二肽的制造方法

专利名称：：二肽的制造方法
技术领域：
：本发明涉及一种微生物及使用该微生物的二肽的制造方法，所述微生物具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力，并且具有将菌体内的二肽转运到菌体外的活性的蛋白质的活性高于亲本株。
背景技术：
：作为生产两个L-氨基酸通过a键连接而成的二肽的方法，已知有利用作为杆菌溶素的合成酶之一的，fE基因产物的方法(专利文献18)，所述杆菌溶素是来自于属于芽孢杆菌属的微生物的二肽抗生素。作为在L-氨基酸发酵中提高菌株的生产能力的方法，已知有改变将菌体内的L-氨基酸向细胞外转运的系统的方法(专利文献914)。另外，还已知存在将肽抗生素抗菌肽J25(MicrocinJ25)向细胞外转运的系统(非专利文献1)。在二肽的生产中，也认为如果能增强二肽的转运系统、即具有将菌体内的二肽转运到菌体外的活性(以下称为二肽转运活性)的蛋白质的活性，则能够改善二肽的生产率，但目前为止尚未报道具有二肽转运活性的蛋白质。已知大肠杆菌的1^基因是与双环霉素(bicyclomycin)抗性相关的膜蛋白的基因(非专利文献2)，imiE基因是与喹诺酮(quinolone)抗性相关的排出泵的基因(非专利文献3)。^!iS基因据报道是SDS转运基因(非专利文献4)。id^基因被预测为药物转运基因，但活性并未得到确认(非专利文献4)。！^基因的功能完全不清楚。专利文献1:国际公开第2004/058960号小册子专利文献2:国际公开第2005/045006号小册子专利文献3:国际公开第2005/052153号小册子专利文献4:国际公开第2005/052177号小册子专利文献5:国际公开第2005/103260号小册子专利文献6:国际公开第2006/001379号小册子专利文献7:国际公开第2006/001381号小册子专利文献8:国际公开第2006/001382号小册子专利文献9:国际公开第97/23597A2号小册子专利文献10:美国专利申请公开第US2003/0113899A1号说明书0016]专利文献11:日本特开2000-116390号公报专利文献12:日本特开2000-189177号公报专利文献13:日本特开2005-287333号公报专利文献14:日本特开2005-237379号公报非专利文献1:J.Bacteriol.，187，3465-3470(2005)非专利文献2:Gene，127，117-120(1993)非专利文献3:J.Antimicrob，Chemother.，51,545-56(2003)非专利文献4:J.Bacteriol.，183，5803-5812(2001)
发明内容本发明的目的在于，提供高效地生产二肽的微生物及使用该微生物的二肽的制造方法。本发明涉及以下(1)(6)。(1)—种微生物，具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力，并且以下[1][3]中任一项所述的具有菌体内二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株，具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质；具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上的氨基酸后的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质；具有与序列号610中任何一者所示的氨基酸序列有80%以上同源性的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质。(2)上述(1)的微生物，其为使用以下[1][3]中任一项所述的DNA转化亲本株而得到的微生物，编码上述(1)的[1][3]中任一项所述的蛋白质的DNA;具有序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列的DNA;在严格条件下与具有同序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列互补的碱基序列的DNA杂交，并且编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA。(3)上述(1)或(2)的微生物，其为属于埃希氏菌属、棒状杆菌属、芽孢杆菌属、沙雷氏菌属、假单胞菌属或链霉菌属的微生物。(4)—种二肽的制造方法，其中，使水性介质中存在上述(1)(3)中任一项所述的微生物的培养物或该培养物的处理物及氨基酸、氨基酸酯或氨基酸酰胺，使二肽在该水性介质中生成、累积，并从该介质中收集该二肽。(5)—种二肽的制造方法，其中，在培养基中培养具有生产构成二肽的氨基酸中至少1种氨基酸的能力的上述(1)或(2)所述的微生物，使该二肽在培养基中生成、累积，并从培养物中收集该二肽。(6)上述(4)或(5)所述的二肽的制造方法，其中，微生物为属于埃希氏菌属、棒状杆菌属、芽孢杆菌属、沙雷氏菌属、假单胞菌属或链霉菌属的微生物。发明效果根据本发明，通过增强微生物的具有将菌体内的二肽转运到菌体外的活性的蛋白质的活性，能够使用该微生物高效地制造二肽。具体实施例方式1.本发明的微生物(1)二肽转运活性高于亲本株的微生物作为具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物，可以列举(a)通过改变亲本株的染色体DNA上存在的编码具有二肽转运活性的蛋白质的基因而得到的、i)该蛋白质的比活性高于亲本株的微生物、及ii)具有二肽输送活性的蛋白质的产量高于亲4本株的微生物；以及(b)用编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA转化亲本株而得到的微生物。另外，本说明书中的亲本株是作为变异或转化对象的原株，可以是野生株，也可以是突变株。作为该亲本株，例如当微生物为大肠杆菌(Escherichiacoli)时，可以列举大肠杆菌K-12株、B株、B/r株的野生株、或其突变株；作为该突变株，可以列举大肠杆菌XLl-Blue、大肠杆菌XL2-Blue、大肠杆菌DHl、大肠杆菌MC1000、大肠杆菌ATCC12435、大肠杆菌W1485、大肠杆菌JM109、大肠杆菌HB101、大肠杆菌No.49、大肠杆菌W3110、大肠杆菌NY49、大肠杆菌MP347、大肠杆菌NM522、大肠杆菌BL21、大肠杆菌ME8415等。作为具有二肽转运活性的蛋白质，可以列举以下[1][3]中任一项所述的蛋白质具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质；具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质；禾口具有与序列号610中任何一者所示的氨基酸序列有80%以上同源性的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质。上述中，具有缺失、取代或添加l个以上氨基酸残基后的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质可以如下获得使用分子克隆实验指南(MolecularCloning，ALaboratoryMa皿al)，第3版，冷泉港实验室出版社(1989)(以下，简称为分子克隆第3版)、最新分子生物学实验方法汇编(CurrentProtocolsinMolecularBiology)，约翰威立父子出版公司(1987-1997)(以下，简称为最新分子生物学实验方法汇编(力^>卜/口卜i一^文.^y.乇^3f-，一."、才口夕一))、NucleicAcidsResearch，边，6487(1982)、Proc.Natl.Acad.Sci.USA，Z^，6409(1982)、Gene，M，315(1985)、NucleicAcidsResearch,!^,4431(1985)、Proc.Natl.Acad.Sci.USA，里，488(1985)等中所述的定点突变导入法，在例如编码具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质的DNA中导入定点突变。缺失、取代或添加的氨基酸残基的数量没有特别限制，是通过上述定点突变法等公知的方法能够缺失、取代或添加的程度的数量，为1几十个，优选120个，更优选110个，进一步优选15个。序列号610所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上的氨基酸是指，可以在同一序列中的任意位置缺失、取代或添加1个或多个氨基酸残基。作为能够缺失或添加氨基酸残基的位置，可以列举例如序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的N末端侧及C末端侧的10个氨基酸残基。缺失、取代或添加可以同时发生，取代或添加的氨基酸为天然型或非天然型均可。作为天然型氨基酸，可以列举例如L-丙氨酸、L-天冬酰胺、L-天冬氨酸、L-精氨酸、L-谷氨酰胺丄-谷氨酸、甘氨酸丄_组氨酸丄-异亮氨酸丄-亮氨酸丄-赖氨酸丄-蛋氨酸、L-苯丙氨酸、L-脯氨酸、L-丝氨酸、L-苏氨酸、L-色氨酸、L-酪氨酸、L-缬氨酸、L-半胱氨酸等。以下表示可以相互取代的氨基酸的例子。同一组中所含的氨基酸可以相互取代。A组亮氨酸、异亮氨酸、正亮氨酸、缬氨酸、正缬氨酸、丙氨酸、2-氨基丁酸、蛋氨酸、0-甲基丝氨酸、叔丁基甘氨酸、叔丁基丙氨酸、环己基丙氨酸B组天冬氨酸、谷氨酸、异天冬氨酸、异谷氨酸、2-氨基己二酸、2_氨基辛二酸C组天冬酰胺、谷氨酰胺D组赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸、2，4-二氨基丁酸、2，3_二氨基丙酸E组脯氨酸、3_羟基脯氨酸、4_羟基脯氨酸F组丝氨酸、苏氨酸、高丝氨酸G组苯丙氨酸、酪氨酸另外，作为具有二肽转运活性的蛋白质，可以列举具有与序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的同源性为80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质。氨基酸序列、碱基序列的同源性可以使用Karlin和Altschul的BLAST算法[Pro.Natl.Acad.Sci.USA，90，5873(1973)]或FASTA[MethodsEnzymol.，1^,63(1990)]来确定。基于i亥BLAST算法，开发出了称为BLASTN、BLASTX的程序[J.Mol.Biol.，215，403(1990)]。基于BLAST通过BLASTN分析碱基序列时，将参数设为例如分数(Score)=100、字长(wordlength)=12。另外，基于BLAST通过BASTX分析氨基酸序列时，将参数设为例如分数(score)=50、字长(wordlenght)=3。使用BLAST和Ga卯edBLAST程序时，使用各程序的默认参数。这些分析方法的具体方法已经众所周知。具有序列号610所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸残基后的氨基酸序列的蛋白质是具有二肽转运活性的蛋白质，这可以通过例如下述方法确认使用编码想要确认活性的蛋白质的DNA转化亲本株，由此制备该蛋白质的活性高于该亲本株的转化子，使缓冲液中存在该亲本株或该转化株的培养物及构成目标二肽的氨基酸，比较该水性介质中生成、累积的二肽的量。作为上述(a)的i)的具有二肽转运活性的蛋白质的比活性高于亲本株的微生物，可以列举如下微生物含有突变型蛋白质，所述蛋白质具有在亲本株含有的该蛋白质的氨基酸序列中取代1个以上氨基酸、优选110个氨基酸、更优选15个氨基酸、进一步优选13个氨基酸后的氨基酸序列，因此与亲本株的具有二肽转运活性活性的蛋白质相比活性提高。作为上述(a)的ii)的具有二肽转运活性的蛋白质的产量高于亲本株的微生物，可以列举如下微生物含有在亲本株的染色体DNA上存在的编码该蛋白质的基因的转录调控区或启动子区的碱基序列中取代1个以上碱基、优选110个碱基、更优选15个碱基、进一步优选13个碱基后的启动子区，因此与亲本株的具有二肽转运活性的蛋白质的产量相比，该蛋白质的产量提高。作为上述(b)的用编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA转化亲本株而得到的微生物，可以列举使用如下DNA转化亲本株而得到的微生物[ooee]编码上述[1][3]中任一项所述的蛋白质的DNA;具有序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列的DNA;或者在严格条件下与具有同序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列互补的碱基序列的DNA杂交，并且编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA。6作为该微生物，可以列举i)在染色体DNA上、及ii)在染色体外具有外源性的编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的微生物。S卩，i)的微生物，在亲本株不具有编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA时，是在染色体DNA上具有1个或2个以上新导入的该DNA的微生物，在亲本株本来具有编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA时，是在染色体DNA上具有包括新导入的该DNA在内的2个以上编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的微生物。ii)的微生物是在质粒DNA上具有编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的微生物。上述中所说的"杂交"是指，DNA与具有特定碱基序列的DNA或该DNA的一部分杂交。因此，该具有特定碱基序列的DNA或其一部分是能够用作Northern或Southern印记分析的探针，或者能够用作PCR分析的寡核苷酸引物的DNA。作为用作探针的DNA，可以列举至少100个碱基以上、优选200个碱基以上、更优选500个碱基以上的DNA;作为用作引物的DNA，可以列举至少10个碱基以上、优选15个碱基以上的DNA。DNA杂交实验的方法已经熟知，例如如果是本领域技术人员，则可以根据本说明书决定杂交的条件。该杂交条件除根据分子克隆第2版、第3版(2001年)、MethodsforGeneralandMolecularBacteriology,ASM出片反社(1994)、Immunologymethodsma皿al，美国学术出版社(分子)的记载之外，还可以根据多种其它标准教科书的记载来进行。上述严格条件优选为如下条件将固定有DNA的过滤器和探针DNA在含有50%甲酰胺、5XSSC(750mmo1/1氯化钠、75mmo1/1柠檬酸钠)、50mmol/l磷酸钠(pH7.6)、5X邓哈特(Denhardt's)溶液、10%硫酸葡聚糖及20yg/1变性鲑鱼精DNA的溶液中，在42。C下孵育一夜后，在例如约65t:的0.2XSSC溶液中洗涤该过滤器，但也可以使用严格度更低的条件。严格条件的改变可以通过调节甲酰胺的浓度(甲酰胺的浓度越低则严格度越低)、改变盐浓度及温度条件来实现。作为低严格条件，可以列举例如在含有6XSSCE(20XSSCE为3mo1/1氯化钠、0.2mo1/1磷酸二氢钠、0.02mol/lEDTA、pH7.4)、0.5%SDS、30%甲酰胺、100iig/1变性鲑鱼精DNA的溶液中，在37"下孵育一夜后，使用5(TC的1XSSC、0.1%SDS溶液进行洗涤的条件。另外，作为严格度更低的条件，可以列举在上述低严格条件中，使用高盐浓度(例如5XSSC)的溶液进行杂交后进行洗涤的条件。上述各种条件也可以通过添加或改变用于抑制杂交试验的背景的封闭试剂来进行设定。为了使条件合适，上述封闭试剂的添加也可以伴有杂交条件的改变。作为能够在上述严格条件下进行杂交的DNA，可以例举例如使用上述BLAST、FASTA等基于上述参数等进行计算时，与具有序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列的DNA有至少90%以上、优选95%以上、更优选97%以上、进一步优选98%以上、特别优选99%以上同源性的DNA。(2)具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力的微生物具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力的微生物，只要具有该能力则没有特别限制，可以列举例如生产具有将1种以上的氨基酸縮合、连接而合成二肽的活性的蛋白质[以下，称为L-氨基酸连接酶(EC6.3.2.28)]的微生物、生产具有由L-氨基酸酯和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的微生物及生产具有由L-氨基酸酰胺和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的微生物等。作为生产具有将1种以上的氨基酸縮合、连接而合成二肽的活性的蛋白质的微生物，可以列举生产选自由NRPS卬-Ala-D-Ala连接酶丄-氨基酸连接酶组成的组中的蛋白质作为生产NRPS的微生物，可以列举包括芽孢杆菌属在内的原核生物、包括青霉属在内的真核生物、生产BacA、BacB及BacC(GenBankAF007865)的微生物、生产TycA、TycB及TycC(GenBankAF004835)的微生物、生产PcbAB(GenBankM57425)的微生物及生产与选自BacA、BacB、BacC、TycA、TycB、TycC、PcbAB中的任何一种蛋白质的氨基酸序列有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上同源性并且具有NRPS活性的蛋白质的微生物等。作为生产D-Ala-D-Ala连接酶的微生物，可以列举形成肽聚糖的原核生物、生产DdlA(GenBank登录号M58467)的微生物、生产DdlB(GenBank登录号AE000118)的微生物、生产DdlC(GenBank登录号D88151)的微生物及生产具有选自DdlA、DdlB、DdlC中的任何一者的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列并且具有D-Ala-D-Ala连接酶活性的蛋白质的微生物等。氨基酸序列的同源性可以使用上述BLAST、FASTA等程序来确定。作为生产L-氨基酸连接酶的微生物，可以列举属于芽孢杆菌属的微生物，优选列举枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)、解淀粉芽孢杆菌(Bacillus咖yloliquefaciens)、凝结芽孢杆菌(Bacilluscoagulans)、地衣芽孢杆菌(Bacilluslicheniformis)、巨大芽孢杆菌(Bacillusmegaterium)、短小芽孢杆菌(Bacilluspumilus)及生产W02004/058960号中记载的蛋白质的微生物。可以列举具有生产例如选自以下[7][10]的蛋白质作为L-氨基酸连接酶的能力的微生物具有序列号1118中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质；具有序列号1118中任何一者所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有L-氨基酸连接酶活性的蛋白质；具有与序列号1118中任何一者所示的氨基酸序列有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上同源性的氨基酸序列，并且具有L-氨基酸连接酶活性的蛋白质；禾口具有与序列号19所示的氨基酸序列有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上同源性的氨基酸序列，并且具有L-氨基酸连接酶活性的蛋白质。作为生产具有由L-氨基酸酯和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的微生物，可以列举生产脯氨酸亚氨基肽酶的微生物，具体可以列举属于芽孢杆菌属、棒状杆菌属或假单胞菌属的微生物等。具体可以列举枯草芽孢杆菌ATCC6633、凝结芽孢杆菌EK01[J.Bacteriol.，Hi，7919(1992)]、谷氨酸棒杆菌ATCC13286，恶臭假单胞杆菌AJ-2402(FERMBP-8101)、恶臭假单胞杆菌ATCC12633、恶臭假单胞杆菌AJ2048(FERMBP-8123)(以上为WO03/010307号中记载的微生物)等。另外，作为生产脯氨酸亚氨基肽酶的微生物，可以列举烟草节杆菌[FEMSMicrobiol.Lett.，！^，191(1999)]、大肠杆菌(日本特开平2-113887)、脑膜炎败血黄杆菌[Arch.Biochem.Biophys.，，，35(1996)]、蜂房哈夫尼亚菌[J.Biochem.，U^，468(1996)]、德氏乳杆菌[Microbiology,递，527(1994)]、凝结芽孢杆菌[J.Bacteriol.，Hi，7919(1994)]、温和气单胞菌[J.Biochem.，116,818(1994)]、野油菜黄单胞菌(日本特开平9-121860)、淋球菌[Mol.Microbiol.，&1203(1993)]、费8氏丙酸杆菌[Appl.Environ.Microbiol.，肘，4736(1998)]、粘质沙雷氏菌[J.Biochem.，!^，601(1997)]、变异棒状杆菌[J.Appl.Microbiol.，巡，449(2001)]、嗜酸热原体[FEBSLett.，，，101(1996)]、绿脓杆菌[Nature，豐，959(2000)]等。另外，作为生产脯氨酸亚氨基肽酶的微生物，可以列举具有生产选自以下[11][13]的蛋白质的能力的微生物W003/010307号、FEMSMicrobiol.Lett.，1§，191(1999)、日本特开平2-113887、Arch.Biolchem.Biophys.，塁，35(1996)、J.Biochem.，逗，468(1996)、Microbiology,，，527(1994)、J.Bacteriol.，Hi，7919(1994)、J.Biochem.，11^,818(1994)、日本特开平9-121860、Mol.Microbiol.，2,1203(1993)、Appl.Environ.Microbiol.，M，4736(1998)、J.Biochem.，122,601(1997)、FEBSLett.，398,101(1996)、Nature,406，959(2000)中任何一者所记载的脯氨酸亚氨基肽酶；具有上述[11]中任何一种脯氨酸亚氨基肽酶的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有脯氨酸亚氨基肽酶活性的蛋白质；禾口具有与上述[11]中任何一种脯氨酸亚氨基肽酶的氨基酸序列有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上同源性的氨基酸序列，并且具有脯氨酸亚氨基肽酶活性的蛋白质。作为生产具有由L-氨基酸酰胺和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的微生物，可以列举生产L-氨基酸酰胺水解酶的微生物，具体可以列举属于芽孢杆菌属、棒状杆菌属、欧文氏菌属、红球菌属、金黄杆菌属、微球菌属、假单胞菌属、隐球菌属、毛孢子菌属、红冬孢酵母属、掷孢酵母属、银耳属、有孢圆酵母属、梗孢酵母属及红酵母属的微生物，优选属于芽孢杆菌属、棒状杆菌属或假单胞菌属的微生物，更优选巨大芽孢杆菌AJ3284(FERMBP-8090)、谷氨酸棒杆菌ATCC13286、藤黄微球菌ATCC9341、嗜糖假单胞菌ATCC15946(以上为W003/010187号中记载的微生物)等。另外，作为生产具有L-氨基酸酰胺水解酶活性的蛋白质的微生物，可以列举具有生产选自以下[14][16]的蛋白质的能力的微生物W003/010187号记载的L-氨基酸酰胺水解酶；具有W003/010187号记载的L-氨基酸酰胺水解酶的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有L-氨基酸酰胺水解酶活性的蛋白质；禾口具有与W003/010187号记载的L-氨基酸酰胺水解酶的氨基酸序列有80X以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上同源性的氨基酸序列，并且具有L-氨基酸酰胺水解酶活性的蛋白质。上述中具有缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有二肽合成活性的蛋白质可以通过与上述(1)相同的方法获得。缺失、取代或添加的氨基酸的数量、种类等也与上述(1)相同。氨基酸序列的同源性可以使用上述BLAST、FASTA等程序来确定。另外，将编码具有使1种以上的氨基酸縮合、连接而合成二肽的活性的蛋白质的DNA、编码具有由L-氨基酸酯和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的DNA或编码具有由L-氨基酸酰胺和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的DNA与载体DNA连接而得到重组DNA，具有上述重组DNA的微生物也是具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力的微生物。作为该微生物，可以列举属于埃希氏菌属、芽孢杆菌属、棒状杆菌属或酵母菌属的微生物。作为编码具有将1种以上的氨基酸縮合、连接而合成二肽的活性的蛋白质的DNA，可以列举编码NRPS、D-Ala-D-Ala连接酶或L-氨基酸连接酶的DNA等。作为编码NRPS的DNA，可以列举编码选自由BacA、BacB、BacC、TycA、TycB、TycC及PcbAB组成的组中的蛋白质的DNA。作为编码D-Ala-D-Ala连接酶的DNA，可以列举编码选自由DdlA、DdlB及DdlC组成的组中的蛋白质的DNA。作为编码L-氨基酸连接酶的DNA，可以列举选自以下[17][20]的DNA:编码上述[7][10]中任一项所述的L-氨基酸连接酶的DNA;具有序列号2028中任何一者所示的碱基序列的DNA;在严格条件下与具有同序列号2028中任何一者所示的碱基序列互补的碱基序列的DNA杂交，并且编码具有L-氨基酸连接酶活性的蛋白质的DNA;禾口具有与序列号29所示的碱基序列有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上同源性的碱基序列，并且编码具有L-氨基酸连接酶活性的蛋白质的DNA。作为编码具有由L-氨基酸酯和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的DNA，可以列举选自以下[21][23]的DNA:编码上述[11][13]中任一项所述的脯氨酸亚氨基肽酶的DNA;编码具有W003/010307号、FEMSMicrobiol.Lett.，！^，191(1999)、日本特开平2-113887、Arch.Biolchem.Biophys.，墨，35(1996)、J.Biochem.，逗，468(1996)、Microbiology，递，527(1994)、J.Bacteriol.，Hi，7919(1994)、J.Biochem.，116，818(1994)、日本特开平9-121860、Mol.Microbiol.，豆，1203(1993)、Appl.Environ.Microbiol.，M，4736(1998)、J.Biochem.，！^，601(1997)、FEBSLett.，，，101(1996)、Nature，i^，959(2000)中任何一者所记载的碱基序列的脯氨酸亚氨基肽酶的DNA;禾口在严格条件下与编码上述[21]中任何一种脯氨酸亚氨基肽酶的DNA的互补链DNA杂交，并且编码具有脯氨酸亚氨基肽酶活性的蛋白质的DNA。作为编码具有由L-氨基酸酰胺和L-氨基酸合成二肽的活性的蛋白质的DNA，可以列举选自以下[24][26]的DNA:编码上述[14][16]中任一项所述的L-氨基酸酰胺水解酶的DNA;编码具有W003/010187号记载的碱基序列的L-氨基酸酰胺水解酶的DNA;禾口在严格条件下与编码具有W003/010187号记载的碱基序列的L-氨基酸酰胺水解酶的DNA的互补链杂交，并且编码具有L-氨基酸酰胺水解酶活性的蛋白质的DNA。能够在严格条件下进行杂交的DNA与上述l(l)的定义相同。对于在严格条件下与上述DNA杂交的DNA是编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA，可以通过如下方法进行确认制作表达该DNA的重组DNA，使用将该重组DNA导入宿主细胞而得到的微生物作为酶源，l)使水性介质中存在该酶源及1种以上的氨基酸，通过HPLC等分析该水性介质中是否生成、累积了二肽的方法、2)使水性介质中存在该酶源、L-氨基酸酯及L-氨基酸，通过HPLC10等分析该水性介质中是否生成、累积了二肽的方法、3)使水性介质中存在该酶源、L-氨基酸酰胺及L-氨基酸，通过HPLC等分析该水性介质中是否生成、累积了二肽的方法。碱基序列的同源性可以通过使用上述BLAST或FASTA等程序来确定。2.本发明中使用的微生物的制备(1)具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物的制备具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物中，比活性高于亲本株的具有二肽转运活性的蛋白质的微生物可以如下得到通过将编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA供给在体外使用诱变剂的诱变处理或易错PCR(Error-pronePCR)等，在该DNA中导入突变，然后使用公知的方法[Proc.Natl.Acad.Sci.USA.6640(2000)]，使该突变DNA取代亲本株的染色体DNA上存在的导入突变前的编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA，由此制作表达该突变DNA的变异体，使用上述方法比较亲本株和变异体的二肽转运活性。另外，具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物中，该蛋白质的产量高于亲本株的产量的微生物可以通过如下方法确认通过将具有编码亲本株含有的具有二肽转运活性的蛋白质的基因的转录调控区和启动子区、例如该蛋白质的起始密码子上游侧200bp、优选lOObp的碱基序列的DNA，供给体外的诱变处理或易错PCR等，在该DNA中导入突变，然后使用公知的方法[Proc.Nat1.Acad.Sci.USA.，丑，6640(2000)]，使该突变DNA取代亲本株的染色体DNA上存在的导入突变前的编码具有二肽转运活性的蛋白质的基因的转录调控区和启动子区，由此制作具有突变型转录调控区或启动子区的变异体，通过RT-PCR或Northern杂交等，比较亲本株和变异体的编码具有二肽转运活性的蛋白质的基因的转录量，或者，通过SDS-PAGE等比较亲本株和变异体的编码具有二肽转运活性的蛋白质的产量。另外，通过将亲本株的编码具有二肽转运活性的蛋白质的基因的启动子区取代为公知的强启动子序列，也能够得到与亲本株相比具有二肽转运活性的蛋白质的产量提高的微生物。作为这样的启动子，可以列举在^MM中发挥功能的lin启动子(P^)、l^启动子(Pte)、P^启动子、P^启动子、P^启动子等大肠杆菌、噬菌体等来源的启动子、SP01启动子、SP02启动子、penP启动子等。另外，还可以列举2个Ptep串联的启动子、i^启动子、lacT7启动子、letl启动子等人工构建的启动子。下面，对编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的获得方法和用该DNA转化亲本株而得到的微生物的制备方法进行详细说明。(a)编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的获得编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA，例如可以如下获得使用能够基于编码具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质的DNA的碱基序列进行设计的探针DNA，对大肠杆菌等微生物的染色体DNA文库进行Southern杂交，或者，使用能够基于该碱基序列进行设计的引物DNA，以微生物、优选^Mfi直的染色体DNA为模板进行PCR[PCRProtocols,美国学术出版社(1990)]。另外，在各种基因序列数据库中，检索与编码具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质的0脆的碱基序列有80%以上、优选90%以上、更优选95%以上、进11一步优选97%以上、特别优选98%以上、最优选99%以上同源性的序列，基于该检索所得到的碱基序列，通过上述方法也能够由具有该碱基序列的微生物的染色体DNA、cDNA文库等获得编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA。将获得的DNA直接或者用适当的限制性内切酶等酶切后，通过常法整合到载体中，将得到的重组体DNA导入宿主细胞，然后使用常用的碱基序列分析方法、例如双脱氧法[Proc.Natl.Acad.Sci.，USA.，li，5463(1977)]或使用3700DNA分析仪(美国应用生物系统公司制)等碱基序列分析装置进行分析，由此能够确定该DNA的碱基序列。作为上述载体，可以列举pBluescriptIIKS(+)(Stratagene公司制)、pDIRECT[NucleicAcidsRes.，迈，6069(1990)]、pCR-ScriptAmpSK(+)(Stratagene公司制)、pT7Blue(Novagen公司制)、pCRII(英杰生命技术有限公司制)及pCR-TRAP(-一>八>夕一公司制)等。作为宿主细胞，可以列举属于JMifiM属的微生物等。作为属于埃希氏菌属的微生物，可以列举例如:大肠杆菌XL1-Blue、大肠杆菌XL2-Blue、大肠杆菌DH1、大肠杆菌MC1000、大肠杆菌ATCC12435、大肠杆菌W1485、大肠杆菌JM109、大肠杆菌HB101、大肠杆菌No.49、大肠杆菌W3110、大肠杆菌NY49、大肠杆菌MP347、大肠杆菌NM522、大肠杆菌BL21、大肠杆菌ME8415等。作为重组体DNA的导入方法，只要是在宿主细胞中导入DNA的方法均可以使用，可以列举例如使用f丐离子的方法[Proc.Natl.Acad.Sci.，USA.，巡，2110(1972)]、原生质体法(日本特开昭63-248394)、电穿孔法[ucleicAcidsRes.，迅6127(1988)]等。碱基序列确定后的结果是，在获得的DNA为部分长度时，通过使用该部分长度DNA作为探针，对染色体DNA文库进行Southern杂交法等，能够得到全长DNA。另外，基于所确定的DNA的碱基序列，通过使用Pers印tiveBiosystems公司制8905型DNA合成装置等进行化学合成，也能够得到目标DNA。作为如上得到的DNA，可以列举例如编码具有序列号610中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质的DNA、和具有序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的DNA。(b)用表达具有二肽转运活性的蛋白质的质粒载体转化的微生物的获得基于通过上述(a)的方法得到的编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA，根据需要制备包含编码具有二肽转运活性的蛋白质的部分的适当长度的DNA片段。另外，通过取代碱基，使编码具有二肽转运活性的蛋白质的部分的碱基序列成为最适合在宿主细胞中表达的密码子，能够得到该蛋白质量提高的转化子。通过将该DNA片段插入到适当表达载体的启动子的下游，制作重组体DNA。通过将该重组体DNA导入适合该表达载体的宿主细胞中，能够得到具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于宿主细胞、即亲本株的转化子。作为宿主细胞，可以使用微生物，优选原核生物，更优选细菌，进一步优选属于逸希氏菌属的微牛物,最优诜大肠杆菌。作为表达载体，可以使用在上述宿主细胞中能够自主复制或能够整合到染色体中、并且在能够转录编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的位置含有启动子的表达载体。使用原核生物作为宿主细胞时，具有编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA的重组体DNA优选为，在原核生物中能够自主复制，并且由启动子、核糖体结合序列、编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA、转录终止序列构成的重组体DNA。也可以含有调控启动子的基因。作为表达载体，可以例示pColdl(宝生物工程有限公司制)、pCDF-lb、pRSF-lb(均为Novagen公司制)、pMAL-c2x(纽英伦生物技术有限公司制)、pGEX_4T_l(GEHealthcareBio-Sciences公司制)、pTrcHis(英杰生命技术有限公司制)、pSE280(英杰生命技术有限公司制)、pGEMEX-1(普洛麦格生物技术有限公司制)、pQE-30(凯杰生物技术有限公司制)、pET-3(Novagen公司制)、pKYP10(日本特开昭58-110600)、pKYP200[Agric.Biol.Chem.，M，669(1984)]、pLSAl[Agric.Biol.Chem.，^，277(1989)]、pGELl[Proc.Natl.Acad.Sci.，USA，里，4306(1985)]、pBluescriptIISK(+)、pBluescriptIIKS(-)(Stratagene公司制)、pTrS30[由大肠杆菌JM109/pTrS30(FERMBP-5407)制备]、pTrS32[由大肠杆菌JM109/pTrS32(FERMBP-5408)制备]、pPAC31(W098/12343)、pUC19[Gene，皿，103(1985)]、pSTV28(宝生物工程有限公司制)、pUC118(宝生物工程有限公司制)、pPA1(日本特开昭63-233798)等。作为启动子，只要能在大肠杆菌等宿主细胞中发挥功能，则可以是任何启动子。可以列举例如im启动子(P^)、k启动子(P^)、启动子、PK启动子、PSE启动子等大肠杆菌、噬菌体等来源的启动子、SP01启动子、SP02启动子、penP启动子等。另外，还可以使用2个Ptep串联的启动子、启动子、lacT7启动子、letl启动子等人工改变设计的启动子等。另外，也可以使用用于在属于芽孢杆菌(Bacillus)属的微生物中表达的xylA启动子[A卯l.Microbiol.Biotechnol.，星，594-599(1991)]、用于在属于棒状杆菌(Corynebacterium)属的微生物中表达的P54-6启动子[Appl.Microbiol.Biotechnol.，^，674-679(2000)]等。优选使用将作为核糖体结合序列的Shine-Dalgarno序列与起始密码子之间调节为适当距离(例如618个碱基)的质粒。使编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA结合在表达载体上而得到的重组体DNA中，不一定必须有转录终止序列，但优选紧邻结构基因之后设置转录终止序列。作为这样的重组体DNA，可以列举例如后述的pSbcr、pSnorE、pSydeE、pSemrD及pSyee0。作为该重组体DNA的宿主，可以列举原核生物，更优选细菌。作为原核生物，可以列举属于埃希氏菌属(Escherichia)、沙雷氏菌属(Serratia)、芽抱杆菌属、短杆菌属(Brevibacterium)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、农杆菌属(Agrobacterium)、月旨环酸芽孢杆菌属(Alicyclobacillus)、鱼腥蓝细菌属(Anabaena)、组囊藻属(Anacystis)、节杆菌属(Arthrobacter)、固氮菌属(Azotobacter)、着色菌属(Chromatium)、欧文氏菌属(Erwinia)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、席藻属(Phormidi咖)、红细菌属(Rhodobacter)、红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)、红螺菌属(Rhodospirillum)、栅列藻属(Scenedesmus)、链霉菌属(Str印tomyces)、聚球藻属(Synechoccus)、发酵单胞菌属(Zymomonas)等的微生物，例如大肠杆菌、枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)、巨大芽抱杆菌(Bacillusmegaterium)、角率淀粉芽抱杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)、凝结芽包杆菌(Bacilluscoagulans)、地衣芽孢杆菌(Bacilluslicheniformis)、短小芽抱杆菌(Bacilluspumilus)、产氨短杆菌(Brevibacteriumammoniagenes)、Brevibacteriumimmariophilum、角率糖短杆菌(Brevibacteriumsaccharolyticum)、黄色短杆菌(Brevibacteriumflavum)、乳酸发酵短杆菌(Brevibacteriumlactofermentum)、谷氨酸棒杆菌(Corynebacteriumglutamicum)、嗜乙酉先乙酸棒杆菌(Corynebacteriumacetoacidophilum)、嗜氨微杆菌(Microbacteriumammoniaphilum)、无花果沙雷氏菌(Serratiaficaria)、居泉沙雷氏菌(Serratiafonticola)、液化沙雷氏菌(Serratialiquefaciens)、粘质沙雷氏菌(Serratiamarcescens)、绿月农杆菌(Pseudomonasaeruginosa)、恶臭假单胞菌(Pseudomonasputida)、放身寸土壤杆菌(Agrobacteriumradiobacter)、发木艮农杆菌(Agrobacteriumrhizogenes)、悬钩子土壤杆菌(Agrobacteriumrubi)、柱抱鱼月星藻(Anabaenacylindrica)、桶形鱼月星藻(Anabaenadoliolum)、水华鱼月星藻(Anabaenaflos-aquae)、金黄节杆菌(Arthrobacteraurescens)、柠檬节杆菌(Arthrobactercitreus)、球形节杆菌(Arthrobacterglobiformis)、裂烃谷氨酸节杆菌(Arthrobacterhydrocarboglutamicus)、迈索尔节杆菌(Arthrobactermysorens)、烟草节杆菌(Arthrobacternicotianae)、石錯节杆菌(Arthrobacterparaffineus)、原玻璃虫竜节木干菌(Arthrobacterprotophormiae)、5夂王鬼色石錯节木干菌(Arthrobacterroseoparaffincus)、硫石黄节杆菌(Arthrobactersulfureus)、产脈节杆菌(Arthrobacterureafaciens)、巴氏着色菌(Chromatiumbuderi)、微温着色菌(Chromatiumtepidum)、酒色着色菌(Chromatiumvinosum)、沃氏着色菌(Chromatiumwarmingii)、河生着色菌(Chromatiumfluviatile)、噬夏孢欧文氏菌(Erwiniauredovora)、胡萝卜软腐欧文氏菌(Erwiniacarotovora)、菠萝欧文氏菌(Erwiniaa薩as)、草生欧文氏菌(Erwiniaherbicola)、斑点欧文氏菌(Erwiniapunctata)、土生欧文氏菌(Erwiniaterreus)、罗得西亚甲基杆菌(Methylobacteriumrhodesia皿m)、扭脱甲基杆菌(Methylobacteriumextorquens)、席藻(PhormidiumSp.)ATCC29409、荚膜红细菌(Rhodobactercapsulatus)、球形红细菌(Rhodobactersphaeroides)、生芽红假单胞菌(Rhodopseudomonasblastica)、海洋纟工j段单胞菌(Rhodopseudomonasmarina)、沼泽纟工j段单胞菌(Rhodopseudomonaspalustris)、深红红螺菌(Rhodospirillumrubrum)、需盐红螺菌(Rhodospirillumsalexigens)、盐场红螺菌(Rhodospirillumsalinarium)、产二素链霉菌(Streptomycesambofaciens)、金霉素链霉菌(Streptomycesaureofaciens)、金色链霉菌(Streptomycesaureus)、杀真菌素链霉菌(Streptomycesfungicidicus)、灰色产色链霉菌(Streptomycesgriseochromogenes)、灰色链霉菌(Streptomycesgriseus)、浅青紫链霉菌(Streptomyceslividans)、徹揽灰链霉菌(Streptomycesolivogriseus)、枝链霉菌(Streptomycesrameus)、田无链霉菌(Streptomycestanashiensis)、酒红链霉菌(Str印tomycesvinaceus)、运动发酵单胞菌(Zymomonasmobilis)等，作为优选的原核生物，可以列举属于埃希氏菌属、沙雷氏菌属、芽孢杆菌属、短杆菌属、棒状杆菌属、假单胞菌属或链霉菌属等的细菌，例如属于上述埃希氏菌属、沙雷氏菌属、芽孢杆菌属、短杆菌属、棒状杆菌属、假单胞菌属或链霉菌属等的种类，作为更优选的细菌，可以列举大肠杆菌、谷氨酸棒杆菌、产氨棒杆菌、乳酸发酵棒杆菌、黄色棒杆菌、棒杆菌efficiens(Corynebacteriumefficiens)、枯草芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、粘质沙雷氏菌、恶臭假单胞菌、绿脓杆菌、天蓝色链霉菌或浅青紫链霉菌，作为特别优选的细菌可以列举大肠杆菌。(c)编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA整合到染色体DNA中的微生物的获得通过将由上述(a)的方法得到的编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA整合到染色体DNA的任意位置上，能够得到具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物。作为将编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA整合到微生物的染色体DNA的任意位置上的方法，可以列举利用同源重组的方法，在使用大肠杆菌作为宿丰、即亲本株时，可以列举Proc.Natl.Acad.Sci.USA.，￡!，6640(2000)中记载的方法。(2)具有二肽合成活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物的制备具有二肽合成活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物中，比活性高于亲本株的该蛋白质的微生物及该蛋白质的产量高于亲本株的微生物与上述(1)同样，可以如下得到通过将编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA供给在体外的诱变处理或易错PCR等能够得到突变型酶基因，用该突变型酶基因取代亲本株的基因。将得到的具有突变型酶基因的微生物和亲本株分别在液体培养基中培养，用公知的方法测定培养物中所含的二肽的量并进行比较，由此能够确认具有二肽合成活性的蛋白质的活性高于亲本株。下面，对编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA的获得方法和用该DNA转化亲本株而得到的微生物的制备方法进行说明。(a)编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA的获得编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA，可以根据上述1(2)的编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA的碱基序列，通过与上述2(1)(a)同样的方法得到。作为能够通过上述方法得到的DNA，可以列举编码具有序列号1118所示的氨基酸序列的L-氨基酸连接酶、并且具有序列号2028中任何一者所示的碱基序列中的编码区的DNA。(b)用表达具有二肽合成活性的蛋白质的质粒载体转化的微生物的获得表达具有二肽合成活性的蛋白质的质粒载体，可以使用上述2(2)(a)中得到的编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA，通过与上述2(1)(b)同样的方法得到。作为能够通过上述方法得到的表达具有二肽合成活性的蛋白质的质粒载体，可以列举例如后述的pPE86usp。(c)编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA重组到染色体DNA中的微生物的获得通过将由上述2(2)(a)的方法得到的编码具有二肽合成活性的蛋白质的DNA整合到染色体DNA的任意位置上，能够得到具有二肽合成活性的蛋白质的活性高于亲本株的微生物。将DNA整合到微生物的染色体DNA的任意位置上，可以通过与上述2(1)(c)同样的方法进行。(3)具有生产构成二肽的氨基酸中的至少1种氨基酸的能力的微生物的制备作为本发明的二肽制造方法中使用的、具有生产构成二肽的氨基酸中的至少1种15氨基酸的能力的微生物，只要是具有该能力的微生物则可以使用任何一种微生物，可以列举从自然界分离得到的菌株本身具有该能力情况下的该菌株本身、通过公知的方法人工地赋予了所需的生产构成二肽的氨基酸中的至少一种氨基酸的能力的微生物等。作为该公知的方法，可以列举如下方法，这些公知的方法可以单独或组合使用(a)削弱或消除至少一种调控氨基酸的生物合成的机制的方法；(b)增强表达至少一种参与氨基酸的生物合成的酶的方法；(c)增加至少一种参与氨基酸的生物合成的酶基因的拷贝数的方法；(d)削弱或阻断至少一条从氨基酸的生物合成通路分出的、生成该氨基酸以外的代谢产物的代谢通路的方法；禾口(e)筛选与野生株相比对氨基酸的类似物的抗性高的细胞株的方法等。关于上述(a)，例如记载于Agric.Biol.Chem.，M，105-111(1979)、J.Bacteriol.，透，761-763(1972)和Appl.Microbiol.Biotechnol.，巡，318-323(1993)等中；关于上述(b)，例如记载于Agric.Biol.Chem.，M，105-111(1979)和J.Bacteriol.，110,761-763(1972)等中；关于上述(c)，例如记载于Appl.Microbiol.Biotechnol.，巡，318-323(1993)和Agric.Biol.Chem.，巡，371-377(1987)等中；关于上述(d)，例如记载于Appl.Environ.Microbiol.，巡，181-190(1979)和Agric.Biol.Chem.，皇，1773-1778(1978)等中；关于上述(e)，例如记载于Agric.Biol.Chem.，巡，1675-1684(1972)、Agric.Biol.Chem.，ii，109-116(1977)、Agric.Biol.Chem.，^!，2013—2023(1973)禾卩Agric.Biol.Chem.，a，2089-2094(1987)等中。可以参考上述文献等制备具有生产各种氨基酸的能力的微生物。另外，关于利用上述(a)(e)中的任何一种方法或组合方法制备具有生产氨基酸的會g力的微生物的方法，在Biotechnology2nded.，Vol.6，ProductsofPrimaryMetabolism(VCHVerlagsgesellschaftmbH，Weinheim，1996)section14a，14b、AdvancesinBiochemicalEngineering/Biotechnology，Z^，1-35(2003)、以及氨基酸发酵，学会出版中心，相田浩等(1986)中记载了多例，另外，除上述以外，具体的具有生产氨基酸能力的微生物的制备方法，已有日本特开2003-164297、Agric.Biol.Chem.，巡，153-160(1975)、Agric.Biol.Chem.，巡，1149-1153(1975)、日本特开昭58-13599、J.Gen.Appl.Microbiol.，4,272-283(1958)、日本特开昭63-94985、Agric.Biol.Chem.，^I，2013-2023(1973)、W097/15673、日本特开昭56-18596、日本特开昭56-144092及日本特表2003-511086等很多报道，通过参考上述文献等，能够制备具有生产1种以上氨基酸的能力的微生物。作为能够通过上述方法制备的具有氨基酸生产能力的微生物，可以列举例如作为L-谷氨酰胺生产菌的gli迈基因和/或gli迈基因缺陷的微生物、作为L-丙氨酸生产菌的丙氨酸脱氢酶基因(Mi基因)的表达增强的微生物、作为L-脯氨酸生产微生物的表达苯丙氨酸钝感型EhM基因和/或酪氨酸钝感型一基因的微生物等。作为生成、累积上述氨基酸的微生物，只要是能够应用上述(a)(e)的方法的微生物或者具有上述遗传特征的微生物则可以是任何一种微生物，可以优选列举原核生物，更优选列举细菌。该原核生物和细菌与上述2(1)相同。作为生产氨基酸的微生物的具体例，可以列举W02006/001379号中记载的作为L-谷氨酰胺生产菌株的大肠杆菌JGLE1及大肠杆菌JGLBE1等、作为L_丙氨酸生产菌株的16含有基因表达质粒的大肠杆菌JM101株等、作为L-苯丙氨酸生产菌株的含有pPHEA2和/或一基因表达质粒的大肠杆菌JM101株等、作为L-谷氨酰胺及L-丙氨酸生产菌株的含有Mi基因表达质粒的大肠杆菌JGLE1及大肠杆菌JGLBE1等、作为L_丙氨酸及L_苯丙氨酸生产菌株的含有Mi基因表达质粒及pPHEA2和/或一基因表达质粒的大肠杆菌JM101等、作为L-苏氨酸及L-苯丙氨酸生产菌株的含有pPHEA2和/或^E基因表达质粒的ATCC21277株等。另外，作为具有氨基酸生产能力的微生物的具体例，可以列举作为L-谷氨酸生产菌株的FERMBP-5807及ATCC13032等、作为L-谷氨酰胺生产菌株的FERMP-4806及ATCC14751等、作为L-苏氨酸生产菌株的ATCC21148、ATCC21277及ATCC21650等、作为L-赖氨酸生产菌株的FERMP-5084及ATCC13286等、作为L-蛋氨酸生产菌株的FERMP_5479、VKPMB-2175及ATCC21608等、作为L-异亮氨酸生产菌株的FERMBP-3757及ATCC14310等、作为L-缬氨酸生产菌株的ATCC13005及ATCC19561等、作为L_亮氨酸生产菌株的FERMBP-4704及ATCC21302等、作为L_丙氨酸生产菌株的FERMBP-4121及ATCC15108等、作为L-丝氨酸生产菌株的ATCC21523及FERMBP-6576等、作为L_脯氨酸生产菌株的FERMBP-2807及ATCC19224等、作为L_精氨酸生产菌株的FERMP-5616及ATCC21831等、作为L-鸟氨酸生产菌株的ATCC13232等、作为L_组氨酸生产菌株的FERMBP-6674及ATCC21607等、作为L-色氨酸生产菌株的DSM10118、DSM10121、DSM10123及FERMBP-1777等、作为L-苯丙氨酸生产菌株的ATCC13281及ATCC21669等、作为L_酪氨酸生产菌株的ATCC21652等、作为L-半胱氨酸生产菌株的W3110/pHC34(日本特表2003-511086记载)等、作为L-4-羟基脯氨酸生产菌株的大肠杆菌S0LR/pRH71(W096/27669记载)等、作为L-3-羟基脯氨酸生产菌株的FERMBP-5026及FERMBP-5409等、作为L-瓜氨酸生产菌株的FERMP-5643及FERMP-1645等。另外，上述由FERM编号表示的菌株可以从日本独立行政法人产业技术综合研究所专利生物保藏中心获得；由ATCC编号表示的菌株可以从美国典型菌种保藏中心(AmericanTypeCultureCollection)获得；由VKPM编号表示的菌株可以从俄罗斯国家微生物工业保藏中心(RussianNationalCollectionofIndustrialMicroorganisms)获得；由DMS编号表示的菌株可以从德国微生物菌种保藏中心(DeutscheSammlungvonmikroorganismen皿dZellkulturen)获得。(4)肽酶或具有肽摄取活性的蛋白质的活性低于亲本株或丧失的微生物的制备本发明的微生物及本发明的二肽制造方法中使用的微生物具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力，并且具有二肽转运活性的蛋白质的活性高于亲本株，除上述性质外，肽酶或具有肽摄取活性的蛋白质的活性可以低于亲本株或丧失。肽酶或具有肽摄取活性的蛋白质的活性低于亲本株或丧失的微生物可以根据W02005/045006号中记载的方法进行制备。3.本发明的二肽的制造方法(1)使用微生物的培养物或该培养物的处理物作为酶源的二肽的制造方法本发明的微生物的培养物可以通过使用含有该微生物能够利用的碳源、氮源、无机盐类等、并且能够高效地进行转化子的培养的天然培养基或合成培养基来培养该微生物而获得。作为碳源，只要能被该微生物利用即可，可以使用葡萄糖、果糖、蔗糖、含有这些糖的糖蜜、淀粉或淀粉水解物等碳水化合物；乙酸、丙酸等有机酸；乙醇、丙醇等醇类等。作为氮源，可以使用氨水、氯化铵、硫酸铵、乙酸铵、磷酸铵等无机酸或有机酸的铵盐；其它含氮化合物；以及蛋白胨、肉汁、酵母提取物、玉米浆、酪蛋白水解物、豆粕及豆粕水解物、各种发酵菌体及其消化产物等。作为无机盐，可以使用磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、磷酸镁、硫酸镁、氯化钠、硫酸亚铁、硫酸锰、硫酸铜、碳酸钙等。培养通常在振荡培养或底部通气搅拌培养等有氧条件下进行。培养温度优选为154(TC，培养时间通常为5小时7天。培养中的pH保持在3.09.0。pH的调节使用无机或有机酸、碱溶液、尿素、碳酸钙、氨水等来进行。另外，培养中可以根据需要向培养基中添加氨苄青霉素、四环素等抗生素。培养以使用诱导性启动子作为启动子的表达载体进行转化的微生物时，可以根据需要在培养基中添加诱导剂。例如，培养以使用1^启动子的表达载体转化的微生物时，可以在培养基中添加异丙基-P-D-硫代半乳糖苷等；培养以使用im启动子的表达载体转化的微生物时，可以在培养基中添加吲哚丙烯酸等。作为培养物的处理物，可以列举由上述方法得到的培养物的浓縮物、培养物的干燥物、离心分离培养物后得到的菌体、该菌体的干燥物、该菌体的冻干物、该菌体的表面活性剂处理物、该菌体的超声波处理物、该菌体的机械磨碎处理物、该菌体的溶剂处理物、该菌体的酶处理物及该菌体的固定化物等含有活菌体的处理物。使用能够通过上述方法得到的本发明的微生物的培养物或该培养物的处理物作为酶源，使水性介质中存在该酶源以及选自氨基酸、氨基酸酯及氨基酸酰胺中的1种以上的底物，使二肽在该水性介质中生成、累积，并从该介质中收集该二肽，由此能够制造二肽。以下，将上述方法分为(i)(iii)进行详细说明(i)使用该微生物的培养物或培养物的处理物作为酶源，使水性介质中存在该酶源及1种以上、优选1种或2种氨基酸，使二肽在该介质中生成、累积，并从该介质中收集该二肽的二肽制造方法；(ii)使用该微生物的培养物或该培养物的处理物作为酶源，使水性介质中含有该酶源、1种以上且优选1种氨基酸酯及1种以上且优选1种氨基酸，使二肽在该水性介质中生成、累积，并从该介质中收集该二肽的二肽制造方法；禾口(iii)使用该微生物的培养物或该培养物的处理物作为酶源，使水性介质中存在该酶源、1种以上且优选1种氨基酸酰胺及1种以上且优选1种氨基酸，使二肽在该水性介质中生成、累积，并从该介质中收集该二肽的二肽制造方法。上述(i)的制造方法中，作为用作底物的l种以上的氨基酸、优选l种或2种氨基酸，只要是氨基酸，优选选自由L-氨基酸、甘氨酸(Gly)及e-丙氨酸(P-Ala)组成的组中的氨基酸，则可以以任意组合使用任意氨基酸。作为L-氨基酸，可以列举例如L-丙氨酸(L-Ala)、L-谷氨酰胺(L-Gln)、L-谷氨酸(L-Glu)、L-缬氨酸(L-Val)、L-亮氨酸(L-Leu)、L-异亮氨酸(L-Ile)、L-脯氨酸(L-Pro)、L-苯丙氨酸(L-Phe)、L-色氨酸(L-Trp)、L-蛋氨酸(L-Met)、L-丝氨酸(L-Ser)、L-苏氨酸(L-Thr)、L-半胱氨酸(L-Cys)、L-天冬酰胺(L-Asn)、L-酪氨酸(L-Tyr)、L-赖氨酸(L-Lys)、L-精氨酸(L-Arg)、L-组氨酸(L-His)、L_天冬氨酸(L-Asp)、L_a-氨基丁酸(L_a-AB)、L_氮杂丝氨酸(L-Azaserine)、L_茶氨酸(L-theanine)、L_4_羟基脯氨酸(L-4-HYP)、L_3_羟基脯氨酸(L-3-HYP)、L-鸟氨酸(L-0rn)、L_瓜氨酸(L-Cit)及L_6_重氮-5-氧代正亮氨酸(X_6_diazo_5_oxo_norleucine)等。作为上述(i)的制造方法中使用的更优选的氨基酸，可以列举选自L-Ala、Gly、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L_a-AB及P-Ala中的1种氨基酸与选自L-Ala、L-Gln、L-Glu、Gly、L-Val、L-Leu、L_11e、L-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L_Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L-Asp、L_a-AB、P-Ala、L_氮杂丝氨酸、L_茶氨酸、L_4_HYP、L-3-HYP、L-Orn、L-Cit及L_6_重氮-5-氧代正亮氨酸中的1种氨基酸的组合；L-Gln与L-Phe的组合，更优选L-Ala与选自L-Ala、L-Gln、Gly、L-Val、L-Leu、L-Ile、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L-a-AB、L-氮杂丝氨酸、L-Cit及L-茶氨酸中的1种氨基酸的组合；Gly与选自L-Gln、Gly、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-a-AB及L-Cit中的1种氨基酸的组合；L-Met与选自L-Phe、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Tyr、L-Lys及L-His中的1种氨基酸的组合；L-Ser与选自L-Gln、L-Phe、L-Ser、L-Thr、L-Tyr、L-His及L_a-AB中的1种氨基酸的组合；L-Thr与选自L-Gln、L-Phe、L-Leu、L-Thr及L_a-AB中的1种氨基酸的组合；L-Gln与L-Phe的组合；|3-Ala与选自L_Phe、L_Met、L_His及L_Cit中的1种氨基酸的组合；以及L_a_AB与L-Gln、L-Arg或L_a_AB的组合。上述(i)的制造方法中，在反应开始时或反应过程中，向水性介质中添加用作底物的氨基酸，使其浓度为0.1500g/L、优选0.2200g/L。作为通过上述(i)的制造方法制造的二肽，可以列举下式(I)所示的二肽，R1-!2(I)(式中，W及f相同或不同，表示氨基酸)可以优选列举上述式(I)中W及I^相同或不同，为选自L-Ala、L-Gln、L-Glu、Gly、L-Val、L-Leu、Hle、L-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L-Asp、L_a-AB、P-Ala、L-氮杂丝氨酸、L_茶氨酸、L-4-HYP、L-3-HYP、L-0rn及L_6_重氮-5-氧代正亮氨酸中的氨基酸的二肽；可以更优选列举R1为L-Ala、Gly、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-cys、L_a-AB或P-Ala时，R2为L-Ala、L-Gln、L-Glu、Gly、L-Val、L-Leu、L-11e、L-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L-Asp、L-a-AB、P-Ala、L-氮杂丝氨酸、L-茶氨酸、L-4-HYP、L-3-HYP、L-0rn或L_6_重氮-5-氧代正亮氨酸的二肽；可以进一步优选列举R1为L-Ala时，R2为L-Ala、L-Gln、Gly、L-Val、L-Leu、L-Ile、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L-a-AB、L-氮杂丝氨酸或L-茶氨酸的二肽；R1为Gly时，R2为L-Gln、Gly、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Tyr、L-Lys、L-Arg或L_a-AB的二肽；R1为L-Met时，R2为L-Phe、L-Met、L-Cys、L-Tyr、L-Lys或L-His的二肽；R1为L-Ser时，R2为L-Gln、Gly、L-Phe、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Tyr、L-His或L_a-AB的二肽；R1为L-Thr时，R2为L-Gln、L-Gly、L-Phe、L-Met、L-Ser、L-Thr或L_a-AB的二肽；R1为L-Gln时，R2为L-Phe或L_a-AB的二肽；R1为L-Phe时，R2为L-Gln的二肽；R1为L-Trp时，R2为Gly的二肽；R1为L-Cys时，R2为L-Ala、L-Gln、Gly或L-Met的二肽；R1为L-Lys19时，R2为L-Ala、Gly或L-Met的二肽；R1为L-Arg时，R2为L_a-AB的二肽；R1为L-His时，R2为L-Met的二肽；以及R1为L-a-AB时，R2为L-Ala、L-Gln、Gly、L-Ser、L-Thr、L-Arg或L-a-AB的二肽。另外，上述制造方法中，可以根据需要在水性介质中添加能被本发明的微生物代谢而产生ATP的化合物作为ATP的供给源，例如葡萄糖等糖类、乙醇等醇类、乙酸等有机酸类等。上述(ii)的制造方法中，作为用作底物的l种以上的氨基酸酯及l种以上的氨基酸，只要是能被用作本发明的制造方法的酶源的微生物作为底物利用而生成二肽的氨基酸酯及氨基酸，则可以以任意组合使用任意的氨基酸酯及氨基酸，优选使用1种氨基酸酯及1种氨基酸的组合，作为氨基酸，优选L-氨基酸及甘氨酸。作为更优选的1种氨基酸酯及1种氨基酸的组合，可以列举例如下述组合氨基酸酯为选自由L-丙氨酸酯、甘氨酸酯丄-缬氨酸酯丄-异亮氨酸酯丄-蛋氨酸酯丄-苯丙氨酸酯丄-丝氨酸酯丄-苏氨酸酯丄-谷氨酰胺酯、L-酪氨酸酯、L-精氨酸酯、L-天冬氨酸_a_酯、L-天冬氨酸_13_酯、L-亮氨酸酯、L-天冬酰胺酯、L-赖氨酸酯、L-天冬氨酸_a，13_二甲基酯及L-谷氨酰胺_Y_酯组成的组中的1种氨基酸酯，氨基酸为选自由L-Gln、L-Asn、Gly、L-Ala、L-Leu、L-Met、L-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Ser、L-Thr、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His及L-Glu组成的组中的1种氨基酸。上述(ii)的制造方法中，在反应开始时或反应过程中，向水性介质中添加用作底物的氨基酸酯及氨基酸，使其浓度分别为0.1500g/L、优选0.2200g/L。上述(iii)的制造方法中，作为用作底物的1种以上的氨基酸酰胺及1种以上的氨基酸，只要是能被用作本发明的制造方法的酶源的微生物作为底物利用而生成二肽的氨基酸酰胺及氨基酸，则可以以任意组合使用任意的氨基酸酯及氨基酸，优选使用1种氨基酸酰胺及1种氨基酸的组合，作为氨基酸，优选L-氨基酸及甘氨酸。作为1种氨基酸酰胺及l种氨基酸的组合，可以列举例如下述组合氨基酸酰胺为选自由L-丙氨酰胺、甘氨酰胺及L-天冬氨酰胺组成的组的1种氨基酸酰胺，氨基酸为选自由L-Gln、L-Asn、Gly、L-Ala、L-Val、L-Leu、L_11e、L-Met、L-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Ser、L-Thr、L-Tyr、L_Lys、L-Arg、L_His及L-Glu组成的组的1种氨基酸。上述(iii)的制造方法中，在反应开始时或反应过程中，向水性介质中添加用作底物的氨基酸酰胺及氨基酸，使其浓度分别为0.1500g/L、优选0.2200g/L。作为本发明的制造方法中使用的水性介质，只要不阻碍二肽的生成反应，则可以是任何成分、组成的水性介质，可以列举例如水、磷酸盐、碳酸盐、醋酸盐、硼酸盐、柠檬酸盐、Tris等缓冲液等。另外，还可以含有甲醇、乙醇等醇类，醋酸酯等酯类，丙酮等酮类、乙酰胺等酰胺类。二肽的生成反应在水性介质中，pH511、优选pH610，2060。C、优选2545t:的条件下进行2150小时、优选6120小时。根据需要，还可以在水性介质中添加表面活性剂或有机溶剂。作为表面活性剂，只要是十八烷基胺聚氧乙烯醚(例如t^$—>S-215，日本油脂公司制)等非离子表面活性剂，十六烷基三甲基溴化铵、烷基二甲基苄基氯化铵(例如力，*>F2-40E，日本油脂公司制)等阳离子型表面活性剂，月桂酰肌氨酸盐等阴离子型表20面活性剂，烷基二甲基胺(例如叔胺FB，日本油脂公司制)等叔胺类等促进二肽的生成的物质，则可以使用任何物质，可以使用1种或者将多种混合使用。表面活性剂通常以0.150g/l的浓度使用。作为有机溶剂，可以列举二甲苯、甲苯、脂肪醇、丙酮、乙酸乙酯等，通常以0.150ml/l的浓度使用。作为酶源使用的培养物或该培养物的处理物的量，根据该酶源的比活性等而有所不同，例如相对于每lmg作为底物的氨基酸、氨基酸甲酯或氨基酸酰胺添加51000mg、优选添力口10400mg。水性介质中生成、累积的二肽的收集，可以通过使用活性碳、离子交换树脂等的通常的方法，或有机溶剂萃取、结晶、薄层色谱、高效液相色谱等来进行。另外，上述(ii)及(iii)的制造方法可以根据W003/010189号或W003/010187号的记载来进行。(2)利用发酵法制造在培养基中培养具有生产构成二肽的氨基酸中至少1种氨基酸的能力的本发明的微生物，使该二肽在培养基中生成、累积，并从培养物中收集该二肽，由此能够制造二肽。在培养基中培养该微生物的方法与上述(1)的培养方法相同，但也可以向该培养基中添加构成所需二肽的至少1种氨基酸。作为通过上述方法制造的二肽，可以列举1种或2种氨基酸以a键连接成的二肽，优选列举该氨基酸为L-氨基酸或甘氨酸的二肽，更优选列举下式(II)R1-!2(II)所示的二肽中W及f相同或不同，为选自L-Ala、L-Gln、L-Glu、Gly、L-Val、L-Leu、Hle、LL-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L-Asp、L-a-AB、L-4-HYP、L-3-HYP、L-鸟氨酸(L-0rn)及L-瓜氨酸(L-Cit)中的氨基酸的二肽，进一步优选列举R1为L-Ala、Gly、L-Met、L-Ser、L-Cys、L-a-AB或L-Thr时，R2为L-Gln、L-Glu、Gly、L-Val、L-Leu、L-Ile、L-Pro、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、Hys、卜Arg、L-His、卜Asp、L_a-AB、L-4-HYP、L-3-HYP、L-0rn或L-Cit的二肽，特别优选列举R1为L-Ala时，R2为L-Gln、Gly、L-Val、L-Leu、L-Ile、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Asn、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-His、L_a_AB或L-Cit的二肽；R1为Gly时，R2为L-Gln、Gly、L-Phe、L-Trp、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Cys、L-Tyr、L-Lys、L-Arg、L-a-AB或L-Cit的二肽；R1为L-Met时，R2为L-Phe、L-Met、L-Cys、L-Tyr、L-Lys或L-His的二肽；R1为L-Ser时，R2为L-Gln、Gly、L-Phe、L-Met、L-Ser、L-Thr、L-Tyr、L-His或L-a-AB的二肽；R1为L-Thr时，R2为L-Gln、L-Leu、L-Phe、L-Met、L-Ser、L-Thr或L-a-AB的二肽；R1为L-Gln时，R2为L-Phe或L-a-AB的二肽；R1为L-Phe时，R2为L-Gln的二肽；R1为L-Trp时，R2为Gly的二肽；R1为L_Cys时，R2为L_Ala、L_Gln、Gly或L_Met的二肽；R1为L-Lys时，R2为L_Ala、Gly或L_Met的二肽；R1为L_Arg时，R2为L_a-AB的二肽；R1为L-His时，R2为L_Met的二肽；及R1为L_a-AB时，R2为L_Ala、L_Gln、Gly、L-Ser、L-Thr、L-Arg或L-a-AB的二肽，最优选列举L-丙氨酰-L-丙氨酸(L-Ala-L-Ala)、L-丙氨酰-L-谷氨酰胺(L-Ala-L-Gln)、L_丙氨酰_L_苯丙氨酸(L-Ala-L-Phe)及L_苏氨酰-L-苯丙氨酸(L-Thr-L-Phe)。在水性介质中或培养物中生成、累积的二肽的收集，可以通过使用活性碳、离子交换树脂等的通常的方法，或有机溶剂萃取、结晶、薄层色谱、高效液相色谱等来进行。以下，给出本发明的实施例，但本发明并不限于下述实施例。实施例1!^X基因表达质粒的构建通过以下的方法构建1^X基因表达质粒。将大肠杆菌JM101株接种到LB培养基[10g/l细菌用胰蛋白胨(Difco公司制)、5g/l酵母提取物(Difco公司制)、5g/l氯化钠]中，在3(TC下静置培养一夜。培养后，根据最新分子生物学实验方法汇编中记载的使用饱和苯酚的方法，分离纯化该微生物的染色体DNA。基于序列号1所示的碱基序列，合成具有序列号30及31所示的碱基序列的DNA作为用于扩增k基因的引物DNA，使用该合成DNA作为引物组，进行PCR。PCR如下进行:制备含有作为模板的O.liig染色体DNA、0.5iimol/L各引物、2.5单位PyrobestDNA聚合酶(宝生物工程有限公司制)、5yLPyrobestDNA聚合酶用X10缓冲液(宝生物工程有限公司制)、200iimol/L各dNTP(dATP、dGTP、dCTP及dTTP)的反应液50iiL，以96。C下15秒钟、55。C下30秒钟、72。C下1分钟为1个步骤，反复进行30次。确认扩增了约1.2kb的DNA片段，通过常法纯化该DNA片段。将含有该DNA片段及lxn启动子的表达载体pTrS30[由大肠杆菌JM109/pTrS30(FERMBP-5407)制备]分别用HindiII、^I酶切，通过琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段后，使用GENECLEANII试剂盒(BI0101公司制)分别回收限制性内切酶消化的DNA片段。将上述得到的包含!^X基因的1.2kb片段和pTrS30的限制性内切酶消化片段用连接试剂盒(宝生物工程有限公司制)进行连接。使用得到的连接DNA转化大肠杆菌DH5a株(宝生物工程有限公司制)，以氨苄青霉素抗性为指标筛选转化子。根据公知的方法从筛选的转化子的菌落中提取质粒，通过使用限制性内切酶分析其结构，确认得到了在iin启动子下游连接有k基因的表达载体pTbcr。然后，将pTbcr及pSTV28分别用E^RI及酶切，通过与上述同样的方法回收在trp启动子下游连接有k基因的1.6kb片段和pSTV28的限制性内切酶消化片段。通过与上述同样的方法进行连接，使用得到的连接DNA转化大肠杆菌DH5a株后，以氯霉素抗性为指标筛选转化子。根据公知的方法从筛选的转化子的菌落中提取质粒，通过使用限制性内切酶分析其结构，确认得到了在iin启动子下游连接有k的表达载体，将该表达载体命名为pSbcr。实施例2imiE基因表达质粒的构建与实施例1同样，基于序列号2所示的碱基序列，合成具有序列号32及33所示的碱基序列的引物DNA作为用于扩增imiE基因的引物DNA，使用该合成DNA作为引物组，进行PCR。PCR除使用上述引物组作为引物DNA夕卜，在与实施例1相同的条件下进行。将通过PCR得到的扩增DNA片段及pTrS30分别用HindiII及MlHI消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌DH5a株。从得到的转化子中提取在lin启动子下游连接有imiE基因的表达载体pTnorE，与实施例1同样地将pTnorE及pSTV28分别用E^RI、MmHI进行酶切。将两个DNA片段连接，通过与实施例i同样的方法构建了在ixn启动子下游连接有imiE基因的表达载体，命名为pSnorE。实施例3id逃基因表达质粒的构建与实施例1同样，基于序列号3所示的碱基序列，合成具有序列号34及35所示的碱基序列的引物DNA作为用于扩增id逃基因的引物DNA，使用该合成DNA作为引物组，进行PCR。PCR除使用上述引物组作为引物DNA夕卜，在与实施例1同样的条件下进行。将通过PCR得到的扩增DNA片段及pSTV28分别用E^RI及MlHI消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌DH5a株。通过以上的方法构建了在k启动子下游连接有g基因的表达载体，命名为pSydeE。实施例4^n2基因表达质粒的构建与实施例1同样，基于序列号4所示的碱基序列，合成具有序列号36及37所示的碱基序列的引物DNA作为用于扩增^ii2基因的引物DNA，使用该合成DNA作为引物组，进行PCR。PCR除使用上述引物组作为引物DNA之外，在与实施例1同样的条件下进行。将通过PCR得到的扩增DNA片段及pSTV28分别用E^RI及￡^I消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌DH5a株。通过以上的方法构建了在k启动子下游连接有基因的表达载体，命名为pSemrD。实施例5!^0基因表达质粒的构建与实施例1同样，基于序列号5表示的碱基序列，合成具有序列号38及39所示的碱基序列的引物DNA作为用于扩增i^O基因的引物DNA，使用该合成DNA作为引物组，进行PCR。PCR除使用上述引物组作为引物DNA夕卜，在与实施例1同样的条件下进行。将通过PCR得到的扩增DNA片段及pSTV28分别用E^RI及￡^I消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌DH5a株。通过以上方法构建了在k启动子下游连接有一基因的表达载体，命名为pSyeeO。实施例6nfE基因及^li基因表达质粒的构建(1)表达质粒pTrSQE30的构建以具有序列号40及41所示的碱基序列的DNA作为引物组，使用表达载体pQE60(凯杰生物技术有限公司制)为模板，进行PCR。PCR如下进行制备含有lOng质粒DNA、0.5ymol/L各引物、2.5单位PfuDNA聚合酶、4iiLPfuDNA聚合酶用X10缓冲液、200ymol/L各dNTP的反应液40yL，以94。C下231分钟、55t:下2分钟、72t:下1分钟为1个步骤，反复进行30次。将通过PCR得到的扩增DNA片段及pTrS30分别用￡1^1及Mil消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌NM522株。通过以上的方法构建了具有trp启动子、且C末端带His标签型的蛋白质表达载体，命名为pTrSQE30。(2)表达质粒pUATQE30的构建以具有序列号42及43所示的碱基序列的DNA作为引物组，使用大肠杆菌W3110的染色体DNA为模板，进行PCR。PCR如下进行制备含有O.liig染色体DNA、0.5iimol/L各引物、2.5单位PfuDNA聚合酶、4iiLPfuDNA聚合酶用X10缓冲液、200ymol/L各dNTP的反应液40yL，以94°C下1分钟、55t:下2分钟、72t:下1分钟为1个步骤，反复进行30次。将通过PCR得到的扩增DNA片段及上述得到的pTrSQE30分别用E^RI及￡1^1消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌NM522株。通过以上的方法构建了具有应激蛋白启动子(uspA启动子)、且C末端带His标签型的蛋白质表达载体，命名为pUATQE30。(3)1i迈基因及旦li基因表达质粒的构建以具有序列号41及42所示的碱基序列的DNA作为引物组，使用上述得到的pUATQE30为模板，进行PCR。PCR如下进行制备含有10ng质粒、0.5iimol/L各引物、2.5单位PfuDNA聚合酶、4iiLPfuDNA聚合酶用X10缓冲液、200ymol/L各dNTP的反应液40yL，以94。C下1分钟、55t:下2分钟、72t:下1分钟构成为1个步骤，反复进行30次。将通过PCR得到的扩增DNA片段及来源于枯草芽孢杆菌的nfE基因和来源于枯草芽孢杆菌的^M基因的表达质粒pPE86(W02006/001379号记载)分别用EcoRI及Ncol消化后，与实施例1同样地将两个DNA连接，使用连接DNA转化大肠杆菌NM522株。通过以上的方法构建了在uspA启动子下游连接有nfE基因及基因的表达质粒，命名为pPE86usp。实施例7pepD基因、pepN基因、pepB基因、pepA基因、dpp操纵子、glnE基因及glnB基因缺陷株的制作使用基因、nMi基因、基因及im操纵子缺陷的大肠杆菌JPNDBP7(W02005/045006)作为亲本株，根据利用A噬菌体的同源重组系统的方法[Proc.Natl.Acad.Sci.USA，^Z，6641-6645(2000)]，制作其染色体DNA上的pepA基因、glnE基因及glnB基因缺陷的菌株。以下记载的质粒pKD46、pKD3和pCP20是从美国耶鲁大学大肠杆菌保藏中心(TheColiGeneticStockCenter)获得含有上述质粒的大肠杆菌菌株，利用公知的方法从这些菌株中提取上述质粒后使用。(1)基因缺陷用DNA片段的克隆大肠杆菌K12株的编码肽酶的n^A基因、参与L-脯氨酸分解的miM基因、参与L-谷氨酰胺的生物合成调节的及gll迈各基因的碱基序列已经明确[Science,5331，1453-1474(1997)]。为了使n^A、mM、KM及KlM各基因发生缺陷，基于报道的碱基序列合成具有24下述碱基序列的DNA:与大肠杆菌K12株的染色体DNA上位于各缺陷目标基因上游及下游的36bp所构成的碱基序列同源的碱基序列、及酵母来源的Flp重组酶识别的碱基序列。S卩，作为序列号用于扩增^M基因缺陷用DNA片段的引物组，合成具有序列号40及41所示的碱基序列的DNA;作为用于扩增mM基因缺陷用DNA片段的引物组，合成具有序列号42及43所示的碱基序列的DNA;作为用于扩增gli迈基因缺陷用DNA片段的引物组，合成具有序列号44及45所示的碱基序列的DNA;作为用于扩增基因缺陷用DNA片段的引物组，合成具有序列号46及47所示的碱基序列的DNA。然后，使用上述合成DNA作为引物组，以pKD3DNA为模板进行PCR。PCR如下进行使用含有10ng质粒DNA、0.5iimol/L各引物、2.5单位Pfu—DNA聚合酶、4iiLPfuDNA聚合酶用X10缓冲液、200iimol/L各脱氧NTP的反应液40yL，以94。C下1分钟、55。C下2分钟、72t:下3分钟为1个步骤，反复进行30次。通过上述pcr，得到用于基因、miM基因、基因及基因缺陷的、含有氯霉素抗性基因的DNA片段。(2)^M基因缺陷大肠杆菌JPNDBP7的制作将大肠杆菌JPNDBP7株用pKD46转化后，涂布到含有100mg/L氨节青霉素的LB琼脂培养基上，在3(TC下进行培养，由此筛选含有pKD46的大肠杆菌JPNDBP7株(以下，称为大肠杆菌JPNDBP7/pKD46)。质粒pKD46具有ARed重组酶基因，该基因的表达可以通过L_阿拉伯糖来诱导。因此，使用直链DNA转化在L-阿拉伯糖存在下生长的、含有pKD46的大肠杆菌时，会发生高频同源重组。另外，由于PKD46具有温度敏感型复制起点，因此通过使其在42t:下生长，能够容易地使质粒丢失。通过电脉冲法，向在1Ommol/LL-阿拉伯糖和50yg/ml氨苄青霉素存在下培养得到的大肠杆菌JPNDBP7/pKD46中导入上述得到的n^基因缺陷用含氯霉素抗性基因的DNA片段，将在大肠杆菌JPNDBP7的染色体DNA上通过同源重组整合有p印A基因缺陷用含氯霉素抗性基因的DNA片段的转化子涂布到含有25mg/L氯霉素的LB琼脂培养基(细菌用胰蛋白胨10g/L、细菌用酵母提取物5g/L、氯化钠5g/L、琼脂12g/L)上，在3(TC下培养，由此进行筛选。将筛选的氯霉素抗性株接种到含有25mg/L氯霉素的LB琼脂培养基上，在42。C下培养14小时后，分离单菌落。将得到的各菌落复制到含有25mg/L氯霉素的LB琼脂培养基及含有100mg/L氨苄青霉素的LB琼脂培养基中，在37t:下培养，筛选显示氯霉素抗性和氨苄青霉素敏感性的菌落，由此得到PKD46丢失株。然后，使用pCP20转化上述得到的pKD46丢失株，在含有100mg/L氨苄青霉素的LB琼脂培养基上进行筛选，由此得到含有PCP20的pKD46丢失株。质粒pCP20具有酵母来源的Flp重组酶基因，该基因的表达可以在42t:下诱导。另外，由于Flp重组酶识别的碱基序列存在于上述制造的用于n^A基因、miM基因、gll迈基因及Kll迈基因缺陷的含有氯霉素抗性基因的DNA片段的氯霉素抗性基因的两端，因此通过Flp重组酶催化的同源重组，能够容易地使该抗性基因丢失。而且，由于pCP20具有温度敏感型复制起点，因此通过使pCP20含有株在42t:下生长，能够同时诱导Flp重组酶的表达和pCP20的丢失。将上述得到的含有pCP20的pKD46丢失株接种到未添加药剂的LB琼脂培养基上，在42C下培养14小时后，分离单菌落。将得到的各单菌落复制到未添加药剂的LB琼脂培养基、含有25ml/L氯霉素的LB琼脂培养基及含有100mg/L氨苄青霉素的LB琼脂培养基中，在3(TC下培养，筛选显示氯霉素敏感性和氨苄青霉素敏感性的菌落。由上述筛选的各菌株分别制备染色体DNA，将通过PCR确认了染色体DNA上的P印A基因缺陷的菌株作为n^A基因缺陷株，命名为大肠杆菌JPNDABP株。然后，使用大肠杆菌JPNDABP株作为亲本株，通过与上述同样的方法依次导入putA基因、glnE基因及glnB基因缺陷，得到pepD、pepN、pepA、pepB、putA、glnE及glnB各基因以及d卯操纵子的多重基因缺陷株，命名为大肠杆菌JPNDABPUTGEB株。实施例8L-丙氨酰-L-谷氨酰胺(L-Ala-L-Gln)的生产将实施例6得到的pPE86usp转化到实施例7得到的JPNDABPUTGEB中，得到具有生产具有二肽合成酶活性的蛋白质的能力的大肠杆菌JPNDABPUTGEB/pPE86usp。然后，使用实施例15得到的pSbcr、pSnorE、pSydeE、pSemrD或pSyeeO，转化大肠杆菌JPNDABPUTGEB/pPE86usp，将得到的转化子分别命名为大肠杆菌JPNDABPUTGEB/pPE86usp/pSbcr、JPNDABPUTGEB/pPE86usp/pSnorE、JPNDABPUTGEB/pPE86usp/pSydeE、JPNDABPUTGEB/pPE86usp/pSemrD和JPNDABPUTGEB/pPE86usp/pSyeeO。通过同样的方法得到含有pSTV28的转化子(JPNDABPUTGEB/pPE86usp/pSTV28)。将上述得到的转化子接种到装有含有50iig/ml氨苄青霉素及25yg/ml氯霉素的8mlLB培养基的粗试管中，在3(TC下培养17小时。将该培养液以1%的量接种到装有含有100iig/ml氨苄青霉素及25iig/ml氯霉素的8ml培养基[16g/L磷酸氢二钾、14g/L磷酸二氢钾、2g/L硫酸铵、lg/L柠檬酸(酐)、lg/L酪蛋白氨基酸(Difco公司制)、10g/L葡萄糖、10mg/L维生素B"2g/L七水合硫酸镁、10mg/L五水合硫酸锰、50mg/L七水合硫酸铁、0.lg/LL-Pro，用10mol/L氢氧化钠调节pH至7.2，葡萄糖、维生素B^七水合硫酸镁、七水合硫酸铁、L-Pro在另外蒸煮后添加]的试管中，在3(TC下培养24小时后，离心分离该培养液得到培养上清。通过F-moc化法诱导该培养上清中的培养生成物后，使用HPLC分析该生成物。结果示于表l。[表1]<table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table>如表1所示，通过增强bcr、norE、ydeE、emrD或yee0基因的表达，L-Ala-L-Gln在培养基中的累积量增加。由此可知，上述基因产物是具有将细胞内的二肽排出到细胞外的活性的、具有二肽转运活性的蛋白质。实施例9L-丙氨酰-L-亮氨酸(L-Ala-L-Leu)、L_丙氨酰_L_缬氨酸(L-Ala-L-Val)、L_丙氨酰-L-异亮氨酸(L-Ala-L-Ile)、L-丙氨酰-L-酪氨酸(L-Ala-L-Tyr)的生产使用实施例6得到的pPE86usp转化大肠杆菌JPNDDP36(W005/45006)，将得到的转化子命名为JPNDDP36/pPE86usp。使用实施例15得到的pSbcr、pSnorE、pSydeE、pSemrD或pSyee0转化大肠杆菌JPNDDP36/pPE86usp，将得到的转化子分别命名为大肠杆菌JPNDDP36/pPE86usp/pSbcr、JPNDDP36/pPE86usp/pSnorE、JPNDDP36/pPE86usp/pSydeE、JPNDDP36/pPE86usp/pSemrD及JPNDDP36/pPE86usp/pSyee0。另外，通过同样的方法得到含有pSTV28的转化子(JPNDDP36/pPE86usp/pSTV28)。将上述得到的转化子接种到装有含有50iig/ml氨苄青霉素及25yg/ml氯霉素的8mlLB培养基的粗试管中，在3(TC下培养17小时。将该培养液以1%的量添加到装有含有100iig/ml氨苄青霉素、25iig/ml氯霉素及氨基酸(L-Leu、L-Val、L-Ile或L-Lyr)的8ml水性介质(16g/l磷酸氢二钾、14g/1磷酸二氢钾、2g/1硫酸铵、lg/1柠檬酸(酐)、lg/1酪蛋白氨基酸(Difco公司制)、0.lg/1L-Pro、2g/1L-Leu(或L-Val、L-Ile、L-Tyr)、10g/l葡萄糖、10mg/1维生素B^2g/1七水合硫酸镁、50mg/1七水合硫酸铁、10mg/l五水合硫酸锰，用10mol/L氢氧化钠溶液调节pH至7.2。葡萄糖、维生素Bp七水合硫酸镁、七水合硫酸铁、L-Pro在另外蒸煮后添加)的试管中，在3(TC下培养24小时。离心分离该水性介质得到上清。通过F-moc化法诱导该上清中的生成物后，使用HPLC分析该生成物。结果示于表2。[表2]<table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table>菌株L-AlEiHeu(g/1)JPNDDP36/pPE86usp/pSbcr0.33JPNDDP36/pPE86usp/pSnorE0.81JPNDDP36/pPE86usp/pSydeE0.54JPNDDP36/pPE86usp/pSemrD0.32JPNDDP36/pPE86usp/pSyee00.22如表2所示，通过增强bcr、norE、ydeE、emrD或yee0甚因的表达，L-Ala-L-Gln之外的二肽在培养基中的累积量也增加。由此可知，上述基因产物是对全部二肽具有转运活性的蛋白质。序列表自由文本序列号30-人工序列的说明:合成DNA序列号31-人工序列的说明:合成DNA序列号32-人工序列的说明:合成DNA序列号33-人工序列的说明:合成DNA序列号34-人工序列的说明:合成DNA序列号35-人工序列的说明:合成DNA序列号36-人工序列的说明:合成DNA序列号37-人工序列的说明:合成DNA序列号38-人工序列的说明:合成DNA序列号39-人工序列的说明:合成DNA序列号40-人工序列的说明:合成DNA序列号41-人工序列的说明:合成DNA序列号42-人工序列的说明:合成DNA序列号43-人工序列的说明:合成DNA序列号44-人工序列的说明:合成DNA序列号45-人工序列的说明:合成DNA序列号46-人工序列的说明:合成DNA序列号47-人工序列的说明:合成DNA产业上的利用可能性根据本发明，通过增强微生物的具有将菌体内的二肽转运到菌体外的活性的蛋白质的活性，能够使用该微生物高效地制造二肽。29权利要求一种微生物，具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力，并且以下[1]～[3]中任一项所述的具有将菌体内的二肽转运到菌体外的活性(以下称为二肽转运活性)的蛋白质的活性高于亲本株，[1]具有序列号6～10中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质；[2]具有序列号6～10中任何一者所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质；[3]具有与序列号6～10中任何一者所示的氨基酸序列有80％以上同源性的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质。2.如权利要求l所述的微生物，其为使用以下[1][3]中任一项所述的DNA转化亲本株而得到的微生物，[1]编码权利要求1的[1][3]中任一项所述的蛋白质的DNA;[2]具有序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列的DNA;[3]在严格条件下与具有同序列号15中任何一者所示的碱基序列中的编码区的碱基序列互补的碱基序列的DNA杂交，并且编码具有二肽转运活性的蛋白质的DNA。3.如权利要求1或2所述的微生物，其为属于埃希氏菌属、棒状杆菌属、芽孢杆菌属、沙雷氏菌属、假单胞菌属或链霉菌属的微生物。4.一种二肽的制造方法，其中，使水性介质中存在权利要求13中任一项所述的微生物的培养物或该培养物的处理物及氨基酸、氨基酸酯或氨基酸酰胺，使二肽在该水性介质中生成、累积，并从该介质中收集该二肽。5.—种二肽的制造方法，其中，在培养基中培养具有生产构成二肽的氨基酸中至少1种氨基酸的能力的权利要求1或2所述的微生物，使该二肽在培养基中生成、累积，并从培养物中收集该二肽。6.如权利要求4或5所述的二肽的制造方法，其中，微生物为属于埃希氏菌属、棒状杆菌属、芽孢杆菌属、沙雷氏菌属、假单胞菌属或链霉菌属的微生物。全文摘要根据本发明，提供一种微生物及使用该微生物的二肽的制造方法，所述微生物具有生产具有二肽合成活性的蛋白质的能力，并且以下[1]～[3]中任一项所述的具有将菌体内的二肽转运到菌体外的活性(以下称为二肽转运活性)的蛋白质的活性高于亲本株。[1]具有序列号6～10中任何一者所示的氨基酸序列的蛋白质；[2]具有序列号6～10中任何一者所示的氨基酸序列缺失、取代或添加1个以上氨基酸后的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质；[3]具有与序列号6～10中任何一者所示的氨基酸序列有80％以上同源性的氨基酸序列，并且具有二肽转运活性的蛋白质。文档编号C12P21/02GK101715484SQ20088001921公开日2010年5月26日申请日期2008年4月4日优先权日2007年4月6日发明者林干朗,田畑和彦,矢我崎诚,米谷良之申请人:协和发酵生化株式会社