常有直接测序法，液态芯片法等。其中，直接测序法的检测成本较高，通量小；液态芯片法的特异性和准确率高，但是需要针对突变位点设计探针和相应的微球，成本高。因此，我们需要找到一种通量高，操作简便，成本低的方法，以求可以实现对非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的检测
发明内容
为了克服上述现有技术的不足，本发明提供了非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的质谱检测的多核苷酸及方法。旨在解决现有技术通量低、成本高的问题。一种用于非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的质谱检测的多核苷酸引物组，包括扩增引物对及其对应的延伸引物，其特征在于，所述引物组选自下表组号对应的引物组，可以是下表一组或两组以上的引物组，扩增引物对和延伸引物分别对应为选取组号所对应的扩增引物对和延伸引物:
组号扩增引物对_延伸引物_
1SEQ ID NO:1 和 SEQ ID NO:2SEQ ID NO:37
2SEQ ID NO:3 和 SEQ ID NO:4SEQ ID NO:38
3SEQ ID NO:5 和 SEQ ID NO:6SEQ ID NO:39
4SEQ ID NO:7 和 SEQ ID NO:8SEQ ID NO:40
5SEQ ID NO:9 和 SEQ ID NO:10SEQ ID NO:41
6SEQ ID NO:11 和 SEQ ID NO:12 SEQ ID NO:42
7SEQ ID NO:13 和 SEQ ID NO:14 SEQ ID NO:43
8SEQ ID NO:15 和 SEQ ID NO:16 SEQ ID NO:44
9SEQ ID NO:17 和 SEQ ID NO:18 SEQ ID NO:45
ip |seq id no:i9 和 seq id no:20 |seq id no:46 —
权利要求
1.一种用于非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的质谱检测的多核苷酸引物组，包括扩增引物对及其对应的延伸引物，其特征在于，所述引物组选自下表组号对应的引物组，可以是下表一组或两组以上的引物组，扩增引物对和延伸引物分别对应为选取组号所对应的扩增弓1物对和延伸引物: _
2.一种非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的质谱检测的多核苷酸的方法，步骤如下: (1)采集待检全血样本，提取基因组DNA； (2)向获取的DNA中加入扩增引物对进行的基因，进行扩增反应；(3)使用SAP酶(碱性磷酸酶)处理扩增产物，去除残留在反应体系中多余的脱氧核苷酸； (4)向经过处理后的扩增反应的产物加入延伸引物，进行延伸反应； (6)使用树脂纯化延伸产物； (7)将延伸产物转移到特制的芯片上； (8)将芯片放置于质谱仪中进行检测，读取并分析检测数据，确认样本放疗毒副作用相关基因多态性位点的基因型，其特征在于:所述扩增引物对为权利要求1引物组中的扩增引物对，所述延伸引物为权利要求1引物组中的延伸引物。
3.根据权利要求2所述的非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的质谱检测的多核苷酸的方法，其特征在于:完成步骤(I)后，将提取物分成两组完成(2)至(8)项步骤，第一组中用于扩增反应和延伸反应的的引物组是权利要求1引物组选自上表中组号2和或组号8中的引物组；第二组用用于扩增反应和衍生反应的引物组是权利要求1引物组选自上表中除组号2和组号8之外的一组或两组以上。
4.根据权利要求2所述的非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性的质谱检测的多核苷酸的方法，其特征在于:所述延伸反应步骤所使用的原料是经过质量修饰的双脱氧核苷三磷酸(d dNTP)。
全文摘要
本发明涉及质谱法检测非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因多态性位点基因型的引物组及方法,引物组包括扩增引物对和对应的延伸引物，分别在检测方法中做扩增反应和延伸反应使用。本发明的有益效果在于本发明的引物可有效检测非小细胞型肺癌放疗毒副作用相关基因的基因型，且检测成本低；通量高，使用384孔板进行实验，可一次性对190例样本同时进行检测(除去对照孔)；准确率高，不出现假阳性的检测结果。
文档编号G01N27/62GK103224981SQ20131002762
公开日2013年7月31日 申请日期2013年1月24日 优先权日2013年1月24日
发明者张聪, 郝玮, 陈然, 叶贵, 李小青, 周蕊, 梁超, 韩韬, 黄士昂, 涂赞兵, 陈忠, 方国伟 申请人:武汉康圣达医学检验所有限公司