核酸阵列的探针搭载位置的确认方法

专利名称：：核酸阵列的探针搭载位置的确认方法
技术领域：
：本发明涉及核酸阵列的品质管理，详细来说，涉及利用核酸阵列上的核酸探针与互补核酸分子的杂交反应，来确认该核酸#:针的种类以及位置的方法。
背景技术：
：所说的核酸阵列，是将大量的核酸探针(以下，有时也称为探针)高密度地、以不互相混杂在一起的方式分别独立地搭载在载体上。^^载在核酸阵列上的探针是作为用于通过杂交来捕集核酸分子的检测器起作用，被捕集的核酸分子是由与探针的碱基序列相互补的序列构成以往，作为核酸阵列，一直利用在实施了表面加工的玻璃或硅等载体上搭载探针的核酸阵列，但在近年，也采用凝胶载体等，利用其他的技术对载体进行改性。作为核酸阵列的制造方法，已知的方法有将预先制备的核酸探针固定在载玻片或硅等基板的方法、以及在基板上直接合成核酸探针的方法。例如，采用在基板上直接合成探针的光刻法，使用具有能用光照射选择性地除去的保护基团的物质，将光刻技术与固相合成技术进行组合，通过在微小的矩阵的规定区域(反应部位)选择性地合成DNA(掩模)，制作核酸阵列(Science251，767-773(1991))。另夕卜，作为搭载预先制备的探针的方法，主要可以举出点样法(Science270，467-470(1995))。该方法是，将含有预先由PCR或人工合成制造的探针的溶液，采用点样仪或阵列仪(Arrayer)这样的特别的装置，以数nl至数pi的微小体积排列于芯片表面，搭载于基板上的特定区域的技术。除了上述方法，还开发了采用中空纤维排列体的微阵列的制造方法。在该方法中，采用中空纤维排列体制造贯通孔底座，所述中空纤维排列体是使由合成高分子构成的多个中空纤维沿纤维轴方向有规律地排列的排列体。该制造方法的一个特征为，通过在中空纤维排列体的各中空纤维中空部固定探针，用与纤维轴垂直的方法使该中空纤维排列体薄片化，能够由同一棒材大量制造同样的微阵列制品(日本专利第3488456号公才艮)。所说的利用核酸阵列的核酸检测方法是指，使作为检测对象的核酸试样对于搭载在核酸阵列的探针序列特异性地杂交，利用焚光物质等来检测序列特异地形成的杂交物的方法。利用该方法，能够对试样中的含有与多个核酸探针对应的核酸碱基序列的核酸分子，进行定量或定性地调查，可以用于解析多个核酸碱基序列相关的发现量或特定的核酸碱基序列的序列自身等。上述核酸检测之时，通常采用的方法为在预先设定的适当的条件下实施杂交反应，接着，通过洗涤工序除去残留于阵列表面的核酸试样或其他杂质，检测与探针形成特异的杂交物的核酸试样。探针为了序列解析、功能解析等，而经常设计成与作为4企测对象的所希望的核酸碱基序列互补或相同的序列。作为探针，可以使用cDNA等较长链的核酸或者短链的合成的寡聚核酸等。将合成的寡聚核酸作为4笨针使用的场合中，对于人或老鼠等积累了基因信息知识的生物，采用他们的碱基序列信息，着眼于各序列的同源性或功能等，来设计合成的寡聚核酸的序列，制作探针。这样的核酸阵列能够供于基因发现、基因多态性等基因解析，从生命现象的机理阐明等研究用途到疾病等的诊断.治疗中都可以应用，进一步期待应用于对基因型进行辨别的品种辨别等的产业用途。另一方面，在^某求对这些产业用途的应用中，需要保持核酸阵列的品质，因而，用于保证品质的品质管理方法的确立作为当务之急的课题被提出。在该品质管理项目中，对在制造的核酸阵列上搭载的探针是否正确地搭载在规定的位置上进行检查，是最重要的课题。作为上述检查方法，已知的方法例如有将核酸阵列浸在溴化乙锭(EthidiumBromide)等核酸染色剂中，对探针或固定探针的规定位置进行染色的方法。用该方法能知道核酸阵列上(中)有无探针，但不能检查该探针是否搭载在规定的位置上。此外，在将染色后的核酸阵列直接应用于4全查等的场合中，染色剂会成为检测时的噪音。因而，将核酸阵列作为制品时，需要对每个制品进行如下操作，即，再次洗涤探针或固定探针的规定位置的染料，完全洗掉溴化乙锭，因此，形成制品前的处理工序非常烦杂。另外，为了确认点样位置，准备针对于全部探针的标记核酸，该标记核酸为搭载在阵列上的探针的互补链，需要对每一个探针、全部探针进行利用杂交的检测操作，这在搭载探针数多的场合中，操作会更烦杂，这种做法也是不现实的。这样，简便地确认"探针具有什么样的序列，搭载在核酸阵列上的什么位置"，从而保证核酸阵列的品质就非常重要。但是，现在几乎还不能进行确认操作。其理由是因为，如上所述，由于在栽体上搭栽着多个的探针，因此核酸阵列的确认操作就变得非常烦杂。另夕卜，还因为难以简单地识别探针自身的序列。就是说，在一次制造的核酸阵列中，为了确认在核酸阵列的哪个位置上存在什么样的探针，只能依赖于来自核酸阵列的制造工艺的信息，制造后，确定各个探针的搭载位置是极其困难的。假如，在核酸阵列的意外的位置上搭载意外的探针的场合中，关于搭载位置错误的探针，可能在未察觉的过程中提供错误的数据。另外，特别是在制造限定探针种类的核酸阵列的场合中，与广泛地搭载多种探针的核酸阵列相比，由于每个探针的重要性都大，因此，在对由核酸阵列整体得到的各探针的数据进行统计性地处理、解释的场合中，导出根本性错误的结论的可能性非常大。
发明内容因而，本发明的课题是提供一种方法，该方法用于正确且简便地确认在核酸阵列中，搭载在该阵列的探针是否正确地配置于规定的位置。为了解决上述课题，本发明人等着眼于只要是由同一棒材制成得到的单一种类的阵列，通过调查一定片数的阵列，就能够确认从该棒材得到的全体制品的优点，进行潜心研究。其结果发现，通过对与阵列杂交的核酸试样给予规定的识别信息，将由杂交得到的信号与由各个探针得到的识别信息进行有效地组合，然后应用于检查，能够个别地确认探针位置，从而完成本发明。即，本发明如以下所述。(1)一种确认搭载在核酸阵列的核酸探针的搭载状况的方法，所述方法包括以下的工序(a)对搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数、以及1以上的任意的识别信息进行定义的工序，(b)釆用下式计算x，将x的整数部分的^:字定义为确认搭载状况所必需的核酸阵列数xa，给属于所述区域的各个核酸探针进行分配数值Y并使其不重复的工序，X=(log(阔M)+1(N表示识别信息的数，M表示搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数。)数值Y是用N+l进制表示的数值，并具有与Xa相同数目的位数，(c)制备包含与所述核酸探针的碱基序列的全部或一部分互补的碱基序列的互补核酸分子，对于每一个所述分配的数值Y的各位数，以各位数的数字为基准混合互补核酸分子，制作与核酸阵列数Xa个相应的核酸试样组，同时制作Xa个核酸阵列的工序，(d)使对应的所述核酸试样组与在工序(C)中制作的Xa个核酸阵列的各阵列接触，对来源于搭栽在核酸阵列的核酸探针与所述互补核酸分子的杂交的信号进行检测的工序，以及(e)对检测信号的显示图案与所述分配的数值Y的图案进行对照的工序。在本发明中，核酸探针的搭载状况可以举出涉及核酸探针的种类和/或位置的状况。另外，作为识别信息，例如，是从由信号的有无、信号的强度以及标记的种类所构成的组中选出的至少一种。在本发明中，检测信号的显示图案，可以使用基于上述识别信息用N+l进制数值化的图案。(2)—种核酸阵列的品质检查方法，其特征在于，基于由上述(l)所述的方法得到的结果，；险查核酸阵列的品质。根据本发明提供的方法为，通过核酸探针与含有其互补序列的核酸的杂交，来确认搭载在核酸阵列上的各个核酸探针的种类和位置。确认核酸阵列上的各探针是否配置在M^定的位置，是DNA微阵列的品质管理上最重要的检查项目。根据本发明，能够正确且简便地检查其探针的配置位置，因此，不需要以往那样的烦杂的检查工序。图1是制造纤维排列体的排列固定夹具的图。图2是表示核酸阵列的设计的图。数字表示序列号、B表示未搭载探针的点。图3是采用试样1至试样8进行杂交时的检测图像。符号说明11孑L21多孔板31中空纤维41板状物具体实施例方式以下，详细地说明本发明。在本说明书中引用的文献以及公开公报、特许7>_^艮和其他的专利文献，作为参照引入本说明书中。本发明是确认搭载在核酸阵列的核酸探针的搭载状况的方法，包含以下工序(a)对搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数、以及1以上的任意的识别信息进行定义的工序，(b)采用下式计算X,将X的整数部分的数字定义为确认搭载状况所必需的核酸阵列数Xa,给属于所述区域的各个核酸探针进行分配数值Y并使其不重复的工序，X=Uog阔M)+1(N表示识别信息的数，M表示搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数。)数值Y是用N+l进制表示的数值，并具有与Xa相同数目的位数，(c)制备包含所述核酸探针的碱基序列的全部或一部分互补的碱基序列的互补核酸分子，每一个所述分配的数值Y的各位数，以各位数的数字为基准混合互补核酸分子，制作与核酸阵列数Xa个相应的核酸试样组，同时制作Xa个核酸阵列的工序，(d)在工序(C)中制作的Xa个核酸阵列的各阵列，使其与对应的所述核酸试样组接触，对来源于搭载在核酸阵列的核酸探针与所述互补核酸分子的杂交的信号进行4企测的工序，以及(e)对检测的信号的显示图案与所述分配的数值Y的图案进行对照的工序。1.核酸探针的种类以及位置的确认方法作为通常的核酸阵列的使用方法，首先，使具有规定的序列的核酸探针与序列未知的样品试样进行杂交。在样品试样中，如果存在具有与核酸探针的碱基序列互补的碱基序列的核酸分子，则在核酸探针与该核酸分子之间形成杂交。接着，利用荧光、化学发光、放射性同位素等预先标记在样品试样上的物质所产生的信号，对形成的杂交进行定量或定性，从而，能够确认与该核酸探针对应的互补的核酸分子的存在。另一方面，利用上述方法，也能够^r查"l荅载在核酸阵列的探针的配置。通过使用与探针互补的核酸分子作为样品试样，利用杂交，能够鉴定应该存在于核酸阵列上的揮:针的位置。如上所述，为了确认在核酸阵列中特定的核酸探针搭载在核酸阵列上的什么位置，使含有具有与核酸探针互补的碱基序列的核酸分子(互补核酸分子)的样品试样，对核酸阵列进行杂交，通过由在互补核酸分子上实施的荧光物质、酶等标记物所发出的信号，可以检测核酸探针与互补核酸分子的杂交。例如，由5种互不相同的石威基序列构成的核酸探针在基板上独立地搭载的核酸阵列的场合中，为了调查5种核酸探针是否存在以及存在的位置，将与各核酸#:针互补的核酸分子(互补核酸分子)逐一种类与各个核酸阵列进行杂交，通过读取来自杂交的信号，能够明确核酸探针的相对的搭载位置、以及在该位置上搭栽的探针的碱基序列。此时使用的核酸阵列的必要数量是与核酸探针的数量相对应的5片。另夕卜，如果能够用能分别独立地识别与5种核酸^:针对应的5种互补核酸分子的信号(例如，波长互不相同的5种荧光物质)来进行读取的话，则通过对一片核酸阵列杂交5种互补核酸分子，能够各自分别地确认核酸探针的相对的搭载位置、以及搭载在该位置上的核酸探针的碱基序列。但是，核酸阵列搭载多种探针，即使少的也搭载数十至数百种的核酸探针。这样的场合中，制备与核酸探针数对应的互补核酸分子，使用与搭载的探针数同样数量的核酸阵列，确认各核酸探针的搭载位置就极其烦杂。另外，由于核酸阵列的使用片数过多，因此实际上不能实施。现状是，对各个互补核酸分子实施数十至数百种的能独立地识别的信号分子，是非常困难的。因此，在本发明中，为了有效地鉴定核酸探针的搭载位置，使根据一定的法则制备的互补核酸试样(组)，与核酸阵列杂交，将得到的信号，与该核酸试样中的互补核酸分子的有无或标记种类进行对照。这里，所说的"互补核酸试样"(也简称为"核酸试样")，是指根据一定的法则含有包含与核酸探针的至少一部分碱基序列互补的碱基序列的分子(互补核酸分子)的试样。另外，将其多个的集合称作"互补核酸试样组"(也简称作"核酸试样组")。核酸试样优选仅制备在确认中使用的核酸阵列数量的份数。所说的"根据一定的法则制备"，是指为了使各个探针与互补核酸试样中含有的核酸试样杂交检测时，根据标记的种类或核酸试样的有无，显示出互不相同的图案，来制备核酸试样。详细的方法在下述例示。(1)搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数、以及1以上的任意的识别信息的定义搭载在核酸阵列上的核酸探针被收集在一定的区域内。因此，搭载核酸探针的区域数意味着其核酸探针数(探针种类数)。因此，在本发明中，将上述区域数定义为探针数。但是，未搭载探针的区域，例如，也可以作为阴性对照包含于探针数中。所说的"探针数，，不是包含在区域内的各个探针的数，是指区域内的探针的集团数。制备互补核酸试样(组)时，预先记录构成该试样(组)的互补核酸分子的序列信息、浓度、标记的种类等。该信息是作为用于评价杂交后得到的探针以及互补核酸分子的杂交物形成的状态的"识别信息"来使用的。另外，对互补核酸分子、核酸试样以及核酸试样组进行编号等，使其明确化(定义)。例如，核酸试样组中的某些核酸试样的存在的有无，在杂交后的检测时，成为"杂交信号的有无，，这种识别信息。另夕卜，标记种类的不同，例如，如果使用含有Cy3标记以及Cy5标记的核酸试样的核酸试样组的话，意味着能够判别标记的不同，成为"杂交信号的种类，，这种识别信息。此外，从"杂交信号强弱"的角度考虑，变更核酸试样的浓度也成为识别信息。这样，识别信息作为杂交的结果、得到的信息的差异和形成该差异的原因的参数来使用。具体地，A探针搭栽在核酸阵列上的场合中，.将作为其互补链的A，，放入互补核酸试样组的各个互补核酸试样中的时候，"是否放入A"，、"对A，实施标记的种类"、"投入的A，的量"这样的已知的信息，能够根据杂交后得到的信息，即，"是否得到信号"、"得到的荧光是哪个种类"、"得到的信号强度是什么程度的强度"这样的信息来识别，从杂交的结果，也能够容易地判断互补核酸分子A，对各互补核酸试样的投入状态。确认搭载的核酸探针所必需的阵列数，根据核酸4冢针的种类和识别信息的数量来确定。就核酸阵列而言，进行核酸探针的搭载位置的确认的场合中，该识别信息越多，准备的互补核酸试样的数就可以越少，因此，也能减少使用的核酸阵列的片^:,进行有效地确认。(2)确认搭载状况所必需的核酸阵列数的计算，以及对核酸探针的数值分配对于搭载在核酸阵列上的全部核酸探针，在确认阵列上的位置的场合中，必要的识别信息、应该使用的阵列数以及互补核酸试样的数量，用满足以下式子的条件来表示。<formula>formulaseeoriginaldocumentpage10</formula>其中M:核酸探针的种类N:识别信息的数量X:使用的阵列的片数上式的等式部分可以用下式表示，因此可以采用该式算出X。X=Uog(阔M)+1(N表示识别信息的数量，M表示搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数。)算出的X用整数部分和小数点以后的数字表示，但在本发明中，将X的整数部分的数字定义为确认搭载状况所必要的核酸阵列数Xa。例如，探针数]VN250的核酸阵列、识别信息只用信号的有无这一个信息判断时，由于能确认杂交的识别信息数是1(N-1),因此，X=log2250+1=8.9657。由于X的整数部分是"8"，因此，确认时所需的阵列的片数X^8片。通过使用Xf8片的阵列，能够确认全部搭载探针在阵列上的相对位置。另外，在本发明的别的方式中，根据识别信息是Cy3、Cy5这两种焚光和互补核酸分子的2种浓度来进行判断的场合中，由于能确认杂交的识别信息数N=4,因此，通过使用Xa-4片的阵列，能够确认全部搭载探针的阵列上的相对位置。这里，在本发明中，尝试考虑的方式为通过荧光信号的有无，检查搭载24种核酸探针的核酸阵列。荧光信号的有无用l种荧光标记就足够，因此，识别信息数(N)是1。如果将探针数(M)和识别信息代入上述式，则进行确认操作场合的阵列的必要片数是5片。将用于对5片各阵列进行杂交反应的互补核酸试样，分别设为试样A、试样B、试样C、试样D、试样E，对属于所述区域的各核酸探针，不重复地分配数值Y,所述数值Y是用N+1进制表示的数值、且具有与Xa相同数量的位数(试样AE-5种试样，即5位)。上述例子的场合是X^5，N+l=2，因此，分配至表1的探针124的数值Y,能够通过AE栏中表示的"1"和"0"的数字用二进制作为5位的数字表示。在试样AE的栏中标注的"1"表示含有荧光标记的互补核酸，"0"表示不含有互补核酸。正如表l所示，分配至探针l的数值(作为Y,)是"10000"，分配至探针2的数值(作为Y2)是"10001"。这些数值在探针124之间不重复，互不相同。表l核酸试样探针ABcDE1100002100013100104100111010061010171011081011191100010110011111010121101111<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>可以通过Cy5直接标记与生物素直接标记-链霉亲和素-Cy5间接标记的组合进行检测。上述，"标记"方法只要能够检测核酸的杂交，就并无特别限制。作为标记中使用的标记物质，可以例举出如Cy3、Cy5、AlexaFluor等焚光物质、用于利用伴随着使用碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶的底物分解的化学发光的酶或蛋白质、Y"P或a"P等放射性同位素等，从简便性的角度考虑，优选使用荧光物质。将这些标记物质组入互补核酸分子时，只要标记方法是稳定的，且不妨碍与探针核酸的特异性的杂交，不管是直接的、间接的或物理的、化学的结合，哪种方法都可以使用。作为进行化学修饰的方法，可以举出将生物素或通过氨基烯丙基修饰的类似石成基在反应时组入，以其为士某介，组入标记物质的方法。另外，还可以采用的方法有利用SYBRGreen、吖啶橙、SYBRGold等，使标记物质插入互补核酸分子的方法，也可以采用像ULYSIS这样，使标记物质通过铂对互补核酸分子结合的方法等。但是，准备多个通过标记分子标记的互补核酸分子，有时会造成高成本。为了避免这种情况，在全部的互补核酸分子的3，或5，末端上延伸添加共同的核酸碱基序列(标签)，所述共同的核酸碱基序列不同于各互补核酸分子的与对应的核酸探针互补的部分，然后，可以使用与该标签序列互补的标签核酸分子。在该场合中，只要能独立地检测相互的信号，该标记方法就没问题，另外，也可以使标签的序列自身为多个种类。(4)杂交以及信号的检测的各阵列进行接触，检测来自杂交的信号，所述杂交是搭载在核酸阵列的核酸探针与所述互补核酸分子的杂交。将试样AE分别添加于核酸阵列AE,使探针与互补核酸接触(杂交)时，在核酸阵列A中，对1号至16号的探针检测出荧光信号，在核酸阵列B中，对9号至24号的探针检测出荧光信号。针对核酸阵列CE,对与上述同样地标注"1"的位点的探针检测出荧光信号。(5)检测的信号的显示图案与分配的数值Y的图案的对照根据上述方法，通过将互补核酸试样中含有的互补核酸分子的组合、核酸阵列的各位置的探针的位置信息以及实际杂交中得到的信号，与识别信息进行置上。当针对各互补核酸观察各核酸阵列的检测结果时，例如，对于与表l的探针l对应的互补核酸，由于只包含在核酸试样A中，因此，核酸试样AE间的识别信息的组合(数值Y。是"10000"。另外，对于与探针16对应的互补核酸，由于包含在全部的试样AE中，因此，核酸试样AE间的识别信息的组合是"11111"。这些识别信息的组合，针对每个互补核酸都不相同。因而，将分配给每个所述探针的数值图案，与检测结果的图案进行对照，如组合所示，即如Y值的图案所示地得到冲企测结果的时候，能够判断搭载在核酸阵列的核酸探针的种类以及位置是正确的。例如，有信号的时候设成"+",没有信号的时候设成"-"，作为探针l的检测结果，假设如试样AE的顺序得到"+、-、-、-、-"的结果时，该检测结果与Y产"10000"的对照结果一致。上述检测结果("+","-")可以作为数值表示。因此，将检测结果作为二进制分别用"1"以及"0"表示时，检测结果成为分配的数值Y,("10000")，能够判断核酸固定在正确的位置上。接着，尝试考虑的方式为通过3种荧光信号检查搭载24种核酸探针的核酸阵列。由于使用3种荧光标记，因此识别信号数(N)是3个。当将探针数(M)与识别信号代入上述式子时，进行确认操作时需要的阵列片数Xa是3片。试样A、试样B、试样C(表2)。作为识别信息，"0"表示绿色的荧光标记、T表示黄色的荧光标记、"2"表示红色的荧光标记，对表2的试样AC的栏标注"0"、"1"、"2"的任一种。这种场合中，Xa=3，N+l=3,因此，分配于表2的探针的124的数值Y可以通过AC栏中表示的0"、"1"和"0"的数字以三进制作为3位数的数字来表示。表2<table>tableseeoriginaldocumentpage15</column></row><table>当针对每个互补核酸观察各核酸阵列的检测结果时，例如，对于与探针l对应的互补核酸，由于核酸试样AC都被标记绿色的荧光标记，因此，试样核酸AC间的识别信息的组合是"ooo",对于与^:针6对应的互补核酸，核酸试样AC间的识别信息的组合是"012"。这些识别信息的组合，对于每个互补核酸都不同。因而，如组合所示地得到与识别信息对应的检测结果的时候，能够判断搭载在核酸阵列上的核酸探针的种类以及位置是正确的。2.核酸阵列的品质4金查方法。基于上述方法，对一批该核酸阵列，在该核酸阵列出库时进行检查，可以用作核酸阵列的一个品质管理基准。在用于确认核酸探针的搭载位置的品质检查中使用的核酸阵列，希望从在同一批中大量制作的核酸阵列中准备。就本方法而言，对什么样的核酸阵列都适用，但优选的是用各个探针点样位置不是物理性地互相混合的方法制造的核酸微阵列。这样的核酸微阵列可以通过将探针固定在中空线等，使其成束，然后切片来得到。因为探针向中空线的固定能均一地进行，因此，采用由上述切片得到的微阵列确定核酸探针搭载位置的场合中，能够没有品质不均、且可高精度地进行同一批内的检查。另外，对于探针搭载位置的确认，在不能使用多个核酸阵列的场合中，也可以将进行过一次杂交的核酸阵列进行再利用。具体地，杂交后，将核酸探针与互补核酸试样的杂交物解离。为了解离杂交物，通过将核酸阵列浸渍在水里等，然后加热至一定温度以上就能够进行解离。解离的核酸阵列根据探针的固定化状况，或者信号残留的状况，可以再利用。对于制作在干燥基板上的核酸阵列，经常不提倡进行再利用，但是，对于在常湿润状态下利用的核酸阵列，容易进行杂交物的解离，且固定化的探针与干燥基板相比难以脱落，因此，只要是信号的有无程度的识别信息就不会有特别的错误鉴别。实施例以下，通过实施例对本发明进行进一步具体的说明。但是，本发明并不限定于这些实施例。核酸阵列的制作核酸探针的合成为了制作核酸阵列，合成用表3所示的序列号1号至192号表示的寡聚DNA。表3<table>tableseeoriginaldocumentpage16</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage17</column></row><table>73agagtgcc加cgagactggcagggacgaggacaaatatggatgaggtggagagtgggaagcag74acactgttgccctggctgtattcataagattccagctccttcaggtgtttgattccagcatgtag75attgaggctcttggaaggagtcaggcaaggattgtgcttcccccattatacaggtgacaaaactg76attcaagcgcacgagtgggtgccgctgtggctactgcggtattcggtcattgtgaaaagtagagg77tgtgactttcaagctactcaccctgtaatggatcttaaagcattccccaaagataacatgctttg78attcatcaattatgtgaagaattgcttccggatgactgaccaagaggctattcaagatctctggc79tatccaagttgtccttgaattgtctaaccatggacataaacagttgtctcccttctactgtgtag80ggaaaacagccagaagccaccttgacac加gaacatttccagttctgtagagtttattgtcaa81ggtgggaggtgggatttagccaggaaaggggtgagagtgattgtgttgtgggcgaggaggcgttt82attgtgggggtcgatcatgaatgtccgaagagtggcc加cccgtagccctgcgccccctttctttgtgcagcaatggccaagatcaaggctcgagatcttcgcgggaagaagaaggaggagctgctga84aagcaaagagaagactttgtacacactgtcaccagggttatttgcatccaagggagctggaattg85cgtgcccgaaatcaggtggtgataagagcagagccccaactctgtgccttgtgtgcggatctctg86tctagaactgacctaccacaagcatccaccaaaggagtttgggattgag加gctgctgtgcag87ggtctcttccagattgctcttctgccgaattatttgtatctattccgagctgattatgtaatagg88gctcttgatgagaggctcgctttaaagaagcccaaagcgtgtgcttatccaaggggttcagctat89ctgcttcataggtgttctgcatttgaggtgtagtgaaatctttgctgttcaccagatgtaatgtt90tgaagtagtagccacagtacaacactgactgctcagacacatttaggttcagggtggacctttat91ttgtggtgagacgtcatagtcttcatgagaacgtgggggtgaatttcatgaaggggaactatagt92gactctatcgtggtttatctcttaattacattcgctgtattccctctcaagcagtggcttttaca93gaagtcgagatgactttgatcattggtaacttgggcctgggccagacaaagtataaaacttacaa94tctgtctatacctgccccatctgagcacccattgctcaccatcagatcaacctttgattttacat95ccag加ctgtatagaatcgcacaagtggtttatggagtgtttggattgtaattataaatggttc96ctagcctgcattgagcttgcatgcttgcataagagcttaagaaccattgatttaatgtaataggg97gcctgcatccggagaattgcctctacctggaccttttgtctcacacagcagtaccctgacctgct98cctcacacccacccccatgc3ctcaaagattggattttac3gct3cttgcaattca3aattcaga99gggccatctcttggagtgacaaagctgggatcaaggatagggagttgtaacagagcagtgccaga100gcctgaactagccaatcagatcaactctgtcttgggcgtttgaactcagggagggaggcccttgg101ctgacaagtcttaatcaactaggcgagaggcaacttctttcagtagtcaagtggtctaaatcatt102caagttcagctccacgtgtgccatcagtggatccgatccgtccagccatggcttcctattccaag103gcaagtgtacagatctgtgtagaggaatgtgtgtatatttacctcttcgtttgctcaaacatgag104ctgaccctgaag加cctaccccaaggagagttactcgacagtccataagtcaactgttgtgtg105tcacttgctgaacgccgtgaccgatgctttggtttgggtgattgccaagagcggcatctcctccc106ctgttgtcctcccettgggcggctgagagccccagctgacatggaaatacagttgttggcctccg107caaaaatgacccccatttgtgtgacttcattgagacacattacctgaatgagcaggtgaaagcca108ggcctgggtaggatcatgtatacggtatttgaacatacattccatgtacgagaaggagatgaaca109gctattattttctttaaagaatgctgggtgttgcatttctggaccctccacttcaatctgagaag110ctctttctgcatggttgtgtccctagtcctaagctttggttctttagggtgactgtggtaagaag111attgcgaagaacctgctctccgcgcctctcggtgctccaaatggacatcacgaagccagtgcaga112tcatgctaacgcagcagttgcaaacattttgaagagagaccgtcgggggctgaggggcaacgaag113gacacgtgatgggaagctggtgtctgagtcctctgacgtcctgcccaagtgaacagctgcggcag114tctgtatgacaacccgggatcgtttgcaagtaactgaatccattgcgacattgtgaaggcttaaa115tgctgtgtttactctcccgtgtgccttcgcgtccgggttgggagcttgctgtgtctaacctccaa116ttgtatcacggattacaatgaacgcagtgcagagccccaaagctcaggctattgttaaatcaata117gcctacatgacacagttggatttattctgccaaacctgtgtaggcattttataagctacatgttc118ta魄gggactagtgaatgacttgacctgtgacctcaatacaataaatgtgatcccccacccaaa119cagcacaaggaggatgtgatatgtgggggagtgagcactgggttgggagccgggtcctggtttcc120cactgttagatagttggaaaggggaaattctgtttaagcgaaagtggtatcatcctaggtaagct121Cttcca3gctctgcttcctcagtttccaasatgg3acc3cctcacctccgc3gcacccgactt3c122cccctttgccattgatcaagccatattcaggtcctaggttgccacctgatagatactgcttaaca123cgacgacaccgttcgtggggtcccctggtgcttctatcctaataccatcgacgtccctccagaag124tttgggagagacttg加ggatgccccctaatccccttctcccctgcactgtaaaatgtgggat125gcctcccttggtctgcccagccctcggttagccctgcctgaatcagtagatacttgaacgagtcc18<table>tableseeoriginaldocumentpage19</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table>核酸阵列的制造利用图l所示的序列固定器具，制造中空纤维束。图中的x、y、z是垂直相交的三维轴，x轴与纤维的长度方向一致。首先，准备2片厚度为O.lmm的多孔板(21)，所述多孔板(21)上设置纵向12列、横向19列的合计为228个直径为0.32mm孔的(11)，所述孔(11)的中心间距为0.42mm。重合这些多孔板，使聚>灰酸酯中空纤维(31)(三菱工程塑料(EngineeringPlastic)公司制造添加1质量％的炭黑)一根一根地通过其全部的孔。以对各纤维施加0.1N的张力的状态，使2片多孔;^反的位置沿着X轴方向移动，在距离中空纤维的一个端部20mm的位置和100mm的位置这2处固定。即，使2片多孔板的间隔为80mm。接着，将多孔板间的空间的周围的3面用板状物(41)围住。这样，得到只有上部为开口状态的容器。接着，从该容器的上部向容器内流入树脂原料。作为树脂，使用的是相对于聚氨酯树脂粘接剂(日本聚氨酯工业(株)-7水，74276、-口丰一卜4403)的总重量，添加2.5质量％的炭黑的树脂。在25。C静置1周，使树脂固化。接着，取下多孔板和板状物，得到中空纤维束。接着，针对每种固定在阵列上的核酸探针，分别制备含有以表4所示的质量比混合的单体以及引发剂的凝胶前体聚合性溶液。表4<table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table>接着，为了按照如图2所示的配置，向中空纤维束对应的中空纤维的中部填充在上述制作的含有各核酸探针的凝胶前体聚合性溶液，将装入该聚合性溶液的容器以及在上述制作的中空纤维束设置在千燥器内。使干燥器内为减压状态后，将中空纤维束各线的未密封的端部，浸渍在装有规定的所述聚合性溶液的容器中。向干燥器内封入氮气，向中空纤维的中空部导入含有捕集探针的凝胶前体聚合性溶液。接着，使容器内为70°C,花3个小时进行聚合反应。这样，得到核酸探针通过凝胶状物保持在中空纤维的中空部的中空纤维束。接着，采用切片法，在与纤维的长度方向相垂直的方向上，将得到的中空纤维部进行切片，得到300片厚度为0.25mm的薄片板(核酸阵列)。核酸阵列以图2所示的探针位置来制作。图中的数字表示探针的序列号，核酸阵列中，配置具有各序列号表示的碱基序列的探针。B表示未加入核酸探针的点。核酸阵列以图2所示的探针位置来制作。图中的数字表示探针的序列号，核酸阵列中，配置具有各个序列号所示的碱基序列的探针。B表示未加入核酸探针的点。核酸纟冢针搭载位置鉴定用核酸试样组的制作按下述方法制作用于鉴定上述制作的核酸阵列的探针位置的核酸试样(寡聚DNA)。这些核酸试样含有与对应的各探针的3，侧的一部分互补的部分，并且，在核酸试样的5'侧含有由GT的重复序列构成的碱基序列且与序列号385号互补的碱基序列。序列号385号是以100pmol/pl的浓度制作的在5'侧实施Cy5标记的寡聚DNA的试样。探针序列与含有其互补链的探针搭载位置确认用核酸试样的序列的对应关系是，序列号1与序列号193对应，序列号2与序列号194对应，其以后是按顺序，序列号192号与序列号384对应(表3、5)。上述探针表的序列的一部分与表5的对应的序列的一部分互补，各个样品保持有与上述探针按照序列号对应的顺序形成双链的序列。例如，在表5的序列号193的碱基序列中用小写字母表示的序列，与表3的序列号1所示的碱基序列的下划线部分(3365号序列)互补，能够形成双链。表5<table>tableseeoriginaldocumentpage22</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table>283CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCactatagttccccttcatgaaattcacccccac284CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtgtaaaagccaetgcttgagagggaatacagc285CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCttgtaagttttatactttgtctggcccaggccc286CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCatgtaaaatcaaaggttgatctgatggtgagcaatggg287CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgaaccatttataattacaatccaaacactccataaaccacttgtg288CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCccctattacattaaatcaatggttcttaagctcttatgcaagc289CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCagcaggtcagggtactgctgtgtgag2卯CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtctgaattttgaattgcaagtagctgtaaaatccaatctttgagt291CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtctggcactgctctgttacaactccctatc292CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCccaagggcctccctccctgag293CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCaatgatttagaccacttgactactgaaagaagttgcctc294CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcttggaataggaagccatggctggacg295CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCctcatgtttgagcaaacgaagaggtaaatatacacacattc296CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcacacaacagttgacttatggactgtcgagtaac297CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgggaggagatgccgctcttggc298CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcggaggccaacaactgtatttccatgtcag299CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtggctttoacctgctcattcaggtaatgtgtc300CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtgttcatctccttctcgtaea鹏atgtatgttcaaatac301CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcttctcagattgaagtggagggtccagaaatg302CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcttcttaccacagtcaccctaaagaaccaaagc303CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtctgcactggcttcgtgatgtccatttgg304CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcttcgttgcccctcagccccc305CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCctgccgcagc敏tcacttgggc306CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtttaagccttcacaatgtcgcaatggattcagttacttg307CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCttggaggttagacacagcaagctcccaac308CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtattgatttaacaatagcctgagcmggggctctg309CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgaacatgtagcttataaaatgcctacacaggtttggc310CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtttgggtgggggatcacatttattgtattgaggtc311CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC丁CTCTCTCggaaaccaggacccggctccc312CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCagcttaectaggatgataccactttcgcttaaacag313CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgtaagtcgggtgctgcggaggtg314CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtgttaagcagtatctatcaggtggcaacctagg315CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcttctggagggacgtegatggtattagg316CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCatcccacattttacagtgcaggggagaagg317CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCggactcgttcaagtatctactgattcaggcag318CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgtttcctgttggggagaagctgtaattagcc319CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtccagacactctctgacaacacgaaggc320CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgggacagtctctgaatgggtcgcttttg321CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCatcttctcaaggataggeacaatcatgtcaaatttggg322CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtgaactaaagctggacacggactgggtttc323CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCtataaatacagctgtttgggcaggaatcgggtg324CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCccctcataggcataagtctgaagagagtcataag325CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgaaaaggcatcctctgtatgtttccgtggc326CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcactgctttctccacgggggatcttaattatc327CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgtgggggagttcaaggagtctgatgattg328CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCagagcccttataaataaaatcccccagttagtgtttgc329CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCcagaaatactaggaaatgcaaagtcttgaagctccaaaac330C丁CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCacccaaagacatgtgagcaactgctaatgaaaagc331CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCccaggtctcagcgtctctgcgg332CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCaatcgcagccttccagccctcgaaatc333CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCacccccagagccctagctcatcc334CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCaaggcactgttctctUgaagtagggtgagtc335CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCactttattacatatgcaaccttgccatgcctgcc336CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCgactatggaaccttgggttcccacgg24<table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>将这些核酸试样如表6记载来混合，制作8个探针位置鉴定用试样。表6<table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table>表6中，"r意味着具有用表6的左栏中记载的序列号表示的碱基序列的核酸试样被包含在试样中。"0"意味着具有用表6的左栏中记载的序列号表示的碱基序列的核酸试样不被包含在试样中。试样18中，表示成"1"的各序列号的模型样品，各混合500pmol/5pl，添加纯水使最终液量为50(^1来进行调制。即，试样l至8所含有的各个模型样品的浓度调制成lpmol&l。另外，组合试样，使序列号193至384的全部样品的、试样1至试样8的样品的投入的有无的图案全部不同。pmol)的序列号385的Cy5标记样品，在下述条件下杂交。对各1片、共计8片的核酸阵列进行杂交。.标记寡聚核苷酸(从序列号193至384中选出的组合)各0.2pmolCy5标记的寡聚核苷酸(序列号385)20pmol2xSSC(氯化钠300mM,柠檬酸钠30mM,pH7.0)0.2%SDS(十二烷基硫酸钠)杂交反应、洗涤以及检测搡作使如上述制备的核酸试样与如上述制作的核酸阵列接触，在恒温槽中，在65'C进行1个小时的杂交。杂交后，采用2xSSC、0.2%SDS的混合溶液以及2xSSC,进行洗涤，进行检测。检测操作采用冷却CCD照相机方式核酸阵列自动检测装置，将阵列浸渍在2xSSC中，盖上盖玻片后，测定标记核酸试样分子的焚光信号强度。结果试样1至试样8的检测图像表示于图3中。以图3的结果为基础，进行核酸探针种类和其搭载位置的确认的场合中，例如，将图2中的、纵(R)-1、横(C)=2(序列号96)的信号的ON/OFF,按试样1至试样8顺次排列时，成为"OFF、ON、ON、OFF、OFF、OFF、OFF、OFF"。观察表6，用这样的组合力文入样品，只能是与序列号96对应的样品即序列号288号。因而，可以确认在R-1、C-2，准确无误地搭载了作为与序列号288互补的序列的核酸探针、即序列号96表示的核酸探针。同样，比较此次得到的各个核酸位置的信号的ON/OFF的表记载于表7中。在表7中，"有无样品投入(预定)"是分配给各序列号的探针的数值，"0"表示不含有与其探针对应的互补核酸，"1"表示含有与其探针对应的互补核酸。对于信号的ON/OFF，将S/N比为5以上的值设为ON,5以下的值设为OFF,表7中的"ON""OFF"可以分別用二进制替换成T"0"。表7<table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage31</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage32</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table>序列表自由文字序列号1-385:合成DNA工业上的应用性根据本发明提供的方法为，通过核酸探针与含有其互补序列的核酸的杂交，确认4荅载在核酸阵列上的各个核酸探针的种类和位置。确认核酸阵列上的各探针是否配置在规定的位置，在DNA微阵列的品质管理上，是最重要的检测项目，因此通过本发明，能够正确且简便地检测其探针的配置位置。权利要求1.一种方法，其为确认搭载在核酸阵列上的核酸探针的搭载状况的方法，其特征在于，包含以下工序(a)对搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数、以及1以上的任意的识别信息进行定义的工序，(b)采用由下式表示的式计算X，将X的整数部分的数字定义为确认搭载状况所必需的核酸阵列数Xa，对属于所述区域的各个核酸探针分配数值Y并使其不重复的工序，X＝{log(N+1)M}+1式中，N表示识别信息的数，M表示搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数，数值Y是用N+1进制表示的数值，并具有与Xa相同数目的位数，(c)制备包含与所述核酸探针的碱基序列的全部或一部分互补的碱基序列的互补核酸分子，对于每一个所述分配的数值Y的各位数，以各位数的数字为基准混合互补核酸分子，制作与核酸阵列数Xa个相应的核酸试样组，同时制作Xa个核酸阵列的工序，(d)使对应的所述核酸试样组与在工序(c)中制作的Xa个核酸阵列的各阵列接触，对来源于搭载在核酸阵列的核酸探针与所述互补核酸分子的杂交的信号进行检测的工序，以及(e)将检测信号的显示图案与所述分配的数值Y的图案进行对照的工序。2.根据权利要求1所述的方法，其中，核酸探针的搭载状况涉及核酸探针的种类和/或位置。3.根据权利要求1所述的方法，其中，识别信息是从由信号的有无、信号的强度以及标记的种类所构成的组中选出的至少一种。4.根据权利要求1所述的方法，其中，检测信号的显示图案，是基于识别信息以N+l进制数值化的图案。5.—种核酸阵列的品质检查方法，其特征在于，基于通过权利要求14中任一项所述的方法得到的结果，检查核酸阵列的品质。全文摘要本发明提供一种方法，其为确认搭载在核酸阵列上的核酸探针的搭载状况的方法，该方法包含以下工序(a)对搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数、以及1以上的任意的识别信息进行定义的工序，(b)采用由下式表示的式计算X，X＝{log_(N+1)M}+1式中，N表示识别信息的数，M表示搭载在核酸阵列的核酸探针所属的区域数，将X的整数部分的数字定义为确认搭载状况所必需的核酸阵列数X_a，对属于所述区域的各个核酸探针分配数值Y并使其不重复的工序，数值Y是用N+1进制表示的数值，并具有与X_a同数的位数，(c)制备包含与所述核酸探针的碱基序列的全部或一部分互补的碱基序列的互补核酸分子，对于每一个所述分配的数值Y的各个的位数，以各个位数的数字为基准混合互补核酸分子，制作核酸阵列数X_a个的核酸试样组，同时制作X_a个核酸阵列的工序，(d)使对应的所述核酸试样组与在工序(c)中制作的X_a个核酸阵列的各阵列接触，对来源于搭载在核酸阵列的核酸探针与所述互补核酸分子的杂交的信号进行检测的工序，以及(e)对检测的信号的发现图案与所述分配的数值Y的图案进行对照的工序。文档编号C12M1/00GK101297199SQ20068003976公开日2008年10月29日申请日期2006年10月30日优先权日2005年10月28日发明者大岛宏之,永田佑一郎申请人:三菱丽阳株式会社